stringtranslate.com

Бета-лист

Трехмерная структура частей бета-слоя в зеленом флуоресцентном белке
Protein secondary structureBeta sheetAlpha helix
Изображение выше содержит кликабельные ссылки
Изображение выше содержит кликабельные ссылки
Интерактивная диаграмма водородных связей во вторичной структуре белка . Мультфильм сверху, атомы снизу с азотом синим, кислородом красным ( PDB : 1AXC​ ​)

Бета -слой ( β-слой , также β-складчатый слой ) является распространенным мотивом вторичной структуры обычного белка . Бета-слои состоят из бета-нитей ( β-нитей ), соединенных латерально по крайней мере двумя или тремя водородными связями остова , образуя в целом скрученный, складчатый слой. β-нить представляет собой участок полипептидной цепи, обычно длиной от 3 до 10 аминокислот с остовом в расширенной конформации . Супрамолекулярная ассоциация β-слоев участвует в образовании фибрилл и белковых агрегатов, наблюдаемых при амилоидозе , болезни Альцгеймера и других протеинопатиях .

История

Пример фрагмента 4-цепочечной антипараллельной β-слои из кристаллической структуры фермента каталазы ( файл PDB 1GWE с разрешением 0,88 Å). a) Вид спереди, показывающий антипараллельные водородные связи (пунктирные) между пептидными группами NH и CO на соседних цепях. Стрелки указывают направление цепи, а контуры электронной плотности очерчивают неводородные атомы. Атомы кислорода представлены красными шариками, атомы азота — синими, а атомы водорода опущены для простоты; боковые цепи показаны только до первого атома углерода боковой цепи (зеленый). b) Вид с ребра двух центральных β-цепей в a, показывающий правостороннюю закрутку и складку C α s и боковых цепей, которые попеременно выступают в противоположных направлениях от листа.

Первая структура β-слоя была предложена Уильямом Эстбери в 1930-х годах. Он предложил идею водородной связи между пептидными связями параллельных или антипараллельных протяженных β-цепей. Однако у Эстбери не было необходимых данных о геометрии связи аминокислот для построения точных моделей, тем более, что он тогда не знал, что пептидная связь является плоской. Усовершенствованная версия была предложена Лайнусом Полингом и Робертом Кори в 1951 году. Их модель включала планарность пептидной связи, которую они ранее объясняли как результат кето-енольной таутомеризации .

Структура и ориентация

Геометрия

Большинство β-нитей расположены рядом с другими нитями и образуют обширную сеть водородных связей со своими соседями, в которой группы N−H в основной цепи одной цепи устанавливают водородные связи с группами C=O в основной цепи соседних нитей. В полностью вытянутой β-ните, последовательные боковые цепи направлены прямо вверх и прямо вниз в чередующемся порядке. Соседние β-нитеи в β-слое выровнены таким образом, что их атомы C α являются смежными, а их боковые цепи направлены в одном направлении. «Складчатый» вид β-нитей возникает из-за тетраэдрической химической связи у атома C α ; например, если боковая цепь направлена ​​прямо вверх, то связи с C′ должны быть направлены немного вниз, поскольку ее угол связи составляет приблизительно 109,5°. Складчатость приводит к тому, что расстояние между Cα
я
и Сα
i + 2
быть приблизительно 6  Å (0,60  нм ), а не 7,6 Å (0,76 нм), ожидаемых от двух полностью вытянутых транс- пептидов . «Боковое» расстояние между соседними атомами C α в водородно-связанных β-цепях составляет приблизительно 5 Å (0,50 нм).

График Рамачандрана ( φψ ), состоящий примерно из 100 000 точек данных с высоким разрешением, показывающий широкую благоприятную область вокруг конформации, типичной для аминокислотных остатков β-слоя.

Однако β-тяжи редко бывают идеально вытянутыми; скорее, они демонстрируют скручивание. Энергетически предпочтительные двугранные углы вблизи ( φψ ) = (–135°, 135°) (в широком смысле, верхняя левая область графика Рамачандрана ) значительно отклоняются от полностью вытянутой конформации ( φψ ) = (–180°, 180°). [1] Скручивание часто связано с чередующимися флуктуациями двугранных углов , чтобы предотвратить расхождение отдельных β-тяжей в большем листе. Хороший пример сильно скрученной β-шпильки можно увидеть в белке BPTI .

Боковые цепи направлены наружу от складок, примерно перпендикулярно плоскости листа; последовательные аминокислотные остатки направлены наружу на чередующихся гранях листа.

Модели водородных связей

Поскольку пептидные цепи имеют направленность, придаваемую их N-концом и C-концом , β-цепи также можно назвать направленными. Обычно они представлены на схемах топологии белка стрелкой, направленной к C-концу. Соседние β-цепи могут образовывать водородные связи в антипараллельном, параллельном или смешанном расположении.

В антипараллельном расположении последовательные β-цепи чередуют направления так, что N-конец одной цепи соседствует с C-концом следующей. Это расположение, которое обеспечивает самую сильную межцепочечную стабильность, поскольку оно позволяет межцепочечным водородным связям между карбонилами и аминами быть плоскими, что является их предпочтительной ориентацией. Двугранные углы пептидного остова ( φψ ) составляют около (–140°, 135°) в антипараллельных листах. В этом случае, если два атома Cα
я
и Сα
j
соседствуют в двух водородно-связанных β-цепях, затем они образуют две взаимные водородные связи основной цепи с фланговыми пептидными группами друг друга ; это известно как тесная пара водородных связей.

При параллельном расположении все N-концы последовательных нитей ориентированы в одном направлении; эта ориентация может быть немного менее стабильной, поскольку она вносит непланарность в схему водородных связей между нитями. Двугранные углы ( φψ ) составляют около (–120°, 115°) в параллельных листах. Редко можно найти менее пяти взаимодействующих параллельных нитей в мотиве, что предполагает, что меньшее количество нитей может быть нестабильным, однако также принципиально сложнее образовывать параллельные β-слои, поскольку нити с выровненными N- и C-концами обязательно должны быть очень далеки в последовательности [ требуется ссылка ] . Также есть доказательства того, что параллельный β-слои может быть более стабильным, поскольку небольшие амилоидогенные последовательности, по-видимому, обычно агрегируют в фибриллы β-слоев, состоящие в основном из параллельных нитей β-слоев, где можно было бы ожидать антипараллельных фибрилл, если бы антипараллельные были более стабильны.

В параллельной β-слойной структуре, если два атома Cα
я
и Сα
j
соседствуют в двух водородно-связанных β-цепях, то они не образуют водородных связей друг с другом; вместо этого один остаток образует водородные связи с остатками, которые фланкируют другой (но не наоборот). Например, остаток i может образовывать водородные связи с остатками j  − 1 и j  + 1; это известно как широкая пара водородных связей. Напротив, остаток j может образовывать водородные связи с разными остатками вообще или ни с одним.

Расположение водородных связей в параллельном бета-слое напоминает таковое в мотиве амидного кольца с 11 атомами.

Наконец, отдельная нить может демонстрировать смешанный паттерн связывания, с параллельной нитью с одной стороны и антипараллельной нитью с другой. Такие расположения встречаются реже, чем можно было бы предположить при случайном распределении ориентаций, что говорит о том, что этот паттерн менее стабилен, чем антипараллельное расположение, однако биоинформатический анализ всегда испытывает трудности с извлечением структурной термодинамики, поскольку в целых белках всегда присутствуют многочисленные другие структурные особенности. Кроме того, белки по своей природе ограничены кинетикой сворачивания, а также термодинамикой сворачивания, поэтому всегда следует быть осторожным при выводе о стабильности из биоинформатического анализа.

Водородные связи β-цепей не обязательно должны быть идеальными, но могут иметь локальные нарушения, известные как β-выпуклости .

Водородные связи лежат примерно в плоскости листа, при этом карбонильные группы пептида направлены в чередующихся направлениях с последовательными остатками; для сравнения, последовательные карбонилы направлены в одном и том же направлении в альфа-спирали .

Склонности аминокислот

Крупные ароматические остатки ( тирозин , фенилаланин , триптофан ) и β-разветвленные аминокислоты ( треонин , валин , изолейцин ) предпочитают находиться в β-тяжах в середине β -слоев. Различные типы остатков (такие как пролин ) вероятно будут находиться в краевых тяжах β-слоев, предположительно, чтобы избежать ассоциации «край-к-краю» между белками, которая может привести к агрегации и образованию амилоида . [2]

Общие структурные мотивы

Мотив β -шпильки
Греческий мотив

мотив β-шпильки

Очень простой структурный мотив, включающий β-слои, — это β-шпилька , в которой две антипараллельные нити связаны короткой петлей из двух-пяти остатков, один из которых часто является глицином или пролином , оба из которых могут принимать двугранно-угловые конформации, необходимые для плотного поворота или петли β-выпуклости . Отдельные нити также могут быть связаны более сложными способами с более длинными петлями, которые могут содержать α-спирали .

Греческий ключевой мотив

Греческий ключевой мотив состоит из четырех соседних антипараллельных нитей и их соединительных петель. Он состоит из трех антипараллельных нитей, соединенных шпильками, в то время как четвертая примыкает к первой и связана с третьей более длинной петлей. Этот тип структуры легко образуется в процессе сворачивания белка . [3] [4] Он был назван в честь узора, распространенного в греческих орнаментальных произведениях искусства (см. меандр ).

мотив β-α-β

Из-за хиральности их составляющих аминокислот все нити демонстрируют правостороннюю закрутку, очевидную в большинстве структур β-слоя более высокого порядка. В частности, связующая петля между двумя параллельными нитями почти всегда имеет правостороннюю кроссоверную хиральность, которая в значительной степени поддерживается присущим ей закручиванием слоя. [5] Эта связующая петля часто содержит спиральную область, в этом случае она называется мотивом β-α-β. Близкородственный мотив, называемый мотивом β-α-β-α, образует основной компонент наиболее часто наблюдаемой третичной структуры белка , бочки TIM .

Мотив β-меандра из внешнего поверхностного белка A (OspA). [6] На изображении выше показан вариант OspA (OspA+3bh), который содержит центральный, расширенный β-меандровый β-слой с тремя дополнительными копиями (красного цвета) основной β-шпильки OspA (серого цвета), которые были продублированы и повторно вставлены в родительский β-слой OspA.
Мотив пси-петли из карбоксипептидазы А

мотив β-меандра

Простая супервторичная белковая топология, состоящая из двух или более последовательных антипараллельных β-нитей, связанных вместе шпильковыми петлями. [7] [8] Этот мотив распространен в β-слоях и может быть обнаружен в нескольких структурных архитектурах, включая β-бочки и β-пропеллеры .

Подавляющее большинство областей β-меандра в белках обнаружено упакованными против других мотивов или участков полипептидной цепи, образуя части гидрофобного ядра, которое канонически управляет образованием складчатой ​​структуры. [9]   Однако несколько заметных исключений включают варианты внешнего поверхностного белка A (OspA) [6] и однослойные белки β-листа (SLBP) [10] , которые содержат однослойные β-листы при отсутствии традиционного гидрофобного ядра. Эти богатые β белки характеризуются расширенными однослойными β-меандровыми β-листами, которые в первую очередь стабилизируются посредством межцепочечных взаимодействий и гидрофобных взаимодействий, присутствующих в областях поворота, соединяющих отдельные цепи.

Мотив пси-петли

Мотив пси-петли (Ψ-петля) состоит из двух антипараллельных нитей с одной нитью между ними, которая соединена с обеими водородными связями. [11] Существует четыре возможных топологии нитей для одиночных Ψ-петель. [12] Этот мотив встречается редко, поскольку процесс, приводящий к его образованию, вряд ли происходит во время сворачивания белка. Ψ-петля была впервые обнаружена в семействе аспарагиновых протеаз . [12]

Структурная архитектура белков с β-слоями

β-слои присутствуют в доменах all-β , α+β и α/β , а также во многих пептидах или небольших белках с плохо определенной общей архитектурой. [13] [14] Домены all-β могут образовывать β-бочки , β-сэндвичи , β-призмы, β-пропеллеры и β-спирали .

Структурная топология

Топология β-слоя описывает порядок водородно-связанных β-нитей вдоль остова. Например, флаводоксиновая складка имеет пятицепочечный параллельный β-слой с топологией 21345; таким образом , краевые нити — это β-нить 2 и β-нить 5 вдоль остова. Если выразить это явно, β-нить 2 связана водородной связью с β-нитью 1, которая связана водородной связью с β-нитью 3, которая связана водородной связью с β-нитью 4, которая связана водородной связью с β-нитью 5, другой краевой нитью. В той же системе греческий ключевой мотив, описанный выше, имеет топологию 4123. Вторичную структуру β-слоя можно грубо описать, указав количество нитей, их топологию и то, являются ли их водородные связи параллельными или антипараллельными.

β-слои могут быть открытыми , что означает, что они имеют две краевые нити (как в складке флаводоксина или складке иммуноглобулина ), или они могут быть закрытыми β-бочками (например, бочкой TIM ). β-Бочки часто описываются их шатанием или сдвигом . Некоторые открытые β-слои очень изогнуты и складываются сами на себя (как в домене SH3 ) или образуют подковообразную форму (как в ингибиторе рибонуклеазы ). Открытые β-слои могут собираться лицом к лицу (например, домен β-пропеллера или складка иммуноглобулина ) или край к краю, образуя один большой β-слои.

Динамические характеристики

β-складчатые листовые структуры состоят из удлиненных β-нитевидных полипептидных цепей, в которых нити связаны с соседними цепями водородными связями . Благодаря этой удлиненной конформации остова β-листы устойчивы к растяжению . β-листы в белках могут осуществлять низкочастотное движение, подобное гармошке, как это наблюдается с помощью спектроскопии Рамана [15] и анализируется с помощью квазиконтинуальной модели. [16]

Параллельные β-спирали

Конечный вид трехсторонней левозакрученной β-спирали ( PDB : 1QRE ​)

β -спираль образована из повторяющихся структурных единиц, состоящих из двух или трех коротких β-нитей, соединенных короткими петлями. Эти единицы «накладываются» друг на друга в спиральной форме, так что последовательные повторения одной и той же нити образуют водородные связи друг с другом в параллельной ориентации. Для получения дополнительной информации см. статью о β-спирали .

В левозакрученных β-спиралях сами нити довольно прямые и не скрученные; полученные спиральные поверхности почти плоские, образуя правильную треугольную призматическую форму, как показано для архейной карбоангидразы 1QRE справа. Другими примерами являются фермент синтеза липида А LpxA и антифризные белки насекомых с регулярным массивом боковых цепей Thr на одной стороне, которые имитируют структуру льда. [17]

Конечный вид трехсторонней, правозакрученной β-спирали ( PDB : 2PEC ​)

Правосторонние β-спирали, типичным примером которых является фермент пектатлиаза , показанный слева, или белок хвостового шипа фага P22 , имеют менее регулярное поперечное сечение, более длинное и с отступом на одной из сторон; из трех линкерных петель одна последовательно имеет длину всего два остатка, а другие являются вариабельными, часто усложняясь для формирования связывающего или активного центра. [18]
Двусторонняя β-спираль (правосторонняя) обнаружена в некоторых бактериальных металлопротеазах ; ее две петли имеют длину шесть остатков каждая и связывают стабилизирующие ионы кальция для поддержания целостности структуры, используя остов и кислороды боковой цепи Asp мотива последовательности GGXGXD. [19] Эта складка называется β-рулоном в классификации SCOP.

В патологии

Некоторые белки, которые неупорядочены или спиральны как мономеры, такие как амилоид β (см. амилоидная бляшка ), могут образовывать олигомерные структуры, богатые β-слоями, связанные с патологическими состояниями. Олигомерная форма белка амилоида β считается причиной болезни Альцгеймера . Его структура еще не определена полностью, но последние данные показывают, что она может напоминать необычную двухцепочечную β-спираль. [20]

Боковые цепи аминокислотных остатков, обнаруженные в структуре β-слоя, также могут быть расположены таким образом, что многие из соседних боковых цепей на одной стороне слоя являются гидрофобными, в то время как многие из тех, что соседствуют друг с другом на другой стороне слоя, являются полярными или заряженными (гидрофильными) [21] , что может быть полезно, если слой должен образовывать границу между полярной/водянистой и неполярной/жирной средами.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Voet D, Voet JG (2004). Биохимия (3-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: Уайли. стр. 227–231. ISBN 0-471-19350-X.
  2. ^ Richardson JS, Richardson DC (март 2002 г.). «Естественные белки бета-листа используют отрицательный дизайн, чтобы избежать агрегации от края к краю». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (5): 2754–9. Bibcode : 2002PNAS...99.2754R. doi : 10.1073/pnas.052706099 . PMC 122420. PMID  11880627 . 
  3. ^ Третичная структура белка и складки: раздел 4.3.2.1. Из принципов структуры белка, сравнительного моделирования белков и визуализации
  4. ^ Hutchinson EG, Thornton JM (апрель 1993 г.). «Греческий ключевой мотив: извлечение, классификация и анализ». Protein Engineering . 6 (3): 233–45. doi :10.1093/protein/6.3.233. PMID  8506258.
  5. ^ См. разделы II B и III C, D в Richardson JS (1981). "Анатомия и таксономия белковых структур". Анатомия и таксономия белковых структур . Т. 34. С. 167–339. doi :10.1016/s0065-3233(08)60520-3. ISBN 0-12-034234-0. PMID  7020376. {{cite book}}: |journal=проигнорировано ( помощь )
  6. ^ ab Makabe K, McElheny D, Tereshko V, Hilyard A, Gawlak G, Yan S, et al. (Ноябрь 2006 г.). "Атомные структуры имитаторов самосборки пептидов". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (47): 17753–8. Bibcode : 2006PNAS..10317753M. doi : 10.1073/pnas.0606690103 . PMC 1693819. PMID  17093048 . 
  7. ^ "SCOP: Fold: WW domain-like". Архивировано из оригинала 2012-02-04 . Получено 2007-06-01 .
  8. ^ "PPS '96 – Super Secondary Structure". Архивировано из оригинала 2016-12-28 . Получено 2007-05-31 .
  9. ^ Biancalana M, Makabe K, Koide S (февраль 2010 г.). «Минималистский дизайн водорастворимой кросс-бета-архитектуры». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (8): 3469–74. Bibcode : 2010PNAS..107.3469B. doi : 10.1073/pnas.0912654107 . PMC 2840449. PMID  20133689 . 
  10. ^ Xu, Qingping; Biancalana, Matthew; Grant, Joanna C.; Chiu, Hsiu-Ju; Jaroszewski, Lukasz; Knuth, Mark W.; Lesley, Scott A.; Godzik, Adam; Elsliger, Marc-André; Deacon, Ashley M.; Wilson, Ian A. (сентябрь 2019 г.). «Структуры однослойных β-листовых белков, произошедшие от β-шпилечных повторов». Protein Science . 28 (9): 1676–1689. doi :10.1002/pro.3683. ISSN  1469-896X. PMC 6699103 . PMID  31306512. 
  11. ^ Hutchinson EG, Thornton JM (февраль 1996 г.). "PROMOTIF — программа для идентификации и анализа структурных мотивов в белках". Protein Science . 5 (2): 212–20. doi :10.1002/pro.5560050204. PMC 2143354 . PMID  8745398. 
  12. ^ ab Hutchinson EG, Thornton JM (1990). "HERA — программа для рисования схематических диаграмм вторичных структур белков". Proteins . 8 (3): 203–12. doi :10.1002/prot.340080303. PMID  2281084. S2CID  28921557.
  13. ^ Hubbard TJ, Murzin AG, Brenner SE, Chothia C (январь 1997 г.). "SCOP: структурная классификация базы данных белков". Nucleic Acids Research . 25 (1): 236–9. doi :10.1093/nar/25.1.236. PMC 146380. PMID  9016544 . 
  14. ^ Fox NK, Brenner SE, Chandonia JM (январь 2014 г.). "SCOPe: Структурная классификация белков — расширенная, интегрирующая данные SCOP и ASTRAL и классификация новых структур". Nucleic Acids Research . 42 (выпуск базы данных): D304-9. doi :10.1093/nar/gkt1240. PMC 3965108. PMID  24304899. 
  15. ^ Painter PC, Mosher LE, Rhoads C (июль 1982). «Низкочастотные моды в спектрах Рамана белков». Биополимеры . 21 (7): 1469–72. doi :10.1002/bip.360210715. PMID  7115900.
  16. ^ Chou KC (август 1985). «Низкочастотные движения в молекулах белка. Бета-слой и бета-бочка». Biophysical Journal . 48 (2): 289–97. Bibcode :1985BpJ....48..289C. doi :10.1016/S0006-3495(85)83782-6. PMC 1329320 . PMID  4052563. 
  17. ^ Liou YC, Tocilj A, Davies PL, Jia Z (июль 2000 г.). «Мимикрия структуры льда поверхностными гидроксилами и водой антифризного белка бета-спирали». Nature . 406 (6793): 322–4. Bibcode :2000Natur.406..322L. doi :10.1038/35018604. PMID  10917536. S2CID  4385352.
  18. ^ Branden C, Tooze J (1999). Введение в структуру белка . Нью-Йорк: Garland. С. 20–32. ISBN 0-8153-2305-0.
  19. ^ Baumann U, Wu S, Flaherty KM, McKay DB (сентябрь 1993 г.). «Трехмерная структура щелочной протеазы Pseudomonas aeruginosa: двухдоменный белок с параллельным бета-ролльным мотивом, связывающим кальций». The EMBO Journal . 12 (9): 3357–64. doi :10.1002/j.1460-2075.1993.tb06009.x. PMC 413609. PMID 8253063  . 
  20. ^ Nelson R, Sawaya MR, Balbirnie M, Madsen AØ, Riekel C, Grothe R, Eisenberg D (июнь 2005 г.). «Структура кросс-бета-пина амилоид-подобных фибрилл». Nature . 435 (7043): 773–8. Bibcode :2005Natur.435..773N. doi :10.1038/nature03680. PMC 1479801 . PMID  15944695. 
  21. ^ Zhang S, Holmes T, Lockshin C, Rich A (апрель 1993 г.). «Спонтанная сборка самокомплементарного олигопептида для формирования стабильной макроскопической мембраны». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 90 (8): 3334–8. Bibcode : 1993PNAS ... 90.3334Z. doi : 10.1073/pnas.90.8.3334 . PMC 46294. PMID  7682699. 

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки