stringtranslate.com

Варианты SARS-CoV-2

Положительные, отрицательные и нейтральные мутации в ходе эволюции коронавирусов, таких как SARS-CoV-2.

Варианты тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 ( SARS-CoV-2 ) — это вирусы, которые, хотя и похожи на оригинал, имеют генетические изменения, имеющие достаточно большое значение, чтобы побудить вирусологов маркировать их отдельно. SARS-CoV-2 — это вирус, вызывающий коронавирусную болезнь 2019 года (COVID-19). Было заявлено, что некоторые из них имеют особое значение из-за их потенциала повышенной заразности, [1] повышенной вирулентности или сниженной эффективности вакцин против них. [2] [3] Эти варианты способствуют продолжению пандемии COVID-19 .

По состоянию на 24 сентября 2024 года , по данным Всемирной организации здравоохранения , интерес представляют варианты BA.2.86 и JN.1, а отслеживаемые варианты — JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, JN.1.18, LB.1 и XEC. [4]

Обзор

Происхождение SARS-CoV-2 не было определено. [5] Однако возникновение SARS-CoV-2 могло быть результатом событий рекомбинации между коронавирусом SARS-подобным у летучих мышей и коронавирусом панголина посредством межвидовой передачи. [6] [7] Самые ранние доступные вирусные геномы SARS-CoV-2 были получены от пациентов в декабре 2019 года, и китайские исследователи сравнили эти ранние геномы со штаммами коронавирусов летучих мышей и панголина, чтобы оценить предковый тип человеческого коронавируса; идентифицированный предковый тип генома был обозначен как «S», а его доминирующий производный тип был обозначен как «L», чтобы отразить мутантные изменения аминокислот. Независимо от этого западные исследователи провели аналогичные анализы, но обозначили предковый тип как «A», а производный тип как «B». Тип B мутировал в другие типы, включая B.1, который является предком основных глобальных вариантов, вызывающих беспокойство, обозначенных ВОЗ в 2021 году как варианты альфа , бета , гамма , дельта и омикрон . [8] [9] [10]

В начале пандемии относительно небольшое количество инфекций (по сравнению с более поздними стадиями пандемии) привело к меньшему количеству возможностей для мутации вирусного генома и, следовательно, к меньшему количеству возможностей для возникновения дифференцированных вариантов. [11] Поскольку возникновение вариантов было более редким, наблюдение мутаций S-белка в области рецептор-связывающего домена (RBD), взаимодействующего с ACE2, также не было частым. [12]

С течением времени эволюция генома SARS-CoV-2 (посредством случайных мутаций) привела к тому, что мутантные образцы вируса (т. е. генетические варианты), которые, как было отмечено, более заразны, были отобраны естественным путем. Примечательно, что варианты Alpha и Delta оказались более заразными, чем ранее идентифицированные вирусные штаммы. [13]

Некоторые варианты SARS-CoV-2 считаются вызывающими беспокойство, поскольку они сохраняют (или даже увеличивают) свою способность к репликации в условиях растущего иммунитета населения [14] либо путем выздоровления от инфекции, либо посредством вакцинации. Некоторые из вызывающих беспокойство вариантов демонстрируют мутации в RBD S-белка. [15]

Определения

Термин «вызывающий беспокойство вариант» ( VOC ) для SARS-CoV-2 , вызывающего COVID-19 , представляет собой категорию, используемую для вариантов вируса, в которых мутации в домене связывания рецептора спайкового белка (RBD) существенно увеличивают сродство связывания (например, N501Y) в комплексе RBD-hACE2 (генетические данные), а также связаны с быстрым распространением в популяциях людей (эпидемиологические данные). [16]

Перед тем, как быть отнесенным к этой категории, возникающий вариант мог быть помечен как вариант, представляющий интерес ( VOI ) [17] или, в некоторых странах, как вариант, находящийся на стадии исследования ( VUI ). [18] Во время или после более полной оценки как вариант, представляющий интерес, вариант обычно относят к линии в системе номенклатуры Pango [19] и к кладам в системах Nextstrain [20] и GISAID [21] .

Исторически ВОЗ регулярно перечисляла обновления по вариантам, вызывающим беспокойство (VOC), которые представляют собой варианты с повышенной скоростью передачи, вирулентностью или устойчивостью к смягчающим мерам, таким как вакцины. Затем заявки на варианты от государств-членов отправляются в GISAID , после чего проводятся полевые исследования варианта. [22] Обновленные определения, опубликованные 4 октября 2023 года, добавляют варианты, представляющие интерес (VOI), и варианты, находящиеся под наблюдением (VUM), к рабочим определениям Всемирной организации здравоохранения для вариантов SARS-CoV-2. [23] [24] Другие организации, такие как CDC в Соединенных Штатах, обычно определяют свои варианты, вызывающие беспокойство, немного по-другому; например, CDC деэскалировал вариант Delta 14 апреля 2022 года, [25] в то время как ВОЗ сделала это 7 июня 2022 года.

Ложноцветная трансмиссионная электронная микрофотография варианта коронавируса B.1.1.7. Считается, что повышенная заразность варианта обусловлена ​​изменениями в структуре шиповидных белков, показанных здесь зеленым цветом.

По состоянию на 15 марта 2023 г. [ 26] ВОЗ определяет VOI как вариант «с генетическими изменениями, которые, как прогнозируется или известно, влияют на характеристики вируса, такие как заразность, вирулентность, уклонение от антител, восприимчивость к терапии и обнаруживаемость», и который циркулирует больше других вариантов в более чем одном регионе ВОЗ в такой степени, что можно предположить глобальный риск для общественного здравоохранения. [27] Кроме того, в обновлении указано, что «VOI будут обозначаться с использованием устоявшихся систем научной номенклатуры, таких как те, которые используются Nextstrain и Pango». [27]

Критерии известности

Вирусы обычно приобретают мутации с течением времени, что приводит к появлению новых вариантов. Когда новый вариант, по-видимому, растет в популяции, его можно обозначить как «возникающий вариант». В случае SARS-CoV-2 новые линии часто отличаются друг от друга всего несколькими нуклеотидами. [14]

Некоторые из потенциальных последствий появления новых вариантов следующие: [28] [29]

Варианты, которые, по-видимому, соответствуют одному или нескольким из этих критериев, могут быть помечены как «варианты, находящиеся на стадии исследования» или «варианты, представляющие интерес», ожидающие проверки и подтверждения этих свойств. Основной характеристикой варианта, представляющего интерес, является то, что он демонстрирует доказательства, демонстрирующие, что он является причиной возросшей доли случаев или уникальных кластеров вспышек; однако он также должен иметь ограниченную распространенность или распространение на национальном уровне, в противном случае классификация будет повышена до « варианта, вызывающего беспокойство ». [30] [31] Если есть явные доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижена, этот вариант называется «вариантом с серьезными последствиями». [25]

Номенклатура

Древовидная диаграмма линий SARS-CoV-2 согласно системе номенклатуры Pango.
Различные варианты SARS-CoV-2, о которых CDC, NIH официально сообщили в мае 2021 года в связи с мутациями L452R и E484K

Варианты SARS-CoV-2 сгруппированы в соответствии с их происхождением и мутациями компонентов. [14] Многие организации, включая правительства и новостные агентства, в разговорной речи ссылались на беспокоящие варианты по стране, в которой они были впервые выявлены. [42] [43] [44] После нескольких месяцев обсуждений Всемирная организация здравоохранения 31 мая 2021 года объявила греческие буквенные названия для важных штаммов, [45] чтобы их можно было легко называть простым, легко произносимым и не стигматизирующим образом. [46] [47] Это решение, возможно, частично было принято из-за критики со стороны правительств по поводу использования названий стран для обозначения вариантов вируса; ВОЗ упомянула о возможности упоминания названий стран вызывать стигматизацию. [48] ​​После использования всех букв от Альфы до Мю (см. ниже) в ноябре 2021 года ВОЗ пропустила следующие две буквы греческого алфавита, Ню и Си, и использовала Омикрон, что вызвало предположения, что Си была пропущена, чтобы не оскорбить китайского лидера Си Цзиньпина . [49] ВОЗ дала в качестве объяснения, что Ню слишком легко спутать со словом «новый», а Си — распространенная фамилия . [49] В случае, если ВОЗ будет использовать весь греческий алфавит, агентство рассмотрело возможность называть будущие варианты в честь созвездий . [50]

Линии и клады

Хотя существуют тысячи вариантов SARS-CoV-2, [51] подтипы вируса можно объединить в более крупные группы, такие как линии или клады . [b] Были предложены три основные, обычно используемые номенклатуры [52] :

Каждый национальный институт общественного здравоохранения может также установить свою собственную систему номенклатуры для целей отслеживания определенных вариантов. Например, Public Health England обозначил каждый отслеживаемый вариант по году, месяцу и номеру в формате [YYYY] [MM]/[NN], добавляя префикс «VUI» или «VOC» для варианта, находящегося под расследованием, или варианта, вызывающего беспокойство, соответственно. [30] Эта система теперь была изменена и теперь использует формат [YY] [MMM]-[NN], где месяц записывается с использованием трехбуквенного кода. [30]

Последовательность ссылок

Поскольку в настоящее время неизвестно, когда произошел индексный случай или «нулевой пациент», выбор референтной последовательности для данного исследования является относительно произвольным, при этом выбор различных известных исследований варьируется следующим образом:

Исследователи считают, что вариант, впервые отобранный и идентифицированный в Ухане (Китай), отличается от генома-предшественника тремя мутациями. [59] [65] Впоследствии появилось много различных линий SARS-CoV-2. [57]

Обзор исторических вариантов, вызывающих беспокойство или находящихся под наблюдением

В следующей таблице представлена ​​информация и относительный уровень риска [66] для текущих и ранее циркулирующих вариантов, представляющих интерес (VOC). [d] Интервалы предполагают 95% уровень достоверности или надежности , если не указано иное. В настоящее время все оценки являются приблизительными из-за ограниченной доступности данных для исследований. Для Alpha, Beta, Gamma и Delta точность теста не изменилась , [67] [72] а нейтрализующая активность антител сохраняется некоторыми моноклональными антителами. [25] [73] Тесты ПЦР продолжают обнаруживать вариант Omicron. [74]

Ранее циркулировавшие и ранее отслеживавшиеся варианты (ВОЗ)

ВОЗ определяет ранее циркулировавший вариант как вариант, который «продемонстрировал, что больше не представляет существенного дополнительного риска для глобального общественного здравоохранения по сравнению с другими циркулирующими вариантами SARS-CoV-2», но все равно должен контролироваться. [93]

15 марта 2023 года ВОЗ опубликовала обновление системы отслеживания ЛОС, объявив, что греческие буквы будут присвоены только ЛОС. [26]

Ранее циркулировавшие варианты, вызывающие беспокойство (VOC)

Перечисленные ниже варианты ранее были обозначены как варианты, вызывающие беспокойство, но были вытеснены другими вариантами. По состоянию на май 2022 года ВОЗ перечисляет следующие варианты в разделе «ранее циркулировавшие варианты, вызывающие беспокойство»: [93]

Альфа (линия B.1.1.7)

Впервые обнаруженный в октябре 2020 года во время пандемии COVID-19 в Соединенном Королевстве из образца, взятого месяцем ранее в Кенте, [94] линия B.1.1.7, [95] обозначенная ВОЗ как альфа-вариант , ранее был известен как первый исследуемый вариант в декабре 2020 года (VUI – 202012/01) [96] и позже обозначен как VOC-202012/01. [30] Он также известен как 20I (V1), [75] 20I/501Y.V1 [97] (ранее 20B/501Y.V1), [28] [98] [99] или 501Y.V1. [100] С октября по декабрь 2020 года его распространенность удваивалась каждые 6,5 дней, что является предполагаемым интервалом между поколениями. [101] [102] Это коррелирует со значительным ростом уровня заражения COVID-19 в Соединенном Королевстве , что частично связано с мутацией N501Y. [101] Были некоторые доказательства того, что этот вариант имел повышенную на 40–80% трансмиссивность (большинство оценок лежали в районе середины или верхней границы этого диапазона), [103] [104] и ранние анализы предполагали увеличение летальности, [105] [106] хотя более поздние исследования не обнаружили никаких доказательств повышенной вирулентности. [107] По состоянию на май 2021 года вариант Alpha был обнаружен примерно в 120 странах. [108]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Альфа и его подварианты до «ранее циркулировавших вариантов, вызывающих беспокойство». [109] [110]

B.1.1.7 с E484K

Вариант Concern 21FEB-02 (ранее обозначавшийся как VOC -202102/02), описанный Public Health England (PHE) как «B.1.1.7 с E484K» [30] , имеет ту же линию в системе номенклатуры Pango, но имеет дополнительную мутацию E484K. По состоянию на 17 марта 2021 года в Великобритании было зарегистрировано 39 подтвержденных случаев VOC -21FEB-02. [30] 4 марта 2021 года ученые сообщили о B.1.1.7 с мутациями E484K в штате Орегон . Из 13 проанализированных тестовых образцов в одном была эта комбинация, которая, по-видимому, возникла спонтанно и локально, а не была импортирована. [111] [112] [113] Другие названия этого варианта включают B.1.1.7+E484K [114] и B.1.1.7 Lineage с S:E484K. [115]

Бета (родословная B.1.351)

18 декабря 2020 года вариант 501.V2 , также известный как 501.V2, 20H (V2), [75] 20H/501Y.V2 [97] (ранее 20C/501Y.V2), 501Y.V2, [116] VOC-20DEC-02 (ранее VOC -202012/02) или линия B.1.351, [28] был впервые обнаружен в Южной Африке и зарегистрирован департаментом здравоохранения страны . [117] ВОЗ обозначила его как бета-вариант. Исследователи и должностные лица сообщили, что распространенность этого варианта была выше среди молодых людей без каких-либо сопутствующих заболеваний, и по сравнению с другими вариантами он чаще приводит к серьезным заболеваниям в этих случаях. [118] [119] Министерство здравоохранения ЮАР также указало, что этот вариант может стать причиной второй волны эпидемии COVID-19 в стране из-за того, что этот вариант распространяется более быстрыми темпами, чем другие более ранние варианты вируса. [117] [118]

Ученые отметили, что этот вариант содержит несколько мутаций, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека из-за следующих трех мутаций в рецептор-связывающем домене (RBD) в шиповидном гликопротеине вируса: N501Y, [117] [120] K417N и E484K. [121] [122] Мутация N501Y также была обнаружена в Соединенном Королевстве. [117] [123]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант бета и его подварианты до «ранее циркулировавших вариантов, вызывающих беспокойство». [109] [110]

Гамма (линия P.1)

Вариант Gamma или линия P.1, названный вариантом Concern 21JAN-02 [30] (ранее VOC-202101/02) Public Health England [30] 20J (V3) [75] или 20J/501Y.V3 [97] Nextstrain , или просто 501Y.V3, [100] был обнаружен в Токио 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (NIID). ВОЗ обозначила его как вариант Gamma. Новый вариант был впервые выявлен у четырех человек, прибывших в Токио из бразильского штата Амазонас 2 января 2021 года. [124] 12 января 2021 года Центр CADDE Бразилия-Великобритания подтвердил 13 местных случаев нового варианта Gamma в тропических лесах Амазонки. [125] Этот вариант SARS-CoV-2 был назван линией P.1 (хотя он является потомком B.1.1.28, название B.1.1.28.1 [67] [126] не допускается, и поэтому полученное название — P.1) и имеет 17 уникальных изменений аминокислот, 10 из которых находятся в его спайковом белке, включая три соответствующие мутации: N501Y, E484K и K417T. [125] [126] [127] [128] : Рисунок 5 

Мутации N501Y и E484K способствуют образованию стабильного комплекса RBD-hACE2, тем самым усиливая связывающую способность RBD с hACE2. Однако мутация K417T препятствует образованию комплекса между RBD и hACE2, что, как было показано, снижает связывающую способность. [1]

Новый вариант отсутствовал в образцах, собранных с марта по ноябрь 2020 года в Манаусе , штат Амазонас, но он был обнаружен в том же городе в 42% образцов с 15 по 23 декабря 2020 года, затем следовали 52,2% в период с 15 по 31 декабря и 85,4% в период с 1 по 9 января 2021 года. [125] Исследование показало, что инфекции, вызванные Gamma, могут вызывать почти в десять раз большую вирусную нагрузку по сравнению с лицами, инфицированными одной из других линий, выявленных в Бразилии (B.1.1.28 или B.1.195). Gamma также показала в 2,2 раза более высокую заразность с одинаковой способностью заражать как взрослых, так и пожилых людей, что позволяет предположить, что линии P.1 и P.1-подобные более успешны в заражении молодых людей независимо от пола. [129]

Исследование образцов, собранных в Манаусе в период с ноября 2020 года по январь 2021 года, показало, что вариант Gamma в 1,4–2,2 раза более заразен и, как было показано, способен обходить 25–61% унаследованного иммунитета от предыдущих коронавирусных заболеваний, что приводит к возможности повторного заражения после выздоровления от более ранней инфекции COVID-19. Что касается коэффициента летальности, то инфекции Gamma также оказались на 10–80% более летальными. [130] [131] [132]

Исследование показало, что у людей, полностью вакцинированных Pfizer или Moderna, эффект нейтрализации против Gamma значительно снизился , хотя фактическое влияние на течение болезни неопределенно. Предварительное исследование Фонда Освальдо Круза, опубликованное в начале апреля, показало, что реальные показатели людей с первой дозой вакцины Sinovac Coronavac имели эффективность примерно 50%. Они ожидали, что эффективность будет выше после 2-й дозы. По состоянию на июль 2021 года исследование продолжается. [133]

Предварительные данные двух исследований указывают на то, что вакцина Oxford–AstraZeneca эффективна против варианта Gamma, хотя точный уровень эффективности пока не опубликован. [134] [135] Предварительные данные исследования, проведенного Instituto Butantan, показывают, что CoronaVac также эффективна против варианта Gamma, и по состоянию на июль 2021 года ее еще предстоит расширить для получения окончательных данных. [136]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Гамма и его подварианты до «ранее циркулировавших вариантов, вызывающих беспокойство». [109] [110]

Дельта (линия B.1.617.2)

Вариант Delta, также известный как B.1.617.2, G/452R.V3, 21A [75] или 21A/S:478K, [97], был доминирующим в мире вариантом, который распространился по меньшей мере в 185 странах. [137] Он был впервые обнаружен в Индии . Потомок линии B.1.617, которая также включает исследуемый вариант Kappa, он был впервые обнаружен в октябре 2020 года и с тех пор распространился по всему миру. [138] [139] [140] [141] [142] 6 мая 2021 года британские ученые объявили B.1.617.2 (в котором, в частности, отсутствует мутация в E484Q) «вариантом, вызывающим беспокойство», обозначив его VOC-21APR-02, после того как они отметили доказательства того, что он распространяется быстрее, чем исходная версия вируса, и может распространяться быстрее или так же быстро, как Alpha. [143] [68] [144] [145] Он несет мутации L452R и P681R в Spike; [36] в отличие от Kappa он несет T478K, но не E484Q.

3 июня 2021 года Министерство здравоохранения Англии сообщило, что двенадцать из 42 случаев смерти от варианта «Дельта» в Англии произошли среди полностью вакцинированных, и что он распространяется почти в два раза быстрее, чем вариант «Альфа». [146] Также 11 июня Медицинский центр Foothills в Калгари, Канада, сообщил, что половина из 22 случаев заболевания вариантом «Дельта» произошла среди полностью вакцинированных. [147]

В июне 2021 года начали появляться сообщения о варианте Delta с мутацией K417N. [148] Мутация, также присутствующая в вариантах Beta и Gamma, вызвала обеспокоенность по поводу возможности снижения эффективности вакцин и лечения антителами и повышенного риска повторного заражения. [149] Вариант, названный Public Health England «Delta с K417N», включает две клады, соответствующие линиям Pango AY.1 и AY.2. [150] Он был назван «Delta plus» [151] от «Delta plus K417N». [152] Название мутации, K417N, относится к обмену, при котором лизин (K) заменяется аспарагином (N) в позиции 417. [153] 22 июня Министерство здравоохранения и благосостояния семьи Индии объявило вариант COVID-19 «Delta plus» вариантом, вызывающим беспокойство, после того, как в Индии было зарегистрировано 22 случая этого варианта. [154] После объявления ведущие вирусологи заявили, что недостаточно данных для поддержки маркировки варианта как отдельного варианта, вызывающего беспокойство, указав на небольшое количество обследованных пациентов. [155] В Великобритании в июле 2021 года был идентифицирован AY.4.2. Наряду с ранее упомянутыми он также получил прозвище «Delta Plus» из-за своих дополнительных мутаций, Y145H и A222V. Они не являются уникальными для него, но отличают его от исходного варианта Delta. [156]

7 июня 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант «Дельта» и его подварианты до «ранее циркулировавших вариантов, вызывающих беспокойство». [110] [157]

Ранее циркулировавшие варианты интереса (VOI)

Эпсилон (родословные B.1.429, B.1.427, CAL.20C)

Вариант Эпсилон или линия B.1.429, также известный как CAL.20C [158] или CA  VUI1, [159] 21C [75] или 20C/S:452R, [97], определяется пятью различными мутациями (I4205V и D1183Y в гене ORF1ab и S13I, W152C, L452R в S-гене белка спайка), из которых L452R (ранее также обнаруженная в других неродственных линиях) вызывала особую озабоченность. [38] [160] С 17 марта по 29 июня 2021 года CDC перечислил B.1.429 и связанный с ним B.1.427 как «варианты, вызывающие озабоченность». [36] [161] [162] [163] По состоянию на июль 2021 года Эпсилон больше не рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес, [24] поскольку его обогнал Альфа. [164]

С сентября 2020 года по январь 2021 года он был на 19–24% более заразным, чем более ранние варианты в Калифорнии. Нейтрализация против него антителами от естественных инфекций и вакцинации была умеренно снижена, [165] но он оставался обнаруживаемым в большинстве диагностических тестов. [166]

Эпсилон (CAL.20C) был впервые обнаружен в июле 2020 года исследователями из Медицинского центра Cedars-Sinai , Калифорния , в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии COVID-19 . [167] Он не был обнаружен снова до сентября, когда он снова появился среди образцов в Калифорнии, но цифры оставались очень низкими до ноября. [168] [169] В ноябре 2020 года вариант Эпсилон составлял 36 процентов образцов, собранных в Медицинском центре Cedars-Sinai, а к январю 2021 года вариант Эпсилон составлял 50 процентов образцов. [160] В совместном пресс-релизе Калифорнийского университета в Сан-Франциско , Департамента общественного здравоохранения Калифорнии и Департамента общественного здравоохранения округа Санта-Клара [ 170] вариант был также обнаружен в нескольких округах Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. [171] В препринте CAL.20C описывается как принадлежащий к кладе 20C и составляющий примерно 36% образцов, в то время как возникающий вариант из клады 20G составляет около 24% образцов в исследовании, сосредоточенном на Южной Калифорнии. Обратите внимание, однако, что в США в целом клада 20G преобладает по состоянию на январь 2021 года. [38] После увеличения числа Epsilon в Калифорнии, вариант был обнаружен с разной частотой в большинстве штатов США. Небольшие количества были обнаружены в других странах Северной Америки, а также в Европе, Азии и Австралии. [168] [169] После первоначального роста его частота быстро снизилась с февраля 2021 года, поскольку он был вытеснен более передающимся Alpha . В апреле Эпсилон оставался относительно частым в некоторых частях северной Калифорнии, но он практически исчез с юга штата и так и не смог закрепиться в других местах; только 3,2% всех случаев в Соединенных Штатах были Эпсилон, тогда как более двух третей были Альфа. [164]

Зета (линия P.2)

В соответствии с упрощенной схемой наименования, предложенной Всемирной организацией здравоохранения , P.2 был обозначен как «вариант Zeta» и считался вариантом, представляющим интерес (VOI), но не вариантом, вызывающим беспокойство . [172] Второй волне в ноябре 2020 года предшествовало увеличение распространенности варианта Zeta среди генетических последовательностей из штата Сан-Паулу, внесенных в базу данных GISAID . [173] По состоянию на июль 2021 года Zeta больше не считается вариантом, представляющим интерес, ВОЗ. [174]

Эта (родословная B.1.525)

Вариант Eta или линия B.1.525, также называемый VUI -21FEB-03 [30] (ранее VUI-202102/03) Министерством здравоохранения Англии (PHE) и ранее известный как UK1188, [30] 21D [75] или 20A/S:484K, [97], не несет той же мутации N501Y, что и в вариантах Alpha , Beta и Gamma , но несет ту же мутацию E484K, что и в вариантах Gamma, Zeta и Beta, а также несет ту же делецию ΔH69/ΔV70 (делеция аминокислот гистидина и валина в положениях 69 и 70), что и в вариантах Alpha, N439K (B.1.141 и B.1.258) и Y453F ( кластер 5 ). [175] Eta отличается от всех других вариантов наличием как мутации E484K, так и новой мутации F888L (замена фенилаланина (F) на лейцин (L) в домене S2 белка спайка). По состоянию на 5 марта 2021 года она была обнаружена в 23 странах. [176] [177] [178] Она также была зарегистрирована в Майотте , заморском департаменте/регионе Франции. [176] Первые случаи были обнаружены в декабре 2020 года в Великобритании и Нигерии, и по состоянию на 15 февраля 2021 года она встречалась с самой высокой частотой среди образцов в последней стране. [178] По состоянию на 24 февраля в Великобритании было обнаружено 56 случаев. [30] Дания, которая секвенирует все свои случаи COVID-19, обнаружила 113 случаев этого варианта с 14 января по 21 февраля 2021 года, из которых семь были напрямую связаны с зарубежными поездками в Нигерию. [177]

По состоянию на июль 2021 года британские эксперты изучают его, чтобы определить, насколько он может быть рискованным. В настоящее время он рассматривается как «вариант, находящийся на стадии изучения», но в ожидании дальнейшего изучения он может стать « вариантом, вызывающим беспокойство ». Рави Гупта из Кембриджского университета сказал в интервью BBC , что линия B.1.525, по-видимому, имеет «значительные мутации», уже наблюдаемые в некоторых других новых вариантах, что означает, что их вероятный эффект в некоторой степени более предсказуем. [179]

Тета (линия P.3)

18 февраля 2021 года Департамент здравоохранения Филиппин подтвердил обнаружение двух мутаций COVID-19 в Центральных Висайях после того, как образцы пациентов были отправлены на секвенирование генома. Мутации были позже названы E484K и N501Y, они были обнаружены в 37 из 50 образцов, причем обе мутации были сопутствующими в 29 из них. [180]

13 марта Департамент здравоохранения подтвердил, что мутации представляют собой вариант, который был обозначен как линия P.3. [181] В тот же день он также подтвердил первый случай COVID-19, вызванный вариантом Gamma в стране. На Филиппинах 13 марта было зарегистрировано 98 случаев варианта Theta. [182] 12 марта было объявлено, что Theta также был обнаружен в Японии. [183] ​​[184] 17 марта Соединенное Королевство подтвердило свои первые два случая, [185] где PHE назвало его VUI-21MAR-02. [30] 30 апреля 2021 года Малайзия обнаружила 8 случаев варианта Theta в Сараваке. [186]

По состоянию на июль 2021 года Тета больше не рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес. [24]

Йота (родословная B.1.526)

Вариант Iota [187], также известный как линия B.1.526, является одним из вариантов SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 . Впервые он был обнаружен в Нью-Йорке в ноябре 2020 года. Вариант появился с двумя заметными мутациями: мутацией спайка E484K, которая может помочь вирусу уклоняться от антител, и мутацией S477N, которая помогает вирусу более прочно связываться с клетками человека. [188]

Доля случаев заболевания в США, представленных вариантом Йота, резко снизилась к концу июля 2021 года, поскольку вариант Дельта стал доминирующим. [189]

Каппа (родословная B.1.617.1)

Вариант каппа [190] является вариантом SARS-CoV-2 , вируса , вызывающего COVID-19 . Это одна из трех сублиний линии Pango B.1.617 . Вариант каппа SARS-CoV-2 также известен как линия B.1.617.1 и был впервые обнаружен в Индии в декабре 2020 года. [191] К концу марта 2021 года субвариант каппа составлял более половины последовательностей, представленных из Индии. [192] 1 апреля 2021 года он был обозначен как исследуемый вариант (VUI-21APR-01) Министерством здравоохранения Англии. [193]

Лямбда (линия C.37)

Вариант лямбда , также известный как линия C.37, является вариантом SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 . [194] Впервые он был обнаружен в Перу в августе 2020 года. [195] 14 июня 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) назвала его вариантом лямбда [194] и обозначила его как вариант, представляющий интерес . [196] 16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант лямбда до «ранее циркулировавших вариантов, вызывающих беспокойство». [197] [198]

Му (родословная B.1.621)

Вариант Mu , также известный как линия B.1.621 или VUI-21JUL-1, является одним из вариантов SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19 . Впервые он был обнаружен в Колумбии в январе 2021 года и был обозначен ВОЗ как вариант, представляющий интерес , 30 августа 2021 года. [199] 16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Mu и его подварианты до «ранее циркулировавших вариантов, вызывающих беспокойство». [200] [201]

Ранее отслеживаемые варианты (ВОЗ)

Перечисленные ниже варианты когда-то были включены в список контролируемых вариантов, но были переклассифицированы либо из-за того, что они больше не циркулируют в значительном количестве, либо не оказали существенного влияния на ситуацию, либо из-за научных доказательств того, что данный вариант не имеет вызывающих беспокойство свойств. [93]

Омикрон

Родословная B.1.1.529

Вариант Омикрон, известный как линия B.1.1.529, был объявлен Всемирной организацией здравоохранения вариантом, вызывающим беспокойство, 26 ноября 2021 года. [202]

У этого варианта большое количество мутаций , некоторые из которых вызывают беспокойство. Некоторые данные показывают, что этот вариант имеет повышенный риск повторного заражения . В настоящее время проводятся исследования для оценки точного влияния на заразность, смертность и другие факторы. [203]

Названный ВОЗ Омикрон , [202] [204] он был выявлен в ноябре 2021 года в Ботсване и Южной Африке ; [205] один случай был зарегистрирован в Гонконге , [206] [93] [207] один подтвержденный случай был выявлен в Израиле у путешественника, вернувшегося из Малави , [208] вместе с двумя, вернувшимися из Южной Африки, и одним с Мадагаскара. [209] Бельгия подтвердила первый выявленный случай в Европе 26 ноября 2021 года у человека, вернувшегося из Египта 11 ноября. [210] Индийский консорциум по геномике SARS-CoV-2 (INSACOG) в своем бюллетене за январь 2022 года отметил, что Омикрон передается в сообществе в Индии, где число новых случаев растет в геометрической прогрессии. [211]

BA. сублинии

По данным ВОЗ, по состоянию на февраль 2022 года наиболее распространенными сублиниями Омикрона в мире были BA.1, BA.1.1 и BA.2 . [212] BA.2 содержит 28 уникальных генетических изменений, в том числе четыре в белке шипа, по сравнению с BA.1, который уже приобрел 60 мутаций с момента появления предкового штамма Ухань, в том числе 32 в белке шипа. [213] BA.2 более заразен, чем BA.1. [214] К середине марта 2022 года он вызывал большинство случаев в Англии, а к концу марта BA.2 стал доминирующим в США. [215] [213] По состоянию на май 2022 года сублинии BA.1–BA.5, включая всех их потомков, классифицируются как варианты, вызывающие беспокойство ВОЗ [93] , CDC [25] и ECDC [216] (последний исключает BA.3).

XBB сублинии

В течение 2022 года в разных местах появилось несколько новых штаммов, включая XBB.1.5, который произошел от штамма XBB Omicron. Первый случай с участием XBB в Англии был обнаружен в образце, взятом 10 сентября 2022 года, и с тех пор в большинстве регионов Англии были выявлены дополнительные случаи. К концу года на XBB.1.5 приходилось 40,5% новых случаев по всей территории США, и он был доминирующим штаммом; вариант BQ.1 составлял 18,3%, а BQ.1.1 представлял 26,9% новых случаев, в то время как штамм BA.5 снижался до 3,7%. На этом этапе он был нечастым во многих других странах, например, в Великобритании он составлял около 7% новых случаев, согласно данным секвенирования UKHSA. [217]

22 декабря 2022 года Европейский центр по контролю и профилактике заболеваний написал в своем резюме, что штаммы XBB составили около 6,5% новых случаев в пяти странах ЕС, при этом объем секвенирования или генотипирования достаточен для предоставления оценок. [217]

EG.5, подвид XBB.1.9.2 (прозванный некоторыми СМИ «Эрис» [218] ), появился в феврале 2023 года. [219] 6  августа 2023 года Агентство по безопасности здравоохранения Великобритании сообщило, что штамм EG.5 стал причиной одного из семи новых случаев в Великобритании в течение третьей недели июля. [220]

Родословная BA.2.86

В течение 2023 года SARS-CoV-2 продолжал циркулировать в мировой популяции и эволюционировать, с появлением ряда новых подвариантов. Снижение темпов тестирования, секвенирования и отчетности. [221]

BA.2.86 был впервые обнаружен в образце от 24  июля 2023 года и был обозначен как вариант, находящийся под наблюдением Всемирной организации здравоохранения 17 августа 2023 года. [222]

JN.1 (иногда называемый «Pirola»), подвид BA.2.86, появился в августе 2023 года в Люксембурге. К декабрю 2023 года он был обнаружен в 12 странах, включая Великобританию и США. [223] [224] 19 декабря ВОЗ объявила JN.1 вариантом, представляющим интерес, независимо от его родительского штамма BA.2.86, но общий риск для общественного здравоохранения был определен как низкий. [225] Поскольку на JN.1 приходилось около 60% случаев в Сингапуре, в декабре 2023 года Сингапур и Индонезия рекомендовали носить маски в аэропортах. [226] CDC подсчитали, что на этот вариант приходилось 44% случаев в США 22 декабря 2023 года и 62% случаев 5 января 2024 года. [ 227]

По оценкам ВОЗ на 9 февраля 2024 года , JN.1 является наиболее распространенным вариантом SARS-CoV-2 (распространенность 70–90% в четырех из шести регионов мира; недостаточные данные по регионам Восточного Средиземноморья и Африки). Ожидалось, что общий уровень иммунитета населения и иммунитет от бустерных версий вакцины COVID-19 XBB.1.5 обеспечат некоторую защиту (перекрестную реактивность) к JN.1. [228]

Сублинеаги по годам

2024

В конце апреля 2024 года данные CDC показали, что KP.2 является наиболее распространенным вариантом в США, с четвертью всех случаев, немного опережая JN.1. KP1.1 представлял 7 процентов случаев в США. [229] Эти два варианта иногда называют вариантами «FLiRT», поскольку они характеризуются мутацией фенилаланина (F) на лейцин (L) и мутацией аргинина (R) на треонин (T) в белке шипа вируса. [230] К июлю 2024 года потомок KP.2 с дополнительной заменой аминокислоты в белке шипа, Q493E, получил названия KP.3 и, неофициально, «FLuQE», и стал основным вариантом в Новом Южном Уэльсе во время австралийской зимы. Первоначальные исследования предполагали, что изменение Q493E может помочь KP.3 быть более эффективным при связывании с клетками человека, чем KP.2. [231]

По состоянию на сентябрь 2024 года ожидается, что XEC, впервые обнаруженный в Германии, станет следующим основным вариантом. XEC представляет собой рекомбинацию двух подвариантов: KS.1.1 и KP.3.3. В Соединенных Штатах было обнаружено всего несколько случаев [232] , но сообщается, что он имеет небольшое преимущество перед другими вариантами с точки зрения трансмиссивности [233] .

Варианты Омикрона под наблюдением (ВОЗ, 2022/2023)

25 мая 2022 года Всемирная организация здравоохранения ввела новую категорию для потенциально беспокоящих сублиний широко распространенных вариантов, вызывающих беспокойство, первоначально названных линиями VOC под наблюдением (VOC-LUMs). Это решение было принято, чтобы отразить тот факт, что в феврале 2022 года более 98% всех секвенированных образцов GISAID принадлежали к семейству Omicron, в рамках которого происходила значительная часть эволюции вариантов. [234] К 9 февраля 2023 года категория была переименована в «Варианты Omicron под наблюдением». [235]

Другие известные варианты

Линия B.1.1.207 была впервые секвенирована в августе 2020 года в Нигерии; [237] последствия для передачи и вирулентности неясны, но она была включена в список новых вариантов Центрами по контролю и профилактике заболеваний США . [28] Секвенированный Африканским центром передового опыта по геномике инфекционных заболеваний в Нигерии, этот вариант имеет мутацию P681H, общую с вариантом Alpha . У него нет других общих мутаций с вариантом Alpha, и по состоянию на конец декабря 2020 года этот вариант составляет около 1% вирусных геномов, секвенированных в Нигерии, хотя это число может возрасти. [237] По состоянию на май 2021 года линия B.1.1.207 была обнаружена в 10 странах. [238]

Линия B.1.1.317, хотя и не считается вариантом, вызывающим беспокойство , примечательна тем, что Queensland Health заставила 2 человек, находившихся на карантине в отеле в Брисбене , Австралия, пройти дополнительный 5-дневный карантин сверх обязательных 14 дней после того, как было подтверждено, что они были инфицированы этим вариантом. [239]

Линия B.1.616, выявленная в Бретани , на западе Франции, в начале января 2021 года и обозначенная ВОЗ как «Вариант, находящийся на изучении» в марте 2021 года, как сообщается, была труднообнаружима с помощью метода взятия мазка из носоглотки для выявления коронавируса, и для выявления вируса необходимо полагаться на образцы из нижних дыхательных путей. [ необходима цитата ]

Линия B.1.618 была впервые выделена в октябре 2020 года. Она имеет мутацию E484K, общую с несколькими другими вариантами, и показала значительное распространение в апреле 2021 года в Западной Бенгалии , Индия. [240] [241] По состоянию на 23 апреля 2021 года база данных PANGOLIN показала 135 последовательностей, обнаруженных в Индии, с однозначными числами в каждой из восьми других стран мира. [242]

В июле 2021 года ученые сообщили в препринте , опубликованном в журнале в феврале 2022 года, об обнаружении аномальных неназванных неизвестных линий SARS-CoV-2 с помощью надзора за сточными водами в Нью-Йорке. Они выдвинули гипотезу, что «эти линии получены из невыбранных человеческих инфекций COVID-19 или что они указывают на наличие резервуара среди животных, не являющихся людьми ». [243] [244]

Линия B.1.640.2 (также известная как вариант IHU [245] ) была обнаружена в октябре 2021 года исследователями из Института госпиталя и университета (IHU) в Марселе. [246] Они обнаружили этот вариант у путешественника, вернувшегося во Францию ​​из Камеруна , и, как сообщается, заразили 12 человек. [247] [248] Линия B.1.640, которая включает B.1.640.2, была обозначена Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) как вариант, находящийся под наблюдением (VUM) 22 ноября 2021 года. [249] Однако ВОЗ сообщила, что линия B.1.640.2 распространялась гораздо медленнее, чем вариант Omicron , и поэтому вызывает относительно мало беспокойства. [248] [250] Согласно предварительному исследованию, линия B.1.640.2 имеет две уже известные мутации белка шипа – E484K и N501Y – среди 46 нуклеотидных замен и 37 делеций. [247] [251] [252]

В марте 2022 года исследователи сообщили о рекомбинантных вирусах варианта SARS-CoV-2 , которые содержат элементы Дельта и Омикрона – Дельтакрон (также называемый «Дельтамикрон»). [253] [254] [255] [256] [257] Рекомбинация происходит, когда вирус объединяет части родственного вируса со своей генетической последовательностью, когда он собирает копии себя. Неясно, сможет ли Дельтакрон – который не следует путать с «Дельтакроном», о котором сообщалось в январе, хотя первое обнаружение также было в январе [257] [258] – конкурировать с Омикрон и будет ли это вредно для здоровья. [259]

В июле 2023 года профессор Лоуренс Янг, вирусолог из Уорикского университета, объявил о супермутировавшем варианте дельта из мазка от индонезийского пациента со 113 уникальными мутациями, 37 из которых затрагивают спайковый белок. [260]

Рекомбинантные варианты

В 2022 году британское правительство сообщило о ряде рекомбинантных вариантов SARS-CoV-2. [261] Этим рекомбинантным линиям были присвоены идентификаторы линий Pango XD, XE и XF. [262]

XE — это рекомбинантная линия линий Pango BA.1 и BA.2. [263] По состоянию на март 2022 года считалось, что скорость роста XE на 9,8% выше, чем у BA.2. [261]

Теория инкубации для множественных мутировавших вариантов

Исследователи предположили, что множественные мутации могут возникать в ходе персистирующей инфекции у пациента с ослабленным иммунитетом , особенно когда вирус развивает мутации ускользания под давлением отбора антител или лечения реконвалесцентной плазмой , [264] [265] с теми же делециями в поверхностных антигенах, которые многократно повторяются у разных пациентов. [266]

Известные миссенс-мутации

В SARS-CoV-2 наблюдалось несколько миссенс-мутаций .

дел 69-70

Название мутации, del 69-70 или 69-70 del, или другие подобные обозначения, относится к удалению аминокислоты в позиции 69-70. Мутация обнаружена в варианте Alpha и может привести к «неудачному срабатыванию гена-мишени» и ложноотрицательному результату в тесте на вирус методом ПЦР. [267]

RSYLTPGD246-253N

Иначе называемый del 246-252 или другими похожими выражениями, относится к удалению аминокислоты с позиции 246 по 252 в N-концевом домене белка спайка, сопровождаемому заменой аспарагиновой кислоты (D) в позиции 253 на аспарагин (N). [268] [269]

Мутация делеции 7 аминокислот в настоящее время описывается как уникальная для варианта Лямбда и, согласно предварительной статье, считается одной из причин повышенной способности штамма ускользать от нейтрализующих антител. [270]

Н440К

Название мутации N440K относится к обмену, при котором аспарагин (N) заменяется лизином (K) в позиции 440. [271]

Эта мутация, как было отмечено в клеточных культурах, в 10 раз более инфекционна по сравнению с ранее распространенным штаммом A2a (замена A97V в последовательности RdRP) и в 1000 раз более инфекционна в менее распространенном штамме A3i (замена D614G в Spike и замена a и P323L в RdRP). [272] Она была связана с быстрым всплеском случаев COVID-19 в Индии в мае 2021 года. [273] В Индии самая большая доля мутированных вариантов N440K, за ней следуют США и Германия. [274]

Г446В

Название мутации, G446V, относится к обмену, при котором глицин (G) заменяется валином (V) в позиции 446. [271]

Мутация, выявленная в Японии среди прибывающих путешественников, начиная с мая, и среди 33 образцов от лиц, связанных с Олимпийскими играми в Токио 2020 года и Паралимпийскими играми в Токио 2020 года , как говорят, может влиять на сродство множественных моноклональных антител , хотя ее клиническое воздействие на использование лекарств на основе антител еще предстоит изучить. [275]

Л452Р

Название мутации L452R относится к обмену, при котором лейцин (L) заменяется аргинином (R) в позиции 452. [271]

L452R обнаружен в вариантах Дельта и Каппа, которые впервые появились в Индии, но с тех пор распространились по всему миру. L452R — это важная мутация в этом штамме, которая усиливает способность связывания рецептора ACE2 и может снижать присоединение стимулированных вакциной антител к этому измененному белку шипа.

L452R, как показывают некоторые исследования, может даже сделать коронавирус устойчивым к Т-клеткам , которые необходимы для обнаружения и уничтожения инфицированных вирусом клеток. Они отличаются от антител, которые полезны для блокирования частиц коронавируса и предотвращения его размножения. [139]

Y453F

Название мутации, Y453F, относится к обмену, при котором тирозин (Y) заменяется фенилаланином (F) в позиции 453. Было обнаружено, что мутация потенциально связана с распространением SARS-CoV-2 среди норок в Нидерландах в 2020 году. [276]

S477G/N

Высокогибкая область в домене связывания рецептора (RBD) SARS-CoV-2, начиная с остатка 475 и до остатка 485, была идентифицирована с использованием биоинформатических и статистических методов в нескольких исследованиях. Университет Граца [277] и биотехнологическая компания Innophore [278] показали в недавней публикации, что структурно позиция S477 показывает наибольшую гибкость среди них. [279]

В то же время S477 до сих пор является наиболее часто заменяемым аминокислотным остатком в RBD мутантов SARS-CoV-2. Используя моделирование молекулярной динамики RBD во время процесса связывания с hACE2, было показано, что как S477G, так и S477N усиливают связывание шипа SARS-COV-2 с рецептором hACE2. Разработчик вакцины BioNTech [280] сослался на этот аминокислотный обмен как на релевантный для будущего дизайна вакцины в препринте, опубликованном в феврале 2021 года. [281]

E484Q

Название мутации E484Q относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется глутамином (Q) в позиции 484. [271]

Вариант каппа , циркулирующий в Индии, имеет E484Q. Эти варианты изначально (но ошибочно) назывались «двойным мутантом». [282] E484Q может усиливать способность связывания рецептора ACE2 и может снижать способность стимулированных вакциной антител прикрепляться к этому измененному белку шипа. [139]

Е484К

Название мутации, E484K, относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется лизином (K) в позиции 484. [271] Ее прозвали «Eeek». [283]

Сообщалось, что E484K является мутацией ускользания (т. е. мутацией, которая улучшает способность вируса ускользать от иммунной системы хозяина [284] [285] ) по крайней мере от одной формы моноклонального антитела против SARS-CoV-2, что указывает на то, что может быть «возможное изменение антигенности ». [286] Вариант Gamma (линия P.1), [125] вариант Zeta (линия P.2, также известная как линия B.1.1.28.2) [128] и вариант Beta (501.V2) демонстрируют эту мутацию. [286] Также было обнаружено ограниченное количество геномов линии B.1.1.7 с мутацией E484K. [287] Сообщается, что моноклональные и полученные из сыворотки антитела в 10–60 раз менее эффективны в нейтрализации вируса, несущего мутацию E484K. [288] [289] 2 февраля 2021 года ученые-медики в Соединенном Королевстве сообщили об обнаружении E484K в 11 образцах (из 214 000 образцов), мутации, которая может поставить под угрозу эффективность текущей вакцины. [290] [291]

Ф490С

F490S обозначает замену фенилаланина (F) на серин (S) в аминокислотной позиции 490. [292]

Это одна из мутаций, обнаруженных в Lambda, и она связана с пониженной восприимчивостью к антителам, вырабатываемым теми, кто был инфицирован другими штаммами, что означает, что лечение антителами людей, инфицированных штаммами, несущими такую ​​мутацию, будет менее эффективным. [293]

N501Y

N501Y обозначает замену аспарагина (N) на тирозин (Y) в аминокислотной позиции 501. [294] N501Y получил прозвище «Нелли». [283]

По мнению PHE, это изменение увеличивает сродство связывания из-за его положения внутри домена связывания рецептора гликопротеина спайка , который связывает ACE2 в клетках человека; данные также подтверждают гипотезу об увеличении сродства связывания из-за этого изменения. [88] Моделирование молекулярного взаимодействия и расчеты свободной энергии связывания продемонстрировали, что мутация N501Y имеет самое высокое сродство связывания в вариантах RBD, представляющих интерес, с hACE2. [1] Варианты с N501Y включают Gamma, [286] [125] Alpha (VOC 20DEC-01), Beta и COH.20G/501Y (идентифицирован в Колумбусе, штат Огайо ). [1] Последний стал доминирующей формой вируса в Колумбусе в конце декабря 2020 года и январе и, по-видимому, развивался независимо от других вариантов. [295] [296]

Н501С

N501S обозначает замену аспарагина (N) на серин (S) в аминокислотной позиции 501. [297]

По состоянию на сентябрь 2021 года в мире зарегистрировано 8 случаев инфицирования пациентов вариантом Delta, в которых присутствует эта мутация N501S. Поскольку она считается мутацией, похожей на N501Y, предполагается, что она имеет схожие характеристики с мутацией N501Y, которая, как полагают, увеличивает инфекционность вируса, однако точный эффект пока неизвестен. [298]

Д614Г

Распространенность мутации D614G среди всех зарегистрированных штаммов GISAID в течение 2020 года. Сходимость с единицей близко соответствует верхней ветви логистической кривой . [299]

D614G — это миссенс-мутация, которая влияет на спайковый белок SARS-CoV-2. С момента раннего появления в Восточном Китае в начале 2020 года частота этой мутации в глобальной вирусной популяции увеличилась на ранних этапах пандемии. [300] G ( глицин ) быстро заменил D ( аспарагиновую кислоту ) в позиции 614 в Европе, хотя и медленнее в Китае и остальной части Восточной Азии, подтверждая гипотезу о том, что G увеличивает скорость передачи, что согласуется с более высокими вирусными титрами и инфекционностью in vitro. [35] Исследователи с инструментом PANGOLIN прозвали эту мутацию «Doug». [283]

В июле 2020 года сообщалось, что более заразный вариант D614G SARS-CoV-2 стал доминирующей формой в пандемии. [301] [302] [303] [304] PHE подтвердила, что мутация D614G оказала «умеренное влияние на заразность» и отслеживается на международном уровне. [294] [305]

Глобальная распространенность D614G коррелирует с распространенностью потери обоняния ( аносмии ) как симптома COVID-19, возможно, опосредованного более высоким связыванием RBD с рецептором ACE2 или более высокой стабильностью белка и, следовательно, более высокой инфекционностью обонятельного эпителия . [306]

Варианты, содержащие мутацию D614G, обнаружены в кладе G с помощью GISAID [35] и в кладе B.1 с помощью инструмента PANGOLIN [35] .

Q677P/H

Название мутации, Q677P/H, относится к обмену, при котором глутамин (Q) заменяется пролином (P) или гистидином (H) в позиции 677. [271] Существует несколько подлиний, содержащих мутацию Q677P; шесть из них, которые также содержат различные комбинации других мутаций, называются по названиям птиц. Одна из замеченных ранее мутаций, например, известна как «Пеликан», в то время как наиболее распространенная из них по состоянию на начало 2021 года была условно названа «Робин 1». [307]

Мутация была зарегистрирована в нескольких линиях, циркулирующих в Соединенных Штатах по состоянию на конец 2020 года, а также в некоторых линиях за пределами страны. «Pelican» был впервые обнаружен в Орегоне, а по состоянию на начало 2021 года «Robin 1» часто обнаруживался на Среднем Западе Соединенных Штатов , в то время как другая подлиния Q667H, «Robin 2», в основном обнаруживалась на юго-востоке Соединенных Штатов. [307] Частота регистрации такой мутации увеличилась с конца 2020 года по начало 2021 года. [308]

П681Х

Логарифмическая распространенность P681H в 2020 году согласно последовательностям в базе данных GISAID [299]

Название мутации P681H относится к обмену, при котором пролин (P) заменяется гистидином (H) в позиции 681. [299]

В январе 2021 года ученые сообщили в препринте , что мутация P681H, характерная черта варианта Alpha и линии B.1.1.207 (выявленной в Нигерии), демонстрирует значительный экспоненциальный рост частоты во всем мире, таким образом следуя ожидаемой тенденции в нижней ветви логистической кривой. Это можно сравнить с тенденцией нынешнего глобального преобладания D614G. [299] [309]

П681Р

Название мутации P681R относится к обмену, при котором пролин (P) заменяется аргинином (R) в позиции 681. [271]

Индийский консорциум по геномике SARS-CoV-2 ( INSACOG ) обнаружил, что помимо двух мутаций E484Q и L452R, есть также третья значимая мутация P681R в линии B.1.617. Все три значимые мутации находятся в белке шипа, оперативной части коронавируса, которая связывается с рецепторными клетками организма. [139]

А701В

Согласно первоначальным сообщениям СМИ, Министерство здравоохранения Малайзии объявило 23 декабря 2020 года, что оно обнаружило мутацию в геноме SARS-CoV-2, которую они обозначили как A701B(sic), среди 60 образцов, собранных из кластера Бентенг Лахад Дату в Сабахе . Мутация была охарактеризована как похожая на ту, что была недавно обнаружена в то время в Южной Африке, Австралии и Нидерландах, хотя было неясно, была ли эта мутация более заразной или агрессивной [ необходимо разъяснение ], чем раньше. [310] Правительство провинции Сулу на соседних Филиппинах временно приостановило поездки в Сабах в ответ на обнаружение «A701B» из-за неопределенности относительно природы мутации. [311]

25 декабря 2020 года Министерство здравоохранения Малайзии описало мутацию A701V как циркулирующую и присутствующую в 85% случаев (D614G присутствовал в 100% случаев) в Малайзии. [312] [313] В этих сообщениях также упоминались образцы, собранные в кластере Бентенг Лахад Дату. [312] [313] Текст объявления был дословно воспроизведен на странице в Facebook Нура Хишама Абдуллы , генерального директора здравоохранения Малайзии, которого цитировали в некоторых новостных статьях. [313]

Мутация A701V заменяет аминокислоту аланин (A) на валин (V) в позиции 701 в белке шипа. В глобальном масштабе Южная Африка, Австралия, Нидерланды и Англия также сообщили об A701V примерно в то же время, что и Малайзия. [312] В GISAID распространенность этой мутации составляет около 0,18% случаев. [312]

14 апреля 2021 года Министерство здравоохранения Малайзии сообщило, что третья волна, начавшаяся в Сабахе, включала внедрение вариантов с мутациями D614G и A701V. [314]

Данные и методы

Современное секвенирование ДНК , где это возможно, может обеспечить быстрое обнаружение (иногда известное как «обнаружение в реальном времени») генетических вариантов, которые появляются у патогенов во время вспышек заболеваний. [315] Благодаря использованию программного обеспечения для визуализации филогенетического дерева записи последовательностей генома могут быть сгруппированы в группы идентичных геномов, все из которых содержат один и тот же набор мутаций. Каждая группа представляет собой «вариант», «кладу» или «линию», а сравнение последовательностей позволяет вывести эволюционный путь вируса. Для SARS-CoV-2 до марта 2021 года в ходе молекулярных эпидемиологических исследований по всему миру было получено более 330 000 вирусных геномных последовательностей. [316]

Обнаружение и оценка новых вариантов

26 января 2021 года британское правительство заявило, что поделится своими возможностями геномного секвенирования с другими странами, чтобы увеличить скорость геномного секвенирования и отслеживать новые варианты, и объявило о создании «Платформы оценки новых вариантов». [317] По состоянию на январь 2021 года более половины всех геномных секвенирований COVID-19 было проведено в Великобритании. [318]

Было показано, что надзор за сточными водами является одним из методов обнаружения вариантов SARS-CoV-2 [244] и отслеживания их распространения для изучения связанной с этим динамики текущей инфекции. [319] [320] [321]

Тестирование

Можно ли надежно использовать одну или несколько мутаций, обнаруженных в тестах ОТ-ПЦР, для идентификации варианта, зависит от распространенности других вариантов, циркулирующих в настоящее время в той же популяции. [322] [323]

Межвидовая передача

Существует риск того, что COVID-19 может передаваться от людей к другим популяциям животных и может объединяться с другими вирусами животных, создавая еще больше вариантов, опасных для людей. [325] Обратные зоонозные перетоки могут создавать резервуары для мутирующих вариантов, которые передаются обратно людям — еще один возможный источник вариантов, вызывающих беспокойство, в дополнение к людям с ослабленным иммунитетом. [326]

Кластер 5

В начале ноября 2020 года кластер 5 , также называемый ΔFVI-spike Датским государственным институтом сыворотки (SSI), [327] был обнаружен в Северной Ютландии , Дания. Считается, что он передался от норок к людям через норковые фермы . 4 ноября 2020 года было объявлено, что популяция норок в Дании будет уничтожена , чтобы предотвратить возможное распространение этой мутации и снизить риск возникновения новых мутаций. В семи муниципалитетах Северной Ютландии были введены карантин и ограничения на поездки, чтобы предотвратить распространение мутации, что может поставить под угрозу национальные или международные меры реагирования на пандемию COVID-19 . К 5 ноября 2020 года было выявлено около 214 случаев заболевания людей, связанных с норками. [328]

ВОЗ заявила, что кластер 5 имел «умеренно сниженную чувствительность к нейтрализующим антителам». [329] SSI предупредила, что мутация может снизить эффективность вакцин от COVID-19 , находящихся в разработке, хотя вряд ли сделает их бесполезными. После карантина и массового тестирования SSI объявила 19 ноября 2020 года, что кластер 5, по всей вероятности, вымер. [330] По состоянию на 1 февраля 2021 года авторы рецензируемой статьи , все из которых были из SSI, оценили, что кластер 5 не циркулирует в человеческой популяции. [331]

Вакцина

Во время пандемии COVID-19 было разработано множество вакцин. Вакцины были развернуты для введения широкому кругу реципиентов, как правило, начиная с наиболее уязвимых демографических групп.

Различная эффективность вакцин

Взаимодействие между вирусом SARS-CoV-2 и его человеческими хозяевами изначально было естественным, но затем начало меняться из-за растущей доступности вакцин, наблюдаемой в 2021 году. [332] Потенциальное появление варианта SARS-CoV-2, который умеренно или полностью устойчив к реакции антител, вызванной вакцинами от COVID-19, может потребовать модификации вакцин. [333] Появление вариантов, устойчивых к вакцинам, более вероятно в высоковакцинированной популяции с неконтролируемой передачей. [334]

По состоянию на февраль 2021 года Управление по контролю за продуктами и лекарствами США считало, что все одобренные FDA вакцины остаются эффективными в защите от циркулирующих штаммов SARS-CoV-2. [333]

Иммунное уклонение от вариантов

В отличие от других исследованных ранее вариантов, вариант SARS-CoV-2 Omicron [335] [336] [337] [338] [339] и его подварианты BA.4/5 [340] избежали иммунитета, вызванного вакцинами, что может привести к прорывным инфекциям, несмотря на недавнюю вакцинацию. Тем не менее, считается, что вакцины обеспечивают защиту от тяжелой болезни, госпитализаций и смертей из-за Omicron. [341]

Корректировка вакцины

В июне 2022 года компании Pfizer и Moderna разработали двухвалентные вакцины для защиты от дикого типа SARS-CoV-2 и варианта Омикрон. Двухвалентные вакцины хорошо переносятся и обеспечивают иммунитет к Омикрону, превосходящий предыдущие вакцины мРНК. [342] В сентябре 2022 года Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) одобрило двухвалентные вакцины. [343] [344] [345]

В июне 2023 года FDA рекомендовало производителям обновить формулу вакцин COVID‑19 2023–2024 годов для использования в США, чтобы она стала моновалентной вакциной COVID‑19 с использованием линии XBB.1.5 варианта Omicron. [346] [347] В июне 2024 года FDA рекомендовало производителям обновить формулу вакцин COVID‑19 2024–2025 годов для использования в США, чтобы она стала моновалентной вакциной COVID‑19 с использованием линии JN.1. [348]

В октябре 2024 года Комитет по лекарственным средствам для человека (CHMP) Европейского агентства по лекарственным средствам (EMA) дал положительное заключение на обновление состава вакцины Bimervax, направленной против подвида Omicron XBB.1.16. [349]

Смотрите также

Примечания

  1. ^ ab В другом источнике GISAID называет набор из 7 кладов без клада O, но включая клад GV. [21]
  2. ^ По данным ВОЗ, «линии или клады могут быть определены на основе вирусов, имеющих филогенетически определенного общего предка». [52]
  3. ^ По состоянию на январь 2021 года для того, чтобы считаться кладой в системе Nextstrain, необходимо соблюдение как минимум одного из следующих критериев (цитата из источника): [20]
    1. Клада достигает >20% глобальной частоты в течение 2 или более месяцев
    2. Клада достигает >30% региональной частоты в течение 2 или более месяцев
    3. Признан VOC («вариант, вызывающий беспокойство») (в настоящее время [6 января 2021 г.] применяется к 501Y.V1 и 501Y.V2)
  4. ^ На основе различных трекеров [24] [25] [30] [67] [68] и периодических отчетов. [69] [70] [71]
  5. ^ Вызывает сбой целевого гена S (SGTF) в TaqPath.
  6. ^ abc Обнаруживается с помощью анализа TIB MolBiol с использованием метода кривой плавления.

Ссылки

  1. ^ abcd Shahhosseini N, Babuadze GG, Wong G, Kobinger GP (апрель 2021 г.). «Сигнатуры мутаций и стыковка in silico новых вариантов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство». Microorganisms . 9 (5): 926. doi : 10.3390/microorganisms9050926 . PMC  8146828. PMID  33925854. S2CID  233460887.
  2. ^ «Варианты и мутации коронавируса: научное объяснение». BBC News . 6 января 2021 г. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 г. Получено 2 февраля 2021 г.
  3. ^ Купфершмидт К (15 января 2021 г.). «Новые варианты коронавируса могут вызывать больше повторных заражений, требуются обновленные вакцины». Science . doi :10.1126/science.abg6028. S2CID  234141081. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 г. . Получено 2 февраля 2021 г. .
  4. ^ "Сеть ВОЗ по коронавирусу (CoViNet)" . Получено 1 сентября 2024 г. .
  5. ^ "Origins of Coronaviruses". NIH.gov . Национальные институты здравоохранения США. 16 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 21 января 2023 г. Получено 3 февраля 2023 г. На сегодняшний день происхождение SARS-CoV-2, вызвавшего пандемию COVID-19, не установлено.
  6. ^ Shahhosseini N, Wong G, Kobinger GP, Chinikar S (июнь 2021 г.). «Передача SARS-CoV-2 в результате рекомбинации». Gene Reports . 23 : 101045. doi : 10.1016/j.genrep.2021.101045. PMC 7884226. PMID 33615041  . 
  7. ^ «Взлет и падение гипотезы утечки из лаборатории для происхождения SARS-CoV-2 | Научная медицина». sciencebasedmedicine.org . 1 августа 2022 г. . Получено 4 ноября 2022 г. .
  8. ^ Tang X, Wu C, Li X, Song Y (3 марта 2020 г.). «О происхождении и продолжающейся эволюции SARS-CoV-2». National Science Review . 7 (6): 1012–1023. doi : 10.1093/nsr/nwaa036 . PMC 7107875. PMID  34676127 . (Опечатка:  doi :10.1093/nsr/nwaa036, Retraction Watch . Если опечатка была проверена и не влияет на цитируемый материал, замените ее на . ){{erratum|...}}{{erratum|...|checked=yes}}
  9. ^ Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M (8 апреля 2020 г.). «Филогенетический сетевой анализ геномов SARS-CoV-2». Труды Национальной академии наук . 117 (17): 9241–9243. Bibcode : 2020PNAS..117.9241F. doi : 10.1073/pnas.2004999117 . ISSN  0027-8424. PMC 7196762. PMID 32269081  . 
  10. ^ Rambaut A, Holmes EC, OToole A, Hill V, McCrone JT, Ruis C и др. (15 июля 2020 г.). «Динамическое предложение по номенклатуре линий SARS-CoV-2 для содействия геномной эпидемиологии». Nature Microbiology . 5 (11): 1403–1407. doi : 10.1038/s41564-020-0770-5 . PMC 7610519 . PMID  32669681. 
  11. ^ Tregoning JS, Flight KE, Higham SL, Wang Z, Pierce BF (9 августа 2021 г.). «Прогресс в работе над вакциной COVID-19: вирусы, вакцины и варианты против эффективности, результативности и побега». Nature Reviews Immunology . 21 (10): 626–636. doi :10.1038/s41577-021-00592-1. PMC 8351583. PMID  34373623 . 
  12. ^ Piplani S, Singh PK, Winkler DA, Petrovsky N (декабрь 2021 г.). «Сравнение in silico сродства связывания белка-шипа SARS-CoV-2 с ACE2 у разных видов и его значение для происхождения вируса». Scientific Reports . 11 (1): 13063. Bibcode :2021NatSR..1113063P. doi :10.1038/s41598-021-92388-5. PMC 8225877 . PMID  34168168. 
  13. ^ Gallagher J (12 июня 2021 г.). «Covid: есть ли предел тому, насколько худшими могут стать варианты?». BBC . Архивировано из оригинала 15 июня 2021 г. Получено 12 июня 2021 г.
  14. ^ abc Tao K, Tzou PL, Nouhin J, Gupta RK, de Oliveira T, Kosakovsky Pond SL и др. (17 сентября 2021 г.). «Биологическое и клиническое значение возникающих вариантов SARS-CoV-2». Nature Reviews Genetics . 22 (12): 757–773. doi :10.1038/s41576-021-00408-x. PMC 8447121. PMID 34535792  . 
  15. ^ Хенди М, Кауфман С, Понга М (декабрь 2021 г.). «Молекулярные стратегии связывания антител и ускользания от SARS-CoV-2 и его мутаций». Scientific Reports . 11 (1): 21735. Bibcode :2021NatSR..1121735H. doi :10.1038/s41598-021-01081-0. PMC 8571385 . PMID  34741079. 
  16. ^ Шаххоссейни Н., Бабуадзе Г., Вонг Г., Кобингер Г.П. (май 2021 г.). «Сигнатуры мутаций и стыковка in silico новых вариантов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство». Микроорганизмы . 9 (5): 926. doi : 10.3390/microorganisms9050926 . PMC 8146828. PMID 33925854  . 
  17. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". www.who.int . Получено 28 ноября 2021 г. .
  18. ^ "Варианты: распределение данных о случаях". GOV.UK . 28 января 2021 г. В "Различия между вариантом, вызывающим беспокойство, и вариантом, находящимся под следствием" . Получено 19 февраля 2021 г. Варианты SARS-CoV-2, если считается, что они имеют вызывающие беспокойство эпидемиологические, иммунологические или патогенные свойства, выдвигаются на официальное расследование. На этом этапе они обозначаются как вариант, находящийся под следствием (VUI) с указанием года, месяца и номера. После оценки риска соответствующим экспертным комитетом они могут быть обозначены как вариант, вызывающий беспокойство (VOC)
  19. ^ abc Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C и др. (ноябрь 2020 г.). «Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 для содействия геномной эпидемиологии». Nature Microbiology . 5 (11): 1403–1407. doi : 10.1038/s41564-020-0770-5 . PMC 7610519 . PMID  32669681. S2CID  220544096. Цитируется в Alm et al.
  20. ^ abcde Bedford T, Hodcroft B, Neher RA (6 января 2021 г.). "Обновленная стратегия именования клад Nextstrain SARS-CoV-2". nextstrain.org . Архивировано из оригинала 18 января 2021 г. . Получено 19 января 2021 г. .
  21. ^ ab "кладовое дерево (из 'кладовой и родословной номенклатуры')". GISAID . 4 июля 2020 г. Архивировано из оригинала 9 января 2021 г. Получено 7 января 2021 г.
  22. ^ "Исторические рабочие определения и основные действия для вариантов SARS-CoV-2" (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . Получено 9 сентября 2024 г. .
  23. ^ «Обновленные рабочие определения и основные действия для вариантов SARSCoV2». www.who.int . Получено 9 сентября 2024 г.
  24. ^ abcd "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". who.int . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 18 июня 2021 г. Получено 22 июня 2021 г.Часто обновляется.
  25. ^ abcdefghij "Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2". CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 11 февраля 2020 г. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 г. Получено 18 июня 2021 г.Часто обновляется.
  26. ^ ab "Заявление об обновлении рабочих определений и системы отслеживания ВОЗ для вариантов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство, и вариантов, представляющих интерес". www.who.int . Получено 29 декабря 2023 г. .
  27. ^ ab "Обновленные рабочие определения и основные действия для вариантов SARSCoV2". www.who.int . Получено 29 декабря 2023 г.
  28. ^ abcdefg "Emerging SARS-CoV-2 Variants". CDC.gov (Science brief). Центры по контролю и профилактике заболеваний. 28 января 2021 г. Архивировано из оригинала 15 мая 2021 г. Получено 4 января 2021 г. Общественное достояниеВ данной статье использован текст из этого источника, находящегося в общественном достоянии .
  29. ^ Участник IDSA «COVID «Мегавариант» и восемь критериев для шаблона для оценки всех вариантов». Science Speaks: Global ID News . 2 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 21 апреля 2021 г. Получено 20 февраля 2021 г.
  30. ^ abcdefghijklm "Варианты: распределение данных о случаях". Public Health England . Government Digital Service . Архивировано из оригинала 7 июня 2021 г. . Получено 16 февраля 2021 г. .Часто обновляется. Данные по 19 мая 2021 года включены в обновление от 2 июля 2021 года.
  31. ^ Гриффитс Э., Таннер Дж., Нокс Н., Сяо В., Ван Домселаар Г. (15 января 2021 г.). Временные рекомендации CanCOGeN по наименованию, идентификации и отчетности по вариантам SARS-CoV-2, представляющим интерес (PDF) . CanCOGeN (nccid.ca) (Отчет). 1.0. Архивировано (PDF) из оригинала 17 апреля 2021 г.
  32. ^ Эта таблица является адаптацией и расширением таблицы Alm et al., рисунок 1.
  33. ^ ab Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S и др. (Лаборатории секвенирования Европейского региона ВОЗ и группа GISAID EpiCoV) (август 2020 г.). «Географическое и временное распределение кладов SARS-CoV-2 в Европейском регионе ВОЗ, с января по июнь 2020 г.». Euro Surveillance . 25 (32). doi :10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC 7427299. PMID 32794443  . 
  34. ^ "Nextclade" (Что такое клады?) . nextstrain.org . Архивировано из оригинала 19 января 2021 г. . Получено 19 января 2021 г. .
  35. ^ abcdef Жукова А, Блассель Л, Лемуан Ф, Морель М, Возница Дж, Гаскуэль О (ноябрь 2020 г.). «Происхождение, эволюция и глобальное распространение SARS-CoV-2». Comptes Rendus Biologies . 344 : 57–75. дои : 10.5802/crbiol.29 . ПМИД  33274614.
  36. ^ abcd "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 29 июня 2021 г. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 г. Получено 19 февраля 2021 г.Часто обновляется.
  37. ^ "Геномная эпидемиология нового коронавируса – Глобальная подвыборка (отфильтровано до B.1.617)". nextstrain.org . Архивировано из оригинала 13 июля 2021 г. . Получено 5 мая 2021 г. .
  38. ^ abcd Zhang W, Davis B, Chen SS, Martinez JS, Plummer JT, Vail E (2021). «Возникновение нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии». JAMA . 325 (13): 1324–1326. doi :10.1001/jama.2021.1612. ISSN  0098-7484. PMC 7879386 . PMID  33571356 . Получено 2 октября 2021 г. . 
  39. ^ «Что такое клады?». clades.nextstrain.org . Получено 29 ноября 2021 г. .
  40. ^ "PANGO lineages-Lineage B.1.1.28". cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 24 февраля 2021 г. . Получено 4 февраля 2021 г. .[ не пройдена проверка ]
  41. ^ "Вариант: 20J/501Y.V3". covariants.org . 1 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 23 марта 2021 г. Получено 6 апреля 2021 г.
  42. ^ "Не называйте его "британским вариантом". Используйте правильное название: B.1.1.7". STAT . 9 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 4 июня 2021 г. Получено 12 февраля 2021 г.
  43. ^ Фланаган Р. (2 февраля 2021 г.). «Почему ВОЗ не назовет это «британским вариантом», и вам тоже не стоит этого делать». CTV News . Архивировано из оригинала 1 мая 2021 г. Получено 12 февраля 2021 г.
  44. ^ Список источников, использующих названия, относящиеся к стране, в которой варианты были впервые идентифицированы, см., например, Talk:South African COVID variant и Talk:UK Coronavirus option .
  45. ^ "Сегодня @WHO объявляет о новых, легко произносимых метках для вариантов #SARSCoV2, вызывающих беспокойство (VOCs) и интерес (VOIs)". Архивировано из оригинала 7 июля 2021 г. Получено 7 июля 2021 г.
  46. ^ Branswell H (31 мая 2021 г.). «Игра с названиями для вариантов коронавируса стала немного проще». Stat News . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 г. . Получено 28 июня 2021 г. .
  47. ^ Всемирная организация здравоохранения (15 января 2021 г.). «Заявление о шестом заседании Комитета по чрезвычайной ситуации Международных медико-санитарных правил (2005 г.) в связи с пандемией коронавирусной болезни (COVID-19)». Архивировано из оригинала 7 февраля 2021 г. Получено 18 января 2021 г.
  48. ^ "Covid: ВОЗ переименовывает Великобританию и другие варианты греческими буквами". BBC News . 31 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 31 мая 2021 г. Получено 7 июля 2021 г.
  49. ^ ab «ВОЗ пропустила две буквы греческого алфавита при названии варианта коронавируса». Associated Press . 27 ноября 2021 г.
  50. ^ «Новые варианты COVID могут быть названы в честь созвездий, как только греческий алфавит будет исчерпан». Sky News. 8 августа 2021 г. Получено 30 ноября 2021 г.
  51. ^ Koyama T, Platt D, Parida L (июль 2020 г.). «Анализ вариантов геномов SARS-CoV-2». Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. doi : 10.2471/BLT.20.253591 . PMC 7375210. PMID  32742035. Всего мы обнаружили 65776 вариантов с 5775 различными вариантами . 
  52. ^ abc Штаб-квартира ВОЗ (8 января 2021 г.). «3.6 Соображения относительно наименования и номенклатуры вирусов». Геномное секвенирование SARS-CoV-2 для целей общественного здравоохранения: Временное руководство, 8 января 2021 г. Всемирная организация здравоохранения. стр. 6. Архивировано из оригинала 23 января 2021 г. Получено 2 февраля 2021 г.
  53. ^ "Глобальная филогения, обновлено Nextstrain". GISAID. 18 января 2021 г. Архивировано из оригинала 20 января 2021 г. Получено 19 января 2021 г.
  54. ^ Hadfield J, Megill C, Bell SM, Huddleston J, Potter B, Callender C и др. (декабрь 2018 г.). Kelso J (ред.). «Nextstrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени». Bioinformatics . 34 (23): 4121–4123. doi :10.1093/bioinformatics/bty407. PMC 6247931 . PMID  29790939. 
  55. ^ "Nextstrain COVID-19". Nextstrain . Архивировано из оригинала 21 января 2021 г. Получено 1 июня 2021 г.
  56. ^ "cov-lineages/pangolin: Программный пакет для назначения последовательностей генома SARS-CoV-2 глобальным линиям". Github. Архивировано из оригинала 15 февраля 2021 г. Получено 2 января 2021 г.
  57. ^ ab "Описания родословных". cov-lineages.org . Команда Pango . Архивировано из оригинала 4 июня 2021 г. Получено 24 декабря 2020 г.
  58. ^ Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C и др. (март 2021 г.). «Дополнение: динамическое предложение по номенклатуре для линий SARS-CoV-2 для содействия геномной эпидемиологии». Nature Microbiology . 6 (3): 415. doi :10.1038/s41564-021-00872-5. PMC 7845574 . PMID  33514928. 
  59. ^ abc Kumar S, Tao Q, Weaver S, Sanderford M, Caraballo-Ortiz MA, Sharma S и др. (май 2021 г.). «Эволюционный портрет предшественника SARS-CoV-2 и его доминирующих ответвлений в пандемии COVID-19». Молекулярная биология и эволюция . 38 (8): 3046–3059. doi :10.1093/molbev/msab118. PMC 8135569. PMID  33942847 . 
  60. ^ Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG и др. (март 2020 г.). «Новый коронавирус, связанный с респираторным заболеванием человека в Китае». Nature . 579 (7798): 265–269. Bibcode :2020Natur.579..265W. doi :10.1038/s41586-020-2008-3. PMC 7094943 . PMID  32015508. 
  61. ^ Chiara M, Horner DS, Gissi C, Pesole G (май 2021 г.). «Сравнительная геномика выявляет раннее возникновение и смещенное пространственно-временное распределение SARS-CoV-2». Молекулярная биология и эволюция . 38 (6): 2547–2565. doi :10.1093/molbev/msab049. PMC 7928790. PMID  33605421 . 
  62. ^ Zhou P , Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей». Nature . 579 (7798): 270–273. Bibcode :2020Natur.579..270Z. doi :10.1038/s41586-020-2012-7. PMC 7095418 . PMID  32015507. 
  63. ^ Окада П., Буатхонг Р., Фуйгун С., Танадачакул Т., Парнмен С., Вонгбут В. и др. (февраль 2020 г.). «Ранние модели передачи коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) среди путешественников из Ухани в Таиланд, январь 2020 г.». Евронаблюдение . 25 (8). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097. ПМК 7055038 . ПМИД  32127124. 
  64. ^ "Официальная справочная последовательность hCoV-19". www.gisaid.org . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 г. . Получено 14 мая 2021 г. .
  65. ^ "Предок штамма SARS-CoV-2 Wuhan циркулировал в конце октября 2019 года". News Medical . Архивировано из оригинала 24 июля 2021 года . Получено 10 мая 2020 года . Ссылка на журнал: Kumar, S. et al. (2021). Эволюционный портрет...
  66. ^ "SARS-CoV-2 variations: risk assessment framework" (PDF) . GOV.UK . Government Digital Service . Public Health England. 22 мая 2021 г. GOV-8426. Архивировано (PDF) из оригинала 27 мая 2021 г. . Получено 22 июня 2021 г. .
  67. ^ abcde "Живое доказательство – варианты SARS-CoV-2". Агентство клинических инноваций. nsw.gov.au . Министерство здравоохранения (Новый Южный Уэльс) . 23 июля 2021 г. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 г. Получено 22 марта 2021 г.Часто обновляется.
  68. ^ abc "SARS-CoV-2 variations of concern". ECDC.eu . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 30 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 г. Получено 12 мая 2021 г.Часто обновляется.
  69. ^ "Отчеты о ситуации с коронавирусной болезнью (COVID-19)". who.int . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 26 января 2020 года . Получено 14 июня 2021 года .Часто обновляется.
  70. ^ "Исследование вариантов SARS-CoV-2: технические брифинги". GOV.UK . Правительственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии . Получено 18 ноября 2021 г. .Часто обновляется.
  71. ^ "Исследование вариантов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство: оценки риска вариантов". GOV.UK . Правительственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 19 июня 2021 г. . Получено 19 июня 2021 г. .Часто обновляется.
  72. ^ abcdefg Еженедельная эпидемиологическая сводка по COVID-19 – 20 июля 2021 г. (Отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 20 июля 2021 г. Архивировано из оригинала 23 июля 2021 г. Получено 24 июля 2021 г.
  73. ^ Planas D, Veyer D, Baidaliuk A, Staropoli I, Guivel-Benhassine F, Rajah MM и др. (27 мая 2021 г.). «Сниженная чувствительность инфекционного варианта SARS-CoV-2 B.1.617.2 к моноклональным антителам и сывороткам от выздоравливающих и вакцинированных лиц». bioRxiv 10.1101/2021.05.26.445838 . 
  74. ^ ab "Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2". Всемирная организация здравоохранения. 26 ноября 2021 г. Получено 26 ноября 2021 г.
  75. ^ abcdefg Еженедельная эпидемиологическая сводка по COVID-19 – 22 июня 2021 г. (Отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 22 июня 2021 г. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 г. Получено 26 июня 2021 г.
  76. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся под следствием в Англии, технический брифинг 10 (PDF) (Брифинг). Министерство здравоохранения Англии. 7 мая 2021 г. GOV-8226. Архивировано (PDF) из оригинала 8 мая 2021 г. Получено 6 июня 2021 г.
  77. ^ abcd Кэмпбелл Ф., Арчер Б., Лоренсон-Шафер Х., Джиннай И., Конингс Ф., Батра Н. и др. (июнь 2021 г.). «Повышенная трансмиссивность и глобальное распространение вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 по состоянию на июнь 2021 г.». Euro Surveillance . 26 (24): 2100509. doi : 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. PMC 8212592. PMID 34142653  . 
  78. ^ Шейх А., Макменамин Дж., Тейлор Б., Робертсон К. (июнь 2021 г.). «SARS-CoV-2 Delta VOC в Шотландии: демография, риск госпитализации и эффективность вакцины». Lancet . 397 (10293): 2461–2462. doi :10.1016/S0140-6736(21)01358-1. PMC 8201647 . PMID  34139198. 
  79. ^ ab "SARS-CoV-2 variations of concern and variations under study in England Technical Briefing 21" (PDF) . Public Health England . 20 августа 2021 г. стр. 16 и 22. Архивировано (PDF) из оригинала 29 августа 2021 г. . Получено 29 августа 2021 г. .
  80. ^ ab Оценка риска для варианта SARS-CoV-2 Delta (PDF) (Оценка). Public Health England. 23 июля 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 25 июля 2021 г. Получено 24 июля 2021 г.
  81. ^ Ядав PD, Сапкал GN, Авраам P, Элла R, Дешпанде G, Патил DY и др. (Май 2021 г.). «Нейтрализация исследуемого варианта B.1.617 с сыворотками вакцинированных BBV152». Клинические инфекционные заболевания . 74 (ciab411). Oxford University Press: 366–368. bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101 . doi :10.1093/cid/ciab411. PMID  33961693. 
  82. ^ Callaway E (25 ноября 2021 г.). «Сильно мутировавший вариант коронавируса настораживает ученых». Nature . 600 (7887): 21. Bibcode :2021Natur.600...21C. doi : 10.1038/d41586-021-03552-w . PMID  34824381. S2CID  244660616.
  83. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 29 (PDF) (Брифинг). Министерство здравоохранения Англии. 26 ноября 2021 г. GOV-10481. Архивировано (PDF) из оригинала 27 ноября 2021 г. Получено 26 ноября 2021 г.
  84. ^ abc Оценка риска для варианта SARS-CoV-2 Омикрон (PDF) (Оценка). Министерство здравоохранения Англии. 22 декабря 2021 г. GOV-10869 . Получено 23 декабря 2021 г.
  85. ^ ab Nyberg T, Ferguson NM, Nash SG, Webster HH, Flaxman S, Andrews N и др. (16 марта 2022 г.). «Сравнительный анализ рисков госпитализации и смерти, связанных с вариантами SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) и delta (B.1.617.2) в Англии: когортное исследование». The Lancet . 399 (10332): 1303–1312. doi :10.1016/S0140-6736(22)00462-7. ISSN  0140-6736. PMC 8926413 . PMID  35305296. 
  86. ^ Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A и др. (18 декабря 2020 г.). «Предварительная геномная характеристика возникшей линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определенной новым набором мутаций спайков». Вирусологический . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 г. Получено 14 июня 2021 г.
  87. ^ Исследование нового варианта SARS-COV-2, технический брифинг 1 (PDF) (Брифинг). Public Health England. 21 декабря 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 15 июня 2021 г. Получено 6 июня 2021 г.
  88. ^ ab Chand et al. (2020), стр. 6, Потенциальное влияние варианта спайка N501Y.
  89. ^ Nyberg T, Twohig KA, Harris RJ, Seaman SR, Flannagan J, Allen H и др. (июнь 2021 г.). «Риск госпитализации пациентов с вариантом SARS-CoV-2 B.1.1.7: когортный анализ». BMJ . 373 : n1412. arXiv : 2104.05560 . doi :10.1136/bmj.n1412. PMC 8204098 . PMID  34130987. S2CID  235187479. 
  90. ^ «Подтвержденные случаи разновидностей COVID-19, выявленные в Великобритании». GOV.UK. Public Health England. 15 января 2021 г. Архивировано из оригинала 7 мая 2021 г. Получено 5 марта 2021 г.
  91. ^ Horby P, Barclay W, Gupta R, Huntley C (27 января 2021 г.). Документ NERVTAG: примечание к варианту P.1 (Примечание). Public Health England. Архивировано из оригинала 6 июня 2021 г. . Получено 6 июня 2021 г. .
  92. ^ Horby P, Barclay W, Huntley C (13 января 2021 г.). Статья NERVTAG: краткая заметка о вариантах SARS-CoV-2 (Примечание). Public Health England. Архивировано из оригинала 6 июня 2021 г. . Получено 6 июня 2021 г. .
  93. ^ abcdef "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". www.who.int . Получено 26 мая 2022 г. .Часто обновляется.
  94. ^ "Covid: Ирландия, Италия, Бельгия и Нидерланды запрещают полеты из Великобритании". BBC News . 20 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 г. Получено 23 декабря 2020 г.
  95. ^ Chand M, Hopkins S, Dabrera G, Achison C, Barclay W, Ferguson N и др. (21 декабря 2020 г.). Исследование нового варианта SARS-COV-2: вариант, вызывающий беспокойство 202012/01 (PDF) (Отчет). Public Health England. Архивировано (PDF) из оригинала 22 февраля 2021 г. Получено 23 декабря 2020 г.
  96. ^ «PHE исследует новый штамм COVID-19». Public Health England (PHE). 14 декабря 2020 г.
  97. ^ abcdef Еженедельная эпидемиологическая сводка по COVID-19 на 8 июня 2021 г. (Отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 8 июня 2021 г. Архивировано из оригинала 15 июня 2021 г. Получено 14 июня 2021 г.
  98. ^ Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A и др. (2020). Предварительная геномная характеристика возникшей линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определенной новым набором мутаций спайков (Отчет). Написано от имени Консорциума геномики COVID-19 в Великобритании. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 г. . Получено 20 декабря 2020 г. .
  99. ^ Купфершмидт К (20 декабря 2020 г.). «Мутантный коронавирус в Соединенном Королевстве вызывает тревогу, но его важность остается неясной». Science Mag . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 г. Получено 21 декабря 2020 г.
  100. ^ ab Collier DA, De Marco A, Ferreira IA, Meng B, Datir RP, Walls AC и др. (май 2021 г.). «Чувствительность вируса SARS-CoV-2 B.1.1.7 к антителам, вызванным мРНК-вакциной». Nature (опубликовано). 593 (7857): 136–141. doi : 10.1038/s41586-021-03412-7 . PMC 7899479 . PMID  33706364. Поэтому мы создали псевдовирусы, несущие мутации шипа B.1.1.7 с дополнительной заменой E484K или без нее, и протестировали их против сывороток, полученных после первой и второй дозы вакцины мРНК BNT162b2, а также против сывороток выздоравливающих. После второй дозы вакцины мы наблюдали значительную потерю нейтрализующей активности псевдовируса с мутациями шипа B.1.1.7 и E484K (рис. 3d, e). Среднее кратное изменение для варианта шипа B.1.1.7, содержащего E484K, составило 6,7 по сравнению с 1,9 для варианта B.1.1.7 относительно дикого типа шипового белка (рис. 3a–c и расширенные данные, рис. 5). Аналогичным образом, когда мы тестировали панель реконвалесцентных сывороток с диапазоном титров нейтрализации (рис. 1f, g и расширенные данные, рис. 5), мы наблюдали дополнительную потерю активности против мутантного шипа B.1.1.7 с E484K, с кратным изменением 11,4 относительно дикого типа шипового белка (рис. 3f, g и расширенные данные, рис. 5). 
  101. ^ ab "Новые данные по VUI-202012/01 и обзор оценки риска для общественного здоровья". Knowledge Hub . 15 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 г. Получено 25 декабря 2020 г.
  102. ^ "COG-UK Showcase Event". 18 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 14 июня 2021 г. Получено 25 декабря 2020 г. – через YouTube.
  103. ^ Davies NG, Abbott S, Barnard RC, Jarvis CI, Kucharski AJ, Munday JD и др. (апрель 2021 г.). «Оцениваемая трансмиссивность и воздействие линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Англии». Science . 372 (6538): eabg3055. doi :10.1126/science.abg3055. PMC 8128288 . PMID  33658326. 
  104. ^ Volz E, Mishra S, Chand M, Barrett JC, Johnson R, Geidelberg L и др. (май 2021 г.). «Оценка трансмиссивности линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Англии». Nature . 593 (7858): 266–269. Bibcode :2021Natur.593..266V. doi : 10.1038/s41586-021-03470-x . hdl : 10044/1/87474 . PMID  33767447.
  105. ^ Horby P, Huntley C, Davies N, Edmunds J, Ferguson N, Medley G и др. (11 февраля 2021 г.). "NERVTAG paper on COVID-19 variation of concern B.1.1.7: NERVTAG update note on B.1.1.7 violence (2021-02-11)" (PDF) . GOV.UK . Архивировано (PDF) из оригинала 13 апреля 2021 г. . Получено 26 февраля 2021 г. .
  106. ^ Gallagher J (22 января 2021 г.). «Коронавирус: британский вариант «может быть более смертоносным»». BBC News . Архивировано из оригинала 23 мая 2021 г. . Получено 22 января 2021 г. .
  107. ^ Frampton D, Rampling T, Cross A, Bailey H, Heaney J, Byott M и др. (апрель 2021 г.). «Геномные характеристики и клинический эффект новой линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Лондоне, Великобритания: секвенирование всего генома и когортное исследование в больнице». The Lancet. Инфекционные заболевания . 21 (9): 1246–1256. doi :10.1016/S1473-3099(21)00170-5. PMC 8041359. PMID  33857406 . 
  108. ^ "PANGO lineages Lineage B.1.1.7". cov-lineages.org . 15 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 г. Получено 15 мая 2021 г.
  109. ^ abc "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 16.03.2022)". www.who.int . 16 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 17 марта 2022 г. Получено 17 марта 2022 г.
  110. ^ abcd "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 07.03.2022)". www.who.int . 7 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 15 марта 2022 г. Получено 21 мая 2022 г.
  111. ^ Мандавилли А (5 марта 2021 г.). «В Орегоне ученые обнаружили вариант вируса с тревожной мутацией — в одном образце генетики обнаружили версию коронавируса, впервые идентифицированную в Великобритании, с мутацией, первоначально зарегистрированной в Южной Африке». The New York Times . Архивировано из оригинала 6 марта 2021 г. . Получено 6 марта 2021 г.
  112. ^ Chen RE, Zhang X, Case JB, Winkler ES, Liu Y, VanBlargan LA и др. (апрель 2021 г.). «Устойчивость вариантов SARS-CoV-2 к нейтрализации моноклональными и полученными из сыворотки поликлональными антителами». Nature Medicine . 27 (4): 717–726. doi : 10.1038/s41591-021-01294-w . PMC 8058618 . PMID  33664494. 
  113. ^ "B.1.1.7 Lineage with S:E484K Report". epidemic.info . 5 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 7 марта 2021 г. Получено 7 марта 2021 г.
  114. ^ Moustafa AM, Bianco C, Denu L, Ahmed A, Neide B, Everett J, et al. (21 апреля 2021 г.). «Сравнительный анализ новых изолятов B.1.1.7+E484K SARS-CoV-2 из Пенсильвании». bioRxiv 10.1101/2021.04.21.440801 . 
  115. ^ "B.1.1.7 Lineage with S:E484K Report". epidemic.info . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 г. Получено 28 мая 2021 г.
  116. ^ Риск, связанный с распространением новых вариантов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство в ЕС/ЕЭЗ — первое обновление (оценка риска). Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 2 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 25 марта 2021 г. Получено 22 марта 2021 г.
  117. ^ abcd "Южная Африка объявляет о новом варианте коронавируса". The New York Times . 18 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 г. Получено 20 декабря 2020 г.
  118. ^ ab Wroughton L, Bearak M (18 декабря 2020 г.). «Южноафриканский коронавирус: вторая волна, вызванная новым штаммом, подростковыми «фестивалями ярости»». The Washington Post . Архивировано из оригинала 27 декабря 2020 г. Получено 20 декабря 2020 г.
  119. ^ Mkhize Z (18 декабря 2020 г.). «Обновление по Covid-19 (18 декабря 2020 г.)» (пресс-релиз). Южная Африка. Южноафриканский онлайн-портал COVID-19. Архивировано из оригинала 4 мая 2021 г. . Получено 23 декабря 2020 г. . Наши врачи также предупредили нас, что ситуация изменилась и что молодые, ранее здоровые люди теперь становятся очень больными.
  120. ^ Абдул Карим СС (19 декабря 2020 г.). «Вторая волна Covid-19 в Южной Африке: трансмиссивность и вариант 501.V2, 11-й слайд». www.scribd.com. Архивировано из оригинала 6 января 2021 г. Получено 23 декабря 2020 г.
  121. ^ Lowe D (22 декабря 2020 г.). "Новые мутации". In the Pipeline . Американская ассоциация содействия развитию науки . Архивировано из оригинала 29 января 2021 г. . Получено 23 декабря 2020 г. . Здесь я должен отметить, что в Южной Африке есть еще один штамм, который вызывает схожие опасения. У этого штамма восемь мутаций в белке Spike, три из которых (K417N, E484K и N501Y) могут иметь некоторую функциональную роль.
  122. ^ "Заявление рабочей группы ВОЗ по моделям COVID-19 на животных (WHO-COM) о новых вариантах SARS-CoV-2 в Великобритании и Южной Африке" (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 22 декабря 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 4 мая 2021 г. . Получено 23 декабря 2020 г. .
  123. ^ "Новая комбинация мутаций в сайте связывания рецептора спайка" (пресс-релиз). GISAID . 21 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 г. Получено 23 декабря 2020 г.
  124. ^ "Япония обнаруживает новый вариант коронавируса у путешественников из Бразилии". Japan Today . Япония. 11 января 2021 г. Архивировано из оригинала 11 января 2021 г. Получено 14 января 2021 г.
  125. ^ abcde Faria NR, Claro IM, Candido D, Moyses Franco LA, Andrade PS, Coletti TM и др. (12 января 2021 г.). «Геномная характеристика возникшей линии SARS-CoV-2 в Манаусе: предварительные результаты». CADDE Genomic Network. virological.org . Архивировано из оригинала 20 мая 2021 г. . Получено 23 января 2021 г. .
  126. ^ ab "P.1". cov-lineages.org . Команда Pango . 1 июля 2021 г. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 г. Получено 7 марта 2021 г.
  127. ^ «Отчет COG-UK о мутациях спайка SARS-CoV-2, представляющих интерес в Великобритании» (PDF) . www.cogconsortium.uk . Консорциум Covid-19 Genomics UK. 15 января 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 16 апреля 2021 г. . Получено 25 января 2021 г. .
  128. ^ аб Волох CM, да Силва Франсиско Р., де Алмейда Л.Г., Кардосо CC, Брустолини О.Дж., Гербер А.Л. и др. (март 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия». Журнал вирусологии . 95 (10). дои : 10.1128/jvi.00119-21 . ПМЦ 8139668 . ПМИД  33649194. 
  129. ^ Nascimento V, Souza V (25 февраля 2021 г.). «Эпидемия COVID-19 в бразильском штате Амазонас была вызвана длительным сохранением эндемичных линий SARS-CoV-2 и недавним появлением нового варианта, вызывающего беспокойство P.1». Research Square . doi : 10.21203/rs.3.rs-275494/v1 . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 г. . Получено 2 марта 2021 г. .
  130. ^ Фариа Н.Р., Меллан Т.А., Уиттакер С., Кларо И.М., Кандидо Д.Д., Мишра С. и др. (май 2021 г.). «Геномика и эпидемиология линии P.1 SARS-CoV-2 в Манаусе, Бразилия». Наука . 372 (6544): 815–821. Бибкод : 2021Sci...372..815F. дои : 10.1126/science.abh2644 . ISSN  0036-8075. ПМЦ 8139423 . PMID  33853970. В этой вероятной области пространства параметров P.1 может быть в 1,7–2,4 раза более передающимся (50% BCI, медиана 2,0, с 99% апостериорной вероятностью быть >1), чем локальные не-P1 линии и может уклоняются от 21 до 46% (50% BCI, 32% медиана, с 95% апостериорной вероятностью возможности уклониться по крайней мере от 10%) защитного иммунитета, вызванного предыдущей инфекцией не-P.1 линиями, что соответствует 54-79 % (50% BCI, медиана 68%) перекрестного иммунитета... Мы оцениваем, что вероятность летального исхода при инфекциях в 1,2–1,9 раза выше (50% BCI, медиана 1,5, 90% апостериорная вероятность >1) период после появления P.1, по сравнению с предыдущим, хотя Апостериорные оценки этого относительного риска также коррелируют с предполагаемым перекрестным иммунитетом. В более широком смысле, недавняя эпидемия в Манаусе напрягла систему здравоохранения города, что привело к недостаточному доступу к медицинской помощи. Поэтому мы не можем определить, является ли предполагаемое увеличение относительной смертности риск обусловлен инфекцией P.1, стрессами в системе здравоохранения Манауса или обоими факторами. Необходимы подробные клинические исследования инфекций P.1. 
  131. ^ Андреони М., Лондоньо Э., Касадо Л. (3 марта 2021 г.). «Бразильский кризис, связанный с COVID, является предупреждением всему миру, говорят ученые. В Бразилии зафиксировано рекордное количество смертей и распространение более заразного варианта коронавируса, который может вызвать повторное заражение». The New York Times . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 г. . Получено 3 марта 2021 г.
  132. ^ Циммер С (1 марта 2021 г.). «Вариант вируса в Бразилии заразил многих, кто уже выздоровел от Covid-19 — первые подробные исследования так называемого варианта P.1 показывают, как он опустошил бразильский город. Теперь ученые хотят узнать, что он сделает в других местах». The New York Times . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 г. . Получено 3 марта 2021 г. .
  133. ^ София Моутинью (4 мая 2021 г.). «Китайская вакцина от COVID-19 сохраняет защиту в Бразилии, охваченной вариантами». Science . doi :10.1126/science.abi9414. S2CID  234804602. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 г. . Получено 4 мая 2021 г. .
  134. ^ Gaier R (5 марта 2021 г.). «Эксклюзив: исследование Оксфорда показывает эффективность AstraZeneca против бразильского варианта, сообщает источник». Reuters . Рио-де-Жанейро. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 г. Получено 9 марта 2021 г.
  135. ^ "Эксклюзив: Оксфордское исследование показывает эффективность AstraZeneca против бразильского варианта, сообщает источник". Reuters . Рио-де-Жанейро. 8 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 г. Получено 9 марта 2021 г.
  136. ↑ Симойнс Э., Гайер Р. (8 марта 2021 г.). «CoronaVac e Oxford são eficazes contravariate de Manaus, dizem Laboratorios» [CoronaVac и Oxford эффективны против варианта Манауса, говорят лаборатории]. UOL Notícias (на португальском языке). Рейтер Бразилия. Архивировано из оригинала 8 марта 2021 года . Проверено 9 марта 2021 г.
  137. ^ «Delta — глобально доминирующий штамм COVID, в настоящее время распространенный в 185 странах: ВОЗ». 22 сентября 2021 г.
  138. ^ "PANGO lineages". cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 3 июня 2021 г. . Получено 18 апреля 2021 г. .
  139. ^ abcd Koshy J (8 апреля 2021 г.). «Коронавирус | Индийский штамм «двойного мутанта» под названием B.1.617». The Hindu . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 г. . Получено 10 апреля 2021 г. .
  140. ^ «Вторая волна в Индии, вызванная вариантом вируса, совпала с резким ростом числа зараженных рейсов, приземлившихся в Канаде». Toronto Sun. 10 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 2 июня 2021 г. Получено 10 апреля 2021 г.
  141. ^ "Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19". Всемирная организация здравоохранения . 11 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 11 мая 2021 г. Получено 12 мая 2021 г.
  142. ^ "Штамм COVID, впервые обнаруженный в Индии, обнаружен на 53 территориях: ВОЗ". www.aljazeera.com . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 г. . Получено 27 мая 2021 г. .
  143. ^ Мишра С., Миндерманн С., Шарма М., Уиттакер С., Меллан Т.А., Уилтон Т. и др. (1 сентября 2021 г.). «Изменение состава линий SARS-CoV-2 и появление варианта Дельта в Англии». Электронная клиническая медицина . 39 : 101064. doi : 10.1016/j.eclinm.2021.101064. ISSN  2589-5370. ПМЦ 8349999 . ПМИД  34401689. 
  144. ^ "Британские ученые предупреждают об индийском варианте коронавируса". Reuters . 7 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 22 мая 2021 г. Получено 7 мая 2021 г.
  145. ^ "реакция экспертов на классификацию VUI-21APR-02/B.1.617.2 PHE как варианта, вызывающего беспокойство". Science Media Centre . 7 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 13 июля 2021 г. Получено 15 мая 2021 г.
  146. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 14 (PDF) (Брифинг). Министерство здравоохранения Англии. 3 июня 2021 г. GOV-8530. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 г. Получено 26 июня 2021 г.
  147. ^ Pearson H, Pullen L, Dao C (11 июня 2021 г.). «AHS анализирует данные о вакцинации при вспышке дельта-варианта COVID-19 в больнице Калгари». Global News . Архивировано из оригинала 12 июня 2021 г. . Получено 12 июня 2021 г. .
  148. ^ Шраер Р. (4 июня 2021 г.). «Непальский вариант»: какая мутация останавливает поездки в Португалию по зеленому списку?». BBC News . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 г. Получено 18 июня 2021 г.
  149. ^ Ачарья Б., Джамкхандикар С. (23 июня 2021 г.). «Объяснение: Что такое дельта-вариант коронавируса с мутацией K417N?». Reuters . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 г. Получено 23 июня 2021 г.
  150. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 17 (PDF) (Брифинг). Министерство здравоохранения Англии. 25 июня 2021 г. GOV-8576. Архивировано (PDF) из оригинала 25 июня 2021 г. Получено 26 июня 2021 г.
  151. ^ Шарма М (14 июня 2021 г.). «Идентифицирован новый вариант „Дельта Плюс“ вируса SARS-CoV-2; вот что мы знаем на данный момент». India Today . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 г. Получено 16 июня 2021 г.
  152. ^ Катлер С. (18 июня 2021 г.). «Непальский вариант»: что мы узнали до сих пор». The Conversation . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 г. . Получено 18 июня 2021 г. .
  153. ^ Tang JW, Oliver T (2021). «Внедрение южноафриканского варианта SARS-CoV-2 501Y.V2 в Великобританию». Журнал инфекций . 82 (4): e8–e10. doi :10.1016/j.jinf.2021.01.007. PMC 7813514. PMID  33472093 . 
  154. ^ "India says new COVID variation is a concern". Reuters . Бангалор. 22 июня 2021 г. Архивировано из оригинала 23 июня 2021 г. Получено 23 июня 2021 г.
  155. ^ Biswas S (23 июня 2021 г.). «Дельта плюс: ученые говорят, что пока рано говорить о риске варианта Covid-19». BBC News . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 г. Получено 23 июня 2021 г.
  156. ^ Робертс М (19 октября 2021 г.). «Covid-19: новая мутация варианта Delta под пристальным наблюдением в Великобритании». www.bbc.co.uk . Получено 19 октября 2021 г.
  157. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". www.who.int . 7 июня 2022 г. Архивировано из оригинала 22 июня 2022 г. Получено 23 июня 2022 г.
  158. ^ "Southern California COVID-19 Strain Rapidly Expands Global Reach". Cedars-Sinai Newsroom . Лос-Анджелес . 11 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 г. Получено 17 марта 2021 г.
  159. ^ Latif AA, Mullen JL, Alkuzweny M, Tsueng G, Cano M, Haag E и др. (Центр биологии вирусных систем). "B.1.429 Lineage Report". epidemic.info . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 г. . Получено 28 мая 2021 г. .
  160. ^ ab "Исследование предполагает, что новый калифорнийский вариант может стать причиной всплеска вируса". The New York Times . 19 января 2021 г. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 г. Получено 20 января 2021 г.
  161. ^ Azad A (17 марта 2021 г.). «Штаммами коронавируса, впервые обнаруженными в Калифорнии, официально являются «варианты, вызывающие беспокойство», — заявляет CDC». CNN . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 г. . Получено 6 июня 2021 г. .
  162. ^ Shen X, Tang H, Pajon R, Smith G, Glenn GM, Shi W и др. (июнь 2021 г.). «Нейтрализация вариантов SARS-CoV-2 B.1.429 и B.1.351». The New England Journal of Medicine . 384 (24): 2352–2354. doi : 10.1056/NEJMc2103740 . PMC 8063884. PMID  33826819 . 
  163. ^ "Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2: обновлено 23 июня 2021 г.". CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 23 июня 2021 г. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 г.
  164. ^ ab Zimmer C, Mandavilli A (14 мая 2021 г.). «Как Соединенные Штаты победили варианты, на данный момент». The New York Times . Архивировано из оригинала 16 мая 2021 г. Получено 17 мая 2021 г.
  165. ^ Wadman M (23 февраля 2021 г.). «Калифорнийский штамм коронавируса может быть более заразным — и смертельным». Science News . doi :10.1126/science.abh2101. Архивировано из оригинала 1 мая 2021 г. . Получено 17 марта 2021 г. .
  166. ^ Ho C (28 февраля 2021 г.). «Работают ли тесты на коронавирус на вариантах?». San Francisco Chronicle . Архивировано из оригинала 24 июня 2021 г. Получено 24 июня 2021 г.
  167. ^ «Местный штамм COVID-19 обнаружен у более чем трети пациентов Лос-Анджелеса». news wise (пресс-релиз). Калифорния: Медицинский центр Cedars Sinai. 19 января 2021 г. Архивировано из оригинала 13 июня 2021 г. Получено 3 марта 2021 г.
  168. ^ ab "B.1.429". Rambaut Group, University of Edinburgh . PANGO Lineages. 15 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 г. Получено 16 февраля 2021 г.
  169. ^ ab "B.1.429 Lineage Report". Scripps Research . epidemic.info. 15 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 г. Получено 16 февраля 2021 г.
  170. ^ "COVID-19 Variant First Found in Other Countries and States Now Wend More Frequently In California". Департамент общественного здравоохранения Калифорнии . Архивировано из оригинала 16 июня 2021 г. Получено 30 января 2021 г.
  171. ^ Weise E, Weintraub K. «Новые штаммы COVID, стремительно распространяющиеся по США, требуют тщательного наблюдения, говорят ученые». USA Today . Архивировано из оригинала 4 марта 2021 г. Получено 30 января 2021 г.
  172. ^ "Геномная характеристика возникшей линии SARS-CoV-2 в Манаусе: предварительные результаты". Вирусологический . 12 января 2021 г. Получено 26 июня 2021 г.
  173. ^ Ранзани О (2021). «Эффективность вакцины CoronaVac среди пожилого населения во время эпидемии COVID-19, связанной с вариантом гамма, в Бразилии». medRxiv 10.1101/2021.05.19.21257472v3 . 
  174. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". who.int . Всемирная организация здравоохранения.
  175. ^ "Delta-PCR-testen" [Тест Delta PCR] (на датском языке). Statens Serum Institut. 25 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 7 февраля 2021 г. Получено 27 февраля 2021 г.
  176. ^ ab "GISAID hCOV19 Variants (see menu option 'G/484K.V3 (B.1.525)')". GISAID . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 г. . Получено 4 марта 2021 г. .
  177. ^ ab "Status for udvikling af SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) i Danmark" [Статус разработки SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) in Denmark] (на датском языке). Statens Serum Institut. 27 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 27 августа 2021 г. Получено 27 февраля 2021 г.
  178. ^ ab "B.1.525 international lineage report". cov-lineages.org . Команда Pango . 19 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 г. Получено 16 февраля 2021 г.
  179. ^ Робертс М (16 февраля 2021 г.). «Еще один новый вариант коронавируса обнаружен в Великобритании». BBC News . Архивировано из оригинала 20 июня 2021 г. Получено 16 февраля 2021 г.
  180. ^ "DOH подтверждает обнаружение 2 мутаций SARS-CoV-2 в регионе 7". ABS-CBN News . 18 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 3 мая 2021 г. Получено 13 марта 2021 г.
  181. ^ Santos E (13 марта 2021 г.). «DOH сообщает о варианте COVID-19, «уникальном» для Филиппин, первый случай бразильского варианта». CNN Philippines . Архивировано из оригинала 16 марта 2021 г. Получено 17 марта 2021 г.
  182. ^ "DOH подтверждает новый вариант COVID-19, впервые обнаруженный в Филиппинах, первый случай бразильского варианта". ABS-CBN News . 13 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 2 мая 2021 г. Получено 13 марта 2021 г.
  183. ^ «PH обнаружила новый вариант COVID-19 раньше, чем Япония, поясняет эксперт». CNN Philippines . 13 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 17 марта 2021 г. Получено 17 марта 2021 г.
  184. ^ "Япония обнаруживает новый вариант коронавируса у путешественника из Филиппин". CNN Philippines . 13 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 16 марта 2021 г. Получено 21 марта 2021 г.
  185. ^ "Великобритания сообщает о 2 случаях заболевания COVID-19, впервые выявленных на Филиппинах". ABS-CBN . 17 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 18 марта 2021 г. Получено 21 марта 2021 г.
  186. ^ "Covid-19: Саравак обнаруживает вариант, зарегистрированный на Филиппинах". 30 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 1 мая 2021 г. Получено 30 апреля 2021 г.
  187. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". www.who.int . Получено 1 июня 2021 г. .
  188. ^ Barton MI, MacGowan SA, Kutuzov MA, Dushek O, Barton GJ, van der Merwe PA (26 августа 2021 г.). Fouchier RA, Van der Meer JW, Fouchier RA (ред.). «Влияние общих мутаций в RBD SARS-CoV-2 Spike и его лиганде, рецепторе ACE2 человека, на сродство связывания и кинетику». eLife . 10 : e70658. doi : 10.7554/eLife.70658 . ISSN  2050-084X. PMC 8480977 . PMID  34435953. 
  189. ^ Последовательности SARS-CoV-2 по вариантам, 26 июля 2021 г., США Наш мир в данных
  190. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". www.who.int . 31 мая 2021 г. Получено 5 июня 2021 г.
  191. ^ "Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 - 27 апреля 2021 г." (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 27 апреля 2021 г. . Получено 6 июня 2021 г. .
  192. ^ Le Page M (4 июня 2021 г.). «Индийский вариант covid-19 (B.1.617)». New Scientist . Получено 8 июня 2021 г. .
  193. ^ Всемирная организация здравоохранения в марте 2022 г. посчитала его ранее циркулировавшим вариантом, представляющим интерес. Варианты SARS-CoV-2, представляющие интерес, и варианты, находящиеся под следствием в Англии — Технический брифинг 10 (PDF) (Отчет). Лондон. 7 мая 2021 г. Получено 5 июня 2021 г. Вариант, впервые обнаруженный в Индии, был обозначен как находящийся под следствием 1 апреля 2021 г. как VUI-21APR-01 (B.1.617.1). {{cite report}}: Неизвестный параметр |agency=проигнорирован ( помощь ) В этой статье содержится текст, лицензированный OGL. В данной статье используется текст, опубликованный в соответствии с лицензией British Open Government License  v3.0:
  194. ^ ab "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". Всемирная организация здравоохранения . Получено 17 июня 2021 г.
  195. ^ "Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 - 15 июня 2021 г." (PDF) (44-е изд.). Всемирная организация здравоохранения . 15 июня 2021 г. Получено 16 августа 2021 г. Лямбда была связана с существенными показателями передачи в сообществе во многих странах, с ростом распространенности с течением времени одновременно с ростом заболеваемости COVID-19. Самые ранние секвенированные образцы были зарегистрированы в Перу в августе 2020 г.
  196. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". who.int . Всемирная организация здравоохранения.Часто обновляется.
  197. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 16.03.2022)". www.who.int . 16 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 17 марта 2022 г. Получено 17 марта 2022 г.
  198. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 07.03.2022)". www.who.int . 7 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 15 марта 2022 г. Получено 21 мая 2022 г.
  199. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". who.int . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 18 июня 2021 г. Получено 1 сентября 2021 г.
  200. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 16.03.2022)". www.who.int . 16 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 17 марта 2022 г. Получено 17 марта 2022 г.
  201. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 07.03.2022)". www.who.int . 7 марта 2022 г. Архивировано из оригинала 15 марта 2022 г. Получено 21 мая 2022 г.
  202. ^ ab "Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2". www.who.int . Получено 26 ноября 2021 г. .
  203. ^ Callaway E (25 ноября 2021 г.). «Сильно мутировавший вариант коронавируса настораживает ученых». Nature . 600 (7887): 21. Bibcode :2021Natur.600...21C. doi : 10.1038/d41586-021-03552-w . PMID  34824381. S2CID  244660616.
  204. ^ Фернандо МХ. «Мировые эксперты проводят специальное совещание по поводу тревожного нового варианта COVID-19 в Южной Африке: последние обновления». USA Today .
  205. ^ "outbreak.info". epidemic.info . Получено 26 ноября 2021 г. .
  206. ^ "Covid: новый сильно мутировавший вариант B.1.1.529 в Южной Африке вызывает беспокойство". BBC News . 25 ноября 2021 г. . Получено 25 ноября 2021 г. .
  207. ^ Whiteside P (30 ноября 2021 г.). «COVID-19: Как распространение Omicron пошло от нулевого пациента по всему миру». Sky News . Получено 3 января 2022 г.
  208. ^ @BNODesk (26 ноября 2021 г.). «Заявление министерства здравоохранения Израиля, сообщающее об 1 подтвержденном случае нового варианта коронавируса B.1.1.529» ( Твит ) . Получено 26 ноября 2021 г. – через Twitter .
  209. ^ "14:30 4 מאומתים לווריאנט החדש התגלו בארץ, רה"מ יקיים מסיבת עיתונאים ["... В стране обнаружено 4 верифицированных на новый штамм..."]. m.ynet. co.il Проверено 26 ноября 2021 г.
  210. ^ "Бельгия обнаруживает первый случай нового варианта COVID-19 в Европе". Reuters . 26 ноября 2021 г. . Получено 26 ноября 2021 г. .
  211. ^ "INSACOG WEEKLY BULLETIN" (PDF) . dbtindia.gov.in . 10 января 2022 г. . Получено 24 января 2022 г. .
  212. ^ "Заявление о сублинии Омикрон BA.2". www.who.int . Получено 4 апреля 2022 г. .
  213. ^ ab Schmidt C. «Что мы знаем о варианте BA.2 компании Omicron на сегодняшний день». Scientific American . Получено 4 апреля 2022 г.
  214. ^ "Количество случаев заражения COVID-19 снова растет в Великобритании - ONS". BBC News . 11 марта 2022 г.
  215. ^ Джессика Рендалл (29 марта 2022 г.). «По данным CDC, BA.2 теперь является доминирующим вариантом COVID в США».
  216. ^ ECDC (12 мая 2022 г.). «Изменения в списке вариантов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство, вариантов, представляющих интерес, и вариантов, находящихся под наблюдением» (PDF) .
  217. ^ Питер Рассел (6 января 2023 г.). «Омикрон XBB.1.5: Что мы знаем до сих пор?» . Получено 8 января 2023 г.
  218. ^ Джонсон А. «Что мы знаем о варианте вируса EG.5 «Эрис» Covid: доминирующий штамм, вызывающий рост числа случаев». Forbes . Получено 11 августа 2023 г.
  219. ^ "cov-lineages.org" . Получено 11 августа 2023 г. .
  220. ^ Мундасад С (10 августа 2023 г.). «Что мы знаем о варианте Covid EG.5, получившем название «Эрис»». BBC News . BBC . Получено 10 августа 2023 г. .
  221. ^ "Обновление распространенности и скорости роста последовательности генома SARS-CoV-2: 8 ноября 2023 г.". GOV.UK . 6 декабря 2023 г. . Получено 21 декабря 2023 г. .
  222. ^ "COVID-19 Weekly Epidemiological Update (Edition 156 published 17 August 2023)" (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 17 августа 2023 . Получено 30 августа 2023 .
  223. ^ «Covid: все, что мы знаем о новом потомке Омикрона, когда вспыхивает зимний грипп». The Independent . 8 декабря 2023 г. Получено 16 декабря 2023 г.
  224. ^ Bartel A, Grau JH, Bitzegeio J, Werber D, Linzner N, Schumacher V и др. (10 января 2024 г.). «Своевременный мониторинг фрагментов РНК SARS-CoV-2 в сточных водах показывает появление JN.1 (BA.2.86.1.1, Clade 23I) в Берлине, Германия». Вирусы . 16 (1): 102. doi : 10.3390/v16010102 . ISSN  1999-4915. PMC 10818819 . PMID  38257802. 
  225. ^ "Первоначальная оценка риска JN.1, 19 декабря 2023 г." (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 19 декабря 2023 г. . Получено 11 января 2024 г. .
  226. ^ «Возвращение маски? Сингапур и Индонезия восстанавливают ограничения из-за роста числа случаев заболевания COVID». mint . 14 декабря 2023 г. Получено 16 декабря 2023 г.
  227. ^ "COVID-19 Activity Increases as Prevalence of JN.1 Variant Continues to Rise". Центры по контролю и профилактике заболеваний. 5 января 2024 г. Получено 11 января 2024 г.
  228. ^ Обновленная оценка риска JN.1, 09 января 2023 г. [неправильно указана дата] (PDF) , Всемирная организация здравоохранения , 9 февраля 2024 г., Wikidata  Q124477897, архив (PDF) из оригинала 10 февраля 2024 г.
  229. ^ Левентис Лургос А (9 мая 2024 г.). «Новые варианты COVID „FLiRT“ распространяются по всей стране. Эксперты здравоохранения Чикаго призывают к своевременной вакцинации». Yahoo News . Получено 14 мая 2024 г. – через Chicago Tribune .
  230. ^ Kee C (20 мая 2024 г.). «Новые варианты COVID, распространяющиеся в США, называются „FLiRT“. Но почему?». TODAY.com . Получено 29 мая 2024 г.
  231. ^ Натан Бартлетт (9 июля 2024 г.). «От FLiRT до FLuQE: что знать о последних вариантах COVID на подъеме». The Conversation . Wikidata  Q127329080. Архивировано из оригинала 10 июля 2024 г.
  232. ^ Lin II RG (30 августа 2024 г.). «Еще более заразный штамм COVID «только начинает распространяться» среди калифорнийской волны». Los Angeles Times . Получено 1 сентября 2024 г.
  233. ^ Мишель Робертс (16 сентября 2024 г.). «Новый вариант XEC Covid начинает распространяться». www.bbc.com . Получено 16 сентября 2024 г.
  234. ^ Отслеживание вариантов SARS-CoV-2, Всемирная организация здравоохранения , 29 мая 2022 г., Wikidata  Q127329189, заархивировано из оригинала 29 мая 2022 г.
  235. ^ ab Отслеживание вариантов SARS-CoV-2, Всемирная организация здравоохранения , 11 февраля 2023 г., Wikidata  Q127329489, архивировано из оригинала 11 февраля 2023 г.
  236. ^ Отслеживание вариантов SARS-CoV-2, Всемирная организация здравоохранения , 28 июня 2024 г., Wikidata  Q127328784, заархивировано из оригинала 10 июля 2024 г.
  237. ^ ab "Обнаружение варианта белка-шипа P681H вируса SARS-CoV-2 в Нигерии". Вирусологический . 23 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 13 июня 2021 г. Получено 1 января 2021 г.
  238. ^ "Lineage B.1.1.207". cov-lineages.org . Команда Pango . Архивировано из оригинала 27 января 2021 г. Получено 11 марта 2021 г.
  239. ^ «Путешественникам из Квинсленда продлили карантин в отеле после обнаружения российского варианта коронавируса». www.abc.net.au . 3 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 3 марта 2021 г. Получено 3 марта 2021 г.
  240. ^ Koshy J (21 апреля 2021 г.). «Новый вариант коронавируса обнаружен в Западной Бенгалии». www.thehindu.com . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 г. . Получено 23 апреля 2021 г. .
  241. ^ «Что представляет собой новый «тройной мутантный вариант» вируса Covid-19, обнаруженный в Бенгалии? Насколько он плох?». www.indiatoday.in . 22 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 г. Получено 23 апреля 2021 г.
  242. ^ "PANGO lineages Lineage B.1.618". cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 14 мая 2021 г. . Получено 23 апреля 2021 г. .
  243. ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах Нью-Йорка». Университет Миссури . Получено 10 марта 2022 г.
  244. ^ ab Smyth DS, Trujillo M, Gregory DA, Cheung K, Gao A, Graham M и др. (3 февраля 2022 г.). «Отслеживание криптических линий SARS-CoV-2, обнаруженных в сточных водах Нью-Йорка». Nature Communications . 13 (1): 635. Bibcode :2022NatCo..13..635S. doi :10.1038/s41467-022-28246-3. ISSN  2041-1723. PMC 8813986 . PMID  35115523. 
  245. ^ Browne E (4 января 2022 г.). «Что мы знаем о варианте COVID «IHU» B.1.640.2 с 46 мутациями». Newsweek . Архивировано из оригинала 5 января 2022 г. Получено 5 января 2022 г.
  246. ^ Freund A (7 января 2022 г.). «Коронавирус: эксперты в области здравоохранения не встревожены выявленным во Франции вариантом». Deutsche Welle . Архивировано из оригинала 7 января 2022 г. Получено 8 января 2022 г.
  247. ^ ab Freund A (4 января 2022 г.). «Новый вариант коронавируса выявлен во Франции». Deutsche Welle . Архивировано из оригинала 5 января 2022 г. Получено 5 января 2022 г.
  248. ^ ab Bengali S (5 января 2022 г.). «Возможность, обнаруженная во Франции, не вызывает беспокойства, заявляет ВОЗ». The New York Times . ISSN  0362-4331. Архивировано из оригинала 6 января 2022 г. Получено 5 января 2022 г.
  249. ^ "Отслеживание вариантов SARS-CoV-2". Всемирная организация здравоохранения . Архивировано из оригинала 25 ноября 2021 г. Получено 5 января 2022 г.
  250. ^ Cobbe E (6 января 2022 г.). «Вариант коронавируса 'IHU' находится 'на нашем радаре', но не представляет угрозы, заявляет Всемирная организация здравоохранения». CBS News . Архивировано из оригинала 7 января 2022 г. Получено 8 января 2022 г.
  251. ^ Chaturvedi A (4 января 2022 г.). «Новый вариант Covid-19 „IHU“ обнаружен во Франции, имеет больше мутаций, чем Omicron». Hindustan Times . Архивировано из оригинала 5 января 2022 г. Получено 5 января 2022 г.
  252. ^ "COVID-19: Новый вариант, B.1.640.2, обнаружен во Франции – исследование". The Jerusalem Post . Архивировано из оригинала 4 января 2022 года . Получено 4 января 2022 года .
  253. ^ «Что такое вариант Covid Deltacron и где он был обнаружен?». The Guardian . 11 марта 2022 г. Получено 18 апреля 2022 г.
  254. ^ Lapid N (9 марта 2022 г.). «Идентифицирован вариант, сочетающий Дельту и Омикрон; собаки вынюхивают вирус с высокой точностью». Reuters . Получено 18 апреля 2022 г.
  255. ^ "COVID-19, Украина и другие глобальные чрезвычайные ситуации в области здравоохранения. Стенограмма виртуальной пресс-конференции - 16 марта 2022 г.". www.who.int . Получено 24 апреля 2022 г.
  256. ^ Снайдер М. «Возможно, существует новый вариант COVID, Deltacron. Вот что мы о нем знаем». USA TODAY . Получено 24 апреля 2022 г.
  257. ^ ab Colson P, Fournier PE, Delerce J, Million M, Bedotto M, Houhamdi L, et al. (16 марта 2022 г.). «Культура и идентификация SARS-CoV-2 «Deltamicron» в кластере из трех случаев на юге Франции». стр. 3739–3749. medRxiv 10.1101/2022.03.03.22271812v2 . 
  258. ^ "Delta (AY.4) и BA.1 рекомбинантные во Франции/Дании [~30 последовательностей, выделенных/пассированных в Vero] · Выпуск № 444 · cov-lineages/pango-designation". GitHub . Получено 24 апреля 2022 г. .
  259. ^ O'Neill L (21 марта 2022 г.). «Дельтакрон: что ученые знают об этом новом гибридном коронавирусе». The Conversation . Получено 18 апреля 2022 г. .
  260. ^ Sundaravelu A (28 июля 2023 г.). «Ученые обнаружили у пациента «самый мутировавший» и «самый экстремальный» вариант Covid». Metro News . Получено 28 июля 2023 г.
  261. ^ ab "SARS-CoV-2 variations of concern and variations under study in England: Technical briefing 39" (PDF) . gov.uk . Агентство безопасности здравоохранения Великобритании. 25 марта 2022 г. Архивировано (PDF) из оригинала 4 апреля 2022 г. Получено 6 апреля 2022 г.
  262. ^ "COVID-19 Weekly Epidemiological Update: Edition 84, опубликовано 22 марта 2022 г." (PDF) . who.int . Всемирная организация здравоохранения. 2 марта 2022 г. . Получено 6 апреля 2022 г. .
  263. ^ "Cov-Lineages". cov-lineages.org . Получено 6 апреля 2022 г. .
  264. ^ Купфершмидт К (23 декабря 2020 г.). «Британская версия освещает роль иммунокомпрометированных пациентов в пандемии COVID-19». Science . doi :10.1126/science.abg2911. S2CID  234378594. Архивировано из оригинала 24 июня 2021 г. . Получено 25 февраля 2021 г. .
  265. ^ Sutherland S (23 февраля 2021 г.). «Варианты COVID могут возникать у людей с ослабленной иммунной системой». Scientific American . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 г. Получено 25 февраля 2021 г.
  266. ^ McCarthy KR, Rennick LJ, Nambulli S, Robinson-McCarthy LR, Bain WG, Haidar G и др. (март 2021 г.). «Повторяющиеся делеции в гликопротеине шипа SARS-CoV-2 приводят к ускользанию антител». Science . 371 (6534): 1139–1142. Bibcode :2021Sci...371.1139M. doi : 10.1126/science.abf6950 . PMC 7971772 . PMID  33536258. 
  267. ^ "新型コロナウイルス変異株とは | 日本医学臨床検査研究所" [Что такое новая мутация коронавируса | Японская медицинская лабораторная лаборатория]. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  268. ^ "Variant: 21G (Lambda)". CoVariants . Архивировано из оригинала 21 июля 2021 г. . Получено 3 сентября 2021 г. .
  269. ^ Фрэнк Даймонд (7 августа 2021 г.). «Больше данных указывают на потенциальную летальность варианта лямбда». Infection Control Today . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 г. . Получено 3 сентября 2021 г. .
  270. ^ Kimura I, Kosugi Y, Wu J, Yamasoba D, Butlertanaka EP, Tanaka YL и др. (2021). «SARS-CoV-2 Lambda variation reveals higher infectivity and immunity resistence». Cell Reports . 38 (2): 110218. bioRxiv 10.1101/2021.07.28.454085 . doi :10.1016/j.celrep.2021.110218. hdl :2433/267436. PMC 8683271 . PMID  34968415. S2CID  236520241. Архивировано из оригинала 16 сентября 2021 г. . Получено 3 сентября 2021 г. .  
  271. ^ abcdefg Greenwood M (15 января 2021 г.). «Какие мутации SARS-CoV-2 вызывают беспокойство?». News Medical Lifesciences . Архивировано из оригинала 16 января 2021 г. . Получено 16 января 2021 г. .
  272. ↑ Тандель Д., Гупта Д., Сах В., Харшан К.Х. (30 апреля 2021 г.). «Вариант SARS-CoV-2 N440K обладает более высокой инфекционной пригодностью». bioRxiv 10.1101/2021.04.30.441434 . 
  273. ^ Bhattacharjee S (3 мая 2021 г.). «COVID-19 | Штамм AP как минимум в 15 раз более вирулентный». The Hindu . Архивировано из оригинала 10 мая 2021 г. Получено 4 мая 2021 г.
  274. ^ "N440k Covid Variant: Mutant N440K в 10 раз более заразен, чем родительский штамм | Hyderabad News". The Times of India . 2 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 30 августа 2021 г. Получено 3 сентября 2021 г.
  275. ^ "感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2).株について (第13報)» [Новые мутантные штаммы нового коронавируса (SARS-CoV) -2) Обеспокоенность по поводу повышения инфекционности и трансмиссивности, а также изменений антигенности (13-й отчет)]. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  276. ^ "Мутации в шипе, предположительно связанные со вспышкой на датских фермах по разведению норок". GISAID . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 г. Получено 3 сентября 2021 г.
  277. ^ "University of Graz". www.uni-graz.at . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 г. Получено 22 февраля 2021 г.
  278. ^ «Коронавирус SARS-CoV-2 (ранее известный как Уханьский коронавирус и 2019-nCoV) — что мы можем узнать на уровне структурной биоинформатики». Innophore . 23 января 2020 г. . Получено 22 февраля 2021 г. .
  279. ^ Singh A, Steinkellner G, Köchl K, Gruber K, Gruber CC (февраль 2021 г.). «Серин 477 играет решающую роль во взаимодействии белка-шипа SARS-CoV-2 с рецептором ACE2 человека». Scientific Reports . 11 (1): 4320. Bibcode :2021NatSR..11.4320S. doi : 10.1038/s41598-021-83761-5 . PMC 7900180 . PMID  33619331. 
  280. ^ "BioNTech: Мы стремимся индивидуализировать онкологическую медицину". BioNTech . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 г. . Получено 22 февраля 2021 г. .
  281. ^ Schroers B, Gudimella R, Bukur T, Roesler T, Loewer M, Sahin U (4 февраля 2021 г.). «Масштабный анализ мутантов гликопротеина спайка SARS-CoV-2 демонстрирует необходимость непрерывного скрининга вирусных изолятов». bioRxiv 10.1101/2021.02.04.429765 . 
  282. ^ "Люди говорят о варианте "двойного мутанта" в Индии. Что это значит?". NPR . Архивировано из оригинала 27 апреля 2021 г. Получено 27 апреля 2021 г. ...с научной точки зрения термин "двойной мутант" не имеет смысла, говорит Андерсен. "SARS-CoV-2 постоянно мутирует. Поэтому повсюду есть много двойных мутантов. Вариант в Индии действительно не следует так называть".
  283. ^ abc Mandavilli A, Mueller B (2 марта 2021 г.). «Почему у вариантов вируса такие странные названия». The New York Times . ISSN  0362-4331. Архивировано из оригинала 20 июня 2021 г. Получено 2 марта 2021 г.
  284. ^ "escape mutation". HIV i-Base . 11 октября 2012 г. Архивировано из оригинала 9 мая 2021 г. Получено 19 февраля 2021 г.
  285. ^ Wise J (февраль 2021 г.). «Covid-19: мутация E484K и связанные с ней риски». BMJ . 372 : n359. doi : 10.1136/bmj.n359 . PMID  33547053. S2CID  231821685.
  286. ^ abc "Краткий отчет: новый вариант штамма SARS-CoV-2, выявленный у путешественников из Бразилии" (PDF) (пресс-релиз). Япония: NIID (Национальный институт инфекционных заболеваний). 12 января 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 15 января 2021 г. Получено 14 января 2021 г.
  287. ^ Исследование нового варианта SARS-CoV-2 202012/01, технический брифинг 5 (PDF) (Брифинг). Public Health England. 2 февраля 2021 г. GW-1905. Архивировано (PDF) из оригинала 29 июня 2021 г. Получено 14 июня 2021 г.
  288. ^ Greaney AJ, Loes AN, Crawford KH, Starr TN, Malone KD, Chu HY и др. (март 2021 г.). «Комплексное картирование мутаций в домене связывания рецептора SARS-CoV-2, которые влияют на распознавание поликлональными антителами плазмы человека». Cell Host & Microbe . 29 (3): 463–476.e6. doi :10.1016/j.chom.2021.02.003. PMC 7869748 . PMID  33592168. 
  289. ^ Купфершмидт К (январь 2021 г.). «Новые мутации вызывают призрак «иммунного побега». Science . 371 (6527): 329–330. Bibcode :2021Sci...371..329K. doi : 10.1126/science.371.6527.329 . PMID  33479129.
  290. ^ Rettner R (2 февраля 2021 г.). «Вариант коронавируса в Великобритании развивает мутацию, уклоняющуюся от вакцины. В нескольких случаях вариант коронавируса в Великобритании развивал мутацию под названием E484K, которая может повлиять на эффективность вакцины». Live Science . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 г. . Получено 2 февраля 2021 г. .
  291. ^ Achenbach J, Booth W (2 февраля 2021 г.). «Тревожная мутация коронавируса обнаружена в британском варианте и в некоторых образцах из США». The Washington Post . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 г. Получено 2 февраля 2021 г.
  292. ^ "東京五輪で"最凶"の「ラムダ株」が上陸 ワクチン効果は5分の1?" ["Лямбда-штамм" приземлился на Олимпийских играх в Токио, а эффект вакцины составляет одну пятую?]. гоо ニュース. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  293. ^ «Вариант Лямбда: более ли он заразен и может ли он избежать вакцин? Объясняет вирусолог». The Conversation . 21 июля 2021 г. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 г. Получено 3 сентября 2021 г.
  294. ^ ab Обновление COG-UK о мутациях шипа SARS-CoV-2, представляющих особый интерес: Отчет 1 (PDF) (Отчет). Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK). 20 декабря 2020 г. стр. 7. Архивировано из оригинала (PDF) 25 декабря 2020 г. Получено 31 декабря 2020 г.
  295. ^ «Исследователи обнаружили новый вариант вируса COVID-19 в Колумбусе, штат Огайо». wexnermedical.osu.edu . 13 января 2021 г. Архивировано из оригинала 15 января 2021 г. Получено 16 января 2021 г.
  296. ^ Ту Х, Авенариус М. Р., Кубатко Л., Хант М., Пан Х., Ру П. и др. (26 января 2021 г.). «Отдельные закономерности появления вариантов спайка SARS-CoV-2, включая N501Y, в клинических образцах в Колумбусе, штат Огайо». bioRxiv 10.1101/2021.01.12.426407 . 
  297. ^ «新たな変異ある「デルタ株」検出 感染力への影響分からず» [Обнаружение нового мутанта «Дельта-штамм». Влияние на инфекционность неизвестно]. NHKニュース. 31 августа 2021 года. Архивировано из оригинала 1 сентября 2021 года . Проверено 2 сентября 2021 г.
  298. ^ "「N501S 変異を有する新たなデルタ株(B.1.617.2系統)の市中感染事例(国内第1例目)を確認」 〜医科歯科大新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクト 第8報〜" ["Подтвержден случай внебольничной инфекции (первый случай в Японии) новым дельта-штаммом (штамм B.1.617.2) с мутацией N501S» - 8-й отчет проекта по анализу генома нового коронавируса Медицинского и стоматологического университета-] (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 30 августа 2021 г. . Получено 2 сентября 2021 г. .
  299. ^ abcd Maison DP, Ching LL, Shikuma CM, Nerurkar VR (январь 2021 г.). «Генетические характеристики и филогения 969-пн последовательности гена S SARS-CoV-2 с Гавайев выявляют возникающую во всем мире мутацию P681H». bioRxiv 10.1101/2021.01.06.425497 .  Доступно по лицензии CC BY 4.0. Архивировано 16 октября 2017 г. на Wayback Machine .
  300. ^ Corum J, Zimmer C (9 февраля 2021 г.). «Coronavirus Variant Tracker». The New York Times . Архивировано из оригинала 30 ноября 2021 г. . Получено 1 декабря 2021 г. . Постоянно обновляется
  301. ^ Schraer R (18 июля 2020 г.). «Коронавирус: мутации делают его более заразным?». BBC News . Архивировано из оригинала 30 декабря 2020 г. Получено 3 января 2021 г.
  302. ^ «Новый, более заразный штамм COVID-19 теперь доминирует в глобальных случаях вируса: исследование». medicalxpress.com . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 г. . Получено 16 августа 2020 г. .
  303. ^ Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, Yoon H, Theiler J, Abfalterer W и др. (август 2020 г.). «Отслеживание изменений в шипе SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19». Cell . 182 (4): 812–827.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . PMC 7332439 . PMID  32697968. 
  304. ^ Hou YJ, Chiba S, Halfmann P, Ehre C, Kuroda M, Dinnon KH и др. (декабрь 2020 г.). «Вариант SARS-CoV-2 D614G демонстрирует эффективную репликацию ex vivo и передачу in vivo». Science . 370 (6523): 1464–1468. Bibcode :2020Sci...370.1464H. doi :10.1126/science.abe8499. PMC 7775736 . PMID  33184236. возникающая замена Asp614→Gly (D614G) в гликопротеине спайка штаммов SARS-CoV-2, которая в настоящее время является наиболее распространенной формой во всем мире 
  305. ^ Volz EM, Hill V, McCrone JT, Price A, Jorgensen D, O'Toole A и др. (4 августа 2020 г.). «Оценка эффектов мутации D614G в гене шипа SARS-CoV-2 на трансмиссивность и патогенность». Cell . 184 (1): 64–75.e11. doi :10.1016/j.cell.2020.11.020. hdl : 10044/1/84079 . PMC 7674007 . PMID  33275900. 
  306. ^ Butowt R, Bilinska K, Von Bartheld CS (октябрь 2020 г.). «Хемосенсорная дисфункция при COVID-19: интеграция генетических и эпидемиологических данных указывает на вариант белка-шипа D614G как на способствующий фактор». ACS Chemical Neuroscience . 11 (20): 3180–3184. doi : 10.1021/acschemneuro.0c00596 . PMC 7581292 . PMID  32997488. 
  307. ^ ab Hodcroft EB, Domman DB, Snyder DJ, Oguntuyo KY, Van Diest M, Densmore KH и др. (21 февраля 2021 г.). «Появление в конце 2020 г. множественных линий вариантов белка-шипа SARS-CoV-2, влияющих на положение аминокислоты 677». medRxiv 10.1101/2021.02.12.21251658 . 
  308. ^ «Исследование выявило 7 новых выявленных вариантов COVID-19, циркулирующих в Соединенных Штатах». ABC11 Raleigh-Durham . 15 февраля 2021 г. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 г. Получено 3 сентября 2021 г.
  309. ^ «Исследование показывает, что мутация P681H становится глобально распространенной среди последовательностей SARS-CoV-2». News-Medical.net . 10 января 2021 г. Архивировано из оригинала 14 февраля 2021 г. Получено 11 февраля 2021 г.
  310. ^ "Малайзия идентифицирует новый штамм Covid-19, похожий на тот, что был обнаружен в 3 других странах". The Straits Times . 23 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 23 декабря 2020 г. Получено 10 января 2021 г. Доктор Тан Шри Нур Хишам Абдулла сказал, что пока неизвестно, является ли штамм, получивший название мутации "A701B", более заразным, чем обычно
  311. ^ «Дутерте говорит, что Сулу ищет помощи после того, как новый вариант COVID-19 был обнаружен в соседнем Сабахе, Малайзия». GMA News . 27 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 3 января 2021 г. Получено 10 января 2021 г.
  312. ^ abcd «Текущая ситуация и информация о мутации белка Spike вируса Covid-19 в Малайзии». Kementerian Kesihatan Malaysia – Covid-19 Malaysia . 25 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 2 июля 2021 г. Получено 15 января 2021 г.
  313. ^ abc "COVID-19 A701V мутация распространяется на кластеры третьей волны". focusmalaysia.my . 25 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 14 мая 2021 г. Получено 13 мая 2021 г.
  314. ^ "Variants of Concerns (VOC), B.1.524, B.1.525, South African B.1.351, STRAIN D614G, A701V, B1.1.7". covid-19.moh.gov.my . 14 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 2 июля 2021 г. Получено 15 мая 2021 г.
  315. ^ Юрковецкий Л, Ванг Х, Паскаль КЭ, Томкинс-Тинч К, Ньялил ТП, Ванг И и др. (октябрь 2020 г.). «Структурный и функциональный анализ варианта белка-шипа D614G SARS-CoV-2». Cell . 183 (3): 739–751.e8. doi :10.1016/j.cell.2020.09.032. PMC 7492024 . PMID  32991842. 
  316. ^ Thomson EC, Rosen LE, Shepherd JG, Spreafico R, da Silva Filipe A, Wojcechowskyj JA и др. (март 2021 г.). «Циркулирующие варианты спайка N439K SARS-CoV-2 поддерживают приспособляемость, избегая иммунитета, опосредованного антителами». Cell . 184 (5): 1171–1187.e20. doi :10.1016/j.cell.2021.01.037. PMC 7843029 . PMID  33621484. 
  317. ^ Smout A (26 января 2021 г.). «Британия поможет другим странам отслеживать варианты коронавируса». Reuters . Архивировано из оригинала 26 января 2021 г. Получено 27 января 2021 г.
  318. ^ Donnelly L (26 января 2021 г.). «Великобритания поможет секвенировать мутации Covid по всему миру, чтобы найти опасные новые варианты». The Telegraph . Архивировано из оригинала 27 января 2021 г. Получено 28 января 2021 г.
  319. ^ Галани А., Аализаде Р., Костакис М., Марку А., Алигизакис Н., Литрас Т. и др. (январь 2022 г.). «Данные наблюдения за сточным водами SARS-CoV-2 могут предсказывать госпитализации и поступления в отделения интенсивной терапии». Science of the Total Environment . 804 : 150151. Bibcode : 2022ScTEn.80450151G. doi : 10.1016/j.scitotenv.2021.150151. PMC 8421077. PMID  34623953 . 
  320. ^ Baaijens JA, Zulli A, Ott IM, Petrone ME, Alpert T, Fauver JR и др. (2 сентября 2021 г.). «Оценка распространенности вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах с использованием количественной оценки РНК-Seq». medRxiv 10.1101/2021.08.31.21262938 . 
  321. ↑ Хейнен Л., Эльсинга Г., Грааф М.Д., Моленкамп Р., Купманс MP, Медема Г. (26 марта 2021 г.). «Капельная цифровая RT-PCR для обнаружения вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах». medRxiv 10.1101/2021.03.25.21254324v1 . 
  322. ^ Методы обнаружения и идентификации вариантов SARS-CoV-2. Европейский центр профилактики и контроля заболеваний, Всемирная организация здравоохранения (Технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 3 марта 2021 г. Диагностические скрининговые анализы известных ЛОС.
  323. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 15 (PDF) (Брифинг). Министерство здравоохранения Англии. 11 июня 2021 г. GOV-8576. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 г. Получено 15 июня 2021 г.
  324. ^ Оценка дальнейшего появления и потенциального воздействия вызывающего беспокойство варианта SARS-CoV-2 Omicron в контексте продолжающейся передачи вызывающего беспокойство варианта Delta в ЕС/ЕЭЗ, 18-е обновление (технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 15 декабря 2021 г. Приложения 1 и 2.
  325. ^ Green ST, Cladi L (26 января 2021 г.). «Covid-19 и эволюционное давление — можем ли мы предсказать, какие генетические опасности таятся за горизонтом?». BMJ : n230. Архивировано из оригинала 8 июня 2021 г. Получено 8 июня 2021 г.
  326. ^ Jacobs A (2 ноября 2021 г.). «Широко распространенная коронавирусная инфекция обнаружена у оленей Айовы, говорится в новом исследовании». The New York Times . Архивировано из оригинала 28 декабря 2021 г. . Получено 12 декабря 2021 г. Исследователи и внешние эксперты охарактеризовали результаты исследования как тревожное развитие событий в ходе пандемии. Широко распространенная инфекция среди самых распространенных видов дичи Северной Америки может еще больше затруднить искоренение патогена, особенно если они станут резервуаром мутаций, которые в конечном итоге перекинутся на людей. [...] они предупреждают охотников на оленей и других лиц, которые занимаются оленями, о необходимости принятия мер предосторожности, чтобы избежать передачи. [...] Если вирус станет эндемичным среди диких животных, таких как олени, со временем он может эволюционировать, стать более вирулентным, а затем заразить людей новым штаммом, способным уклоняться от текущего урожая вакцин.
  327. ^ Lassaunière R, Fonager J, Rasmussen M, Frische A, Strandh C, Rasmussen T, et al. (10 ноября 2020 г.). Мутации спайка SARS-CoV-2, возникающие у датских норок, их распространение на людей и данные о нейтрализации ( Препринт ). Statens Serum Institut . Архивировано из оригинала 10 ноября 2020 г. Получено 11 ноября 2020 г.
  328. ^ "Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2, связанных с норкой" (PDF) . ECDC.eu . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 12 ноября 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 8 января 2021 г. . Получено 12 ноября 2020 г. .
  329. ^ "SARS-CoV-2 mink-associated variation strain – Denmark". Новости ВОЗ о вспышках заболеваний . 6 ноября 2020 г. Архивировано из оригинала 12 ноября 2020 г. Получено 19 марта 2021 г.
  330. ^ Кевани С., Карстенсен Т. (19 ноября 2020 г.). «Датский вариант норки Covid „скорее всего вымер“, но спорный отстрел продолжается». The Guardian . Архивировано из оригинала 24 апреля 2021 г. . Получено 19 апреля 2021 г. .
  331. ^ Larsen HD, Fonager J, Lomholt FK, Dalby T, Benedetti G, Kristensen B и др. (февраль 2021 г.). «Предварительный отчет о вспышке SARS-CoV-2 у норок и фермеров, разводящих норок, связанной с распространением в сообществе, Дания, июнь-ноябрь 2020 г.». Euro Surveillance . 26 (5). doi : 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.5.210009. PMC 7863232. PMID 33541485  . 
  332. ^ Burioni R, Topol EJ (июнь 2021 г.). «Достиг ли SARS-CoV-2 пика своей формы?». Nature Medicine . 27 (8): 1323–24. doi : 10.1038/s41591-021-01421-7 . PMID  34155413.
  333. ^ ab Office of the Commissioner (23 февраля 2021 г.). «Обновление по коронавирусу (COVID-19): FDA выпускает политику, которая поможет разработчикам медицинской продукции справиться с вариантами вируса». Управление по контролю за продуктами питания и лекарственными средствами США (FDA) . Получено 7 марта 2021 г.
  334. ^ Релла СА, Куликова ЯА, Дермицакис ЭТ, Кондрашов ФА (30 июля 2021 г.). «Скорость передачи SARS-CoV-2 и вакцинация влияют на судьбу штаммов, устойчивых к вакцинам». Scientific Reports . 11 (1): 15729. doi :10.1038/s41598-021-95025-3. ISSN  2045-2322. PMC 8324827 . PMID  34330988. 
  335. ^ Wang R, Chen J, Wei GW (декабрь 2021 г.). «Механизмы эволюции SARS-CoV-2, выявляющие мутации, устойчивые к вакцинам, в Европе и Америке» (PDF) . The Journal of Physical Chemistry Letters . 12 (49): 11850–11857. doi :10.1021/acs.jpclett.1c03380. PMC 8672435 . PMID  34873910. Архивировано (PDF) из оригинала 18 декабря 2021 г. . Получено 27 января 2022 г. . 
  336. ^ «Результаты исследования показывают, что распространение Омикрона можно объяснить иммунной уклончивостью, а не увеличением заразности». News-Medical.net . 5 января 2022 г. Архивировано из оригинала 21 января 2022 г. Получено 17 января 2022 г.
  337. ^ Cao Y, Wang J, Jian F, Xiao T, Song W, Yisimayi A и др. (февраль 2022 г.). «Омикрон избегает большинства существующих нейтрализующих антител SARS-CoV-2». Nature . 602 (7898): 657–663. doi :10.1038/d41586-021-03796-6. PMC 8866119 . PMID  35016194. S2CID  245455422. 
  338. ^ Лю Л., Икетани С., Го И., Чан Дж. Ф., Ван М., Лю Л. и др. (февраль 2022 г.). «Поразительное уклонение от антител, проявленное вариантом SARS-CoV-2 Омикрон». Nature . 602 (7898): 676–681. doi : 10.1038/d41586-021-03826-3 . PMID  35016198. S2CID  245462866.
  339. ^ Мохсин М, Махмуд С (май 2022 г.). «Омикронный вариант SARS-CoV-2, вызывающий беспокойство: обзор его трансмиссивности, уклонения от иммунного ответа, повторного заражения и тяжести». Медицина . 101 (19): e29165. doi : 10.1097/MD.0000000000029165. PMC 9276130. PMID 35583528.  S2CID 248858919  . 
  340. ^ «Как скоро после заражения COVID-19 можно заболеть снова?». ABC News . 2 мая 2022 г. Архивировано из оригинала 9 июля 2022 г. Получено 24 июня 2022 г.
  341. ^ «Вариант Омикрон: что вам нужно знать». Центры по контролю и профилактике заболеваний . 20 декабря 2021 г. Архивировано из оригинала 27 января 2022 г. Получено 27 января 2022 г.
  342. ^ Shin DH, Smith DM, Choi JY (2022). «Опасный вариант SARS-CoV-2 Omicron: все, что вы хотели знать об Omicron, но боялись спросить». Yonsei Medical Journal . 63 (11): 977–983. doi : 10.3349/ymj.2022.0383. PMC 9629902. PMID  36303305 . 
  343. ^ "COVID-19 Vaccine Boosters". Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA). 27 сентября 2022 г. Архивировано из оригинала 8 октября 2022 г. Получено 8 октября 2022 г.
  344. ^ "Moderna COVID-19 Vaccines". Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) . 7 октября 2022 г. Архивировано из оригинала 7 октября 2022 г. Получено 8 октября 2022 г.
  345. ^ "Pfizer-BioNTech COVID-19 Vaccines". Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) . 3 октября 2022 г. Архивировано из оригинала 8 октября 2022 г. Получено 8 октября 2022 г.
  346. ^ «Обновленные вакцины от COVID-19 для использования в Соединенных Штатах с осени 2023 года». Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) . 15 июня 2023 г. Архивировано из оригинала 17 июня 2023 г. Получено 16 июня 2023 г. Общественное достояниеВ данной статье использован текст из этого источника, находящегося в общественном достоянии .
  347. ^ Рекомендация по формуле вакцин от COVID-19 на 2023–2024 годы в США (PDF) (Отчет). Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA). 16 июня 2023 г. Архивировано из оригинала 16 июня 2023 г. Получено 16 июня 2023 г.
  348. ^ «Обновленные вакцины от COVID-19 для использования в Соединенных Штатах с осени 2024 года». Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) . 5 июня 2024 г. Архивировано из оригинала 18 июня 2024 г. Получено 19 июня 2024 г. Общественное достояниеВ данной статье использован текст из этого источника, находящегося в общественном достоянии .
  349. ^ "Основные моменты встречи Комитета по лекарственным средствам для человека (CHMP) 14-17 октября 2024 г.". Европейское агентство по лекарственным средствам (EMA) . 18 октября 2024 г. Получено 21 октября 2024 г.Текст был скопирован из этого источника, авторские права на который принадлежат Европейскому агентству по лекарственным средствам. Воспроизведение разрешено при условии указания источника.

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

У Scholia есть профиль для вариантов SARS-CoV-2 (Q104450895).
Найдите информацию о COVID в Викисловаре, бесплатном словаре.