stringtranslate.com

Электрофорез в агарозном геле

Цифровое изображение 3 плазмидных рестрикционных гидролизатов, запущенных на 1%-ном агарозном геле, 3 вольта/см, окрашенном бромистым этидием. Маркер размера ДНК — коммерческий 1-килопарный маркер. Отмечено положение лунок и направление миграции ДНК.

Электрофорез в агарозном геле — это метод гель-электрофореза, используемый в биохимии , молекулярной биологии , генетике и клинической химии для разделения смешанной популяции макромолекул, таких как ДНК или белки, в матрице агарозы , одного из двух основных компонентов агара . Белки могут быть разделены по заряду и/или размеру ( изоэлектрофокусирующий агарозный электрофорез по существу не зависит от размера), а фрагменты ДНК и РНК — по длине. [1] Биомолекулы разделяются путем приложения электрического поля для перемещения заряженных молекул через матрицу агарозы, а биомолекулы разделяются по размеру в матрице агарозного геля. [2]

Агарозный гель легко отливать, он содержит относительно меньше заряженных групп и особенно подходит для разделения ДНК в диапазоне размеров, наиболее часто встречающихся в лабораториях, что объясняет популярность его использования. Разделенную ДНК можно просматривать с помощью окрашивания, чаще всего в УФ-свете, а фрагменты ДНК можно сравнительно легко извлечь из геля. Большинство используемых агарозных гелей растворены в подходящем буфере для электрофореза в концентрации 0,7–2%.

Свойства агарозного геля

Агарозный гель, отлитый в лоток, для использования при гель-электрофорезе

Агарозный гель представляет собой трехмерную матрицу, образованную спиральными молекулами агарозы в суперспиральных пучках, которые агрегируются в трехмерные структуры с каналами и порами, через которые могут проходить биомолекулы. [3] Трехмерная структура удерживается вместе водородными связями и поэтому может быть разрушена при нагревании обратно в жидкое состояние. Температура плавления отличается от температуры гелеобразования, в зависимости от источников, агарозный гель имеет температуру гелеобразования 35–42 °C и температуру плавления 85–95 °C. Также доступны легкоплавкие и слабогелеобразующие агарозы, полученные путем химических модификаций.

Агарозный гель имеет большой размер пор и хорошую прочность геля, что делает его подходящим в качестве антиконвекционной среды для электрофореза ДНК и крупных белковых молекул. Размер пор 1% геля оценивается от 100 нм до 200–500 нм, [4] [5] а его прочность геля позволяет гелям, разбавленным до 0,15%, образовывать пластину для гель-электрофореза. [6] Однако гели с низкой концентрацией (0,1–0,2%) хрупкие и поэтому с ними трудно обращаться. Агарозный гель имеет более низкую разрешающую способность, чем полиакриламидный гель для ДНК, но имеет больший диапазон разделения и поэтому используется для фрагментов ДНК размером обычно 50–20 000 п.н. Предел разрешения для стандартного электрофореза в агарозном геле составляет около 750 кб, но разрешение более 6 Мб возможно при гель-электрофорезе в импульсном поле (PFGE). [7] Его также можно использовать для разделения крупных белков, и он является предпочтительной матрицей для гель-электрофореза частиц с эффективным радиусом более 5–10 нм. 0,9% агарозный гель имеет поры, достаточно большие для проникновения бактериофага T4 . [6]

Полимер агарозы содержит заряженные группы, в частности пируват и сульфат . [8] Эти отрицательно заряженные группы создают поток воды в противоположном направлении движению ДНК в процессе, называемом электроэндосмосом (EEO), и поэтому могут замедлять движение ДНК и вызывать размытие полос. Гели с более высокой концентрацией будут иметь более высокий электроэндосмотический поток. Поэтому агароза с низким EEO обычно предпочтительна для использования в электрофорезе нуклеиновых кислот в агарозном геле , но агароза с высоким EEO может использоваться для других целей. Более низкое содержание сульфата в агарозе с низким EEO, особенно в агарозе с низкой точкой плавления (LMP), также полезно в случаях, когда ДНК, извлеченная из геля, должна использоваться для дальнейших манипуляций, поскольку присутствие загрязняющих сульфатов может повлиять на некоторые последующие процедуры, такие как лигирование и ПЦР . Однако агарозы с нулевым EEO нежелательны для некоторых применений, поскольку они могут быть получены путем добавления положительно заряженных групп, а такие группы могут повлиять на последующие ферментативные реакции. [9] Электроэндосмос является причиной того, что агарозу используют вместо агара , поскольку компонент агаропектина в агаре содержит значительное количество отрицательно заряженных сульфатных и карбоксильных групп. Удаление агаропектина из агарозы существенно снижает EEO, а также снижает неспецифическую адсорбцию биомолекул в матрице геля. Однако для некоторых применений, таких как электрофорез сывороточных белков, может быть желателен высокий EEO, и в используемый гель можно добавить агаропектин. [10]

Миграция нуклеиновых кислот в агарозном геле

Факторы, влияющие на миграцию нуклеиновой кислоты в геле

Гели плазмидных препаратов обычно показывают основную полосу суперспирализованной ДНК с другими, более слабыми полосами в той же дорожке. Обратите внимание, что по соглашению гель ДНК отображается с меньшими фрагментами ДНК ближе к нижней части геля. Это связано с тем, что исторически гели ДНК работали вертикально, и меньшие фрагменты ДНК двигались вниз быстрее.

На миграцию нуклеиновых кислот может влиять ряд факторов: размер пор геля (концентрация геля), размер ДНК, подвергаемой электрофорезу, используемое напряжение, ионная сила буфера и концентрация интеркалирующего красителя, такого как бромистый этидий, если он используется во время электрофореза. [11]

Более мелкие молекулы перемещаются в геле быстрее, чем более крупные, а двухцепочечная ДНК перемещается со скоростью, которая обратно пропорциональна логарифму числа пар оснований. Однако эта связь нарушается при наличии очень больших фрагментов ДНК, и для разделения очень больших фрагментов ДНК требуется использование гель-электрофореза с импульсным полем (PFGE), который применяет переменный ток с разных направлений, а большие фрагменты ДНК разделяются по мере того, как они переориентируются с изменяющимся полем. [12]

Для стандартного электрофореза в агарозном геле более крупные молекулы лучше разделяются с использованием геля с низкой концентрацией, в то время как более мелкие молекулы лучше разделяются с использованием геля с высокой концентрацией. Однако гели с более высокой концентрацией требуют более длительного времени работы (иногда несколько дней).

На движение ДНК может влиять конформация молекулы ДНК, например, суперспиральная ДНК обычно движется быстрее, чем расслабленная ДНК, поскольку она плотно скручена и, следовательно, более компактна. В обычном препарате плазмидной ДНК могут присутствовать множественные формы ДНК. [13] Электрофорез плазмид в геле обычно показывает отрицательно суперспиральную форму как основную полосу, в то время как рваная ДНК (открытая круговая форма) и расслабленная закрытая круговая форма появляются как второстепенные полосы. Однако скорость, с которой движутся различные формы, может меняться при использовании различных условий электрофореза, [14] а подвижность более крупной кольцевой ДНК может сильнее зависеть от размера пор геля, чем подвижность линейной ДНК. [15]

Бромистый этидий, который интеркалирует в кольцевую ДНК, может изменять заряд, длину, а также суперспиральность молекулы ДНК, поэтому его присутствие в геле во время электрофореза может влиять на ее движение. Например, положительный заряд бромистого этидия может уменьшить движение ДНК на 15%. [12] Электрофорез в агарозном геле может использоваться для разрешения кольцевой ДНК с различной топологией суперспирализации. [16]

Повреждение ДНК из-за увеличения перекрестного связывания также снизит электрофоретическую миграцию ДНК в зависимости от дозы. [17] [18]

Скорость миграции ДНК пропорциональна приложенному напряжению, т. е. чем выше напряжение, тем быстрее движется ДНК. Однако разрешение больших фрагментов ДНК ниже при высоком напряжении. Подвижность ДНК также может изменяться в нестабильном поле — в поле, которое периодически меняется на противоположное, подвижность ДНК определенного размера может значительно упасть при определенной частоте цикла. [4] Это явление может привести к инверсии полос в инверсионном гель-электрофорезе (FIGE), при котором более крупные фрагменты ДНК движутся быстрее, чем более мелкие.

Аномалии миграции

Механизм миграции и разделения

Отрицательный заряд его фосфатного остова перемещает ДНК к положительно заряженному аноду во время электрофореза. Однако миграция молекул ДНК в растворе, в отсутствие гелевой матрицы, не зависит от молекулярного веса во время электрофореза. [4] [20] Таким образом, гелевая матрица отвечает за разделение ДНК по размеру во время электрофореза, и существует ряд моделей, объясняющих механизм разделения биомолекул в гелевой матрице. Широко принятой является модель Огстона, которая рассматривает полимерную матрицу как сито. Глобулярный белок или случайная спираль ДНК перемещаются через взаимосвязанные поры, и движение более крупных молекул с большей вероятностью будет затруднено и замедлено столкновениями с гелевой матрицей, и поэтому молекулы разных размеров могут быть разделены в этом процессе просеивания. [4]

Однако модель Огстона не работает для больших молекул, в результате чего поры значительно меньше размера молекулы. Для молекул ДНК размером более 1 кб чаще всего используется модель рептации (или ее варианты). Эта модель предполагает, что ДНК может ползать «змееподобным» образом (отсюда «рептация») через поры как удлиненная молекула. ​​Модель смещенной рептации применяется при более высокой напряженности электрического поля, в результате чего ведущий конец молекулы становится сильно смещенным в прямом направлении и тянет за собой остальную часть молекулы. [21] Однако флуоресцентная микроскопия в реальном времени окрашенных молекул показала более тонкую динамику во время электрофореза, при этом ДНК демонстрирует значительную эластичность, поскольку она попеременно растягивается в направлении приложенного поля, а затем сжимается в шар или зацепляется в U-образную форму, когда она зацепляется за полимерные волокна. [22] [23]

Общая процедура

Детали эксперимента по электрофорезу в агарозном геле могут различаться в зависимости от методов, но большинство из них следуют общей процедуре.

Видео, демонстрирующее сборку установки и загрузку/работу с гелем.

Отливка геля

Загрузка образцов ДНК в лунки агарозного геля с помощью многоканальной пипетки.

Гель готовят путем растворения порошка агарозы в соответствующем буфере, таком как TAE или TBE , для использования в электрофорезе. [12] Агарозу диспергируют в буфере перед нагреванием его почти до точки кипения, но избегайте кипения. Расплавленной агарозе дают достаточно остыть перед заливкой раствора в форму, так как форма может деформироваться или треснуть, если раствор агарозы слишком горячий. В форму помещают гребень, чтобы создать лунки для загрузки образца, и гель должен полностью застыть перед использованием.

Концентрация геля влияет на разрешение разделения ДНК. Агарозный гель состоит из микроскопических пор, через которые проходят молекулы, и существует обратная зависимость между размером пор агарозного геля и концентрацией — размер пор уменьшается по мере увеличения плотности волокон агарозы. Высокая концентрация геля улучшает разделение более мелких молекул ДНК, в то время как снижение концентрации геля позволяет разделять более крупные молекулы ДНК. Процесс позволяет разделять фрагменты размером от 50 пар оснований до нескольких мегаоснований в зависимости от используемой концентрации геля. [24] Концентрация измеряется в весе агарозы по отношению к объему используемого буфера (г/мл). Для стандартного электрофореза в агарозном геле 0,8% гель дает хорошее разделение или разрешение крупных фрагментов ДНК размером 5–10 кб, в то время как 2% гель дает хорошее разрешение для небольших фрагментов размером 0,2–1 кб. 1% гель часто используется для стандартного электрофореза. [25] Гели с высоким процентным содержанием часто хрупкие и могут не застывать равномерно, в то время как гели с низким процентным содержанием (0,1–0,2%) хрупкие и неудобные в обращении. Гели агарозы с низкой температурой плавления (LMP) также более хрупкие, чем обычный агарозный гель. Агарозу с низкой температурой плавления можно использовать отдельно или одновременно со стандартной агарозой для разделения и изоляции ДНК. [26] PFGE и FIGE часто проводятся с гелями агарозы с высоким процентным содержанием.

Загрузка образцов

После того, как гель застынет, гребенку удаляют, оставляя лунки, куда можно загружать образцы ДНК. Загрузочный буфер смешивают с образцом ДНК перед загрузкой смеси в лунки. Загрузочный буфер содержит плотное соединение, которое может быть глицерином, сахарозой или фиколлом , которое повышает плотность образца, так что образец ДНК может опуститься на дно лунки. [12] Если образец ДНК содержит остаточный этанол после его приготовления, он может всплыть из лунки. Загрузочный буфер также включает цветные красители, такие как ксиленцианол и бромфеноловый синий, используемые для контроля за ходом электрофореза. Образцы ДНК загружаются с помощью пипетки .

Электрофорез

Агарозный гель в электрофорезной камере с полосами красителей, указывающими на ход электрофореза. ДНК движется к аноду.

Электрофорез в агарозном геле чаще всего проводится горизонтально в субаквальном режиме, при котором пластина геля полностью погружена в буфер во время электрофореза. Также возможно, но реже, проводить электрофорез вертикально, а также горизонтально с гелем, поднятым на агарозных ножках с использованием соответствующего аппарата. [27] Буфер, используемый в геле, тот же, что и рабочий буфер в электрофорезной емкости, поэтому электрофорез в субаквальном режиме возможен с агарозным гелем.

Для оптимального разрешения ДНК размером более 2  кб в стандартном гель-электрофорезе рекомендуется 5–8 В/см (расстояние в см относится к расстоянию между электродами, поэтому это рекомендуемое напряжение будет 5–8, умноженное на расстояние между электродами в см). [14] Напряжение также может быть ограничено тем фактом, что оно нагревает гель и может привести к его плавлению, если он работает при высоком напряжении в течение длительного периода, особенно если используемый гель представляет собой агарозный гель LMP. Слишком высокое напряжение также может снизить разрешение, а также вызвать образование полос для больших молекул ДНК. Слишком низкое напряжение может привести к расширению полосы для малых фрагментов ДНК из-за дисперсии и диффузии. [28]

Поскольку ДНК не видна при естественном освещении, ход электрофореза отслеживается с помощью цветных красителей. Ксиленцианол (светло-голубой цвет) мигрирует вместе с большими фрагментами ДНК, в то время как бромфеноловый синий (темно-синий) мигрирует вместе с меньшими фрагментами. Менее распространенные красители включают крезоловый красный и оранжевый G , которые мигрируют впереди бромфенолового синего. ДНК-маркер также запускается вместе для оценки молекулярной массы фрагментов ДНК. Однако следует отметить, что размер кольцевой ДНК, такой как плазмиды, нельзя точно измерить с помощью стандартных маркеров, если она не была линеаризована путем рестрикции , в качестве альтернативы можно использовать суперспиральный ДНК-маркер.

Окрашивание и визуализация

Агарозный гель с УФ-освещением: ДНК, окрашенная бромистым этидием, выглядит как светящиеся оранжевые полосы.

ДНК, а также РНК обычно визуализируются путем окрашивания бромистым этидием , который интеркалирует в основные бороздки ДНК и флуоресцирует под УФ-светом. Интеркаляция зависит от концентрации ДНК, и, таким образом, полоса с высокой интенсивностью будет указывать на большее количество ДНК по сравнению с полосой с меньшей интенсивностью. [12] Бромистый этидий можно добавить в раствор агарозы до того, как он превратится в гель, или гель ДНК можно окрасить позже после электрофореза. Обесцвечивание геля не обязательно, но может дать лучшие изображения. Доступны и другие методы окрашивания; например, MIDORI Green, SYBR Green , GelRed , метиленовый синий , бриллиантовый крезиловый синий , сульфат нильского синего и кристаллический фиолетовый . [29] SYBR Green, GelRed и другие подобные коммерческие продукты продаются как более безопасные альтернативы бромистому этидию, поскольку было показано, что он является мутагенным в тесте Эймса , хотя канцерогенность бромистого этидия фактически не была установлена. SYBR Green требует использования трансиллюминатора синего света. ДНК, окрашенную кристаллическим фиолетовым, можно просматривать при естественном освещении без использования трансиллюминатора УФ, что является преимуществом, однако он может не давать сильной полосы.

При окрашивании бромистым этидием гель просматривается с помощью ультрафиолетового (УФ) трансиллюминатора. УФ-свет возбуждает электроны в ароматическом кольце бромистого этидия, и как только они возвращаются в основное состояние, высвобождается свет, заставляя комплекс ДНК и бромистого этидия флуоресцировать. [12] Стандартные трансиллюминаторы используют длины волн 302/312 нм (УФ-В), однако воздействие УФ-излучения на ДНК в течение всего лишь 45 секунд может вызвать повреждение ДНК и повлиять на последующие процедуры, например, снизить эффективность трансформации , транскрипции in vitro и ПЦР . [30] Поэтому воздействие УФ-излучения на ДНК следует ограничить. Использование более высокой длины волны 365 нм (диапазон УФ-А) вызывает меньшее повреждение ДНК, но также производит гораздо более слабую флуоресценцию с бромистым этидием. Если в трансиллюминаторе можно выбрать несколько длин волн, для получения изображений можно использовать более короткую длину волны, а если необходимо работать с гелем в течение длительного периода времени, следует использовать более длинную длину волны.

Аппарат трансиллюминатора может также содержать устройства захвата изображения, такие как цифровая или поляроидная камера, которые позволяют делать снимки геля или распечатывать их.

При гель-электрофорезе белка полосы можно визуализировать с помощью окрашивания Кумасси или серебром .

Вырезание срезов агарозного геля. При использовании УФ-трансиллюминатора необходимо надевать защитное снаряжение.

Последующие процедуры

Разделенные полосы ДНК часто используются для дальнейших процедур, и полоса ДНК может быть вырезана из геля как срез, растворена и очищена. Однако загрязняющие вещества могут повлиять на некоторые последующие процедуры, такие как ПЦР, и в некоторых случаях может быть предпочтительнее агароза с низкой температурой плавления, поскольку она содержит меньше сульфатов, которые могут повлиять на некоторые ферментативные реакции. Гели также могут использоваться для методов блоттинга.

Буферы

В целом, идеальный буфер должен иметь хорошую проводимость, выделять меньше тепла и иметь длительный срок службы. [31] Существует ряд буферов, используемых для электрофореза в агарозе; распространенные для нуклеиновых кислот включают Трис/ацетат/ЭДТА (ТАЕ) и Трис/борат/ЭДТА (ТБЭ). Используемые буферы содержат ЭДТА для инактивации многих нуклеаз, которым для своей функции требуется двухвалентный катион. Борат в буфере ТБЭ может быть проблематичным, поскольку борат может полимеризоваться и/или взаимодействовать с цис-диолами, такими как те, что содержатся в РНК. ТАЕ имеет самую низкую буферную емкость, но он обеспечивает лучшее разрешение для более крупной ДНК. Это означает более низкое напряжение и большее время, но лучший продукт.

Было предложено много других буферов, например, борат лития (LB), изоэлектрический гистидин, буферы с соответствием pK и т. д.; в большинстве случаев предполагаемым обоснованием является более низкий ток (меньше тепла) и/или согласованная подвижность ионов, что приводит к более длительному сроку службы буфера. Трис-фосфатный буфер имеет высокую буферную емкость, но не может использоваться, если извлеченная ДНК будет использоваться в фосфат-чувствительной реакции. LB является относительно новым и неэффективен для разделения фрагментов размером более 5 кбн; однако, с его низкой проводимостью можно использовать гораздо более высокое напряжение (до 35 В/см), что означает более короткое время анализа для обычного электрофореза. Разница в размере всего одной пары оснований может быть разрешена в 3% агарозном геле с чрезвычайно низкой проводимостью (1 мМ литиевого бората). [32]

Другие буферные системы могут использоваться в особых случаях, например, буферы барбитуровой кислоты-барбитурата натрия или трис- барбитурата могут использоваться для электрофореза белков в агарозном геле, например, при обнаружении аномального распределения белков. [33]

Приложения

Агарозные гели легко отливать и обрабатывать по сравнению с другими матрицами, а нуклеиновые кислоты не изменяются химически во время электрофореза. Образцы также легко извлекаются. После завершения эксперимента полученный гель можно хранить в пластиковом пакете в холодильнике.

Электрофорез проводится в буферных растворах для снижения изменений pH из-за электрического поля, что важно, поскольку заряд ДНК и РНК зависит от pH, но слишком долгое выполнение может исчерпать буферную емкость раствора. Кроме того, различные препараты генетического материала могут не мигрировать последовательно друг с другом по морфологическим или другим причинам.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Крындушкин ДС, Александров ИМ, Тер-Аванесян МД, Кушниров ВВ (декабрь 2003 г.). "Агрегаты прионов дрожжей [PSI+] образованы небольшими полимерами Sup35, фрагментированными Hsp104". Журнал биологической химии . 278 (49): 49636–43. doi : 10.1074/jbc.M307996200 . PMID  14507919.
  2. ^ Сэмбрук Дж., Рассел Д. В. (2001). Молекулярное клонирование: лабораторное руководство, 3-е изд. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, Нью-Йорк.
  3. ^ Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. "Глава 5, протокол 1". Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . Том 1 (3-е изд.). С. 5.4. ISBN 978-0-87969-577-4.
  4. ^ abcd Zimm BH, Levene SD (май 1992). "Проблемы и перспективы теории гель-электрофореза ДНК" (PDF) . Quarterly Reviews of Biophysics . 25 (2): 171–204. doi :10.1017/s0033583500004662. PMID  1518924. S2CID  27976751.
  5. ^ Жан-Луи Виови (2000). «Электрофорез ДНК и других полиэлектролитов: Физические механизмы». Reviews of Modern Physics . 72 (3): 813–872. Bibcode : 2000RvMP...72..813V. doi : 10.1103/RevModPhys.72.813.
  6. ^ ab Philip Serwer (1983). "Агарозные гели: свойства и использование для электрофореза". Электрофорез . 4 (6): 375–382. doi :10.1002/elps.1150040602. S2CID  97819634.
  7. ^ Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. "Глава 5, протокол 1". Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . Том 1 (3-е изд.). С. 5.2–5.3. ISBN 978-0-87969-577-4.
  8. ^ "Приложение B: Физическая химия агарозы" (PDF) . Lonza Group . Архивировано (PDF) из оригинала 2022-10-09.
  9. ^ Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. "Глава 5, протокол 1". Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . Том 1 (3-е изд.). С. 5.7. ISBN 978-0-87969-577-4.
  10. ^ Керен, Дэвид (26 сентября 2003 г.). Электрофорез белков в клинической диагностике. CRC Press. стр. 7–8. ISBN 978-0340812136.
  11. ^ G. Lucotte; F. Baneyx (1993). Введение в методы молекулярного клонирования . Wiley-Blackwell. стр. 32. ISBN 978-0471188490.
  12. ^ abcdef Lee PY, Costumbrado J, Hsu CY, Kim YH (апрель 2012 г.). "Электрофорез в агарозном геле для разделения фрагментов ДНК". Journal of Visualized Experiments (62). doi :10.3791/3923. PMC 4846332 . PMID  22546956. 
  13. ^ Ричард Р. Синден (1994-11-24). Структура и функция ДНК. Academic Press Inc. стр. 97. ISBN 978-0126457506.
  14. ^ ab Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. "Глава 5, протокол 1". Молекулярное клонирование - лабораторное руководство . Том 1 (3-е изд.). стр. 5.5–5.6. ISBN 978-0-87969-577-4.
  15. ^ Aaij C, Borst P (май 1972 г.). «Гель-электрофорез ДНК». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белка . 269 ​​(2): 192–200. дои : 10.1016/0005-2787(72)90426-1. ПМИД  5063906.
  16. ^ Дональд Воэт; Джудит Г. Воэт (1995). Биохимия (2-е изд.). Джон Уайли и сыновья. стр. 877–878. ISBN 978-0471586517.
  17. ^ Blasiak J, Trzeciak A, Malecka-Panas E, Drzewoski J, Wojewódzka M (август 2000 г.). «In vitro генотоксичность этанола и ацетальдегида в человеческих лимфоцитах и ​​клетках слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта». Toxicology in Vitro . 14 (4): 287–95. doi :10.1016/S0887-2333(00)00022-9. PMID  10906435.
  18. ^ Lu Y, Morimoto K (июль 2009 г.). «Связано ли привычное употребление алкоголя с пониженной электрофоретической миграцией ДНК в лейкоцитах периферической крови у японских мужчин с дефицитом ALDH2?». Mutagenesis . 24 (4): 303–8. doi : 10.1093/mutage/gep008 . PMID  19286920.
  19. ^ G. Lucotte; F. Baneyx (1993). Введение в методы молекулярного клонирования . Wiley-Blackwell. стр. 41. ISBN 978-0471188490.
  20. ^ Роберт В. Олд; Сэнди Б. Примроуз (1994-09-27). Принцип генной манипуляции - Введение в генную инженерию (5-е изд.). Blackwell Scientific. стр. 9. ISBN 9780632037124.
  21. ^ Ли Чжу; Хун Ван (2009-03-02). "Глава 4 - Генетический анализ в миниатюрных системах электрофореза". В Tian, ​​Wei-Cheng; Finehout, Erin (ред.). Микрофлюидика для биологических приложений . Springer. стр. 125. ISBN 978-0-387-09480-9.
  22. ^ Смит СБ, Олдридж ПК, Каллис ДжБ (январь 1989). «Наблюдение за отдельными молекулами ДНК, подвергающимися гель-электрофорезу». Science . 243 (4888): 203–6. Bibcode :1989Sci...243..203S. doi :10.1126/science.2911733. PMID  2911733.
  23. ^ Шварц Д.К., Коваль М. (апрель 1989 г.). «Конформационная динамика отдельных молекул ДНК во время гель-электрофореза». Nature . 338 (6215): 520–2. Bibcode :1989Natur.338..520S. doi :10.1038/338520a0. PMID  2927511. S2CID  4249063.
  24. ^ Магдельдин, Самех (2012). Гель-электрофорез . ИнТех. стр. 35–40.
  25. ^ "Электрофорез в агарозном геле (базовый метод)". Биологические протоколы . Получено 23 августа 2011 г.
  26. ^ Фотадар У, Шапиро Л.Е., Суркс М.И. (февраль 1991 г.). «Одновременное использование стандартной и легкоплавкой агарозы для разделения и изоляции ДНК методом электрофореза». BioTechniques . 10 (2): 171–2. PMID  2059440.
  27. ^ Дэвид Фрайфельдер (1982). Физическая биохимия: приложения к биохимии и молекулярной биологии (2-е изд.). WH Freeman. стр. 292–293. ISBN 978-0716714446.
  28. ^ "Раздел III: Загрузка и запуск ДНК в агарозных гелях" (PDF) . Lonza Group . Архивировано (PDF) из оригинала 2022-10-09.
  29. ^ "DNA reveal" (PDF) . Национальный центр биотехнологического образования . Университет Рединга. Архивировано из оригинала (PDF) 2012-03-04.
  30. ^ Грюндеманн Д., Шёмиг Э. (ноябрь 1996 г.). «Защита ДНК во время препаративного электрофореза в агарозном геле от повреждений, вызванных ультрафиолетовым светом». BioTechniques . 21 (5): 898–903. doi : 10.2144/96215rr02 . PMID  8922632.
  31. ^ Самех Магдельдин, ред. (2012). Гель-электрофорез – Принципы и основы . InTech. ISBN 978-953-51-0458-2.
  32. ^ Brody JR, Kern SE (октябрь 2004 г.). «История и принципы создания проводящих сред для стандартного электрофореза ДНК» (PDF) . Аналитическая биохимия . 333 (1): 1–13. doi :10.1016/j.ab.2004.05.054. PMID  15351274. Архивировано из оригинала (PDF) 24 декабря 2012 г.
  33. ^ Джеппссон Дж. О., Лорелл CB, Франзен Б. (апрель 1979 г.). «Электрофорез в агарозном геле». Клиническая химия . 25 (4): 629–38. дои : 10.1093/клинчем/25.4.629 . ПМИД  313856.
  34. ^ Месарош, Эва (2021). «Определение концентрации и чистоты нуклеиновых кислот». INTEGRA Biosciences .
  35. ^ Giot, Jean-Francois (2010). "Электрофорез в агарозном геле: применение в клинической химии" (PDF) . Журнал медицинской биохимии . 29 : 9–14. doi : 10.2478/v10011-009-0033-8 . S2CID  94646249. Архивировано (PDF) из оригинала 2022-10-09.

Внешние ссылки