stringtranslate.com

Эукариотическая рибосома

Визуализация кристаллической структуры.
Эукариотическая рибосома. Субъединица 40S находится слева, субъединица 60S — справа. Ядро рибосомальной РНК ( рРНК ) представлено в виде серой трубки, сегменты расширения показаны красным. Универсально консервативные белки показаны синим цветом. Эти белки имеют гомологов у эукариот, архей и бактерий. Белки, общие только для эукариот и архей, показаны оранжевым цветом, а белки, специфичные для эукариот, показаны красным. Идентификаторы PDB 4a17, 4A19, 2XZM выровнены по 3U5B, 3U5C, 3U5D, 3U5E

Рибосомы — это большая и сложная молекулярная машина, которая катализирует синтез белков , называемый трансляцией . Рибосома выбирает аминоацилированные транспортные РНК (тРНК) на основе последовательности кодирующей белок информационной РНК (мРНК) и ковалентно связывает аминокислоты в полипептидную цепь. Рибосомы всех организмов имеют высококонсервативный каталитический центр . Однако рибосомы эукариот (животных, растений, грибов и большого числа одноклеточных организмов, все с ядром ) намного больше, чем прокариотические ( бактериальные и архейные ) рибосомы, и подвержены более сложной регуляции и путям биогенеза. [1] [2] Эукариотические рибосомы также известны как 80S рибосомы, ссылаясь на их коэффициенты седиментации в единицах Сведберга , потому что они седиментируют быстрее, чем прокариотические ( 70S ) рибосомы. Эукариотические рибосомы имеют две неравные субъединицы, обозначенные как малая субъединица (40S) и большая субъединица (60S) в соответствии с их коэффициентами седиментации. Обе субъединицы содержат десятки рибосомных белков, расположенных на каркасе, состоящем из рибосомной РНК (рРНК). Малая субъединица контролирует комплементарность между антикодоном тРНК и мРНК, в то время как большая субъединица катализирует образование пептидной связи .

Состав

По сравнению с их прокариотическими гомологами, многие эукариотические рибосомальные белки увеличены за счет вставок или расширений в консервативном ядре. Кроме того, несколько дополнительных белков обнаружены в малых и больших субъединицах эукариотических рибосом, которые не имеют прокариотических гомологов. Субъединица 40S содержит рибосомальную РНК 18S (сокращенно 18S рРНК), которая гомологична прокариотической 16S рРНК . Субъединица 60S содержит рибосомальную РНК 28S, которая гомологична прокариотической 23S рибосомальной РНК . Кроме того, она содержит 5,8S рРНК, которая соответствует 5'-концу 23S рРНК, и короткую 5S рРНК. Оба 18S и 28S имеют множественные вставки в ядро ​​рРНК складки их прокариотических аналогов, которые называются сегментами расширения. Подробный список белков, включая архейные и бактериальные гомологи, см. в отдельных статьях о субъединицах 40S и 60S . Недавние исследования показывают гетерогенность в составе рибосом, т. е. что стехиометрия среди ядер рибосомных белков в клетках дрожжей дикого типа и эмбриональных стволовых клетках зависит как от условий роста, так и от количества рибосом, связанных с мРНК. [3]

Определение структуры

Первоначальные структуры эукариотических рибосом были определены с помощью электронной микроскопии . Первые 3D-структуры были получены с разрешением 30–40 Å для дрожжей [5] и рибосом млекопитающих. [6] [7] Более высокое разрешение структур дрожжевой рибосомы с помощью криоэлектронной микроскопии позволило идентифицировать структурные элементы белков и РНК. [8] Совсем недавно структуры с субнанометровым разрешением были получены для комплексов рибосом и факторов, участвующих в трансляции. [9] [10] [11] После определения первых бактериальных [12] [13] [14] и архейных [15] структур рибосом с атомным разрешением в 1990-х годах, потребовалось еще десятилетие, пока в 2011 году структуры эукариотических рибосом с высоким разрешением не были получены с помощью рентгеновской кристаллографии , в основном из-за трудностей в получении кристаллов достаточного качества . [16] [17] [18] Была опубликована и описана полная структура эукариотической рибосомальной структуры 40S в Tetrahymena thermophila , а также многое о взаимодействии субъединицы 40S с eIF1 во время инициации трансляции. [16] Структура эукариотической субъединицы 60S также была определена из T. thermophila в комплексе с eIF6 . [17] Полная структура эукариотической рибосомы 80S из дрожжей Saccharomyces cerevisiae была получена с помощью кристаллографии с разрешением 3,0 A. [18] Эти структуры раскрывают точную архитектуру специфичных для эукариот элементов, их взаимодействие с универсально сохраняющимся ядром и все специфичные для эукариот мостики между двумя рибосомными субъединицами.

Атомные координаты (файлы PDB) и структурные факторы эукариотической рибосомы были депонированы в Банке данных белков (PDB) под следующими кодами доступа:

Архитектура

Общие характеристики

Некоторые общие архитектурные особенности рибосомы сохраняются в разных царствах: [20] Структура малой субъединицы может быть разделена на два больших сегмента, голову и тело. Характерные особенности тела включают левую и правую ноги, плечо и платформу. Голова имеет заостренный выступ, напоминающий клюв птицы. В характерном «виде короны» большой субъединицы структурные ориентиры включают центральный выступ, L1-стебель и P-стебель. [21] [22] Большинство эукариотических специфичных РНК и белковых элементов находятся на сторонах субъединиц 40S [16] и 60S [17] , подвергающихся воздействию растворителя . Интерфейс субъединицы, а также важные функциональные области, такие как центр пептидилтрансферазы и сайт декодирования, в основном сохраняются, с некоторыми различиями, наблюдаемыми в окружающих областях. В резком контрасте с прокариотическими рибосомальными белками, которые взаимодействуют в основном с РНК, эукариотические специфичные белковые сегменты участвуют во множестве белок-белковых взаимодействий. Взаимодействия на больших расстояниях опосредуются эукариотическими специфичными спиральными расширениями рибосомальных белков, а несколько эукариотических рибосомальных белков совместно образуют межбелковые бета-слои .

Кристаллические структуры эукариотических рибосомных субъединиц T. thermophila
  • Субъединица 40S, вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификатор PDB 2XZM
    Субъединица 40S , вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификатор PDB 2XZM
  • Субъединица 40S, вид со стороны, открытой растворителю, идентификатор PDB 2XZM
    Субъединица 40S , вид со стороны, открытой растворителю, идентификатор PDB 2XZM
  • Субъединица 60S, вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
    Субъединица 60S , вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
  • Субъединица 60S, вид со стороны, открытой для растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
    Субъединица 60S , вид со стороны, открытой для растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19

Ядро рибосомальной РНК представлено в виде серой трубки, сегменты расширения показаны красным. Универсально сохраняющиеся белки показаны синим цветом. Эти белки имеют гомологов у эукариот, архей и бактерий. Белки, общие только для эукариот и архей, показаны оранжевым цветом, а белки, специфичные для эукариот, показаны красным цветом.

Коэволюция рРНК и белков

Структура субъединицы 40S показала, что эукариото-специфичные белки (rpS7, rpS10, rpS12 и RACK1), а также многочисленные эукариото-специфичные расширения белков расположены на стороне малой субъединицы, открытой для растворителя. [16] Здесь они участвуют в стабилизации сегментов расширения рРНК. Более того, клюв субъединицы 40S ремоделируется, поскольку рРНК была заменена белками rpS10 и rpS12. [16] Как и наблюдалось для субъединицы 40S, все эукариото-специфичные белки субъединицы 60S (RPL6, RPL22, RPL27, RPL28, RPL29 и RPL36) и многие расширения расположены на стороне, открытой для растворителя, образуя сложную сеть взаимодействий с эукариото-специфичными сегментами расширения РНК. RPL6, RPL27 и RPL29 опосредуют контакты между наборами ES7–ES39, ES31–ES20–ES26 и ES9–ES12, соответственно, а RPL28 стабилизирует сегмент расширения ES7A. [17]

Белки слияния убиквитина

У эукариот малая субъединица белка RPS27A (или eS31) и большая субъединица белка RPL40 (или eL40) являются процессированными полипептидами, которые транслируются как белки слияния, несущие N-концевые домены убиквитина . Оба белка расположены рядом с важными функциональными центрами рибосомы: нерасщепленные домены убиквитина eS31) и eL40 будут располагаться в декодирующем сайте и рядом с сайтом связывания фактора трансляции, соответственно. Эти позиции предполагают, что протеолитическое расщепление является важным этапом в производстве функциональных рибосом. [16] [17] Действительно, мутации линкера между ядром eS31 и доменом убиквитина летальны для дрожжей. [23]

Активный сайт

Сравнение бактериальных, архейных и эукариотических структур рибосомы показывает очень высокую степень консерватизма в активном центре — также известном как пептидилтрансферазный центр (PTC) — области. Ни один из эукариотических специфичных белковых элементов не находится достаточно близко, чтобы напрямую участвовать в катализе. [17] Однако RPL29 выступает на расстояние 18Å от активного центра в T. thermophila , а эукариотические специфичные расширения связывают несколько белков вблизи PTC субъединицы 60S, [17] [21], в то время как соответствующие 50S белки являются отдельными образованиями. [15]

Межсубъединичные мостики

Контакты через две рибосомные субъединицы известны как межсубъединичные мосты. В эукариотической рибосоме дополнительные контакты создаются сегментами расширения 60S и белками. [24] В частности, C-концевое расширение белка 60S RPL19 взаимодействует с ES6E 40S рРНК, а C-концевое расширение белка 60S RPL24 взаимодействует с 40S rpS6 и спиралью рРНК h10. Более того, сегменты расширения 60S ES31 и ES41 взаимодействуют с rpS3A(S1) и rpS8 субъединицы 40S, соответственно, а основной пептид из 25 аминокислот RPL41 расположен на интерфейсе субъединицы в 80S рибосоме, взаимодействуя с элементами рРНК обеих субъединиц. [21] [24]

Рибосомальные белки, играющие роль в передаче сигналов

Два рибосомальных белка 40S ( RACK1 и RPS6 (или eS6) ) вовлечены в клеточную сигнализацию: RACK1, впервые описанный как рецептор активированной протеинкиназы C (PKC) , является неотъемлемым компонентом эукариотической рибосомы и расположен в задней части головки. [16] Он может связывать пути передачи сигнала непосредственно с рибосомой, хотя он также играет роль в нескольких трансляционных процессах, которые кажутся несвязанными (обзор в [25] ). Рибосомальный белок eS6 расположен в правой части субъединицы 40S [16] и фосфорилируется в ответ на сигнализацию мишени рапамицина млекопитающих (mTOR) . [26]

Функциональные аспекты

Инициация перевода

Синтез белка в первую очередь регулируется на стадии инициации трансляции . У эукариот канонический путь инициации требует по крайней мере 12 факторов инициации белка , некоторые из которых сами по себе являются большими комплексами. [27] Структуры комплексов 40S:eIF1 [16] и 60S:eIF6 [17] дают первое подробное представление об атомных взаимодействиях между эукариотической рибосомой и регуляторными факторами. eIF1 участвует в выборе стартового кодона, а eIF6 стерически препятствует присоединению субъединиц. Однако структурная информация об эукариотических факторах инициации и их взаимодействиях с рибосомой ограничена и в значительной степени получена из моделей гомологии или анализов с низким разрешением. [28] Выяснение взаимодействий между эукариотической рибосомой и факторами инициации на атомном уровне имеет важное значение для механистического понимания регуляторных процессов, но представляет собой значительную техническую проблему из-за присущей динамики и гибкости комплексов инициации. Первая структура комплекса преинициации млекопитающих была получена с помощью криоэлектронной микроскопии. [29] Вскоре появились и другие структуры комплексов инициации, обусловленные техническими усовершенствованиями крио-ЭМ. [30] [31] Эти структуры помогут лучше понять процесс инициации трансляции у эукариот.

Регуляторные роли рибосомальных белков

Недавние генетические данные интерпретируются как предположение о том, что отдельные белки эукариотической рибосомы напрямую способствуют регуляции трансляции. [32] [33] [34] Однако эта интерпретация является спорной, и некоторые исследователи предполагают, что генетические изменения генов рибосомных белков косвенно влияют на общее количество рибосом или процессы биогенеза рибосом. [35] [36]

Транслокация и нацеливание белков

Для выполнения своих функций в клетке вновь синтезированные белки должны быть направлены в соответствующее место в клетке, что достигается с помощью систем нацеливания и транслокации белков. [37] Растущий полипептид покидает рибосому через узкий туннель в большой субъединице. Область вокруг выходного туннеля субъединицы 60S очень похожа на бактериальные и архейные субъединицы 50S. Дополнительные элементы ограничены вторым рядом белков вокруг выхода туннеля, возможно, за счет консервативных взаимодействий с компонентами механизма транслокации. [17] Механизм нацеливания и транслокации у эукариот гораздо сложнее. [38]

Рибосомные заболевания и рак

Рибосомопатии — это врожденные заболевания человека , возникающие из-за дефектов генов рибосомного белка или рРНК, или других генов, продукты которых участвуют в биогенезе рибосом. [39] Примерами служат врожденный дискератоз, сцепленный с Х-хромосомой (X-DC) , [40] анемия Даймонда–Блэкфана , [41] синдром Тричера-Коллинза (TCS) [41] [42] и синдром Швахмана–Бодиана–Даймонда (SBDS) . [39] SBDS вызывается мутациями в белке SBDS, которые влияют на его способность связывать гидролиз ГТФ ГТФазой EFL1 с высвобождением eIF6 из субъединицы 60S. [43]

Терапевтические возможности

Рибосома является важной лекарственной мишенью для антибактериальных препаратов , которые мешают трансляции на разных стадиях цикла элонгации [44]. Большинство клинически значимых соединений трансляции являются ингибиторами бактериальной трансляции, но ингибиторы эукариотической трансляции также могут иметь терапевтический потенциал для применения при раке или противогрибковой химиотерапии. [45] Ингибиторы элонгации проявляют противоопухолевую активность «in vivo» и «in vitro». [46] [47] [48] Одним из токсичных ингибиторов эукариотической элонгации трансляции является антибиотик глутаримид циклогексимид (CHX), который был сокристаллизован с эукариотической субъединицей 60S [17] и связывается в рибосомном сайте E. Структурная характеристика эукариотической рибосомы [16] [17] [24] может позволить использовать структурные методы для разработки новых антибактериальных препаратов, в которых различия между эукариотическими и бактериальными рибосомами могут быть использованы для улучшения селективности лекарственных препаратов и, следовательно, снижения побочных эффектов .

Механизм формирования

Рибосомы эукариот производятся и собираются в ядрышке . Рибосомные белки входят в ядрышко и объединяются с четырьмя цепями рРНК, образуя две рибосомные субъединицы (одну маленькую и одну большую), которые составят завершенную рибосому. Рибосомные единицы покидают ядро ​​через ядерные поры и объединяются один раз в цитоплазме с целью синтеза белка.

Ссылки

  1. ^ "Разница между рибосомами 70S и рибосомами 80S, РНК, микромолекулы". www.microbiologyprocedure.com. Архивировано из оригинала 2008-09-05 . Получено 2009-08-06 .
  2. ^ "80S рибосомы, эукариотические рибосомы, прокариотические рибосомы, нуклеиновые кислоты, коэффициент седиментации". www.microbiologyprocedure.com. Архивировано из оригинала 2009-06-23 . Получено 2009-08-06 .
  3. ^ Славов, Николай; Семрау, Стефан; Айролди, Эдоардо ; Будник, Богдан; ван Ауденарден, Александр (2015). «Дифференциальная стехиометрия среди основных рибосомальных белков». Cell Reports . 13 (5): 865–873. doi :10.1016/j.celrep.2015.09.056. ISSN  2211-1247. PMC 4644233. PMID  26565899 . 
  4. ^ ab Значения основаны на рибосомах Tetrahymena thermophila (PDB: 4V8P) и Thermus thermophilus (PDB: 4V5D). Точный размер, вес и количество белков варьируются от организма к организму.
  5. ^ Verschoor, A; Warner, JR; Srivastava, S; Grassucci, RA; Frank, J (январь 1998). «Трехмерная структура дрожжевой рибосомы». Nucleic Acids Res . 26 (2): 655–661. doi :10.1093/nar/26.2.655. PMC 147289. PMID  9421530 . 
  6. ^ Verschoor, A; Frank, J (август 1990). «Трехмерная структура цитоплазматической рибосомы млекопитающих». J Mol Biol . 214 (3): 737–749. doi :10.1016/0022-2836(90)90289-X. PMID  2388265.
  7. ^ Dube, P; Wieske, M; Stark, H; Schatz, M; Stahl, J; Zemlin, F; Lutsch, G; van Heel, M (март 1998). "Рибосома печени крысы 80S с разрешением 25 A, полученная с помощью электронной криомикроскопии и угловой реконструкции". Structure . 6 (3): 389–399. doi : 10.1016/s0969-2126(98)00040-9 . PMID  9551559.
  8. ^ Spahn, CM; Beckmann, R; Eswar, N; Penczek, PA; Sali, A; Blobel, G; Frank, J (ноябрь 2001 г.). «Структура 80S рибосомы из Saccharomyces cerevisiae — взаимодействия тРНК-рибосомы и субъединицы-субъединицы». Cell . 107 (3): 373–386. doi : 10.1016/s0092-8674(01)00539-6 . PMID  11701127.
  9. ^ Halic, M; Gartmann, M; Schlenker, O; Mielke, T; Pool, MR; Sinning, I; Beckmann, R (май 2006 г.). «Рецептор частиц распознавания сигнала обнажает сайт связывания рибосомального транслокона». Science . 312 (5774): 745–747. Bibcode :2006Sci...312..745H. doi :10.1126/science.1124864. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-842E-9 . PMID  16675701. S2CID  7237420.
  10. ^ Беккер, Т; Бхушан, С; Джараш, А; Армаш, Дж. П.; Фунес, С; Жоссине, Ф; Гумбарт, Дж; Мильке, Т; Бернингхаузен, О; Шультен, К; Вестхоф, Э; Гилмор, Р.; Мэндон, Э. К.; Бекманн, Р. (декабрь 2009 г.). «Структура мономерных комплексов Sec61 дрожжей и млекопитающих, взаимодействующих с транслирующей рибосомой». Science . 326 (5958): 1369–1373. Bibcode :2009Sci...326.1369B. doi :10.1126/science.1178535. PMC 2920595 . PMID  19933108. 
  11. ^ Schüler, M; Connell, SR; Lescoute, A; Giesebrecht, J; Dabrowski, M; Schroeer, B; Mielke, T; Penczek, PA; Westhof, E; Spahn, CM (декабрь 2006 г.). «Структура РНК IRES вируса паралича сверчков, связанного с рибосомой». Nat Struct Mol Biol . 13 (12): 1092–1096. doi :10.1038/nsmb1177. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8321-7 . PMID  17115051. S2CID  8243970.
  12. ^ Clemons, WM Jr; May, JL; Wimberly, BT; McCutcheon, JP; Capel, MS; Ramakrishnan, V (август 1999). «Структура бактериальной 30S рибосомальной субъединицы при разрешении 5,5 A». Nature . 400 (6747): 833–840. Bibcode :1999Natur.400..833C. doi :10.1038/23631. PMID  10476960. S2CID  14808559.
  13. ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (сентябрь 1999 г.). "Рентгеновские кристаллические структуры функциональных комплексов рибосомы 70S". Science . 285 (5436): 2095–2104. doi :10.1126/science.285.5436.2095. PMID  10497122.
  14. ^ Юсупов, ММ; Юсупова, ГЗ; Бауком, А; Либерман, К; Эрнест, ТН; Кейт, Дж. Х.; Ноллер, Х. Ф. (май 2001 г.). «Кристаллическая структура рибосомы при разрешении 5,5 А». Science . 292 (5518): 883–896. Bibcode :2001Sci...292..883Y. doi : 10.1126/science.1060089 . PMID  11283358. S2CID  39505192.
  15. ^ ab Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (август 2000 г.). «Полная атомная структура большой рибосомальной субъединицы с разрешением 2,4 А». Science . 289 (5481): 905–920. Bibcode :2000Sci...289..905B. doi :10.1126/science.289.5481.905. PMID  10937989. S2CID  14056415.
  16. ^ abcdefghij Rabl, J; Leibundgut, M; Ataide, SF; Haag, A; Ban, N (февраль 2011 г.). «Кристаллическая структура эукариотической 40S рибосомальной субъединицы в комплексе с фактором инициации 1». Science . 331 (6018): 730–736. Bibcode :2011Sci...331..730R. doi :10.1126/science.1198308. hdl : 20.500.11850/153130 . PMID  21205638. S2CID  24771575.
  17. ^ abcdefghijk Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (ноябрь 2011 г.). «Кристаллическая структура эукариотической 60S рибосомальной субъединицы в комплексе с фактором инициации 6». Science . 334 (6058): 941–948. Bibcode :2011Sci...334..941K. doi :10.1126/science.1211204. PMID  22052974. S2CID  206536444.
  18. ^ ab Ben-Shem A, Garreau de Loubresse N, Melnikov S, Jenner L, Yusupova G, Yusupov M (февраль 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы при разрешении 3,0 Å». Science . 334 (6062): 1524–1529. Bibcode :2011Sci...334.1524B. doi : 10.1126/science.1212642 . PMID  22096102. S2CID  9099683.
  19. ^ Из-за ограничений по размеру структуры рибосом часто разбиваются на несколько файлов координат.
  20. ^ Мельников, С; Бен-Шем, А; Гарро; де Лубресс, Н; Дженнер, Л; Юсупова, Г; Юсупов, М (июнь 2012 г.). «Одно ядро, две оболочки: бактериальные и эукариотические рибосомы». Nat Struct Mol Biol . 19 (6): 560–567. doi :10.1038/nsmb.2313. PMID  22664983. S2CID  6267832.
  21. ^ abc Клинге, С; Фойгтс-Хоффманн, Ф; Лейбундгут, М; Бан, Н (май 2012 г.). «Атомные структуры эукариотической рибосомы». Trends Biochem Sci . 37 (5): 189–198. doi :10.1016/j.tibs.2012.02.007. PMID  22436288.
  22. ^ Дженнер, Л; Мельников С; де Лубресс, штат Нью-Йорк; Бен-Шем, А; Искакова М; Уржумцев А; Мескаускас, А; Динман, Дж; Юсупова Г; Юсупов, М. (декабрь 2012 г.). «Кристаллическая структура 80S дрожжевой рибосомы». Curr Opin Struct Biol . 22 (6): 759–767. дои : 10.1016/j.sbi.2012.07.013. ПМИД  22884264.
  23. ^ Lacombe, T; García-Gómez, JJ; de la Cruz, J; Roser, D; Hurt, E; Linder, P; Kressler, D (апрель 2009 г.). «Линейное слияние убиквитина с Rps31 и его последующее расщепление необходимы для эффективного производства и функциональной целостности 40S рибосомных субъединиц». Mol Microbiol . 72 (1): 69–84. doi :10.1111/j.1365-2958.2009.06622.x. PMID  19210616. S2CID  33924290.
  24. ^ abc Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы при разрешении 3,0 û. Science . 334 (6062): 1524–1529. Bibcode :2011Sci...334.1524B. doi : 10.1126/science.1212642 . PMID  22096102. S2CID  9099683.
  25. ^ Нильссон, Дж.; Сенгупта, Дж.; Франк, Дж.; Ниссен, П. (декабрь 2004 г.). «Регулирование эукариотической трансляции белком RACK1: платформа для сигнальных молекул на рибосоме». EMBO Rep . 5 (12): 1137–1141. doi :10.1038/sj.embor.7400291. PMC 1299186. PMID  15577927 . 
  26. ^ Palm, L; Andersen, J; Rahbek-Nielsen, H; Hansen, TS; Kristiansen, K; Højrup, P (март 1995). «Фосфорилированный рибосомальный белок S7 в Tetrahymena гомологичен S4 млекопитающих, а фосфорилированные остатки расположены в C-концевой области. Структурная характеристика белков, разделенных двумерным электрофорезом в полиакриламидном геле». J Biol Chem . 270 (11): 6000–6005. doi : 10.1074/jbc.270.11.6000 . PMID  7890730.
  27. ^ Hinnebusch, AG; Lorsch, JR (октябрь 2012 г.). «Механизм инициации эукариотической трансляции: новые идеи и проблемы». Cold Spring Harb Perspect Biol . 4 (10): a011544. doi :10.1101/cshperspect.a011544. PMC 3475172. PMID  22815232 . 
  28. ^ Voigts-Hoffmann, F; Klinge, S; Ban, N (декабрь 2012 г.). «Структурные представления об эукариотических рибосомах и инициации трансляции». Curr Opin Struct Biol . 22 (6): 768–777. doi :10.1016/j.sbi.2012.07.010. PMID  22889726.
  29. ^ Хашем, Ю.; Жорж, А.; Дхоте, В.; Ланглуа, Р.; Ляо, HY; Грассуччи, РА; Фрэнк, Дж. (2013). «Структура преинициаторного комплекса рибосомы 43S млекопитающих, связанного со сканирующим фактором DHX29». Клетка . 153 (5): 1108–1119. дои : 10.1016/j.cell.2013.04.036. ПМЦ 3730827 . ПМИД  23706745. 
  30. ^ Хашем, Y., Де Жорж, A., Дхоте, V., Ланглуа, R., Ляо, HY, Грассуччи, RA, ... и Франк, J. (2013). Внутренние сайты входа рибосомы, подобные вирусу гепатита C, вытесняют eIF3, чтобы получить доступ к субъединице 40S. Природа.
  31. ^ Fernández, IS; Bai, XC; Hussain, T.; Kelley, AC; Lorsch, JR; Ramakrishnan, V.; Scheres, SH (2013). "Молекулярная архитектура эукариотического комплекса инициации трансляции". Science . 342 (6160): 1240585. doi :10.1126/science.1240585. PMC 3836175 . PMID  24200810. 
  32. ^ Гилберт, Венди В. (2011). «Функциональная специализация рибосом?». Тенденции в биохимических науках . 36 (3): 127–132. doi :10.1016/j.tibs.2010.12.002. ISSN  0968-0004. PMC 3056915. PMID 21242088  . 
  33. ^ Тописировик, И; Соненберг, Н (апрель 2011 г.). «Трансляционный контроль эукариотической рибосомой». Cell . 145 (3): 333–334. doi : 10.1016/j.cell.2011.04.006 . PMID  21529706.
  34. ^ Прейсс, Томас (2015). «Все рибосомы созданы равными. Действительно?». Тенденции в биохимических науках . 41 (2): 121–123. doi :10.1016/j.tibs.2015.11.009. ISSN  0968-0004. PMID  26682497.
  35. ^ Ферретти, Макс Б.; Карбштейн, Катрин (2019-02-07). «Существует ли функциональная специализация рибосом на самом деле?». РНК . 25 (5). Cold Spring Harbor Laboratory: 521–538. doi : 10.1261/rna.069823.118 . ISSN  1355-8382. PMC 6467006. PMID 30733326  . 
  36. ^ Фарли-Барнс, Кэтрин И.; Огава, Лиза М.; Басерга, Сьюзан Дж. (2019). «Рибосомопатии: старые концепции, новые противоречия». Тенденции в генетике . 35 (10). Elsevier BV: 754–767. doi :10.1016/j.tig.2019.07.004. ISSN  0168-9525. PMC 6852887. PMID 31376929  . 
  37. ^ Берингер, Даниэль; Гребер, Бэзил; Бан, Ненад (2011). «Механистическое понимание котрансляционной обработки белков, фолдинга, нацеливания и вставки в мембрану». Рибосомы . С. 405–418. doi :10.1007/978-3-7091-0215-2_32. ISBN 978-3-7091-0214-5.
  38. ^ Bohnsack, Markus T.; Schleiff, Enrico (2010). «Эволюция систем нацеливания и транслокации белков». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research . 1803 (10): 1115–1130. doi :10.1016/j.bbamcr.2010.06.005. PMID  20600359.
  39. ^ ab Narla, A; Ebert, BL (апрель 2010 г.). «Рибосомопатии: человеческие нарушения дисфункции рибосом». Blood . 115 (16): 3196–3205. doi :10.1182/blood-2009-10-178129. PMC 2858486 . PMID  20194897. 
  40. ^ Stumpf, CR; Ruggero, D (август 2011 г.). «Раковый аппарат трансляции». Curr Opin Genet Dev . 21 (4): 474–483. doi :10.1016/j.gde.2011.03.007. PMC 3481834. PMID  21543223 . 
  41. ^ ab Narla, A; Ebert, BL (октябрь 2011 г.). «Трансляционная медицина: рибосомопатии». Blood . 118 (16): 4300–1. doi :10.1182/blood-2011-08-372250. PMID  22021450.
  42. ^ Дауверсе, JG; Диксон, Дж; Селанд, С; Руйвенкамп, Калифорния; ван Херинген, А; Хофслот, ЛХ; Питерс, диджей; Буры, AC; Даумер-Хаас, К; Майвальд, Р; Цвайер, К; Керр, Б; Кобо, AM; Торал, Дж. Ф.; Хугебум, Эй Джей; Ломанн, доктор медицинских наук; Хер, У; Диксон, MJ; Бройнинг, Миннесота; Вечорек, Д. (январь 2011 г.). «Мутации в генах, кодирующих субъединицы РНК-полимераз I и III, вызывают синдром Тричера Коллинза». Нат Жене . 43 (1): 20–22. дои : 10.1038/ng.724. PMID  21131976. S2CID  205357102.
  43. ^ Finch, AJ; Hilcenko, C; Basse, N; Drynan, LF; Goyenechea, B; Menne, TF; González Fernández, A; Simpson, P; D'Santos, CS; Arends, MJ; Donadieu, J; Bellanné-Chantelot, C; Costanzo, M; Boone, C; McKenzie, AN ; Freund, SM; Warren, AJ (май 2011 г.). «Разъединение гидролиза GTP от высвобождения eIF6 на рибосоме вызывает синдром Швахмана-Даймонда». Genes & Development . 25 (9): 917–929. doi :10.1101/gad.623011. PMC 3084026 . PMID  21536732. 
  44. ^ Бланчард, SC; Куперман, BS; Уилсон, DN (июнь 2010 г.). «Исследование трансляции с помощью ингибиторов малых молекул». Chem. Biol . 17 (6): 633–645. doi :10.1016/j.chembiol.2010.06.003. PMC 2914516. PMID  20609413 . 
  45. ^ Пеллетье, Дж.; Пельц, С.В. (2007). «Терапевтические возможности перевода». Архив монографий Колд-Спринг-Харбор . 48 : 855–895.
  46. ^ Шнайдер-; Поэтч, Т.; Усуи, Т.; и др. (2010a). «Искаженные сообщения и поврежденные переводы». Nature Methods . 6 (3): 189–198. doi :10.1038/nchembio.326. PMID  20154667.
  47. ^ Шнайдер; Поэтч, Т.; Джу, Дж.; и др. (2010). "2010b. Ингибирование удлинения эукариотической трансляции циклогексимидом и лактимидомицином". Nat Chem Biol . 6 (3): 209–217. doi :10.1038/nchembio.304. PMC 2831214. PMID  20118940 . 
  48. ^ Dang, Y.; et al. (2011). «Ингибирование удлинения эукариотической трансляции противоопухолевым натуральным продуктом Mycalamide B». РНК . 17 (8): 1578–1588. doi :10.1261/rna.2624511. PMC 3153980. PMID  21693620 . 

Примечания