stringtranslate.com

Эпигенетика рака

Эпигенетика рака — это изучение эпигенетических модификаций ДНК раковых клеток , которые не подразумевают изменения в последовательности нуклеотидов, но вместо этого подразумевают изменение способа экспрессии генетического кода. Эпигенетические механизмы необходимы для поддержания нормальных последовательностей экспрессии специфичных для ткани генов и имеют решающее значение для нормального развития. [1] Они могут быть столь же важны, если не более важны, чем генетические мутации при трансформации клетки в рак. Нарушение эпигенетических процессов при раке может привести к потере экспрессии генов , что происходит примерно в 10 раз чаще из-за подавления транскрипции (вызванного гиперметилированием эпигенетического промотора CpG-островков ), чем из-за мутаций. Как указывают Фогельштейн и др., при колоректальном раке обычно наблюдается около 3–6 мутаций-драйверов и от 33 до 66 мутаций- автостопщиков или пассажиров. [2] Однако в опухолях толстой кишки по сравнению с прилегающей нормальной слизистой оболочкой толстой кишки имеется около 600–800 сильно метилированных CpG-островков в промоторах генов в опухолях, тогда как эти CpG-островки не метилированы в прилегающей слизистой оболочке. [3] [4] [5] Манипуляции с эпигенетическими изменениями открывают большие перспективы для профилактики, обнаружения и терапии рака. [6] [7] При различных типах рака могут быть нарушены различные эпигенетические механизмы, такие как подавление генов-супрессоров опухолей и активация онкогенов путем изменения паттернов метилирования CpG-островков , модификации гистонов и нарушение регуляции ДНК-связывающих белков . Существует несколько лекарств , которые оказывают эпигенетическое воздействие, и которые в настоящее время используются при ряде этих заболеваний.

Эпигенетические закономерности в нормальных и раковых клетках
Эпигенетические изменения в прогрессировании опухолей

Механизмы

метилирование ДНК

Фрагмент молекулы ДНК , метилированный по двум цитозинам

В соматических клетках паттерны метилирования ДНК в целом передаются дочерним клеткам с высокой точностью. [8] Обычно это метилирование происходит только в цитозинах, которые расположены 5' к гуанозину в динуклеотидах CpG эукариот высшего порядка. [9] Однако эпигенетическое метилирование ДНК отличается между нормальными клетками и опухолевыми клетками у людей. «Нормальный» профиль метилирования CpG часто инвертируется в клетках, которые становятся опухолеобразующими. [10] В нормальных клетках островки CpG , предшествующие промоторам генов , как правило, неметилированы и, как правило, транскрипционно активны, в то время как другие отдельные динуклеотиды CpG по всему геному, как правило, метилированы. Однако в раковых клетках островки CpG , предшествующие промоторам генов-супрессоров опухолей , часто гиперметилированы, в то время как метилирование CpG областей промотора онкогена и паразитарных повторных последовательностей часто снижено. [11]

Гиперметилирование областей промотора гена-супрессора опухоли может привести к подавлению этих генов. Этот тип эпигенетической мутации позволяет клеткам расти и размножаться бесконтрольно, что приводит к возникновению опухолей. [10] Добавление метильных групп к цитозинам приводит к тому, что ДНК плотно скручивается вокруг гистоновых белков, в результате чего ДНК не может подвергаться транскрипции (транскрипционно подавленная ДНК). Гены, которые обычно подавляются транскрипцией из-за гиперметилирования промотора, включают: ингибитор циклинзависимой киназы p16 , ингибитор клеточного цикла; MGMT , ген репарации ДНК ; APC , регулятор клеточного цикла; MLH1 , ген репарации ДНК; и BRCA1 , еще один ген репарации ДНК. [10] [12] Действительно, раковые клетки могут привыкнуть к транскрипционному подавлению из-за гиперметилирования промотора некоторых ключевых генов-супрессоров опухоли, процесс, известный как эпигенетическая зависимость. [13]

Гипометилирование динуклеотидов CpG в других частях генома приводит к нестабильности хромосом из-за таких механизмов, как потеря импринтинга и реактивация мобильных элементов . [14] [15] [16] [17] Потеря импринтинга гена инсулиноподобного фактора роста (IGF2) увеличивает риск колоректального рака и связана с синдромом Беквита-Видеманна , который значительно увеличивает риск рака у новорожденных. [18] В здоровых клетках динуклеотиды CpG более низкой плотности находятся в кодирующих и некодирующих межгенных областях. Экспрессия некоторых повторяющихся последовательностей и мейотическая рекомбинация в центромерах подавляются посредством метилирования [19]

Весь геном раковой клетки содержит значительно меньше метилцитозина , чем геном здоровой клетки. Фактически, геномы раковых клеток имеют на 20-50% меньше метилирования в отдельных динуклеотидах CpG по всему геному. [14] [15] [16] [17] Островки CpG, обнаруженные в промоторных областях, обычно защищены от метилирования ДНК. В раковых клетках островки CpG гипометилированы [20] Регионы, фланкирующие островки CpG, называемые берегами островков CpG, являются тем местом, где происходит большая часть метилирования ДНК в контексте динуклеотидов CpG. Раковые клетки метилированы преимущественно на берегах островков CpG. В раковых клетках гиперметилирование в берегах островков CpG перемещается в островки CpG, или гипометилирование островков CpG перемещается в берега островков CpG, устраняя резкие эпигенетические границы между этими генетическими элементами. [21] В раковых клетках «глобальное гипометилирование» из-за нарушения работы ДНК-метилтрансфераз (DNMT) может способствовать митотической рекомбинации и перестройке хромосом , что в конечном итоге приводит к анеуплоидии , когда хромосомы не могут правильно разделиться во время митоза . [14] [15] [16] [17]

Метилирование CpG-островков важно для регуляции экспрессии генов, однако метилирование цитозина может напрямую приводить к дестабилизирующим генетическим мутациям и предраковому клеточному состоянию. Метилированные цитозины делают гидролиз аминогруппы и спонтанное преобразование в тимин более благоприятными. Они могут вызывать аберрантный набор хроматиновых белков. Метилирование цитозина изменяет количество поглощения УФ-света нуклеотидной основой, создавая пиримидиновые димеры . Когда мутация приводит к потере гетерозиготности в участках генов- супрессоров опухолей, эти гены могут стать неактивными. Мутации одной пары оснований во время репликации также могут иметь пагубные последствия. [12]

Модификация гистонов

Эукариотическая ДНК имеет сложную структуру. Она обычно оборачивается вокруг специальных белков, называемых гистонами, образуя структуру, называемую нуклеосомой . Нуклеосома состоит из 2 наборов из 4 гистонов: H2A , H2B , H3 и H4 . Кроме того, гистон H1 участвует в упаковке ДНК за пределами нуклеосомы. Некоторые ферменты, модифицирующие гистоны, могут добавлять или удалять функциональные группы к гистонам, и эти модификации влияют на уровень транскрипции генов, обернутых вокруг этих гистонов, и уровень репликации ДНК. Профили модификации гистонов здоровых и раковых клеток, как правило, различаются.

По сравнению со здоровыми клетками, раковые клетки демонстрируют снижение моноацетилированных и триметилированных форм гистона H4 (снижение H4ac и H4me3). [22] Кроме того, мышиные модели показали, что снижение асимметричного диметилирования гистона H4R3 (H4R3me2a) промотора p19ARF коррелирует с более запущенными случаями опухолегенеза и метастазирования. [23] В мышиных моделях потеря ацетилирования и триметилирования гистона H4 увеличивается по мере продолжения роста опухоли. [22] Потеря ацетилирования лизина 16 гистона H4 ( H4K16ac ), которая является признаком старения теломер , в частности, теряет свое ацетилирование. Некоторые ученые надеются, что эта конкретная потеря ацетилирования гистона может быть предотвращена с помощью ингибитора гистондеацетилазы (HDAC), специфичного для SIRT1 , HDAC, специфичного для H4K16. [10] [24]

Другие гистоновые метки, связанные с онкогенезом, включают повышенное деацетилирование (пониженное ацетилирование) гистонов H3 и H4, пониженное триметилирование гистона H3 лизина 4 ( H3K4me3 ), повышенное монометилирование гистона H3 лизина 9 (H3K9me1) и триметилирование гистона H3 лизина 27 ( H3K27me3 ). Эти модификации гистонов могут подавлять гены-супрессоры опухолей, несмотря на снижение метилирования CpG-островка гена (событие, которое обычно активирует гены). [25] [26]

Некоторые исследования были сосредоточены на блокировании действия BRD4 на ацетилированные гистоны, что, как было показано, увеличивает экспрессию белка Myc , вовлеченного в несколько видов рака. Процесс разработки препарата для связывания с BRD4 примечателен совместным, открытым подходом, который использует команда. [27]

Ген-супрессор опухолей p53 регулирует репарацию ДНК и может вызывать апоптоз в нерегулируемых клетках. E Soto-Reyes и F Recillas-Targa выяснили важность белка CTCF в регуляции экспрессии p53. [28] CTCF, или фактор связывания CCCTC, представляет собой белок с цинковыми пальцами , который изолирует промотор p53 от накопления репрессивных гистоновых меток. В некоторых типах раковых клеток белок CTCF не связывается нормально, а промотор p53 накапливает репрессивные гистоновые метки, что приводит к снижению экспрессии p53. [28]

Мутации в самом эпигенетическом механизме также могут происходить, потенциально ответственные за изменение эпигенетических профилей раковых клеток. Варианты гистонов семейства H2A высококонсервативны у млекопитающих, играя критически важную роль в регуляции многих ядерных процессов путем изменения структуры хроматина . Один из ключевых вариантов H2A, H2A.X, маркирует повреждение ДНК, способствуя привлечению белков репарации ДНК для восстановления целостности генома. Другой вариант, H2A.Z, играет важную роль как в активации, так и в репрессии генов. Высокий уровень экспрессии H2A.Z обнаруживается при многих видах рака и в значительной степени связан с клеточной пролиферацией и геномной нестабильностью. [11] Вариант гистона macroH2A1 важен в патогенезе многих типов рака, например, при гепатоцеллюлярной карциноме. [29] Другие механизмы включают снижение H4K16ac, которое может быть вызвано либо снижением активности гистоновых ацетилтрансфераз (HATs), либо увеличением деацетилирования SIRT1. [10] Аналогично, инактивирующая мутация сдвига рамки в HDAC2 , гистоновой деацетилазы , которая действует на многие лизины гистонов-хвостов , была связана с раком, показывающим измененные паттерны ацетилирования гистонов. [30] Эти результаты указывают на многообещающий механизм изменения эпигенетических профилей посредством ферментативного ингибирования или усиления. Новой развивающейся областью, которая охватывает токсикологические эпигенетические изменения в результате воздействия различных соединений (лекарств, пищи и окружающей среды), является токсикоэпигенетика. В этой области растет интерес к картированию изменений в модификациях гистонов и их возможных последствий. [31]

Повреждение ДНК , вызванное ультрафиолетовым светом, ионизирующим излучением , экологическими токсинами и метаболическими химикатами, также может привести к геномной нестабильности и раку. Реакция повреждения ДНК на двухцепочечные разрывы ДНК (DSB) частично опосредована модификациями гистонов. При DSB комплекс белков MRE11 - RAD50 - NBS1 (MRN) рекрутирует мутированную киназу атаксии-телеангиэктазии (ATM), которая фосфорилирует серин 129 гистона 2A. MDC1, медиатор контрольной точки повреждения ДНК 1, связывается с фосфопептидом, и фосфорилирование H2AX может распространяться по положительной обратной связи рекрутирования и фосфорилирования MRN-ATM. TIP60 ацетилирует γH2AX, который затем полиубиквитинируется. RAP80, субъединица комплекса белка восприимчивости к репарации ДНК рака молочной железы 1 типа ( BRCA1 -A), связывает убиквитин, прикрепленный к гистонам. Активность BRCA1-A останавливает клеточный цикл в контрольной точке G2/M , давая время для репарации ДНК, или может быть инициирован апоптоз . [32]

Подавление экспрессии генов микроРНК

У млекопитающих микроРНК (miRNA) регулируют около 60% транскрипционной активности генов, кодирующих белки. [33] Некоторые miRNA также подвергаются подавлению, связанному с метилированием, в раковых клетках. [34] [35] Let-7 и miR15/16 играют важную роль в подавлении онкогенов RAS и BCL2 , и их подавление происходит в раковых клетках. [18] Снижение экспрессии miR-125b1, miRNA, которая функционирует как супрессор опухолей , наблюдалось при раке простаты, яичников , молочной железы и глиальных клетках. Эксперименты in vitro показали, что miR-125b1 нацелена на два гена, HER2/neu и ESR1 , которые связаны с раком молочной железы. Метилирование ДНК, в частности гиперметилирование, является одним из основных способов эпигенетического подавления miR-125b1. У пациентов с раком молочной железы наблюдалось гиперметилирование CpG-островков, расположенных проксимальнее сайта начала транскрипции. Потеря связывания CTCF и увеличение репрессивных гистоновых меток, H3K9me3 и H3K27me3, коррелирует с метилированием ДНК и подавлением miR-125b1. Механистически CTCF может функционировать как пограничный элемент, останавливающий распространение метилирования ДНК. Результаты экспериментов, проведенных Сото-Рейесом и соавторами [36] , указывают на отрицательное влияние метилирования на функцию и экспрессию miR-125b1. Поэтому они пришли к выводу, что метилирование ДНК играет роль в подавлении гена. Кроме того, некоторые miRNA эпигенетически подавлены на ранней стадии рака молочной железы, и поэтому эти miRNA потенциально могут быть полезны в качестве опухолевых маркеров. [36] Эпигенетическое подавление генов miRNA аберрантным метилированием ДНК является частым явлением в раковых клетках; Почти треть промоторов miRNA, активных в нормальных клетках молочной железы, были обнаружены гиперметилированными в клетках рака молочной железы, что в несколько раз превышает долю, обычно наблюдаемую для генов, кодирующих белки. [37]

Метаболическая перекодировка эпигенетики при раке

Дисрегуляция метаболизма позволяет опухолевым клеткам генерировать необходимые строительные блоки, а также модулировать эпигенетические метки для поддержки возникновения и прогрессирования рака. Метаболические изменения, вызванные раком, изменяют эпигенетический ландшафт, особенно модификации гистонов и ДНК, тем самым способствуя злокачественной трансформации, адаптации к недостаточному питанию и метастазированию. Для того чтобы удовлетворить биосинтетические потребности раковых клеток, метаболические пути изменяются путем одновременного манипулирования онкогенами и генами, подавляющими опухоль. [38] Накопление определенных метаболитов в раке может нацеливать эпигенетические ферменты на глобальное изменение эпигенетического ландшафта. Связанные с раком метаболические изменения приводят к локус-специфическому перекодированию эпигенетических меток. Эпигенетика рака может быть точно перепрограммирована клеточным метаболизмом посредством 1) дозозависимой модуляции эпигенетики рака метаболитами; 2) последовательности-специфического набора метаболических ферментов; и 3) нацеливания эпигенетических ферментов пищевыми сигналами. [38] В дополнение к модуляции метаболического программирования на молекулярном уровне, существуют микросредовые факторы, которые могут влиять и влиять на метаболическое перекодирование. Эти влияния включают питание, воспаление и иммунный ответ злокачественных тканей.

МикроРНК и репарация ДНК

Повреждение ДНК, по-видимому, является основной причиной рака. [39] [40] Если репарация ДНК недостаточна, повреждения ДНК имеют тенденцию накапливаться. Такое избыточное повреждение ДНК может увеличить мутационные ошибки во время репликации ДНК из-за подверженного ошибкам синтеза транслезиона . Избыточное повреждение ДНК также может увеличить эпигенетические изменения из-за ошибок во время репарации ДНК. [41] [42] Такие мутации и эпигенетические изменения могут привести к раку (см. злокачественные новообразования ).

Мутации зародышевой линии в генах репарации ДНК вызывают лишь 2–5% случаев рака толстой кишки . [43] Однако измененная экспрессия микроРНК, вызывающая дефицит репарации ДНК, часто связана с раковыми заболеваниями и может быть важным причинным фактором для этих видов рака.

Повышенная экспрессия определенных miRNA может напрямую снижать экспрессию определенных белков репарации ДНК. Ван и др. [44] сослались на 6 генов репарации ДНК, на которые напрямую нацелены miRNA, указанные в скобках: ATM (miR-421), RAD52 (miR-210, miR-373), RAD23B (miR-373), MSH2 (miR-21), BRCA1 (miR-182) и P53 (miR-504, miR-125b). Совсем недавно Тесситоре и др. [45] перечислили дополнительные гены репарации ДНК, которые напрямую нацелены на дополнительные miRNA, включая ATM (miR-18a, miR-101), DNA-PK (miR-101), ATR (miR-185), Wip1 (miR-16), MLH1, MSH2 и MSH6 (miR-155), ERCC3 и ERCC4 (miR-192) и UNG2 (mir-16, miR-34c и miR-199a). Из этих miRNA, miR-16, miR-18a, miR-21, miR-34c, miR-125b, miR-101, miR-155, miR-182, miR-185 и miR-192 входят в число тех, которые были идентифицированы Шнекенбургером и Дидерихом [46] как сверхэкспрессируемые при раке толстой кишки через эпигенетическое гипометилирование. Повышенная экспрессия любой из этих микроРНК может привести к снижению экспрессии целевого гена репарации ДНК.

До 15% дефицитов MLH1 при спорадических формах рака толстой кишки, по-видимому, были вызваны чрезмерной экспрессией микроРНК miR-155 , которая подавляет экспрессию MLH1. [47] Однако большинство из 68 спорадических форм рака толстой кишки со сниженной экспрессией белка репарации несоответствий ДНК MLH1 оказались дефицитными из-за эпигенетического метилирования острова CpG гена MLH1 . [48]

В 28% глиобластом белок репарации ДНК MGMT дефицитен, но промотор MGMT не метилирован. [49] В глиобластомах без метилированных промоторов MGMT уровень микроРНК miR-181d обратно коррелирует с экспрессией белка MGMT, а прямой целью miR-181d является 3'UTR мРНК MGMT ( три основных нетранслируемых региона мРНК MGMT). [49] Таким образом, в 28% глиобластом повышенная экспрессия miR-181d и сниженная экспрессия фермента репарации ДНК MGMT могут быть причинным фактором. В 29–66% [49] [50] глиобластом репарация ДНК дефицитна из-за эпигенетического метилирования гена MGMT , что снижает экспрессию белка MGMT.

Группа белков высокой мобильности A ( HMGA ), характеризующаяся наличием AT-крючка , представляет собой небольшие, негистоновые, ассоциированные с хроматином белки, которые могут модулировать транскрипцию. МикроРНК контролируют экспрессию белков HMGA , и эти белки ( HMGA1 и HMGA2 ) являются архитектурными элементами, контролирующими транскрипцию хроматина. Пальмиери и др. [51] показали, что в нормальных тканях гены HGMA1 и HMGA2 являются мишенями (и, таким образом, их экспрессия сильно снижена) для miR-15 , miR-16 , miR-26a , miR-196a2 и Let-7a .

Экспрессия HMGA практически не обнаруживается в дифференцированных взрослых тканях, но повышена при многих видах рака. Белки HGMA представляют собой полипептиды из ~100 аминокислотных остатков, характеризующиеся модульной организацией последовательностей. Эти белки имеют три высокоположительно заряженных региона, называемых крючками AT , которые связывают малую бороздку участков ДНК, богатых AT, в определенных регионах ДНК. Человеческие новообразования, включая рак щитовидной железы, предстательной железы, шейки матки, колоректальный рак, рак поджелудочной железы и яичников, показывают сильное увеличение белков HMGA1a и HMGA1b. [52] Трансгенные мыши с HMGA1, нацеленным на лимфоидные клетки, развивают агрессивную лимфому, показывая, что высокая экспрессия HMGA1 связана не только с раком, но и что ген HMGA1 может действовать как онкоген, вызывая рак. [53] Балдассарре и др., [54] показали, что белок HMGA1 связывается с промоторной областью гена репарации ДНК BRCA1 и ингибирует активность промотора BRCA1 . Они также показали, что, хотя только 11% опухолей молочной железы имели гиперметилирование гена BRCA1 , 82% агрессивных форм рака молочной железы имели низкую экспрессию белка BRCA1, и большинство этих снижений были обусловлены ремоделированием хроматина за счет высоких уровней белка HMGA1.

Белок HMGA2 специфически воздействует на промотор ERCC1 , тем самым снижая экспрессию этого гена репарации ДНК. [55] Экспрессия белка ERCC1 была недостаточной в 100% из 47 оцененных случаев рака толстой кишки (хотя степень участия HGMA2 неизвестна). [56]

Palmieri et al. [51] показали, что каждая из miRNA, нацеленных на гены HMGA, резко снижена почти во всех изученных аденомах гипофиза человека по сравнению с нормальным гипофизом. В соответствии с подавлением этих miRNA, нацеленных на HMGA, наблюдалось увеличение мРНК, специфичных для HMGA1 и HMGA2. Три из этих микроРНК (miR-16, miR-196a и Let-7a) [46] [57] имеют метилированные промоторы и, следовательно, низкую экспрессию при раке толстой кишки. Для двух из них, miR-15 и miR-16, кодирующие области эпигенетически подавлены при раке из-за активности гистондеацетилазы . [58] Когда эти микроРНК экспрессируются на низком уровне, тогда белки HMGA1 и HMGA2 экспрессируются на высоком уровне. HMGA1 и HMGA2 нацелены (снижают экспрессию) на гены репарации ДНК BRCA1 и ERCC1 . Таким образом, репарация ДНК может быть снижена, что, вероятно, способствует прогрессированию рака. [40]

пути восстановления ДНК

Таблица распространенных агентов, повреждающих ДНК, примеры повреждений, которые они вызывают в ДНК, и пути, используемые для восстановления этих повреждений. Также показаны многие гены в этих путях, что является указанием на то, какие гены эпигенетически регулируются для снижения (или повышения) экспрессии при различных видах рака. Также показаны гены в подверженном ошибкам пути микрогомологичного соединения концов с повышенной экспрессией при различных видах рака.

На диаграмме в этом разделе показаны некоторые часто встречающиеся агенты, повреждающие ДНК, примеры повреждений ДНК, которые они вызывают, и пути, которые справляются с этими повреждениями ДНК. По крайней мере 169 ферментов либо напрямую задействованы в восстановлении ДНК, либо влияют на процессы восстановления ДНК. [59] Из них 83 напрямую задействованы в восстановлении 5 типов повреждений ДНК, показанных на диаграмме.

Некоторые из наиболее хорошо изученных генов, центральных для этих процессов восстановления, показаны на диаграмме. Обозначения генов, показанные красным, серым или голубым цветом, указывают на гены, часто эпигенетически измененные при различных типах рака. Статьи Википедии по каждому из генов, выделенных красным, серым или голубым цветом, описывают эпигенетические изменения и рак, при котором эти эпимутации обнаружены. Две обширные экспериментальные обзорные статьи [60] [61] также документируют большинство этих эпигенетических дефектов репарации ДНК при раке.

Выделенные красным гены часто сокращаются или подавляются эпигенетическими механизмами при различных видах рака. Когда эти гены имеют низкую или отсутствующую экспрессию, повреждения ДНК могут накапливаться. Ошибки репликации за пределами этих повреждений (см. синтез транслезии ) могут привести к увеличению мутаций и, в конечном итоге, к раку. Эпигенетическая репрессия генов репарации ДНК в точных путях репарации ДНК, по-видимому, играет центральную роль в канцерогенезе .

Два выделенных серым гена RAD51 и BRCA2 необходимы для гомологичной рекомбинационной репарации. Иногда они эпигенетически сверхэкспрессированы, а иногда недостаточно экспрессированы при определенных видах рака. Как указано в статьях Википедии о RAD51 и BRCA2 , такие виды рака обычно имеют эпигенетические дефициты в других генах репарации ДНК. Эти дефициты репарации, вероятно, приведут к увеличению нерепарированных повреждений ДНК. Сверхэкспрессия RAD51 и BRCA2, наблюдаемая при этих видах рака, может отражать селективное давление для компенсаторной сверхэкспрессии RAD51 или BRCA2 и увеличенной гомологичной рекомбинационной репарации, чтобы хотя бы частично справиться с такими избыточными повреждениями ДНК. В тех случаях, когда RAD51 или BRCA2 недостаточно экспрессированы, это само по себе приведет к увеличению нерепарированных повреждений ДНК. Ошибки репликации, выходящие за рамки этих повреждений (см. синтез через повреждение ), могут привести к увеличению числа мутаций и рака, поэтому недостаточная экспрессия RAD51 или BRCA2 сама по себе может быть канцерогенной.

Гены, выделенные цианом, находятся в пути микрогомологически-опосредованного соединения концов (MMEJ) и активируются при раке. MMEJ — это дополнительный подверженный ошибкам неточный путь репарации для двухцепочечных разрывов. При репарации двухцепочечного разрыва MMEJ гомологии 5-25 комплементарных пар оснований между обеими парными цепями достаточно для выравнивания цепей, но обычно присутствуют несовпадающие концы (лоскуты). MMEJ удаляет дополнительные нуклеотиды (лоскуты) в местах соединения цепей, а затем лигирует цепи для создания неповрежденной двойной спирали ДНК. MMEJ почти всегда включает по крайней мере небольшую делецию, так что это мутагенный путь. [62] FEN1 , эндонуклеаза лоскута в MMEJ, эпигенетически увеличивается за счет гипометилирования промотора и сверхэкспрессируется в большинстве видов рака молочной железы, [63] простаты, [64] желудка, [65] [66] нейробластом, [67] поджелудочной железы, [68] и легких. [69] PARP1 также сверхэкспрессируется, когда его участок промотора ETS эпигенетически гипометилирован, и это способствует прогрессированию рака эндометрия, [70] рака яичников с мутацией BRCA, [71] и серозного рака яичников с мутацией BRCA. [72] Другие гены в пути MMEJ также сверхэкспрессируются в ряде видов рака (см. сводку в MMEJ ) и также показаны синим цветом.

Частоты эпимутаций в генах репарации ДНК

Дефицит белков репарации ДНК, которые функционируют в точных путях репарации ДНК, увеличивает риск мутации. Скорость мутаций значительно увеличивается в клетках с мутациями в репарации несоответствий ДНК [73] [74] или в гомологичной рекомбинационной репарации (HRR). [75] Люди с унаследованными мутациями в любом из 34 генов репарации ДНК подвержены повышенному риску рака (см. Дефекты репарации ДНК и повышенный риск рака ).

При спорадических видах рака дефицит репарации ДНК иногда обнаруживается из-за мутации в гене репарации ДНК, но гораздо чаще сниженная или отсутствующая экспрессия генов репарации ДНК обусловлена ​​эпигенетическими изменениями, которые снижают или подавляют экспрессию генов. Например, из 113 случаев колоректального рака, исследованных последовательно, только четыре имели миссенс-мутацию в гене репарации ДНК MGMT , в то время как большинство имели сниженную экспрессию MGMT из-за метилирования промотора MGMT (эпигенетическое изменение). [76] Аналогично, из 119 случаев колоректального рака с дефицитом репарации несоответствий, в которых отсутствовала экспрессия гена репарации ДНК PMS2 , белок PMS2 был дефицитным в 6 из-за мутаций в гене PMS2 , в то время как в 103 случаях экспрессия PMS2 была дефицитной, потому что его партнер по спариванию MLH1 был подавлен из-за метилирования промотора (белок PMS2 нестабилен при отсутствии MLH1). [48] ​​В других 10 случаях потеря экспрессии PMS2, вероятно, была вызвана эпигенетической сверхэкспрессией микроРНК miR-155, которая подавляет MLH1. [47]

Эпигенетические дефекты в генах репарации ДНК часто встречаются при раке. В таблице несколько видов рака были оценены на предмет сниженной или отсутствующей экспрессии интересующего гена репарации ДНК, а показанная частота — это частота, с которой рак имел эпигенетический дефицит экспрессии гена. Такие эпигенетические дефекты, вероятно, возникают на ранних стадиях канцерогенеза , поскольку они также часто встречаются (хотя и с несколько меньшей частотой) в дефекте поля , окружающем рак, из которого, вероятно, возник рак (см. таблицу).

Похоже, что рак часто может быть инициирован эпигенетическим снижением экспрессии одного или нескольких ферментов репарации ДНК. Сниженная репарация ДНК, вероятно, позволяет накапливать повреждения ДНК. Ошибочно-подверженный синтез транслезиона после некоторых из этих повреждений ДНК может привести к мутации с селективным преимуществом. Клональный участок с селективным преимуществом может расти и вытеснять соседние клетки, образуя дефект поля . Хотя нет очевидного селективного преимущества для клетки иметь сниженную репарацию ДНК, эпимутация гена репарации ДНК может переноситься как пассажир, когда клетки с селективно выгодной мутацией реплицируются. В клетках, несущих как эпимутацию гена репарации ДНК, так и мутацию с селективным преимуществом, будут накапливаться дальнейшие повреждения ДНК, и они, в свою очередь, могут привести к дальнейшим мутациям с еще большими селективными преимуществами. Таким образом, эпигенетические дефекты в репарации ДНК могут способствовать характерной высокой частоте мутаций в геномах раковых заболеваний и вызывать их канцерогенное прогрессирование.

Раковые заболевания имеют высокий уровень нестабильности генома , связанный с высокой частотой мутаций . Высокая частота геномных мутаций увеличивает вероятность возникновения определенных мутаций, которые активируют онкогены и инактивируют гены-супрессоры опухолей, что приводит к канцерогенезу . На основе секвенирования всего генома обнаружено, что раковые заболевания имеют тысячи или сотни тысяч мутаций во всех своих геномах. [87] (Также см. Частоты мутаций при раковых заболеваниях .) Для сравнения, частота мутаций во всем геноме между поколениями для людей (от родителя к ребенку) составляет около 70 новых мутаций на поколение. [88] [89] В кодирующих белок областях генома существует всего около 0,35 мутаций между поколениями родителей/детей (менее одного мутировавшего белка на поколение). [90] Полное секвенирование генома в клетках крови у пары идентичных близнецов в возрасте 100 лет выявило только 8 соматических различий, хотя соматические вариации, встречающиеся менее чем в 20% клеток крови, остались бы необнаруженными. [91]

В то время как повреждения ДНК могут приводить к мутациям через подверженный ошибкам синтез транслезии , повреждения ДНК также могут приводить к эпигенетическим изменениям во время ошибочных процессов репарации ДНК. [41] [42] [92] [93] Повреждения ДНК, которые накапливаются из-за дефектов эпигенетической репарации ДНК, могут быть источником повышенных эпигенетических изменений, обнаруженных во многих генах при раке. В раннем исследовании, изучающем ограниченный набор транскрипционных промоторов, Фернандес и др. [94] изучили профили метилирования ДНК 855 первичных опухолей. Сравнивая каждый тип опухоли с соответствующей ему нормальной тканью, 729 сайтов CpG-островков (55% из 1322 оцененных сайтов CpG) показали дифференциальное метилирование ДНК. Из этих сайтов 496 были гиперметилированы (репрессированы), а 233 были гипометилированы (активированы). Таким образом, в опухолях наблюдается высокий уровень изменений метилирования эпигенетических промоторов. Некоторые из этих эпигенетических изменений могут способствовать прогрессированию рака.

Эпигенетические канцерогены

Различные соединения считаются эпигенетическими канцерогенами — они приводят к увеличению частоты опухолей, но не проявляют мутагенной активности (токсичные соединения или патогены, вызывающие опухоли, склонные к повышенной регенерации, также следует исключить). Примерами служат диэтилстильбестрол , арсенит , гексахлорбензол и соединения никеля .

Многие тератогены оказывают специфическое воздействие на плод посредством эпигенетических механизмов. [95] [96] Хотя эпигенетические эффекты могут сохранять эффект тератогена, такого как диэтилстильбэстрол, на протяжении всей жизни пораженного ребенка, возможность врожденных дефектов в результате воздействия на отцов или во втором и последующих поколениях потомства, как правило, отвергалась по теоретическим соображениям и из-за отсутствия доказательств. [97] Тем не менее, был продемонстрирован ряд аномалий, опосредованных самцами, и, вероятно, их будет больше. [98] Информация на этикетке FDA для Vidaza, формулы 5-азацитидина (неметилируемый аналог цитидина, который вызывает гипометилирование при включении в ДНК), гласит, что «мужчинам следует рекомендовать не становиться отцами» во время использования препарата, ссылаясь на доказательства у леченных самцов мышей сниженной фертильности, повышенной потери эмбрионов и аномального развития эмбрионов. [99] У крыс эндокринные различия наблюдались у потомства самцов, подвергшихся воздействию морфина. [100] У мышей описаны эффекты второго поколения диэтилстильбестерола, возникающие посредством эпигенетических механизмов. [101]

Подтипы рака

Рак кожи

Меланома — смертельный рак кожи, который возникает из меланоцитов. Известно, что несколько эпигенетических изменений играют роль в переходе меланоцитов в клетки меланомы. Это включает метилирование ДНК, которое может быть унаследовано без внесения изменений в последовательность ДНК, а также подавление генов-супрессоров опухолей в эпидермисе, который подвергался воздействию УФ-излучения в течение определенного периода времени. [102] Подавление генов-супрессоров опухолей приводит к фотоканцерогенезу , который связан с эпигенетическими изменениями в метилировании ДНК, ДНК-метилтрансферазах и ацетилировании гистонов. [102] Эти изменения являются следствием нарушения регуляции соответствующих им ферментов. Среди этих ферментов есть несколько гистон-метилтрансфераз и деметилаз. [103]

рак простаты

Рак предстательной железы убивает около 35 000 мужчин ежегодно, и около 220 000 мужчин ежегодно диагностируются с раком предстательной железы, только в Северной Америке. [104] Рак предстательной железы является второй по значимости причиной смертности от рака у мужчин, и в течение жизни мужчины у одного из шести мужчин будет это заболевание. [104] Изменения в ацетилировании гистонов и метилировании ДНК происходят в различных генах, влияющих на рак предстательной железы, и были замечены в генах, участвующих в гормональном ответе. [105] Более 90% случаев рака предстательной железы демонстрируют подавление генов за счет гиперметилирования CpG-островка промотора гена GSTP1 , который защищает клетки предстательной железы от геномного повреждения, вызванного различными окислителями или канцерогенами . [106] Полимеразная цепная реакция (ПЦР) в реальном времени, специфичная для метилирования, предполагает , что многие другие гены также гиперметилированы. [106] Экспрессия генов в простате может модулироваться путем изменения питания и образа жизни. [107]

Рак шейки матки

Вторая по распространенности злокачественная опухоль у женщин — инвазивный рак шейки матки (ИРШМ), и более 50% всех случаев инвазивного рака шейки матки (ИРШМ) вызваны онкогенным вирусом папилломы человека 16 ( ВПЧ16 ). [108] Кроме того, интраэпителиальная неоплазия шейки матки (ИНШМ) в первую очередь вызвана онкогенным ВПЧ16. [108] Как и во многих случаях, причинный фактор рака не всегда идет прямым путем от инфекции к развитию рака. Геномные паттерны метилирования были связаны с инвазивным раком шейки матки. В регионе HPV16L1 14 протестированных сайтов CpG имеют значительно более высокое метилирование в CIN3+, чем в геномах HPV16 женщин без CIN3 . [108] Было обнаружено, что только 2/16 сайтов CpG, протестированных в восходящей регуляторной области HPV16, связаны с повышенным метилированием в CIN3+. [108] Это говорит о том, что прямой путь от инфекции к раку иногда ведет к предраковому состоянию при интраэпителиальной неоплазии шейки матки. Кроме того, повышенное метилирование сайтов CpG было обнаружено на низких уровнях в большинстве из пяти изученных ядерных генов хозяина, включая 5/5 TERT , 1/4 DAPK1 , 2/5 RARB , MAL и CADM1 . [108] Кроме того, 1/3 сайтов CpG в митохондриальной ДНК были связаны с повышенным метилированием в CIN3+. [108] Таким образом, существует корреляция между CIN3+ и повышенным метилированием сайтов CpG в открытой рамке считывания HPV16 L1. [108] Это может быть потенциальным биомаркером для будущих скринингов раковых и предраковых заболеваний шейки матки. [108]

Лейкемия

Недавние исследования показали, что ген лейкемии смешанной линии (MLL) вызывает лейкемию путем перестройки и слияния с другими генами в разных хромосомах, что является процессом, находящимся под эпигенетическим контролем. [109] Мутации в MLL блокируют правильные регуляторные области в транслокациях или вставках, связанных с лейкемией, вызывая злокачественную трансформацию, контролируемую генами HOX. [110] Это то, что приводит к увеличению количества лейкоцитов. Гены, связанные с лейкемией, управляются теми же путями, которые контролируют эпигенетику, сигнальную трансдукцию, транскрипционную регуляцию и энергетический метаболизм. Было указано, что инфекции, электромагнитные поля и повышенный вес при рождении могут способствовать возникновению лейкемии. [111]

Саркома

В США ежегодно регистрируется около 15 000 новых случаев саркомы, и в 2014 году в США, по прогнозам, от саркомы умрет около 6 200 человек. [112] Саркомы включают большое количество редких, гистогенетически гетерогенных мезенхимальных опухолей, которые, например, включают хондросаркому, саркому Юинга, лейомиосаркому, липосаркому, остеосаркому, синовиальную саркому и (альвеолярную и эмбриональную) рабдомиосаркому. Несколько онкогенов и генов-супрессоров опухолей эпигенетически изменены в саркомах. К ним относятся APC, CDKN1A, CDKN2A, CDKN2B, Ezrin, FGFR1, GADD45A, MGMT, STK3, STK4, PTEN, RASSF1A, WIF1, а также несколько микроРНК. [113] Экспрессия эпигенетических модификаторов, таких как компонент BMI1 комплекса PRC1, дерегулирована при хондросаркоме, саркоме Юинга и остеосаркоме, а экспрессия компонента EZH2 комплекса PRC2 изменена при саркоме Юинга и рабдомиосаркоме. Аналогичным образом экспрессия другого эпигенетического модификатора, гистондеметилазы LSD1, увеличивается при хондросаркоме, саркоме Юинга, остеосаркоме и рабдомиосаркоме. Нацеливание лекарственных средств и ингибирование EZH2 при саркоме Юинга [114] или LSD1 при некоторых саркомах [115] подавляет рост опухолевых клеток в этих саркомах.

Рак легких

Рак легких является вторым по распространенности типом рака и основной причиной смерти среди мужчин и женщин в Соединенных Штатах. По оценкам, около 216 000 новых случаев заболевания и 160 000 смертей из-за рака легких. [116]

Инициация и прогрессирование карциномы легких является результатом взаимодействия генетических, эпигенетических и экологических факторов. Большинство случаев рака легких вызваны генетическими мутациями в EGFR , KRAS , STK11 (также известном как LKB1 ), TP53 (также известном как p53 ) и CDKN2A (также известном как p16 или INK4a ) [117] [118] [119] причем наиболее распространенным типом рака легких является инактивация в p16. p16 является белком-супрессором опухолей, который встречается в основном у людей функциональная значимость мутаций была проверена на многих других видах, включая мышей, кошек, собак, обезьян и коров идентификация этих множественных неперекрывающихся клонов не была полностью удивительной, так как гибридизация с пониженной строгостью зооблота с тем же зондом также выявила 10-15 положительных фрагментов EcoRI у всех протестированных видов. [120]

Методы идентификации

Ранее эпигенетические профили ограничивались отдельными генами, находящимися под пристальным вниманием определенной исследовательской группы. Однако в последнее время ученые переходят к более геномному подходу, чтобы определить весь геномный профиль для раковых и здоровых клеток. [10]

Популярные подходы к измерению метилирования CpG в клетках включают:

Поскольку бисульфитное секвенирование считается золотым стандартом для измерения метилирования CpG, при использовании одного из других методов результаты обычно подтверждаются с помощью бисульфитного секвенирования[1]. Популярные подходы для определения профилей модификации гистонов в раковых клетках по сравнению со здоровыми включают: [10]

Диагностика и прогноз

Исследователи надеются идентифицировать конкретные эпигенетические профили различных типов и подтипов рака с целью использования этих профилей в качестве инструментов для более точной и точной диагностики людей. [10] Поскольку эпигенетические профили изменяются, ученые хотели бы использовать различные эпигеномные профили для определения стадии развития или уровня агрессивности конкретного рака у пациентов. Например, гиперметилирование генов, кодирующих ассоциированную со смертью протеинкиназу (DAPK), p16 и эпителиальный мембранный белок 3 (EMP3), было связано с более агрессивными формами рака легких , колоректального рака и рака мозга . [17] Этот тип знаний может повлиять на то, как врачи будут диагностировать и выбирать лечение своих пациентов.

Другим фактором, который будет влиять на лечение пациентов, является знание того, насколько хорошо они будут реагировать на определенные виды лечения. Персонализированные эпигеномные профили раковых клеток могут дать представление об этой области. Например, MGMT — это фермент, который обращает добавление алкильных групп к нуклеотиду гуанину . [121] Однако алкилирование гуанина — это механизм, с помощью которого действуют несколько химиотерапевтических препаратов , чтобы разрушить ДНК и вызвать гибель клеток . [122] [123] [124] [125] Следовательно, если ген, кодирующий MGMT в раковых клетках, гиперметилирован и фактически подавлен или репрессирован, химиотерапевтические препараты, которые действуют путем метилирования гуанина, будут более эффективными, чем в раковых клетках, которые имеют функциональный фермент MGMT.

Эпигенетические биомаркеры также могут быть использованы в качестве инструментов для молекулярного прогнозирования. В образцах биопсии первичной опухоли и средостенных лимфатических узлов гиперметилирование как CDKN2A , так и CDH13 служит маркером повышенного риска более быстрого рецидива рака и более высокой смертности пациентов. [126]

Уход

децитабин

Эпигенетический контроль протоонкорегионов и последовательностей супрессоров опухолей посредством конформационных изменений в гистонах играет роль в формировании и прогрессировании рака. [127] Фармацевтические препараты, которые обращают вспять эпигенетические изменения, могут играть роль в различных видах рака. [105] [127] [128]

Недавно стало очевидно, что ассоциации между определенными гистотипами рака и эпигенетическими изменениями могут способствовать разработке новых эпи-препаратов. [129] Разработка лекарств была сосредоточена в основном на модификации ДНК-метилтрансферазы , гистонацетилтрансферазы (HAT) и гистондеацетилазы (HDAC). [130]

Препараты, которые специально нацелены на инвертированный паттерн метилирования раковых клеток, включают ингибиторы ДНК-метилтрансферазы азацитидин [131] [132] и децитабин . [133] [134] Эти гипометилирующие агенты используются для лечения миелодиспластического синдрома [ 135] рака крови , вызванного аномальными стволовыми клетками костного мозга [12] Эти агенты ингибируют все три типа активных ДНК-метилтрансфераз и считались высокотоксичными, но оказались эффективными при использовании в низких дозировках, снижая прогрессирование миелодиспластического синдрома до лейкемии [136 ]

Ингибиторы гистондеацетилазы (HDAC) показывают эффективность в лечении Т-клеточной лимфомы . Два ингибитора HDAC, вориностат и ромидепсин , были одобрены Управлением по контролю за продуктами и лекарствами . [137] [138] Однако, поскольку эти ингибиторы HDAC изменяют состояние ацетилирования многих белков в дополнение к интересующему гистону, для повышения эффективности использования таких ингибиторов в качестве лечения необходимо знание основного механизма на молекулярном уровне реакции пациента. [18] Было обнаружено, что лечение ингибиторами HDAC способствует реактивации генов после того, как ингибиторы ДНК-метилтрансфераз подавили транскрипцию. [139] Панобиностат одобрен для определенных ситуаций при миеломе . [140]

Другие фармацевтические цели в исследовании - это гистоновые лизиновые метилтрансферазы (КМТ) и протеиновые аргининовые метилтрансферазы (ПРМТ). [141] Доклинические исследования показали, что луназин может иметь потенциально полезные эпигенетические эффекты. [142]

Эпигенетическая терапия

Эпигенетическая терапия рака показала себя как многообещающее и возможное лечение раковых клеток. Эпигенетическая инактивация является идеальной целью для раковых клеток, поскольку она нацелена на гены, необходимые для контроля роста клеток, в частности, роста раковых клеток. Крайне важно, чтобы эти гены были реактивированы, чтобы подавить рост опухоли и сделать клетки чувствительными к терапии, излечивающей рак. [143] Типичная химиотерапия направлена ​​на уничтожение и устранение раковых клеток в организме. Рак, вызванный генетическими изменениями клеток, как правило, является постоянным и практически необратимым, это отличается от эпигенетического рака, поскольку эпигенетические аберрации, вызывающие рак, могут быть обращены вспять, и клетки возвращаются к нормальной функции. Возможность обращения вспять эпигенетических механизмов объясняется тем фактом, что кодирование генов, подавляемых посредством модификации гистонов и ДНК, не изменяется. [144]

Существует два основных типа эпигенетических изменений в раковых клетках, они известны как метилирование ДНК и модификация гистонов. Цель эпигенетической терапии — ингибировать эти изменения. ДНК-метилтрансферазы (DNMT) и гистондеацетилазы (HDAC) являются основными катализаторами эпигенетических модификаций раковых клеток. [145] Цель эпигенетической терапии — подавить это метилирование и обратить эти модификации вспять, чтобы создать новый эпигеном, в котором раковые клетки больше не будут процветать, а подавление опухоли станет новой функцией. Синтетические препараты используются в качестве инструментов в эпигенетической терапии из-за их способности ингибировать ферменты, вызывающие модификации гистонов и метилирование ДНК. Комбинированная терапия — один из методов эпигенетической терапии, который включает использование более одного синтетического препарата, эти препараты включают в себя ингибитор DNMT в низкой дозе, а также ингибитор HDAC. Вместе эти препараты способны воздействовать на связь между метилированием ДНК и модификацией гистонов. [146]

Цель эпигенетической терапии рака в отношении метилирования ДНК заключается как в снижении метилирования ДНК, так и в снижении подавления генов, связанных с подавлением опухоли. [147] Термин, связанный с уменьшением метилирования ДНК, будет известен как гипометилирование. Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) в настоящее время одобрило один гипометилирующий агент, который, благодаря проведению клинических испытаний, показал многообещающие результаты при использовании для лечения пациентов с миелодиспластическим синдромом (МДС). [148] Этот гипометилирующий агент известен как аналог doozy 5-азацитидина и работает, способствуя гипометилированию, нацеливаясь на все ДНК-метилтрансферазы для деградации. [147]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Sharma S, Kelly TK, Jones PA (январь 2010 г.). «Эпигенетика рака». Канцерогенез . 31 (1): 27–36. doi :10.1093/carcin/bgp220. PMC  2802667. PMID  19752007 .
  2. ^ Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Kinzler KW (март 2013 г.). «Пейзажи генома рака». Science . 339 (6127): 1546–1558. Bibcode :2013Sci...339.1546V. doi :10.1126/science.1235122. PMC 3749880 . PMID  23539594. 
  3. ^ Illingworth RS, Gruenewald-Schneider U, Webb S, Kerr AR, James KD, Turner DJ и др. (сентябрь 2010 г.). «Острова CpG-сироты идентифицируют многочисленные консервативные промоторы в геноме млекопитающих». PLOS Genetics . 6 (9): e1001134. doi : 10.1371/journal.pgen.1001134 . PMC 2944787 . PMID  20885785. 
  4. ^ Wei J, Li G, Dang S, Zhou Y, Zeng K, Liu M (2016). «Открытие и проверка гиперметилированных маркеров колоректального рака». Маркеры заболеваний . 2016 : 2192853. doi : 10.1155/2016/2192853 . PMC 4963574. PMID  27493446 . 
  5. ^ Beggs AD, Jones A, El-Bahrawy M, El-Bahwary M, Abulafi M, Hodgson SV, Tomlinson IP (апрель 2013 г.). «Анализ метилирования всего генома доброкачественных и злокачественных колоректальных опухолей». The Journal of Pathology . 229 (5): 697–704. doi :10.1002/path.4132. PMC 3619233. PMID  23096130 . 
  6. ^ Новак К (декабрь 2004 г.). « Эпигенетические изменения в раковых клетках». MedGenMed . 6 (4): 17. PMC 1480584. PMID  15775844. 
  7. ^ Banno K, Kisu I, Yanokura M, Tsuji K, Masuda K, Ueki A и др. (сентябрь 2012 г.). «Эпимутация и рак: новый канцерогенный механизм синдрома Линча (обзор)». International Journal of Oncology . 41 (3): 793–797. doi :10.3892/ijo.2012.1528. PMC 3582986 . PMID  22735547. 
  8. ^ Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память». Гены и развитие . 16 (1): 6–21. doi : 10.1101/gad.947102 . PMID  11782440.
  9. ^ Herman JG, Graff JR, Myöhänen S, Nelkin BD, Baylin SB (сентябрь 1996 г.). «ПЦР, специфичная для метилирования: новый ПЦР-анализ статуса метилирования CpG-островков». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 93 (18): 9821–9826. Bibcode : 1996PNAS...93.9821H. doi : 10.1073/pnas.93.18.9821 . PMC 38513. PMID  8790415 . 
  10. ^ abcdefgh Esteller M (апрель 2007 г.). «Эпигеномика рака: ДНК-метиломы и карты модификации гистонов». Nature Reviews. Genetics . 8 (4): 286–298. doi :10.1038/nrg2005. PMID  17339880. S2CID  4801662.
  11. ^ ab Wong NC, Craig JM (2011). Эпигенетика: Справочное руководство . Норфолк, Англия: Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-88-2.
  12. ^ abc Jones PA, Baylin SB (июнь 2002 г.). «Фундаментальная роль эпигенетических событий при раке». Nature Reviews. Genetics . 3 (6): 415–428. doi :10.1038/nrg816. PMID  12042769. S2CID  2122000.
  13. ^ De Carvalho DD, Sharma S, You JS, Su SF, Taberlay PC, Kelly TK и др. (май 2012 г.). «Скрининг метилирования ДНК выявляет движущие эпигенетические события выживания раковых клеток». Cancer Cell . 21 (5): 655–667. doi :10.1016/j.ccr.2012.03.045. PMC 3395886 . PMID  22624715. 
  14. ^ abc Herman JG , Baylin SB (ноябрь 2003 г.). «Подавление генов при раке в связи с гиперметилированием промотора». The New England Journal of Medicine . 349 (21): 2042–2054. doi :10.1056/NEJMra023075. PMID  14627790.
  15. ^ abc Feinberg AP, Tycko B (февраль 2004 г.). «История эпигенетики рака». Nature Reviews. Cancer . 4 (2): 143–153. doi :10.1038/nrc1279. PMID  14732866. S2CID  31655008.
  16. ^ abc Egger G, Liang G, Aparicio A, Jones PA (май 2004 г.). «Эпигенетика в заболеваниях человека и перспективы эпигенетической терапии». Nature . 429 (6990): 457–463. Bibcode :2004Natur.429..457E. doi :10.1038/nature02625. PMID  15164071. S2CID  4424126.
  17. ^ abcd Esteller M (2005). «Аберрантное метилирование ДНК как механизм, вызывающий рак». Annual Review of Pharmacology and Toxicology . 45 : 629–656. doi : 10.1146/annurev.pharmtox.45.120403.095832. PMID  15822191.
  18. ^ abc Baylin SB, Jones PA (сентябрь 2011 г.). «Десятилетие изучения эпигенома рака — биологические и трансляционные последствия». Nature Reviews. Cancer . 11 (10): 726–734. doi :10.1038/nrc3130. PMC 3307543. PMID  21941284 . 
  19. ^ Ellermeier C, Higuchi EC, Phadnis N, Holm L, Geelhood JL, Thon G, Smith GR (май 2010 г.). «РНК-интерференция и гетерохроматин подавляют центромерную мейотическую рекомбинацию». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (19): 8701–8705. Bibcode : 2010PNAS..107.8701E. doi : 10.1073/pnas.0914160107 . PMC 2889303. PMID  20421495 . 
  20. ^ Esteller M (апрель 2007 г.). «Эпигеномика рака: ДНК-метиломы и карты модификации гистонов». Nature Reviews. Генетика . 8 (4): 286–298. doi :10.1038/nrg2005. PMID  17339880. S2CID  4801662.
  21. ^ Timp W, Feinberg AP (июль 2013 г.). «Рак как нерегулируемый эпигеном, дающий преимущество клеточному росту за счет хозяина». Nature Reviews. Рак . 13 (7): 497–510. doi :10.1038/nrc3486. PMC 4636434. PMID  23760024 . 
  22. ^ ab Fraga MF, Ballestar E, Villar-Garea A, Boix-Chornet M, Espada J, Schotta G и др. (апрель 2005 г.). «Потеря ацетилирования Lys16 и триметилирование Lys20 гистона H4 являются общим признаком рака человека». Nature Genetics . 37 (4): 391–400. doi :10.1038/ng1531. PMID  15765097. S2CID  27245550.
  23. ^ Aprelikova O, Chen K, El Touny LH, Brignatz-Guittard C, Han J, Qiu T и др. (апрель 2016 г.). «Эпигенетический модификатор JMJD6 усиливается в опухолях молочной железы и взаимодействует с c-Myc для усиления клеточной трансформации, прогрессирования опухоли и метастазирования». Clinical Epigenetics . 8 (38): 38. doi : 10.1186/s13148-016-0205-6 . PMC 4831179 . PMID  27081402. 
  24. ^ Dang W, Steffen KK, Perry R, ​​Dorsey JA, Johnson FB, Shilatifard A и др. (июнь 2009 г.). «Ацетилирование лизина 16 г. гистона H4 регулирует продолжительность жизни клеток». Nature . 459 (7248): 802–807. Bibcode :2009Natur.459..802D. doi :10.1038/nature08085. PMC 2702157 . PMID  19516333. 
  25. ^ Viré E, Brenner C, Deplus R, Blanchon L, Fraga M, Didelot C и др. (февраль 2006 г.). «Протеин группы Polycomb EZH2 напрямую контролирует метилирование ДНК». Nature . 439 (7078): 871–874. Bibcode :2006Natur.439..871V. doi :10.1038/nature04431. PMID  16357870. S2CID  4409726.
  26. ^ Richon VM, Sandhoff TW, Rifkind RA, Marks PA (август 2000 г.). «Ингибитор гистондеацетилазы селективно индуцирует экспрессию p21WAF1 и ацетилирование гистонов, связанное с генами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (18): 10014–10019. Bibcode : 2000PNAS...9710014R. doi : 10.1073/pnas.180316197 . JSTOR  123305. PMC 27656. PMID  10954755. 
  27. ^ Maxmen A (август 2012 г.). «Исследования рака: открытые амбиции». Nature . 488 (7410): 148–150. Bibcode :2012Natur.488..148M. doi : 10.1038/488148a . PMID  22874946.
  28. ^ ab Soto-Reyes E, Recillas-Targa F (апрель 2010 г.). «Эпигенетическая регуляция промотора гена p53 человека фактором транскрипции CTCF в трансформированных клеточных линиях». Oncogene . 29 (15): 2217–2227. doi :10.1038/onc.2009.509. PMID  20101205. S2CID  23983571.
  29. ^ Rappa F, Greco A, Podrini C, Cappello F, Foti M, Bourgoin L, et al. (2013). Folli F (ред.). "Иммунопозитивность изоформ гистона macroH2A1 отмечает гепатоцеллюлярную карциному, ассоциированную со стеатозом". PLOS ONE . ​​8 (1): e54458. Bibcode :2013PLoSO...854458R. doi : 10.1371/journal.pone.0054458 . PMC 3553099 . PMID  23372727. 
  30. ^ Ropero S, Fraga MF, Ballestar E, Hamelin R, Yamamoto H, Boix-Chornet M и др. (май 2006 г.). «Укороченная мутация HDAC2 в раковых опухолях человека придает устойчивость к ингибированию гистондеацетилазы». Nature Genetics . 38 (5): 566–569. doi :10.1038/ng1773. PMID  16642021. S2CID  9073684.
  31. ^ Верхельст, Сигрид; Ван Пуйвельде, Барт; Виллемс, Сандер; Далед, Саймон; Корнелис, Сенн; Корвелейн, Лаура; Виллемс, Эвуд; Дефорс, Дитер; Де Клерк, Лаура; Дэненс, Мартен (24 января 2022 г.). «Крупномасштабный скрининг гистонов на основе масс-спектрометрии для оценки эпигенетической токсичности развития». Научные отчеты . 12 (1): 1256. Бибкод : 2022НатСР..12.1256В. дои : 10.1038/s41598-022-05268-x. hdl : 1854/LU-8735551 . ISSN  2045-2322. ПМЦ 8786925 . PMID  35075221. 
  32. ^ van Attikum H, Gasser SM (май 2009). «Перекрестные помехи между модификациями гистонов во время ответа на повреждение ДНК». Trends in Cell Biology . 19 (5): 207–217. doi :10.1016/j.tcb.2009.03.001. PMID  19342239.
  33. ^ Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями микроРНК». Genome Research . 19 (1): 92–105. doi :10.1101/gr.082701.108. PMC 2612969 . PMID  18955434. 
  34. ^ Saito Y, Liang G, Egger G, Friedman JM, Chuang JC, Coetzee GA, Jones PA (июнь 2006 г.). «Специфическая активация микроРНК-127 с подавлением протоонкогена BCL6 с помощью хроматин-модифицирующих препаратов в раковых клетках человека». Cancer Cell . 9 (6): 435–443. doi : 10.1016/j.ccr.2006.04.020 . PMID  16766263.
  35. ^ Lujambio A, Ropero S, Ballestar E, Fraga MF, Cerrato C, Setién F и др. (февраль 2007 г.). «Генетическое разоблачение эпигенетически подавленной микроРНК в раковых клетках человека». Cancer Research . 67 (4): 1424–1429. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-06-4218 . PMID  17308079.
  36. ^ ab Soto-Reyes E, González-Barrios R, Cisneros-Soberanis F, Herrera-Goepfert R, Pérez V, Cantú D, et al. (Январь 2012). "Нарушение CTCF в локусе miR-125b1 при гинекологических раковых заболеваниях". BMC Cancer . 12 : 40. doi : 10.1186/1471-2407-12-40 . PMC 3297514 . PMID  22277129. 
  37. ^ Vrba L, Muñoz-Rodriguez JL, Stampfer MR, Futscher BW (2013). «Промоторы генов miRNA часто становятся целями аберрантного метилирования ДНК при раке молочной железы у человека». PLOS ONE . ​​8 (1): e54398. Bibcode :2013PLoSO...854398V. doi : 10.1371/journal.pone.0054398 . PMC 3547033 . PMID  23342147. 
  38. ^ ab Wang YP, Lei QY (май 2018). "Метаболическое перекодирование эпигенетики при раке". Cancer Communications . 38 (1): 25. doi : 10.1186/s40880-018-0302-3 . PMC 5993135. PMID  29784032 . 
  39. ^ Kastan MB (апрель 2008 г.). «Реакции на повреждение ДНК: механизмы и роли в болезнях человека: лекция на церемонии вручения премии GHA Clowes Memorial Award 2007». Molecular Cancer Research . 6 (4): 517–524. doi : 10.1158/1541-7786.MCR-08-0020 . PMID  18403632.
  40. ^ ab Bernstein C, Prasad AR, Nfonsam V, Bernstein H (2013). "Глава 16: Повреждение ДНК, восстановление ДНК и рак". В Chen C (ред.). Новые направления исследований в области восстановления ДНК . BoD – Книги по запросу. стр. 413. ISBN 978-953-51-1114-6.
  41. ^ ab O'Hagan HM, Mohammad HP, Baylin SB (август 2008 г.). «Двухцепочечные разрывы могут инициировать подавление генов и зависимое от SIRT1 начало метилирования ДНК на экзогенном промоторном CpG-островке». PLOS Genetics . 4 (8): e1000155. doi : 10.1371/journal.pgen.1000155 . PMC 2491723 . PMID  18704159. 
  42. ^ ab Cuozzo C, Porcellini A, Angrisano T, Morano A, Lee B, Di Pardo A и др. (июль 2007 г.). «Повреждение ДНК, гомологически-направленная репарация и метилирование ДНК». PLOS Genetics . 3 (7): e110. doi : 10.1371/journal.pgen.0030110 . PMC 1913100. PMID  17616978 . 
  43. ^ Jasperson KW, Tuohy TM, Neklason DW, Burt RW (июнь 2010 г.). «Наследственный и семейный рак толстой кишки». Гастроэнтерология . 138 (6): 2044–2058. doi :10.1053/j.gastro.2010.01.054. PMC 3057468. PMID  20420945 . 
  44. ^ Wan G, Mathur R, Hu X, Zhang X, Lu X (сентябрь 2011 г.). «реакция miRNA на повреждение ДНК». Trends in Biochemical Sciences . 36 (9): 478–484. doi :10.1016/j.tibs.2011.06.002. PMC 3532742. PMID  21741842 . 
  45. ^ Тесситоре А., Чиччарелли Г., Дель Веккио Ф., Гаджиано А., Верцелла Д., Фискьетти М. и др. (2014). «МикроРНК в сети повреждения/восстановления ДНК и раке». Международный журнал геномики . 2014 : 820248. doi : 10.1155/2014/820248 . ПМЦ 3926391 . ПМИД  24616890. 
  46. ^ ab Schnekenburger M, Diederich M (март 2012 г.). «Эпигенетика открывает новые горизонты для профилактики колоректального рака». Current Colorectal Cancer Reports . 8 (1): 66–81. doi :10.1007/s11888-011-0116-z. PMC 3277709. PMID  22389639 . 
  47. ^ ab Valeri N, Gasparini P, Fabbri M, Braconi C, Veronese A, Lovat F, et al. (апрель 2010 г.). «Модуляция репарации несоответствий и геномной стабильности с помощью miR-155». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (15): 6982–6987. Bibcode : 2010PNAS..107.6982V. doi : 10.1073 /pnas.1002472107 . JSTOR  25665289. PMC 2872463. PMID  20351277. 
  48. ^ ab Truninger K, Menigatti M, Luz J, Russell A, Haider R, Gebbers JO и др. (май 2005 г.). «Иммуногистохимический анализ выявляет высокую частоту дефектов PMS2 при колоректальном раке». Гастроэнтерология . 128 (5): 1160–1171. doi : 10.1053/j.gastro.2005.01.056 . PMID  15887099.
  49. ^ abc Zhang W, Zhang J, Hoadley K, Kushwaha D, Ramakrishnan V, Li S, et al. (июнь 2012 г.). "miR-181d: предиктивный биомаркер глиобластомы, который подавляет экспрессию MGMT". Neuro-Oncology . 14 (6): 712–719. doi :10.1093/neuonc/nos089. PMC 3367855 . PMID  22570426. 
  50. ^ Spiegl-Kreinecker S, Pirker C, Filipits M, Lötsch D, Buchroithner J, Pichler J, et al. (Январь 2010 г.). «Экспрессия белка O6-метилгуанин ДНК метилтрансферазы в опухолевых клетках предсказывает исход терапии темозоломидом у пациентов с глиобластомой». Neuro-Oncology . 12 (1): 28–36. doi :10.1093/neuonc/nop003. PMC 2940563 . PMID  20150365. 
  51. ^ ab Palmieri D, D'Angelo D, Valentino T, De Martino I, Ferraro A, Wierinckx A и др. (август 2012 г.). «Понижение регуляции микроРНК, нацеленных на HMGA, играет критическую роль в развитии опухолей гипофиза у человека». Oncogene . 31 (34): 3857–3865. doi : 10.1038/onc.2011.557 . PMID  22139073.
  52. ^ Sgarra R, Rustighi A, Tessari MA, Di Bernardo J, Altamura S, Fusco A и др. (сентябрь 2004 г.). «Ядерные фосфопротеины HMGA и их связь со структурой хроматина и раком». FEBS Letters . 574 (1–3): 1–8. doi :10.1016/j.febslet.2004.08.013. PMID  15358530. S2CID  28903539.
  53. ^ Xu Y, Sumter TF, Bhattacharya R, Tesfaye A, Fuchs EJ, Wood LJ и др. (май 2004 г.). «Онкоген HMG-I вызывает высокопенетрантную, агрессивную лимфоидную злокачественность у трансгенных мышей и сверхэкспрессируется при лейкемии человека». Cancer Research . 64 (10): 3371–3375. doi :10.1158/0008-5472.CAN-04-0044. PMID  15150086. S2CID  34111491.
  54. ^ Baldassarre G, Battista S, Belletti B, Thakur S, Pentimalli F, Trapasso F и др. (апрель 2003 г.). «Отрицательная регуляция экспрессии гена BRCA1 белками HMGA1 объясняет сниженные уровни белка BRCA1 при спорадической карциноме молочной железы». Molecular and Cellular Biology . 23 (7): 2225–2238. doi :10.1128/MCB.23.7.2225-2238.2003. PMC 150734 . PMID  12640109. 
  55. ^ Borrmann L, Schwanbeck R, Heyduk T, Seebeck B, Rogalla P, Bullerdiek J, Wisniewski JR (декабрь 2003 г.). «Высокомобильный белок группы A2 и его производные связывают специфическую область промотора гена репарации ДНК ERCC1 и модулируют его активность». Nucleic Acids Research . 31 (23): 6841–6851. doi :10.1093/nar/gkg884. PMC 290254 . PMID  14627817. 
  56. ^ abcd Facista A, Nguyen H, Lewis C, Prasad AR, Ramsey L, Zaitlin B, et al. (апрель 2012 г.). «Недостаточная экспрессия ферментов репарации ДНК при раннем прогрессировании спорадического рака толстой кишки». Genome Integrity . 3 (1): 3. doi : 10.1186/2041-9414-3-3 . PMC 3351028 . PMID  22494821. 
  57. ^ Malumbres M (2013). «микроРНК и рак: эпигенетический взгляд». Молекулярные аспекты медицины . 34 (4): 863–874. doi :10.1016/j.mam.2012.06.005. PMC 5791883. PMID  22771542 . 
  58. ^ Sampath D, Liu C, Vasan K, Sulda M, Puduvalli VK, Wierda WG, Keating MJ (февраль 2012 г.). «Гистондеацетилазы опосредуют подавление miR-15a, miR-16 и miR-29b при хроническом лимфоцитарном лейкозе». Blood . 119 (5): 1162–1172. doi :10.1182/blood-2011-05-351510. PMC 3277352 . PMID  22096249. 
  59. ^ Гены восстановления ДНК человека, 15 апреля 2014 г., онкологический центр им. М. Д. Андерсона, Техасский университет
  60. ^ Кришнан К, Степто АЛ, Мартин ХК, Вани С, Нонес К, Уодделл Н и др. (февраль 2013 г.). «МикроРНК-182-5p нацелена на сеть генов, участвующих в репарации ДНК». РНК . 19 (2): 230–242. doi :10.1261/rna.034926.112. PMC 3543090 . PMID  23249749. 
  61. ^ Chaisaingmongkol J, Popanda O, Warta R, Dyckhoff G, Herpel E, Geiselhart L и др. (декабрь 2012 г.). «Эпигенетический скрининг генов репарации ДНК человека выявляет аберрантное метилирование промотора NEIL1 при плоскоклеточной карциноме головы и шеи». Oncogene . 31 (49): 5108–5116. doi : 10.1038/onc.2011.660 . PMID  22286769.
  62. ^ Liang L, Deng L, Chen Y, Li GC, Shao C, Tischfield JA (сентябрь 2005 г.). «Модуляция соединения концов ДНК ядерными белками». Журнал биологической химии . 280 (36): 31442–31449. doi : 10.1074/jbc.M503776200 . PMID  16012167.
  63. ^ Singh P, Yang M, Dai H, Yu D, Huang Q, Tan W и др. (ноябрь 2008 г.). «Сверхэкспрессия и гипометилирование гена эндонуклеазы 1 лоскута при раке груди и других видах рака». Molecular Cancer Research . 6 (11): 1710–1717. doi :10.1158/1541-7786.MCR-08-0269. PMC 2948671. PMID  19010819 . 
  64. ^ Lam JS, Seligson DB, Yu H, Li A, Eeva M, Pantuck AJ и др. (август 2006 г.). «Флапная эндонуклеаза 1 сверхэкспрессируется при раке простаты и связана с высоким индексом Глисона». BJU International . 98 (2): 445–451. doi :10.1111/j.1464-410X.2006.06224.x. PMID  16879693. S2CID  22165252.
  65. ^ Kim JM, Sohn HY, Yoon SY, Oh JH, Yang JO, Kim JH и др. (январь 2005 г.). «Идентификация генов, связанных с раком желудка, с использованием микрочипа кДНК, содержащего новые экспрессируемые метки последовательностей, экспрессируемые в клетках рака желудка». Clinical Cancer Research . 11 (2 Pt 1): 473–482. doi : 10.1158/1078-0432.473.11.2 . PMID  15701830.
  66. ^ Wang K, Xie C, Chen D (май 2014). «Флапная эндонуклеаза 1 является перспективным кандидатом на роль биомаркера при раке желудка и участвует в пролиферации клеток и апоптозе». Международный журнал молекулярной медицины . 33 (5): 1268–1274. doi : 10.3892/ijmm.2014.1682 . PMID  24590400.
  67. ^ Krause A, Combaret V, Iacono I, Lacroix B, Compagnon C, Bergeron C и др. (июль 2005 г.). «Геномный анализ экспрессии генов в нейробластомах, обнаруженных при массовом скрининге» (PDF) . Cancer Letters . 225 (1): 111–120. doi :10.1016/j.canlet.2004.10.035. PMID  15922863. S2CID  44644467.
  68. ^ Iacobuzio-Donahue CA, Maitra A, Olsen M, Lowe AW, van Heek NT, Rosty C и др. (апрель 2003 г.). «Исследование глобальных паттернов экспрессии генов в аденокарциноме поджелудочной железы с использованием микрочипов кДНК». The American Journal of Pathology . 162 (4): 1151–1162. doi :10.1016/S0002-9440(10)63911-9. PMC 1851213 . PMID  12651607. 
  69. ^ Sato M, Girard L, Sekine I, Sunaga N, Ramirez RD, Kamibayashi C, Minna JD (октябрь 2003 г.). «Повышенная экспрессия и отсутствие мутации гена Flap endonuclease (FEN1) при раке легких у человека». Oncogene . 22 (46): 7243–7246. doi :10.1038/sj.onc.1206977. PMID  14562054. S2CID  22443138.
  70. ^ Bi FF, Li D, Yang Q (2013). «Гипометилирование участков связывания фактора транскрипции ETS и повышение экспрессии PARP1 при раке эндометрия». BioMed Research International . 2013 : 946268. doi : 10.1155/2013/946268 . PMC 3666359. PMID  23762867 . 
  71. ^ Li D, Bi FF, Cao JM, Cao C, Li CY, Liu B, Yang Q (январь 2014 г.). «Транскрипционная регуляция поли (АДФ-рибоза) полимеразы 1: новое перекрестное взаимодействие между модификацией гистонов H3K9ac и гипометилированием мотива ETS1 при раке яичников с мутацией BRCA1». Oncotarget . 5 (1): 291–297. doi :10.18632/oncotarget.1549. PMC 3960209 . PMID  24448423. 
  72. ^ Bi FF, Li D, Yang Q (февраль 2013 г.). «Гипометилирование промотора, особенно вокруг мотива, специфичного для трансформации E26, и повышенная экспрессия поли (АДФ-рибоза) полимеразы 1 при серозном раке яичников с мутацией BRCA». BMC Cancer . 13 : 90. doi : 10.1186/1471-2407-13-90 . PMC 3599366 . PMID  23442605. 
  73. ^ Narayanan L, Fritzell JA, Baker SM, Liskay RM, Glazer PM (апрель 1997 г.). «Повышенные уровни мутаций во множественных тканях мышей с дефицитом гена репарации несоответствий ДНК Pms2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (7): 3122–3127. Bibcode : 1997PNAS...94.3122N. doi : 10.1073 /pnas.94.7.3122 . JSTOR  41786. PMC 20332. PMID  9096356. 
  74. ^ Hegan DC, Narayanan L, Jirik FR, Edelmann W, Liskay RM, Glazer PM (декабрь 2006 г.). «Различные закономерности генетической нестабильности у мышей с дефицитом генов репарации несоответствий Pms2, Mlh1, Msh2, Msh3 и Msh6». Carcinogenesis . 27 (12): 2402–2408. doi :10.1093/carcin/bgl079. PMC 2612936 . PMID  16728433. 
  75. ^ Tutt AN, van Oostrom CT, Ross GM, van Steeg H, Ashworth A (март 2002 г.). «Нарушение Brca2 увеличивает скорость спонтанных мутаций in vivo: синергизм с ионизирующим излучением». EMBO Reports . 3 (3): 255–260. doi : 10.1093/embo-reports/kvf037. PMC 1084010. PMID  11850397. 
  76. ^ Halford S, Rowan A, Sawyer E, Talbot I, Tomlinson I (июнь 2005 г.). «O(6)-метилгуанинметилтрансфераза при колоректальном раке: обнаружение мутаций, потеря экспрессии и слабая связь с переходами G:C>A:T». Gut . 54 (6): 797–802. doi :10.1136/gut.2004.059535. PMC 1774551 . PMID  15888787. 
  77. ^ Shen L, Kondo Y, Rosner GL, Xiao L, Hernandez NS, Vilaythong J, et al. (сентябрь 2005 г.). «MGMT промоутер метилирование и дефект поля при спорадическом колоректальном раке». Журнал Национального института рака . 97 (18): 1330–1338. doi : 10.1093/jnci/dji275 . PMID  16174854.
  78. ^ ab Lee KH, Lee JS, Nam JH, Choi C, Lee MC, Park CS и др. (октябрь 2011 г.). «Статус метилирования промотора генов hMLH1, hMSH2 и MGMT при колоректальном раке, связанный с последовательностью аденома-карцинома». Архивы хирургии Лангенбека . 396 (7): 1017–1026. doi :10.1007/s00423-011-0812-9. PMID  21706233. S2CID  8069716.
  79. ^ Svrcek M, Buhard O, Colas C, Coulet F, Dumont S, Massaoudi I и др. (ноябрь 2010 г.). «Толерантность к метилированию из-за дефекта поля O6-метилгуанин ДНК-метилтрансферазы (MGMT) в слизистой оболочке толстой кишки: начальный этап развития колоректального рака с дефицитом репарации несоответствий». Gut . 59 (11): 1516–1526. doi :10.1136/gut.2009.194787. PMID  20947886. S2CID  206950452.
  80. ^ Paluszczak J, Misiak P, Wierzbicka M, Woźniak A, Baer-Dubowska W (февраль 2011 г.). «Частое гиперметилирование DAPK, RARbeta, MGMT, RASSF1A и FHIT в плоскоклеточных карциномах гортани и прилегающей нормальной слизистой оболочке». Oral Oncology . 47 (2): 104–107. doi :10.1016/j.oraloncology.2010.11.006. PMID  21147548.
  81. ^ Zuo C, Zhang H, Spencer HJ, Vural E, Suen JY, Schichman SA и др. (октябрь 2009 г.). «Повышенная нестабильность микросателлитов и эпигенетическая инактивация гена hMLH1 при плоскоклеточной карциноме головы и шеи». Отоларингология–Хирургия головы и шеи . 141 (4): 484–490. doi :10.1016/j.otohns.2009.07.007. PMID  19786217. S2CID  8357370.
  82. ^ Тауфик ХМ, Эль-Максуд НМ, Хак БХ, Эль-Шербини ЙМ (2011). «Плоскоклеточный рак головы и шеи: иммуногистохимия репарации несоответствий и гиперметилирование промотора гена hMLH1». Американский журнал отоларингологии . 32 (6): 528–536. doi :10.1016/j.amjoto.2010.11.005. PMID  21353335.
  83. ^ Zou XP, Zhang B, Zhang XQ, Chen M, Cao J, Liu WJ (ноябрь 2009 г.). «Промоторное гиперметилирование множественных генов при ранней аденокарциноме желудка и предраковых поражениях». Human Pathology . 40 (11): 1534–1542. doi :10.1016/j.humpath.2009.01.029. PMID  19695681.
  84. ^ Вани М., Афрозе Д., Махдуми М., Хамид И., Вани Б., Бхат Г. и др. (2012). «Статус метилирования промотора гена репарации ДНК (hMLH1) у пациентов с карциномой желудка в долине Кашмира». Азиатско-Тихоокеанский журнал профилактики рака . 13 (8): 4177–4181. doi : 10.7314/APJCP.2012.13.8.4177 . PMID  23098428.
  85. ^ ab Raza Y, Ahmed A, Khan A, Chishti AA, Akhter SS, Mubarak M и др. (май 2020 г.). «Helicobacter pylori значительно снижает экспрессию белков репарации ДНК PMS2 и ERCC1 при гастрите и раке желудка». DNA Repair . 89 : 102836. doi : 10.1016/j.dnarep.2020.102836 . PMID  32143126. S2CID  212622031.
  86. ^ Агарвал А, Полинени Р, Хуссейн З, Вигода И, Бхагат ТД, Бхаттачарья С и др. (2012). «Роль эпигенетических изменений в патогенезе пищевода Барретта и аденокарциномы пищевода». Международный журнал клинической и экспериментальной патологии . 5 (5): 382–396. PMC 3396065. PMID  22808291 . 
  87. ^ Tuna M, Amos CI (ноябрь 2013 г.). «Геномное секвенирование при раке». Cancer Letters . 340 (2): 161–170. doi :10.1016/j.canlet.2012.11.004. PMC 3622788. PMID  23178448 . 
  88. ^ Roach JC, Glusman G, Smit AF, Huff CD, Hubley R, Shannon PT и др. (апрель 2010 г.). «Анализ генетического наследования в семейном квартете методом секвенирования всего генома». Science . 328 (5978): 636–639. Bibcode :2010Sci...328..636R. doi :10.1126/science.1186802. PMC 3037280 . PMID  20220176. 
  89. ^ Campbell CD, Chong JX, Malig M, Ko A, Dumont BL, Han L и др. (ноябрь 2012 г.). «Оценка скорости мутаций у человека с использованием аутозиготности в популяции-основателе». Nature Genetics . 44 (11): 1277–1281. doi :10.1038/ng.2418. PMC 3483378 . PMID  23001126. 
  90. ^ Кейтли PD (февраль 2012 г.). «Скорости и последствия для приспособленности новых мутаций у людей». Генетика . 190 (2): 295–304. doi :10.1534/genetics.111.134668. PMC 3276617. PMID  22345605 . 
  91. ^ Ye K, Beekman M, Lameijer EW, Zhang Y, Moed MH, van den Akker EB и др. (декабрь 2013 г.). «Старение как ускоренное накопление соматических вариантов: секвенирование всего генома пар монозиготных близнецов в возрасте сто лет и среднего возраста». Twin Research and Human Genetics . 16 (6): 1026–1032. doi : 10.1017/thg.2013.73 . PMID  24182360.
  92. ^ Shanbhag NM, Rafalska-Metcalf IU, Balane-Bolivar C, Janicki SM, Greenberg RA (июнь 2010 г.). «ATM-зависимые изменения хроматина при тишине транскрипции в цис-положении к двухцепочечным разрывам ДНК». Cell . 141 (6): 970–981. doi :10.1016/j.cell.2010.04.038. PMC 2920610 . PMID  20550933. 
  93. ^ Morano A, Angrisano T, Russo G, Landi R, Pezone A, Bartollino S и др. (январь 2014 г.). «Целевое метилирование ДНК с помощью гомологически-направленного восстановления в клетках млекопитающих. Транскрипция изменяет форму метилирования на восстановленном гене». Nucleic Acids Research . 42 (2): 804–821. doi :10.1093/nar/gkt920. PMC 3902918. PMID  24137009. 
  94. ^ Fernandez AF, Assenov Y, Martin-Subero JI, Balint B, Siebert R, Taniguchi H и др. (февраль 2012 г.). «Отпечаток метилирования ДНК 1628 образцов человека». Genome Research . 22 (2): 407–419. doi :10.1101/gr.119867.110. PMC 3266047. PMID 21613409  . 
  95. ^ Bishop JB, Witt KL, Sloane RA (декабрь 1997 г.). «Генетическая токсичность человеческих тератогенов». Mutation Research . 396 (1–2): 9–43. doi :10.1016/S0027-5107(97)00173-5. PMID  9434858.
  96. ^ Gurvich N, Berman MG, Wittner BS, Gentleman RC, Klein PS, Green JB (июль 2005 г.). «Связь тератогенеза, вызванного вальпроатом, с ингибированием гистондеацетилазы in vivo». FASEB Journal . 19 (9): 1166–1168. doi : 10.1096/fj.04-3425fje . PMID  15901671. S2CID  25874971.
  97. ^ Смитхеллс Д. (ноябрь 1998 г.). «Вызывает ли талидомид врожденные дефекты второго поколения?». Безопасность лекарств . 19 (5): 339–341. doi :10.2165/00002018-199819050-00001. PMID  9825947. S2CID  9014237.
  98. ^ Фридлер Г. (декабрь 1996 г.). «Отцовское воздействие: влияние на репродуктивный и развивающийся исход. Обзор». Фармакология, биохимия и поведение . 55 (4): 691–700. doi : 10.1016/S0091-3057(96)00286-9 . PMID  8981601. S2CID  2260876.
  99. ^ "Вкладыш в упаковку препарата Видаза (азацитидин для инъекционной суспензии)" (PDF) . Pharmion Corporation . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США. 18 мая 2004 г. Архивировано из оригинала (PDF) 29 мая 2004 г.
  100. ^ Cicero TJ, Adams ML, Giordano A, Miller BT, O'Connor L, Nock B (март 1991). «Влияние воздействия морфина в подростковом возрасте на половое созревание самцов крыс и развитие их потомства». Журнал фармакологии и экспериментальной терапии . 256 (3): 1086–1093. PMID  2005573.
  101. ^ Newbold RR, Padilla-Banks E, Jefferson WN (июнь 2006 г.). «Неблагоприятные эффекты модельного экологического эстрогена диэтилстилбестрола передаются последующим поколениям». Эндокринология . 147 (6 Suppl): S11–S17. doi : 10.1210/en.2005-1164 . PMID  16690809.
  102. ^ ab Katiyar SK, Singh T, Prasad R, Sun Q, Vaid M (сентябрь 2012 г.). «Эпигенетические изменения в канцерогенезе кожи, вызванном ультрафиолетовым излучением: взаимодействие биоактивных диетических компонентов с эпигенетическими мишенями». Фотохимия и фотобиология . 88 (5): 1066–1074. doi :10.1111/j.1751-1097.2011.01020.x. PMC 3288155. PMID  22017262 . 
  103. ^ Orouji E, Utikal J (ноябрь 2018 г.). «Борьба со злокачественной меланомой эпигенетически: метилирование лизина гистонов». Clinical Epigenetics . 10 (1): 145. doi : 10.1186/s13148-018-0583-z . PMC 6249913 . PMID  30466474. 
  104. ^ ab Collins CC, Volik SV, Lapuk AV, Wang Y, Gout PW, Wu C и др. (март 2012 г.). «Секвенирование следующего поколения рака простаты у пациента выявляет дефицит метилтиоаденозинфосфорилазы, пригодной для использования в качестве опухолевой мишени». Molecular Cancer Therapeutics . 11 (3): 775–783. doi :10.1158/1535-7163.MCT-11-0826. PMC 3691697 . PMID  22252602. 
  105. ^ ab Li LC, Carroll PR, Dahiya R (январь 2005 г.). «Эпигенетические изменения при раке простаты: значение для диагностики и лечения». Журнал Национального института рака . 97 (2): 103–115. doi :10.1093/jnci/dji010. PMID  15657340.
  106. ^ ab Gurel B, Iwata T, Koh CM, Yegnasubramanian S, Nelson WG, De Marzo AM (ноябрь 2008 г.). «Молекулярные изменения при раке простаты как диагностические, прогностические и терапевтические цели». Advances in Anatomic Pathology . 15 (6): 319–331. doi :10.1097/PAP.0b013e31818a5c19. PMC 3214657. PMID  18948763 . 
  107. ^ Орниш Д., Магбануа М.Дж., Вайднер Г., Вайнберг В., Кемп К., Грин К. и др. (июнь 2008 г.). «Изменения в экспрессии генов простаты у мужчин, подвергающихся интенсивному вмешательству в питание и образ жизни». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (24): 8369–8374. Bibcode : 2008PNAS..105.8369O. doi : 10.1073/pnas.0803080105 . PMC 2430265. PMID  18559852 . 
  108. ^ abcdefgh Sun C, Reimers LL, Burk RD (апрель 2011 г.). «Метилирование CpG-сайтов генома HPV16 связано с предраком и раком шейки матки». Гинекологическая онкология . 121 (1): 59–63. doi :10.1016/j.ygyno.2011.01.013. PMC 3062667. PMID  21306759 . 
  109. ^ Мандал СС (апрель 2010 г.). «Смешанный лейкоз: универсальный игрок в эпигенетике и болезнях человека». Журнал FEBS . 277 (8): 1789. doi : 10.1111/j.1742-4658.2010.07605.x . PMID  20236314. S2CID  37705117.
  110. ^ Nebbioso A, Tambaro FP, Dell'Aversana C, Altucci L (июнь 2018 г.). Greally GM (ред.). «Эпигенетика рака: движение вперед». PLOS Genetics . 14 (6): e1007362. doi : 10.1371/journal.pgen.1007362 . PMC 5991666. PMID  29879107 . 
  111. ^ Butcher J (март 2001 г.). «Электромагнитные поля могут вызывать лейкемию у детей». The Lancet . 357 (9258): 777. doi :10.1016/S0140-6736(05)71207-1. S2CID  54400632.
  112. ^ "Саркома мягких тканей". Национальный институт рака . Национальные институты здравоохранения, Министерство здравоохранения и социальных служб США. Январь 1980 г.
  113. ^ Bennani-Baiti IM (декабрь 2011 г.). «Эпигенетические и эпигеномные механизмы формируют патогенез саркомы и других мезенхимальных опухолей». Epigenomics . 3 (6): 715–732. doi :10.2217/epi.11.93. PMID  22126291.
  114. ^ Richter GH, Plehm S, Fasan A, Rössler S, Unland R, Bennani-Baiti IM и др. (март 2009 г.). «EZH2 является медиатором роста опухоли и метастазов, управляемых EWS/FLI1, блокируя эндотелиальную и нейроэктодермальную дифференциацию». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (13): 5324–5329. Bibcode : 2009PNAS..106.5324R. doi : 10.1073 /pnas.0810759106 . PMC 2656557. PMID  19289832. 
  115. ^ Bennani-Baiti IM, Machado I, Llombart-Bosch A, Kovar H (август 2012 г.). «Лизин-специфическая деметилаза 1 (LSD1/KDM1A/AOF2/BHC110) экспрессируется и является эпигенетической лекарственной мишенью при хондросаркоме, саркоме Юинга, остеосаркоме и рабдомиосаркоме». Human Pathology . 43 (8): 1300–1307. doi :10.1016/j.humpath.2011.10.010. PMID  22245111.
  116. ^ Tam, Kit W.; Zhang, Wei; Soh, Junichi; Stastny, Victor; Chen, Min; Sun, Han; Thu, Kelsie; Rios, Jonathan J.; Yang, Chenchen; Marconett, Crystal N.; Selamat, Suhaida. A.; Laird-Offringa, Ite A.; Taguchi, Ayumu; Hanash, Samir; Shames, David (01.11.2013). "Механизмы инактивации CDKN2A/p16 и их связь с воздействием дыма и молекулярными особенностями при немелкоклеточном раке легких". Journal of Thoracic Oncology . 8 (11): 1378–1388. doi :10.1097/JTO.0b013e3182a46c0c. ISSN  1556-0864. PMC 3951422. PMID  24077454 . 
  117. ^ Хонг, Руньюй; Лю, Вэньке; Феньё, Дэвид (2021). «Прогнозирование и визуализация мутации STK11 в гистопатологических слайдах аденокарциномы легких с использованием глубокого обучения». doi :10.1101/2020.02.20.956557 . Получено 16.03.2023 .
  118. ^ Ахмад, Аамир (2015). Рак легких и персонализированная медицина: новые методы лечения и клиническое управление. Springer International Publishing. ISBN 978-3-319-24932-2. OCLC  1113687835.
  119. ^ Ивакава, Рейка; Коно, Такаши; Анами, Ёити; Ногучи, Масаюки; Сузуки, Кэндзи; Мацуно, Ёсихиро; Мисима, Казухико; Нишикава, Рё; Таширо, Фумио; Ёкота, Джун (15.06.2008). «Связь гомозиготных делеций p16 с клинико-патологическими характеристиками и мутациями EGFR/KRAS/p53 при аденокарциноме лёгких». Clinical Cancer Research . 14 (12): 3746–3753. doi :10.1158/1078-0432.ccr-07-4552. ISSN  1078-0432. PMID  18559592. S2CID  17931210.
  120. ^ Fountain, JW; Giendening, JM; Flores, JF (1994-09-01). "Характеристика гена p16 у мышей: доказательства большого семейства генов". American Journal of Human Genetics . 55 (Suppl.3). OSTI  133832.
  121. ^ Esteller M, Herman JG (январь 2004 г.). «Создание мутаций, но обеспечение хемочувствительности: роль O6-метилгуанин ДНК-метилтрансферазы в человеческом раке». Онкоген . 23 (1): 1–8. doi :10.1038/sj.onc.1207316. PMID  14712205. S2CID  38574543.
  122. ^ Esteller M, Garcia-Foncillas J, Andion E, Goodman SN, Hidalgo OF, Vanaclocha V и др. (ноябрь 2000 г.). «Инактивация гена репарации ДНК MGMT и клиническая реакция глиом на алкилирующие агенты». The New England Journal of Medicine . 343 (19): 1350–1354. doi : 10.1056/NEJM200011093431901. hdl : 2445/176306 . PMID  11070098. S2CID  40303322.
  123. ^ Hegi ME, Diserens AC, Gorlia T, Hamou MF, de Tribolet N, Weller M и др. (март 2005 г.). «Подавление гена MGMT и польза от темозоломида при глиобластоме» (PDF) . The New England Journal of Medicine . 352 (10): 997–1003. doi :10.1056/NEJMoa043331. PMID  15758010.
  124. ^ Esteller M, Gaidano G, Goodman SN, Zagonel V, Capello D, Botto B и др. (январь 2002 г.). «Гиперметилирование гена репарации ДНК O(6)-метилгуанин ДНК метилтрансферазы и выживаемость пациентов с диффузной В-крупноклеточной лимфомой». Журнал Национального института рака . 94 (1): 26–32. doi : 10.1093/jnci/94.1.26 . PMID  11773279.
  125. ^ Glasspool RM, Teodoridis JM, Brown R (апрель 2006 г.). «Эпигенетика как механизм, обусловливающий полигенную клиническую лекарственную устойчивость». British Journal of Cancer . 94 (8): 1087–1092. doi :10.1038/sj.bjc.6603024. PMC 2361257. PMID 16495912  . 
  126. ^ Brock MV, Hooker CM, Ota-Machida E, Han Y, Guo M, Ames S и др. (март 2008 г.). «Маркеры метилирования ДНК и раннее рецидивирование рака легких на первой стадии». The New England Journal of Medicine . 358 (11): 1118–1128. doi : 10.1056/NEJMoa0706550 . PMID  18337602. S2CID  18279123.
  127. ^ ab Iglesias-Linares A, Yañez-Vico RM, González-Moles MA (май 2010 г.). «Потенциальная роль ингибиторов HDAC в терапии рака: взгляд на плоскоклеточный рак полости рта». Oral Oncology . 46 (5): 323–329. doi :10.1016/j.oraloncology.2010.01.009. PMID  20207580.
  128. ^ Ван LG, Чиао JW (сентябрь 2010 г.). «Химиопрофилактическая активность фенетилизотиоцианата при раке простаты посредством эпигенетической регуляции (обзор)». Международный журнал онкологии . 37 (3): 533–539. doi : 10.3892/ijo_00000702 . PMID  20664922.
  129. ^ Gherardini L, Sharma A, Capobianco E, Cinti C (2016-05-27). «Нацеливание на рак с помощью эпи-препаратов: перспектива точной медицины». Current Pharmaceutical Biotechnology . 17 (10): 856–865. doi :10.2174/1381612822666160527154757. PMID  27229488.
  130. ^ Spannhoff A, Sippl W, Jung M (январь 2009). «Лечение рака будущего: ингибиторы гистоновых метилтрансфераз». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 41 (1): 4–11. doi :10.1016/j.biocel.2008.07.024. PMID  18773966.
  131. ^ Garcia-Manero G, Stoltz ML, Ward MR, Kantarjian H, Sharma S (сентябрь 2008 г.). «Пилотное фармакокинетическое исследование перорального азацитидина». Leukemia . 22 (9): 1680–1684. doi :10.1038/leu.2008.145. PMID  18548103. S2CID  19854416.
  132. ^ Garcia-Manero G (ноябрь 2008 г.). «Деметилирующие агенты при миелоидных злокачественных новообразованиях». Current Opinion in Oncology . 20 (6): 705–710. doi :10.1097/CCO.0b013e328313699c. PMC 3873866. PMID  18841054 . 
  133. ^ Ариби А, Бортакур Г, Раванди Ф, Шан Дж, Дэвиссон Дж, Кортес Дж, Кантарджян Х (февраль 2007 г.). «Активность децитабина, гипометилирующего агента, при хроническом миеломоноцитарном лейкозе». Рак . 109 (4): 713–717. doi : 10.1002/cncr.22457 . PMID  17219444.
  134. ^ De Padua Silva L, de Lima M, Kantarjian H, Faderl S, Kebriaei P, Giralt S, et al. (Июнь 2009). «Возможность алло-SCT после гипометилирующей терапии децитабином при миелодиспластическом синдроме». Bone Marrow Transplantation . 43 (11): 839–843. doi :10.1038/bmt.2008.400. PMID  19151791. S2CID  42034181.
  135. ^ Hambach L, Ling KW, Pool J, Aghai Z, Blokland E, Tanke HJ и др. (март 2009 г.). «Гипометилирующие препараты превращают солидные опухоли, отрицательные по HA-1, в мишени для иммунотерапии на основе стволовых клеток». Blood . 113 (12): 2715–2722. doi : 10.1182/blood-2008-05-158956 . PMID  19096014. S2CID  206871351.
  136. ^ Fenaux P, Mufti GJ, Hellstrom-Lindberg E, Santini V, Finelli C, Giagounidis A и др. (март 2009 г.). «Эффективность азацитидина по сравнению с эффективностью обычных схем лечения при лечении миелодиспластических синдромов с высоким риском: рандомизированное открытое исследование фазы III». The Lancet. Онкология . 10 (3): 223–232. doi :10.1016/S1470-2045(09)70003-8. PMC 4086808. PMID  19230772 . 
  137. ^ Duvic M, Talpur R, Ni X, Zhang C, Hazarika P, Kelly C и др. (январь 2007 г.). «Фаза 2 испытания перорального вориностата (субероиланилид гидроксамовой кислоты, SAHA) при рефрактерной кожной Т-клеточной лимфоме (CTCL)». Blood . 109 (1): 31–39. doi :10.1182/blood-2006-06-025999. PMC 1785068 . PMID  16960145. 
  138. ^ Olsen EA, Kim YH, Kuzel TM, Pacheco TR, Foss FM, Parker S и др. (Июль 2007 г.). «Многоцентровое исследование вориностата фазы IIb у пациентов с персистирующей, прогрессирующей или рефрактерной к лечению кожной Т-клеточной лимфомой». Журнал клинической онкологии . 25 (21): 3109–3115. doi :10.1200/JCO.2006.10.2434. PMID  17577020. S2CID  19558322.
  139. ^ Cameron EE, Bachman KE, Myöhänen S, Herman JG, Baylin SB (январь 1999). «Синергия деметилирования и ингибирования гистондеацетилазы при повторной экспрессии генов, подавленных при раке». Nature Genetics . 21 (1): 103–107. doi :10.1038/5047. PMID  9916800. S2CID  25070861.
  140. ^ "Новое применение препарата: Панобиностат" (PDF) . Центр оценки и исследования лекарственных средств . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США. 14 января 2015 г.
  141. ^ Dowden J, Hong W, Parry RV, Pike RA, Ward SG (апрель 2010 г.). «К разработке мощных и селективных бисубстратных ингибиторов протеинаргининметилтрансфераз». Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 20 (7): 2103–2105. doi :10.1016/j.bmcl.2010.02.069. PMID  20219369.
  142. ^ Galvez AF, Chen N, Macasieb J, de Lumen BO (15 октября 2001 г.). «Химиопрофилактическое свойство соевого пептида (луназина), который связывается с деацетилированными гистонами и ингибирует ацетилирование». Cancer Research . 61 .
  143. ^ Браун, Роберт; Стратди, Гордон (2002-04-01). «Эпигеномика и эпигенетическая терапия рака». Тенденции в молекулярной медицине . 8 (4): S43–S48. doi :10.1016/S1471-4914(02)02314-6. ISSN  1471-4914. PMID  11927287.
  144. ^ Эггер, Герда; Лян, Ганнинг; Апарисио, Ана; Джонс, Питер А. (май 2004 г.). «Эпигенетика в заболеваниях человека и перспективы эпигенетической терапии». Nature . 429 (6990): 457–463. Bibcode :2004Natur.429..457E. doi :10.1038/nature02625. ISSN  1476-4687. PMID  15164071. S2CID  4424126.
  145. ^ Сон, Сан-Хён; Хан, Сэ-Вон; Банг, Юн-Джу (2011-12-01). «Эпигенетическая терапия рака». Drugs . 71 (18): 2391–2403. doi :10.2165/11596690-000000000-00000. ISSN  1179-1950. PMID  22141383. S2CID  35003553.
  146. ^ Салим, Мохаммад (май 2015 г.). «Эпигенетическая терапия рака». Pak. J. Pharm. Sci . 28 (3): 1023–1032.
  147. ^ ab Issa, Jean-Pierre J. (2007-03-15). «Метилирование ДНК как терапевтическая цель при раке». Clinical Cancer Research . 13 (6): 1634–1637. doi :10.1158/1078-0432.CCR-06-2076. ISSN  1078-0432.
  148. ^ Kantarjian, Hagop; Issa, Jean-Pierre J.; Rosenfeld, Craig S.; Bennett, John M.; Albitar, Maher; DiPersio, John; Klimek, Virginia; Slack, James; de Castro, Carlos; Ravandi, Farhad; Helmer, Richard; Shen, Lanlan; Nimer, Stephen D.; Leavitt, Richard; Raza, Azra (15.04.2006). «Децитабин улучшает результаты лечения пациентов с миелодиспластическими синдромами: результаты рандомизированного исследования фазы III». Cancer . 106 (8): 1794–1803. doi : 10.1002/cncr.21792 . ISSN  0008-543X. PMID  16532500. S2CID  9556660.