SNOMED CT или SNOMED ClinicalTerms — это систематически организованная компьютерная коллекция медицинских терминов , содержащая коды, термины, синонимы и определения, используемые в клинической документации и отчетности. SNOMED CT считается наиболее полной и многоязычной клинической медицинской терминологией в мире. [1] [2] Основная цель SNOMED CT — кодировать значения, которые используются в медицинской информации, и поддерживать эффективную клиническую регистрацию данных с целью улучшения ухода за пациентами. SNOMED CT предоставляет основную общую терминологию для электронных медицинских карт . Комплексное покрытие SNOMED CT включает: клинические данные, симптомы, диагнозы, процедуры, структуры тела, организмы и другие этиологии, вещества, фармацевтические препараты, устройства и образцы.
SNOMED CT поддерживается и распространяется SNOMED International, международной некоммерческой организацией по разработке стандартов, расположенной в Лондоне, Великобритания. SNOMED International — торговое название Международной организации по разработке стандартов медицинской терминологии (IHTSDO), созданной в 2007 году.
SNOMED CT обеспечивает последовательный обмен информацией и имеет основополагающее значение для совместимой электронной медицинской карты. Он предоставляет согласованные средства индексирования, хранения, извлечения и агрегирования клинических данных по специализациям и местам оказания медицинской помощи. Это также помогает организовать содержимое систем электронных медицинских карт за счет уменьшения различий в способах сбора, кодирования и использования данных для клинического ухода за пациентами и исследований. [3] SNOMED CT можно использовать для непосредственной записи клинических подробностей отдельных лиц в электронные карты пациентов. Он также предоставляет пользователю ряд связей с путями клинической помощи, планами совместного ухода и другими ресурсами знаний, чтобы облегчить принятие обоснованных решений и поддержать долгосрочный уход за пациентами. Доступность бесплатных инструментов и услуг автоматического кодирования, которые могут возвращать ранжированный список дескрипторов SNOMED CT для кодирования любого клинического отчета, может помочь медицинским работникам ориентироваться в терминологии.
SNOMED CT — это терминология, которая может соответствовать другим международным стандартам и классификациям. [4] Доступны версии на определенных языках, которые дополняют международную версию и могут содержать языковые переводы, а также дополнительные национальные термины. Например, SNOMED CT-AU, выпущенный в декабре 2009 года в Австралии, основан на международной версии SNOMED CT, но включает в себя слова и идеи, которые клинически и технически уникальны для Австралии. [5]
SNOMED зародился в 1965 году как Систематизированная номенклатура патологии (SNOP) и в дальнейшем превратился в логическую терминологию здравоохранения. [6] [7]
SNOMED CT был создан в 1999 году в результате слияния, расширения и реструктуризации двух крупномасштабных терминологий: Справочной терминологии SNOMED (SNOMED RT), разработанной Колледжем американских патологов (CAP); и Клинические условия версии 3 (CTV3) (ранее известные как коды чтения ), разработанные Национальной службой здравоохранения Соединенного Королевства (NHS). [8] Окончательный продукт был выпущен в январе 2002 года. [9] [10] Международная организация по разработке стандартов медицинской терминологии теперь считает SNOMED CT торговой маркой , а не аббревиатурой . Ранее SNOMED был аббревиатурой «Систематизированной медицинской номенклатуры», но он потерял это значение, когда SNOMED был объединен с CTV3 (Клинические условия версии 3) в объединенный продукт под названием SNOMED ClinicalTerms, который был сокращен до SNOMED CT.
Историческая сила SNOMED заключалась в охвате медицинских специальностей. SNOMED RT, содержащий более 120 000 концепций, был разработан в качестве общей справочной терминологии для агрегирования и поиска данных о патологиях здравоохранения, зарегистрированных множеством организаций и отдельных лиц. Сильной стороной CTV3 была его терминология для общей практики. CTV3, содержащий 200 000 взаимосвязанных понятий, использовался для хранения структурированной информации о обращениях за первичной медицинской помощью в индивидуальных записях пациентов. [11] Выпуск SNOMED CT International Edition за январь 2020 года включал более 350 000 концепций. [12]
В июле 2003 года Национальная медицинская библиотека (NLM) от имени Министерства здравоохранения и социальных служб США заключила соглашение с Колледжем американских патологов о бесплатном предоставлении SNOMED CT пользователям США через Национальную Единая система медицинского языка UMLS Metathesaurus Медицинской библиотеки . Переговорную группу NLM возглавила Бетси Хамфрис [13] , и контракт предоставил NLM бессрочную лицензию на ядро SNOMED CT (на испанском и английском языках) и его постоянные обновления. [9] [14] [15]
В апреле 2007 года права интеллектуальной собственности SNOMED CT были переданы от CAP Международной организации по разработке стандартов медицинской терминологии (IHTSDO) с целью содействия международному принятию и использованию SNOMED CT. В настоящее время действующая как SNOMED International, организация отвечает за «постоянное обслуживание, развитие, обеспечение качества и распространение SNOMED CT» на международном уровне [6] [5] [10] , а ее членами являются ряд ведущих мировых компаний в области электронного здравоохранения. страны и территории, в том числе: Аргентина, Австралия, Бельгия, Бруней, Канада, Чехия, Чили, Дания, Эстония, Гонконг, Исландия, Индия, Ирландия, Израиль, Литва, Малайзия, Мальта, Нидерланды, Новая Зеландия, Норвегия, Польша. , Португалия, Сингапур, Словацкая Республика, Республика Словения, Испания, Швеция, Швейцария, Великобритания, США и Уругвай. [16]
SNOMED CT — это многонациональная и многоязычная терминология, которая может работать с разными языками и диалектами. SNOMED CT в настоящее время доступен на американском английском, британском английском, испанском, датском и шведском языках, а другие переводы находятся в процессе или почти завершены на французском и голландском языках. SNOMED CT сопоставляется с другими терминами, такими как: ICD-9-CM , ICD-10 , ICD-O-3 , ICD-10-AM , Laboratory LOINC и OPCS-4 . Он поддерживает стандарты ANSI , DICOM , HL7 и ISO .
SNOMED CT состоит из четырех основных основных компонентов:
«Концепции» SNOMED CT — это репрезентативные единицы, которые классифицируют все, что характеризует процессы здравоохранения и должно быть записано в них. В 2011 году SNOMED CT включал более 311 000 концепций, которые однозначно идентифицируются идентификатором концепции, например, концепция 22298006 относится к инфаркту миокарда . Все концепции SNOMED CT организованы в ациклические таксономические (is-a) иерархии; например, Вирусная пневмония IS-A Инфекционная пневмония IS-A Пневмония IS-A Заболевание легких . У концепций может быть несколько родителей, например, Инфекционная пневмония также является потомком Инфекционной болезни . Таксономическая структура позволяет записывать данные и впоследствии получать к ним доступ на разных уровнях агрегирования. Концепции SNOMED CT связаны примерно 1 360 000 ссылками, называемыми отношениями . [18]
Концепции дополнительно описываются различными клиническими терминами или фразами, называемыми описаниями, которые делятся на полностью определенные имена (FSN), предпочтительные термины (PT) и синонимы . Каждая концепция имеет ровно один FSN, который уникален для всей SNOMED CT. Кроме того, он имеет ровно один PT, который, по мнению группы клиницистов, является наиболее распространенным способом выражения значения понятия. У него может быть от нуля до многих синонимов. Синонимы — это дополнительные термины и словосочетания, используемые для обозначения этого понятия. Они не обязательно должны быть уникальными или однозначными.
SNOMED CT присваивает каждому понятию семантический тег. Он присутствует в круглых скобках в полном имени каждого понятия. В каждой иерархии верхнего уровня SNOMED CT может использоваться несколько семантических тегов. Например, иерархия верхнего уровня фармацевтического/биологического продукта использует семантические теги: продукт, лекарственный препарат, форма лекарственного препарата и клинический препарат. Для каждого понятия можно использовать только один семантический тег.
SNOMED CT можно охарактеризовать как многоязычный тезаурус с онтологической основой . Тезаурусоподобные особенности представляют собой отношения понятий и терминов, такие как синонимические описания «Острый ринит», «Острый катар носа», «Острый ринит», «Простуда» (а также испанские «resfrío común» и «ринит инфекционный») для концепция 82272006.
С онтологической точки зрения SNOMED-CT представляет собой иерархию классов (с обширным перекрытием классов в отличие от типичных статистических классификаций, таких как МКБ). Это означает, что концепция SNOMED CT 82272006 определяет класс всех отдельных случаев заболевания, которые соответствуют критериям «простуды» (например, у одного пациента в записи может быть отмечен «насморк», а у другого — «острый ринит»). ; оба могут быть обнаружены как случаи «простуды»). Отношение суперкласса (Is-A) связывает классы с точки зрения включения их членов. То есть все отдельные «простудные процессы» также включены во все надклассы класса Простуда, например, Вирусная инфекция верхних дыхательных путей (рис.).
Реляционные утверждения SNOMED CT в основном представляют собой триплеты формы Концепция 1 – Отношение x – Концепция 2 , причем отношение x происходит из небольшого числа типов отношений (называемых концепциями связи), например, поиск сайта , из-за и т. д. Интерпретация этих триплетов (неявно) основан на семантике простой логики описания (DL). Например, тройка Простуда – возбудитель – Вирус соответствует выражению первого порядка
forall x: instance-of (x, Common cold) -> exists y: instance-of (y, Virus) and causative-agent (y, x)
или более интуитивное выражение DL
Common cold subClassOf causative-agent some Virus
В примере с простудой описание концепции является «примитивным», что означает, что даны необходимые критерии, которые должны соблюдаться для каждого случая, но не являются достаточными для классификации расстройства как случая простуды . Напротив, пример вирусной инфекции верхних дыхательных путей отображает полностью описанную концепцию, которая представлена в логике описания следующим образом:
Вирусная инфекция верхних дыхательных путей, эквивалентная Инфекция верхних дыхательных путей и Вирусная респираторная инфекция и Возбудитель какой-то Вирус и Место нахождения какой-то Структура верхних дыхательных путей и Патологический процесс какой-то Инфекционный процесс
Это означает, что каждое отдельное заболевание, для которого соблюдены все критерии определения, может быть классифицировано как случай вирусной инфекции верхних дыхательных путей.
С 2021 года контент SNOMED CT ограничивается подмножеством формализма EL++ , ограничиваясь следующими операторами:
Для понимания моделирования также важно сравнить заявленный взгляд на концепцию с предполагаемым взглядом на концепцию. При дальнейшем рассмотрении состояния состояния SNOMED CT в прошлом использовал подход моделирования, называемый подходом «проксимального родителя». После 2015 года был принят более совершенный подход, получивший название «проксимальный примитивный родитель».
SNOMED CT предоставляет композиционный синтаксис [19] , который можно использовать для создания выражений, представляющих клинические идеи, которые явно не представлены концепциями SNOMED CT. Этот механизм существует, потому что сложно заранее создавать и поддерживать все возможные концепции (как предварительно скоординированные концепции).
Например, не существует четкого понятия «ожог третьей степени указательного пальца левой руки, вызванный горячей водой». Однако, используя композиционный синтаксис, его можно представить как
284196006 | ожог кожи | : 116676008 | связанная морфология | = 80247002 | ожог третьей степени | , 272741003 | латеральность | = 7771000 | слева | , 246075003 | возбудитель | = 47448006 | горячая вода | , 363698007 | поиск сайта | = 83738005 | строение указательного пальца
Говорят, что такие выражения были «посткоординированными». Пост-координация позволяет избежать необходимости создавать большое количество определенных концепций в SNOMED CT. Однако многие системы допускают только предварительно скоординированные представления. Надежный анализ и сравнение посткоординированных выражений возможны с использованием соответствующих алгоритмов для эффективной обработки выражения с учетом базовой логики описания.
Крупные системы электронных медицинских карт (EHRS) неоднократно жаловались в IHTSDO и другие организации по стандартизации на «сложность» посткоординированных выражений.
Например, приведенное выше посткоординированное выражение можно преобразовать с помощью набора стандартных правил в следующее «выражение нормальной формы», которое позволяет сравнивать с аналогичными понятиями.
64572001 | болезнь | : 246075003 | возбудитель | = 47448006 | горячая вода | , 363698007 | поиск сайта | = ( 83738005 | структура указательного пальца | : 272741003 | латеральность | = 7771000 | слева | ) , { 116676008 | связанная морфология | = 80247002 | ожог третьей степени | , 363698007 | поиск сайта | = 39937001 | структура кожи | }Посткоординация — важная желательная особенность терминологии. До 2020 года Международная классификация болезней (МКБ) не допускала посткоординацию, и SNOMED CT была единственной терминологией, поддерживающей посткоординацию. С 2020 года новая версия МКБ-11 поддерживает и посткоординацию.
Международное издание SNOMED CT включает только человеческие термины. В 2014 году ветеринарные концепции были перенесены в ветеринарное расширение SNOMED CT. Это расширение находится в ведении Лаборатории ветеринарной терминологии [20] Колледжа ветеринарной медицины штата Вирджиния в Технологическом институте Вирджинии.
Более ранние версии SNOMED имели фасетную структуру, упорядоченную по семантическим осям, что требовало кодирования более сложных ситуаций путем координации различных кодов. У этого решения было два существенных недостатка. С одной стороны, необходимость пост-координации воспринималась как недружественное пользователю препятствие, что, безусловно, способствовало довольно низкому внедрению ранних версий SNOMED. С другой стороны, было трудно получить единообразное кодирование. Например, острый аппендицит может быть посткоординирован тремя различными способами [21] без возможности вычисления семантической эквивалентности. SNOMED RT решил эту проблему, введя формулу логики описания. С добавлением CTV3 большое количество понятий было переопределено с использованием формальных выражений. Однако слияние с CTV3, как исторически сложившейся терминологией со многими близкими к пользовательским описаниям, привело к некоторым проблемам, которые до сих пор влияют на SNOMED CT. В дополнение к запутанной таксономической сети многих иерархических уровней с массивным множественным наследованием (например, существует 36 таксономических предков острого аппендицита ), многие неоднозначные, контекстно-зависимые концепции нашли свое применение в SNOMED CT. Предварительная координация иногда доходила до крайности, так что существует, например, 350 различных концепций ожогов на голове.
Еще одним явлением, которое характеризует части SNOMED CT, является так называемое эпистемическое вторжение . [22] В принципе, задача терминологии (и даже онтологии ) должна быть ограничена предоставлением контекстно-свободных значений терминов или классов. Контекстуализация этих репрезентативных единиц в идеале должна быть задачей информационной модели. [23] Человеческий язык здесь вводит в заблуждение, поскольку мы используем синтаксически схожие выражения для обозначения категорически различных сущностей, например, внематочная беременность или подозрение на беременность . Первое относится к реальной беременности, второе — к некоторой (недостоверной) информации . В SNOMED CT большинство (но не все) этих контекстно-зависимых понятий сосредоточены в подиерархии « Ситуация с явным контекстом» . Основная причина, по которой нельзя обойтись без таких концепций, заключается в том, что SNOMED CT во многих случаях берет на себя функциональность информационных моделей, поскольку последние не существуют в данной реализации.
С созданием IHTSDO SNOMED CT стал более доступным для более широкой аудитории. Критика состояния терминологии была вызвана многочисленными существенными недостатками, а также отсутствием мер по обеспечению качества. [24] С самого начала IHTSDO был открыт в отношении такой (также академической) критики. За последние несколько лет был достигнут значительный прогресс в обеспечении качества и оснащении.
Постепенно была признана необходимость более принципиальной онтологической основы , а также лучшего понимания семантики логики описания. Приоритеты редизайна были сформулированы в отношении наблюдаемых объектов, [25] расстройств, результатов, [26] веществ, организмов и т. д. Были разработаны рекомендации по переводу [27] , а также рекомендации по запросам на представление контента и стратегия включения заранее согласованного контента. До сих пор известны недостатки, касающиеся « онтологической приверженности » SNOMED CT, [28] например, выяснение того, какой тип объекта является экземпляром данной концепции SNOMED CT. Тот же термин можно интерпретировать как расстройство или пациента с расстройством, например, опухоль может обозначать процесс или участок ткани; Аллергия может обозначать аллергическую реакцию или просто аллергическую предрасположенность. Более поздняя стратегия — использование строго типизированных онтологий верхнего уровня для устранения неоднозначности содержимого SNOMED CT.
Растущее использование SNOMED CT для исследования приложений, которые ежедневно используются по всему миру для поддержки ухода за пациентами, приводит к более широкому вовлечению сообщества. Это привело к увеличению ресурсов, выделяемых на разработку терминов SNOMED CT, а также к расширению сотрудничества по превращению SNOMED CT в надежный отраслевой стандарт. Это приводит к увеличению количества программных инструментов и разработке материалов, которые вносят вклад в базу знаний для поддержки внедрения. Также развивается ряд онлайн-сообществ, посвященных конкретным аспектам SNOMED CT и его реализации.
Теоретически рассуждения дескриптивной логики могут быть применены к любому новому потенциальному посткоординированному выражению, чтобы оценить, является ли оно родителем или предком, дочерним элементом или другим потомком или семантически эквивалентным любому существующему понятию из существующих предварительно скоординированных выражений. концепции. Однако отчасти из-за продолжающихся последствий слияния с CTV3, SNOMED все еще содержит необнаруженные семантически повторяющиеся примитивные и определенные концепции. Кроме того, многие концепции остаются примитивными, в то время как их семантика также может быть законно определена в терминах других примитивов и ролей, одновременно присутствующих в системе. Из-за этих упущений и фактической или возможной избыточности семантического содержания реальная производительность алгоритмов вывода о подгруппе или семантической эквивалентности будет непредсказуемо несовершенной.
Использование последовательных правил важно для качества SNOMED CT. С этой целью в 2009 году командой SNOMED CT был создан прототип машиночитаемой концептуальной модели (MRCM). В последующей работе эта модель будет пересмотрена для использования ограничений выражения SNOMED CT.
SNOMED CT — это клиническая терминология, предназначенная для сбора и представления данных о пациентах для клинических целей. [29] Международная статистическая классификация болезней и проблем, связанных со здоровьем (МКБ) – это используемая на международном уровне система медицинской классификации ; который используется для присвоения диагностических и, в некоторых национальных модификациях, процедурных кодов для получения кодированных данных для статистического анализа, эпидемиологии, возмещения расходов и распределения ресурсов. [30] Обе системы используют стандартизированные определения и образуют общий медицинский язык, используемый в системах электронных медицинских карт (ЭМК). [31] SNOMED CT позволяет вводить информацию в систему EHR во время лечения пациента, а ICD облегчает поиск или вывод информации для целей вторичной информации. [31] [32] В 2010-х годах преимуществом SNOMED CT перед ICD была множественная родительская иерархия SNOMED CT. С момента выпуска МКБ 11 в 2020 году это преимущество стало менее важным, поскольку базовый уровень МКБ-11 позволяет концепции МКБ 11 иметь несколько родительских элементов.
LOINC — это терминология, описывающая лабораторные тесты. С 2017 года SNOMED International начала создавать термины для компонентов LOINC и создала набор выражений SNOMED CT, которые отражают значение многих терминов LOINC.
Существует дублирование между MedDRA и SNOMED CT, что невыгодно для фармацевтической промышленности. В 2021 году обе организации совместно опубликовали две карты между SNOMED CT и MedDRA (от SNOMED CT до MedDRA и от MedDRA до SNOMED CT). [33]
SNOMED CT используется по-разному, вот некоторые из них:
Более конкретно, следующие примеры компьютерных приложений используют SNOMED CT:
SNOMED CT поддерживается и распространяется SNOMED International, международной некоммерческой организацией по разработке стандартов, расположенной в Лондоне, Великобритания.
Для использования SNOMED CT в производственных системах требуется лицензия. Существует два типа лицензии:
Для научных исследований в области медицинской информатики, демонстраций или оценки источники SNOMED CT можно бесплатно загрузить и использовать. Оригинальные источники SNOMED CT в табличной форме доступны зарегистрированным пользователям Единой медицинской языковой системы (UMLS), подписавшим соглашение. Доступны многочисленные онлайн- и офлайн-браузеры.
Желающим получить лицензию на его использование и загрузить SNOMED CT следует обратиться в свой Национальный релиз-центр, ссылки на который представлены на веб-сайте IHTSDO.
Чтобы облегчить внедрение SNOMED CT и использование SNOMED CT в других стандартах, существуют безлицензионные подмножества. Например, набор из 7 314 кодов и описаний бесплатен для использования пользователями DICOM -совместимого программного обеспечения (без ограничения странами-членами IHTSDO). [35] [36]
GPS был выпущен в сентябре 2019 года и содержит 21 782 концепции. [37]
Концепции SNOMED CT обычно принадлежат к одной иерархии (за исключением комбинированных концепций лекарственного средства и устройства). В некоторых иерархиях определена концептуальная модель (например, клинические данные). Для других областей (например, «Организм», «Вещество», «Значение квалификатора») концептуальная модель еще не определена.
Понятия в этой иерархии представляют собой процедуры, выполняемые пациентом. Существует хорошо устоявшаяся и определенная концептуальная модель процедур. Место процедуры (прямое или непрямое) указывает, на какой части тела проводится процедура. Для процедур оценки существует отдельный набор правил. Процедуры оценки — это процедуры, в которых оцениваются доказательства для обоснования определения ценности, вывода или вывода. Процедуры оценки имеют дополнительные атрибуты, такие как «Есть образец», «Свойство» или «Метод измерения».
По состоянию на 2016 год в иерархии событий не определена концептуальная модель. В 2006 году некоторые понятия из иерархии «Клинические данные» были перенесены в иерархию «Событие». Эти концепции сохранили некоторые из своих атрибутов. (например, возбудитель)
SNOMED International работает над созданием концептуальной модели наблюдаемых объектов. [38]
Части тела представляют собой одну из крупнейших иерархий в SNOMED CT. Моделирование основано на базовой модели анатомии , но оно отличается от модели в некоторых аспектах (например, регион рассматривается как 3D-регион, а не как 2D-регион). Важные атрибуты включают в себя: «Латеральность», несколько типов отношений «Часть» и «Является а».
Фармацевтические и биологические продукты моделируются с использованием конструкций активного ингредиента, силы презентации и основы силы. С 2018 года целью редакции является гармонизация содержания препарата SNOMED CT со стандартом IDMP. Существуют следующие типы сущностей:
Термин более высокого уровня, группирующий лекарства. Например, 398731002 | Препарат, содержащий сульфаметоксазол и триметоприм (лекарственный препарат) |
Концепция, представляющая конкретный лекарственный препарат, используемый в клинической практике. Например, 317335000 | Продукт, содержащий именно эзомепразол 20 мг/1 каждая пероральная таблетка обычного высвобождения (клинический препарат) |
Концепция, представляющая способ доставки продукта. Например, 385219001 | Обычный раствор выпуска для инъекций (дозированная форма) |.
Целью SNOMED CT является последовательность. Для этого используется несколько механизмов. Машиночитаемая концептуальная модель используется для проверки соответствия набору правил. Правила создания полностью заданного имени для концепции определяют разрешенные и запрещенные шаблоны. [39] При определении понятия используется проксимальное примитивное родительское правило (в заявленном определении), чтобы использовать классификацию понятий, полученную на основе наилучшей логики описания.
Отдельные соглашения регулируют группировку отношений. Способность группировать связанные отношения является важной сильной стороной SNOMED CT. Правила в машиночитаемой концептуальной модели (MRCM) [40] определяют по домену, какие отношения никогда не группируются (например, атрибуты «Является» или «Латеральность») и какие отношения всегда группируются (например, «Поиск места»). Для правильного вывода о включении некоторые отношения могут находиться в группе, но состоять из одного отношения.
Еще одно правило международного издания SNOMED CT — избегать создания промежуточных примитивных концепций (кроме случаев, когда это необходимо с медицинской точки зрения и невозможно определить с помощью существующей концептуальной модели). Промежуточное примитивное (= не определенное) понятие — это не определенное понятие, имеющее дочерние и родительские понятия. Это соглашение связано с использованием логики описания для облегчения поддержки терминологии. Поскольку примитивные концепции не могут быть обработаны классификатором логики описания, обслуживание таких концепций зависит исключительно от редакторов-людей. Добавление новых промежуточных примитивных понятий требует изменения всех затрагиваемых понятий и требует поддержания терминологии.
SNOMED CT ID (P5806) (см. раздел «Использование» ){{cite web}}: CS1 maint: архивная копия в заголовке ( ссылка )