stringtranslate.com

Джанет Торнтон

Дама Джанет Морин Торнтон, DBE FRS FMedSci FRSC (родилась 23 мая 1949 г.) [8] — старший научный сотрудник и почетный директор Европейского института биоинформатики (EBI), входящего в состав Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). [12] [13] [14] Она является одним из ведущих мировых исследователей в области структурной биоинформатики , использующей вычислительные методы для понимания структуры и функций белков. [2] [15] [16] [17] Она занимала должность директора EBI с октября 2001 г. по июнь 2015 г. и сыграла ключевую роль в ELIXIR . [11]

Образование

Торнтон посещала среднюю школу Бери до 1967 года, где она была старостой . [9] После окончания физики в Ноттингемском университете , Торнтон получила степень магистра биофизики в Королевском колледже Лондона и степень доктора философии по биофизике в Национальном институте медицинских исследований , Милл-Хилл, Лондон в 1973 году. [18]

Карьера и исследования

После получения докторской степени Торнтон работала в области молекулярной биофизики с Дэвидом Чилтоном Филлипсом в Оксфордском университете . [19] [20] В 1978 году она вернулась в Национальный институт медицинских исследований, а затем поступила на стажировку в Биркбек-колледж , часть Лондонского университета . В 1990 году она была назначена профессором и директором отдела биомолекулярной структуры и моделирования на кафедре биохимии и молекулярной биологии Лондонского университетского колледжа , а позднее также была назначена на кафедру Бернала на кафедре кристаллографии Биркбек-колледжа . [ требуется ссылка ]

Торнтон была директором Европейского института биоинформатики (EBI) с 2001 по 2015 год в кампусе Wellcome Genome в Хинкстоне недалеко от Кембриджа . [21] Она была организатором совместной конференции Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) и European Conference on Computational Biology (ECCB) в Глазго в 2004 году. [22]

Работа Торнтон носит в высшей степени междисциплинарный характер, взаимодействуя со структурной биологией, биоинформатикой, биологической химией и хемоинформатикой, среди прочих. Она была одним из первых пионеров в области проверки структуры для кристаллографии белков , разработав широко используемое программное обеспечение ProCheck. [23] Вместе с Кристин Оренго она представила классификацию структуры белков CATH [24] . [4] [6] [25] [26] [27] [28] [29] [30] [31] Ее группа разработала надежный инструмент для классификации, сравнения и аннотации ферментов — EC-BLAST [32] , который вычисляет сходство между ферментами на основе химических реакций, фиксируя изменение(я) связей, реакционный(ые) центр(ы) или структурное сходство между ними. [33] [32]

С 2008 по 2012 год она координировала четырехлетнюю подготовительную фазу Европейской инфраструктуры данных по биологическим наукам ELIXIR . [11] По состоянию на 2013 год она остается в совете ELIXIR в качестве одного из научных делегатов EMBL. [ 34] Ее исследования финансировались Медицинским исследовательским советом , Исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC), [13] [35] Wellcome Trust и Европейским союзом .

Докторанты и постдокторанты

Торнтон руководил несколькими докторами наук [36] и постдокторантами, включая Сару Тейхманн [6] и Дэвида Джонса [5] .

Награды и почести

Библиотечные ресурсы о
Джанет Торнтон
  • Ресурсы в вашей библиотеке
  • Ресурсы в других библиотеках
Джанет Торнтон
  • Ресурсы в вашей библиотеке
  • Ресурсы в других библиотеках

Торнтон была избрана членом Королевского общества (FRS) в 1999 году . [37] Она стала членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2000 году, [1] иностранным ассоциированным членом Национальной академии наук США в 2003 году и членом Академии медицинских наук (FMedSci) в 2014 году. Торнтон является внештатным членом Черчилль-колледжа в Кембридже . [8] [38] Она была избрана членом Королевского химического общества (FRSC) в 2017 году. [39] Номинация Торнтон в Королевское общество гласит:

Джанет Торнтон выделяется своим вкладом в понимание трехмерной структуры белка: ее проницательные сравнительные исследования привели к разработке алгоритмов, которые используются для анализа и прогнозирования супервторичной и третичной структуры . В 1970-х годах в Оксфорде (совместно с М. Дж. Стернбергом ) она установила четкие и полезные правила для хиральности единиц BaB и продемонстрировала действительные методы прогнозирования упорядочения нитей в B-слоях . В Биркбеке она разработала эту работу для определения семейств конформаций в B-шпилях и aB-связях, где структуры ранее предполагались случайными. Она провела наиболее полный и полезный анализ третичных взаимодействий боковых цепей белка, что привело к созданию атласа, который является ценным для проектирования белков и лигандов. Атлас широко используется как в академических кругах, так и в фармацевтической промышленности. В Университетском колледже она разработала исследования конформации боковой цепи и стереохимии в процедуру PROCHECK для оценки качества экспериментально определенных структур белков: это широко используется для проверки структур белков. Она представила метод, известный как threading, который дает веские доказательства о третичной структуре для последовательности белка, которая явно не гомологична какой-либо другой известной структуре. [40]

Ее цитата на выборах в Академию медицинских наук гласит:

Дама Джанет Торнтон — директор Европейского института биоинформатики и мировой лидер в области биоинформатики. Она внесла значительный вклад в медицинскую науку, расширив наше фундаментальное понимание структуры белков и того, как они способствуют болезням и старению. Разработанные ею инструменты и базы данных используются во всем мире для фундаментальных исследований, в академических кругах и также в фармацевтических компаниях. Как директор EBI, она отвечала за стратегические разработки, связанные с влиянием данных наук о жизни на медицинскую науку. Она активно занимается проблемой объединения биологических и медицинских данных в Великобритании и созданием инструментов, которые облегчат использование этих данных для исследований и в клинике. [41]

Торнтон была назначена Командором Ордена Британской империи (CBE) в 2000 году и Дамой Командором Ордена Британской империи (DBE) в 2012 году в честь Дня рождения за заслуги в области биоинформатики. [42] Times назвала Торнтон 86-й в списке «Эврика 100» британских ученых в 2010 году. [43] Она была награждена премией Suffrage Science в 2011 году. [3]

Ссылки

  1. ^ ab Anon (2000). "The EMBO Pocket Directory" (PDF) . Европейская организация молекулярной биологии. Архивировано из оригинала (PDF) 16 марта 2015 г.
  2. ^ ab Zagorski, N. (2005). "Профиль Джанет М. Торнтон". Труды Национальной академии наук . 102 (35): 12296–12298. Bibcode : 2005PNAS..10212296Z. doi : 10.1073/pnas.0505819102 . PMC 1194944. PMID  16118281 .  Значок открытого доступа
  3. ^ ab "Честь и реликвия для Сары Тейхманн". 9 марта 2012 г.
  4. ^ ab Публикации Джанет Торнтон, проиндексированные Google Scholar
  5. ^ ab Jones, DT ; Taylor, WR; Thornton, JM (1992). "Новый подход к распознаванию складки белка". Nature . 358 (6381): 86–89. Bibcode :1992Natur.358...86J. doi :10.1038/358086a0. ISSN  0028-0836. PMID  1614539. S2CID  4266346.
  6. ^ abc Marx, V. (2014). "Авторский файл: Джанет Торнтон". Nature Methods . 11 (2): 115. doi : 10.1038/nmeth.2831 . PMID  24645189. S2CID  1970327.
  7. ^ Teichmann, SA ; Rison, SC; Thornton, JM; Riley, M; Gough, J ; Chothia, C (2001). «Эволюция и структурная анатомия метаболических путей малых молекул в Escherichia coli». Журнал молекулярной биологии . 311 (4): 693–708. CiteSeerX 10.1.1.121.1628 . doi :10.1006/jmbi.2001.4912. PMID  11518524. 
  8. ^ abcd Anon (2015). "Thornton, Dame Janet (M.)" . Who's Who (онлайн-издание Oxford University Press  ). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U37638. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  9. ^ ab Томсон, Дэвид (27 сентября 2013 г.). «Ведущий ученый говорит ученикам Bury Grammar School: «следуйте за своими мечтами»». burytimes.co.uk . Bury Times.
  10. ^ Pearl, FM; Bennett, CF; Bray, JE; Harrison, AP; Martin, N; Shepherd, A; Sillitoe, I; Thornton, J; Orengo, CA (2003). «База данных CATH: расширенный ресурс семейства белков для структурной и функциональной геномики». Nucleic Acids Research . 31 (1): 452–5. doi :10.1093/nar/gkg062. PMC 165509. PMID  12520050 . 
  11. ^ abc Crosswell, LC; Thornton, JM (2012). «ELIXIR: распределенная инфраструктура для европейских биологических данных». Trends in Biotechnology . 30 (5): 241–242. doi :10.1016/j.tibtech.2012.02.002. PMID  22417641.
  12. ^ "Профессор Дам Джанет Торнтон: Директор Европейского института биоинформатики". Архивировано из оригинала 9 июня 2013 года.
  13. ^ ab "Великие британские пионеры биологической науки – профессор Дама Джанет Торнтон". Архивировано из оригинала 9 февраля 2015 г.
  14. ^ Публикации Джанет Торнтон из Европы PubMed Central
  15. ^ Дин, Кэролайн ; Осборн, Мэри ; Ошлак, Алисия ; Торнтон, Джанет (2012). «Женщины в науке». Геномная биология . 13 (3): 148–201. doi : 10.1186/gb4005 . PMC 3439960. PMID  22405408 . 
  16. ^ "Thornton Research Group Page". Архивировано из оригинала 18 апреля 2011 г.
  17. ^ Результаты поиска автора Thornton JM на PubMed .
  18. ^ Торнтон, Джанет (1975). Конформация динуклеотидов (диссертация на степень доктора философии). Королевский колледж Лондона. OCLC  731231069. ProQuest  301309997.
  19. ^ Thornton, JM; Bayley, PM (1976). «Конформационные энергетические расчеты для молекул динуклеотидов. Систематическое исследование конформации динуклеотидов с применением к диаденозинпирофосфату». Biopolymers . 15 (5): 955–975. doi :10.1002/bip.1976.360150511. PMID  177120. S2CID  30211950.
  20. ^ Перкинс, У. Дж.; Пайпер, Е. А.; Торнтон, Дж. (1976). «Компьютерные методы для конформационных исследований биологических молекул». Компьютеры в биологии и медицине . 6 (1): 23–31. doi :10.1016/0010-4825(76)90034-2. PMID  1253578.
  21. ^ "Джанет Торнтон уходит в отставку". Европейский институт биоинформатики. 30 июня 2015 г. Архивировано из оригинала 3 июля 2015 г.
  22. ^ "ISMB/ECCB 2004". www.iscb.org .
  23. ^ Laskowski, RA; MacArthur, MW; Moss, DS; Thornton, JM (1993). "PROCHECK: Программа для проверки стереохимического качества структур белков". Журнал прикладной кристаллографии . 26 (2): 283–291. Bibcode : 1993JApCr..26..283L. doi : 10.1107/S0021889892009944.
  24. ^ Orengo, CA; Michie, AD; Jones, S.; Jones, DT ; Swindells, MB; Thornton, JM (1997). "CATH – иерархическая классификация структур доменов белков". Structure . 5 (8): 1093–1109. doi : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . PMID  9309224.
  25. ^ Sibanda, BL; Blundell, TL ; Thornton, JM (1989). «Конформация бета-шпилек в белковых структурах. Систематическая классификация с приложениями к моделированию с помощью гомологии, подгонки электронной плотности и белковой инженерии». Журнал молекулярной биологии . 206 (4): 759–77. doi :10.1016/0022-2836(89)90583-4. PMID  2500530.
  26. ^ Торнтон, Дж. М.; Сингх, Дж.; Кэмпбелл, С.; Бланделл, TL (1988). «Распознавание белок-белок через взаимодействия боковой цепи». Труды биохимического общества . 16 (6): 927–30. doi :10.1042/bst0160927. PMID  3224756.
  27. ^ Blundell, TL ; Sibanda, BL; Sternberg, MJ ; Thornton, JM (1987). «Предсказание структур белков на основе знаний и разработка новых молекул». Nature . 326 (6111): 347–52. Bibcode : 1987Natur.326..347B. doi : 10.1038/326347a0. PMID  3550471. S2CID  4330510.
  28. ^ Публикации Джанет Торнтон, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  29. ^ Blundell, T ; Barlow, D; Borkakoti, N; Thornton, J (1983). «Искажения, вызванные растворителем, и кривизна альфа-спиралей». Nature . 306 (5940): 281–3. Bibcode :1983Natur.306..281B. doi :10.1038/306281a0. PMID  6646210. S2CID  4331613.
  30. ^ Ривз, GA; Эйлбек, K.; Магран, M.; О'Донован, C.; Монтекки-Палацци, L.; Харрис, MA; Орчард, S.; Хименес, RC; Прлик, A.; Хаббард, TJP ; Хермякоб, H.; Торнтон, JM (2008). "Онтология признаков белка: инструмент для объединения аннотаций признаков белка". Биоинформатика . 24 (23): 2767–2772. doi :10.1093/bioinformatics/btn528. PMC 2912506. PMID  18936051 . 
  31. ^ Рахман, СА; Куэста, СМ; Фернхэм, Н.; Холлидей, ГЛ; Торнтон, Дж. М. (2014). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций». Nature Methods . 11 (2): 171–4. doi :10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987 . PMID  24412978. 
  32. ^ ab Rahman, Syed Asad; Cuesta, Sergio Martinez; Furnham, Nicholas; Holliday, Gemma L.; Thornton, Janet M. (1 февраля 2014 г.). "EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций". Nature Methods . 11 (2): 171–174. doi :10.1038/nmeth.2803. ISSN  1548-7091. PMC 4122987 . PMID  24412978. 
  33. ^ Рахман, Сайед Асад; Торранс, Джиллиан; Балдаччи, Лоренцо; Мартинес Куэста, Серхио; Феннингер, Франц; Гопал, Нимиш; Чоудхари, Сакет; Мэй, Джон У.; Холлидей, Джемма Л. (1 июля 2016 г.). «Инструмент декодирования реакций (RDT): извлечение признаков из химических реакций». Биоинформатика . 32 (13): 2065–2066. doi :10.1093/bioinformatics/btw096. ISSN  1367-4811. PMC 4920114. PMID 27153692  . 
  34. ^ "Лидерство ELIXIR: Управление на этапе строительства ELIXIR". Архивировано из оригинала 14 октября 2013 г.
  35. ^ "Гранты правительства Великобритании присуждены Джанет Торнтон". Research Councils UK . Архивировано из оригинала 10 марта 2015 г.
  36. ^ Анон (2014). "Публикации EMBL-EBI PhD Dissertations". Архивировано из оригинала 4 марта 2014.
  37. ^ "Почему профессор Торнтон был награжден FRS". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинала 12 ноября 2007 г.
  38. ^ "Профессор Дама Джанет Торнтон PhD, CBE, FRS, DBE, Churchill College, Cambridge". Архивировано из оригинала 10 марта 2015 г.
  39. ^ "Наши почетные члены". Королевское химическое общество . Получено 27 февраля 2018 г.
  40. ^ "EC/1999/34: Thornton, Janet M". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинала 15 апреля 2013 года.
  41. ^ "Профессор Дам Джанет Торнтон DBE FRS FMedSci". Академия медицинских наук. Архивировано из оригинала 10 марта 2015 г.
  42. ^ "№ 60173". The London Gazette (Приложение). 16 июня 2012 г. стр. 6.
  43. ^ «Эврика 100: люди, которые имеют значение». thetimes.co.uk . Лондон: The Times.