Information Hyperlinked over Proteins (или iHOP ) — это онлайн- сервис по поиску текста , который предоставляет сеть, управляемую генами, для доступа к рефератам PubMed . Сервис был создан Робертом Хоффманном и Альфонсо Валенсией в 2004 году. [1] [2]
Концепция, лежащая в основе iHOP, заключается в том, что, используя гены и белки в качестве гиперссылок между предложениями и аннотациями, информация в PubMed может быть преобразована в один навигационный ресурс. Навигация по взаимосвязанным предложениям в этой сети вместо использования обычного поиска по ключевым словам позволяет осуществлять пошаговое и контролируемое получение информации. Более того, эта литературная сеть может быть наложена на экспериментальные данные взаимодействия для облегчения одновременного анализа новых и существующих знаний. По состоянию на сентябрь 2014 года сеть, представленная в iHOP, содержит 28,4 миллиона предложений и 110 000 генов из более чем 2700 организмов, включая модельные организмы Homo sapiens , Mus musculus , Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans , Danio rerio , Arabidopsis thaliana , Saccharomyces cerevisiae и Escherichia coli .
Система iHOP показала, что, перемещаясь от гена к гену, отдаленные медицинские и биологические концепции могут быть связаны лишь небольшим числом генов; было показано, что кратчайший путь между двумя генами включает в среднем четыре промежуточных гена. [1]
Архитектура системы iHOP состоит из двух отдельных частей: «фабрики iHOP» и веб-приложения. Фабрика iHOP управляет исходными данными PubMed (текстовыми и генными данными) и организует их в реляционной базе данных PostgreSQL . Фабрика iHOP также производит соответствующий вывод XML для отображения веб-приложением. [2]
iHOP можно использовать бесплатно, он лицензирован в соответствии с лицензией Creative Commons BY-ND . [3]