Полимераза может быть зависимой от матрицы или независимой от матрицы. Поли-А-полимераза является примером независимой от матрицы полимеразы. Терминальная дезоксинуклеотидилтрансфераза, как известно, также обладает активностью, независимой от матрицы и зависимой от матрицы.
Полимеразы обычно делятся на два суперсемейства: «правую» складку ( InterPro : IPR043502 ) и «двойную пси- бета-створку » (часто просто «двойную бочку»). Первый наблюдается почти во всех ДНК-полимеразах и почти во всех вирусных односубъединичных полимеразах; они отмечены консервативным доменом «пальма». [2] Последний наблюдается во всех мультисубъединичных РНК-полимеразах, в cRdRP и в ДНК-полимеразах «семейства D», обнаруженных у архей. [3] [4] Семейство «X», представленное ДНК-полимеразой бета, имеет лишь расплывчатую форму «ладошки» и иногда считается другим суперсемейством ( InterPro : IPR043519 ). [5]
Примазы обычно не попадают ни в одну из категорий. Бактериальные примазы обычно имеют домен Toprim и связаны с топоизомеразами и митохондриальной геликазой Twinkle . [6] Археи и эукариотические примазы образуют неродственное семейство AEP, возможно, родственное полимеразной пальме. Тем не менее оба семейства ассоциированы с одним и тем же набором геликаз. [7]
Правая структура бактериофага RB69, семейства B DdRP.
^ Лок Дж., Розарио С., Деларю М. (сентябрь 2016 г.). «Структурная основа новой шаблонной активности терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы: последствия для рекомбинации V (D) J». Состав . 24 (9): 1452–63. дои : 10.1016/j.str.2016.06.014 . ПМИД 27499438.
^ Крамер П. (февраль 2002 г.). «Мультисубъединичные РНК-полимеразы». Современное мнение в области структурной биологии . 12 (1): 89–97. дои : 10.1016/S0959-440X(02)00294-4. ПМИД 11839495.
^ Соге Л (сентябрь 2019 г.). «Расширенное суперсемейство полимераз с двумя стволами: структура, функции и эволюция». Журнал молекулярной биологии . 431 (20): 4167–4183. дои : 10.1016/j.jmb.2019.05.017 . ПМИД 31103775.
^ Сальгадо П.С., Койвунен М.Р., Макеев Е.В., Бэмфорд Д.Х., Стюарт Д.И., Граймс Дж.М. (декабрь 2006 г.). «Структура РНКи-полимеразы связывает молчание РНК и транскрипцию». PLoS Биология . 4 (12): е434. doi : 10.1371/journal.pbio.0040434 . ПМК 1750930 . ПМИД 17147473.
^ Аравинд Л., Лейпе Д.Д., Кунин Е.В. (сентябрь 1998 г.). «Топрим - консервативный каталитический домен в топоизомеразах типа IA и II, примазах типа DnaG, нуклеазах семейства OLD и белках RecR». Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4205–13. дои : 10.1093/нар/26.18.4205. ПМЦ 147817 . ПМИД 9722641.
^ Айер Л.М., Кунин Е.В., Лейпе Д.Д., Аравинд Л. (2005). «Происхождение и эволюция суперсемейства архео-эукариотических примаз и родственных белков пальмового домена: структурные данные и новые члены». Исследования нуклеиновых кислот . 33 (12): 3875–96. дои : 10.1093/nar/gki702. ПМК 1176014 . ПМИД 16027112.