stringtranslate.com

Полимераза

Структура ДНК-полимеразы Taq

В биохимии полимераза — фермент ( EC 2.7.7.6/7/19/48/49) , синтезирующий длинные цепи полимеров или нуклеиновых кислот . ДНК-полимераза и РНК-полимераза используются для сборки молекул ДНК и РНК , соответственно, путем копирования цепи матрицы ДНК с использованием взаимодействий спаривания оснований или РНК путем репликации половинной лестницы.

ДНК-полимераза термофильной бактерии Thermus aquaticus ( Taq ) ( PDB 1BGX, EC 2.7.7.7) используется в полимеразной цепной реакции , важном методе молекулярной биологии .

Полимераза может быть зависимой от матрицы или независимой от матрицы. Поли-А-полимераза является примером независимой от матрицы полимеразы. Терминальная дезоксинуклеотидилтрансфераза, как известно, также обладает активностью, независимой от матрицы и зависимой от матрицы.

Типы

По функции

По структуре

Полимеразы обычно делятся на два суперсемейства: «правую» складку ( InterPro :  IPR043502 ) и «двойную пси- бета-створку » (часто просто «двойную бочку»). Первый наблюдается почти во всех ДНК-полимеразах и почти во всех вирусных односубъединичных полимеразах; они отмечены консервативным доменом «пальма». [2] Последний наблюдается во всех мультисубъединичных РНК-полимеразах, в cRdRP и в ДНК-полимеразах «семейства D», обнаруженных у архей. [3] [4] Семейство «X», представленное ДНК-полимеразой бета, имеет лишь расплывчатую форму «ладошки» и иногда считается другим суперсемейством ( InterPro :  IPR043519 ). [5]

Примазы обычно не попадают ни в одну из категорий. Бактериальные примазы обычно имеют домен Toprim и связаны с топоизомеразами и митохондриальной геликазой Twinkle . [6] Археи и эукариотические примазы образуют неродственное семейство AEP, возможно, родственное полимеразной пальме. Тем не менее оба семейства ассоциированы с одним и тем же набором геликаз. [7]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Лок Дж., Розарио С., Деларю М. (сентябрь 2016 г.). «Структурная основа новой шаблонной активности терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы: последствия для рекомбинации V (D) J». Состав . 24 (9): 1452–63. дои : 10.1016/j.str.2016.06.014 . ПМИД  27499438.
  2. ^ Хансен Дж.Л., Лонг AM, Шульц SC (август 1997 г.). «Структура РНК-зависимой РНК-полимеразы полиовируса». Состав . 5 (8): 1109–22. дои : 10.1016/S0969-2126(97)00261-X . ПМИД  9309225.
  3. ^ Крамер П. (февраль 2002 г.). «Мультисубъединичные РНК-полимеразы». Современное мнение в области структурной биологии . 12 (1): 89–97. дои : 10.1016/S0959-440X(02)00294-4. ПМИД  11839495.
  4. ^ Соге Л (сентябрь 2019 г.). «Расширенное суперсемейство полимераз с двумя стволами: структура, функции и эволюция». Журнал молекулярной биологии . 431 (20): 4167–4183. дои : 10.1016/j.jmb.2019.05.017 . ПМИД  31103775.
  5. ^ Сальгадо П.С., Койвунен М.Р., Макеев Е.В., Бэмфорд Д.Х., Стюарт Д.И., Граймс Дж.М. (декабрь 2006 г.). «Структура РНКи-полимеразы связывает молчание РНК и транскрипцию». PLoS Биология . 4 (12): е434. doi : 10.1371/journal.pbio.0040434 . ПМК 1750930 . ПМИД  17147473. 
  6. ^ Аравинд Л., Лейпе Д.Д., Кунин Е.В. (сентябрь 1998 г.). «Топрим - консервативный каталитический домен в топоизомеразах типа IA и II, примазах типа DnaG, нуклеазах семейства OLD и белках RecR». Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4205–13. дои : 10.1093/нар/26.18.4205. ПМЦ 147817 . ПМИД  9722641. 
  7. ^ Айер Л.М., Кунин Е.В., Лейпе Д.Д., Аравинд Л. (2005). «Происхождение и эволюция суперсемейства архео-эукариотических примаз и родственных белков пальмового домена: структурные данные и новые члены». Исследования нуклеиновых кислот . 33 (12): 3875–96. дои : 10.1093/nar/gki702. ПМК 1176014 . ПМИД  16027112. 

Внешние ссылки