stringtranslate.com

Гомеобокс

Гомеобокс — это последовательность ДНК длиной около 180 пар оснований , которая регулирует крупномасштабные анатомические особенности на ранних стадиях эмбрионального развития. Мутации в гомеобоксе могут изменить крупномасштабные анатомические особенности взрослого организма.

Гомеобоксы обнаружены в генах , которые участвуют в регуляции моделей анатомического развития ( морфогенеза ) у животных , грибов , растений и многочисленных одноклеточных эукариот . [2] Гены гомеобокса кодируют продукты гомеодоменных белков , которые являются факторами транскрипции , имеющими характерную структуру складки белка , которая связывает ДНК для регулирования экспрессии целевых генов. [3] [4] [2] Гомеодоменные белки регулируют экспрессию генов и дифференцировку клеток во время раннего эмбрионального развития, поэтому мутации в генах гомеобокса могут вызывать нарушения развития. [5]

Гомеозис — термин, придуманный Уильямом Бейтсоном для описания полной замены дискретной части тела другой частью тела, например, antennapedia — замена антенны на голове плодовой мушки ногами. [6] Префикс «гомео-» в словах «гомеобокс» и «гомеодомен» происходит от этого мутационного фенотипа , который наблюдается, когда некоторые из этих генов мутируют у животных . Домен гомеобокса был впервые идентифицирован в ряде гомеотических и сегментационных белков Drosophila , но теперь известно, что он хорошо сохраняется у многих других животных, включая позвоночных . [3] [7] [8]

Открытие

У дрозофилы с мутантным фенотипом antennapedia наблюдается гомеозисная трансформация антенн в ножкообразные структуры на голове.

Существование генов гомеобокса было впервые обнаружено у Drosophila путем выделения гена, ответственного за гомеотическую трансформацию, при которой ноги растут из головы вместо ожидаемых антенн. Уолтер Геринг идентифицировал ген, называемый antennapedia , который вызывал этот гомеотический фенотип. [9] Анализ antennapedia показал, что этот ген содержал последовательность из 180 пар оснований, которая кодировала домен связывания ДНК, который Уильям МакГиннис назвал «гомеобоксом». [10] О существовании дополнительных генов Drosophila , содержащих последовательность гомеобокса antennapedia, независимо сообщили Эрнст Хафен, Майкл Левин , Уильям МакГиннис и Уолтер Якоб Геринг из Базельского университета в Швейцарии и Мэтью П. Скотт и Эми Вайнер из Университета Индианы в Блумингтоне в 1984 году. [11] [12] Выделение гомологичных генов Эдвардом де Робертисом и Уильямом МакГиннисом показало, что многочисленные гены из различных видов содержали гомеобокс. [13] [14] Последующие филогенетические исследования, подробно описывающие эволюционную связь между генами, содержащими гомеобокс, показали, что эти гены присутствуют у всех билатеральных животных.

Структура гомеодомена

Характерная гомеодоменная белковая складка состоит из 60- аминокислотного домена, состоящего из трех альфа-спиралей. Ниже показан консенсусный гомеодомен (~60 аминокислотная цепь): [15]

 Спираль 1 Спираль 2 Спираль 3/4 ______________ __________ _________________RRRKRTAYTRYQLLELEKEFHFNRYLTRRRIELAHSLNLTERHIKIWFQNRRMKWKKEN....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| ....|....| 10 20 30 40 50 60
Комплекс гомеодомен-ДНК vnd/NK-2. Спираль 3 гомеодомена связывается с большой бороздкой ДНК, а N-концевое плечо связывается с малой бороздкой, по аналогии с другими комплексами гомеодомен-ДНК.

Спираль 2 и спираль 3 образуют так называемую структуру спираль-поворот-спираль (HTH), где две альфа-спирали соединены короткой петлевой областью. Две N-концевые спирали гомеодомена антипараллельны , а более длинная C-концевая спираль примерно перпендикулярна осям, установленным первыми двумя. Именно эта третья спираль напрямую взаимодействует с ДНК через ряд водородных связей и гидрофобных взаимодействий, а также косвенных взаимодействий через молекулы воды, которые происходят между определенными боковыми цепями и открытыми основаниями внутри большой бороздки ДНК. [7]

Гомеодоменные белки обнаружены у эукариот . [2] Благодаря мотиву HTH они разделяют ограниченное сходство последовательностей и структурное сходство с прокариотическими факторами транскрипции, [16] такими как белки фага лямбда , которые изменяют экспрессию генов у прокариот . Мотив HTH показывает некоторое сходство последовательностей, но похожую структуру в широком спектре ДНК-связывающих белков (например, кро и репрессорные белки , гомеодоменные белки и т. д.). Одно из принципиальных различий между мотивами HTH в этих различных белках возникает из-за стереохимического требования к глицину в повороте, который необходим для предотвращения стерической интерференции бета-углерода с основной цепью: для кро и репрессорных белков глицин, по-видимому, является обязательным, тогда как для многих гомеозисных и других ДНК-связывающих белков это требование смягчено.

Специфичность последовательности

Гомеодомены могут связываться как специфически, так и неспецифически с B-ДНК , при этом С-концевая спираль распознавания выравнивается в большой бороздке ДНК, а неструктурированный пептидный «хвост» на N-конце выравнивается в малой бороздке. Спираль распознавания и межспиральные петли богаты остатками аргинина и лизина , которые образуют водородные связи с остовом ДНК. Консервативные гидрофобные остатки в центре спирали распознавания помогают стабилизировать упаковку спирали. Гомеодоменные белки отдают предпочтение последовательности ДНК 5'-TAAT-3'; последовательность-независимое связывание происходит со значительно более низким сродством. Специфичности одного гомеодоменного белка обычно недостаточно для распознавания специфических целевых генных промоутеров, что делает связывание кофактора важным механизмом для контроля специфичности связывающей последовательности и экспрессии целевого гена. Для достижения более высокой целевой специфичности гомеодоменные белки образуют комплексы с другими транскрипционными факторами для распознавания промоторной области специфического целевого гена.

Биологическая функция

Гомеодоменные белки функционируют как факторы транскрипции благодаря свойствам связывания ДНК консервативного мотива HTH. Гомеодоменные белки считаются генами главного контроля, что означает, что один белок может регулировать экспрессию многих целевых генов. Гомеодоменные белки направляют формирование осей тела и структур тела во время раннего эмбрионального развития . [17] Многие гомеодоменные белки вызывают клеточную дифференциацию , инициируя каскады корегулируемых генов, необходимых для производства отдельных тканей и органов . Другие белки в этом семействе, такие как NANOG, участвуют в поддержании плюрипотентности и предотвращении дифференциации клеток.

Регулирование

Гены Hox и связанные с ними микроРНК являются высококонсервативными главными регуляторами развития с жестким тканеспецифичным пространственно-временным контролем. Известно, что эти гены дисрегулируются при нескольких видах рака и часто контролируются метилированием ДНК. [18] [19] Регуляция генов Hox очень сложна и включает в себя взаимные взаимодействия, в основном ингибирующие. Известно, что дрозофила использует комплексы polycomb и trithorax для поддержания экспрессии генов Hox после снижения регуляции генов pair-rule и gap, которое происходит во время личиночного развития. Белки группы polycomb могут подавлять гены Hox путем модуляции структуры хроматина . [20]

Мутации

Мутации в генах гомеобокса могут вызывать легко видимые фенотипические изменения в идентичности сегментов тела, такие как фенотипы мутантов Antennapedia и Bithorax у Drosophila . Дупликация генов гомеобокса может производить новые сегменты тела, и такие дупликации, вероятно, были важны в эволюции сегментированных животных.

Эволюция

Филогенетический анализ последовательностей генов гомеобокса и структур белков гомеодомена предполагает, что последний общий предок растений, грибов и животных имел по крайней мере два гена гомеобокса. [21] Молекулярные данные показывают, что некоторое ограниченное количество генов Hox существовало у Cnidaria еще до появления самых ранних настоящих Bilatera , что делает эти гены допалеозойскими . [ 22] Принято считать, что три основных кластера животных ANTP-класса, Hox, ParaHox и NK (MetaHox), являются результатом сегментных дупликаций. Первая дупликация создала MetaHox и ProtoHox, последний из которых позже дуплицировался в Hox и ParaHox. Сами кластеры были созданы путем тандемных дупликаций одного гена гомеобокса класса ANTP. [23] Дупликация генов, за которой следует неофункционализация , отвечает за множество генов гомеобокса, обнаруженных у эукариот. [24] [25] Сравнение гомеобоксных генов и кластеров генов использовалось для понимания эволюции структуры генома и морфологии тела у многоклеточных животных. [26]

Типы гомеобоксных генов

Hox-гены

Экспрессия гена Hox у Drosophila melanogaster .

Hox-гены являются наиболее известным подмножеством гомеобоксных генов. Это важные гены метазоа , которые определяют идентичность эмбриональных областей вдоль передне-задней оси. [27] Первый Hox-ген позвоночных был выделен у Xenopus Эдвардом Де Робертисом и его коллегами в 1984 году . [28] Основной интерес к этому набору генов обусловлен их уникальным поведением и расположением в геноме. Hox-гены обычно находятся в организованном кластере. Линейный порядок Hox-генов внутри кластера напрямую коррелирует с порядком, в котором они экспрессируются как во времени, так и в пространстве во время развития. Это явление называется колинеарностью.

Мутации в этих гомеозисных генах вызывают смещение сегментов тела во время эмбрионального развития. Это называется эктопией . Например, когда один ген теряется, сегмент развивается в более передний, в то время как мутация, которая приводит к приобретению функции, заставляет сегмент развиваться в более задний. Известными примерами являются Antennapedia и bithorax у Drosophila , которые могут вызывать развитие ног вместо антенн и развитие удвоенной грудной клетки соответственно. [29]

У позвоночных четыре кластера паралогов частично избыточны по функциям, но также приобрели несколько производных функций. Например, HoxA и HoxD определяют идентичность сегментов вдоль оси конечности . [30] [31] Определенные члены семейства Hox были вовлечены в ремоделирование сосудов, ангиогенез и заболевания путем организации изменений в деградации матрикса, интегринах и компонентах ECM. [32] HoxA5 вовлечен в атеросклероз. [33] [34] HoxD3 и HoxB3 являются проинвазивными, ангиогенными генами, которые повышают регуляцию интегринов b3 и a5 и Efna1 в ECs соответственно. [35] [36] [37] [38] HoxA3 вызывает миграцию эндотелиальных клеток (EC) путем повышения регуляции MMP14 и uPAR. Напротив, HoxD10 и HoxA5 оказывают противоположный эффект, подавляя миграцию EC и ангиогенез, и стабилизируя адгезионные соединения путем повышения регуляции TIMP1/понижения регуляции uPAR и MMP14, а также путем повышения регуляции Tsp2/понижения регуляции VEGFR2, Efna1, Hif1alpha и COX-2 соответственно. [39] [40] HoxA5 также повышает регуляцию супрессора опухоли p53 и Akt1 путем понижения регуляции PTEN. [41] Было показано, что подавление HoxA5 ослабляет рост гемангиомы . [42] HoxA5 имеет далеко идущие эффекты на экспрессию генов, вызывая повышение регуляции около 300 генов при его индукции в линиях клеток рака молочной железы. [42] Сверхэкспрессия домена трансдукции белка HoxA5 предотвращает воспаление, которое демонстрируется ингибированием связывания моноцитов, индуцируемого TNFalpha, с HUVEC. [43] [44]

Гены LIM

Гены LIM (названные по начальным буквам названий трех белков, где характерный домен был впервые идентифицирован) кодируют два домена LIM из 60 аминокислот, богатых цистеином и гистидином, и гомеодомен. Домены LIM функционируют во взаимодействиях белок-белок и могут связывать молекулы цинка. Белки домена LIM обнаруживаются как в цитозоле, так и в ядре. Они функционируют в ремоделировании цитоскелета, в очаговых участках адгезии, как каркасы для белковых комплексов и как факторы транскрипции. [45]

гены Pax

Большинство генов Pax содержат гомеобокс и парный домен, который также связывает ДНК для повышения специфичности связывания, хотя некоторые гены Pax утратили всю или часть последовательности гомеобокса. [46] Гены Pax функционируют в сегментации эмбриона , развитии нервной системы , формировании фронтальных полей глаз , развитии скелета и формировании структур лица. Pax 6 является главным регулятором развития глаз, поэтому этот ген необходим для развития глазного пузырька и последующих структур глаза. [47]

гены POU

Белки, содержащие область POU, состоят из гомеодомена и отдельного, структурно гомологичного домена POU, который содержит два мотива спираль-поворот-спираль и также связывает ДНК. Два домена связаны гибкой петлей, которая достаточно длинна, чтобы растянуться вокруг спирали ДНК, что позволяет двум доменам связываться с противоположных сторон целевой ДНК, совместно покрывая сегмент из восьми оснований с консенсусной последовательностью 5'-ATGCAAAT-3'. Отдельные домены белков POU связывают ДНК лишь слабо, но имеют сильное сродство, специфичное к последовательности, когда связаны. Сам домен POU имеет значительное структурное сходство с репрессорами, экспрессируемыми в бактериофагах , в частности, в фаге лямбда .

Гены гомеобокса растений

Как и у животных, гены гомеобокса растений кодируют типичный гомеодомен, связывающий ДНК, длиной в 60 аминокислот, или в случае генов гомеобокса TALE (расширение трех аминокислотных петель) для атипичного гомеодомена, состоящего из 63 аминокислот. В соответствии с их консервативной интронно-экзонной структурой и уникальной архитектурой кодоменов они были сгруппированы в 14 различных классов: HD-ZIP I to IV, BEL, KNOX, PLINC, WOX, PHD, DDT, NDX, LD, SAWADEE и PINTOX. [24] Сохранение кодоменов предполагает общее эукариотическое происхождение для белков TALE [48] и не-TALE гомеодомена. [49]

Гены гомеобокса человека

Гены Hox у человека организованы в четыре хромосомных кластера:

Гены ParaHox аналогично обнаружены в четырех областях. Они включают CDX1 , CDX2 , CDX4 ; GSX1 , GSX2 ; и PDX1 . Другие гены, считающиеся Hox-подобными, включают EVX1 , EVX2; GBX1, GBX2 ; MEOX1 , MEOX2 ; и MNX1 . Гены NK-подобные (NKL), некоторые из которых считаются «MetaHox», сгруппированы с Hox-подобными генами в большую ANTP-подобную группу. [50] [51]

У людей есть семейство «дистально-безгомеобоксных» генов : DLX1 , DLX2 , DLX3 , DLX4 , DLX5 и DLX6 . Гены Dlx участвуют в развитии нервной системы и конечностей. [52] Они считаются подмножеством NK-подобных генов. [50]

Человеческие гены гомеобокса TALE (Three Amino Acid Loop Extension) для «атипичного» гомеодомена состоят из 63, а не из 60 аминокислот: IRX1 , IRX2 , IRX3 , IRX4 , IRX5 , IRX6 ; MEIS1 , MEIS2 , MEIS3; MKX ; PBX1 , PBX2 , PBX3 , PBX4; PKNOX1 , PKNOX2 ; TGIF1 , TGIF2 , TGIF2LX, TGIF2LY. [50]

Кроме того, у людей есть следующие гомеобоксные гены и белки: [50]

  1. ^ Сгруппированы как Lmx 1/5, 2/9, 3/4 и 6/8.
  2. ^ Сгруппированы как шесть 1/2, 3/6 и 4/5.
  3. ^ Сомнительно, согласно [50]
  4. ^ Гены Pax . Сгруппированы как Pax2/5/8, Pax3/7 и Pax4/6.
  5. ^ Кк4.
  6. ^ Нк5.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ PDB : 1AHD ​; Billeter M, Qian YQ, Otting G, Müller M, Gehring W, Wüthrich K (декабрь 1993 г.). «Определение структуры решения ядерного магнитного резонанса комплекса Antennapedia homeodomain-DNA». Журнал молекулярной биологии . 234 (4): 1084–93. doi :10.1006/jmbi.1993.1661. PMID  7903398.
  2. ^ abc Bürglin TR, Affolter M (июнь 2016 г.). «Гомеодоменные белки: обновление». Chromosoma . 125 (3): 497–521. doi :10.1007/s00412-015-0543-8. PMC 4901127 . PMID  26464018. 
  3. ^ ab Gehring WJ (август 1992 г.). «Гомеобокс в перспективе». Тенденции в биохимических науках . 17 (8): 277–80. doi :10.1016/0968-0004(92)90434-B. PMID  1357790.
  4. ^ Gehring WJ (декабрь 1993 г.). «Исследование гомеобокса». Gene . 135 (1–2): 215–21. doi :10.1016/0378-1119(93)90068-E. PMID  7903947.
  5. ^ "Homeoboxes". Genetics Home Reference . Национальная медицинская библиотека США. Архивировано из оригинала 21.12.2019 . Получено 20.11.2019 .
  6. ^ Материалы для изучения изменчивости, рассмотренные с особым вниманием к прерывистости в происхождении видов Уильям Бейтсон 1861–1926. Лондон: Macmillan 1894 xv, 598 стр.
  7. ^ ab Schofield PN (1987). «Закономерности, головоломки и парадигмы — загадка гомеобокса». Trends Neurosci . 10 : 3–6. doi :10.1016/0166-2236(87)90113-5. S2CID  53188259.
  8. ^ Скотт MP, Тамкун JW, Хартцелл GW (июль 1989). «Структура и функция гомеодомена». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) — Обзоры рака . 989 (1): 25–48. doi :10.1016/0304-419x(89)90033-4. PMID  2568852.
  9. ^ Garber RL, Kuroiwa A, Gehring WJ (1983). «Геномные и кДНК-клоны гомеозисного локуса Antennapedia у Drosophila». The EMBO Journal . 2 (11): 2027–36. doi :10.1002/j.1460-2075.1983.tb01696.x. PMC 555405. PMID  6416827 . 
  10. ^ "Вальтер Якоб Геринг (1939-2014) | Энциклопедия проекта "Эмбрион"". Embryo.asu.edu . Архивировано из оригинала 2019-12-09 . Получено 2019-12-09 .
  11. ^ McGinnis W, Levine MS, Hafen E, Kuroiwa A, Gehring WJ (1984). "Консервативная последовательность ДНК в гомеозисных генах комплексов Drosophila Antennapedia и bithorax". Nature . 308 (5958): 428–33. Bibcode :1984Natur.308..428M. doi :10.1038/308428a0. PMID  6323992. S2CID  4235713.
  12. ^ Скотт MP, Вайнер AJ (июль 1984). «Структурные взаимоотношения между генами, контролирующими развитие: гомология последовательностей между локусами Antennapedia, Ultrabithorax и fushi tarazu у Drosophila». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 81 (13): 4115–9. Bibcode : 1984PNAS...81.4115S. doi : 10.1073/pnas.81.13.4115 . PMC 345379. PMID  6330741 . 
  13. ^ Carrasco AE, McGinnis W, Gehring WJ, De Robertis EM (июнь 1984 г.). «Клонирование гена X. laevis, экспрессируемого во время раннего эмбриогенеза, кодирующего пептидную область, гомологичную гомеотическим генам Drosophila». Cell . 37 (2): 409–414. doi :10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID  6327066. S2CID  30114443.
  14. ^ McGinnis W, Garber RL, Wirz J, Kuroiwa A, Gehring WJ (июнь 1984 г.). «Гомологичная кодирующая белок последовательность в гомеозисных генах Drosophila и ее сохранение у других метазоа». Cell . 37 (2): 403–8. doi :10.1016/0092-8674(84)90370-2. PMID  6327065. S2CID  40456645. Архивировано из оригинала 2021-05-04 . Получено 2019-12-09 .
  15. ^ Bürglin TR. "The homeobox page" (gif) . Karolinksa Institute. Архивировано из оригинала 2011-07-21 . Получено 2010-01-30 .
  16. ^ "CATH Superfamily 1.10.10.60". www.cathdb.info . Архивировано из оригинала 9 августа 2017 года . Получено 27 марта 2018 года .
  17. ^ Corsetti MT, Briata P, Sanseverino L, Daga A, Airoldi I, Simeone A и др. (сентябрь 1992 г.). «Дифференциальные свойства связывания ДНК трех человеческих гомеодоменных белков». Nucleic Acids Research . 20 (17): 4465–72. doi :10.1093/nar/20.17.4465. PMC 334173. PMID  1357628 . 
  18. ^ Dunn J, Thabet S, Jo H (июль 2015 г.). «Зависимое от потока эпигенетическое метилирование ДНК при экспрессии эндотелиальных генов и атеросклерозе». Артериосклероз, тромбоз и сосудистая биология . 35 (7): 1562–9. doi :10.1161/ATVBAHA.115.305042. PMC 4754957. PMID  25953647 . 
  19. ^ Bhatlekar S, Fields JZ, Boman BM (август 2014). «HOX гены и их роль в развитии рака у человека». Журнал молекулярной медицины . 92 (8): 811–23. doi :10.1007/s00109-014-1181-y. PMID  24996520. S2CID  17159381.
  20. ^ Portoso M, Cavalli G (2008). «Роль РНК-интерференции и некодирующих РНК в опосредованном поликомбом контроле экспрессии генов и геномном программировании». РНК и регуляция экспрессии генов: скрытый уровень сложности. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-25-7. Архивировано из оригинала 2012-01-02 . Получено 2008-02-27 .
  21. ^ Bharathan G, Janssen BJ, Kellogg EA, Sinha N (декабрь 1997 г.). «Дублировались ли гомеодоменные белки до возникновения покрытосеменных, грибов и метазоа?». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (25): 13749–53. Bibcode : 1997PNAS...9413749B. doi : 10.1073/pnas.94.25.13749 . JSTOR  43805. PMC 28378. PMID  9391098 . 
  22. ^ Райан Дж. Ф., Мацца М. Е., Панг К., Матус Д. К., Баксеванис А. Д., Мартиндейл М. К. и др. (январь 2007 г.). «Добилатерийское происхождение кластера Hox и кода Hox: свидетельства актинии Nematostella vectensis». ПЛОС ОДИН . 2 (1): е153. Бибкод : 2007PLoSO...2..153R. дои : 10.1371/journal.pone.0000153 . ПМЦ 1779807 . ПМИД  17252055. 
  23. ^ Garcia-Fernàndez J (декабрь 2005 г.). «Генезис и эволюция кластеров гомеобоксных генов». Nature Reviews Genetics . 6 (12): 881–92. doi :10.1038/nrg1723. PMID  16341069. S2CID  42823485.
  24. ^ ab Mukherjee K, Brocchieri L, Bürglin TR (декабрь 2009 г.). «Комплексная классификация и эволюционный анализ генов гомеобокса растений». Молекулярная биология и эволюция . 26 (12): 2775–94. doi :10.1093/molbev/msp201. PMC 2775110. PMID  19734295 . 
  25. ^ Holland PW (2013). «Эволюция гомеобоксных генов». Wiley Interdisciplinary Reviews: Developmental Biology . 2 (1): 31–45. doi :10.1002/wdev.78. PMID  23799629. S2CID  44396110.
  26. ^ Ferrier DE (2016). «Эволюция кластеров гомеобоксных генов у животных: гигакластер и первичная или вторичная кластеризация». Frontiers in Ecology and Evolution . 4. doi : 10.3389/fevo.2016.00036 . hdl : 10023/8685 . ISSN  2296-701X.
  27. ^ Alonso CR (ноябрь 2002 г.). "Hox-белки: формирование частей тела путем активации локализованной гибели клеток". Current Biology . 12 (22): R776-8. Bibcode : 2002CBio...12.R776A. doi : 10.1016/S0960-9822(02)01291-5 . PMID  12445403. S2CID  17558233.
  28. ^ Carrasco AE, McGinnis W, Gehring WJ, De Robertis EM (июнь 1984 г.). «Клонирование гена X. laevis, экспрессируемого во время раннего эмбриогенеза, кодирующего пептидную область, гомологичную гомеотическим генам Drosophila». Cell . 37 (2): 409–14. doi :10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID  6327066. S2CID  30114443.
  29. ^ Schneuwly S, Klemenz R, Gehring WJ (1987). «Изменение плана тела Drosophila путем эктопической экспрессии гомеозисного гена Antennapedia». Nature . 325 (6107): 816–8. Bibcode :1987Natur.325..816S. doi :10.1038/325816a0. PMID  3821869. S2CID  4320668.
  30. ^ Fromental-Ramain C, Warot X, Messadecq N, LeMeur M, Dollé P, Chambon P (октябрь 1996 г.). «Hoxa-13 и Hoxd-13 играют решающую роль в формировании паттерна конечностного аутопода». Development . 122 (10): 2997–3011. doi :10.1242/dev.122.10.2997. PMID  8898214.
  31. ^ Zákány J, Duboule D (апрель 1999). «Hox-гены в развитии и эволюции пальцев». Cell and Tissue Research . 296 (1): 19–25. doi :10.1007/s004410051262. PMID  10199961. S2CID  3192774.
  32. ^ Gorski DH, Walsh K (ноябрь 2000 г.). «Роль гомеобоксных генов в ремоделировании сосудов и ангиогенезе». Circulation Research . 87 (10): 865–72. doi : 10.1161/01.res.87.10.865 . PMID  11073881.
  33. ^ Dunn J, Thabet S, Jo H (июль 2015 г.). «Зависимое от потока эпигенетическое метилирование ДНК при экспрессии эндотелиальных генов и атеросклерозе». Артериосклероз, тромбоз и сосудистая биология . 35 (7): 1562–9. doi :10.1161/ATVBAHA.115.305042. PMC 4754957. PMID  25953647 . 
  34. ^ Dunn J, Simmons R, Thabet S, Jo H (октябрь 2015 г.). «Роль эпигенетики в реакции эндотелиальных клеток на сдвиговое напряжение и атеросклероз». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 67 : 167–76. doi : 10.1016/j.biocel.2015.05.001. PMC 4592147. PMID 25979369  . 
  35. ^ Boudreau N, Andrews C, Srebrow A, Ravanpay A, Cheresh DA (октябрь 1997 г.). «Индукция ангиогенного фенотипа Hox D3». Журнал клеточной биологии . 139 (1): 257–64. doi : 10.1083 /jcb.139.1.257. PMC 2139816. PMID  9314544. 
  36. ^ Будро, штат Нью-Джерси, Варнер Дж. А. (февраль 2004 г.). «Гомеобоксный фактор транскрипции Hox D3 способствует экспрессии и функции интегрина альфа5бета1 во время ангиогенеза». Журнал биологической химии . 279 (6): 4862–8. дои : 10.1074/jbc.M305190200 . ПМИД  14610084.
  37. ^ Myers C, Charboneau A, Boudreau N (январь 2000 г.). «Homeobox B3 способствует капиллярному морфогенезу и ангиогенезу». Журнал клеточной биологии . 148 (2): 343–51. doi :10.1083/jcb.148.2.343. PMC 2174277. PMID  10648567 . 
  38. ^ Chen Y, Xu B, Arderiu G, Hashimoto T, Young WL, Boudreau N и др. (ноябрь 2004 г.). «Ретровирусная доставка гена гомеобокса D3 индуцирует церебральный ангиогенез у мышей». Журнал мозгового кровотока и метаболизма . 24 (11): 1280–7. doi : 10.1097/01.WCB.0000141770.09022.AB . PMID  15545924.
  39. ^ Myers C, Charboneau A, Cheung I, Hanks D, Boudreau N (декабрь 2002 г.). «Устойчивая экспрессия гомеобокса D10 ингибирует ангиогенез». The American Journal of Pathology . 161 (6): 2099–109. doi :10.1016/ S0002-9440 (10)64488-4. PMC 1850921. PMID  12466126. 
  40. ^ Mace KA, Hansen SL, Myers C, Young DM, Boudreau N (июнь 2005 г.). «HOXA3 индуцирует миграцию клеток в эндотелиальных и эпителиальных клетках, способствуя ангиогенезу и заживлению ран». Journal of Cell Science . 118 (Pt 12): 2567–77. doi : 10.1242/jcs.02399 . PMID  15914537.
  41. ^ Rhoads K, Arderiu G, Charboneau A, Hansen SL, Hoffman W, Boudreau N (2005). «Роль Hox A5 в регуляции ангиогенеза и сосудистого паттернирования». Lymphatic Research and Biology . 3 (4): 240–52. doi :10.1089/lrb.2005.3.240. PMID  16379594.
  42. ^ ab Arderiu G, Cuevas I, Chen A, Carrio M, East L, Boudreau NJ (2007). "HoxA5 стабилизирует адгезионные соединения посредством увеличения Akt1". Cell Adhesion & Migration . 1 (4): 185–95. doi :10.4161/cam.1.4.5448. PMC 2634105. PMID  19262140 . 
  43. ^ Чжу Ю., Куэвас И.К., Габриэль Р.А., Су Х., Нишимура С., Гао П. и др. (июнь 2009 г.). «Восстановление экспрессии транскрипционного фактора HoxA5 подавляет рост экспериментальных гемангиом головного мозга». Журнал невропатологии и экспериментальной неврологии . 68 (6): 626–32. doi : 10.1097/NEN.0b013e3181a491ce. ПМЦ 2728585 . ПМИД  19458547. 
  44. ^ Chen H, Rubin E, Zhang H, Chung S, Jie CC, Garrett E и др. (май 2005 г.). «Идентификация транскрипционных целей HOXA5». Журнал биологической химии . 280 (19): 19373–80. doi : 10.1074/jbc.M413528200 . PMID  15757903.
  45. ^ Kadrmas JL, Beckerle MC (ноябрь 2004 г.). «Домен LIM: от цитоскелета до ядра». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 5 (11): 920–31. doi :10.1038/nrm1499. PMID  15520811. S2CID  6030950.
  46. ^ Gruss P, Walther C (май 1992 г.). «Pax в разработке». Cell . 69 (5): 719–22. doi :10.1016/0092-8674(92)90281-G. PMID  1591773. S2CID  44613005. Архивировано из оригинала 2021-05-02 . Получено 2019-12-11 .
  47. ^ Walther C, Gruss P (декабрь 1991 г.). «Pax-6, мышиный парный ген бокса, экспрессируется в развивающейся ЦНС». Development . 113 (4): 1435–49. doi :10.1242/dev.113.4.1435. PMID  1687460.
  48. ^ Bürglin TR (ноябрь 1997 г.). «Анализ генов гомеобокса суперкласса TALE (MEIS, PBC, KNOX, Iroquois, TGIF) выявляет новый домен, сохраняющийся у растений и животных». Nucleic Acids Research . 25 (21): 4173–80. doi :10.1093/nar/25.21.4173. PMC 147054 . PMID  9336443. 
  49. ^ Derelle R, Lopez P, Le Guyader H, Manuel M (2007). «Гомеодоменные белки относятся к предковому молекулярному набору эукариот». Эволюция и развитие . 9 (3): 212–9. doi :10.1111/j.1525-142X.2007.00153.x. PMID  17501745. S2CID  9530210.
  50. ^ abcde Holland PW, Booth HA, Bruford EA (октябрь 2007 г.). «Классификация и номенклатура всех гомеобоксных генов человека». BMC Biology . 5 (1): 47. doi : 10.1186/1741-7007-5-47 . PMC 2211742 . PMID  17963489. 
  51. ^ Coulier F, Popovici C, Villet R, Birnbaum D (15 декабря 2000 г.). «Кластеры генов MetaHox». Журнал экспериментальной зоологии . 288 (4): 345–351. Bibcode :2000JEZ...288..345C. doi :10.1002/1097-010X(20001215)288:4<345::AID-JEZ7>3.0.CO;2-Y. PMID  11144283.
  52. ^ Kraus P, Lufkin T (июль 2006 г.). «Контроль гена гомеобокса Dlx за развитием конечностей и черепно-лицевой области млекопитающих». Американский журнал медицинской генетики. Часть A. 140 ( 13): 1366–74. doi :10.1002/ajmg.a.31252. PMID  16688724. S2CID  32619323.

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

В статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro : IPR001356