25 марта 1798 года она потеряла территорию, чтобы основать Вигерскую епархию . 3 июля 1848 года она получила территорию от существовавшей тогда Виленской епархии , теперь другой митрополии Литвы. 9 июня 1920 года она потеряла территорию в пользу существующей Рижской епархии (в Латвии ), а в следующем году она получила территорию от существующей Сейнской епархии (в Польше ).
Апостольская конституция , изданная Пием XI , была направлена на структурирование епархиальных территорий в соответствии с фактическими границами Литовской Республики после Декларации независимости в 1918 году. В связи с тем, что заявленная литовская столица Вильнюс и восточные части страны были захвачены польскими войсками в 1920 году и аннексированы Польшей в 1922 году, Каунас стал не только временной столицей Литвы , но и был повышен Папой Пием XI 4 апреля 1926 года в Каунасскую митрополию , первоначально с викарной кафедрой Вилкавишкис и Тельшяй в новой литовской церковной провинции . Тогдашняя Вильнюсская епархия также была повышена до митрополии архиепископства с ее церковной провинцией на польской территории.
В сентябре 1993 года сюда прибыл Папа Римский Иоанн Павел II. 28 мая 1997 года часть архиепархии была передана недавно созданной викарной епархии Шяуляй .
Станисловас Кишка ( Stanisław Kiszka ) (1618.11.26 – смерть 1626.02.13)
Абраомас Война ( Авраам Война ) (1626.07.20 – 1631.03.24), ранее титулярный епископ Модонский ( 1611.05.25 – 1626.07.20) и вспомогательный епископ Вильнюсский (Литва) (1611.05.25 – 1626.07.20); позднее епископ Вильнюсский (1631.03.24 – смерть 1649.04.14)
Меркелис Элияшевичус Гейшас (Melchior Elijaszewicz Geisz) (1631.06.11 – смерть 1633.01.28)
Юргис Тышкевич ( Ежи Тышкевич ) (19.12.1633 – 09.12.1649), ранее титулярный епископ Модонский ( 17.05.1627 – 19.12.1633) и вспомогательный епископ Вильнюса (17.05.1627 – 19.12.1633); позднее епископ Вильнюса (09.12.1649 – смерть 17.01.1656)
Петрас Парчевскис ( Пётр Парчевский ) (1649.12.09 – смерть 1658.12.06), ранее епископ Смоленский (Литва) (1636.09.01 – 1649.12.09)
Александрас Казимерас Сапега ( 1660.01.12 – 1667.07.18), ранее титулярный епископ Модонский ( 1655.08.02 – 1660.01.12) и вспомогательный епископ Вильнюсский (Литва) (1655.08.02 – 1660.01.12); позднее епископ Вильнюсский (1667.07.18 – смерть 1671.05.22)
Казимерас Пацас ( Казимир Пац ) (1667.10.03 – смерть 1695), ранее епископ Смоленский (Литва) (1664.01.14 – 1667.10.03)
Йонас Иеронимас Кришпинас-Киршенштейнас (Ян Иероним Кришпин-Киршенштейн) (1695.09.19 - смерть 1708.07.14), ранее титулярный епископ Мартирии ( 1696.01.02 - 1706.01.25) и виленский епископ (1696.01.02 - 1710.07.21 )
Йонас Микалоюс Згерскис (Ян Миколай Згерский) (1710.07.21 – смерть 1713.12.06), ранее титулярный епископ Мартирии ( 1696.01.02 – 1706.01.25) и вспомогательный епископ Вильнюса (Литва) (1696.01.02 – 1710.07.21) и следующий епископ Смоленска (Россия) (1706.01.25 – 1710.07.21)
Александрас Микалоюс Горайнис (Александр Миколай Горайн) (1716.12.07 – смерть 1735.12.07), ранее титулярный епископ Тивериадский (1704.09.15 – 1711.12.23) и вспомогательный епископ Вильнюсский (1704.09.15 – 1711.12.23), епископ Смоленский ( Россия) (1711.12.23 – 1716.12.07)
Юозапас Миколас Карпис (Юзеф Михал Карп) (1736.11.19 – смерть 1739.12.10)
Антанас Тышкевич (Антони Доминик Тышкевич) (1740.09.16 - смерть 1762.01.31), ранее титулярный епископ Меннитский (1739.07.20 - 1740.09.16) и викарный епископ Киёвско -Черниговский (Польша) (1739.07.20 - 1740.09.16)
Доминикас Лопачинскис (Ян Доминик Лопацинский) (1762.04.19 – смерть 1778.01.11)
Епископ Ян Стефан Гедройч (1778.03.30 – на пенсии 1802.05.13), ранее титулярный епископ Веринополиса ( 1763.08.22 – 1765.04.22) и вспомогательный епископ Вильнюса (1763.08.22 – 1765.04.22), епископ Инфлянти (Латвия) (1765.04.22 – 1778.03.30)
Юзеф Арнульф Гедройч, старейший епископ Жемайтии
Юозапас Арнульфас Гедрайтис (Юзеф Арнульф Гедройч) (1802.05.13 – смерть 1838.07.17), сменивший бывшего коадъютора епископа Жемайтии ([1790.12.04] 1791.04.11 – 1802.05.13 и титулярного епископа Ортосии (1791.04.11 – 1802.05.13)
Апостольский администратор Симонас Микалоюс Гедрайтис (Шимон Михал Юзеф Арнольд Гедройч) (17.07.1838 – 07.08.1844), бывший титулярный епископ Адрамиттиума ( 20.08.1804 – 17.07.1838), вспомогательный епископ Жемайтии (20.08.1804 – 12.1829) и епископ-коадъютор Жемайтии (12.1829 – 17.07.1838, формально не преемник)
Йонас Кризостомас Гинтила (1844.08.07 – 1849.09.28 не принадлежал )
Мотеюс Валанчюс (Мацей Казимеж Волончевский) (1849.09.28 – смерть 1875.05.29)
Апостольский администратор Александр Казимир Береснявич (Александр Казимеж Бересневич) (1875.05.30 – 1883.03.15), титулярный епископ Максимианопольский ( 1858.09.27 – 1883.03.15), бывший викарный епископ Жемайтийский (1858.09.27 – 1875.05.30); позже епископ Куявско-Калишский (Польша) (1883.03.15 – 1902.06.04)
Мечисловас Леонардас Паллюленис (Мечислав Леонард Паллулон) (1883.03.15 – смерть 1908.05.02)
Гаспар Фелициан Циртовт (1910.04.07 – смерть 1913.09.20), ранее титулярный епископ Кастории (1897.07.21 – 1910.04.07) и вспомогательный епископ Жемайтии (1897.07.21 – 1910.04.07)
Пранцишкус Карявичюс, отцы-мариане (MIC) (27.02.1914 – 23.03.1926), эмеритат как титулярный архиепископ Скифополя ( 23.03.1926 – 30.05.1945)
Митрополиты-архиепископы Каунаса
Архиепископ Юозапас Сквирецкас (1926.04.05 – смерть 1959.12.03), ранее титулярный епископ Церамуса и викарный епископ Каунаса (1919.03.10 – 1926.04.05)
Архиепископ Сигитас Тамкявичюс , Общество Иисуса (SJ) (1996.05.04 – на пенсии 2015.06.11), также президент Епископской конференции Литвы (1999.11.03 – 2002.09.20), вице-президент Епископской конференции Литвы (2002.09.20 – 2005.09.20), президент Епископской конференции Литвы (2005.09.20 – 2014.10.28); ранее титулярный епископ Туруда и вспомогательный епископ Каунаса (1991.05.08 – 1996.05.04); как почетный, стал кардиналом-священником Сант- Анджелы Меричи 10.05.2019
Архиепископ Лёнгинас Вирбалас , SJ (2015 – на пенсии 01.03.2019), также вице-президент Епископской конференции Литвы (2014.10.28 – 2015.06.11); ранее епископ Паневежский (2013.06.06 – 2015.06.11)
