stringtranslate.com

Сплайсинг РНК

Сплайсинг РНК — это процесс в молекулярной биологии , при котором новообразованный транскрипт предшественника информационной РНК (пре- мРНК ) преобразуется в зрелую информационную РНК ( мРНК ). Он работает путем удаления всех интронов (некодирующих областей РНК) и обратного сращивания экзонов (кодирующих областей). Для генов, кодируемых ядром , сплайсинг происходит в ядре либо во время, либо сразу после транскрипции . Для тех эукариотических генов , которые содержат интроны, сплайсинг обычно необходим для создания молекулы мРНК, которая может быть транслирована в белок . Для многих эукариотических интронов сплайсинг происходит в серии реакций, которые катализируются сплайсосомой , комплексом небольших ядерных рибонуклеопротеинов ( мяРНП ). Существуют самосплайсирующиеся интроны , то есть рибозимы , которые могут катализировать собственное вырезание из своей родительской молекулы РНК. Процесс транскрипции, сплайсинга и трансляции называется экспрессией генов и является центральной догмой молекулярной биологии .

Процесс сплайсинга РНК

Пути сплайсинга

В природе существует несколько методов сплайсинга РНК; тип сплайсинга зависит от структуры сплайсированного интрона и катализаторов, необходимых для осуществления сплайсинга.

Сплайсосомный комплекс

Интроны

Слово интрон происходит от терминов внутригенная область , [1] и интрацистрон , [2], то есть сегмент ДНК, который расположен между двумя экзонами гена . Термин интрон относится как к последовательности ДНК внутри гена, так и к соответствующей последовательности в необработанном транскрипте РНК. Как часть пути процессинга РНК, интроны удаляются путем сплайсинга РНК либо вскоре после транскрипции , либо одновременно с ней . [3] Интроны обнаружены в генах большинства организмов и многих вирусов. Они могут быть расположены в широком диапазоне генов, включая те, которые генерируют белки , рибосомальную РНК (рРНК) и транспортную РНК (тРНК). [4]

Внутри интронов для сплайсинга требуются донорный сайт (5'-конец интрона), сайт разветвления (около 3'-конца интрона) и акцепторный сайт (3'-конец интрона). Донорный сайт сплайсинга включает почти инвариантную последовательность GU на 5'-конце интрона в пределах более крупной, менее высококонсервативной области. Акцепторный сайт сплайсинга на 3'-конце интрона завершает интрон почти инвариантной последовательностью AG. Выше по течению (в 5'-направлении) от AG находится область с высоким содержанием пиримидинов (C и U), или полипиримидиновый тракт . Далее вверх по течению от полипиримидинового тракта находится точка разветвления, которая включает адениновый нуклеотид, участвующий в формировании лариата. [5] [6] Консенсусная последовательность для интрона (в нотации нуклеиновых кислот ИЮПАК ) выглядит следующим образом: GG-[cut]-GURAGU (донорный сайт) ... последовательность интрона ... YURAC (ветвь последовательности 20-50 нуклеотидов выше акцепторного сайта) ... Y-rich-NCAG-[cut]-G (акцепторный сайт). [7] Однако следует отметить, что конкретная последовательность интронных элементов сплайсинга и количество нуклеотидов между точкой ветвления и ближайшим 3' акцепторным сайтом влияют на выбор сайта сплайсинга. [8] [9] Кроме того, точечные мутации в базовой ДНК или ошибки во время транскрипции могут активировать криптический сайт сплайсинга в части транскрипта, который обычно не сплайсируется. Это приводит к зрелой информационной РНК с отсутствующим участком экзона. Таким образом, точечная мутация , которая в противном случае могла бы повлиять только на одну аминокислоту, может проявиться как делеция или усечение в конечном белке. [ необходима цитата ]

Граница интрон-экзон в пре-мРНК 1 - 3'-сайт сплайсинга 2 - полипиримидиновый тракт 3 - сайт разветвления 4 - 5'-сайт сплайсинга

Формирование и деятельность

Сплайсинг катализируется сплайсосомой , большим комплексом РНК-белок, состоящим из пяти небольших ядерных рибонуклеопротеинов ( мяРНП ). Сборка и активность сплайсосомы происходят во время транскрипции пре-мРНК. РНК-компоненты мяРНП взаимодействуют с интроном и участвуют в катализе. Были идентифицированы два типа сплайсосом (основные и второстепенные), которые содержат различные мяРНП .

  • Комплекс Е
    • МяРНП U1 связывается с последовательностью GU в 5'-сайте сплайсинга интрона;
    • Фактор сплайсинга 1 связывается с последовательностью точек ветвления интрона;
    • U2AF1 связывается с 3'-сайтом сплайсинга интрона;
    • U2AF2 связывается с полипиримидиновым трактом; [13]
  • Комплекс А (пресплайсосома)
    • МяРНП U2 вытесняет SF1 и связывается с последовательностью точек ветвления, и АТФ гидролизуется;
  • Комплекс B (прекаталитическая сплайсосома)
    • Тример мяРНП U5/U4/U6 связывается, а мяРНП U5 связывается с экзонами в 5'-участке, при этом U6 связывается с U2;
  • Комплекс В*
    • U1 snRNP высвобождается, U5 перемещается из экзона в интрон, а U6 связывается с 5'-сайтом сплайсинга;
  • Комплекс C (каталитическая сплайсосома)
    • U4 высвобождается, U6/U2 катализирует трансэтерификацию, в результате чего 5'-конец интрона лигируется с A на интроне и образуется лариат, U5 связывает экзон в 3'-сайте сплайсинга, а 5'-сайт расщепляется, что приводит к образованию лариата;
  • Комплекс C* (постсплайсосомный комплекс)
    • U2/U5/U6 остаются связанными с лариатом, а 3'-сайт расщепляется, и экзоны лигируются с использованием гидролиза АТФ. Сплайсированная РНК высвобождается, лариат высвобождается и деградирует, [14] и snRNP перерабатываются.
Этот тип сплайсинга называется каноническим сплайсингом или лариатным путем , который составляет более 99% сплайсинга. Напротив, когда интронные фланкирующие последовательности не следуют правилу GU-AG, говорят, что происходит неканонический сплайсинг (см. «минорная сплайсосома» ниже). [15]

Рекурсивное сращивание

В большинстве случаев сплайсинг удаляет интроны как отдельные единицы из предшественников транскриптов мРНК . Однако в некоторых случаях, особенно в мРНК с очень длинными интронами, сплайсинг происходит поэтапно, с удалением части интрона, а затем оставшийся интрон вырезается на следующем этапе. Впервые это было обнаружено в гене Ultrabithorax ( Ubx ) плодовой мушки Drosophila melanogaster и нескольких других генах Drosophila , но были зарегистрированы и случаи у людей. [17] [18]

транс-сплайсинг

Транс-сплайсинг — это форма сплайсинга, при которой удаляются интроны или аутроны и соединяются два экзона, которые не находятся в одном и том же транскрипте РНК. [19] Транс-сплайсинг может происходить между двумя различными эндогенными пре-мРНК или между эндогенной и экзогенной (например, из вирусов) или искусственными РНК. [20]

Самосращивание

Самосплайсинг происходит для редких интронов, которые образуют рибозим , выполняющий функции сплайсосомы только с помощью РНК. Существует три типа самосплайсингующихся интронов: Группа I , Группа II и Группа III . Интроны Группы I и II выполняют сплайсинг, аналогичный сплайсосоме, не требуя никакого белка. Это сходство предполагает, что интроны Группы I и II могут быть эволюционно связаны со сплайсосомой. Самосплайсинг также может быть очень древним и мог существовать в мире РНК, существовавшем до появления белка. [ необходима цитата ]

Два процесса переэтерификации характеризуют механизм, в котором происходит сплайсинг интронов группы I: [ необходима ссылка ]

  1. 3'ОН свободного гуанинового нуклеозида (или нуклеозида, расположенного в интроне) или нуклеотидного кофактора (ГМФ, ГДФ, ГТФ) атакует фосфат в 5'-сайте сплайсинга.
  2. 3'ОН 5' экзона становится нуклеофилом, и вторая переэтерификация приводит к соединению двух экзонов.

Механизм, при котором интроны группы II подвергаются сплайсингу (две реакции переэтерификации, как и интроны группы I), следующий:

  1. Группа 2'ОН определенного аденозина в интроне атакует 5'-сайт сплайсинга, образуя таким образом лариат.
  2. Группа 3'ОН 5'-экзона запускает вторую трансэтерификацию в месте сплайсинга 3', тем самым соединяя экзоны вместе.

сплайсинг тРНК

Сплайсинг тРНК (также тРНК-подобный) — еще одна редкая форма сплайсинга, которая обычно происходит в тРНК. Реакция сплайсинга включает в себя другую биохимию, чем сплайсосомный и самосплайсинговый пути.

В дрожжах Saccharomyces cerevisiae гетеротетрамер эндонуклеазы сплайсинга тРНК дрожжей , состоящий из TSEN54 , TSEN2 , TSEN34 и TSEN15 , расщепляет пре-тРНК в двух местах в акцепторной петле с образованием 5'-половины тРНК, заканчивающейся на 2',3'-циклической фосфодиэфирной группе, и 3'-половины тРНК, заканчивающейся на 5'-гидроксильной группе, вместе с отброшенным интроном. [21] Затем дрожжевая тРНК-киназа фосфорилирует 5'-гидроксильную группу с помощью аденозинтрифосфата . Циклическая фосфодиэстераза тРНК дрожжей расщепляет циклическую фосфодиэфирную группу с образованием 2'-фосфорилированного 3'-конца. Дрожжевая тРНК-лигаза добавляет группу аденозинмонофосфата к 5'-концу 3'-половины и соединяет две половины вместе. [22] Затем НАД-зависимая 2'-фосфотрансфераза удаляет 2'-фосфатную группу. [23] [24]

Эволюция

Сплайсинг происходит во всех царствах или доменах жизни, однако степень и типы сплайсинга могут сильно различаться между основными подразделениями. Эукариоты сплайсируют многие белок-кодирующие матричные РНК и некоторые некодирующие РНК . Прокариоты , с другой стороны, сплайсируют редко и в основном некодирующие РНК. Еще одно важное различие между этими двумя группами организмов заключается в том, что у прокариот полностью отсутствует сплайсосомный путь.

Поскольку сплайсосомные интроны не сохраняются у всех видов, ведутся споры о том, когда развился сплайсосомный сплайсинг. Было предложено две модели: поздняя интронная и ранняя интронная модели (см. эволюция интронов ).

Биохимический механизм

Диаграмма, иллюстрирующая двухэтапную биохимию сплайсинга

Сплайсосомный сплайсинг и самосплайсинг включают двухэтапный биохимический процесс. Оба этапа включают реакции трансэстерификации , которые происходят между нуклеотидами РНК. Однако сплайсинг тРНК является исключением и не происходит путем трансэстерификации. [25]

Сплайсосомные и самосплайсинговые реакции трансэтерификации происходят посредством двух последовательных реакций трансэтерификации. Во-первых, 2'OH определенного нуклеотида точки ветвления внутри интрона, определенного во время сборки сплайсосомы, выполняет нуклеофильную атаку на первый нуклеотид интрона в 5'-сайте сплайсинга, образуя промежуточный лариат . Во-вторых, 3'OH освобожденного 5'-экзона затем выполняет нуклеофильную атаку на первый нуклеотид, следующий за последним нуклеотидом интрона в 3'-сайте сплайсинга, таким образом соединяя экзоны и высвобождая интронный лариат. [26]

Альтернативный сплайсинг

Во многих случаях процесс сплайсинга может создавать ряд уникальных белков путем изменения состава экзонов одной и той же мРНК. Это явление затем называется альтернативным сплайсингом . Альтернативный сплайсинг может происходить многими способами. Экзоны могут быть расширены или пропущены, или интроны могут быть сохранены. По оценкам, 95% транскриптов из многоэкзонных генов подвергаются альтернативному сплайсингу, некоторые случаи которого происходят тканеспецифичным образом и/или при определенных клеточных условиях. [27] Разработка высокопроизводительной технологии секвенирования мРНК может помочь количественно оценить уровни экспрессии альтернативно сплайсированных изоформ. Дифференциальные уровни экспрессии в тканях и клеточных линиях позволили разработать вычислительные подходы для прогнозирования функций этих изоформ. [28] [29] Учитывая эту сложность, альтернативный сплайсинг пре-мРНК транскриптов регулируется системой транс-действующих белков (активаторов и репрессоров), которые связываются с цис-действующими сайтами или «элементами» (энхансерами и сайленсерами) на самом пре-мРНК транскрипте. Эти белки и их соответствующие связывающие элементы способствуют или снижают использование определенного сайта сплайсинга. Специфичность связывания обусловлена ​​последовательностью и структурой цис-элементов, например, в ВИЧ-1 существует множество донорных и акцепторных сайтов сплайсинга. Среди различных сайтов сплайсинга ssA7, который является 3' акцепторным сайтом, сворачивается в три структуры стебельчатой ​​петли, т. е. интронный сайленсер сплайсинга (ISS), экзонный энхансер сплайсинга (ESE) и экзонный сайленсер сплайсинга (ESSE3). Структура решения интронного сайленсера сплайсинга и его взаимодействие с белком-хозяином hnRNPA1 дают представление о специфическом распознавании. [30] Однако, добавляя сложности альтернативному сплайсингу, отмечается, что эффекты регуляторных факторов во многих случаях зависят от положения. Например, фактор сплайсинга, который служит активатором сплайсинга при связывании с элементом интронного энхансера, может служить репрессором при связывании со своим элементом сплайсинга в контексте экзона, и наоборот. [31] В дополнение к эффектам элементов энхансера и сайленсера, зависящим от положения, на сплайсинг также влияет расположение точки ветвления (т. е. расстояние выше ближайшего 3'-акцепторного сайта). [8] Вторичная структура транскрипта пре-мРНК также играет роль в регуляции сплайсинга, например, путем объединения элементов сплайсинга или путем маскировки последовательности, которая в противном случае служила бы элементом связывания для фактора сплайсинга. [32] [33]

Роль ядерных спеклов в сплайсинге РНК

Сплайсинг пре-мРНК происходит по всему ядру, и после того, как зрелая мРНК сгенерирована, она транспортируется в цитоплазму для трансляции. Как в растительных, так и в животных клетках ядерные спеклы являются областями с высокой концентрацией факторов сплайсинга. Эти спеклы когда-то считались просто центрами хранения факторов сплайсинга. Однако теперь понятно, что ядерные спеклы помогают концентрировать факторы сплайсинга вблизи генов, которые физически расположены близко к ним. Гены, расположенные дальше от спеклов, все еще могут транскрибироваться и сплайсироваться, но их сплайсинг менее эффективен по сравнению с теми, которые находятся ближе к спеклам. Клетки могут изменять свои геномные положения генов относительно ядерных спеклов в качестве механизма модуляции экспрессии генов посредством сплайсинга. [34]

Роль сплайсинга/альтернативного сплайсинга в интеграции ВИЧ

Процесс сплайсинга связан с интеграцией ВИЧ , поскольку ВИЧ-1 нацелен на гены с высокой степенью сплайсинга. [35]

Сплайсинговый ответ на повреждение ДНК

Повреждение ДНК влияет на факторы сплайсинга, изменяя их посттрансляционную модификацию , локализацию, экспрессию и активность. [36] Более того, повреждение ДНК часто нарушает сплайсинг, мешая его сопряжению с транскрипцией . Повреждение ДНК также влияет на сплайсинг и альтернативный сплайсинг генов, тесно связанных с репарацией ДНК . [36] Например, повреждения ДНК модулируют альтернативный сплайсинг генов репарации ДНК Brca1 и Ercc1 .

Экспериментальная манипуляция сплайсингом

События сплайсинга можно экспериментально изменить [37] [38] путем связывания стерически блокирующих антисмысловых олигонуклеотидов , таких как морфолино или пептидные нуклеиновые кислоты , с сайтами связывания snRNP, с нуклеотидом точки ветвления, который закрывает лариат, [39] или с сайтами связывания элементов, регулирующих сплайсинг. [40]

Использование антисмысловых олигонуклеотидов для модуляции сплайсинга показало большие перспективы в качестве терапевтической стратегии для различных генетических заболеваний, вызванных дефектами сплайсинга. [41]

Недавние исследования показали, что сплайсинг РНК может регулироваться различными эпигенетическими модификациями, включая метилирование ДНК и модификации гистонов. [42]

Ошибки сплайсинга и вариации

Было высказано предположение, что треть всех мутаций, вызывающих заболевания, влияют на сплайсинг . [31] К распространенным ошибкам относятся:

Хотя многие ошибки сплайсинга защищены клеточным механизмом контроля качества, называемым бессмысленно-опосредованным распадом мРНК (NMD), [43] также существует ряд заболеваний, связанных со сплайсингом, как предполагалось выше. [44]

Аллельные различия в сплайсинге мРНК, вероятно, являются общим и важным источником фенотипического разнообразия на молекулярном уровне, в дополнение к их вкладу в восприимчивость к генетическим заболеваниям. Действительно, исследования генома у людей выявили ряд генов, которые подвержены аллель-специфическому сплайсингу.

У растений вариации устойчивости к стрессу затопления коррелируют с вызванным стрессом альтернативным сплайсингом транскриптов, связанных с глюконеогенезом и другими процессами. [45]

Сплайсинг белков

Помимо РНК, сплайсингу могут подвергаться белки. Хотя биомолекулярные механизмы различны, принцип тот же: части белка, называемые интеинами вместо интронов, удаляются. Оставшиеся части, называемые экстеинами вместо экзонов, сливаются вместе. Сплайсинг белка наблюдался у широкого спектра организмов, включая бактерии, археи , растения, дрожжи и людей. [46]

Сплайсинг и генезис circRNAs

Существование обратного сплайсинга было впервые предложено в 2012 году. [47] Этот обратный сплайсинг объясняет возникновение кольцевых РНК, возникающих в результате точного соединения между 3'-границей экзона и 5'-границей экзона, расположенного выше по течению. [48] В этих экзонных кольцевых РНК соединение представляет собой классическую связь 3'-5'.

Исключение интронных последовательностей во время сплайсинга также может оставлять следы в виде кольцевых РНК. [49] В некоторых случаях интронный лариат не разрушается, а кольцевая часть остается в виде кольцевой РНК, полученной из лариата [50] . В этих кольцевых РНК, полученных из лариата, соединение представляет собой связь 2'-5'.

Смотрите также

На Викискладе есть медиафайлы по теме «Сращивание» .

Ссылки

  1. ^ Gilbert W (февраль 1978). "Почему гены разделены на части?". Nature . 271 (5645): 501. Bibcode : 1978Natur.271..501G. doi : 10.1038/271501a0 . PMID  622185. S2CID  4216649.
  2. ^ Tonegawa S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (март 1978). "Последовательность гена зародышевой линии мыши для вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 75 (3): 1485–1489. Bibcode : 1978PNAS...75.1485T. doi : 10.1073 /pnas.75.3.1485 . PMC 411497. PMID  418414. 
  3. ^ Tilgner H, Knowles DG, Johnson R, Davis CA, Chakrabortty S, Djebali S, et al. (сентябрь 2012 г.). «Глубокое секвенирование субклеточных фракций РНК показывает, что сплайсинг преимущественно котранскрипционный в геноме человека, но неэффективен для lncRNAs». Genome Research . 22 (9): 1616–1625. doi :10.1101/gr.134445.111. PMC 3431479 . PMID  22955974. 
  4. ^ Рой SW, Гилберт W (март 2006 г.). «Эволюция сплайсосомных интронов: закономерности, головоломки и прогресс». Nature Reviews. Genetics . 7 (3): 211–221. doi :10.1038/nrg1807. PMID  16485020. S2CID  33672491.
  5. ^ Clancy S (2008). "Сплайсинг РНК: интроны, экзоны и сплайсосома". Nature Education . 1 (1): 31. Архивировано из оригинала 15 марта 2011 г. Получено 31 марта 2011 г.
  6. ^ ab Black DL (июнь 2003 г.). «Механизмы альтернативного сплайсинга пре-мессенджерной РНК». Annual Review of Biochemistry . 72 (1): 291–336. doi :10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720. PMID  12626338. S2CID  23576288.
  7. ^ " Молекулярная биология клетки ". 2012 Journal Citation Reports . Web of Science (Science ed.). Thomson Reuters . 2013.
  8. ^ ab Taggart AJ, DeSimone AM, Shih JS, Filloux ME, Fairbrother WG (июнь 2012 г.). «Крупномасштабное картирование точек ветвления в транскриптах пре-мРНК человека in vivo». Nature Structural & Molecular Biology . 19 (7): 719–721. doi :10.1038/nsmb.2327. PMC 3465671 . PMID  22705790. 
  9. ^ Corvelo A, Hallegger M, Smith CW, Eyras E (ноябрь 2010 г.). Meyer IM (ред.). "Genome-wide association between branch point properties and alternative splicing". PLOS Computational Biology . 6 (11): e1001016. Bibcode : 2010PLSCB...6E1016C. doi : 10.1371/journal.pcbi.1001016 . PMC 2991248. PMID  21124863 . 
  10. ^ Graveley BR, Hertel KJ, Maniatis T (июнь 2001 г.). «Роль U2AF35 и U2AF65 в энхансер-зависимом сплайсинге». РНК . 7 (6): 806–818. doi :10.1017/s1355838201010317. PMC 1370132 . PMID  11421359. Архивировано из оригинала 2018-11-20 . Получено 17-12-2014 . 
  11. ^ Matlin AJ, Clark F, Smith CW (май 2005 г.). «Понимание альтернативного сплайсинга: к клеточному коду». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 6 (5): 386–398. doi :10.1038/nrm1645. PMID  15956978. S2CID  14883495.
  12. ^ Matera AG, Wang Z (февраль 2014 г.). «День из жизни сплайсосомы». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 15 (2): 108–121. doi :10.1038/nrm3742. PMC 4060434. PMID  24452469 . 
  13. ^ Guth S, Valcárcel J (декабрь 2000 г.). «Кинетическая роль SF1/BBP млекопитающих в сборке и функционировании сплайсосомы после распознавания полипиримидинового тракта U2AF». Журнал биологической химии . 275 (48): 38059–38066. doi : 10.1074/jbc.M001483200 . PMID  10954700.
  14. ^ Cheng Z, Menees TM (декабрь 2011 г.). «Сплайсинг и разветвление РНК, рассматриваемые через анализ РНК-лариатов». Молекулярная генетика и геномика . 286 (5–6): 395–410. doi :10.1007/s00438-011-0635-y. PMID  22065066. S2CID  846297.
  15. ^ Ng B, Yang F, Huston DP, Yan Y, Yang Y, Xiong Z и др. (декабрь 2004 г.). «Увеличение неканонического сплайсинга транскриптов аутоантигенов обеспечивает структурную основу для экспрессии нетолеризованных эпитопов». Журнал аллергии и клинической иммунологии . 114 (6): 1463–1470. doi :10.1016/j.jaci.2004.09.006. PMC 3902068. PMID 15577853  . 
  16. ^ Patel AA, Steitz JA (декабрь 2003 г.). «Двойной сплайсинг: взгляд со второй сплайсосомы». Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 4 (12): 960–970. doi :10.1038/nrm1259. PMID  14685174. S2CID  21816910.
  17. ^ Sibley CR, Emmett W, Blazquez L, Faro A, Haberman N, Briese M и др. (май 2015 г.). «Рекурсивный сплайсинг в длинных генах позвоночных». Nature . 521 (7552): 371–375. Bibcode :2015Natur.521..371S. doi :10.1038/nature14466. PMC 4471124 . PMID  25970246. 
  18. ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M и др. (май 2015 г.). «Идентификация рекурсивного сплайсинга нулевого нуклеотида в геноме дрозофилы». Nature . 521 (7552): 376–379. Bibcode :2015Natur.521..376D. doi :10.1038/nature14475. PMC 4529404 . PMID  25970244. 
  19. ^ Di Segni G, Gastaldi S, Tocchini-Valentini GP (май 2008 г.). «Цис- и транс-сплайсинг мРНК, опосредованный последовательностями тРНК в эукариотических клетках». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (19): 6864–6869. Bibcode : 2008PNAS..105.6864D. doi : 10.1073/pnas.0800420105 . JSTOR  25461891. PMC 2383978. PMID  18458335 . 
  20. ^ Eul J, Patzel V (ноябрь 2013 г.). «Гомологичный транссплайсинг РНК SV40: новый механизм диверсификации вирусных последовательностей и фенотипов». RNA Biology . 10 (11): 1689–1699. doi :10.4161/rna.26707. PMC 3907479 . PMID  24178438. 
  21. ^ Trotta CR, Miao F, Arn EA, Stevens SW, Ho CK, Rauhut R, Abelson JN (июнь 1997 г.). «Эндонуклеаза сплайсинга дрожжевой тРНК: тетрамерный фермент с двумя субъединицами активного участка, гомологичными эндонуклеазам тРНК архей». Cell . 89 (6): 849–858. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80270-6 . PMID  9200603. S2CID  16055381.
  22. ^ Westaway SK, Phizicky EM, Abelson J (март 1988). «Структура и функция гена дрожжевой тРНК-лигазы». Журнал биологической химии . 263 (7): 3171–3176. doi : 10.1016/S0021-9258(18)69050-7 . PMID  3277966. Архивировано из оригинала 18.11.2018 . Получено 17.12.2014 .
  23. ^ Paushkin SV, Patel M, Furia BS, Peltz SW, Trotta CR (апрель 2004 г.). «Идентификация комплекса эндонуклеазы человека выявляет связь между сплайсингом тРНК и образованием 3'-конца пре-мРНК». Cell . 117 (3): 311–321. doi : 10.1016/S0092-8674(04)00342-3 . PMID  15109492. S2CID  16049289.
  24. ^ Soma A (1 апреля 2014 г.). «Циклически переставленные гены тРНК: их экспрессия и последствия для их физиологической значимости и развития». Frontiers in Genetics . 5 : 63. doi : 10.3389/fgene.2014.00063 . PMC 3978253. PMID  24744771 . 
  25. ^ Abelson J, Trotta CR, Li H (май 1998). "сплайсинг тРНК". Журнал биологической химии . 273 (21): 12685–12688. doi : 10.1074/jbc.273.21.12685 . PMID  9582290.
  26. ^ Fica SM, Tuttle N, Novak T, Li NS, Lu J, Koodathingal P и др. (ноябрь 2013 г.). «РНК катализирует сплайсинг ядерной пре-мРНК». Nature . 503 (7475): 229–234. Bibcode :2013Natur.503..229F. doi :10.1038/nature12734. PMC 4666680 . PMID  24196718. 
  27. ^ Pan Q, Shai O, Lee LJ, Frey BJ, Blencowe BJ (декабрь 2008 г.). «Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга в транскриптоме человека с помощью высокопроизводительного секвенирования». Nature Genetics . 40 (12): 1413–1415. doi :10.1038/ng.259. PMID  18978789. S2CID  9228930.
  28. ^ Eksi R, Li HD, Menon R, Wen Y, Omenn GS, Kretzler M, Guan Y (ноябрь 2013 г.). "Систематическая дифференциация функций для альтернативно сплайсированных изоформ посредством интеграции данных РНК-секвенирования". PLOS Computational Biology . 9 (11): e1003314. Bibcode : 2013PLSCB...9E3314E. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003314 . PMC 3820534. PMID  24244129 . 
  29. ^ Li HD, Menon R, Omenn GS, Guan Y (август 2014 г.). «Начинающаяся эра интеграции геномных данных для анализа функции изоформ сплайсинга». Trends in Genetics . 30 (8): 340–347. doi :10.1016/j.tig.2014.05.005. PMC 4112133 . PMID  24951248. 
  30. ^ Jain N, Morgan CE, Rife BD, Salemi M, Tolbert BS (январь 2016 г.). «Структура раствора сайленсера сплайсинга интрона ВИЧ-1 и его взаимодействия с доменом UP1 гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (hnRNP) A1». Журнал биологической химии . 291 (5): 2331–2344. doi : 10.1074/jbc.M115.674564 . PMC 4732216. PMID  26607354 . 
  31. ^ ab Lim KH, Ferraris L, Filloux ME, Raphael BJ, Fairbrother WG (июль 2011 г.). «Использование позиционного распределения для идентификации элементов сплайсинга и прогнозирования дефектов пре-мРНК-процессинга в генах человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (27): 11093–11098. Bibcode : 2011PNAS..10811093H. doi : 10.1073/pnas.1101135108 . PMC 3131313. PMID  21685335 . 
  32. ^ Warf MB, Berglund JA (май 2024). «Роль структуры РНК в регуляции сплайсинга пре-мРНК». Trends in Biochemical Sciences . 35 (8014): 169–178. doi :10.1016/j.tibs.2009.10.004. PMC 2834840. PMID  19959365 . 
  33. ^ Reid DC, Chang BL, Gunderson SI, Alpert L, Thompson WA, Fairbrother WG (декабрь 2009 г.). «SELEX следующего поколения идентифицирует последовательность и структурные детерминанты связывания фактора сплайсинга в последовательности пре-мРНК человека». РНК . 15 (12): 2385–2397. doi :10.1261/rna.1821809. PMC 2779669 . PMID  19861426. 
  34. ^ Bhat P, Chow A, Emert B и др. (май 2024 г.). «Организация генома вокруг ядерных спеклов управляет эффективностью сплайсинга мРНК». Nature . 629 (5): 1165–1173. Bibcode :2024Natur.629.1165B. doi :10.1038/s41586-024-07429-6. PMC  11164319. PMID  38720076.
  35. ^ Singh PK, Plumb MR, Ferris AL, Iben JR, Wu X, Fadel HJ и др. (ноябрь 2015 г.). «LEDGF/p75 взаимодействует с факторами сплайсинга мРНК и нацеливает интеграцию ВИЧ-1 в высокосплайсированные гены». Genes & Development . 29 (21): 2287–2297. doi : 10.1101/gad.267609.115 . PMC 4647561 . PMID  26545813. 
  36. ^ ab Shkreta L, Chabot B (октябрь 2015 г.). «Ответ сплайсинга РНК на повреждение ДНК». Biomolecules . 5 (4): 2935–2977. doi : 10.3390/biom5042935 . PMC 4693264 . PMID  26529031. 
  37. ^ Draper BW, Morcos PA, Kimmel CB (июль 2001 г.). «Ингибирование сплайсинга пре-мРНК fgf8 данио-рерио с помощью морфолино-олигонуклеотидов: количественный метод подавления генов». Genesis . 30 (3): 154–156. doi : 10.1002/gene.1053 . PMID  11477696. S2CID  32270393.
  38. ^ Sazani P, Kang SH, Maier MA, Wei C, Dillman J, Summerton J, et al. (октябрь 2001 г.). «Ядерные антисмысловые эффекты нейтральных, анионных и катионных аналогов олигонуклеотидов». Nucleic Acids Research . 29 (19): 3965–3974. doi :10.1093/nar/29.19.3965. PMC 60237. PMID  11574678 . 
  39. ^ Morcos PA (июнь 2007 г.). «Достижение целенаправленного и количественно определяемого изменения сплайсинга мРНК с помощью олигонуклеотидов морфолино». Biochemical and Biophysical Research Communications . 358 (2): 521–527. doi :10.1016/j.bbrc.2007.04.172. PMID  17493584.
  40. ^ Bruno IG, Jin W, Cote GJ (октябрь 2004 г.). «Исправление аберрантного альтернативного сплайсинга РНК FGFR1 путем воздействия на интронные регуляторные элементы». Human Molecular Genetics . 13 (20): 2409–2420. doi : 10.1093/hmg/ddh272 . PMID  15333583.
  41. ^ Fu XD, Ares M (октябрь 2014 г.). «Контекстно-зависимый контроль альтернативного сплайсинга РНК-связывающими белками». Nature Reviews. Genetics . 15 (10): 689–701. doi :10.1038/nrg3778. PMC 4440546. PMID 25112293  . 
  42. ^ Fu XD, Ares M (октябрь 2014 г.). «Контекстно-зависимый контроль альтернативного сплайсинга РНК-связывающими белками». Nature Reviews. Genetics . 15 (10): 689–701. doi :10.1038/nrg3778. PMC 4440546. PMID 25112293  . 
  43. ^ Danckwardt S, Neu-Yilik G, Thermann R, Frede U, Hentze MW, Kulozik AE (март 2002 г.). «Аномально сплайсированные мРНК бета-глобина: единичная точечная мутация генерирует транскрипты, чувствительные и нечувствительные к бессмысленно-опосредованному распаду мРНК». Blood . 99 (5): 1811–1816. doi : 10.1182/blood.V99.5.1811 . PMID  11861299. S2CID  17128174.
  44. ^ Ward AJ, Cooper TA (январь 2010 г.). «Патобиология сплайсинга». Журнал патологии . 220 (2): 152–163. doi :10.1002/path.2649. PMC 2855871. PMID  19918805 . 
  45. ^ van Veen H, Vashisht D, Akman M, Girke T, Mustroph A, Reinen E и др. (октябрь 2016 г.). «Транскриптомы восьми образцов Arabidopsis thaliana выявляют консервативные, генотип- и органоспецифичные ответы на стресс от затопления». Физиология растений . 172 (2): 668–689. doi :10.1104/pp.16.00472. PMC 5047075. PMID 27208254  . 
  46. ^ Ханада К, Янг Дж. К. (июнь 2005 г.). «Новая биохимия: посттрансляционный сплайсинг белков и другие уроки школы обработки антигенов». Журнал молекулярной медицины . 83 (6): 420–428. doi :10.1007/s00109-005-0652-6. PMID  15759099. S2CID  37698110.
  47. ^ Salzman J, Gawad C, Wang PL и др. Кольцевые РНК являются преобладающей изоформой транскриптов сотен человеческих генов в различных типах клеток. PLoS One 2012;7(2):e30733.
  48. ^ Jeck WR, Sorrentino JA, Wang K и др. Кольцевые РНК широко распространены, консервативны и связаны с повторами ALU. RNA 2013;19(2):141-57.
  49. ^ Чжан Y, Чжан XO, Чэнь T и др. Кольцевые интронные длинные некодирующие РНК. Molecular cell 2013;51(6):792-806.
  50. ^ Талуарн Г. Дж. и Галл Дж. Г. Интронные РНК Лариата в цитоплазме ооцитов Xenopus tropicalis. РНК 2014;20(9):1476-87.

Внешние ссылки