SNOMED CT или SNOMED Clinical Terms — это систематически организованная компьютерная коллекция медицинских терминов, содержащая коды, термины, синонимы и определения, используемые в клинической документации и отчетности. SNOMED CT считается самой полной многоязычной клинической терминологией здравоохранения в мире. [1] [2] Основная цель SNOMED CT — кодировать значения, используемые в медицинской информации, и поддерживать эффективную клиническую регистрацию данных с целью улучшения ухода за пациентами. SNOMED CT предоставляет основную общую терминологию для электронных медицинских карт . Всеобъемлющее покрытие SNOMED CT включает: клинические результаты, симптомы, диагнозы, процедуры, структуры тела, организмы и другие этиологии, вещества, фармацевтические препараты, устройства и образцы.
SNOMED CT поддерживается и распространяется SNOMED International, международной некоммерческой организацией по разработке стандартов, расположенной в Лондоне, Великобритания. SNOMED International — торговое название Международной организации по разработке стандартов медицинской терминологии (IHTSDO), созданной в 2007 году.
SNOMED CT обеспечивает последовательный обмен информацией и является основополагающим для совместимой электронной медицинской карты. Он предоставляет последовательные средства для индексации, хранения, извлечения и объединения клинических данных по специальностям и местам оказания медицинской помощи. Он также помогает в организации содержимого систем электронных медицинских карт, уменьшая изменчивость в способе сбора, кодирования и использования данных для клинического ухода за пациентами и исследований. [3] SNOMED CT может использоваться для прямой записи клинических данных отдельных лиц в электронные карты пациентов. Он также предоставляет пользователю ряд ссылок на пути клинического ухода, общие планы ухода и другие ресурсы знаний, чтобы облегчить принятие обоснованных решений и поддержать долгосрочный уход за пациентами. Наличие бесплатных инструментов и служб автоматического кодирования, которые могут возвращать ранжированный список дескрипторов SNOMED CT для кодирования любого клинического отчета, может помочь медицинским работникам ориентироваться в терминологии.
SNOMED CT — это терминология, которая может перекрестно соответствовать другим международным стандартам и классификациям. [4] Доступны специальные языковые издания, которые дополняют международное издание и могут содержать языковые переводы, а также дополнительные национальные термины. Например, SNOMED CT-AU, выпущенный в декабре 2009 года в Австралии, основан на международной версии SNOMED CT, но включает слова и идеи, которые клинически и технически являются уникальными для Австралии. [5]
SNOMED был создан в 1965 году как Систематизированная номенклатура патологии (SNOP) и впоследствии был развит в логическую терминологию здравоохранения. [6] [7]
SNOMED CT был создан в 1999 году путем слияния, расширения и реструктуризации двух крупных терминологий: SNOMED Reference Terminology (SNOMED RT), разработанной Коллегией американских патологов (CAP); и Clinical Terms Version 3 (CTV3) (ранее известной как Коды чтения ), разработанной Национальной службой здравоохранения Соединенного Королевства (NHS). [8] Окончательный продукт был выпущен в январе 2002 года. [9] [10] Международная организация по разработке стандартов медицинской терминологии теперь считает SNOMED CT торговой маркой, а не аббревиатурой . Ранее SNOMED был аббревиатурой от Systematized Nomenclature Of Medicine, но он утратил это значение, когда SNOMED был объединен с CTV3 (Clinical Terms Version 3) в объединенный продукт под названием SNOMED Clinical Terms, который был сокращен до SNOMED CT.
Исторической силой SNOMED был охват медицинских специальностей. SNOMED RT с более чем 120 000 концепций был разработан в качестве общей справочной терминологии для агрегации и поиска данных о патологии здравоохранения, зарегистрированных несколькими организациями и отдельными лицами. Сильной стороной CTV3 была его терминология для общей практики. CTV3 с 200 000 взаимосвязанных концепций использовался для хранения структурированной информации о встречах с первичной медико-санитарной помощью в индивидуальных записях пациентов. [11] Выпуск SNOMED CT International Edition за январь 2020 года включал более 350 000 концепций. [12]
В июле 2003 года Национальная медицинская библиотека (NLM) от имени Министерства здравоохранения и социальных служб США заключила соглашение с Коллегией американских патологов, чтобы сделать SNOMED CT доступным для пользователей США бесплатно через Единую систему медицинского языка UMLS Metathesaurus Национальной медицинской библиотеки . Переговорную группу NLM возглавляла Бетси Хамфрис , [13] и контракт предоставил NLM постоянную лицензию на ядро SNOMED CT (на испанском и английском языках) и его текущие обновления. [9] [14] [15]
В апреле 2007 года права интеллектуальной собственности SNOMED CT были переданы от CAP Международной организации по разработке стандартов медицинской терминологии (IHTSDO) с целью содействия международному принятию и использованию SNOMED CT. В настоящее время действующая как SNOMED International, организация отвечает за «текущее обслуживание, разработку, обеспечение качества и распространение SNOMED CT» на международном уровне [6] [5] [10] , а ее членами являются ряд ведущих стран и территорий в области электронного здравоохранения, в том числе: Аргентина, Австралия, Бельгия, Бруней, Канада, Чешская Республика, Чили, Дания, Эстония, Гонконг, Исландия, Индия, Ирландия, Израиль, Литва, Малайзия, Мальта, Нидерланды, Новая Зеландия, Норвегия, Польша, Португалия, Сингапур, Словацкая Республика, Республика Словения, Испания, Швеция, Швейцария, Соединенное Королевство, Соединенные Штаты и Уругвай. [16]
SNOMED CT — это многонациональная и многоязычная терминология, которая может управлять различными языками и диалектами. SNOMED CT в настоящее время доступен на американском английском, британском английском, испанском, датском и шведском языках, а также другие переводы на французский и голландский языки находятся в процессе выполнения или почти завершены. SNOMED CT перекрестно сопоставляется с другими терминологиями, такими как: ICD-9-CM , ICD-10 , ICD-O-3 , ICD-10-AM , Laboratory LOINC и OPCS-4 . Он поддерживает стандарты ANSI , DICOM , HL7 и ISO .
SNOMED CT состоит из четырех основных компонентов:
«Концепции» SNOMED CT — это репрезентативные единицы, которые классифицируют все, что характеризует процессы здравоохранения и должно быть в них записано. В 2011 году SNOMED CT включал более 311 000 концепций, которые однозначно идентифицируются по идентификатору концепции, например, концепция 22298006 относится к инфаркту миокарда . Все концепции SNOMED CT организованы в ациклические таксономические (is-a) иерархии; например, вирусная пневмония IS-A инфекционная пневмония IS-A пневмония IS-A заболевание легких . Концепции могут иметь несколько родителей, например, инфекционная пневмония также является потомком инфекционного заболевания . Таксономическая структура позволяет регистрировать данные и впоследствии получать к ним доступ на разных уровнях агрегации. Концепции SNOMED CT связаны примерно 1 360 000 ссылок, называемых отношениями . [18]
Концепции далее описываются различными клиническими терминами или фразами, называемыми описаниями, которые делятся на полностью указанные имена (FSN), предпочтительные термины (PT) и синонимы . Каждое понятие имеет ровно один FSN, который является уникальным для всего SNOMED CT. Кроме того, оно имеет ровно один PT, который, по решению группы врачей, является наиболее распространенным способом выражения значения понятия. Оно может иметь от нуля до множества синонимов. Синонимы — это дополнительные термины и фразы, используемые для обозначения этого понятия. Они не обязательно должны быть уникальными или однозначными. [ необходима цитата ]
SNOMED CT назначает каждому понятию семантический тег. Он присутствует в скобках в полностью указанном имени каждого понятия. В каждой иерархии верхнего уровня SNOMED CT может использоваться несколько семантических тегов. Например, иерархия верхнего уровня фармацевтического/биологического продукта использует семантические теги: продукт, лекарственный продукт, форма лекарственного продукта и клинический препарат. Для каждого понятия может использоваться только один семантический тег. [ необходима цитата ]
SNOMED CT можно охарактеризовать как многоязычный тезаурус с онтологической основой . Тезаурусоподобными чертами являются отношения между понятиями и терминами, такие как синонимичные описания «Острый насморк», «Острый катар носа», «Острый ринит», «Простуда» (а также испанские «resfrío común» и «rinitis infecciosa») для понятия 82272006.
При онтологическом рассмотрении SNOMED-CT представляет собой иерархию классов (с обширным перекрытием классов в отличие от типичных статистических классификаций, таких как МКБ). Это означает, что концепция SNOMED CT 82272006 определяет класс всех отдельных случаев заболевания, которые соответствуют критериям «простуды» (например, у одного пациента в его истории болезни может быть отмечена «простуда», а у другого — «острый насморк»; оба могут быть обнаружены как случаи «простуды»). Отношение суперкласса (Is-A) связывает классы с точки зрения включения их членов. То есть все отдельные «процессы простуды» также включены во все суперклассы класса «Простуда», такие как «Вирусная инфекция верхних дыхательных путей» (рисунок).
Реляционные утверждения SNOMED CT в основном представляют собой триплеты вида Концепция 1 – Отношение x – Концепция 2 , где Отношение x относится к небольшому числу типов отношений (называемых связевыми концепциями), например, поиск места , из-за и т. д. Интерпретация этих триплетов (неявно) основана на семантике простой логики описания (DL). Например, триплет Простуда – возбудитель – Вирус соответствует выражению первого порядка
forall x: instance-of (x, Common cold) -> exists y: instance-of (y, Virus) and causative-agent (y, x)
или более интуитивное выражение DL
Common cold subClassOf causative-agent some Virus
В примере с простудой описание концепции является «примитивным», что означает, что указаны необходимые критерии, которые должны быть соблюдены для каждого случая, но не являются достаточными для классификации расстройства как случая простуды . Напротив, пример с вирусной инфекцией верхних дыхательных путей описывает полностью описанную концепцию, которая представлена в логике описания следующим образом:
Вирусная инфекция верхних дыхательных путей эквивалентна Инфекции верхних дыхательных путей и Вирусной респираторной инфекции и Возбудителю некоторых Вирус и Место обнаружения некоторых Структура верхних дыхательных путей и Патологический процесс некоторых Инфекционный процесс
Это означает, что каждое отдельное заболевание, удовлетворяющее всем критериям определения, можно классифицировать как случай вирусной инфекции верхних дыхательных путей.
Начиная с 2021 года контент SNOMED CT ограничивается подмножеством формализма EL++ , ограничиваясь следующими операторами:
Для понимания моделирования также важно сравнить заявленный взгляд на концепцию с предполагаемым взглядом на концепцию. При дальнейшем рассмотрении взгляда на состояние SNOMED CT в прошлом использовал подход к моделированию, называемый подходом «проксимального родителя». После 2015 года был принят превосходный подход, называемый «проксимальным примитивным родителем».
SNOMED CT предоставляет композиционный синтаксис [19] , который может использоваться для создания выражений, представляющих клинические идеи, которые явно не представлены концепциями SNOMED CT. Этот механизм существует, поскольку сложно создавать и поддерживать все возможные концепции заранее (как предварительно согласованные концепции).
Например, нет четкого понятия для "ожога третьей степени левого указательного пальца, вызванного горячей водой". Однако, используя композиционный синтаксис, его можно представить как
284196006 | ожог кожи | : 116676008 | ассоциированная морфология | = 80247002 | ожог третьей степени | , 272741003 | латеральность | = 7771000 | левая | , 246075003 | возбудитель | = 47448006 | горячая вода | , 363698007 | поиск сайта | = 83738005 | структура указательного пальца
Говорят, что такие выражения были «посткоординированными». Посткоординация позволяет избежать необходимости создания большого количества определенных концепций в SNOMED CT. Однако многие системы допускают только предкоординированные представления. Надежный анализ и сравнение посткоординированных выражений возможны с использованием соответствующих алгоритмов и механизмов для эффективной обработки выражения с учетом базовой логики описания.
Крупнейшие системы электронных медицинских карт (EHRS) неоднократно жаловались в IHTSDO и другие организации по стандартизации на «сложность» посткоординированных выражений.
Например, приведенное выше посткоординированное выражение можно преобразовать с помощью набора стандартных правил в следующее «выражение нормальной формы», которое позволяет проводить сравнение с аналогичными понятиями.
64572001 | болезнь | : 246075003 | возбудитель | = 47448006 | горячая вода | , 363698007 | поиск сайта | = ( 83738005 | структура указательного пальца | : 272741003 | латеральность | = 7771000 | левая | ) , { 116676008 | ассоциированная морфология | = 80247002 | ожог третьей степени | , 363698007 | место нахождения | = 39937001 | структура кожи | }Посткоординация — важная желательная функция терминологии. До 2020 года Международная классификация болезней (МКБ) не допускала посткоординацию, а SNOMED CT была единственной терминологией, которая поддерживала посткоординацию. С 2020 года новая версия МКБ-11 также поддерживает посткоординацию.
Международное издание SNOMED CT включает только человеческие термины. В 2014 году четко ветеринарные концепции были перемещены в ветеринарное расширение SNOMED CT. Это расширение управляется Лабораторией ветеринарной терминологии [20] в Колледже ветеринарной медицины Va-Md в Политехническом институте Вирджинии.
Более ранние версии SNOMED имели фасетную структуру, упорядоченную по семантическим осям, что требовало, чтобы более сложные ситуации кодировались координацией различных кодов. Это имело два основных недостатка. С одной стороны, необходимость посткоординации воспринималась как недружелюбное для пользователя препятствие, что, безусловно, способствовало довольно низкому принятию ранних версий SNOMED. С другой стороны, было трудно получить единообразное кодирование. Например, острый аппендицит мог быть посткоординирован тремя различными способами [21] без каких-либо средств для вычисления семантических эквивалентностей. SNOMED RT решил эту проблему, введя формулу логики описания. С добавлением CTV3 большое количество концепций было переопределено с использованием формальных выражений. Однако слияние с CTV3, как исторически сложившейся терминологией со многими близкими к пользователю описаниями, привело к некоторым проблемам, которые все еще влияют на SNOMED CT. В дополнение к запутанной таксономической паутине из множества иерархических уровней с массивным множественным наследованием (например, существует 36 таксономических предков для острого аппендицита ), в SNOMED CT нашли свое место многие неоднозначные, зависящие от контекста концепции. Предварительная координация иногда доводилась до крайностей, так что, например, существует 350 различных концепций для ожогов, обнаруженных на голове. [ необходима цитата ]
Еще одним явлением, характеризующим части SNOMED CT, является так называемое эпистемическое вторжение . [22] В принципе, задача терминологии (и даже онтологии ) должна быть ограничена предоставлением контекстно-свободных значений терминов или классов. Контекстуализация этих репрезентативных единиц должна быть в идеале задачей информационной модели. [23] Человеческий язык здесь вводит в заблуждение, поскольку мы используем синтаксически схожие выражения для представления категориально различных сущностей, например, внематочная беременность против предполагаемой беременности . Первое относится к реальной беременности, второе — к части (неопределенной) информации . В SNOMED CT большинство (но не все) из этих контекстно-зависимых понятий сосредоточены в подиерархии Ситуация с явным контекстом . Основная причина, по которой такие понятия не могут быть исключены, заключается в том, что SNOMED CT во многих случаях берет на себя функциональность информационных моделей, поскольку последние не существуют в данной реализации.
С созданием IHTSDO SNOMED CT стал более доступным для более широкой аудитории. Критика состояния терминологии была вызвана многочисленными существенными недостатками, а также отсутствием мер по обеспечению качества. [24] С самого начала IHTSDO был открыт для такой (также академической) критики. За последние несколько лет был достигнут значительный прогресс в отношении обеспечения качества и инструментария.
Постепенно была принята необходимость в более принципиальной онтологической основе , а также лучшее понимание семантики логики описания. Были сформулированы приоритеты редизайна относительно наблюдаемых [25] , расстройств, результатов [26], веществ, организмов и т. д. Были разработаны руководящие принципы перевода [27] , а также руководящие принципы для запросов на отправку контента и стратегия включения предварительно согласованного контента. Все еще существуют известные недостатки относительно « онтологического обязательства » SNOMED CT [28], например, разъяснение того, какой вид сущности является экземпляром данной концепции SNOMED CT. Один и тот же термин может быть интерпретирован как расстройство или пациент с расстройством, например, опухоль может обозначать процесс или кусок ткани; аллергия может обозначать аллергическую реакцию или просто аллергическую предрасположенность. Более поздняя стратегия заключается в использовании строго типизированных онтологий верхнего уровня для устранения неоднозначности контента SNOMED CT.
Возросшее использование SNOMED CT для исследований в области ежедневного использования по всему миру для поддержки ухода за пациентами приводит к более широкому вовлеченному сообществу. Это привело к увеличению ресурсов, выделяемых на создание терминов SNOMED CT, а также к расширению сотрудничества для превращения SNOMED CT в надежный отраслевой стандарт. Это приводит к увеличению количества программных инструментов и разработке материалов, которые вносят вклад в базу знаний для поддержки внедрения. Также развивается ряд онлайн-сообществ, которые фокусируются на отдельных аспектах SNOMED CT и его внедрении.
Теоретически, рассуждения описательной логики могут быть применены к любому новому кандидату посткоординированных выражений, чтобы оценить, является ли он родителем или предком, потомком или другим потомком или семантически эквивалентным любому существующему понятию из существующих предкоординированных понятий. Однако, отчасти как продолжающийся выпад из слияния с CTV3, SNOMED все еще содержит необнаруженные семантически дублирующие примитивные и определенные понятия. Кроме того, многие понятия остаются примитивными, в то время как их семантика также может быть законно определена в терминах других примитивов и ролей одновременно в системе. Из-за этих упущений и фактической или возможной избыточности семантического содержания реальная производительность алгоритмов для вывода категоризации или семантической эквивалентности будет непредсказуемо несовершенной.
Использование последовательных правил важно для качества SNOMED CT. С этой целью в 2009 году команда SNOMED CT создала прототип Machine Readable Concept Model (MRCM). В последующей работе эта модель пересматривается для использования ограничений выражений SNOMED CT.
SNOMED CT — это клиническая терминология, разработанная для сбора и представления данных о пациентах в клинических целях. [29] Международная статистическая классификация болезней и проблем, связанных со здоровьем (МКБ) — это используемая на международном уровне медицинская система классификации; которая используется для присвоения диагностических и, в некоторых национальных модификациях, процедурных кодов с целью получения кодированных данных для статистического анализа, эпидемиологии, возмещения и распределения ресурсов. [30] Обе системы используют стандартизированные определения и формируют общий медицинский язык, используемый в системах электронных медицинских карт (ЭМК). [31] SNOMED CT позволяет вводить информацию в систему ЭМК в ходе лечения пациента, в то время как МКБ облегчает поиск или вывод информации для целей вторичных данных. [31] [32] В 2010-х годах преимуществом SNOMED CT перед МКБ была множественная родительская иерархия SNOMED CT. С момента выхода МКБ-11 в 2020 году это преимущество стало менее важным, поскольку базовый уровень МКБ-11 допускает наличие у концепции МКБ-11 нескольких родительских понятий.
LOINC — это терминология, которая содержит лабораторные тесты. С 2017 года SNOMED International начала создавать термины для компонентов LOINC и создала набор выражений SNOMED CT, которые охватывают значение многих терминов LOINC.
Между MedDRA и SNOMED CT есть совпадение, что невыгодно для фармацевтической промышленности. В 2021 году две карты между SNOMED CT и MedDRA были совместно опубликованы обеими организациями (из SNOMED CT в MedDRA и из MedDRA в SNOMED CT). [33]
SNOMED CT используется различными способами, вот некоторые из них:
Более конкретно, следующие примеры компьютерных приложений используют SNOMED CT:
SNOMED CT поддерживается и распространяется SNOMED International, международной некоммерческой организацией по разработке стандартов, расположенной в Лондоне, Великобритания.
Использование SNOMED CT в производственных системах требует лицензии. Существует два типа лицензий:
Для научных исследований в области медицинской информатики, для демонстраций или оценки можно свободно загружать и использовать источники SNOMED CT. Оригинальные источники SNOMED CT в табличной форме доступны зарегистрированным пользователям Единой медицинской языковой системы (UMLS), подписавшим соглашение. Доступны многочисленные онлайн и офлайн браузеры.
Желающим получить лицензию на использование и загрузить SNOMED CT следует обратиться в свой Национальный центр распространения, ссылки на который приведены на сайте IHTSDO.
Для облегчения принятия SNOMED CT и использования SNOMED CT в других стандартах существуют бесплатные подмножества. Например, набор из 7 314 кодов и описаний бесплатен для использования пользователями DICOM -совместимого программного обеспечения (без ограничений для стран-членов IHTSDO). [35] [36]
GPS был выпущен в сентябре 2019 года и содержит 21 782 концепции. [37]
Концепции SNOMED CT обычно принадлежат к одной иерархии (за исключением объединенных концепций лекарств и устройств). Некоторые иерархии имеют определенную модель концепции (например, клинические данные). Для других доменов (например, Организм, Вещество, Значение квалификатора) пока не определена модель концепции.
Понятия в этой иерархии представляют процедуры, выполняемые на пациенте. Существует четко определенная концептуальная модель для процедур. Место процедуры (прямое или косвенное) определяет, на какой части тела выполняется процедура. Для процедур оценки существует отдельный набор правил. Процедуры оценки — это процедуры, в которых доказательства оцениваются для подтверждения определения значения, вывода или заключения. Процедуры оценки имеют дополнительные атрибуты, такие как «Имеет образец», «Свойство» или «Метод измерения».
По состоянию на 2016 год иерархия событий не имеет определенной модели концептов. В 2006 году некоторые концепты из иерархии «Клинические данные» были перемещены в иерархию событий. Эти концепты сохранили некоторые из своих атрибутов. (например, возбудитель)
SNOMED International работает над созданием концептуальной модели для наблюдаемых объектов. [38]
Части тела представляют собой одну из крупнейших иерархий в SNOMED CT. Моделирование основано на базовой модели анатомии, но отличается от модели в некоторых аспектах (например, область рассматривается как 3D-область, а не как 2D-область). Важные атрибуты включают: «Латеральность», несколько типов отношений «Часть» и «Является».
Фармацевтические и биологические продукты моделируются с использованием конструкций активного ингредиента, силы презентации и основы силы. С 2018 года гармонизация содержания лекарств SNOMED CT со стандартом IDMP является редакционной целью. Присутствуют следующие типы сущностей:
Термин более высокого уровня, группирующий лекарственные средства. Например, 398731002 | Продукт, содержащий сульфаметоксазол и триметоприм (лекарственный препарат) |
Концепция, которая представляет собой конкретный лекарственный продукт, используемый в клинической практике. Например, 317335000 | Продукт, содержащий именно эзомепразол 20 миллиграмм/1 каждая таблетка для приема внутрь с обычным высвобождением (клинический препарат)|
Концепция, представляющая способ доставки продукта. Например, 385219001 | Раствор для инъекций с обычным высвобождением (дозированная форма) |.
Целью SNOMED CT является согласованность. Для обеспечения этого используется несколько механизмов. Машиночитаемая модель концепции используется для проверки соответствия набору правил. Правила создания полностью определенного имени для концепции определяют разрешенные и не разрешенные шаблоны. [39] При определении концепции используется проксимальное примитивное родительское правило (в указанном определении) для использования наилучшей логики описания, полученной при классификации концепций.
Отдельные соглашения управляют группировкой отношений. Возможность группировать связанные отношения является важной сильной стороной SNOMED CT. Правила в Машиночитаемой концептуальной модели (MRCM) [40] определяют по домену, какие отношения никогда не группируются (например, атрибуты «Является ли» или «Латеральность»), а какие отношения всегда группируются (например, «Поиск места»). Для правильного вывода категоризации некоторые отношения могут быть в группе, но состоять из одного отношения.
Еще одним соглашением для международного издания SNOMED CT является избежание создания промежуточных примитивных концепций (если только это не является необходимым с медицинской точки зрения и не может быть определено с помощью существующей модели концепций). Промежуточное примитивное (=не определенное) понятие — это неопределенное понятие, которое имеет дочерние концепции и родительские концепции. Это соглашение связано с использованием логики описания для облегчения ведения терминологии. Поскольку примитивные концепции не могут быть обработаны классификатором логики описания, ведение таких концепций зависит исключительно от редакторов-людей. Добавление новых промежуточных примитивных концепций требует внесения изменений во все затронутые концепции и является требовательным с точки зрения ведения терминологии.
{{cite web}}: CS1 maint: архивная копия как заголовок ( ссылка )
SNOMED CT ID (P5806) (см. использование )