stringtranslate.com

Система секреции типа III

Изображение изолированных игольчатых комплексов T3SS Salmonella typhimurium, сделанное трансмиссионным электронным микроскопом.

Система секреции типа III ( T3SS или TTSS ) является одной из бактериальных систем секреции, используемых бактериями для секреции своих эффекторных белков в клетки хозяина для содействия вирулентности и колонизации . [1] [2] Хотя система секреции типа III широко рассматривается как эквивалент инъекционной сомы , многие утверждают, что инъекционная система является лишь частью системы секреции типа III, которая также включает в себя такие структуры, как жгутиковый экспортный аппарат. [3] T3SS представляет собой игольчатый белковый комплекс, обнаруженный у нескольких видов патогенных грамотрицательных бактерий .

Обзор

Термин «система секреции типа III» был придуман в 1993 году. [4] Эта система секреции отличается по крайней мере от пяти других систем секреции, обнаруженных у грамотрицательных бактерий . Многие бактерии, ассоциированные с животными и растениями, обладают сходными T3SS. Эти T3SS схожи в результате конвергентной эволюции, и филогенетический анализ подтверждает модель, в которой грамотрицательные бактерии могут передавать кассету гена T3SS горизонтально другим видам. Некоторые из наиболее изученных T3SS относятся к видам: [ нужна ссылка ]

T3SS состоит примерно из 30 различных белков, что делает его одной из самых сложных систем секреции. Его структура имеет много общего с бактериальными жгутиками (длинными, жесткими внеклеточными структурами, обеспечивающими подвижность ). Некоторые из белков, участвующих в ССТТ, имеют гомологию аминокислотной последовательности с жгутиковыми белками. Некоторые из бактерий, обладающих T3SS, также имеют жгутики и подвижны ( например, Salmonella ), а некоторые нет ( например, Shigella ). С технической точки зрения, секреция типа III используется как для секреции связанных с инфекцией белков, так и для жгутиковых компонентов. Однако термин «секреция III типа» используется главным образом по отношению к инфекционному аппарату. Бактериальный жгутик имеет общего предка с системой секреции типа III. [5] [6]

T3SS необходимы для патогенности (способности заражать) многих патогенных бактерий. Дефекты T3SS могут сделать бактерию непатогенной. Было высказано предположение, что некоторые неинвазивные штаммы грамотрицательных бактерий утратили T3SS, поскольку энергетически затратная система больше не используется. [7] Хотя в прошлом традиционные антибиотики были эффективны против этих бактерий, постоянно появляются штаммы, устойчивые к антибиотикам . Понимание того, как работает T3SS, и разработка препаратов, специально нацеленных на него, стали важной целью многих исследовательских групп по всему миру с конца 1990-х годов.

Состав

Отличительной чертой ССТТ является игла [8] [9] (в более общем смысле, игольчатый комплекс ( NC ) или аппарат ССТТ ( T3SA ); также называемый инъекционной , когда АТФаза исключена; см. ниже). Бактериальные белки, которые необходимо секретировать, переходят из бактериальной цитоплазмы через иглу непосредственно в цитоплазму хозяина. Две цитоплазмы разделяют три мембраны : двойные мембраны (внутренняя и внешняя) грамотрицательных бактерий и эукариотическая мембрана. Игла обеспечивает плавное прохождение через эти высокоселективные и почти непроницаемые мембраны. У одной бактерии может быть несколько сотен игольчатых комплексов, распределенных по мембране. Было высказано предположение, что игольчатый комплекс является универсальным признаком всех ССТТ патогенных бактерий. [10]

Игольчатый комплекс начинается в цитоплазме бактерии, пересекает две мембраны и выступает из клетки. Часть, закрепленная в мембране, является основанием (или базальным тельцем ) ССТТ. Внеклеточная часть — игла. Так называемый внутренний стержень соединяет иглу с основанием. Сама игла, хотя и является самой большой и заметной частью ССТТ, состоит из множества единиц одного белка. Таким образом, большинство различных белков ССТТ — это те, которые создают основу, и те, которые секретируются в организм хозяина. Как упоминалось выше, комплекс игл имеет сходство с бактериальными жгутиками. Точнее, основание игольчатого комплекса структурно очень похоже на основание жгутика; сама игла аналогична жгутиковому крючку — структуре, соединяющей основание с жгутиковой нитью. [11] [12]

Основание состоит из нескольких круглых колец и является первой структурой, построенной в новом игольчатом комплексе. Как только основание готово, оно служит машиной для секреции внешних белков (иглы). Как только весь комплекс завершен, система переключается на секрецию белков, предназначенных для доставки в клетки-хозяева. Предполагается, что игла построена снизу вверх; единицы белка -мономера иглы накапливаются друг на друге, так что единица на кончике иглы добавляется последней. Игольчатая субъединица является одним из самых маленьких белков ССТТ, ее масса составляет около 9 кДа . Каждая игла состоит из 100–150 субъединиц.

Игла T3SS имеет длину около 60–80 нм и внешнюю ширину 8 нм. Он должен иметь минимальную длину, чтобы другие внеклеточные бактериальные структуры ( например, адгезины и слой липополисахарида ) не мешали секреции. Отверстие иглы имеет диаметр 3 нм. Большинство свернутых эффекторных белков слишком велики, чтобы пройти через отверстие иглы, поэтому большинство секретируемых белков должны проходить через иглу в развернутом виде , и эту задачу выполняет АТФаза в основании структуры. [13]

белки ССТТ

Схема отдельных субструктур игольчатого комплекса Salmonella typhimurium.

Белки T3SS можно разделить на три категории:

Большинство генов ССТТ расположены в оперонах . Эти опероны расположены на бактериальной хромосоме у некоторых видов и на специальной плазмиде у других видов. У сальмонеллы , например, есть хромосомная область, в которой собрано большинство генов ССТТ, так называемый остров патогенности сальмонеллы ( SPI ). Шигеллы , с другой стороны, имеют большую вирулентную плазмиду, на которой расположены все гены ССТТ. Важно отметить, что многие острова патогенности и плазмиды содержат элементы, которые позволяют осуществлять частый горизонтальный перенос генов острова/плазмиды новому виду.

Эффекторные белки, которые должны секретироваться через иглу, должны быть распознаны системой, поскольку они плавают в цитоплазме вместе с тысячами других белков. Распознавание осуществляется посредством сигнала секреции — короткой последовательности аминокислот, расположенной в начале ( N-конце ) белка (обычно в пределах первых 20 аминокислот), которую игольчатый комплекс способен распознавать. В отличие от других систем секреции, сигнал секреции белков T3SS никогда не отщепляется от белка.

Индукция секреции

Контакт иглы с клеткой-хозяином запускает секрецию T3SS; [14] об этом триггерном механизме известно немногое (см. ниже). Секрецию также можно индуцировать путем снижения концентрации ионов кальция в питательной среде (для иерсиний и псевдомонад ; это делается путем добавления хелатора , такого как ЭДТА или ЭГТА ) и путем добавления ароматического красителя Конго красный в питательную среду (для шигелл ). например. Эти и другие методы используются в лабораториях для искусственного индуцирования секреции III типа.

Индукция секреции внешними стимулами, помимо контакта с клетками-хозяевами, также происходит in vivo , в инфицированных организмах. Бактерии воспринимают такие сигналы, как температура , pH , осмолярность и уровень кислорода , и используют их, чтобы «решить», активировать ли свой T3SS. Например, сальмонелла может лучше размножаться и проникать в подвздошную кишку , чем в слепую кишку животных . Бактерии могут знать, где они находятся, благодаря различным ионам, присутствующим в этих регионах; подвздошная кишка содержит формиат и ацетат , а слепая кишка - нет. Бактерии чувствуют эти молекулы, определяют, что они находятся в подвздошной кишке, и активируют свой механизм секреции. Молекулы, присутствующие в слепой кишке, такие как пропионат и бутират , оказывают негативное воздействие на бактерии и подавляют секрецию. Холестерин , липид , обнаруженный в мембранах большинства эукариотических клеток, способен индуцировать секрецию шигелл .

Перечисленные выше внешние сигналы регулируют секрецию либо напрямую, либо посредством генетического механизма. Известно несколько транскрипционных факторов , регулирующих экспрессию генов ССТТ. Некоторые из шаперонов, связывающих эффекторы T3SS, также действуют как факторы транскрипции. Был предложен механизм обратной связи: когда бактерия не секретирует, ее эффекторные белки связываются с шаперонами и плавают в цитоплазме. Когда начинается секреция, шапероны отделяются от эффекторов, а последние секретируются и покидают клетку. Одиночные шапероны затем действуют как факторы транскрипции, связываясь с генами, кодирующими их эффекторы, и индуцируя их транскрипцию и, таким образом, производство большего количества эффекторов.

Было предложено, чтобы структуры, подобные инъекциономам Type3SS, соединяли наружные и внутренние мембраны грамотрицательных бактерий, чтобы помочь высвободить везикулы внешней мембраны, предназначенные для доставки бактериальных секретов к эукариотическому хозяину или другим клеткам-мишеням in vivo. [15]

T3SS-опосредованная инфекция

Эффекторы ССТТ входят в комплекс иглы у основания и продвигаются внутрь иглы к клетке-хозяину. Точный путь проникновения эффекторов в хозяина в основном неизвестен. Ранее предполагалось, что игла сама по себе способна проколоть отверстие в мембране клетки-хозяина; эта теория была опровергнута. Теперь ясно, что некоторые эффекторы, называемые транслокаторами , секретируются первыми и образуют пору или канал ( транслокон ) в мембране клетки-хозяина, через который могут проникнуть другие эффекторы. Мутировавшие бактерии, у которых отсутствуют транслокаторы, способны секретировать белки, но не способны доставлять их в клетки-хозяева. В целом каждый T3SS включает в себя три транслокатора. Некоторые транслокаторы выполняют двойную роль; после участия в образовании пор они проникают в клетку и действуют как настоящие эффекторы.

Эффекторы ССТТ манипулируют клетками-хозяевами несколькими способами. Наиболее поразительным эффектом является усиление поглощения бактерии клеткой-хозяином. Многие бактерии, обладающие T3SS, должны проникать в клетки-хозяева для репликации и распространения инфекции. Эффекторы, которые они вводят в клетку-хозяина, заставляют хозяина поглотить бактерию и практически «съесть» ее. Чтобы это произошло, бактериальные эффекторы манипулируют механизмом полимеризации актина клетки-хозяина. Актин является компонентом цитоскелета , а также участвует в подвижности и изменении формы клеток. Благодаря своим эффекторам T3SS бактерия может использовать собственные механизмы клетки-хозяина в своих целях. Как только бактерия проникла в клетку, она может легче секретировать другие эффекторы, проникать в соседние клетки и быстро инфицировать всю ткань .

Также было показано, что эффекторы T3SS вмешиваются в клеточный цикл хозяина, и некоторые из них способны индуцировать апоптоз . Одним из наиболее изученных эффекторов ССТТ является IpaB из Shigella flexneri . Он выполняет двойную роль: как транслокатор, создавая поры в мембране клетки-хозяина, так и как эффектор, оказывающий множественные вредные воздействия на клетку-хозяина. Было продемонстрировано, что IpaB индуцирует апоптоз макрофагов — клеток иммунной системы животных — после их поглощения. [16] Позже было показано, что IpaB достигает этого путем взаимодействия с каспазой 1 , основным регуляторным белком в эукариотических клетках. [17]

Другим хорошо охарактеризованным классом эффекторов T3SS являются эффекторы, подобные активаторам транскрипции ( эффекторы TAL ) из Xanthomonas . При введении в растения эти белки могут проникать в ядро ​​растительной клетки, связывать последовательности промотора растения и активировать транскрипцию генов растений, которые способствуют бактериальной инфекции. [18] Недавно было продемонстрировано, что распознавание эффекторной ДНК TAL включает простой код [19] [20] , и это значительно улучшило понимание того, как эти белки могут изменять транскрипцию генов в клетках растения-хозяина.

Нерешенные проблемы

Топология и организация игольчатого комплекса сальмонеллы . [21]

С середины девяностых годов были опубликованы сотни статей о T3SS. Однако многие вопросы, касающиеся системы, остаются нерешенными:

Номенклатура белков T3SS

Жгутик грамотрицательных бактерий. Кольца основания очень похожи на кольца игольчатого комплекса, хотя существование С-кольца в составе игольчатого комплекса не доказано. Жгутиковый крючок гомологичен игле T3SS.

С начала 1990-х годов новые белки ССТТ постоянно обнаруживаются у различных видов бактерий. Сокращения даны независимо для каждой серии белков в каждом организме, и названия обычно мало что говорят о функции белка. Позднее было показано, что некоторые белки, открытые независимо у разных бактерий , гомологичны ; однако исторические названия в основном сохранены, и этот факт может вызвать путаницу. Например, белки SicA, IpgC и SycD являются гомологами Salmonella , Shigella и Yersinia соответственно, но последняя буква («серийный номер») в их названии об этом не свидетельствует.

Ниже приводится краткое изложение наиболее распространенных названий белковых серий у нескольких видов, содержащих T3SS. Обратите внимание, что эти названия включают белки, которые образуют механизм ССТТ, а также секретируемые эффекторные белки :

После этих сокращений следует буква или цифра. Буквы обычно обозначают «серийный номер», либо хронологический порядок открытия, либо физический порядок появления гена в опероне . Числа, в более редком случае, обозначают молекулярную массу белка в кДа . Примеры: IpaA, IpaB, IpaC; MxiH, MxiG, MxiM; Спа9, Спа47.

Во всех T3SS присутствуют несколько ключевых элементов: мономер иглы, внутренний стержень иглы, кольцевые белки, два транслокатора, белок кончика иглы, белок-линейка (который, как полагают, определяет длину иглы; см. выше) и АТФаза , которая поставляет энергию для секреции. В следующей таблице показаны некоторые из этих ключевых белков четырех бактерий, содержащих T3SS:

Методы, используемые в исследовании T3SS

Выделение игольчатых комплексов ССТТ

Выделение крупных, хрупких, гидрофобных мембранных структур из клеток на протяжении многих лет представляло собой проблему. Однако к концу 1990-х годов было разработано несколько подходов к изоляции NC T3SS. В 1998 году первые НК были выделены из Salmonella typhimurium . [29]

Для выделения бактерии выращивают в большом объеме жидкой питательной среды до достижения лог-фазы . Затем их центрифугируют ; супернатант (среду) отбрасывают, а осадок (бактерии) ресуспендируют в буфере для лизиса, обычно содержащем лизоцим и иногда детергент , такой как LDAO или Triton X-100 . Этот буфер разрушает клеточную стенку . После нескольких циклов лизиса и промывки вскрытые бактерии подвергают серии ультрацентрифугирования . Эта обработка обогащает крупные макромолекулярные структуры и удаляет более мелкие клеточные компоненты. Необязательно конечный лизат подвергают дальнейшей очистке градиентом плотности CsCl .

Дополнительный подход для дальнейшей очистки использует аффинную хроматографию . Рекомбинантные белки T3SS, несущие белковую метку ( например , гистидиновую метку ), производятся путем молекулярного клонирования , а затем вводятся ( трансформируются ) в исследуемые бактерии. После первоначального выделения НК, как описано выше, лизат пропускают через колонку, покрытую частицами с высоким сродством к метке (в случае гистидиновых меток: ионы никеля ). Меченый белок сохраняется в колонке, а вместе с ним и весь игольчатый комплекс. С помощью таких методов можно достичь высокой степени чистоты. Эта чистота важна для многих деликатных анализов, которые использовались для характеристики NC.

Эффекторы типа III были известны с начала 1990-х годов, но способ их доставки в клетки-хозяева оставался полной загадкой. Гомология между многими жгутиковыми белками и белками T3SS привела исследователей к подозрению в существовании внешней структуры T3SS, похожей на жгутики. Идентификация и последующее выделение структуры иглы позволило исследователям:

Микроскопия, кристаллография и ЯМР твердого тела

Как и почти все белки, визуализация NC T3SS возможна только с помощью электронной микроскопии . Первые изображения НК (1998 г.) показали игольчатые структуры, выступающие из клеточной стенки живых бактерий, а также плоские двумерные изолированные НК. [29] В 2001 году изображения НК Shigella flexneri были проанализированы в цифровом виде и усреднены, чтобы получить первую полу-3D структуру НК. [8] Спиральная структура НК Shigella flexneri была разрешена с разрешением 16 Å с использованием дифракции рентгеновских лучей в 2003 году [30] , а год спустя была опубликована 17- Å 3D-структура НК Salmonella typhimurium . [31] Последние достижения и подходы позволили получить трехмерные изображения НК с высоким разрешением, [32] [33] дополнительно проясняют сложную структуру НК.

За прошедшие годы было кристаллизовано множество белков ССТТ. К ним относятся структурные белки НК, эффекторы и шапероны. Первой структурой мономера игольчатого комплекса была ЯМР-структура BsaL из «Burkholderia pseudomallei», а затем кристаллическая структура MixH из Shigella flexneri , которые были решены в 2006 году. [34] [35]

В 2012 году сочетание производства рекомбинантных игл дикого типа, твердотельного ЯМР , электронной микроскопии [36] и моделирования Rosetta выявило супрамолекулярные интерфейсы и, в конечном итоге, полную атомную структуру иглы T3SS Salmonella typhimurium . [37] Было показано, что субъединицы PrgI из 80 остатков образуют правозакрученную спиральную сборку примерно с 11 субъединицами на два витка, аналогичную жгутику Salmonella typhimurium . Модель также выявила расширенный аминоконцевой домен, который расположен на поверхности иглы, в то время как высококонсервативный карбокси-конец направлен в сторону просвета. [37]

Протеомика

Для идентификации массива белков, составляющих T3SS, было использовано несколько методов. Изолированные игольчатые комплексы можно разделить с помощью SDS-PAGE . Полосы, появляющиеся после окрашивания, можно отдельно вырезать из геля и проанализировать с помощью секвенирования белков и масс-спектрометрии . Структурные компоненты НК можно отделить друг от друга (например, игольчатую часть от базовой части) и, анализируя эти фракции, можно вывести белки, участвующие в каждой из них. Альтернативно, изолированные НК можно напрямую анализировать с помощью масс-спектрометрии без предварительного электрофореза , чтобы получить полную картину протеома НК .

Генетические и функциональные исследования

Исследователи манипулировали T3SS у многих бактерий. Наблюдение за влиянием отдельных манипуляций можно использовать для понимания роли каждого компонента системы. Примеры манипуляций:

Манипуляции с компонентами ССТТ могут влиять на некоторые аспекты функции и патогенности бактерий. Примеры возможных влияний:

Ингибиторы T3SS

Было обнаружено несколько соединений, которые ингибируют ССТТ у грамотрицательных бактерий , включая гуадиномины , которые естественным образом продуцируются видами Streptomyces . [38] Были разработаны моноклональные антитела , которые также ингибируют ССТТ. [39] Было показано, что ауродокс, антибиотик, способный ингибировать трансляцию белков T3SS, способен предотвращать эффекторы T3SS in vitro и на животных моделях [40] [41]

Инструменты прогнозирования сигнальных пептидов типа III

Рекомендации

  1. ^ Лара-Техеро М., Галан Дж.Э. (март 2019 г.). «Инъектисома, сложная наномашина для инъекции белка в клетки млекопитающих». ЭкоСал Плюс . 8 (2). doi : 10.1128/ecosalplus.ESP-0039-2018. ПМК  6450406 . ПМИД  30942149.
  2. ^ Макхью Р.Э., О'Бойл Н., Коннолли Дж.П., Хоскиссон П.А., Роу А.Дж. (февраль 2019 г.). «Характеристика способа действия ауродокса, ингибитора системы секреции типа III Streptomyces goldiniensis». Инфекция и иммунитет . 87 (2): e00595–18. дои : 10.1128/IAI.00595-18. ПМК 6346137 . ПМИД  30455200. 
  3. ^ Халте М., Эрхардт М. (январь 2021 г.). «Экспорт белка через систему секреции типа III бактериального жгутика». Биомолекулы . 11 (2): 186. doi : 10.3390/biom11020186 . ПМЦ 7911332 . ПМИД  33572887. 
  4. ^ Салмонд GP, Ривз П.Дж. (январь 1993 г.). «Защитники мембранного движения и секреция белка грамотрицательными бактериями». Тенденции биохимических наук . 18 (1): 7–12. дои : 10.1016/0968-0004(93)90080-7. ПМИД  8438237.
  5. ^ аб Гофна У, Рон Э.З., Граур Д. (июль 2003 г.). «Бактериальные системы секреции типа III являются древними и развиваются в результате множественных событий горизонтального переноса». Джин . 312 : 151–163. дои : 10.1016/S0378-1119(03)00612-7. ПМИД  12909351.
  6. ^ Нгуен Л., Полсен И.Т., Чиу Дж., Хьюк С.Дж., Сайер М.Х. (апрель 2000 г.). «Филогенетический анализ компонентов систем секреции белков типа III». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 2 (2): 125–144. ПМИД  10939240.
  7. ^ Гонг Х, Ву ГП, Бай Ю, Ян Э, Лю Ф, Лу С (январь 2010 г.). «Дифференциальная экспрессия факторов системы секреции сальмонеллы типа III InvJ, PrgJ, SipC, SipD, SopA и SopB в культурах и на мышах». Микробиология . 156 (Часть 1): 116–127. дои : 10.1099/mic.0.032318-0. ПМЦ 2889428 . ПМИД  19762438. 
  8. ^ ab Blocker A, Jouihri N, Larquet E, Gounon P, Ebel F, Parsot C и др. (февраль 2001 г.). «Структура и состав «игольчатого комплекса» Shigella flexneri, части его секретона III типа». Молекулярная микробиология . 39 (3): 652–663. дои : 10.1046/j.1365-2958.2001.02200.x . ПМИД  11169106.
  9. ^ Галан Дж. Э., Вольф-Ватц Х. (ноябрь 2006 г.). «Доставка белка в эукариотические клетки с помощью секреторных машин III типа». Природа . 444 (7119): 567–573. Бибкод : 2006Natur.444..567G. дои : 10.1038/nature05272. PMID  17136086. S2CID  4411244.
  10. ^ Паллен MJ, Бейли CM, Beatson SA (апрель 2006 г.). «Эволюционные связи между FliH/YscL-подобными белками из систем секреции бактерий типа III и компонентами второго стебля FoF1 и вакуолярными АТФазами». Белковая наука . 15 (4): 935–941. дои : 10.1110/ps.051958806. ПМК 2242474 . ПМИД  16522800. 
  11. ^ Айзава С.И. (август 2001 г.). «Бактериальные жгутики и системы секреции III типа». Письма FEMS по микробиологии . 202 (2): 157–164. дои : 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10797.x . ПМИД  11520608.
  12. ^ Дулиттл В.Ф., Жаксыбаева О. (июль 2007 г.). «Эволюция: уменьшаемая сложность - случай бактериальных жгутиков». Современная биология . 17 (13): 510–512 Р5. дои : 10.1016/j.cub.2007.05.003 . PMID  17610831. S2CID  17452659.
  13. ^ Акеда Ю., Галан Дж.Э. (октябрь 2005 г.). «Высвобождение шаперонов и развертывание субстратов при секреции III типа». Природа . 437 (7060): 911–915. Бибкод : 2005Natur.437..911A. дои : 10.1038/nature03992. PMID  16208377. S2CID  4355750.
  14. ^ Кимбро Т.Г., Миллер С.И. (сентябрь 2000 г.). «Вклад компонентов секрета Salmonella typhimurium типа III в образование игольчатых комплексов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (20): 11008–11013. Бибкод : 2000PNAS...9711008K. дои : 10.1073/pnas.200209497 . ПМК 27139 . ПМИД  10984518. 
  15. ^ ЯшРой RC (2003). «Интоксикация эукариотических клеток грамотрицательными патогенами: новая модель бактериального нановезикулярного экзоцитоза, связанного с внешней мембраной, для системы секреции типа III». Международная токсикология . 10 (1): 1–9.
  16. ^ Зыхлинский А, Кенни Б, Менар Р., Прево MC, Холланд IB, Сансонетти PJ (февраль 1994 г.). «IpaB опосредует апоптоз макрофагов, индуцированный Shigella flexneri». Молекулярная микробиология . 11 (4): 619–627. doi :10.1111/j.1365-2958.1994.tb00341.x. PMID  8196540. S2CID  40167923.
  17. ^ Хилби Х., Мосс Дж.Э., Херш Д., Чен Ю., Арондел Дж., Банерджи С. и др. (декабрь 1998 г.). «Апоптоз, индуцированный шигеллами, зависит от каспазы-1, которая связывается с IpaB». Журнал биологической химии . 273 (49): 32895–32900. дои : 10.1074/jbc.273.49.32895 . ПМИД  9830039.
  18. ^ Бох Дж, Бонас У (2010). «Эффекторы семейства Xanthomonas AvrBs3 типа III: открытие и функция». Ежегодный обзор фитопатологии . 48 : 419–436. doi : 10.1146/annurev-phyto-080508-081936. ПМИД  19400638.
  19. ^ Москва MJ, Богданово AJ (декабрь 2009 г.). «Простой шифр управляет распознаванием ДНК эффекторами TAL». Наука . 326 (5959): 1501. Бибкод : 2009Sci...326.1501M. дои : 10.1126/science.1178817. PMID  19933106. S2CID  6648530.
  20. ^ Бох Дж., Шольце Х., Шорнак С., Ландграф А., Хан С., Кей С. и др. (декабрь 2009 г.). «Взлом кода специфичности связывания ДНК эффекторов TAL-типа III». Наука . 326 (5959): 1509–1512. Бибкод : 2009Sci...326.1509B. дои : 10.1126/science.1178811. PMID  19933107. S2CID  206522347.
  21. ^ Шрайдт О., Лефебр, доктор медицинских наук, Бруннер М.Дж., Шмид В.Х., Шмидт А., Радикс Дж. и др. (апрель 2010 г.). Стеббинс CE (ред.). «Топология и организация компонентов комплекса иглы секреции Salmonella typhimurium типа III». ПЛОС Патогены . 6 (4): e1000824. дои : 10.1371/journal.ppat.1000824 . ПМЦ 2848554 . ПМИД  20368966. 
  22. ^ Гринберг М., Годзик А. (апрель 2009 г.). Стеббинс CE (ред.). «Сигнал для сигнализации найден». ПЛОС Патогены . 5 (4): e1000398. дои : 10.1371/journal.ppat.1000398 . ПМК 2668190 . ПМИД  19390616. 
  23. ^ Ю XJ, МакГурти К., Лю М., Ансворт К.Э., Холден Д.В. (май 2010 г.). «Определение pH внутриклеточными сальмонеллами вызывает эффекторную транслокацию». Наука . 328 (5981): 1040–1043. Бибкод : 2010Sci...328.1040Y. дои : 10.1126/science.1189000. hdl : 10044/1/19679. ПМЦ 6485629 . ПМИД  20395475. 
  24. ^ Медини Д., Коваччи А., Донати С. (декабрь 2006 г.). «Семейства сетей гомологии белков демонстрируют поэтапную диверсификацию систем секреции типа III и типа IV». PLOS Вычислительная биология . 2 (12): е173. Бибкод : 2006PLSCB...2..173M. дои : 10.1371/journal.pcbi.0020173 . ПМК 1676029 . ПМИД  17140285. 
  25. ^ ab Saier MH (март 2004 г.). «Эволюция систем секреции белков бактериального типа III». Тенденции в микробиологии . 12 (3): 113–115. дои : 10.1016/j.tim.2004.01.003. ПМИД  15001186.
  26. ^ Макканн ХК, Гуттман Д.С. (2008). «Эволюция системы секреции типа III и ее эффекторов во взаимодействиях растений и микробов». Новый фитолог . 177 (1): 33–47. дои : 10.1111/j.1469-8137.2007.02293.x . ПМИД  18078471.
  27. ^ Эбби СС, Роча EP (сентябрь 2012 г.). «Нежгутиковая система секреции типа III произошла из бактериального жгутика и диверсифицировалась в системы, адаптированные к клетке-хозяину». ПЛОС Генетика . 8 (9): e1002983. дои : 10.1371/journal.pgen.1002983 . ПМЦ 3459982 . ПМИД  23028376. 
  28. ^ Моран Н.А. (февраль 2001 г.). «Бактериальные зверинцы внутри насекомых». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (4): 1338–1340. Бибкод : 2001PNAS...98.1338M. дои : 10.1073/pnas.98.4.1338 . ПМК 33380 . ПМИД  11171951. 
  29. ^ ab Кубори Т., Мацусима Ю., Накамура Д., Уралил Дж., Лара-Техеро М., Сухан А. и др. (апрель 1998 г.). «Супрамолекулярная структура системы секреции белка Salmonella typhimurium типа III». Наука . 280 (5363): 602–605. Бибкод : 1998Sci...280..602K. дои : 10.1126/science.280.5363.602. ПМИД  9554854.
  30. ^ Кордес Ф.С., Комория К., Ларкет Э., Ян С., Эгельман Э.Х., Блокер А., Леа С.М. (май 2003 г.). «Спиральная структура иглы секреторной системы типа III Shigella flexneri». Журнал биологической химии . 278 (19): 17103–17107. дои : 10.1074/jbc.M300091200 . ПМИД  12571230.
  31. ^ Марловиц Т.К., Кубори Т., Сухан А., Томас Д.Р., Галан Дж.Е., Унгер В.М. (ноябрь 2004 г.). «Структурные данные о сборке комплекса игл для секреции III типа». Наука . 306 (5698): 1040–1042. Бибкод : 2004Sci...306.1040M. дои : 10.1126/science.1102610. ПМЦ 1459965 . ПМИД  15528446. 
  32. ^ Сани М., Аллауи А., Фузетти Ф., Остергетель Г.Т., Кигстра В., Букема Э.Дж. (2007). «Структурная организация игольчатого комплекса секреторного аппарата III типа Shigella flexneri» (PDF) . Микрон . 38 (3): 291–301. doi :10.1016/j.micron.2006.04.007. hdl : 11370/9ee8c380-a931-4313-89cf-d9faa49cdf3b . ПМИД  16920362.
  33. ^ Ходжкинсон Дж.Л., Хорсли А., Стабат Д., Саймон М., Джонсон С., да Фонсека ПК и др. (май 2009 г.). «Трехмерная реконструкция трансмембранных областей T3SS Shigella обнаруживает 12-кратную симметрию и новые особенности во всем». Структурная и молекулярная биология природы . 16 (5): 477–485. дои : 10.1038/nsmb.1599. ПМЦ 2681179 . ПМИД  19396171. 
  34. ↑ Чжан Л., Ван Ю, Пикинг WL, Пикинг WD, Де Гузман Р.Н. (июнь 2006 г.). «Структура раствора мономерного BsaL, игольчатого белка секреции III типа Burkholderia pseudomallei». Журнал молекулярной биологии . 359 (2): 322–330. дои : 10.1016/j.jmb.2006.03.028. ПМИД  16631790.
  35. ^ Дин Дж. Э., Роверси П., Кордес Ф.С., Джонсон С., Кенджал Р., Дэниел С. и др. (август 2006 г.). «Молекулярная модель иглы системы секреции типа III: значение для восприятия клеток-хозяев». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (33): 12529–12533. Бибкод : 2006PNAS..10312529D. дои : 10.1073/pnas.0602689103 . ПМК 1567912 . ПМИД  16888041. 
  36. ^ Галкин В.Е., Шмид В.Х., Шрайдт О., Марловиц Т.С., Эгельман Э.Х. (март 2010 г.). «Структура иглы системы секреции Salmonella typhimurium типа III демонстрирует отличие от жгутиковой системы». Журнал молекулярной биологии . 396 (5): 1392–1397. дои : 10.1016/j.jmb.2010.01.001. ПМЦ 2823972 . ПМИД  20060835. 
  37. ^ ab Loquet A, Сгуракис Н.Г., Гупта Р., Гиллер К., Ридель Д., Гусманн С. и др. (май 2012 г.). «Атомная модель иглы системы секреции типа III». Природа . 486 (7402): 276–279. Бибкод : 2012Natur.486..276L. дои : 10.1038/nature11079. ПМЦ 3598588 . ПМИД  22699623. 
  38. ^ Холмс Т.К., Мэй А.Е., Залета-Ривера К., Руби Дж.Г., Скьюс-Кокс П., Фишбах М.А. и др. (октябрь 2012 г.). «Молекулярные данные о биосинтезе гуадиномина: ингибитора системы секреции III типа». Журнал Американского химического общества . 134 (42): 17797–17806. дои : 10.1021/ja308622d. ПМЦ 3483642 . ПМИД  23030602. 
  39. ↑ Theuretzbacher U, Piddock LJ (июль 2019 г.). «Нетрадиционные антибактериальные терапевтические возможности и проблемы». Клетка-хозяин и микроб . 26 (1): 61–72. дои : 10.1016/j.chom.2019.06.004 . ПМИД  31295426.
  40. ^ Пюлкко Т., Илина П., Таммела П. (май 2021 г.). «Разработка и валидация скринингового анализа высокого содержания ингибиторов энтеропатогенной адгезии E. coli». Журнал микробиологических методов . 184 : 106201. doi : 10.1016/j.mimet.2021.106201 . ПМИД  33713725.
  41. ^ Кимура К., Ивацуки М., Нагаи Т., Мацумото А., Такахаши Ю., Сиоми К. и др. (февраль 2011 г.). «Низкомолекулярный ингибитор системы секреции бактерий III типа защищает от заражения in vivo Citrobacter Rodentium». Журнал антибиотиков . 64 (2): 197–203. дои : 10.1038/ja.2010.155 . ПМИД  21139624.

дальнейшее чтение