Ядерные рецепторы напрямую связываются с ДНК , регулируя экспрессию соседних генов; поэтому эти рецепторы классифицируются как факторы транскрипции . [2] [3] Регулирование экспрессии генов ядерными рецепторами часто происходит в присутствии лиганда — молекулы, которая влияет на поведение рецептора. Связывание лиганда с ядерным рецептором приводит к конформационному изменению, активирующему рецептор. Результатом является повышение или понижение экспрессии гена.
Уникальным свойством ядерных рецепторов, которое отличает их от других классов рецепторов , является их прямой контроль геномной ДНК. Ядерные рецепторы играют ключевую роль как в эмбриональном развитии, так и в гомеостазе взрослых. Как обсуждается ниже, ядерные рецепторы классифицируются по механизму [4] [5] или гомологии. [6] [7]
Лиганды, которые связываются с ядерными рецепторами и активируют их, включают липофильные вещества, такие как эндогенные гормоны , витамины A и D и ксенобиотические гормоны . Поскольку экспрессия большого количества генов регулируется ядерными рецепторами, лиганды, которые активируют эти рецепторы, могут оказывать глубокое воздействие на организм. Многие из этих регулируемых генов связаны с различными заболеваниями, что объясняет, почему молекулярные мишени примерно 13% одобренных Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) лекарств нацелены на ядерные рецепторы. [15]
Ряд ядерных рецепторов, называемых рецепторами -сиротами [16], не имеют известных (или, по крайней мере, общепринятых) эндогенных лигандов. Некоторые из этих рецепторов, такие как FXR , LXR и PPAR, связывают ряд метаболических промежуточных продуктов, таких как жирные кислоты, желчные кислоты и/или стерины, с относительно низким сродством. Следовательно, эти рецепторы могут функционировать как метаболические сенсоры. Другие ядерные рецепторы, такие как CAR и PXR, по-видимому, функционируют как сенсоры ксенобиотиков, повышая экспрессию ферментов цитохрома P450 , которые метаболизируют эти ксенобиотики. [17]
Ядерные рецепторы имеют модульную структуру и содержат следующие домены : [18] [19]
(AB) N-концевой регуляторный домен: содержит функцию активации 1 ( AF-1 ), действие которой не зависит от присутствия лиганда. [20] Транскрипционная активация AF-1 обычно очень слаба, но она синергизируется с AF-2 в E-домене (см. ниже), вызывая более надежную регуляцию экспрессии генов. Домен AB сильно варьируется в последовательности между различными ядерными рецепторами.
(C) ДНК-связывающий домен ( DBD ): высококонсервативный домен, содержащий два цинковых пальца , который связывается со специфическими последовательностями ДНК, называемыми элементами гормонального ответа (HRE). Недавно в паразитических плоских червях NR был идентифицирован новый мотив цинкового пальца (CHC2). [21]
(D) Шарнирная область: считается гибким доменом, который соединяет DBD с LBD. Влияет на внутриклеточный трафик и субклеточное распределение с помощью целевой пептидной последовательности.
(E) Домен связывания лиганда ( LBD ): умеренно консервативен по последовательности и высоко консервативен по структуре между различными ядерными рецепторами. Структура LBD называется альфа-спиральной сэндвич -складкой , в которой три антипараллельные альфа-спирали («начинка сэндвича») окружены двумя альфа-спиралями с одной стороны и тремя с другой («хлеб»). Полость связывания лиганда находится внутри LBD и чуть ниже трех антипараллельных альфа-спиральных «начинок» сэндвича. Наряду с DBD, LBD вносит вклад в димеризационный интерфейс рецептора и, кроме того, связывает коактиваторные и корепрессорные белки. LBD также содержит функцию активации 2 ( AF-2 ), действие которой зависит от присутствия связанного лиганда, контролируемого конформацией спирали 12 (H12). [20]
(F) C-концевой домен: последовательность сильно варьируется между различными ядерными рецепторами.
Домены связывания ДНК (C) и связывания лиганда (E) независимо друг от друга хорошо свернуты и структурно стабильны, в то время как N-концевой (A/B), шарнирный регион (D) и необязательный C-концевой (F) домены могут быть конформационно гибкими и неупорядоченными. [22] Относительная ориентация доменов сильно отличается при сравнении трех известных многодоменных кристаллических структур, две из которых связываются с DR1 (DBD, разделенные 1 п.н.), [1] [23] одна связывается с DR4 (4 п.н.). [24]
Механизм действия
Ядерные рецепторы — это многофункциональные белки, которые передают сигналы своих родственных лигандов . Ядерные рецепторы (НР) можно разделить на два больших класса в соответствии с механизмом их действия и субклеточным распределением в отсутствие лиганда.
Небольшие липофильные вещества, такие как естественные гормоны, диффундируют через клеточную мембрану и связываются с ядерными рецепторами, расположенными в цитозоле (NR типа I) или ядре (NR типа II) клетки. Связывание вызывает конформационное изменение рецептора, которое, в зависимости от класса рецептора, запускает каскад нисходящих событий, которые направляют NR к участкам регуляции транскрипции ДНК, что приводит к повышению или понижению регуляции экспрессии генов. Они обычно функционируют как гомо/гетеродимеры. [27] Кроме того, были также идентифицированы два дополнительных класса, тип III, который является вариантом типа I, и тип IV, который связывает ДНК как мономеры. [4]
Соответственно, ядерные рецепторы можно подразделить на следующие четыре механистических класса: [4] [5]
Было отмечено, что некоторые из ядерных рецепторов подсемейства NR 2 могут связываться с прямым повтором вместо инвертированного повтора HRE. Кроме того, некоторые ядерные рецепторы, которые связываются либо как мономеры, либо как димеры, с только одним доменом связывания ДНК рецептора, прикрепленным к одному полусайту HRE. Эти ядерные рецепторы считаются рецепторами-сиротами , поскольку их эндогенные лиганды до сих пор неизвестны.
Рецепторы типа II, в отличие от типа I, сохраняются в ядре независимо от статуса связывания лиганда и, кроме того, связываются как гетеродимеры (обычно с RXR ) с ДНК. [27] При отсутствии лиганда ядерные рецепторы типа II часто образуют комплексы с белками -корепрессорами . Связывание лиганда с ядерным рецептором вызывает диссоциацию корепрессора и привлечение белков- коактиваторов . Затем в комплекс NR/ДНК прикрепляются дополнительные белки, включая РНК-полимеразу , которые транскрибируют ДНК в информационную РНК.
Ядерные рецепторы типа III (главным образом NR подсемейство 2) похожи на рецепторы типа I тем, что оба класса связываются с ДНК как гомодимеры. Однако ядерные рецепторы типа III, в отличие от типа I, связываются с прямым повтором вместо инвертированного повтора HRE.
Тип IV
Ядерные рецепторы типа IV связываются либо как мономеры, либо как димеры, но только один домен связывания ДНК рецептора связывается с одним полусайтом HRE. Примеры рецепторов типа IV обнаружены в большинстве подсемейств NR.
Димеризация
Человеческие ядерные рецепторы способны димеризоваться со многими другими ядерными рецепторами (гомотипическая димеризация), как было показано в ходе крупномасштабных экспериментов Y2H и анализа текста литературы, которая была сосредоточена на специфических взаимодействиях. [30] [31] [27] Тем не менее, существует специфичность, при которой члены одного и того же подсемейства имеют очень похожих партнеров по димеризации NR, а лежащая в основе сеть димеризации имеет определенные топологические особенности, такие как наличие высокосвязанных концентраторов (RXR и SHP). [27]
Корегуляторные белки
Ядерные рецепторы, связанные с элементами ответа гормонов, привлекают значительное количество других белков (называемых корегуляторами транскрипции ), которые облегчают или подавляют транскрипцию связанного целевого гена в мРНК. [32] [33] [34] Функции этих корегуляторов разнообразны и включают ремоделирование хроматина (делая целевой ген более или менее доступным для транскрипции) или связующую функцию для стабилизации связывания других корегуляторных белков. Ядерные рецепторы могут специфически связываться с рядом корегуляторных белков и тем самым влиять на клеточные механизмы передачи сигнала как напрямую, так и косвенно. [35]
Коактиваторы
Связывание лигандов-агонистов (см. раздел ниже) с ядерными рецепторами вызывает конформацию рецептора, которая преимущественно связывает коактиваторные белки. Эти белки часто обладают внутренней активностью ацетилтрансферазы гистонов (HAT), которая ослабляет связь гистонов с ДНК и, следовательно, способствует транскрипции генов.
Корепрессоры
Связывание лигандов-антагонистов с ядерными рецепторами, напротив, вызывает конформацию рецептора, которая преимущественно связывает корепрессорные белки. Эти белки, в свою очередь, привлекают гистондеацетилазы (HDAC), что усиливает связь гистонов с ДНК и, следовательно, подавляет транскрипцию генов.
Агонизм против антагонизма
В зависимости от вовлеченного рецептора, химической структуры лиганда и ткани, на которую оказывается воздействие, лиганды ядерных рецепторов могут демонстрировать совершенно разные эффекты, варьирующиеся от агонизма до антагонизма и обратного агонизма. [38]
Агонисты
Активность эндогенных лигандов (таких как гормоны эстрадиол и тестостерон ) при связывании с их родственными ядерными рецепторами обычно заключается в регуляции экспрессии генов. Такая стимуляция экспрессии генов лигандом называется агонистическим ответом. Агонистические эффекты эндогенных гормонов также могут быть имитированы некоторыми синтетическими лигандами, например, противовоспалительным препаратом глюкокортикоидных рецепторов дексаметазоном . Лиганды-агонисты работают, вызывая конформацию рецептора, которая благоприятствует связыванию коактиватора (см. верхнюю половину рисунка справа).
Антагонисты
Другие синтетические лиганды ядерных рецепторов не оказывают видимого влияния на транскрипцию генов в отсутствие эндогенного лиганда. Однако они блокируют эффект агониста посредством конкурентного связывания с тем же сайтом связывания в ядерном рецепторе. Эти лиганды называются антагонистами. Примером антагонистического препарата ядерных рецепторов является мифепристон , который связывается с рецепторами глюкокортикоидов и прогестерона и, следовательно, блокирует активность эндогенных гормонов кортизола и прогестерона соответственно. Лиганды-антагонисты работают, вызывая конформацию рецептора, которая предотвращает связывание коактиватора и способствует связыванию корепрессора (см. нижнюю половину рисунка справа).
Обратные агонисты
Наконец, некоторые ядерные рецепторы способствуют низкому уровню транскрипции генов в отсутствие агонистов (также называемому базальной или конститутивной активностью). Синтетические лиганды, которые снижают этот базальный уровень активности в ядерных рецепторах, известны как обратные агонисты . [39]
Селективные модуляторы рецепторов
Ряд препаратов, которые работают через ядерные рецепторы, демонстрируют агонистическую реакцию в некоторых тканях и антагонистическую реакцию в других тканях. Такое поведение может иметь существенные преимущества, поскольку оно может позволить сохранить желаемые полезные терапевтические эффекты препарата, минимизируя нежелательные побочные эффекты. Препараты с этим смешанным профилем действия агониста/антагониста называются селективными модуляторами рецепторов (SRM). Примерами являются селективные модуляторы андрогеновых рецепторов ( SARM ), селективные модуляторы эстрогеновых рецепторов ( SERM ) и селективные модуляторы прогестероновых рецепторов ( SPRM ). Механизм действия SRM может варьироваться в зависимости от химической структуры лиганда и вовлеченного рецептора, однако считается, что многие SRM работают, способствуя конформации рецептора, которая тесно сбалансирована между агонизмом и антагонизмом. В тканях, где концентрация белков- коактиваторов выше, чем корепрессоров , равновесие смещено в сторону агонистов. Наоборот, в тканях, где доминируют корепрессоры , лиганд ведет себя как антагонист. [40]
Альтернативные механизмы
Трансрепрессия
Наиболее распространенный механизм действия ядерного рецептора включает прямое связывание ядерного рецептора с элементом ответа гормона ДНК. Этот механизм называется трансактивацией . Однако некоторые ядерные рецепторы обладают способностью не только напрямую связываться с ДНК, но и с другими факторами транскрипции. Это связывание часто приводит к дезактивации второго фактора транскрипции в процессе, известном как трансрепрессия . [41] Одним из примеров ядерного рецептора, способного трансрепрессировать, является глюкокортикоидный рецептор (GR). Кроме того, некоторые лиганды GR, известные как селективные агонисты глюкокортикоидных рецепторов ( SEGRA ), способны активировать GR таким образом, что GR сильнее трансрепрессирует, чем трансактивирует. Эта селективность увеличивает разделение между желаемыми противовоспалительными эффектами и нежелательными метаболическими побочными эффектами этих селективных глюкокортикоидов .
Негеномный
Классические прямые эффекты ядерных рецепторов на регуляцию генов обычно занимают часы, прежде чем функциональный эффект будет замечен в клетках из-за большого количества промежуточных этапов между активацией ядерных рецепторов и изменениями в уровнях экспрессии белков. Однако было замечено, что многие эффекты применения ядерных гормонов, такие как изменения в активности ионных каналов, происходят в течение минут, что не согласуется с классическим механизмом действия ядерных рецепторов. Хотя молекулярная мишень для этих негеномных эффектов ядерных рецепторов не была окончательно продемонстрирована, была выдвинута гипотеза, что существуют варианты ядерных рецепторов, которые связаны с мембраной, а не локализованы в цитозоле или ядре. Более того, эти связанные с мембраной рецепторы функционируют через альтернативные механизмы передачи сигнала , не включающие регуляцию генов. [42] [43]
Хотя предполагалось, что существует несколько мембранных рецепторов для ядерных гормонов, было показано, что многие из быстрых эффектов требуют канонических ядерных рецепторов. [44] [45] Однако проверка относительной важности геномных и негеномных механизмов in vivo была затруднена из-за отсутствия специфических молекулярных механизмов для негеномных эффектов, которые можно было бы заблокировать мутацией рецептора, не нарушая его прямого воздействия на экспрессию генов.
Молекулярный механизм негеномной сигнализации через ядерный рецептор тиреоидных гормонов TRβ включает фосфатидилинозитол 3-киназу ( PI3K ). [46] Эта сигнализация может быть заблокирована одной заменой тирозина на фенилаланин в TRβ без нарушения прямой регуляции генов. [47] Когда были созданы мыши с этой одной консервативной заменой аминокислоты в TRβ, [47] синаптическое созревание и пластичность в гиппокампе были нарушены почти так же эффективно, как и полная блокировка синтеза тиреоидных гормонов. [48] Этот механизм, по-видимому, сохраняется у всех млекопитающих, но не в TRα или любых других ядерных рецепторах. Таким образом, фосфотирозин-зависимая ассоциация TRβ с PI3K обеспечивает потенциальный механизм для интеграции регуляции развития и метаболизма тиреоидными гормонами и рецепторными тирозинкиназами. Кроме того, сигнализация тиреоидных гормонов через PI3K может изменять экспрессию генов. [49]
Члены семьи
Ниже приведен список 48 известных ядерных рецепторов человека (и их ортологов у других видов) [14] [50] [51], классифицированных в соответствии с гомологией последовательностей . [6] [7] В список также включены избранные члены семейства, у которых отсутствуют человеческие ортологи (символ NRNC выделен желтым цветом).
Из двух 0-семейств, 0A имеет DBD, подобный семейству 1, а 0B имеет уникальный LBD. Второй DBD семейства 7, вероятно, связан с DBD семейства 1. Три, вероятно, NR семейства 1 из Biomphalaria glabrata обладают DBD вместе с LBD семейства 0B. [50] Размещение C. elegans nhr-1 ( Q21878 ) является спорным: хотя большинство источников помещают его как NR1K1, [50] ручная аннотация на WormBase считает его членом NR2A. [63] Раньше была группа 2D, единственным членом которой была Drosophila HR78/NR1D1 ( Q24142 ) и ортологи, но позже она была объединена в группу 2C из-за высокого сходства, образовав «группу 2C/D». [50] Исследования нокаутов на мышах и плодовых мушках поддерживают такую объединенную группу. [64]
Эволюция
Темой дебатов была идентичность предкового ядерного рецептора как лиганд-связывающего или сиротского рецептора . Эти дебаты начались более двадцати пяти лет назад, когда первые лиганды были идентифицированы как стероидные и тиреоидные гормоны млекопитающих. [65] Вскоре после этого идентификация рецептора экдизона у Drosophila ввела идею о том, что ядерные рецепторы являются гормональными рецепторами, которые связывают лиганды с наномолярным сродством. В то время тремя известными лигандами ядерных рецепторов были стероиды, ретиноиды и тиреоидный гормон, и из этих трех как стероиды, так и ретиноиды были продуктами терпеноидного метаболизма. Таким образом, было постулировано, что предковый рецептор мог быть лигандирован терпеноидной молекулой. [66]
В 1992 году сравнение доменов связывания ДНК всех известных ядерных рецепторов привело к построению филогенетического дерева ядерных рецепторов, которое показало, что все ядерные рецепторы имеют общего предка. [67] В результате были предприняты дополнительные усилия по раскрытию состояния первого ядерного рецептора, и к 1997 году была предложена альтернативная гипотеза: предковый ядерный рецептор был рецептором-сиротой и со временем приобрел способность связывать лиганды [7]. Эта гипотеза была предложена на основе следующих аргументов:
Последовательности ядерных рецепторов, которые были идентифицированы у самых ранних метазоа (стрекающих и шистосом ), все были членами групп рецепторов COUP-TF, RXR и FTZ-F1. Как COUP-TF, так и FTZ-F1 являются рецепторами-сиротами, а RXR связывается с лигандом только у позвоночных. [68]
В то время как сиротские рецепторы имели гомологов у членистоногих, ортологов лигандных рецепторов позвоночных за пределами позвоночных выявлено не было, что позволяет предположить, что сиротские рецепторы старше лигандных рецепторов. [69]
Сиротские рецепторы обнаружены среди всех шести подсемейств ядерных рецепторов, тогда как лиганд-зависимые рецепторы обнаружены среди трех. [7] Таким образом, поскольку считалось, что лиганд-зависимые рецепторы в основном являются членами недавних подсемейств, казалось логичным, что они приобрели способность связывать лиганды независимо.
Филогенетическое положение данного ядерного рецептора в дереве коррелирует с его ДНК-связывающим доменом и способностью к димеризации, но не выявлено никакой связи между лиганд-зависимым ядерным рецептором и химической природой его лиганда. В дополнение к этому, эволюционные связи между лиганд-зависимыми рецепторами не имели особого смысла, поскольку близкородственные рецепторы подсемейств связывают лиганды, происходящие из совершенно разных биосинтетических путей (например, TR и RAR). С другой стороны, подсемейства, которые не связаны эволюционно, связывают похожие лиганды (RAR и RXR связывают полностью транс и 9-цис ретиноевую кислоту соответственно). [69]
В 1997 году было обнаружено, что ядерные рецепторы не существуют в статических конформациях «выкл.» и «вкл.», но что лиганд может изменять равновесие между двумя состояниями. Кроме того, было обнаружено, что ядерные рецепторы могут регулироваться лиганд-независимым образом, посредством фосфорилирования или других посттрансляционных модификаций. Таким образом, это предоставило механизм того, как предковый сиротский рецептор регулировался лиганд-независимым образом, и объяснило, почему домен связывания лиганда был сохранен. [69]
В течение следующих 10 лет проводились эксперименты для проверки этой гипотезы, и вскоре появились контраргументы:
Ядерные рецепторы были идентифицированы в недавно секвенированном геноме губки Amphimedon queenslandica , члена Porifera, самого древнего типа метазоа. Геном A. queenslandica содержит два ядерных рецептора, известных как AqNR1 и AqNR2, и оба были охарактеризованы как связывающиеся и регулируемые лигандами. [70]
Гомологи лиганд-зависимых рецепторов позвоночных были обнаружены вне позвоночных у моллюсков и Platyhelminthes. Кроме того, было обнаружено, что ядерные рецепторы, обнаруженные у книдарий, имеют структурные лиганды у млекопитающих, что может отражать ситуацию предков.
С помощью структурного и масс-спектрометрического анализа было обнаружено, что два предполагаемых рецептора-сироты , HNF4 и USP , связывают жирные кислоты и фосфолипиды соответственно. [56]
Ядерные рецепторы и лиганды оказались гораздо менее специфичными, чем считалось ранее. Ретиноиды могут связывать рецепторы млекопитающих, отличные от RAR и RXR, такие как PPAR, RORb или COUP-TFII. Кроме того, RXR чувствителен к широкому спектру молекул, включая ретиноиды, жирные кислоты и фосфолипиды. [71]
Изучение эволюции стероидных рецепторов показало, что предковый стероидный рецептор мог связывать лиганд, эстрадиол. Напротив, эстрогеновый рецептор, обнаруженный у моллюсков, является конститутивно активным и не связывает гормоны, связанные с эстрогеном. Таким образом, это дало пример того, как предковый лиганд-зависимый рецептор мог потерять свою способность связывать лиганды. [72]
Сочетание этих последних доказательств, а также углубленное изучение физической структуры домена связывания лиганда ядерного рецептора привело к появлению новой гипотезы относительно предкового состояния ядерного рецептора. Эта гипотеза предполагает, что предковый рецептор может действовать как липидный сенсор со способностью связывать, хотя и довольно слабо, несколько различных гидрофобных молекул, таких как ретиноиды, стероиды, гемы и жирные кислоты. Благодаря своей способности взаимодействовать с различными соединениями, этот рецептор посредством дупликаций либо утратил бы свою способность к лиганд-зависимой активности, либо специализировался бы в высокоспецифичный рецептор для определенной молекулы. [71]
История
Ниже приведен краткий обзор ключевых событий в истории исследований ядерных рецепторов. [73]
^ ab PDB : 3E00 ; Chandra V, Huang P, Hamuro Y, Raghuram S, Wang Y, Burris TP, Rastinejad F (ноябрь 2008 г.). «Структура интактного комплекса PPAR-гамма-RXR-ядерного рецептора на ДНК». Nature . 456 (7220): 350–6. doi :10.1038/nature07413. PMC 2743566 . PMID 19043829.
^ Olefsky JM (октябрь 2001 г.). «Серия миниобзоров ядерных рецепторов». Журнал биологической химии . 276 (40): 36863–4. doi : 10.1074/jbc.R100047200 . PMID 11459855. S2CID 5497175.
^ abc Mangelsdorf DJ, Thummel C, Beato M, Herrlich P, Schütz G, Umesono K, Blumberg B, Kastner P, Mark M, Chambon P, Evans RM (декабрь 1995 г.). «Суперсемейство ядерных рецепторов: второе десятилетие». Cell . 83 (6): 835–9. doi :10.1016/0092-8674(95)90199-X. PMC 6159888 . PMID 8521507.
^ ab Novac N, Heinzel T (декабрь 2004 г.). «Ядерные рецепторы: обзор и классификация». Current Drug Targets. Inflammation and Allergy . 3 (4): 335–46. doi :10.2174/1568010042634541. PMID 15584884.
^ abc Nuclear Receptors Nomenclature Committee (апрель 1999 г.). «Унифицированная система номенклатуры для суперсемейства ядерных рецепторов». Cell . 97 (2): 161–3. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80726-6 . PMID 10219237. S2CID 36659104.
^ abcd Laudet V (декабрь 1997 г.). «Эволюция суперсемейства ядерных рецепторов: ранняя диверсификация от предкового сиротского рецептора». Журнал молекулярной эндокринологии . 19 (3): 207–26. doi :10.1677/jme.0.0190207. PMID 9460643. S2CID 16419929.
^ Эскрива Х., Ланглуа М.К., Мендонса Р.Л., Пирс Р., Лоде В. (май 1998 г.). «Эволюция и диверсификация суперсемейства ядерных рецепторов». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 839 (1): 143–6. Bibcode : 1998NYASA.839..143E. doi : 10.1111/j.1749-6632.1998.tb10747.x. PMID 9629140. S2CID 11164838.
^ Reitzel AM, Pang K, Ryan JF, Mullikin JC, Martindale MQ, Baxevanis AD, Tarrant AM (февраль 2011 г.). «У ядерных рецепторов гребневика Mnemiopsis leidyi отсутствует домен связывания ДНК с цинковым пальцем: специфическая для линии потеря или наследственное состояние в возникновении суперсемейства ядерных рецепторов?». EvoDevo . 2 (1): 3. doi : 10.1186/2041-9139-2-3 . PMC 3038971 . PMID 21291545.
^ Sluder AE, Maina CV (апрель 2001 г.). «Ядерные рецепторы нематод: темы и вариации». Trends in Genetics . 17 (4): 206–13. doi :10.1016/S0168-9525(01)02242-9. PMID 11275326.
^ Cheatle Jarvela AM, Pick L (2017). «Функция и эволюция ядерных рецепторов в эмбриональном развитии насекомых». Текущие темы в биологии развития . 125 : 39–70. doi :10.1016/bs.ctdb.2017.01.003. ISBN9780128021729. PMID 28527580.
^ Шааф М.Дж. (2017). «Исследование ядерных рецепторов у данио-рерио». Журнал молекулярной эндокринологии . 59 (1): R65–R76. doi : 10.1530/JME-17-0031 . PMID 28438785.
^ ab Zhang Z, Burch PE, Cooney AJ, Lanz RB, Pereira FA, Wu J, Gibbs RA, Weinstock G, Wheeler DA (апрель 2004 г.). «Геномный анализ семейства ядерных рецепторов: новые сведения о структуре, регуляции и эволюции на основе генома крысы». Genome Research . 14 (4): 580–90. doi :10.1101/gr.2160004. PMC 383302 . PMID 15059999.
^ Overington JP, Al-Lazikani B, Hopkins AL (декабрь 2006 г.). «Сколько существует целей для наркотиков?». Nature Reviews. Drug Discovery . 5 (12): 993–6. doi :10.1038/nrd2199. PMID 17139284. S2CID 11979420.
^ Benoit G, Cooney A, Giguere V, Ingraham H , Lazar M, Muscat G, Perlmann T, Renaud JP, Schwabe J, Sladek F, Tsai MJ , Laudet V (декабрь 2006 г.). «Международный союз фармакологии. LXVI. Сиротские ядерные рецепторы». Pharmacological Reviews . 58 (4): 798–836. doi :10.1124/pr.58.4.10. PMID 17132856. S2CID 2619263.
^ Mohan R, Heyman RA (2003). «Модуляторы ядерных рецепторов-сирот». Current Topics in Medicinal Chemistry . 3 (14): 1637–47. doi :10.2174/1568026033451709. PMID 14683519.
^ Klinge CM (май 2000). «Взаимодействие рецепторов эстрогена с коактиваторами и корепрессорами». Стероиды . 65 (5): 227–51. doi :10.1016/S0039-128X(99)00107-5. PMID 10751636. S2CID 41160722.
^ ab Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson JA (октябрь 2003 г.). «Функции активации 1 и 2 ядерных рецепторов: молекулярные стратегии для транскрипционной активации». Молекулярная эндокринология . 17 (10): 1901–9. doi : 10.1210/me.2002-0384 . PMID 12893880. S2CID 31314461.
^ Wu W, LoVerde PT (2021). «Идентификация и эволюция ядерных рецепторов у платигельминтов». PLOS ONE . 16(8): e0250750 (8): e0250750. Bibcode : 2021PLoSO..1650750W. doi : 10.1371/journal.pone.0250750 . PMC 8363021. PMID 34388160 .
^ Weatherman RV, Fletterick RJ, Scanlan TS (1999). «Лиганды ядерных рецепторов и лиганд-связывающие домены». Annual Review of Biochemistry . 68 : 559–81. doi : 10.1146/annurev.biochem.68.1.559. PMID 10872460.
^ Chandra V, Huang P, Potluri N, Wu D, Kim Y, Rastinejad F (март 2013 г.). «Мультидоменная интеграция в структуре ядерного рецепторного комплекса HNF-4α». Nature . 495 (7441): 394–8. Bibcode :2013Natur.495..394C. doi :10.1038/nature11966. PMC 3606643 . PMID 23485969.
^ PDB : 2C7A ; Roemer SC, Donham DC, Sherman L, Pon VH, Edwards DP, Churchill ME (декабрь 2006 г.). «Структура комплекса рецептора прогестерона-дезоксирибонуклеиновой кислоты: новые взаимодействия, необходимые для связывания с элементами ответа половины сайта». Молекулярная эндокринология . 20 (12): 3042–52. doi :10.1210/me.2005-0511. PMC 2532839 . PMID 16931575.
^ PDB : 3L0L ; Jin L, Martynowski D, Zheng S, Wada T, Xie W, Li Y (май 2010). «Структурная основа гидроксихолестеролов как природных лигандов орфанного ядерного рецептора RORgamma». Молекулярная эндокринология . 24 (5): 923–9. doi :10.1210/me.2009-0507. PMC 2870936. PMID 20203100 .
^ abcd Amoutzias GD, Pichler EE, Mian N, De Graaf D, Imsiridou A, Robinson-Rechavi M, Bornberg-Bauer E, Robertson DL, Oliver SG (июль 2007 г.). "Атлас взаимодействия белков для ядерных рецепторов: свойства и качество сети димеризации на основе концентраторов". BMC Systems Biology . 1 : 34. doi : 10.1186/1752-0509-1-34 . PMC 1971058 . PMID 17672894.
^ Линья М.Дж., Поркка К.П., Канг З., Савинайнен К.Дж., Янне О.А., Таммела Т.Л., Весселла Р.Л., Палвимо Дж.Дж., Висакорпи Т. (февраль 2004 г.). «Экспрессия корегуляторов андрогенных рецепторов при раке простаты». Клинические исследования рака . 10 (3): 1032–40. дои : 10.1158/1078-0432.CCR-0990-3. PMID 14871982. S2CID 8038717.
^ Klinge CM, Bodenner DL, Desai D, Niles RM, Traish AM (май 1997). «Связывание ядерных рецепторов типа II и рецептора эстрогена с полноразмерными и полусферическими элементами ответа эстрогена in vitro». Nucleic Acids Research . 25 (10): 1903–12. doi :10.1093/nar/25.10.1903. PMC 146682. PMID 9115356 .
^ Руаль, Жан-Франсуа; Венкатесан, Кавита; Хао, Тонг; Хиродзанэ-Кисикава, Томоко; Дрико, Амели; Оболочка; Беррис, Габриэль Ф.; Гиббонс, Фрэнсис Д.; Дрезе, Матия; Айиви-Гедеуссу, Ноно; Клитгорд, Нильс (20 октября 2005 г.). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173–1178. Бибкод : 2005Natur.437.1173R. дои : 10.1038/nature04209. ISSN 1476-4687. PMID 16189514. S2CID 4427026.
^ Glass CK, Rosenfeld MG (январь 2000 г.). «Обмен корегуляторами в транскрипционных функциях ядерных рецепторов». Genes & Development . 14 (2): 121–41. doi : 10.1101/gad.14.2.121 . PMID 10652267. S2CID 12793980.
^ Аранда А, Паскуаль А (июль 2001 г.). «Ядерные гормональные рецепторы и экспрессия генов». Physiological Reviews . 81 (3): 1269–304. doi :10.1152/physrev.2001.81.3.1269. hdl :10261/79944. PMID 11427696. S2CID 5972234.
^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA (июнь 2009 г.). «Рецепторы половых стероидов в дифференцировке скелета и эпителиальной неоплазии: возможно ли тканеспецифическое вмешательство?». BioEssays . 31 (6): 629–41. doi :10.1002/bies.200800138. PMID 19382224. S2CID 205469320.
^ Brzozowski AM, Pike AC, Dauter Z, Hubbard RE, Bonn T, Engström O, Ohman L, Greene GL, Gustafsson JA, Carlquist M (октябрь 1997 г.). «Молекулярная основа агонизма и антагонизма в рецепторе эстрогена». Nature . 389 (6652): 753–8. Bibcode :1997Natur.389..753B. doi :10.1038/39645. PMID 9338790. S2CID 4430999.
^ Shiau AK, Barstad D, Loria PM, Cheng L, Kushner PJ, Agard DA, Greene GL (декабрь 1998 г.). «Структурная основа распознавания рецептора эстрогена/коактиватора и антагонизм этого взаимодействия тамоксифеном». Cell . 95 (7): 927–37. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81717-1 . PMID 9875847. S2CID 10265320.
^ Gronemeyer H, Gustafsson JA, Laudet V (ноябрь 2004 г.). «Принципы модуляции суперсемейства ядерных рецепторов». Nature Reviews. Drug Discovery . 3 (11): 950–64. doi :10.1038/nrd1551. PMID 15520817. S2CID 205475111.
^ Busch BB, Stevens WC, Martin R, Ordentlich P, Zhou S, Sapp DW, Horlick RA, Mohan R (ноябрь 2004 г.). «Идентификация селективного обратного агониста для рецептора альфа, связанного с эстрогеном, для ядерного рецептора-сироты». Журнал медицинской химии . 47 (23): 5593–6. doi :10.1021/jm049334f. PMID 15509154.
^ Смит CL, О'Мэлли BW (февраль 2004 г.). «Функция корегулятора: ключ к пониманию тканевой специфичности селективных модуляторов рецепторов». Endocrine Reviews . 25 (1): 45–71. doi : 10.1210/er.2003-0023 . PMID 14769827.
^ Pascual G, Glass CK (октябрь 2006 г.). «Ядерные рецепторы против воспаления: механизмы трансрепрессии». Тенденции в эндокринологии и метаболизме . 17 (8): 321–7. doi :10.1016/j.tem.2006.08.005. PMID 16942889. S2CID 19612552.
^ Бьорнстрем Л., Сьоберг М. (июнь 2004 г.). «Эстрогеновый рецептор-зависимая активация AP-1 посредством негеномной передачи сигналов». Ядерный рецептор . 2 (1): 3. дои : 10.1186/1478-1336-2-3 . ПМК 434532 . ПМИД 15196329.
^ Zivadinovic D, Gametchu B, Watson CS (2005). «Уровни рецептора эстрогена-альфа мембраны в клетках рака груди MCF-7 предсказывают ответы цАМФ и пролиферации». Breast Cancer Research . 7 (1): R101–12. doi : 10.1186/bcr958 . PMC 1064104 . PMID 15642158.
^ Kousteni S, Bellido T, Plotkin LI, O'Brien CA, Bodenner DL, Han L, Han K, DiGregorio GB, Katzenellenbogen JA, Katzenellenbogen BS, Roberson PK , Weinstein RS, Jilka RL, Manolagas SC (март 2001 г.). «Негенотропная, неспецифическая для пола сигнализация через рецепторы эстрогена или андрогена: диссоциация от транскрипционной активности». Cell . 104 (5): 719–30. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00268-9 . PMID 11257226. S2CID 10642274.
^ Storey NM, Gentile S, Ullah H, Russo A, Muessel M, Erxleben C, Armstrong DL (март 2006 г.). «Быстрая передача сигналов на плазматической мембране ядерным рецептором для тиреоидного гормона». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (13): 5197–201. Bibcode : 2006PNAS..103.5197S. doi : 10.1073/pnas.0600089103 . PMC 1458817. PMID 16549781 .
^ Storey NM, O'Bryan JP, Armstrong DL (январь 2002 г.). «Rac и Rho опосредуют противоположную гормональную регуляцию калиевого канала, связанного с ether-a-go-go». Current Biology . 12 (1): 27–33. Bibcode :2002CBio...12...27S. doi : 10.1016/S0960-9822(01)00625-X . PMID 11790300. S2CID 8608805.
^ ab Martin NP, Marron Fernandez de Velasco E, Mizuno F, Scappini EL, Gloss B, Erxleben C, Williams JG, Stapleton HM, Gentile S, Armstrong DL (сентябрь 2014 г.). «Быстрый цитоплазматический механизм регуляции киназы PI3 ядерным рецептором тиреоидного гормона, TRβ, и генетические доказательства его роли в созревании синапсов гиппокампа у мышей in vivo». Эндокринология . 155 (9): 3713–24. doi :10.1210/en.2013-2058. PMC 4138568 . PMID 24932806.
^ Gilbert ME (январь 2004 г.). «Изменения синаптической передачи и пластичности в области CA1 взрослого гиппокампа после гипотиреоза развития». Исследования мозга. Исследования развития мозга . 148 (1): 11–8. doi :10.1016/j.devbrainres.2003.09.018. PMID 14757514.
^ Moeller LC, Broecker-Preuss M (август 2011 г.). «Транскрипционная регуляция неклассическим действием тиреоидного гормона». Thyroid Research . 4 (Suppl 1): S6. doi : 10.1186/1756-6614-4-S1-S6 . PMC 3155112. PMID 21835053 .
^ abcdefghijk Kaur S, Jobling S, Jones CS, Noble LR, Routledge EJ, Lockyer AE (7 апреля 2015 г.). «Ядерные рецепторы Biomphalaria glabrata и Lottia gigantea: значение для разработки новых модельных организмов». PLOS ONE . 10 (4): e0121259. Bibcode :2015PLoSO..1021259K. doi : 10.1371/journal.pone.0121259 . PMC 4388693 . PMID 25849443.
^ Burris TP, de Vera IM, Cote I, Flaveny CA, Wanninayake US, Chatterjee A, Walker JK, Steinauer N, Zhang J, Coons LA, Korach KS, Cain DW, Hollenberg AN, Webb P, Forrest D, Jetten AM, Edwards DP, Grimm SL, Hartig S, Lange CA, Richer JK, Sartorius CA, Tetel M, Billon C, Elgendy B, Hegazy L, Griffett K, Peinetti N, Burnstein KL, Hughes TS, Sitaula S, Stayrook KR, Culver A, Murray MH, Finck BN, Cidlowski JA (ноябрь 2023 г.). Ohlstein E (ред.). «Международный союз базовой и клинической фармакологии CXIII: Суперсемейство ядерных рецепторов — обновление 2023 г.». Фармакологические обзоры . 75 (6): 1233–1318. doi :10.1124/pharmrev.121.000436. ISSN 0031-6997. PMC 10595025. PMID 37586884 .
^ Crossgrove K, Laudet V, Maina CV (февраль 2002 г.). «Dirofilaria immitis кодирует Di-nhr-7, предполагаемый ортолог гена E78, регулируемого экдизоном у дрозофилы». Молекулярная и биохимическая паразитология . 119 (2): 169–77. doi :10.1016/s0166-6851(01)00412-1. PMID 11814569.
^ "sex-1 (ген)". WormBase: Информационный ресурс о нематодах .
^ Otte K, Kranz H, Kober I, Thompson P, Hoefer M, Haubold B, Remmel B, Voss H, Kaiser C, Albers M, Cheruvallath Z, Jackson D, Casari G, Koegl M, Pääbo S, Mous J, Kremoser C, Deuschle U (февраль 2003 г.). «Идентификация бета-рецептора фарнезоидного X как нового ядерного рецептора млекопитающих, воспринимающего ланостерол». Молекулярная и клеточная биология . 23 (3): 864–72. doi : 10.1128/mcb.23.3.864-872.2003. PMC 140718. PMID 12529392.
^ "Отчет о генах FlyBase: Dmel\Hr96" . ФлайБейс . Проверено 14 августа 2019 г.
^ ab Schwabe JW, Teichmann SA (январь 2004 г.). «Ядерные рецепторы: эволюция разнообразия». Science's STKE . 2004 (217): pe4. doi :10.1126/stke.2172004pe4. PMID 14747695. S2CID 20835274.
^ Kruse SW, Suino-Powell K, Zhou XE, Kretschman JE, Reynolds R, Vonrhein C, et al. (сентябрь 2008 г.). «Идентификация ядерного рецептора-сироты COUP-TFII как рецептора, активируемого ретиноевой кислотой». PLOS Biology . 6 (9): e227. doi : 10.1371/journal.pbio.0060227 . PMC 2535662 . PMID 18798693.
^ Markov GV, Gutierrez-Mazariegos J, Pitrat D, Billas IM, Bonneton F, Moras D и др. (март 2017 г.). «Происхождение древней пары гормон/рецептор, выявленное путем воскрешения предкового эстрогена». Science Advances . 3 (3): e1601778. Bibcode :2017SciA....3E1778M. doi :10.1126/sciadv.1601778. PMC 5375646 . PMID 28435861.
^ ab Khalturin K, Billas I, Chebaro Y, Reitzel AM, Tarrant AM, Laudet V, Markov GV (ноябрь 2018 г.). «NR3E-рецепторы у книдарий: новое семейство родственников стероидных рецепторов расширяет возможные механизмы связывания лигандов». J Steroid Biochem Mol Biol . 184 : 11–19. doi :10.1016/j.jsbmb.2018.06.014. PMC 6240368. PMID 29940311 .
^ Wu, W, LoVerde PT (сентябрь 2023 г.). «Обновленные знания и предлагаемая номенклатура ядерных рецепторов с двумя доменами связывания ДНК (2DBD-NR)». PLOS ONE . 18 (9): e0286107. Bibcode : 2023PLoSO..1886107W. doi : 10.1371/journal.pone.0286107 . PMC 10497141. PMID 37699039 .
^ Wu W, Niles EG, Hirai H, LoVerde PT (февраль 2007 г.). «Эволюция нового подсемейства ядерных рецепторов с членами, каждый из которых содержит два домена связывания ДНК». BMC Evol Biol . 7 (27): 27. Bibcode : 2007BMCEE ...7...27W. doi : 10.1186/1471-2148-7-27 . PMC 1810520. PMID 17319953.
^ Huang W, Xu F, Li J, Li L, Que H, Zhang G (август 2015 г.). «Эволюция нового подсемейства ядерных рецепторов с акцентом на члене тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas». Gene . 567 (2): 164–72. doi :10.1016/j.gene.2015.04.082. PMID 25956376.
^ "nhr-1 (ген)". WormBase: Информационный ресурс о нематодах .
^ Marxreiter S, Thummel CS (февраль 2018 г.). «Взрослые функции ядерного рецептора Drosophila DHR78». Developmental Dynamics . 247 (2): 315–322. doi :10.1002/dvdy.24608. PMC 5771960. PMID 29171103 .
^ Эскрива Х., Сафи Р., Ханни С., Ланглуа М.С., Сомиту-Лапрад П., Стехелин Д., Капрон А., Пирс Р., Лауде В. (июнь 1997 г.). «Связывание лигандов было приобретено в ходе эволюции ядерных рецепторов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (13): 6803–8. Bibcode : 1997PNAS...94.6803E. doi : 10.1073/pnas.94.13.6803 . PMC 21239. PMID 9192646 .
^ abc Escriva H, Delaunay F, Laudet V (август 2000 г.). «Связывание лигандов и эволюция ядерных рецепторов». BioEssays . 22 (8): 717–27. doi :10.1002/1521-1878(200008)22:8<717::AID-BIES5>3.0.CO;2-I. PMID 10918302. S2CID 45891497.
Vincent Laudet (2006). "The IUPHAR Compendium of the Pharmacology and Classification of the Nuclear Receptor Superfamily 2006E". Nuclear Receptor Compendium . Международный союз базовой и клинической фармакологии. Архивировано из оригинала 2015-04-02 . Получено 2008-02-21 .
"Nuclear Receptor online journal". Домашняя страница . опубликовано BioMed Central (с мая 2007 г. заявки больше не принимаются) . Получено 21.02.2008 .
"Nuclear Receptor Resource". Джорджтаунский университет. Архивировано из оригинала 2008-05-11 . Получено 2008-02-21 .
"Атлас сигнализации ядерных рецепторов (рецепторы, коактиваторы, корепрессоры и лиганды)". Консорциум NURSA . Получено 21.02.2008 . Исследовательский консорциум и база данных, финансируемые NIH; включает в себя журнал открытого доступа, индексируемый в PubMed, Nuclear Receptor Signaling
«Ресурс ядерных рецепторов». Джек Ванден Хьювел . Проверено 21 сентября 2009 г.