stringtranslate.com

Хромосомная инверсия

Инверсия — это перестройка хромосомы , при которой сегмент хромосомы становится инвертированным в пределах своего исходного положения. Инверсия происходит, когда хромосома претерпевает два разрыва в пределах хромосомного плеча, а сегмент между двумя разрывами вставляется в противоположном направлении в том же плече хромосомы. Точки разрыва инверсий часто происходят в областях повторяющихся нуклеотидов, и эти области могут быть повторно использованы в других инверсиях. [1] Хромосомные сегменты в инверсиях могут быть всего лишь 1 килобаз или 100 мегабаз. [2] Количество генов, захваченных инверсией, может варьироваться от нескольких генов до сотен генов. [3] Инверсии могут происходить либо посредством эктопической рекомбинации между повторяющимися последовательностями , либо посредством разрыва хромосомы с последующим негомологичным соединением концов . [4]

Инверсии бывают двух типов: парацентрические и перицентрические . Парацентрические инверсии не включают центромеру , и обе точки разрыва происходят в одном плече хромосомы. Перицентрические инверсии охватывают центромеру, и в каждом плече есть точка разрыва [5] .

Глиняная модель, показывающая, почему гетерозиготные инверсионные петли видны в препаратах политенных хромосом
Инверсионная петля в плече А хромосомы комара вида Axarus

Инверсии обычно не вызывают никаких отклонений у носителей, пока перестройка сбалансирована, без лишней или отсутствующей ДНК. Однако у гетерозиготных по инверсии особей наблюдается повышенное образование аномальных хроматид (это происходит, когда кроссинговер происходит в пределах инверсии). Это приводит к снижению фертильности из-за образования несбалансированных гамет. Инверсии не подразумевают ни потерю, ни приобретение генетической информации; они просто перестраивают линейную последовательность ДНК.

Обнаружение

Цитогенетические методы могут быть способны обнаружить инверсии, или инверсии могут быть выведены из генетического анализа . Тем не менее, у большинства видов небольшие инверсии остаются незамеченными. Совсем недавно сравнительная геномика использовалась для обнаружения хромосомных инверсий путем картирования генома. [6] [7] Популяционная геномика также может использоваться для обнаружения инверсий, используя области высокого неравновесия сцепления в качестве индикаторов возможных участков инверсии. Человеческим семьям, которые могут быть носителями инверсий, может быть предложено генетическое консультирование и генетическое тестирование . [8]

История

Первое доказательство хромосомной инверсии было обнаружено в 1921 году Альфредом Стертевантом у Drosophila melanogaster . [9] С тех пор инверсии были обнаружены у всех эукариот . [3] Когда их обнаружил Стертеван, инверсии считались областями подавления рекомбинации.

Первоначально эти инверсии были отмечены в политенных хромосомах в слюнных железах гетерозиготных личинок Drosophila melanogaster . [3] В 1970 году Феодосий Добжанский отметил, что гены внутри инверсии имеют более высокую приспособленность, чем те, которые находятся вне инверсий, хотя это область, которая требует дальнейшего изучения. [10]

Одной из последних моделей инверсий является модель Киркпатрика и Бартона (2006), которая утверждает, что инверсии селективно выгодны, связывая вместе адаптивные аллели. Физически связывая коадаптированные варианты в нескольких генах в различные версии (гаплотипы) инверсии, отбор должен быть более эффективным в повышении частоты этих вариантов в популяции. Это контрастирует с неинвертированными областями, которые могут допускать перенос адаптивных и неадаптивных аллелей. [11]

Влияние на рекомбинацию

Когда хромосома, несущая инверсию, спаривается с неинвертированной гомологичной хромосомой (гетерозиготы инверсии) во время мейоза , они не могут правильно синапсировать, и образуются петли инверсии. Кроссинговер внутри петли может привести к несбалансированным гаметам . При парацентрической инверсии рекомбинация приводит к образованию одной дицентрической хроматиды и одной ацентрической хроматиды. Во время анафазы оба рекомбинанта сталкиваются с проблемами. Ацентрическая хроматида тянется к одному полюсу или другому, а дицентрический рекомбинант генерирует дицентрические мосты, поскольку он тянется в двух направлениях. [12]

При перицентрической инверсии производятся похожие несбалансированные хромосомы. Рекомбинантные хромосомы, полученные в результате этих скрещиваний, включают делеции и дупликации . Потомство, произведенное такими гаметами, в основном нежизнеспособно, и поэтому рекомбинация косвенно подавляется в инвертированных областях. [12]

Эволюционные последствия

Подавленная рекомбинация между гетерозиготами инверсии дает возможность для независимой эволюции предковых и инвертированных расположений. В начале инвертированное расположение лишено вариации, в то время как предковое — нет. Если инвертированный гаплотип не теряется (например, из-за дрейфа ), вариация в инвертированном расположении может со временем увеличиваться, и скорость рекомбинации в инвертированной области несколько восстанавливается по мере введения большего количества гомозигот. [13]

Хромосомные инверсии привлекли большое внимание в эволюционных исследованиях из-за их потенциальной роли в локальной адаптации и видообразовании. Поскольку нерекомбинирующие инверсионные гаплотипы могут содержать несколько коадаптированных вариантов генов, считается, что инверсии способствуют локальной адаптации к различным средам, поскольку естественный отбор более эффективен в повышении частоты таких связанных адаптивных вариантов в популяции. [14] Однако эмпирически продемонстрировать наличие связанных, коадаптированных вариантов генов в инверсиях сложно, поскольку инверсионные гаплотипы не рекомбинируют. Более того, этот возможный положительный эффект хромосомных инверсий для адаптации к различным средам основывается на предположении, что адаптивные варианты генов, связанные в различные инверсионные гаплотипы, действительно коадаптированы. Однако эта идея, вероятно, нарушается в ситуациях, когда популяции испытывают пространственно или временно изменяющийся отбор. Из-за флуктуирующего отбора на инверсионно-связанных вариантах отсутствие рекомбинации между инверсионными гаплотипами, содержащими различные варианты генов, может затем ограничивать, а не помогать адаптации к различным средам. [15] Таким образом, важность хромосомных инверсий в адаптации к различным средам остается открытой эмпирической проблемой в эволюционной генетике.

Инверсионный полиморфизм может быть установлен двумя способами. Генетический дрейф или отбор могут привести к фиксации инверсии в локальной популяции. Инверсионный полиморфизм может быть результатом потока генов между этой популяцией и популяцией без инверсии. Балансирующий отбор также может привести к инверсионному полиморфизму из-за частотной зависимости или сверхдоминирования . [13] Различия в приспособленности между инвертированной и предковой хромосомой могут либо привести к стабильному полиморфизму, либо к фиксации одной или другой хромосомы. [16]

Инверсии были существенными для эволюции половых хромосом . У млекопитающих хромосома Y не способна рекомбинировать с хромосомой X почти по всей своей длине. Эта нерекомбинирующая часть является результатом серии инверсий, которые перекрываются. Снижение скорости рекомбинации между локусами, определяющими пол , и генами, антагонистическими по полу, поддерживается отбором. Это вызывает неравновесие сцепления между локусом, определяющим пол, и аллелем в другом локусе, который выгоден для самцов. Это может произойти посредством инверсий, приводящих к нерекомбинирующему блоку, включающему оба локуса, как в случае с хромосомой Y млекопитающих. [16]

Инверсии также могут быть существенными в возникновении новых половых хромосом. Они могут вызвать нарушение сцепления между мутацией, определяющей пол, и антагонистическими по полу локусами и создать новую половую хромосому из аутосомы. [17]

Инверсии могут быть вовлечены в видообразование несколькими способами. Поскольку гетерозиготные инверсии могут быть недоминантными , они могут вызывать потерю гибридной приспособленности, что приводит к постзиготической изоляции . Они также могут накапливать выбранные различия между видами, вызывая как пре-, так и постзиготическую изоляцию. [16]

Инверсии часто образуют географические клины по частоте, что может указывать на их роль в локальной адаптации. Ярким примером такой клины является инверсия 3RP у Drosophila melanogaster , которую можно наблюдать на трех разных континентах. [16] Когда инверсия содержит два или более локально адаптивных аллеля, ее можно отобрать и распространить. Например, у бабочки Heliconius numata 18 генов, контролирующих окраску, связаны между собой инверсиями, поскольку вместе они обеспечивают более высокую приспособленность. [18]

Номенклатура

Три хромосомные аномалии с номенклатурой ISCN, с возрастающей сложностью: (A) кариотип опухоли у мужчины с потерей Y-хромосомы, (B) синдром Прадера-Вилли, т.е. делеция в области 15q11-q12, и (C) произвольный кариотип, который включает в себя различные аутосомные и аллосомные аномалии, включая инверсии (сокращенно inv ). [19]
Кариотип человека с аннотированными полосами и подполосами, используемыми для номенклатуры хромосомных аномалий. Он показывает темные и белые области, как видно на G-бэндинге . Каждый ряд вертикально выровнен на уровне центромеры . Он показывает 22 гомологичные пары аутосомных хромосом, а также как женские (XX), так и мужские (XY) версии двух половых хромосом .

Международная система цитогеномной номенклатуры человека (ISCN) — это международный стандарт номенклатуры хромосом человека , который включает названия полос, символы и сокращенные термины, используемые при описании хромосом человека и аномалий хромосом. Сокращения включают inv для инверсий. [20]

Известные случаи

Ссылки

  1. ^ Corbett-Detig RB, Said I, Calzetta M, Genetti M, McBroome J, Maurer NW и др. (декабрь 2019 г.). «Точное картирование сложных точек инверсии и исследование соматического спаривания в комплексе видов Anopheles gambiae с использованием секвенирования с близостью». Genetics . 213 (4): 1495–1511. doi :10.1534/genetics.119.302385. PMC  6893396 . PMID  31666292.
  2. ^ Porubsky D, Sanders AD, Höps W, Hsieh P, Sulovari A, Li R и др. (август 2020 г.). «Переключение рекуррентной инверсии и эволюция генома приматов». Nature Genetics . 52 (8): 849–858. doi :10.1038/s41588-020-0646-x. PMC 7415573 . PMID  32541924. 
  3. ^ abc Wellenreuther M, Bernatchez L (июнь 2018 г.). «Эко-эволюционная геномика хромосомных инверсий». Trends in Ecology & Evolution . 33 (6): 427–440. doi : 10.1016/j.tree.2018.04.002 . PMID  29731154. S2CID  22051290.
  4. ^ Хуан К, Ризеберг ЛХ (2020). «Частота, происхождение и эволюционная роль хромосомных инверсий у растений». Frontiers in Plant Science . 11 : 296. doi : 10.3389/fpls.2020.00296 . PMC 7093584. PMID  32256515. 
  5. ^ Киркпатрик М (сентябрь 2010 г.). «Как и почему развиваются инверсии хромосом». PLOS Biology . 8 (9): e1000501. doi : 10.1371/journal.pbio.1000501 . PMC 2946949. PMID  20927412 . 
  6. ^ Хуан К, Ризеберг ЛХ (2020). «Частота, происхождение и эволюционная роль хромосомных инверсий у растений». Frontiers in Plant Science . 11 : 296. doi : 10.3389/fpls.2020.00296 . PMC 7093584. PMID  32256515. 
  7. ^ Киркпатрик М (сентябрь 2010 г.). «Как и почему развиваются инверсии хромосом». PLOS Biology . 8 (9): e1000501. doi : 10.1371/journal.pbio.1000501 . PMC 2946949. PMID  20927412 . 
  8. ^ Гарднер Р., Сазерленд ГР., Шаффер Л.Г. (2011). «9 инверсий». Аномалии хромосом и генетическое консультирование (4-е изд.). Oxford University Press. С. 161–182. ISBN 978-0-19-974915-7.
  9. ^ Киркпатрик М (сентябрь 2010 г.). «Как и почему развиваются инверсии хромосом». PLOS Biology . 8 (9): e1000501. doi : 10.1371/journal.pbio.1000501 . PMC 2946949. PMID  20927412 . 
  10. ^ Хуан К, Ризеберг ЛХ (2020). «Частота, происхождение и эволюционная роль хромосомных инверсий у растений». Frontiers in Plant Science . 11 : 296. doi : 10.3389/fpls.2020.00296 . PMC 7093584. PMID  32256515. 
  11. ^ Хуан К, Ризеберг ЛХ (2020). «Частота, происхождение и эволюционная роль хромосомных инверсий у растений». Frontiers in Plant Science . 11 : 296. doi : 10.3389/fpls.2020.00296 . PMC 7093584. PMID  32256515. 
  12. ^ ab "Концепции генетики". www.pearson.com . Получено 2022-12-05 .
  13. ^ ab Faria R, Johannesson K, Butlin RK, Westram AM (март 2019). «Развивающиеся инверсии». Trends in Ecology & Evolution . 34 (3): 239–248. doi : 10.1016/j.tree.2018.12.005 . PMID  30691998. S2CID  59339762.
  14. ^ Ризеберг, Л. Х. (2001). Хромосомные перестройки и видообразование. Тенденции в экологии и эволюции, 16, 351-358.
  15. ^ Роести, М., Гилберт, К. Дж. и Самук, К. (2022). Хромосомные инверсии могут ограничивать адаптацию к новым условиям. Молекулярная экология, 31, 4435–4439. https://doi.org/10.1111/mec.16609
  16. ^ abcd Kirkpatrick M (сентябрь 2010 г.). «Как и почему развиваются инверсии хромосом». PLOS Biology . 8 (9): e1000501. doi : 10.1371/journal.pbio.1000501 . PMC 2946949. PMID  20927412 . 
  17. ^ van Doorn GS, Kirkpatrick M (октябрь 2007 г.). «Оборот половых хромосом, вызванный сексуальным конфликтом». Nature . 449 (7164): 909–912. Bibcode :2007Natur.449..909V. doi :10.1038/nature06178. PMID  17943130. S2CID  4301225.
  18. ^ Joron M, Frezal L, Jones RT, Chamberlain NL, Lee SF, Haag CR и др. (август 2011 г.). «Хромосомные перестройки поддерживают полиморфный суперген, контролирующий мимикрию бабочки». Nature . 477 (7363): 203–206. Bibcode :2011Natur.477..203J. doi :10.1038/nature10341. PMC 3717454 . PMID  21841803. 
  19. ^ Warrender JD, Moorman AV, Lord P (декабрь 2019 г.). «Полностью вычислительное и разумное представление кариотипов». Биоинформатика . 35 (24): 5264–5270. doi :10.1093/bioinformatics/btz440. PMC 6954653. PMID  31228194 . 
    - «Это статья открытого доступа, распространяемая на условиях лицензии Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)»
  20. ^ "Символы и сокращенные термины ISCN". Институт медицинских исследований Кориелла . Получено 27 октября 2022 г.

Дальнейшее чтение