stringtranslate.com

NCBI Эпигеномика

База данных Epigenomics в Национальном центре биотехнологической информации представляла собой базу данных для наборов данных эпигенетики всего генома . [1] Она была закрыта 1 июня 2016 года.

База данных Эпигеномики

База данных Epigenomics Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения (NIH) была запущена в июне 2010 года как средство сбора карт эпигенетических модификаций и их встречаемости в геноме человека. [2] Эта база данных предоставляет общедоступный ресурс для карт в стволовых клетках и первичных тканях ex vivo , которые подробно описывают геномные ландшафты эпигенетических факторов, которые возникают в развитии и болезнях человека. [1]

Содержание базы данных Epigenomics

Основные ресурсы для содержания базы данных Epigenomics получены из двух архивных баз данных в NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO) и Sequence Read Archive (SRA). [1] Gene Expression Omnibus — это система данных для высокопроизводительных геномных данных, которые генерируются с помощью микрочипов и технологий секвенирования следующего поколения . [3] Данные, используемые в базе данных Epigenomics, представляют собой комбинацию подмножеств GEO и SRA, которые являются специфичными для эпигенетических факторов. Эти данные подвергаются дополнительному просмотру и организуются в более доступной форме перед добавлением в базу данных Epigenomics. [1]

Использование базы данных

Все эксперименты и соответствующие образцы в базе данных Epigenomics отображаются в браузере по умолчанию. По состоянию на октябрь 2013 года в базе данных в настоящее время имеется 4112 экспериментов и 1257 образцов. [4] В базе данных представлены пять изученных видов, и доступно множество треков данных, включая экспрессию микро- и малых РНК , модификацию гистонов и гистон-модифицирующие ферменты, доступность хроматина и факторы, связанные с хроматином, а также факторы транскрипции . [1] Одним из таких примеров из базы данных является исследование определенных эпигенетических факторов у Drosophila melanogaster на 20-24-часовой эмбриональной стадии развития. [5]

Браузер базы данных Epigenomics содержит две основные поисковые записи: «Эксперименты» и «Образцы».

Запись поиска эксперимента относится к одному или нескольким экспериментам с набором научных целей. [1] Здесь пользователь может получить полную информацию об источнике данных. Эта информация включает в себя учреждение отправителя, ссылки на исходные данные, представленные в GEO и SRA, ссылки на литературные цитаты в PubMed и/или полные тексты статей в Pubmed. [1] Записи эксперимента содержат уникальный номер доступа, который включает префикс «ESS». [1]

Запись поиска образца соответствует биологическому материалу, исследованному в данном эксперименте в базе данных, и предоставляет сведения об исходных атрибутах со значениями из контролируемых словарей. [1] Доступно более 20 полей биологических атрибутов, и среди этих полей есть штамм, сорт, экотип, особь, пол, возраст, стадия развития, клеточная линия, тип клеток, тип ткани и состояние здоровья. [1]

Справочные ресурсы по навигации и использованию базы данных

В Интернете доступно множество ресурсов для помощи в навигации и использовании базы данных Epigenomics. Раздел «Справка по Epigenetics» справочного руководства NCBI содержит информацию о поисковой базе данных и предоставляет пользователю инструменты для использования, управления, загрузки и выгрузки, а также навигации по базе данных. [6] Также имеются руководства по навигации по базе данных, предназначенные для конкретных исследователей и областей изучения, таких как исследования стволовых клеток. [7]

Дорожная карта проекта эпигеномики

В 2007 году Национальные институты здравоохранения (NIH) запустили проект Roadmap Epigenomics . Целью проекта является разработка общедоступных справочных карт эпигенома из различных типов клеток. [1] Эти эпигенетические карты предназначены для предоставления ресурсов для изучения эпигенетических событий, которые лежат в основе развития человека, разнообразия и болезней. [8] Для получения информации о подобных усилиях см. проект ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), инициативы которого дополняют проект Roadmap Epigenomics. [9]

Эпигеном

Эпигеном состоит из записи химических изменений в ДНК и гистоновых белках организма. Эти химические изменения влияют на экспрессию генов во многих типах тканей и на многих стадиях развития. [ 10] Эти эпигенетические изменения включают методы изменения экспрессии генов, которые не подразумевают изменений в базовой первичной последовательности ДНК; они включают метилирование ДНК , подавление генов и структуру хроматина , [11] а также вовлечение некодирующей РНК . [12]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcdefghijkl Фингерман, Ян М; Макдэниел Ли; Чжан Сюань; Ратзат Уолтер; Хассан Тарек; Цзян Чжифан; Коэн Роберт Ф; Шулер Грегори Д (янв. 2011 г.). «NCBI Epigenomics: новый общедоступный ресурс для изучения наборов эпигеномных данных». Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных): D908–12. doi :10.1093/nar/gkq1146. PMC  3013719. PMID  21075792 .
  2. ^ "Обзор". Национальные институты здравоохранения . Управление стратегической координации — Общий фонд . Получено 22 сентября 2013 г.
  3. ^ Sayers, EW; et al. (январь 2010 г.). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации». Nucleic Acids Research . 38 (выпуск базы данных): D5–16. doi :10.1093/nar/gkp967. PMC 2808881. PMID  19910364 . 
  4. ^ "База данных эпигеномики" . Получено 20 октября 2013 г.
  5. ^ Negre, N; Morrison CA; Shah PK; Bild NA; White KP (12 мая 2009 г.). "Геномные карты состояния хроматина в эмбрионах Drosophila, ChIP-seq". ModENCODE . GSE16013 . Получено 17 ноября 2013 г. .
  6. ^ Бетесда (Мэриленд) (2010). Помощь в эпигеномике. Национальная медицинская библиотека США: Национальный центр биотехнологической информации (США).
  7. ^ Карник, Р.; Мейсснер А. (3 июля 2013 г.). «Просмотр (эпи)геномов: руководство по ресурсам данных и браузерам эпигеномов для исследователей стволовых клеток». Cell Stem Cell . 13 (1): 14–21. doi :10.1016/j.stem.2013.06.006. PMC 3750740 . PMID  23827707. 
  8. ^ Бернштейн, Брэдли Э ; Джон А. Стаматояннопулос ; Джозеф Ф. Костелло; Бинг Рен; Александр Милосавлевич; Александр Мейснер; Манолис Келлис ; Марко А Марра ; Артур Л. Боде ; Джозеф Р. Экер ; Пегги Дж. Фарнхэм; Мартин Херст; Эрик С. Ландер ; Тарьей С. Миккельсен; Джеймс Томсон (13 октября 2010 г.). «Консорциум картографирования эпигеномики дорожной карты НИЗ». Природная биотехнология . 28 (10): 1045–1048. дои : 10.1038/nbt1010-1045. ПМК 3607281 . ПМИД  20944595. 
  9. ↑ Проект Encode, Консорциум (22 октября 2004 г.). «Проект ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements)» (PDF) . Science . 306 (5696): 636–40. Bibcode :2004Sci...306..636E. doi :10.1126/science.1105136. PMID  15499007. S2CID  22837649.
  10. ^ Бернстайн, Брэдли Э .; Александр Мейсснер; Эрик С. Ландер (19 декабря 2011 г.). «Эпигеном млекопитающих». Cell . 4. 128 (4): 669–681. doi : 10.1016/j.cell.2007.01.033 . PMID  17320505.
  11. ^ Руссо, Винченцо EA; Роберт А. Мартиенссен; Артур Д. Риггс (1996). Эпигенетические механизмы регуляции генов . Cold Spring Harbor Laboratory Press. стр. Аннотация. ISBN 978-0-87969-490-6.
  12. ^ Коста, Фабрицио Ф. (29 февраля 2008 г.). «Некодирующие РНК, эпигенетика и сложность». Gene . 410 (1): 9–17. doi :10.1016/j.gene.2007.12.008. PMID  18226475.

Внешние ссылки