stringtranslate.com

Секвенирование всего генома

Электрофореграммы обычно используются для секвенирования частей геномов. [1]
Схематическая кариограмма человека, показывающая обзор генома человека с 22 гомологичными хромосомами , как женской (XX), так и мужской (XY) версиями половой хромосомы (внизу справа), а также митохондриальный геном (в масштабе внизу слева)

Полногеномное секвенирование ( WGS ) — это процесс определения всей или почти всей последовательности ДНК генома организма за один раз. [2] Это подразумевает секвенирование всей хромосомной ДНК организма , а также ДНК, содержащейся в митохондриях и, для растений, в хлоропластах .

Полное секвенирование генома в основном использовалось в качестве исследовательского инструмента, но было введено в клиники в 2014 году. [3] [4] [5] В будущем персонализированной медицины данные о последовательности полного генома могут стать важным инструментом для руководства терапевтическим вмешательством. [6] Инструмент генного секвенирования на уровне однонуклеотидных полиморфизмов также используется для точного определения функциональных вариантов из ассоциативных исследований и улучшения знаний, доступных исследователям, интересующимся эволюционной биологией , и, следовательно, может заложить основу для прогнозирования восприимчивости к болезням и реакции на лекарства.

Полное секвенирование генома не следует путать с ДНК-профилированием , которое определяет только вероятность того, что генетический материал принадлежит конкретному человеку или группе, и не содержит дополнительной информации о генетических связях, происхождении или восприимчивости к определенным заболеваниям. [7] Кроме того, полное секвенирование генома не следует путать с методами, которые секвенируют определенные подмножества генома — такие методы включают полное секвенирование экзома (1–2% генома) или генотипирование SNP (< 0,1% генома).

История

Первым полностью секвенированным бактериальным геномом был геном бактерии Haemophilus influenzae .
Червь Caenorhabditis elegans стал первым животным, чей геном был полностью секвенирован.
В 2000 году был секвенирован весь геном Drosophila melanogaster .
Arabidopsis thaliana стал первым растением, геном которого был секвенирован.
Геном лабораторной мыши Mus musculus был опубликован в 2002 году.
Потребовалось 10 лет и 50 ученых по всему миру, чтобы секвенировать геном Elaeis guineensis ( масличная пальма ). Этот геном было особенно трудно секвенировать, поскольку в нем было много повторяющихся последовательностей , которые трудно организовать. [8]

Методы секвенирования ДНК, используемые в 1970-х и 1980-х годах, были ручными; например, секвенирование Максама-Гилберта и секвенирование Сенгера . Несколько полных геномов бактериофагов и вирусов животных были секвенированы с помощью этих методов, но переход к более быстрым, автоматизированным методам секвенирования в 1990-х годах облегчил секвенирование более крупных бактериальных и эукариотических геномов. [9]

Первым вирусом, чей геном был полностью секвенирован, был бактериофаг MS2 в 1976 году. [10] В 1992 году хромосома III дрожжей стала первой хромосомой любого организма, которая была полностью секвенирована. [11] Первым организмом, чей геном был полностью секвенирован, была Haemophilus influenzae в 1995 году. [12] После нее впервые были секвенированы геномы других бактерий и некоторых архей , в основном из-за их небольшого размера генома. Геном H. influenzae состоит из 1 830 140 пар оснований ДНК. [12] Напротив, эукариоты , как одноклеточные , так и многоклеточные, такие как Amoeba dubia и люди ( Homo sapiens ) соответственно, имеют гораздо большие геномы (см. Парадокс C-значения ). [13] Геном Amoeba dubia состоит из 700 миллиардов пар нуклеотидов , распределенных по тысячам хромосом . [14] У людей содержится меньше пар нуклеотидов (около 3,2 миллиарда в каждой половой клетке – обратите внимание, что точный размер генома человека все еще пересматривается), чем у A. dubia, однако размер их генома намного превышает размер генома отдельных бактерий. [15]

Первые бактериальные и архейные геномы, включая H. influenzae , были секвенированы методом дробового секвенирования . [12] В 1996 году был секвенирован первый эукариотический геном ( Saccharomyces cerevisiae ). S. cerevisiae , модельный организм в биологии, имеет геном всего около 12 миллионов пар нуклеотидов , [16] и был первым одноклеточным эукариотом, чей геном был полностью секвенирован. Первым многоклеточным эукариотом и животным , чей геном был полностью секвенирован, был нематодный червь Caenorhabditis elegans в 1998 году. [17] Геномы эукариот секвенируются несколькими методами, включая дробовое секвенирование коротких фрагментов ДНК и секвенирование более крупных клонов ДНК из библиотек ДНК, таких как искусственные бактериальные хромосомы (BAC) и искусственные дрожжевые хромосомы (YAC). [18]

В 1999 году была опубликована полная последовательность ДНК человеческой хромосомы 22 , второй по длине аутосомы человека . [19] К 2000 году был секвенирован второй геном животного и второго беспозвоночного (но первого насекомого ) — геном плодовой мушки Drosophila melanogaster — популярного модельного организма в экспериментальных исследованиях. [20] Первый геном растения — модельного организма Arabidopsis thaliana — также был полностью секвенирован к 2000 году. [21] К 2001 году был опубликован черновик полной последовательности генома человека. [22] Геном лабораторной мыши Mus musculus был завершен в 2002 году. [23]

В 2004 году проект «Геном человека» опубликовал неполную версию генома человека. [24] В 2008 году группа из Лейдена, Нидерланды, сообщила о секвенировании первого женского человеческого генома ( Марджолейн Крик ).

В настоящее время полностью или частично секвенированы тысячи геномов .

Экспериментальные подробности

Клетки, используемые для секвенирования

Почти любой биологический образец, содержащий полную копию ДНК — даже очень небольшое количество ДНК или древней ДНК — может предоставить генетический материал, необходимый для полного секвенирования генома. Такие образцы могут включать слюну , эпителиальные клетки , костный мозг , волосы (при условии, что волосы содержат волосяной фолликул ), семена , листья растений или что-либо еще, что имеет клетки, содержащие ДНК.

Последовательность генома отдельной клетки, выбранной из смешанной популяции клеток, может быть определена с использованием методов секвенирования генома отдельной клетки . Это имеет важные преимущества в микробиологии окружающей среды в случаях, когда отдельная клетка определенного вида микроорганизма может быть выделена из смешанной популяции с помощью микроскопии на основе ее морфологических или других отличительных характеристик. В таких случаях обычно необходимые этапы изоляции и роста организма в культуре могут быть опущены, что позволяет секвенировать гораздо больший спектр геномов организмов. [25]

Секвенирование генома отдельной клетки тестируется как метод предимплантационной генетической диагностики , при котором клетка эмбриона, созданного путем экстракорпорального оплодотворения, берется и анализируется до переноса эмбриона в матку. [26] После имплантации бесклеточная фетальная ДНК может быть взята путем простой венепункции у матери и использована для секвенирования всего генома плода. [27]

Ранние методы

Генетический анализатор ABI PRISM 3100. Такие капиллярные секвенаторы автоматизировали ранние попытки секвенирования геномов.

Секвенирование почти всего человеческого генома было впервые выполнено в 2000 году частично с помощью технологии дробовика . В то время как полное геномное дробовик-секвенирование для небольших (4000–7000 пар оснований ) геномов уже использовалось в 1979 году, [28] более широкое применение выиграло от парного концевого секвенирования, известного в разговорной речи как двухствольное дробовик-секвенирование . Поскольку проекты по секвенированию начали охватывать более длинные и сложные геномы, несколько групп начали понимать, что полезную информацию можно получить, секвенировав оба конца фрагмента ДНК. Хотя секвенирование обоих концов одного и того же фрагмента и отслеживание парных данных было более обременительным, чем секвенирование одного конца двух отдельных фрагментов, знание того, что две последовательности были ориентированы в противоположных направлениях и находились примерно на расстоянии фрагмента друг от друга, было ценным для реконструкции последовательности исходного целевого фрагмента.

Первое опубликованное описание использования парных концов было в 1990 году в рамках секвенирования человеческого локуса HPRT , [29] хотя использование парных концов было ограничено закрытием пробелов после применения традиционного подхода дробовика секвенирования. Первое теоретическое описание чистой стратегии парного секвенирования концов, предполагающей фрагменты постоянной длины, было в 1991 году. [30] В 1995 году была введена инновация использования фрагментов различных размеров, [31] и продемонстрирована возможность чистой стратегии парного секвенирования концов для больших целей. Впоследствии эта стратегия была принята Институтом геномных исследований (TIGR) для секвенирования всего генома бактерии Haemophilus influenzae в 1995 году, [32] а затем Celera Genomics для секвенирования всего генома плодовой мушки в 2000 году, [33] а затем и всего генома человека. Компания Applied Biosystems , ныне именуемая Life Technologies , изготовила автоматизированные капиллярные секвенаторы, используемые как Celera Genomics, так и The Human Genome Project.

Современные методы

Хотя капиллярное секвенирование было первым подходом к успешному секвенированию почти полного человеческого генома, оно все еще слишком дорого и занимает слишком много времени для коммерческих целей. С 2005 года капиллярное секвенирование постепенно вытесняется высокопроизводительными (ранее «следующего поколения») технологиями секвенирования, такими как секвенирование красителя Illumina , пиросеквенирование и секвенирование SMRT . [34] Все эти технологии продолжают использовать базовую стратегию дробовика, а именно параллелизацию и генерацию шаблонов посредством фрагментации генома.

Появились и другие технологии, включая технологию Nanopore . Хотя точность секвенирования технологии Nanopore ниже, чем у вышеперечисленных, ее длина считывания в среднем намного больше. [35] Это поколение длинных считываний особенно ценно в приложениях de novo для секвенирования всего генома. [36]

Анализ

В принципе, полное секвенирование генома может предоставить сырую последовательность нуклеотидов ДНК отдельного организма в определенный момент времени. Однако необходимо провести дополнительный анализ, чтобы предоставить биологическое или медицинское значение этой последовательности, например, как эти знания могут быть использованы для профилактики заболеваний. Методы анализа данных секвенирования разрабатываются и совершенствуются.

Поскольку секвенирование генерирует большой объем данных (например, в каждом диплоидном геноме человека содержится около шести миллиардов пар оснований ), его выходные данные хранятся в электронном виде и требуют большого объема вычислительной мощности и емкости хранилища.

Хотя анализ данных WGS может быть медленным, этот этап можно ускорить, используя специальное оборудование. [37]

Коммерциализация

Общая стоимость секвенирования всего генома человека, рассчитанная NHGRI

Ряд государственных и частных компаний конкурируют за разработку платформы для полного секвенирования генома, которая была бы коммерчески надежной как для исследовательских целей, так и для клинического использования, [38] включая Illumina, [39] Knome , [40] Sequenom , [41] 454 Life Sciences , [42] Pacific Biosciences, [43] Complete Genomics , [44] Helicos Biosciences , [45] GE Global Research ( General Electric ), Affymetrix , IBM , Intelligent Bio-Systems, [46] Life Technologies, Oxford Nanopore Technologies, [47] и Пекинский институт геномики . [48] [49] [50] Эти компании в значительной степени финансируются и поддерживаются венчурными капиталистами , хедж-фондами и инвестиционными банками . [51] [52]

До конца 2010-х годов общепринятая коммерческая цель по стоимости секвенирования составляла 1000 долларов  США, однако частные компании работают над достижением новой цели в размере всего лишь 100 долларов США. [53]

Стимул

В октябре 2006 года Фонд X Prize Foundation , работающий в сотрудничестве с Научным фондом Дж. Крейга Вентера, учредил премию Archon X Prize for Genomics [54], намереваясь присудить 10 миллионов долларов «первой команде, которая сможет создать устройство и использовать его для секвенирования 100 человеческих геномов в течение 10 дней или менее с точностью не более одной ошибки на каждые 1 000 000 секвенированных оснований, с последовательностями, точно покрывающими не менее 98% генома, и с текущими расходами не более 1 000 долларов за геном». [55] Премия Archon X Prize for Genomics была отменена в 2013 году, до официальной даты ее начала. [56] [57]

История

В 2007 году компания Applied Biosystems начала продавать новый тип секвенатора под названием SOLiD System. [58] Технология позволяла пользователям секвенировать 60 гигабаз за один запуск. [59]

В июне 2009 года Illumina объявила о запуске собственной службы персонального полного геномного секвенирования на глубине 30× по цене 48 000 долларов за геном. [60] [61] В августе основатель Helicos Biosciences Стивен Куэйк заявил, что с помощью Single Molecule Sequencer компании он секвенировал свой собственный полный геном менее чем за 50 000 долларов. [62] В ноябре Complete Genomics опубликовала в журнале Science рецензируемую статью , демонстрирующую ее способность секвенировать полный геном человека за 1 700 долларов. [63] [64]

В мае 2011 года Illumina снизила стоимость своей услуги по полному секвенированию генома до 5000 долларов за геном человека или до 4000 долларов при заказе 50 и более геномов. [65] Helicos Biosciences, Pacific Biosciences, Complete Genomics, Illumina, Sequenom, ION Torrent Systems, Halcyon Molecular, NABsys, IBM и GE Global, похоже, соревнуются в гонке за коммерциализацию полного секвенирования генома. [34] [66]

С уменьшением стоимости секвенирования ряд компаний начали утверждать, что их оборудование вскоре достигнет генома за 1000 долларов: в число этих компаний вошли Life Technologies в январе 2012 года, [67] Oxford Nanopore Technologies в феврале 2012 года, [68] и Illumina в феврале 2014 года. [69] [70] В 2015 году NHGRI оценил стоимость получения последовательности всего генома примерно в 1500 долларов. [71] В 2016 году Veritas Genetics начала продавать секвенирование всего генома, включая отчет о некоторой информации в секвенировании, за 999 долларов. [72] Летом 2019 года Veritas Genetics снизила стоимость WGS до 599 долларов. [73] В 2017 году BGI начала предлагать WGS за 600 долларов. [74]

Однако в 2015 году некоторые отметили, что эффективное использование полного секвенирования гена может стоить значительно больше, чем 1000 долларов. [75] Кроме того, как сообщается, остаются части человеческого генома, которые не были полностью секвенированы к 2017 году. [76] [77]

Сравнение с другими технологиями

ДНК-микрочипы

Полное секвенирование генома позволяет получить информацию о геноме, которая на порядки больше, чем при использовании ДНК-массивов — предыдущего лидера в технологии генотипирования.

Для людей ДНК-массивы в настоящее время предоставляют генотипическую информацию о до миллиона генетических вариантов, [78] [79] [80], в то время как полное геномное секвенирование предоставит информацию обо всех шести миллиардах оснований в геноме человека, или в 3000 раз больше данных. Из-за этого полное геномное секвенирование считается подрывной инновацией на рынке ДНК-массивов, поскольку точность обоих составляет от 99,98% до 99,999% (в неповторяющихся областях ДНК), а их расходные материалы стоят 5000 долларов за 6 миллиардов пар оснований, что является конкурентоспособным (для некоторых приложений) с ДНК-массивами (500 долларов за 1 миллион пар оснований). [42]

Приложения

Частоты мутаций

Полное секвенирование генома установило частоту мутаций для целых человеческих геномов. Частота мутаций во всем геноме между поколениями для людей (от родителя к ребенку) составляет около 70 новых мутаций на поколение. [81] [82] Еще более низкий уровень вариации был обнаружен при сравнении полного секвенирования генома в клетках крови для пары монозиготных (идентичных близнецов) 100-летних долгожителей. [83] Было обнаружено только 8 соматических различий, хотя соматические вариации, встречающиеся менее чем в 20% клеток крови, были бы необнаружены.

В специфических областях человеческого генома, кодирующих белки, по оценкам, существует около 0,35 мутаций, которые могут изменить последовательность белков между поколениями родителей и детей (менее одного мутировавшего белка на поколение) [84] .

При раке частота мутаций намного выше из-за нестабильности генома . Эта частота может также зависеть от возраста пациента, воздействия агентов, повреждающих ДНК (таких как УФ-излучение или компоненты табачного дыма), а также активности/неактивности механизмов восстановления ДНК. [85] Кроме того, частота мутаций может варьироваться в зависимости от типа рака: в клетках зародышевой линии частота мутаций составляет приблизительно 0,023 мутации на мегабазу, но это число намного выше при раке груди (1,18-1,66 соматических мутаций на Мб), раке легких (17,7) или меланомах (≈33). [86] Поскольку гаплоидный геном человека состоит приблизительно из 3200 мегабаз, [87] это означает около 74 мутаций (в основном в некодирующих областях) в ДНК зародышевой линии на поколение, но 3776–5312 соматических мутаций на гаплоидный геном при раке молочной железы, 56 640 при раке легких и 105 600 при меланомах.

Распределение соматических мутаций по геному человека очень неравномерно [88] , так что богатые генами, рано реплицирующиеся регионы получают меньше мутаций, чем бедный генами, поздно реплицирующийся гетерохроматин, вероятно, из-за дифференциальной активности репарации ДНК. [89] В частности, модификация гистонов H3K9me3 связана с высокой [90] , а H3K36me3 — с низкой частотой мутаций. [91]

Исследования ассоциаций по всему геному

В научных исследованиях секвенирование всего генома может использоваться в полногеномном ассоциативном исследовании (GWAS) – проекте, направленном на определение генетического варианта или вариантов, связанных с заболеванием или каким-либо другим фенотипом. [92]

Диагностическое использование

В 2009 году Illumina выпустила свои первые секвенаторы целого генома, которые были одобрены для клинического, а не только исследовательского использования, и врачи в академических медицинских центрах начали тихо использовать их, чтобы попытаться диагностировать, что не так с людьми, которым стандартные подходы не помогли. [93] В 2009 году команда из Стэнфорда под руководством Юана Эшли провела клиническую интерпретацию полного генома человека, генома биоинженера Стивена Куэйка. [94] В 2010 году команда Эшли сообщила о молекулярной аутопсии всего генома [95] , а в 2011 году расширила рамки интерпретации на полностью секвенированную семью, семью Уэст, которые были первой семьей, секвенированной на платформе Illumina. [96] Цена секвенирования генома в то время составляла 19 500 долларов  США, счет за которую выставлялся пациенту, но обычно оплачивалась из исследовательского гранта; один человек в то время подал заявку на возмещение от своей страховой компании. [93] Например, одному ребенку к тому времени, как ему исполнилось три года, потребовалось около 100 операций, и его врач обратился к секвенированию всего генома, чтобы определить проблему; потребовалась команда из примерно 30 человек, в которую входили 12 экспертов по биоинформатике , три специалиста по секвенированию, пять врачей, два генетических консультанта и два специалиста по этике, чтобы определить редкую мутацию в XIAP , которая вызывала широко распространенные проблемы. [93] [97] [98]

Благодаря недавнему снижению затрат (см. выше) секвенирование всего генома стало реалистичным применением в ДНК-диагностике. В 2013 году консорциум 3Gb-TEST получил финансирование от Европейского союза для подготовки системы здравоохранения к этим инновациям в ДНК-диагностике. [99] [100] Должны быть внедрены схемы оценки качества , оценка медицинских технологий и руководящие принципы . Консорциум 3Gb-TEST определил анализ и интерпретацию данных о последовательностях как наиболее сложный этап в диагностическом процессе. [101] На встрече консорциума в Афинах в сентябре 2014 года консорциум ввел слово генотрансляция для этого важнейшего этапа. Этот этап приводит к так называемому геноотчету . Необходимы руководящие принципы для определения требуемого содержания этих отчетов. [ необходима цитата ]

Genomes2People (G2P), инициатива больницы Brigham and Women's Hospital и Гарвардской медицинской школы , была создана в 2011 году для изучения интеграции геномного секвенирования в клиническую помощь взрослым и детям. [102] Директор G2P Роберт С. Грин ранее руководил исследованием REVEAL — Risk EValuation and Education for Alzheimer's Disease — серией клинических испытаний, изучающих реакцию пациентов на знание об их генетическом риске болезни Альцгеймера. [103] [104]

В 2018 году исследователи из Института геномной медицины Детской больницы Рэйди в Сан-Диего определили, что быстрое секвенирование всего генома (rWGS) может диагностировать генетические нарушения вовремя, чтобы изменить острое медицинское или хирургическое лечение (клиническая полезность) и улучшить результаты у остро больных младенцев. В ретроспективном когортном исследовании остро больных стационарных младенцев в региональной детской больнице с июля 2016 года по март 2017 года сорок две семьи получили rWGS для этиологической диагностики генетических нарушений. Диагностическая чувствительность rWGS составила 43% (восемнадцать из 42 младенцев) и 10% (четыре из 42 младенцев) для стандартных генетических тестов (P = .0005). Уровень клинической полезности rWGS (31%, тринадцать из 42 младенцев) был значительно выше, чем для стандартных генетических тестов (2%, один из 42; P = .0015). Одиннадцать (26%) младенцев с диагностическим rWGS избежали заболеваемости, у одного было 43% снижение вероятности смертности, и один начал паллиативную помощь. У шести из одиннадцати младенцев изменения в лечении сократили расходы на стационарное лечение на 800 000–2 000 000 долларов. Результаты повторили предыдущее исследование клинической полезности rWGS у остро больных стационарных младенцев и продемонстрировали улучшенные результаты, чистую экономию на здравоохранении и рассмотрение в качестве теста первого уровня в этой обстановке. [105]

Обзор 36 публикаций, проведенный в 2018 году, показал, что стоимость полногеномного секвенирования колеблется от 1906  до 24 810 долларов  США, а диагностическая ценность сильно варьируется от 17% до 73% в зависимости от группы пациентов. [106]

Исследование ассоциации редких вариантов

Исследования по секвенированию всего генома позволяют оценить ассоциации между сложными признаками и как кодирующими, так и некодирующими редкими вариантами ( частота минорных аллелей (MAF) < 1%) по всему геному. Анализы отдельных вариантов обычно имеют низкую мощность для выявления ассоциаций с редкими вариантами, и были предложены тесты наборов вариантов для совместной проверки эффектов заданных наборов нескольких редких вариантов. [107] Аннотации SNP помогают расставить приоритеты среди редких функциональных вариантов, а включение этих аннотаций может эффективно повысить мощность анализа генетической ассоциации редких вариантов в исследованиях по секвенированию всего генома. [108] Некоторые инструменты были специально разработаны для обеспечения комплексного анализа ассоциаций редких вариантов для данных секвенирования всего генома, включая интеграцию данных генотипа и их функциональных аннотаций, анализ ассоциаций, сводку результатов и визуализацию. [109] [110]

Метаанализ исследований по секвенированию всего генома представляет собой привлекательное решение проблемы сбора больших выборок для обнаружения редких вариантов, связанных со сложными фенотипами. Были разработаны некоторые методы, позволяющие проводить функционально обоснованный анализ ассоциаций редких вариантов в когортах масштаба биобанка с использованием эффективных подходов для хранения сводной статистики. [111]

Онкология

В этой области секвенирование всего генома представляет собой большой набор улучшений и проблем, с которыми предстоит столкнуться научному сообществу, поскольку оно позволяет анализировать, количественно определять и характеризовать циркулирующую опухолевую ДНК (ctDNA) в кровотоке. Это служит основой для ранней диагностики рака, выбора лечения и мониторинга рецидивов , а также для определения механизмов резистентности, метастазирования и филогенетических закономерностей в развитии рака. Оно также может помочь в выборе индивидуализированных методов лечения для пациентов, страдающих от этой патологии, и наблюдать, как существующие препараты работают в ходе лечения. Глубокое секвенирование всего генома включает субклональную реконструкцию на основе ctDNA в плазме, что позволяет проводить полное эпигеномное и геномное профилирование, показывая экспрессию циркулирующей опухолевой ДНК в каждом случае. [112]

Скрининг новорожденных

В 2013 году Грин и группа исследователей запустили проект BabySeq для изучения этических и медицинских последствий секвенирования ДНК новорожденного. [113] [114] В 2015 году обсуждалось использование секвенирования всего генома и экзома в качестве инструмента скрининга новорожденных [115] , а в 2021 году оно было дополнительно обсуждено. [116]

В 2021 году NIH профинансировал BabySeq2 — исследование внедрения, которое расширило проект BabySeq, включив в него 500 младенцев из разных семей и отследив влияние их геномного секвенирования на их педиатрическую помощь. [117]

В 2023 году журнал Lancet высказал мнение, что в Великобритании «в краткосрочной перспективе может быть более разумным сосредоточиться на улучшении скрининга путем модернизации целевых панелей генов. Полногеномное секвенирование в долгосрочной перспективе заслуживает тщательного изучения и всеобщей осторожности». [118]

Этические проблемы

Внедрение секвенирования всего генома может иметь этические последствия. [119] С одной стороны, генетическое тестирование может потенциально диагностировать предотвратимые заболевания как у человека, проходящего генетическое тестирование, так и у его родственников. [119] С другой стороны, генетическое тестирование имеет потенциальные недостатки, такие как генетическая дискриминация , потеря анонимности и психологические последствия, такие как обнаружение неотцовства . [120]

Некоторые специалисты по этике настаивают на том, что конфиденциальность лиц, проходящих генетическое тестирование, должна быть защищена, [119] и вызывает особую озабоченность, когда генетическое тестирование проходят несовершеннолетние . [121] Генеральный директор Illumina Джей Флэтли ошибочно заявил в феврале 2009 года, что «к 2019 году станет рутиной картирование генов младенцев при их рождении». [122] Это потенциальное использование секвенирования генома является весьма спорным, поскольку оно противоречит устоявшимся этическим нормам для предиктивного генетического тестирования бессимптомных несовершеннолетних, которые были хорошо зарекомендовали себя в области медицинской генетики и генетического консультирования . [123] [124] [125] [126] Традиционные руководящие принципы генетического тестирования разрабатывались в течение нескольких десятилетий с тех пор, как впервые стало возможным тестирование на генетические маркеры, связанные с заболеванием, до появления экономически эффективного, комплексного генетического скрининга. [ необходима ссылка ]

Когда человек проходит полное секвенирование генома, он раскрывает информацию не только о своих собственных последовательностях ДНК, но и о вероятных последовательностях ДНК своих близких генетических родственников. [119] Эта информация может дополнительно раскрыть полезную прогностическую информацию о настоящих и будущих рисках для здоровья родственников. [127] Следовательно, возникают важные вопросы о том, какие обязательства, если таковые имеются, существуют перед членами семьи людей, которые проходят генетическое тестирование. В западном/европейском обществе тестируемых людей обычно поощряют делиться важной информацией о любых генетических диагнозах со своими близкими родственниками, поскольку важность генетического диагноза для потомства и других близких родственников обычно является одной из причин, по которой в первую очередь требуется генетическое тестирование. [119] Тем не менее, может возникнуть серьезная этическая дилемма, когда пациенты отказываются делиться информацией о диагнозе, поставленном в отношении серьезного генетического заболевания, которое можно было бы легко предотвратить и при котором существует высокий риск для родственников, несущих ту же мутацию заболевания. При таких обстоятельствах врач может заподозрить, что родственники предпочли бы знать диагноз, и, следовательно, врач может столкнуться с конфликтом интересов в отношении конфиденциальности отношений между пациентом и врачом. [119]

Проблемы конфиденциальности также могут возникнуть, когда секвенирование всего генома используется в научных исследованиях. Исследователям часто необходимо помещать информацию о генотипах и фенотипах пациентов в публичные научные базы данных, такие как базы данных локусов. [119] Хотя в базы данных локусов отправляются только анонимные данные пациентов, пациенты все равно могут быть идентифицированы их родственниками в случае обнаружения редкого заболевания или редкой миссенс-мутации. [119] Публичное обсуждение вокруг внедрения передовых методов судебной экспертизы (таких как расширенный семейный поиск с использованием общедоступных веб-сайтов ДНК-родословной и подходов ДНК-фенотипирования) было ограниченным, разрозненным и нецеленаправленным. Поскольку судебная генетика и медицинская генетика сходятся к секвенированию генома, вопросы, связанные с генетическими данными, становятся все более связанными, и может потребоваться установление дополнительных мер правовой защиты. [128]

Публичные последовательности генома человека

Первые люди с общедоступными последовательностями генома

Первые почти полные человеческие геномы были секвенированы у двух американцев преимущественно северо-западного европейского происхождения в 2007 году ( Дж. Крейг Вентер с 7,5-кратным покрытием , [129] [130] [131] и Джеймс Уотсон с 7,4-кратным покрытием). [132] [133] [134] За этим в 2008 году последовало секвенирование анонимного китайца хань (с 36-кратным покрытием), [135] мужчины йоруба из Нигерии (с 30-кратным покрытием), [136] женщины-клинического генетика ( Марджолейн Крик ) из Нидерландов (с 7-8-кратным покрытием) и женщины, больной лейкемией в возрасте около 55 лет (с 33-кратным и 14-кратным покрытием опухолевых и нормальных тканей). [137] Стив Джобс был среди первых 20 человек, чей геном был полностью секвенирован, как сообщается, за 100 000 долларов. [138] По состоянию на июнь 2012 года в открытом доступе находилось 69 почти полных геномов человека. [139] В ноябре 2013 года испанская семья сделала свои личные геномные данные общедоступными по лицензии Creative Commons . Работу возглавил Мануэль Корпас , а данные были получены путем генетического тестирования напрямую с потребителями с помощью 23andMe и Пекинского института геномики . Считается, что это первый подобный набор данных Public Genomics для целой семьи. [140]

Базы данных

По данным журнала Science , основными базами данных полных геномов являются: [141]

Геномное покрытие

С точки зрения геномного покрытия и точности, секвенирование всего генома можно в целом разделить на следующие категории: [144]

Создание действительно высококачественной готовой последовательности по этому определению очень дорого. Таким образом, большинство результатов «полного геномного секвенирования» человека представляют собой черновые последовательности (иногда выше, а иногда ниже точности, определенной выше). [144]

Смотрите также

Секвенированные геномы

Ссылки

  1. ^ Альбертс, Брюс; Джонсон, Александр; Льюис, Джулиан; Рафф, Мартин; Робертс, Кейт; Уолтер, Питер (2008). "Глава 8". Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. стр. 550. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  2. ^ "Определение полногеномного секвенирования – Словарь терминов рака NCI". Национальный институт рака . 2012-07-20 . Получено 13 октября 2018 г.
  3. ^ Gilissen (июль 2014 г.). «Секвенирование генома выявляет основные причины тяжелой интеллектуальной инвалидности». Nature . 511 (7509): 344–7. Bibcode :2014Natur.511..344G. doi :10.1038/nature13394. hdl : 2066/138095 . PMID  24896178. S2CID  205238886.
  4. ^ Нонес, К; Уодделл, Н; Уэйт, Н; Пэтч, АМ; Бейли, П; Ньюэлл, Ф; Холмс, О; Финк, Дж. Л.; Куинн, МК; Танг, Й. Х.; Лампе, Г; Квек, К; Лоффлер, КА; Мэннинг, С; Идрисоглу, С; Миллер, Д; Сюй, К; Уодделл, Н; Уилсон, П. Дж.; Брукснер, Т. Дж.; Крайст, АН; Харливонг, И; Нурс, К; Нурбахш, Э; Андерсон, М; Казакофф, С; Леонард, К; Вуд, С; Симпсон, ПТ; Рейд, ЛЕ; Краузе, Л; Хасси, Д. Д.; Уотсон, ДИ; Лорд, Р. В.; Нанкарроу, Д; Филлипс, ВА; Готли, Д; Смитерс, Б. М.; Уайтмен, Д. К.; Хейворд, НК; Кэмпбелл, П. Дж.; Pearson, JV; Grimmond, SM; Barbour, AP (29 октября 2014 г.). «Геномные катастрофы часто возникают при аденокарциноме пищевода и приводят к опухолеобразованию». Nature Communications . 5 : 5224. Bibcode :2014NatCo...5.5224N. doi :10.1038/ncomms6224. PMC 4596003 . PMID  25351503. 
  5. ^ ван Эл, CG; Корнел, MC; Борри, П; Гастингс, Р.Дж.; Феллманн, Ф; Ходжсон, СВ; Ховард, ХК; Камбон-Томсен, А; Кнопперс, Б.М.; Мейерс-Хейбоер, Х; Шеффер, Х; Транебьерг, Л; Дондорп, В; де Верт, генеральный директор (июнь 2013 г.). «Полногеномное секвенирование в здравоохранении. Рекомендации Европейского общества генетики человека». Европейский журнал генетики человека . 21 (Приложение 1): С1–5. дои : 10.1038/ejhg.2013.46. ПМЦ 3660957 . ПМИД  23819146. 
  6. ^ Муни, Шон (сентябрь 2014 г.). «Прогресс в направлении интеграции фармакогеномики в практику». Генетика человека . 134 (5): 459–65. doi :10.1007/s00439-014-1484-7. PMC 4362928. PMID  25238897 . 
  7. ^ Журнал Kijk, 1 января 2009 г.
  8. ^ Маркс, Вивьен (11 сентября 2013 г.). «Секвенирование следующего поколения: головоломка генома». Nature . 501 (7466): 263–268. Bibcode :2013Natur.501..263M. doi : 10.1038/501261a . PMID  24025842.
  9. ^ др.], Брюс Альбертс ... [и др. (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. стр. 551. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  10. ^ Фирс, В.; Контрерас, Р.; Дюринк, Ф.; Хегеман, Г.; Изерентант, Д.; Меррегарт, Дж.; Мин Джоу, В.; Молеманс, Ф.; Раймакерс, А.; Ван ден Берге, А.; Волкарт, Г.; Изеберт, М. (8 апреля 1976 г.). «Полная нуклеотидная последовательность РНК бактериофага MS2: первичная и вторичная структура гена репликазы». Природа . 260 (5551): 500–507. Бибкод : 1976Natur.260..500F. дои : 10.1038/260500a0. PMID  1264203. S2CID  4289674.
  11. ^ Оливер, SG; ван дер Аарт, QJM; Агостони-Карбоне, ML; и др. (май 1992 г.). «Полная последовательность ДНК хромосомы III дрожжей». Nature . 357 (6373): 38–46. Bibcode :1992Natur.357...38O. doi :10.1038/357038a0. PMID  1574125. S2CID  4271784.
  12. ^ abc Fleischmann, R.; Adams, M.; White, O; Clayton, R.; Kirkness, E.; Kerlavage, A.; Bult, C.; Tomb, J.; Dougherty, B.; Merrick, J.; al., e. (28 июля 1995 г.). "Случайное секвенирование всего генома и сборка Haemophilus influenzae Rd". Science . 269 (5223): 496–512. Bibcode :1995Sci...269..496F. doi :10.1126/science.7542800. PMID  7542800.
  13. ^ Эдди, Шон Р. (ноябрь 2012 г.). «Парадокс C-значения, мусорная ДНК и ENCODE». Current Biology . 22 (21): R898–R899. Bibcode : 2012CBio...22.R898E. doi : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . PMID  23137679.
  14. ^ Pellicer, Jaume; FAY, Michael F.; Leitch, Ilia J. (15 сентября 2010 г.). «Самый большой эукариотический геном из всех?». Botanical Journal of the Linnean Society . 164 (1): 10–15. doi :10.1111/j.1095-8339.2010.01072.x.
  15. ^ Human Genome Sequencing Consortium, International (21 октября 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности человеческого генома». Nature . 431 (7011): 931–945. Bibcode :2004Natur.431..931H. doi : 10.1038/nature03001 . PMID  15496913.
  16. ^ Гоффо, А.; Баррелл, Б.Г.; Басси, Х.; Дэвис, RW; Дюжон, Б.; Фельдманн, Х.; Галиберт, Ф.; Хохайзель, JD; Жак, К.; Джонстон, М.; Луи, Э.Дж.; Мьюз, Х.В.; Мураками, Ю.; Филиппсен, П.; Теттелин, Х.; Оливер, SG (25 октября 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546–567. Бибкод : 1996Sci...274..546G. дои : 10.1126/science.274.5287.546. PMID  8849441. S2CID  16763139. Архивировано (PDF) из оригинала 7 марта 2016 г.
  17. ↑ Консорциум по секвенированию C. elegans (11 декабря 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для исследования биологии». Science . 282 (5396): 2012–2018. Bibcode :1998Sci...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  18. ^ Альбертс, Брюс (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. стр. 552. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  19. ^ Данхэм, И. (декабрь 1999 г.). «Последовательность ДНК человеческой хромосомы 22». Nature . 402 (6761): 489–495. Bibcode :1999Natur.402..489D. doi : 10.1038/990031 . PMID  10591208.
  20. ^ Адамс МД; Селникер СЭ; Холт РА; и др. (2000-03-24). "Последовательность генома Drosophila melanogaster". Science . 287 (5461): 2185–2195. Bibcode :2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . doi :10.1126/science.287.5461.2185. PMID  10731132. 
  21. ^ Инициатива по геному Arabidopsis (2000-12-14). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana». Nature . 408 (6814): 796–815. Bibcode :2000Natur.408..796T. doi : 10.1038/35048692 . PMID  11130711.
  22. ^ Venter JC; Adams MD; Myers EW; et al. (2001-02-16). «Последовательность генома человека». Science . 291 (5507): 1304–1351. Bibcode :2001Sci...291.1304V. doi :10.1126/science.1058040. PMID  11181995.
  23. ^ Waterston RH; Lindblad-Toh K; Birney E; et al. (2002-10-31). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Nature . 420 (6915): 520–562. Bibcode :2002Natur.420..520W. doi : 10.1038/nature01262 . PMID  12466850.
  24. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (2004-09-07). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Nature . 431 (7011): 931–945. Bibcode :2004Natur.431..931H. doi : 10.1038/nature03001 . PMID  15496913.
  25. ^ Браславский, Идо и др. (2003). «Информация о последовательности может быть получена из отдельных молекул ДНК». Proc Natl Acad Sci USA . 100 (7): 3960–3984. Bibcode : 2003PNAS..100.3960B. doi : 10.1073/pnas.0230489100 . PMC 153030. PMID  12651960 . 
  26. ^ Хегер, Моника (2 октября 2013 г.). «Секвенирование отдельных клеток делает успехи в клинике с раком и первыми применениями ПГД» . Новости клинического секвенирования .
  27. ^ Юркевич, ИР; Корф, БР; Леманн, Л.С. (2014). «Пренатальное секвенирование всего генома — этична ли попытка узнать будущее плода?». New England Journal of Medicine . 370 (3): 195–7. doi :10.1056/NEJMp1215536. PMID  24428465.
  28. ^ Staden R (июнь 1979). «Стратегия секвенирования ДНК с использованием компьютерных программ». Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601–10. doi :10.1093/nar/6.7.2601. PMC 327874. PMID  461197 . 
  29. ^ Эдвардс, А.; Каски, Т. (1991). «Стратегии закрытия для случайного секвенирования ДНК». Методы: дополнение к методам в энзимологии . 3 (1): 41–47. doi :10.1016/S1046-2023(05)80162-8.
  30. ^ Эдвардс А.; Восс Х.; Райс П.; Чивителло А.; Стегеманн Дж.; Швагер К.; Циммерманн Дж.; Эрфле Х.; Каски КТ.; Анзорге В. (апрель 1990 г.). «Автоматизированное секвенирование ДНК человеческого локуса HPRT». Геномика . 6 (4): 593–608. doi :10.1016/0888-7543(90)90493-E. PMID  2341149.
  31. ^ Roach JC; Boysen C; Wang K; Hood L (март 1995). «Парное конечное секвенирование: унифицированный подход к геномному картированию и секвенированию». Genomics . 26 (2): 345–53. doi :10.1016/0888-7543(95)80219-C. PMID  7601461.
  32. ^ Fleischmann RD; Adams MD; White O; Clayton RA; Kirkness EF; Kerlavage AR; Bult CJ; Tomb JF; Dougherty BA; Merrick JM; McKenney; Sutton; Fitzhugh; Fields; Gocyne; Scott; Shirley; Liu; Glodek; Kelley; Weidman; Phillips; Spriggs; Hedblom; Cotton; Utterback; Hanna; Nguyen; Saudek; et al. (Июль 1995 г.). "Случайное секвенирование всего генома и сборка Haemophilus influenzae Rd". Science . 269 (5223): 496–512. Bibcode :1995Sci...269..496F. doi :10.1126/science.7542800. PMID  7542800.
  33. ^ Адамс, MD; et al. (2000). "Последовательность генома Drosophila melanogaster". Science . 287 (5461): 2185–95. Bibcode :2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . doi :10.1126/science.287.5461.2185. PMID  10731132. 
  34. ^ ab Mukhopadhyay R (февраль 2009 г.). «ДНК-секвенаторы: следующее поколение». Anal. Chem . 81 (5): 1736–40. doi :10.1021/ac802712u. PMID  19193124.
  35. ^ Sevim, Volkan; Lee, Juna; Egan, Robert; Clum, Alicia; Hundley, Hope; Lee, Janey; Everroad, R. Craig; Detweiler, Angela M.; Bebout, Brad M.; Pett-Ridge, Jennifer; Göker, Markus; Murray, Alison E.; Lindemann, Stephen R.; Klenk, Hans-Peter; O'Malley, Ronan (2019-11-26). "Данные метагенома Shotgun определенного фиктивного сообщества с использованием технологий Oxford Nanopore, PacBio и Illumina". Scientific Data . 6 (1): 285. Bibcode : 2019NatSD...6..285S. doi : 10.1038/s41597-019-0287-z. ISSN  2052-4463. PMC 6879543. PMID  31772173 . 
  36. ^ Ван, Юньхао; Чжао, Юэ; Боллас, Одри; Ван, Юру; Ау, Кин Фай (ноябрь 2021 г.). «Технология секвенирования нанопор, биоинформатика и приложения». Nature Biotechnology . 39 (11): 1348–1365. doi :10.1038/s41587-021-01108-x. ISSN  1546-1696. PMC 8988251 . PMID  34750572. 
  37. ^ Стрикленд, Элиза (2015-10-14). "Новые генетические технологии диагностируют критически больных младенцев в течение 26 часов – IEEE Spectrum". IEEE . Архивировано из оригинала 2015-11-16 . Получено 2016-11-11 .
  38. ^ "Статья: Гонка за сокращение расходов на секвенирование всего генома. Новости генной инженерии и биотехнологии — Биотехнология от скамьи до бизнеса". Genengnews.com. Архивировано из оригинала 2006-10-17 . Получено 2009-02-23 .
  39. ^ "Стоимость секвенирования всего генома продолжает падать". Eyeondna.com. Архивировано из оригинала 2009-03-25 . Получено 2009-02-23 .
  40. ^ Хармон, Кэтрин (28.06.2010). «Секвенирование генома для всех нас». Scientific American. Архивировано из оригинала 19.03.2011 . Получено 13.08.2010 .
  41. ^ Новости технологий округа Сан-Диего/Оранж. «Sequenom разрабатывает технологию секвенирования отдельных молекул третьего поколения на основе нанопор». Freshnews.com. Архивировано из оригинала 2008-12-05 . Получено 2009-02-24 .
  42. ^ ab "Статья: Секвенирование всего генома за 24 часа. Новости генной инженерии и биотехнологии — Биотехнология от верстака до бизнеса". Genengnews.com. Архивировано из оригинала 2006-10-17 . Получено 2009-02-23 .
  43. ^ "Pacific Bio приоткрывает завесу над своими усилиями по высокоскоростному секвенированию генома". VentureBeat. 2008-02-10. Архивировано из оригинала 2009-02-20 . Получено 2009-02-23 .
  44. ^ "Bio-IT World". Bio-IT World. 2008-10-06. Архивировано из оригинала 2009-02-17 . Получено 2009-02-23 .
  45. ^ "С новой машиной Helicos приближает персональное геномное секвенирование на шаг". Xconomy. 2008-04-22. Архивировано из оригинала 2011-01-02 . Получено 2011-01-28 .
  46. ^ "Стоимость секвенирования всего генома продолжает падать: $300 млн в 2003 г., $1 млн в 2007 г., $60 000 сейчас, $5000 к концу года". Nextbigfuture.com. 2008-03-25. Архивировано из оригинала 2010-12-20 . Получено 2011-01-28 .
  47. ^ "Нанофлюидный чип Хань Цао может значительно сократить расходы на секвенирование ДНК". Обзор технологий. Архивировано из оригинала 29.03.2011.
  48. ^ Джулия Кароу (26 октября 2015 г.). «BGI запускает настольный секвенатор в Китае; планирует зарегистрировать платформу в CFDA». GenomeWeb . Получено 2 декабря 2018 г.
  49. ^ "BGI запускает новый настольный секвенатор в Китае, регистрирует более крупную версию в CFDA". 360Dx . GenomeWeb. 11 ноября 2016 г. Получено 2 декабря 2018 г.
  50. ^ Моника Хегер (26 октября 2018 г.). «BGI запускает новый секвенатор, поскольку клиенты сообщают данные с более ранних инструментов». GenomeWeb . Получено 2 декабря 2018 г.
  51. ^ Джон Кэрролл (2008-07-14). "Pacific Biosciences получает $100M за технологию секвенирования". FierceBiotech. Архивировано из оригинала 2009-05-01 . Получено 2009-02-23 .
  52. ^ Сибли, Лиза (2009-02-08). «Полная геномика приносит радикальное снижение стоимости». Silicon Valley / San Jose Business Journal . Получено 2009-02-23 .
  53. ^ Сара Невилл (5 марта 2018 г.). «Более дешевое секвенирование ДНК раскрывает секреты редких заболеваний». Financial Times . Получено 2 декабря 2018 г.
  54. ^ Карлсон, Роб (2007-01-02). "Несколько мыслей о быстром секвенировании генома и премии Архонта — синтез". Synthesis.cc. Архивировано из оригинала 2009-08-08 . Получено 2009-02-23 .
  55. ^ «Обзор ПРЕМИИ: Премия Archon X за геномику».
  56. ^ Диамандис, Питер. «Outpaced by Innovation: Canceling an XPRIZE». Huffington Post . Архивировано из оригинала 25-08-2013.
  57. ^ Олдхаус, Питер. "X Prize for genomes cancellation before it beginning". Архивировано из оригинала 21.09.2016.
  58. ^ "SOLiD System — анонсирована платформа секвенирования ДНК следующего поколения". Gizmag.com. 2007-10-27. Архивировано из оригинала 2008-07-19 . Получено 2009-02-24 .
  59. ^ "Геном за $1000: скоро?". Dddmag.com. 2010-04-01. Архивировано из оригинала 2011-04-15 . Получено 2011-01-28 .
  60. ^ "Индивидуальное секвенирование генома — Illumina, Inc". Everygenome.com. Архивировано из оригинала 2011-10-19 . Получено 2011-01-28 .
  61. ^ "Illumina запускает персональную службу секвенирования генома за $48,000: Genetic Future". Scienceblogs.com. Архивировано из оригинала 16 июня 2009 года . Получено 28.01.2011 .
  62. ^ Уэйд, Николас (2009-08-11). «Снижение стоимости расшифровки генома». The New York Times . Архивировано из оригинала 2013-05-21 . Получено 2010-05-03 .
  63. ^ "Индекс технологий". ABC News . Архивировано из оригинала 15 мая 2016 года . Получено 29 апреля 2018 года .{{cite web}}: CS1 maint: бот: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )
  64. ^ Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ и др. (2010). «Секвенирование генома человека с использованием несвязанных базовых прочтений на самоорганизующихся ДНК-наномассивах». Science . 327 (5961): 78–81. Bibcode :2010Sci...327...78D. doi : 10.1126/science.1181498 . PMID  19892942. S2CID  17309571.
  65. ^ "Illumina объявляет цену на геном в 5000 долларов – Bio-IT World". Архивировано из оригинала 2011-05-17.
  66. ^ "NHGRI выделяет более 50 млн долларов на разработку недорогой технологии секвенирования ДНК". Genome Web . 2009. Архивировано из оригинала 03.07.2011.
  67. ^ "Life Technologies представляет настольный секвенатор Ion Proton™; разработанный для расшифровки генома человека за один день за 1000 долларов" (пресс-релиз). Архивировано из оригинала 23 декабря 2012 г. Получено 30 августа 2012 г.
  68. ^ ЭНДРЮ ПОЛЛАК (2012-02-17). "Oxford Nanopore представляет крошечное устройство для секвенирования ДНК – The New York Times". The New York Times . Архивировано из оригинала 2013-01-07 . Получено 2016-11-11 .
  69. ^ "Секвенатор Illumina позволяет получить геном за 1000 долларов". Новости: Геномика и протеомика. Gen. Eng. Biotechnol. News (статья). Том 34, № 4. 15 февраля 2014 г. стр. 18.
  70. ↑ Проверьте Hayden, Erika (15 января 2014 г.). «Реален ли геном за 1000 долларов?». Nature : nature.2014.14530. doi :10.1038/nature.2014.14530. S2CID  211730238.
  71. ^ "Стоимость секвенирования человеческого генома". www.genome.gov . Архивировано из оригинала 2016-11-25.
  72. ^ «С услугой секвенирования всего генома за 999 долларов Veritas приступает к цели демократизации информации о ДНК». 6 марта 2016 г.
  73. ^ Эндрюс, Джо (01.07.2019). «Конкурент 23andMe Veritas Genetics снижает цену на секвенирование всего генома на 40% до 600 долларов». CNBC . Получено 02.09.2019 .
  74. ↑ Меган Молтени (18 мая 2017 г.). «Китайский геномный гигант нацелился на совершенный секвенатор». Wired . Получено 2 декабря 2018 г.
  75. ^ Филлипс, К. А.; Плетчер, М. Дж.; Ладабаум, У. (2015). «Действительно ли «геном за 1000 долларов» стоит 1000 долларов? Понимание всех преимуществ и затрат на геномное секвенирование». Технологии и здравоохранение . 23 (3): 373–379. doi :10.3233/THC-150900. PMC 4527943. PMID  25669213 . 
  76. ^ "Блог: Истинный размер человеческого генома | Veritas Genetics". 28 июля 2017 г.
  77. ^ "Пссст, геном человека никогда не был полностью секвенирован". statnews.com . 2017-06-20.
  78. ^ "Genomics Core". Gladstone.ucsf.edu. Архивировано из оригинала 30 июня 2010 г. Получено 2009-02-23 .
  79. ^ Nishida N; Koike A; Tajima A; Ogasawara Y; Ishibashi Y; Uehara Y; Inoue I; Tokunaga K (2008). «Оценка производительности платформы Affymetrix SNP Array 6.0 с 400 японцами». BMC Genomics . 9 (1): 431. doi : 10.1186/1471-2164-9-431 . PMC 2566316 . PMID  18803882. 
  80. ^ Петроне, Джастин (16 января 2007 г.). "Illumina, DeCode Build 1M SNP Chip; Q2 Launch to Coincide with Release of Affy's 6.0 SNP Array | BioArray News | Arrays". GenomeWeb. Архивировано из оригинала 2011-07-16 . Получено 2009-02-23 .
  81. ^ Roach JC; Glusman G; Smit AF; et al. (апрель 2010 г.). «Анализ генетического наследования в семейном квартете с помощью секвенирования всего генома». Science . 328 (5978): 636–9. Bibcode :2010Sci...328..636R. doi :10.1126/science.1186802. PMC 3037280 . PMID  20220176. 
  82. ^ Кэмпбелл CD; Чонг JX; Малиг M; и др. (ноябрь 2012 г.). «Оценка скорости мутаций у человека с использованием аутозиготности в популяции-основателе». Nat. Genet . 44 (11): 1277–81. doi :10.1038/ng.2418. PMC 3483378. PMID  23001126 . 
  83. ^ Йе К; Бикман М; Ламейер Э.В.; Чжан Ю; Моед М.Х.; ван ден Аккер Э.Б.; Дилен Дж; Хаувинг-Дуистермаат JJ; Кремер Д; Анвар С.Ю.; Ларос Дж.Ф.; Джонс Д; Рейн К; Блэкберн Б; Потлури С; Длинный Q; Гурьев В; ван дер Брегген Р.; Вестендорп РГ; 'т Хоэн, Пенсильвания; ден Даннен Дж; ван Оммен Г.Дж.; Виллемсен Г; Питтс С.Дж.; Кокс Д.Р.; Нин З; Бумсма Д.И.; Slagboom PE (декабрь 2013 г.). «Старение как ускоренное накопление соматических вариантов: полногеномное секвенирование пар монозиготных близнецов долгожителей и среднего возраста». Твин Рес Хум Генет . 16 (6): 1026–32. doi : 10.1017/thg.2013.73 . PMID  24182360.
  84. ^ Кейтли PD (февраль 2012 г.). «Скорости и последствия для приспособленности новых мутаций у людей». Генетика . 190 (2): 295–304. doi :10.1534/genetics.111.134668. PMC 3276617. PMID  22345605 . 
  85. ^ Мустйоки С., Янг Н. С. Соматические мутации при «доброкачественных» заболеваниях. N Engl J Med. 2021 27 мая;384(21):2039-2052. doi: 10.1056/NEJMra2101920. PMID: 34042390.
  86. ^ Tuna M; Amos CI (ноябрь 2013 г.). «Геномное секвенирование при раке». Cancer Lett . 340 (2): 161–70. doi :10.1016/j.canlet.2012.11.004. PMC 3622788. PMID  23178448 . 
  87. ^ Моран, Лоуренс А. (24 марта 2011 г.). «Sandwalk: Насколько велик геном человека?». sandwalk.blogspot.com . Архивировано из оригинала 1 декабря 2017 г. . Получено 29 апреля 2018 г. .
  88. ^ Ходжкинсон, Алан; Чен, Ин; Эйр-Уокер, Адам (январь 2012 г.). «Масштабное распределение соматических мутаций в геномах раковых клеток». Human Mutation . 33 (1): 136–143. doi :10.1002/humu.21616. PMID  21953857. S2CID  19353116.
  89. ^ Supek, Fran; Lehner, Ben (май 2015). «Дифференциальное исправление несоответствий ДНК лежит в основе вариации скорости мутаций в геноме человека». Nature . 521 (7550): 81–84. Bibcode :2015Natur.521...81S. doi :10.1038/nature14173. PMC 4425546 . PMID  25707793. 
  90. ^ Шустер-Бёклер, Бенджамин; Ленер, Бен (август 2012 г.). «Организация хроматина оказывает большое влияние на региональные показатели мутаций в клетках рака человека». Nature . 488 (7412): 504–507. Bibcode :2012Natur.488..504S. doi :10.1038/nature11273. PMID  22820252. S2CID  205229634.
  91. ^ Supek, Fran; Lehner, Ben (июль 2017). «Кластеризованные сигнатуры мутаций показывают, что склонная к ошибкам репарация ДНК нацеливает мутации на активные гены». Cell . 170 (3): 534–547.e23. doi : 10.1016/j.cell.2017.07.003 . hdl : 10230/35343 . PMID  28753428.
  92. ^ Яно, К; Ямамото, Э; Ая, К; Такеучи, Х; Ло, ПЦ; Ху, Л; Ямасаки, М; Ёсида, С; Китано, Х; Хирано, К; Мацуока, М (август 2016 г.). «Исследование ассоциаций по всему геному с использованием секвенирования всего генома быстро выявляет новые гены, влияющие на агрономические признаки риса». Nature Genetics . 48 (8): 927–34. doi :10.1038/ng.3596. PMID  27322545. S2CID  22427006.
  93. ^ abc Боррелл, Брендан (14 сентября 2010 г.). «Американские клиники тихо принимают секвенирование всего генома». Nature : news.2010.465. doi :10.1038/news.2010.465.
  94. ^ Эшли, EA; Бьютт, AJ; Уилер, MT; Чен, R; Кляйн, TE ; Дьюи, FE; Дадли, JT; Ормонд, KE; Павлович, A; Морган, AA; Пушкарев, D; Нефф, NF; Хадгинс, L; Гонг, L; Ходжес, LM; Берлин, DS; Торн, CF; Сангкул, K; Хеберт, JM; Вун, M; Сагрейя, H; Уэйли, R; Ноулз, JW; Чоу, MF; Такурия, JV; Розенбаум, AM; Заранек, AW; Чёрч, GM; Грили, HT; Квейк, SR; Альтман, RB (1 мая 2010 г.). «Клиническая оценка, включающая персональный геном». Lancet . 375 (9725): 1525–35. doi : 10.1016/S0140-6736(10)60452-7. PMC 2937184. PMID 20435227  . 
  95. ^ Дьюи, Фредерик Э.; Уилер, Мэтью Т.; Кордеро, Серхио; Перес, Марко В.; Павлович, Алекс; Пушкарев, Дмитрий; Фримен, Джеймс В.; Квейк, Стив Р.; Эшли, Юан А. (апрель 2011 г.). «Молекулярная аутопсия при внезапной сердечной смерти с использованием секвенирования всего генома». Журнал Американского колледжа кардиологии . 57 (14): E1159. doi :10.1016/S0735-1097(11)61159-5.
  96. ^ Дьюи, Фредерик Э.; Чен, Ронг; Кордеро, Серхио П.; Ормонд, Келли Э.; Калешу, Коллин; Карчевский, Конрад Дж.; Вирл-Каррильо, Мишель; Уиллер, Мэтью Т.; Дадли, Джоэл Т.; Бирнс, Джейк К.; Корнехо, Омар Э.; Ноулз, Джошуа В.; Вун, Марк; Сангкул, Катрин; Гонг, Ли; Торн, Кэролайн Ф.; Хеберт, Джоан М.; Каприотти, Эмидио; Дэвид, Шон П.; Павлович, Александра; Уэст, Энн; Такурия, Джозеф В.; Болл, Мадлен П.; Заранек, Александр В.; Рем, Хайди Л.; Черч, Джордж М.; Уэст, Джон С.; Бустаманте, Карлос Д.; Снайдер, Майкл; Альтман, Расс Б.; Кляйн, Тери Э.; Бьютт, Атул Дж.; Эшли, Юан А. (15 сентября 2011 г.). «Фазерный генетический риск всего генома в семейном квартете с использованием референсной последовательности основного аллеля». PLOS Genetics . 7 (9): e1002280. doi : 10.1371/journal.pgen.1002280 . PMC 3174201. PMID 21935354  . 
  97. ^ "Один на миллиард: жизнь мальчика, медицинская загадка". Jsonline.com . Архивировано из оригинала 2013-10-05 . Получено 2016-11-11 .
  98. ^ Mayer AN, Dimmock DP, Arca MJ и др. (март 2011 г.). «Своевременное появление геномной медицины». Genet. Med . 13 (3): 195–6. doi : 10.1097/GIM.0b013e3182095089 . PMID  21169843. S2CID  10802499.
  99. ^ "Введение в диагностические приложения '3Gb-тестирования' в генетике человека". Архивировано из оригинала 2014-11-10.
  100. ^ Бочча С., Макки М., Адани Р., Боффетта П., Бертон Х., Камбон-Томсен А., Корнел MC, Грей М., Яни А., Кнопперс Б.М., Хури М.Дж., Меслин Э.М., Ван Дуйн СМ, Виллари П., Циммерн Р., Чезарио А., Пуджина А., Колотто М., Риккарди В. (август 2014 г.). «Помимо геномики общественного здравоохранения: предложения международной рабочей группы». Eur J Общественное здравоохранение . 24 (6): 877–879. дои : 10.1093/eurpub/cku142. ПМК 4245010 . ПМИД  25168910. 
  101. ^ "RD-Connect News 18 июля 2014". Rd-connect.eu . Архивировано из оригинала 10 октября 2016 . Получено 2016-11-11 .
  102. ^ "Genomes2People: Дорожная карта геномной медицины". www.frontlinegenomics.com . Архивировано из оригинала 14 февраля 2017 г. . Получено 29 апреля 2018 г. .
  103. ^ "Исследование оценки и просвещения по болезни Альцгеймера (REVEAL) – Исследовательская группа HBHE Genetics". hbhegenetics.sph.umich.edu . Архивировано из оригинала 29 сентября 2017 г. . Получено 29 апреля 2018 г. .
  104. ^ «Оценка риска и просвещение при болезни Альцгеймера (REVEAL) II – Полный текстовый просмотр – ClinicalTrials.gov». clinicaltrials.gov . 22 июля 2009 г. Архивировано из оригинала 14 февраля 2017 г. Получено 29 апреля 2018 г.
  105. ^ Фарнаес, Лауге; Хилдрет, Эмбер; Суини, Натали М.; Кларк, Мишель М.; Чоудхури, Шимул; Нахас, Шариф; Какичи, Джули А.; Бенсон, Венди; Каплан, Роберт Х.; Кроник, Ричард; Бейнбридж, Мэтью Н.; Фридман, Дженнифер; Голд, Джеффри Дж.; Динг, Ян; Вирарагхаван, Нараянан; Диммок, Дэвид; Кингсмор, Стивен Ф. (декабрь 2018 г.). «Быстрое секвенирование всего генома снижает заболеваемость младенцев и стоимость госпитализации». npj Genomic Medicine . 3 (1): 10. doi :10.1038/s41525-018-0049-4. PMC 5884823 . PMID  29644095. 
  106. ^ Шварце, К.; Бьюкенен, Дж.; Тейлор, Дж.; Вордсворт, С. (май 2018 г.). «Являются ли подходы к секвенированию целого экзома и целого генома экономически эффективными? Систематический обзор литературы». Value in Health . 21 : S100. doi : 10.1016/j.jval.2018.04.677 .
  107. ^ Ли, Сынгынг; Абекасис, Гонсало Р.; Бёнке, Майкл; Лин, Сихонг (июль 2014 г.). «Анализ ассоциаций редких вариантов: дизайны исследований и статистические тесты». Американский журнал генетики человека . 95 (1): 5–23. doi :10.1016/j.ajhg.2014.06.009. PMC 4085641. PMID  24995866 . 
  108. ^ Ли, Сихао; Ли, Цзылинь; Чжоу, Хуфэн; и др. (сентябрь 2020 г.). «Динамическое включение множественных функциональных аннотаций in silico расширяет возможности анализа ассоциаций редких вариантов в масштабных исследованиях по секвенированию всего генома». Nature Genetics . 52 (9): 969–983. doi :10.1038/s41588-020-0676-4. PMC 7483769 . PMID  32839606. 
  109. ^ Ли, Зилинь; Ли, Сихао; Чжоу, Хуфэн; и др. (декабрь 2022 г.). «Структура для обнаружения некодирующих редких ассоциаций вариантов в крупномасштабных исследованиях по секвенированию всего генома». Nature Methods . 19 (12): 1599–1611. doi :10.1038/s41592-022-01640-x. PMC 10008172 . PMID  36303018. S2CID  243873361. 
  110. ^ "STAARpipeline: универсальный инструмент для редких вариантов данных секвенирования всего генома в масштабе биобанка". Nature Methods . 19 (12): 1532–1533. Декабрь 2022. doi :10.1038/s41592-022-01641-w. PMID  36316564. S2CID  253246835.
  111. ^ Ли, Сихао; Быстрее, Корбин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М.; Лю, Яову; Чен, Хан; Сельварадж, Маргарет Сунита; Сан, Райан; Дей, Рунак; Арнетт, Донна К. (январь 2023 г.). «Мощный, масштабируемый и ресурсоэффективный метаанализ ассоциаций редких вариантов в крупных исследованиях полногеномного секвенирования». Природная генетика . 55 (1): 154–164. дои : 10.1038/s41588-022-01225-6. ПМЦ 10084891 . PMID  36564505. S2CID  255084231. 
  112. ^ Herberts, Cameron; Annala, Matti; Sipola, Joonatan; Ng, Sarah WS; Chen, Xinyi E.; Nurminen, Anssi; Korhonen, Olga V.; Munzur, Aslı D.; Beja, Kevin; Schönlau, Elena; Bernales, Cecily Q.; Ritch, Elie; Bacon, Jack VW; Lack, Nathan A.; Nykter, Matti (август 2022 г.). «Глубокая полногеномная ctDNA хронология резистентного к лечению рака простаты». Nature . 608 (7921): 199–208. Bibcode :2022Natur.608..199H. doi :10.1038/s41586-022-04975-9. ISSN  1476-4687. PMID  35859180. S2CID  250730778.
  113. ^ «Исследователи из Бостона секвенируют ДНК новорожденных». wbur.org . 2013-09-05.
  114. ^ Холм, Ингрид А.; Агравал, Панкадж Б.; Джейхан-Бирсой, Озге; Кристенсен, Курт Д.; Файер, Шон; Франкель, Лесли А.; Дженетти, Кейси А.; Криер, Джоэл Б.; Ламай, Ребекка К.; Леви, Харви Л.; Макгуайр, Эми Л.; Парад, Ричард Б.; Парк, Питер Дж.; Перейра, Стейси; Рем, Хайди Л.; Шварц, Талия С.; Вайсбрен, Сьюзан Э.; Ю, Тимоти В.; Грин, Роберт К.; Беггс, Алан Х. (2018-07-09). «Проект BabySeq: внедрение геномного секвенирования у новорожденных». BMC Pediatrics . 18 (1): 225. doi : 10.1186/s12887-018-1200-1 . PMC 6038274. PMID  29986673 . 
  115. ^ Howard, Heidi Carmen; Knoppers, Bartha Maria; Cornel, Martina C.; Wright Clayton, Ellen; Sénécal, Karine; Borry, Pascal (2015-01-28). «Полногеномное секвенирование при скрининге новорожденных? Заявление о сохраняющейся важности целевых подходов в программах скрининга новорожденных». European Journal of Human Genetics . 23 (12): 1593–1600. doi :10.1038/ejhg.2014.289. ISSN  1476-5438. PMC 4795188. PMID 25626707  . 
  116. ^ Woerner, Audrey C.; Gallagher, Renata C.; Vockley, Jerry; Adhikari, Aashish N. (2021-07-19). «Использование секвенирования всего генома и экзома для скрининга новорожденных: проблемы и возможности для здоровья населения». Frontiers in Pediatrics . 9 : 663752. doi : 10.3389/fped.2021.663752 . ISSN  2296-2360. PMC 8326411. PMID 34350142  . 
  117. ^ Тарини, Бет А. (2021-08-23). ​​«Влияние BabySeq на педиатрические и геномные исследования — больше, чем детские шаги». JAMA Pediatrics . 175 (11): 1107–1108. doi :10.1001/jamapediatrics.2021.2826. PMID  34424259. S2CID  237267536.
  118. ^ The Lancet (2023-07-22). «Геномный скрининг новорожденных: текущие проблемы и вызовы». The Lancet . 402 (10398): 265. doi :10.1016/s0140-6736(23)01513-1. ISSN  0140-6736. PMID  37481265.
  119. ^ abcdefgh Sijmons, RH; Van Langen, IM (2011). «Клинический взгляд на этические вопросы генетического тестирования». Подотчетность в исследованиях: политика и обеспечение качества . 18 (3): 148–162. Bibcode : 2013ARPQ...20..143D. doi : 10.1080/08989621.2011.575033. PMID  21574071. S2CID  24935558.
  120. ^ Ayday E; De Cristofaro E; Hubaux JP; Tsudik G (2015). «Озноб и волнение от секвенирования всего генома». arXiv : 1306.1264 [cs.CR].
  121. ^ Борри, Паскаль; Эверс-Кибумс, Джерри; Корнел, Марта К.; Кларк, Ангус; Дирикс, Крис (2009). «Генетическое тестирование у несовершеннолетних с отсутствием симптомов. Основные соображения относительно рекомендаций ESHG». Европейский журнал генетики человека . 17 (6): 711–9. doi :10.1038/ejhg.2009.25. PMC 2947094. PMID  19277061 . 
  122. ^ Хендерсон, Марк (2009-02-09). «Генетическое картирование младенцев к 2019 году изменит профилактическую медицину». Лондон: Times Online. Архивировано из оригинала 2009-05-11 . Получено 2009-02-23 .
  123. ^ McCabe LL; McCabe ER (июнь 2001 г.). «Постгеномная медицина. Пресимптоматическое тестирование для прогнозирования и профилактики». Clin Perinatol . 28 (2): 425–34. doi :10.1016/S0095-5108(05)70094-4. PMID  11499063.
  124. ^ Nelson RM; Botkjin JR; Kodish ED; et al. (июнь 2001 г.). «Этические вопросы генетического тестирования в педиатрии». Pediatrics . 107 (6): 1451–5. doi :10.1542/peds.107.6.1451. PMID  11389275. S2CID  9993840.
  125. ^ Борри П.; Фрайнс Дж. П.; Шотсманс П.; Дириккс К. (февраль 2006 г.). «Тестирование на носительство у несовершеннолетних: систематический обзор руководств и аналитических докладов». Eur. J. Hum. Genet . 14 (2): 133–8. doi : 10.1038/sj.ejhg.5201509 . PMID  16267502.
  126. ^ Борри П.; Стультиенс Л.; Нис Х.; Кассиман Дж. Дж.; Дириккс К. (ноябрь 2006 г.). «Пресимптоматическое и предиктивное генетическое тестирование у несовершеннолетних: систематический обзор руководств и аналитических докладов». Clin. Genet . 70 (5): 374–81. doi :10.1111/j.1399-0004.2006.00692.x. PMID  17026616. S2CID  7066285.
  127. ^ МакГвайр, Эми, Л.; Колфилд, Тимоти (2008). «Наука и общество: этика исследований и проблема секвенирования всего генома». Nature Reviews Genetics . 9 (2): 152–156. doi :10.1038/nrg2302. PMC 2225443. PMID 18087293  . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  128. ^ Кертис, Кейтлин; Херевард, Джеймс; Мангельсдорф, Мари; Хасси, Карен; Деверо, Джон (18 декабря 2018 г.). «Защита доверия к медицинской генетике в новую эру судебной экспертизы». Генетика в медицине . 21 (7): 1483–1485. doi :10.1038/s41436-018-0396-7. PMC 6752261. PMID  30559376 . 
  129. ↑ Уэйд, Николас (4 сентября 2007 г.). «В гонке геномов сиквел носит личный характер». The New York Times . Архивировано из оригинала 11 апреля 2009 г. Получено 22 февраля 2009 г.
  130. ^ Ледфорд, Хайди (2007). «Доступ: Все о Крейге: первая «полная» последовательность генома». Nature . 449 (7158): 6–7. Bibcode : 2007Natur.449....6L. doi : 10.1038/449006a . PMID  17805257.
  131. ^ Леви С, Саттон Г, Нг ПК, Фейк Л, Халперн А.Л., Валенц Б.П., Аксельрод Н., Хуанг Дж, Киркнесс Э.Ф., Денисов Г., Лин Ю, Макдональд Дж.Р., Панг А.В., Шаго М., Стоквелл Т.Б., Циамури А., Бафна В., Бансал В., Кравиц С.А., Бусам Д.А., Бисон К.Ю., Макинтош Т.К., Ремингтон К.А., Абриль Дж.Ф., Гилл Дж., Борман Дж., Роджерс Й.Х., Фрейзер М.Е., Шерер С.В., Штраусберг Р.Л., Вентер Дж.К. (сентябрь 2007 г.). «Диплоидная последовательность генома отдельного человека». ПЛОС Биол . 5 (10): е254. doi : 10.1371/journal.pbio.0050254 . ЧВК 1964779 . PMID  17803354. 
  132. ↑ Уэйд, Уэйд (1 июня 2007 г.). «Пионер ДНК Уотсон получает собственную карту генома». International Herald Tribune. Архивировано из оригинала 27 сентября 2008 г. Получено 22 февраля 2009 г.
  133. ↑ Уэйд, Николас (31 мая 2007 г.). «Геном ДНК-пионера расшифрован». The New York Times . Архивировано из оригинала 20 июня 2011 г. Получено 21 февраля 2009 г.
  134. ^ Wheeler DA; Srinivasan M; Egholm M; Shen Y; Chen L; McGuire A; He W; Chen YJ; Makhijani V; Roth GT; Gomes X; Tartaro K; Niazi F; Turcotte CL; Irzyk GP; Lupski JR; Chinault C; Song XZ; Liu Y; Yuan Y; Nazareth L; Qin X; Muzny DM; Margulies M; Weinstock GM; Gibbs RA; Rothberg JM (2008). "Полный геном человека с помощью массивного параллельного секвенирования ДНК". Nature . 452 (7189): 872–6. Bibcode :2008Natur.452..872W. doi : 10.1038/nature06884 . PMID  18421352.
  135. ^ Ван Дж; Ван, Вэй; Ли, Жуйцян; Ли, Инжуй; Тянь, Гэн; Гудман, Лори; Фань, Вэй; Чжан, Цзюньцин; Ли, Цзюнь; Чжан, Хуанбинь, Хуанбинь; Го, Иран, Иран; Фэн, Биньсяо, Биньсяо; Ли, Хэн, Хэн; Лу, Яо, Яо; Фан, Сяодун, Сяодун; Лян, Хуэйцин, Хуэйцин; Ду, Чжэнлинь, Чжэнлинь; Ли, Донг, Донг; Чжао, Ицин, Ицин; Ху, Юджи, Юджи; Ян, Чжэньчжэнь, Чжэньчжэнь; Чжэн, Ханьчэн, Ханьчэн; Хеллманн, Инес, Инес; Иноуе, Майкл, Майкл; Пул, Джон, Джон; Йи, Синь, Синь; Чжао, Цзин, Цзин; Дуань, Джинджи, Джинджи; Чжоу, Ян, Ян; и др. (2008). «Диплоидная последовательность генома азиатского человека». Природа . 456 (7218): 60–65. Бибкод : 2008Natur.456...60W. дои : 10.1038/nature07484. ПМК 2716080 . ПМИД  18987735. 
  136. ^ Bentley DR; Balasubramanian S; et al. (2008). «Точное секвенирование всего человеческого генома с использованием обратимой терминаторной химии». Nature . 456 (7218): 53–9. Bibcode :2008Natur.456...53B. doi :10.1038/nature07517. PMC 2581791 . PMID  18987734. 
  137. ^ Ley TJ; Mardis ER; Ding L; Fulton B; McLellan MD; Chen K; Dooling D; Dunford-Shore BH; McGrath S; Hickenbotham M; Cook L; Abbott R; Larson DE; Koboldt DC; Pohl C; Smith S; Hawkins A; Abbott S; Locke D; Hillier LW; Miner T; Fulton L; Magrini V; Wylie T; Glasscock J; Conyers J; Sander N; Shi X; Osborne JR; et al. (2008). «ДНК-секвенирование цитогенетически нормального генома острого миелоидного лейкоза». Nature . 456 (7218): 66–72. Bibcode :2008Natur.456...66L. doi :10.1038/nature07485. PMC 2603574. PMID  18987736 . 
  138. ^ Лор, Стив (2011-10-20). «Новая книга подробно описывает борьбу Джобса с раком». The New York Times . Архивировано из оригинала 28-09-2017.
  139. ^ "Полные наборы данных по секвенированию генома человека в его публичном репозитории генома". Архивировано из оригинала 10 июня 2012 г.
  140. ^ Corpas M, Cariaso M, Coletta A, Weiss D, Harrison AP, Moran F, Yang H (12 ноября 2013 г.). «Полный набор данных по геномике семей, являющийся общественным достоянием». bioRxiv 10.1101/000216 . 
  141. ^ ab "200 000 полных геномов стали доступны для биомедицинских исследований благодаря усилиям Великобритании". www.science.org . Получено 11 декабря 2021 г. .
  142. ^ «Данные о секвенировании всего генома 200 000 участников UK Biobank доступны сейчас». www.ukbiobank.ac.uk . 17 ноября 2021 г. . Получено 11 декабря 2021 г. .
  143. ^ Callaway, Ewen (2023-11-30). «Самый большой в мире набор последовательностей генома человека открывается ученым». Nature . 624 (7990): 16–17. doi :10.1038/d41586-023-03763-3. PMID  38036674.
  144. ^ ab Крис А. Веттерстранд, магистр наук «Стоимость секвенирования генома человека». Национальный институт исследований генома человека .Последнее обновление: 1 ноября 2021 г.

Внешние ссылки