stringtranslate.com

Частота (ген)

Ген частоты ( frq ) кодирует частоту белка (FRQ), который функционирует в циркадных часах Neurospora crassa . Белок FRQ играет ключевую роль в циркадном осцилляторе, служа для зарождения комплекса отрицательного элемента в ауторегуляторной петле отрицательной обратной связи транскрипции-трансляции (TTFL), которая отвечает за циркадные ритмы у N. crassa . [1] Похожие ритмы обнаружены у млекопитающих, дрозофилы и цианобактерий. Недавно гомологи FRQ были идентифицированы у нескольких других видов грибов. [2] Экспрессия frq контролируется двумя факторами транскрипции white collar-1 (WC-1) и white collar-2 (WC-2), которые действуют вместе как комплекс белого воротничка (WCC) и служат положительным элементом в TTFL. Экспрессия frq также может быть вызвана воздействием света в зависимости от WCC. Генетика будущего создала множество аллелей frq, что привело к появлению штаммов, циркадные часы которых различаются по продолжительности периода.

Открытие

Локус frq был открыт Джерри Ф. Фельдманом. Фельдман был аспирантом Колина Питтендрига в Принстоне и отправился в Калтех в 1967 году, чтобы начать генетический скрининг мутантов циркадных часов. Скринингу способствовала недавняя работа, которая улучшила выражение ритма у Neurospora . Колин Питтендриг и его коллеги подтвердили в 1959 году, что суточный цикл бесполого развития, описанный у Neurospora crassa ранее Брандтом, [3] на самом деле был обусловлен регуляцией циркадных часов . [4] В работе, опубликованной незадолго до прибытия Фельдмана в Калтех, Малкольм Л. Сарджент, Уинслоу Р. Бриггс и Доу О. Вудворд из Стэнфордского университета сообщили, что явное выражение ритма развития в конидиях было усилено у штамма Neurospora под названием Timex. [5] (Этот штамм содержал мутацию в локусе band (bd) , которая, как позже было показано, кодирует умеренно гиперактивный аллель ras-1, поэтому штаммы теперь известны как ras-1[bd] . [6] Поскольку ритмы в штаммах, включающих ras-1[bd], легче обнаружить, ras-1[bd] часто включается в штаммы, используемые для изучения циркадной биологии Neurospora . [6] ). Результаты циркадных часов Neurospora включают синтез каротиноидов , а также бесполое образование спор, наблюдаемое в гонных трубках, и последние данные свидетельствуют о том, что тысячи генов находятся под циркадным контролем. [7] [2]

Фельдман использовал нитрозогуанидин в качестве мутагена и использовал гоночные трубки для скрининга отдельных штаммов, выживших после мутагенеза, на предмет длительности их циркадного периода. Гоночные трубки представляют собой длинные полые стеклянные трубки, изогнутые с обоих концов, чтобы удерживать агаровую питательную среду. Когда Neurospora инокулируется на одном конце трубки, она будет расти на другом конце, и в постоянной темноте проявляется ежедневный циркадный цикл роста и развития. [8] Хотя скрининги Фельдмана были успешными, он не спешил публиковать результаты, поэтому идентификация мутантных генов frq [1], frq [2] и frq [3] не была опубликована до 1973 года. [9] В 1986 году frq был клонирован Джеем Данлэпом и его коллегами с использованием стратегии, которая включала длительную хромосомную прогулку и успешное применение тогда еще неиспробованной стратегии спасения аритмичного поведенческого мутанта путем трансформации экзогенной ДНК, возникающей в результате хромосомной прогулки. Успех этой стратегии и клонирования гена часов вызвал интерес к дальнейшему исследованию и пониманию циркадных часов N. crassa . [10] Позднее было показано , что экспрессия frq ритмически циклична; более того, когда были созданы штаммы Neurospora , в которых экспрессия frq могла управляться из области, отличной от резидентного гена дикого типа , было обнаружено, что FRQ подавляет свою собственную экспрессию и что никакой уровень постоянной экспрессии не может поддерживать циркадные часы. [11] Эти эксперименты были первыми, в которых манипулировали экспрессией гена часов с помощью средств, которые сами по себе не влияли на часы, и было установлено, что в основе циркадного осциллятора лежит ауторегуляторная отрицательная обратная связь, вызывающая циклическую экспрессию гена часов.

Структура и функции

Упрощенное представление циркадных часов Neurospora [12]

Отражая его роль как основного часового белка, удаление гена frq приводит к аритмичности, и в Neurospora единственная функция FRQ заключается в циркадных часах. Ген frq может быть активирован из двух различных цис-действующих последовательностей в его промоторе, дистального сайта, clock-box, используемого в контексте циркадной регуляции, и сайта, близкого к основному месту начала транскрипции, который используется для светоиндуцированной экспрессии (проксимальный светорегулирующий элемент или PLRE). Оба этих транскрипта frq обладают способностью кодировать два белка FRQ, длинную форму из 989 аминокислот (lFRQ) и короткую форму из 890 аминокислот (sFRQ); как lFRQ, так и sFRQ необходимы для сильной ритмичности, хотя часы способны сохраняться при определенных температурах, хотя и с более слабой ритмичностью, при наличии только одного из белков. [13] Выбор белка является результатом температурно-зависимого сплайсинга первичного транскрипта, так что он включает или исключает стартовый кодон ATG для lFRQ. [14] Две формы FRQ предоставляют часам Neurospora больший диапазон температур, в котором они могут работать оптимально. Повышение температуры приводит к увеличению экспрессии lFRQ, в то время как sFRQ не затрагивается. Более высокие температуры вызывают более эффективный сплайсинг интрона в месте начала трансляции. [7] Поскольку sFRQ благоприятствует более длительному периоду, чем lFRQ, свободно текущие ритмы в диком типе Neurospora несколько снижаются с повышением температуры. [7]

Было также показано, что FRQ взаимодействует с несколькими другими белками. Он постоянно взаимодействует с FRH (FRQ-взаимодействующая РНК- хеликаза ; важная DEAD-box -содержащая РНК-хеликаза в Neurospora ) с образованием комплекса FRQ/FRH (FFC). [15] [16] FRQ также стабильно взаимодействует с казеинкиназой 1 (CK1), хотя сила взаимодействия меняется в зависимости от времени суток. Известны дополнительные взаимодействия с другими киназами, включая PRD-4 (CHK2) [17] и казеинкиназу 2 (CKII).

Программы структурного прогнозирования предполагают, что только несколько областей FRQ, вероятно, будут складываться в стабильные структуры, и в соответствии с этим множество экспериментальных данных указывают на то, что FRQ является внутренне неупорядоченным белком . [18] В отсутствие своего партнера FRH FRQ очень нестабилен. Предполагается, что множество фосфорилирований, специфичных для времени суток, которые характеризуют FRQ, обеспечивают структуру этого в противном случае неупорядоченного белка. Не существует известной структуры домена для FRQ из-за его сильно неупорядоченной структуры.

Обычно белки демонстрируют смещение использования кодонов, при котором они с большей вероятностью выбирают синонимичные кодоны, которые более доступны в их пуле тРНК . Neurospora crassa имеет относительно сильное смещение использования кодонов по сравнению с S. cerevisiae , широко используемым организмом для анализа оптимизации кодонов. Однако, поскольку FRQ является внутренне неупорядоченным белком, он не демонстрирует смещения использования кодонов. Фактически, когда его кодоны оптимизируются, белок теряет свою функцию, и часы нарушаются. Это не относится к генам часов цианобактерий , kaiB и kaiC , которые оба привели к более надежной функции часов. [19]

Регулирование

Относительные пики мРНК frq , белка FRQ и белка WC-1. [20] Демонстрирует, как WC-1 активирует последующую транскрипцию frq.

Описание регуляции frq и FRQ требует описания цикла часов. Молекулярная основа циркадного осциллятора в Neurospora начинается с двух белковых комплексов. Один из них — FFC, комплекс отрицательного элемента, состоящий из двух копий FRQ, FRH и казеинкиназы 1, а также, вероятно, других менее сильно связанных белков. [16] Другой комплекс, который действует как положительный элемент в петле обратной связи, включает WC-1 и WC-2; они являются факторами транскрипции GATA , которые вместе образуют гетеродимерный WCC через свои домены PAS . [21] Когда WCC высвобождается из комплекса отрицательного элемента FFC во время субъективной ночи, он связывается с часовым боксом внутри промотора гена частоты ( frq ) и активирует транскрипцию frq . [22] [23] Недавно было показано, что гистон H3 лизин 36 метилтрансфераза , SET-2, отвечает за метилирование гена frq для установления состояния хроматина, которое позволит транскрипцию frq с помощью WCC. [24]

Белок частоты (FRQ) накапливается и постепенно фосфорилируется CKI, CKII и кальций/кальмодулин-зависимой киназой (CAMK-1) и дополнительными киназами, достигая своего пика примерно в середине субъективного дня. [25] [26] [27] Ингибиторы киназы уменьшают деградацию FRQ, предотвращая фосфорилирование. [28] FRQ фосфорилируется в более чем 100 местах на основе анализов in vitro с использованием масс-спектрометрии пептидов lFRQ. Эти места появляются в белке в высоковоспроизводимой манере, указывая на то, что время фосфорилирования важно. Более того, мутация мест показывает, что они работают в доменах, при этом некоторые фосфорилирования служат для удлинения периода, а другие для его сокращения. [16]

FRQ привлекает киназы , такие как казеинкиназа 1a (CK-1a), которые фосфорилируют WCC, хотя функция этих фосфорилирований неясна, поскольку гиперфосфорилированный WCC остается активным. В конце концов, репрессия ослабевает, когда FRQ становится настолько сильно фосфорилированным, что FFC больше не взаимодействует с WCC. Этот процесс происходит с периодичностью около 22 часов в постоянных условиях. [29] В более позднее время и с кинетикой, которая не влияет на циркадный цикл, этот гиперфосфорилированный FRQ деградирует через путь убиквитин/протеасома. Сильно фосфорилированный FRQ претерпевает конформационное изменение, которое обнаруживается белком FWD-1, который является частью лигазы E3 типа SCF. [30]

FRQ образует гомодимер через свой домен спиральной спирали, расположенный около N-конца. Эта димеризация необходима для взаимодействия FRQ с WCC и подавления его собственной экспрессии. [31] Удаление WCC приводит к неспособности образовывать гомодимер, что приводит к тому, что frq больше не регулируется отрицательно концентрацией FRQ. [31] Это приводит к аритмичности. [31]

Была предложена положительная обратная связь между FRQ и WCC, но подробности пока неизвестны. Считается, что WCC деградирует, когда он транскрипционно активен, и что предотвращение этого, вызванное FFC, позволяет накапливать WCC. [32] Было показано, что этот предложенный механизм, возможно, более сложен, поскольку FRQ может регулировать WC-1 и WC-2 независимо. [33] Недавно фактор транскрипции ADV-1 был идентифицирован как необходимый преобразователь выходных сигналов часов, включая циркадную ритмичность в генах, критически важных для слияния соматических клеток . [34]

Ген frq сильно индуцируется кратковременным воздействием света. Поскольку ядро ​​часов основано на ритмической экспрессии frq , острая световая индукция обеспечивает простой способ сброса часов. [35] Часы млекопитающих сбрасываются светом почти идентичным механизмом, при этом транскрипты mPer1 индуцируются короткими вспышками света за пределами субъективного дня. Механизм mPer1 в часах млекопитающих имеет большее сходство с механизмом в Neurospora, чем с механизмом его гомолога в Drosophila , per . [36]

Мутации

Прямая генетика использовалась для создания мутантов часов Neurospora с различными периодами конидий . Хотя было описано девять аллелей, происходящих из прямой генетики, анализ последовательности после клонирования frq показал, что frq [2], frq [4] и frq [6] разделяют одно и то же изменение основания, а frq [7] и frq [8] имеют одно и то же изменение основания, поэтому избыточные аллели были отброшены. [37] Периоды различных мутантов frq , которые возникли в результате прямых скринингов, следующие при измерении при 25 °C, хотя, поскольку frq [3] и frq [7] приводят к часам с измененной температурной компенсацией, периоды будут другими при других температурах:

Neurospora crassa, организм, используемый для изучения осциллятора FRQ/WCC

Генератор без FRQ (FLO)

Было обнаружено несколько идентифицируемых отдельных осцилляторов за пределами системы FRQ/WCC; однако ни один из этих осцилляторов без FRQ (FLO) не удовлетворяет характеристикам, чтобы быть классифицированным как циркадный осциллятор. [38] Было показано, что циркадный осциллятор FRQ-WCC (FWO) с помощью люциферазного отчета продолжает работать даже тогда, когда FLO (осциллятор CDO или дефицита холина, который контролирует конидиообразование в условиях ограничения холина) контролирует конидиообразование. [38] У мутанта frq[9] Neurospora crassa некомпенсированный температурой ритм развития конидиоспор все еще наблюдался в постоянной темноте (DD). [39] Период для мутантов без frq варьировался от 12 до 35 часов, но мог быть стабилизирован добавлением фарнезола или гераниола . Однако этот механизм не совсем понятен. [40] Хотя этот ритм без FRQ утратил некоторые характеристики часов, такие как температурная компенсация, температурных импульсов было достаточно, чтобы сбросить часы. [41] Другой FLO — это NRO или осциллятор нитратредуктазы, который появляется в условиях нитратного голодания и, как полагают, возникает из-за петель обратной связи в пути ассимиляции нитрата; он имеет длину периода около 24 часов, но не компенсируется температурой. [42] Короче говоря, есть много доказательств в поддержку осцилляторов без FRQ у Neurospora crassa. Один из способов рационализировать это — предположить, что многие из них являются «рабами» осциллятора частоты/белого воротничка; они не обладают всеми характеристиками циркадных часов сами по себе, потому что это обеспечивается FWO. [40] Однако ритмы в контролируемом часами гене-16 (ccg-16) связаны с FWO, но функционируют автономно, что свидетельствует о том, что Neurospora crassa содержит по крайней мере 2 потенциальных водителя ритма, но только один из них может быть сброшен светом и температурой, сохраняя при этом температурную компенсацию. [40] [43] Никогда не было доказано, что осциллятор без FRQ влияет на истинные циркадные часы. [43] Механизм и значение осцилляторов без FRQ (FLO) все еще изучаются.

Эволюция

Белок FRQ сохраняется в пределах Sordariacea , но расходится за пределы этой группы. [2] [44] Тем не менее, настоящие циркадные петухи на основе FRQ были обнаружены у организмов, отличных от Neurospora , как в пределах Sordariacea , например, у выдающегося грибкового патогена Botrytis, [45] , так и в таких далеких местах, как Pyronema [46] в пределах Pezizomycetes, рано расходящейся линии нитчатых аскомицетов. Frq был обнаружен даже в группе грибов, не относящихся к Dikarya. Обнаружение frq и сохраненного механизма циркадных часов внутри не относящихся к Dikarya, арбускулярных микоризных грибов расширило эволюционную историю этого гена в царстве грибов. [47] frq, по-видимому, очень быстро расходится в ходе своей эволюции. Одной из причин, по которой первичная аминокислотная последовательность FRQ расходится так быстро, может быть то, что это изначально неупорядоченный белок и, как следствие, у него отсутствуют структурные ограничения, ограничивающие изменения последовательности. [48] [18] Поскольку оптимизация кодонов гена frq приводит к нарушению функции циркадной петли обратной связи , frq демонстрирует неоптимальное смещение использования кодонов по всей его открытой рамке считывания в отличие от большинства других генов. [49] FRQ — изначально неупорядоченный белок, который не очень хорошо сохраняется даже у грибов. [50] Однако, в отличие от FRQ, WC-1 очень хорошо сохраняется. Он является основателем семейства фоторецепторов синего света, используемых во всем царстве грибов. Более того, он похож по структуре и функции на BMAL1 . Казеинкиназа 2 сохраняется в циркадных осцилляторах растений ( Arabidopsis ) и мух ( Drosophila ). [30] Похожая форма CKI необходима для деградации белков периода (PER) у дрозофилы и млекопитающих. [30] Ген slimb у дрозофилы ортологичен FWD1 у нейроспоры , оба из которых имеют решающее значение для деградации часового белка. [30] В целом, TTFL, обнаруженные у грибов и животных, имеют схожую регуляторную архитектуру с одношаговой отрицательной обратной связью, гетеродимерными активаторами PAS-PAS, которые консервативны, и белками отрицательных элементов, которые в значительной степени лишены структуры и гораздо менее консервативны. Похожая палитра киназ модифицирует часовые белки во всех случаях.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Baker CL, Loros JJ, Dunlap JC (январь 2012 г.). «Циркадные часы Neurospora crassa». FEMS Microbiology Reviews . 36 (1): 95–110. doi :10.1111/j.1574-6976.2011.00288.x. PMC  3203324. PMID  21707668 .
  2. ^ abc Montenegro-Montero A, Canessa P, Larrondo LF (2015-01-01). Вокруг грибковых часов: последние достижения в молекулярном изучении циркадных часов у Neurospora и других грибов . Достижения в генетике. Т. 92. С. 107–84. doi :10.1016/bs.adgen.2015.09.003. ISBN 978-0-12-804014-0. PMID  26639917.
  3. ^ Brandt WH (1953). «Зонирование в пролиновом штамме Neurospora». Mycologia . 45 (2): 194–209. doi :10.1080/00275514.1953.12024261. JSTOR  4547688.
  4. ^ Pittendrigh CS, Bruce VG, Rosensweig NS, Rubin ML (18 июля 1959 г.). «Закономерности роста в Neurospora: биологические часы в Neurospora». Nature . 184 (4681): 169–170. Bibcode :1959Natur.184..169P. doi :10.1038/184169a0. S2CID  26168520.
  5. ^ Sargent ML, Briggs WR, Woodward DO (октябрь 1966 г.). «Циркадная природа ритма, выраженного штаммом Neurospora crassa без инвертазы». Plant Physiology . 41 (8): 1343–9. doi :10.1104/pp.41.8.1343. PMC 550529. PMID  5978549 . 
  6. ^ ab Belden WJ, Larrondo LF, Froehlich AC, Shi M, Chen CH, Loros JJ, Dunlap JC (июнь 2007 г.). «Мутация полосы в Neurospora crassa является доминантным аллелем ras-1, подразумевающим передачу сигналов RAS в циркадном выходе». Genes & Development . 21 (12): 1494–505. doi :10.1101/gad.1551707. PMC 1891427 . PMID  17575051. 
  7. ^ abc Diernfellner A, Colot HV, Dintsis O, Loros JJ, Dunlap JC, Brunner M (декабрь 2007 г.). «Длинные и короткие изоформы белка часов Neurospora FRQ поддерживают температурно-компенсированные циркадные ритмы». FEBS Letters . 581 (30): 5759–64. Bibcode :2007FEBSL.581.5759D. doi :10.1016/j.febslet.2007.11.043. PMC 2704016 . PMID  18037381. 
  8. ^ Nakashima H, Onai K (декабрь 1996 г.). «Циркадный ритм конидообразования у Neurospora crassa». Семинары по клеточной и эволюционной биологии . 7 (6): 765–774. doi :10.1006/scdb.1996.0094.
  9. ^ Feldman JF, Hoyle MN (декабрь 1973 г.). «Выделение мутантов циркадных часов Neurospora crassa». Genetics . 75 (4): 605–13. doi :10.1093/genetics/75.4.605. PMC 1213033 . PMID  4273217. 
  10. ^ McClung CR, Fox BA, Dunlap JC (июнь 1989). «Частота часового гена Neurospora разделяет элемент последовательности с периодом часового гена Drosophila». Nature . 339 (6225): 558–62. Bibcode :1989Natur.339..558M. doi :10.1038/339558a0. PMID  2525233. S2CID  4237528.
  11. ^ Aronson BD, Johnson KA, Loros JJ, Dunlap JC (март 1994). «Отрицательная обратная связь, определяющая циркадные часы: авторегуляция частоты гена часов». Science . 263 (5153): 1578–84. Bibcode :1994Sci...263.1578A. doi :10.1126/science.8128244. PMID  8128244.
  12. ^ Tseng YY, Hunt SM, Heintzen C, Crosthwaite SK, Schwartz JM (2012). «Комплексное моделирование циркадных часов Neurospora и их температурная компенсация». PLOS Computational Biology . 8 (3): e1002437. Bibcode : 2012PLSCB ...8E2437T. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002437 . PMC 3320131. PMID  22496627. 
  13. ^ Liu Y, Garceau NY, Loros JJ, Dunlap JC (май 1997). «Термически регулируемый трансляционный контроль FRQ опосредует аспекты температурных реакций в циркадных часах нейроспоры». Cell . 89 (3): 477–86. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80228-7 . PMID  9150147.
  14. ^ Colot HV, Loros JJ, Dunlap JC (2005). «Температурно-модулированный альтернативный сплайсинг и использование промотора в частоте гена циркадных часов». Молекулярная биология клетки . 16 (12): 5563–71. doi :10.1091/mbc.E05-08-0756. PMC 1289402. PMID  16195340 . 
  15. ^ Cheng P, He Q, He Q, Wang L, Liu Y (январь 2005 г.). «Регулирование циркадных часов Neurospora с помощью РНК-хеликазы». Genes & Development . 19 (2): 234–41. doi :10.1101/gad.1266805. PMC 545885. PMID  15625191 . 
  16. ^ abc Baker CL, Kettenbach AN, Loros JJ, Gerber SA, Dunlap JC (2009). «Количественная протеомика выявляет динамический интерактом и фазоспецифическое фосфорилирование в циркадных часах Neurospora». Molecular Cell . 34 (3): 354–63. doi :10.1016/j.molcel.2009.04.023. PMC 2711022 . PMID  19450533. 
  17. ^ Pregueiro AM, Liu Q, Baker CL, Dunlap JC, Loros JJ (2006). «Киназа контрольной точки Neurospora 2: регуляторная связь между циркадным и клеточным циклами». Science . 313 (5787): 644–9. Bibcode :2006Sci...313..644P. doi :10.1126/science.1121716. PMID  16809488. S2CID  36988859.
  18. ^ ab Hurley JM, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JC (декабрь 2013 г.). «Консервативная РНК-хеликаза FRH действует неферментативно, поддерживая внутренне неупорядоченный белок часов Neurospora FRQ». Molecular Cell . 52 (6): 832–43. doi :10.1016/j.molcel.2013.11.005. PMC 3900029 . PMID  24316221. 
  19. ^ Zhou M, Wang T, Fu J, Xiao G, Liu Y (2017-04-27). «Неоптимальное использование кодонов влияет на структуру белка в внутренне неупорядоченных регионах». Молекулярная микробиология . 97 (5): 974–987. doi :10.1111/mmi.13079. ISSN  0950-382X. PMC 4636118. PMID 26032251  . 
  20. ^ Dunlap JC, Loros JJ, Colot HV, Mehra A, Belden WJ, Shi M, Hong CI, Larrondo LF, Baker CL, Chen CH, Schwerdtfeger C, Collopy PD, Gamsby JJ, Lambreghts R (2007). «Циркадные часы в Neurospora: как гены и белки взаимодействуют для создания устойчивого, поддающегося обучению и компенсируемого биологического осциллятора с периодом около суток». Симпозиумы Cold Spring Harbor по количественной биологии . 72 : 57–68. doi :10.1101/sqb.2007.72.072. PMC 3683860. PMID  18522516 . 
  21. ^ Talora C, Franchi L, Linden H, Ballario P, Macino G (сентябрь 1999 г.). «Роль комплекса белый воротничок-1-белый воротничок-2 в передаче сигнала синего света». The EMBO Journal . 18 (18): 4961–8. doi :10.1093/emboj/18.18.4961. PMC 1171567. PMID  10487748 . 
  22. ^ Froehlich AC, Liu Y, Loros JJ, Dunlap JC (2002). «White Collar-1, циркадный фоторецептор синего света, связывающийся с промотором частоты». Science . 297 (5582): 815–9. Bibcode :2002Sci...297..815F. doi : 10.1126/science.1073681 . PMID  12098706. S2CID  1612170.
  23. ^ Denault DL, Loros JJ, Dunlap JC (январь 2001 г.). «WC-2 опосредует взаимодействие WC-1-FRQ в петле циркадной обратной связи, связанной с белком PAS, у Neurospora». The EMBO Journal . 20 (1–2): 109–17. doi :10.1093/emboj/20.1.109. PMC 140181. PMID 11226161  . 
  24. ^ Sun G, Zhou Z, Liu X, Gai K, Liu Q, Cha J, Kaleri FN, Wang Y, He Q (май 2016 г.). «Подавление транскрипции частоты, независимой от WHITE COLLAR, с помощью метилтрансферазы гистон H3 лизин 36 SET-2 необходимо для функции часов в Neurospora». Журнал биологической химии . 291 (21): 11055–63. doi : 10.1074/jbc.M115.711333 . PMC 4900255. PMID  27002152 . 
  25. ^ Garceau NY, Liu Y, Loros JJ, Dunlap JC (1997). «Альтернативная инициация трансляции и фосфорилирование, зависящее от времени, приводят к образованию множественных форм основного часового белка FREQUENCY». Cell . 89 (3): 469–76. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80227-5 . PMID  9150146.
  26. ^ Хайнцен C, Лю Y (2007). Циркадные часы Neurospora crassa . Достижения в генетике. Т. 58. С. 25–66. doi :10.1016/s0065-2660(06)58002-2. ISBN 978-0-12-373882-0. PMID  17452245.
  27. ^ Cha J, Zhou M, Liu Y (январь 2015 г.). «Механизм циркадных часов Neurospora, ЧАСТОТА-ориентированный взгляд». Биохимия . 54 (2): 150–6. doi :10.1021/bi5005624. PMC 4303299. PMID  25302868 . 
  28. ^ Liu Y, Loros J, Dunlap JC (январь 2000 г.). «Фосфорилирование белка часов Neurospora FREQUENCY определяет скорость его деградации и сильно влияет на продолжительность периода циркадных часов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (1): 234–9. Bibcode :2000PNAS...97..234L. doi : 10.1073/pnas.97.1.234 . PMC 26646 . PMID  10618401. 
  29. ^ Larrondo LF, Olivares-Yañez C, Baker CL, Loros JJ, Dunlap JC (январь 2015 г.). "Циркадные ритмы. Разделение оборота белка циркадных часов от определения циркадного периода". Science . 347 (6221): 1257277. doi :10.1126/science.1257277. PMC 4432837 . PMID  25635104. 
  30. ^ abcd He Q, Cheng P, Yang Y, He Q, Yu H, Liu Y (сентябрь 2003 г.). «FWD1-опосредованная деградация FREQUENCY у Neurospora устанавливает консервативный механизм регуляции циркадных часов». The EMBO Journal . 22 (17): 4421–30. doi :10.1093/emboj/cdg425. PMC 202367 . PMID  12941694. 
  31. ^ abc Cheng P, Yang Y, Heintzen C, Liu Y (январь 2001 г.). «Взаимодействие FRQ-FRQ, опосредованное доменом спиральной спирали, имеет важное значение для его функции циркадных часов в Neurospora». The EMBO Journal . 20 (1–2): 101–8. doi :10.1093/emboj/20.1.101. PMC 140186 . PMID  11226160. 
  32. ^ Shi M, Collett M, Loros JJ, Dunlap JC (2010). «Взаимодействующая с FRQ РНК-хеликаза опосредует отрицательную и положительную обратную связь в циркадных часах Neurospora». Genetics . 184 (2): 351–61. doi :10.1534/genetics.109.111393. PMC 2828717 . PMID  19948888. 
  33. ^ Lakin-Thomas PL, Bell-Pedersen D, Brody S (2011-01-01). "Генетика циркадных ритмов у Neurospora". В Brody S (ред.). Генетика циркадных ритмов . Достижения в генетике. Т. 74. С. 55–103. doi :10.1016/b978-0-12-387690-4.00003-9. ISBN 978-0-12-387690-4. PMC  5027897 . PMID  21924975.
  34. ^ Dekhang R, Wu C, Smith KM, Lamb TM, Peterson M, Bredeweg EL, Ibarra O, Emerson JM, Karunarathna N (2017-01-05). «Транскрипционный фактор Neurospora ADV-1 передает световые сигналы и временную информацию для управления ритмической экспрессией генов, участвующих в слиянии клеток». G3: Genes, Genomes, Genetics . 7 (1): 129–142. doi : 10.1534/g3.116.034298. ISSN  2160-1836. PMC 5217103. PMID  27856696. 
  35. ^ Crosthwaite SK, Loros JJ, Dunlap JC (1995). «Светоиндуцированная переустановка циркадных часов опосредована быстрым увеличением частоты транскрипта». Cell . 81 (7): 1003–12. doi : 10.1016/S0092-8674(05)80005-4 . PMID  7600569.
  36. ^ Shigeyoshi Y, Taguchi K, Yamamoto S, Takekida S, Yan L, Tei H, Moriya T, Shibata S, Loros JJ, Dunlap JC, Okamura H (декабрь 1997 г.). «Светоиндуцированная перезагрузка циркадных часов млекопитающих связана с быстрой индукцией транскрипта mPer1». Cell . 91 (7): 1043–53. doi : 10.1016/s0092-8674(00)80494-8 . PMID  9428526.
  37. ^ Aronson BD, Johnson KA, Dunlap JC (1994). «Частота локуса циркадных часов: белок, кодируемый одной открытой рамкой считывания, определяет продолжительность периода и температурную компенсацию». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (16): 7683–7. Bibcode : 1994PNAS...91.7683A. doi : 10.1073/pnas.91.16.7683 . PMC 44466. PMID  8052643. 
  38. ^ ab Shi M, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JC (декабрь 2007 г.). «Цикл развития маскирует выход циркадного осциллятора в условиях дефицита холина у Neurospora». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (50): 20102–7. Bibcode : 2007PNAS..10420102S. doi : 10.1073/pnas.0706631104 . PMC 2148429. PMID  18056807 . 
  39. ^ Loros JJ, Richman A, Feldman JF (декабрь 1986 г.). «Рецессивная мутация циркадных часов в локусе frq у Neurospora crassa». Genetics . 114 (4): 1095–110. doi :10.1093/genetics/114.4.1095. PMC 1203030 . PMID  2948874. 
  40. ^ abc Bell-Pedersen D, Cassone VM, Earnest DJ, Golden SS, Hardin PE, Thomas TL, Zoran MJ (июль 2005 г.). «Циркадные ритмы от нескольких осцилляторов: уроки от различных организмов». Nature Reviews Genetics . 6 (7): 544–56. doi :10.1038/nrg1633. PMC 2735866. PMID 15951747  . 
  41. ^ Granshaw T, Tsukamoto M, Brody S (август 2003 г.). «Циркадные ритмы в Neurospora crassa: фарнезол или гераниол позволяют выражать ритмичность в других аритмичных штаммах frq10, wc-1 и wc-2». Journal of Biological Rhythms . 18 (4): 287–96. doi : 10.1177/0748730403255934 . PMID  12932081. S2CID  33987334.
  42. ^ Christensen MK, Falkeid G, Loros JJ, Dunlap JC, Lillo C, Ruoff P (2004). «Нитрат-индуцированный frq-less осциллятор в Neurospora crassa». Журнал биологических ритмов . 19 (4): 280–6. CiteSeerX 10.1.1.563.8602 . doi :10.1177/0748730404265532. PMID  15245647. S2CID  15420586. 
  43. ^ ab Dunlap JC, Loros JJ (октябрь 2004 г.). «Циркадная система нейроспоры». Журнал биологических ритмов . 19 (5): 414–24. doi :10.1177/0748730404269116. PMID  15534321. S2CID  7891271.
  44. ^ Salichos L, Rokas A (2010). «Разнообразие и эволюция белков циркадных часов у грибов». Mycologia . 102 (2): 269–78. doi :10.3852/09-073. JSTOR  27811038. PMID  20361495. S2CID  1856977.
  45. ^ Hevia MA, Canessa P, Müller-Esparza H, Larrondo LF (2015). «Циркадный осциллятор грибка Botrytis cinerea регулирует вирулентность при заражении Arabidopsis thaliana». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (28): 8744–9. Bibcode : 2015PNAS..112.8744H. doi : 10.1073/pnas.1508432112 . PMC 4507220. PMID  26124115 . 
  46. ^ Traeger S, Nowrousian M (2015). «Анализ циркадных ритмов у базального нитчатого аскомицета Pyronema confluens». G3: Гены, геномы, генетика . 5 (10): 2061–71. doi :10.1534/g3.115.020461. PMC 4592989. PMID  26254031 . 
  47. ^ Ли, С.Дж., Конг, М., Морс, Д. Хиджри, М. (2018) Экспрессия предполагаемых компонентов циркадных часов в арбускулярном микоризном грибе Rhizoglomus irregulare. Микориза. https://doi.org/10.1007/s00572-018-0843-y
  48. ^ Данлэп Дж. К., Лорос Дж. Дж. (декабрь 2006 г.). «Как грибы отслеживают время: циркадная система у нейроспор и других грибов». Current Opinion in Microbiology . 9 (6): 579–87. doi :10.1016/j.mib.2006.10.008. PMID  17064954.
  49. ^ Zhou M, Guo J, Cha J, Chae M, Chen S, Barral JM, Sachs MS, Liu Y (март 2013 г.). «Неоптимальное использование кодонов влияет на экспрессию, структуру и функцию часового белка FRQ». Nature . 495 (7439): 111–5. Bibcode :2013Natur.495..111Z. doi :10.1038/nature11833. PMC 3629845 . PMID  23417067. 
  50. ^ Hurley JM, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JC (декабрь 2013 г.). «Консервативная РНК-хеликаза FRH действует неферментативно, поддерживая внутренне неупорядоченный белок часов нейроспоры FRQ». Molecular Cell . 52 (6): 832–43. doi :10.1016/j.molcel.2013.11.005. PMC 3900029 . PMID  24316221.