stringtranslate.com

Сплайсинг РНК

Сплайсинг РНК — это процесс в молекулярной биологии , при котором вновь созданный транскрипт предшественника информационной РНК (пре- мРНК ) трансформируется в зрелую информационную РНК ( мРНК ). Он работает путем удаления всех интронов (некодирующих областей РНК) и обратного сращивания экзонов (кодирующих областей). Для генов, кодируемых в ядре , сплайсинг происходит в ядре либо во время, либо сразу после транскрипции . Для тех эукариотических генов , которые содержат интроны, обычно необходим сплайсинг для создания молекулы мРНК, которую можно транслировать в белок . Для многих эукариотических интронов сплайсинг происходит в серии реакций, которые катализируются сплайсосомой , комплексом малых ядерных рибонуклеопротеинов ( мяРНП ). Существуют самосплайсинговые интроны , то есть рибозимы , которые могут катализировать собственное вырезание из родительской молекулы РНК. Процесс транскрипции, сплайсинга и трансляции называется экспрессией генов , что является центральной догмой молекулярной биологии .

Процесс сплайсинга РНК

Пути сращивания

В природе существует несколько методов сплайсинга РНК; тип сплайсинга зависит от структуры сплайсированного интрона и катализаторов , необходимых для сплайсинга.

Сплайсосомный комплекс

Интроны

Слово интрон происходит от терминов внутригенная область [1] и интрацистрон [2] , то есть сегмент ДНК, расположенный между двумя экзонами гена . Термин «интрон» относится как к последовательности ДНК внутри гена, так и к соответствующей последовательности в непроцессированном транскрипте РНК. В рамках пути процессинга РНК интроны удаляются путем сплайсинга РНК либо вскоре после транскрипции , либо одновременно с ней . [3] Интроны обнаружены в генах большинства организмов и многих вирусов. Они могут располагаться в широком спектре генов, включая те, которые генерируют белки , рибосомальную РНК (рРНК) и транспортную РНК (тРНК). [4]

Внутри интронов для сплайсинга необходимы донорный сайт (5'-конец интрона), сайт ветвления (около 3'-конца интрона) и акцепторный сайт (3'-конец интрона). Донорный сайт сплайсинга включает почти инвариантную последовательность GU на 5'-конце интрона внутри более крупной и менее консервативной области. Акцепторный сайт сплайсинга на 3'-конце интрона завершает интрон почти инвариантной последовательностью AG. Выше (5'-сторона) от АГ находится область с высоким содержанием пиримидинов (C и U), или полипиримидиновый тракт . Далее выше полипиримидинового тракта находится точка ветвления, которая включает адениновый нуклеотид, участвующий в образовании лариата. [5] [6] Консенсусная последовательность интрона (в нотации нуклеиновой кислоты IUPAC ): GG-[cut]-GURAGU (донорный сайт) ... последовательность интрона ... YURAC (последовательность разветвления на 20-50 нуклеотидов выше акцепторный сайт) ... Y-rich-NCAG-[cut]-G (акцепторный сайт). [7] Однако отмечается, что специфическая последовательность интронных элементов сплайсинга и количество нуклеотидов между точкой ветвления и ближайшим 3'-акцепторным сайтом влияют на выбор сайта сплайсинга. [8] [9] Кроме того, точечные мутации в базовой ДНК или ошибки во время транскрипции могут активировать загадочный сайт сплайсинга в части транскрипта, который обычно не подвергается сплайсингу. В результате образуется зрелая информационная РНК с отсутствующим участком экзона. Таким образом, точечная мутация , которая в противном случае могла бы затронуть только одну аминокислоту, может проявиться в виде делеции или усечения конечного белка.

Граница интрона и экзона в пре-мРНК 1–3’ -сайт сплайсинга 2 – полипиримидиновый тракт 3 – сайт разветвления 4–5’ -сайт сплайсинга

Образование и деятельность

Сплайсинг катализируется сплайсосомой , большим комплексом РНК-белок, состоящим из пяти малых ядерных рибонуклеопротеинов ( мяРНП ). Сборка и активность сплайсосомы происходят во время транскрипции пре-мРНК. РНК-компоненты мяРНП взаимодействуют с интроном и участвуют в катализе. Идентифицированы два типа сплайсосом (большие и минорные), которые содержат разные мяРНП .

  • Комплекс Е
    • мяРНП U1 связывается с последовательностью GU в 5'-сайте сплайсинга интрона;
    • Фактор сплайсинга 1 связывается с последовательностью точки ветвления интрона;
    • U2AF1 связывается с 3'-сайтом сплайсинга интрона;
    • U2AF2 связывается с полипиримидиновым трактом; [13]
  • Комплекс А (пресплайсосома)
    • мяРНП U2 замещает SF1 и связывается с последовательностью точки ветвления, и АТФ гидролизуется;
  • Комплекс B (прекаталитическая сплайсосома)
    • Тример мяРНП U5/U4/U6 связывается, а мяРНП U5 связывается с экзонами в 5'-сайте, при этом U6 связывается с U2;
  • Комплекс Б*
    • мяРНП U1 высвобождается, U5 перемещается из экзона в интрон, а U6 связывается в 5'-сайте сплайсинга;
  • Комплекс C (каталитическая сплайсосома)
    • U4 высвобождается, U6/U2 катализирует переэтерификацию, заставляя 5'-конец интрона лигироваться с A на интроне и образовывать лариат, U5 связывает экзон в 3'-сайте сплайсинга, а 5'-сайт расщепляется, что приводит к формирование лариата;
  • Комплекс С* (постсплайсосомный комплекс)
    • U2/U5/U6 остаются связанными с лариатом, а 3'-сайт расщепляется, а экзоны лигируются с помощью гидролиза АТФ. Сплайсированная РНК высвобождается, лариат высвобождается и разрушается [14] , а мяРНП перерабатываются.
Этот тип сплайсинга называется каноническим сплайсингом или лариатным путем , на который приходится более 99% сплайсинга. Напротив, когда интронные фланкирующие последовательности не следуют правилу GU-AG, говорят, что происходит неканонический сплайсинг (см. «Минорная сплайсосома» ниже). [15]

Рекурсивный сплайсинг

В большинстве случаев сплайсинг удаляет интроны как отдельные единицы из транскриптов мРНК- предшественников . Однако в некоторых случаях, особенно в мРНК с очень длинными интронами, сплайсинг происходит поэтапно, при этом часть интрона удаляется, а затем на следующем этапе сплайсируется оставшийся интрон. Впервые это было обнаружено в гене Ultrabithorax ( Ubx ) плодовой мухи Drosophila melanogaster и некоторых других генах дрозофилы , но сообщалось также о случаях заболевания у людей. [17] [18]

Транс-сплайсинг

Транс-сплайсинг — это форма сплайсинга, при которой интроны или аутроны удаляются и соединяются два экзона, которые не находятся в одном и том же транскрипте РНК. [19] Транс-сплайсинг может происходить между двумя различными эндогенными пре-мРНК или между эндогенными и экзогенными (например, из вирусов) или искусственными РНК. [20]

Самосращивание

Самосплайсинг происходит для редких интронов, образующих рибозим , выполняющий функции сплайсосомы только за счет РНК. Существует три типа самосплайсинговых интронов: группа I , группа II и группа III . Интроны групп I и II осуществляют сплайсинг, аналогично сплайсосоме, без необходимости использования какого-либо белка. Это сходство предполагает, что интроны групп I и II могут быть эволюционно связаны со сплайсосомой. Самосплайсинг также может быть очень древним и, возможно, существовал в мире РНК , существовавшем до появления белка.

Две переэтерификации характеризуют механизм сплайсинга интронов группы I:

  1. 3'OH свободного нуклеозида гуанина (или расположенного в интроне) или нуклеотидного кофактора (GMP, GDP, GTP) атакует фосфат в 5'-сайте сплайсинга.
  2. 3'OH 5'-экзона становится нуклеофилом, и вторая переэтерификация приводит к соединению двух экзонов.

Механизм сплайсинга интронов группы II (две реакции переэтерификации , как у интронов группы I) заключается в следующем:

  1. 2'OH определенного аденозина в интроне атакует 5'-сайт сплайсинга, образуя тем самым лариат.
  2. 3'OH 5'-экзона запускает вторую переэтерификацию в 3'-сайте сплайсинга, тем самым соединяя экзоны вместе.

сплайсинг тРНК

Сплайсинг тРНК (также тРНК-подобный) — еще одна редкая форма сплайсинга, которая обычно происходит в тРНК. Реакция сплайсинга включает в себя другую биохимию, чем пути сплайсосомы и самосплайсинга.

В дрожжах Saccharomyces cerevisiae дрожжевой гетеротетрамер эндонуклеазы сплайсинга тРНК , состоящий из TSEN54 , TSEN2 , TSEN34 и TSEN15 , расщепляет пре-тРНК в двух участках акцепторной петли с образованием 5'-половинной тРНК, оканчивающейся на 2'-конце. 3'-циклическая фосфодиэфирная группа и 3'-половинная тРНК, оканчивающаяся 5'-гидроксильной группой, вместе с отброшенным интроном. [21] Дрожжевая тРНК-киназа затем фосфорилирует 5'-гидроксильную группу с помощью аденозинтрифосфата . Циклическая фосфодиэстераза тРНК дрожжей расщепляет циклическую фосфодиэфирную группу с образованием 2'-фосфорилированного 3'-конца. Дрожжевая тРНК-лигаза добавляет аденозинмонофосфатную группу к 5'-концу 3'-половины и соединяет две половины вместе. [22] НАД-зависимая 2'-фосфотрансфераза затем удаляет 2'-фосфатную группу. [23] [24]

Эволюция

Сращивание происходит во всех царствах или сферах жизни, однако степень и типы сращивания могут сильно различаться в зависимости от основных подразделений. Эукариоты осуществляют сращивание многих белково-кодирующих информационных РНК и некоторых некодирующих РНК . Прокариоты , с другой стороны, редко и в основном сплайсируют некодирующие РНК. Другое важное различие между этими двумя группами организмов состоит в том, что у прокариот полностью отсутствует сплайсосомный путь.

Поскольку сплайсосомные интроны консервативны не у всех видов, ведутся споры о том, когда возник сплайсосомный сплайсинг. Были предложены две модели: поздняя интронная и ранняя интронная модели (см. Эволюция интронов ).

Биохимический механизм

Диаграмма, иллюстрирующая двухэтапную биохимию сплайсинга

Сплайсосомный сплайсинг и самосплайсинг включают двухэтапный биохимический процесс. Оба этапа включают реакции переэтерификации , которые происходят между нуклеотидами РНК. Однако сплайсинг тРНК является исключением и не происходит путем переэтерификации. [25]

Реакции переэтерификации сплайсосом и самосплайсинга протекают посредством двух последовательных реакций переэтерификации. Во-первых, 2'OH определенного нуклеотида в точке ветвления внутри интрона, определенного во время сборки сплайсосомы, осуществляет нуклеофильную атаку на первый нуклеотид интрона в 5'-сайте сплайсинга, образуя лариатный промежуточный продукт . Во-вторых, 3'OH высвободившегося 5'-экзона затем осуществляет нуклеофильную атаку по первому нуклеотиду, следующему за последним нуклеотидом интрона в 3'-сайте сплайсинга, таким образом соединяя экзоны и высвобождая лариат интрона. [26]

Альтернативный сплайсинг

Во многих случаях процесс сплайсинга позволяет создавать ряд уникальных белков путем изменения состава экзонов одной и той же мРНК. Это явление тогда называется альтернативным сплайсингом . Альтернативный сплайсинг может происходить разными способами. Экзоны могут быть удлинены или пропущены, либо интроны могут быть сохранены. Подсчитано, что 95% транскриптов мультиэкзонных генов подвергаются альтернативному сплайсингу, некоторые случаи которого происходят тканеспецифичным образом и/или в специфических клеточных условиях. [27] Разработка технологии высокопроизводительного секвенирования мРНК может помочь количественно оценить уровни экспрессии альтернативно сплайсированных изоформ. Дифференциальные уровни экспрессии в тканях и клеточных линиях позволили разработать вычислительные подходы для прогнозирования функций этих изоформ. [28] [29] Учитывая эту сложность, альтернативный сплайсинг транскриптов пре-мРНК регулируется системой транс-действующих белков (активаторов и репрессоров), которые связываются с цис-действующими сайтами или «элементами» (энхансерами и сайленсерами) на сам транскрипт пре-мРНК. Эти белки и их соответствующие связывающие элементы способствуют или уменьшают использование определенного сайта сплайсинга. Специфичность связывания обусловлена ​​последовательностью и структурой цис-элементов, например, в ВИЧ-1 имеется множество донорных и акцепторных сайтов сплайсинга. Среди различных сайтов сплайсинга ssA7, который является 3'-акцепторным сайтом, сворачивается в три структуры стволовой петли, а именно интронный сайленсер сплайсинга (ISS), экзонный энхансер сплайсинга (ESE) и экзонный сайленсер сплайсинга (ESSE3). Структура раствора сайленсера сплайсинга Intronic и его взаимодействие с белком-хозяином hnRNPA1 дают представление о специфическом распознавании. [30] Однако, что усложняет альтернативный сплайсинг, отмечается, что эффекты регуляторных факторов во многом зависят от положения. Например, фактор сплайсинга, который служит активатором сплайсинга при связывании с интронным энхансерным элементом, может служить репрессором при связывании со своим сплайсинговым элементом в контексте экзона, и наоборот. [31] В дополнение к зависимым от положения эффектам энхансеров и сайленсеров, расположение точки ветвления (т.е. расстояние выше ближайшего 3'-акцепторного сайта) также влияет на сплайсинг. [8] Вторичная структура транскрипта пре-мРНК также играет роль в регуляции сплайсинга, например, путем объединения элементов сплайсинга или маскировки последовательности, которая в противном случае служила бы связывающим элементом для фактора сплайсинга. [32] [33]

Роль сплайсинга/альтернативного сплайсинга в ВИЧ-интеграции

Процесс сплайсинга связан с интеграцией ВИЧ , поскольку ВИЧ-1 нацелен на гены с высокой степенью сплайсинга. [34]

Сплайсинговый ответ на повреждение ДНК

Повреждение ДНК влияет на факторы сплайсинга, изменяя их посттрансляционную модификацию , локализацию, экспрессию и активность. [35] Более того, повреждение ДНК часто нарушает сплайсинг, препятствуя его соединению с транскрипцией . Повреждение ДНК также оказывает влияние на сплайсинг и альтернативный сплайсинг генов, тесно связанных с репарацией ДНК . [35] Например, повреждения ДНК модулируют альтернативный сплайсинг генов репарации ДНК Brca1 и Ercc1 .

Экспериментальные манипуляции со сплайсингом

События сплайсинга могут быть экспериментально изменены [36] [37] путем связывания стерически-блокирующих антисмысловых олигонуклеотидов , таких как морфолино- или пептидные нуклеиновые кислоты , с сайтами связывания мяРНП, с нуклеотидом в точке ветвления, закрывающим лариат, [38] или с элементом, регулирующим сплайсинг. участок связывания. [39]

Использование антисмысловых олигонуклеотидов для модуляции сплайсинга показало большие перспективы в качестве терапевтической стратегии при различных генетических заболеваниях, вызванных дефектами сплайсинга. [40]

Недавние исследования показали, что сплайсинг РНК может регулироваться с помощью различных эпигенетических модификаций, включая метилирование ДНК и модификации гистонов. [41]

Ошибки сращивания и вариации

Было высказано предположение, что треть всех мутаций, вызывающих заболевания, влияет на сплайсинг . [31] К распространенным ошибкам относятся:

Хотя многие ошибки сплайсинга защищены механизмом контроля качества клеток, называемым нонсенс-опосредованным распадом мРНК (NMD), [42] также существует ряд заболеваний, связанных со сплайсингом, как предполагалось выше. [43]

Аллельные различия в сплайсинге мРНК, вероятно, являются распространенным и важным источником фенотипического разнообразия на молекулярном уровне в дополнение к их вкладу в предрасположенность к генетическим заболеваниям. Действительно, полногеномные исследования на людях выявили ряд генов, которые подлежат аллель-специфическому сплайсингу.

У растений вариация толерантности к стрессу наводнения коррелирует с вызванным стрессом альтернативным сплайсингом транскриптов, связанным с глюконеогенезом и другими процессами. [44]

Сплайсинг белков

Помимо РНК, сплайсингу могут подвергаться белки. Хотя биомолекулярные механизмы различны, принцип тот же: вместо интронов удаляются части белка, называемые интеинами . Остальные части, называемые экстеинами вместо экзонов, слиты вместе. Сплайсинг белков наблюдался у широкого круга организмов, включая бактерии, археи , растения, дрожжи и человека. [45]

Сплайсинг и генезис циркРНК

Существование обратного сплайсинга было впервые предложено в 2012 году. [46] Этот обратный сплайсинг объясняет генезис кольцевых РНК, возникающих в результате точного соединения 3'-границы экзона с 5'-границей экзона, расположенного выше. [47] В этих экзонных кольцевых РНК соединение представляет собой классическую 3'-5'-связь.

Исключение интронных последовательностей во время сплайсинга также может оставлять следы в виде кольцевых РНК. [48] ​​В некоторых случаях интронный лариат не разрушается, а кольцевая часть остается в виде циклической РНК, полученной из лариата [49] . В этих кольцевых РНК, происходящих из лариата, соединение представляет собой 2'-5'-звено.

Смотрите также

Викискладе есть медиафайлы по теме сращивания .

Рекомендации

  1. ^ Гилберт В. (февраль 1978 г.). «Почему гены разбиты на кусочки?». Природа . 271 (5645): 501. Бибкод : 1978Natur.271..501G. дои : 10.1038/271501a0 . PMID  622185. S2CID  4216649.
  2. ^ Тонегава С., Максам А.М., Тизард Р., Бернард О., Гилберт В. (март 1978 г.). «Последовательность гена зародышевой линии мыши для вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 75 (3): 1485–1489. Бибкод : 1978PNAS...75.1485T. дои : 10.1073/pnas.75.3.1485 . ПМЦ 411497 . ПМИД  418414. 
  3. ^ Тилгнер Х., Ноулз Д.Г., Джонсон Р., Дэвис Калифорния, Чакраборти С., Джебали С. и др. (сентябрь 2012 г.). «Глубокое секвенирование субклеточных фракций РНК показывает, что сплайсинг в геноме человека преимущественно котранскрипционный, но неэффективен для днРНК». Геномные исследования . 22 (9): 1616–1625. дои : 10.1101/гр.134445.111. ПМЦ 3431479 . ПМИД  22955974. 
  4. ^ Рой С.В., Гилберт В. (март 2006 г.). «Эволюция сплайсосомных интронов: закономерности, загадки и прогресс». Обзоры природы. Генетика . 7 (3): 211–221. дои : 10.1038/nrg1807. PMID  16485020. S2CID  33672491.
  5. ^ Клэнси С. (2008). «Сплайсинг РНК: интроны, экзоны и сплайсосомы». Природное образование . 1 (1): 31. Архивировано из оригинала 15 марта 2011 года . Проверено 31 марта 2011 г.
  6. ^ ab Black DL (июнь 2003 г.). «Механизмы альтернативного сплайсинга премессенджерной РНК». Ежегодный обзор биохимии . 72 (1): 291–336. doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720. PMID  12626338. S2CID  23576288.
  7. ^ « Молекулярная биология клетки ». Отчеты о цитировании журналов за 2012 год . Web of Science (Наука под ред.). Томсон Рейтер . 2013.
  8. ^ ab Таггарт А.Дж., Дезимоун А.М., Ши Дж.С., Филлу М.Э., Fairbrother WG (июнь 2012 г.). «Крупномасштабное картирование точек ветвления в транскриптах пре-мРНК человека in vivo». Структурная и молекулярная биология природы . 19 (7): 719–721. дои : 10.1038/nsmb.2327. ПМЦ 3465671 . ПМИД  22705790. 
  9. ^ Корвело А., Халлеггер М., Смит К.В., Эйрас Э. (ноябрь 2010 г.). Мейер И.М. (ред.). «Общегеномная связь между свойствами точки ветвления и альтернативным сплайсингом». PLOS Вычислительная биология . 6 (11): e1001016. Бибкод : 2010PLSCB...6E1016C. дои : 10.1371/journal.pcbi.1001016 . ПМЦ 2991248 . ПМИД  21124863. 
  10. ^ Грейвли Б.Р., Хертель К.Дж., Маниатис Т. (июнь 2001 г.). «Роль U2AF35 и U2AF65 в энхансер-зависимом сплайсинге». РНК . 7 (6): 806–818. дои : 10.1017/s1355838201010317. ПМК 1370132 . PMID  11421359. Архивировано из оригинала 20 ноября 2018 г. Проверено 17 декабря 2014 г. 
  11. ^ Мэтлин А.Дж., Кларк Ф., Смит К.В. (май 2005 г.). «Понимание альтернативного сплайсинга: к сотовому коду». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 6 (5): 386–398. дои : 10.1038/nrm1645. PMID  15956978. S2CID  14883495.
  12. ^ Matera AG, Ван З (февраль 2014 г.). «Один день из жизни сплайсосомы». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 15 (2): 108–121. дои : 10.1038/nrm3742. ПМК 4060434 . ПМИД  24452469. 
  13. ^ Гут С., Валькарсель Дж. (декабрь 2000 г.). «Кинетическая роль SF1 / BBP млекопитающих в сборке и функционировании сплайсосом после распознавания полипиримидинового тракта с помощью U2AF». Журнал биологической химии . 275 (48): 38059–38066. дои : 10.1074/jbc.M001483200 . ПМИД  10954700.
  14. ^ Ченг З, Menees TM (декабрь 2011 г.). «Сплайсинг и разветвление РНК, наблюдаемые посредством анализа лариатов РНК». Молекулярная генетика и геномика . 286 (5–6): 395–410. дои : 10.1007/s00438-011-0635-y. PMID  22065066. S2CID  846297.
  15. ^ Нг Б, Ян Ф, Хьюстон Д. П., Ян Ю, Ян Ю, Сюн З и др. (декабрь 2004 г.). «Увеличенный неканонический сплайсинг транскриптов аутоантигена обеспечивает структурную основу для экспрессии нетолеризованных эпитопов». Журнал аллергии и клинической иммунологии . 114 (6): 1463–1470. дои : 10.1016/j.jaci.2004.09.006. ПМК 3902068 . ПМИД  15577853. 
  16. ^ Патель А.А., Стейц Дж.А. (декабрь 2003 г.). «Двойной сплайсинг: выводы из второй сплайсосомы». Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 4 (12): 960–970. дои : 10.1038/nrm1259. PMID  14685174. S2CID  21816910.
  17. ^ Сибли CR, Эммет В., Бласкес Л., Фаро А., Хаберман Н., Бриз М. и др. (май 2015 г.). «Рекурсивный сплайсинг длинных генов позвоночных». Природа . 521 (7552): 371–375. Бибкод : 2015Natur.521..371S. дои : 10.1038/nature14466. ПМЦ 4471124 . ПМИД  25970246. 
  18. ^ Дафф М.О., Олсон С., Вэй Х., Гарретт С.К., Осман А., Болисетти М. и др. (май 2015 г.). «Полногеномная идентификация рекурсивного сплайсинга нулевых нуклеотидов у дрозофилы». Природа . 521 (7552): 376–379. Бибкод : 2015Natur.521..376D. дои : 10.1038/nature14475. ПМК 4529404 . ПМИД  25970244. 
  19. ^ Ди Сеньи Дж., Гастальди С., Токкини-Валентини ГП (май 2008 г.). «Цис- и транс-сплайсинг мРНК, опосредованный последовательностями тРНК в эукариотических клетках». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (19): 6864–6869. Бибкод : 2008PNAS..105.6864D. дои : 10.1073/pnas.0800420105 . JSTOR  25461891. PMC 2383978 . ПМИД  18458335. 
  20. ^ Юл Дж, Патцель В (ноябрь 2013 г.). «Трансплайсинг гомологичной РНК SV40: новый механизм диверсификации вирусных последовательностей и фенотипов». Биология РНК . 10 (11): 1689–1699. дои : 10.4161/rna.26707. ПМЦ 3907479 . ПМИД  24178438. 
  21. ^ Тротта CR, Мяо Ф, Арн Э.А., Стивенс С.В., Хо СК, Раухут Р., Абельсон Дж.Н. (июнь 1997 г.). «Эндонуклеаза сплайсинга тРНК дрожжей: тетрамерный фермент с двумя субъединицами активного центра, гомологичными эндонуклеазам тРНК архей». Клетка . 89 (6): 849–858. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80270-6 . PMID  9200603. S2CID  16055381.
  22. ^ Вестэвей С.К., Физицки Э.М., Абельсон Дж. (март 1988 г.). «Структура и функция гена дрожжевой тРНК-лигазы». Журнал биологической химии . 263 (7): 3171–3176. дои : 10.1016/S0021-9258(18)69050-7 . PMID  3277966. Архивировано из оригинала 18 ноября 2018 г. Проверено 17 декабря 2014 г.
  23. ^ Паушкин С.В., Патель М., Фурия Б.С., Пельц С.В., Тротта С.Р. (апрель 2004 г.). «Идентификация эндонуклеазного комплекса человека обнаруживает связь между сплайсингом тРНК и образованием 3'-конца пре-мРНК». Клетка . 117 (3): 311–321. дои : 10.1016/S0092-8674(04)00342-3 . PMID  15109492. S2CID  16049289.
  24. ^ Сома А (1 апреля 2014 г.). «Циркулярно перестановленные гены тРНК: их экспрессия и значение для их физиологической значимости и развития». Границы генетики . 5 : 63. дои : 10.3389/fgene.2014.00063 . ПМЦ 3978253 . ПМИД  24744771. 
  25. ^ Абельсон Дж., Тротта CR, Ли Х (май 1998 г.). «сплайсинг тРНК». Журнал биологической химии . 273 (21): 12685–12688. дои : 10.1074/jbc.273.21.12685 . ПМИД  9582290.
  26. ^ Фика С.М., Таттл Н., Новак Т., Ли Н.С., Лу Дж., Кудатингал П. и др. (Ноябрь 2013). «РНК катализирует сплайсинг ядерной пре-мРНК». Природа . 503 (7475): 229–234. Бибкод : 2013Natur.503..229F. дои : 10.1038/nature12734. ПМК 4666680 . ПМИД  24196718. 
  27. ^ Пан Кью, Шай О, Ли Л.Дж., Фрей Б.Дж., Бленкоу Б.Дж. (декабрь 2008 г.). «Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга транскриптома человека с помощью высокопроизводительного секвенирования». Природная генетика . 40 (12): 1413–1415. дои : 10.1038/ng.259. PMID  18978789. S2CID  9228930.
  28. ^ Экси Р., Ли Х.Д., Менон Р., Вэнь Ю, Оменн Г.С., Крецлер М., Гуань Ю. (ноябрь 2013 г.). «Систематическое дифференцирование функций альтернативно сплайсированных изоформ посредством интеграции данных секвенирования РНК». PLOS Вычислительная биология . 9 (11): e1003314. Бибкод : 2013PLSCB...9E3314E. дои : 10.1371/journal.pcbi.1003314 . ПМЦ 3820534 . ПМИД  24244129. 
  29. ^ Ли HD, Менон Р., Оменн Г.С., Гуань Ю (август 2014 г.). «Новая эра интеграции геномных данных для анализа функции изоформ сплайсинга». Тенденции в генетике . 30 (8): 340–347. дои :10.1016/j.tig.2014.05.005. ПМЦ 4112133 . ПМИД  24951248. 
  30. ^ Джайн Н., Морган CE, Райф Б.Д., Салеми М., Толберт Б.С. (январь 2016 г.). «Структура раствора глушителя сплайсинга интрона ВИЧ-1 и его взаимодействие с доменом UP1 гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (hnRNP) A1». Журнал биологической химии . 291 (5): 2331–2344. дои : 10.1074/jbc.M115.674564 . ПМЦ 4732216 . ПМИД  26607354. 
  31. ^ аб Лим К.Х., Феррарис Л., Филлу М.Э., Рафаэль Б.Дж., Fairbrother WG (июль 2011 г.). «Использование позиционного распределения для идентификации элементов сплайсинга и прогнозирования дефектов обработки пре-мРНК в генах человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (27): 11093–11098. Бибкод : 2011PNAS..10811093H. дои : 10.1073/pnas.1101135108 . ПМК 3131313 . ПМИД  21685335. 
  32. ^ Warf MB, Берглунд Дж. А. (март 2010 г.). «Роль структуры РНК в регуляции сплайсинга пре-мРНК». Тенденции биохимических наук . 35 (3): 169–178. doi :10.1016/j.tibs.2009.10.004. ПМЦ 2834840 . ПМИД  19959365. 
  33. ^ Рид, округ Колумбия, Чанг Б.Л., Гундерсон С.И., Альперт Л., Томпсон В.А., Fairbrother WG (декабрь 2009 г.). «SELEX следующего поколения идентифицирует последовательность и структурные детерминанты связывания фактора сплайсинга в последовательности пре-мРНК человека». РНК . 15 (12): 2385–2397. дои : 10.1261/rna.1821809. ПМЦ 2779669 . ПМИД  19861426. 
  34. ^ Сингх П.К., Пламб М.Р., Феррис А.Л., Ибен Дж.Р., Ву X, Фадель Х.Дж. и др. (ноябрь 2015 г.). «LEDGF/p75 взаимодействует с факторами сплайсинга мРНК и нацелен на интеграцию ВИЧ-1 в гены с высокой степенью сплайсинга». Гены и развитие . 29 (21): 2287–2297. дои : 10.1101/gad.267609.115 . ПМЦ 4647561 . ПМИД  26545813. 
  35. ^ аб Шкрета Л., Шабо Б. (октябрь 2015 г.). «Реакция сплайсинга РНК на повреждение ДНК». Биомолекулы . 5 (4): 2935–2977. дои : 10.3390/biom5042935 . ПМЦ 4693264 . ПМИД  26529031. 
  36. ^ Дрейпер Б.В., Моркос, Пенсильвания, Киммел CB (июль 2001 г.). «Ингибирование сплайсинга пре-мРНК рыбки данио fgf8 с морфолиноолигонуклеотидами: количественный метод нокдауна гена». Бытие . 30 (3): 154–156. дои : 10.1002/gen.1053 . PMID  11477696. S2CID  32270393.
  37. ^ Сазани П., Кан Ш., Майер М.А., Вэй С., Диллман Дж., Саммертон Дж. и др. (октябрь 2001 г.). «Ядерные антисмысловые эффекты нейтральных, анионных и катионных аналогов олигонуклеотидов». Исследования нуклеиновых кислот . 29 (19): 3965–3974. дои : 10.1093/нар/29.19.3965. ПМК 60237 . ПМИД  11574678. 
  38. ^ Моркос, Пенсильвания (июнь 2007 г.). «Достижение целевого и поддающегося количественной оценке изменения сплайсинга мРНК с олигонуклеотидами морфолино». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 358 (2): 521–527. дои : 10.1016/j.bbrc.2007.04.172. ПМИД  17493584.
  39. ^ Бруно И.Г., Джин В., Кот GJ (октябрь 2004 г.). «Коррекция аберрантного сплайсинга альтернативной РНК FGFR1 путем нацеливания на интронные регуляторные элементы». Молекулярная генетика человека . 13 (20): 2409–2420. дои : 10.1093/hmg/ddh272 . ПМИД  15333583.
  40. ^ Фу XD, Арес М (октябрь 2014 г.). «Контекстно-зависимый контроль альтернативного сплайсинга с помощью РНК-связывающих белков». Обзоры природы. Генетика . 15 (10): 689–701. дои : 10.1038/nrg3778. ПМК 4440546 . ПМИД  25112293. 
  41. ^ Фу XD, Арес М (октябрь 2014 г.). «Контекстно-зависимый контроль альтернативного сплайсинга с помощью РНК-связывающих белков». Обзоры природы. Генетика . 15 (10): 689–701. дои : 10.1038/nrg3778. ПМК 4440546 . ПМИД  25112293. 
  42. ^ Данквардт С., Ной-Йилик Г., Терманн Р., Фреде У., Хентце М.В., Кулозик А.Е. (март 2002 г.). «Аномально сплайсированные мРНК бета-глобина: одна точечная мутация генерирует транскрипты, чувствительные и нечувствительные к нонсенс-опосредованному распаду мРНК». Кровь . 99 (5): 1811–1816. дои : 10.1182/blood.V99.5.1811 . PMID  11861299. S2CID  17128174.
  43. ^ Уорд Эй Джей, Купер Т. А. (январь 2010 г.). «Патобиология сплайсинга». Журнал патологии . 220 (2): 152–163. дои : 10.1002/путь.2649. ПМЦ 2855871 . ПМИД  19918805. 
  44. ^ ван Вин Х., Вашишт Д., Акман М., Гирке Т., Мустроф А., Рейнен Э. и др. (октябрь 2016 г.). «Транскриптомы восьми образцов Arabidopsis thaliana показывают основные консервативные, генотипические и органоспецифичные реакции на стресс, вызванный наводнением». Физиология растений . 172 (2): 668–689. дои : 10.1104/стр.16.00472. ПМК 5047075 . ПМИД  27208254. 
  45. ^ Ханада К., Ян Дж.К. (июнь 2005 г.). «Новая биохимия: посттрансляционный сплайсинг белков и другие уроки школы обработки антигенов». Журнал молекулярной медицины . 83 (6): 420–428. дои : 10.1007/s00109-005-0652-6. PMID  15759099. S2CID  37698110.
  46. ^ Зальцман Дж., Гавад С., Ван П.Л. и др. Кольцевые РНК являются преобладающей изоформой транскриптов сотен генов человека в различных типах клеток. PLoS One 2012;7(2):e30733.
  47. ^ Джек В.Р., Соррентино Дж.А., Ван К. и др. Кольцевые РНК широко распространены, консервативны и связаны с повторами ALU. РНК 2013;19(2):141-57.
  48. ^ Чжан Ю, Чжан СО, Чен Т и др. Длинные некодирующие РНК с кольцевыми интронами. Молекулярная клетка 2013;51(6):792-806.
  49. ^ Талуарн Г.Дж. и Галл Дж.Г. Лариатные интронные РНК в цитоплазме ооцитов Xenopus тропического. РНК 2014;20(9):1476-87.

Внешние ссылки