stringtranslate.com

Вариант SARS-CoV-2, вызывающий беспокойство

SARS-CoV-2, вирус, вызывающий COVID-19

Термин «вызывающий интерес вариант» ( VOC ) для SARS-CoV-2 , вызывающего COVID-19 , представляет собой категорию, используемую для вариантов вируса , в которых мутации в домене, связывающем рецептор шиповидного белка (RBD), существенно повышают аффинность связывания (например, N501Y ) в комплексе RBD-hACE2 (генетические данные), а также связано с быстрым распространением в популяциях человека (эпидемиологические данные). [1]

Прежде чем быть отнесенным к этой категории, возникающий вариант мог быть помечен как интересующий вариант ( VOI ) [2] или в некоторых странах как вариант, находящийся на стадии расследования ( VUI ). [3] Во время или после более полной оценки в качестве вызывающего обеспокоенность варианта вариант обычно относят к линии в номенклатурной системе Pango [4] и к кладам в системах Nextstrain [5] и GISAID [6] .

Во время пандемии COVID-19 было замечено, что вирус SARS-CoV-2 мутировал, причем определенные комбинации конкретных точечных мутаций оказались более тревожными, чем другие. [7] Это было главным образом по причинам трансмиссивности и вирулентности , а также в отношении возможного возникновения ускользающих мутаций .

Критерии

Некоторые национальные и международные организации здравоохранения (например, Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) (США), Общественное здравоохранение Англии (PHE) и Британский консорциум по геномике COVID-19 для Великобритании, а также Канадская сеть геномики COVID (CanCOGeN)) используют некоторые или все из следующих критериев для оценки вариантов : [8] [9]

Варианты, которые соответствуют одному или нескольким из этих критериев, могут быть помечены как «варианты, представляющие интерес» или «варианты, находящиеся на стадии исследования» («VUI») в ожидании проверки и подтверждения этих свойств. После проверки интересующие варианты /VUI могут быть переименованы в «варианты, вызывающие беспокойство» контролирующими организациями, такими как CDC. [3] [7] [10] Сопутствующей категорией является «вариант с высокими последствиями», используемый CDC, если есть явные доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижается. [11]

Классификации по странам

Всемирная организация здравоохранения

ВОЗ ведет список вариантов, вызывающих глобальную озабоченность . [2] 26 ноября 2021 года ВОЗ добавила пятый вызывающий озабоченность вариант — вариант Омикрон , ранее известный как B.1.1.529. [12] Омикрон объединяет варианты Альфа , Бета , Гамма и Дельта . [ нужна цитата ] По состоянию на март 2023 года все они считаются «ранее циркулировавшими» вызывающими беспокойство вариантами и классифицировали подлинии Omicron независимо как варианты, находящиеся под наблюдением (VUM), VOI или VOC. [13]

Африка

NICD в Южной Африке ведет список вариантов и мест тестирования в сотрудничестве с KRISP . [14] [15]

Европа

По состоянию на ноябрь 2021 года Европейский центр по профилактике и контролю заболеваний объявил четыре варианта «вариантами, вызывающими беспокойство»: Бета, Гамма, Дельта и B.1.1.529 (названный «Омикрон» после обновления ссылки); Mu, Lambda и AY.4.2 были названы «вариантами интереса» (VOI), а 9 «вариантов находятся под наблюдением». 25 вариантов были описаны как «деэскалированные». [16]

Великобритания

По состоянию на ноябрь 2021 года в «списке наблюдения» Соединенного Королевства имеется пятнадцать вариантов: 4 со статусом «VOC» и 11 с рейтингом «VUI». Обозначенными «ЛОС» были Альфа, Бета, Гамма и Дельта. В начале декабря 2021 года к ЛОС добавили Омикрон. Среди исследуемых вариантов - VUI-21OCT-01/AY 4.2 . [17]

Северная Америка

Канада (через health-infobase.canada.ca) [18] и США (через CDC ) [19] также ведут списки вызывающих беспокойство вариантов. По состоянию на начало декабря Канада отслеживала пять вызывающих озабоченность вариантов: Альфа, Бета, Гамма, Дельта и Омикрон, а США отслеживали два: Дельта и Омикрон. [20]

Рекомендации

  1. ^ Шаххоссейни, Нариман; Бабуадзе, Георгий (Георгий); Вонг, Гэри; Кобингер, Гэри П. (май 2021 г.). «Сигнатуры мутаций и стыковка in silico новых вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2». Микроорганизмы . 9 (5): 926. doi : 10.3390/microorganisms9050926 . ПМЦ  8146828 . ПМИД  33925854.
  2. ^ ab «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2». www.who.int . Проверено 28 ноября 2021 г.
  3. ^ ab «Варианты: распределение данных о случаях». GOV.UK. ​28 января 2021 г. На конференции «Различия между вызывающим беспокойство вариантом и исследуемым вариантом» . Проверено 19 февраля 2021 г. Варианты SARS-CoV-2, если считается, что они обладают эпидемиологическими, иммунологическими или патогенными свойствами, подлежат официальному расследованию. На этом этапе им присваивается обозначение «Вариант на стадии расследования» (VUI) с указанием года, месяца и номера. После оценки риска соответствующим экспертным комитетом им может быть присвоен статус «Вариант, вызывающий беспокойство» (VOC).
  4. ^ Рамбо, А.; Холмс, ЕС; О'Тул, А.; и другие. (2020). «Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии». Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. дои : 10.1038/s41564-020-0770-5 . ПМЦ 7610519 . PMID  32669681. S2CID  220544096. 
  5. ^ Бедфорд, Тревор; Ходкрофт, Эмма Б; Неер, Ричард А. (6 января 2021 г.). «Обновленная стратегия наименования клад Nextstrain SARS-CoV-2». nextstrain.org/блог . Проверено 19 января 2021 г.
  6. ^ «Древо клады (из «Номенклатуры кладов и родословных»)» . www.gisaid.org . 4 июля 2020 г. Проверено 7 января 2021 г.
  7. ^ аб Гриффитс, Эмма; Таннер, Дженнифер; Нокс, Натали; Сяо, Уилл; Ван Домселар, Гэри (15 января 2021 г.). «Временные рекомендации CanCOGeN по наименованию, идентификации и сообщению о вызывающих беспокойство вариантах SARS-CoV-2» (PDF) . CanCOGeN (nccid.ca) . Проверено 25 февраля 2021 г.
  8. ↑ Люси, Дэниел Р. (2 февраля 2021 г.). «COVID «Мегавариант» и восемь критериев шаблона для оценки всех вариантов». Наука говорит: Global ID News . Проверено 5 июня 2022 г.
  9. ^ CDC (11 февраля 2020 г.). «Новые варианты SARS-CoV-2». Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 4 января 2021 г. Всеобщее достояниеВ данную статью включен текст из этого источника, находящегося в свободном доступе .
  10. ^ «Исследование вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 в Англии; Технический брифинг 6 (см. раздел: Номенклатура вариантов в Великобритании, стр.3)» (PDF) . assets.publishing.service.gov.uk . 13 февраля 2021 г. Проверено 27 февраля 2021 г.
  11. ^ CDC (11 февраля 2020 г.). «Случаи, данные и наблюдение». Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 16 марта 2021 г.
  12. ^ «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения . Проверено 28 ноября 2021 г.
  13. ^ «Заявление об обновлении рабочих определений ВОЗ и системы отслеживания вызывающих беспокойство и представляющих интерес вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . Проверено 19 апреля 2024 г.
  14. ^ «Новый вариант COVID-19 обнаружен в Южной Африке» . НИКД . 25 ноября 2021 г. Проверено 29 ноября 2021 г.
  15. ^ "Платформа исследовательских инноваций и секвенирования Квазулу-Натал" . www.krisp.org.za . Проверено 29 ноября 2021 г.
  16. ^ «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность» . www.ecdc.europa.eu . 26 ноября 2021 г. Проверено 27 ноября 2021 г.
  17. ^ «Варианты, вызывающие озабоченность или находящиеся на стадии расследования: данные по состоянию на 24 ноября 2021 г.» . www.gov.uk. ​26 ноября 2021 г. Проверено 27 ноября 2021 г.
  18. ^ Канада, Агентство общественного здравоохранения (19 апреля 2020 г.). «Ежедневные новости эпидемиологии COVID-19: Резюме». эм . Проверено 13 мая 2021 г.
  19. ^ «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 11 февраля 2020 г. Проверено 30 апреля 2021 г.
  20. ^ «Коронавирусное заболевание 2019 (COVID-19)» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 11 февраля 2020 г. Проверено 7 декабря 2021 г.