Псевдомонада

Род грамотрицательных бактерий

Pseudomonas — род грамотрицательных бактерий ,принадлежащих к семейству Pseudomonadaceae класса Gammaproteobacteria . 313 представителей рода ^{[2] [3]} демонстрируют большое метаболическое разнообразие и, следовательно, способны колонизировать широкий спектр ниш. ^[4] Простота культивирования in vitro и доступность растущего числа последовательностей генома штамма Pseudomonas сделали этот род отличным объектом научных исследований; наиболее изученные виды включают P. aeruginosa в роли оппортунистического патогена человека , патоген растений P. syringae , почвенную бактерию P. putida и стимулирующий рост растений P. fluorescens , P. lini , P. migulae и П. граминис . ^{[5] [6]}

Из-за их широкого распространения в воде и семенах растений, таких как двудольные , псевдомонады были обнаружены на ранних этапах истории микробиологии . Родовое название Pseudomonas , созданное для этих организмов, было довольно расплывчато определено Уолтером Мигулой в 1894 и 1900 годах как род грамотрицательных, палочковидных и полярножгутиковых бактерий с некоторыми спорулирующими видами. ^{[7] [8]} Последнее утверждение позже оказалось неверным и объяснялось преломляющими гранулами резервных материалов. ^[9] Несмотря на расплывчатое описание, лучшим дескриптором оказался типовой вид Pseudomonas pyocyanea (базоним Pseudomonas aeruginosa ). ^[9]

История классификации

Как и у большинства бактериальных родов, последний общий предок псевдомонад ^{[примечание 1]} жил сотни миллионов лет назад. Первоначально они были классифицированы в конце 19 века, когда впервые идентифицированы Уолтером Мигулой . Этимология названия в то время не уточнялась и впервые появилась в седьмом издании « Руководства по систематической бактериологии» Берджи (главного авторитета в бактериальной номенклатуре) как греческие псевдонимы (ψευδής) «ложный» и -monas (μονάς/μονάδος)». единая единица», что может означать ложную единицу; однако Мигула, возможно, подразумевал под ним ложную Monas , наножгутикового протиста ^[9] (впоследствии термин «монада» использовался в ранней истории микробиологии для обозначения одноклеточных организмов). Вскоре другие виды, соответствующие несколько расплывчатому первоначальному описанию Мигулы, были изолированы из многих природных ниш, и в то время многие из них были отнесены к этому роду . Однако с тех пор многие штаммы были реклассифицированы на основе более современной методологии и использования подходов, включающих изучение консервативных макромолекул. ^[10]

Недавно анализ последовательности 16S рРНК изменил таксономию многих видов бактерий. ^[11] В результате род Pseudomonas включает штаммы, ранее отнесенные к родам Chryseomonas и Flavimonas . ^[12] Другие штаммы, ранее отнесенные к роду Pseudomonas , теперь отнесены к родам Burkholderia и Ralstonia . ^{[13] [14]}

В 2020 году филогеномный анализ 494 полных геномов Pseudomonas выявил два четко определенных вида ( P. aeruginosa и P. chromraphis ) и четыре более широкие филогенетические группы ( P. fluorescens, P. stutzeri, P. syringae, P. putida ) с достаточное количество доступных протеомов. ^[15] Четыре более широкие эволюционные группы включают более одного вида, исходя из определения видов по средним уровням идентичности нуклеотидов. ^[16] Кроме того, филогеномный анализ выявил несколько штаммов, которые были ошибочно отнесены к неправильному виду или эволюционной группе. ^[15] Об этой проблеме с неправильными аннотациями сообщалось и в других анализах. ^[17]

Геномика

В 2000 году была определена полная последовательность генома вида Pseudomonas ; совсем недавно была определена последовательность других штаммов, включая штаммы P. aeruginosa PAO1 (2000), P. putida KT2440 (2002), P. protegens Pf-5 (2005), P. syringae pathovar tomato DC3000 (2003), P. syringae pathovar syringae B728a (2005), P. syringae pathovarphaseolica 1448A (2005), P. fluorescens Pf0-1 и P. entomophila L48. ^[10]

К 2016 году было секвенировано более 400 штаммов Pseudomonas . ^[18] Секвенирование геномов сотен штаммов выявило сильно различающиеся виды внутри рода. Фактически, многие геномы Pseudomonas имеют только 50-60% общих генов, например, P. aeruginosa и P. putida имеют общий только 2971 белок из 5350 (или ~55%). ^[18]

К 2020 году в банке генов было доступно более 500 полных геномов Pseudomonas . В филогеномном анализе было использовано 494 полных протеома и идентифицировано 297 основных ортологов, общих для всех штаммов. ^[15] Этот набор основных ортологов на уровне рода был обогащен белками, участвующими в метаболизме, трансляции и транскрипции, и использовался для создания филогеномного дерева всего рода, чтобы очертить отношения между основными эволюционными группами Pseudomonas . ^[15] Кроме того, для большинства эволюционных групп были идентифицированы группоспецифичные коровые белки, а это означает, что они присутствовали у всех членов конкретной группы, но отсутствовали у других псевдомонад. Например, было идентифицировано несколько специфичных для P. aeruginosa коровых белков, которые, как известно, играют важную роль в патогенности этого вида, такие как CntL, CntM, PlcB, Acp1, MucE, SrfA, Tse1, Tsi2, Tse3 и EsrC . ^[15]

Характеристики

Представители рода демонстрируют следующие определяющие характеристики: ^[19]

• стержнеобразный
• Грамотрицательный
• Один или несколько жгутиков , обеспечивающих подвижность.
• Аэробный
• Не образует спор
• Каталаза-положительный
• Оксидазная переменная

Другие характеристики, которые, как правило, связаны с видами Pseudomonas (за некоторыми исключениями), включают секрецию пиовердина , флуоресцентного желто-зеленого сидерофора ^[20] в условиях ограничения железа. Некоторые виды Pseudomonas могут также продуцировать дополнительные типы сидерофоров, такие как пиоцианин Pseudomonas aeruginosa ^[21] и тиохинолобактин Pseudomonas fluorescens . ^{[22] Виды} Pseudomonas также обычно дают положительный результат в тесте на оксидазу , отсутствие газообразования из глюкозы, глюкоза окисляется в тесте на окисление/ферментацию с использованием О/Ф-теста Хью и Лейфсона, бета- гемолитический (на кровяном агаре ), индол отрицательный результат, отрицательный результат теста на метиловый красный , отрицательный результат теста Фогеса-Проскауэра и положительный результат теста на цитрат . ^{[ нужна цитата ]}

Pseudomonas может быть наиболее распространенным зародышечником кристаллов льда в облаках, поэтому они имеют первостепенное значение для образования снега и дождя во всем мире. ^[23]

Образование биопленки

Все виды и штаммы Pseudomonas исторически были отнесены к строгим аэробам . Исключения из этой классификации недавно были обнаружены в биопленках Pseudomonas . ^[24] Значительное количество клеток может производить экзополисахариды, связанные с образованием биопленок. Секреция экзополисахаридов , таких как альгинат, затрудняет фагоцитоз псевдомонад лейкоцитами млекопитающих . ^[25] Производство экзополисахаридов также способствует образованию на поверхности биопленок , которые трудно удалить с поверхностей приготовления пищи. Рост псевдомонад на портящихся продуктах может привести к появлению «фруктового» запаха. ^{[ нужна цитата ]}

Устойчивость к антибиотикам

Большинство видов Pseudomonas . естественно устойчивы к пенициллину и большинству родственных бета-лактамных антибиотиков , но некоторые чувствительны к пиперациллину , имипенему , тикарциллину или ципрофлоксацину . ^[25] Аминогликозиды, такие как тобрамицин , гентамицин и амикацин , являются другими вариантами терапии. ^{[ нужна цитата ]}

Эта способность процветать в суровых условиях является результатом их выносливых клеточных стенок , содержащих порины . Их устойчивость к большинству антибиотиков объясняется наличием откачивающих насосов , которые откачивают некоторые антибиотики до того, как они начнут действовать. ^{[ нужна цитата ]}

Pseudomonas aeruginosa все чаще признается как новый условно-патогенный микроорганизм , имеющий клиническое значение. Одной из его наиболее тревожных характеристик является низкая чувствительность к антибиотикам. ^[26] Такая низкая чувствительность объясняется согласованным действием насосов оттока нескольких лекарств с хромосомно-кодируемыми генами устойчивости к антибиотикам (например, mexAB-oprM , mexXY и т. д. ^[27] ) и низкой проницаемостью бактериальных клеточных оболочек. Помимо внутренней устойчивости, P. aeruginosa легко развивает приобретенную устойчивость либо в результате мутации в хромосомно-кодируемых генах, либо в результате горизонтального переноса генов , детерминант устойчивости к антибиотикам. Развитие множественной лекарственной устойчивости изолятов P. aeruginosa требует нескольких различных генетических событий, которые включают приобретение различных мутаций и/или горизонтальный перенос генов устойчивости к антибиотикам. Гипермутация способствует отбору обусловленной мутациями устойчивости к антибиотикам у штаммов P. aeruginosa , вызывающих хронические инфекции, тогда как кластеризация нескольких различных генов устойчивости к антибиотикам в интегронах способствует согласованному приобретению детерминант устойчивости к антибиотикам. Некоторые недавние исследования показали фенотипическую устойчивость, связанную с образованием биопленок или появлением вариантов с небольшими колониями, что может иметь важное значение для ответа популяций P. aeruginosa на лечение антибиотиками . ^[10]

Чувствительность к галлию

Хотя галлий не имеет естественной биологической функции, ионы галлия взаимодействуют с клеточными процессами аналогично железу(III). Когда ионы галлия ошибочно поглощаются бактериями, такими как Pseudomonas , вместо железа(III), ионы мешают дыханию, и бактерии погибают. Это происходит потому, что железо обладает окислительно-восстановительной активностью, позволяя переносить электроны во время дыхания, а галлий неактивен в окислительно-восстановительном процессе. ^{[28] [29]}

Патогенность

Патогены животных

Инфекционные виды включают P. aeruginosa , P. oryzihabitans и P. plecoglossicida . P. aeruginosa процветает в условиях больниц и представляет собой особую проблему в этой среде, поскольку является второй по распространенности инфекцией среди госпитализированных пациентов ( внутрибольничные инфекции ). ^[30] Этот патогенез частично может быть обусловлен белками, секретируемыми P. aeruginosa . Бактерия обладает широким спектром систем секреции , которые экспортируют многочисленные белки, имеющие отношение к патогенезу клинических штаммов. ^[31] Интересно, что несколько генов, участвующих в патогенезе P. aeruginosa, таких как CntL, CntM, PlcB, Acp1, MucE, SrfA, Tse1, Tsi2, Tse3 и EsrC , являются специфичными для основной группы, ^[15] что означает, что они являются общими для подавляющего большинства штаммов P. aeruginosa , но не присутствуют у других псевдомонад .

Фитопатогены

P. syringae — плодовитый патоген растений . Существует более 50 различных патоваров , многие из которых демонстрируют высокую степень специфичности растения-хозяина. Многие другие виды Pseudomonas могут действовать как патогены растений, особенно все остальные представители подгруппы P. syringae , но P. syringae является наиболее распространенным и наиболее изученным. ^{[ нужна цитата ]}

Возбудители грибков

P. tolaasii может представлять собой серьезную проблему для сельского хозяйства, поскольку может вызывать бактериальную пятнистость культивируемых грибов . ^[32] Точно так же P. agarici может вызывать появление капель в жабрах у культивируемых грибов. ^[33]

Использование в качестве агентов биоконтроля.

С середины 1980-х годов некоторые представители рода Pseudomonas вносятся в семена зерновых культур или вносятся непосредственно в почву в качестве способа предотвращения роста или распространения патогенов сельскохозяйственных культур. Эта практика в целом называется биоконтролем . Свойства биоконтроля штаммов P. fluorescens и P. protegens (например, CHA0 или Pf-5) в настоящее время лучше всего изучены, хотя неясно, как именно достигаются свойства P. fluorescens , способствующие росту растений. Теории включают в себя: бактерии могут вызывать системную устойчивость растения-хозяина, чтобы оно могло лучше противостоять атаке настоящего патогена; бактерии могут вытеснять другие (патогенные) почвенные микробы, например, с помощью сидерофоров , давая конкурентное преимущество при улавливании железа; бактерии могут производить соединения, антагонистические по отношению к другим почвенным микробам, такие как антибиотики феназинового типа или цианистый водород . Экспериментальные данные подтверждают все эти теории. ^[34]

Другие известные виды Pseudomonas со свойствами биоконтроля включают P. chromraphis , который производит активный антибиотик феназинового типа против некоторых грибковых патогенов растений, ^[35] и близкородственный вид P. aurantiaca , который производит ди-2,4-диацетилфторглюцилметан, соединение , обладающее антибиотической активностью в отношении грамположительных микроорганизмов. ^[36]

Использование в качестве средств биоремедиации.

Некоторые представители этого рода способны метаболизировать химические загрязнители окружающей среды и, как следствие, могут использоваться для биоремедиации . Известные виды, продемонстрировавшие свою пригодность для использования в качестве средств биоремедиации, включают:

• P. alcaligenes , способный разлагать полициклические ароматические углеводороды . ^[37]
• P. mendocina , способная разлагать толуол . ^[38]
• P. pseudoalcaligenes , способный использовать цианид в качестве источника азота . ^[39]
• P.resinovorans , способный разлагать карбазол . ^[40]
• P. aeruginosa , P. putida , P. desmolyticum и P. nitroreducens могут разлагать хлорпирифос . ^[41]
• P. veronii , который, как было показано, разлагает ряд простых ароматических органических соединений . ^{[42] [43]}
• P. putida , которая обладает способностью разлагать органические растворители, такие как толуол . ^[44] По крайней мере, один штамм этой бактерии способен превращать морфин в водном растворе в более сильный и несколько дорогой в производстве препарат гидроморфон (дилаудид).
• Штамм КС P. stutzeri , способный разлагать четыреххлористый углерод . ^[45]

Риски, связанные с псевдомонадой

Pseudomonas — это род бактерий, которые, как известно, связаны с рядом заболеваний, поражающих людей, растения и животных.

Люди и животные

Одним из наиболее опасных штаммов Pseudomonas является Pseudomonas aeruginosa , который является причиной значительного числа внутрибольничных инфекций. Многие больницы и медицинские учреждения сталкиваются с постоянными проблемами в борьбе с инфекциями, вызванными Pseudomonas . Симптомы этих инфекций вызваны белками, выделяемыми бактериями, и могут включать пневмонию , заражение крови и инфекции мочевыводящих путей . ^[46] Pseudomonas aeruginosa очень заразна и проявляет устойчивость к лечению антибиотиками, что затрудняет эффективное лечение. Известно, что некоторые штаммы Pseudomonas поражают лейкоциты различных видов млекопитающих , создавая риск для людей, крупного рогатого скота, овец и собак. ^[47]

Рыба

Хотя Pseudomonas aeruginos a, по-видимому, является патогеном, который в первую очередь поражает людей, другой штамм, известный как Pseudomonas plecoglossicida , представляет опасность для рыб. Этот штамм может вызывать отек желудка и кровотечение у рыб. ^[47]

Растения и грибы

Различные штаммы Pseudomonas признаны патогенами в царстве растений. Примечательно, что семейство Pseudomonas syringae связано с болезнями, поражающими широкий спектр сельскохозяйственных растений, причем различные штаммы демонстрируют адаптацию к конкретным видам-хозяевам. В частности, вирулентный штамм Pseudomonas tolaasii вызывает фитофтороз и деградацию съедобных видов грибов. ^[47]

Обнаружение возбудителей порчи пищевых продуктов в молоке

Одним из способов идентификации и классификации нескольких бактериальных организмов в образце является использование риботипирования. ^[48] ​​При риботипировании из образцов, содержащих бактериальные виды, выделяют хромосомную ДНК разной длины и расщепляют ее на фрагменты. ^[48] ​​Подобные типы фрагментов из разных организмов визуализируются и их длины сравниваются друг с другом с помощью Саузерн-блоттинга или гораздо более быстрого метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) . ^[48] ​​Затем фрагменты можно сопоставить с последовательностями, обнаруженными у видов бактерий. ^[48] ​​Показано, что риботипирование является методом выделения бактерий, способных к порче. ^[49] Около 51% бактерий Pseudomonas , обнаруженных на предприятиях по переработке молока, представляют собой P. fluorescens , причем 69% этих изолятов обладают протеазами, липазами и лецитиназами, которые способствуют разложению компонентов молока и последующей порче. ^[49] Другие виды Pseudomonas могут обладать любой из протеаз, липаз или лецитиназ или вообще не иметь их. ^[49] Аналогичную ферментативную активность проявляют Pseudomonas одного и того же риботипа, при этом каждый риботип демонстрирует различную степень порчи молока и влияет на вкус. ^[49] Количество бактерий влияет на интенсивность порчи, причем большое количество неферментативных видов Pseudomonas способствует порче. ^[49]

Порча пищевых продуктов наносит ущерб пищевой промышленности из-за образования летучих соединений организмами, метаболизирующими различные питательные вещества, содержащиеся в пищевых продуктах. ^[50] Загрязнение приводит к опасности для здоровья из-за производства токсичных соединений, а также неприятных запахов и вкусов. ^[50] Технология электронного носа позволяет быстро и непрерывно измерять микробную порчу пищевых продуктов путем определения запахов, производимых этими летучими соединениями. ^[50] Таким образом, технология электронного носа может применяться для обнаружения следов порчи молока Pseudomonas и выделения ответственных видов Pseudomonas . ^[51] Датчик газа состоит из носовой части, состоящей из 14 модифицируемых полимерных датчиков, которые могут обнаруживать определенные продукты разложения молока, вырабатываемые микроорганизмами. ^[51] Данные датчика получаются путем изменения электрического сопротивления 14 полимеров при контакте с целевым соединением, а четыре параметра датчика можно регулировать для дальнейшего уточнения реакции. ^[51] Затем ответы могут быть предварительно обработаны нейронной сетью, которая затем сможет различать микроорганизмы, вызывающие порчу молока, такие как P. fluorescens и P. aureofaciens . ^[51]

Разновидность

Pseudomonas включает следующие виды, ^[52] организованные в группы геномного сходства: ^{[53] [54] [55] [56] [57] [58] [59]}

Группа P. aeruginosa

• P. aeruginosa (Schroeter 1872) Migula 1900 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. citronellolis Seubert 1960 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. delhiensis Prakash et al. 2007 год
• P. denitrificans Bergey et al. 1961 год
• P. jinjuensis Kwon et al. 2003 г.
• P. knackmussii Stolz et al. 2007 год
• P. nicosulfuronedens Li et al. 2021 год
• P. nitroreducens Iizuka и Komagata 1964 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. panipatensis Gupta et al. 2008 год

Группа P. anguilliseptica

• P. anguilliseptica Wakabayashi и Egusa 1972 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. Benzenivorans Lang et al. 2012 год
• P. borbori Vanparys et al. 2006 г.
• P. Campi Timsy et al. 2021 год
• P. cuatrocienegasensis Escalante et al. 2009 год
• P. glareae Романенко и др. 2015 год
• P. guineae Bozal et al. 2007 год
• P. guriensis Kim et al. 2021 год
• P. lalucatii Busquets et al. 2021 год
• P. leptonychotis Novákova et al. 2020 год
• P. marincola Романенко и др. 2008 год
• P. peli Vanparys et al. 2006 г.
• P. segitis Park et al. 2006 г.
• P. taeanensis Lee et al. 2010 год
• P. ullengensis Kim et al. 2021 год

Группа P. fluorescens

Подгруппа P. asplenii

• P. agarici Young 1970 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. asplenii (Арк и Томпкинс, 1946 г.) Савулеску, 1947 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• P. batumici Киприанова и др. 2011 г.
• P. fuscovaginae (ex Tanii et al. 1976) Miyajima et al. 1983 год
• P. gingeri Cutri et al. 1984 г.
• P. vanderleydeniana Girard et al. 2022 год

Подгруппа P. chromraphis

• P. aurantiaca Нахимовская 1948 г. (утвержденные списки 1980 г.)
• P. aureofaciens Kluyver 1956 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. chromraphis (Guignard and Sauvageau 1894) Bergey et al. 1930 г. (утвержденные списки 1980 г.)
• P. piscium (Burr et al. 2010) Chen et al. 2018 год

Подгруппа P. corrugata

• P. alvandae Girard et al. 2022 год
• P. bijieensis Liang et al. 2021 год
• P. brassicacearum Achouak et al. 2000 г.
• P. canavaninivorans Hauth et al. 2022 год
• P. corrugata Робертс и Скарлетт, 1981 г.
• P. kilonensis Sikorski et al. 2001 г.
• P. marvdashtae Girard et al. 2022 год
• P. mediterranea Catara et al. 2002 г.
• P. ogarae Гарридо-Санс и др. 2022 год
• P. tehranensis Girard et al. 2022 год
• P. thivervalensis Achouak et al. 2000 г.
• P. viciae Zhao et al. 2020 год
• P. zanjanensis Girard et al. 2022 год
• P. zarinae Girard et al. 2022 год

Подгруппа P. fluorescens

• P. allii Sawada et al. 2021 год
• P. antarctica Reddy et al. 2004 г.
• P. asgharzadehiana Girard et al. 2022 год
• P. aylmerensis corrig. Чаганг и др. 2021 год
• P. azadiae Girard et al. 2022 год
• P. azotoformans Iizuka и Komagata 1963 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. canadensis Tambong et al. 2017 год
• П. Карнис Лик ​​и др. 2020 год
• П. cedrina корриг. Даббусси и др. 2002 г.
• P. costantinii Munsch et al. 2002 г.
• P. cremoris Hofmann et al. 2021 год
• P. cyclaminis Sawada et al. 2021 год
• P. edaphica Рамирес-Бахена и др. 2019 год
• P. extremaustralis Лопес и др. 2010 год
• P. extremorientalis Иванова и др. 2002 г.
• P. fildesensis Павлов и др. 2020 год
• P. fluorescens Migula 1895 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. fulgida Naureen et al. 2005 г.
• P. grimontii Baida et al. 2002 г.
• P. haemolytica Hofmann et al. 2020 год
• P. kairouanensis Oueslati et al. 2020 год
• P. karstica Švec et al. 2020 год
• П. хавазиана Girard et al. 2022 год
• P. kitaguniensis Sawada et al. 2020 год
• P.lactis von Neubeck et al. 2017 год
• P.lactucae Sawada et al. 2021 год
• P. libanensis Dabboussi et al. 1999 год
• P. lurida Behrendt et al. 2007 год
• P. Marginalis (Браун, 1918 г.) Стивенс, 1925 г. (Утвержденные списки, 1980 г.)
• P. nabeulensis Oueslati et al. 2020 год
• P. orientalis Dabboussi et al. 2002 г.
• P. palleroniana Gardan et al. 2002 г.
• P. panacis Park et al. 2005 г.
• P. paracarnis Lick et al. 2021 год
• P. paralactis von Neubeck et al. 2017 год
• P. pisciculturae Duman et al. 2021 год
• P. poae Behrendt et al. 2003 г.
• P. rhodesiae Coroler et al. 1997 год
• P. salmasensis Girard et al. 2022 год
• P. salomonii Gardan et al. 2002 г.
• P. simiae Vela et al. 2006 г.
• P. sivasensis Duman et al. 2020 год
• П. spelaei Швец и др. 2020 год
• P. synxantha (Эренберг, 1840 г.), Голландия, 1920 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• P. tolaasii Paine 1919 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. tritici Girard et al. 2022 год
• P. trivyis Behrendt et al. 2003 г.
• P. veronii Elomari et al. 1996 год
• P. yamanorum Arnau et al. 2015 год

Подгруппа P. fragi

• P. bubulae Lick et al. 2020 год
• P. deceptionensis Carrion et al. 2011 год
• P. эндофитика Рамирес-Бахена и др. 2015 год
• P. fragi (Eichholz 1902) Gruber 1905 (утвержденные списки 1980 г.)
• П. Хеллери фон Нойбек и др. 2016 год
• P. lundensis Molin et al. 1986 год
• P. paraversuta Lick et al. 2021 год
• P. psychrophila Yumoto et al. 2002 г.
• P. saxonica Hofmann et al. 2020 год
• P. taetrolens Haynes 1957 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. versuta See-Too et al. 2017 год
• P. weihenstephanensis von Neubeck et al. 2016 год

Подгруппа P. gessardii

• P. brenneri Baïda et al. 2002 г.
• P. gessardii Verhille et al. 1999 год
• P. meridiana Reddy et al. 2004 г.
• P. mucidolens Levine и Anderson 1932 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. proteolytica Reddy et al. 2004 г.
• P. shahriarae Girard et al. 2022 год

Подгруппа P. jessenii

• P. azerbaijanoccidentalis corrig. Жирар и др. 2022 год
• P. azerbaijanorientalis corrig. Жирар и др. 2022 год
• P. izuensis Lu et al. 2020 год
• P. jessenii Verhille et al. 1999 год
• P. laurylsulfatiphila corrig. Фурманчик и др. 2019 год
• P. laurylsulfativorans corrig. Фурманчик и др. 2019 год
• P. mohnii Cámara et al. 2007 год
• П. Мурей Камара и др. 2007 год
• П. Рейнекей Камара и др. 2007 год
• P. umsongensis Kwon et al. 2003 г.
• P. vancouverensis Mohn et al. 1999 год

Подгруппа P. koreensis

• P. allokribbensis Morimoto et al. 2021 год
• P. anatoliensis Duman et al. 2021 год
• P. atacamensis Poblete-Morales et al. 2021 год
• P. atagonensis corrig. Моримото и др. 2020 год
• P. baetica López et al. 2012 год
• P. Bananamidigenes Girard et al. 2021 год
• P. botevensis Girard et al. 2021 год
• P. crudilactis Schlusselhuber et al. 2021 год
• P. ekonensis Girard et al. 2022 год
• P. glecinae Jia et al. 2021 год
• P. gozinkensis Morimoto et al. 2021 год
• P. granadensis Pascual et al. 2015 год
• P. hamedanensis Girard et al. 2022 год
• P. helmanticensis Рамирес-Бахена и др. 2014 год
• P. iranensis Girard et al. 2022 год
• P. iridis Duman et al. 2021 год
• P. khorasanensis Girard et al. 2022 год
• P. koreensis Kwon et al. 2003 г.
• P. kribbensis Chang et al. 2016 год
• P. monsensis Girard et al. 2022 год
• P. moraviensis Tvrzová et al. 2006 г.
• P. Neuropathica Duman et al. 2021 год
• P. siliginis Girard et al. 2022 год
• P. tensinigenes Girard et al. 2022 год
• P. triticicola Girard et al. 2022 год
• P. zeae Girard et al. 2022 год

Подгруппа P. mandelii

• P. arsenicoxydans Campos et al. 2011 год
• П. Фаррис Жирар и др. 2022 год
• P. frederiksbergensis Andersen et al. 2000 г.
• P. gregormendelii Kosina et al. 2016 год
• П. Лини Делорм и др. 2002 г.
• P. mandelii Verhille et al. 1999 год
• P. migulae Verhille et al. 1999 год
• P. mucoides Duman et al. 2021 год
• P. piscicola Duman et al. 2021 год
• P. prosekii Kosina et al. 2014 год
• P. silesiensis Kaminski et al. 2018 год

Подгруппа P. protegens

• P. aestus Vasconcellos et al. 2017 год
• P. piscis Liu et al. 2020 год
• P. protegens Ramette et al. 2012 год
• P. saponiphila Lang et al. 2012 год
• P. sessilinigenes Girard et al. 2021 год

incertae sedis

• P. blatchfordae Блатчфорд и Шустер 1980 г.
• P. kielensis Gieschler et al. 2021 год

Группа P. linyingensis

• P. guangdongensis Yang et al. 2013
• P. linyingensis He et al. 2015 год
• P. oryzae Yu et al. 2013
• P. sagittaria Lin et al. 2013

Группа П. желтого

• P. abietaniphila Mohn et al. 1999 год
• P. bohemica Саати-Сантамария и др. 2018 год
• P. graminis Behrendt et al. 1999 год
• P. lutea Peix et al. 2004 г.

Группа P. Massiliensis

• P. Massiliensis Bardet et al. 2018 год
• P. typographi Peral-Aranega et al. 2021 год

Группа P. oleovorans

• P. alcaliphila Yumoto et al. 2001 г.
• P. chaetocerotis Girard et al.
• P. chengduensis Tao et al. 2014 год
• P. composti Gibello et al. 2011 год
• P. guguanensis Liu et al. 2013
• P. Hydrolytica Zhou et al. 2020 год
• P. indoloxydans Manickam et al. 2008 год
• P. khazarica Tarhriz et al. 2020 год
• P. mendocina Palleroni 1970 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. oleovorans Lee and Chandler 1941 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. sediminis Behera et al. 2018 год
• P. sihuiensis Wu et al. 2014 год
• P. toyotomiensis Hirota et al. 2011 год

Группа P. oryzihabitans

• P. asuensis Редди и Гарсия-Пишель, 2015 г.
• P. duriflava Liu et al. 2008 год
• P. luteola Kodama et al. 1985 г.
• P. oryzihabitans Kodama et al. 1985 г.
• P. rhizoryzae Wang et al. 2020 год

Группа P. pohangensis

• P. mangrovi Ye et al. 2019 год
• P. pohangensis Weon et al. 2006 г.

Группа П. Путида

• P. akappageensis corrig. Моримото и др. 2020 год
• P. алкилфенолика Мулет и др. 2015 год
• P. alloputida Keshavarz-Tohid et al. 2020 год
• P. anuradhapurensis Girard et al. 2022 год
• P. arcuscaelestis Mulet et al. 2021 год
• P. asiatica Tohya et al. 2019 год
• P. brassicae Sawada et al. 2020 год
• P. capeferrum Berendsen et al. 2015 год
• P. cremoricolorata Uchino et al. 2002 г.
• P. defluvii Qin et al. 2020 год
• P. donghuensis Gao et al. 2015 год
• P. entomophila Mulet et al. 2012 год
• P. fakonensis Girard et al. 2022 год
• P. Farsensis Girard et al. 2022 год
• P. fulva Iizuka и Komagata 1963 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. guariconensis Toro et al. 2013
• P. huaxiensis Qin et al. 2019 год
• P. hunanensis Gao et al. 2014 год
• P. hutmensis Xiang et al. 2019 год
• P. inefficax Keshavarz-Tohid et al. 2019 год
• P. japonica Pungrasmi et al. 2008 год
• P. juntendi Tohya et al. 2019 год
• P. kermanshahensis Girard et al. 2022 год
• P. kurunegalensis Girard et al. 2022 год
• P. laurentiana Wright et al. 2019 год
• P. maumuensis Girard et al. 2022 год
• P. monteilii Elomari et al. 1997 год
• P. mosselii Daboussi et al. 2002 г.
• P. muyukensis Girard et al. 2022 год
• P. oryzicola Girard et al. 2022 год
• P. oryziphila Yang et al. 2021 год
• P. palmensis Gutierrez-Albanchez et al. 2022 год
• P. parafulva Uchino et al. 2002 г.
• P. peradeniyensis Girard et al. 2022 год
• P. persica Кешаварц-Тохид и др. 2020 год
• P. plecoglossicida Nishimori et al. 2000 г.
• P. promysalinigenes Girard et al. 2022 год
• P. putida (Тревизан, 1889 г.) Мигула, 1895 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• P. pyomelaminifaciens Chakraborty et al.
• P. qingdaonensis Wang et al. 2019 год
• P. reidholzensis Frasson et al. 2017 год
• P. shirazensis Girard et al. 2022 год
• P. shirazica Keshavarz-Tohid et al. 2020 год
• P. sichuanensis Qin et al. 2019 год
• P. soli Pascual et al. 2015 год
• P. taiwanensis Wang et al. 2010 год
• P. tructae Oh et al. 2019 год
• P. urmiensis Girard et al. 2022 год
• P. vlassakiae Girard et al. 2021 год
• P. vranovensis Tvrzová et al. 2006 г.
• P. wadenswilerensis Frasson et al. 2017 год
• P. wayambapalatensis Girard et al. 2021 год
• P. xantholysinigenes Girard et al. 2022 год
• P. xanthosomatis corrig. Жирар и др. 2022 год

Группа П. резиноворанс

• P. Furukawaii Kimura et al. 2018 год
• P. lalkuanensis Thorat et al. 2020 год
• P. mangiferae Anurat et al. 2019 год
• P. otitidis Clark et al. 2006 г.
• P. resinovorans Delaporte et al. 1961 г. (утвержденные списки 1980 г.)

Группа P. rhizosphaerae

• P. baltica Gischler et al. 2021 год
• P. coleopterorum Menéndez et al. 2015 год
• P. eucalypticola Liu et al. 2021 год
• P. rhizosphaerae Peix et al. 2003 г.

Группа P. straminea

• P. argentinensis Peix et al. 2005 г.
• P. daroniae Bueno-Gonzalez et al. 2019 год
• P. Dryadis Bueno-Gonzalez et al. 2019 год
• P. flavescens Hildebrand et al. 1994 год
• P. punonensis Ramos et al. 2013
• P. seleniipraecipitans corrig. Охотник и Мантер 2011
• P. straminea corrig. Иизука и Комагата 1963 г. (утвержденные списки 1980 г.)

Группа П. Штуцери

• P. azotifigens Hatayama et al. 2005 г.
• P. balearica Bennasar et al. 1996 год
• P. loritidismutans Wolterink et al. 2002 г.
• P. kirkiae Bueno-Gonzalez et al. 2020 год
• P. nitrititolerans Peng et al. 2019 год
• P. nosocomialis Mulet et al. 2019 год
• P. saudiphocaensis Azhar et al. 2017 год
• P. songnenensis Zhang et al. 2015 год
• P. stutzeri (Леманн и Нейман, 1896 г.) Сиддериус, 1946 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• P. urumqiensis Zou et al. 2019 год
• П. xanthomarina Романенко и др. 2005 г.
• P. zhaodongensis Zhang et al. 2015 год

Группа P. syringae

• P. alliivorans Zhao et al. 2021 год
• P. amygdali Psallidas и Panagopoulos 1975 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. asturiensis González et al. 2013
• P. avellanae Janse et al. 1997 год
• P. cannabina (бывший Шутич и Доусон, 1959) Gardan et al. 1999 год
• P. capsici Zhao et al. 2021 год
• P. caricapapayae Роббс, 1956 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• P. caspiana Busquets et al. 2017 год
• P. cerasi Kałuzna et al. 2017 год
• P. cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. congelans Behrendt et al. 2003 г.
• P. coronafaciens (Эллиотт, 1920) Стивенс, 1958 г.
• P. ficerectae Гото 1983 г.
• P. floridensis Timilsina et al. 2018 год
• P. foliumensis Tambong et al. 2021 год
• P. helianthi Elasri et al. 2001 г.
• P. meliae Огими 1981 г.
• P. ovata Rao et al. 2021 год
• P. savastanoi (Janse 1982) Gardan et al. 1992 год
• P. syringae van Hall 1902 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. томат Гардан и др. 1999 год
• P. tremae Gardan et al. 1999 год
• P. triticumensis Tambong et al. 2021 год
• P. viridiflava (Буркхолдер, 1930 г.) Доусон, 1939 г. (утвержденные списки, 1980 г.)

incertae sedis

• P. acephalitica Tapia-Paniagua et al. 2014 год
• P. acidophila Imada et al. 1981 год
• «Ca. P. adelgestsugas» фон Долен и др. 2013
• P. alcaligenes Monias 1928 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. alginovora Boyen et al. 1990 год
• P. alkanolytica Накао и Куно 1972 г.
• P. amyloderamosa Норман и Вобер, 1975 г.
• P. andersonii Han et al. 2001 г.
• P. Bathycetes Куигли и Колвелл, 1968 г.
• P. Borealis Wilson et al. 2006 г.
• P. Cavernae Zhu et al. 2022 год
• P. Cavernicola Zhu et al. 2022 год
• P. cellulosa Эндрюс и др. 2000 г.
• P. clementa Rahman et al. 2010 год
• P. coenobios Зобелл и Апхэм, 1944 г.
• P.diazotropicus Watanabe et al. 1987 год
• P. diterpeniphila Морган и Виндхэм, 2002 г.
• P. elodea Fialho et al. 1991 год
• П. эксцибис Штайнхаус
• P. flexibilis (Hespell 1977) Shin et al. 2016 год
• P. fluvialis Судан и др. 2018 год
• P. gelidicola Kadota 1951 (утвержденные списки 1980 г.)
• P. guezennei Simon-Colin et al. 2008 год
• P. halodenitrificans Alonso et al. 2001 г.
• P. halodurans Cuhel et al. 1981 год
• P. halosaccharolytica Ohno et al. 1976 год
• P. halosensibilis Цзоу и Цай, 1994 г.
• P. Hydrogenothermophila Goto et al. 1978 год
• P. Hydrogenovora Igarashi et al. 1980 год
• P. indica Pandey et al. 2002 г.
• P. jinanensis Cai et al. 1989 год
• P. kuykendallii Hunter and Manter 2012 г.
• P. lopnurensis Mamtimin et al. 2021 год
• P. lubricans Rehman et al. 2010 год
• P. matsuisoli Lin et al. 2015 год
• " P. melophthora Аллен и Райкер 1932 г.
• P. mesoacidophila Kintaka et al. 1981 год
• P. multiresinovorans Hernandez et al. 2008 год
• П. пероленс Шибальский 1950 г.
• P. фармакофабрика корриг. Ю и др. 2019 год
• P. pratensis Zhang et al. 2021 год
• P. quercus Li et al. 2021 год
• P. raguenesii Simon-Colin et al. 2009 год
• P. reactans Прис и Вонг, 1982 г.
• P. Reptilivora Колдуэлл и Райерсон, 1940 г.
• P. rhizophila Hassen et al. 2018 год
• P. rhizovicinus He et al. 2021 год
• П. рубесценс Пивник 1955 г.
• P. schmalbachii Shelomi et al. 2021 год
• P. septica Bergey et al. 1930 год
• П. Сесами Мадхайян и др. 2017 год
• P.siderocapsa Фаламин и Пиневич 2006 г.
• П. Суис Вудс, 1930 г.
• P. tamsuii Liang et al. 2015 год
• P. tarimensis Anwar et al. 2017 год
• P. teessidea Rahman et al. 2010 год
• P. thermocarboxydovorans Lyons et al. 1984 г.
• P. thermotolerans Манайя и Мур 2002 г.
• P. tianjinensis Chen et al. 2018 год
• P. tohonis Yamada et al. 2021 год
• P.turbellae Шринивасан 1956 г.
• P. turukanskensis Коршунова и др. 2016 год
• P. tuticorinensis Шринивасан 1956 г.
• P. wenzhouensis Zhang et al. 2021 год
• P. xionganensis Zhao et al. 2020 год
• P. yangonensis Tohya et al. 2020 год

Виды, ранее отнесенные к этому роду

Недавно анализ последовательности 16S рРНК переопределил таксономию многих видов бактерий, ранее отнесенных к роду Pseudomonas . ^[11] Виды, удаленные от Pseudomonas , перечислены ниже; нажатие на вид покажет его новую классификацию. Термин «псевдомонада» не применяется строго только к роду Pseudomonas и может использоваться для обозначения предыдущих представителей, таких как роды Burkholderia и Ralstonia .

α-протеобактерии: P. abikonensis , P.aminovorans , P.azotocolligans , P.carboxydodriverogena , P.carboxyvorans , P.compransoris , P.diminuta , P.echinoides , P.extorquens , P.lindneri , P.mesophilica , P.paucimobilis , P. radiora , P. rhodos , P. рибофлавина , P. rosea , P. vesicleis .

β-протеобактерии: P. acidovorans , P. alliicola , P. antimicrobica , P. avenae , P.butanovora , P. caryophylli , P. Cattleyae , P. cepacia , P. cocovenenans , P. delafieldii , P. facilis , P. flava , P. гладиолусы , P. glathei , P. glumae , P. huttiensis , P. indigofera , P. lanceolata , P. lemoignei , B. mallei , P. mephitica , P. mixta , P. palleronii , P. phenazinium , P .picettii , P.plantarii , P. pseudoflava , B. pseudomallei , P.pyrocinia , P.rubrilineans , P.rubrisubalbicans , P.saccharophila , P.solanacearum , P.spinosa , P.syzygii , P.taeniospiralis , P.terrigena , П. Тестостерони .

γ-β протеобактерии: P.boreopolis , P.cissicola , P.geniculata , P.hibiscicola , P.maltophilia , P.pictorum .

γ-протеобактерии: P. beijerinckii , P. diminuta , P. doudoroffii , P. elongata , P. flectens , P. marinus , P. halophila , P. iners , P. marina , P. nautica , P. nigrifaciens , P. pavonacea. , ^[60] P. piscicida , P. stanieri .

δ-протеобактерии: P. formicans .

Филогенетика

С помощью филогенетического анализа были определены следующие отношения между группами геномного сродства : ^{[61] [62]}

Бактериофаги

Существует ряд бактериофагов , поражающих Pseudomonas , например:

• Фаг псевдомонад Φ6
• Фаг псевдомонад ΦCTX
• Фаг Pseudomonas aeruginosa EL ^[63]
• Фаг Pseudomonas aeruginosa ΦKMV ( Phikmvvirus ) ^[64]
• Фаг Pseudomonas aeruginosa LKD16 ( Phikmvvirus ) ^[65]
• Фаг Pseudomonas aeruginosa LKA1 ( Phikmvvirus ) ^[65]
• Фаг Pseudomonas aeruginosa LUZ19 ( Phikmvvirus )
• Фаг Pseudomonas aeruginosa ΦKZ ^[63]
• Фаг Pseudomonas putida gh-1 ^[66]

Смотрите также

• Коллекция культур для списка коллекций культур

Сноски

1. Чтобы облегчить поток прозы на английском языке, названия родов можно «упрощать» , чтобы сформировать просторечное название для обозначения члена рода: для рода Pseudomonas это «псевдомонада» (множественное число: «псевдомонады»), вариант неименительного падежа в греческом склонении моны , monada . ^[67] По историческим причинам представители нескольких родов, которые ранее классифицировались как виды Pseudomonas , могут называться псевдомонадами, в то время как термин «флуоресцентная псевдомонада» относится строго к нынешним представителям рода Pseudomonas , поскольку они производят пиовердин , флуоресцентный сидерофор . . ^{[4] [ нужна страница ]} Последний термин, флуоресцентная псевдомонада, отличается от термина группа P. fluorescens , который используется для различения подмножества членов Pseudomonas sensu stricto , а не в целом.

Рекомендации

1. Лалукат, Хорхе; Гомила, Маргарита; Мулет, Магдалена; Зарума, Андерсон; Гарсиа-Вальдес, Елена (2021). «Прошлое, настоящее и будущее границ рода Pseudomonas : предложение Stutzerimonas gen. nov». Syst Appl Микробиол . 45 (1): 126289. doi :10.1016/j.syapm.2021.126289. hdl : 10261/311157 . PMID  34920232. S2CID  244943909.
2. Парте, Эйдан С.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (2020). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332. ПМЦ 7723251 . ПМИД  32701423. 
3. «Род Pseudomonas». LPSN.dsmz.de. _ Проверено 4 апреля 2023 г.Частичное цитирование, ссылку на проект см. в Parte et al., 2020.
4. Мэдиган М; Мартинко Дж., ред. (2006). Брок Биология микроорганизмов (11-е изд.). Прентис Холл. ISBN 0-13-144329-1.
5. Падда, Киран Прит; Пури, Акшит; Чанвей, Крис (01 ноября 2019 г.). «Эндофитная фиксация азота - возможный« скрытый »источник азота для сосен ложчатых, растущих на неутилизированных участках добычи гравия». ФЭМС Микробиология Экология . 95 (11). doi : 10.1093/femsec/fiz172. ISSN  0168-6496. ПМИД  31647534.
6. Падда, Киран Прит; Пури, Акшит; Чанвей, Крис П. (20 сентября 2018 г.). «Выделение и идентификация эндофитных диазотрофов из лежачих сосен, растущих на неутилизированных гравийных карьерах в центральной части Британской Колумбии, Канада». Канадский журнал лесных исследований . 48 (12): 1601–1606. doi : 10.1139/cjfr-2018-0347. hdl : 1807/92505 . ISSN  0045-5067. S2CID  92275030.
7. Мигула, В. (1894) Über ein neues System der Bakterien. Арб Бактериол Инст Карлсруэ 1: 235–238.
8. Мигула, В. (1900) System der Bakterien, Vol. 2. Йена, Германия: Густав Фишер.
9. Паллерони, Нью-Джерси (2010). «История Псевдомонады». Экологическая микробиология . 12 (6): 1377–1383. Бибкод : 2010EnvMi..12.1377P. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . ПМИД  20553550.
10. Корнелис, Пьер, изд. (2008). Pseudomonas: геномика и молекулярная биология (1-е изд.). Кайстер Академик Пресс. ISBN 978-1-904455-19-6.
11. Анзай, Ю.; Ким, Х.; Пак, JY; Вакабаяси, Х. (2000). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (4): 1563–89. дои : 10.1099/00207713-50-4-1563. ПМИД  10939664.
12. Анзай, Ёдзиро; Кудо, Юко; Ояизу, Хироши (1997). «Филогения родов Chryseomonas, Flavimonas и Pseudomonas подтверждает синонимичность этих трех родов». Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 249–251. дои : 10.1099/00207713-47-2-249 . ПМИД  9103607.
13. Ябуучи, Эйко; Косако, Ёсимаса; Ояизу, Хироши; Яно, Икуя; Хотта, Хисако; Хасимото, Ясухиро; Эзаки, Такаюки; Аракава, Мичио (1992). «Предложение о Burkholderia gen. Nov. И перевод семи видов группы гомологии II рода Pseudomonas в новый род с типовым видом Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) comb. Nov». Микробиология и иммунология . 36 (12): 1251–1275. дои : 10.1111/j.1348-0421.1992.tb02129.x . PMID  1283774. S2CID  46648461.
14. Ябуучи, Эйко; Косако, Ёсимаса; Яно, Икуя; Хотта, Хисако; Нисиучи, Юкико (1995). «Перенос двух видов Burkholderia и Alcaligenes в род Ralstonia. Ноябрь: Предложение о гребне Ralstonia Pickettii (Ralston, Palleroni and Doudoroff 1973). Ноябрь, гребешок Ralstonia solanacearum (Smith 1896). Ноябрь. И Ralstonia eutropa (Дэвис 1969). гребешок. Ноябрь". Микробиология и иммунология . 39 (11): 897–904. дои : 10.1111/j.1348-0421.1995.tb03275.x . PMID  8657018. S2CID  28187828.
15. Николаидис, Мариос; Моссиалос, Димитрис; Оливер, Стивен Г.; Амуциас, Григориос Д. (24 июля 2020 г.). «Сравнительный анализ основных протеомов основных эволюционных групп Pseudomonas выявляет видоспецифическую адаптацию Pseudomonas aeruginosa и Pseudomonas chromraphis». Разнообразие . 12 (8): 289. дои : 10.3390/d12080289 . ISSN  1424-2818.
16. Рихтер, Майкл; Росселло-Мора, Рамон (10 ноября 2009 г.). «Сдвиг золотого стандарта геномики для определения видов прокариот». Труды Национальной академии наук . 106 (45): 19126–19131. Бибкод : 2009PNAS..10619126R. дои : 10.1073/pnas.0906412106 . ISSN  0027-8424. ПМЦ 2776425 . ПМИД  19855009. 
17. Тран, Фуонг Н.; Савка, Михаил А.; Ган, Хан Мин (12 июля 2017 г.). «Таксономическая классификация 373 геномов in silico выявляет ошибочную идентификацию видов и новые геновиды внутри рода Pseudomonas». Границы микробиологии . 8 : 1296. дои : 10.3389/fmicb.2017.01296 . ISSN  1664-302X. ПМК 5506229 . ПМИД  28747902. 
18. Кохорст, Джаспер Дж.; Дам, Джесси Си Джей; ван Хек, Рубен Г.А.; ван Сакченти, Эдоардо; Мартинс душ Сантос, Витор А.П.; Суарес-Диес, Мария; Шаап, Питер Дж. (06 декабря 2016 г.). «Сравнение 432 штаммов Pseudomonas посредством интеграции геномных, функциональных, метаболических и экспрессионных данных». Научные отчеты . 6 (1): 38699. Бибкод : 2016NatSR...638699K. дои : 10.1038/srep38699. ISSN  2045-2322. ПМК 5138606 . ПМИД  27922098. 
19. Криг, Ноэль (1984). Руководство Берджи по систематической бактериологии, Том 1 . Балтимор: Уильямс и Уилкинс. ISBN 0-683-04108-8.
20. Мейер, Жан-Мари; Жоффруа, Валери А.; Байда, Надер; Гардан, Луи; Изард, Дэниел; Лемансо, Филипп; Ашуак, Вафа; Паллерони, Норберто Дж. (2002). «Типирование сидерофора, мощный инструмент для идентификации флуоресцентных и нефлуоресцентных псевдомонад». Прикладная и экологическая микробиология . 68 (6): 2745–2753. Бибкод : 2002ApEnM..68.2745M. дои : 10.1128/АЕМ.68.6.2745-2753.2002. ПМК 123936 . ПМИД  12039729. 
21. Лау, Джи В.; Хассетт, Дэниел Дж.; Ран, Хуйминь; Конг Ф, Фаньшэн (2004). «Роль пиоцианина в инфекции Pseudomonas aeruginosa». Тенденции молекулярной медицины . 10 (12): 599–606. doi :10.1016/j.molmed.2004.10.002. ПМИД  15567330.
22. Маттейс, Сандра; Тегерани, Курош Аббаспур; Лаус, Джордж; Джексон, Роберт В.; Купер, Ричард М.; Корнелис, Пьер (2007). «Тиохинолобактин, сидерофор Pseudomonas с противогрибковой и антипитиевой активностью». Экологическая микробиология . 9 (2): 425–434. Бибкод : 2007EnvMi...9..425M. дои : 10.1111/j.1462-2920.2006.01154.x. ПМИД  17222140.
23. Бьелло, Дэвид (28 февраля 2008 г.). «Микробы делают снег?». Научный американец .
24. Хассетт, Дэниел Дж.; Купполетти, Джон; Трапнелл, Брюс; Лымарь Сергей В.; и другие. (2002). «Анаэробный метаболизм и определение кворума биопленками Pseudomonas aeruginosa в дыхательных путях при хроническом муковисцидозе: переосмысление стратегий лечения антибиотиками и целей применения лекарств». Обзоры расширенной доставки лекарств . 54 (11): 1425–1443. дои : 10.1016/S0169-409X(02)00152-7. ПМИД  12458153.
25. Райан, Кеннет Дж.; Рэй, К. Джордж; Шеррис, Джон К., ред. (2004). Медицинская микробиология Шерриса (4-е изд.). МакГроу Хилл. ISBN 0-8385-8529-9.
26. Ван Элдере, Йохан (февраль 2003 г.). «Многоцентровый надзор за чувствительностью к Pseudomonas aeruginosa при внутрибольничных инфекциях». Журнал антимикробной химиотерапии . 51 (2): 347–352. дои : 10.1093/jac/dkg102 . ПМИД  12562701.
27. Пул, К. (январь 2004 г.). «Мультирезистентность, опосредованная оттоком, у грамотрицательных бактерий». Клиническая микробиология и инфекции . 10 (1): 12–26. дои : 10.1111/j.1469-0691.2004.00763.x . ПМИД  14706082.
28. «Ученые обнаруживают глину для борьбы со смертельными бактериями». www.infoniac.com . 16 марта 2007 г. Проверено 20 ноября 2008 г.
29. Смит, Майкл (16 марта 2007 г.). «Галлий может иметь свойства, подобные антибиотикам». МедПейдж сегодня . Архивировано из оригинала 18 сентября 2008 г.
30. Боди, Джеральд П.; Боливар, Рикардо; Файнштейн, Виктор; Джадеджа, Лина (1 марта 1983 г.). «Инфекции, вызываемые Pseudomonas aeruginosa». Клинические инфекционные болезни . 5 (2): 279–313. doi : 10.1093/clinids/5.2.279. ISSN  1058-4838. ПМИД  6405475.
31. Харди, Ким Р.; Помье, Стефани; Вильгельм, Сюзанна (2009). «Секретируемые белки Pseudomonas aeruginosa : механизмы их экспорта и как они способствуют патогенезу». Бактериальные секретируемые белки: секреторные механизмы и роль в патогенезе . Кайстер Академик Пресс. ISBN 978-1-904455-42-4.
32. Броуди, Кэтрин Л.; Рейни, Пол Б.; Тестер, Марк; Джонстон, Кейт (1991). «Бактериальная пятнистость культивируемых грибов вызвана ионным каналом, образующим липодепсипептидный токсин». Молекулярные растительно-микробные взаимодействия . 1 (4): 407–411. doi : 10.1094/MPMI-4-407.
33. Янг, Дж. М. (1970). «Качающиеся жабры: бактериальное заболевание культивируемых грибов, вызываемое Pseudomonas agarici n. sp». Новозеландский журнал сельскохозяйственных исследований . 13 (4): 977–90. Бибкод : 1970NZJAR..13..977Y. дои : 10.1080/00288233.1970.10430530 .
34. Хаас, Дитер; Дефаго, Женевьева (2005). «Биологический контроль почвенных патогенов с помощью флуоресцентных псевдомонад». Обзоры природы Микробиология . 3 (4): 307–319. дои : 10.1038/nrmicro1129. PMID  15759041. S2CID  18469703.
35. Чин-А-Военг ТФ; Блумберг, Гвидо В.; Малдерс, Ине Х.М.; Деккерс, Линда С.; и другие. (2000). «Колонизация корня бактерией Pseudomonas chromraphis PCL1391, продуцирующей феназин-1-карбоксамид, необходима для биоконтроля ножки томата и корневой гнили». Мол Растительный Микроб Взаимодействие . 13 (12): 1340–1345. дои : 10.1094/MPMI.2000.13.12.1340 . hdl : 1887/62881 . ПМИД  11106026.
36. Есипов, С.Э.; Аданин В.М.; Баскунов, Б.П.; Киприанова Е.А.; и другие. (1975). «Новый антибиотико активный флороглюцид из Pseudomonas aurantiaca » . Антибиотики (на русском языке). 20 (12): 1077–81. ПМИД  1225181.
37. О'Махони, Марк М.; Добсон, Алан Д.В.; Барнс, Джереми Д.; Синглтон, Ян (2006). «Использование озона для очистки почвы, загрязненной полициклическими ароматическими углеводородами». Хемосфера . 63 (2): 307–314. Бибкод : 2006Chmsp..63..307O. doi :10.1016/j.chemSphere.2005.07.018. ПМИД  16153687.
38. Йена, КМ; Карл, MR; Блатт, LM; Саймон, MJ; Зима, РБ; Фауссет, PR; Лу, ХС; Харкорт, А.А.; Чен, К.К. (1991). «Клонирование и характеристика кластера генов Pseudomonas mendocina KR1, кодирующего толуол-4-монооксигеназу». Журнал бактериологии . 173 (17): 5315–27. дои : 10.1128/jb.173.17.5315-5327.1991. ПМК 208241 . ПМИД  1885512. 
39. Уэртас, М.-Дж.; Люке-Альмагро, ВМ; Мартинес-Луке, М.; Бласко, Р.; Морено-Вивиан, К.; Кастильо, Ф.; Ролдан, доктор медицинских наук (2006). «Цианидный метаболизм Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344: роль сидерофоров». Труды Биохимического общества . 34 (1): 152–5. дои : 10.1042/BST0340152. ПМИД  16417508.
40. Нодзири, Хидеаки; Маэда, Кана; Секигути, Хиройо; Урата, Масааки; Синтани, Масаки; Ёсида, Такако; Хабе, Хироши; Омори, Тосио (2002). «Организация и транскрипционная характеристика генов деградации катехолов, участвующих в деградации карбазола штаммом CA10 Pseudomonasresinovorans». Бионауки, биотехнологии и биохимия . 66 (4): 897–901. дои : 10.1271/bbb.66.897 . ПМИД  12036072.
41. Гилани, Разия Алам; Рафик, Мажар; Рехман, Абдул; Мунис, Мухаммад Фарук Хусейн; Рехман, Шафик ур; Чаудхари, Хасан Джавед (2016). «Биодеградация хлорпирифоса бактериями рода Pseudomonas ». Журнал фундаментальной микробиологии . 56 (2): 105–119. doi : 10.1002/jobm.201500336. ISSN  1521-4028. PMID  26837064. S2CID  1373984.
42. Нам, IH; Чанг, Ю.С.; Хонг, HB; Ли, Ю.Е. (2003). «Новая катаболическая активность Pseudomonas veronii в биотрансформации пентахлорфенола». Прикладная микробиология и биотехнология . 62 (2–3): 284–290. дои : 10.1007/s00253-003-1255-1. PMID  12883877. S2CID  31700132.
43. Онака, Кристина; Кинингер, Мартин; Энгессер, Карл Х.; Альтенбухнер, Йозеф (май 2007 г.). «Разложение алкилметилкетонов Pseudomonas veronii». Журнал бактериологии . 189 (10): 3759–3767. дои : 10.1128/JB.01279-06. ЧВК 1913341 . ПМИД  17351032. 
44. Маркес, Сильвия; Рамос, Хуан Л. (1993). «Транскрипционный контроль катаболических путей плазмиды Pseudomonas putida TOL». Молекулярная микробиология . 9 (5): 923–929. doi :10.1111/j.1365-2958.1993.tb01222.x. PMID  7934920. S2CID  20663917.
45. Сепульведа-Торрес, Лицели Дель К.; Раджендран, Нараянан; Дайбас, Майкл Дж.; Криддл, Крейг С. (1999). «Поколение и первоначальная характеристика мутантов Pseudomonas stutzeri KC с нарушенной способностью разлагать четыреххлористый углерод». Архив микробиологии . 171 (6): 424–429. Бибкод : 1999ArMic.171..424D. дои : 10.1007/s002030050729. PMID  10369898. S2CID  19916486.
46. «Что такое Pseudomonas aeruginosa?». ВебМД . 27 октября 2022 г. . Проверено 7 августа 2023 г.
47. Вуд, Питер (16 марта 2021 г.). «Псевдомонада: как лечить и предотвратить в коммерческих системах водоснабжения». Системы водоснабжения Уичвуда . Проверено 7 августа 2023 г.
48. Дасен, ЮВ; ЛиПума, Джей-Джей; Костман-младший; Сталл, TL (1 октября 1994 г.). «Характеристика ПЦР-риботипирования Burkholderia (Pseudomonas) cepacia». Журнал клинической микробиологии . 32 (10): 2422–2424. дои : 10.1128/JCM.32.10.2422-2424.1994. ISSN  0095-1137. ПМК 264078 . ПМИД  7529239. 
49. Доган, Бельгин; Бур, Кэтрин Дж. (1 января 2003 г.). «Генетическое разнообразие и потенциал порчи видов Pseudomonas, выделенных из жидких молочных продуктов и предприятий по переработке молочных продуктов». Прикладная и экологическая микробиология . 69 (1): 130–138. Бибкод : 2003ApEnM..69..130D. дои :10.1128/АЕМ.69.1.130-138.2003. ISSN  0099-2240. ПМЦ 152439 . ПМИД  12513987. 
50. Casalinuovo, Ида А.; Ди Пьеро, Донато; Колетта, Массимилиано; Ди Франческо, Паоло (1 ноября 2006 г.). «Применение электронных носов для диагностики заболеваний и обнаружения порчи продуктов». Датчики . 6 (11): 1428–1439. Бибкод : 2006Senso...6.1428C. дои : 10.3390/s6111428 . ПМК 3909407 . 
51. Маган, Нареш; Павлу, Алекс; Хрисантакис, Иоаннис (5 января 2001 г.). «Чувство молока: летучая сенсорная система распознает в молоке бактерии, вызывающие порчу, и дрожжи». Датчики и исполнительные механизмы B: Химические вещества . 72 (1): 28–34. дои : 10.1016/S0925-4005(00)00621-3.
52. Pseudomonas в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
53. Анзай, Ю; Ким, Х; Пак, JY; Вакабаяси, Х; Ояизу, Х (2000). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (4): 1563–1589. дои : 10.1099/00207713-50-4-1563. ISSN  1466-5034. ПМИД  10939664.
54. Джун, Се-Ран; Вассенаар, Труди М.; Нукаев, Интават; Хаузер, Лорен; Ванчай, Висану; Земля, Мириам; Тимм, Коллин М.; Лу, Цзе-Юань С.; Шадт, Кристофер В.; Доктыч, Митчел Дж.; Пеллетье, Дейл А.; Ассери, Дэвид В. (2016). «Разнообразие геномов Pseudomonas, включая изоляты, связанные с Populus, как выявлено с помощью сравнительного анализа генома». Прикладная и экологическая микробиология . 82 (1): 375–383. Бибкод : 2016ApEnM..82..375J. дои : 10.1128/АЕМ.02612-15. ISSN  0099-2240. ПМЦ 4702629 . ПМИД  26519390. 
55. Мулет, Магдалена; Лалукат, Хорхе; Гарсиа-Вальдес, Елена (2010). «Анализ последовательностей ДНК видов Pseudomonas ». Экологическая микробиология . 12 (6): 1513–30. Бибкод : 2010EnvMi..12.1513M. дои : 10.1111/j.1462-2920.2010.02181.x. ПМИД  20192968.
56. Мулет, Магдалена; Гомила, Маргарита; Скотта, Клаудия; Санчес, Дэвид; Лалукат, Хорхе; Гарсиа-Вальдес, Елена (2012). «Соответствие между времяпролетной масс-спектрометрией с лазерной десорбцией / ионизацией цельноклеточной матрицы и подходами к анализу многолокусных последовательностей в различении видов внутри рода Pseudomonas». Систематическая и прикладная микробиология . 35 (7): 455–464. дои : 10.1016/j.syapm.2012.08.007. ISSN  0723-2020. ПМИД  23140936.
57. Гомила, Маргарита; Пенья, Арантча; Мулет, Магдалена; Лалукат, Хорхе; Гарсиа-Вальдес, Елена (2015). «Филогеномика и систематика Pseudomonas». Границы микробиологии . 6 : 214. дои : 10.3389/fmicb.2015.00214 . ISSN  1664-302X. ПМЦ 4447124 . ПМИД  26074881. 
58. Гессен, Кедр; Шульц, Фредерик; Булл, Кэроли Т.; Шаффер, Бренда Т.; Ян, Цин; Шапиро, Николь; Хасан, Карл А.; Варгезе, Неха; Эльбурн, Лиам Д.Х.; Полсен, Ян Т.; Кирпид, Никос; Войке, Таня; Лопер, Джойс Э. (2018). «Геномная эволюционная история видов Pseudomonas». Экологическая микробиология . 20 (6): 2142–2159. Бибкод : 2018EnvMi..20.2142H. дои : 10.1111/1462-2920.14130. ISSN  1462-2912. OSTI  1529110. PMID  29633519. S2CID  4737911.
59. Жирар, Леа; Лоод, Седрик; Хёфте, Моника; Вандам, Питер; Рокни-Заде, Хасан; ван Ноорт, Вера; Лавин, Роб; Де Мот, Рене (2021). «Постоянно расширяющийся род Pseudomonas: описание 43 новых видов и разделение группы Pseudomonas putida». Микроорганизмы . 9 (8): 1766. doi : 10.3390/microorganisms9081766 . ISSN  2076-2607. ПМК 8401041 . ПМИД  34442845. 
60. Ван Ландшут, А.; Россау, Р.; Де Лей, Дж. (1986). «Внутри- и межродовые сходства цистронов рибосомальных рибонуклеиновых кислот Acinetobacter». Международный журнал систематической бактериологии . 36 (2): 150. дои : 10.1099/00207713-36-2-150 .
61. Жирар Л., Луд С., Хёфте М., Вандам П., Рокни-Заде Х., ван Ноорт В., Лавин Р., Де Мот Р. (2021). «Постоянно расширяющийся род Pseudomonas: описание 43 новых видов и разделение группы Pseudomonas putida». Микроорганизмы . 9 (8): 1766. doi : 10.3390/microorganisms9081766 . ПМК 8401041 . ПМИД  34442845. 
62. Йи Б, Далпке А.Х. (2022). «Возврат к внутриродовой структуре рода Pseudomonas с полной информацией о последовательностях всего генома: понимание разнообразия и генетических детерминант, связанных с патогенами». Заразить Генет Эвол . 97 : 105183. doi : 10.1016/j.meegid.2021.105183 . PMID  34920102. S2CID  245180021.Обратите внимание, что дерево в этой ссылке имеет ту же топологию, но выглядит по-другому, поскольку у него нет корней.
63. Хертвельдт, К.; Лавин, Р.; Плетенева Е.; Сернова Н.; Курочкина Л.; Корчевский Р.; Роббен, Дж.; Месянжинов В.; Крылов В.Н.; Волкарт, Г. (2005). «Сравнение геномов крупных фагов Pseudomonas aeruginosa» (PDF) . Журнал молекулярной биологии . 354 (3): 536–545. дои : 10.1016/j.jmb.2005.08.075. PMID  16256135. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 г. Проверено 27 августа 2015 г.
64. Лавин, Роб; Нобен, Жан-Поль; Хертвельдт, Кирстен; Цейсенс, Питер-Ян; Бриерс, Ив; Дюмон, Дебора; Рукур, Барт; Крылов Виктор Н.; Месянжинов Вадим Владимирович; Роббен, Йохан; Волкарт, Гвидо (2006). «Структурный протеом бактериофага Pseudomonas aeruginosa φKMV». Микробиология . 152 (2): 529–534. дои : 10.1099/mic.0.28431-0 . ISSN  1465-2080. ПМИД  16436440.
65. Цейсенс, Питер-Ян; Лавин, Роб; Маттеус, Уэсли; Чибеу, Эндрю; Хертвельдт, Кирстен; Маст, Ян; Роббен, Йохан; Волкарт, Гвидо (2006). «Геномный анализ фагов Pseudomonas aeruginosa LKD16 и LKA1: создание подгруппы φKMV в супергруппе T7». Журнал бактериологии . 188 (19): 6924–6931. дои : 10.1128/JB.00831-06. ISSN  0021-9193. ПМК 1595506 . ПМИД  16980495. 
66. Ли, Люси Ф.; Боэзи, Дж. А. (1966). «Характеристика бактериофага gh-1 Pseudomonas putida». Журнал бактериологии . Американское общество микробиологии. 92 (6): 1821–1827. дои : 10.1128/JB.92.6.1821-1827.1966 . ПМК 316266 . ПМИД  5958111. 
67. Бьюкенен, RE (1955). «Таксономия». Ежегодный обзор микробиологии . 9 : 1–20. дои : 10.1146/annurev.mi.09.100155.000245. ПМИД  13259458.

Внешние ссылки

Общий

• Pseudomonas – причина мирового дождя и снега
• Псевдомонады выживают в ядерном реакторе
• База данных геномов псевдомонад
• Псевдомонада
• Видео о флуоресцентных псевдомонадах