stringtranslate.com

Полиморфизм одного нуклеотида

Верхняя молекула ДНК отличается от нижней молекулы ДНК расположением одной пары оснований (полиморфизм G/A).

В генетике и биоинформатике однонуклеотидный полиморфизм ( SNP / s n ɪ p / ; множественное число SNPs / s n ɪ p s / ) представляет собой зародышевую замену одного нуклеотида в определенной позиции в геноме . Хотя некоторые определения требуют, чтобы замена присутствовала в достаточно большой части популяции (например, 1% или более), [1] многие публикации [2] [3] [4] не применяют такой порог частоты.

Например, нуклеотид G, присутствующий в определенном месте в референтном геноме, может быть заменен на A у меньшинства людей. Две возможные нуклеотидные вариации этого SNP – G или A – называются аллелями . [5]

SNP могут помочь объяснить различия в восприимчивости к широкому спектру заболеваний в популяции. Например, распространенный SNP в гене CFH связан с повышенным риском возрастной макулярной дегенерации. [6] Различия в тяжести заболевания или реакции на лечение также могут быть проявлениями генетических вариаций, вызванных SNP. Например, два распространенных SNP в гене APOE , rs429358 и rs7412, приводят к трем основным аллелям APO-E с различными связанными рисками развития болезни Альцгеймера и возрастом начала заболевания. [7]

Замены отдельных нуклеотидов с частотой аллеля менее 1% иногда называют вариантами отдельных нуклеотидов (SNV) . [8] «Вариант» также может использоваться как общий термин для любого изменения одного нуклеотида в последовательности ДНК, [9] охватывающий как общие SNP, так и редкие мутации , будь то зародышевые или соматические . [10] [11] Поэтому термин SNV использовался для обозначения точечных мутаций, обнаруженных в раковых клетках. [12] Варианты ДНК также должны обычно учитываться в приложениях молекулярной диагностики, таких как разработка праймеров ПЦР для обнаружения вирусов, в которых образец вирусной РНК или ДНК может содержать SNV. [ необходима цитата ] Однако эта номенклатура использует произвольные различия (например, частота аллеля 1%) и не используется последовательно во всех областях; возникшее разногласие вызвало призывы к более последовательной структуре для наименования различий в последовательностях ДНК между двумя образцами. [13] [14]

Типы

Типы однонуклеотидного полиморфизма (SNP)

Однонуклеотидные полиморфизмы могут попадать в кодирующие последовательности генов , некодирующие области генов или в межгенные области (области между генами). SNP в кодирующей последовательности не обязательно изменяют аминокислотную последовательность белка , который производится, из-за вырожденности генетического кода . [15]

SNP в кодирующей области бывают двух типов: синонимичные SNP и несинонимичные SNP. Синонимы SNP не влияют на последовательность белка, тогда как несинонимичные SNP изменяют аминокислотную последовательность белка. [16]

SNP, которые не находятся в белок-кодирующих областях, могут по-прежнему влиять на сплайсинг генов , связывание факторов транскрипции , деградацию информационной РНК или последовательность некодирующей РНК. Экспрессия гена, на которую влияет этот тип SNP, называется eSNP (экспрессионный SNP) и может быть выше или ниже гена.

Частота

В геноме человека в мире выявлено более 600 миллионов однонуклеотидных полиморфизмов. [22] Типичный геном отличается от эталонного генома человека на 4–5 миллионов участков, большинство из которых (более 99,9%) состоят из однонуклеотидных полиморфизмов и коротких инделей . [23]

В геноме

Геномное распределение SNP не является однородным; SNP встречаются в некодирующих регионах чаще, чем в кодирующих регионах или, в целом, там, где действует естественный отбор и «фиксирует» аллель ( устраняя другие варианты) SNP, который представляет собой наиболее благоприятную генетическую адаптацию. [24] Другие факторы, такие как генетическая рекомбинация и скорость мутаций, также могут определять плотность SNP. [25]

Плотность SNP можно предсказать по наличию микросателлитов : в частности, микросателлиты AT являются мощными предикторами плотности SNP, при этом длинные (AT)(n)-повторяющиеся тракты, как правило, находятся в областях со значительно сниженной плотностью SNP и низким содержанием GC . [26]

В пределах популяции

Существуют различия между человеческими популяциями, поэтому аллель SNP, который распространен в одной географической или этнической группе, может быть гораздо реже в другой. Однако эта модель вариации относительно редка; в глобальной выборке из 67,3 миллионов SNP Проект разнообразия генома человека «не обнаружил таких частных вариантов, которые были бы зафиксированы на данном континенте или крупном регионе. Самые высокие частоты достигаются несколькими десятками вариантов, присутствующими на уровне >70% (и несколькими тысячами на уровне >50%) в Африке, Америке и Океании. Напротив, самые высокие частоты вариантов, присущих Европе, Восточной Азии, Ближнему Востоку или Центральной и Южной Азии, достигают всего 10–30%». [27]

В пределах популяции однонуклеотидным полиморфизмам может быть назначена минорная аллельная частота — самая низкая аллельная частота в локусе , которая наблюдается в конкретной популяции. [28] Это просто меньшая из двух аллельных частот для однонуклеотидных полиморфизмов.

Благодаря этим знаниям ученые разработали новые методы анализа популяционных структур менее изученных видов. [29] [30] [31] При использовании методов объединения стоимость анализа значительно снижается. [ требуется ссылка ] Эти методы основаны на секвенировании популяции в объединенной выборке вместо секвенирования каждой особи в популяции по отдельности. С новыми инструментами биоинформатики появилась возможность исследовать популяционную структуру, поток генов и миграцию генов путем наблюдения за частотами аллелей в пределах всей популяции. С этими протоколами появилась возможность объединить преимущества SNP с микросателлитными маркерами. [32] [33] Однако в процессе теряется информация, такая как информация о неравновесном сцеплении и зиготности.

Приложения

Важность

Изменения в последовательностях ДНК людей могут влиять на то, как люди развивают болезни и реагируют на патогены , химикаты , лекарства , вакцины и другие агенты. SNP также имеют решающее значение для персонализированной медицины . [37] Примерами являются биомедицинские исследования, судебная экспертиза, фармакогенетика и этиология заболеваний, как описано ниже.

Клинические исследования

Исследование ассоциаций по всему геному (GWAS)

Одним из основных вкладов SNP в клинические исследования является исследование ассоциаций по всему геному (GWAS). [38] Генетические данные по всему геному могут быть получены с помощью нескольких технологий, включая массив SNP и секвенирование всего генома. GWAS обычно используется для идентификации SNP, связанных с заболеваниями или клиническими фенотипами или признаками. Поскольку GWAS является оценкой по всему геному, для получения достаточной статистической мощности для обнаружения всех возможных ассоциаций требуется большой участок выборки. Некоторые SNP оказывают относительно небольшое влияние на заболевания или клинические фенотипы или признаки. Для оценки мощности исследования необходимо учитывать генетическую модель заболевания, например, доминантные, рецессивные или аддитивные эффекты. Из-за генетической гетерогенности анализ GWAS должен быть скорректирован с учетом расы.

Исследование ассоциации генов-кандидатов

Исследование ассоциации генов-кандидатов обычно использовалось в генетических исследованиях до изобретения высокопроизводительных технологий генотипирования или секвенирования. [39] Исследование ассоциации генов-кандидатов заключается в исследовании ограниченного числа предварительно определенных SNP для ассоциации с заболеваниями или клиническими фенотипами или признаками. Таким образом, это подход, основанный на гипотезах. Поскольку тестируется только ограниченное число SNP, для обнаружения ассоциации достаточно относительно небольшого размера выборки. Подход ассоциации генов-кандидатов также обычно используется для подтверждения результатов GWAS в независимых выборках.

Картирование гомозиготности при заболеваниях

Данные SNP по всему геному можно использовать для картирования гомозиготности. [40] Картирование гомозиготности — это метод, используемый для идентификации гомозиготных аутосомно-рецессивных локусов, который может быть мощным инструментом для картирования геномных регионов или генов, которые участвуют в патогенезе заболеваний.

Модели метилирования

Ассоциации между однонуклеотидными полиморфизмами, паттернами метилирования и экспрессией генов биологических признаков

Недавно предварительные результаты показали, что SNP являются важными компонентами эпигенетической программы в организмах. [41] [42] Более того, космополитические исследования в европейских и южноазиатских популяциях выявили влияние SNP на метилирование определенных участков CpG. [43] Кроме того, анализ обогащения meQTL с использованием базы данных GWAS продемонстрировал, что эти ассоциации важны для прогнозирования биологических признаков. [43] [44] [45]  

Судебная медицина

SNP исторически использовались для сопоставления образца судебной ДНК с подозреваемым, но устарели из-за развития методов ДНК-дактилоскопии на основе STR . Однако разработка технологии секвенирования следующего поколения (NGS) может предоставить больше возможностей для использования SNP в фенотипических подсказках, таких как этническая принадлежность, цвет волос и цвет глаз с хорошей вероятностью совпадения. Это может дополнительно применяться для повышения точности реконструкции лица, предоставляя информацию, которая в противном случае могла бы быть неизвестной, и эта информация может использоваться для помощи в идентификации подозреваемых даже без совпадения профиля ДНК STR .

Некоторые недостатки использования SNP по сравнению с STR заключаются в том, что SNP дают меньше информации, чем STR, и поэтому для анализа требуется больше SNP, прежде чем можно будет создать профиль подозреваемого. Кроме того, SNP в значительной степени зависят от наличия базы данных для сравнительного анализа образцов. Однако в случаях с деградированными или малыми по объему образцами методы SNP являются отличной альтернативой методам STR. SNP (в отличие от STR) имеют обилие потенциальных маркеров, могут быть полностью автоматизированы и возможное сокращение требуемой длины фрагмента до менее 100 п.н. [26]

Фармакогенетика

Фармакогенетика фокусируется на выявлении генетических вариаций, включая SNP, связанные с дифференциальными ответами на лечение. [46] Многие ферменты, метаболизирующие лекарственные препараты, мишени лекарственных препаратов или целевые пути могут находиться под влиянием SNP. SNP, участвующие в активности ферментов, метаболизирующих лекарственные препараты, могут изменять фармакокинетику лекарственных препаратов, в то время как SNP, участвующие в мишени лекарственного препарата или ее пути, могут изменять фармакодинамику лекарственных препаратов. Таким образом, SNP являются потенциальными генетическими маркерами, которые можно использовать для прогнозирования воздействия лекарственных препаратов или эффективности лечения. Фармакогенетическое исследование на уровне всего генома называется фармакогеномикой . Фармакогенетика и фармакогеномика играют важную роль в разработке прецизионной медицины, особенно для таких опасных для жизни заболеваний, как рак.

Болезнь

Только небольшое количество SNP в геноме человека может оказывать влияние на заболевания человека. Крупномасштабный GWAS был проведен для наиболее важных заболеваний человека, включая заболевания сердца, метаболические заболевания, аутоиммунные заболевания, нейродегенеративные и психиатрические расстройства. [38] Было идентифицировано большинство SNP с относительно большим влиянием на эти заболевания. Эти результаты значительно улучшили понимание патогенеза заболеваний и молекулярных путей, а также способствовали разработке лучшего лечения. Дальнейший GWAS с большим размером выборки выявит SNP с относительно небольшим влиянием на заболевания. Для распространенных и сложных заболеваний, таких как диабет 2 типа, ревматоидный артрит и болезнь Альцгеймера, в этиологии заболевания участвуют множественные генетические факторы. Кроме того, взаимодействие генов и взаимодействие генов и окружающей среды также играют важную роль в возникновении и прогрессировании заболевания. [47]

Примеры

Базы данных

Как и для генов, для однонуклеотидных полиморфизмов существуют биоинформатические базы данных.

Рабочая группа International SNP Map картировала последовательность, фланкирующую каждый SNP, путем выравнивания с геномной последовательностью клонов с большой вставкой в ​​Genebank. Эти выравнивания были преобразованы в хромосомные координаты, которые показаны в Таблице 1. [60] Этот список значительно увеличился с тех пор, например, база данных Kaviar теперь содержит 162 миллиона вариантов отдельных нуклеотидов (SNV).

Номенклатура

Номенклатура однонуклеотидных полиморфизмов включает несколько вариаций для каждого полиморфизма, при этом единого консенсуса по этому вопросу не существует.

Стандарт rs### принят dbSNP и использует префикс «rs» для «справочного SNP», за которым следует уникальный и произвольный номер. [61] SNP часто обозначаются по их номеру dbSNP rs, как в примерах выше.

Общество вариаций генома человека (HGVS) использует стандарт, который передает больше информации о SNP. Примеры:

Анализ однонуклеотидного полиморфизма

SNP могут быть легко проанализированы, поскольку содержат только два возможных аллеля и три возможных генотипа, включающих два аллеля: гомозиготный A, гомозиготный B и гетерозиготный AB, что приводит к множеству возможных методов анализа. Некоторые из них включают: секвенирование ДНК ; капиллярный электрофорез ; масс-спектрометрию ; полиморфизм одноцепочечной конформации (SSCP); удлинение одного основания ; электрохимический анализ; денатурирующая ВЭЖХ и гель-электрофорез ; полиморфизм длины рестрикционных фрагментов ; и гибридизационный анализ.

Программы для прогнозирования эффектов SNP

Важной группой SNP являются те, которые соответствуют миссенс-мутациям, вызывающим изменение аминокислот на уровне белка. Точечная мутация определенного остатка может иметь разный эффект на функцию белка (от отсутствия эффекта до полного нарушения его функции). Обычно изменение аминокислот с похожим размером и физико-химическими свойствами (например, замена лейцина на валин) имеет слабый эффект, и противоположный. Аналогично, если SNP нарушает элементы вторичной структуры (например, замена на пролин в области альфа-спирали ), такая мутация обычно может повлиять на всю структуру и функцию белка. Используя эти простые и многие другие правила, полученные с помощью машинного обучения , была разработана группа программ для прогнозирования эффекта SNP: [66]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ "полиморфизм одного нуклеотида / SNP | Learn Science at Scitable". www.nature.com . Архивировано из оригинала 2015-11-10 . Получено 2015-11-13 .
  2. ^ Шерри, СТ; Уорд, М.; Сироткин, К. (1999). "dbSNP — База данных для полиморфизмов отдельных нуклеотидов и других классов незначительных генетических вариаций". Genome Research . 9 (8): 677–679. doi : 10.1101/gr.9.8.677 . PMID  10447503. S2CID  10775908.
  3. ^ Ландер, ES; и др. (2001). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека». Nature . 409 (6822): 860–921. Bibcode :2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID  11237011.
  4. ^ Auton, Adam; et al. (2015). «Глобальный справочник по генетическим вариациям человека». Nature . 526 (7571): 68–74. Bibcode :2015Natur.526...68T. doi :10.1038/nature15393. PMC 4750478 . PMID  26432245. 
  5. ^ Монга, Иша; Куреши, Абид; Такур, Нишант; Гупта, Амит Кумар; Кумар, Манодж (сентябрь 2017 г.). «ASPsiRNA: Ресурс ASP-siRNA, имеющий терапевтический потенциал для генетических заболеваний человека, и алгоритм прогнозирования их ингибирующей эффективности». G3 . 7 (9): 2931–2943. doi : 10.1534/g3.117.044024 . PMC 5592921 . PMID  28696921. 
  6. ^ Калиппе, Бертран; Гийонно, Ксавье; Сеннлауб, Флориан (март 2014 г.). «Фактор комплемента H и родственные белки при возрастной макулярной дегенерации». Comptes Rendus Biologies . 337 (3): 178–184. doi :10.1016/j.crvi.2013.12.003. ISSN  1631-0691. PMID  24702844.
  7. ^ Хусейн, Мохаммед Амир; Лоран, Бенуа; Плурд, Мелани (17.02.2021). «APOE и болезнь Альцгеймера: от транспорта липидов до физиопатологии и терапии». Frontiers in Neuroscience . 15 : 630502. doi : 10.3389/fnins.2021.630502 . ISSN  1662-453X. PMC 7925634. PMID 33679311  . 
  8. ^ «Определение варианта одного нуклеотида — Словарь генетических терминов NCI». www.cancer.gov . 2012-07-20 . Получено 2023-05-02 .
  9. ^ Райт, Алан Ф. (23 сентября 2005 г.), «Генетическая изменчивость: полиморфизмы и мутации», eLS , Wiley, doi : 10.1038/npg.els.0005005 , ISBN 9780470016176, S2CID  82415195
  10. ^ Goya, R.; Sun, MG; Morin, RD; Leung, G.; Ha, G.; Wiegand, KC; Senz, J.; Crisan, A.; Marra, MA; Hirst, M.; Huntsman, D.; Murphy, KP; Aparicio, S.; Shah, SP (2010). "SNVMix: прогнозирование вариантов отдельных нуклеотидов с помощью секвенирования следующего поколения опухолей". Биоинформатика . 26 (6): 730–736. doi :10.1093/bioinformatics/btq040. PMC 2832826. PMID  20130035 . 
  11. ^ Katsonis, Panagiotis; Koire, Amanda; Wilson, Stephen Joseph; Hsu, Teng-Kuei; Lua, Rhonald C.; Wilkins, Angela Dawn; Lichtarge, Olivier (2014-10-20). "Вариации одиночных нуклеотидов: биологическое воздействие и теоретическая интерпретация". Protein Science . 23 (12): 1650–1666. doi :10.1002/pro.2552. ISSN  0961-8368. PMC 4253807 . PMID  25234433. 
  12. ^ Хурана, Экта; Фу, Яо; Чакраварти, Димпл; Демикелис, Франческа; Рубин, Марк А.; Герштейн, Марк (2016-01-19). «Роль некодирующих вариантов последовательностей при раке». Nature Reviews Genetics . 17 (2): 93–108. doi :10.1038/nrg.2015.17. ISSN  1471-0056. PMID  26781813. S2CID  14433306.
  13. ^ Карки, Рошан; Пандья, Дип; Элстон, Роберт С.; Ферлини, Кристиано (15 июля 2015 г.). «Определение «мутации» и «полиморфизма» в эпоху персональной геномики». BMC Medical Genomics . 8 (1). Springer Science and Business Media LLC: 37. doi : 10.1186/s12920-015-0115-z . ISSN  1755-8794. PMC 4502642. PMID 26173390  . 
  14. ^ Ли, Хэн (15 марта 2021 г.). «SNP против SNV». Блог Хэн Ли . Получено 3 мая 2023 г.
  15. ^ Спенсер, Пейдж С.; Барраль, Хосе М. (2012). «Избыточность генетического кода и ее влияние на кодируемые полипептиды». Computational and Structural Biotechnology Journal . 1 : e201204006. doi :10.5936/csbj.201204006. ISSN  2001-0370. PMC 3962081. PMID  24688635 . 
  16. ^ Чу, Дуань; Вэй, Лай (16.04.2019). «Несинонимичные, синонимичные и бессмысленные мутации в генах, связанных с раком человека, подвергаются более сильному очищающему отбору, чем ожидалось». BMC Cancer . 19 (1): 359. doi : 10.1186/s12885-019-5572-x . ISSN  1471-2407. PMC 6469204 . PMID  30991970. 
  17. ^ Li G, Pan T, Guo D, Li LC (2014). «Регуляторные варианты и заболевания: SNP E-Cadherin -160C/A как пример». Molecular Biology International . 2014 : 967565. doi : 10.1155/2014/967565 . PMC 4167656. PMID  25276428 . 
  18. ^ Lu YF, Mauger DM, Goldstein DB, Urban TJ, Weeks KM, Bradrick SS (ноябрь 2015 г.). «Структура мРНК IFNL3 ремоделируется функциональным некодирующим полиморфизмом, связанным с клиренсом вируса гепатита C». Scientific Reports . 5 : 16037. Bibcode :2015NatSR...516037L. doi :10.1038/srep16037. PMC 4631997 . PMID  26531896. 
  19. ^ Kimchi-Sarfaty C, Oh JM, Kim IW, Sauna ZE, Calcagno AM, Ambudkar SV, Gottesman MM (январь 2007 г.). ««Скрытый» полиморфизм в гене MDR1 изменяет специфичность субстрата». Science . 315 (5811): 525–8. Bibcode :2007Sci...315..525K. doi : 10.1126/science.1135308 . PMID  17185560. S2CID  15146955.
  20. ^ Аль-Хаггар М, Мадей-Пиларчик А, Козловский Л, Буйницкий Дж. М., Яхия С., Абдель-Хади Д., Шамс А., Ахмад Н., Хамед С., Пузяновска-Кузницка М. (ноябрь 2012 г.). «Новая гомозиготная мутация LMNA p.Arg527Leu в двух неродственных египетских семьях вызывает перекрывающуюся нижнечелюстно-акральную дисплазию и синдром прогерии». Европейский журнал генетики человека . 20 (11): 1134–40. дои : 10.1038/ejhg.2012.77. ПМЦ 3476705 . ПМИД  22549407. 
  21. ^ Cordovado SK, Hendrix M, Greene CN, Mochal S, Earley MC, Farrell PM, Kharrazi M, Hannon WH, Mueller PW (февраль 2012 г.). «Анализ мутаций CFTR и ассоциации гаплотипов у пациентов с CF». Молекулярная генетика и метаболизм . 105 (2): 249–54. doi :10.1016/j.ymgme.2011.10.013. PMC 3551260. PMID  22137130 . 
  22. ^ "Что такое полиморфизмы одиночных нуклеотидов (SNP)?: MedlinePlus Genetics". medlineplus.gov . Получено 22.03.2023 .
  23. ^ Аутон А, Брукс Л.Д., Дурбин Р.М., Гаррисон Э.П., Канг Х.М., Корбел Д.О., Марчини Дж.Л., Маккарти С., Маквин Г.А., Абекасис Г.Р. (октябрь 2015 г.). «Глобальный справочник по генетическим вариациям человека». Природа . 526 (7571): 68–74. Бибкод :2015Natur.526...68T. дои : 10.1038/nature15393. ПМК 4750478 . ПМИД  26432245. 
  24. ^ Баррейро Л.Б., Лаваль Г., Куах Х., Патин Э., Кинтана-Мурси Л. (март 2008 г.). «Естественный отбор привел к дифференциации популяций современных людей». Природная генетика . 40 (3): 340–5. дои : 10.1038/ng.78. PMID  18246066. S2CID  205357396.
  25. ^ Nachman MW (сентябрь 2001 г.). «Полиморфизмы отдельных нуклеотидов и скорость рекомбинации у людей». Trends in Genetics . 17 (9): 481–5. doi :10.1016/S0168-9525(01)02409-X. PMID  11525814.
  26. ^ Varela MA, Amos W (март 2010). «Гетерогенное распределение SNP в геноме человека: микросателлиты как предикторы нуклеотидного разнообразия и расхождения». Genomics . 95 (3): 151–9. doi :10.1016/j.ygeno.2009.12.003. PMID  20026267.
  27. ^ Бергстрём А., Маккарти СА., Хуэй Р., Альмарри МА., Аюб К., Данечек П. и др. (2020). «Взгляд на генетическую изменчивость человека и историю популяции на основе 929 различных геномов». Science . 367 (6484): eaay5012. doi :10.1126/science.aay5012. PMC 7115999 . PMID  32193295. {{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  28. ^ Zhu Z, Yuan D, Luo D, Lu X, Huang S (2015-07-24). «Обогащение минорных аллелей общих однонуклеотидных полиморфизмов и улучшение прогнозирования риска болезни Паркинсона». PLOS ONE . 10 (7): e0133421. Bibcode : 2015PLoSO..1033421Z. doi : 10.1371/journal.pone.0133421 . PMC 4514478. PMID  26207627 . 
  29. ^ Ивер, Валентин; Леблуа, Рафаэль; Пети, Эрик Дж.; Готье, Матье; Виталис, Рено (30 июля 2018 г.). «Измерение генетической дифференциации по данным Pool-seq». Генетика . 210 (1): 315–330. doi : 10.1534/genetics.118.300900 . ISSN  0016-6731. PMC 6116966. PMID 30061425  . 
  30. ^ Ekblom, R; Galindo, J (2010-12-08). "Применение секвенирования следующего поколения в молекулярной экологии немодельных организмов". Наследственность . 107 (1): 1–15. doi : 10.1038/hdy.2010.152 . ISSN  0018-067X. PMC 3186121. PMID  21139633 . 
  31. ^ Эллегрен, Ханс (январь 2014 г.). «Секвенирование генома и популяционная геномика немодельных организмов». Trends in Ecology & Evolution . 29 (1): 51–63. doi :10.1016/j.tree.2013.09.008. ISSN  0169-5347. PMID  24139972.
  32. ^ Дорант, Ян; Бенестан, Лора; Ружмон, Квентин; Нормандо, Эрик; Бойл, Брайан; Рошетт, Реми; Берначез, Луи (2019). «Сравнение генотипирования Pool-seq, Rapture и GBS для вывода слабой структуры популяции: американский омар (Homarus americanus) как пример исследования». Экология и эволюция . 9 (11): 6606–6623. doi : 10.1002/ece3.5240. ISSN  2045-7758. PMC 6580275. PMID 31236247  . 
  33. ^ Vendrami, David LJ; Telesca, Luca; Weigand, Hannah; Weiss, Martina; Fawcett, Katie; Lehman, Katrin; Clark, MS; Leese, Florian; McMinn, Carrie; Moore, Heather; Hoffman, Joseph I. (2017). «RAD-секвенирование определяет мелкомасштабную структуру популяции бентосных беспозвоночных: последствия для понимания фенотипической пластичности». Royal Society Open Science . 4 (2): 160548. Bibcode :2017RSOS....460548V. doi :10.1098/rsos.160548. PMC 5367306 . PMID  28386419. 
  34. ^ Zhang K, Qin ZS, Liu JS, Chen T, Waterman MS, Sun F (май 2004 г.). «Разделение блоков гаплотипа и выбор тегов SNP с использованием данных о генотипе и их применение в исследованиях ассоциаций». Genome Research . 14 (5): 908–16. doi :10.1101/gr.1837404. PMC 479119 . PMID  15078859. 
  35. ^ Gupta PK, Roy JK, Prasad M (25 февраля 2001 г.). «Полиморфизмы отдельных нуклеотидов: новая парадигма для технологии молекулярных маркеров и обнаружения полиморфизма ДНК с акцентом на их использование в растениях». Current Science . 80 (4): 524–535. Архивировано из оригинала 13 февраля 2017 г.
  36. ^ Stimson J, Gardy J, Mathema B, Crudu V, Cohen T, Colijn C (25 января 2019 г.). «За порогом SNP: определение кластеров вспышек с использованием предполагаемых передач». Молекулярная биология и эволюция . 36 (3): 587–603. doi :10.1093/molbev/msy242. PMC 6389316. PMID  30690464. 
  37. ^ Карлсон, Брюс (15 июня 2008 г.). "SNP — короткий путь к персонализированной медицине". Новости генной инженерии и биотехнологии . 28 (12). Мэри Энн Либерт, Инк. Архивировано из оригинала 26 декабря 2010 г. Получено 06.07.2008 г. ( подзаголовок) Медицинские приложения — это то, где ожидается рост рынка
  38. ^ ab Visscher, Peter M.; Wray, Naomi R.; Zhang, Qian; Sklar, Pamela; McCarthy, Mark I.; Brown, Matthew A.; Yang, Jian (июль 2017 г.). «10 лет открытия GWAS: биология, функция и перевод». The American Journal of Human Genetics . 101 (1): 5–22. doi :10.1016/j.ajhg.2017.06.005. ISSN  0002-9297. PMC 5501872 . PMID  28686856. 
  39. ^ Донг, Линда М.; Поттер, Джон Д.; Уайт, Эмили; Ульрих, Корнелия М.; Кардон, Лон Р.; Питерс, Ульрике (28.05.2008). «Генетическая восприимчивость к раку». JAMA . 299 (20): 2423–2436. doi :10.1001/jama.299.20.2423. ISSN  0098-7484. PMC 2772197 . PMID  18505952. 
  40. ^ Alkuraya, Fowzan S. (апрель 2010 г.). «Картирование гомозиготности: еще один инструмент в арсенале клинического генетика». Genetics in Medicine . 12 (4): 236–239. doi : 10.1097/gim.0b013e3181ceb95d . ISSN  1098-3600. PMID  20134328. S2CID  10789932.
  41. ^ Vohra, Manik; Sharma, Anu Radha; Prabhu B, Navya; Rai, Padmalatha S. (2020). «SNP в сайтах метилирования ДНК, связывания факторов транскрипции и мишеней miRNA, приводящих к аллель-специфической экспрессии генов и способствующих риску сложных заболеваний: систематический обзор». Public Health Genomics . 23 (5–6): 155–170. doi : 10.1159/000510253 . ISSN  1662-4246. PMID  32966991. S2CID  221886624.
  42. ^ Ван, Цзин; Ма, Сяоцинь; Чжан, Ци; Чэнь, Инхуэй; У, Дэн; Чжао, Пэнцзюнь; Ю, Ю (2021). «Анализ взаимодействия вариантов SNP и метилирования ДНК выявляет новые метилированные гены патогенеза при врожденных заболеваниях сердца». Frontiers in Cell and Developmental Biology . 9 : 665514. doi : 10.3389/fcell.2021.665514 . ISSN  2296-634X. PMC 8143053 . PMID  34041244. 
  43. ^ ab Hawe, Johann S.; Wilson, Rory; Schmid, Katharina T.; Zhou, Li; Lakshmanan, Lakshmi Narayanan; Lehne, Benjamin C.; Kühnel, Brigitte; Scott, William R.; Wielscher, Matthias; Yew, Yik Weng; Baumbach, Clemens; Lee, Dominic P.; Marouli, Eirini; Bernard, Manon; Pfeiffer, Liliane (январь 2022 г.). «Генетическая изменчивость, влияющая на метилирование ДНК, дает представление о молекулярных механизмах, регулирующих геномную функцию». Nature Genetics . 54 (1): 18–29. doi :10.1038/s41588-021-00969-x. ISSN  1546-1718. PMID  34980917. S2CID  256821844.
  44. ^ Perzel Mandell, Kira A.; Eagles, Nicholas J.; Wilton, Richard; Price, Amanda J.; Semick, Stephen A.; Collado-Torres, Leonardo; Ulrich, William S.; Tao, Ran; Han, Shizhong; Szalay, Alexander S.; Hyde, Thomas M.; Kleinman, Joel E.; Weinberger, Daniel R.; Jaffe, Andrew E. (2021-09-02). "Идентификация локусов количественных признаков метилирования на основе геномного секвенирования и их роль в риске шизофрении". Nature Communications . 12 (1): 5251. Bibcode :2021NatCo..12.5251P. doi :10.1038/s41467-021-25517-3. ISSN  2041-1723. PMC 8413445. PMID  34475392 . 
  45. ^ Хоффманн, Анке; Циллер, Михаэль; Шпенглер, Дитмар (декабрь 2016 г.). «Будущее — это прошлое: метилированные QTL при шизофрении». Гены . 7 (12): 104. doi : 10.3390/genes7120104 . ISSN  2073-4425. PMC 5192480. PMID 27886132  . 
  46. ^ Дейли, Энн К (11 октября 2017 г.). «Фармакогенетика: общий обзор достигнутого на сегодняшний день прогресса». British Medical Bulletin . 124 (1): 65–79. doi : 10.1093/bmb/ldx035 . ISSN  0007-1420. PMID  29040422.
  47. ^ Musci, Rashelle J.; Augustinavicius, Jura L.; Volk, Heather (2019-08-13). «Взаимодействие генов и окружающей среды в психиатрии: последние данные и клинические последствия». Current Psychiatry Reports . 21 (9): 81. doi :10.1007/s11920-019-1065-5. ISSN  1523-3812. PMC 7340157. PMID 31410638  . 
  48. ^ Giegling I, Hartmann AM, Möller HJ, Rujescu D (ноябрь 2006 г.). «Черты, связанные с гневом и агрессией, связаны с полиморфизмами гена 5-HT-2A». Journal of Affective Disorders . 96 (1–2): 75–81. doi :10.1016/j.jad.2006.05.016. PMID  16814396.
  49. ^ Эззеддини Р., Соми М.Х., Тагихани М., Моаддаб С.Ю., Маснади Ширази К., Ширмохаммади М., Эфтехарсадат А.Т., Садиги Могаддам Б., Салек Фаррохи А. (февраль 2021 г.). «Связь полиморфизма Foxp3 rs3761548 с концентрацией цитокинов у пациентов с аденокарциномой желудка». Цитокин . 138 : 155351. doi : 10.1016/j.cyto.2020.155351. ISSN  1043-4666. PMID  33127257. S2CID  226218796.
  50. ^ Kujovich JL (январь 2011). «Фактор V тромбофилия Лейдена». Генетика в медицине . 13 (1): 1–16. doi : 10.1097/GIM.0b013e3181faa0f2 . PMID  21116184.
  51. ^ Морита А., Накаяма Т., Доба Н., Хинохара С., Мизутани Т., Сома М. (июнь 2007 г.). «Генотипирование триаллельных SNP с использованием TaqMan PCR». Молекулярные и клеточные зонды . 21 (3): 171–6. doi :10.1016/j.mcp.2006.10.005. PMID  17161935.
  52. ^ Prodi DA, Drayna D, Forabosco P, Palmas MA, Maestrale GB, Piras D, Pirastu M, Angius A (октябрь 2004 г.). «Исследование горького вкуса в сардинском генетическом изоляте подтверждает связь чувствительности к фенилтиокарбамиду с геном горького рецептора TAS2R38». Chemical Senses . 29 (8): 697–702. doi : 10.1093/chemse/bjh074 . PMID  15466815.
  53. ^ Аммитцбёлль К.Г., Кьер Т.Р., Стеффенсен Р., Стенгаард-Педерсен К., Нильсен Х.Дж., Тиль С., Богстед М., Йенсениус Дж.К. (28 ноября 2012 г.). «Несинонимические полиморфизмы в гене FCN1 определяют способность связывания лигандов и уровни М-фиколина в сыворотке». ПЛОС ОДИН . 7 (11): е50585. Бибкод : 2012PLoSO...750585A. дои : 10.1371/journal.pone.0050585 . ПМК 3509001 . ПМИД  23209787. 
  54. ^ Гюнтер, Кэтрин А.; Тасич, Босилька; Луо, Лицюнь; Беделл, Мэри А.; Кингсли, Дэвид М. (июль 2014 г.). «Молекулярная основа классического светлого цвета волос у европейцев». Nature Genetics . 46 (7): 748–752. doi :10.1038/ng.2991. ISSN  1546-1718. PMC 4704868 . PMID  24880339. 
  55. ^ Ji G, Long Y, Zhou Y, Huang C, Gu A, Wang X (май 2012 г.). «Распространенные варианты генов репарации несоответствий, связанные с повышенным риском повреждения ДНК сперматозоидов и мужским бесплодием». BMC Medicine . 10 : 49. doi : 10.1186/1741-7015-10-49 . PMC 3378460. PMID  22594646 . 
  56. ^ Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США. 2014. NCBI dbSNP build 142 для человека. "[DBSNP-announce] DBSNP Human Build 142 (GRCh38 and GRCh37.p13)". Архивировано из оригинала 2017-09-10 . Получено 2017-09-11 .
  57. ^ Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США. 2015. NCBI dbSNP build 144 для человека. Страница сводки. "DBSNP Summary". Архивировано из оригинала 2017-09-10 . Получено 2017-09-11 .
  58. ^ Glusman G, Caballero J, Mauldin DE, Hood L, Roach JC (ноябрь 2011 г.). «Kaviar: доступная система для тестирования новизны SNV». Биоинформатика . 27 (22): 3216–7. doi :10.1093/bioinformatics/btr540. PMC 3208392. PMID  21965822 . 
  59. ^ Cao R, Shi Y, Chen S, Ma Y, Chen J, Yang J, Chen G, Shi T (январь 2017 г.). "dbSAP: база данных полиморфизма отдельных аминокислот для обнаружения вариаций белков". Nucleic Acids Research . 45 (D1): D827–D832. doi :10.1093/nar/gkw1096. PMC 5210569 . PMID  27903894. 
  60. ^ Sachidanandam R, Weissman D, Schmidt SC, Kakol JM, Stein LD , Marth G, Sherry S, Mullikin JC, Mortimore BJ, Willey DL, Hunt SE, Cole CG, Coggill PC, Rice CM, Ning Z, Rogers J, Bentley DR, Kwok PY, Mardis ER, Yeh RT, Schultz B, Cook L, Davenport R, Dante M, Fulton L, Hillier L, Waterston RH, McPherson JD, Gilman B, Schaffner S, Van Etten WJ, Reich D, Higgins J, Daly MJ, Blumenstiel B, Baldwin J, Stange-Thomann N, Zody MC, Linton L, Lander ES, Altshuler D (февраль 2001 г.). «Карта вариаций последовательности генома человека, содержащая 1,42 миллиона однонуклеотидных полиморфизмов». Nature . 409 (6822): 928–33. Bibcode :2001Natur.409..928S. doi : 10.1038/35057149 . PMID  11237013.
  61. ^ "Clustered RefSNPs (rs) and Other Data Computed in House". Архив часто задаваемых вопросов по SNP . Бетесда (Мэриленд): Национальный центр биотехнологической информации США. 2005.
  62. ^ JT Den Dunnen (2008-02-20). "Рекомендации по описанию вариантов последовательностей". Human Genome Variation Society. Архивировано из оригинала 2008-09-14 . Получено 2008-09-05 .
  63. ^ den Dunnen JT, Antonarakis SE (2000). «Расширения номенклатуры мутаций и предложения по описанию сложных мутаций: обсуждение». Human Mutation . 15 (1): 7–12. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(200001)15:1<7::AID-HUMU4>3.0.CO;2-N . PMID  10612815.
  64. ^ Ogino S, Gulley ML, den Dunnen JT, Wilson RB (февраль 2007 г.). «Стандартная номенклатура мутаций в молекулярной диагностике: практические и образовательные проблемы». Журнал молекулярной диагностики . 9 (1): 1–6. doi :10.2353/jmoldx.2007.060081. PMC 1867422. PMID  17251329 . 
  65. ^ "Номенклатура вариантов последовательности". varnomen.hgvs.org . Получено 2019-12-02 .
  66. ^ Джонсон, Эндрю Д. (октябрь 2009 г.). «Биоинформатика SNP: всесторонний обзор ресурсов». Циркуляция: Cardiovascular Genetics . 2 (5): 530–536. doi :10.1161/CIRCGENETICS.109.872010. ISSN  1942-325X. PMC 2789466. PMID 20031630  . 
  67. ^ Malhis N, Jones SJ, Gsponer J (апрель 2019 г.). «Улучшенные меры эволюционной консервации, использующие таксономические расстояния». Nature Communications . 10 (1): 1556. Bibcode :2019NatCo..10.1556M. doi :10.1038/s41467-019-09583-2. PMC 6450959 . PMID  30952844. 
  68. ^ Навар Малхис; Мэтью Якобсон; Стивен Дж. М. Джонс; Йорг Гспонер (2020). «LIST-S2: Таксономическая сортировка вредных миссенс-мутаций между видами». Nucleic Acids Research . 48 (W1): W154–W161. doi : 10.1093/nar/gkaa288 . PMC 7319545. PMID  32352516 . 
  69. ^ "View of SNPViz - Visualization of SNPs in proteins". genomicscomputbiol.org . doi : 10.18547/gcb.2018.vol4.iss1.e100048 . Архивировано из оригинала 2020-08-07 . Получено 2018-10-20 .
  70. ^ Ofoegbu TC, David A, Kelley LA, Mezulis S, Islam SA, Mersmann SF и др. (июнь 2019 г.). «PhyreRisk: динамическое веб-приложение для соединения геномики, протеомики и трехмерных структурных данных для руководства интерпретацией генетических вариантов человека». Журнал молекулярной биологии . 431 (13): 2460–2466. doi :10.1016/j.jmb.2019.04.043. PMC 6597944. PMID  31075275 . 
  71. ^ Ittisoponpisan S, Islam SA, Khanna T, Alhuzimi E, David A, Sternberg MJ (май 2019 г.). «Могут ли предсказанные трехмерные структуры белка предоставить надежные сведения о том, связаны ли миссенс-варианты с заболеваниями?». Журнал молекулярной биологии . 431 (11): 2197–2212. doi : 10.1016/j.jmb.2019.04.009. PMC 6544567. PMID 30995449  . 

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме Полиморфизм отдельных нуклеотидов .