stringtranslate.com

Базовая эксцизионная репарация

Основные этапы базового эксцизионного восстановления

Репарация оснований эксцизией ( BER ) — это клеточный механизм, изучаемый в области биохимии и генетики , который восстанавливает поврежденную ДНК на протяжении всего клеточного цикла. Он отвечает в первую очередь за удаление небольших, не искажающих спираль повреждений оснований из генома. Связанный с этим путь репарации нуклеотидов эксцизией восстанавливает объемные искажающие спираль повреждения. BER важен для удаления поврежденных оснований, которые в противном случае могли бы вызвать мутации из-за неправильного спаривания или привести к разрывам ДНК во время репликации. BER инициируется ДНК-гликозилазами , которые распознают и удаляют определенные поврежденные или неподходящие основания, образуя сайты AP . Затем они расщепляются эндонуклеазой AP . Полученный одноцепочечный разрыв затем может быть обработан либо коротким патчем (где заменяется один нуклеотид), либо длинным патчем BER (где синтезируется 2–10 новых нуклеотидов). [1]

Повреждения, обработанные BER

8-оксогуанин образует пару оснований Хугстина с аденином

Отдельные основания в ДНК могут быть химически повреждены различными механизмами, наиболее распространенными из которых являются дезаминирование, окисление и алкилирование. Эти модификации могут повлиять на способность основания образовывать водородные связи, что приведет к неправильному спариванию оснований и, как следствие, к мутациям в ДНК. Например, включение аденина напротив 8 -оксогуанина (справа) во время репликации ДНК приводит к мутации пары оснований G:C в T:A. Другие примеры повреждений оснований, исправленных BER, включают:

Помимо повреждений оснований, последующие этапы BER также используются для восстановления одноцепочечных разрывов.

Выбор между длинным и коротким ремонтом

В настоящее время изучается выбор между репарацией с короткими и длинными заплатками. Считается, что на это решение влияют различные факторы, включая тип повреждения, стадию клеточного цикла и то, является ли клетка терминально дифференцированной или активно делящейся. [3] Некоторые повреждения, такие как окисленные или восстановленные сайты AP, устойчивы к активности pol β-лиазы и, следовательно, должны обрабатываться с помощью BER с длинными заплатками.

Предпочтение пути может также различаться у разных организмов. В то время как человеческие клетки используют как короткие, так и длинные BER, долгое время считалось, что у дрожжей Saccharomyces cerevisiae отсутствует путь коротких патчей, поскольку у них нет гомологов нескольких белков коротких патчей млекопитающих, включая pol β, ДНК-лигазу III, XRCC1 и домен киназы PNKP . Недавнее открытие того, что поли-A-полимераза Trf4 обладает 5'-dRP-лиазной активностью, поставило под сомнение эту точку зрения. [4]

Белки, участвующие в репарации оснований

ДНК-гликозилазы

Урацил-ДНК-гликозилаза высвобождает остаток урацила из дуплекса, показанного желтым цветом.

ДНК-гликозилазы отвечают за первоначальное распознавание повреждения. Они выворачивают поврежденное основание из двойной спирали, как показано на рисунке, и расщепляют N-гликозидную связь поврежденного основания, оставляя сайт AP . Существует две категории гликозилаз: монофункциональные и бифункциональные. Монофункциональные гликозилазы обладают только гликозилазной активностью, тогда как бифункциональные гликозилазы также обладают AP-лиазной активностью. Поэтому бифункциональные гликозилазы могут преобразовывать повреждение основания в одноцепочечный разрыв без необходимости в AP-эндонуклеазе . β-Элиминирование сайта AP гликозилазой-лиазой дает 3' α,β-ненасыщенный альдегид, смежный с 5' фосфатом, который отличается от продукта расщепления AP-эндонуклеазой. [5] Некоторые гликозилазы-лиазы могут далее выполнять δ-элиминирование, которое преобразует 3' альдегид в 3' фосфат. Большое разнообразие гликозилаз эволюционировало для распознавания различных поврежденных оснований. Примерами ДНК-гликозилаз являются Ogg1 , который распознает 8-оксогуанин, MPG , который распознает 3-метиладенин, и UNG , который удаляет урацил из ДНК.

AP-эндонуклеазы

Эндонуклеазы AP расщепляют сайт AP , образуя 3'-гидроксил, смежный с 5'-дезоксирибозофосфатом (dRP). Эндонуклеазы AP делятся на два семейства на основе их гомологии с предковыми бактериальными эндонуклеазами AP: эндонуклеазой IV и экзонуклеазой III . [6] Многие эукариоты имеют членов обоих семейств, включая дрожжи Saccharomyces cerevisiae , в которых Apn1 является гомологом EndoIV, а Apn2 связан с ExoIII. У людей были идентифицированы две эндонуклеазы AP: APE1 и APE2. [7] Она является членом семейства ExoIII.


Ферменты конечной обработки

Для того чтобы произошло лигирование, разрыв цепи ДНК должен иметь гидроксил на 3'-конце и фосфат на 5'-конце . У людей полинуклеотидкиназа-фосфатаза ( PNKP ) способствует образованию этих концов во время BER. Этот белок имеет домен киназы, который фосфорилирует 5'-гидроксильные концы, и домен фосфатазы, который удаляет фосфаты с 3'-концов. Вместе эти активности подготавливают одноцепочечные разрывы с поврежденными концами к лигированию. Эндонуклеазы AP также участвуют в обработке 3'-конца. Помимо открытия участков AP, они обладают 3'-фосфодиэстеразной активностью и могут удалять различные 3'-повреждения, включая фосфаты, фосфогликоляты и альдегиды. 3'-обработка должна произойти до того, как может начаться синтез ДНК, поскольку ДНК-полимеразы требуют 3'-гидроксила для удлинения.

ДНК-полимеразы

Pol β является основной полимеразой человека, которая катализирует BER с короткими заплатками, а pol λ способна компенсировать ее отсутствие. [8] Эти полимеразы являются членами семейства Pol X и обычно вставляют только один нуклеотид. В дополнение к полимеразной активности эти ферменты имеют лиазный домен, который удаляет 5' dRP, оставленный после расщепления эндонуклеазой AP. Во время BER с длинными заплатками, как полагают, синтез ДНК опосредуется pol δ и pol ε вместе с фактором процессивности PCNA , теми же полимеразами, которые осуществляют репликацию ДНК . Эти полимеразы выполняют вытесняющий синтез, что означает, что нисходящий 5' конец ДНК «смещается», образуя лоскут (см. диаграмму выше). Pol β также может выполнять вытесняющий синтез с длинными заплатками и, следовательно, может участвовать в любом пути BER. [9] Синтез с длинными заплатками обычно вставляет 2-10 новых нуклеотидов.

Эндонуклеаза лоскута

FEN1 удаляет 5'-лоскут, образующийся во время длинной заплатки BER. Эта эндонуклеаза проявляет сильное предпочтение к длинной 5'-лоскутке, прилегающей к 1-нуклеотидной 3'-лоскутке. [10] Дрожжевой гомолог FEN1 — RAD27 . В дополнение к своей роли в длинной заплатке BER, FEN1 расщепляет лоскуты с похожей структурой во время обработки фрагмента Оказаки , важного шага в репликации отстающей нити ДНК .

ДНК-лигаза

ДНК-лигаза III вместе со своим кофактором XRCC1 катализирует этап запечатывания разрыва в короткозаплаточном BER у людей. [11] [12] ДНК-лигаза I лигирует разрыв в длиннозаплаточном BER. [13]

Связь с раком

Дефекты в различных путях репарации ДНК приводят к предрасположенности к раку, и BER, по-видимому, следует этой схеме. Было показано, что делеционные мутации в генах BER приводят к более высокой частоте мутаций у различных организмов, что подразумевает, что потеря BER может способствовать развитию рака. Действительно, соматические мутации в Pol β были обнаружены в 30% случаев рака у человека, и некоторые из этих мутаций приводят к трансформации при экспрессии в клетках мышей. [14] Мутации в ДНК-гликозилазе MYH также, как известно, увеличивают восприимчивость к раку толстой кишки . [15]

Эпигенетические дефекты при раке

Эпигенетические изменения (эпимутации) в генах эксцизионной репарации оснований только недавно начали оцениваться при некоторых видах рака по сравнению с многочисленными предыдущими исследованиями эпимутаций в генах, действующих в других путях репарации ДНК (таких как MLH1 при репарации несоответствий и MGMT при прямом обращении). [ необходима цитата ] Ниже приведены некоторые примеры эпимутаций в генах эксцизионной репарации оснований, которые встречаются при раке.

МБД4

Гидролиз цитозина до урацила

MBD4 (белок 4 домена связывания метил-CpG) — это гликозилаза, используемая на начальном этапе репарации эксцизионных оснований. Белок MBD4 связывается преимущественно с полностью метилированными сайтами CpG и с измененными основаниями ДНК на этих сайтах. Эти измененные основания возникают из-за частого гидролиза цитозина в урацил (см. изображение) и гидролиза 5-метилцитозина в тимин, в результате чего образуются пары оснований G:U и G:T. [16] Если неправильные урацилы или тимины в этих парах оснований не удаляются до репликации ДНК, они вызывают мутации перехода . MBD4 специфически катализирует удаление T и U в паре с гуанином (G) в сайтах CpG. [17] Это важная функция восстановления, поскольку около 1/3 всех внутригенных мутаций одиночных пар оснований при раке человека происходят в динуклеотидах CpG и являются результатом переходов G:C в A:T. [17] [18] Эти переходы включают в себя наиболее частые мутации при раке человека. Например, около 50% соматических мутаций гена-супрессора опухолей p53 при колоректальном раке представляют собой переходы G:C в A:T в пределах участков CpG. [17] Таким образом, снижение экспрессии MBD4 может привести к увеличению канцерогенных мутаций.

Экспрессия MBD4 снижена почти во всех колоректальных новообразованиях из-за метилирования промоторной области MBD4. [19] Также дефицит MBD4 наблюдается из-за мутации примерно в 4% случаев колоректального рака. [ 20]

Большинство гистологически нормальных полей, окружающих неопластические новообразования (аденомы и рак толстой кишки) в толстой кишке, также показывают сниженную экспрессию мРНК MBD4 ( дефект поля ) по сравнению с гистологически нормальной тканью людей, у которых никогда не было новообразований толстой кишки. [19] Это открытие предполагает, что эпигенетическое подавление MBD4 является ранним этапом колоректального канцерогенеза .

В китайской популяции, которая была оценена, полиморфизм MBD4 Glu346Lys был связан с примерно 50% снижением риска рака шейки матки, что позволяет предположить, что изменения в MBD4 могут быть важны при раке. [21]

НИЛ1

NEIL1 распознает (нацеливается) и удаляет определенные окислительно -поврежденные основания, а затем разрезает абазический сайт посредством β, δ-элиминации, оставляя 3′ и 5′ фосфатные концы. NEIL1 распознает окисленные пиримидины , формамидопиримидины, остатки тимина, окисленные по метильной группе, и оба стереоизомера тимингликоля . [22] Лучшими субстратами для человеческого NEIL1, по-видимому, являются повреждения гидантоина , гуанидиногидантоин и спироиминодигидантоин, которые являются дальнейшими продуктами окисления 8-oxoG . NEIL1 также способен удалять повреждения из одноцепочечной ДНК, а также из пузырьковых и разветвленных структур ДНК. Дефицит NEIL1 вызывает повышенный мутагенез в сайте пары 8-oxo-Gua:C, при этом большинство мутаций представляют собой трансверсии G:C в T:A. [23]

Исследование, проведенное в 2004 году, показало, что 46% первичных раков желудка имели сниженную экспрессию мРНК NEIL1 , хотя механизм снижения не был известен. [24] Это исследование также показало, что 4% раков желудка имели мутации в NEIL1. Авторы предположили, что низкая активность NEIL1, возникающая из-за сниженной экспрессии и/или мутации в NEIL1, часто участвует в канцерогенезе желудка.

Скрининг 145 генов репарации ДНК на предмет аберрантного метилирования промотора был проведен на тканях плоскоклеточного рака головы и шеи (HNSCC) у 20 пациентов и на образцах слизистой оболочки головы и шеи у 5 неонкологических пациентов. [25] Этот скрининг показал, что NEIL1 с существенно повышенным гиперметилированием имел наиболее существенно отличающуюся частоту метилирования. Кроме того, гиперметилирование соответствовало снижению экспрессии мРНК NEIL1. Дальнейшая работа со 135 опухолевыми и 38 нормальными тканями также показала, что 71% образцов тканей HNSCC имели повышенное метилирование промотора NEIL1. [25]

Когда 8 генов репарации ДНК были оценены в опухолях немелкоклеточного рака легких (НМРЛ), 42% были гиперметилированы в области промотора NEIL1. [26] Это была самая частая аномалия репарации ДНК, обнаруженная среди 8 протестированных генов репарации ДНК. NEIL1 также был одним из шести генов репарации ДНК, которые были обнаружены гиперметилированными в своих областях промотора при колоректальном раке . [27]

Связи с познанием

Деметилирование 5-метилцитозина (5mC) в ДНК. Как было рассмотрено в 2018 году, [28] 5mC окисляется семейством диоксигеназ ten-eleven translocation (TET) ( TET1 , TET2 , TET3 ) с образованием 5-гидроксиметилцитозина (5hmC). На последовательных этапах ферменты TET дополнительно гидроксилируют 5hmC с образованием 5-формилцитозина (5fC) и 5-карбоксилцитозина (5caC). Тимин-ДНК-гликозилаза (TDG) распознает промежуточные основания 5fC и 5caC и вырезает гликозидную связь , в результате чего образуется апиримидиновый сайт ( сайт AP ). В альтернативном пути окислительного дезаминирования 5hmC может быть окислительно дезаминирован дезаминазами цитидиндезаминазы/комплекса редактирования мРНК аполипопротеина B (AID/APOBEC), индуцируемыми активностью , с образованием 5-гидроксиметилурацила (5hmU) или 5mC может быть преобразован в тимин (Thy). 5hmU может быть расщеплен TDG, одноцепочечной селективной монофункциональной урацил-ДНК-гликозилазой 1 ( SMUG1 ), Nei-подобной ДНК-гликозилазой 1 ( NEIL1 ) или метил-CpG-связывающим белком 4 ( MBD4 ). Затем сайты AP и несовпадения T:G исправляются ферментами репарации эксцизии оснований (BER) с получением цитозина (Cyt).

Активное метилирование и деметилирование ДНК необходимо для когнитивного процесса формирования и поддержания памяти . [29] У крыс контекстное условное замирание может вызвать пожизненную память о событии с помощью одной попытки, а изменения метилирования, по-видимому, коррелируют с запуском особенно долгоживущих воспоминаний. [29] При контекстном условном замирании через 24 часа ДНК, выделенная из области гиппокампа мозга крысы, имела 2097 дифференциально метилированных генов, часть из которых была деметилирована. [29] Как было рассмотрено Байрактаром и Крейтцем, [28] деметилирование ДНК зависит от репарации эксцизионных оснований (см. рисунок).

Физические упражнения оказывают хорошо известные полезные эффекты на обучение и память (см. Нейробиологические эффекты физических упражнений ). BDNF является особенно важным регулятором обучения и памяти. [30] Как было рассмотрено Фернандесом и др., [31] у крыс, упражнения усиливают экспрессию гена Bdnf в гиппокампе , который играет важную роль в формировании памяти. Усиление экспрессии Bdnf происходит посредством деметилирования его промотора CpG-острова в экзоне IV [31] , а деметилирование зависит от репарации эксцизии оснований (см. рисунок). [28]

Снижение BER с возрастом

Активность ДНК-гликозилазы , которая удаляет метилированные основания в лейкоцитах человека, снижается с возрастом. [32] Снижение удаления метилированных оснований из ДНК предполагает возрастное снижение активности 3-метиладенин-ДНК-гликозилазы , фермента BER, ответственного за удаление алкилированных оснований. [32]

Молодые крысы (в возрасте от 4 до 5 месяцев), но не старые крысы (в возрасте от 24 до 28 месяцев), обладают способностью индуцировать ДНК-полимеразу бета и эндонуклеазу AP в ответ на окислительное повреждение. [33]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Liu Y, Prasad R, Beard WA, Kedar PS, Hou EW, Shock DD, Wilson SH (2007). «Координация шагов в однонуклеотидной эксцизионной репарации оснований, опосредованной апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазой 1 и ДНК-полимеразой β». Журнал биологической химии . 282 (18): 13532–13541. doi : 10.1074/jbc.M611295200 . PMC  2366199. PMID  17355977 .
  2. ^ Джаянта Чаудхури и Фредерик В. Альт (2004). «Рекомбинация с переключением классов: взаимодействие транскрипции, дезаминирования ДНК и репарации ДНК». Nature Reviews Immunology . 4 (7): 541–552. doi :10.1038/nri1395. PMID  15229473. S2CID  34376550.
  3. ^ Fortini P, Dogliotti E (апрель 2007 г.). «Повреждение оснований и репарация одноцепочечных разрывов: механизмы и функциональное значение подпутей репарации коротких и длинных заплат». DNA Repair . 6 (4): 398–409. doi :10.1016/j.dnarep.2006.10.008. PMID  17129767.
  4. ^ Gellon L, Carson DR, Carson JP, Demple B (февраль 2008 г.). «Внутренняя активность 5'-дезоксирибозо-5-фосфат-лиазы в белке Trf4 Saccharomyces cerevisiae с возможной ролью в восстановлении ДНК путем удаления оснований». DNA Repair . 7 (2): 187–98. doi :10.1016/j.dnarep.2007.09.009. PMC 2258243 . PMID  17983848. 
  5. ^ Fromme JC, Banerjee A, Verdine GL (февраль 2004 г.). «Распознавание ДНК-гликозилазы и катализ». Curr. Opin. Struct. Biol . 14 (1): 43–9. doi :10.1016/j.sbi.2004.01.003. PMID  15102448.
  6. ^ Aravind L, Walker DR, Koonin EV (1999). «Консервативные домены в белках репарации ДНК и эволюция систем репарации». Nucleic Acids Research . 27 (5): 1223–1242. doi :10.1093/nar/27.5.1223. PMC 148307. PMID  9973609 . 
  7. ^ Demple B, Herman T, Chen DS (1991). «Клонирование и экспрессия APE, кДНК, кодирующей основную человеческую апуриновую эндонуклеазу: определение семейства ферментов репарации ДНК». PNAS USA . 88 (24): 11450–11454. Bibcode :1991PNAS...8811450D. doi : 10.1073/pnas.88.24.11450 . PMC 53153 . PMID  1722334. 
  8. ^ Braithwaite EK, Prasad R, Shock DD, Hou EW, Beard WA, Wilson SH (май 2005 г.). «ДНК-полимераза лямбда опосредует резервную активность репарации эксцизионных оснований в экстрактах эмбриональных фибробластов мыши». J. Biol. Chem . 280 (18): 18469–75. doi : 10.1074/jbc.M411864200 . PMID  15749700.
  9. ^ Beard WA, Prasad R, Wilson SH (2006). "Activities and Mechanism of DNA Polymerase". Репарация ДНК, часть A. Методы в энзимологии. Том 408. С. 91–107. doi :10.1016/S0076-6879(06)08007-4. ISBN 9780121828134. PMID  16793365.
  10. ^ Kao HI, Henricksen LA, Liu Y, Bambara RA (апрель 2002 г.). «Специфичность расщепления эндонуклеазы лоскута 1 Saccharomyces cerevisiae предполагает двухлоскутную структуру в качестве клеточного субстрата». J. Biol. Chem . 277 (17): 14379–89. doi : 10.1074/jbc.M110662200 . PMID  11825897.
  11. ^ Каппелли, Энрико (1997). «Участие продуктов гена XRCC1 и ДНК-лигазы III в восстановлении эксцизионных оснований ДНК». Журнал биологической химии . 272 ​​(38): 23970–23975. doi : 10.1074/jbc.272.38.23970 . PMID  9295348.
  12. ^ Caldecott, Keith (1995). «Характеристика комплекса XRCC1-ДНК-лигаза III in vitro и его отсутствие в мутантных клетках хомяка». Nucleic Acids Research . 23 (23): 4836–4843. doi :10.1093/nar / 23.23.4836. PMC 307472. PMID  8532526. Получено 10 марта 2019 г. 
  13. ^ Паскуччи, Барбара (1999). «Длинная заплата основания эксцизионной репарации с очищенными человеческими белками ДНК-ЛИГАЗА I КАК МЕДИАТОР РАЗМЕРА ЗАПЛАТЫ ДЛЯ ДНК-ПОЛИМЕРАЗ δ И ε». Журнал биологической химии . 274 (47): 33696–33702. doi : 10.1074/jbc.274.47.33696 . PMID  10559260.
  14. ^ Starcevic D, Dalal S, Sweasy JB (август 2004 г.). «Есть ли связь между ДНК-полимеразой бета и раком?». Cell Cycle . 3 (8): 998–1001. doi : 10.4161/cc.3.8.1062 . PMID  15280658.
  15. ^ Фаррингтон, SM; Тенеса, A; Барнетсон, R; Уилтшир, A; Прендергаст, J; Портеус, M; Кэмпбелл, H; Данлоп, MG (2005). «Восприимчивость зародышевой линии к колоректальному раку из-за дефектов генов репарации вырезания оснований». Американский журнал генетики человека . 77 (1): 112–9. doi :10.1086/431213. PMC 1226182. PMID  15931596 . 
  16. ^ Bellacosa A, Drohat AC (август 2015 г.). «Роль репарации эксцизионных оснований в поддержании генетической и эпигенетической целостности сайтов CpG». DNA Repair . 32 : 33–42. doi : 10.1016/j.dnarep.2015.04.011. PMC 4903958. PMID 26021671  . 
  17. ^ abc Sjolund AB, Senejani AG, Sweasy JB (2013). "MBD4 и TDG: многогранные ДНК-гликозилазы с постоянно расширяющимися биологическими ролями". Mutation Research . 743–744: 12–25. Bibcode :2013MRFMM.743...12S. doi :10.1016/j.mrfmmm.2012.11.001. PMC 3661743 . PMID  23195996. 
  18. ^ Купер DN, Юсуфьян H (февраль 1988). «Динуклеотид CpG и генетические заболевания человека». Генетика человека . 78 (2): 151–5. doi :10.1007/bf00278187. PMID  3338800. S2CID  41948691.
  19. ^ ab Howard JH, Frolov A, Tzeng CW, Stewart A, Midzak A, Majmundar A, Godwin A, Heslin M, Bellacosa A, Arnoletti JP (январь 2009 г.). «Эпигенетическое снижение регуляции гена репарации ДНК MED1/MBD4 при колоректальном и яичниковом раке». Cancer Biology & Therapy . 8 (1): 94–100. doi :10.4161/cbt.8.1.7469. PMC 2683899 . PMID  19127118. 
  20. ^ Трикарико Р., Кортеллино С., Риччио А., Джагмохан-Чангур С., Ван дер Клифт Х., Вейнен Дж., Тернер Д., Вентура А., Ровелла В., Перчезепе А., Луччи-Кордиско Е., Радиче П., Бертарио Л., Педрони М., Понц де Леон М., Манкузо П., Девараджан К., Кай К.К., Кляйн-Сзанто А.Дж., Нери Г., Мёллер П., Виль А., Дженуарди М., Фодде Р., Беллакоса А. (октябрь 2015 г.). «Участие инактивации MBD4 в онкогенезе с дефицитом репарации несоответствия». Онкотаргет . 6 (40): 42892–904. doi : 10.18632/oncotarget.5740. ПМЦ 4767479 . PMID  26503472. 
  21. ^ Xiong XD, Luo XP, Liu X, Jing X, Zeng LQ, Lei M, Hong XS, Chen Y (2012). «Полиморфизм MBD4 Glu346Lys связан с риском рака шейки матки у китайской популяции». Int. J. Gynecol. Cancer . 22 (9): 1552–6. doi :10.1097/IGC.0b013e31826e22e4. PMID  23027038. S2CID  788490.
  22. ^ Nemec AA, Wallace SS, Sweasy JB (октябрь 2010 г.). «Вариантные белки репарации эксцизионных оснований: факторы, способствующие нестабильности генома». Семинары по биологии рака . 20 (5): 320–8. doi :10.1016/j.semcancer.2010.10.010. PMC 3254599. PMID  20955798 . 
  23. ^ Suzuki T, Harashima H, Kamiya H (2010). «Влияние белков репарации эксцизионных оснований на мутагенез 8-оксо-7,8-дигидрогуанина (8-гидроксигуанина) в паре с цитозином и аденином». DNA Repair (Amst.) . 9 (5): 542–50. doi :10.1016/j.dnarep.2010.02.004. hdl : 2115/43021 . PMID  20197241. S2CID  207147128.
  24. ^ Shinmura K, Tao H, Goto M, Igarashi H, Taniguchi T, Maekawa M, Takezaki T, Sugimura H (2004). «Инактивирующие мутации человеческого гена эксцизионной репарации оснований NEIL1 при раке желудка». Carcinogenesis . 25 (12): 2311–7. doi : 10.1093/carcin/bgh267 . PMID  15319300.
  25. ^ ab Chaisaingmongkol J, Popanda O, Warta R, Dyckhoff G, Herpel E, Geiselhart L, Claus R, Lasitschka F, Campos B, Oakes CC, Bermejo JL, Herold-Mende C, Plass C, Schmezer P (2012). «Эпигенетический скрининг генов репарации ДНК человека выявляет аберрантное метилирование промотора NEIL1 при плоскоклеточной карциноме головы и шеи». Oncogene . 31 (49): 5108–16. doi : 10.1038/onc.2011.660 . PMID  22286769.
  26. ^ Do H, Wong NC, Murone C, John T, Solomon B, Mitchell PL, Dobrovic A (2014). "Критическая переоценка метилирования промотора гена репарации ДНК при немелкоклеточной карциноме легких". Scientific Reports . 4 : 4186. Bibcode :2014NatSR...4E4186D. doi :10.1038/srep04186. PMC 3935198 . PMID  24569633. 
  27. ^ Farkas SA, Vymetalkova V, Vodickova L, Vodicka P, Nilsson TK (апрель 2014 г.). «Изменения метилирования ДНК в генах, часто мутирующих при спорадическом колоректальном раке, а также в генах репарации ДНК и сигнальных путей Wnt/β-катенина». Epigenomics . 6 (2): 179–91. doi :10.2217/epi.14.7. PMID  24811787.
  28. ^ abc Bayraktar G, Kreutz MR (2018). «Роль зависимого от активности деметилирования ДНК во взрослом мозге и при неврологических расстройствах». Front Mol Neurosci . 11 : 169. doi : 10.3389/fnmol.2018.00169 . PMC 5975432 . PMID  29875631. 
  29. ^ abc Duke CG, Kennedy AJ, Gavin CF, Day JJ, Sweatt JD (июль 2017 г.). «Эпигеномная реорганизация гиппокампа, зависящая от опыта». Learn. Mem . 24 (7): 278–288. doi :10.1101/lm.045112.117. PMC 5473107. PMID  28620075 . 
  30. ^ Карпова НН (январь 2014). «Роль эпигенетики BDNF в пластичности нейронов, зависящей от активности». Нейрофармакология . 76 Pt C: 709–18. doi : 10.1016/j.neuropharm.2013.04.002 . PMID  23587647.
  31. ^ ab Fernandes J, Arida RM, Gomez-Pinilla F (сентябрь 2017 г.). «Физические упражнения как эпигенетический модулятор пластичности мозга и познания». Neurosci Biobehav Rev. 80 : 443–456. doi : 10.1016/j.neubiorev.2017.06.012. PMC 5705447. PMID  28666827 . 
  32. ^ ab Atamna H, Cheung I, Ames BN (2000). "Метод обнаружения абазических участков в живых клетках: возрастные изменения в репарации эксцизии оснований". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 97 (2): 686–91. Bibcode :2000PNAS...97..686A. doi : 10.1073/pnas.97.2.686 . PMC 15391 . PMID  10639140. 
  33. ^ Cabelof DC, Raffoul JJ, Ge Y, Van Remmen H, Matherly LH, Heydari AR (2006). «Связанная с возрастом потеря реакции восстановления ДНК после воздействия окислительного стресса». J. Gerontol. A Biol. Sci. Med. Sci . 61 (5): 427–34. doi : 10.1093/gerona/61.5.427 . PMID  16720738.

Внешние ссылки