stringtranslate.com

Анти-CRISPR

Анти-CRISPR (Anti-Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats или Acr) — это группа белков, обнаруженных в фагах , которые подавляют нормальную активность CRISPR -Cas, иммунной системы некоторых бактерий . [1] CRISPR состоит из геномных последовательностей, которые можно обнаружить в прокариотических организмах , которые происходят от бактериофагов , которые ранее инфицировали бактерии, и используются для защиты клетки от дальнейших вирусных атак. [2] Анти-CRISPR является результатом эволюционного процесса, происходящего в фагах, чтобы избежать разрушения их геномов прокариотической клеткой, которую они будут инфицировать. [3]

До открытия этого типа белков семейства приобретение мутаций было единственным известным способом, который фаги могли использовать для избежания опосредованного CRISPR-Cas разрушения, путем снижения связывающей аффинности фага и CRISPR. Тем не менее, у бактерий есть механизмы для перенацеливания мутантного бактериофага, процесс, который называется «адаптация прайминга». Таким образом, насколько в настоящее время известно исследователям, анти-CRISPR является наиболее эффективным способом обеспечения выживания фагов в течение всего процесса инфицирования бактерий. [4]

История

Системы Anti-CRISPR были впервые обнаружены в профагах Pseudomonas aeruginosa [5] , которые отключали систему CRISPR–Cas типа IF, характерную для некоторых штаммов этих бактерий. После анализа геномных последовательностей этих фагов были обнаружены гены, кодирующие пять различных белков Anti-CRISPR (также называемых Acrs). Такими белками были AcrF1 , AcrF2 , AcrF3 , AcrF4 и AcrF5 . Исследования показали, что ни один из этих белков не нарушал экспрессию генов Cas или сборку молекул CRISPR, поэтому считалось, что эти белки типа IF напрямую влияли на интерференцию CRISPR–Cas. [6]

Дальнейшие исследования подтвердили эту гипотезу с открытием 4 других белков ( AcrE1 , AcrE2 , AcrE3 и AcrE4 ), которые, как было показано, препятствуют системе CRISPR-Cas Pseudomonas aeruginosa . [7] Более того, локус генов, кодирующих эти белки типа IE, был действительно близок к тому, который отвечает за экспрессию белков типа IF в той же группе фагов, что привело к выводу, что оба типа белков работают вместе. [8]  Однако эти первые девять белков не имели общих мотивов последовательностей , что облегчило бы идентификацию новых семейств белков Anti-CRISPR.

Позже было замечено, что фаги, которые производили такие белки, также кодировали предполагаемый транскрипционный регулятор, названный Aca 1 (anti-CRISPR associated 1), который был генетически расположен очень близко к генам anti-CRISPR. Предполагается, что этот регуляторный белок отвечает за экспрессию гена anti-CRISPR во время инфекционного цикла фага, поэтому оба типа белков (anti-CRISPR и Aca1), по-видимому, работают вместе как единый механизм. [5]

После некоторых исследований была найдена аминокислотная последовательность, похожая на последовательность Aca1, что привело к открытию Aca2 , нового семейства белков Aca. Aca2 также выявил существование пяти новых групп белков типа IF анти-CRISPR из-за их геномной близости: AcrF6 , AcrF7 , AcrF8 , AcrF9 и AcrF10 . Эти белки присутствовали не только в фагах Pseudomonas aeruginosa , поскольку они также влияли на другие клетки Pseudomonadota (ранее Proteobacteria ). [6]

Благодаря использованию биоинформатических инструментов в 2016 году в Neisseria meningitidis (которая ранее была инфицирована фагами) были обнаружены семейства белков AcrIIC1 , AcrIIC2 и AcrIIC3 . Такие белки были первыми обнаруженными ингибиторами CRISPR–Cas типа II (конкретно, они препятствовали CRISPR–Cas9 типа II-C, типу механизма, используемого в генетическом издании человеческих клеток). [9] Год спустя исследование подтвердило наличие ингибиторов CRISPR–Cas9 типа II-A ( AcrIIA1 , AcrIIA2 , AcrIIA3 и AcrIIA4 ) в Listeria monocytogenes (инфицированной бактериофагами, которые ввели анти-CRISPR белки). Было показано, что два из этих белков (AcrIIA2 и AcrIIA4) работают должным образом против защитной системы CRISPR типа II-A Streptococcus pyogenes .

Результатом всех этих исследований стало открытие 21 различных семейств белков Anti-CRISPR, несмотря на то, что могут существовать и другие ингибиторы из-за быстрого процесса мутации фагов. Таким образом, необходимы дополнительные исследования, чтобы раскрыть сложность систем Anti-CRISPR.

Типы

Гены анти-CRISPR можно найти в разных частях ДНК фага: в капсиде, хвосте и на самом конце. Более того, было обнаружено, что многие MGE имеют два или даже три гена Acr в одном опероне , что предполагает, что они могли быть обменены между MGE. [10]

Как и все белки, белки семейства Acr образуются путем трансляции и трансдукции генов, и их классификация основана на типе системы CRISPR-Cas, которую они ингибируют, в связи с тем, что каждый анти-CRISPR белок ингибирует определенную систему CRISPR-Cas. Хотя было обнаружено не так много анти-CRISPR белков, вот те, которые были обнаружены на данный момент:

До настоящего времени гены, кодирующие анти-CRISPR-белки, были обнаружены в миофагах , сифофагах , предполагаемых конъюгативных элементах и ​​островах патогенности .

Были предприняты попытки найти общие генетические особенности окружения генов анти-CRISPR, но безуспешно. Тем не менее, было обнаружено присутствие гена aca сразу под генами анти-CRISPR. [10]

Первыми обнаруженными семействами белков Acr были AcrF1, AcrF2, AcrF3, AcrF4 и AcrF5. [5] Эти ингибиторы в основном встречаются в фагах Pseudomonas , которые способны инфицировать Pseudomonas aeruginosas, обладающих системой CRISPR–Cas типа I‑F. Затем, в другом исследовании, было обнаружено, что семейства белков AcrE1, AcrE2, AcrE3 и AcrE4 также ингибируют CRISPR–Cas типа I‑F в Pseudomonas aeruginosas. [7]

Позднее было обнаружено, что семейства белков AcrF6, AcrF7, AcrF8, AcrF9 и AcrF10, которые также способны ингибировать тип I‑F CRISPR–Cas, очень распространены в МГЭ Pseudomonadota . [10]

Затем были обнаружены первые ингибиторы системы CRISPR–Cas типа II: AcrIIC1, AcrIIC2 и AcrIIC3, которые блокируют активность CRISPR–Cas9 типа II‑C Neisseria meningitidis . [9]

Наконец, были обнаружены AcrIIA1, AcrIIA2, AcrIIA3 и AcrIIA4. Эти семейства белков обладают способностью ингибировать систему CRISPR–Cas типа II‑A Listeria monocytogenes . [11]

Что касается соглашения об именовании белков семейства Acr, оно установлено следующим образом: во-первых, тип ингибируемой системы, затем числовое значение, относящееся к семейству белков, и, наконец, источник конкретного анти-CRISPR белка. Например, AcrF9 Vpa активен против системы CRISPR–Cas типа IF. Он также был девятым анти-CRISPR, описанным для этой системы, и он закодирован в интегрированном MGE в геноме Vibrio parahaemolyticus .

Структура

Как было показано выше, существует широкий спектр анти-CRISPR белков, но лишь немногие из них были глубоко изучены. Одним из наиболее изученных и хорошо определенных Acrs является AcrIIA4, который ингибирует Cas9, тем самым блокируя систему II-A CRISPR-Cas Streptococcus pyogenes .

AcrIIA4

Структура AcrIIA4 получена с помощью программного обеспечения UCSF Chimera, [12] куда был загружен его файл PDB. [13] Четырем различным вторичным структурам, обнаруженным в этом белке, были присвоены разные цвета: синий для β-нитей, красный для α-спиралей, оранжевый для спирали 3 10 и серый для петель. Первоначально файл PDB содержит 20 последовательностей с самой низкой энергией (и, следовательно, наиболее стабильных), наложенных друг на друга, одна из которых была выбрана случайным образом для создания рисунка. [14]

Белок был определен с помощью ядерного магнитного резонанса (ЯМР); он содержит 87 остатков, а его молекулярная масса составляет 10,182 кДа. [13] AcrIIA4 содержит:

Существует хорошее определение вторичных структур, поскольку три α-спирали упакованы около трех β-нитей. Поразительно, что между β3-нитей, α2 и α3-спиралями находится гидрофобное ядро, образованное кластером ароматических боковых цепей, которые притягиваются нековалентными взаимодействиями, такими как pi-стэкинг . Более того, поскольку это кислый белок, существует высокая концентрация отрицательно заряженных остатков в петлях между β3 и α2, между α2 и α3 и в первой части α3, что может играть важную роль в ингибировании Cas9, поскольку отрицательные заряды могут имитировать фосфаты нуклеиновых кислот. [14]

АкрФ1

С другой стороны, есть еще один Acr, AcrF1, который, возможно, не был так изучен, как объясненный выше, хотя есть хорошее описание его структуры. Он ингибирует систему IF CRISPR-Cas Pseudomonas aeruginosa . Максвелл и др. [15] решили 3D-структуру с помощью ЯМР.

Белок содержит 78 остатков, [6] между которыми происходит взаимодействие с образованием вторичных структур. Структура AcrF1 образована двумя антипараллельными α-спиралями и β-слоем, который содержит четыре антипараллельные β-тяжи. Этот β-слой расположен на противоположной стороне α-спиральной части, что создает гидрофобное ядро, образованное 13 аминокислотами. Повороты также могут быть обнаружены в различных частях белка, например, при соединении β-тяжей. [15] [16]

Существуют поверхностные остатки, которые активно участвуют в активном центре AcrF1, два из которых являются тирозинами (Y6 и Y20), а третья аминокислота - глутаминовой кислотой (E31), поскольку их мутация на аланин вызывает 100-кратное снижение активности белка (при мутациях Y20A и E31A), и 10 - кратное снижение при мутации Y6.

Различные структуры, образующие белок, создают странную комбинацию, поскольку Максвелл и др. провели поиск DALI, чтобы найти сходства между другими белками, и не нашли никаких информативных сходств. [15]

Функция

Избежание разрушения ДНК фага

Основная функция анти-CRISPR белков заключается во взаимодействии со специфическими компонентами систем CRISPR-Cas, такими как эффекторные нуклеазы , чтобы избежать разрушения фаговой ДНК (путем связывания или расщепления). [17]

Фаг вводит свою ДНК в прокариотическую клетку, обычно клетка обнаруживает последовательность, известную как «цель», которая активирует иммунную систему CRISPR-Cas, но наличие начальной последовательности (до цели), кодирующей образование белков Acr, позволяет избежать разрушения фага. Белки Acr образуются до того, как считывается целевая последовательность. Таким образом, система CRISPR-Cas блокируется до того, как она сможет выработать ответ.

Процедура начинается с транскрибирования локуса CRISPR в crRNA (CRISPR RNA). CrRNA объединяются с белками Cas, образуя рибонуклеопротеиновый комплекс, называемый Cascade. Этот комплекс исследует клетку, чтобы найти комплементарные последовательности crRNA. Когда эта последовательность найдена, нуклеаза Cas3 привлекается к Cascade, и целевая ДНК из фага расщепляется. Но, например, когда найдены AcrF1 и AcrF2 (анти-CRISPR белки), они взаимодействуют с Cas7f и Cas8f-Cas5f, соответственно, не позволяя связываться с ДНК фага. Более того, расщепление цели предотвращается объединением AcrF3 и Cas3. [6]

Кооперация фаг-фаг: Первые фаговые инфекции могут быть неспособны помешать иммунитету CRISPR, но кооперация фаг-фаг все больше усиливает выработку Acr и иммуносупрессию хозяина, что приводит к повышению уязвимости клетки хозяина к повторному заражению и, наконец, позволяет успешно заразить и распространить второй фаг. На основе представления, найденного в 17-й ссылке. [17]

Большинство генов Acr расположены рядом с генами, ассоциированными с анти-CRISPR (Aca), которые кодируют белки с ДНК-связывающим мотивом спираль-поворот-спираль. Гены Aca сохраняются, и исследователи используют их для идентификации генов Acr, но функция кодируемых ими белков не совсем ясна. Ассоциированный с Acr промотор производит высокие уровни транскрипции Acr сразу после того, как происходит инъекция ДНК фага в бактерию, и впоследствии белки Aca подавляют транскрипцию. Если бы это не было подавлено, постоянная транскрипция гена была бы летальной для фага. Поэтому активность Aca необходима для обеспечения его выживания. [18]

Фаг-фаговое сотрудничество

Более того, было подтверждено, что бактерии с системами CRISPR-Cas все еще частично невосприимчивы к Acr. Следовательно, первоначальные абортивные фаговые инфекции могут быть неспособны препятствовать иммунитету CRISPR, но кооперация фаг-фаг может все больше усиливать выработку Acr и способствовать иммуносупрессии, что может привести к повышению уязвимости клетки-хозяина к повторному заражению и, в конечном итоге, позволить успешное заражение и распространение второго фага. [17] Это сотрудничество создает эпидемиологическую точку перелома, в которой, в зависимости от начальной плотности Acr-фагов и прочности связывания CRISPR/Acr, фаги могут быть либо устранены, либо вызвать эпидемию фагов (количество бактериофагов увеличивается). [19] [20]

Если начальные уровни фагов достаточно высоки, плотность иммуносупрессированных хозяев достигает критической точки, где успешных инфекций больше, чем неуспешных. Затем начинается эпидемия. Если эта точка не достигнута, происходит вымирание фагов, и иммуносупрессированные хозяева восстанавливают свое исходное состояние. [19] [20]

Фаговое иммунное уклонение

Стало ясно, что белки Acr играют важную роль в обеспечении возможности уклонения фага от иммунного ответа, хотя до сих пор неясно, как синтез белков анти-CRISPR может преодолеть систему CRISPR-Cas хозяина, которая может разрушить геном фага в течение нескольких минут после заражения. [17]

Механизмы

Схема, показывающая систему CRISPR-Cas типа IF, а также механизмы ингибирования трех типов IF анти-CRISPR. Комплекс CRISPR типа IF состоит из 60 нуклеотидов crRNA и девяти белков Cas (тип белка указан числами 5,8,7,6). AcrF1 идет к Cas7f, предотвращая доступ целевой ДНК к направляющей crRNA. AcrF2 взаимодействует как с Cas8f, так и с Cas7f, затрудняя доступ целевой ДНК к связывающему карману. Наконец, AcrF3 образует гомодимер , взаимодействуя с Cas3, предотвращая его контакт с комплексом Cascade. На основе представления из обзора, найденного в ссылках ниже. [21]

Из всех обнаруженных до сих пор белков Anti-CRISPR механизмы описаны только для 15 из них. Эти механизмы можно разделить на три различных типа: помехи загрузки crRNA, блокировка связывания ДНК и предотвращение расщепления ДНК .

Интерференция загрузки CrRNA

Механизм интерференции загрузки CrRNA (CRISPR RNA) в основном связан с семейством белков AcrIIC2. [22] Чтобы заблокировать активность Cas9 , он предотвращает правильную сборку комплекса crRNA-Cas9.

Блокада связывания ДНК

Было показано, что AcrIIC2 не единственный, способный блокировать связывание ДНК. Существует 11 других белков семейства Acr, которые также могут это делать. Некоторые из них — AcrIF1, AcrIF2 и AcrIF10, которые действуют на различные субъединицы каскадного эффекторного комплекса системы типа IF CRISPR-Cas, предотвращая связывание ДНК с комплексом. [23]

Кроме того, AcrIIC3 предотвращает связывание ДНК, способствуя димеризации Cas9 [22] [24] , а AcrIIA2 имитирует ДНК, тем самым блокируя остатки распознавания PAM и, следовательно, предотвращая распознавание и связывание dsDNA (двуцепочечной ДНК) . [25] [26]

Предотвращение расщепления ДНК

AcrE1, AcrIF3 и AcrIIC1 могут предотвращать расщепление целевой ДНК. С помощью рентгеновской кристаллографии было обнаружено, что AcrE1 связывается с Cas3, связанным с CRISPR. [27] Аналогичным образом, биохимический и структурный анализ AcrIF3 показал его способность связываться с Cas3 в виде димера, чтобы предотвратить привлечение Cas3 в комплекс Cascade. [23] [28] [29] Наконец, благодаря биохимическим и структурным исследованиям AcrIIC1 было обнаружено, что он связывается с активным сайтом домена эндонуклеазы HNH в Cas9, что предотвращает расщепление ДНК. Таким образом, он переводит Cas9 в неактивное, но связанное с ДНК состояние. [24]

Приложения

Фаготерапия может быть использована против устойчивости к антибиотикам, поскольку бактериофаги способны убивать бактерии и излечивать инфекции.

Уменьшение нецелевых разрезов CRISPR-Cas9

AcrIIA4 — один из белков, отвечающих за ингибирование системы CRISPR-Cas9, механизма, используемого в редакции клеток млекопитающих. Добавление AcrIIA4 в клетки человека позволяет избежать взаимодействия Cas9 с системой CRISPR, снижая ее способность разрезать ДНК. Однако различные исследования пришли к выводу, что добавление его в небольших количествах после редактирования генома снижает количество нецелевых разрезов в конкретных местах, в которых взаимодействует Cas9, что делает всю систему намного более точной. [25]

Избежание экологических последствий

Одной из основных целей использования технологии CRISPR-Cas9 является искоренение болезней, некоторые из которых встречаются у переносчиков болезней , таких как комары. Анти-CRISPR-белки могут препятствовать генному драйву , что может привести к неопределенным и катастрофическим последствиям в экосистемах . [30]

Обнаружение наличия Cas9 в образце

Фаготерапия является хорошей альтернативой использованию антибиотиков, но некоторые бактерии имеют системы CRISPR-Cas. Тем не менее, если бы у фагов были белки Acr, они бы подавляли иммунную систему CRISPR-Cas и инфицировали бы клетку. В конце цикла размножения фага, который происходит внутри бактерий, высвобождались бы новые фаги, провоцируя лизис клетки.

Чтобы узнать, синтезирует ли определенная бактерия Cas9 и, следовательно, использует ли CRISPR-Cas9, или обнаружить случайное или недопустимое использование этой системы, можно использовать AcrIIC1. Поскольку вышеупомянутый белок связывается с Cas9, была разработана центробежная микрофлюидная платформа для его обнаружения и определения его каталитической активности. [30]

Фаготерапия

Устойчивость к антибиотикам — это проблема общественного здравоохранения, которая постоянно растет из-за неправильного использования антибиотиков. Фаговая терапия заключается в инфицировании бактерий с помощью фагов, которые гораздо более специфичны и вызывают меньше побочных эффектов, чем антибиотики. Acrs может ингибировать систему CRISPR-Cas9 некоторых бактерий и позволить этим фагам инфицировать бактериальные клетки, не подвергаясь атаке со стороны иммунной системы. [30]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Накамура М., Шринивасан П., Чавес М., Картер М.А., Домингес А.А., Ла Русса М. и др. (январь 2019 г.). «Анти-CRISPR-опосредованный контроль редактирования генов и синтетических цепей в эукариотических клетках». Природные коммуникации . 10 (1): 194. Бибкод : 2019NatCo..10..194N. дои : 10.1038/s41467-018-08158-x. ПМК  6331597 . ПМИД  30643127.
  2. ^ Barrangou R (февраль 2015 г.). «Роль систем CRISPR-Cas в адаптивном иммунитете и за его пределами». Current Opinion in Immunology . 32 : 36–41. doi :10.1016/j.coi.2014.12.008. PMID  25574773.
  3. ^ Stanley SY, Borges AL, Chen KH, Swaney DL, Krogan NJ, Bondy-Denomy J, Davidson AR (сентябрь 2019 г.). «Anti-CRISPR-Associated Proteins Are Cricial Repressors of Anti-CRISPR Transcription». Cell . 178 (6): 1452–1464.e13. doi :10.1016/j.cell.2019.07.046. PMC 6754177 . PMID  31474367. 
  4. ^ Максвелл К. Л. (октябрь 2017 г.). «История анти-CRISPR: битва за выживание». Molecular Cell . 68 (1): 8–14. doi : 10.1016/j.molcel.2017.09.002 . PMID  28985512.
  5. ^ abc Bondy-Denomy J, Pawluk A, Maxwell KL, Davidson AR (январь 2013 г.). «Гены бактериофагов, которые инактивируют бактериальную иммунную систему CRISPR/Cas». Nature . 493 (7432): 429–32. Bibcode :2013Natur.493..429B. doi :10.1038/nature11723. PMC 4931913 . PMID  23242138. 
  6. ^ abcde Pawluk A, Davidson AR, Maxwell KL (январь 2018 г.). «Anti-CRISPR: discovery, mechanism and function». Nature Reviews. Microbiology . 16 (1): 12–17. doi :10.1038/nrmicro.2017.120. PMID  29062071. S2CID  13222384.
  7. ^ ab Pawluk A, Bondy-Denomy J, Cheung VH, Maxwell KL, Davidson AR (апрель 2014 г.). "Новая группа генов фагов против CRISPR ингибирует систему CRISPR-Cas типа IE Pseudomonas aeruginosa". mBio . 5 (2): e00896. doi :10.1128/mBio.00896-14. PMC 3993853 . PMID  24736222. 
  8. ^ Borges AL, Davidson AR, Bondy-Denomy J (сентябрь 2017 г.). «Открытие, механизмы и эволюционное воздействие анти-CRISPR». Annual Review of Virology . 4 (1): 37–59. doi :10.1146/annurev-virology-101416-041616. PMC 6039114. PMID  28749735 . 
  9. ^ ab Pawluk A, Amrani N, Zhang Y, Garcia B, Hidalgo-Reyes Y, Lee J, et al. (декабрь 2016 г.). "Естественно возникающие выключатели для CRISPR-Cas9". Cell . 167 (7): 1829–1838.e9. doi :10.1016/j.cell.2016.11.017. PMC 5757841 . PMID  27984730. 
  10. ^ abc Pawluk A, Staals RH, Taylor C, Watson BN, Saha S, Fineran PC и др. (июнь 2016 г.). «Инактивация систем CRISPR-Cas белками анти-CRISPR у различных видов бактерий». Nature Microbiology . 1 (8): 16085. doi :10.1038/nmicrobiol.2016.85. PMID  27573108. S2CID  3826582.
  11. ^ Rauch BJ, Silvis MR, Hultquist JF, Waters CS, McGregor MJ, Krogan NJ, Bondy-Denomy J (январь 2017 г.). «Ингибирование CRISPR-Cas9 с помощью белков бактериофага». Cell . 168 (1–2): 150–158.e10. doi :10.1016/j.cell.2016.12.009. PMC 5235966 . PMID  28041849. 
  12. ^ "UCSF Chimera". Химера . Получено 25 октября 2019 г.
  13. ^ ab "AcrIIA4 - PDB". Protein Data Bank . doi :10.2210/pdb5xn4/pdb . Получено 15.10.2019 .
  14. ^ ab Kim I, Jeong M, Ka D, Han M, Kim NK, Bae E, Suh JY (март 2018 г.). "Структура раствора и динамика анти-CRISPR AcrIIA4, ингибитора Cas9". Scientific Reports . 8 (1): 3883. Bibcode :2018NatSR...8.3883K. doi :10.1038/s41598-018-22177-0. PMC 5832863 . PMID  29497118. 
  15. ^ abc Maxwell KL, Garcia B, Bondy-Denomy J, Bona D, Hidalgo-Reyes Y, Davidson AR (октябрь 2016 г.). "Структура раствора белка анти-CRISPR". Nature Communications . 7 (1): 13134. Bibcode :2016NatCo...713134M. doi :10.1038/ncomms13134. PMC 5062604 . PMID  27725669. 
  16. ^ Davidson AR, Pawluk A, Maxwell KL, Bondy-Denomy J. "AcrF1 - PDB". Всемирный банк данных по белкам . doi :10.2210/pdb2lw5/pdb . Получено 14 октября 2019 г.
  17. ^ abcd van Gent M, Gack MU (сентябрь 2018 г.). «Вирусная тактика борьбы с CRISPR: нет успеха без жертв». Иммунитет . 49 (3): 391–393. doi : 10.1016/j.immuni.2018.08.023 . ПМИД  30231980.
  18. ^ "Начало сессии - Идентификация UB - Университет Барселоны" . sso.ub.edu . Проверено 25 октября 2019 г.
  19. ^ ab Landsberger M, Gandon S, Meaden S, Rollie C, Chevallereau A, Chabas H и др. (август 2018 г.). «Anti-CRISPR Phages Cooperate to Overcome CRISPR-Cas Immunity». Cell . 174 (4): 908–916.e12. doi :10.1016/j.cell.2018.05.058. PMC 6086933 . PMID  30033365. 
  20. ^ ab Borges AL, Zhang JY, Rollins MF, Osuna BA, Wiedenheft B, Bondy-Denomy J (август 2018 г.). «Сотрудничество бактериофагов подавляет иммунитет CRISPR-Cas3 и Cas9». Cell . 174 (4): 917–925.e10. doi :10.1016/j.cell.2018.06.013. PMC 6086726 . PMID  30033364. 
  21. ^ Zhu Y, Zhang F, Huang Z (март 2018 г.). «Структурное понимание инактивации систем CRISPR-Cas различными анти-CRISPR белками». BMC Biology . 16 (1): 32. doi : 10.1186/s12915-018-0504-9 . PMC 5859409 . PMID  29554913. 
  22. ^ Аб Чжу Ю, Гао А, Чжан Ц, Ван Ю, Фэн Х, Лю С и др. (апрель 2019 г.). «Разнообразные механизмы ингибирования CRISPR-Cas9 анти-CRISPR-белками типа IIC». Молекулярная клетка . 74 (2): 296–309.e7. doi :10.1016/j.molcel.2019.01.038. ПМК 6750902 . ПМИД  30850331. 
  23. ^ ab Bondy-Denomy J, Garcia B, Strum S, Du M, Rollins MF, Hidalgo-Reyes Y и др. (октябрь 2015 г.). «Множественные механизмы ингибирования CRISPR-Cas белками анти-CRISPR». Nature . 526 (7571): 136–9. Bibcode :2015Natur.526..136B. doi :10.1038/nature15254. PMC 4935067 . PMID  26416740. 
  24. ^ ab Harrington LB, Doxzen KW, Ma E, Liu JJ, Knott GJ, Edraki A, et al. (сентябрь 2017 г.). "Ингибитор широкого спектра действия CRISPR-Cas9". Cell . 170 (6): 1224–1233.e15. doi :10.1016/j.cell.2017.07.037. PMC 5875921 . PMID  28844692. 
  25. ^ ab Shin J, Jiang F, Liu JJ, Bray NL, Rauch BJ, Baik SH и др. (июль 2017 г.). «Отключение Cas9 с помощью анти-CRISPR ДНК-имитатора». Science Advances . 3 (7): e1701620. Bibcode :2017SciA....3E1620S. doi :10.1126/sciadv.1701620. PMC 5507636 . PMID  28706995. 
  26. ^ Guo M, Wang S, Zhu Y, Wang S, Xiong Z, Yang J и др. (июнь 2017 г.). «Структурная основа ингибирования CRISPR-SpyCas9 белком анти-CRISPR». Nature . 546 (7658): 436–439. Bibcode :2017Natur.546..436D. doi :10.1038/nature22377. PMID  28448066. S2CID  4445217.
  27. ^ Pawluk A, Shah M, Mejdani M, Calmettes C, Moraes TF, Davidson AR, Maxwell KL (декабрь 2017 г.). «Отключение нуклеазы CRISPR-Cas типа IE с помощью кодируемого бактериофагом анти-CRISPR белка». mBio . 8 (6). doi :10.1128/mBio.01751-17. PMC 5727412 . PMID  29233895. 
  28. ^ Wang J, Ma J, Cheng Z, Meng X, You L, Wang M и др. (сентябрь 2016 г.). «Эволюционная гонка вооружений CRISPR: структурные идеи вирусных ответов против CRISPR/Cas». Cell Research . 26 (10): 1165–1168. doi :10.1038/cr.2016.103. PMC 5113301 . PMID  27585537. 
  29. ^ Wang X, Yao D, Xu JG, Li AR, Xu J, Fu P и др. (сентябрь 2016 г.). «Структурная основа ингибирования Cas3 белком бактериофага AcrF3». Nature Structural & Molecular Biology . 23 (9): 868–70. doi :10.1038/nsmb.3269. PMID  27455460. S2CID  6466590.
  30. ^ abc Zhang F, Song G, Tian Y (июнь 2019 г.). «Анти-CRISPR: естественные ингибиторы систем CRISPR-Cas». Animal Models and Experimental Medicine . 2 (2): 69–75. doi :10.1002/ame2.12069. PMC 6600654. PMID 31392299  .