stringtranslate.com

Экзосомный комплекс

"Лента" комплекса экзосом человека. PDB 2NN6 См. легенду ниже. Канал, по которому проходит РНК во время деградации, виден в центре белкового комплекса

Экзосомный комплекс (или комплекс PM/Scl , часто называемый просто экзосомой ) — это многобелковый внутриклеточный комплекс , способный расщеплять различные типы молекул РНК (рибонуклеиновой кислоты). Экзосомные комплексы встречаются как в эукариотических клетках, так и в археях , тогда как у бактерий более простой комплекс, называемый деградосомой, выполняет схожие функции.

Ядро экзосомы содержит шестичленную кольцевую структуру, к которой прикреплены другие белки. В эукариотических клетках комплекс экзосомы присутствует в цитоплазме , ядре и особенно ядрышке , хотя в этих отсеках с комплексом экзосомы взаимодействуют различные белки, регулируя активность деградации РНК комплекса до субстратов, специфичных для этих клеточных отсеков. Субстраты экзосомы включают информационную РНК , рибосомальную РНК и многие виды малых РНК . Экзосома имеет экзорибонуклеолитическую функцию, то есть она деградирует РНК, начиная с одного конца (в данном случае с 3′-конца ), а у эукариот также эндорибонуклеолитическую функцию, то есть она расщепляет РНК в участках внутри молекулы.

Несколько белков в экзосоме являются мишенью аутоантител у пациентов с определенными аутоиммунными заболеваниями (особенно синдромом перекрытия PM/Scl ) и некоторые антиметаболические химиотерапии для лечения рака действуют, блокируя активность экзосомы. Кроме того, мутации в компоненте экзосомы 3 вызывают гипоплазию мостомозжечка и заболевание спинномозгового двигательного нейрона .

Открытие

Экзосома была впервые обнаружена как РНКаза в 1997 году в почкующихся дрожжах Saccharomyces cerevisiae , часто используемом модельном организме . [1] Вскоре после этого, в 1999 году, было обнаружено, что экзосома на самом деле является дрожжевым эквивалентом уже описанного комплекса в клетках человека, называемого комплексом PM/Scl , который был идентифицирован как аутоантиген у пациентов с некоторыми аутоиммунными заболеваниями годами ранее (см. ниже). [2] Очистка этого «комплекса PM/Scl» позволила идентифицировать больше белков экзосом человека и в конечном итоге охарактеризовать все компоненты в комплексе. [3] [4] В 2001 году возросший объем геномных данных , которые стали доступны, позволил предсказать белки экзосом в археях, хотя потребовалось еще 2 года, прежде чем был очищен первый комплекс экзосом из архейного организма. [5] [6]

Структура

Основные белки

Вид сверху и сбоку кристаллической структуры комплекса экзосом человека. Полную легенду см. ниже.

Ядро комплекса имеет кольцевую структуру, состоящую из шести белков, которые все принадлежат к одному и тому же классу РНКаз, РНКаза PH -подобных белков. [7] У архей есть два различных PH-подобных белка (называемых Rrp41 и Rrp42), каждый из которых представлен три раза в чередующемся порядке. Эукариотические экзосомальные комплексы имеют шесть различных белков, которые образуют кольцевую структуру. [8] [9] Из этих шести эукариотических белков три напоминают архейный белок Rrp41, а другие три белка больше похожи на архейный белок Rrp42. [10]

Субъединицы и организация архейных (слева) и эукариотических (справа) экзосомных комплексов. Различные белки пронумерованы, показывая, что архейная экзосома содержит 4 различных белка, но эукариотическая экзосома содержит девять различных белков. См. полную легенду ниже.

На вершине этого кольца расположены три белка, которые имеют домен связывания РНК S1 (RBD). Два белка, кроме того, имеют домен K-гомологии (KH) . [7] У эукариот три разных белка «S1» связаны с кольцом, тогда как у архей либо один, либо два разных белка «S1» могут быть частью экзосомы (хотя к комплексу всегда прикреплены три субъединицы S1). [11]

Эта кольцевая структура очень похожа на структуру белков RNase PH и PNPase . У бактерий белок RNase PH, который участвует в обработке тРНК , образует гексамерное кольцо, состоящее из шести идентичных белков RNase PH. [12] [13] В случае PNPase, которая является фосфоролитическим РНК-деградирующим белком, обнаруженным в бактериях , хлоропластах и ​​митохондриях некоторых эукариотических организмов, два домена RNase PH, а также домены связывания РНК S1 и KH являются частью одного белка, который образует тримерный комплекс, который принимает структуру, почти идентичную структуре экзосомы. [14] Из-за этого высокого сходства как в доменах белка, так и в структуре, эти комплексы считаются эволюционно связанными и имеющими общего предка . [15] Экзосомальные белки, подобные РНКазе PH, PNPase и RNase PH, принадлежат к семейству РНКаз PH и являются фосфоролитическими экзорибонуклеазами , что означает, что они используют неорганический фосфат для удаления нуклеотидов с 3'-конца молекул РНК . [7]

Ассоциированные белки

Помимо этих девяти основных белков экзосом, в эукариотических организмах с комплексом часто ассоциируются еще два белка.Одним из них является Rrp44 , гидролитическая РНКаза, которая принадлежит к семейству гидролитических экзорибонуклеаз РНКазы R (нуклеаз, которые используют воду для расщепления нуклеотидных связей). Помимо того, что Rrp44 является экзорибонуклеолитическим ферментом, он также обладает эндорибонуклеолитической активностью, которая находится в отдельном домене белка. [16] [17] У дрожжей Rrp44 связан со всеми экзосомальными комплексами и играет решающую роль в активности экзосомального комплекса дрожжей. [18] Хотя существует человеческий гомолог белка, долгое время не было обнаружено никаких доказательств того, что его человеческий гомолог связан с экзосомальным комплексом человека. [7] Однако в 2010 году было обнаружено, что у людей есть три гомолога Rrp44, и два из них могут быть связаны с экзосомальным комплексом. Эти два белка, скорее всего, разрушают различные РНК-субстраты из-за их различной клеточной локализации: один локализуется в цитоплазме ( DIS3L1 ), а другой — в ядре ( DIS3 ). [19] [20]

«Ленточное представление» частичной структуры субъединицы экзосомы дрожжей Rrp6, 2hbj с α-спиралями красного цвета и β-слоями желтого цвета.

Второй распространенный ассоциированный белок называется Rrp6 (у дрожжей) или PM/Scl-100 (у человека). Как и Rrp44, этот белок является гидролитической экзорибонуклеазой, но в данном случае относится к семейству белков РНКазы D. [21] Белок PM/Scl-100 чаще всего является частью экзосомальных комплексов в ядре клеток, но может также входить в состав цитоплазматического экзосомального комплекса. [22]

Регуляторные белки

Помимо этих двух прочно связанных белковых субъединиц, многие белки взаимодействуют с экзосомным комплексом как в цитоплазме, так и в ядре клеток. Эти слабо связанные белки могут регулировать активность и специфичность экзосомного комплекса. В цитоплазме экзосома взаимодействует с белками, связывающими элементы, богатые AU (ARE) (например, KRSP и TTP), которые могут способствовать или предотвращать деградацию мРНК. Ядерная экзосома ассоциируется с белками, связывающими РНК (например, MPP6/Mpp6 и C1D/Rrp47 у людей/дрожжей), которые необходимы для обработки определенных субстратов. [7]

Помимо отдельных белков, с экзосомой взаимодействуют и другие белковые комплексы. Одним из них является цитоплазматический комплекс Ski , который включает РНК- хеликазу (Ski2) и участвует в деградации мРНК. [23] В ядре обработка рРНК и snoRNA экзосомой опосредована комплексом TRAMP , который содержит как РНК-хеликазу (Mtr4), так и активность полиаденилирования (Trf4). [24]

Функция

Ферментативная функция

Диаграммы реакций гидролитической (слева) и фосфоролитической (справа) деградации 3'-конца РНК.

Как указано выше, комплекс экзосом содержит множество белков с доменами рибонуклеазы. Точная природа этих доменов рибонуклеазы изменилась в ходе эволюции от бактериальных к архейным и эукариотическим комплексам, поскольку различные виды деятельности приобретались и терялись. Экзосома в первую очередь является 3'-5' экзорибонуклеазой , что означает, что она разрушает молекулы РНК с их 3' конца . Экзорибонуклеазы, содержащиеся в комплексах экзосом, являются либо фосфоролитическими (РНКаза PH-подобные белки), либо, у эукариот, гидролитическими (белки доменов РНКазы R и РНКазы D). Фосфоролитические ферменты используют неорганический фосфат для расщепления фосфодиэфирных связей , высвобождая нуклеотиддифосфаты . Гидролитические ферменты используют воду для гидролиза этих связей, высвобождая нуклеотидмонофосфаты .

У архей субъединица комплекса Rrp41 является фосфоролитической экзорибонуклеазой. Три копии этого белка присутствуют в кольце и отвечают за активность комплекса. [9] У эукариот ни одна из субъединиц РНКазы PH не сохранила эту каталитическую активность, что означает, что структура ядра кольца человеческой экзосомы не имеет ферментативно активного белка. [25] Несмотря на эту потерю каталитической активности, структура ядра экзосомы в высокой степени консервативна от архей до человека, что позволяет предположить, что комплекс выполняет жизненно важную клеточную функцию. У эукариот отсутствие фосфоролитической активности компенсируется наличием гидролитических ферментов, которые отвечают за рибонуклеазную активность экзосомы в таких организмах. [26] [27] [28]

Как указано выше, гидролитические белки Rrp6 и Rrp44 связаны с экзосомой у дрожжей и у людей, кроме Rrp6, два разных белка, Dis3 и Dis3L1, могут быть связаны с положением белка дрожжей Rrp44. [19] [20] Хотя изначально считалось, что белки домена S1 также обладают 3'-5' гидролитической экзорибонуклеазной активностью, существование этой активности недавно было поставлено под сомнение, и эти белки могут играть лишь роль в связывании субстратов до их деградации комплексом. [26]

Схематическое изображение архейных (слева) и эукариотических (справа) экзосомальных комплексов с наиболее распространенными ассоциированными белками. Цветом и звездочкой обозначены субъединицы каждого комплекса, обладающие каталитической активностью. Полную легенду см. ниже.

Субстраты

Экзосома участвует в деградации и обработке самых разных видов РНК. В цитоплазме клеток она участвует в обороте молекул информационной РНК (мРНК). Комплекс может деградировать молекулы мРНК, которые были помечены для деградации, поскольку они содержат ошибки, посредством взаимодействия с белками из бессмысленно-опосредованного распада или путей безостановочного распада . Альтернативным образом, мРНК деградируют в рамках их нормального оборота . Несколько белков, которые стабилизируют или дестабилизируют молекулы мРНК посредством связывания с богатыми AU элементами в 3'-нетранслируемой области мРНК, взаимодействуют с комплексом экзосомы. [29] [30] [31] В ядре экзосома необходима для правильной обработки нескольких небольших молекул ядерной РНК. [32] Наконец, ядрышко является компартментом, где находится большинство комплексов экзосомы. Там он играет роль в обработке рибосомальной РНК 5.8S (первая идентифицированная функция экзосомы) и нескольких малых ядрышковых РНК . [1] [32] [33]

Хотя большинство клеток имеют другие ферменты, которые могут разрушать РНК, либо с 3'- , либо с 5'-конца РНК, экзосомный комплекс необходим для выживания клеток. Когда экспрессия белков экзосом искусственно снижается или останавливается, например, с помощью РНК-интерференции , рост останавливается, и клетки в конечном итоге умирают. Оба основных белка экзосомного комплекса, а также два основных связанных белка являются незаменимыми белками. [34] У бактерий нет экзосомного комплекса; однако, аналогичные функции выполняет более простой комплекс, который включает белок PNPase , называемый деградосомой . [35]

Две основные субъединицы экзосомы археи (Rrp41 и Rrp42), связанные с небольшой молекулой РНК (красного цвета).

Экзосома является ключевым комплексом в контроле качества клеточной РНК. В отличие от прокариот, эукариоты обладают высокоактивными системами надзора за РНК, которые распознают необработанные и неправильно обработанные комплексы РНК-белок (такие как рибосомы ) до их выхода из ядра. Предполагается, что эта система предотвращает вмешательство аберрантных комплексов в важные клеточные процессы, такие как синтез белка . [36]

Помимо обработки РНК, оборота и надзорной деятельности, экзосома важна для деградации так называемых криптических нестабильных транскриптов (CUT), которые производятся из тысяч локусов в геноме дрожжей. [37] [38] Важность этих нестабильных РНК и их деградации до сих пор неясна, но похожие виды РНК также были обнаружены в клетках человека. [39]

Болезнь

Аутоиммунитет

Экзосомный комплекс является целью аутоантител у пациентов с различными аутоиммунными заболеваниями . Эти аутоантитела в основном обнаруживаются у людей с синдромом перекрытия PM/Scl , аутоиммунным заболеванием, при котором у пациентов наблюдаются симптомы как склеродермии , так и полимиозита или дерматомиозита . [40] Аутоантитела можно обнаружить в сыворотке пациентов с помощью различных анализов. В прошлом наиболее часто используемыми методами были двойная иммунодиффузия с использованием экстрактов тимуса теленка , иммунофлуоресценция на клетках HEp-2 или иммунопреципитация из экстрактов клеток человека. В иммунопреципитационных анализах с сыворотками из сывороток, положительных по антиэкзосоме, осаждается характерный набор белков. Еще за годы до того, как был идентифицирован экзосомный комплекс, этот паттерн был назван комплексом PM/Scl . [41] Иммунофлуоресценция с использованием сыворотки этих пациентов обычно показывает типичное окрашивание ядрышка клеток , что породило предположение о том, что антиген, распознаваемый аутоантителами, может быть важен для синтеза рибосом . [42] Совсем недавно стали доступны рекомбинантные белки экзосом, и они были использованы для разработки линейных иммуноферментных анализов (ЛИА) и иммуноферментных анализов (ИФА) для обнаружения этих антител. [7]

При этих заболеваниях антитела в основном направлены против двух белков комплекса, называемых PM/Scl-100 (белок, подобный РНКазе D) и PM/Scl-75 (один из белков, подобных РНКазе PH из кольца), и антитела, распознающие эти белки, обнаруживаются примерно у 30% пациентов с синдромом перекрытия PM/Scl. [43] Хотя эти два белка являются основной мишенью аутоантител, у этих пациентов могут быть нацелены другие субъединицы экзосом и связанные с ними белки (например, C1D). [44] [45] В настоящее время наиболее чувствительным способом обнаружения этих антител является использование пептида , полученного из белка PM/Scl-100, в качестве антигена в ИФА вместо полных белков. С помощью этого метода аутоантитела обнаруживаются у 55% ​​пациентов с синдромом перекреста PM/Scl, но их также можно обнаружить у пациентов либо со склеродермией, либо с полимиозитом, либо с дерматомиозитом по отдельности. [46]

Поскольку аутотела обнаруживаются в основном у пациентов, имеющих характеристики нескольких различных аутоиммунных заболеваний, клинические симптомы этих пациентов могут сильно различаться. Симптомы, которые наблюдаются чаще всего, являются типичными симптомами отдельных аутоиммунных заболеваний и включают феномен Рейно , артрит , миозит и склеродермию . [47] Лечение этих пациентов симптоматическое и похоже на лечение отдельного аутоиммунного заболевания, часто с использованием иммунодепрессантов или иммуномодуляторов. [48]

Лечение рака

Было показано, что экзосома ингибируется антиметаболитом фторурацилом , препаратом, используемым в химиотерапии рака . Это один из самых успешных препаратов для лечения солидных опухолей . В дрожжевых клетках, обработанных фторурацилом, были обнаружены дефекты в обработке рибосомальной РНК, идентичные тем, которые наблюдались , когда активность экзосомы была заблокирована молекулярно-биологическими стратегиями. Отсутствие правильной обработки рибосомальной РНК является летальным для клеток, что объясняет антиметаболический эффект препарата. [49]

Неврологические расстройства

Мутации в компоненте экзосомы 3 вызывают инфантильное заболевание спинномозгового двигательного нейрона , атрофию мозжечка, прогрессирующую микроцефалию и глубокую глобальную задержку развития, что соответствует понтоцеребеллярной гипоплазии типа 1B (PCH1B; MIM 614678). [50]

Список субъединиц

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Mitchell, P; Petfalski, E; Shevchenko, A; Mann, M; Tollervey, D (1997). "Экзосома: консервативный комплекс обработки эукариотической РНК, содержащий несколько 3′→5′ экзорибонуклеаз". Cell . 91 (4): 457–466. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80432-8 . PMID  9390555. S2CID  16035676.
  2. ^ Allmang, C; Petfalski, E; Podtelejnikov, A; Mann, M; Tollervey, D; Mitchell, P (1999). «Экзосома дрожжей и человеческая PM-Scl являются родственными комплексами 3' → 5' экзонуклеаз». Genes & Development . 13 (16): 2148–58. doi :10.1101/gad.13.16.2148. PMC 316947 . PMID  10465791. 
  3. ^ Брауэр, Р; Оллманг, К; Райджмейкерс, Р; Ван Арссен, Ю; Эгбертс, Западная Вирджиния; Петфальский, Э; Ван Венрой, WJ; Толлерви, Д; Пруейн, Дж.Дж. (2001). «Три новых компонента экзосомы человека». Журнал биологической химии . 276 (9): 6177–84. дои : 10.1074/jbc.M007603200 . hdl : 2066/186951 . ПМИД  11110791.
  4. ^ Chen, CY; Gherzi, R; Ong, SE; Chan, EL; Raijmakers, R; Pruijn, GJ; Stoecklin, G; Moroni, C; et al. (2001). «AU-связывающие белки привлекают экзосому для деградации ARE-содержащих мРНК». Cell . 107 (4): 451–64. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00578-5 . PMID  11719186. S2CID  14817671.
  5. ^ Koonin, EV ; Wolf, YI; Aravind, L (2001). «Прогнозирование архейной экзосомы и ее связей с протеасомой и трансляционными и транскрипционными аппаратами с помощью сравнительно-геномного подхода». Genome Research . 11 (2): 240–52. doi :10.1101/gr.162001. PMC 311015 . PMID  11157787. 
  6. ^ Евгеньева-Хакенберг, Э.; Вальтер, П.; Хохлейтнер, Э.; Лотспайх, Ф.; Клуг, Г. (2003). «Комплекс, подобный экзосоме, у Sulfolobus solfataricus». EMBO Reports . 4 (9): 889–93. doi :10.1038/sj.embor.embor929. PMC 1326366. PMID  12947419 . 
  7. ^ abcdef Schilders, G; Van Dijk, E; Raijmakers, R; Pruijn, GJ (2006). Клеточная и молекулярная биология экзосомы: как создать или разрушить РНК . Международный обзор цитологии. Т. 251. С. 159–208. doi :10.1016/S0074-7696(06)51005-8. ISBN 9780123646552. PMID  16939780.
  8. ^ Лоренцен, Э.; Вальтер, П.; Фрибург, С.; Евгеньева-Хакенберг, Э.; Клуг, Г.; Конти, Э. (2005). «Ядро экзосомы архей представляет собой гексамерную кольцевую структуру с тремя каталитическими субъединицами». Nature Structural & Molecular Biology . 12 (7): 575–81. doi :10.1038/nsmb952. PMID  15951817. S2CID  2003922.
  9. ^ ab Шен, В; Киледжян, М (2006). «Взгляд на убийство: структура экзосомы РНК». Cell . 127 (6): 1093–5. doi :10.1016/j.cell.2006.11.035. PMC 1986773 . PMID  17174886. 
  10. ^ Raijmakers, R; Egberts, WV; Van Venrooij, WJ; Pruijn, GJ (2002). «Взаимодействия белок-белок между компонентами экзосом человека поддерживают сборку субъединиц РНКазы типа PH в шестичленное кольцо, подобное PNPase». Journal of Molecular Biology . 323 (4): 653–63. doi :10.1016/S0022-2836(02)00947-6. hdl : 2066/186665 . PMID  12419256.
  11. ^ Walter, P; Klein, F; Lorentzen, E; Ilchmann, A; Klug, G; Evguenieva-Hackenberg, E (2006). «Характеристика нативных и реконструированных экзосомных комплексов из гипертермофильной археи Sulfolobus solfataricus». Молекулярная микробиология . 62 (4): 1076–89. doi :10.1111/j.1365-2958.2006.05393.x. PMID  17078816. S2CID  27114625.
  12. ^ Ишии, Р.; Нуреки, О.; Ёкояма, С. (2003). «Кристаллическая структура фермента тРНК-процессинга РНКазы PH из Aquifex aeolicus». Журнал биологической химии . 278 (34): 32397–404. doi : 10.1074/jbc.M300639200 . PMID  12746447.
  13. ^ Harlow, LS; Kadziola, A; Jensen, KF; Larsen, S (2004). «Кристаллическая структура фосфоролитической экзорибонуклеазы РНКазы PH из Bacillus subtilis и ее влияние на четвертичную структуру и связывание тРНК». Protein Science . 13 (3): 668–77. doi :10.1110/ps.03477004. PMC 2286726 . PMID  14767080. 
  14. ^ Симмонс, МФ; Джонс, ГХ; Луизи, БФ (2000). «Дублированная складка является структурной основой каталитической активности, процессивности и регуляции полинуклеотидфосфорилазы». Структура . 8 (11): 1215–26. doi : 10.1016/S0969-2126(00)00521-9 . PMID  11080643.
  15. ^ Lin-Chao, S; Chiou, NT; Schuster, G (2007). «PNPase, exosome и РНК-хеликазы как строительные компоненты эволюционно-консервативных машин деградации РНК». Журнал биомедицинской науки . 14 (4): 523–32. doi : 10.1007/s11373-007-9178-y . PMID  17514363.
  16. ^ Lebreton, A; Tomecki, R; Dziembowski, A; Séraphin, B (2008). «Эндонуклеолитическое расщепление РНК эукариотической экзосомой» (PDF) . Nature . 456 (7224): 993–6. Bibcode :2008Natur.456..993L. doi :10.1038/nature07480. PMID  19060886. S2CID  1808371.
  17. ^ Шнайдер, К.; Леунг, Э.; Браун, Дж.; Толлерви, Д. (2009). «N-концевой PIN-домен субъединицы экзосомы Rrp44 обладает эндонуклеазной активностью и привязывает Rrp44 к экзосоме ядра дрожжей». Nucleic Acids Research . 37 (4): 1127–40. doi :10.1093/nar/gkn1020. PMC 2651783 . PMID  19129231. 
  18. ^ Шнайдер, К.; Андерсон, Дж. Т.; Толлерви, Д. (2007). «Субъединица экзосомы Rrp44 играет прямую роль в распознавании субстрата РНК». Molecular Cell . 27 (2): 324–31. doi :10.1016/j.molcel.2007.06.006. PMC 7610968 . PMID  17643380. 
  19. ^ аб Стаалс, Р.Х.; Бронкхорст, AW; Шильдерс, Г; Сломович, С; Шустер, Г; Черт возьми, Эй Джей; Райджмейкерс, Р; Пруейн, Дж.Дж. (2010). «Dis3-подобный 1: новая экзорибонуклеаза, связанная с экзосомой человека». Журнал ЭМБО . 29 (14): 2358–67. дои : 10.1038/emboj.2010.122. ПМК 2910272 . ПМИД  20531389. 
  20. ^ ab Томецки, Р.; Кристиансен, М.С.; Ликке-Андерсен, С.; Хлебовски, А.; Ларсен, К.М.; Щесны, Р.Дж.; Дражковска, К.; Пастула, А.; и др. (2010). «Человеческая основная экзосома взаимодействует с дифференциально локализованными процессивными РНКазами: hDIS3 и hDIS3L». Журнал EMBO . 29 (14): 2342–57. doi :10.1038/emboj.2010.121. PMC 2910271. PMID  20531386 . 
  21. ^ Миан, И.С. (1997). «Сравнительный анализ последовательностей рибонуклеаз HII, III, II PH и D». Nucleic Acids Research . 25 (16): 3187–3195. doi :10.1093/nar/25.16.3187. PMC 146874. PMID  9241229. 
  22. ^ Raijmakers, R; Schilders, G; Pruijn, GJ (2004). «Экзосома, молекулярная машина для контролируемой деградации РНК как в ядре, так и в цитоплазме» (PDF) . European Journal of Cell Biology . 83 (5): 175–83. doi :10.1078/0171-9335-00385. PMID  15346807.
  23. ^ Ван, Л.; Льюис, М.С.; Джонсон, AW (2005). «Взаимодействия доменов в комплексе Ski2/3/8 и между комплексом Ski и Ski7p». РНК . 11 (8): 1291–302. doi :10.1261/rna.2060405. PMC 1370812. PMID  16043509 . 
  24. ^ LaCava, J; Houseley, J; Saveanu, C; Petfalski, E; Thompson, E; Jacquier, A; Tollervey, D (2005). «Деградация РНК экзосомой стимулируется ядерным комплексом полиаденилирования». Cell . 121 (5): 713–24. doi : 10.1016/j.cell.2005.04.029 . PMID  15935758. S2CID  14898055.
  25. ^ Лю, Q; Грейманн, JC; Лима, CD (2007). «Erratum: Reconstitution, activities, and structure of the eukaryotic RNA exosome». Cell . 131 (1): 188–189. doi : 10.1016/j.cell.2007.09.019 .
  26. ^ ab Dziembowski, A; Lorentzen, E; Conti, E; Séraphin, B (2007). «Одна субъединица, Dis3, по сути, отвечает за активность ядра экзосомы дрожжей». Nature Structural & Molecular Biology . 14 (1): 15–22. doi :10.1038/nsmb1184. PMID  17173052. S2CID  24691764.
  27. ^ Liu, Q; Greimann, JC; Lima, CD (2006). «Восстановление, активность и структура эукариотической РНК-экзосомы». Cell . 127 (6): 1223–37. doi : 10.1016/j.cell.2006.10.037 . PMID  17174896. S2CID  62785677.
  28. ^ Лоренцен, Э.; Конти, Э. (2005). «Структурная основа распознавания 3'-конца РНК и экзорибонуклеолитического расщепления ядром экзосомной РНКазы PH». Molecular Cell . 20 (3): 473–81. doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.020 . PMID  16285928.
  29. ^ LeJeune, F; Li, X; Maquat, LE (2003). «Распад мРНК, вызванный нонсенсом, в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Molecular Cell . 12 (3): 675–87. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . PMID  14527413.
  30. ^ Wilson, MA; Meaux, S; Van Hoof, A (2007). «Геномный скрининг дрожжей раскрывает новые аспекты непрерывного метаболизма мРНК». Genetics . 177 (2): 773–84. doi :10.1534/genetics.107.073205. PMC 2034642 . PMID  17660569. 
  31. ^ Lin, WJ; Duffy, A; Chen, CY (2007). «Локализация мРНК, содержащей богатые AU элементы, в цитоплазматических гранулах, содержащих субъединицы экзосом». Журнал биологической химии . 282 (27): 19958–68. doi : 10.1074/jbc.M702281200 . PMID  17470429.
  32. ^ ab Allmang, C; Kufel, J; Chanfreau, G; Mitchell, P; Petfalski, E; Tollervey, D (1999). «Функции экзосомы в синтезе рРНК, snoRNA и snRNA». EMBO Journal . 18 (19): 5399–410. doi :10.1093/emboj/18.19.5399. PMC 1171609. PMID  10508172 . 
  33. ^ Schilders, G; Raijmakers, R; Raats, JM; Pruijn, GJ (2005). «MPP6 — это связанный с экзосомой РНК-связывающий белок, участвующий в созревании 5.8S рРНК». Nucleic Acids Research . 33 (21): 6795–804. doi :10.1093/nar/gki982. PMC 1310903. PMID  16396833. 
  34. ^ van Dijk, EL; Schilders, G; Pruijn, GJ (2007). «Рост человеческих клеток требует функциональной цитоплазматической экзосомы, которая участвует в различных путях распада мРНК». РНК . 13 (7): 1027–35. doi :10.1261/rna.575107. PMC 1894934 . PMID  17545563. 
  35. ^ Carpousis AJ, AJ (2002). «Деградосома РНК Escherichia coli: структура, функция и взаимосвязь в других рибонуклеолитических мультиферментных комплексах». Biochem. Soc. Trans . 30 (2): 150–5. doi :10.1042/BST0300150. PMID  12035760.
  36. ^ Houseley J, LaCava J, Tollervey D (июль 2006 г.). «Контроль качества РНК экзосомой». Nat. Rev. Mol. Cell Biol . 7 (7): 529–39. doi :10.1038/nrm1964. PMID  16829983. S2CID  22499032.
  37. ^ Wyers F, F; Rougemaille, M; Badis, G; et al. (июнь 2005 г.). «Криптические транскрипты pol II разрушаются с помощью ядерного контроля качества, включающего новую поли(А) полимеразу». Cell . 121 (5): 725–37. doi : 10.1016/j.cell.2005.04.030 . PMID  15935759. S2CID  1390706.
  38. ^ Neil H, Malabat C, d'Aubenton-Carafa Y, Xu Z, Steinmetz LM, Jacquier A (февраль 2009 г.). «Широко распространенные двунаправленные промоторы являются основным источником криптических транскриптов у дрожжей». Nature . 457 (7232): 1038–42. Bibcode :2009Natur.457.1038N. doi :10.1038/nature07747. PMID  19169244. S2CID  4329373.
  39. ^ Preker P, P; Nielsen, J; Kammler, S; et al. (декабрь 2008 г.). «Истощение экзосом РНК выявляет транскрипцию выше активных человеческих промоторов». Science . 322 (5909): 1851–4. Bibcode :2008Sci...322.1851P. doi : 10.1126/science.1164096 . PMID  19056938.
  40. ^ JE Pope, JE (2002). «Синдромы перекреста склеродермии». Current Opinion in Rheumatology . 14 (6): 704–10. doi :10.1097/00002281-200211000-00013. PMID  12410095.
  41. ^ Gelpi, C; Algueró, A; Angeles Martinez, M; Vidal, S; Juarez, C; Rodriguez-Sanchez, JL (1991). «Идентификация белковых компонентов, реагирующих с аутоантителами анти-PM/Scl». Clinical and Experimental Immunology . 81 (1): 59–64. doi :10.1111/j.1365-2249.1990.tb05291.x. PMC 1535032 . PMID  2199097. 
  42. ^ Targoff, IN; Reichlin, M (1985). «Ядрышковая локализация антигена PM-Scl». Артрит и ревматизм . 28 (2): 226–30. doi :10.1002/art.1780280221. PMID  3918546.
  43. ^ Райджмейкерс, Р; Ренц, М; Виманн, К; Эгбертс, Западная Вирджиния; Силиг, HP; Ван Венрой, WJ; Пруейн, Дж.Дж. (2004). «PM-Scl-75 является основным аутоантигеном у пациентов с синдромом перекрытия полимиозита/склеродермии». Артрит и ревматизм . 50 (2): 565–9. дои :10.1002/арт.20056. ПМИД  14872500.
  44. ^ Брауэр, Р; Ври Эгбертс, WT; Хенгстман, Дж.Дж.; Райджмейкерс, Р; Ван Энгелен, Б.Г.; Силиг, HP; Ренц, М; Мирау, Р; и др. (2002). «Аутоантитела, направленные к новым компонентам комплекса PM/Scl, экзосомы человека». Исследования и терапия артрита . 4 (2): 134–8. дои : 10.1186/ar389 . ПМК 83843 . ПМИД  11879549. 
  45. ^ Шильдерс, Г; Эгбертс, Западная Вирджиния; Райджмейкерс, Р; Пруейн, Дж.Дж. (2007). «C1D является основной мишенью аутоантител у пациентов с синдромом перекрытия полимиозита и склеродермии». Артрит и ревматизм . 56 (7): 2449–54. дои :10.1002/арт.22710. hdl : 2066/35047 . ПМИД  17599775.
  46. ^ Малер, М.; Раймейкерс, Р.; Дэнрих, К.; Блютнер, М.; Фрицлер, М.Дж. (2005). «Клиническая оценка аутоантител к новому пептидному антигену PM/Scl». Arthritis Research & Therapy . 7 (3): R704–13. doi : 10.1186/ar1729 . PMC 1174964. PMID  15899056 . 
  47. ^ Малер, М.; Раймейкерс, Р. (2007). «Новые аспекты аутоантител к комплексу PM/Scl: клинические, генетические и диагностические идеи». Обзоры аутоиммунитета . 6 (7): 432–7. doi :10.1016/j.autrev.2007.01.013. PMID  17643929.
  48. ^ Яблонска, С.; Блащик, М. (1998). «Склеромиозит: синдром перекреста склеродермии/полимиозита». Клиническая ревматология . 17 (6): 465–7. doi :10.1007/BF01451281. PMID  9890673. S2CID  39237322.
  49. ^ Lum, PY; Armour, CD; Stepaniants, SB; Cavet, G; Wolf, MK; Butler, JS; Hinshaw, JC; Garnier, P; et al. (2004). «Открытие способов действия терапевтических соединений с использованием полногеномного скрининга гетерозигот дрожжей». Cell . 116 (1): 121–37. doi : 10.1016/S0092-8674(03)01035-3 . PMID  14718172. S2CID  11922219.
  50. ^ Wan, J.; Yourshaw, M.; Mamsa, H.; Rudnik-Schöneborn, S.; Menezes, MP; Hong, JE; Leong, DW; Senderek, J.; Salman, MS; Chitayat, D.; Seeman, P.; Von Moers, A.; Graul-Neumann, L.; Kornberg, AJ; Castro-Gago, M.; Sobrido, MAJS; Sanefuji, M.; Shieh, PB; Salamon, N.; Kim, RC; Vinters, HV; Chen, Z.; Zerres, K.; Ryan, MM; Nelson, SF; Jen, JC (2012). «Мутации в гене компонента РНК-экзосомы EXOSC3 вызывают гипоплазию мостомозжечка и дегенерацию спинального двигательного нейрона». Nature Genetics . 44 (6): 704–708. дои : 10.1038/ng.2254. ПМК 3366034 . ПМИД  22544365. 

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки