stringtranslate.com

Псевдомонадота

Pseudomonadota (синоним Proteobacteria ) — основной тип грамотрицательных бактерий . Переименование нескольких типов прокариот в 2021 году, включая Pseudomonadota, остается спорным среди микробиологов, многие из которых продолжают использовать более раннее название Proteobacteria, давно употребленное в литературе. [10] Тип Proteobacteria включает в себя широкий спектр патогенных родов, таких как Escherichia , Salmonella , Vibrio , Yersinia , Legionella и многие другие. [11] Другие являются свободноживущими (непаразитарными ) и включают множество бактерий , ответственных за фиксацию азота .

Карл Вёзе основал эту группу в 1987 году, неофициально назвав ее «фиолетовыми бактериями и их родственниками». [12] Из-за большого разнообразия форм, обнаруженных в этой группе, позже она была неофициально названа Proteobacteria, в честь Протея , греческого бога моря, способного принимать множество различных форм (не в честь рода Proteobacteria Proteus ). [6] [13] В 2021 году Международный комитет по систематике прокариот обозначил синоним Pseudomonadota. [1]

Характеристики

Все псевдомонадоты (протеобактерии) разнообразны. Номинально они являются грамотрицательными , хотя на практике некоторые из них могут окрашиваться как грамположительные, так и грамположительные. Их внешняя мембрана состоит в основном из липополисахаридов . Многие передвигаются с помощью жгутиков , но некоторые неподвижны или полагаются на бактериальное скольжение . [ нужна цитата ]

Псевдомонадоты имеют большое разнообразие типов метаболизма . Большинство из них являются факультативно или облигатно анаэробными , хемолитоавтотрофными и гетеротрофными , но встречаются многочисленные исключения. Различные роды, не связанные друг с другом тесно, преобразуют энергию света посредством обычного фотосинтеза или аноксигенного фотосинтеза . [ нужна цитата ]

Некоторые альфапротеобактерии могут расти при очень низком уровне питательных веществ и иметь необычную морфологию, например, стебли и почки. Другие включают важные для сельского хозяйства бактерии, способные вызывать фиксацию азота в симбиозе с растениями. Типовой порядок — Caulobacterales , включающий стеблеобразующие бактерии, такие как Caulobacter . Считается, что митохондрии эукариот являются потомками альфапротеобактерий. [14]

Бетапротеобактерии весьма метаболически разнообразны и содержат хемолитоавтотрофы , фотоавтотрофы и универсальные гетеротрофы . Типовой отряд — Burkholderiales , включающий огромный диапазон метаболического разнообразия, включая условно-патогенные микроорганизмы . [ нужна цитата ]

Гаммапротеобактерии являются крупнейшим классом видов с достоверно опубликованными названиями . Типовой порядок — Pseudomonadales , к которому относятся роды Pseudomonas и азотфиксирующие Azotobacter . [ нужна цитата ]

Зетапротеобактерии представляют собой железоокисляющие нейтрофильные хемолитоавтотрофы , распространенные по всему миру в эстуариях и морских средах обитания. Порядок типов — Mariprofundales . [ нужна цитата ]

Гидрогенофилалии являются облигатными термофилами и включают гетеротрофов и автотрофов . Типовой порядок — Hydrogenophilales . [ нужна цитата ]

Acidithiobacillia содержат только серу, железо и уранокисляющие автотрофы . Порядок типов — Acidithiobacillales , который включает экономически важные организмы, используемые в горнодобывающей промышленности, такие как Acidithiobacillus spp. [ нужна цитата ]

Таксономия

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LSPN) [15] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [16]

Группа определяется в первую очередь последовательностями рибосомальной РНК (рРНК). Псевдомонадоты делятся на несколько классов. Раньше они считались подклассами типа, но теперь их рассматривают как классы . Эти классы монофилетичны . [17] [18] [19] Род Acidithiobacillus , входящий в состав гаммапротеобактерий, пока он не был переведен в класс Acidithiobacillia в 2013 году, [2] ранее считался парафилетичным по отношению к бетапротеобактериям согласно исследованиям мультигеномного выравнивания . [20] В 2017 году бетапротеобактерии подверглись серьезным изменениям, и был создан класс Hydrogenophilalia , включающий порядок Hydrogenophilales [4].

Классы Pseudomonadota с достоверно опубликованными названиями включают некоторые известные роды: [21], например:

Трансформация

Трансформация , процесс, при котором генетический материал передается от одной бактерии к другой, [28] зарегистрирован по крайней мере у 30 видов Pseudomonadota, распределенных по классам альфа, бета и гамма. [29] Наиболее изученными Pseudomonadota в отношении естественной генетической трансформации являются важные с медицинской точки зрения человеческие патогены Neisseria gonorrhoeae (класс бета) и Haemophilus influenzae (класс гамма). [30] Естественная генетическая трансформация — это половой процесс, включающий перенос ДНК из одной бактериальной клетки в другую через промежуточную среду и интеграцию донорской последовательности в геном реципиента. У патогенных Pseudomonadota трансформация, по-видимому, служит процессом восстановления ДНК , который защищает ДНК патогена от атаки фагоцитарной защиты хозяина, использующей окислительные свободные радикалы . [30]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ аб Орен А., генеральный директор Гаррити (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  2. ^ abc Уильямс, КП; Келли, ДП (2013). «Предложение о новом классе внутри типа Proteobacteria , Acidithiobacillia classis nov., с типовым порядком Acidithiobacillales , и исправленное описание класса Gammaproteobacteria ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (8): 2901–2906. дои : 10.1099/ijs.0.049270-0. PMID  23334881. S2CID  39777860.
  3. ^ Гаррити, генеральный менеджер; Белл, Дж.А.; Лилберн, Т. (2005). «Класс I. Класс альфапротеобактерий . Ноябрь». Ин Бреннер, диджей; Криг, Северная Каролина; Стейли, Джей Ти; Гаррити, генеральный директор (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2: Протеобактерии , Часть C (Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии (2-е изд.). Springer. стр. 1. doi : 10.1002/9781118960608.cbm00041. ISBN 9781118960608.
  4. ^ abc Боден, Р.; Хатт, LP; Рэй, AW (2017). «Реклассификация Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) в Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., перевод Thiobacillus (Beijerinck, 1904) из Hydrogenophilales в Nitrosomonadales, предложение класса Hydrogenophilalia nov. в рамках « Proteobacteria» и четыре новых семейства в отрядах Nitrosomonadales и Rhodocyclales. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (5): 1191–1205. дои : 10.1099/ijsem.0.001927 . hdl : 10026.1/8740 . ПМИД  28581923.
  5. ^ Эмерсон, Д.; Ренц, Дж. А.; Лилберн, Т.Г.; Дэвис, RE; Олдрич, Х.; Чан, К.; Мойер, CL (2007). «Новая линия протеобактерий, участвующих в формировании морских сообществ Fe-окисляющих микробных матов». ПЛОС ОДИН . 2 (8): е667. Бибкод : 2007PLoSO...2..667E. дои : 10.1371/journal.pone.0000667 . ЧВК 1930151 . ПМИД  17668050. 
  6. ^ аб Стакебрандт, Э.; Мюррей, RGE; Трупер, Х.Г. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственники»». Международный журнал систематической бактериологии . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 .
  7. ^ Грей Дж.П., Хервиг Р.П. (1996). «Филогенетический анализ бактериальных сообществ морских отложений». Appl Environ Microbiol . 62 (11): 4049–4059. Бибкод : 1996ApEnM..62.4049G. doi :10.1128/aem.62.11.4049-4059.1996. ПМК 168226 . ПМИД  8899989. 
  8. ^ Гаррити, генеральный директор; Белл, Дж.А.; Лилберн, Т. (2005). «Тип XIV. Протеобактерии типа ноя». Ин Бреннер, диджей; Криг, Северная Каролина; Стейли, Джей Ти; Гаррити, генеральный директор (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (Протеобактерии), часть Б (Гаммапротеобактерии) (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. п. 1.
  9. ^ Кавалер-Смит Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Int J Syst Evol Microbiol . 52 (1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД  11837318.
  10. ^ «Недавно переименованный тип прокариот вызывает бурю негодования» .
  11. ^ Слончевски Дж.Л., Фостер Дж.В., Фостер Э. Микробиология: развивающаяся наука, 5-е изд. WW Нортон и компания; 2020.
  12. ^ Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. ПМК 373105 . ПМИД  2439888. 
  13. ^ «Протеобактерии». Откройте для себя Жизнь . Дерево жизни . Проверено 9 февраля 2007 г.
  14. ^ Роджер, AJ; Муньос-Гомес, Ю.А.; Камикава, Р. (2017). «Происхождение и разнообразие митохондрий». Современная биология . 27 (21): Р1177–Р1192. дои : 10.1016/j.cub.2017.09.015 . ПМИД  29112874.
  15. ^ Эзеби JP. «Псевдомонадота». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 г.
  16. ^ Сэйерс. «Протеобактерии». База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 г.
  17. ^ Криг, Ноэль Р.; Бреннер, Дон Дж.; Стейли, Джеймс Т. (2005). «Протеобактерии». Руководство Берджи по систематической бактериологии . Спрингер. ISBN 978-0-387-95040-2.
  18. ^ Чиккарелли, Флорида; Доркс, Т.; фон Меринг, К.; Криви, CJ; Снел, Б.; Борк, П. (2006). «К автоматической реконструкции высокоразрешенного древа жизни». Наука . 311 (5765): 1283–1287. Бибкод : 2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514 . дои : 10.1126/science.1123061. PMID  16513982. S2CID  1615592. 
  19. ^ Ярза, П.; Людвиг, В.; Эзеби, Ж.; Аманн, Р.; Шлейфер, К.Х.; Глекнер, Ф.О.; Росселло-Мора, Р. (2010). «Обновление проекта «Живое дерево для всех видов» на основе анализа последовательностей 16S и 23S рРНК». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (6): 291–299. дои : 10.1016/j.syapm.2010.08.001. ПМИД  20817437.
  20. ^ Уильямс, КП; Гиллеспи, Джей-Джей; Собрал, BWS; Нордберг, ЕК; Снайдер, Э.Э.; Шаллом, Дж. М.; Дикерман, AW (2010). «Филогения гаммапротеобактерий». Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–2314. дои : 10.1128/JB.01480-09. ПМЦ 2863478 . ПМИД  20207755. 
  21. ^ «Интерактивное Древо жизни». Гейдельберг, Германия: Европейская лаборатория молекулярной биологии . Архивировано из оригинала 23 февраля 2022 года . Проверено 23 февраля 2022 г.
  22. ^ "ЛТП" . Проверено 23 февраля 2021 г.
  23. ^ "Дерево LTP_all в формате Ньюика" . Проверено 23 февраля 2021 г.
  24. ^ «Примечания к выпуску LTP_12_2021» (PDF) . Проверено 23 февраля 2021 г.
  25. ^ "Выпуск GTDB 08-RS214" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  26. ^ "bac120_r214.sp_label". База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  27. ^ «История таксона». База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
  28. ^ Джонстон С., Мартин Б., Фичант Г., Полард П., Клаверис Дж.П. (2014). «Бактериальная трансформация: распространение, общие механизмы и дивергентный контроль». Нат. Преподобный Микробиол . 12 (3): 181–196. doi : 10.1038/nrmicro3199. PMID  24509783. S2CID  23559881.
  29. ^ Джонсборг О, Эльдхольм В, Ховарштайн Л.С. (2007). «Естественная генетическая трансформация: распространенность, механизмы и функции». Рез. Микробиол . 158 (10): 767–778. дои : 10.1016/j.resmic.2007.09.004 . ПМИД  17997281.
  30. ^ аб Мишод Р.Э., Бернштейн Х., Недельку А.М. (2008). «Адаптационное значение пола у микробных патогенов». Заразить. Жене. Эвол . 8 (3): 267–285. дои : 10.1016/j.meegid.2008.01.002. ПМИД  18295550.

Внешние ссылки

Wikispecies содержит информацию, связанную с Pseudomonadota .