stringtranslate.com

Бактериальная систематика

LifeDomainKingdomPhylumClassOrderFamilyGenusSpecies
Иерархия восьми основных таксономических рангов биологической классификации . Промежуточные второстепенные рейтинги не показаны.

Бактериальная систематика — это подраздел систематики , посвященный классификации образцов бактерий по таксономическим рангам.

В научной классификации , установленной Карлом Линнеем , [1] каждый вид отнесен к роду, что дает название, состоящее из двух частей. Это название обозначает два самых низких уровня в иерархии рангов , все более крупные группы видов, основанные на общих чертах. Из этих рангов домены представляют собой наиболее общий уровень категоризации. В настоящее время ученые делят всю жизнь всего на три домена : эукариоты , бактерии и археи . [2]

Бактериальная таксономия — это классификация штаммов внутри домена «Бактерии» по иерархии сходства. Эта классификация аналогична классификации растений , млекопитающих и других таксономий. Однако биологи, специализирующиеся в разных областях, со временем разработали разные таксономические соглашения. Например, систематики бактерий называют типы на основе описаний штаммов. Вместо этого зоологи, в частности, используют типовой образец.

Разнообразие

Бактерии ( прокариоты вместе с археями) имеют много общих черт. Эти общие черты включают отсутствие ядерной мембраны, одноклеточность, деление бинарным делением и, как правило, небольшой размер. Различные виды можно дифференцировать путем сравнения нескольких характеристик, что позволяет их идентифицировать и классифицировать. Примеры включают в себя:

История

Первые описания

Бактерии впервые наблюдал Антони ван Левенгук в 1676 году с помощью однолинзового микроскопа его собственной конструкции. [3] Он назвал их « животными » и опубликовал свои наблюдения в серии писем в Королевское общество . [4] [5] [6]

Ранние описанные роды бактерий включают Vibrio и Monas , О.Ф. Мюллером (1773, 1786), классифицированные тогда как Infusoria (однако многие виды, ранее входившие в эти роды, сегодня считаются протистами); Polyangium , созданный HF Link (1809 г.), первая бактерия, известная и сегодня; Серратия Бицио (1823 г.); и Spirillum , Spirochaeta and Bacterium Эренберга (1838) . [7] [8]

Термин Bacterium , введенный как род Эренбергом в 1838 году [9] , стал общим для палочковидных клеток. [7]

Ранние формальные классификации

Древо жизни в Generelle Morphologie der Organismen (1866) [10]

Бактерии были впервые классифицированы как растения , составляющие класс Schizomycetes , которые вместе с Schizophyceae (сине-зеленые водоросли/ цианобактерии ) образовали тип Schizophyta . [11]

Геккель в 1866 году отнес группу к типу Moneres (от μονήρης: простые) в царстве Протисты и определил их как совершенно бесструктурные и однородные организмы, состоящие лишь из кусочка плазмы. [10] Он разделил тип на две группы: [10]

Классификация Фердинанда Кона (1872) оказала большое влияние в девятнадцатом веке и признала шесть родов: Micrococcus , Bacterium , Bacillus , Vibrio , Spirillum и Spirochaeta . [7]

Позднее Чаттон реклассифицировал группу как прокариотов . [16]

За классификацию цианобактерий (в просторечии «сине-зеленые водоросли») ведутся споры между водорослями и бактериями (например, Геккель отнес Nostoc к типу водорослей Archephyta [10] ).

в 1905 году Эрвин Ф. Смит принял 33 действительных различных названия родов бактерий и более 150 неверных названий [17] , а Вюйемен в исследовании 1913 года [18] пришел к выводу, что все виды бактерий должны относиться к родам Planococcus , Streptococcus . , клебсиелла , мериста , планомериста , нейссерия , сарцина , планосарцина , метабактерии , клостридии , серратии , бактерии и спириллы .

Кон [19] выделил четыре трибы : сферобактерии, микробактерии, десмобактерии и спиробактерии. Станье и ван Нил [20] выделили царство Monera с двумя типами: Myxophyta и Schizomycetae, причем последний включает классы Eubacteriae (три порядка), Myxobacteriae (один порядок) и Spirochetae (один порядок). Биссет [21] выделил 1 класс и 4 порядка: Eubacteriales, Actinomycetales, Streptomycetales и Flexibacteriales. Система Вальтера Мигулы [22] , которая была наиболее широко принятой системой своего времени и включала все известные тогда виды, но была основана только на морфологии, содержала три основные группы Coccaceae, Bacillaceae и Spirillaceae, а также Trichobacterinae для нитчатых бактерий. бактерии. Орла-Йенсен [23] выделил два отряда: Cephalotrichinae (семь семейств) и Peritrichinae (предположительно, насчитывающий только одно семейство). Берги и др. [24] представили классификацию, которая в целом следовала Заключительному отчету Комитета Общества американских бактериологов 1920 г. (Winslow et al.), который разделил класс Schizomycetes на четыре отряда: Myxobacteriales, Thiobacteriales, Chlamydobacteriales и Eubacteriales, причем пятая группа состоит из четырех отрядов. роды, считающиеся промежуточными между бактериями и простейшими: Spirocheta , Cristospira , Saprospira и Treponema .

Однако разные авторы часто переклассифицировали роды из-за отсутствия видимых признаков, что приводило к плохому состоянию, которое было резюмировано в 1915 году Робертом Эрлом Бьюкененом. [25] К тому времени вся группа получила разные звания и имена от разных авторов, а именно:

Более того, семьи, на которые был разделен класс, менялись от автора к автору, а для некоторых, таких как Ципф, имена были на немецком, а не на латыни. [29]

Первое издание Бактериологического кодекса 1947 г. решило ряд проблем. [30] [ нужен пример ]

Система А. Р. Прево [31] [32] ) имела четыре подтипа и восемь классов, а именно:

Неформальные группы на основе окрашивания по Граму

Несмотря на отсутствие единого мнения относительно основных подгрупп бактерий , результаты окрашивания по Граму чаще всего использовались в качестве инструмента классификации. Следовательно, до появления молекулярной филогении Царство Прокариот было разделено на четыре отдела .

Молекулярная эра

«Архаические бактерии» и реклассификация Вёзе

EuryarchaeotaNanoarchaeotaThermoproteotaProtozoaAlgaePlantSlime moldsAnimalFungusGram-positive bacteriaChlamydiotaChloroflexotaActinomycetotaPlanctomycetotaSpirochaetotaFusobacteriotaCyanobacteriaThermophilesAcidobacteriotaPseudomonadota
Филогенетическое древо , показывающее взаимоотношения архей с другими формами жизни. Эукариоты окрашены в красный цвет, археи в зеленый, а бактерии в синий. Адаптировано из Ciccarelli et al. [44]

Вёзе утверждал, что бактерии, археи и эукариоты представляют собой отдельные линии происхождения, которые на раннем этапе отделились от наследственной колонии организмов. [45] [46] Однако некоторые биологи утверждают, что археи и эукариоты произошли от группы бактерий. [47] В любом случае считается, что вирусы и археи начали взаимоотношения примерно два миллиарда лет назад и что между членами этих групп могла происходить совместная эволюция . [48] ​​Вполне возможно, что последний общий предок бактерий и архей был термофилом, что повышает вероятность того, что более низкие температуры являются «экстремальными условиями» с точки зрения архей, а организмы, живущие в более прохладной среде, появились только позже. [49] Поскольку археи и бактерии связаны друг с другом не больше, чем с эукариотами, единственное сохранившееся значение термина « прокариот» - «не эукариот», что ограничивает его ценность. [50]

Благодаря усовершенствованным методологиям стало ясно, что метаногенные бактерии сильно отличались друг от друга и (ошибочно) считались остатками древних бактерий [51] . Таким образом , Карл Везе , считающийся предшественником революции молекулярной филогении, определил три основные линии происхождения: Архебактерии , эубактерии и уркариоты , причем последние теперь представлены нуклеоцитоплазматическим компонентом эукариотов . [52] Эти линии были формализованы в ранг Домена ( regio на латыни), который делил Жизнь на 3 домена: Эукариоты , Археи и Бактерии . [2]

Подразделения

В 1987 году Карл Вёзе разделил эубактерии на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомальной РНК (SSU), которые с некоторыми дополнениями используются до сих пор. [53] [54]

Оппозиция

Хотя трехдоменная система широко распространена, [55] некоторые авторы выступают против нее по разным причинам.

Одним из выдающихся ученых, выступающих против трехдоменной системы, является Томас Кавальер-Смит , который предположил, что археи и эукариоты ( неомура ) происходят от грамположительных бактерий ( позибактерий ), которые, в свою очередь, происходят от грамотрицательных бактерий ( негибактерий ), основанных на нескольких логические аргументы, [56] [57] , которые весьма противоречивы и обычно игнорируются сообществом молекулярной биологии ( см. комментарии рецензентов к [57] , например, Эрик Баптест «агностик» в отношении выводов) и часто не упоминаются в обзорах ( например [58] ) из-за субъективного характера сделанных предположений. [59]

Однако, несмотря на множество статистически подтвержденных исследований, посвященных укоренению древа жизни между бактериями и неомурами с помощью различных методов, [60] в том числе таких, которые невосприимчивы к ускоренной эволюции, как утверждает Кавальер -Смит является источником предполагаемой ошибки в молекулярных методах [56] - есть несколько исследований, которые привели к различным выводам, некоторые из которых помещают корень в тип Firmicutes с гнездящимися архей. [61] [62] [63]

Молекулярная таксономия Рэди Гупты, основанная на консервативных сигнатурных последовательностях белков, включает монофилетическую грамотрицательную кладу, монофилетическую грамположительную кладу и полифилетическую археоту, полученную из грамположительных. [64] [65] [66] Молекулярный анализ Хори и Осавы показал связь между метабактериями (= археотами) и эукариотами. [67] Единственный кладистический анализ бактерий, основанный на классических данных, в значительной степени подтверждает результаты Гупты (см. комплексную мега-таксономию).

Джеймс Лейк представил схему из двух первичных царств (паркариоты + эукариоты и эоциты + кариоты) и предложил схему из пяти первичных царств (эукариоты, эоциты, метанобактерии, галобактерии и эубактерии), основанную на рибосомной структуре, и схему из четырех первичных царств (эукариоты, эоциты) . , Methanobacteria и Photocyta), бактерии классифицируются по трем основным биохимическим новшествам: фотосинтез (Photocyta), метаногенез (Methanobacteria) и серное дыхание ( Eocyta ). [68] [69] [70] Он также обнаружил доказательства того, что грамотрицательные бактерии возникли в результате симбиоза двух грамположительных бактерий. [71]

Власти

Классификация — это группировка организмов во все более инклюзивные группы на основе филогении и фенотипа, а номенклатура — это применение формальных правил для наименования организмов. [72]

Номенклатурный орган

Несмотря на отсутствие официальной и полной классификации прокариот, названия (номенклатура), данные прокариотам, регулируются Международным кодексом номенклатуры бактерий ( Бактериологическим кодексом ), книгой, содержащей общие соображения, принципы, правила и различные примечания, а также советует [73] аналогично номенклатурным кодам других групп.

Классификационные органы

По мере распространения таксонов были разработаны компьютерные таксономические системы. Раннее программное обеспечение для несетевой идентификации, получившее широкое распространение, было создано Эдвардсом в 1978 г., Келлогом 1979 г., Шиндлером, Дубеном и Лысенко 1979 г., Бирсом и Локхардом 1962 г., Гилленбергом 1965 г., Холмсом и Хиллом 1985 г., Лапажем и др. 1970 г. и Лапажем и др. 1973 г. [74] ] : 63 

Сегодня таксоны, которые были правильно описаны, рассматриваются в руководстве Берджи по систематической бактериологии , которое призвано помочь в идентификации видов и считается высшим авторитетом. [42] Доступна онлайн-версия таксономического описания бактерий и архей (TOBA) [1].

Список названий прокариот с номенклатурой (LPSN) представляет собой онлайн-базу данных, которая в настоящее время содержит более двух тысяч принятых названий с их ссылками, этимологией и различными примечаниями. [75]

Описание новых видов

Международный журнал систематической бактериологии/Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии (IJSB/IJSEM) — это рецензируемый журнал, который выступает в качестве официального международного форума для публикации новых таксонов прокариот. Если вид опубликован в другом рецензируемом журнале, автор может подать запрос в IJSEM с соответствующим описанием, и, если оно правильное, новый вид будет включен в валидационный список IJSEM.

Распределение

Коллекции микробных культур представляют собой хранилища штаммов, целью которых является их охрана и распространение. Основные из них: [72]


Анализы

Бактерии сначала классифицировались исключительно на основании их формы (вибрион, палочка, кокк и т. д.), наличия эндоспор, окраски по Граму, аэробных условий и подвижности. Эта система изменилась с изучением метаболических фенотипов, где использовались метаболические характеристики. [76] В последнее время, с появлением молекулярной филогении, для идентификации видов используются несколько генов, наиболее важным из которых является ген 16S рРНК , за которым следуют 23S , область ITS, gyrB и другие для подтверждения лучшего разрешения. Самый быстрый способ идентификации на соответствие выделенного штамма виду или роду сегодня осуществляется путем амплификации его гена 16S с помощью универсальных праймеров, секвенирования ампликона размером 1,4 КБ и отправки его в специализированную идентификационную веб-базу данных, а именно в проект базы данных рибосом. 2] Архивировано 19 августа 2020 года в Wayback Machine , которая выравнивает последовательность с другими последовательностями 16S с помощью infernal, глобальной структуры, основанной на вторичной структуре, [77] [78] или ARB SILVA, которая выравнивает последовательности через SINA (инкрементальный выравниватель SILVA). который выполняет локальное выравнивание семени и расширяет его [3]. [79]

Существует несколько методов идентификации: [72]

Новые виды

Минимальные стандарты описания нового вида зависят от того, к какой группе принадлежит вид. см. [80]

Кандидат

Candidatus является компонентом таксономического названия бактерии, которую нельзя хранить в коллекции бактериологических культур. Это временный таксономический статус для некультивируемых организмов. например, « Candidatus Pelagibacter ubique »

Концепция вида

Бактерии делятся бесполым путем и по большей части не проявляют регионализма (« Все есть повсюду »), поэтому концепция вида, которая лучше всего подходит для животных, становится полностью предметом суждения.

Число названных видов бактерий и архей (около 13 000) [81] удивительно мало, учитывая их раннюю эволюцию, генетическое разнообразие и обитание во всех экосистемах. Причиной этого являются различия в концепциях видов между бактериями и макроорганизмами, трудности выращивания/характеристики в чистой культуре (необходимое условие для наименования новых видов, см. выше ) и обширный горизонтальный перенос генов , стирающий различия между видами. [82]

Наиболее общепринятым определением является определение полифазного вида, которое учитывает как фенотипические, так и генетические различия. [83] Однако более быстрый диагностический порог для разделения видов составляет менее 70% гибридизации ДНК-ДНК, [84] что соответствует менее чем 97% идентичности последовательности 16S ДНК. [85] Было отмечено, что если бы это было применено к классификации животных, отряд приматов был бы одним видом. [86] По этой причине были предложены более строгие определения видов, основанные на полногеномных последовательностях. [87]

Патология против филогении

В идеале таксономическая классификация должна отражать эволюционную историю таксонов, то есть филогению. Хотя существуют некоторые исключения, когда фенотип различается среди групп, особенно с медицинской точки зрения. Ниже приведены некоторые примеры проблемных классификаций.

Escherichia coli : слишком крупный и полифилетический.

В семействе Enterobacteriaceae класса Gammaproteobacteria виды рода Shigella ( S.dysenteriae , S.flexneri , S.boydii , S.sonnei ) с эволюционной точки зрения являются штаммами вида Escherichia coli (полифилетическими), но из-за генетических различий патогенные штаммы вызывают различные заболевания. [88] Как ни странно, существуют также штаммы E. coli , которые производят токсин шига, известный как STEC .

Escherichia coli — плохо классифицированный вид, поскольку некоторые штаммы имеют только 20% общего генома. Будучи настолько разнообразным, ему следует присвоить более высокий таксономический рейтинг. [89] Однако из-за медицинских условий, связанных с этим видом, оно не будет изменено во избежание путаницы в медицинском контексте.

Группа Bacillus cereus : близкая и полифилетическая.

Подобным же образом виды Bacillus (=тип Firmicutes ), принадлежащие к « группе B. cereus » ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis и B. medusa ) имеют на 99–100% сходную последовательность 16S рРНК (97% — это часто упоминаемый адекватный порог отсечения видов) и являются полифилетическими, но по медицинским причинам (сибирская язва и т. д. ) остаются отдельными. [90]

Yersinia pestis : чрезвычайно молодой вид.

Yersinia pestis , по сути, является штаммом Yersinia pseudotuberculosis , но с островом патогенности, вызывающим совершенно другую патологию (черная чума и туберкулезоподобные симптомы соответственно), возникшую 15 000–20 000 лет назад. [91]

Вложенные роды Pseudomonas

В отряде гаммапротеобактерий Pseudomonadales род Azotobacter и вид Azomonas macrocytogenes на самом деле являются членами рода Pseudomonas , но были ошибочно классифицированы из-за способности связывать азот и большого размера рода Pseudomonas , что делает классификацию проблематичной. [76] [92] [93] Вероятно, это будет исправлено в ближайшем будущем.

Вложенные роды Bacillus

Другим примером большого рода с вложенными родами является род Bacillus , в котором роды Paenibacillus и Brevibacillus представляют собой вложенные клады. [94] В настоящее время недостаточно геномных данных для полного и эффективного исправления таксономических ошибок у Bacillus .

Агробактерии : устойчивость к смене названия

На основе молекулярных данных было показано, что род Agrobacterium гнездится в Rhizobium , а виды Agrobacterium переходят в род Rhizobium (в результате чего образовались следующие комп. нов.: Rhizobium radiobacter (ранее известный как A. tumefaciens) , R. rhizogenes , R. .rubi , R. undicola и R. vitis ) [95] Учитывая фитопатогенную природу видов Agrobacterium , было предложено сохранить род Agrobacterium [96] , что было опровергнуто [97]

Номенклатура

Таксономические названия пишутся курсивом (или подчеркиваются при написании от руки) с большой первой буквы, за исключением эпитетов видов и подвидов. Несмотря на то, что это распространено в зоологии, таутонимы (например, Bison Bison ) неприемлемы, а названия таксонов, используемые в зоологии, ботанике или микологии, не могут быть повторно использованы для обозначения бактерий (ботаника и зоология действительно имеют общие названия).

Номенклатура — это набор правил и соглашений, регулирующих названия таксонов. Разница в номенклатуре между различными королевствами/доменами рассматривается в [98] .

Для бактерий допустимые имена должны иметь латинское или неолатинское название и могут использовать только основные латинские буквы (w и j включительно, см. Историю латинского алфавита ), следовательно, дефисы, ударения и другие буквы не принимаются и должны быть правильно транслитерированы. (например, ß=сс). [99] Древнегреческий язык, написанный греческим алфавитом, необходимо транслитерировать в латинский алфавит.

При создании сложных слов соединительная гласная необходима в зависимости от происхождения предыдущего слова, независимо от следующего слова, если только последнее не начинается с гласной, и в этом случае соединительная гласная не добавляется. Если первое сложное слово латинское, то соединительной гласной будет -i-, а если первое сложное слово греческое, соединительной гласной будет -o-. [100]

По этимологии имен обратитесь в LPSN.

Правила для высших таксонов

Для прокариотов ( бактерий и архей ) ранговое царство не используется [101] (хотя некоторые авторы называют типы царствами [72] ).

В случае помещения нового или измененного вида в новые ранги, согласно правилу 9 Бактериологического кодекса, название образуется путем добавления соответствующего суффикса к основе названия типового рода. [73] Для подкласса и класса обычно соблюдаются рекомендации из [102] , что приводит к нейтральному множественному числу, однако некоторые названия не следуют этому и вместо этого учитывают греко-латинскую грамматику (например, женские множественные числа Thermotogae , Aquificae и Chlamydiae , мужское множественное число Chloroflexi , Bacilli и Deinococci и греческое множественное число Spirochaetes , Gemmatimonadetes и Chrysiogenetes ). [103]

Окончания типа Фила

До 2021 года типы не подпадали под действие Бактериологического кодекса , поэтому назывались неофициально. [103] Это привело к появлению различных подходов к названию типов. Некоторые типы, такие как Firmicutes, были названы в соответствии с общими для всего типа признаками. Другие, такие как Chlamydiae, были названы с использованием названия класса или рода в качестве основы (например, Chlamydia ). В 2021 году принято решение включить наименования в Бактериологический кодекс. Следовательно, названия многих типов были обновлены в соответствии с новыми номенклатурными правилами. [104] Высшие таксоны, предложенные Кавалье-Смитом [56], обычно игнорируются сообществом молекулярной филогении ( например , [58] ) (см. выше).

По новым правилам название типа происходит от типового рода:

Имена в честь людей

Некоторые виды названы в честь людей, либо первооткрывателей, либо известных людей в области микробиологии, например, Salmonella названа в честь открывшего ее Д. Э. Салмона (хотя и как «Bacillus typhi» [105] ). [106]

Для родового эпитета все имена, производные от людей, должны быть в женском именительном падеже, либо путем изменения окончания на -а, либо на уменьшительное -ella, в зависимости от имени. [100]

Для видового эпитета названия могут быть преобразованы либо в форму прилагательного (добавление -nus (м.), -na (ф.), -num (сущ.) в зависимости от пола названия рода), либо в родительный падеж названия рода. Латинизированное имя. [100]

Имена после мест

Многие виды (видовой эпитет) названы по месту их обитания или обнаружения (например, Thiospirillum jenense). Их имена создаются путем образования прилагательного путем соединения названия местности с окончанием -ensis (m. или f.) или ense (n.) в соответствии с полом названия рода, если только для этого места не существует классического латинского прилагательного. . Однако названия мест не должны использоваться как существительные в родительном падеже. [100]

Народные имена

Несмотря на то, что некоторые гетеро/гомогенные колонии или биопленки бактерий имеют названия на английском языке (например, зубной налет или звездчатое желе ), ни один вид бактерий не имеет народного/тривиального/распространенного названия на английском языке.

Для имен в единственном числе нельзя образовать множественное число ( single tantum ), поскольку это подразумевает несколько групп с одним и тем же ярлыком, а не несколько членов этой группы (по аналогии, в английском языке стулья и столы — это виды мебели, которые нельзя использовать). во множественном числе «мебель» для описания обоих членов), и наоборот, имена во множественном числе имеют форму множественного числа tantum. Однако частичным исключением из этого правила является использование народных названий. Однако, чтобы избежать повторения таксономических названий, нарушающих ход прозы, часто используются и рекомендуются просторечные названия представителей рода или более высоких таксонов, которые образуются путем написания названия таксонов в римском регистре предложений («стандартные» в MS Office), поэтому имя собственное рассматривается как английское нарицательное существительное (например, сальмонеллы), хотя есть некоторые споры о грамматике множественного числа, которое может быть либо обычным множественным числом, добавив -(e)s (сальмонеллы), либо использование древнегреческой или латинской формы множественного числа ( неправильного множественного числа ) существительного (сальмонеллы); последнее проблематично, поскольку множественное число слова - bacter будет -bacteres, а множественное число слова myces (NL masc. n. от греч. masc. n. mukes) - mycetes. [107]

Для определенных имен присутствуют обычаи, например, имена, оканчивающиеся на -монаду , преобразуются в -монаду (одна псевдомонада, две аэромонады и не-монады).

Бактерии, являющиеся этиологической причиной заболевания, часто обозначаются по названию заболевания, за которым следует описывающее существительное (бактерия, бацилла, кокк, возбудитель или название их типа), например, бактерия холеры ( Vibrio cholerae ) или спирохета болезни Лайма ( Borrelia) . burgdorferi ), отметим также риккетсиозную оспа ( Rickettsia akari ) (подробнее см. [108] ).

Трепонема превращается в трепонему, и во множественном числе это трепонемы, а не трепонемы.

Некоторые необычные бактерии имеют особые названия, такие как овал Куина ( Quinella ovalis ) и квадрат Уолсби ( Haloquadratum walsbyi ).

До появления молекулярной филогении многие высшие таксономические группы имели лишь тривиальные названия, которые используются до сих пор, некоторые из которых являются полифилетическими, например, Rhizobacteria. Некоторые более высокие таксономические тривиальные имена:

Терминология

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Линней, Карл (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, предложения по систематике по классам, порядкам, родам и видам.
  2. ^ аб Везе, ЧР; Кандлер, О.; Уилис, ML (1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение для доменов архей, бактерий и эукариев». Труды Национальной академии наук . 87 (12): 4576–4579. Бибкод : 1990PNAS...87.4576W. дои : 10.1073/pnas.87.12.4576 . ПМК 54159 . ПМИД  2112744. 
  3. ^ Портер-младший (1976). «Энтони ван Левенгук: трехсотлетие со дня открытия бактерий». Бактериологические обзоры . 40 (2): 260–9. дои : 10.1128/mmbr.40.2.260-269.1976. ПМК 413956 . ПМИД  786250. 
  4. ^ ван Левенгук А (1684). «Резюме письма мистера Энтони Ливвенгука из Делфта от 17 сентября 1683 года, содержащего некоторые микроскопические наблюдения о животных в налете на зубах, о веществе, называемом червями в носу, о кутикуле, состоящей из чешуек. " (PDF) . Философские труды . 14 (155–166): 568–574. Бибкод : 1684RSPT...14..568L. дои : 10.1098/rstl.1684.0030 .
  5. ^ ван Левенгук А (1700). «Часть письма г-на Антони ван Левенгука о червях в овечьей печени, комарах и животных в экскрементах лягушек». Философские труды . 22 (260–276): 509–518. Бибкод : 1700RSPT...22..509В. дои : 10.1098/rstl.1700.0013 .
  6. ^ ван Левенгук А (1702). «Часть письма г-на Энтони ван Левенгука, ФРС, о зеленых сорняках, растущих в воде, и о некоторых животных, обнаруженных вокруг них». Философские труды . 23 (277–288): 1304–11. Бибкод : 1702RSPT...23.1304V. дои : 10.1098/rstl.1702.0042. S2CID  186209549.
  7. ^ abc Мюррей, RGE, Холт, JG (2005). История « Руководства Бержи» . В: Гаррити, ГМ, Бун, Д.Р. и Кастенхольц, Р.В. (ред., 2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., том. 1, Спрингер-Верлаг, Нью-Йорк, с. 1-14. связь. [См. стр. 2.]
  8. ^ Пот Б., Гиллис М. и Де Лей Дж., Род Aquaspirillum. В: Балоуз А., Трюпер Х.Г., Дворкин М., Хардер В., Шлейфер К.-Х. (Ред.). Прокариоты , 2-е изд., т. 3. Шпрингер-Верлаг. Нью-Йорк. 1991 год
  9. ^ «Этимология слова «бактерии»» . Интернет-словарь этимологии . Архивировано из оригинала 18 ноября 2006 года . Проверено 23 ноября 2006 г.
  10. ^ abcd Геккель, Эрнст (1867). Geneelle Morphologie der Organismen (на немецком языке). Берлин: Раймер. ISBN 978-1-144-00186-3– через Интернет-архив.
  11. ^ аб фон Нэгели, К. (1857). Каспари, Р. (ред.). «Bericht über die Verhandlungen der 33. Versammlung deutscher Naturforscher und Aerzte, gehalten in Bonn von 18 bis 24 сентября 1857 г.» [Отчет о переговорах на 33-м совещании немецких естествоиспытателей и врачей, проходившем в Бонне с 18 по 24 сентября 1857 г.] . Botanische Zeitung (на немецком языке). 15 : 749–776 — через Интернет-архив .
  12. ^ Пачини, Ф.: Микроскопическое исследование и патологическое исследование азиатской холеры. Gazette Medicale de Italiana Toscano Firenze, 1854, 6, 405–412.
  13. ^ аб Эренберг, CG (1835). «Большая организация Dritter Beitrag zur Erkenntniss in der Richtung des kleinsten Raumes». Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin aus den Jahren 1833-1835 , стр. 143-336.
  14. ^ Эренберг, CG (1830). «Beiträge zur Kenntnis der Organization der Infusorien und ihrer geographischen Verbreitung besonders in Sibirien». Abhandlungen der Koniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin 1832 , стр. 1–88.
  15. ^ Протомонада в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  16. ^ Чаттон, Э. (1925). « Pansporella perplexa : размышления о биологии и филогении простейших». Анналы естественных наук . 10 (VII): 1–84.
  17. ^ Смит, Эрвин Ф. (1905). Номенклатура и классификация бактерий в отношении болезней растений , Vol. 1.
  18. ^ Виймен (1913). «Роды Схизомицетум». Annales Mycologici , Vol. 11, стр. 512–527.
  19. ^ Кон, Фердинанд (1875). «Унтерсухунген убер Бактериен, II». Beitrage zur Biologie der Pfanzen , Vol. 1: стр. 141–207.
  20. ^ Станье и ван Нил (1941). «Основные положения классификации бактерий». Журнал бактериологии , Vol. 42, стр. 437–466.
  21. ^ Биссет (1962). Бактерии , 2-е изд.; Лондон: Ливингстон.
  22. ^ Мигула, Уолтер (1897). Система бактерий . Йена, Германия: Густав Фишер.
  23. ^ Орла-Йенсен (1909). «Die Hauptlinien des naturalischen Bakteriensystems nebst einer Ubersicht der Garungsphenomene». Центр. Бакт. Паразитенк. , Том. II, № 22, стр. 305–346.
  24. ^ Руководство Берджи по детерминативной бактериологии (1925). Балтимор: Williams & Wilkins Co. (со многими последующими изданиями).
  25. ^ Бьюкенен, RE (1916). «Исследования по номенклатуре и классификации бактерий: проблема бактериальной номенклатуры». Журнал бактериологии . 1 (6): 591–596. дои : 10.1128/jb.1.6.591-596.1916. ПМЦ 378679 . PMID  16558720 – через Национальный центр биотехнологической информации. 
  26. ^ Кон, Фердинанд (1872 а). «Организмы в Покенлимфе». Вирхов (ред.), Архив , Том. 55, с. 237.
  27. ^ Кон, Фердинанд (1872 б) «Untersuchungen ilber Bakterien». Beitrage zur Biologie der Pflanzen Vol. 1, № 1, с. 136.
  28. ^ Детони, Дж.Б.; Тревизан, В. (1889). «Схизомицетовые». Саккардо (редактор), Sylloge Fungorum , Vol. 8, с. 923.
  29. ^ Бьюкенен, RE (март 1917 г.). «Исследования по номенклатуре и классификации бактерий: II. Первичные подразделения шизомицетов». Журнал бактериологии . 2 (2): 155–64. дои : 10.1128/JB.2.2.155-164.1917. ПМК 378699 . ПМИД  16558735. 
  30. ^ «Международный бактериологический кодекс номенклатуры». Журнал бактериологии . 55 (3): 287–306. Март 1948 г. doi :10.1128/JB.55.3.287-306.1948. ПМК 518444 . ПМИД  16561459. 
  31. ^ Прево, Арканзас (1958). Руководство по классификации и определению анаэробных бактерий . Париж: Массон.
  32. ^ Прево, Арканзас (1963). Бактерии в Précis de Botanique . Париж: Массон.
  33. ^ Линней, К. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, предложения по систематике по классам, порядкам, родам и видам .
  34. ^ Геккель, Э. (1866). Общая морфология организмов . Раймер, Берлин.
  35. ^ Чаттон, Э. (1925). « Pansporella perplexa . Размышления о биологии и филогении простейших». Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale . 10-VII: 1–84.
  36. ^ Коупленд, Х. (1938). «Царства организмов». Ежеквартальный обзор биологии . 13 (4): 383–420. дои : 10.1086/394568. S2CID  84634277.
  37. ^ Уиттакер, Р.Х. (январь 1969 г.). «Новые представления о царствах организмов». Наука . 163 (3863): 150–60. Бибкод : 1969Sci...163..150W. дои : 10.1126/science.163.3863.150. ПМИД  5762760.
  38. ^ Вёзе, К.; Кандлер, О.; Уилис, М. (1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение для доменов архей, бактерий и эукариев». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Бибкод : 1990PNAS...87.4576W. дои : 10.1073/pnas.87.12.4576 . ПМК 54159 . ПМИД  2112744. 
  39. ^ Кавалер-Смит, Т. (1998). «Пересмотренная система жизни шести королевств». Биологические обзоры . 73 (3): 203–66. doi :10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID  9809012. S2CID  6557779.
  40. ^ Руджеро, Майкл А.; Гордон, Деннис П.; Оррелл, Томас М.; Байи, Николя; Бургуэн, Тьерри; Бруска, Ричард К.; Кавалер-Смит, Томас; Гири, Майкл Д.; Кирк, Пол М.; Туесен, Эрик В. (2015). «Классификация всех живых организмов более высокого уровня». ПЛОС ОДИН . 10 (4): e0119248. Бибкод : 2015PLoSO..1019248R. дои : 10.1371/journal.pone.0119248 . ПМЦ 4418965 . ПМИД  25923521. 
  41. ^ ГИББОНС NE; МЮРРЕЙ Р.Г.Е. (1978). «Предложения по высшим таксонам бактерий». Международный журнал систематической бактериологии . 28 : 1–6. дои : 10.1099/00207713-28-1-1 .
  42. ^ ab Джордж М. Гаррити: Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2. Ауфляж. Спрингер, Нью-Йорк, 2005 г., Том 2: Протеобактерии, Часть B: Гаммапротеобактерии.
  43. ^ МЮРРЕЙ (RGE): Высшие таксоны или место для всего...? В: NR KRIEG и JG HOLT (ред.) Руководство Берджи по систематической бактериологии, том. 1, The Williams & Wilkins Co., Балтимор, 1984, с. 31-34
  44. ^ Чиккарелли Ф.Д., Доркс Т., фон Меринг С., Криви С.Дж., Снел Б., Борк П. (2006). «К автоматической реконструкции высокоразрешенного древа жизни». Наука . 311 (5765): 1283–7. Бибкод : 2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514 . дои : 10.1126/science.1123061. PMID  16513982. S2CID  1615592. 
  45. ^ Woese CR, Гупта Р. (1981). «Являются ли архебактерии просто производными «прокариотов»?». Природа . 289 (5793): 95–6. Бибкод : 1981Natur.289...95W. дои : 10.1038/289095a0. PMID  6161309. S2CID  4343245.
  46. ^ Вёзе С (1998). «Всемирный предок». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (12): 6854–9. Бибкод : 1998PNAS...95.6854W. дои : 10.1073/pnas.95.12.6854 . ПМК 22660 . ПМИД  9618502. 
  47. ^ Гупта РС (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Крит. Преподобный Микробиол . 26 (2): 111–31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . дои : 10.1080/10408410091154219. PMID  10890353. S2CID  30541897. 
  48. ^ К. Майкл Хоган. 2010. Вирус. Энциклопедия Земли. Редакторы: Катлер Кливленд и Сидни Драгган.
  49. ^ Грибальдо С., Брошье-Армане С. (2006). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние». Философские труды Королевского общества Б. 361 (1470): 1007–22. дои : 10.1098/rstb.2006.1841. ПМЦ 1578729 . ПМИД  16754611. 
  50. ^ Woese CR (1 марта 1994 г.). «Где-то должен быть прокариот: микробиология ищет себя». Микробиол. Преподобный . 58 (1): 1–9. дои :10.1128/MMBR.58.1.1-9.1994. ПМЦ 372949 . ПМИД  8177167. 
  51. ^ Балч, В.; Магрум, Л.; Фокс, Г.; Вулф, Р.; Вёзе, К. (1977). «Древнее расхождение среди бактерий». Журнал молекулярной эволюции . 9 (4): 305–311. Бибкод : 1977JMolE...9..305B. дои : 10.1007/BF01796092. PMID  408502. S2CID  27788891.
  52. ^ Франколини, К.; Эгет, Х. (1979). «Избирательность восприятия зависит от задачи: эффект всплывающего окна выходит наружу». Восприятие и психофизика . 25 (2): 99–110. дои : 10.3758/bf03198793 . ПМИД  432104.
  53. ↑ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Вёзе, Карл в авангарде революции в области бактериальной эволюции». Ученый . 4 (10).
  54. ^ Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. ПМК 373105 . ПМИД  2439888. 
  55. ^ Уорд, BB (2002). «Сколько существует видов прокариот?». Труды Национальной академии наук . 99 (16): 10234–10236. Бибкод : 2002PNAS...9910234W. дои : 10.1073/pnas.162359199 . ПМК 124894 . ПМИД  12149517. 
  56. ^ abc Кавальер-Смит, Т (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД  11837318.
  57. ^ аб Кавальер-Смит, Т. (2006). «Укоренение древа жизни путем анализа переходов». Биология Директ . 1:19 . дои : 10.1186/1745-6150-1-19 . ПМК 1586193 . ПМИД  16834776. 
  58. ^ аб Пейс, NR (2009). «Картирование Древа Жизни: прогресс и перспективы». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 73 (4): 565–576. дои : 10.1128/MMBR.00033-09. ПМЦ 2786576 . ПМИД  19946133. 
  59. ^ Фурнье, врач общей практики; Гогартен, JP (2010). «Укоренение рибосомального древа жизни». Молекулярная биология и эволюция . 27 (8): 1792–1801. дои : 10.1093/molbev/msq057 . ПМИД  20194428.
  60. ^ Фурнье, врач общей практики; Гогартен, JP (2010). «Укоренение рибосомального древа жизни». Молекулярная биология и эволюция . 27 (8): 1792–1801. дои : 10.1093/molbev/msq057 . ПМИД  20194428.
  61. ^ Лейк, Дж.; Сервин, Дж.; Гербольд, К.; Скопхаммер, Р. (2008). «Доказательства нового корня Древа Жизни». Систематическая биология . 57 (6): 835–843. дои : 10.1080/10635150802555933 . ПМИД  19085327.
  62. ^ Скопхаммер, Р.Г.; Сервин, Дж.А.; Гербольд, CW; Лейк, JA (2007). «Доказательства грамположительного эубактериального корня Древа жизни». Молекулярная биология и эволюция . 24 (8): 1761–1768. дои : 10.1093/molbev/msm096 . ПМИД  17513883.
  63. ^ Валас, RE; Борн, ЧП (2011). «Происхождение производного суперцарства: как грамположительная бактерия пересекла пустыню и стала археем». Биология Директ . 6:16 . дои : 10.1186/1745-6150-6-16 . ПМК 3056875 . ПМИД  21356104. 
  64. ^ Гупта, RS (1998). «Филогения белков и характерные последовательности: переоценка эволюционных взаимоотношений между архебактериями, эубактериями и эукариотами». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 62 (4): 1435–1491. дои :10.1128/MMBR.62.4.1435-1491.1998. ПМК 98952 . ПМИД  9841678. 
  65. ^ Гупта, RS (1998). «Третий домен жизни (Архея): установленный факт или находящаяся под угрозой исчезновения парадигма?». Теоретическая популяционная биология . 54 (2): 91–104. дои : 10.1006/tpbi.1998.1376. ПМИД  9733652.
  66. ^ Гупта, RS (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Критические обзоры по микробиологии . 26 (2): 111–131. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . дои : 10.1080/10408410091154219. PMID  10890353. S2CID  30541897. 
  67. ^ Хори, Х.; Осава, С. (1987). «Происхождение и эволюция организмов, выведенная на основе последовательностей 5S рибосомальной РНК». Молекулярная биология и эволюция . 4 (5): 445–472. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040455 . ПМИД  2452957.
  68. ^ Лейк, JA (1986). «Альтернатива архебактериальной догме». Природа . 319 (6055): 626. Бибкод : 1986Natur.319..626L. дои : 10.1038/319626b0 . S2CID  4273843.
  69. ^ Лейк, Дж.А.; Хендерсон, Э; Оукс, М; Кларк, М.В. (1984). «Эоциты: новая структура рибосом указывает на царство, имеющее близкое родство с эукариотами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 81 (12): 3786–3790. Бибкод : 1984PNAS...81.3786L. дои : 10.1073/pnas.81.12.3786 . ПМК 345305 . ПМИД  6587394. 
  70. ^ Лейк, Дж.А.; Хендерсон, Э.; Кларк, Миссури; Шейнман, А.; Оукс, Мичиган (1986). «Картирование эволюции с помощью трехмерной структуры рибосомы». Систематическая и прикладная микробиология . 7 : 131–136. дои : 10.1016/S0723-2020(86)80135-7.
  71. ^ Лейк, Дж. (2009). «Доказательства раннего прокариотического эндосимбиоза». Природа . 460 (7258): 967–971. Бибкод : 2009Natur.460..967L. дои : 10.1038/nature08183. PMID  19693078. S2CID  4413304.
  72. ^ abcd Мэдиган, Майкл (2009). Брок Биология микроорганизмов . Сан-Франциско: Пирсон/Бенджамин Каммингс. ISBN 978-0-13-232460-1.
  73. ^ аб Лапаж, С.; Снит, П.; Лессель, Э.; Скерман, В.; Силигер, Х.; Кларк, В. (1992). Международный кодекс номенклатуры бактерий: Бактериологический кодекс, редакция 1990 г. Вашингтон, округ Колумбия: ASM Press. ПМИД  21089234.
  74. ^ Дворкин, Мартин; Фалькоу, Стэнли; Розенберг, Юджин; Шлейфер, Карл-Хайнц; Штакебрандт, Эрко, ред. (2006). Прокариоты: Справочник по биологии бактерий: симбиотические ассоциации, биотехнология, прикладная микробиология . Том. 1 (3-е изд.). Нью-Йорк : Спрингер . стр. li+959. ISBN 978-0-387-25476-0. ОКЛК  262687428.
  75. ^ Введение в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  76. ^ аб Паллерони, Нью-Джерси (2010). «История Псевдомонады». Экологическая микробиология . 12 (6): 1377–1383. Бибкод : 2010EnvMi..12.1377P. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . ПМИД  20553550.
  77. ^ Олсен, Г.; Ларсен, Н.; Вёзе, К. (1991). «Проект базы данных рибосомальных РНК». Исследования нуклеиновых кислот . 19 Приложение (Дополнение): 2017–2021 гг. doi : 10.1093/nar/19.suppl.2017. ПМЦ 331344 . ПМИД  2041798. 
  78. ^ Коул, младший; Ван, К.; Карденас, Э.; Фиш, Дж.; Чай, Б.; Фаррис, Р.Дж.; Кулам-Сайед-Мохидин, А.С.; МакГаррелл, DM; Марш, Т.; Гаррити, генеральный менеджер; Тидже, Дж. М. (2009). «Проект рибосомальной базы данных: улучшенное выравнивание и новые инструменты для анализа рРНК». Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D141–D145. дои : 10.1093/nar/gkn879. ПМЦ 2686447 . ПМИД  19004872. 
  79. ^ Прюсс, Э.; Кваст, К.; Книттель, К.; Фукс, Б.М.; Людвиг, В.; Пеплиес, Дж.; Глокнер, Ф.О. (2007). «SILVA: комплексный онлайн-ресурс для проверенных и согласованных по качеству данных о последовательностях рибосомальных РНК, совместимых с ARB». Исследования нуклеиновых кислот . 35 (21): 7188–7196. дои : 10.1093/nar/gkm864. ПМК 2175337 . ПМИД  17947321. 
  80. ^ минимальные стандарты в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  81. ^ «Количество опубликованных имен».
  82. ^ Стейли, JT (2006). «Дилемма видов бактерий и концепция геномно-филогенетических видов». Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 361 (1475): 1899–1909. дои : 10.1098/rstb.2006.1914. ПМЦ 1857736 . ПМИД  17062409. 
  83. ^ Геверс, Д.; Коэн, FM; Лоуренс, JG; Спратт, Б.Г.; Коэнье, Т.; Фейл, Э.Дж.; Стакебрандт, Э.; Ван Де Пер, Ю.В.; Вандам, П.; Томпсон, Флорида; Качели, Дж. (2005). «Мнение: переоценка видов прокариот». Обзоры природы Микробиология . 3 (9): 733–739. дои : 10.1038/nrmicro1236. PMID  16138101. S2CID  41706247.
  84. ^ Уэйн, Л. (1988). «Международный комитет по систематической бактериологии: объявление об отчете специального комитета по согласованию подходов к бактериальной систематике». Централблатт по бактериологии, микробиологии и гигиене. Серия А: Медицинская микробиология, инфекционные болезни, вирусология, паразитология . 268 (4): 433–434. дои : 10.1016/s0176-6724(88)80120-2. ПМИД  3213314.
  85. ^ Стакебрандт, Э; Гебель, Б.М. (1994). «Таксономическое примечание: место для реассоциации ДНК-ДНК и анализа последовательности 16S рДНК в современном определении вида в бактериологии». Межд. Дж. Сист. Бактериол . 44 (4): 846–849. дои : 10.1099/00207713-44-4-846 .
  86. ^ Стейли, Дж. (1997). «Биоразнообразие: находятся ли виды микробов под угрозой?». Современное мнение в области биотехнологии . 8 (3): 340–345. дои : 10.1016/s0958-1669(97)80014-6. ПМИД  9206017.
  87. ^ Райт, Э.; Баум, Д. (2018). «Эксклюзивность предлагает надежный, но практичный критерий вида для бактерий, несмотря на обильный поток генов». БМК Геномика . 19 (724): 724. doi : 10.1186/s12864-018-5099-6 . ПМК 6171291 . ПМИД  30285620. 
  88. ^ Лан, Р; Ривз, PR (2002). «Замаскированная Escherichia coli: молекулярное происхождение шигелл». Микробы и инфекция / Институт Пастера . 4 (11): 1125–32. дои : 10.1016/S1286-4579(02)01637-4. ПМИД  12361912.
  89. ^ Мейер-Колтхофф Дж. П., Ханке Р. Л., Петерсен Дж., Шойнер С., Михаэль В., Фибиг А. и др. (2013). «Полная последовательность генома DSM 30083 (T), типового штамма (U5/41 (T)) Escherichia coli, и предложение по определению подвидов в микробной таксономии». Стандарты в геномных науках . 9 :2. дои : 10.1186/1944-3277-9-2 . ПМЦ 4334874 . ПМИД  25780495. 
  90. ^ Бавыкин, С.Г.; Лысов Ю.П.; Захарьев В.; Келли, Джей-Джей; Джекман, Дж.; Шталь, Д.А.; Черни, А. (2004). «Использование анализа последовательности генов 16S рРНК, 23S рРНК и gyrB для определения филогенетических связей микроорганизмов группы Bacillus cereus». Журнал клинической микробиологии . 42 (8): 3711–30. doi :10.1128/JCM.42.8.3711-3730.2004. ПМЦ 497648 . ПМИД  15297521. 
  91. ^ Ахтман, М.; Цурт, К.; Морелли, Г.; Торреа, Г.; Гиюль, А.; Карниэль, Э. (1999). «Yersinia pestis, возбудитель чумы, представляет собой недавно появившийся клон Yersinia pseudotuberculosis». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (24): 14043–14048. Бибкод : 1999PNAS...9614043A. дои : 10.1073/pnas.96.24.14043 . ПМК 24187 . ПМИД  10570195. 
  92. ^ Янг, Дж. М.; Парк, округ Колумбия -К. (2007). «Вероятная синонимия азотфиксирующих родов Azotobacter и рода Pseudomonas». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (12): 2894–2901. дои : 10.1099/ijs.0.64969-0 . ПМИД  18048745.
  93. ^ Редьерс, Х; Вандерлейден, Дж; Де Мот, Р. (2004). «Azotobacter vinelandii: замаскированная Pseudomonas?». Микробиология . 150 (Часть 5): 1117–9. дои : 10.1099/mic.0.27096-0 . ПМИД  15133068.
  94. ^ Сюй, Д; Коте, JC (2003). «Филогенетические взаимоотношения между видами Bacillus и родственными родами, выведенные на основе сравнения 3'-конца 16S рДНК и 5'-конца 16S-23S нуклеотидных последовательностей ITS». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Часть 3): 695–704. дои : 10.1099/ijs.0.02346-0 . ПМИД  12807189.
  95. ^ Янг, Дж.; Куикендалл, Л.; Мартинес-Ромеро, Э.; Керр, А.; Савада, Х. (2001). «Пересмотр Rhizobium Frank 1889 с исправленным описанием рода и включением всех видов Agrobacterium Conn 1942 и Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 в качестве новых комбинаций: Rhizobium radiobacter, R. Rhizogenes, R. Rubi, Р. Ундикола и Р. Витис». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (Часть 1): 89–103. дои : 10.1099/00207713-51-1-89 . ПМИД  11211278.
  96. ^ Фарранд, С.; Ван Беркум, П.; Огер, П. (2003). «Agrobacterium — определяемый род семейства Rhizobiaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Часть 5): 1681–1687. дои : 10.1099/ijs.0.02445-0 . ПМИД  13130068.
  97. ^ Янг, Дж.; Куикендалл, Л.; Мартинес-Ромеро, Э.; Керр, А.; Савада, Х. (2003). «Классификация и номенклатура агробактерий и ризобиумов». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Часть 5): 1689–1695. дои : 10.1099/ijs.0.02762-0 . ПМИД  13130069.
  98. ^ К. Джеффри. 1989. Биологическая номенклатура, 3-е изд. Эдвард Арнольд, Лондон, 86 стр.
  99. ^ приложение. 9 до нашей эры https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8808/
  100. ^ abcd «Помогите! Латынь! Как избежать наиболее распространенных ошибок при присвоении латинских названий недавно открытым прокариотам». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Архивировано из оригинала 7 октября 2011 года . Проверено 14 апреля 2011 г.
  101. ^ Классификация типов в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  102. ^ СТЕКЕБРАНДТ, Э.; РЕЙНИ; УОРД-РЕЙНИ, Нидерланды (1997). «Предложение о новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov». Межд. Дж. Сист. Бактериол . 47 (2): 479–491. дои : 10.1099/00207713-47-2-479 .
  103. ^ ab Классификация в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  104. ^ Орен А., генеральный директор Гаррити. (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  105. ^ ШРЕТЕР (Дж.). В: Ф. КОН (ред.), Kryptogamenflora von Schlesien. Группа 3, Heft 3, Пильзе. Verlag Ю. Ю. Керна, Бреслау, 1885–1889, стр. 1–814.
  106. ^ Сальмонелла в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  107. ^ РЕ БЬЮКЕНАН, Таксономия, Анну. Преподобный Микробиол. 1955.9:1-20. http://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev.mi.09.100155.000245
  108. ^ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/