Спиральная спираль — это структурный мотив в белках , в котором 2–7 [1] альфа-спиралей скручены вместе, как нити веревки. ( Димеры и тримеры являются наиболее распространенными типами.) Они были обнаружены примерно в 5–10% белков и имеют различные функции. [2] Они являются одними из самых распространенных мотивов, обнаруженных во взаимодействиях белок-белок. Чтобы помочь в изучении белков, было разработано несколько инструментов для прогнозирования спиральных спиралей в белковых структурах. [3] Многие белки типа спиральной спирали участвуют в важных биологических функциях, таких как регуляция экспрессии генов — например, факторы транскрипции . Яркими примерами являются онкопротеины c-Fos и c-Jun , а также мышечный белок тропомиозин .
Открытие
Возможность существования спиральных спиралей для α- кератина изначально была несколько спорной. Лайнус Полинг и Фрэнсис Крик независимо друг от друга пришли к выводу, что это возможно, примерно в одно и то же время. Летом 1952 года Полинг посетил лабораторию в Англии , где работал Крик. Полинг и Крик встретились и обсудили различные темы; в какой-то момент Крик спросил, рассматривал ли Полинг «спиральные спирали» (термин придумал Крик), на что Полинг ответил утвердительно. Вернувшись в Соединенные Штаты, Полинг возобновил исследования по этой теме. Он пришел к выводу, что спиральные спирали существуют, и в октябре представил большую рукопись в журнал Nature . Сын Полинга Питер Полинг работал в той же лаборатории, что и Крик, и упомянул ему об отчете. Крик считал, что Полинг украл его идею, и представил более короткую заметку в Nature через несколько дней после получения рукописи Полинга. В конце концов, после некоторых споров и частых переписок, лаборатория Крика заявила, что идея была достигнута обоими исследователями независимо друг от друга, и что не произошло никакой интеллектуальной кражи. [4] В своей заметке (которая была опубликована первой из-за ее меньшей длины) Крик предложил спиральную спираль, а также математические методы определения ее структуры. [5] Примечательно, что это произошло вскоре после того, как в 1951 году Лайнусом Полингом и его коллегами была предложена структура альфа -спирали . [6] Эти исследования были опубликованы при отсутствии знаний о последовательности кератина. Первые последовательности кератина были определены Ханукоглу и Фуксом в 1982 году. [7] [8]
На основе анализа последовательностей и прогнозирования вторичной структуры были идентифицированы домены спиральной спирали кератинов. [8] Эти модели были подтверждены структурным анализом доменов спиральной спирали кератинов. [9]
Молекулярная структура
Спиральные спирали обычно содержат повторяющийся рисунок, hxxhcxc , гидрофобных ( h ) и заряженных ( c ) аминокислотных остатков, называемый повтором гептад . [10]
Позиции в повторе гептад обычно обозначаются как abcdefg , где a и d являются гидрофобными позициями, часто занимаемыми изолейцином , лейцином или валином . Сворачивание последовательности с этим повторяющимся рисунком в альфа-спиральную вторичную структуру приводит к тому, что гидрофобные остатки представляются в виде «полосы», которая мягко обвивается вокруг спирали в левой манере, образуя амфипатическую структуру. Наиболее благоприятный способ для двух таких спиралей расположиться в заполненной водой среде цитоплазмы — это обернуть гидрофобные нити друг против друга, зажатые между гидрофильными аминокислотами. Таким образом, именно захоронение гидрофобных поверхностей обеспечивает термодинамическую движущую силу для олигомеризации. Упаковка в интерфейсе спираль-спираль исключительно плотная, с почти полным ван-дер-ваальсовым контактом между боковыми цепями остатков a и d . Эта плотная упаковка была первоначально предсказана Фрэнсисом Криком в 1952 году [5] и называется упаковкой «шишки в дырки» .
α -спирали могут быть параллельными или антипараллельными и обычно принимают левостороннюю суперспираль (рисунок 1). Хотя это и нежелательно, несколько правосторонних спиральных спиралей также наблюдались в природе и в разработанных белках. [11]
Биологические роли
Поскольку домены спиральной спирали распространены среди значительного количества белков в самых разных семействах белков, они помогают белкам выполнять различные функции в клетке. Их основная функция заключается в содействии взаимодействию белок-белок и сохранении взаимоблокировки белков или доменов. Эта функция соответствует нескольким подфункциям, включая слияние мембран, молекулярное распределение, метки олигомеризации, движение везикул, помощь в белках движения, клеточную структуру и многое другое. [12]
Слияние мембран
Спиральный домен играет роль в ВИЧ-инфекции. Проникновение вируса в CD4-положительные клетки начинается, когда три субъединицы гликопротеина 120 ( gp120 ) связываются с рецептором CD4 и корецептором. [13] Гликопротеин gp120 тесно связан с тримером gp41 посредством ван-дер-ваальсовых взаимодействий. В конечном итоге, последовательность N-концевого пептида слияния gp41 закрепляется в клетке-хозяине. Подпружиненный механизм отвечает за сближение вирусной и клеточной мембран достаточно близко, чтобы они слились. Происхождение подпружиненного механизма лежит в открытом gp41 , который содержит два последовательных гептадных повтора (HR1 и HR2) после пептида слияния на N-конце белка. HR1 образует параллельную, тримерную спираль, на которую накручивается область HR2, образуя структуру тримера шпилек (или шестиспирального пучка), тем самым облегчая слияние мембран за счет сближения мембран. [14] Затем вирус проникает в клетку и начинает свою репликацию. Недавно были разработаны ингибиторы, полученные из HR2, такие как Fuzeon (DP178, T-20), которые связываются с областью HR1 на gp41. [15] Однако пептиды, полученные из HR1, обладают небольшой эффективностью ингибирования вируса из-за склонности этих пептидов к агрегации в растворе. Были разработаны химеры этих пептидов, полученных из HR1, с лейциновыми молниями GCN4, которые, как было показано, более активны, чем Fuzeon . [16]
Белки SNAP-25 , синаптобревин и синтаксин-1 имеют альфа-спирали, которые взаимодействуют друг с другом, образуя спирально-спиральный комплекс SNARE . Сшивание доменов вместе обеспечивает необходимую энергию для слияния везикул. [17]
Молекулярные спейсеры
Мотив спиральной спирали может также действовать как спейсер между двумя объектами внутри клетки. Длины этих доменов молекулярных спейсеров спирально-спиральных доменов высококонсервативны. Целью этих молекулярных спейсеров может быть разделение доменов белка, таким образом предотвращая их взаимодействие, или разделение везикул внутри клетки для опосредования транспорта везикул. Примером этой первой цели является Omp-α, обнаруженный в T. maritima . [18] Другие белки удерживают везикулы отдельно, такие как p115, гигантин и GM130 , которые взаимодействуют друг с другом через мотивы спиральной спирали и действуют как привязь между аппаратом Гольджи и близлежащей везикулой. [19] Семейство белков, связанных с этой активностью привязывания везикул к аппарату Гольджи, известно как гольгины. [20] Наконец, есть несколько белков с доменами спиральной спирали, вовлеченных в кинетохор , который удерживает хромосомы разделенными во время деления клетки . Эти белки включают Ndc-80 и Nuf2p . Связанные белки взаимодействуют с микротрубочками во время деления клетки, мутация которых приводит к гибели клетки. [21]
Как метки олигомеризации
Из-за их специфического взаимодействия спиральные спирали могут использоваться в качестве «меток» для стабилизации или обеспечения определенного состояния олигомеризации. [22] Было обнаружено, что взаимодействие спиральных спирали управляет олигомеризацией субъединиц BBS2 и BBS7 BBSome . [23] [24] Поскольку спиральные спирали обычно взаимодействуют с другими спиральными спиралями, они обнаруживаются в белках, которые должны образовывать димеры или тетрамеры с большим количеством копий самих себя. [25] Из-за их способности управлять олигомеризацией белков , они также изучались на предмет их использования в формировании синтетических наноструктур. [26]
Дизайн
Общая проблема принятия решения о складчатой структуре белка при заданной аминокислотной последовательности (так называемая проблема сворачивания белка ) была решена лишь частично. Однако спиральная спираль является одним из относительно небольшого числа мотивов сворачивания, для которых взаимосвязи между последовательностью и конечной складчатой структурой сравнительно хорошо изучены. [28] [29] Харбери и др. провели эпохальное исследование с использованием архетипической спиральной спирали, GCN4, в котором были установлены правила, управляющие тем, как пептидная последовательность влияет на олигомерное состояние (то есть количество альфа-спиралей в конечной сборке). [30] [31] Спиральная спираль GCN4 представляет собой 31-аминокислотную (что соответствует чуть более чем четырем гептадам ) параллельную, димерную (т. е. состоящую из двух альфа-спиралей ) спиральную спираль и имеет повторяющийся изолейцин (или I, в однобуквенном коде ) и лейцин (L) в положениях a и d соответственно, и образует димерную спиральную спираль. Когда аминокислоты в положениях a и d были изменены с I в a и L в d на I в a и I в d , образовалась тримерная (три альфа-спирали ) спиральная спираль. Кроме того, переключение положений L в a и I в d привело к образованию тетрамерной (четыре альфа-спирали ) спиральной спирали. Они представляют собой набор правил для определения олигомерных состояний спиральной спирали и позволяют ученым эффективно «набирать» поведение олигомеризации. Другой аспект сборки спиральной спирали, который относительно хорошо изучен, по крайней мере в случае димерных спиральных спиралей, заключается в том, что размещение полярного остатка (в частности, аспарагина , N) в противоположных позициях заставляет параллельную сборку спиральной спирали. Этот эффект обусловлен самокомплементарным водородным связыванием между этими остатками, которое не будет удовлетворено, если N будет спарен, например, с L на противоположной спирали. [32]
Недавно Пикок, Пикраменоу и их коллеги продемонстрировали , что спиральные спирали могут самоорганизовываться с использованием ионов лантаноидов (III) в качестве шаблона, тем самым создавая новые агенты визуализации. [33]
Биомедицинские приложения
Спиральные мотивы были экспериментально исследованы в качестве возможных строительных блоков для наноструктур , отчасти из-за их простой конструкции и широкого спектра функций, основанных в первую очередь на содействии взаимодействию белок-белок. Простые руководящие принципы для синтеза de novo новых белков, содержащих спиральные домены, привели к выдвижению гипотез о многих приложениях, включая доставку лекарств, регенерацию тканей, белковое оригами и многое другое. [34] Что касается доставки лекарств, спиральные домены помогут преодолеть некоторые опасности химиотерапевтических препаратов, не давая им просачиваться в здоровую ткань по мере их транспортировки к цели. Спиральные домены можно заставить связываться со специфическими белками или маркерами клеточной поверхности, что позволяет более точно нацеливать доставку лекарств. [35] Другие функции будут заключаться в том, чтобы помогать хранить и транспортировать лекарства в организме, которые в противном случае быстро деградировали бы, путем создания нанотрубок и других структур посредством взаимосвязи спиральных мотивов. [34] Используя функцию олигомеризации белков через домены спиральной спирали, можно усилить демонстрацию антигена в вакцинах, что повысит их эффективность. [36]
Олигомеризация мотивов спиральной спирали позволяет создавать белковые оригами и строительные блоки белков. Взаимодействия металл-лиганд, ковалентные связи и ионные взаимодействия были изучены для манипулирования возможными взаимодействиями спиральной спирали в этой области исследований. [34] Несколько различных наноструктур могут быть созданы путем комбинирования мотивов спиральной спирали таким образом, чтобы они были самоорганизующимися строительными блоками. Однако остается несколько трудностей со стабильностью. [37] Использование пептидов с мотивами спиральной спирали для создания каркасов облегчило создание трехмерных структур для культивирования клеток. С этими пептидами можно создавать трехмерные гидрогели, а затем клетки можно загружать в матрицу. [38] Это имеет применение в изучении тканей, тканевой инженерии и т. д. [34]
Ссылки
^ Liu J, Zheng Q, Deng Y, Cheng CS, Kallenbach NR, Lu M (октябрь 2006 г.). "Семиспиралевидная спираль". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (42): 15457–62. Bibcode : 2006PNAS..10315457L. doi : 10.1073/pnas.0604871103 . PMC 1622844. PMID 17030805 .
^ Szczepaniak, Krzysztof; Bukala, Adriana; da Silva Neto, Antonio Marinho; Ludwiczak, Jan; Dunin-Horkawicz, Stanislaw (01.04.2021). Elofsson, Arne (ред.). «Библиотека доменов спиральной спирали: от регулярных пучков до своеобразных изгибов». Bioinformatics . 36 (22–23): 5368–5376. doi :10.1093/bioinformatics/btaa1041. ISSN 1367-4803. PMC 8016460 . PMID 33325494.
^ Уолшоу, Джон; Вулфсон, Дерек Н. (2001-04-13). "SOCKET: программа для идентификации и анализа спирально-спиральных мотивов в белковых структурах11Под редакцией Дж. Торнтона". Журнал молекулярной биологии . 307 (5): 1427–1450. doi :10.1006/jmbi.2001.4545. ISSN 0022-2836. PMID 11292353.
^ Hager T. "Narrative 43, Coils Upon Coils". Лайнус Полинг и структура белков . Исследовательский центр специальных коллекций и архивов Университета штата Орегон . Получено 15 мая 2013 г.
^ ab Crick FH (ноябрь 1952). «Является ли альфа-кератин спиралью?». Nature . 170 (4334): 882–883. Bibcode : 1952Natur.170..882C. doi : 10.1038/170882b0. PMID 13013241. S2CID 4147931.
^ Pauling L, Corey RB, Branson HR (апрель 1951 г.). «Структура белков; две водородно-связанные спиральные конфигурации полипептидной цепи». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 37 (4): 205–211. Bibcode :1951PNAS...37..205P. doi : 10.1073/pnas.37.4.205 . PMC 1063337 . PMID 14816373.
^ Ханукоглу И, Фукс Э. (ноябрь 1982 г.). «Последовательность ДНК человеческого эпидермального кератина: расхождение последовательности, но сохранение структуры среди промежуточных филаментных белков». Cell . 31 (1): 243–252. doi :10.1016/0092-8674(82)90424-X. PMID 6186381. S2CID 35796315.
^ ab Hanukoglu I, Fuchs E (июль 1983 г.). «Последовательность кДНК цитоскелетного кератина II типа выявляет постоянные и вариабельные структурные домены среди кератинов». Cell . 33 (3): 915–924. doi :10.1016/0092-8674(83)90034-X. PMID 6191871. S2CID 21490380.
^ Ханукоглу И, Эзра Л (январь 2014). «Proteopedia entry: coiled-coil structure of keratins». Biochemistry and Molecular Biology Education . 42 (1): 93–94. doi : 10.1002/bmb.20746 . PMID 24265184. S2CID 30720797.
^ Мейсон Дж. М., Арндт К. М. (февраль 2004 г.). «Домены спиральной спирали: стабильность, специфичность и биологические последствия». ChemBioChem . 5 (2): 170–176. doi :10.1002/cbic.200300781. PMID 14760737. S2CID 39252601.
^ Harbury PB, Plecs JJ, Tidor B, Alber T, Kim PS (ноябрь 1998 г.). «Высокоразрешающая разработка белков со свободным скелетом». Science . 282 (5393): 1462–1467. doi :10.1126/science.282.5393.1462. PMID 9822371.
^ Роуз, Аннкатрин; Шрэгл, Шеннон Дж.; Штальберг, Эрик А.; Мейер, Айрис (16.11.2005). «Состав спирально-спиральных белков 22 протеомов – различия и общие темы в субклеточной инфраструктуре и управлении движением». BMC Evolutionary Biology . 5 (1): 66. Bibcode : 2005BMCEE...5...66R. doi : 10.1186/1471-2148-5-66 . ISSN 1471-2148. PMC 1322226. PMID 16288662 .
^ Shaik MM, Peng H, Lu J, Rits-Volloch S, Xu C, Liao M, Chen B (январь 2019). «Структурная основа распознавания корецепторов шипом оболочки ВИЧ-1». Nature . 565 (7739): 318–323. doi :10.1038/s41586-018-0804-9. PMC 6391877 . PMID 30542158.
^ Wilen CB, Tilton JC, Doms RW (август 2012 г.). «ВИЧ: связывание клеток и проникновение». Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine . 2 (8): a006866. doi :10.1101/cshperspect.a006866. PMC 3405824. PMID 22908191 .
^ Гринберг ML, Каммак N (август 2004 г.). «Устойчивость к энфувиртиду, первому ингибитору слияния ВИЧ». Журнал антимикробной химиотерапии . 54 (2): 333–40. doi : 10.1093/jac/dkh330 . PMID 15231762.
^ Eckert DM, Kim PS (сентябрь 2001 г.). «Разработка мощных ингибиторов проникновения ВИЧ-1 из N-пептидной области gp41». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (20): 11187–11192. Bibcode : 2001PNAS...9811187E. doi : 10.1073 /pnas.201392898 . PMC 58705. PMID 11572974.
^ Чен, Ю А.; Шеллер, Ричард Х. (февраль 2001 г.). «SNARE-опосредованное слияние мембран». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (2): 98–106. doi :10.1038/35052017. ISSN 1471-0072. PMID 11252968. S2CID 205012830.
^ Truebestein, Linda; Leonard, Thomas A. (сентябрь 2016 г.). «Coiled-coils: The long and short of it». BioEssays . 38 (9): 903–916. doi :10.1002/bies.201600062. ISSN 0265-9247. PMC 5082667. PMID 27492088 .
^ Линстедт, Адам Д.; Йеш, Стивен А.; Мехта, Эми; Ли, Тина Х.; Гарсия-Мата, Рафаэль; Нельсон, Дэвид С.; Штуль, Элизабет (апрель 2000 г.). «Связывающие отношения компонентов прикрепления мембраны». Журнал биологической химии . 275 (14): 10196–10201. doi : 10.1074/jbc.275.14.10196 . ISSN 0021-9258. PMID 10744704.
^ Witkos, Tomasz M.; Lowe, Martin (2016-01-11). "Семейство белков связывания спиральной спиралью Golgin". Frontiers in Cell and Developmental Biology . 3 : 86. doi : 10.3389/fcell.2015.00086 . ISSN 2296-634X. PMC 4707255. PMID 26793708 .
^ Джеяпракаш, А. Арокия; Сантамария, Анна; Джаячандран, Ума; Чан, Ин Вай; Бенда, Кристиан; Нигг, Эрих А.; Конти, Елена (май 2012 г.). «Структурная и функциональная организация комплекса Ska, ключевого компонента интерфейса кинетохора-микротрубочка». Molecular Cell . 46 (3): 274–286. doi : 10.1016/j.molcel.2012.03.005 . ISSN 1097-2765. PMID 22483620.
^ Deiss S, Hernandez Alvarez B, Bär K, Ewers CP, Coles M, Albrecht R, Hartmann MD (июнь 2014 г.). «Ваша персонализированная структура белка: Андрей Н. Лупас, слитый с адаптерами GCN4». Журнал структурной биологии . 186 (3): 380–5. doi : 10.1016/j.jsb.2014.01.013 . PMID 24486584.
^ Chou, Hui-Ting; Apelt, Luise; Farrell, Daniel P.; White, Susan Roehl; Woodsmith, Jonathan; Svetlov, Vladimir; Goldstein, Jaclyn S.; Nager, Andrew R.; Li, Zixuan; Muller, Jean; Dollfus, Helene; Nudler, Evgeny; Stelzl, Ulrich; DiMaio, Frank; Nachury, Maxance V.; Walz, Thomas (3 сентября 2019 г.). «Молекулярная архитектура нативного BBSome, полученная с помощью интегрированного структурного подхода». Structure . 27 (9): 1384–1394. doi :10.1016/j.str.2019.06.006. PMC 6726506 . PMID 31303482.
^ Ludlam, WG; Aoba, T; Cuéllar, J; Bueno-Carrasco, MT; Makaju, A; Moody, JD; Franklin, S; Valpuesta, JM; Willardson, BM (17 сентября 2019 г.). «Молекулярная архитектура субкомплекса белка 2-7-9 синдрома Барде-Бидля». Журнал биологической химии . 294 (44): 16385–16399. doi : 10.1074/jbc.RA119.010150 . PMC 6827290. PMID 31530639 .
^ Кабезон, Елена; Батлер, П. Джонатан Г.; Рансвик, Майкл Дж.; Уокер, Джон Э. (август 2000 г.). «Модуляция состояния олигомеризации белка-ингибитора бычьей F1-АТФазы, IF1, по pH». Журнал биологической химии . 275 (33): 25460–25464. doi : 10.1074/jbc.M003859200 . PMID 10831597.
^ Пак, Вон Мин (2020-05-19). «Спиральные спирали: молекулярные молнии, которые самоорганизуются в белковые наноструктуры». Международный журнал молекулярных наук . 21 (10): 3584. doi : 10.3390/ijms21103584 . ISSN 1422-0067. PMC 7278914. PMID 32438665 .
^ ab Lapenta, Fabio; Aupič, Jana; Strmšek, Žiga; Jerala, Roman (2018). «Оригами из спиральных белков: от принципов модульного проектирования к биотехнологическим приложениям». Chemical Society Reviews . 47 (10): 3530–3542. doi : 10.1039/C7CS00822H . ISSN 0306-0012. PMID 29400389.
^ Bromley EH, Channon K, Moutevelis E, Woolfson DN (январь 2008 г.). «Пептидные и белковые строительные блоки для синтетической биологии: от программирования биомолекул к самоорганизующимся биомолекулярным системам». ACS Chemical Biology . 3 (1): 38–50. doi :10.1021/cb700249v. PMID 18205291.
^ Mahrenholz CC, Abfalter IG, Bodenhofer U, Volkmer R, Hochreiter S (май 2011 г.). "Сложные сети управляют олигомеризацией спиральной спирали — прогнозирование и профилирование с помощью подхода машинного обучения". Молекулярная и клеточная протеомика . 10 (5): M110.004994. doi : 10.1074/mcp.M110.004994 . PMC 3098589. PMID 21311038 .
^ Harbury PB, Zhang T, Kim PS, Alber T (ноябрь 1993 г.). «Переключение между двух-, трех- и четырехцепочечными спиральными спиралями в мутантах GCN4 лейциновой молнии». Science . 262 (5138): 1401–1407. Bibcode :1993Sci...262.1401H. doi :10.1126/science.8248779. PMID 8248779. S2CID 45833675.
^ Harbury PB, Kim PS, Alber T (сентябрь 1994). «Кристаллическая структура тримера изолейциновой молнии». Nature . 371 (6492): 80–83. Bibcode :1994Natur.371...80H. doi :10.1038/371080a0. PMID 8072533. S2CID 4319206.
^ Woolfson DN (2005). "The design of coiled-coil structures and assemblies". Фибриллярные белки: спиральные спирали, коллаген и эластомеры . Достижения в белковой химии. Том 70. С. 79–112. doi :10.1016/S0065-3233(05)70004-8. ISBN9780120342709. PMID 15837514.
^ Berwick MR, Lewis DJ, Jones AW, Parslow RA, Dafforn TR, Cooper HJ и др. (январь 2014 г.). «De novo design of Ln(III) coiled coils for imaging applications». Журнал Американского химического общества . 136 (4): 1166–1169. doi :10.1021/ja408741h. PMC 3950886. PMID 24405157 .
^ abcd Йоргенсен, Майкл Д.; Хмелевски, Жан (2022). «Последние достижения в области спирально-спиральных пептидных материалов и их биомедицинских применений». Chemical Communications . 58 (83): 11625–11636. doi :10.1039/d2cc04434j. ISSN 1359-7345. PMID 36172799. S2CID 252514360.
^ Макфарлейн, Эйнсли А.; Оррисс, Джордж Л.; Стетефельд, Йорг (декабрь 2009 г.). «Использование спирально-спиральных белков в системах доставки лекарств». Европейский журнал фармакологии . 625 (1–3): 101–107. doi :10.1016/j.ejphar.2009.05.034. PMC 7094320. PMID 19835864 .
^ Шредер, Ульрих; Графф, Александра; Бухмайер, Сабина; Риглер, Пер; Сильван, Унаи; Тропель, Дэвид; Джокуш, Бригитта М.; Эби, Ули; Буркхард, Питер; Шёненбергер, Кора-Энн (март 2009 г.). «Пептидные наночастицы служат мощной платформой для иммуногенного отображения слабоантигенных детерминант актина». Журнал молекулярной биологии . 386 (5): 1368–1381. doi :10.1016/j.jmb.2008.11.023. ISSN 0022-2836. PMID 19063898.
^ Пак, Вон Мин (январь 2020 г.). «Спиральные спирали: молекулярные молнии, которые самоорганизуются в белковых наноструктурах». Международный журнал молекулярных наук . 21 (10): 3584. doi : 10.3390/ijms21103584 . ISSN 1422-0067. PMC 7278914. PMID 32438665 .
^ Декстер, А. Ф.; Флетчер, Н. Л.; Кризи, РГ; Филардо, Ф.; Бём, М. В.; Джек, К. С. (2017). «Изготовление и характеристика гидрогелей, образованных из конструктированных спирально-спиральных фибриллообразующих пептидов». RSC Advances . 7 (44): 27260–27271. Bibcode : 2017RSCAd...727260D. doi : 10.1039/C7RA02811C . ISSN 2046-2069. S2CID 98941102.
Дальнейшее чтение
Крик Ф. Х. (1953). «Упаковка α-спиралей: простые спиральные спирали». Acta Crystallogr . 6 (8): 689–697. Bibcode : 1953AcCry...6..689C. doi : 10.1107/S0365110X53001964 .
Nishikawa K, Scheraga HA (1976). "Геометрические критерии формирования спирально-спиральных структур полипептидных цепей". Macromolecules . 9 (3): 395–407. Bibcode :1976MaMol...9..395N. doi :10.1021/ma60051a004. PMID 940353.
Harbury PB, Zhang T, Kim PS, Alber T (ноябрь 1993 г.). «Переключение между двух-, трех- и четырехцепочечными спиральными спиралями в мутантах GCN4 с лейциновой молнией». Science . 262 (5138): 1401–1407. Bibcode :1993Sci...262.1401H. doi :10.1126/science.8248779. PMID 8248779. S2CID 45833675.
Gonzalez L, Plecs JJ, Alber T (июнь 1996 г.). «Спроектированный аллостерический переключатель в олигомеризации лейциновой молнии». Nature Structural Biology . 3 (6): 510–515. doi :10.1038/nsb0696-510. PMID 8646536. S2CID 30381026.
Harbury PB, Plecs JJ, Tidor B, Alber T, Kim PS (ноябрь 1998 г.). «Высокоразрешающая разработка белков со свободным скелетом». Science . 282 (5393): 1462–1467. doi :10.1126/science.282.5393.1462. PMID 9822371.
Yu YB (октябрь 2002 г.). «Спиральные спирали: стабильность, специфичность и потенциал доставки лекарств». Advanced Drug Delivery Reviews . 54 (8): 1113–1129. doi :10.1016/S0169-409X(02)00058-3. PMID 12384310.
Burkhard P, Ivaninskii S, Lustig A (май 2002). «Улучшение стабильности спиральной спирали путем оптимизации ионных взаимодействий». Журнал молекулярной биологии . 318 (3): 901–910. doi :10.1016/S0022-2836(02)00114-6. PMID 12054832.
Gillingham AK, Munro S (август 2003 г.). «Длинные спирально-спиральные белки и мембранный трафик». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research . 1641 (2–3): 71–85. doi : 10.1016/S0167-4889(03)00088-0 . PMID 12914949.
Mason JM, Arndt KM (февраль 2004 г.). «Домены спиральной спирали: стабильность, специфичность и биологические последствия». ChemBioChem . 5 (2): 170–176. doi :10.1002/cbic.200300781. PMID 14760737. S2CID 39252601.
Внешние ссылки
Спирально-спиральные домены кератинов
Программное обеспечение, связанное с катушками
Прогнозирование, обнаружение и визуализация
Spiricoil предсказывает состояние спиральной спирали и олигомера из последовательностей белков на archive.today (архив 2012-12-23)
bCIPA Оценивает значения Tm для пар спиральных катушек
Экран библиотеки bCIPA Проверяет библиотеку последовательностей по одной определенной цели и оценивает значения Tm для всех пар спиральных спиралей.
bCIPA Interactome Screen Проверяет все взаимодействия между выбранными определенными последовательностями и оценивает значения Tm для всех пар спиральных спиралей.
STRAP содержит алгоритм для прогнозирования спиральных спиралей из последовательностей АА.
PrOCoil прогнозирует олигомеризацию спиральных белков и визуализирует вклад каждой отдельной аминокислоты в общую олигомерную тенденцию.
DrawCoil создает диаграммы спиральных колес для спиральных спиралей любого состояния олигомеризации и ориентации.
Базы данных
Spiricoil использует аннотацию домена белка для прогнозирования наличия спиральной спирали и олигомерного состояния для всех полностью секвенированных организмов