Хромосома человека
Хромосома 8 — одна из 23 пар хромосом у людей . Обычно у людей есть две копии этой хромосомы. Хромосома 8 охватывает около 146 миллионов пар оснований (строительный материал ДНК ) и составляет от 4,5 до 5,0% от общей ДНК в клетках . [5]
Около 8% его генов участвуют в развитии и функционировании мозга , а около 16% участвуют в раке . Уникальной особенностью 8p является область размером около 15 мегабаз, которая, по-видимому, имеет высокую частоту мутаций . Эта область показывает значительное расхождение между человеком и шимпанзе , что позволяет предположить, что ее высокая частота мутаций способствовала эволюции человеческого мозга. [5]
Гены
Количество генов
Ниже приведены некоторые оценки количества генов человеческой хромосомы 8. Поскольку исследователи используют разные подходы к аннотации генома, их прогнозы количества генов на каждой хромосоме различаются (технические подробности см. в разделе прогнозирование генов ). Среди различных проектов проект по совместной консенсусной кодирующей последовательности ( CCDS ) придерживается крайне консервативной стратегии. Таким образом, прогноз количества генов CCDS представляет собой нижнюю границу общего количества генов, кодирующих человеческие белки. [6]
Список генов
Ниже приведен частичный список генов на 8-й хромосоме человека. Полный список можно посмотреть по ссылке в информационном поле справа.
- ADHFE1 кодирующий белок алкогольдегидрогеназу, содержащий железо 1
- AEG1 : ген, повышающий уровень астроцитов (связан с гепатоцеллюлярной карциномой и нейробластомой)
- ANK1 : анкирин 1, эритроцитарный
- Дуга/Арг3.1
- ASAH1 : N-ацилсфингозинамидогидролаза (кислая церамидаза) 1
- ASPH : кодирующий фермент аспартил/аспарагинил бета-гидроксилазу
- AZIN1 : кодирующий белок ингибитор антизима 1
- BRF2 : субъединица фактора транскрипции IIIB 50 кДа
- C8orf32/WDYHV1 : кодирующий фермент N-концевой глутаминамидогидролазы белка
- C8orf33 : хромосома 8, открытая рамка считывания 33
- C8orf34 : хромосома 8, открытая рамка считывания 34
- C8orf4 : кодирующий белок Неохарактеризованный белок C8orf4
- C8orf48 кодирующий белок C8orf48
- C8orf58 : хромосома 8 открытая рамка считывания 58
- C8orfk29 : кодирующий белок TMEM249
- CCAT1 : транскрипт 1, ассоциированный с раком толстой кишки
- CCDC166 : кодирующий белок, домен спиральной спирали, содержащий 166
- CCDC25 : домен спиральной структуры, содержащий белок 25
- CHD7 : хромодоменовый геликаза ДНК-связывающий белок 7
- CHMP4C : Заряженный мультивезикулярный белок тела 4c
- CHRAC1 кодирующий белок комплекс доступности хроматина 1
- CHRNA2 : холинергический рецептор, никотиновый, альфа 2 (нейронный)
- CLN8 : цероид-липофусциноз, нейрональный 8
- CNGB3 : циклический нуклеотидный управляемый канал бета 3
- COH1 : сортировка вакуолярных белков 13B
- CPNE3 : кодирующий белок копин 3
- CRISPLD1 кодирующий белок, богатый цистеином, секреторный белок, домен LCCL, содержащий 1
- CSGALNACT1 : хондроитинсульфат N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 1
- CTHRC1, кодирующий белок , коллагеновый тройной спиральный повтор, содержащий 1
- CYP11B1 : цитохром P450, семейство 11, подсемейство B, полипептид 1
- CYP11B2 : цитохром P450, семейство 11, подсемейство B, полипептид 2
- DCSTAMP : дендроциты экспрессируют семь трансмембранных белков
- DPYS : дигидропиримидиназа
- EBAG9 : антиген 9, ассоциированный с сайтом связывания рецептора эстрогена
- ENTPD4 : кодирующий белок эктонуклеозидтрифосфатдифосфогидролаза 4
- EPPK1 : эпиплакин
- ERICH5 кодирующий белок, богатый глутаматом 5
- ESCO2 : установление сплоченности сестринских хроматид N-ацетилтрансфераза 2
- EXT1 : экзостозингликозилтрансфераза 1
- EXTL3 : экзостозин-подобная гликозилтрансфераза 3
- EYA1 : коактиватор транскрипции EYA и фосфатаза 1
- FABP9 : белок 9, связывающий жирные кислоты, яички
- FAM167A : семейство с последовательностью сходства 167, член A
- FAM203B : семейство с последовательностью сходства 203, член B
- FAM83A : семейство с последовательностью сходства 83, член A
- FAM83H : семейство с последовательностью сходства 83, член H
- FAM84B : кодирующий белок Семейство с последовательностью, схожей с 84 членом b
- FBXO16 кодирующий белок F-box белок 16
- FDFT1 кодирующий белок Фарнезил-дифосфат фарнезилтрансфераза 1
- FGFR1 : рецептор фактора роста фибробластов 1 (тирозинкиназа 2, связанная с fms, синдром Пфайффера )
- FGL1 : фибриногеноподобный белок 1
- GDAP1 : ганглиозид-индуцированный дифференцировочный белок 1
- GDF6 : фактор дифференциации роста 6
- GLI4 : кодирующий белок семейства Gli цинковый палец 4
- GPIHBP1 : GPI-заякоренный белок 1, связывающий липопротеины высокой плотности
- GRINA : кодирующий белок рецептора глутамата, ионотропный, N-метил D-аспартат-ассоциированный белок 1 (связывание глутамата)
- GSDMC кодирующий белок Gasdermin C
- Псевдоген GULOP : отвечает за неспособность человека вырабатывать витамин С
- HGH1 : кодирующий белок гомолог Hgh1
- HGSNAT : гепаран-альфа-глюкозаминид N-ацетилтрансфераза
- HMBOX1 : кодирующий белок Homeobox, содержащий 1, также известный как гомеобоксный белок, связывающий теломеру 1 (HOT1)
- HRSP12 кодирующий фермент рибонуклеазу UK114
- INTS8 : интеграторный комплекс, субъединица 8
- INTS9 : интеграторный комплекс, подблок 9
- KBTBD11 : кодирующий белок Kelch повтор и домен btb, содержащий 11
- KCNQ3 : калиевый канал, потенциалзависимый KQT-подобный подсемейство Q, член 3.
- KIAA0196 : KIAA0196
- KIF13B кодирует белок , член семейства кинезинов 13B
- LACTB2 : лактамаза, бета 2
- LAPTM4B : лизосомально-ассоциированный трансмембранный белок 4B
- LOC642658 : кодирующий белок, основной фактор транскрипции спираль-петля-спираль склераксис
- ЛПЛ : липопротеинлипаза
- LSM1 : U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm1
- MAK16 : гомолог MAK16
- MCPH1 : микроцефалия , первичный аутосомно-рецессивный 1
- MIR486-1 : кодирование микроРНК 486-1
- MIR548V : кодирование микроРНК 548v
- MIR5680 : кодирование микроРНК 5680
- MIR6850 кодирующий белок МикроРНК 6850
- MRPL13 кодирующий белок Митохондриальный рибосомальный белок L13
- MYBL1, кодирующий белок MYB, протоонкоген типа 1
- НБН : нибрин
- NDRG1 : N-myc нижестоящий регулируемый ген 1
- NEF3 : нейрофиламент 3 (средний 150 кДа)
- NEFL : нейрофиламент, легкий полипептид 68 кДа
- ODF1 : белок наружных плотных волокон 1
- OTUD6B : домен OTU, содержащий 6B
- PCMTD1 : кодирующий белок, домен O-метилтрансферазы L-изоаспартата (D-аспартата), содержащий 1
- PDP1 : каталитическая субъединица 1 пируватдегидрогеназной фосфатазы
- PKIA : ингибитор цАМФ-зависимой протеинкиназы альфа
- PLEC : плектин
- PNMA2 : паранеопластический антиген Ma2
- PREX2 : фосфатидилинозитол-3,4,5-трифосфатзависимый фактор обмена Rac 2
- PROSC : пролинсинтетаза ко-транскрибирует бактериальный гомологичный белок
- PTTG3P : кодирующий белок 3, трансформирующий опухоль гипофиза, псевдоген
- PURG кодирующий белок, связывающий пуриновый элемент, белок G
- PVT1 : онкоген Pvt1
- RECQL4 : белок RecQ, подобный 4
- RNF5P1 : белок безымянного пальца 5 псевдоген 1
- RRS1 : гомолог регулятора биогенеза рибосом
- RUNX1T1 : фактор транскрипции 1, связанный с runt; транслоцирован в 1 (связанный с циклином D)
- SFTPC : поверхностно-активный белок C
- SLC20A2 : Натрий-зависимый переносчик фосфата 2
- SLURP1 : секретируемый домен LY6/PLAUR, содержащий 1
- SNAI2 : гомолог улитки 2 (дрозофила)
- SNHG6 : кодирующий белок Малый ядрышковый РНК-ген хозяина 6
- SPAG11B : антиген 11B, ассоциированный со спермой
- STAU2 : белок 2, связывающий двухцепочечную РНК стауфена.
- SYBU : Синтабулин
- ТГ : тиреоглобулин
- THAP1 : содержащий домен THAP, белок 1, ассоциированный с апоптозом
- TMEM67 : кодирующий белок Меккелин
- TNFRSF11B : суперсемейство рецепторов фактора некроза опухоли, член 11b
- TONSL : кодирующий белок , подобный Тонсоку, белок репарации ДНК
- TPA : тканевой активатор плазминогена
- TRMT12 : гомолог тРНК-метилтрансферазы 12
- TRPS1 : трихоринофаланговый синдром I
- TSPYL5 (ген) : кодирующий белок TSPY, подобный 5
- TTI2 кодирующий белок TELO2 взаимодействующий белок 2
- VCPIP1 : белок, содержащий валозин/белок, взаимодействующий с комплексом p47 1
- VXN : кодирующий вексин
- VMAT1 : везикулярный белок -транспортер моноаминов
- VPS13B : сортировка вакуолярного белка 13 гомолог B (дрожжи)
- VPS37A : сортировка вакуолярного белка 37 гомолог А
- WRN : синдром Вернера
- XKR9 : кодирующий белок Xk, родственный 9
- YTHDF3 : YTH N6-метиладенозин РНК-связывающий белок 3
- ZFP41 : кодирующий белок ZFP41 белок цинкового пальца
- ZHX2 : цинковые пальцы и гомеобоксный белок 2
- ZMAT4 : цинковый палец матрина типа 4
- ZNF16 : белок цинкового пальца 16
- ZNF395 : кодирующий белок Цинковый палец белка 395
- ZNF517 кодирующий белок Цинковый палец белка 517
- ZNF696 кодирующий белок Цинковый палец белок 696
- ZNF703 : белок цинкового пальца 703
- ZNF706 : белок цинкового пальца 706
- ZNF707 : кодирующий белок Цинковый палец белка 707
Заболевания и расстройства
Следующие заболевания и расстройства связаны с генами на хромосоме 8:
Цитогенетическая полоса
Ссылки
- ^ "Homo sapiens изолируют CHM13 хромосому 8". Национальная медицинская библиотека /accessdate=2023-01-13. 4 апреля 2022 г.
- ^ ab "Результаты поиска - 8[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("has ccds"[Свойства] И alive[prop]) - Ген". NCBI . Выпуск 20 CCDS для Homo sapiens . 2016-09-08 . Получено 2017-05-28 .
- ^ Том Страхан; Эндрю Рид (2 апреля 2010 г.). Молекулярная генетика человека. Garland Science. стр. 45. ISBN 978-1-136-84407-2.
- ^ Страница оформления генома abc , NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-06-03. Получено 2017-04-26.
- ^ ab Tabarés-Seisdedos R, Rubenstein JL; Rubenstein (2009). «Хромосома 8p как потенциальный центр нейропсихиатрических расстройств развития: последствия для шизофрении, аутизма и рака». Mol Psychiatry . 14 (6): 563–89. doi : 10.1038/mp.2009.2 . PMID 19204725. S2CID 11118479.
- ^ Pertea M, Salzberg SL (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества человеческих генов». Genome Biol . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . PMC 2898077. PMID 20441615 .
- ^ "Статистика и загрузки для хромосомы 8". Комитет по номенклатуре генов HUGO . 2017-05-12. Архивировано из оригинала 2017-10-26 . Получено 2017-05-19 .
- ^ "Chromosome 8: Chromosome summary - Homo sapiens". Ensembl Release 88. 2017-03-29. Архивировано из оригинала 2019-12-03 . Получено 2017-05-19 .
- ^ "Humanchromosome 8: записи, названия генов и перекрестные ссылки на MIM". UniProt . 2018-02-28 . Получено 2018-03-16 .
- ^ "Результаты поиска - 8[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("генотип кодирование белка"[Свойства] И живой[свойство]) - Ген". NCBI . 2017-05-19 . Получено 2017-05-20 .
- ^ "Результаты поиска - 8[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ( ("genetype miscrna"[Свойства] ИЛИ "genetype ncrna"[Свойства] ИЛИ "genetype rrna"[Свойства] ИЛИ "genetype trna"[Свойства] ИЛИ "genetype scrna"[Свойства] ИЛИ "genetype snrna"[Свойства] ИЛИ "genetype snorna"[Свойства]) НЕ "genetype protein coding"[Свойства] И alive[prop]) - Ген". NCBI . 2017-05-19 . Получено 2017-05-20 .
- ^ "Результаты поиска - 8[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("genetype pseudo"[Свойства] И alive[prop]) - Ген". NCBI . 2017-05-19 . Получено 2017-05-20 .
- ^ Blouin JL, Dombroski BA, Nath SK и др. (сентябрь 1998 г.). «Локусы восприимчивости к шизофрении на хромосомах 13q32 и 8p21». Nat. Genet. 20 (1): 70–3. doi :10.1038/1734. PMID 9731535. S2CID 52804924.
- ^ Gurling HM, Kalsi G, Brynjolfson J, et al. (март 2001 г.). «Геномный анализ генетического сцепления подтверждает наличие локусов восприимчивости к шизофрении на хромосомах 1q32.2, 5q33.2 и 8p21-22 и подтверждает связь с шизофренией на хромосомах 11q23.3-24 и 20q12.1-11.23». Am. J. Hum. Genet. 68 (3): 661–73. doi :10.1086/318788. PMC 1274479 . PMID 11179014.
- ^ Suarez BK, Duan J, Sanders AR и др. (февраль 2006 г.). «Геномное сканирование сцепления 409 семей европейского происхождения и афроамериканцев с шизофренией: предполагаемые доказательства сцепления в 8p23.3-p21.2 и 11p13.1-q14.1 в объединенной выборке». Am. J. Hum. Genet. 78 (2): 315–33. doi :10.1086/500272. PMC 1380238 . PMID 16400611.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (400 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-03-04. Получено 2017-04-26.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (550 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2015-08-11. Получено 2017-04-26.
- ^ Международный постоянный комитет по цитогенетической номенклатуре человека (2013). ISCN 2013: Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013). Karger Medical and Scientific Publishers. ISBN 978-3-318-02253-7.
- ^ Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). «Оценка разрешений на уровне полос изображений хромосом человека». 2012 Девятая международная конференция по компьютерным наукам и программной инженерии (JCSSE) . стр. 276–282. doi :10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID 16666470.
- ^ " p ": Короткое плечо; " q ": Длинное плечо.
- ^ Для номенклатуры цитогенетического распределения см. статью locus .
- ^ ab Эти значения (старт/стоп ISCN) основаны на длине полос/идеограмм из книги ISCN «Международная система цитогенетической номенклатуры человека» (2013). Произвольная единица .
- ^ gpos : Область, которая положительно окрашивается G-бэндингом , как правило, богата AT и бедна генами; gneg : Область, которая отрицательно окрашивается G-бэндингом, как правило, богата CG и богата генами; acen Центромера . var : Вариабельная область; stem : Стебель.
- Gilbert F (2001). «Хромосома 8». Genet Test . 5 (4): 345–54. doi :10.1089/109065701753617516. PMID 11960583.
- Nusbaum C; et al. (2006). "Последовательность ДНК и анализ человеческой хромосомы 8". Nature . 439 (7074): 331–5. Bibcode :2006Natur.439..331N. doi : 10.1038/nature04406 . PMID 16421571.
Внешние ссылки
На Викискладе есть медиафайлы по теме Человеческая хромосома 8 .
- Национальные институты здравоохранения. "Хромосома 8". Genetics Home Reference . Архивировано из оригинала 14 октября 2004 г. Получено 2017-05-06 .
- «Хромосома 8». Архив информации о проекте «Геном человека» 1990–2003 гг . Получено 06.05.2017 г.