stringtranslate.com

Международное общество вычислительной биологии

Международное общество вычислительной биологии ( ISCB ) — это научное общество исследователей в области вычислительной биологии и биоинформатики . Общество было основано в 1997 году для обеспечения стабильного финансового дома для конференции «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии » (ISMB) и выросло в более крупное общество, работающее над углублением понимания живых систем посредством вычислений и распространением научных достижений по всему миру.

Помимо ISMB, общество также организует растущее число небольших конференций, ориентированных на регион или определенную тему, и вручает ряд ежегодных премий за научные достижения, включая премию Овертона и награды ISCB Senior Scientist Awards . [3] [4] [5]

Обзор

ISCB организует конференцию Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) каждый год, растущее число более мелких, более региональных или тематически сфокусированных ежегодных и двухгодичных конференций, и имеет три официальных журнала: ISCB Community Journal, PLOS Computational Biology and Bioinformatics . Общество ежегодно присуждает три награды за научные достижения: Overton Prize , ISCB Innovator Award [ 6] и ISCB Senior Scientist Awards . Общество ежегодно выбирает членов ISCB , чтобы чествовать членов, которые отличились выдающимся вкладом в области вычислительной биологии и биоинформатики. ISCB также присуждает премию ISCB Outstanding Contributions Award, чтобы отметить членов сообщества, которые внесли значительный вклад в успех организации.

История

Основание

Серия конференций « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии » (ISMB) началась в 1993 году. [7] В ответ на расширение конференции в 1997 году был основан ISCB, и значительная часть его полномочий заключалась в обеспечении стабильного финансового дома для ISMB. [8] [9] ISCB был юридически зарегистрирован в начале 1997 года, [9] а Лоуренс Хантер был избран его первым президентом членами совета директоров-учредителей, в который входили Расс Альтман , Филип Борн , Дэвид Стейтс и Альфонсо Валенсия . [10] ISCB организует конференции ISMB с 1998 года. [11]

В течение следующих нескольких лет основное внимание уделялось организации ежегодной конференции ISMB, в которой в 1993 году приняли участие около 200 исследователей, а к 1999 году она выросла более чем втрое.

Новое тысячелетие принесло нового президента Расса Альтмана , в настоящее время [ когда? ] заведующего кафедрой биоинженерии Стэнфордского университета и директора программы по биомедицинской информатике, и более 1200 делегатов посетили ISMB 2000 в Сан-Диего . Альтман предпринял шаги по формализации некоторых юридических и административных аспектов ISCB, прежде чем передать эстафету в 2002 году Филиппу Э. Борну , в настоящее время [ когда? ] профессору кафедры фармакологии и Школы фармацевтики и фармацевтических наук Скаггса в Калифорнийском университете в Сан-Диего . Борн дал ISCB более постоянный дом в UCSD, что включало обязательство университета принимать общество по крайней мере до 2005 года и предложение поддержки персонала. Хотя Борн был президентом всего один год, он оставил свой след в обществе, увеличив взаимодействие с региональными группами и организаторами конференций по всему миру, а также посредством улучшения присутствия в Интернете. За время его пребывания в должности число членов выросло до более чем 1700 исследователей, а конференция ISMB 2002 года в Эдмонтоне, Альберта, Канада, собрала более 1600 участников.

Расширение

Майкл Грибсков , тогда работавший на кафедре суперкомпьютеров UCSD в Сан-Диего, а сейчас на кафедре биологических наук в Университете Пердью , был избран президентом в 2003 году. В том году ISMB проходил в Брисбене , Австралия, и это был первый раз, когда встреча проводилась за пределами Северной Америки или Европы. Этот этап принес много неопределенности для общества, когда посещаемость упала до половины запланированных ожиданий из-за страхов перед поездками и ограничений, связанных со вспышками тяжелого острого респираторного синдрома или атипичной пневмонии , началом войны в Ираке и местом, которое нарушало шаблон североамериканских и европейских площадок. Несмотря на научный успех, финансовые потери ISMB 2003 оставили ISCB финансово нестабильным впервые в его истории.

Частично для того, чтобы уменьшить зависимость ISCB от доходов ISMB для финансирования деятельности общества и ежегодных накладных расходов, в США была проведена пилотная региональная конференция, чтобы оценить интерес к более мелким, локальным встречам. В декабре 2003 года в Аспене , штат Колорадо, стартовала конференция Rocky Mountain Regional Bioinformatics, Rocky 1. С тех пор встреча проводится ежегодно и теперь привлекает участников со всего мира.

В 2005 году в рамках дискуссий общества о роли публикаций и официального журнала общества, сопровождавшихся появлением публикаций с открытым доступом, ISCB объявило о партнерстве с Публичной научной библиотекой и запустило новый журнал с открытым доступом , PLoS Computational Biology . Журнал призван подчеркнуть вычислительные методы, применяемые к живым системам на всех уровнях, от молекулярной биологии до популяций пациентов и экосистем, и которые предлагают прозрение для экспериментаторов. Бывший президент и бывший председатель комитета по публикациям Фил Бурн был главным редактором нового издания и остается в этой роли. Первый выпуск нового журнала совпал с днем ​​открытия ISMB 2005, состоявшегося в Детройте , штат Мичиган .

Буркхард Рост , в то время профессор кафедры биохимии и молекулярной биофизики Колумбийского университета , а ныне профессор кафедры биоинформатики и вычислительной биологии имени Александра фон Гумбольдта , заведующий кафедрой биоинформатики и вычислительной биологии Мюнхенского технического университета , сменил Михаэля Грибскова на посту президента в 2007 году и дважды переизбирался, текущий срок полномочий истекает в январе 2013 года. За время его пребывания в должности конференция ISMB/ECCB 2007 в Вене, Австрия, под председательством Томаса Ленгауэра из Института информатики Общества Макса Планка и сопредседателями Буркхарда Роста и Петера Шустера из Венского университета , была расширена и включила в общей сложности восемь параллельных направлений, а посещаемость конференции 2007 года, составившая около 1700 человек, снова соответствовала ожиданиям. Вена как место назначения и Austria Center Vienna были настолько хорошо приняты организаторами конференции и ее участниками, что город был выбран местом проведения конференции и в 2011 году. Это первый случай в серии ISMB, когда место проведения никогда не повторялось.

В 2010 году в Монтевидео , Уругвай, прошла первая конференция ISCB Latin America .

Лидерство и структура

Президент, исполнительный комитет и совет директоров составляют научное руководство ISCB, привлекая выдающихся, всемирно известных исследователей, которые избираются на свой срок общими членами общества. Исполнительный директор руководит персоналом ISCB и поддерживает разнообразный набор комитетов, посвященных конкретным вопросам, которые важны для сообщества вычислительной биологии и биоинформатики, включая образование, политику и публикации.

Президенты

Президенты Международного общества вычислительной биологии [9]

Совет директоров

По состоянию на 2018 год в совет директоров входят следующие известные члены: Алекс Бейтман , Бонни Бергер , Терри Гаастерланд , Джанет Келсо , Томас Ленгауэр , Ив Моро , Кристин Оренго , Буркхард Рост , Альфонсо Валенсия и Мартин Вингронь . [12]

Стипендиаты

ISCB избирает членов с 2009 года. Эти награды присуждаются в честь выдающегося вклада в области вычислительной биологии и биоинформатики. [13] Первый класс был предоставлен предыдущим получателям награды ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award ; в последующие годы ISCB искал кандидатов на членство среди своих членов. Члены традиционно представляются на флагманской конференции ISCB Intelligent Systems for Molecular Biology каждый год. По состоянию на класс 2017 года было избрано 64 члена. [14]

Сообщества особого интереса (COSI)

Сообщества специального интереса ISCB (COSI) — это сообщества участников с общими интересами, которые самоорганизовались и имеют множество мероприятий или взаимодействий в течение года, а не только встречаются во время программы SIG конференции ISMB. [15] Важной целью любого COSI является содействие созданию тематически-ориентированного совместного сообщества, в котором ученые общаются друг с другом по исследовательским проблемам и/или возможностям в определенных областях вычислительной биологии. Такое общение часто происходит в форме встреч, но также может осуществляться с помощью других инструментов социальных сетей, которые позволяют активно участвовать в виртуальной среде.

Студенческий совет

В 2004 году Мануэль Корпас основал студенческий совет ISCB для содействия развитию всемирного сообщества студентов, изучающих вычислительную биологию. Одной из основных задач студенческого совета является содействие развитию гибких навыков с целью развития потенциала у студентов, обучающихся по биоинформатике и вычислительной биологии. По состоянию на 2017 год студенческий совет представляет более 1000 студентов по всему миру. [ необходима цитата ]

Конференции

ISCB возникла из потребности в стабильной организационной структуре для поддержки планирования и управления финансами серии конференций Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), которая началась в 1993 году. ISMB является наиболее заметным ежегодным мероприятием ISCB, на которое ежегодно выделяется значительная часть ресурсов. С 2004 года, когда ISMB проводится в Европе, она проводится совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии (ECCB).

ISCB начал расширять свои предложения конференций с введением ежегодной серии Rocky Mountain Bioinformatics Conference в 2003 году, Conference on Semantics in Healthcare and Life Sciences (CSHALS) в 2008 году, двухгодичной конференции ISCB Africa ASBCB Bioinformatics Conference в 2009 году и двухгодичной конференции ISCB Latin America в 2010 году. ISCB также проводит ежегодную конференцию Great Lake Bioinformatics Conference и сотрудничает с RECOMB для проведения конференции Regulatory and Systems Genomics Conference с DREAM Challenges. Встреча ISCB-Asia началась в 2012 году и продолжает формироваться после последней конференции в 2014 году в Японии совместно с GIW.

В дополнение к конференциям, организованным ISCB, общество поддерживает другие конференции по вычислительной биологии и биоинформатике через членство и спонсорство. К ним относятся ежегодный Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютерам (PSB), ежегодная международная конференция по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB), ежегодная Международная конференция по биоинформатике (InCoB) и ежегодное общее собрание Европейской сети молекулярной биологии или EMBnet.

Официальные журналы

Аффилированные организации

ISCB имеет несколько дочерних организаций (в основном региональных), включая Европейскую сеть молекулярной биологии (EMBnet), Нидерландский центр биоинформатики (NBIC), Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии и Японское общество биоинформатики . [21]

ISCB также является одним из основателей Глобальной организации по обучению, образованию и подготовке в области биоинформатики (GOBLET). В сотрудничестве с GOBLET ISCB участвует в разработке основных компетенций для различных типов обучающихся по биоинформатике; эти компетенции используются при разработке новых учебных программ по биоинформатике. [22] [23] [24]

Ссылки

  1. ^ "Свяжитесь с нами". iscb.org . Получено 11 августа 2016 г. .
  2. ^ "Членство в ISCB". iscb.org . Получено 11 августа 2016 г. .
  3. ^ Фогг, Кристиана Н.; Ковац, Диана Э. (2014). «Международное общество вычислительной биологии наградило Дану Пеер высшей премией в области биоинформатики/вычислительной биологии за 2014 год». PLOS Computational Biology . 10 (6): e1003682. Bibcode :2014PLSCB..10E3682F. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003682 . PMC 4063598 . PMID  24945496. 
  4. ^ Фогг, CN; Ковац, DE (2014). "Достижение ISCB 2014 года старшим ученым: Джин Майерс". PLOS Computational Biology . 10 (5): e1003621. Bibcode : 2014PLSCB..10E3621F. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003621 . PMC 4031058. PMID  24853264 . 
  5. ^ Премия за достижения старшего научного сотрудника
  6. ^ "ISCB Innovator Award". iscb.org . Получено 2 февраля 2017 г. .
  7. ^ "О ISMB". iscb.org . Получено 27 октября 2017 г. .
  8. ^ abc Хантер, Лоуренс; Альтман, Расс Б.; Борн, Филип Э. (2007). "Международное общество вычислительной биологии, 10-я годовщина". PLOS Computational Biology . 3 (6): e135. Bibcode : 2007PLSCB...3..135H. doi : 10.1371/journal.pcbi.0030135 . PMC 1904389 . 
  9. ^ abcde "История ISCB". iscb.org . Получено 27 октября 2017 г. .
  10. ^ "Бывшие должностные лица и директора". iscb.org . Получено 27 октября 2017 г. .
  11. ^ Linial, Michal; Mesirov, Jill P.; Morrison McKay, BJ; Rost, Burkhard (27 июня 2008 г.). "ISMB 2008 Toronto" (PDF) . PLOS Computational Biology . 4 (6): e1000094. Bibcode :2008PLSCB...4E0094L. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177 . PMID  18584023. 
  12. ^ "Офицеры и директора". www.iscb.org . Получено 25 октября 2017 г. .
  13. ^ "ISCB Fellows". Архивировано из оригинала 20 марта 2017 года . Получено 10 марта 2016 года .
  14. ^ "13 февраля 2017 г.: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов в качестве стипендиатов ISCB 2017 года". www.iscb.org . Получено 13 февраля 2017 г.
  15. ^ "COSIs" . Получено 15 февраля 2017 г.
  16. ^ Brunak, S.; Krogh, A. (1 июня 2001 г.). "ISMB 2001". Биоинформатика . 17 (Приложение 1): S1–S4. doi : 10.1093/bioinformatics/17.suppl_1.S1 .
  17. ^ "ISMB Proceedings". www.iscb.org . Получено 30 октября 2017 г. .
  18. ^ "Биоинформатика". www.iscb.org . Получено 30 октября 2017 г. .
  19. ^ "F1000Research опубликует журнал ISCB Community Journal". 30 апреля 2015 г. Получено 30 апреля 2015 г.
  20. ^ "ISCB/F1000 Press Release" (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 года . Получено 30 апреля 2015 года .
  21. ^ "Affiliates & COSIs". www.iscb.org . Получено 29 августа 2016 г. .
  22. ^ Attwood, Teresa K.; Black, Pamela; Blatter, Marie-Claude; Brooksbank, Cath; Fernandes, Pedro; Mulder, Nicola; Palagi, Patricia M.; Rustici, Gabriella; Schneider, Maria Victoria; van Gelder, Celia WG (2016). "Обучение, образование и профессиональная подготовка в области биоинформатики GOBLET [v1; не рецензируется]". F1000Research . 5 (ISCB Comm J): 1944 (постер). doi : 10.7490/f1000research.1112737.1 . Получено 25 августа 2016 г.
  23. ^ Уэлч, Лонни; Левиттер, Фрэн; Шварц, Рассел; Бруксбэнк, Кэт; Радивояк, Предраг; Гаэта, Бруно; Шнайдер, Мария Виктория (6 марта 2014 г.). «Руководящие принципы учебной программы по биоинформатике: на пути к определению основных компетенций». PLOS Computational Biology . 10 (3): e1003496. Bibcode : 2014PLSCB..10E3496W. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003496 . PMC 3945096. PMID  24603430 . 
  24. ^ Шиффталер, Бастиан; Костадима, Мирто; Деломм, Николас; Рустичи, Габриэлла; Уэллетт, Фрэнсис (16 июня 2016 г.). «Обучение высокопроизводительному секвенированию: общие рекомендации по обеспечению совместного использования, распространения и повторного использования материалов». PLOS Computational Biology . 12 (6): e1004937. Bibcode : 2016PLSCB..12E4937S. doi : 10.1371/journal.pcbi.1004937 . PMC 4910983. PMID  27309738 .