stringtranslate.com

Система реакция-диффузия

Моделирование двух виртуальных химических веществ, реагирующих и диффундирующих на торе с использованием модели Грея–Скотта

Системы реакция-диффузия — это математические модели, которые соответствуют нескольким физическим явлениям. Наиболее распространенным является изменение в пространстве и времени концентрации одного или нескольких химических веществ: локальные химические реакции , в которых вещества преобразуются друг в друга, и диффузия , которая заставляет вещества распространяться по поверхности в пространстве.

Системы реакции-диффузии естественным образом применяются в химии . Однако система может также описывать динамические процессы нехимической природы. Примеры можно найти в биологии , геологии и физике (теория диффузии нейтронов) и экологии . Математически системы реакции-диффузии принимают форму полулинейных параболических уравнений в частных производных . Их можно представить в общем виде

где q ( x , t ) представляет собой неизвестную векторную функцию, Dдиагональная матрица коэффициентов диффузии , а R учитывает все локальные реакции. Решения уравнений реакции-диффузии демонстрируют широкий спектр поведения, включая образование бегущих волн и волнообразных явлений, а также других самоорганизованных узоров , таких как полосы, шестиугольники или более сложные структуры, такие как диссипативные солитоны . Такие узоры были названы « узорами Тьюринга ». [1] Каждая функция, для которой справедливо дифференциальное уравнение реакции-диффузии, фактически представляет собой переменную концентрации .

Однокомпонентные уравнения реакции-диффузии

Простейшее уравнение реакции-диффузии имеет одно пространственное измерение в плоской геометрии:

также называется уравнением Колмогорова–Петровского–Пискунова . [2] Если член реакции равен нулю, то уравнение представляет собой чистый диффузионный процесс. Соответствующее уравнение — второй закон Фика . Выбор R ( u ) = u (1− u ) приводит к уравнению Фишера , которое изначально использовалось для описания распространения биологических популяций , [3] уравнению Ньюэлла–Уайтхеда–Сегеля с R ( u ) = u (1− u2 ) для описания конвекции Рэлея–Бенара , [4] [5] более общему уравнению Зельдовича–Франка–Каменецкого с R ( u ) = u (1− u )e - β (1- u ) и 0 < β < ( число Зельдовича ) , которое возникает в теории горения , [6] и его частному вырожденному случаю с R ( u ) = u2u3 , который иногда также называют уравнением Зельдовича. [7]

Динамика однокомпонентных систем имеет определенные ограничения, поскольку уравнение эволюции можно записать и в вариационной форме

и, следовательно, описывает постоянное уменьшение «свободной энергии», заданной функционалом

с потенциалом V ( u ) таким, что R ( u ) = д В ( у )/ты ? .

Решение уравнения Фишера методом бегущей волны.

В системах с более чем одним стационарным однородным решением типичное решение дается движущимися фронтами, соединяющими однородные состояния. Эти решения движутся с постоянной скоростью, не меняя своей формы, и имеют вид u ( x , t ) = û ( ξ ) с ξ = xct , где c — скорость движущейся волны. Обратите внимание, что в то время как движущиеся волны являются в общем устойчивыми структурами, все немонотонные стационарные решения (например, локализованные области, состоящие из пары фронт-антифрон) неустойчивы. Для c = 0 существует простое доказательство этого утверждения: [8] если u 0 ( x ) — стационарное решение, а u = u 0 ( x ) + ũ ( x , t ) — бесконечно мало возмущенное решение, линейный анализ устойчивости дает уравнение

С помощью анзаца ũ = ψ ( x )exp(− λt ) приходим к задаче на собственные значения

типа Шредингера , где отрицательные собственные значения приводят к неустойчивости решения. Вследствие трансляционной инвариантности ψ = ∂ x u 0 ( x ) является нейтральной собственной функцией с собственным значением λ = 0 , а все остальные собственные функции можно отсортировать по возрастающему числу узлов, причем величина соответствующего действительного собственного значения монотонно увеличивается с числом нулей. Собственная функция ψ = ∂ x u 0 ( x ) должна иметь по крайней мере один нуль, а для немонотонного стационарного решения соответствующее собственное значение λ = 0 не может быть наименьшим, что подразумевает неустойчивость.

Чтобы определить скорость c движущегося фронта, можно перейти в движущуюся систему координат и рассмотреть стационарные решения:

Это уравнение имеет хороший механический аналог в виде движения массы D с положением û в течение «времени» ξ под действием силы R с коэффициентом затухания c, что позволяет получить довольно наглядный доступ к построению различных типов решений и определению c .

При переходе от одного к большему количеству пространственных измерений ряд утверждений из одномерных систем все еще могут быть применены. Плоские или изогнутые волновые фронты являются типичными структурами, и новый эффект возникает, когда локальная скорость изогнутого фронта становится зависимой от локального радиуса кривизны (это можно увидеть, перейдя к полярным координатам ). Это явление приводит к так называемой неустойчивости, вызванной кривизной. [9]

Двухкомпонентные уравнения реакции-диффузии

Двухкомпонентные системы допускают гораздо больший диапазон возможных явлений, чем их однокомпонентные аналоги. Важная идея, впервые предложенная Аланом Тьюрингом, заключается в том, что состояние, которое является стабильным в локальной системе, может стать нестабильным при наличии диффузии . [ 10]

Однако линейный анализ устойчивости показывает, что при линеаризации общей двухкомпонентной системы

возмущение плоской волны

стационарного однородного раствора будет удовлетворять

Идея Тьюринга может быть реализована только в четырех классах эквивалентности систем, характеризуемых знаками якобиана R функции реакции. В частности, если предполагается, что конечный волновой вектор k является наиболее нестабильным, якобиан должен иметь знаки

Этот класс систем назван системой активатор-ингибитор по имени ее первого представителя: близко к основному состоянию, один компонент стимулирует производство обоих компонентов, а другой подавляет их рост. Его наиболее ярким представителем является уравнение Фицхью–Нагумо

с f  ( u ) = λuu 3κ , что описывает, как потенциал действия распространяется по нерву. [11] [12] Здесь d u , d v , τ , σ и λ — положительные константы.

Когда система активатор-ингибитор претерпевает изменение параметров, можно перейти от условий, при которых однородное основное состояние устойчиво, к условиям, при которых оно линейно неустойчиво. Соответствующая бифуркация может быть либо бифуркацией Хопфа в глобально осциллирующее однородное состояние с доминирующим волновым числом k = 0 , либо бифуркацией Тьюринга в глобально структурированное состояние с доминирующим конечным волновым числом. Последнее в двух пространственных измерениях обычно приводит к полосовым или гексагональным узорам.

Для примера Фицхью–Нагумо нейтральные кривые устойчивости, отмечающие границу линейно устойчивой области для бифуркации Тьюринга и Хопфа, задаются выражением

Если бифуркация является субкритической, часто локализованные структуры ( диссипативные солитоны ) можно наблюдать в гистерезисной области, где паттерн сосуществует с основным состоянием. Другие часто встречающиеся структуры включают импульсные последовательности (также известные как периодические бегущие волны ), спиральные волны и целевые паттерны. Эти три типа решений также являются общими чертами двух- (или более-) компонентных уравнений реакции-диффузии, в которых локальная динамика имеет устойчивый предельный цикл [13]

Уравнения реакции-диффузии с тремя и более компонентами

Для различных систем были предложены уравнения реакции-диффузии с более чем двумя компонентами, например, реакция Белоусова-Жаботинского [14] для свертывания крови [ 15] волн деления [16] или плоских газоразрядных систем. [17]

Известно, что системы с большим количеством компонентов допускают множество явлений, невозможных в системах с одним или двумя компонентами (например, устойчивые бегущие импульсы в более чем одном пространственном измерении без глобальной обратной связи). [18] Введение и систематический обзор возможных явлений в зависимости от свойств базовой системы даются в. [19]

Применения и универсальность

В последнее время системы реакции-диффузии привлекли большой интерес в качестве прототипной модели для формирования паттернов . [20] Вышеупомянутые паттерны (фронты, спирали, мишени, шестиугольники, полосы и диссипативные солитоны) можно найти в различных типах систем реакции-диффузии, несмотря на большие расхождения, например, в локальных терминах реакции. Также утверждалось, что процессы реакции-диффузии являются существенной основой для процессов, связанных с морфогенезом в биологии [21] [22] и могут даже быть связаны с шерстью животных и пигментацией кожи. [23] [24] Другие приложения уравнений реакции-диффузии включают экологические вторжения, [25] распространение эпидемий, [26] рост опухолей, [27] [28] [29] динамику волн деления, [30] заживление ран [31] и зрительные галлюцинации. [32] Другая причина интереса к системам реакции-диффузии заключается в том, что, хотя они и являются нелинейными уравнениями в частных производных, часто существуют возможности для аналитического рассмотрения. [8] [9] [33] [34] [35] [20]

Эксперименты

Хорошо контролируемые эксперименты в системах химической реакции-диффузии до сих пор были реализованы тремя способами. Во-первых, могут быть использованы гелевые реакторы [36] или заполненные капиллярные трубки [37] . Во-вторых, были исследованы температурные импульсы на каталитических поверхностях . [38] [39] В-третьих, распространение бегущих нервных импульсов моделируется с использованием систем реакции-диффузии. [11] [40]

Помимо этих общих примеров, оказалось, что при соответствующих обстоятельствах электрические транспортные системы, такие как плазма [41] или полупроводники [42], могут быть описаны в подходе реакции-диффузии. Для этих систем были проведены различные эксперименты по формированию паттернов.

Численные методы лечения

Система реакции-диффузии может быть решена с помощью методов численной математики . В исследовательской литературе существует несколько численных методов решения. [43] [20] [44] Также для сложных геометрий предлагаются методы численного решения. [45] [46] Для наивысшей степени детализации системы реакции-диффузии описываются с помощью инструментов моделирования на основе частиц, таких как SRSim или ReaDDy [47] , которые используют, например, обратимую динамику реакции взаимодействующих частиц. [48]

Смотрите также

Примеры

Ссылки

  1. ^ Wooley, TE, Baker, RE , Maini, PK , Глава 34, Теория морфогенеза Тьюринга . В Copeland, B. Jack ; Bowen, Jonathan P.; Wilson , Robin ; Sprevak, Mark (2017). The Turing Guide . Oxford University Press . ISBN 978-0198747826.
  2. ^ Колмогоров, А., Петровский, И. и Пискунов, Н. (1937) Исследование уравнения диффузии, связанного с ростом качества материи, и его применение к биологической задаче. Вестник Московского университета по математике, 1, 1-26.
  3. ^ Р. А. Фишер, Энн. Евг. 7 (1937): 355
  4. ^ Newell, Alan C.; Whitehead, JA (3 сентября 1969 г.). «Конечная полоса пропускания, конвекция с конечной амплитудой». Journal of Fluid Mechanics . 38 (2). Cambridge University Press (CUP): 279–303. Bibcode : 1969JFM....38..279N. doi : 10.1017/s0022112069000176. ISSN  0022-1120. S2CID  73620481.
  5. ^ Segel, Lee A. (14 августа 1969 г.). «Отдалённые боковые стенки вызывают медленную амплитудную модуляцию ячеичной конвекции». Journal of Fluid Mechanics . 38 (1). Cambridge University Press (CUP): 203–224. Bibcode : 1969JFM....38..203S. doi : 10.1017/s0022112069000127. ISSN  0022-1120. S2CID  122764449.
  6. ^ Я. Б. Зельдович и Д. А. Франк-Каменецкий, Acta Physicochim. 9 (1938): 341
  7. ^ BH Gilding и R. Kersner, Бегущие волны в нелинейной диффузионно-конвективной реакции, Birkhäuser (2004)
  8. ^ ab PC Fife, Математические аспекты реагирующих и диффузионных систем, Springer (1979)
  9. ^ ab А.С. Михайлов, Основы синергетики I. Распределенные активные системы, Springer (1990)
  10. Turing, AM (14 августа 1952 г.). «Химическая основа морфогенеза». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences . 237 (641). The Royal Society: 37–72. Bibcode : 1952RSPTB.237...37T. doi : 10.1098/rstb.1952.0012 . ISSN  2054-0280.
  11. ^ ab FitzHugh, Richard (1961). «Импульсы и физиологические состояния в теоретических моделях нервной мембраны». Biophysical Journal . 1 (6). Elsevier BV: 445–466. Bibcode : 1961BpJ.....1..445F. doi : 10.1016/s0006-3495(61)86902-6 . ISSN  0006-3495. PMC 1366333. PMID  19431309 . 
  12. ^ Дж. Нагумо и др., Proc. Инст. Радио Энгин. Электр. 50 (1962): 2061
  13. ^ Копелл, Н.; Ховард, Л. Н. (1973). «Плоские волновые решения уравнений реакции-диффузии». Исследования по прикладной математике . 52 (4). Wiley: 291–328. doi :10.1002/sapm1973524291. ISSN  0022-2526.
  14. ^ Ванаг, Владимир К.; Эпштейн, Ирвинг Р. (24 марта 2004 г.). "Стационарные и колебательные локализованные модели и докритические бифуркации". Physical Review Letters . 92 (12). Американское физическое общество (APS): 128301. Bibcode : 2004PhRvL..92l8301V. doi : 10.1103/physrevlett.92.128301. ISSN  0031-9007. PMID  15089714.
  15. ^ Лобанова, ES; Атауллаханов, FI (26 августа 2004 г.). «Бегущие импульсы сложной формы в модели реакции-диффузии». Physical Review Letters . 93 (9). Американское физическое общество (APS): 098303. Bibcode : 2004PhRvL..93i8303L. doi : 10.1103/physrevlett.93.098303. ISSN  0031-9007. PMID  15447151.
  16. ^ Osborne, AG; Recktenwald, GD; Deinert, MR (июнь 2012 г.). «Распространение одиночной волны деления». Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science . 22 (2): 023148. Bibcode : 2012Chaos..22b3148O. doi : 10.1063/1.4729927. hdl : 2152/43281 . ISSN  1054-1500. PMID  22757555.
  17. ^ Х.-Г. Пурвинс и др. в: Диссипативные солитоны, Конспект лекций по физике, под ред. Н. Ахмедиева и А. Анкевича, Springer (2005)
  18. ^ Шенк, CP; Ор-Гил, M.; Боде, M.; Пурвинс, H.-G. (12 мая 1997 г.). «Взаимодействующие импульсы в трехкомпонентных системах реакции-диффузии в двумерных доменах». Physical Review Letters . 78 (19). Американское физическое общество (APS): 3781–3784. Bibcode : 1997PhRvL..78.3781S. doi : 10.1103/physrevlett.78.3781. ISSN  0031-9007.
  19. ^ AW Liehr: Диссипативные солитоны в системах реакции-диффузии. Механизм, динамика, взаимодействие. Том 70 серии Springer по синергетике, Springer, Берлин-Гейдельберг 2013, ISBN 978-3-642-31250-2 
  20. ^ abc Gupta, Ankur; Chakraborty, Saikat (январь 2009 г.). «Анализ линейной устойчивости моделей высокой и низкой размерности для описания образования структур, ограниченных смешиванием, в гомогенных автокаталитических реакторах». Chemical Engineering Journal . 145 (3): 399–411. doi :10.1016/j.cej.2008.08.025. ISSN  1385-8947.
  21. ^ LG Harrison, Кинетическая теория жизненного паттерна, Cambridge University Press (1993)
  22. ^ Дюран-Небреда, Сальва; Пла, Джорди; Видиелла, Блай; Пиньеро, Хорди; Конде-Пуэйо, Нурия; Соле, Рикар (15 января 2021 г.). «Синтетическое латеральное ингибирование периодического паттерна формирования микробных колоний». ACS Синтетическая биология . 10 (2): 277–285. doi : 10.1021/acsynbio.0c00318. ISSN  2161-5063. ПМЦ 8486170 . ПМИД  33449631. 
  23. ^ Х. Мейнхардт, Модели формирования биологических паттернов, Academic Press (1982)
  24. ^ Мюррей, Джеймс Д. (9 марта 2013 г.). Математическая биология. Springer Science & Business Media. стр. 436–450. ISBN 978-3-662-08539-4.
  25. ^ Холмс, EE; Льюис, MA; Бэнкс, JE; Вайт, RR (1994). «Уравнения с частными производными в экологии: пространственные взаимодействия и динамика популяций». Экология . 75 (1). Wiley: 17–29. doi :10.2307/1939378. ISSN  0012-9658. JSTOR  1939378. S2CID  85421773.
  26. ^ Мюррей, Джеймс Д.; Стэнли, EA; Браун, DL (22 ноября 1986 г.). «О пространственном распространении бешенства среди лис». Труды Лондонского королевского общества. Серия B. Биологические науки . 229 (1255). Королевское общество: 111–150. Bibcode : 1986RSPSB.229..111M. doi : 10.1098/rspb.1986.0078. ISSN  2053-9193. PMID  2880348. S2CID  129301761.
  27. ^ Chaplain, MAJ (1995). «Предварительное формирование реакции–диффузии и его потенциальная роль в инвазии опухолей». Журнал биологических систем . 03 (4). World Scientific Pub Co Pte Lt: 929–936. doi :10.1142/s0218339095000824. ISSN  0218-3390.
  28. ^ Sherratt, JA; Nowak, MA (22 июня 1992 г.). «Онкогены, антионкогены и иммунный ответ на рак: математическая модель». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 248 (1323). Королевское общество: 261–271. doi :10.1098/rspb.1992.0071. ISSN  0962-8452. PMID  1354364. S2CID  11967813.
  29. ^ RA Gatenby и ET Gawlinski, Cancer Res. 56 (1996): 5745
  30. ^ Осборн, Эндрю Г.; Дейнерт, Марк Р. (октябрь 2021 г.). «Устойчивость, нестабильность и бифуркация Хопфа в волнах деления». Cell Reports Physical Science . 2 (10): 100588. Bibcode : 2021CRPS....200588O. doi : 10.1016/j.xcrp.2021.100588 . S2CID  240589650.
  31. ^ Sherratt, JA; Murray, JD (23 июля 1990 г.). «Модели заживления эпидермальных ран». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 241 (1300). Королевское общество: 29–36. doi :10.1098/rspb.1990.0061. ISSN  0962-8452. PMID  1978332. S2CID  20717487.
  32. ^ «Математическая теория, объясняющая, почему люди галлюцинируют». 30 июля 2018 г.
  33. ^ П. Гриндрод, Модели и волны: теория и применение уравнений реакции-диффузии, Clarendon Press (1991)
  34. ^ Дж. Смоллер, Ударные волны и уравнения реакции диффузии, Springer (1994)
  35. ^ Б. С. Кернер и В. В. Осипов, Автосолитоны. Новый подход к проблемам самоорганизации и турбулентности, Kluwer Academic Publishers (1994)
  36. ^ Ли, Кён-Джин; Маккормик, Уильям Д.; Пирсон, Джон Э.; Суинни, Гарри Л. (1994). «Экспериментальное наблюдение самовоспроизводящихся пятен в реакционно-диффузионной системе». Nature . 369 (6477). Springer Nature: 215–218. Bibcode :1994Natur.369..215L. doi :10.1038/369215a0. ISSN  0028-0836. S2CID  4257570.
  37. ^ Hamik, Chad T; Steinbock, Oliver (6 июня 2003 г.). "Волны возбуждения в реакционно-диффузионных средах с немонотонными дисперсионными соотношениями". New Journal of Physics . 5 (1). IOP Publishing: 58. Bibcode : 2003NJPh....5...58H. doi : 10.1088/1367-2630/5/1/358 . ISSN  1367-2630.
  38. ^ Ротермунд, ХХ; Якубит, С.; фон Эртцен, А.; Эртль, Г. (10 июня 1991 г.). «Солитоны в поверхностной реакции». Physical Review Letters . 66 (23). Американское физическое общество (APS): 3083–3086. Bibcode :1991PhRvL..66.3083R. doi :10.1103/physrevlett.66.3083. ISSN  0031-9007. PMID  10043694.
  39. ^ Грэм, Майкл Д.; Лейн, Сэмюэл Л.; Ласс, Дэн (1993). «Динамика температурного импульса на каталитическом кольце». Журнал физической химии . 97 (29). Американское химическое общество (ACS): 7564–7571. doi :10.1021/j100131a028. ISSN  0022-3654.
  40. ^ Hodgkin, AL; Huxley, AF (28 августа 1952 г.). «Количественное описание мембранного тока и его применение к проводимости и возбуждению в нерве». The Journal of Physiology . 117 (4). Wiley: 500–544. doi : 10.1113/jphysiol.1952.sp004764 . ISSN  0022-3751. PMC 1392413. PMID  12991237 . 
  41. ^ Боде, М.; Пурвинс, Х.-Г. (1995). «Формирование паттернов в системах реакции-диффузии — диссипативные солитоны в физических системах». Physica D: Nonlinear Phenomena . 86 (1–2). Elsevier BV: 53–63. Bibcode : 1995PhyD...86...53B. doi : 10.1016/0167-2789(95)00087-k. ISSN  0167-2789.
  42. ^ Э. Шёлль, Нелинейная пространственно-временная динамика и хаос в полупроводниках, Cambridge University Press (2001)
  43. ^ S.Tang et al., J.Austral.Math.Soc. Сер.Б 35 (1993): 223–243.
  44. ^ GollyGang/ready, GollyGang, 20 августа 2024 г. , получено 4 сентября 2024 г.
  45. ^ Айзексон, Сэмюэл А.; Пескин, Чарльз С. (2006). «Включение диффузии в сложных геометриях в моделирование стохастической химической кинетики». SIAM J. Sci. Comput . 28 (1): 47–74. Bibcode :2006SJSC...28...47I. CiteSeerX 10.1.1.105.2369 . doi :10.1137/040605060. 
  46. ^ Линкер, Патрик (2016). «Численные методы решения уравнения реактивной диффузии в сложных геометриях». The Winnower .
  47. ^ Шёнеберг, Йоханнес; Ульрих, Александр; Ноэ, Франк (24 октября 2014 г.). «Инструменты моделирования для динамики реакции-диффузии на основе частиц в непрерывном пространстве». BMC Biophysics . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s13628-014-0011-5 . ISSN  2046-1682. PMC 4347613 . PMID  25737778. 
  48. ^ Фрёнер, Кристоф и Франк Ноэ. «Динамика обратимой реакции взаимодействующих частиц». Журнал физической химии B 122.49 (2018): 11240-11250.

Внешние ссылки