stringtranslate.com

Длинная некодирующая РНК

Различные типы длинных некодирующих РНК. [1]

Длинные некодирующие РНК ( длинные нкРНК , lncRNA ) — это тип РНК , обычно определяемый как транскрипты длиной более 200 нуклеотидов , которые не транслируются в белок. [2] Этот произвольный предел отличает длинные нкРНК от малых некодирующих РНК , таких как микроРНК (miRNA), малые интерферирующие РНК (siRNA), Piwi-взаимодействующие РНК (piRNA), малые ядрышковые РНК (snoRNA) и другие короткие РНК. [3] Учитывая, что сообщалось, что некоторые lncRNA обладают потенциалом кодировать небольшие белки или микропептиды, последнее определение lncRNA — это класс молекул РНК из более чем 200 нуклеотидов, которые не имеют или имеют ограниченную кодирующую способность. [4] Длинные интервенционные/межгенные некодирующие РНК (lincRNA) — это последовательности lncRNA, которые не перекрывают гены, кодирующие белок. [5]

Длинные некодирующие РНК включают межгенные lincRNA, интронные ncRNA, а также смысловые и антисмысловые lncRNA, каждый тип которых показывает различные геномные позиции по отношению к генам и экзонам . [1] [3]

Избыток

Длинные некодирующие транскрипты обнаружены у многих видов. Крупномасштабные проекты по секвенированию комплементарной ДНК (кДНК), такие как FANTOM, раскрывают сложность этих транскриптов у людей. [6] Проект FANTOM3 идентифицировал ~35 000 некодирующих транскриптов, которые несут множество сигнатур матричных РНК , включая 5'-кэппинг , сплайсинг и полиаденилирование , но имеют мало или вообще не имеют открытой рамки считывания (ORF). [6] Это число представляет собой консервативную нижнюю оценку, поскольку оно не включает многие одиночные транскрипты и неполиаденилированные транскрипты ( данные тайлингового массива показывают, что более 40% транскриптов неполиаденилированы). [7] Идентификация некодирующих РНК в этих библиотеках кДНК является сложной задачей, поскольку может быть сложно отличить транскрипты, кодирующие белок, от некодирующих транскриптов. В ходе многочисленных исследований было высказано предположение, что яички , [8] и нервные ткани экспрессируют наибольшее количество длинных некодирующих РНК среди всех типов тканей . [9] С помощью FANTOM5 в различных человеческих источниках было идентифицировано 27 919 длинных некодируемых РНК. [10]

Количественно lncRNAs демонстрируют примерно в 10 раз более низкую распространенность, чем mRNAs , [11] [12], что объясняется более высокой вариацией уровней экспрессии генов lncRNA от клетки к клетке в отдельных клетках по сравнению с генами, кодирующими белки. [13] В целом, большинство (~78%) lncRNAs характеризуются как тканеспецифичные , в отличие от всего лишь ~19% mRNAs. [11] Только 3,6% генов lncRNA человека экспрессируются в различных биологических контекстах, а 34% генов lncRNA экспрессируются на высоком уровне (верхние 25% как lncRNAs, так и mRNAs) по крайней мере в одном биологическом контексте. [14] Помимо более высокой специфичности к тканям, lncRNAs характеризуются более высокой специфичностью к стадиям развития [15] и специфичностью к подтипам клеток в таких тканях, как неокортекс человека [16] и других частях мозга, регулируя правильное развитие и функционирование мозга. [17] В 2022 году комплексная интеграция lncRNAs из существующих баз данных показала, что у людей существует 95 243 гена lncRNA и 323 950 транскриптов. [18]

По сравнению с млекопитающими относительно немного исследований были сосредоточены на распространенности lncRNAs в растениях . Однако обширное исследование, рассматривающее 37 видов высших растений и шесть водорослей, идентифицировало ~200 000 некодирующих транскриптов с использованием подхода in-silico , [19] который также создал связанную Зеленую некодирующую базу данных ( GreeNC ), хранилище растительных lncRNAs.

Геномная организация

В 2005 году ландшафт генома млекопитающих был описан как многочисленные «фокусы» транскрипции, которые разделены длинными участками межгенного пространства. [6] Хотя некоторые длинные некодируемые РНК расположены внутри межгенных участков, большинство из них представляют собой перекрывающиеся смысловые и антисмысловые транскрипты, которые часто включают гены, кодирующие белки, [20] что приводит к сложной иерархии перекрывающихся изоформ. [21] Геномные последовательности внутри этих транскрипционных фокусов часто являются общими для ряда кодирующих и некодирующих транскриптов в смысловом и антисмысловом направлениях [22] Например, 3012 из 8961 кДНК, ранее аннотированных как укороченные кодирующие последовательности в FANTOM2, были позже обозначены как подлинные варианты некодируемых РНК кодирующих белки кДНК. [6] Хотя обилие и сохранение этих расположений предполагают, что они имеют биологическую значимость, сложность этих фокусов затрудняет простую оценку.

Консорциум GENCODE собрал и проанализировал полный набор аннотаций человеческих lncRNA и их геномную организацию, модификации, клеточные местоположения и профили экспрессии тканей. [9] Их анализ показывает, что человеческие lncRNA демонстрируют смещение в сторону двухэкзонных транскриптов . [9]

Программное обеспечение для идентификации

Перевод

Было много споров о том, были ли lncRNA неправильно аннотированы и действительно ли они кодируют белки . Было обнаружено, что несколько lncRNA на самом деле кодируют пептиды с биологически значимой функцией. [34] [35] [36] Исследования профилирования рибосом показали, что где-то от 40% до 90% аннотированных lncRNA на самом деле транслируются , [ 37] [38] хотя существуют разногласия относительно правильного метода анализа данных профилирования рибосом. [39] Кроме того, считается, что многие из пептидов, продуцируемых lncRNA, могут быть крайне нестабильными и не иметь биологической функции. [38]

Сохранение

Первоначальные исследования консервации lncRNA отметили, что как класс они были обогащены консервативными элементами последовательности , [40] обеднены в показателях замены и вставки/делеции [41] и обеднены редкими частотными вариантами, [42] что указывает на очищающий отбор, сохраняющий функцию lncRNA. Однако дальнейшие исследования lncRNA позвоночных показали, что хотя lncRNA консервативны в последовательности, они не консервативны в транскрипции . [43] [44] [8] Другими словами, даже когда последовательность человеческой lncRNA консервативна у другого вида позвоночных, часто нет транскрипции lncRNA в ортологичной геномной области. Некоторые утверждают, что эти наблюдения предполагают нефункциональность большинства lncRNA, [45] [46] [47], в то время как другие утверждают, что они могут быть показателем быстрого адаптивного отбора, специфичного для вида . [48]

Хотя оборот транскрипции lncRNA намного выше, чем изначально ожидалось, важно отметить, что все еще сотни lncRNA сохраняются на уровне последовательности. Было предпринято несколько попыток очертить различные категории селекционных сигнатур, наблюдаемых среди lncRNA, включая: lncRNA с сильной консервативностью последовательности по всей длине гена , lncRNA, в которых сохраняется только часть транскрипта (например, 5′ конец , сайты сплайсинга ), и lncRNA, которые транскрибируются из синтенных областей генома, но не имеют узнаваемого сходства последовательностей. [49] [50] [51] Кроме того, были предприняты попытки идентифицировать консервативные вторичные структуры в lncRNA, хотя эти исследования в настоящее время уступили место противоречивым результатам. [52] [53]

Функции

Несмотря на заявления о том, что большинство длинных некодирующих РНК у млекопитающих, вероятно, функциональны, [54] [55], кажется вероятным, что большинство из них представляют собой транскрипционный шум, и только относительно небольшая часть продемонстрировала биологическую значимость. [47] [56]

Некоторые lncRNA были функционально аннотированы в LncRNAdb (база данных литературы, описывающей lncRNA), [57] [58], причем большинство из них описано у людей . Более 2600 человеческих lncRNA с экспериментальными доказательствами были курированы сообществом в LncRNAWiki ( основанная на вики , общедоступная и открытая платформа для курирования сообществом человеческих lncRNAs). [59] Согласно курированию функциональных механизмов lncRNAs на основе литературы, lncRNAs широко известны как участвующие в регуляции ceRNA , транскрипционной регуляции и эпигенетической регуляции. [59] Дальнейшее крупномасштабное исследование секвенирования предоставляет доказательства того, что многие транскрипты, которые считаются lncRNAs, на самом деле могут быть транслированы в белки . [60]

В регуляции транскрипции генов

В ген-специфической транскрипции

У эукариот транскрипция РНК является строго регулируемым процессом. Некодирующие РНК действуют на различные аспекты этого процесса, нацеливаясь на транскрипционные модуляторы, РНК - полимеразу (РНКП) II и даже на дуплекс ДНК, чтобы регулировать экспрессию генов. [61]

NcRNA модулируют транскрипцию несколькими механизмами, включая функционирование самих себя в качестве корегуляторов, изменение активности факторов транскрипции или регулирование ассоциации и активности корегуляторов. Например, некодирующая РНК Evf-2 функционирует как коактиватор для гомеобоксного фактора транскрипции Dlx2 , который играет важную роль в развитии переднего мозга и нейрогенезе . [62] [63] Sonic hedgehog индуцирует транскрипцию Evf-2 из ультраконсервативного элемента , расположенного между генами Dlx5 и Dlx6 во время развития переднего мозга. [62] Затем Evf-2 рекрутирует фактор транскрипции Dlx2 в тот же ультраконсервативный элемент, посредством чего Dlx2 впоследствии индуцирует экспрессию Dlx5. Существование других подобных ультра- или высококонсервативных элементов в геноме млекопитающих, которые как транскрибируются, так и выполняют функции усилителя, позволяет предположить, что Evf-2 может быть иллюстрацией обобщенного механизма, который регулирует гены развития со сложными паттернами экспрессии во время роста позвоночных. [64] [65] Действительно, было показано, что транскрипция и экспрессия подобных некодирующих ультраконсервативных элементов являются аномальными при лейкемии человека и способствуют апоптозу в клетках рака толстой кишки , что предполагает их участие в онкогенезе подобно кодирующей белок РНК. [66] [67] [68]

Локальные некодируемые РНК также могут задействовать транскрипционные программы для регуляции экспрессии смежных генов , кодирующих белки .

Связывающий РНК белок TLS связывает и ингибирует связывающий белок CREB и активность ацетилтрансферазы гистонов p300 на репрессированном гене-мишени, циклине D1 . Привлечение TLS к промотору циклина D1 направляется длинными некодируемыми РНК, экспрессируемыми на низких уровнях и привязанными к 5'-регуляторным областям в ответ на сигналы повреждения ДНК. [69] Более того, эти локальные некодируемые РНК действуют совместно как лиганды для модуляции активности TLS. В широком смысле этот механизм позволяет клетке использовать связывающие РНК белки , которые составляют один из крупнейших классов в протеоме млекопитающих , и интегрировать их функцию в транскрипционные программы. Было показано, что образующиеся длинные некодируемые РНК увеличивают активность связывающего белка CREB, что, в свою очередь, увеличивает транскрипцию этой некодируемой РНК. [70] Исследование показало, что lncRNA в антисмысловом направлении аполипопротеина A1 (APOA1) регулирует транскрипцию APOA1 посредством эпигенетических модификаций. [71]

Недавние данные указывают на возможность того, что транскрипция генов, избегающих инактивации Х-хромосомы, может быть опосредована экспрессией длинной некодирующей РНК в пределах избегающих хромосомных доменов. [72]

Регулирование базального аппарата транскрипции

NcRNA также нацелены на общие факторы транскрипции, необходимые для транскрипции РНК-полимеразы II всех генов. [61] Эти общие факторы включают компоненты комплекса инициации , которые собираются на промоторах или участвуют в удлинении транскрипции. NcRNA, транскрибированная с вышестоящего минорного промотора гена дигидрофолатредуктазы (DHFR), образует стабильный триплекс РНК-ДНК внутри основного промотора DHFR, чтобы предотвратить связывание транскрипционного кофактора TFIIB . [73] Этот новый механизм регуляции экспрессии генов может представлять собой широко распространенный метод контроля использования промотора, поскольку в эукариотической хромосоме существуют тысячи триплексов РНК-ДНК . [74] U1 ncRNA может индуцировать транскрипцию, связываясь с TFIIH и стимулируя его фосфорилировать C -концевой домен РНК-полимеразы II. [75] В отличие от этого, ncRNA 7SK способна подавлять удлинение транскрипции, в сочетании с HEXIM1 / 2 образуя неактивный комплекс, который не позволяет PTEFb фосфорилировать C-концевой домен РНКП II, [75] [76] [77] подавляя глобальное удлинение в стрессовых условиях. Эти примеры, которые обходят специфические режимы регуляции на отдельных промоторах, предоставляют средства быстрого воздействия на глобальные изменения в экспрессии генов .

Способность быстро опосредовать глобальные изменения также очевидна в быстрой экспрессии некодирующих повторяющихся последовательностей . Короткие вкрапленные ядерные ( SINE ) элементы Alu у людей и аналогичные элементы B1 и B2 у мышей стали наиболее распространенными мобильными элементами в геномах, составляя ~10% человеческого и ~6% мышиного генома соответственно. [78] [79] Эти элементы транскрибируются как некодируемые РНК РНК -полимеразой III в ответ на стрессы окружающей среды, такие как тепловой шок , [80] где они затем связываются с РНК-полимеразой II с высоким сродством и предотвращают образование активных преинициативных комплексов. [81] [82] [83] [84] Это позволяет широко и быстро подавлять экспрессию генов в ответ на стресс. [81] [84]

Анализ функциональных последовательностей в транскриптах Alu РНК позволил разработать модульную структуру, аналогичную организации доменов в факторах транскрипции белков. [85] Alu РНК содержит два «плеча», каждый из которых может связывать одну молекулу РНКП II, а также два регуляторных домена, которые отвечают за репрессию транскрипции РНКП II in vitro. [84] Эти два слабо структурированных домена могут даже быть объединены с другими некодируемыми РНК, такими как элементы B1, для придания им репрессивной роли. [84] Распространенность и распределение элементов Alu и подобных повторяющихся элементов по всему геному млекопитающих могут быть частично обусловлены тем, что эти функциональные домены были кооптированы в другие длинные некодируемые РНК в ходе эволюции, при этом наличие функциональных доменов повторяющейся последовательности является общей характеристикой нескольких известных длинных некодируемых РНК, включая Kcnq1ot1 , Xlsirt и Xist . [86] [87] [88] [89]

В дополнение к тепловому шоку , экспрессия элементов SINE (включая РНК Alu, B1 и B2) увеличивается во время клеточного стресса, такого как вирусная инфекция [90] в некоторых раковых клетках [91] , где они могут аналогичным образом регулировать глобальные изменения экспрессии генов. Способность РНК Alu и B2 связываться напрямую с РНКП II обеспечивает широкий механизм подавления транскрипции. [82] [84] Тем не менее, существуют определенные исключения из этого глобального ответа, когда РНК Alu или B2 не обнаруживаются на активированных промоторах генов, подвергающихся индукции, таких как гены теплового шока . [84] Эта дополнительная иерархия регуляции, которая освобождает отдельные гены от генерализованной репрессии, также включает длинную некодируемую РНК, РНК теплового шока-1 (HSR-1). Утверждалось, что HSR-1 присутствует в клетках млекопитающих в неактивном состоянии, но при стрессе активируется, чтобы вызвать экспрессию генов теплового шока . [92] Эта активация включает конформационное изменение HSR-1 в ответ на повышение температуры, что позволяет ему взаимодействовать с транскрипционным активатором HSF-1, который тримеризуется и индуцирует экспрессию генов теплового шока. [92] В широком смысле эти примеры иллюстрируют регуляторную схему, вложенную в некодируемые РНК, посредством которой РНК Alu или B2 подавляют общую экспрессию генов , в то время как другие некодируемые РНК активируют экспрессию определенных генов .

Транскрибируется РНК-полимеразой III

Многие из ncRNA, которые взаимодействуют с общими факторами транскрипции или самой РНКП II (включая 7SK , Alu и РНК B1 и B2), транскрибируются РНКП III , [93] разъединяя их экспрессию с РНКП II, которую они регулируют. РНКП III также транскрибирует другие ncRNA, такие как BC2, BC200 и некоторые микроРНК и snoRNA, в дополнение к домашним генам ncRNA, таким как тРНК , 5S рРНК и мяРНК . [93] Существование транскриптома ncRNA, зависящего от РНКП III, который регулирует его зависимый от РНКП II аналог, подтверждается обнаружением набора ncRNA, транскрибируемых РНКП III с последовательностью, гомологичной генам, кодирующим белок. Это побудило авторов предположить существование функциональной регуляторной сети «коген/ген» [94], показав, что одна из этих некодируемых РНК, 21A, регулирует экспрессию своего антисмыслового партнерского гена, CENP-F в транс-положении.

В посттранскрипционной регуляции

Помимо регулирования транскрипции, ncRNA также контролируют различные аспекты посттранскрипционной обработки мРНК . Подобно малым регуляторным РНК, таким как микроРНК и snoRNA , эти функции часто включают комплементарное спаривание оснований с целевой мРНК. Образование дуплексов РНК между комплементарными ncRNA и мРНК может маскировать ключевые элементы в мРНК, необходимые для связывания транс-действующих факторов, потенциально влияя на любой шаг в посттранскрипционной экспрессии генов, включая пре-мРНК обработку и сплайсинг , транспорт, трансляцию и деградацию. [95]

В сращивании

Сплайсинг мРНК может индуцировать ее трансляцию и функционально разнообразить репертуар кодируемых ею белков . Для эффективной трансляции мРНК Zeb2 требуется сохранение интрона 5'UTR , который содержит внутренний сайт входа рибосомы . [96] Сохранение интрона зависит от экспрессии антисмыслового транскрипта , который дополняет интронный сайт сплайсинга 5' . [96] Таким образом, эктопическая экспрессия антисмыслового транскрипта подавляет сплайсинг и индуцирует трансляцию мРНК Zeb2 во время мезенхимального развития. Аналогичным образом, экспрессия перекрывающегося антисмыслового транскрипта Rev-ErbAa2 контролирует альтернативный сплайсинг мРНК рецептора тиреоидного гормона ErbAa2 с образованием двух антагонистических изоформ. [97]

В переводе

NcRNA также может оказывать дополнительное регуляторное давление во время трансляции , свойство, особенно используемое в нейронах , где дендритная или аксональная трансляция мРНК в ответ на синаптическую активность способствует изменениям синаптической пластичности и ремоделированию нейронных сетей. РНК-транскрибированные BC1 и BC200 ncRNA, которые ранее были получены из тРНК , экспрессируются в центральной нервной системе мышей и человека соответственно. [98] [99] Экспрессия BC1 индуцируется в ответ на синаптическую активность и синаптогенез и специально нацелена на дендриты в нейронах. [100] Комплементарность последовательностей между BC1 и областями различных нейрон-специфических мРНК также предполагает роль BC1 в целенаправленной трансляционной репрессии. [101] Действительно, недавно было показано, что BC1 связан с трансляционной репрессией в дендритах, контролируя эффективность передачи, опосредованной рецептором дофамина D2 в полосатом теле [102] , а у мышей с удаленной РНК BC1 наблюдаются поведенческие изменения с уменьшением исследовательской активности и повышением тревожности . [103]

В регуляции генов, направленной на siRNA

В дополнение к маскировке ключевых элементов в одноцепочечной РНК , образование двухцепочечных дуплексов РНК также может обеспечить субстрат для генерации эндогенных siRNA (эндо-siRNA) в ооцитах дрозофилы и мыши . [104] Отжиг комплементарных последовательностей, таких как антисмысловые или повторяющиеся области между транскриптами , образует дуплекс РНК, который может быть обработан Dicer-2 в эндо-siRNA. Кроме того, длинные ncRNA, которые образуют протяженные внутримолекулярные шпильки, могут быть обработаны в siRNA, что убедительно проиллюстрировано транскриптами esi-1 и esi-2. [105] Эндо-siRNA, полученные из этих транскриптов, кажутся особенно полезными для подавления распространения мобильных элементов транспозона в геноме в зародышевой линии. Однако генерация эндо-siRNA из антисмысловых транскриптов или псевдогенов может также подавлять экспрессию их функциональных аналогов через эффекторные комплексы RISC , действуя как важный узел, который интегрирует различные режимы регуляции длинной и короткой РНК, как показано на примере Xist и Tsix (см. выше). [106]

В эпигенетической регуляции

Эпигенетические модификации, включая метилирование гистонов и ДНК , ацетилирование и сумоилирование гистонов , влияют на многие аспекты хромосомной биологии, в первую очередь на регуляцию большого количества генов путем ремоделирования широких доменов хроматина . [107] [108] Хотя уже давно известно, что РНК является неотъемлемым компонентом хроматина, [109] [110] только недавно мы начали понимать, каким образом РНК участвует в путях модификации хроматина. [111] [112] [113] Например, Oplr16 эпигенетически индуцирует активацию факторов ядра стволовых клеток , координируя внутрихромосомное петлеобразование и привлечение ДНК-деметилазы TET2 . [114]

У Drosophila длинные некодируемые РНК индуцируют экспрессию гомеозисного гена Ubx , привлекая и направляя функции модификации хроматина белка триторакса Ash1 на регуляторные элементы Hox . [113] Аналогичные модели были предложены у млекопитающих, где, как полагают, сильные эпигенетические механизмы лежат в основе эмбриональных профилей экспрессии генов Hox, которые сохраняются на протяжении всего развития человека. [115] [112] Действительно, гены Hox человека связаны с сотнями некодируемых РНК, которые последовательно экспрессируются как вдоль пространственной, так и временной осей развития человека и определяют домены хроматина дифференциального метилирования гистонов и доступности РНК-полимеразы . [112] Одна некодируемая РНК, называемая HOTAIR , которая происходит из локуса HOXC, подавляет транскрипцию через 40 кб локуса HOXD, изменяя состояние триметилирования хроматина. Предполагается, что HOTAIR достигает этого, направляя действие комплексов ремоделирования хроматина Polycomb в транс-положении для управления эпигенетическим состоянием клеток и последующей экспрессией генов . Компоненты комплекса Polycomb, включая Suz12 , EZH2 и EED, содержат домены связывания РНК, которые потенциально могут связывать HOTAIR и, вероятно, другие подобные некодируемые РНК. [116] [117] [118] Этот пример прекрасно иллюстрирует более широкую тему, в которой некодируемые РНК привлекают функцию общего набора модифицирующих хроматин белков к определенным геномным локусам , подчеркивая сложность недавно опубликованных геномных карт. [108] Действительно, распространенность длинных некодируемых РНК, связанных с генами, кодирующими белки, может способствовать локализованным моделям модификаций хроматина, которые регулируют экспрессию генов во время развития. Например, большинство генов, кодирующих белки, имеют антисмысловых партнеров, включая многие гены-супрессоры опухолей, которые часто подавляются эпигенетическими механизмами при раке. [119] Недавнее исследование обнаружило обратный профиль экспрессии гена p15 и антисмысловой некодируемой РНК при лейкемии. [119] Подробный анализ показал, что антисмысловая некодируемая РНК p15 ( CDKN2BAS ) способна вызывать изменения в гетерохроматине и статусе метилирования ДНК p15 с помощью неизвестного механизма, тем самым регулируя экспрессию p15. [119] Следовательно, неправильная экспрессия ассоциированных антисмысловых некодируемых РНК может впоследствии подавлять ген-супрессор опухоли, способствующий развитию рака .

Отпечатывание

Многие возникающие темы модификации хроматина , направленной на ncRNA, впервые проявились в феномене импринтинга , когда экспрессируется только один аллель гена либо с материнской, либо с отцовской хромосомы . В целом, импринтированные гены группируются вместе на хромосомах, что предполагает, что механизм импринтинга действует на локальные домены хромосом, а не на отдельные гены. Эти кластеры также часто связаны с длинными ncRNA, экспрессия которых коррелирует с репрессией связанного гена, кодирующего белок, на том же аллеле. [120] Действительно, подробный анализ выявил решающую роль ncRNA Kcnqot1 и Igf2r /Air в управлении импринтингом. [121]

Почти все гены в локусах Kcnq1 наследуются по материнской линии, за исключением отцовски экспрессируемой антисмысловой некодируемой РНК Kcnqot1. [122] Трансгенные мыши с укороченным Kcnq1ot не способны подавлять соседние гены, что позволяет предположить, что Kcnqot1 имеет решающее значение для импринтинга генов на отцовской хромосоме. [123] Похоже, что Kcnqot1 способен направлять триметилирование лизина 9 ( H3K9me3 ) и 27 гистона 3 ( H3K27me3 ) в центр импринтинга, который перекрывает промотор Kcnqot1 и фактически находится внутри смыслового экзона Kcnq1. [124] Подобно HOTAIR (см. выше), комплексы Eed-Ezh2 Polycomb привлекаются в локусы Kcnq1 отцовской хромосомы, возможно, с помощью Kcnqot1, где они могут опосредовать подавление генов посредством репрессивного метилирования гистонов . [124] Дифференциально метилированный центр импринтинга также перекрывает промотор длинной антисмысловой некодируемой РНК Air, которая отвечает за подавление соседних генов в локусе Igf2r на отцовской хромосоме. [125] [126] Наличие аллель-специфического метилирования гистонов в локусе Igf2r предполагает, что Air также опосредует подавление посредством модификации хроматина. [127]

Инактивация Xist и X-хромосомы

Инактивация X-хромосомы у самок плацентарных млекопитающих направляется одной из самых ранних и наиболее хорошо охарактеризованных длинных некодируемых РНК, Xist . [128] Экспрессия Xist из будущей неактивной X-хромосомы и ее последующее покрытие неактивной X-хромосомы происходит во время ранней дифференциации эмбриональных стволовых клеток . Экспрессия Xist сопровождается необратимыми слоями модификаций хроматина, которые включают потерю ацетилирования гистона (H3K9) и метилирования H3K4, которые связаны с активным хроматином, и индукцию репрессивных модификаций хроматина, включая гипоацетилирование H4, триметилирование H3K27 , [128] гиперметилирование H3K9 и монометилирование H4K20 , а также моноубиквитилирование H2AK119. Эти модификации совпадают с транскрипционным молчанием генов, сцепленных с X-хромосомой. [129] Xist РНК также локализует гистоновый вариант macroH2A в неактивной X-хромосоме. [130] Существуют дополнительные ncRNA, которые также присутствуют в локусах Xist, включая антисмысловой транскрипт Tsix , который экспрессируется из будущей активной хромосомы и способен подавлять экспрессию Xist путем генерации эндогенной siRNA. [106] Вместе эти ncRNA гарантируют, что только одна X-хромосома активна у самок млекопитающих.

Теломерные некодирующие РНК

Теломеры образуют терминальную область хромосом млекопитающих и необходимы для стабильности и старения, а также играют центральную роль в таких заболеваниях, как рак . [131] Теломеры долгое время считались транскрипционно инертными комплексами ДНК-белок, пока в конце 2000-х годов не было показано, что теломерные повторы могут транскрибироваться как теломерные РНК (TelRNA) [132] или РНК, содержащие теломерные повторы . [133] Эти ncRNA имеют гетерогенную длину, транскрибируются из нескольких субтеломерных локусов и физически локализуются на теломерах. Их связь с хроматином, что предполагает участие в регуляции теломер-специфичных модификаций гетерохроматина, подавляется белками SMG, которые защищают концы хромосом от потери теломер. [133] Кроме того, TelRNA блокируют активность теломеразы in vitro и, следовательно, могут регулировать активность теломеразы. [132] Хотя эти исследования и ранние, они предполагают участие теломерных некодируемых РНК в различных аспектах биологии теломер.

В регуляции времени репликации ДНК и стабильности хромосом

Асинхронно реплицирующиеся аутосомные РНК (ASAR) — это очень длинные (~200 кб) некодирующие РНК, которые не сплайсируются, не полиаденилируются и требуются для нормального времени репликации ДНК и стабильности хромосом. [134] [135] [136] Делеция любого из генетических локусов , содержащих ASAR6, ASAR15 или ASAR6-141, приводит к тому же фенотипу задержки времени репликации и задержки митотической конденсации (DRT/DMC) всей хромосомы. DRT/DMC приводит к ошибкам хромосомной сегрегации, которые приводят к повышенной частоте вторичных перестроек и нестабильной хромосоме. Подобно Xist , ASAR демонстрируют случайную моноаллельную экспрессию и существуют в доменах асинхронной репликации ДНК. Хотя механизм функционирования ASAR все еще изучается, предполагается, что они работают через те же механизмы, что и Xist lncRNA, но на меньших аутосомных доменах, что приводит к аллель-специфическим изменениям в экспрессии генов.

Неправильная репарация двухцепочечных разрывов ДНК (DSB), приводящая к хромосомным перестройкам, является одной из основных причин онкогенеза. Ряд lncRNAs имеют решающее значение на различных этапах основных путей репарации DSB в эукариотических клетках : негомологичное соединение концов ( NHEJ ) и гомологично-направленная репарация ( HDR ). Генные мутации или вариации в уровнях экспрессии таких РНК могут приводить к локальным дефектам репарации ДНК, увеличивая частоту хромосомных аберраций. Более того, было показано, что некоторые РНК могут стимулировать дальние хромосомные перестройки. [137]

При старении и болезнях

Открытие того, что длинные некодирующие РНК функционируют в различных аспектах биологии клетки, привело к исследованию их роли в болезнях . Десятки тысяч lncRNAs потенциально связаны с болезнями на основе мультиомных доказательств. [138] Несколько исследований выявили причастность длинных некодирующих РНК к различным болезненным состояниям и подтверждают участие и сотрудничество при неврологических заболеваниях и раке .

Первый опубликованный отчет об изменении распространенности lncRNA при старении и неврологических заболеваниях человека был предоставлен Лукивом и др. [139] в исследовании с использованием тканей с коротким посмертным интервалом от пациентов с болезнью Альцгеймера и деменцией, не связанной с болезнью Альцгеймера (NAD); эта ранняя работа была основана на предыдущей идентификации специфичного для мозга приматов цитоплазматического транскрипта семейства повторов Alu Уотсоном и Сатклиффом в 1987 году, известного как BC200 (мозг, цитоплазматический, 200 нуклеотидов). [140]

В то время как многие ассоциативные исследования выявили необычную экспрессию длинных некодируемых РНК при болезненных состояниях, существует мало понимания их роли в возникновении заболевания. Анализы экспрессии, которые сравнивают опухолевые клетки и нормальные клетки, выявили изменения в экспрессии некодируемых РНК при нескольких формах рака . Например, в опухолях предстательной железы PCGEM1 ( один из двух сверхэкспрессированных некодируемых РНК) коррелирует с повышенной пролиферацией и образованием колоний, что предполагает участие в регуляции роста клеток. [141] Было обнаружено, что PRNCR1 способствует росту опухолей при нескольких злокачественных новообразованиях, таких как рак предстательной железы , рак молочной железы , немелкоклеточный рак легких , плоскоклеточный рак полости рта и колоректальный рак . [142] MALAT1 (также известный как NEAT2) изначально был идентифицирован как обильно экспрессируемая некодируемая РНК, которая повышается во время метастазирования немелкоклеточного рака легких на ранней стадии , и ее сверхэкспрессия является ранним прогностическим маркером плохих показателей выживаемости пациентов. [141] Было показано, что такие LncRNA, как HEAT2 или KCNQ1OT1, регулируются в крови пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями, такими как сердечная недостаточность или ишемическая болезнь сердца, и, более того, предсказывают события сердечно-сосудистых заболеваний. [143] [144] Совсем недавно было обнаружено, что высококонсервативный мышиный гомолог MALAT1 высоко экспрессируется в гепатоцеллюлярной карциноме . [145] Также сообщалось об интронных антисмысловых ncRNA с экспрессией, коррелирующей со степенью дифференциации опухоли в образцах рака предстательной железы. [146] Несмотря на то, что ряд длинных ncRNA имеют аберрантную экспрессию при раке, их функция и потенциальная роль в онкогенезе относительно неизвестны. Например, ncRNA HIS-1 и BIC были вовлечены в развитие рака и контроль роста, но их функция в нормальных клетках неизвестна. [147] [148] Помимо рака, ncRNA также демонстрируют аберрантную экспрессию при других болезненных состояниях. Повышенная экспрессия PRINS связана с восприимчивостью к псориазу , при этом экспрессия PRINS повышена в непораженном эпидермисе пациентов с псориазом по сравнению как с псориатическими поражениями, так и со здоровым эпидермисом. [149]

Геномное профилирование показало, что многие транскрибированные некодирующие ультраконсервативные регионы демонстрируют различные профили в различных состояниях рака человека. [67] Анализ хронического лимфоцитарного лейкоза , колоректальной карциномы и гепатоцеллюлярной карциномы показал, что все три вида рака демонстрируют аберрантные профили экспрессии ультраконсервативных некодирующих РНК по сравнению с нормальными клетками. Дальнейший анализ одной ультраконсервативной некодирующей РНК показал, что она ведет себя как онкоген , смягчая апоптоз и впоследствии увеличивая количество злокачественных клеток при колоректальном раке. [67] Многие из этих транскрибированных ультраконсервативных участков, которые демонстрируют различные сигнатуры при раке, обнаружены в хрупких участках и геномных регионах, связанных с раком. Кажется вероятным, что аберрантная экспрессия этих ультраконсервативных некодирующих РНК в злокачественных процессах является результатом важных функций, которые они выполняют в нормальном развитии человека .

Недавно ряд исследований ассоциаций, изучающих полиморфизмы отдельных нуклеотидов (SNP), связанные с болезненными состояниями, были сопоставлены с длинными некодирующими РНК. Например, SNP, которые идентифицировали локус восприимчивости к инфаркту миокарда, сопоставлены с длинной некодирующей РНК, MIAT (транскрипт, ассоциированный с инфарктом миокарда). [150] Аналогичным образом, исследования ассоциаций по всему геному выявили область, связанную с ишемической болезнью сердца [151] , которая охватывает длинную некодирующую РНК, ANRIL . [152] ANRIL экспрессируется в тканях и типах клеток , пораженных атеросклерозом [153] [154] , и его измененная экспрессия связана с гаплотипом высокого риска для ишемической болезни сердца. [154] [155] В последнее время появляется все больше доказательств роли некодирующих РНК в развитии и категоризации сердечной недостаточности. [156]

Сложность транскриптома и наше развивающееся понимание его структуры могут дать информацию о переосмыслении функциональной основы многих природных полиморфизмов, связанных с болезненными состояниями. Многие SNP, связанные с определенными болезненными состояниями, находятся в некодирующих областях, а сложные сети некодирующей транскрипции в этих областях особенно затрудняют выяснение функциональных эффектов полиморфизмов . Например, SNP как в укороченной форме ZFAT , так и в промоторе антисмыслового транскрипта увеличивает экспрессию ZFAT не за счет увеличения стабильности мРНК , а скорее за счет подавления экспрессии антисмыслового транскрипта. [157]

Способность длинных ncRNA регулировать связанные гены, кодирующие белок, может способствовать заболеванию, если неправильная экспрессия длинной ncRNA дерегулирует ген, кодирующий белок, с клиническим значением. Аналогичным образом, антисмысловая длинная ncRNA, которая регулирует экспрессию смыслового гена BACE1 , важнейшего фермента в этиологии болезни Альцгеймера , демонстрирует повышенную экспрессию в нескольких областях мозга у людей с болезнью Альцгеймера [158]. Изменение экспрессии ncRNA также может опосредовать изменения на эпигенетическом уровне, чтобы повлиять на экспрессию генов и способствовать этиологии заболевания. Например, индукция антисмыслового транскрипта генетической мутацией привела к метилированию ДНК и подавлению смысловых генов, вызывая β-талассемию у пациента. [159]

Наряду с их ролью в посредничестве в патологических процессах, длинные некодирующие РНК играют роль в иммунном ответе на вакцинацию , как это было выявлено как для вакцины против гриппа , так и для вакцины против желтой лихорадки . [160]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Fernandes JC, Acuña SM, Aoki JI, Floeter-Winter LM, Muxel SM (февраль 2019 г.). «Длинные некодирующие РНК в регуляции экспрессии генов: физиология и заболевания». Некодирующие РНК . 5 (1): 17. doi : 10.3390/ncrna5010017 . PMC  6468922 . PMID  30781588.
  2. ^ Perkel JM (июнь 2013 г.). «Посещение «некодарнии»». BioTechniques (статья). 54 (6): 301, 303–4. doi : 10.2144/000114037 . PMID  23750541.«Мы называем длинные некодирующие РНК классом, хотя на самом деле единственным определением является то, что они длиннее 200 п.н.», — говорит Ана Маркес, научный сотрудник Оксфордского университета, которая использует эволюционные подходы для изучения функции днРНК.
  3. ^ ab Ma L, Bajic VB, Zhang Z (июнь 2013 г.). «О классификации длинных некодирующих РНК». RNA Biology . 10 (6): 925–933. doi :10.4161/rna.24604. PMC 4111732. PMID  23696037 . 
  4. ^ Ма, Лина; Чжан, Чжан (сентябрь 2023 г.). «Вклад баз данных в понимание вселенной длинных некодирующих РНК». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 24 (9): 601–602. doi :10.1038/s41580-023-00612-z. ISSN  1471-0080. PMID  37147495. S2CID  258528357.
  5. ^ Ransohoff JD, Wei Y, Khavari PA (март 2018 г.). «Функции и уникальные особенности длинных межгенных некодирующих РНК». Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 19 (3): 143–157. doi :10.1038/nrm.2017.104. PMC 5889127. PMID  29138516 . 
  6. ^ abcd Карнинчи П., Касукава Т., Катаяма С., Гоф Дж., Фрит М.К., Маэда Н. и др. (сентябрь 2005 г.). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–1563. Бибкод : 2005Sci...309.1559F. дои : 10.1126/science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  7. ^ Cheng J, Kapranov P, Drenkow J, Dike S, Brubaker S, Patel S, Long J, Stern D, Tammana H, Helt G, Sementchenko V, Piccolboni A, Bekiranov S, Bailey DK, Ganesh M, Ghosh S, Bell I, Gerhard DS, Gingeras TR (май 2005 г.). «Транскрипционные карты 10 человеческих хромосом с разрешением в 5 нуклеотидов». Science . 308 (5725): 1149–1154. Bibcode :2005Sci...308.1149C. doi :10.1126/science.1108625. PMID  15790807. S2CID  13047538.
  8. ^ ab Necsulea A, Soumillon M, Warnefors M, Liechti A, Daish T, Zeller U, Baker JC, Grützner F, Kaessmann H (январь 2014 г.). «Эволюция репертуаров lncRNA и паттернов экспрессии у четвероногих». Nature . 505 (7485): 635–640. Bibcode :2014Natur.505..635N. doi :10.1038/nature12943. PMID  24463510. S2CID  1179101.
  9. ^ abc Дерриен Т, Джонсон Р, Буссотти Г, Танцер А, Джебали С, Тилгнер Х, Гернек Г, Мартин Д, Меркель А, Ноулз ДГ, Лагард Дж, Вееравли Л, Руан Х, Руан Ю, Лассманн Т, Карнинчи П, Браун Дж.Б., Липович Л., Гонсалес Дж.М., Томас М., Дэвис К.А., Шихаттар Р., Гингерас Т.Р., Хаббард Т.Дж., Нотредам К., Харроу Дж., Гиго Р. (сентябрь 2012 г.). «Каталог длинных некодирующих РНК человека GENCODE v7: анализ их структуры генов, эволюции и экспрессии». Геномные исследования . 22 (9): 1775–1789. дои : 10.1101/гр.132159.111. ПМЦ 3431493 . PMID  22955988. 
  10. ^ Hon CC, Ramilowski JA, Harshbarger J, Bertin N, Rackham OJ, Gough J, Denisenko E, Schmeier S, Poulsen TM, Severin J, Lizio M, Kawaji H, Kasukawa T, Itoh M, Burroughs AM, Noma S, Djebali S, Alam T, Медведева YA, Testa AC, Lipovich L, Yip CW, Abugessaisa I, Mendez M, Hasegawa A, Tang D, Lassmann T, Heutink P, Babina M, Wells CA, Kojima S, Nakamura Y, Suzuki H, Daub CO, de Hoon MJ, Arner E, Hayashizaki Y, Carninci P, Forrest AR (март 2017 г.). «Атлас длинных некодирующих РНК человека с точными 5′ концами». Nature . 543 (7644): 199–204. Bibcode : 2017Natur.543..199H . doi : 10.1038/nature21374. PMC 6857182. PMID  28241135. 
  11. ^ ab Cabili MN, Trapnell C, Goff L, Koziol M, Tazon-Vega B, Regev A, Rinn JL (сентябрь 2011 г.). «Интегративная аннотация больших межгенных некодирующих РНК человека выявляет глобальные свойства и специфические подклассы». Genes & Development . 25 (18): 1915–1927. doi :10.1101/gad.17446611. PMC 3185964 . PMID  21890647. 
  12. ^ Раваси Т, Сузуки Х, Панг КК, Катаяма С, Фуруно М, Окуниши Р, Фукуда С, Ру К, Фрит МЦ, Гонгора ММ, Гриммонд СМ, Хьюм ДА, Хаяшизаки И, Маттик ДЖС (январь 2006 г.). «Экспериментальная проверка регулируемой экспрессии большого количества некодирующих РНК из генома мыши». Genome Research . 16 (1): 11–19. doi :10.1101/gr.4200206. PMC 1356124 . PMID  16344565. 
  13. ^ Yunusov D, Anderson L, DaSilva LF, Wysocka J, Ezashi T, Roberts RM, Verjovski-Almeida S (сентябрь 2016 г.). «HIPSTR и тысячи lncRNAs гетерогенно экспрессируются в человеческих эмбрионах, первичных зародышевых клетках и стабильных клеточных линиях». Scientific Reports . 6 : 32753. Bibcode :2016NatSR...632753Y. doi :10.1038/srep32753. PMC 5015059 . PMID  27605307. 
  14. ^ Ли, Чжао; Лю, Лин; Цзян, Шуай; Ли, Цяньпэн; Фэн, Чанжуй; Ду, Цян; Цзоу, Донг; Сяо, Цзинфа; Чжан, Чжан; Ма, Лина (08 января 2021 г.). «LncExpDB: база данных экспрессии длинных некодирующих РНК человека». Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д962–Д968. дои : 10.1093/nar/gkaa850. ISSN  1362-4962. ПМЦ 7778919 . ПМИД  33045751. 
  15. ^ Ян Л, Ян М, Го Х, Ян Л, Ву Дж, Ли Р, Лю П, Лянь Ю, Чжэн Икс, Ян Дж, Хуан Дж, Ли М, Ву Икс, Вэнь Л, Лао К, Ли Р, Цяо Дж, Тан Ф (сентябрь 2013 г.). «Одноклеточное RNA-Seq профилирование предимплантационных эмбрионов человека и эмбриональных стволовых клеток». Структурная и молекулярная биология природы . 20 (9): 1131–1139. дои : 10.1038/nsmb.2660. PMID  23934149. S2CID  29209966.
  16. ^ Liu SJ, Nowakowski TJ, Pollen AA, Lui JH, Horlbeck MA, Attenello FJ, He D, Weissman JS, Kriegstein AR, Diaz AA, Lim DA (апрель 2016 г.). «Анализ длинных некодирующих РНК в развивающихся неокортексах человека на отдельных клетках». Genome Biology . 17 : 67. doi : 10.1186/s13059-016-0932-1 . PMC 4831157 . PMID  27081004. 
  17. ^ Aliperti V, Skonieczna J, Cerase A (июнь 2021 г.). «Длинные некодирующие РНК (lncRNA) Роли в клеточной биологии, нейроразвитии и неврологических расстройствах». Некодирующие РНК . 7 (2): 36. doi : 10.3390/ncrna7020036 . PMC 8293397 . PMID  34204536. 
  18. ^ Ли, Чжао; Лю, Линь; Фэн, Чангруй; Цинь, Юйсинь; Сяо, Цзинфа; Чжан, Чжан; Ма, Лина (2023-01-06). «LncBook 2.0: интеграция длинных некодирующих РНК человека с аннотациями мультиомики». Nucleic Acids Research . 51 (D1): D186–D191. doi :10.1093/nar/gkac999. ISSN  1362-4962. PMC 9825513. PMID 36330950  . 
  19. ^ Пайтуви Галларт А, Эрмосо Пулидо А, Ансар Мартинес де Лагран I, Сансеверино В, Айзе Чильяно Р (январь 2016 г.). «GREENC: база данных днРНК растений на базе Wiki». Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1161–6. дои : 10.1093/nar/gkv1215. ПМК 4702861 . ПМИД  26578586. 
  20. ^ Kapranov P, Cheng J, Dike S, Nix DA, Duttagupta R, Willingham AT, Stadler PF, Hertel J, Hackermüller J, Hofacker IL, Bell I, Cheung E, Drenkow J, Dumais E, Patel S, Helt G, Ganesh M, Ghosh S, Piccolboni A, Sementchenko V, Tammana H, Gingeras TR (июнь 2007 г.). «Карты РНК выявляют новые классы РНК и возможную функцию для всепроникающей транскрипции». Science . 316 (5830): 1484–1488. Bibcode :2007Sci...316.1484K. doi :10.1126/science.1138341. PMID  17510325. S2CID  25609839.
  21. ^ Капранов П., Уиллингем А.Т., Джинжерас Т.Р. (июнь 2007 г.). «Транскрипция в масштабе генома и ее значение для организации генома». Nature Reviews Genetics . 8 (6): 413–423. doi :10.1038/nrg2083. PMID  17486121. S2CID  6465064.
  22. ^ Birney E, Stamatoyannopoulos JA, Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH и др. (июнь 2007 г.). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека с помощью пилотного проекта ENCODE». Nature . 447 (7146): 799–816. Bibcode :2007Natur.447..799B. doi :10.1038/nature05874. PMC 2212820 . PMID  17571346. 
  23. ^ Li A, Zhou H, Xiong S, Li J, Mallik S, Fei R, Liu Y, Zhou H, Wang X, Hei X, Wang L (октябрь 2024 г.). "PLEKv2: прогнозирование lncRNAs и mRNAs на основе внутренних особенностей последовательности и модели кодирующей сети". BMC Genomics . 25 (1): 756. doi : 10.1186/s12864-024-10662-y . PMC 11295476 . PMID  39095710. 
  24. ^ Риту, Гупта С., Кумар Н., Шанкар Р. (сентябрь 2022 г.). «DeepPlnc: бимодальное глубокое обучение для высокоточного обнаружения lncRNA растений». Геномика . 114 (5): 110443. doi : 10.1016/j.ygeno.2022.110443 . PMID  35931273.
  25. ^ Camargo AP, Sourkov V, Pereira GA, Carazzolle MF (март 2020 г.). «RNAsamba: нейросетевая оценка потенциала кодирования белков последовательностей РНК». NAR Genomics and Bioinformatics . 2 (1): lqz024. doi : 10.1093/nargab/lqz024 . PMC 7671399 . PMID  33575571. 
  26. ^ Wang G, Yin H, Li B, Yu C, Wang F, Xu X, Cao J, Bao Y, Wang L, Abbasi AA, Bajic VB, Ma L, Zhang Z (январь 2019 г.). «Характеристика и идентификация длинных некодирующих РНК на основе взаимосвязи признаков». Биоинформатика . 41 (выпуск базы данных): D246–D251. doi : 10.1093/bioinformatics/btz008 . hdl : 10754/631240 . PMID  30649200.
  27. ^ Wang L, Park HJ, Dasari S, Wang S, Kocher JP, Li W (апрель 2013 г.). "CPAT: инструмент оценки потенциала кодирования с использованием модели логистической регрессии без выравнивания". Nucleic Acids Research . 41 (6): e74. doi :10.1093/nar/gkt006. PMC 3616698. PMID  23335781 . 
  28. ^ Hu L, Xu Z, Hu B, Lu ZJ (январь 2017 г.). "COME: надежный инструмент расчета потенциала кодирования для идентификации и характеристики lncRNA на основе множественных признаков". Nucleic Acids Research . 45 (1): e2. doi :10.1093/nar/gkw798. PMC 5224497 . PMID  27608726. 
  29. ^ Sun L, Luo H, Bu D, Zhao G, Yu K, Zhang C, Liu Y, Chen R, Zhao Y (сентябрь 2013 г.). «Использование внутренней композиции последовательностей для классификации кодирующих белки и длинных некодирующих транскриптов». Nucleic Acids Research . 41 (17): e166. ​​doi :10.1093/nar/gkt646. PMC 3783192. PMID  23892401 . 
  30. ^ Ли А, Чжан Дж, Чжоу З (сентябрь 2014 г.). "PLEK: инструмент для прогнозирования длинных некодирующих РНК и матричных РНК на основе улучшенной схемы k-меров". BMC Bioinformatics . 15 (1): 311. doi : 10.1186/1471-2105-15-311 . PMC 4177586 . PMID  25239089. 
  31. ^ Wucher V, Legeai F, Hédan B, Rizk G, Lagoutte L, Leeb T и др. (май 2017 г.). "FEELnc: инструмент для аннотации длинных некодирующих РНК и его применение к транскриптому собак". Nucleic Acids Research . 45 (8): e57. doi :10.1093/nar/gkw1306. PMC 5416892. PMID  28053114 . 
  32. ^ Lin MF, Jungreis I, Kellis M (июль 2011 г.). «PhyloCSF: метод сравнительной геномики для различения кодирующих и некодирующих белковых областей». Биоинформатика . 27 (13): i275–i282. doi :10.1093/bioinformatics/btr209. PMC 3117341. PMID  21685081 . 
  33. ^ Chen J, Shishkin AA, Zhu X, Kadri S, Maza I, Guttman M, Hanna JH, Regev A, Garber M (февраль 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявляет различные классы длинных некодирующих РНК». Genome Biology . 17 (19): 19. doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . PMC 4739325 . PMID  26838501. 
  34. ^ Anderson DM, Anderson KM, Chang CL, Makarewich CA, Nelson BR, McAnally JR, Kasaragod P, Shelton JM, Liou J, Bassel-Duby R, Olson EN (февраль 2015 г.). «Микропептид, кодируемый предполагаемой длинной некодирующей РНК, регулирует мышечную производительность». Cell . 160 (4): 595–606. doi :10.1016/j.cell.2015.01.009. PMC 4356254 . PMID  25640239. 
  35. ^ Мацумото А, Пасут А, Мацумото М, Ямашита Р, Фунг Дж, Монтелеоне Э, Сагателян А, Накаяма К.И., Клохесси Дж.Г., Пандольфи П.П. (январь 2017 г.). «mTORC1 и регенерация мышц регулируются полипептидом SPAR, кодируемым LINC00961». Природа . 541 (7636): 228–232. Бибкод : 2017Natur.541..228M. дои : 10.1038/nature21034. PMID  28024296. S2CID  205253245.
  36. ^ Pauli A, Norris ML, Valen E, Chew GL, Gagnon JA, Zimmerman S, Mitchell A, Ma J, Dubrulle J, Reyon D, Tsai SQ, Joung JK, Saghatelian A, Schier AF (февраль 2014 г.). «Малыш: эмбриональный сигнал, способствующий движению клеток через рецепторы апелина». Science . 343 (6172): 1248636. doi :10.1126/science.1248636. PMC 4107353 . PMID  24407481. 
  37. ^ Ingolia NT, Lareau LF, Weissman JS (ноябрь 2011 г.). «Профилирование рибосом эмбриональных стволовых клеток мыши раскрывает сложность и динамику протеомов млекопитающих». Cell . 147 (4): 789–802. doi :10.1016/j.cell.2011.10.002. PMC 3225288 . PMID  22056041. 
  38. ^ ab Ji Z, Song R, Regev A, Struhl K (декабрь 2015 г.). «Многие lncRNAs, 5'UTRs и псевдогены транслируются, и некоторые из них, вероятно, экспрессируют функциональные белки». eLife . 4 : e08890. doi : 10.7554/eLife.08890 . PMC 4739776 . PMID  26687005. 
  39. ^ Guttman M, Russell P, Ingolia NT, Weissman JS, Lander ES (июль 2013 г.). «Профилирование рибосомы свидетельствует о том, что большие некодирующие РНК не кодируют белки». Cell . 154 (1): 240–251. doi :10.1016/j.cell.2013.06.009. PMC 3756563 . PMID  23810193. 
  40. ^ Guttman M, Amit I, Garber M, French C, Lin MF, Feldser D, Huarte M, Zuk O, Carey BW, Cassady JP, Cabili MN, Jaenisch R, Mikkelsen TS, Jacks T, Hacohen N, Bernstein BE, Kellis M, Regev A, Rinn JL, Lander ES (март 2009 г.). «Сигнатура хроматина выявляет более тысячи высококонсервативных больших некодирующих РНК у млекопитающих». Nature . 458 (7235): 223–227. Bibcode :2009Natur.458..223G. doi :10.1038/nature07672. PMC 2754849 . PMID  19182780. 
  41. ^ Ponjavic J, Ponting CP, Lunter G (май 2007). «Функциональность или транскрипционный шум? Доказательства отбора в длинных некодирующих РНК». Genome Research . 17 (5): 556–565. doi :10.1101/gr.6036807. PMC 1855172 . PMID  17387145. 
  42. ^ Haerty W, Ponting CP (май 2013 г.). «Мутации в lncRNAs эффективно отбираются у плодовой мушки, но не у человека». Genome Biology . 14 (5): R49. doi : 10.1186/gb-2013-14-5-r49 . PMC 4053968 . PMID  23710818. 
  43. ^ Washietl S, Kellis M, Garber M (апрель 2014 г.). «Эволюционная динамика и тканевая специфичность длинных некодирующих РНК человека у шести млекопитающих». Genome Research . 24 (4): 616–628. doi :10.1101/gr.165035.113. PMC 3975061 . PMID  24429298. 
  44. ^ Kutter C, Watt S, Stefflova K, Wilson MD, Goncalves A, Ponting CP, Odom DT, Marques AC (2012). «Быстрый оборот длинных некодирующих РНК и эволюция экспрессии генов». PLOS Genetics . 8 (7): e1002841. doi : 10.1371/journal.pgen.1002841 . PMC 3406015. PMID  22844254 . 
  45. ^ Brosius J (май 2005 г.). «Waste not, want not — transscript extra in multicellular eukaryotes». Trends in Genetics . 21 (5): 287–288. doi :10.1016/j.tig.2005.02.014. PMID  15851065.
  46. ^ Struhl K (февраль 2007). «Транскрипционный шум и точность инициации РНК-полимеразой II». Nature Structural & Molecular Biology . 14 (2): 103–105. doi :10.1038/nsmb0207-103. PMID  17277804. S2CID  29398526.
  47. ^ ab Palazzo AF, Lee ES (2015-01-26). "Некодирующая РНК: что функционально, а что мусор?". Frontiers in Genetics . 6 : 2. doi : 10.3389/fgene.2015.00002 . PMC 4306305. PMID  25674102 . 
  48. ^ Капуста А., Фешотте С. (октябрь 2014 г.). «Изменчивая эволюция репертуаров длинных некодирующих РНК: механизмы и биологические последствия». Trends in Genetics . 30 (10): 439–452. doi :10.1016/j.tig.2014.08.004. PMC 4464757 . PMID  25218058. 
  49. ^ Chen J, Shishkin AA, Zhu X, Kadri S, Maza I, Guttman M, Hanna JH, Regev A, Garber M (февраль 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявляет различные классы длинных некодирующих РНК». Genome Biology . 17 : 19. doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . PMC 4739325. PMID  26838501 . 
  50. ^ Улицкий И (октябрь 2016 г.). «Эволюция спешит на помощь: использование сравнительной геномики для понимания длинных некодирующих РНК». Nature Reviews Genetics . 17 (10): 601–614. doi :10.1038/nrg.2016.85. PMID  27573374. S2CID  13833164.
  51. ^ Hezroni H, Koppstein D, Schwartz MG, Avrutin A, Bartel DP, Ulitsky I (май 2015 г.). «Принципы эволюции длинных некодирующих РНК, полученные из прямого сравнения транскриптомов 17 видов». Cell Reports . 11 (7): 1110–1122. doi :10.1016/j.celrep.2015.04.023. PMC 4576741 . PMID  25959816. 
  52. ^ Джонссон П., Липович Л., Грандер Д., Моррис К.В. (март 2014 г.). «Эволюционная консервативность длинных некодирующих РНК; последовательность, структура, функция». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Общие предметы . 1840 (3): 1063–1071. дои : 10.1016/j.bbagen.2013.10.035. ПМК 3909678 . ПМИД  24184936. 
  53. ^ Rivas E, Clements J, Eddy SR (январь 2017 г.). «Статистический тест на консервативную структуру РНК показывает отсутствие доказательств наличия структуры в lncRNAs». Nature Methods . 14 (1): 45–48. doi :10.1038/nmeth.4066. PMC 5554622 . PMID  27819659. 
  54. ^ Mercer TR, Dinger ME, Mattick JS (март 2009 г.). «Длинные некодирующие РНК: взгляд на функции». Nature Reviews Genetics . 10 (3): 155–159. doi :10.1038/nrg2521. PMID  19188922. S2CID  18441501.
  55. ^ Dinger ME, Amaral PP, Mercer TR, Mattick JS (ноябрь 2009 г.). «Всепроникающая транскрипция эукариотического генома: функциональные индексы и концептуальные импликации». Briefings in Functional Genomics & Proteomics . 8 (6): 407–423. doi : 10.1093/bfgp/elp038 . PMID  19770204.
  56. ^ Ponting CP, Haerty W (2022). «Полногеномный анализ длинных некодирующих РНК человека: провокационный обзор». Annual Review of Genomics and Human Genetics . 23 : 153–172. doi : 10.1146/annurev-genom-112921-123710 . hdl : 20.500.11820/ede40d70-b99c-42b0-a378-3b9b7b256a1b . PMID  35395170.
  57. ^ Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (январь 2011 г.). "lncRNAdb: справочная база данных для длинных некодирующих РНК". Nucleic Acids Research . 39 (выпуск базы данных): D146–51. doi :10.1093/nar/gkq1138. PMC 3013714. PMID  21112873 . 
  58. ^ Quek XC, Thomson DW, Maag JL, Bartonicek N, Signal B, Clark MB, Gloss BS, Dinger ME (январь 2015 г.). «lncRNAdb v2.0: расширение справочной базы данных для функциональных длинных некодирующих РНК». Nucleic Acids Research . 43 (выпуск базы данных): D168–73. doi :10.1093/nar/gku988. PMC 4384040. PMID  25332394 . 
  59. ^ ab Лю, Линь; Ли, Чжао; Лю, Чанг; Цзоу, Дун; Ли, Цяньпэн; Фэн, Чангруй; Цзин, Вэй; Ло, Сичэн; Чжан, Чжан; Ма, Лина (2022-01-07). "LncRNAWiki 2.0: база знаний о длинных некодирующих РНК человека с улучшенной моделью курирования и системой баз данных". Nucleic Acids Research . 50 (D1): D190–D195. doi :10.1093/nar/gkab998. ISSN  1362-4962. PMC 8728265 . PMID  34751395. 
  60. ^ Смит Дж. Э., Альварес-Домингес Дж. Р., Клайн Н., Хюнх Н. Дж., Гейслер С., Ху В., Коллер Дж., Бейкер KE (июнь 2014 г.). «Трансляция небольших открытых рамок считывания в неаннотированных транскриптах РНК в Saccharomyces cerevisiae». Cell Reports . 7 (6): 1858–1866. doi :10.1016/j.celrep.2014.05.023. PMC 4105149 . PMID  24931603. 
  61. ^ ab Goodrich JA, Kugel JF (август 2006 г.). «Некодирующие РНК-регуляторы транскрипции РНК-полимеразы II». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 7 (8): 612–616. doi :10.1038/nrm1946. PMID  16723972. S2CID  22274894.
  62. ^ ab Feng J, Bi C, Clark BS, Mady R, Shah P, Kohtz JD (июнь 2006 г.). «Некодирующая РНК Evf-2 транскрибируется из ультраконсервативной области Dlx-5/6 и функционирует как транскрипционный коактиватор Dlx-2». Genes & Development . 20 (11): 1470–1484. doi :10.1101/gad.1416106. PMC 1475760 . PMID  16705037. 
  63. ^ Панганибан Г., Рубенштейн Дж. Л. (октябрь 2002 г.). «Функции развития генов гомеобокса Distal-less/Dlx». Развитие . 129 (19): 4371–4386. doi :10.1242/dev.129.19.4371. PMID  12223397.
  64. ^ Пеннаккио Л.А., Ахитув Н., Моисей А.М., Прабхакар С., Нобрега М.А., Шукри М., Миновицкий С., Дубчак И., Холт А., Льюис К.Д., Плайзер-Фрик И., Акияма Дж., Де Вал С., Афзал В., Блэк Б.Л., Куронн О, Эйзен М.Б., Висел А., Рубин Э.М. (ноябрь 2006 г.). «Анализ энхансеров in vivo консервативных некодирующих последовательностей человека». Природа . 444 (7118): 499–502. Бибкод : 2006Natur.444..499P. дои : 10.1038/nature05295. PMID  17086198. S2CID  4307332.
  65. ^ Visel A, Prabhakar S, Akiyama JA, Shoukry M, Lewis KD, Holt A, Plajzer-Frick I, Afzal V, Rubin EM, Pennacchio LA (февраль 2008 г.). «Ультраконсервация выявляет небольшое подмножество крайне ограниченных усилителей развития». Nature Genetics . 40 (2): 158–160. doi :10.1038/ng.2007.55. PMC 2647775 . PMID  18176564. 
  66. ^ Pibouin L, Villaudy J, Ferbus D, Muleris M, Prospéri MT, Remvikos Y, Goubin G (февраль 2002 г.). «Клонирование мРНК сверхэкспрессии в карциноме толстой кишки-1: последовательность сверхэкспрессии в подмножестве карцином толстой кишки». Cancer Genetics and Cytogenetics . 133 (1): 55–60. doi :10.1016/S0165-4608(01)00634-3. PMID  11890990.
  67. ^ abc Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни С., Фаббри М., Чиммино А., Ли Э.Дж., Войчик С.Е., Симидзу М., Тили Е., Росси С., Таччоли С., Пичиорри Ф., Лю Х, Зупо С., Херлеа В., Грамантьери Л., Ланца Г., Алдер Х., Рассенти Л., Волиния С., Шмиттген Т.Д., Киппс Т.Дж., Негрини М., Кроче С.М. (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека». Раковая клетка . 12 (3): 215–229. дои : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . PMID  17785203.
  68. ^ Чжан, Трой; Юй, Хуэй; Бай, Юншэн; Го, Янь (2023). «Анализ плотности мутаций в длинной некодирующей РНК выявляет сопоставимые закономерности с белок-кодирующей РНК и прогностическую ценность». Computational and Structural Biotechnology Journal . 21 : 4887–4894. doi : 10.1016/j.csbj.2023.09.027. ISSN  2001-0370. PMC 10582829. PMID 37860228  . 
  69. ^ Wang X, Arai S, Song X, Reichart D, Du K, Pascual G, Tempst P, Rosenfeld MG, Glass CK, Kurokawa R (июль 2008 г.). «Индуцированные ncRNA аллостерически модифицируют РНК-связывающие белки в цис-положении, чтобы ингибировать транскрипцию». Nature . 454 (7200): 126–130. Bibcode :2008Natur.454..126W. doi :10.1038/nature06992. PMC 2823488 . PMID  18509338. 
  70. ^ Адельман К, Эган Э (март 2017). «Некодирующая РНК: больше применений геномного мусора». Nature . 543 (7644): 183–185. Bibcode :2017Natur.543..183A. doi : 10.1038/543183a . PMID  28277509.
  71. ^ Хэлли П., Кадаккужа Б.М., Фагихи М.А., Магистри М., Зейер З., Хоркова О., Който С., Сяо Дж., Лоуренс М., Валестедт С. (январь 2014 г.). «Регуляция кластера генов аполипопротеина с помощью длинной некодирующей РНК». Отчеты по ячейкам . 6 (1): 222–230. дои : 10.1016/j.celrep.2013.12.015. ПМЦ 3924898 . ПМИД  24388749. 
  72. ^ Reinius B, Shi C, Hengshuo L, Sandhu KS, Radomska KJ, Rosen GD, Lu L, Kullander K, Williams RW, Jazin E (ноябрь 2010 г.). "Склонная к женскому полу экспрессия длинных некодирующих РНК в доменах, избегающих инактивации Х-хромосомы у мышей". BMC Genomics . 11 : 614. doi : 10.1186/1471-2164-11-614 . PMC 3091755 . PMID  21047393. 
  73. ^ Мартьянов И, Рамадасс А, Серра Баррос А, Чоу Н, Акуличев А (февраль 2007 г.). «Репрессия гена человеческой дигидрофолатредуктазы некодирующим интерферирующим транскриптом». Nature . 445 (7128): 666–670. doi :10.1038/nature05519. PMID  17237763. S2CID  3012142.
  74. ^ Lee JS, Burkholder GD, Latimer LJ, Haug BL, Braun RP (февраль 1987 г.). «Моноклональное антитело к триплексной ДНК связывается с эукариотическими хромосомами». Nucleic Acids Research . 15 (3): 1047–1061. doi :10.1093/nar/15.3.1047. PMC 340507. PMID 2434928  . 
  75. ^ ab Kwek KY, Murphy S, Furger A, Thomas B, O'Gorman W, Kimura H, Proudfoot NJ, Akoulitchev A (ноябрь 2002 г.). "U1 snRNA ассоциируется с TFIIH и регулирует инициацию транскрипции". Nature Structural Biology . 9 (11): 800–805. doi :10.1038/nsb862. PMID  12389039. S2CID  22982547.
  76. ^ Yang S, Tutton S, Pierce E, Yoon K (ноябрь 2001 г.). «Специфическая двухцепочечная РНК-интерференция в недифференцированных эмбриональных стволовых клетках мыши». Молекулярная и клеточная биология . 21 (22): 7807–7816. doi :10.1128/MCB.21.22.7807-7816.2001. PMC 99950. PMID  11604515 . 
  77. ^ Yik JH, Chen R, Nishimura R, Jennings JL, Link AJ, Zhou Q (октябрь 2003 г.). «Ингибирование транскрипции киназы P-TEFb (CDK9/Cyclin T) и РНК-полимеразы II с помощью скоординированных действий HEXIM1 и 7SK snRNA». Molecular Cell . 12 (4): 971–982. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00388-5 . PMID  14580347.
  78. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, et al. (Февраль 2001). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека». Nature . 409 (6822): 860–921. Bibcode :2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID  11237011.
  79. ^ Waterston RH, Lindblad-Toh K, Birney E, Rogers J, Abril JF, Agarwal P, et al. (декабрь 2002 г.). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Nature . 420 (6915): 520–562. Bibcode :2002Natur.420..520W. doi : 10.1038/nature01262 . PMID  12466850.
  80. ^ Liu WM, Chu WM, Choudary PV, Schmid CW (май 1995). «Клеточный стресс и ингибиторы трансляции временно увеличивают обилие транскриптов SINE млекопитающих». Nucleic Acids Research . 23 (10): 1758–1765. doi : 10.1093 /nar/23.10.1758. PMC 306933. PMID  7784180. 
  81. ^ ab Allen E, Xie Z, Gustafson AM, Sung GH, Spatafora JW, Carrington JC (декабрь 2004 г.). «Эволюция генов микроРНК путем инвертированной дупликации последовательностей целевых генов в Arabidopsis thaliana». Nature Genetics . 36 (12): 1282–1290. doi :10.1038/ng1478. PMID  15565108. S2CID  11997028.
  82. ^ ab Espinoza CA, Allen TA, Hieb AR, Kugel JF, Goodrich JA (сентябрь 2004 г.). «B2 РНК связывается напрямую с РНК-полимеразой II, чтобы подавить синтез транскрипта». Nature Structural & Molecular Biology . 11 (9): 822–829. doi :10.1038/nsmb812. PMID  15300239. S2CID  22199826.
  83. ^ Espinoza CA, Goodrich JA, Kugel JF (апрель 2007 г.). «Характеристика структуры, функции и механизма B2 РНК, репрессора некодируемой РНК транскрипции РНК-полимеразы II». РНК . 13 (4): 583–596. doi :10.1261/rna.310307. PMC 1831867 . PMID  17307818. 
  84. ^ abcdef Mariner PD, Walters RD, Espinoza CA, Drullinger LF, Wagner SD, Kugel JF, Goodrich JA (февраль 2008 г.). «Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock». Molecular Cell . 29 (4): 499–509. doi : 10.1016/j.molcel.2007.12.013 . PMID  18313387.
  85. ^ Шамовский И, Нудлер Э (февраль 2008). «Модулярная РНК нагревается». Molecular Cell . 29 (4): 415–417. doi : 10.1016/j.molcel.2008.02.001 . PMID  18313380.
  86. ^ Mattick JS (октябрь 2003 г.). «Бросая вызов догме: скрытый слой некодирующих белок РНК в сложных организмах». BioEssays . 25 (10): 930–939. CiteSeerX 10.1.1.476.7561 . doi :10.1002/bies.10332. PMID  14505360. 
  87. ^ Mohammad F, Pandey RR, Nagano T, Chakalova L, Mondal T, Fraser P, Kanduri C (июнь 2008 г.). «Некодирующая РНК Kcnq1ot1/Lit1 опосредует транскрипционное подавление путем нацеливания на перинуклеолярную область». Молекулярная и клеточная биология . 28 (11): 3713–3728. doi :10.1128/MCB.02263-07. PMC 2423283. PMID  18299392 . 
  88. ^ Wutz A, Rasmussen TP, Jaenisch R (февраль 2002 г.). «Хромосомное подавление и локализация опосредуются различными доменами Xist РНК». Nature Genetics . 30 (2): 167–174. doi :10.1038/ng820. PMID  11780141. S2CID  28643222.
  89. ^ Zearfoss NR, Chan AP, Kloc M, Allen LH, Etkin LD (апрель 2003 г.). «Идентификация новых членов семейства Xlsirt в ооците Xenopus laevis». Механизмы развития . 120 (4): 503–509. doi : 10.1016/S0925-4773(02)00459-8 . PMID  12676327. S2CID  16781978.
  90. ^ Сингх К, Кэри М, Сарагости С, Ботчан М (1985). «Экспрессия повышенных уровней транскриптов малой РНК-полимеразы III, кодируемых повторами B2 в клетках мышей, трансформированных вирусом обезьян 40». Nature . 314 (6011): 553–556. Bibcode :1985Natur.314..553S. doi :10.1038/314553a0. PMID  2581137. S2CID  4359937.
  91. ^ Tang RB, Wang HY, Lu HY, Xiong J, Li HH, Qiu XH, Liu HQ (февраль 2005 г.). «Повышенный уровень транскрибированной полимеразой III Alu РНК в ткани гепатоцеллюлярной карциномы». Молекулярный канцерогенез . 42 (2): 93–96. doi :10.1002/mc.20057. PMID  15593371. S2CID  10513502.
  92. ^ ab Шамовский И, Нудлер Э (октябрь 2006 г.). "Контроль генов большими некодирующими РНК". Science's STKE . 2006 (355): pe40. doi :10.1126/stke.3552006pe40. PMID  17018852. S2CID  41151259.
  93. ^ ab Dieci G, Fiorino G, Castelnuovo M, Teichmann M, Pagano A (декабрь 2007 г.). «Расширяющийся транскриптом РНК-полимеразы III». Тенденции в генетике . 23 (12): 614–622. дои : 10.1016/j.tig.2007.09.001. hdl : 11381/1706964 . ПМИД  17977614.
  94. ^ Pagano JM, Farley BM, McCoig LM, Ryder SP (март 2007). «Молекулярная основа распознавания РНК эмбриональным детерминантом полярности MEX-5». Журнал биологической химии . 282 (12): 8883–8894. doi : 10.1074/jbc.M700079200 . PMID  17264081.
  95. ^ Yoon JH, Abdelmohsen K, Gorospe M (октябрь 2013 г.). «Посттранскрипционная регуляция генов с помощью длинной некодирующей РНК». Журнал молекулярной биологии . 425 (19): 3723–3730. doi :10.1016/j.jmb.2012.11.024. PMC 3594629. PMID  23178169 . 
  96. ^ аб Бельтран М., Пуиг И., Пенья С., Гарсиа Х.М., Альварес А.Б., Пенья Р., Бонилья Ф., де Эррерос АГ (март 2008 г.). «Естественный антисмысловой транскрипт регулирует экспрессию гена Zeb2/Sip1 во время эпителиально-мезенхимального перехода, индуцированного Snail1». Гены и развитие . 22 (6): 756–769. дои : 10.1101/gad.455708. ПМЦ 2275429 . ПМИД  18347095. 
  97. ^ Munroe SH, Lazar MA (ноябрь 1991 г.). «Ингибирование сплайсинга мРНК c-erbA естественной антисмысловой РНК». Журнал биологической химии . 266 (33): 22083–22086. doi : 10.1016/S0021-9258(18)54535-X . PMID  1657988.
  98. ^ Tiedge H , Chen W, Brosius J (июнь 1993 г.). «Первичная структура, нейронно-специфическая экспрессия и дендритное расположение человеческой РНК BC200». Журнал нейронауки . 13 (6): 2382–2390. doi :10.1523/JNEUROSCI.13-06-02382.1993. PMC 6576500. PMID  7684772 . 
  99. ^ Tiedge H, Fremeau RT, Weinstock PH, Arancio O, Brosius J (март 1991). «Дендритное расположение нейронной РНК BC1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (6): 2093–2097. Bibcode : 1991PNAS...88.2093T. doi : 10.1073 /pnas.88.6.2093 . PMC 51175. PMID  1706516. 
  100. ^ Муслимов IA, Banker G, Brosius J, Tiedge H (июнь 1998). "Зависящая от активности регуляция дендритной РНК BC1 в нейронах гиппокампа в культуре". Журнал клеточной биологии . 141 (7): 1601–1611. doi : 10.1083 /jcb.141.7.1601. PMC 1828539. PMID  9647652. 
  101. ^ Wang H, Iacoangeli A, Lin D, Williams K, Denman RB, Hellen CU, Tiedge H (декабрь 2005 г.). «Дендритная РНК BC1 в механизмах трансляционного контроля». Журнал клеточной биологии . 171 (5): 811–821. doi :10.1083/jcb.200506006. PMC 1828541. PMID  16330711 . 
  102. ^ Чентонзе Д, Росси С, Наполи I, Меркальдо В, Лаку С, Феррари Ф, Чьотти МТ, Де Кьяра В, Просперетти С, Маккарроне М, Фецца Ф, Калабрези П, Бернарди Г, Баньи С (август 2007 г.). «Цитоплазматическая РНК BC1 головного мозга регулирует передачу, опосредованную рецептором дофамина D2, в полосатом теле». Журнал неврологии . 27 (33): 8885–8892. doi : 10.1523/JNEUROSCI.0548-07.2007. ПМК 6672174 . ПМИД  17699670. 
  103. ^ Левейоханн Л., Скрябин Б.В., Заксер Н., Прен С., Хейдушка П., Танос С., Джордан У., Делл'Омо Г., Высоцкий А.Л., Плескачева М.Г., Липп Х.П., Тидж Х., Брозиус Дж., Прайор Х. (сентябрь 2004 г.). «Роль нейрональной малой непосредственной РНК: поведенческие изменения у мышей с удаленной РНК BC1». Поведенческие исследования мозга . 154 (1): 273–289. CiteSeerX 10.1.1.572.8071 . дои : 10.1016/j.bbr.2004.02.015. PMID  15302134. S2CID  18840384. 
  104. ^ Golden DE, Gerbasi VR, Sontheimer EJ (август 2008 г.). «Внутренняя работа для siRNA». Molecular Cell . 31 (3): 309–312. doi :10.1016/j.molcel.2008.07.008. PMC 2675693. PMID  18691963 . 
  105. ^ Czech B, Malone CD, Zhou R, Stark A, Schlingeheyde C, Dus M, Perrimon N, Kellis M, Wohlschlegel JA, Sachidanandam R, Hannon GJ, Brennecke J (июнь 2008 г.). "Эндогенный путь малых интерферирующих РНК у дрозофилы". Nature . 453 (7196): 798–802. Bibcode :2008Natur.453..798C. doi :10.1038/nature07007. PMC 2895258 . PMID  18463631. 
  106. ^ ab Ogawa Y, Sun BK, Lee JT (июнь 2008 г.). «Пересечение путей интерференции РНК и инактивации Х-хромосомы». Science . 320 (5881): 1336–1341. Bibcode :2008Sci...320.1336O. doi :10.1126/science.1157676. PMC 2584363 . PMID  18535243. 
  107. ^ Кифер Дж. К. (апрель 2007 г.). «Эпигенетика в развитии». Динамика развития . 236 (4): 1144–1156. doi :10.1002/dvdy.21094. PMID  17304537. S2CID  23292265.
  108. ^ ab Mikkelsen TS, Ku M, Jaffe DB, Issac B, Lieberman E, Giannoukos G, Alvarez P, Brockman W, Kim TK, Koche RP, Lee W, Mendenhall E, O'Donovan A, Presser A, Russ C, Xie X, Meissner A, Wernig M, Jaenisch R, Nusbaum C, Lander ES, Bernstein BE (август 2007 г.). "Геномные карты состояния хроматина в плюрипотентных и линейных клетках". Nature . 448 (7153): 553–560. Bibcode :2007Natur.448..553M. doi :10.1038/nature06008. PMC 2921165 . PMID  17603471. 
  109. ^ Nickerson JA, Krochmalnic G, Wan KM, Penman S (январь 1989). «Архитектура хроматина и ядерная РНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (1): 177–181. Bibcode :1989PNAS...86..177N. doi : 10.1073/pnas.86.1.177 . PMC 286427 . PMID  2911567. 
  110. ^ Родригес-Кампос А., Азорин Ф. (ноябрь 2007 г.). «РНК — неотъемлемый компонент хроматина, который вносит вклад в его структурную организацию». PLOS ONE . 2 (11): e1182. Bibcode : 2007PLoSO ...2.1182R. doi : 10.1371/journal.pone.0001182 . PMC 2063516. PMID  18000552. 
  111. ^ Chen X, Xu H, Yuan P, Fang F, Huss M, Vega VB, Wong E, Orlov YL, Zhang W, Jiang J, Loh YH, Yeo HC, Yeo ZX, Narang V, Govindarajan KR, Leong B, Shahab A, Ruan Y, Bourque G, Sung WK, Clarke ND, Wei CL, Ng HH (июнь 2008 г.). «Интеграция внешних сигнальных путей с основной транскрипционной сетью в эмбриональных стволовых клетках». Cell . 133 (6): 1106–1117. doi : 10.1016/j.cell.2008.04.043 . PMID  18555785. S2CID  1768190.
  112. ^ abc Rinn JL, Kertesz M, Wang JK, Squazzo SL, Xu X, Brugmann SA, Goodnough LH, Helms JA, Farnham PJ, Segal E, Chang HY (июнь 2007 г.). "Функциональная демаркация активных и молчащих доменов хроматина в локусах человеческого HOX с помощью некодирующих РНК". Cell . 129 (7): 1311–1323. doi :10.1016/j.cell.2007.05.022. PMC 2084369 . PMID  17604720. 
  113. ^ ab Sanchez-Elsner T, Gou D, Kremmer E, Sauer F (февраль 2006 г.). «Некодирующие РНК элементов ответа trithorax рекрутируют Drosophila Ash1 в Ultrabithorax». Science . 311 (5764): 1118–1123. Bibcode :2006Sci...311.1118S. doi :10.1126/science.1117705. PMID  16497925. S2CID  16423723.(Отозвано, см. doi :10.1126/science.344.6187.981-a, PMID  24876484, Retraction Watch . Если это преднамеренная ссылка на отозванную статью, замените на . ){{retracted|...}}{{retracted|...|intentional=yes}}
  114. ^ Jia L, Wang Y, Wang C, Du Z, Zhang S, Wen X, Zhang S (2020). «Oplr16 служит новым фактором хроматина для контроля судьбы стволовых клеток путем модуляции специфического для плюрипотентности хромосомного петельчатого образования и опосредованного TET2 деметилирования ДНК». Nucleic Acids Research . 48 (7): 3935–3948. doi :10.1093/nar/gkaa097. PMC 7144914. PMID  32055844.  В данной статье использован текст из этого источника, доступный по лицензии CC BY 4.0.
  115. ^ Mazo A, Hodgson JW, Petruk S, Sedkov Y, Brock HW (август 2007 г.). «Транскрипционная интерференция: неожиданный уровень сложности в регуляции генов». Journal of Cell Science . 120 (Pt 16): 2755–2761. doi :10.1242/jcs.007633. PMID  17690303. S2CID  16059065.
  116. ^ Cerase A, Tartaglia GG (сентябрь 2020 г.). «Длинное некодирующее РНК-поликомбное интимное рандеву». Open Biology . 10 (9): 200126. doi :10.1098/rsob.200126. PMC 7536065 . PMID  32898472. 
  117. ^ Денисенко О., Шнырева М., Сузуки Х., Бомштык К. (октябрь 1998 г.). «Точечные мутации в домене WD40 Eed блокируют его взаимодействие с Ezh2». Молекулярная и клеточная биология . 18 (10): 5634–5642. doi :10.1128/MCB.18.10.5634. PMC 109149. PMID  9742080 . 
  118. ^ Катаяма С, Томару Ю, Касукава Т, Ваки К, Наканиси М, Накамура М, Нисида Х, Яп CC, Сузуки М, Каваи Дж, Сузуки Х, Карнинчи П, Хаяшизаки Ю, Уэллс С, Фрит М, Раваси Т, Панг К.С., Халлинан Дж., Мэттик Дж., Хьюм Д.А., Липович Л., Баталов С., Энгстрём П.Г., Мизуно Ю., Фагихи М.А., Санделин А., Чок А.М., Моттаги-Табар С., Лян З., Ленхард Б., Валестедт С. (сентябрь 2005 г.). «Антисмысловая транскрипция в транскриптоме млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1564–1566. Бибкод : 2005Sci...309.1564R. doi : 10.1126/science.1112009. PMID  16141073. S2CID  34559885.
  119. ^ abc Yu W, Gius D, Onyango P, Muldoon-Jacobs K, Karp J, Feinberg AP, Cui H (январь 2008 г.). «Эпигенетическое подавление гена-супрессора опухолей p15 его антисмысловой РНК». Nature . 451 (7175): 202–206. Bibcode :2008Natur.451..202Y. doi :10.1038/nature06468. PMC 2743558 . PMID  18185590. 
  120. ^ Pauler FM, Koerner MV, Barlow DP (июнь 2007 г.). «Заглушение импринтированными некодирующими РНК: является ли транскрипция ответом?». Trends in Genetics . 23 (6): 284–292. doi :10.1016/j.tig.2007.03.018. PMC 2847181. PMID  17445943 . 
  121. ^ Braidotti G, Baubec T, Pauler F, Seidl C, Smrzka O, Stricker S, Yotova I, Barlow DP (2004). "The Air noncoding RNA: an imprinted cis-silencing transcript". Симпозиумы Cold Spring Harbor по количественной биологии . 69 : 55–66. doi :10.1101/sqb.2004.69.55. PMC 2847179. PMID  16117633 . 
  122. ^ Мицуя К, Мегуро М, Ли МП, Като М, Шульц ТК, Куго Х, Йошида МА, Ниикава Н, Файнберг АП, Ошимура М (июль 1999). "LIT1, импринтированная антисмысловая РНК в локусе KvLQT1 человека, идентифицированная путем скрининга на дифференциально экспрессируемые транскрипты с использованием монохромосомных гибридов". Молекулярная генетика человека . 8 (7): 1209–1217. doi :10.1093/hmg/8.7.1209. PMID  10369866.
  123. ^ Mancini-Dinardo D, Steele SJ, Levorse JM, Ingram RS, Tilghman SM (май 2006 г.). «Удлинение транскрипта Kcnq1ot1 необходимо для геномного импринтинга соседних генов». Genes & Development . 20 (10): 1268–1282. doi :10.1101/gad.1416906. PMC 1472902 . PMID  16702402. 
  124. ^ ab Umlauf D, Goto Y, Cao R, Cerqueira F, Wagschal A, Zhang Y, Feil R (декабрь 2004 г.). «Импринтинг вдоль домена Kcnq1 на мышиной хромосоме 7 включает репрессивное метилирование гистонов и привлечение комплексов группы Polycomb». Nature Genetics . 36 (12): 1296–1300. doi :10.1038/ng1467. PMID  15516932. S2CID  19084498.
  125. ^ Sleutels F, Zwart R, Barlow DP (февраль 2002 г.). «Некодирующая РНК Air необходима для подавления аутосомно-импринтированных генов». Nature . 415 (6873): 810–813. Bibcode :2002Natur.415..810S. doi :10.1038/415810a. PMID  11845212. S2CID  4420245.
  126. ^ Zwart R, Sleutels F, Wutz A, Schinkel AH, Barlow DP (сентябрь 2001 г.). «Двунаправленное действие элемента управления импринтингом Igf2r на восходящие и нисходящие импринтированные гены». Genes & Development . 15 (18): 2361–2366. doi :10.1101/gad.206201. PMC 312779. PMID  11562346 . 
  127. ^ Fournier C, Goto Y, Ballestar E, Delaval K, Hever AM, Esteller M, Feil R (декабрь 2002 г.). «Аллель-специфическое метилирование лизина гистонов маркирует регуляторные области в импринтированных генах мыши». The EMBO Journal . 21 (23): 6560–6570. doi :10.1093/emboj/cdf655. PMC 136958 . PMID  12456662. 
  128. ^ ab Wutz A, Gribnau J (октябрь 2007 г.). "X-инактивация Xplained". Current Opinion in Genetics & Development . 17 (5): 387–393. doi :10.1016/j.gde.2007.08.001. PMID  17869504.
  129. ^ Morey C, Navarro P, Debrand E, Avner P, Rougeulle C, Clerc P (февраль 2004 г.). «Участок 3′ от Xist опосредует подсчет хромосом X и диметилирование H3 Lys-4 в гене Xist». The EMBO Journal . 23 (3): 594–604. doi :10.1038/sj.emboj.7600071. PMC 1271805 . PMID  14749728. 
  130. ^ Costanzi C, Pehrson JR (июнь 1998). «Гистон macroH2A1 концентрируется в неактивной X-хромосоме самок млекопитающих». Nature . 393 (6685): 599–601. Bibcode :1998Natur.393..599C. doi :10.1038/31275. PMID  9634239. S2CID  205001095.
  131. ^ Blasco MA (октябрь 2007 г.). «Длина теломер, стволовые клетки и старение». Nature Chemical Biology . 3 (10): 640–649. doi :10.1038/nchembio.2007.38. PMID  17876321.
  132. ^ ab Schoeftner S, Blasco MA (февраль 2008 г.). «Транскрипция теломер млекопитающих, регулируемая развитием с помощью ДНК-зависимой РНК-полимеразы II». Nature Cell Biology . 10 (2): 228–236. doi :10.1038/ncb1685. PMID  18157120. S2CID  5890629.
  133. ^ ab Azzalin CM, Reichenbach P, Khoriauli L, Giulotto E, Lingner J (ноябрь 2007 г.). «Теломерный повтор, содержащий РНК и факторы наблюдения за РНК на концах хромосом млекопитающих». Science . 318 (5851): 798–801. Bibcode :2007Sci...318..798A. doi : 10.1126/science.1147182 . PMID  17916692. S2CID  20693275.
  134. ^ Donley N, Stoffregen EP, Smith L, Montagna C, Thayer MJ (апрель 2013 г.). Bartolomei MS (ред.). «Асинхронная репликация, моноаллельная экспрессия и дальние цис-эффекты ASAR6». PLOS Genetics . 9 (4): e1003423. doi : 10.1371/journal.pgen.1003423 . PMC 3617217 . PMID  23593023. 
  135. ^ Donley N, Smith L, Thayer MJ (январь 2015 г.). Bartolomei MS (ред.). "ASAR15, цис-действующий локус, который контролирует время репликации на уровне хромосомы и стабильность человеческой хромосомы 15". PLOS Genetics . 11 (1): e1004923. doi : 10.1371/journal.pgen.1004923 . PMC 4287527 . PMID  25569254. 
  136. ^ Heskett MB, Smith LG, Spellman P, Thayer MJ (июнь 2020 г.). «Взаимная моноаллельная экспрессия генов ASAR lncRNA контролирует время репликации человеческой хромосомы 6». РНК . 26 (6): 724–738. doi : 10.1261/rna.073114.119 . PMC 7266157. PMID  32144193 . 
  137. ^ Мурашко ММ, Стасевич ЕМ, Шварц АМ, Купраш ДВ, Уварова АН, Демин ДЭ (апрель 2021 г.). Blanco FJ (ред.). "Роль РНК в разрывах ДНК, репарации и хромосомных перестройках". Biomolecules . 11 (4): 550. doi : 10.3390/biom11040550 . PMC 8069526 . PMID  33918762. 
  138. ^ Ma L, Cao J, Liu L, Du Q, Li Z, Zou D, Bajic VB и Zhang Z (январь 2019 г.). «LncBook: кураторская база знаний о длинных некодирующих РНК человека». Nucleic Acids Research . 47 (выпуск базы данных): D128–D134. doi : 10.1093/nar/gky960. PMC 6323930. PMID  30329098 . 
  139. ^ Lukiw WJ, Handley P, Wong L, Crapper McLachlan DR (июнь 1992 г.). «РНК BC200 в нормальном человеческом неокортексе, не-Альцгеймеровской деменции (NAD) и сенильной деменции альцгеймеровского типа (AD)». Neurochemical Research . 17 (6): 591–597. doi :10.1007/bf00968788. PMID  1603265. S2CID  39305428.
  140. ^ Watson JB, Sutcliffe JG (сентябрь 1987 г.). «Цитоплазматический транскрипт семейства повторов Alu, специфичный для мозга приматов». Молекулярная и клеточная биология . 7 (9): 3324–3327. doi :10.1128/MCB.7.9.3324. PMC 367971. PMID  2444875 . 
  141. ^ ab Fu X, Ravindranath L, Tran N, Petrovics G, Srivastava S (март 2006 г.). «Регуляция апоптоза некодирующим геном, специфичным для простаты и ассоциированным с раком простаты, PCGEM1». DNA and Cell Biology . 25 (3): 135–141. doi :10.1089/dna.2006.25.135. PMID  16569192.
  142. ^ Bardhan A, Banerjee A, Basu K, Pal DK, Ghosh A (январь 2022 г.). «PRNCR1: длинная некодирующая РНК с ключевой онкогенной ролью при раке». Генетика человека . 141 (1): 15–29. doi :10.1007/s00439-021-02396-8. PMC 8561087. PMID  34727260 . 
  143. ^ Vausort M, Wagner DR, Devaux Y (сентябрь 2014 г.). «Длинные некодирующие РНК у пациентов с острым инфарктом миокарда». Circulation Research . 115 (7): 668–677. doi :10.1161/CIRCRESAHA.115.303836. PMID  25035150. S2CID  26576988.
  144. ^ Boeckel JN, Perret MF, Glaser SF, Seeger T, Heumüller AW, Chen W и др. (январь 2019 г.). «Идентификация и регуляция длинной некодирующей РНК Heat2 при сердечной недостаточности». Журнал молекулярной и клеточной кардиологии . 126 : 13–22. doi : 10.1016/j.yjmcc.2018.11.004. PMID  30445017. S2CID  53569324.
  145. ^ Lin R, Maeda S, Liu C, Karin M, Edgington TS (февраль 2007 г.). «Большая некодирующая РНК является маркером гепатоцеллюлярных карцином у мышей и спектра карцином у человека». Oncogene . 26 (6): 851–858. doi :10.1038/sj.onc.1209846. PMID  16878148. S2CID  9657308.
  146. ^ Рейс Э.М., Накая Х.И., Луро Р., Канавес ФК, Флэтшарт А.В., Алмейда Г.Т., Эджидио СМ, Пакуола АК, Мачадо А.А., Феста Ф, Ямамото Д., Альваренга Р., да Силва CC, Бриту GC, Симон С.Д., Морейра-Фильо К.А., Лейте К.Р., Камара-Лопес Л.Х., Кампос Ф.С., Гимба Э., Виньял Г.М., Эль-Дорри Х., Согаяр М.К., Барчински М.А., да Силва А.М., Верёвски-Алмейда С. (август 2004 г.). «Уровни антисмысловой интронной некодирующей РНК коррелируют со степенью дифференцировки опухоли при раке простаты». Онкоген . 23 (39): 6684–6692. дои : 10.1038/sj.onc.1207880. PMID  15221013. S2CID  260632006.
  147. ^ Eis PS, Tam W, Sun L, Chadburn A, Li Z, Gomez MF, Lund E, Dahlberg JE (март 2005 г.). «Накопление miR-155 и BIC РНК в человеческих В-клеточных лимфомах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (10): 3627–3632. Bibcode : 2005PNAS..102.3627E. doi : 10.1073/pnas.0500613102 . PMC 552785. PMID  15738415 . 
  148. ^ Li J, Witte DP, Van Dyke T, Askew DS (апрель 1997 г.). «Экспрессия предполагаемого протоонкогена His-1 в нормальных и опухолевых тканях». The American Journal of Pathology . 150 (4): 1297–1305. PMC 1858164. PMID  9094986 . 
  149. ^ Сонколи Э, Бата-Чорго З, Пиварчи А, Полянка Х, Кендересси-Сабо А, Мольнар Г, Сентпали К, Бари Л, Медьери К, Манди Ю, Добози А, Кемени Л, Селл М (июнь 2005 г.). «Идентификация и характеристика нового некодирующего РНК-гена, связанного с предрасположенностью к псориазу, PRINS» (PDF) . Журнал биологической химии . 280 (25): 24159–24167. дои : 10.1074/jbc.M501704200 . ПМИД  15855153.
  150. ^ Исии Н., Одзаки К., Сато Х., Мизуно Х., Сайто С., Такахаши А., Миямото Ю., Икегава С., Каматани Н., Хори М., Сайто С., Накамура Ю., Танака Т. (2006). «Идентификация новой некодирующей РНК, МИАТ, которая повышает риск инфаркта миокарда». Журнал генетики человека . 51 (12): 1087–1099. дои : 10.1007/s10038-006-0070-9 . ПМИД  17066261.
  151. ^ Макферсон Р., Перцемлидис А., Каваслар Н., Стюарт А., Робертс Р., Кокс Д.Р., Хиндс Д.А., Пеннаккио Л.А., Тибьерг-Хансен А., Фолсом А.Р., Бурвинкл Е., Хоббс Х.Х., Коэн Дж.К. (июнь 2007 г.). «Общий аллель на хромосоме 9, связанный с ишемической болезнью сердца». Наука . 316 (5830): 1488–1491. Бибкод : 2007Sci...316.1488M. дои : 10.1126/science.1142447. ПМК 2711874 . ПМИД  17478681. 
  152. ^ Pasmant E, Laurendeau I, Héron D, Vidaud M, Vidaud D, Bièche I (апрель 2007 г.). «Характеристика делеции зародышевой линии, включая весь локус INK4/ARF, в семействе опухолей меланомы и нервной системы: идентификация ANRIL, антисмысловой некодирующей РНК, экспрессия которой совпадает с ARF». Cancer Research . 67 (8): 3963–3969. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-06-2004 . PMID  17440112.
  153. ^ Broadbent HM, Peden JF, Lorkowski S, Goel A, Ongen H, Green F, Clarke R, Collins R, Franzosi MG, Tognoni G, Seedorf U, Rust S, Eriksson P, Hamsten A, Farrall M, Watkins H (март 2008 г.). «Восприимчивость к ишемической болезни сердца и диабету кодируется отдельными, тесно связанными однонуклеотидными полиморфизмами в локусе ANRIL на хромосоме 9p». Human Molecular Genetics . 17 (6): 806–814. doi : 10.1093/hmg/ddm352 . PMID  18048406.
  154. ^ ab Jarinova O, Stewart AF, Roberts R, Wells G, Lau P, Naing T, Buerki C, McLean BW, Cook RC, Parker JS, McPherson R (октябрь 2009 г.). «Функциональный анализ локуса риска ишемической болезни сердца на хромосоме 9p21.3». Артериосклероз, тромбоз и сосудистая биология . 29 (10): 1671–1677. doi : 10.1161/ATVBAHA.109.189522 . PMID  19592466.
  155. ^ Liu Y, Sanoff HK, Cho H, Burd CE, Torrice C, Mohlke KL, Ibrahim JG, Thomas NE, Sharpless NE (апрель 2009 г.). "Экспрессия транскрипта INK4/ARF связана с вариантами хромосомы 9p21, связанными с атеросклерозом". PLOS ONE . ​​4 (4): e5027. Bibcode :2009PLoSO...4.5027L. doi : 10.1371/journal.pone.0005027 . PMC 2660422 . PMID  19343170. 
  156. ^ Liu Y, Sanoff HK, Cho H, Burd CE, Torrice C, Mohlke KL, Ibrahim JG, Thomas NE, Sharpless NE (апрель 2024 г.). «Отдельные транскриптомы внеклеточных везикул плазмы при подтипах острой декомпенсированной сердечной недостаточности: подход с использованием жидкой биопсии». Circulation . 149 (14): 1147–1149. doi :10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065513. PMC  10987042. PMID  38557125.
  157. ^ Ширасава С, Харада Х, Фуругаки К, Акамидзу Т, Исикава Н, Ито К, Ито К, Тамаи Х, Кума К, Кубота С, Хиратани Х, Цучия Т, Баба I, Исикава М, Танака М, Сакаи К, Аоки М., Ямамото К., Сасадзуки Т. (октябрь 2004 г.). «SNP в промоторе антисмыслового транскрипта, специфичного для B-клеток, SAS-ZFAT, определяют предрасположенность к аутоиммунному заболеванию щитовидной железы». Молекулярная генетика человека . 13 (19): 2221–2231. дои : 10.1093/hmg/ddh245. ПМИД  15294872.
  158. ^ Faghihi MA, Modarresi F, Khalil AM, Wood DE, Sahagan BG, Morgan TE, Finch CE, St Laurent G, Kenny PJ, Wahlestedt C (июль 2008 г.). «Экспрессия некодирующей РНК повышается при болезни Альцгеймера и приводит к быстрой прямой регуляции бета-секретазы». Nature Medicine . 14 (7): 723–730. doi :10.1038/nm1784. PMC 2826895 . PMID  18587408. 
  159. ^ Tufarelli C, Stanley JA, Garrick D, Sharpe JA, Ayyub H, Wood WG, Higgs DR (июнь 2003 г.). «Транскрипция антисмысловой РНК, ведущая к подавлению генов и метилированию как новая причина генетических заболеваний человека». Nature Genetics . 34 (2): 157–165. doi :10.1038/ng1157. PMID  12730694. S2CID  7226446.
  160. ^ de Lima DS, Cardozo LE, Maracaja-Coutinho V, Suhrbier A, Mane K, Jeffries D и др. (август 2019 г.). «Длинные некодирующие РНК участвуют в нескольких иммунологических путях в ответ на вакцинацию». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 116 (34): 17121–17126. Bibcode : 2019PNAS..11617121D. doi : 10.1073/pnas.1822046116 . PMC 6708379. PMID  31399544 .