Нокардия

Род бактерий

Нокардия , обнаруженная при биопсии головного мозга .

Nocardia — род слабоокрашивающихся грамположительных , каталазоположительных , палочковидных бактерий . Он образует частично кислотоустойчивые ветвящиеся нити (действуя как грибы, но на самом деле являясь бактериями). Всего насчитывает 85 видов. Некоторые виды непатогенны, а другие вызывают нокардиоз . ^{[3] Виды} Nocardia встречаются по всему миру в почве, богатой органическими веществами. Кроме того, они представляют собой микрофлору полости рта, обнаруженную в здоровых деснах человека , а также в пародонтальных карманах. ^[4] Большинство инфекций Nocardia приобретаются при вдыхании бактерий или в результате травматического проникновения через отверстия в эпителиальных барьерах .

Культура и окрашивание

Колонии Nocardia имеют разнообразный внешний вид, но при рассмотрении под препаровальным микроскопом у большинства видов появляются воздушные гифы , особенно когда они выращиваются на питательно-ограничивающих средах. Нокардии медленно растут на неселективных питательных средах и являются строгими аэробами , способными расти в широком диапазоне температур. Некоторые виды частично кислотоустойчивы (это означает, что во время процедуры окрашивания следует использовать менее концентрированный раствор серной или соляной кислоты ) из-за присутствия в их клеточной стенке миколовых кислот средней длины . Большинство штаммов обладают корд-фактором (6-6'-димиколат трегалозы), важным фактором вирулентности.

Четыре разных вида Nocardia на агаре с овечьей кровью демонстрируют разную окраску.

Они каталазоположительны и могут легко расти на наиболее часто используемых средах, при этом колонии становятся заметными через 3–5 дней. Однако иногда необходимы длительные инкубационные периоды (2–3 недели).

Нокардия астероиды

Вирулентность

Различные виды Nocardia являются патогенными бактериями низкой вирулентности ; поэтому клинически значимое заболевание чаще всего возникает в виде оппортунистической инфекции у людей со слабой иммунной системой, таких как маленькие дети, пожилые люди и люди с ослабленным иммунитетом (чаще всего ВИЧ). Нокардиальными факторами вирулентности являются ферменты каталаза и супероксиддисмутаза (которые инактивируют активные формы кислорода , которые в противном случае оказались бы токсичными для бактерий), а также «корд-фактор» (который препятствует фагоцитозу макрофагов , предотвращая слияние фагосомы с лизосома ). ^{[ нужна цитата ]}

Важным фактором вирулентности многих патогенных штаммов Nocardia является димиколат трегалозы , который обнаружен также у бактерий рода Mycobacterium . Этот токсин может вызвать кахексию — форму мышечной атрофии. ^[5]

Клиническая картина заболевания и микробиологическая диагностика

Наиболее часто встречающиеся виды — Nocardia brasiliensis , Nocardia cyriacigeorgica, Nocardia Farcinica и Nocardia nova. Nocardia asteroides — наиболее часто встречающийся вид, вызывающий некожные инвазивные заболевания. Большинство случаев возникает как оппортунистическая инфекция у пациентов с ослабленным иммунитетом. N. brasiliensis — наиболее распространенный вид, вызывающий кожный нокардиоз. N. caviae представляет собой еще один вид, представляющий медицинский интерес. Род в некоторой степени кислотоустойчив, слабо окрашивается по грамположительным.

Наиболее распространенной формой нокардиального заболевания человека является медленно прогрессирующая пневмония , общие симптомы которой включают кашель , одышку (одышку) и лихорадку . Нередко эта инфекция распространяется на плевру или грудную стенку. Существующее ранее заболевание легких, особенно легочный альвеолярный протеиноз , увеличивает риск заражения нокардиальной пневмонией. При системном распространении может быть поражен каждый орган.

Виды Nocardia глубоко вовлечены в процесс энцефалита как одно из его основных патогенных последствий. Примерно у 25–33% людей заражение нокардием принимает форму энцефалита и/или образования абсцесса головного мозга . Нокардия может также вызывать различные кожные инфекции, такие как актиномицетома (особенно N. brasiliensis ), лимфокожные заболевания, целлюлит и подкожные абсцессы . ^[6]

Выделение нокардии из биологических образцов можно проводить с использованием агаризованной среды, обогащенной дрожжевым экстрактом и активированным углем (BCYE), который используется для видов Legionella . Также можно инокулировать селективные среды для микобактерий или грибов. Наиболее подходящими образцами являются мокрота или, при клинической необходимости, бронхоальвеолярный лаваж или биопсия. Дальнейшие биохимические тесты для идентификации вида обычно не проводятся. Серологические или кожные тесты недоступны.

Уход

Большинству пациентов с инфекцией Nocardia необходима комбинация антибиотиков. ^[7] Антибиотикотерапия сульфаниламидами , чаще всего триметоприм-сульфаметоксазолом , является лечением выбора. ^[8] Люди, которые принимают триметоприм-сульфаметоксазол по другим причинам, например, для профилактики инфекции Pneumocystis jirovecii , по-видимому, имеют меньше инфекций Nocardia , ^[9] хотя этот защитный эффект считается ненадежным, ^[10] а некоторые исследования вообще оспаривают его. . ^[11] Миноциклин обычно заменяют, когда сульфаниламид не может быть назначен; высокие дозы имипенема и амикацина также использовались в тяжелых или рефрактерных случаях. ^[8] Линезолид, по-видимому, очень эффективен против нокардии , но он очень дорог и может вызывать серьезные побочные эффекты . ^[12]

Антибиотикотерапия продолжается от шести месяцев (у иммунокомпетентных людей) до года (при иммуносупрессии ) и может продолжаться неопределенно долго. ^[8] Правильный уход за ранами также имеет решающее значение.

Генетика

Хотя Nocardia обладает интересными и важными особенностями, такими как выработка антибиотиков и ферментов, расщепляющих или конвертирующих ароматические соединения, генетическое изучение этого организма затруднено из-за отсутствия генетических инструментов. Однако недавно были разработаны практические челночные векторы Nocardia – E. coli . ^[13]

Было обнаружено, что роды Nocardia и Rhodococcus тесно связаны, что подтверждается двумя консервативными сигнатурными инделями , состоящими из делеции одной аминокислоты в альфа-субъединице ацетил-коэнзима А- карбоксилазы (ACC) и вставки из трех аминокислот в консервативная область АТФ-связывающего белка, которая характерна для видов этих двух родов. Кроме того, были идентифицированы 14 гипотетических консервативных сигнатурных белков, уникальных для родов Nocardia и Rhodococcus . ^[14]

Разновидность

Нокардия включает следующие виды: ^[1]

• N. abscessus Yassin et al. 2000 г.
• N. acididurans Sirireung et al. 2021 год
• N. aciditolerans Golinska et al. 2013
• N. acidivorans Kämpfer et al. 2007 год
• N. africana Hamid et al. 2001 г.
• Н. альба Ли и др. 2004 г.
• N. albiluteola Shan et al. 2022 год
• « Н. alni » Nouioui et al. 2022 год
• N. altamirensis Jurado et al. 2008 год
• N. amamiensis Yamamura et al. 2007 год
• N. amikacinitolerans Ezeoke et al. 2013
• N. anemiae Kageyama et al. 2005 г.
• N. aobensis Kageyama et al. 2005 г.
• N. araoensis Kageyama et al. 2004 г.
• « N. argentinensis » Cone et al. 1989 год
• N. arizonensis Lasker et al. 2017 год
• N. artemisiae Zhao et al. 2011 год
• N. arthritidis Kageyama et al. 2005 г.
• N. asiatica Kageyama et al. 2004 г.
• N. asteroides (Эппингер, 1891 г.) Бланшар, 1896 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• N. aurantia Benndorf et al. 2020 год
• N. aurantiaca Kanchanasin et al. 2020 год
• N. aurea Fang et al. 2019 год
• N. barduliensis Nouioui et al. 2021 год
• N. beijingensis Wang et al. 2001 г.
• Н. bhagyanarayanae корриг. Ваддавалли и др. 2014 год
• N. blacklockiae Conville et al. 2009 год
• « N. boironii » Gilquin et al. 2016 год
• N. bovistercoris Zhang et al. 2021 год
• N. brasiliensis (Lindenberg 1909) Pinoy 1913 (утвержденные списки 1980 г.)
• N. brevicatena (Lechevalier et al. 1961) Goodfellow and Pirouz 1982
• N. caishijiensis Zhang et al. 2003 г.
• N. Calcarea Metcalfe and Brown 1957 (утвержденные списки 1980 г.)
• Н. callitridis Каевкла и Франко 2010 г.
• Н. Camponoti Liu et al. 2016 год
• N. carnea (Росси Дориа, 1891 г.) Кастеллани и Чалмерс, 1913 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• N. casuarinae Ghodhbane-Gtari et al. 2015 год
• Н. каверны Ли и др. 2017 год
• N. cerradoensis Albuquerque de Barros et al. 2003 г.
• N. coeliaca (Грей и Торнтон, 1928 г.) Ваксман и Хенрици, 1948 г. (утвержденные списки, 1980 г.)
• N. coffeae Nammali et al. 2022 год
• Н. Colli Zhou et al. 2020 год
• Н. concava Kageyama et al. 2005 г.
• N. coubleae Rodriguez-Nava et al. 2007 год
• N. crassostreae Friedman et al. 1998 год
• Н. cyriacigeorgica corrig. Ясин и др. 2001 г.
• N. donostiensis Ercibengoa et al. 2020 год
• Н. Элеганс Ясин и Бреннер, 2005 г.
• N. endophytica Xing et al. 2011 год
• Н. exalbida Iida et al. 2006 г.
• N. Farcinica Trevisan 1889 (Утвержденные списки 1980 г.)
• N. Flavorosea Chun et al. 1998 год
• N. fluminea Maldonado et al. 2001 г.
• Н. gamkensis Ле Роес и Мейерс, 2007 г.
• N. gipuzkoensis Nouioui et al. 2021 год
• N.globerula (Gray, 1928) Ваксман и Хенрици, 1948 (утвержденные списки, 1980 г.)
• Н. Goodfellowii Sazak et al. 2012 год
• N. grenadensis Kämpfer et al. 2012 год
• N. halotolerans Nikou et al. 2015 год
• Н. Harenae Со и Ли, 2006 г.
• N. heshunensis Huang et al. 2017 год
• N. higoensis Kageyama et al. 2004 г.
• N. huaxiensis Zhuang et al. 2021 год
• N. ignorata Yassin et al. 2001 г.
• N. inohanensis Kageyama et al. 2004 г.
• N. iowensis Lamm et al. 2009 год
• Н. jejuensis Ли 2006 г.
• N. jiangsuensis Bai et al. 2016 год
• N. jiangxiensis Cui et al. 2005 г.
• N. jinanensis Sun et al. 2009 год
• Н. kroppenstedtii Jones et al. 2014 год
• N. kruczakiae Conville et al. 2005 г.
• Н. lasii Liu et al. 2017 год
• « Н. Левис » Кавита и др. 2009 год
• N.lijiangensis Xu et al. 2006 г.
• « Н. lurida » Theriault et al. 1986 год
• Н. макротермит Benndorf et al. 2020 год
• N. mangyaensis Yang et al. 2019 год
• N. mexicana Родригес-Нава и др. 2006 г.
• Н. Микамии Джаннат-Хах и др. 2010 год
• N. miyunensis Cui et al. 2005 г.
• N. neocaledoniensis Saintpierre-Bonaccio et al. 2004 г.
• N. niigatensis Kageyama et al. 2004 г.
• Н. ninae Laurent et al. 2007 год
• Н. niwae Moser et al. 2011 год
• « N. noduli » Nouioui et al. 2022 год
• Н. нова Цукамура 1983 г.
• Н. otitidiscaviarum corrig. Снейдерс 1924 г. (утвержденные списки 1980 г.)
• « N. panacis » Hu et al. 2020 год
• « Н. paratuberculosis » Цукамура 1982 г.
• N. paucivorans Yassin et al. 2000 г.
• « N.phenotolerans » Ясин и др. 1988 год
• N. pigrifrangens Wang et al. 2004 г.
• N. pneumoniae Kageyama et al. 2004 г.
• N.polyresistens Xu et al. 2005 г.
• N. pseudobrasiliensis Ruimy et al. 1996 год
• N. pseudovaccinii Kim et al. 2002 г.
• Н. Puris Yassin et al. 2003 г.
• N. rayongensis Tanasupawat et al. 2016 год
• N. rhamnosiphila Everest et al. 2012 год
• N. rhizosphaerae Wang et al. 2015 год
• N. rhizosphaerihabitans Ding et al. 2018 год
• N. Salmonicida (ex Rucker 1949) Isik et al. 1999 год
• N. seriolae Kudo et al. 1988 год
• N. shimofusensis Kageyama et al. 2004 г.
• N. shinanonensis Matsumoto et al. 2016 год
• Н. сиената корриг. Кагеяма и др. 2004 г.
• « Н. симплекс » Джирасрипонгпун, 2002 г.
• N. speluncae Seo et al. 2007 год
• N. stercoris Zhao et al. 2020 год
• « N. suismassiliense » Fellag et al. 2018 год
• N. sungurluensis Camas et al. 2014 год
• N. takedensis Yamamura et al. 2005 г.
• N. tenerifensis Kämpfer et al. 2004 г.
• N. tengchongensis Li et al. 2017 год
• N. terpenica Hoshino et al. 2007 год
• « N. terrae » Канчанасин и др. 2021 год
• Н. testacea corrig. Кагеяма и др. 2004 г.
• N. thailandica Kageyama et al. 2005 г.
• N. thraciensis Sazak et al. 2012 год
• N. transvalensis Pijper and Pullinger 1927 (утвержденные списки 1980 г.)
• N. униформис (бывший Мартон и Сабо, 1959) Isik et al. 1999 год
• N. vaccinii Demaree and Smith 1952 (утвержденные списки 1980 г.)
• N. vermiculata Kageyama et al. 2005 г.
• Н. ветерана Gürtler et al. 2001 г.
• N. vinacea Kinoshita et al. 2002 г.
• Н. vulneris Lasker et al. 2015 год
• Н. Wallacei Conville et al. 2009 год
• N. xestospongiae Thawai et al. 2017 год
• N. xishanensis Zhang et al. 2004 г.
• N. yamanashiensis Kageyama et al. 2004 г.
• N. yunnanensis Zhang et al. 2019 год
• N. zapadnayensis Оздемир-Кочак и др. 2016 год
• Н. zhihengii Huang et al. 2019 год

Номенклатура

Род был назван в честь Эдмона Нокара (1850-1903), французского ветеринара и биолога XIX века. ^[15]

Род был описан Витторе Бенедетто Антонио Тревизаном ди Сен-Леон в Анне. Инст. Пастер, том 2 (выпуск 6) на странице 295, 1888 год. ^[2]

Рекомендации

1. Euzéby JP, Parte AC. «Нокардия». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 25 июня 2022 г.
2. "Нокардия Тревизан, 1889". www.gbif.org . Проверено 24 августа 2022 г.
3. Райан К.Дж., Рэй К.Г., ред. (2004). Медицинская микробиология Шерриса (4-е изд.). МакГроу Хилл. стр. 460–2. ISBN 0-8385-8529-9.
4. "Виды Nocardia". ГлобалРПХ . Проверено 28 июня 2023 г.
5. Сильва, CL; Тинкани, И.; Фильо, СЛБ; Фаччоли, Л.Х. (1 июня 1988 г.). «Мышиная кахексия, вызванная димиколатом трегалозы из астероидов Nocardia». Микробиология . 134 (6): 1629–1633. дои : 10.1099/00221287-134-6-1629. ISSN  1350-0872.
6. Ловечкьо А, Баззакко Г, Ди Белла С, Ди Мео Н, Луццати Р (06 июня 2022 г.). «Нечастый лимфокожный целлюлит после укуса насекомого: описание случая первичного кожного нокардиоза и обзор литературы». Ле Инфециони в Медицине . 30 (2): 285–292. дои : 10.53854/liim-3002-15. ПМЦ 9177186 . ПМИД  35693062. 
7. Лу Ш., Цянь З.В., Моу ПП, Се Л. (ноябрь 2020 г.). «Клинические виды Nocardia: идентификация, клинические характеристики и чувствительность к противомикробным препаратам в Шаньдуне, Китай». Боснийский журнал фундаментальных медицинских наук . 20 (4): 531–538. дои : 10.17305/bjbms.2020.4764. ПМЦ 7664795 . ПМИД  32415818. 
8. Bartlett JG (5 октября 2007 г.). «Нокардия». Руководство ABX по информационным технологиям в местах оказания медицинской помощи . Университет Джонса Хопкинса . Архивировано из оригинала 1 декабря 2009 года.Проверено 3 января 2009 г. Доступно бесплатно при регистрации.
9. Муньос П., Муньос Р.М., Паломо Дж., Родригес-Крейксемс М., Муньос Р., Буза Э. (ноябрь 1997 г.). «Инфекция Pneumocystis carinii у реципиентов трансплантата сердца. Эффективность графика профилактики на выходных». Лекарство . 76 (6): 415–422. дои : 10.1097/00005792-199711000-00004 . ПМИД  9413427.
10. Пелег А.Ю., Хусейн С., Куреши З.А., Сильвейра Ф.П., Саруми М., Шатт К.А. и др. (май 2007 г.). «Факторы риска, клинические характеристики и исход инфекции Nocardia у реципиентов трансплантатов органов: сопоставленное исследование случай-контроль». Клинические инфекционные болезни . 44 (10): 1307–1314. дои : 10.1086/514340 . ПМИД  17443467.
    • Берри С. (3 апреля 2007 г.). «Исследователи определяют факторы риска заражения нокардией после трансплантации твердых органов». Справочник врача (Пресс-релиз).
11. Хан Б.А., Дункан М., Рейнольдс Дж., Уилкс Д.С. (2008). «Нокардиальная инфекция у реципиентов трансплантата легких». Клиническая трансплантация . 22 (5): 562–566. дои : 10.1111/j.1399-0012.2008.00824.x. ПМЦ 3755737 . ПМИД  18435787. 
12. Йодловский Т.З., Мельничук И., Конри Дж. (октябрь 2007 г.). «Линезолид для лечения инфекций Nocardia spp.». Анналы фармакотерапии . 41 (10): 1694–1699. дои : 10.1345/aph.1K196. PMID  17785610. S2CID  33975237.
13. Тиба К., Хосино Ю., Исино К., Когуре Т., Миками Ю., Уэхара Ю., Исикава Дж. (февраль 2007 г.). «Создание пары практичных челночных векторов Nocardia-Escherichia coli». Японский журнал инфекционных заболеваний . 60 (1): 45–47. PMID  17314425. Архивировано из оригинала 17 августа 2007 г.
14. Гао Б., Гупта РС (март 2012 г.). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа Actinobacteria». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11. ПМЦ 3294427 . ПМИД  22390973. 
15. Буркхардт, Лотте (2022). Eine Enzyklopädie zu eponymischen Pflanzennamen [ Энциклопедия одноименных названий растений ] (pdf) (на немецком языке). Берлин: Ботанический сад и Ботанический музей, Свободный университет Берлина. дои : 10.3372/epolist2022. ISBN 978-3-946292-41-8. Проверено 27 января 2022 г.

дальнейшее чтение

• Исикава Дж., Ямашита А., Миками Ю., Хосино Ю., Курита Х., Хотта К. и др. (октябрь 2004 г.). «Полная геномная последовательность Nocardia Farcinica IFM 10152». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (41): 14925–14930. Бибкод : 2004PNAS..10114925I. дои : 10.1073/pnas.0406410101 . ПМК  522048 . ПМИД  15466710.
• Arceneaux J (4 апреля 2010 г.). « Коринебактерии и родственные роды». Лекция студентам 2 курса медицинского факультета . Медицинский центр Университета Миссисипи.
• Гринвуд Д., Слэк Р.К., Пойтерер Дж.Ф. Медицинская микробиология: Руководство по микробным инфекциям (16-е изд.). ISBN 0-443-07077-6.
• Браун-Эллиотт Б.А., Браун Дж.М., Конвилл П.С., Уоллес Р.Дж. (апрель 2006 г.). «Клинические и лабораторные особенности видов Nocardia на основе современной молекулярной таксономии». Обзоры клинической микробиологии . 19 (2): 259–82. doi :10.1128/CMR.19.2.259-282.2006. ПМК  1471991 . ПМИД  16614249.
• Махон CR, Lehman DC. Учебник диагностической микробиологии (5-е изд.). Эльзевир.

Внешние ссылки

• Последовательность генома N. Farcinica IFM 10152
• Страница MicrobeWiki N. Farcinica, актуальная по состоянию на июнь 2007 г.