stringtranslate.com

Коэнзим А

Коэнзим А ( КоА , SHCoA , CoASH ) — это кофермент , известный своей ролью в синтезе и окислении жирных кислот , а также окислении пирувата в цикле лимонной кислоты . Все геномы , секвенированные на сегодняшний день, кодируют ферменты, которые используют кофермент А в качестве субстрата , и около 4% клеточных ферментов используют его (или тиоэфир ) в качестве субстрата. У людей биосинтез КоА требует цистеина , пантотената (витамина B5 ) и аденозинтрифосфата (АТФ). [2]

В своей ацетильной форме кофермент А является высокоуниверсальной молекулой, выполняющей метаболические функции как в анаболических, так и в катаболических путях. Ацетил-КоА используется в посттрансляционной регуляции и аллостерической регуляции пируватдегидрогеназы и карбоксилазы для поддержания и поддержки разделения синтеза и деградации пирувата . [3]

Открытие структуры

Структура кофермента А: 1: 3′-фосфоаденозин. 2: дифосфат, органофосфатный ангидрид. 3: пантоиновая кислота. 4: β-аланин. 5: цистеамин.

Коэнзим А был идентифицирован Фрицем Липманном в 1946 году [4], который позже дал ему название. Его структура была определена в начале 1950-х годов в Институте Листера в Лондоне совместно Липманном и другими сотрудниками Гарвардской медицинской школы и Массачусетской больницы общего профиля . [5] Липманн изначально намеревался изучить перенос ацетила у животных, и в ходе этих экспериментов он заметил уникальный фактор, который не присутствовал в экстрактах ферментов, но был очевиден во всех органах животных. Он смог выделить и очистить фактор из печени свиньи и обнаружил, что его функция была связана с коферментом, который был активен в ацетилировании холина . [6] Работа с Беверли Гирард , Натаном Капланом и другими определила, что пантотеновая кислота является центральным компонентом кофермента А. [7] [8] Кофермент был назван коферментом А, что означает «активация ацетата». В 1953 году Фриц Липманн получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине «за открытие кофермента А и его значения для промежуточного метаболизма». [6] [9]

Биосинтез

Коэнзим А естественным образом синтезируется из пантотената (витамина B5 ) , который содержится в таких продуктах питания, как мясо, овощи, зерновые культуры, бобовые, яйца и молоко. [10] У людей и большинства живых организмов пантотенат является незаменимым витамином, который выполняет множество функций. [11]  У некоторых растений и бактерий, включая Escherichia coli , пантотенат может синтезироваться de novo и поэтому не считается незаменимым. Эти бактерии синтезируют пантотенат из аминокислоты аспартата и метаболита в биосинтезе валина. [12]

Во всех живых организмах кофермент А синтезируется в ходе пятиэтапного процесса, для которого требуются четыре молекулы АТФ, пантотената и цистеина [13] (см. рисунок):

Подробная информация о биосинтетическом пути синтеза КоА из пантотеновой кислоты.
  1. Пантотенат (витамин B5 ) фосфорилируется до 4′-фосфопантотената ферментом пантотенаткиназой (PanK; CoaA; CoaX). Это обязательный этап биосинтеза CoA, требующий АТФ. [12]
  2. Цистеин добавляется к 4'-фосфопантотенату ферментом фосфопантотеноилцистеинсинтетазой (PPCS; CoaB) с образованием 4'-фосфо- N -пантотеноилцистеина (PPC). Этот шаг сопряжен с гидролизом АТФ. [12]
  3. PPC декарбоксилируется до 4′-фосфопантетеина фосфопантотеноилцистеиндекарбоксилазой ( PPC-DC; CoaC)
  4. 4′-фосфопантетеин аденилируется (или, точнее, АМФилируется ) с образованием дефосфо-КоА ферментом фосфопантетеин аденилаттрансферазой (COASY; PPAT; CoaD)
  5. Наконец, дефосфо-КоА фосфорилируется до кофермента А ферментом дефосфокофермент А-киназой (COASY, DPCK; CoaE). Этот последний шаг требует АТФ. [12]

Сокращения номенклатуры ферментов в скобках представляют ферменты млекопитающих, других эукариотических и прокариотических ферментов соответственно. У млекопитающих шаги 4 и 5 катализируются бифункциональным ферментом, называемым COASY . [14] Этот путь регулируется ингибированием продукта. CoA является конкурентным ингибитором пантотенаткиназы, которая обычно связывает АТФ. [12] Кофермент A, три АДФ, один монофосфат и один дифосфат собираются в результате биосинтеза. [13]

Кофермент А может быть синтезирован альтернативными путями, когда внутриклеточный уровень кофермента А снижен и путь de novo нарушен. [15] В этих путях кофермент А должен быть предоставлен из внешнего источника, такого как пища, чтобы произвести 4′-фосфопантетеин . Эктонуклеотидпирофосфаты (ENPP) расщепляют кофермент А до 4′-фосфопантетеина, стабильной молекулы в организмах. Белки-переносчики ацила (ACP) (такие как ACP-синтаза и деградация ACP) также используются для производства 4′-фосфопантетеина. Этот путь позволяет восполнять 4′-фосфопантетеин в клетке и позволяет преобразовывать его в кофермент А через ферменты PPAT и PPCK. [16]

В статье 2024 года [ требуется ссылка ] подробно описан вероятный механизм химического синтеза компонента пантетеина (основной функциональной части) кофермента А в изначальном пребиотическом мире.

Коммерческое производство

Коэнзим А производится в коммерческих целях путем экстракции из дрожжей, однако это неэффективный процесс (выход около 25 мг/кг), что приводит к дороговизне продукта. Были исследованы различные способы получения КоА синтетическим или полусинтетическим путем, хотя ни один из них в настоящее время не работает в промышленных масштабах. [17]

Функция

Синтез жирных кислот

Поскольку кофермент А является, с химической точки зрения, тиолом , он может реагировать с карбоновыми кислотами с образованием тиоэфиров , таким образом функционируя как переносчик ацильной группы. Он помогает переносить жирные кислоты из цитоплазмы в митохондрии . Молекула кофермента А, несущая ацильную группу , также называется ацил-КоА . Когда она не присоединена к ацильной группе, ее обычно называют «CoASH» или «HSCoA». Этот процесс облегчает выработку жирных кислот в клетках, которые необходимы в структуре клеточной мембраны.

Кофермент А также является источником группы фосфопантетеина , которая добавляется в качестве простетической группы к белкам, таким как ацилпереносящий белок и формилтетрагидрофолатдегидрогеназа . [18] [19]

Некоторые из источников, из которых поступает КоА и которые он использует в клетке.

Производство энергии

Коэнзим А является одним из пяти важнейших коферментов, которые необходимы в механизме реакции цикла лимонной кислоты . Его форма ацетил-коэнзима А является основным входом в цикл лимонной кислоты и получается из гликолиза , метаболизма аминокислот и бета-окисления жирных кислот. Этот процесс является основным катаболическим путем организма и необходим для расщепления строительных блоков клетки, таких как углеводы , аминокислоты и липиды . [20]

Регулирование

При избытке глюкозы кофермент А используется в цитозоле для синтеза жирных кислот. [21] Этот процесс осуществляется путем регуляции ацетил-КоА-карбоксилазы , которая катализирует обязательный этап синтеза жирных кислот. Инсулин стимулирует ацетил-КоА-карбоксилазу, тогда как адреналин и глюкагон подавляют ее активность. [22]

Во время голодания клеток синтезируется кофермент А, который переносит жирные кислоты из цитозоля в митохондрии. Здесь образуется ацетил-КоА для окисления и производства энергии. [21] В цикле лимонной кислоты кофермент А действует как аллостерический регулятор в стимуляции фермента пируватдегидрогеназы .

Антиоксидантная функция и регуляция

Открытие новой антиоксидантной функции кофермента А подчеркивает его защитную роль во время клеточного стресса. Клетки млекопитающих и бактерий, подвергнутые окислительному и метаболическому стрессу, демонстрируют значительное увеличение ковалентной модификации остатков цистеина белка коферментом А. [23] [24] Эта обратимая модификация называется коАляцией белка (Protein-S-SCoA), которая играет аналогичную роль глутатионилированию белка S, предотвращая необратимое окисление тиоловой группы остатков цистеина.

Используя антитело к коферменту А [25] и методики жидкостной хроматографии с тандемной масс-спектрометрией ( ЖХ-МС/МС ), было идентифицировано более 2000 CoAlated белков из подвергнутых стрессу клеток млекопитающих и бактерий. [26] Большинство этих белков участвуют в клеточном метаболизме и реакции на стресс. [26] Различные исследования были сосредоточены на расшифровке регуляции белков, опосредованной коферментом А. При CoAlation белка сообщается об ингибировании каталитической активности различных белков (например, супрессора метастазов NME1 , пероксиредоксина 5 , GAPDH и других). [27] [28] [24] [29] Для восстановления активности белка важную роль играют антиоксидантные ферменты, которые восстанавливают дисульфидную связь между коферментом А и остатком цистеина белка. Этот процесс называется деCoAlation белка. На сегодняшний день показано, что два бактериальных белка, тиоредоксин А и тиоредоксин-подобный белок (YtpP), деКоАлируют белки. [30]

Использование в биологических исследованиях

Коэнзим А доступен у различных поставщиков химических веществ в виде свободной кислоты и литиевых или натриевых солей. Свободная кислота коэнзима А заметно нестабильна, при этом деградация составляет около 5% после 6 месяцев хранения при температуре −20 °C [1] и почти полная деградация после 1 месяца при температуре 37 °C [31] . Литиевые и натриевые соли Коэнзима А более стабильны, при этом незначительная деградация наблюдается в течение нескольких месяцев при различных температурах [32] . Водные растворы коэнзима А нестабильны при pH выше 8, при этом 31% активности теряется через 24 часа при 25 °C и pH 8. Исходные растворы Коэнзима А относительно стабильны при замораживании при pH 2–6. Основным путем потери активности Коэнзима А, вероятно, является окисление Коэнзима А воздухом до дисульфидов Коэнзима А. Смешанные дисульфиды Коэнзима А, такие как Коэнзим А - S - S -глутатион, являются часто отмечаемыми загрязнителями в коммерческих препаратах Коэнзима А. [1] Свободный КоА можно регенерировать из дисульфида КоА и смешанных дисульфидов КоА с помощью восстановителей, таких как дитиотреитол или 2-меркаптоэтанол .

Неполный список ацильных групп, активируемых коферментом А

Ссылки

  1. ^ abcd Доусон RM, Эллиотт DC, Эллиотт WH, Джонс KM (2002). Данные для биохимических исследований (3-е изд.). Clarendon Press. стр. 118–119. ISBN 978-0-19-855299-4.
  2. ^ Догерти М., Полануйер Б., Фаррелл М., Шолле М., Ликидис А., де Креси-Лагард В., Остерман А. (июнь 2002 г.). «Полная реконструкция биосинтетического пути человеческого кофермента А с помощью сравнительной геномики». Журнал биологической химии . 277 (24): 21431–21439. doi : 10.1074/jbc.M201708200 . PMID  11923312.
  3. ^ "Коэнзим А: когда мало — значит много". www.asbmb.org . Архивировано из оригинала 20.12.2018 . Получено 19.12.2018 .
  4. ^ Липманн Ф., Каплан НО (1946). «Общий фактор ферментативного ацетилирования сульфаниламида и холина». Журнал биологической химии . 162 (3): 743–744. doi : 10.1016/S0021-9258(17)41419-0 .
  5. ^ Baddiley J, Thain EM, Novelli GD, Lipmann F (январь 1953). "Структура кофермента A". Nature . 171 (4341): 76. Bibcode :1953Natur.171...76B. doi : 10.1038/171076a0 . PMID  13025483. S2CID  630898.
  6. ^ ab Kresge N, Simoni RD, Hill RL (2005-05-27). "Фриц Липманн и открытие кофермента А". Журнал биологической химии . 280 (21): e18. ISSN  0021-9258. Архивировано из оригинала 2019-04-12 . Получено 2017-10-24 .
  7. ^ Липманн Ф., Каплан НО (март 1947 г.). «Кофермент для ацетилирования, производное пантотеновой кислоты». Журнал биологической химии . 167 (3): 869–870. doi : 10.1016/S0021-9258(17)30973-0 . PMID  20287921.
  8. ^ Lipmann F, Kaplan NO, Novelli GD, Tuttle LC, Guirard BM (сентябрь 1950 г.). «Выделение кофермента A». Журнал биологической химии . 186 (1): 235–243. doi : 10.1016/S0021-9258(18)56309-2 . PMID  14778827.
  9. ^ "Фриц Липманн – Факты". Nobelprize.org . Nobel Media AB. 2014 . Получено 8 ноября 2017 .
  10. ^ "Витамин B5 (пантотеновая кислота)". Медицинский центр Мэрилендского университета . Архивировано из оригинала 2017-10-18 . Получено 2017-11-08 .
  11. ^ "Пантотеновая кислота (витамин B5): добавки MedlinePlus". medlineplus.gov . Архивировано из оригинала 2017-12-22 . Получено 2017-12-10 .
  12. ^ abcde Leonardi R, Jackowski S (апрель 2007 г.). «Биосинтез пантотеновой кислоты и кофермента А». EcoSal Plus . 2 (2). doi :10.1128/ecosalplus.3.6.3.4. PMC 4950986 . PMID  26443589. 
  13. ^ ab Leonardi R, Zhang YM, Rock CO, Jackowski S (2005). «Коэнзим A: снова в действии». Progress in Lipid Research . 44 (2–3): 125–153. doi :10.1016/j.plipres.2005.04.001. PMID  15893380.
  14. ^ Эверс К, Зейтц А, Ассманн Б, Опладен Т, Карч С, Хиндерхофер К и др. (Июль 2017 г.). «Диагностика CoPAN с помощью секвенирования всего экзома: пробуждение спящего тигриного глаза». Американский журнал медицинской генетики. Часть A. 173 ( 7): 1878–1886. doi : 10.1002/ajmg.a.38252. PMID  28489334. S2CID  27153945.
  15. ^ de Villiers M, Strauss E (октябрь 2015 г.). «Метаболизм: запуск биосинтеза CoA». Nature Chemical Biology . 11 (10): 757–758. doi :10.1038/nchembio.1912. PMID  26379022.
  16. ^ Sibon OC, Strauss E (октябрь 2016 г.). «Коэнзим А: производить его или поглощать?». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 17 (10): 605–606. doi :10.1038/nrm.2016.110. PMID  27552973. S2CID  10344527.
  17. ^ Mouterde LM, Stewart JD (19 декабря 2018 г.). «Выделение и синтез одного из самых центральных кофакторов метаболизма: кофермента А» (PDF) . Organic Process Research & Development . 23 : 19–30. doi : 10.1021/acs.oprd.8b00348. S2CID  92802641.
  18. ^ Elovson J, Vagelos PR (июль 1968). "Ацилпереносящий белок. X. Синтетаза ацилпереносящего белка". Журнал биологической химии . 243 (13): 3603–3611. doi : 10.1016/S0021-9258(19)34183-3 . PMID  4872726.
  19. ^ Strickland KC, Hoeferlin LA, Oleinik NV, Krupenko NI, Krupenko SA (январь 2010 г.). «Ацилпереносящий белок-специфическая 4'-фосфопантетеинилтрансфераза активирует 10-формилтетрагидрофолатдегидрогеназу». Журнал биологической химии . 285 (3): 1627–1633. doi : 10.1074/jbc.M109.080556 . PMC 2804320. PMID  19933275 . 
  20. ^ Альбертс Б., Джонсон А., Льюис Дж., Рафф М., Робертс К., Уолтер П. (2002). «Глава 2: Как клетки получают энергию из пищи». Молекулярная биология клетки (4-е изд.). Garland Science.
  21. ^ ab Shi L, Tu BP (апрель 2015 г.). «Ацетил-КоА и регуляция метаболизма: механизмы и последствия». Current Opinion in Cell Biology . 33 : 125–131. doi : 10.1016/j.ceb.2015.02.003. PMC 4380630. PMID  25703630 . 
  22. ^ Берг Дж. М., Тимочко Дж. Л., Страйер Л. (2002). «Ацетил-кофермент А-карбоксилаза играет ключевую роль в контроле метаболизма жирных кислот». Биохимия .
  23. ^ Tsuchiya Y, Peak-Chew SY, Newell C, Miller-Aidoo S, Mangal S, Zhyvoloup A и др. (Июль 2017 г.). «Protein CoAlation: a redox-regulated protein modification by coenzyme A in infantian cells» (КоАляция белков: редокс-регулируемая модификация белков коферментом А в клетках млекопитающих). The Biochemical Journal . 474 (14): 2489–2508. doi :10.1042/BCJ20170129. PMC 5509381. PMID 28341808  . 
  24. ^ ab Tsuchiya Y, Zhyvoloup A, Baković J, Thomas N, Yu BY, Das S и др. (июнь 2018 г.). «КоАляция белков и антиоксидантная функция кофермента А в прокариотических клетках». The Biochemical Journal . 475 (11): 1909–1937. doi :10.1042/BCJ20180043. PMC 5989533 . PMID  29626155. 
  25. ^ Маланчук ОМ, Панасюк ГГ, Сербин НМ, Гут ИТ, Филоненко ВВ (2015). «Получение и характеристика моноклональных антител, специфичных к коферменту А». Биополимеры и клетка . 31 (3): 187–192. doi : 10.7124/bc.0008DF . ISSN  0233-7657.
  26. ^ ab Tossounian MA, Baczynska M, Dalton W, Newell C, Ma Y, Das S и др. (Июль 2022 г.). «Профилирование сайта коаляции белков и взаимодействия стабилизации кофермента А». Антиоксиданты . 11 ( 7): 1362. doi : 10.3390/antiox11071362 . PMC 9312308. PMID  35883853. 
  27. ^ Tossounian MA, Zhang B, Gout I (декабрь 2020 г.). «Писатели, читатели и стиратели в окислительно-восстановительной регуляции GAPDH». Антиоксиданты . 9 (12): 1288. doi : 10.3390/antiox9121288 . PMC 7765867. PMID  33339386. 
  28. ^ Yu BY, Tossounian MA, Hristov SD, Lawrence R, Arora P, Tsuchiya Y и др. (август 2021 г.). «Регуляция супрессора метастазов NME1 ключевым метаболическим кофактором коферментом A». Redox Biology . 44 : 101978. doi : 10.1016/j.redox.2021.101978. PMC 8212152. PMID  33903070 . 
  29. ^ Baković J, Yu BY, Silva D, Chew SP, Kim S, Ahn SH и др. (ноябрь 2019 г.). «Ключевой метаболический интегратор, кофермент A, модулирует активность пероксиредоксина 5 посредством ковалентной модификации». Молекулярная и клеточная биохимия . 461 (1–2): 91–102. doi :10.1007/s11010-019-03593-w. PMC 6790197. PMID  31375973 . 
  30. ^ Tossounian MA, Baczynska M, Dalton W, Peak-Chew SY, Undzenas K, Korza G, et al. (апрель 2023 г.). "Bacillus subtilis YtpP и тиоредоксин A — новые игроки в механизме защиты, опосредованном коферментом A, от клеточного стресса". Антиоксиданты . 12 (4): 938. doi : 10.3390/antiox12040938 . PMC 10136147. PMID  37107313 . 
  31. ^ "Технический паспорт для кофермента свободной кислоты А" (PDF) . Oriental Yeast Co., LTD.
  32. ^ "Технический паспорт для литиевой соли кофермента А" (PDF) . Oriental Yeast Co., LTD.

Библиография