stringtranslate.com

Полногеномное секвенирование

Электрофореграммы обычно используются для секвенирования частей генома. [1]
Схематическая кариограмма человека, показывающая обзор человеческого генома с 22 гомологичными хромосомами , женской (XX) и мужской (XY) версиями половой хромосомы (внизу справа), а также митохондриального генома (в масштабе). Нижний левый)

Полногеномное секвенирование ( WGS ), также известное как полное секвенирование генома , полное секвенирование генома или полногеномное секвенирование , представляет собой процесс определения всей или почти всей последовательности ДНК генома организма за один раз. [2] Это влечет за собой секвенирование всей хромосомной ДНК организма , а также ДНК, содержащейся в митохондриях и, в случае растений, в хлоропластах .

Полногеномное секвенирование в основном использовалось в качестве исследовательского инструмента, но было внедрено в клиниках в 2014 году. [3] [4] [5] В будущем персонализированной медицины данные полногеномной последовательности могут стать важным инструментом для определения терапевтического вмешательства. . [6] Инструмент секвенирования генов на уровне SNP также используется для выявления функциональных вариантов на основе ассоциативных исследований и улучшения знаний, доступных исследователям, интересующимся эволюционной биологией , и, следовательно, может заложить основу для прогнозирования восприимчивости к болезням и реакции на лекарства.

Полногеномное секвенирование не следует путать с профилированием ДНК , которое лишь определяет вероятность того, что генетический материал произошел от конкретного человека или группы, и не содержит дополнительной информации о генетических отношениях, происхождении или восприимчивости к конкретным заболеваниям. [7] Кроме того, не следует путать полногеномное секвенирование с методами секвенирования определенных подмножеств генома – такие методы включают полноэкзомное секвенирование (1–2% генома) или генотипирование SNP (<0,1% генома).

История

Первым бактериальным полным геномом, который был секвенирован, была бактерия Haemophilus influenzae .
Червь Caenorhabditis elegans был первым животным, у которого секвенировали весь геном.
Весь геном Drosophila melanogaster был секвенирован в 2000 году.
Arabidopsis thaliana был первым секвенированным геномом растения.
Геном лабораторной мыши Mus musculus был опубликован в 2002 году.
Потребовалось 10 лет и 50 ученых со всего мира, чтобы секвенировать геном Elaeis guineensis ( масличной пальмы ). Этот геном было особенно сложно секвенировать, поскольку в нем было много повторяющихся последовательностей , которые трудно систематизировать. [8]

Методы секвенирования ДНК, использовавшиеся в 1970-х и 1980-х годах, были ручными; например, секвенирование Максама-Гилберта и секвенирование Сэнгера . С помощью этих методов было секвенировано несколько целых геномов бактериофагов и вирусов животных, но переход к более быстрым, автоматизированным методам секвенирования в 1990-х годах облегчил секвенирование более крупных бактериальных и эукариотических геномов. [9]

Первым вирусом, полный геном которого был секвенирован в 1976 году, был бактериофаг MS2. [10] В 1992 году дрожжевая хромосома III стала первой хромосомой любого организма, которая была полностью секвенирована. [11] Первым организмом, весь геном которого был полностью секвенирован, был Haemophilus influenzae в 1995 году. [12] После этого впервые были секвенированы геномы других бактерий и некоторых архей , во многом из-за их небольшого размера генома. Геном H. influenzae состоит из 1 830 140 пар оснований ДНК. [12] Напротив, эукариоты , как одноклеточные , так и многоклеточные , такие как Amoeba dubia и человек ( Homo sapiens ) соответственно, имеют гораздо большие геномы (см. Парадокс C-значения ). [13] Геном Amoeba dubia состоит из 700 миллиардов пар нуклеотидов , разбросанных по тысячам хромосом . [14] Люди содержат меньше пар нуклеотидов (около 3,2 миллиарда в каждой зародышевой клетке – обратите внимание, точный размер человеческого генома все еще пересматривается), чем A. dubia, однако размер их генома намного превышает размер генома отдельных бактерий. [15]

Первые бактериальные и архейные геномы, в том числе геномы H. influenzae , были секвенированы методом дробовика . [12] В 1996 году был секвенирован первый геном эукариот ( Saccharomyces cerevisiae ). S. cerevisiae , модельный организм в биологии, имеет геном всего около 12 миллионов пар нуклеотидов [16] и был первым одноклеточным эукариотом, весь геном которого секвенирован. Первым многоклеточным эукариотом и животным , у которого был секвенирован весь геном, был червь -нематода : Caenorhabditis elegans в 1998 году . такие как бактериальные искусственные хромосомы (BAC) и дрожжевые искусственные хромосомы (YAC). [18]

В 1999 году была опубликована полная последовательность ДНК 22-й хромосомы человека , второй самой короткой аутосомы человека. [19] К 2000 году был секвенирован второй геном животного и второго беспозвоночного (но первого насекомого ) – геном плодовой мухи Drosophila melanogaster – популярный выбор модельного организма в экспериментальных исследованиях. [20] Первый геном растения – модельного организма Arabidopsis thaliana – также был полностью секвенирован к 2000 году. [21] К 2001 году был опубликован проект всей последовательности человеческого генома. [22] Геном лабораторной мыши Mus musculus был завершен в 2002 году. [23]

В 2004 году проект «Геном человека» опубликовал неполную версию генома человека. [24] В 2008 году группа из Лейдена, Нидерланды, сообщила о секвенировании первого женского человеческого генома ( Марджолейн Крик ).

В настоящее время полностью или частично секвенированы тысячи геномов .

Детали эксперимента

Клетки, используемые для секвенирования

Практически любой биологический образец, содержащий полную копию ДНК — даже очень небольшое количество ДНК или древней ДНК — может предоставить генетический материал, необходимый для полного секвенирования генома. Такие образцы могут включать слюну , эпителиальные клетки , костный мозг , волосы (если волосы содержат волосяной фолликул ), семена , листья растений или что-либо еще, что имеет ДНК-содержащие клетки.

Последовательность генома одной клетки, выбранной из смешанной популяции клеток, может быть определена с использованием методов секвенирования генома одной клетки . Это имеет важные преимущества в экологической микробиологии в тех случаях, когда одну клетку определенного вида микроорганизмов можно выделить из смешанной популяции с помощью микроскопии на основе ее морфологических или других отличительных характеристик. В таких случаях обычно необходимые этапы выделения и выращивания организма в культуре могут быть опущены, что позволяет секвенировать гораздо более широкий спектр геномов организмов. [25]

Секвенирование генома отдельных клеток тестируется как метод преимплантационной генетической диагностики , при котором клетка эмбриона, созданного в результате экстракорпорального оплодотворения, берется и анализируется перед переносом эмбриона в матку. [26] После имплантации бесклеточная ДНК плода может быть взята у матери путем простой венепункции и использована для полногеномного секвенирования плода. [27]

Ранние методы

Генетический анализатор ABI PRISM 3100. Такие капиллярные секвенаторы автоматизировали первые попытки секвенирования геномов.

Секвенирование почти всего генома человека было впервые осуществлено в 2000 году, частично с использованием технологии дробового секвенирования . Хотя полногеномное секвенирование с помощью дробовика для небольших (4000–7000 пар оснований ) геномов уже использовалось в 1979 году, [28] более широкое применение выиграло от парного секвенирования концов, известного в просторечии как секвенирование с использованием двуствольного дробовика . Когда проекты секвенирования начали охватывать более длинные и сложные геномы, многие группы начали понимать, что полезная информация может быть получена путем секвенирования обоих концов фрагмента ДНК. Хотя секвенирование обоих концов одного и того же фрагмента и отслеживание парных данных было более громоздким, чем секвенирование одного конца двух отдельных фрагментов, знание того, что две последовательности ориентированы в противоположных направлениях и имеют длину примерно на один фрагмент, отделенный от каждого другой был ценен для восстановления последовательности исходного целевого фрагмента.

Первое опубликованное описание использования парных концов было в 1990 году как часть секвенирования локуса HPRT человека [29] , хотя использование парных концов ограничивалось закрытием пробелов после применения традиционного подхода дробового секвенирования. Первое теоретическое описание стратегии чистого попарного секвенирования концов, предполагающей фрагменты постоянной длины, было сделано в 1991 году . Стратегия секвенирования будет возможна на крупных объектах. Впоследствии эта стратегия была принята Институтом геномных исследований (TIGR) для секвенирования всего генома бактерии Haemophilus influenzae в 1995 году [32] , а затем компанией Celera Genomics для секвенирования всего генома плодовой мухи в 2000 году [33] и впоследствии весь геном человека. Компания Applied Biosystems , теперь называемая Life Technologies , производила автоматические капиллярные секвенаторы, используемые как Celera Genomics, так и The Human Genome Project.

Современные методы

Хотя капиллярное секвенирование было первым подходом, позволившим успешно секвенировать почти полный геном человека, оно по-прежнему слишком дорого и занимает слишком много времени для коммерческих целей. С 2005 года капиллярное секвенирование постепенно вытесняется высокопроизводительными технологиями секвенирования (ранее называвшимися «следующего поколения»), такими как секвенирование красителем Illumina , пиросеквенирование и секвенирование SMRT . [34] Все эти технологии по-прежнему используют базовую стратегию дробовика, а именно, распараллеливание и генерацию шаблонов посредством фрагментации генома.

Появились и другие технологии, в том числе технология Nanopore . Хотя точность секвенирования технологии Nanopore ниже, чем у вышеописанных, длина ее считывания в среднем намного больше. [35] Это поколение длинных чтений особенно ценно в приложениях секвенирования всего генома de novo . [36]

Анализ

В принципе, полногеномное секвенирование может предоставить необработанную нуклеотидную последовательность ДНК отдельного организма в один момент времени. Однако необходимо провести дальнейший анализ, чтобы определить биологическое или медицинское значение этой последовательности, например, как эти знания можно использовать для предотвращения заболеваний. Методы анализа данных секвенирования разрабатываются и совершенствуются.

Поскольку секвенирование генерирует много данных (например, в каждом диплоидном геноме человека содержится около шести миллиардов пар оснований ), его результаты хранятся в электронном виде и требуют большого количества вычислительной мощности и емкости хранилища.

Хотя анализ данных WGS может быть медленным, этот этап можно ускорить, используя специальное оборудование. [37]

Коммерциализация

Общая стоимость секвенирования всего генома человека, рассчитанная NHGRI

Ряд государственных и частных компаний конкурируют за разработку платформы для полногеномного секвенирования, которая была бы коммерчески эффективна как для исследований, так и для клинического использования, [38] включая Illumina, [39] Knome , [40] Sequenom , [41] 454 Life Sciences , [42] Pacific Biosciences, [43] Complete Genomics , [44] Helicos Biosciences , [45] GE Global Research ( General Electric ), Affymetrix , IBM , Intelligent Bio-Systems, [46] Life Technologies, Oxford Nanopore Technologies, [47] ] и Пекинский институт геномики . [48] ​​[49] [50] Эти компании в значительной степени финансируются и поддерживаются венчурными капиталистами , хедж-фондами и инвестиционными банками . [51] [52]

Обычно упоминаемая коммерческая цель стоимости секвенирования до конца 2010-х годов составляла 1000 долларов  США, однако частные компании работают над достижением новой цели в размере всего лишь 100 долларов США. [53]

Стимул

В октябре 2006 года Фонд X Prize , работающий в сотрудничестве с Научным фондом Дж. Крейга Вентера, учредил премию Archon X Prize в области геномики, [54] намереваясь присудить 10 миллионов долларов «первой команде, которая сможет создать устройство и использовать его». секвенировать 100 геномов человека в течение 10 дней или менее с точностью не более одной ошибки на каждые 1 000 000 секвенированных оснований, при этом последовательности точно охватывают не менее 98% генома, и с периодическими затратами не более 1 000 долларов США за геном ". [55] Премия Archon X в области геномики была отменена в 2013 году, до официальной даты ее начала. [56] [57]

История

В 2007 году компания Applied Biosystems начала продавать секвенатор нового типа под названием SOLiD System. [58] Эта технология позволяла пользователям секвенировать 60 гигабаз за один проход. [59]

В июне 2009 года компания Illumina объявила, что запускает собственную службу персонального полного секвенирования генома на глубине 30× по цене 48 000 долларов за геном. [60] [61] В августе основатель Helicos Biosciences Стивен Квейк заявил, что с помощью одномолекулярного секвенатора компании он секвенировал свой полный геном менее чем за 50 000 долларов. [62] В ноябре компания Complete Genomics опубликовала в журнале Science рецензируемую статью, демонстрирующую ее способность секвенировать полный геном человека за 1700 долларов. [63] [64]

В мае 2011 года компания Illumina снизила стоимость услуги полного секвенирования генома до 5000 долларов за геном человека или до 4000 долларов при заказе 50 и более штук. [65] Helicos Biosciences, Pacific Biosciences, Complete Genomics, Illumina, Sequenom, ION Torrent Systems, Halcyon Molecular, NABsys, IBM и GE Global, судя по всему, идут лицом к лицу в гонке за коммерциализацию полного секвенирования генома. [34] [66]

Поскольку затраты на секвенирование снижались, ряд компаний начали заявлять, что их оборудование скоро достигнет генома стоимостью 1000 долларов: в число этих компаний входили Life Technologies в январе 2012 года, [67] Oxford Nanopore Technologies в феврале 2012 года, [68] и Illumina в феврале 2014 года. [ 69] [70] В 2015 году NHGRI оценил стоимость получения полногеномной последовательности примерно в 1500 долларов. [71] В 2016 году Veritas Genetics начала продавать секвенирование всего генома, включая отчет о некоторой информации о секвенировании, за 999 долларов. [72] Летом 2019 года Veritas Genetics снизила стоимость WGS до 599 долларов. [73] В 2017 году BGI начала предлагать WGS за 600 долларов. [74]

Однако в 2015 году некоторые отметили, что эффективное использование секвенирования всего гена может стоить значительно больше, чем 1000 долларов. [75] Кроме того, по сообщениям, остаются части человеческого генома, которые не были полностью секвенированы к 2017 году. [76] [77]

Сравнение с другими технологиями

ДНК-микрочипы

Полногеномное секвенирование предоставляет информацию о геноме, которая на несколько порядков больше, чем с помощью массивов ДНК , предыдущего лидера в технологии генотипирования.

Для людей массивы ДНК в настоящее время предоставляют генотипическую информацию о до одном миллионе генетических вариантов, [78] [79] [80], в то время как полное секвенирование генома предоставит информацию обо всех шести миллиардах оснований в геноме человека, или в 3000 раз больше данных. По этой причине полное секвенирование генома считается революционной инновацией на рынках массивов ДНК, поскольку точность обоих методов варьируется от 99,98% до 99,999% (в неповторяющихся участках ДНК), а стоимость расходных материалов в размере 5000 долларов США за 6 миллиардов пар оснований является конкурентоспособной. (для некоторых приложений) с массивами ДНК (500 долларов США за 1 миллион пар оснований). [42]

Приложения

Частоты мутаций

Полногеномное секвенирование установило частоту мутаций во всех геномах человека. Частота мутаций во всем геноме между поколениями человека (от родителей к детям) составляет около 70 новых мутаций на поколение. [81] [82] Еще более низкий уровень вариаций был обнаружен при сравнении полногеномного секвенирования в клетках крови пары монозиготных (идентичных близнецов) 100-летних долгожителей. [83] Было обнаружено только 8 соматических различий, хотя соматические вариации, встречающиеся менее чем в 20% клеток крови, остались незамеченными.

По оценкам, в областях генома человека, кодирующих специфические белки, существует около 0,35 мутаций, которые могут изменить последовательность белка между поколениями родителей и детей (менее одного мутировавшего белка на поколение). [84]

При раке частота мутаций намного выше из-за нестабильности генома . Эта частота может дополнительно зависеть от возраста пациента, воздействия агентов, повреждающих ДНК (таких как УФ-облучение или компоненты табачного дыма), а также активности/неактивности механизмов репарации ДНК. [ нужна ссылка ] Кроме того, частота мутаций может варьироваться в зависимости от типа рака: в зародышевых клетках частота мутаций составляет примерно 0,023 мутации на мегабазу, но это число намного выше при раке молочной железы (1,18-1,66 соматических мутаций на Мб), при раке легких (17,7) или при меланомах (≈33). [85] Поскольку гаплоидный геном человека состоит примерно из 3200 мегабаз, [86] это означает около 74 мутаций (в основном в некодирующих областях) в ДНК зародышевой линии на поколение, но 3776–5312 соматических мутаций на гаплоидный геном при раке молочной железы, 56 640 при раке молочной железы. рак легких и 105 600 меланом.

Распределение соматических мутаций по человеческому геному очень неравномерно [87] , так что богатые генами, рано реплицирующиеся области получают меньше мутаций, чем бедные генами, поздно реплицирующиеся гетерохроматин, вероятно, из-за дифференциальной активности репарации ДНК. [88] В частности, модификация гистона H3K9me3 связана с высокой, [89] а H3K36me3 — с низкой частотой мутаций. [90]

Полногеномные исследования ассоциаций

В научных исследованиях полногеномное секвенирование может использоваться в исследовании общегеномных ассоциаций (GWAS) – проекте, целью которого является определение генетического варианта или вариантов, связанных с заболеванием или каким-либо другим фенотипом. [91]

Диагностическое использование

В 2009 году компания Illumina выпустила свои первые полногеномные секвенаторы, которые были одобрены для клинического использования, а не только для исследовательских целей, и врачи академических медицинских центров начали незаметно использовать их, чтобы попытаться диагностировать, что не так с людьми, которым стандартные подходы не помогли. [92] В 2009 году группа из Стэнфорда под руководством Юана Эшли выполнила клиническую интерпретацию полного генома человека биоинженера Стивена Квейка. [93] В 2010 году команда Эшли сообщила о молекулярном вскрытии всего генома [94] , а в 2011 году расширила рамки интерпретации на полностью секвенированную семью, семью Уэст, которая была первой семьей, секвенированной на платформе Illumina. [95] Стоимость секвенирования генома в то время составляла 19 500 долларов  США, счет выставлялся пациенту, но обычно оплачивался из исследовательского гранта; один человек в то время подал заявку на возмещение от своей страховой компании. [92] Например, одному ребенку к трем годам потребовалось около 100 операций, и его врач обратился к полногеномному секвенированию, чтобы определить проблему; команде из 30 человек, в которую входили 12 экспертов по биоинформатике , три специалиста по секвенированию, пять врачей, два консультанта по генетике и два специалиста по этике, удалось выявить редкую мутацию в XIAP , которая вызывала широко распространенные проблемы. [92] [96] [97]

Благодаря недавнему снижению затрат (см. выше) полногеномное секвенирование стало реалистичным применением в диагностике ДНК. В 2013 году консорциум 3Gb-TEST получил финансирование от Европейского Союза для подготовки системы здравоохранения к инновациям в ДНК-диагностике. [98] [99] Должны существовать схемы оценки качества , оценка технологий здравоохранения и руководящие принципы . Консорциум 3Gb-TEST определил анализ и интерпретацию данных о последовательностях как наиболее сложный этап диагностического процесса. [100] На встрече Консорциума в Афинах в сентябре 2014 года Консорциум придумал слово «генотрансляция» для обозначения этого важного шага. Этот шаг приводит к так называемому генотчету . Для определения необходимого содержания этих отчетов необходимы руководящие принципы. [ нужна цитата ]

Genomes2People (G2P), инициатива Бригамской женской больницы и Гарвардской медицинской школы, была создана в 2011 году для изучения интеграции геномного секвенирования в клиническую помощь взрослым и детям. [101] Директор G2P, Роберт Грин , ранее возглавлял исследование REVEAL — Risk EValuation and Education for болезни Альцгеймера — серию клинических испытаний, изучающих реакцию пациентов на знание об их генетическом риске развития болезни Альцгеймера. [102] [103]

В 2018 году исследователи из Института геномной медицины детской больницы Рэди в Сан-Диего определили, что быстрое полногеномное секвенирование (rWGS) может вовремя диагностировать генетические нарушения, чтобы изменить неотложное медицинское или хирургическое лечение (клиническая полезность) и улучшить результаты лечения остро больных младенцев. В ретроспективном когортном исследовании остробольных стационарных детей областной детской больницы с июля 2016 по март 2017 года 42 семьи получали рРГС для этиологической диагностики генетических нарушений. Диагностическая чувствительность rWGS составила 43% (восемнадцать из 42 детей) и 10% (четыре из 42 детей) для стандартных генетических тестов (P = 0,0005). Уровень клинической полезности rWGS (31%, тринадцать из 42 младенцев) был значительно выше, чем для стандартных генетических тестов (2%, один из 42; P = 0,0015). Одиннадцать (26%) младенцев с диагностическим rWGS избежали заболеваемости, у одного наблюдалось снижение вероятности смертности на 43%, а еще один начал паллиативную помощь. У шести из одиннадцати младенцев изменения в ведении снизили стоимость стационарного лечения на 800 000–2 000 000 долларов. Результаты повторили предыдущее исследование клинической пользы rWGS у тяжелобольных стационарных младенцев и продемонстрировали улучшение результатов, чистую экономию на здравоохранении и рассмотрение в качестве теста первого уровня в этой ситуации. [104]

Обзор 36 публикаций, проведенный в 2018 году, показал, что стоимость полногеномного секвенирования колеблется от 1906  до 24 810 долларов  США, а диагностическая эффективность варьируется от 17% до 73% в зависимости от групп пациентов. [105]

Исследование ассоциации редких вариантов

Исследования полногеномного секвенирования позволяют оценить связи между сложными признаками и как кодирующими, так и некодирующими редкими вариантами ( частота минорных аллелей (MAF) <1%) по всему геному. Одновариантный анализ обычно имеет низкую мощность для выявления ассоциаций с редкими вариантами, а тесты набора вариантов были предложены для совместной проверки эффектов заданных наборов нескольких редких вариантов. [106] Аннотации SNP помогают определить приоритет редких функциональных вариантов, и включение этих аннотаций может эффективно повысить эффективность генетической ассоциации анализа редких вариантов в исследованиях полногеномного секвенирования. [107] Некоторые инструменты были специально разработаны для комплексного анализа ассоциаций редких вариантов для данных полногеномного секвенирования, включая интеграцию данных генотипа и их функциональных аннотаций, анализ ассоциаций, сводку результатов и визуализацию. [108] [109]

Метаанализ исследований полногеномного секвенирования представляет собой привлекательное решение проблемы сбора больших объемов выборок для обнаружения редких вариантов, связанных со сложными фенотипами. Были разработаны некоторые методы, позволяющие проводить функционально обоснованный анализ ассоциаций редких вариантов в когортах в масштабе биобанка с использованием эффективных подходов к хранению сводной статистики. [110]

онкология

В этой области полногеномное секвенирование представляет собой целый комплекс усовершенствований и проблем, с которыми предстоит столкнуться научному сообществу, поскольку оно позволяет анализировать, количественно определять и характеризовать циркулирующую опухолевую ДНК (цДНК) в кровотоке. Это служит основой для ранней диагностики рака, выбора лечения и мониторинга рецидивов , а также для определения механизмов резистентности, метастазирования и филогенетических закономерностей в эволюции рака. Это также может помочь в выборе индивидуального лечения для пациентов, страдающих этой патологией, и наблюдать за тем, как существующие лекарства действуют в ходе лечения. Глубокое полногеномное секвенирование включает субклональную реконструкцию на основе ктДНК в плазме, которая позволяет провести полное эпигеномное и геномное профилирование, показывая экспрессию циркулирующей опухолевой ДНК в каждом случае. [111]

Скрининг новорожденных

В 2013 году Грин и группа исследователей запустили проект BabySeq для изучения этических и медицинских последствий секвенирования ДНК новорожденного. [112] [113] В 2015 году полногеномное и экзомное секвенирование рассматривалось как инструмент скрининга новорожденных [114] , а в 2021 году оно обсуждалось далее. [115]

В 2021 году НИЗ профинансировал BabySeq2, исследование внедрения, которое расширило проект BabySeq, включив в него 500 младенцев из разных семей и отслеживая влияние их геномного секвенирования на педиатрическую помощь. [116]

В 2023 году журнал Lancet высказал мнение, что в Великобритании «сосредоточение внимания на совершенствовании скрининга путем обновления целевых генных панелей может быть более разумным в краткосрочной перспективе. Полногеномное секвенирование в долгосрочной перспективе заслуживает тщательного изучения и всеобщей осторожности». [117]

Этические проблемы

Внедрение полногеномного секвенирования может иметь этические последствия. [118] С одной стороны, генетическое тестирование потенциально может диагностировать предотвратимые заболевания как у человека, проходящего генетическое тестирование, так и у его родственников. [118] С другой стороны, генетическое тестирование имеет потенциальные недостатки, такие как генетическая дискриминация , потеря анонимности и психологические последствия, такие как установление отсутствия отцовства . [119]

Некоторые специалисты по этике настаивают на том, что конфиденциальность лиц, проходящих генетическое тестирование, должна быть защищена [118] , и это вызывает особую озабоченность, когда генетическое тестирование проходят несовершеннолетние . [120] Генеральный директор Illumina Джей Флэтли заявил в феврале 2009 года, что «к 2019 году картирование генов младенцев при их рождении станет обычным делом». [121] Такое потенциальное использование секвенирования генома является весьма спорным, поскольку оно противоречит установленным этическим нормам прогнозного генетического тестирования бессимптомных несовершеннолетних, которые хорошо зарекомендовали себя в области медицинской генетики и генетического консультирования . [122] [123] [124] [125] Традиционные рекомендации по генетическому тестированию разрабатывались в течение нескольких десятилетий с тех пор, как впервые стало возможным тестировать генетические маркеры, связанные с заболеваниями, до появления экономически эффективных, комплексный генетический скрининг. [ нужна цитата ]

Когда человек подвергается полногеномному секвенированию, он раскрывает информацию не только о своих собственных последовательностях ДНК, но и о возможных последовательностях ДНК своих близких генетических родственников. [118] Эта информация может дополнительно предоставить полезную прогностическую информацию о нынешних и будущих рисках для здоровья родственников. [126] Следовательно, возникают важные вопросы о том, какие обязательства, если таковые имеются, несут члены семей лиц, проходящих генетическое тестирование. В западном/европейском обществе тестируемых людей обычно поощряют делиться важной информацией о любых генетических диагнозах со своими близкими родственниками, поскольку важность генетического диагноза для потомства и других близких родственников обычно является одной из причин обращения к генетическому тестированию в первое место. [118] Тем не менее, может возникнуть серьезная этическая дилемма, когда пациенты отказываются делиться информацией о диагнозе серьезного генетического заболевания, которое легко предотвратить и при котором существует высокий риск для родственников, несущих ту же мутацию заболевания. В таких обстоятельствах врач может заподозрить, что родственники предпочли бы знать о диагнозе, и, следовательно, врач может столкнуться с конфликтом интересов в отношении конфиденциальности пациента и врача. [118]

Проблемы конфиденциальности также могут возникнуть, когда в научных исследованиях используется полногеномное секвенирование. Исследователям часто приходится помещать информацию о генотипах и фенотипах пациентов в общедоступные научные базы данных, например, в базы данных по конкретным локусам. [118] Хотя в базы данных конкретных локусов передаются только анонимные данные о пациентах, родственники все равно могут идентифицировать пациентов в случае обнаружения редкого заболевания или редкой миссенс-мутации. [118] Общественное обсуждение внедрения передовых методов судебно-медицинской экспертизы (таких как расширенный семейный поиск с использованием общедоступных веб-сайтов ДНК-предков и подходов фенотипирования ДНК) было ограниченным, разрозненным и несфокусированным. Поскольку судебная генетика и медицинская генетика сближаются в направлении секвенирования генома, проблемы, связанные с генетическими данными, становятся все более взаимосвязанными, и, возможно, потребуется установить дополнительную правовую защиту. [127]

Публичные последовательности генома человека

Первые люди с общедоступными последовательностями генома

Первыми почти полными геномами человека, секвенированными в 2007 году, были два американца преимущественно северо-западного европейского происхождения ( Дж. Крейг Вентер с 7,5-кратным охватом , [128] [129] [130] и Джеймс Уотсон с 7,4-кратным охватом. [131] [132] [133] В 2008 году за этим последовало секвенирование анонимного мужчины- китайца хань (в 36 раз), [134] мужчины йоруба из Нигерии (в 30 раз), [135] женщины-клинициста генетик ( Марджолеин Крик ) из Нидерландов (в 7–8 раз больше) и женщина, больная лейкемией в возрасте около 50 лет (в 33 и 14 раз больше охвата опухолей и нормальных тканей). [136] Стив Джобс был среди первых 20 человек, у которых секвенировали весь геном, как сообщается, это стоило 100 000 долларов. [137] По состоянию на июнь 2012 года в открытом доступе было 69 почти полных геномов человека. [138] В ноябре 2013 года испанская семья обнародовала свои личные геномные данные на основании лицензии Creative Commons, являющейся общественным достоянием . Работу возглавил Мануэль Корпас, а данные были получены путем генетического тестирования непосредственно потребителю с помощью 23andMe и Пекинского института геномики . Считается, что это первый подобный набор данных Public Genomics для всей семьи. [139]

Базы данных

По данным Science , основными базами данных целых геномов являются: [140]

Геномный охват

С точки зрения геномного охвата и точности полногеномное секвенирование можно в общих чертах разделить на следующие категории: [142]

Производство по-настоящему качественного готового эпизода по этому определению обходится очень дорого. Таким образом, большинство результатов «полного секвенирования генома» человека представляют собой черновые последовательности (иногда выше, а иногда и ниже точности, определенной выше). [142]

Смотрите также

Секвенированные геномы

Рекомендации

  1. ^ Альбертс, Брюс; Джонсон, Александр; Льюис, Джулиан; Рафф, Мартин; Робертс, Кейт; Уолтер, Питер (2008). «Глава 8». Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. п. 550. ИСБН 978-0-8153-4106-2.
  2. ^ «Определение полногеномного секвенирования - Словарь онкологических терминов NCI» . Национальный институт рака . 20 июля 2012 г. Проверено 13 октября 2018 г.
  3. ^ Гилиссен (июль 2014 г.). «Секвенирование генома выявляет основные причины тяжелой умственной отсталости». Природа . 511 (7509): 344–7. Бибкод : 2014Natur.511..344G. дои : 10.1038/nature13394. hdl : 2066/138095 . PMID  24896178. S2CID  205238886.
  4. ^ Нонс, К; Уодделл, Н.; Уэйт, Н.; Патч, AM; Бейли, П; Ньюэлл, Ф; Холмс, О; Финк, Дж.Л.; Куинн, MC; Тан, Ю.Х.; Лампе, Г; Квек, К; Лоффлер, Калифорния; Мэннинг, С; Идрисоглу, С; Миллер, Д; Сюй, Кью; Уодделл, Н.; Уилсон, П.Дж.; Брюснер, Ти Джей; Христос, АН; Харливонг, я; Нурс, С; Нурбахш, Э; Андерсон, М; Казаков, С; Леонард, К; Вуд, С; Симпсон, ПТ; Рид, Ле; Краузе, Л; Хасси, диджей; Уотсон, ДИ; Лорд, Р.В.; Нэнкэрроу, Д; Филлипс, Вашингтон; Готли, Д; Смитерс, Б.М.; Уайтмен, округ Колумбия; Хейворд, Северная Каролина; Кэмпбелл, ПиДжей; Пирсон, СП; Гриммонд, С.М.; Барбур, AP (29 октября 2014 г.). «Геномные катастрофы часто возникают при аденокарциноме пищевода и приводят к онкогенезу». Природные коммуникации . 5 : 5224. Бибкод : 2014NatCo...5.5224N. doi : 10.1038/ncomms6224. ПМК 4596003 . ПМИД  25351503. 
  5. ^ ван Эл, CG; Корнел, MC; Борри, П; Гастингс, Р.Дж.; Феллманн, Ф; Ходжсон, СВ; Ховард, ХК; Камбон-Томсен, А; Кнопперс, Б.М.; Мейерс-Хейбоер, Х; Шеффер, Х; Транебьерг, Л; Дондорп, Вт; де Верт, генеральный директор (июнь 2013 г.). «Полногеномное секвенирование в здравоохранении. Рекомендации Европейского общества генетики человека». Европейский журнал генетики человека . 21 (Приложение 1): С1–5. дои : 10.1038/ejhg.2013.46. ПМК 3660957 . ПМИД  23819146. 
  6. ^ Муни, Шон (сентябрь 2014 г.). «Прогресс на пути интеграции фармакогеномики в практику». Генетика человека . 134 (5): 459–65. дои : 10.1007/s00439-014-1484-7. ПМК 4362928 . ПМИД  25238897. 
  7. ↑ Журнал Kijk, 1 января 2009 г.
  8. ^ Маркс, Вивьен (11 сентября 2013 г.). «Секвенирование следующего поколения: головоломка генома». Природа . 501 (7466): 263–268. Бибкод :2013Natur.501..263M. дои : 10.1038/501261a . ПМИД  24025842.
  9. ^ др.], Брюс Альбертс ... [и др. (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. п. 551. ИСБН 978-0-8153-4106-2.
  10. ^ Фирс, В.; Контрерас, Р.; Дюринк, Ф.; Хегеман, Г.; Изерентант, Д.; Меррегарт, Дж.; Мин Джоу, В.; Молеманс, Ф.; Раймакерс, А.; Ван ден Берге, А.; Волкарт, Г.; Изеберт, М. (8 апреля 1976 г.). «Полная нуклеотидная последовательность РНК бактериофага MS2: первичная и вторичная структура гена репликазы». Природа . 260 (5551): 500–507. Бибкод : 1976Natur.260..500F. дои : 10.1038/260500a0. PMID  1264203. S2CID  4289674.
  11. ^ Оливер, SG; ван дер Аарт, QJM; Агостони-Карбоне, ML; и другие. (май 1992 г.). «Полная последовательность ДНК дрожжевой хромосомы III». Природа . 357 (6373): 38–46. Бибкод : 1992Natur.357...38O. дои : 10.1038/357038a0. PMID  1574125. S2CID  4271784.
  12. ^ abc Флейшманн, Р.; Адамс, М.; Уайт, О; Клейтон, Р.; Киркнесс, Э.; Керлаваж, А.; Балт, К.; Томб, Дж.; Догерти, Б.; Меррик, Дж.; ал., э. (28 июля 1995 г.). «Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 ​​(5223): 496–512. Бибкод : 1995Sci...269..496F. дои : 10.1126/science.7542800. ПМИД  7542800.
  13. ^ Эдди, Шон Р. (ноябрь 2012 г.). «Парадокс C-значения, мусорная ДНК и КОДИРОВАНИЕ». Современная биология . 22 (21): 898–899 рэндов. Бибкод : 2012CBio...22.R898E. дои : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . ПМИД  23137679.
  14. ^ Пеллисер, Жауме; ФЭЙ, Майкл Ф.; Лейтч, Илья Дж. (15 сентября 2010 г.). «Самый большой эукариотический геном из всех?». Ботанический журнал Линнеевского общества . 164 (1): 10–15. дои : 10.1111/j.1095-8339.2010.01072.x.
  15. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (21 октября 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа . 431 (7011): 931–945. Бибкод : 2004Natur.431..931H. дои : 10.1038/nature03001 . ПМИД  15496913.
  16. ^ Гоффо, А.; Баррелл, Б.Г.; Басси, Х.; Дэвис, RW; Дюжон, Б.; Фельдманн, Х.; Галиберт, Ф.; Хохайзель, JD; Жак, К.; Джонстон, М.; Луи, Э.Дж.; Мьюз, Х.В.; Мураками, Ю.; Филиппсен, П.; Теттелин, Х.; Оливер, SG (25 октября 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546–567. Бибкод : 1996Sci...274..546G. дои : 10.1126/science.274.5287.546. PMID  8849441. S2CID  16763139. Архивировано (PDF) из оригинала 7 марта 2016 г.
  17. ^ Консорциум секвенирования C. elegans (11 декабря 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для исследования биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Бибкод : 1998Sci...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. ПМИД  9851916.
  18. ^ Альбертс, Брюс (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. п. 552. ИСБН 978-0-8153-4106-2.
  19. ^ Данэм, И. (декабрь 1999 г.). «Последовательность ДНК 22 хромосомы человека». Природа . 402 (6761): 489–495. Бибкод : 1999Natur.402..489D. дои : 10.1038/990031 . ПМИД  10591208.
  20. ^ Адамс, доктор медицины; Цельникер С.Э.; Холт Р.А.; и другие. (24 марта 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука . 287 (5461): 2185–2195. Бибкод : 2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . дои : 10.1126/science.287.5461.2185. ПМИД  10731132. 
  21. ^ Инициатива по геному арабидопсиса (14 декабря 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana». Природа . 408 (6814): 796–815. Бибкод : 2000Natur.408..796T. дои : 10.1038/35048692 . ПМИД  11130711.
  22. ^ Вентер Дж.К.; Адамс, доктор медицинских наук; Майерс EW; и другие. (16 февраля 2001 г.). «Последовательность генома человека». Наука . 291 (5507): 1304–1351. Бибкод : 2001Sci...291.1304V. дои : 10.1126/science.1058040. ПМИД  11181995.
  23. ^ Уотерстон Р.Х.; Линдблад-Тох К; Бирни Э; и другие. (31 октября 2002 г.). «Первичное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Природа . 420 (6915): 520–562. Бибкод : 2002Natur.420..520W. дои : 10.1038/nature01262 . ПМИД  12466850.
  24. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (07 сентября 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека». Природа . 431 (7011): 931–945. Бибкод : 2004Natur.431..931H. дои : 10.1038/nature03001 . ПМИД  15496913.
  25. ^ Браславский, Идо; и другие. (2003). «Информацию о последовательности можно получить из отдельных молекул ДНК». Proc Natl Acad Sci США . 100 (7): 3960–3984. Бибкод : 2003PNAS..100.3960B. дои : 10.1073/pnas.0230489100 . ПМК 153030 . ПМИД  12651960. 
  26. ↑ Хегер, Моника (2 октября 2013 г.). «Секвенирование одиночных клеток делает успехи в клинике рака и впервые применяет ПГД» . Новости клинического секвенирования .
  27. ^ Юркевич, ИК; Корф, БР; Леманн, Л.С. (2014). «Пренатальное секвенирование всего генома - этична ли попытка узнать будущее плода?». Медицинский журнал Новой Англии . 370 (3): 195–7. дои : 10.1056/NEJMp1215536. ПМИД  24428465.
  28. ^ Стаден Р. (июнь 1979 г.). «Стратегия секвенирования ДНК с использованием компьютерных программ». Нуклеиновые кислоты Рез . 6 (7): 2601–10. дои : 10.1093/нар/6.7.2601. ПМК 327874 . ПМИД  461197. 
  29. ^ Эдвардс, А; Каски, Т. (1991). «Стратегии закрытия случайного секвенирования ДНК». Методы: дополнение к методам энзимологии . 3 (1): 41–47. дои : 10.1016/S1046-2023(05)80162-8.
  30. ^ Эдвардс А; Восс Х; Рис П; Чивителло А; Стегеманн Дж; Швагер С; Циммерманн Дж; Эрфле Х; Кэски КТ; Ансорж В. (апрель 1990 г.). «Автоматическое секвенирование ДНК локуса HPRT человека». Геномика . 6 (4): 593–608. дои : 10.1016/0888-7543(90)90493-E. ПМИД  2341149.
  31. ^ Роуч JC; Бойсен С; Ван К; Худ Л (март 1995 г.). «Попарное секвенирование концов: унифицированный подход к геномному картированию и секвенированию». Геномика . 26 (2): 345–53. дои : 10.1016/0888-7543(95)80219-C. ПМИД  7601461.
  32. ^ Флейшманн Р.Д.; Адамс, доктор медицинских наук; Белый О; Клейтон Р.А.; Киркнесс Э.Ф.; Керлаваж АР; Балт Си Джей; Могила Дж. Ф.; Догерти, бакалавр искусств; Меррик Дж.М.; Маккенни; Саттон; Фитцхью; Поля; Гоцин; Скотт; Ширли; Лю; Глодек; Келли; Вайдман; Филлипс; Сприггс; Хедблом; Хлопок; Аттербек; Ханна; Нгуен; Саудек; и другие. (июль 1995 г.). «Полногеномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 ​​(5223): 496–512. Бибкод : 1995Sci...269..496F. дои : 10.1126/science.7542800. ПМИД  7542800.
  33. ^ Адамс, доктор медицины; и другие. (2000). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука . 287 (5461): 2185–95. Бибкод : 2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . дои : 10.1126/science.287.5461.2185. ПМИД  10731132. 
  34. ^ аб Мухопадхьяй Р. (февраль 2009 г.). «Секвенаторы ДНК: следующее поколение». Анальный. Хим . 81 (5): 1736–40. дои : 10.1021/ac802712u. ПМИД  19193124.
  35. ^ Севим, Волкан; Ли, Джуна; Иган, Роберт; Клам, Алисия; Хандли, Хоуп; Ли, Джейни; Everroad, Р. Крейг; Детвейлер, Анджела М.; Бебут, Брэд М.; Петт-Ридж, Дженнифер; Гёкер, Маркус; Мюррей, Элисон Э.; Линдеманн, Стивен Р.; Кленк, Ханс-Петер; О'Мэлли, Ронан (26 ноября 2019 г.). «Метагеномные данные дробовика определенного псевдосообщества с использованием технологий Oxford Nanopore, PacBio и Illumina». Научные данные . 6 (1): 285. Бибкод : 2019НатСД...6..285С. дои : 10.1038/s41597-019-0287-z. ISSN  2052-4463. ПМК 6879543 ​​. ПМИД  31772173. 
  36. ^ Ван, Юнхао; Чжао, Юэ; Боллас, Одри; Ван, Юру; Ау, Кин Фай (ноябрь 2021 г.). «Технология секвенирования нанопор, биоинформатика и приложения». Природная биотехнология . 39 (11): 1348–1365. дои : 10.1038/s41587-021-01108-x. ISSN  1546-1696. ПМЦ 8988251 . ПМИД  34750572. 
  37. ^ Стрикленд, Элиза (14 октября 2015 г.). «Новые генетические технологии позволяют диагностировать критически больных младенцев в течение 26 часов - спектр IEEE». Spectrum.ieee.org . Архивировано из оригинала 16 ноября 2015 г. Проверено 11 ноября 2016 г.
  38. ^ «Статья: Гонка за сокращение затрат на секвенирование всего генома. Новости генной инженерии и биотехнологии - Биотехнология от скамейки запасных к бизнесу» . Genengnews.com. Архивировано из оригинала 17 октября 2006 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  39. ^ «Затраты на секвенирование всего генома продолжают падать» . Eyeondna.com. Архивировано из оригинала 25 марта 2009 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  40. ^ Хармон, Кэтрин (28 июня 2010 г.). «Секвенирование генома для всех нас». Научный американец. Архивировано из оригинала 19 марта 2011 г. Проверено 13 августа 2010 г.
  41. ^ Новости технологий округа Сан-Диего/Ориндж. «Секвеном для разработки технологии секвенирования одиночных молекул на основе нанопор третьего поколения». Freshnews.com. Архивировано из оригинала 5 декабря 2008 г. Проверено 24 февраля 2009 г.
  42. ^ ab «Статья: Полное секвенирование генома за 24 часа. Новости генной инженерии и биотехнологии — биотехнология от лабораторного оборудования к бизнесу». Genengnews.com. Архивировано из оригинала 17 октября 2006 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  43. ^ «Pacific Bio приоткрывает завесу о своих усилиях по высокоскоростному секвенированию генома» . ВенчурБит. 10 февраля 2008 г. Архивировано из оригинала 20 февраля 2009 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  44. ^ «Мир биоИТ». Био-ИТ Мир. 06.10.2008. Архивировано из оригинала 17 февраля 2009 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  45. ^ «С новой машиной Helicos приближает секвенирование персонального генома на шаг» . Экономия. 22 апреля 2008 г. Архивировано из оригинала 2 января 2011 г. Проверено 28 января 2011 г.
  46. ^ «Затраты на секвенирование всего генома продолжают падать: 300 миллионов долларов в 2003 году, 1 миллион долларов в 2007 году, 60 000 долларов сейчас, 5000 долларов к концу года». Nextbigfuture.com. 25 марта 2008 г. Архивировано из оригинала 20 декабря 2010 г. Проверено 28 января 2011 г.
  47. ^ «Нанофлюидный чип Хань Цао может значительно сократить затраты на секвенирование ДНК» . Обзор технологий. Архивировано из оригинала 29 марта 2011 г.
  48. ↑ Джулия Кароу (26 октября 2015 г.). «BGI запускает настольный секвенсор в Китае; планирует зарегистрировать платформу в CFDA». ГеномВеб . Проверено 2 декабря 2018 г.
  49. ^ «BGI запускает новый настольный секвенсор в Китае и регистрирует более крупную версию в CFDA» . 360Dx . ГеномВеб. 11 ноября 2016 г. Проверено 2 декабря 2018 г.
  50. ↑ Моника Хегер (26 октября 2018 г.). «BGI запускает новый секвенсор, поскольку клиенты сообщают данные из более ранних инструментов». ГеномВеб . Проверено 2 декабря 2018 г.
  51. ^ Джон Кэрролл (14 июля 2008 г.). «Pacific Biosciences получает 100 миллионов долларов на технологию секвенирования». Свирепая биотехнология. Архивировано из оригинала 1 мая 2009 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  52. ^ Сибли, Лиза (8 февраля 2009 г.). «Полная геномика обеспечивает радикальное снижение затрат». Силиконовая долина / Бизнес-журнал Сан-Хосе . Проверено 23 февраля 2009 г.
  53. ↑ Сара Невилл (5 марта 2018 г.). «Удешевление секвенирования ДНК открывает тайны редких заболеваний». Файнэншл Таймс . Проверено 2 декабря 2018 г.
  54. ^ Карлсон, Роб (2 января 2007 г.). «Несколько мыслей о быстром секвенировании генома и премии Архонта — синтезе». Синтез.cc. Архивировано из оригинала 8 августа 2009 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  55. ^ «Обзор ПРЕМИИ: ПРЕМИЯ Archon X за геномику» .
  56. ^ Диамандис, Питер. «Превзойденные инновациями: отмена XPRIZE». Хаффингтон Пост . Архивировано из оригинала 25 августа 2013 г.
  57. ^ Олдхаус, Питер. «Премия X за геномы отменена до ее начала». Архивировано из оригинала 21 сентября 2016 г.
  58. ^ «Система SOLiD — анонсирована платформа для секвенирования ДНК следующего поколения» . Gizmag.com. 27 октября 2007 г. Архивировано из оригинала 19 июля 2008 г. Проверено 24 февраля 2009 г.
  59. ^ «Геном за 1000 долларов: скоро?». Dddmag.com. 01 апреля 2010 г. Архивировано из оригинала 15 апреля 2011 г. Проверено 28 января 2011 г.
  60. ^ «Индивидуальное секвенирование генома — Illumina, Inc». Everygenome.com. Архивировано из оригинала 19 октября 2011 г. Проверено 28 января 2011 г.
  61. ^ «Illumina запускает услугу секвенирования персонального генома за 48 000 долларов: Генетическое будущее» . Scienceblogs.com. Архивировано из оригинала 16 июня 2009 года . Проверено 28 января 2011 г.
  62. ^ Уэйд, Николас (11 августа 2009 г.). «Стоимость расшифровки генома снижена». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 21 мая 2013 г. Проверено 3 мая 2010 г.
  63. ^ «Индекс технологий». Новости АВС . Архивировано из оригинала 15 мая 2016 года . Проверено 29 апреля 2018 г.{{cite web}}: CS1 maint: bot: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )
  64. ^ Дрманак Р., Спаркс AB, Кэллоу М.Дж. и др. (2010). «Секвенирование генома человека с использованием чтения несцепленных оснований на самособирающихся наноматрицах ДНК». Наука . 327 (5961): 78–81. Бибкод : 2010Sci...327...78D. дои : 10.1126/science.1181498 . PMID  19892942. S2CID  17309571.
  65. ^ «Illumina объявляет цену на геном в 5000 долларов - Мир биоИТ» . Архивировано из оригинала 17 мая 2011 г.
  66. ^ «NHGRI награждает более 50 миллионов долларов за разработку недорогой технологии секвенирования ДНК» . Геномная сеть . 2009. Архивировано из оригинала 3 июля 2011 г.
  67. ^ «Life Technologies представляет настольный секвенатор Ion Proton™; предназначен для декодирования генома человека за один день за 1000 долларов» (пресс-релиз). Архивировано из оригинала 23 декабря 2012 года . Проверено 30 августа 2012 г.
  68. ^ ЭНДРЮ ПОЛЛАК (17 февраля 2012 г.). «Oxford Nanopore представляет крошечное устройство для секвенирования ДНК - The New York Times». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 7 января 2013 г. Проверено 11 ноября 2016 г.
  69. ^ «Секвенатор Illumina позволяет создать геном за 1000 долларов» . Новости: Геномика и протеомика. Генерал инж. Биотехнология. Новости (бумага). Том. 34, нет. 4. 15 февраля 2014 г. с. 18.
  70. ↑ Проверьте Хайден, Эрика (15 января 2014 г.). «Реален ли геном за 1000 долларов?». Природа : природа.2014.14530. дои : 10.1038/nature.2014.14530. S2CID  211730238.
  71. ^ «Стоимость секвенирования генома человека». www.genome.gov . Архивировано из оригинала 25 ноября 2016 г.
  72. ^ «Благодаря услуге полногеномного секвенирования стоимостью 999 долларов Veritas ставит перед собой цель демократизировать информацию о ДНК» . 6 марта 2016 г.
  73. ^ Эндрюс, Джо (01 июля 2019 г.). «Конкурент 23andMe Veritas Genetics снижает цену на полногеномное секвенирование на 40% до 600 долларов» . CNBC . Проверено 2 сентября 2019 г.
  74. ↑ Меган Молтени (18 мая 2017 г.). «Китайский геномный гигант нацелился на совершенный секвенатор». Проводной . Проверено 2 декабря 2018 г.
  75. ^ Филлипс, К.А.; Плетчер, MJ; Ладабаум, У (2015). «Действительно ли «Геном за 1000 долларов» стоит 1000 долларов? Понимание всех преимуществ и затрат на геномное секвенирование». Технологии и здравоохранение . 23 (3): 373–379. дои : 10.3233/THC-150900. ПМЦ 4527943 . ПМИД  25669213. 
  76. ^ «Блог: Истинный размер человеческого генома | Veritas Genetics» . 28 июля 2017 г.
  77. ^ «Тсс, геном человека так и не был полностью секвенирован» . statnews.com . 20 июня 2017 г.
  78. ^ «Ядро геномики». Gladstone.ucsf.edu. Архивировано из оригинала 30 июня 2010 года . Проверено 23 февраля 2009 г.
  79. ^ Нисида Н; Койке А; Тадзима А; Огасавара Ю; Исибаши Ю; Уэхара Ю; Иноуэ I; Токунага К (2008). «Оценка производительности платформы Affymetrix SNP Array 6.0 с участием 400 японцев». БМК Геномика . 9 (1): 431. дои : 10.1186/1471-2164-9-431 . ПМК 2566316 . ПМИД  18803882. 
  80. ↑ Петроне, Джастин (16 января 2007 г.). «Illumina и DeCode создают чип SNP 1M; запуск второго квартала совпадет с выпуском массива SNP 6.0 от Affy | Новости BioArray | Массивы». ГеномВеб. Архивировано из оригинала 16 июля 2011 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  81. ^ Роуч JC; Глусман Г; Смит А.Ф.; и другие. (апрель 2010 г.). «Анализ генетического наследования в семейном квартете методом полногеномного секвенирования». Наука . 328 (5978): 636–9. Бибкод : 2010Sci...328..636R. дои : 10.1126/science.1186802. ПМК 3037280 . ПМИД  20220176. 
  82. ^ Компакт-диск Кэмпбелла; Чонг Дж.С.; Малиг М; и другие. (ноябрь 2012 г.). «Оценка частоты мутаций человека с использованием аутозиготности в популяции основателей». Нат. Жене . 44 (11): 1277–81. дои : 10.1038/ng.2418. ПМЦ 3483378 . ПМИД  23001126. 
  83. ^ Йе К; Бикман М; Ламейер Э.В.; Чжан Ю; Моед М.Х.; ван ден Аккер Э.Б.; Дилен Дж; Хаувинг-Дуистермаат JJ; Кремер Д; Анвар С.Ю.; Ларос Дж.Ф.; Джонс Д; Рейн К; Блэкберн Б; Потлури С; Длинный вопрос; Гурьев В; ван дер Брегген Р.; Вестендорп РГ; 'т Хоэн, Пенсильвания; ден Даннен Дж; ван Оммен Г.Дж.; Виллемсен Г; Питтс С.Дж.; Кокс Д.Р.; Нин З; Бумсма Д.И.; Slagboom PE (декабрь 2013 г.). «Старение как ускоренное накопление соматических вариантов: полногеномное секвенирование пар монозиготных близнецов долгожителей и среднего возраста». Твин Рес Хум Генет . 16 (6): 1026–32. дои : 10.1017/thg.2013.73 . ПМИД  24182360.
  84. ^ Кейтли П.Д. (февраль 2012 г.). «Скорость и последствия новых мутаций у человека». Генетика . 190 (2): 295–304. doi : 10.1534/genetics.111.134668. ПМК 3276617 . ПМИД  22345605. 
  85. ^ Тунец М; Амос CI (ноябрь 2013 г.). «Геномное секвенирование при раке». Рак Летт . 340 (2): 161–70. doi :10.1016/j.canlet.2012.11.004. ПМЦ 3622788 . ПМИД  23178448. 
  86. ↑ Моран, Лоуренс А. (24 марта 2011 г.). «Песчаная дорожка: насколько велик геном человека?». sandwalk.blogspot.com . Архивировано из оригинала 1 декабря 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 г.
  87. ^ Ходжкинсон, Алан; Чен, Ин; Эйр-Уокер, Адам (январь 2012 г.). «Масштабное распространение соматических мутаций в геномах рака». Человеческая мутация . 33 (1): 136–143. дои : 10.1002/humu.21616. PMID  21953857. S2CID  19353116.
  88. ^ Супек, Фрэн; Ленер, Бен (май 2015 г.). «Дифференциальное восстановление несоответствия ДНК лежит в основе изменения скорости мутаций в геноме человека». Природа . 521 (7550): 81–84. Бибкод : 2015Natur.521...81S. дои : 10.1038/nature14173. ПМЦ 4425546 . ПМИД  25707793. 
  89. ^ Шустер-Беклер, Бенджамин; Ленер, Бен (август 2012 г.). «Организация хроматина оказывает большое влияние на уровень региональных мутаций в раковых клетках человека». Природа . 488 (7412): 504–507. Бибкод : 2012Natur.488..504S. дои : 10.1038/nature11273. PMID  22820252. S2CID  205229634.
  90. ^ Супек, Фрэн; Ленер, Бен (июль 2017 г.). «Признаки кластерных мутаций показывают, что склонная к ошибкам репарация ДНК нацелена на мутации в активных генах». Клетка . 170 (3): 534–547.e23. дои : 10.1016/j.cell.2017.07.003 . hdl : 10230/35343 . ПМИД  28753428.
  91. ^ Яно, К; Ямамото, Э; Ая, К; Такеучи, Х; Ло, ПК; Ху, Л; Ямасаки, М; Ёсида, С; Китано, Х; Хирано, К; Мацуока, М. (август 2016 г.). «Общегеномное исследование ассоциаций с использованием полногеномного секвенирования быстро идентифицирует новые гены, влияющие на агрономические характеристики риса». Природная генетика . 48 (8): 927–34. дои : 10.1038/ng.3596. PMID  27322545. S2CID  22427006.
  92. ^ abc Боррелл, Брендан (14 сентября 2010 г.). «Клиники США спокойно переходят на полногеномное секвенирование». Природа : новости.2010.465. дои : 10.1038/news.2010.465.
  93. ^ Эшли, Э.А.; Бьютт, Эй Джей; Уилер, Монтана; Чен, Р; Кляйн, TE ; Дьюи, FE; Дадли, Джей Ти; Ормонд, Кентукки; Павлович, А; Морган, А.А.; Пушкарев Д; Нефф, Н.Ф.; Хаджинс, Л; Гонг, Л; Ходжес, Л.М.; Берлин, Д.С.; Торн, CF; Сангкул, К; Хеберт, Дж. М.; Вун, М; Сагрейя, Х; Уэйли, Р; Ноулз, Дж.В.; Чжоу, МФ; Такурия, СП; Розенбаум, AM; Заранек, AW; Черч, генеральный директор; Грили, ХТ; Землетрясение, СР; Альтман, РБ (1 мая 2010 г.). «Клиническая оценка с учетом личного генома». Ланцет . 375 (9725): 1525–35. дои : 10.1016/S0140-6736(10)60452-7. ПМЦ 2937184 . ПМИД  20435227. 
  94. ^ Дьюи, Фредерик Э.; Уиллер, Мэтью Т.; Кордеро, Серджио; Перес, Марко В.; Павлович, Алекс; Пушкарев Дмитрий; Фриман, Джеймс В.; Землетрясение, Стив Р.; Эшли, Юан А. (апрель 2011 г.). «Молекулярное вскрытие внезапной сердечной смерти с использованием полногеномного секвенирования». Журнал Американского колледжа кардиологов . 57 (14): Е1159. дои : 10.1016/S0735-1097(11)61159-5.
  95. ^ Дьюи, Фредерик Э.; Чен, Ронг; Кордеро, Серхио П.; Ормонд, Келли Э.; Калешу, Коллин; Карчевский, Конрад Дж.; Вирл-Каррильо, Мишель; Уиллер, Мэтью Т.; Дадли, Джоэл Т.; Бирнс, Джейк К.; Корнехо, Омар Э.; Ноулз, Джошуа В.; Вун, Марк; Сангкул, Катрин; Гонг, Ли; Торн, Кэролайн Ф.; Хеберт, Джоан М.; Каприотти, Эмидио; Дэвид, Шон П.; Павлович, Александра; Уэст, Энн; Такурия, Джозеф В.; Болл, Мадлен П.; Заранек, Александр В.; Рем, Хайди Л.; Черч, Джордж М.; Уэст, Джон С.; Бустаманте, Карлос Д.; Снайдер, Майкл; Альтман, Расс Б.; Кляйн, Тери Э.; Бьютт, Атул Дж.; Эшли, Юан А. (15 сентября 2011 г.). «Поэтапный полногеномный генетический риск в семейном квартете с использованием эталонной последовательности основного аллеля». ПЛОС Генетика . 7 (9): e1002280. дои : 10.1371/journal.pgen.1002280 . ПМК 3174201 . ПМИД  21935354. 
  96. ^ «Один на миллиард: жизнь мальчика, медицинская загадка». Jsonline.com . Архивировано из оригинала 5 октября 2013 г. Проверено 11 ноября 2016 г.
  97. ^ Майер А.Н., Диммок Д.П., Арка М.Дж. и др. (март 2011 г.). «Своевременное появление геномной медицины». Жене. Мед . 13 (3): 195–6. дои : 10.1097/GIM.0b013e3182095089 . PMID  21169843. S2CID  10802499.
  98. ^ «Представляем диагностическое применение« 3Gb-тестирования »в генетике человека» . Архивировано из оригинала 10 ноября 2014 г.
  99. ^ Бочча С., Макки М., Адани Р., Боффетта П., Бертон Х., Камбон-Томсен А., Корнел MC, Грей М., Яни А., Кнопперс Б.М., Хури М.Дж., Меслин Э.М., Ван Дуйн СМ, Виллари П., Циммерн Р., Чезарио А., Пуджина А., Колотто М., Риккарди В. (август 2014 г.). «Помимо геномики общественного здравоохранения: предложения международной рабочей группы». Европейское здравоохранение . 24 (6): 877–879. дои : 10.1093/eurpub/cku142. ПМК 4245010 . ПМИД  25168910. 
  100. ^ «Новости РД-Коннект, 18 июля 2014 г.» . Rd-connect.eu . Архивировано из оригинала 10 октября 2016 года . Проверено 11 ноября 2016 г.
  101. ^ «Genomes2People: дорожная карта геномной медицины» . www.frontlinegenomics.com . Архивировано из оригинала 14 февраля 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 г.
  102. ^ «Исследование оценки риска и образования в отношении болезни Альцгеймера (REVEAL) - Группа генетических исследований HBHE» . hbhegenetics.sph.umich.edu . Архивировано из оригинала 29 сентября 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 г.
  103. ^ «Оценка риска и образование в отношении болезни Альцгеймера (REVEAL) II - Полный текст - ClinicalTrials.gov» . www.clinicaltrials.gov . 22 июля 2009 г. Архивировано из оригинала 14 февраля 2017 г. . Проверено 29 апреля 2018 г.
  104. ^ Фарнэс, Лауге; Хилдрет, Эмбер; Суини, Натали М.; Кларк, Мишель М.; Чоудхури, Шимул; Нахас, Шариф; Качичи, Джули А.; Бенсон, Венди; Каплан, Роберт Х.; Кроник, Ричард; Бейнбридж, Мэтью Н.; Фридман, Дженнифер; Голд, Джеффри Дж.; Дин, Ян; Вирарагаван, Нараянан; Диммок, Дэвид; Кингсмор, Стивен Ф. (декабрь 2018 г.). «Быстрое секвенирование всего генома снижает младенческую заболеваемость и стоимость госпитализации». npj Геномная медицина . 3 (1): 10. дои : 10.1038/s41525-018-0049-4. ПМЦ 5884823 . ПМИД  29644095. 
  105. ^ Шварце, К; Бьюкенен, Дж; Тейлор, Джей; Вордсворт, С. (май 2018 г.). «Являются ли подходы к секвенированию всего экзома и целого генома экономически эффективными? Систематический обзор литературы». Ценность в здоровье . 21 : S100. дои : 10.1016/j.jval.2018.04.677 .
  106. ^ Ли, Сынгын; Абекасис, Гонсалу Р.; Бенке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2014 г.). «Анализ ассоциаций редких вариантов: планы исследования и статистические тесты». Американский журнал генетики человека . 95 (1): 5–23. дои : 10.1016/j.ajhg.2014.06.009. ПМЦ 4085641 . ПМИД  24995866. 
  107. ^ Ли, Сихао; Ли, Жилин; Чжоу, Хуфэн; и другие. (сентябрь 2020 г.). «Динамическое включение нескольких функциональных аннотаций in silico расширяет возможности анализа ассоциаций редких вариантов в крупных исследованиях полногеномного секвенирования в масштабе». Природная генетика . 52 (9): 969–983. дои : 10.1038/s41588-020-0676-4. ПМЦ 7483769 . ПМИД  32839606. 
  108. ^ Ли, Жилин; Ли, Сихао; Чжоу, Хуфэн; и другие. (декабрь 2022 г.). «Система обнаружения некодирующих ассоциаций редких вариантов в крупномасштабных исследованиях полногеномного секвенирования». Природные методы . 19 (12): 1599–1611. дои : 10.1038/s41592-022-01640-x. ПМЦ 10008172 . PMID  36303018. S2CID  243873361. 
  109. ^ «STAARpipeline: универсальный редкий вариант инструмента для данных полногеномного секвенирования в масштабе биобанка» . Природные методы . 19 (12): 1532–1533. Декабрь 2022 г. doi : 10.1038/s41592-022-01641-w. PMID  36316564. S2CID  253246835.
  110. ^ Ли, Сихао; Быстрее, Корбин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М.; Лю, Яову; Чен, Хан; Сельварадж, Маргарет Сунита; Сан, Райан; Дей, Рунак; Арнетт, Донна К. (январь 2023 г.). «Мощный, масштабируемый и ресурсоэффективный метаанализ ассоциаций редких вариантов в крупных исследованиях полногеномного секвенирования». Природная генетика . 55 (1): 154–164. дои : 10.1038/s41588-022-01225-6. ПМЦ 10084891 . PMID  36564505. S2CID  255084231. 
  111. ^ Гербертс, Кэмерон; Аннала, Матти; Сипола, Джунатан; Нг, Сара В.С.; Чен, Синьи Э.; Нурминен, Ансси; Корхонен, Ольга В.; Мунзур, Аслы Д.; Бежа, Кевин; Шенлау, Елена; Берналес, Сесили К.; Ритч, Эли; Бэкон, Джек Фольксваген; Лак, Натан А.; Никтер, Матти (август 2022 г.). «Глубокая полногеномная ctDNA хронология резистентного к лечению рака простаты». Природа . 608 (7921): 199–208. Бибкод : 2022Natur.608..199H. дои : 10.1038/s41586-022-04975-9. ISSN  1476-4687. PMID  35859180. S2CID  250730778.
  112. ^ «Бостонские исследователи секвенируют ДНК новорожденных» . wbur.org . 05.09.2013.
  113. ^ Холм, Ингрид А.; Агравал, Панкадж Б.; Джейхан-Бирсой, Озге; Кристенсен, Курт Д.; Файер, Шон; Франкель, Лесли А.; Дженетти, Кэйси А.; Криер, Джоэл Б.; Ламей, Ребекка К.; Леви, Харви Л.; Макгуайр, Эми Л.; Парад, Ричард Б.; Парк, Питер Дж.; Перейра, Стейси; Рем, Хайди Л.; Шварц, Талия С.; Вайсбрен, Сьюзен Э.; Ю, Тимоти В.; Грин, Роберт С.; Беггс, Алан Х. (9 июля 2018 г.). «Проект BabySeq: внедрение геномного секвенирования у новорожденных». БМК Педиатрия . 18 (1): 225. дои : 10.1186/s12887-018-1200-1 . ПМК 6038274 . ПМИД  29986673. 
  114. ^ Ховард, Хайди Кармен; Кнопперс, Барта Мария; Корнел, Мартина С.; Райт Клейтон, Эллен; Сенекаль, Карин; Борри, Паскаль (28 января 2015 г.). «Полногеномное секвенирование при скрининге новорожденных? Заявление о сохраняющейся важности таргетных подходов в программах скрининга новорожденных». Европейский журнал генетики человека . 23 (12): 1593–1600. дои : 10.1038/ejhg.2014.289. ISSN  1476-5438. ПМЦ 4795188 . ПМИД  25626707. 
  115. ^ Вернер, Одри К.; Галлахер, Рената К.; Вокли, Джерри; Адхикари, Аашиш Н. (19 июля 2021 г.). «Использование полногеномного секвенирования и секвенирования экзома для скрининга новорожденных: проблемы и возможности для здоровья населения». Границы в педиатрии . 9 : 663752. doi : 10.3389/fped.2021.663752 . ISSN  2296-2360. ПМЦ 8326411 . ПМИД  34350142. 
  116. ^ Тарини, Бет А. (23 августа 2021 г.). «Влияние BabySeq на педиатрические и геномные исследования - больше, чем маленькие шаги». JAMA Педиатрия . 175 (11): 1107–1108. doi : 10.1001/jamapediatrics.2021.2826. PMID  34424259. S2CID  237267536.
  117. ^ Ланцет (22 июля 2023 г.). «Геномный скрининг новорожденных: текущие проблемы и проблемы». Ланцет . 402 (10398): 265. дои :10.1016/s0140-6736(23)01513-1. ISSN  0140-6736. ПМИД  37481265.
  118. ^ abcdefgh Сиджмонс, Р.Х.; Ван Ланген, IM (2011). «Клинический взгляд на этические проблемы генетического тестирования». Подотчетность в исследованиях: политика и обеспечение качества . 18 (3): 148–162. Бибкод : 2013ARPQ...20..143D. дои : 10.1080/08989621.2011.575033. PMID  21574071. S2CID  24935558.
  119. ^ Айдай Э; Де Кристофаро Э; Юбо JP; Цудик Г (2015). «Озноб и острые ощущения от секвенирования всего генома». arXiv : 1306.1264 [cs.CR].
  120. ^ Борри, Паскаль; Эверс-Кибумс, Джерри; Корнел, Марта К.; Кларк, Ангус; Дирикс, Крис (2009). «Генетическое тестирование у бессимптомных несовершеннолетних. Основные соображения относительно рекомендаций ESHG». Европейский журнал генетики человека . 17 (6): 711–9. дои : 10.1038/ejhg.2009.25. ПМК 2947094 . ПМИД  19277061. 
  121. ^ Хендерсон, Марк (9 февраля 2009 г.). «Генетическое картирование младенцев к 2019 году изменит профилактическую медицину». Лондон: Таймс Онлайн. Архивировано из оригинала 11 мая 2009 г. Проверено 23 февраля 2009 г.
  122. ^ Маккейб LL; Маккейб ER (июнь 2001 г.). «Постгеномная медицина. Пресимптоматическое тестирование для прогнозирования и профилактики». Клин Перинатол . 28 (2): 425–34. дои : 10.1016/S0095-5108(05)70094-4. ПМИД  11499063.
  123. ^ Нельсон РМ; Боткин младший; Кодиш Э.Д.; и другие. (июнь 2001 г.). «Этические проблемы генетического тестирования в педиатрии». Педиатрия . 107 (6): 1451–5. дои :10.1542/педс.107.6.1451. PMID  11389275. S2CID  9993840.
  124. ^ Борри П; Фринс Дж. П.; Шотсманс П; Дирикс К. (февраль 2006 г.). «Тестирование носительства у несовершеннолетних: систематический обзор руководящих принципов и позиционных документов». Евро. Дж. Хум. Жене . 14 (2): 133–8. дои : 10.1038/sj.ejhg.5201509 . ПМИД  16267502.
  125. ^ Борри П; Стультенс Л; Нис Х; Кассиман Джей Джей; Дирикс К. (ноябрь 2006 г.). «Пресимптоматическое и прогностическое генетическое тестирование у несовершеннолетних: систематический обзор руководящих принципов и позиционных документов». Клин. Жене . 70 (5): 374–81. дои : 10.1111/j.1399-0004.2006.00692.x. PMID  17026616. S2CID  7066285.
  126. ^ МакГуайр, Эми, Л; Колфилд, Тимоти (2008). «Наука и общество: исследовательская этика и проблема полногеномного секвенирования». Обзоры природы Генетика . 9 (2): 152–156. дои : 10.1038/nrg2302. ПМК 2225443 . ПМИД  18087293. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  127. ^ Кертис, Кейтлин; Херевард, Джеймс; Мангельсдорф, Мари; Хасси, Карен; Деверо, Джон (18 декабря 2018 г.). «Защита доверия к медицинской генетике в новую эпоху судебной экспертизы». Генетика в медицине . 21 (7): 1483–1485. дои : 10.1038/s41436-018-0396-7. ПМК 6752261 . ПМИД  30559376. 
  128. ↑ Уэйд, Николас (4 сентября 2007 г.). «В геномной гонке продолжение личное». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 11 апреля 2009 года . Проверено 22 февраля 2009 г.
  129. ^ Ледфорд, Хайди (2007). «Доступ: Все о Крейге: первая« полная »последовательность генома». Природа . 449 (7158): 6–7. Бибкод : 2007Natur.449....6L. дои : 10.1038/449006а . ПМИД  17805257.
  130. ^ Леви С., Саттон Г., Нг ПК, Фейк Л., Халперн А.Л., Валенц Б.П., Аксельрод Н., Хуанг Дж., Киркнесс Э.Ф., Денисов Г., Лин Ю, Макдональд Дж.Р., Панг А.В., Шаго М., Стоквелл Т.Б., Циамури А., Бафна В., Бансал В., Кравиц С.А., Бусам Д.А., Бисон К.Ю., Макинтош Т.К., Ремингтон К.А., Абриль Дж.Ф., Гилл Дж., Борман Дж., Роджерс Ю.Х., Фрейзер М.Е., Шерер С.В., Штраусберг Р.Л., Вентер Дж.К. (сентябрь 2007 г.). «Диплоидная последовательность генома отдельного человека». ПЛОС Биол . 5 (10): е254. doi : 10.1371/journal.pbio.0050254 . ЧВК 1964779 . ПМИД  17803354. 
  131. ↑ Уэйд, Уэйд (1 июня 2007 г.). «Пионер ДНК Уотсон получил собственную карту генома» . Интернэшнл Геральд Трибьюн. Архивировано из оригинала 27 сентября 2008 года . Проверено 22 февраля 2009 г.
  132. ↑ Уэйд, Николас (31 мая 2007 г.). «Расшифрован геном ДНК пионера». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 20 июня 2011 года . Проверено 21 февраля 2009 г.
  133. ^ Уилер Д.А.; Шринивасан М; Эгхольм М; Шен Ю; Чен Л; Макгуайр А; Он В; Чен Ю.Дж.; Махиджани В; Рот ГТ; Гомес Х; Тартаро К; Ниязи Ф; Тюркотт CL; Ижик Г.П.; Лупски-младший; Шино С; Песня XZ; Лю Ю; Юань Ю; Назарет Л; Цинь Икс; Музный ДМ; Маргулис М; Вайншток ГМ; Гиббс Р.А.; Ротберг Дж. М. (2008). «Полный геном человека путем массового параллельного секвенирования ДНК». Природа . 452 (7189): 872–6. Бибкод : 2008Natur.452..872W. дои : 10.1038/nature06884 . ПМИД  18421352.
  134. ^ Ван Дж; Ван, Вэй; Ли, Жуйцян; Ли, Инжуй; Тянь, Гэн; Гудман, Лори; Фань, Вэй; Чжан, Цзюньцин; Ли, Цзюнь; Чжан, Хуанбин, Хуанбин; Го, Иран, Иран; Фэн, Биньсяо, Биньсяо; Ли, Хэн, Хэн; Лу, Яо, Яо; Фан, Сяодун, Сяодун; Лян, Хуэйцин, Хуэйцин; Ду, Чжэнлинь, Чжэнлинь; Ли, Донг, Донг; Чжао, Ицин, Ицин; Ху, Юджи, Юджи; Ян, Чжэньчжэнь, Чжэньчжэнь; Чжэн, Ханьчэн, Ханьчэн; Хеллманн, Инес, Инес; Иноуйе, Майкл, Майкл; Пул, Джон, Джон; Йи, Синь, Синь; Чжао, Цзин, Цзин; Дуань, Джинджи, Джинджи; Чжоу, Ян, Ян; и другие. (2008). «Диплоидная последовательность генома азиатского человека». Природа . 456 (7218): 60–65. Бибкод : 2008Natur.456...60W. дои : 10.1038/nature07484. ПМК 2716080 . ПМИД  18987735. 
  135. ^ Бентли ДР; Баласубраманян С; и другие. (2008). «Точное секвенирование всего генома человека с использованием обратимой химии терминаторов». Природа . 456 (7218): 53–9. Бибкод : 2008Natur.456...53B. дои : 10.1038/nature07517. ПМК 2581791 . ПМИД  18987734. 
  136. ^ Лей ТиДжей; Мардис ЭР; Дин Л; Фултон Б; Маклеллан, доктор медицинских наук; Чен К; Дулинг Д; Данфорд-Шор, Британская Колумбия; МакГрат С; Хикенботэм М; Кук Л; Эбботт Р; Ларсон Д.Э.; Кобольдт, округ Колумбия; Пол С; Смит С; Хокинс А; Эбботт С; Локк Д; Хиллер Л.В.; Майнер Т; Фултон Л; Магрини V; Уайли Т; Гласскок Дж.; Коньерс Дж; Сандер Н; Ши Х; Осборн-младший; и другие. (2008). «Секвенирование ДНК цитогенетически нормального генома острого миелолейкоза». Природа . 456 (7218): 66–72. Бибкод : 2008Natur.456...66L. дои : 10.1038/nature07485. ПМК 2603574 . ПМИД  18987736. 
  137. ^ Лор, Стив (20 октября 2011 г.). «Новая книга подробно описывает борьбу Джобса с раком». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 28 сентября 2017 г.
  138. ^ «Полные наборы данных секвенирования генома человека в общедоступный геномный репозиторий» . Архивировано из оригинала 10 июня 2012 года.
  139. ↑ Корпус М., Кариасо М., Колетта А., Вайс Д., Харрисон А.П., Моран Ф., Ян Х (12 ноября 2013 г.). «Полный общедоступный набор данных семейной геномики». биоRxiv 10.1101/000216 . 
  140. ^ ab «200 000 целых геномов стали доступны для биомедицинских исследований благодаря усилиям Великобритании». www.science.org . Проверено 11 декабря 2021 г.
  141. ^ «Сейчас доступны данные полногеномного секвенирования 200 000 участников британского биобанка» . www.ukbiobank.ac.uk . 17 ноября 2021 г. Проверено 11 декабря 2021 г.
  142. ^ ab Крис А. Веттерстранд, MS «Стоимость секвенирования генома человека». Национальный институт исследования генома человека .Последнее обновление: 1 ноября 2021 г.

Внешние ссылки