stringtranslate.com

Микробиом человека

Графика, изображающая микробиоту кожи человека с относительной распространенностью различных классов бактерий.

Микробиом человека представляет собой совокупность всей микробиоты , которая находится на или внутри тканей и биологических жидкостей человека , а также соответствующих анатомических участков, в которых они находятся, [1] включая кожу, молочные железы, семенную жидкость, матку, фолликулы яичников, легкие, слюну. , слизистая оболочка полости рта , конъюнктива , желчевыводящие пути и желудочно-кишечный тракт . Типы микробиоты человека включают бактерии , археи , грибы , протисты и вирусы . Хотя микроживотные также могут жить на теле человека, они обычно исключаются из этого определения. В контексте геномики термин « микробиом человека» иногда используется для обозначения коллективных геномов резидентных микроорганизмов; [2] однако термин «метагеном человека» имеет то же значение. [1]

В организме человека обитает множество микроорганизмов, число нечеловеческих клеток примерно того же порядка, что и человеческие клетки. [3] Некоторые микроорганизмы, которые переносят люди, являются комменсалами , то есть они сосуществуют, не причиняя вреда человеку; у других есть мутуалистические отношения со своими человеческими хозяевами. [2] : 700  [4] И наоборот, некоторые непатогенные микроорганизмы могут нанести вред человеку через метаболиты, которые они производят, например, триметиламин , который организм человека преобразует в N-оксид триметиламина посредством FMO3 -опосредованного окисления. [5] [6] Определенные микроорганизмы выполняют задачи, которые, как известно, полезны для человека-хозяина, но роль большинства из них недостаточно изучена. Те, которые, как ожидается, присутствуют и которые при нормальных обстоятельствах не вызывают заболевания, иногда считаются нормальной флорой или нормальной микробиотой . [2]

В раннем возрасте формирование разнообразной и сбалансированной микробиоты человека играет решающую роль в формировании долгосрочного здоровья человека. [7] Исследования показали, что на состав микробиоты кишечника в младенчестве влияют различные факторы, включая способ родоразрешения, грудное вскармливание и воздействие факторов окружающей среды. [8] В грудном молоке присутствует несколько полезных видов бактерий и потенциальных пробиотиков . [9] Исследования выявили благотворное влияние здоровой микробиоты в раннем возрасте, такое как содействие развитию иммунной системы, регуляция обмена веществ и защита от патогенных микроорганизмов. [10] Понимание сложного взаимодействия между микробиотой человека и здоровьем в раннем возрасте имеет решающее значение для разработки мер и стратегий, направленных на поддержку оптимального развития микробиоты и улучшение общих показателей здоровья людей. [11]

Проект «Микробиом человека» (HMP) взялся за проект секвенирования генома микробиоты человека, уделяя особое внимание микробиоте, которая обычно населяет кожу, рот, нос, пищеварительный тракт и влагалище. [2] Важным событием стало 2012 год, когда были опубликованы первые результаты. [12]

Терминология

Хотя слово «корневая флора» широко известно как «флора» или «микрофлора» , это неправильное название с технической точки зрения, поскольку слово «корневая флора» относится к растениям, а « биота» относится к общей совокупности организмов в конкретной экосистеме. В последнее время применяется более подходящий термин «микробиота» , хотя его использование не затмило укоренившееся использование и признание флоры в отношении бактерий и других микроорганизмов. Оба термина используются в различной литературе. [4]

Относительные цифры

По оценкам, количество бактериальных клеток в среднем 70-килограммовом человеке мужского пола составляет около 38 триллионов, а количество человеческих клеток оценивается примерно в 30 триллионов. [13] Число бактериальных генов (при условии, что в кишечнике обитает 1000 видов бактерий и по 2000 генов на вид) оценивается в 2 000 000 генов, что в 100 раз превышает количество примерно 20 000 человеческих генов. [14] [15] [3] [16] [17]

Изучать

Блок-схема, показывающая, как изучается микробиом человека на уровне ДНК.

Проблема выяснения микробиома человека заключается, по сути, в идентификации членов микробного сообщества, в которое входят бактерии, эукариоты и вирусы. [18] Это делается в основном с использованием исследований на основе дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), хотя также проводятся исследования на основе рибонуклеиновой кислоты (РНК), белков и метаболитов. [18] [19] Исследования микробиома на основе ДНК обычно можно отнести либо к целевым исследованиям ампликонов , либо, в последнее время, к метагеномным исследованиям с применением дробовика . Первый фокусируется на конкретных известных генах-маркерах и в первую очередь информативен с таксономической точки зрения, а второй представляет собой целостный метагеномный подход, который также может быть использован для изучения функционального потенциала сообщества. [18] Одна из проблем, которая присутствует в исследованиях микробиома человека, но не в других метагеномных исследованиях, заключается в том, чтобы избежать включения ДНК хозяина в исследование. [20]

Помимо простого выяснения состава микробиома человека, один из основных вопросов, касающихся человеческого микробиома, заключается в том, существует ли «ядро», то есть существует ли подмножество сообщества, которое является общим для большинства людей. [21] [22] Если есть ядро, то можно было бы связать определенные составы сообщества с болезненными состояниями, что является одной из целей HMP. Известно, что микробиом человека (например, микробиота кишечника) сильно варьирует как у одного человека, так и у разных людей, и это явление также наблюдается у мышей. [4]

13 июня 2012 года директор Национального института здравоохранения (NIH) Фрэнсис Коллинз объявил о важной вехе HMP . [12] Это объявление сопровождалось серией согласованных статей, опубликованных в журнале Nature [23] [24] и нескольких журналах Публичной научной библиотеки (PLoS) в тот же день. Сопоставляя нормальный микробный состав здоровых людей с помощью методов секвенирования генома, исследователи HMP создали справочную базу данных и границы нормальных микробных вариаций у людей. У 242 здоровых добровольцев из США было собрано более 5000 образцов тканей от 15 (мужчины) до 18 (женщины) участков тела, таких как рот, нос, кожа, нижний отдел кишечника (кал) и влагалище. Вся ДНК, человеческая и микробная, была проанализирована с помощью секвенаторов ДНК. Данные микробного генома были извлечены путем идентификации бактериальной специфичной рибосомальной РНК, 16S рРНК . Исследователи подсчитали, что экосистему человека населяют более 10 000 видов микробов, и они определили 81–99% родов . [25]

Анализ после обработки

Статистический анализ необходим для проверки полученных результатов ( дисперсионный анализ можно использовать для определения размеров различий между группами); если он сочетается с графическими инструментами, результат легко визуализируется и понятен. [26]

Как только метагеном собран, можно сделать вывод о функциональном потенциале микробиома. Вычислительные проблемы для этого типа анализа больше, чем для отдельных геномов, поскольку обычно сборщики метагеномов имеют более низкое качество, а многие восстановленные гены являются неполными или фрагментированными. После этапа идентификации гена данные можно использовать для проведения функциональной аннотации посредством множественного выравнивания целевых генов по базам данных ортологов . [27]

Маркерный генный анализ

Это метод, который использует праймеры для нацеливания на конкретную генетическую область и позволяет определить микробную филогению . Генетическая область характеризуется высокой изменчивостью, что позволяет обеспечить детальную идентификацию; он ограничен консервативными областями, которые функционируют как сайты связывания для праймеров, используемых в ПЦР . Основным геном, используемым для характеристики бактерий и архей , является ген 16S рРНК , а идентификация грибов основана на внутреннем транскрибируемом спейсере (ITS). Этот метод является быстрым и не таким дорогим и позволяет получить классификацию микробного образца с низким разрешением; он оптимален для образцов, которые могут быть загрязнены ДНК хозяина. Сродство праймеров варьируется среди всех последовательностей ДНК, что может привести к систематическим ошибкам во время реакции амплификации; действительно, образцы с низкой численностью подвержены ошибкам чрезмерной амплификации, поскольку в случае увеличения количества циклов ПЦР другие загрязняющие микроорганизмы оказываются чрезмерно представленными. Таким образом, оптимизация выбора праймеров может помочь уменьшить такие ошибки, хотя для этого требуется полное знание микроорганизмов, присутствующих в образце, и их относительной численности. [28]

На анализ маркерного гена может влиять выбор праймера; в этом виде анализа желательно использовать хорошо проверенный протокол (например, тот, который используется в проекте «Микробиом Земли» ). Первое, что нужно сделать при анализе ампликона маркерного гена, — это удалить ошибки секвенирования; Многие платформы секвенирования очень надежны, но большая часть кажущегося разнообразия последовательностей по-прежнему обусловлена ​​ошибками в процессе секвенирования. Чтобы уменьшить это явление, первый подход заключается в кластеризации последовательностей в операционную таксономическую единицу (OTU): этот процесс объединяет сходные последовательности (обычно принимается порог сходства 97%) в единый признак, который можно использовать на дальнейших этапах анализа; однако этот метод отбрасывает SNP , поскольку они группируются в один OTU. Другим подходом является олиготипирование , которое включает в себя информацию о положении, полученную в результате секвенирования 16s рРНК для обнаружения небольших вариаций нуклеотидов и различия между близкородственными отдельными таксонами. Эти методы дают на выходе таблицу последовательностей ДНК и количество различных последовательностей на образец, а не OTU. [28]

Еще одним важным шагом в анализе является присвоение таксономического названия микробным последовательностям в данных. Это можно сделать с помощью подходов машинного обучения , которые могут достичь точности на уровне рода около 80%. Другие популярные пакеты анализа обеспечивают поддержку таксономической классификации с использованием точных совпадений со справочными базами данных и должны обеспечивать большую специфичность, но низкую чувствительность. Неклассифицированные микроорганизмы следует дополнительно проверить на наличие последовательностей органелл. [28]

Филогенетический анализ

Многие методы, использующие филогенетический вывод, используют ген 16SRNA для архей и бактерий и ген 18SRNA для эукариот. Филогенетические сравнительные методы (PCS) основаны на сравнении множества признаков микроорганизмов; принцип таков: чем тесно они связаны, тем больше у них общих черт. Обычно PCS сочетается с филогенетическим обобщенным методом наименьших квадратов (PGLS) или другим статистическим анализом для получения более значимых результатов. Реконструкция наследственного состояния используется в исследованиях микробиома для определения значений признаков для таксонов, признаки которых неизвестны. Обычно это выполняется с помощью PICRSt , который опирается на доступные базы данных. Филогенетические переменные выбираются исследователями в соответствии с типом исследования: за счет выбора некоторых переменных, несущих значительную биологическую информацию, можно уменьшить размерность данных для анализа. [29]

Филогенетическое расстояние обычно определяется с помощью UniFrac или аналогичных инструментов, таких как индекс Соресена или D Рао, для количественной оценки различий между различными сообществами. На все эти методы негативно влияет горизонтальная передача генов (HGT), поскольку она может генерировать ошибки и приводить к корреляции отдаленных видов. Существуют разные способы уменьшить негативное влияние ГПГ: использование нескольких генов или вычислительных инструментов для оценки вероятности предполагаемых событий ГПГ. [29]

Анализ экологической сети

Микробные сообщества развиваются в очень сложной динамике, которую можно рассматривать и анализировать как экосистему. Экологические взаимодействия между микробами определяют его изменение, равновесие и стабильность и могут быть представлены динамической моделью популяции. [30] Продолжающиеся исследования экологических особенностей микробиома быстро растут и позволяют понять фундаментальные свойства микробиома. Понимание основных правил микробного сообщества может помочь в лечении заболеваний, связанных с нестабильными микробными сообществами. Очень простой вопрос заключается в том, имеют ли разные люди, имеющие разные микробные сообщества, одинаковую основную микробную динамику. [31] Все больше фактов и указаний показывают, что эта динамика действительно универсальна. [32] Этот вопрос является основным шагом, который позволит ученым разработать стратегии лечения, основанные на сложной динамике микробных сообществ человека. Есть более важные свойства, которые следует учитывать при разработке стратегий вмешательства для контроля динамики микробов человека. [33] Контроль над микробными сообществами может привести к решению очень тяжелых и вредных заболеваний.

Типы

Бактерии

Механизм комменсалов и патогенов. Механизмы, лежащие в основе воспаления при ХОБЛ. Эпителий дыхательных путей имеет сложное строение: состоит как минимум из семи различных типов клеток, взаимодействующих друг с другом посредством плотных контактов. Более того, эпителиальные сигналы могут доставлять сигналы в подлежащие ткани, принимая участие в механизмах врожденной и адаптивной иммунной защиты. Ключевыми передатчиками сигналов являются дендритные клетки. Как только патогенная бактерия (например, S. pneumoniae, P. aeruginosa) активирует определенные рецепторы распознавания образов на/в эпителиальных клетках, активируются провоспалительные сигнальные пути. Это приводит главным образом к продукции IL-1, IL-6 и IL-8. Эти цитокины индуцируют хемотаксис к месту инфекции в клетках-мишенях (например, нейтрофилах, дендритных клетках и макрофагах). С другой стороны, представители стандартной микробиоты вызывают лишь слабую сигнализацию, предотвращающую воспаление. Механизм различия между безвредными и вредными бактериями как на молекулярном, так и на физиологическом уровнях до конца не изучен.

Популяции микробов (таких как бактерии и дрожжи ) населяют кожу и слизистые оболочки в различных частях тела. Их роль является частью нормальной, здоровой физиологии человека, однако, если количество микробов выходит за пределы их типичных диапазонов (часто из-за ослабления иммунной системы) или если микробы заселяют (например, из-за плохой гигиены или травмы), участки тела, которые обычно не колонизированы или стерильны (например, кровь, нижние дыхательные пути или брюшная полость), что может привести к заболеванию (вызывающему соответственно бактериемию/сепсис, пневмонию и перитонит). [34]

Проект «Микробиом человека» обнаружил, что люди являются носителями тысяч типов бактерий, причем в разных участках тела есть свои собственные особые сообщества. На участках кожи и влагалища было меньше разнообразия, чем во рту и кишечнике, причем они демонстрировали наибольшее богатство. Бактериальный состав определенного участка тела варьируется от человека к человеку не только по типу, но и по численности. Бактерии одного и того же вида, обнаруженные во рту, имеют несколько подтипов, предпочитая обитать в совершенно разных местах во рту. Даже энтеротипы кишечника человека, которые ранее считались хорошо изученными, происходят из широкого спектра сообществ с размытыми таксонными границами. [35] [36]

По оценкам, в кишечнике человека обитает от 500 до 1000 видов бактерий, но они принадлежат лишь к нескольким типам: преобладают Bacillota и Bacteroidota , но есть также Pseudomonadota , Verrucomicrobiota , Actinobacteriota , Fusobacteriota и « Cyanobacteria ». [37]

Ряд типов бактерий, таких как Actinomyces viscosus и A. naeslundii , живут во рту, где они являются частью липкого вещества, называемого зубным налетом . Если его не удалить щеткой, он затвердеет и превратится в камень (также называемый зубным камнем). Те же самые бактерии выделяют кислоты, которые растворяют зубную эмаль , вызывая кариес . [ нужна цитата ]

Микрофлора влагалища состоит преимущественно из различных видов лактобактерий . Долгое время считалось, что наиболее распространенным из этих видов является Lactobacillus acidophilus , но позже было показано, что на самом деле наиболее распространенным является L. iners , за которым следует L. Crispatus . Другими лактобактериями, обнаруженными во влагалище, являются L. jensenii, L. delbruekii и L. gasseri . Нарушение вагинальной флоры может привести к таким инфекциям, как бактериальный вагиноз и кандидоз. [38]

Архея

Археи присутствуют в кишечнике человека, но, в отличие от огромного разнообразия бактерий в этом органе, численность видов архей гораздо более ограничена. [39] Доминирующей группой являются метаногены , в частности Methanobrevibacter smithii и Methanosphaera stadtmanae . [40] Однако колонизация метаногенами варьируется, и только около 50% людей имеют легко обнаруживаемые популяции этих организмов. [41]

По состоянию на 2007 год не было известно никаких явных примеров архейных патогенов , [42] [43] , хотя была предложена связь между присутствием некоторых метаногенов и заболеваниями пародонта у человека . [44]

Грибы

Грибки, в частности дрожжи , присутствуют в кишечнике человека. [45] [46] [47] [48] Наиболее изученными из них являются виды Candida из-за их способности становиться патогенными у людей с ослабленным иммунитетом и даже у здоровых хозяев. [46] [47] [48] Дрожжи также присутствуют на коже, [45] например , виды Malassezia , где они потребляют масла, выделяемые сальными железами . [49] [50]

Вирусы

Вирусы, особенно бактериальные вирусы ( бактериофаги ), колонизируют различные участки тела. Эти колонизированные участки включают кожу, [51] кишечник, [52] легкие, [53] и полость рта. [54] Вирусные сообщества связаны с некоторыми заболеваниями и не просто отражают бактериальные сообщества. [55] [56] [57]

В январе 2024 года биологи сообщили об открытии в микробиоме человека « обелисков », нового класса виродоподобных элементов , и «облинов», родственной им группы белков. [58] [59]

Анатомические области

Кожа

Исследование 20 участков кожи каждого из десяти здоровых людей выявило 205 идентифицированных родов в 19 типах бактерий, при этом большинство последовательностей было отнесено к четырем типам: Actinomycetota (51,8%), Bacillota (24,4%), Pseudomonadota (16,5%) и Bacteroidota . 6,3%). [60] На коже здорового человека присутствует большое количество родов грибов, с некоторой вариабельностью в зависимости от участка тела; однако при патологических состояниях в пораженном регионе имеют тенденцию доминировать определенные роды. [45] Например, Malassezia доминирует при атопическом дерматите , а Acremonium доминирует на коже головы, пораженной перхотью. [45]

Кожа действует как барьер, препятствующий проникновению болезнетворных микробов. Кожа человека содержит микробы, которые обитают либо внутри кожи, либо на ней и могут быть резидентными или временными. Типы резидентных микроорганизмов различаются в зависимости от типа кожи на теле человека. Большинство микробов обитают на поверхностных клетках кожи или предпочитают ассоциироваться с железами. Эти железы, такие как сальные или потовые железы, снабжают микробов водой, аминокислотами и жирными кислотами. Кроме того, резидентные бактерии, связанные с сальными железами, часто являются грамположительными и могут быть патогенными. [2]

Конъюнктива

В конъюнктиве обычно присутствует небольшое количество бактерий и грибков . [45] [61] Классы бактерий включают грамположительные кокки (например, стафилококки и стрептококки ) и грамотрицательные палочки и кокки (например, Haemophilus и Neisseria ). [61] Роды грибов включают Candida , Aspergillus и Penicillium . [45] Слезные железы непрерывно выделяют секрет, поддерживая влажность конъюнктивы, а периодическое моргание смазывает конъюнктиву и смывает инородный материал. Слезы содержат бактерициды, такие как лизоцим , поэтому микроорганизмам трудно выжить в условиях лизоцима и оседать на эпителиальных поверхностях.

Желудочно-кишечный тракт

У человека состав желудочно-кишечного микробиома формируется во время рождения. [66] Рождение путем кесарева сечения или вагинальных родов также влияет на микробный состав кишечника. Дети, рожденные через вагинальный канал, имеют непатогенную полезную микробиоту кишечника, аналогичную той, которая обнаружена у матери. [67] Однако микробиота кишечника детей, родившихся с помощью кесарева сечения, содержит больше патогенных бактерий, таких как Escherichia coli и стафилококк , и для развития непатогенной полезной микробиоты кишечника требуется больше времени. [68]

Отношения между некоторой кишечной микробиотой и людьми являются не просто комменсальными (безвредное сосуществование), а скорее мутуалистическими отношениями. [2] Некоторые кишечные микроорганизмы человека приносят пользу хозяину, ферментируя пищевые волокна в короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК), такие как уксусная кислота и масляная кислота , которые затем поглощаются хозяином. [4] [69] Кишечные бактерии также играют роль в синтезе витамина B и витамина K , а также в метаболизме желчных кислот , стеринов и ксенобиотиков . [2] [69] Системное значение SCFAs и других соединений, которые они производят, аналогично гормонам , а сама кишечная флора, по-видимому, функционирует как эндокринный орган , [69] а нарушение регуляции кишечной флоры коррелирует с множеством воспалительных процессов. и аутоиммунные состояния. [4] [70]

Состав микробиоты кишечника человека меняется со временем, когда меняется диета и общее состояние здоровья. [4] [70] Систематический обзор 15 рандомизированных контролируемых исследований на людях , проведенных в июле 2016 года, показал, что некоторые коммерчески доступные штаммы пробиотических бактерий из родов Bifidobacterium и Lactobacillus ( B. longum , B. breve , B. infantis , L. helveticus , L. rhamnosus , L. plantarum и L. casei ) при приеме внутрь в суточных дозах 10 9 –10 10 колониеобразующих единиц (КОЕ) в течение 1–2 месяцев обладают лечебной эффективностью (т. е. улучшают поведенческие результаты) у некоторые расстройства центральной нервной системы  , включая тревогу , депрессию , расстройства аутистического спектра и обсессивно-компульсивное расстройство  , а также улучшает определенные аспекты памяти . [71] 

Уретра и мочевой пузырь

В мочеполовой системе, по-видимому, имеется микробиота, [72] [73] что является неожиданным открытием в свете длительного использования стандартных клинических микробиологических методов культивирования для обнаружения бактерий в моче, когда у людей проявляются признаки инфекции мочевыводящих путей ; Эти тесты обычно не показывают присутствия бактерий. [74] Похоже, что обычные методы культивирования не обнаруживают многие виды бактерий и других микроорганизмов , которые обычно присутствуют. [74] По состоянию на 2017 год для идентификации этих микроорганизмов использовались методы секвенирования , чтобы определить, существуют ли различия в микробиоте между людьми с проблемами мочевыводящих путей и здоровыми людьми. [72] [73] [75] Чтобы правильно оценить микробиом мочевого пузыря, а не мочеполовой системы, образец мочи следует собирать непосредственно из мочевого пузыря, что часто делается с помощью катетера . [76]

Вагина

Вагинальная микробиота относится к тем видам и родам, которые колонизируют влагалище. Эти организмы играют важную роль в защите от инфекций и поддержании здоровья влагалища. [77] Наиболее распространенные вагинальные микроорганизмы, обнаруженные у женщин в пременопаузе, относятся к роду Lactobacillus , которые подавляют патогены, производя перекись водорода и молочную кислоту. [47] [77] [78] Видовой состав бактерий и их соотношение варьируются в зависимости от стадии менструального цикла . [79] [80] [ требуется обновленная информация ] Этническая принадлежность также влияет на флору влагалища. Встречаемость лактобацилл, продуцирующих перекись водорода, ниже у афроамериканских женщин, а рН влагалища выше. [81] Другие влиятельные факторы, такие как половой акт и прием антибиотиков, связаны с потерей лактобактерий. [78] Более того, исследования показали, что половой акт с презервативом действительно изменяет уровень лактобактерий и увеличивает уровень Escherichia coli во влагалищной флоре. [78] Изменения в нормальной, здоровой вагинальной микробиоте являются признаком инфекций, [82] таких как кандидоз или бактериальный вагиноз . [78] Candida albicans подавляет рост видов Lactobacillus , в то время как виды Lactobacillus , которые производят перекись водорода, подавляют рост и вирулентность Candida albicans как во влагалище, так и в кишечнике. [45] [47] [48]

Роды грибов, обнаруженные во влагалище, включают Candida , Pichia , Eurotium , Alternaria , Rhodotorula и Cladosporium , среди других. [45]

Плацента

До недавнего времени плаценту считали стерильным органом, однако были идентифицированы комменсальные непатогенные виды и роды бактерий, обитающие в плацентарной ткани. [83] [84] [85] Однако существование микробиома в плаценте является спорным и подвергается критике в нескольких исследованиях. Так называемый «плацентарный микробиом», вероятно, возник в результате загрязнения регентов, поскольку образцы с низкой биомассой легко контаминируются. [86] [87] [88]

матка

До недавнего времени верхние репродуктивные пути женщины считались стерильной средой. В матке здоровых бессимптомных женщин репродуктивного возраста обитают разнообразные микроорганизмы. Микробиом матки существенно отличается от микробиома влагалища и желудочно-кишечного тракта. [89]

Ротовая полость

Среда, присутствующая во рту человека, способствует росту обнаруженных там характерных микроорганизмов. Он обеспечивает источник воды и питательных веществ, а также умеренную температуру. [2] Резидентные микробы полости рта прикрепляются к зубам и деснам, чтобы противостоять механическому промыванию изо рта в желудок, где чувствительные к кислоте микробы уничтожаются соляной кислотой . [2] [47]

К анаэробным бактериям полости рта относятся: Actinomyces , Arachnia , Bacteroides , Bifidobacterium , Eubacterium , Fusobacterium , Lactobacillus , Leptotrichia , Peptococcus , Peptostreptococcus , Propionibacterium , Selenomonas , Treponema и Veillonella . [90] [ нужна обновленная информация ] Роды грибов, которые часто встречаются во рту, включают Candida , Cladosporium , Aspergillus , Fusarium , Glomus , Alternaria , Penicillium и Cryptococcus , среди других. [45]

Бактерии накапливаются как на твердых, так и на мягких тканях полости рта в виде биопленки , что позволяет им прикрепляться и перемещаться в среде полости рта, защищая их от факторов окружающей среды и противомикробных агентов. [91] Слюна играет ключевую гомеостатическую роль в биопленке, позволяя бактериям реколонизироваться для формирования и контролировать рост путем отделения накопления биопленки. [92] Он также обеспечивает средства питательных веществ и регулирования температуры. Расположение биопленки определяет тип питательных веществ, которые она получает. [93]

Бактерии полости рта развили механизмы, позволяющие чувствовать окружающую среду и уклоняться от хозяина или изменять его. Однако высокоэффективная врожденная защитная система хозяина постоянно контролирует бактериальную колонизацию и предотвращает бактериальную инвазию в местные ткани. Между бактериями зубного налета и врожденной защитной системой хозяина существует динамическое равновесие . [94]

Эта динамика между полостью рта хозяина и микробами полости рта играет ключевую роль в здоровье и заболевании, поскольку обеспечивает проникновение в организм. [95] Здоровое равновесие представляет собой симбиотические отношения, при которых микробы полости рта ограничивают рост и прикрепление патогенов, в то время как хозяин обеспечивает им среду для процветания. [95] [91] Экологические изменения, такие как изменение иммунного статуса, смена резидентных микробов и доступность питательных веществ, смещают взаимные отношения к паразитическим, что приводит к тому, что хозяин становится склонным к оральным и системным заболеваниям. [91] Системные заболевания, такие как диабет и сердечно-сосудистые заболевания, коррелируют с плохим здоровьем полости рта. [95] Особый интерес представляет роль микроорганизмов полости рта в двух основных стоматологических заболеваниях: кариесе зубов и заболеваниях пародонта . [94] Колонизация патогенов в пародонте вызывает чрезмерный иммунный ответ, приводящий к образованию пародонтального кармана – углубленного пространства между зубом и десной. [91] Это действует как защищенный богатый кровью резервуар с питательными веществами для анаэробных патогенов. [91] Системные заболевания в различных частях тела могут возникнуть в результате попадания микробов полости рта в кровь, минуя пародонтальные карманы и мембраны полости рта. [95]

Постоянная правильная гигиена полости рта является основным методом предотвращения заболеваний полости рта и системных заболеваний. [95] Он снижает плотность биопленки и чрезмерный рост потенциальных патогенных бактерий, приводящих к заболеванию. [93] Однако надлежащей гигиены полости рта может быть недостаточно, поскольку микробиом полости рта, генетика и изменения иммунного ответа играют роль в развитии хронических инфекций. [93] Использование антибиотиков может лечить уже распространяющуюся инфекцию, но неэффективно против бактерий внутри биопленок. [93]

Носовая полость

В здоровом микробиоме носа преобладают коринебактерии и стафилококки. Микробиом слизистой оболочки играет решающую роль в модуляции вирусной инфекции. [96]

Легкое

Как и полость рта, верхняя и нижняя дыхательная система обладают механическими сдерживающими факторами для удаления микробов. Бокаловидные клетки производят слизь, которая улавливает микробы и выводит их из дыхательной системы посредством постоянно движущихся клеток мерцательного эпителия. [2] Кроме того, бактерицидный эффект оказывает носовая слизь, содержащая фермент лизоцим. [2] Верхние и нижние дыхательные пути, по-видимому, имеют свой собственный набор микробиоты. [97] Легочная бактериальная микробиота принадлежит к 9 основным бактериальным родам: Prevotella , Sphingomonas , Pseudomonas , Acinetobacter , Fusobacterium , Megasphaera , Veillonella , Staphylococcus и Streptococcus . Некоторые из бактерий, считающихся «нормальной биотой» дыхательных путей, могут вызывать серьезные заболевания, особенно у людей с ослабленным иммунитетом; к ним относятся Streptococcus pyogenes , Haemophilus influenzae , Streptococcus pneumoniae , Neisseria meningitidis и Staphylococcus aureus . [ нужна цитация ] Роды грибов, составляющие легочный микобиом, включают Candida , Malassezia , Neosartorya , Saccharomyces и Aspergillus , среди других. [45]

Необычное распространение родов бактерий и грибов в дыхательных путях наблюдается у людей, больных муковисцидозом . [45] [98] Их бактериальная флора часто содержит устойчивые к антибиотикам и медленно растущие бактерии, а частота этих патогенов меняется в зависимости от возраста. [98]

Желчевыводящие пути

Традиционно желчевыводящие пути считались в норме стерильными, а наличие микроорганизмов в желчи является маркером патологического процесса. Это предположение было подтверждено неудачей в выделении бактериальных штаммов из нормального желчного протока. В 2013 году начали появляться статьи, показывающие, что нормальная микробиота желчных путей представляет собой отдельный функциональный слой, который защищает желчные пути от колонизации экзогенными микроорганизмами. [99]

Болезнь и смерть

Человеческие тела полагаются на бесчисленные бактериальные гены как на источник необходимых питательных веществ. [100] Как метагеномные, так и эпидемиологические исследования указывают на жизненно важную роль микробиома человека в предотвращении широкого спектра заболеваний, от диабета 2 типа и ожирения до воспалительных заболеваний кишечника, болезни Паркинсона и даже состояний психического здоровья, таких как депрессия. [101] Симбиотические отношения между микробиотой кишечника и различными бактериями могут влиять на иммунный ответ человека. [102] Метаболиты, вырабатываемые кишечными микробами, по-видимому, являются причинными факторами диабета 2 типа. [103] Хотя лечение на основе микробиома находится в зачаточном состоянии, оно также демонстрирует многообещающие результаты, особенно для лечения лекарственно-устойчивой инфекции C. difficile [ мертвая связь ] [104] и лечения диабета. [105]

Инфекция Clostridioides difficile

Подавляющее присутствие бактерий C. difficile приводит к инфекции желудочно-кишечного тракта, обычно связанной с дисбактериозом микробиоты, который, как полагают, вызван приемом антибиотиков. Использование антибиотиков уничтожает полезную кишечную флору в желудочно-кишечном тракте, которая обычно предотвращает доминирование патогенных бактерий. [106] Традиционное лечение инфекций, вызванных C. difficile , включает дополнительный режим приема антибиотиков, однако эффективность в среднем составляет от 20 до 30%. [107] Признавая важность здоровых кишечных бактерий, исследователи обратились к процедуре, известной как трансплантация фекальной микробиоты (FMT), при которой пациенты, страдающие желудочно-кишечными заболеваниями, такими как инфекция C. difficile (CDI), в надежде получают фекалии от здорового человека. восстановления нормального функционирования микробиоты кишечника. [108] Трансплантация фекальной микробиоты эффективна примерно на 85–90% у людей с ИКД, у которых антибиотики не помогли или у которых заболевание рецидивирует после приема антибиотиков. [109] [110] Большинство людей с ИКД выздоравливают после одного курса лечения ТФМ. [111] [106] [112]

Рак

Хотя рак, как правило, является заболеванием, обусловленным генетикой хозяина и факторами окружающей среды, около 20% случаев рака у человека связаны с микроорганизмами. [113] В частности, что касается потенциальных факторов рака толстой кишки , плотность бактерий в миллион раз выше, чем в тонкой кишке , и примерно в 12 раз больше случаев рака в толстой кишке по сравнению с тонкой кишкой, что, возможно, устанавливает патогенную роль микробиоты в толстой кишке. и рак прямой кишки. [114] Плотность микроорганизмов может использоваться в качестве прогностического инструмента при оценке колоректального рака. [114]

Микробиота может влиять на канцерогенез тремя основными способами: (i) изменять баланс пролиферации и гибели опухолевых клеток, (ii) регулировать функцию иммунной системы и (iii) влиять на метаболизм факторов, продуктов питания и фармацевтических препаратов, вырабатываемых хозяином. [113] Опухоли, возникающие на пограничных поверхностях, таких как кожа, ротоглотка , дыхательные, пищеварительные и мочеполовые тракты, содержат микробиоту. Значительное присутствие микробов в месте опухоли не позволяет установить ассоциацию или причинно-следственную связь. Вместо этого микробы могут найти благоприятное напряжение кислорода в опухоли или профиль питательных веществ. Снижение популяции определенных микробов или индуцированный окислительный стресс также могут увеличить риски. [113] [114] Из примерно 10 30 микробов на Земле десять определены Международным агентством по исследованию рака как канцерогены для человека. [113] Микробы могут секретировать белки или другие факторы, непосредственно стимулирующие пролиферацию клеток в организме хозяина, или могут повышать или подавлять иммунную систему хозяина, в том числе стимулируя острое или хроническое воспаление, способствующее канцерогенезу. [113]

Что касается взаимосвязи иммунной функции и развития воспаления, поверхностные барьеры слизистой оболочки подвержены рискам окружающей среды и должны быстро восстанавливаться для поддержания гомеостаза . Нарушение устойчивости хозяина или микробиоты также снижает устойчивость к злокачественным новообразованиям, что может вызывать воспаление и рак. Как только барьеры преодолеваются, микробы могут вызывать провоспалительные или иммуносупрессивные программы различными путями. [113] Например, ассоциированные с раком микробы, по-видимому, активируют передачу сигналов NF-κB в микроокружении опухоли. Другие рецепторы распознавания образов, такие как члены семейства нуклеотид-связывающих доменов олигомеризации (NLR) NOD-2 , NLRP3 , NLRP6 и NLRP12 , могут играть роль в опосредовании колоректального рака. [113] Аналогичным образом, Helicobacter pylori, по-видимому, увеличивает риск рака желудка из-за того, что он вызывает хроническую воспалительную реакцию в желудке. [113] [114]

Воспалительное заболевание кишечника

Воспалительное заболевание кишечника состоит из двух разных заболеваний: язвенного колита и болезни Крона, и оба этих заболевания сопровождаются нарушениями микробиоты кишечника (также известными как дисбиоз ). Этот дисбиоз проявляется в виде снижения микробного разнообразия в кишечнике [115] [116] и коррелирует с дефектами в генах хозяина, которые изменяют врожденный иммунный ответ у людей. [115]

Вирус иммунодефицита человека

Прогрессирование ВИЧ - инфекции влияет на состав и функцию кишечной микробиоты, при этом наблюдаются заметные различия между ВИЧ-отрицательными, ВИЧ-положительными и ВИЧ-позитивными популяциями после АРТ . [ нужна цитация ] ВИЧ снижает целостность барьерной функции эпителия кишечника, воздействуя на плотные соединения . Этот распад позволяет осуществлять транслокацию через эпителий кишечника, что, как полагают, способствует усилению воспаления, наблюдаемого у людей с ВИЧ. [117]

Вагинальная микробиота играет роль в заразности ВИЧ, причем риск заражения и передачи ВИЧ повышается, когда у женщины бактериальный вагиноз — состояние, характеризующееся аномальным балансом вагинальных бактерий. [118] Повышенная инфекционность наблюдается при увеличении количества провоспалительных цитокинов и клеток CCR5 +  CD4 + во влагалище. Однако снижение инфекционности наблюдается при повышении уровня вагинальных лактобактерий, что способствует противовоспалительному состоянию. [117]

Микробиом кишечника долгожителей

Люди в возрасте 100 лет и старше, называемые долгожителями , имеют отчетливый кишечный микробиом. Этот микробиом обычно обогащен микроорганизмами , которые способны синтезировать новые вторичные желчные кислоты . [119] Эти вторичные желчные кислоты включают различные изоформы литохолевой кислоты , которые могут способствовать здоровому старению. [119]

Смерть

Со смертью микробиом живого организма разрушается, и другой состав микроорганизмов, называемый некробиомом , становится важной активной составляющей сложного процесса физического разложения. Считается, что его предсказуемые изменения с течением времени полезны для определения времени смерти. [120] [121]

Состояние окружающей среды

Исследования 2009 года поставили под сомнение, может ли сокращение биоты (включая микрофауну ) в результате вмешательства человека препятствовать здоровью человека, процедурам безопасности в больницах, дизайну пищевых продуктов и лечению заболеваний. [122]

Изменения, модуляция и передача

Вмешательства на основе микробиома для модуляции экологии кишечника и иммунной системы [123]

Гигиена, пробиотики , [123] пребиотики , трансплантация микробиоты ( фекальной или кожной [124] ), лекарства, антибиотики, заболевания, физические упражнения, [125] [126] диета, грудное вскармливание, старение и другие факторы [ необходимы дополнительные объяснения ] могут измениться. микробиом человека в различных анатомических системах или регионах, таких как кожа и кишечник. [ нужна цитата ]

Миграция

Предварительные исследования показывают, что немедленные изменения в микробиоте могут произойти, когда человек мигрирует из одной страны в другую, например, когда тайские иммигранты поселились в Соединенных Штатах [127] или когда латиноамериканцы иммигрировали в Соединенные Штаты. [128] Потери разнообразия микробиоты были выше у людей с ожирением и детей иммигрантов. [127] [128]

Передача

Метагеномный анализ 2023 года предоставил различные комплексные данные и понимание обмена микробами между людьми, обнаружив существенное разделение штаммов среди сожительствующих людей, при этом медианная скорость обмена штаммами для микробиомов кишечника и полости рта составила 12% (34% для матерей и их детей 0–3 лет). -летнего потомства) и 32% (38% для партнеров) в использованных данных. Время, прошедшее с момента совместного проживания, было важнейшим фактором, и совместное использование бактериальных штаммов «лучше резюмировало структуру популяции хозяина [ необходимы разъяснения ] , чем профили на уровне вида». [129] [130]

Смотрите также

Библиография

Рекомендации

  1. ^ аб Маркези-младший, Равель Дж (2015). «Словарь исследования микробиома: предложение». Микробиом . 3:31 . дои : 10.1186/s40168-015-0094-5 . ПМК 4520061 . PMID  26229597. Микробиом. Этот термин относится ко всей среде обитания, включая микроорганизмы (бактерии, археи, низшие и высшие эукариоты и вирусы), их геномы (т. е. гены) и условия окружающей среды. Это определение основано на определении «биома», биотических и абиотических факторов данной среды. Другие специалисты в этой области ограничивают определение микробиома совокупностью генов и геномов членов микробиоты. Утверждается, что это определение метагенома , который в сочетании с окружающей средой образует микробиом. 

  2. ^ abcdefghijk Шервуд Л., Уилли Дж., Вулвертон С. (2013). Микробиология Прескотта (9-е изд.). Нью-Йорк: МакГроу Хилл. стр. 713–721. ISBN 9780073402406. ОСЛК  886600661.
  3. ^ ab Отправитель Р., Фукс С., Майло Р. (январь 2016 г.). «Действительно ли нас значительно превосходит численность? Пересмотр соотношения бактерий и клеток-хозяев у людей». Клетка . 164 (3): 337–40. дои : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . ПМИД  26824647.
  4. ^ abcdef Quigley EM (сентябрь 2013 г.). «Кишечные бактерии в здоровье и болезни». Гастроэнтерология и гепатология . 9 (9): 560–9. ПМЦ 3983973 . ПМИД  24729765. 
  5. ^ Фалони Г., Виейра-Сильва С., Раес Дж. (2015). «Микробиология и большие данные: случай триметиламина, полученного из микробиоты кишечника». Ежегодный обзор микробиологии . 69 : 305–21. doi : 10.1146/annurev-micro-091014-104422 . PMID  26274026. мы рассматриваем литературу о триметиламине (ТМА), метаболите, вырабатываемом микробиотой, связанном с развитием атеросклероза.
  6. ^ Гаси Н., Боррель Дж., Тотти В., О'Тул П.В., Брюжер Дж.Ф. (ноябрь 2014 г.). «Архея и кишечник человека: новое начало старой истории». Всемирный журнал гастроэнтерологии . 20 (43): 16062–78. дои : 10.3748/wjg.v20.i43.16062 . ПМЦ 4239492 . PMID  25473158. Триметиламин представляет собой продукт исключительно микробиотного происхождения питательных веществ (лецитин, холин, ТМАО, L-карнитин) из обычного рациона питания, от которого, по-видимому, происходят два заболевания: триметиламинурия (или синдром рыбного запаха) и сердечно-сосудистые заболевания из-за проатерогенного свойства. его окисленной формы, полученной из печени. 
  7. ^ Смит А. и др. (2019). «Роль микробиоты в развитии аллергии и астмы». Текущие отчеты об аллергии и астме, 19 (8), 38.
  8. ^ Джексон К.Д. и др. (2016). «Связь кишечной микробиоты с распространенными заболеваниями и рецептурными лекарствами в популяционной когорте». Природные Коммуникации, 7, 11622.
  9. ^ Йи ДЯ, Ким СЮ (сентябрь 2021 г.). «Состав и функция грудного молока человека в здоровье человека: от пищевых компонентов до микробиома и микроРНК». Питательные вещества . 13 (9): 3094. дои : 10.3390/nu13093094 . ПМЦ 8471419 . ПМИД  34578971. 
  10. ^ Яцуненко Т. и др. (2012). «Микробиом кишечника человека в зависимости от возраста и географического положения». Природа, 486(7402), 222-227.
  11. ^ Сьёгрен Ю.М. и др. (2009). «Влияние ранней кишечной микробиоты на созревание слизистой оболочки у детей и системные иммунные реакции». Клиническая и экспериментальная аллергия, 39 (12), 1842–1851.
  12. ^ ab «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав тела». Новости НИЗ. 13 июня 2012 г.
  13. ^ Отправитель, Рон; Фукс, Шай; Майло, Рон (19 августа 2016 г.). «Пересмотренные оценки количества клеток человека и бактерий в организме». ПЛОС Биология . 14 (8): e1002533. дои : 10.1371/journal.pbio.1002533 . ISSN  1545-7885. ПМЦ 4991899 . ПМИД  27541692. 
  14. ^ Гилберт Дж.А., Блазер М.Дж., Капорасо Дж.Г., Янссон Дж.К., Линч С.В., Найт Р. (апрель 2018 г.). «Современное понимание микробиома человека». Природная медицина . 24 (4): 392–400. дои : 10.1038/нм.4517. ПМК 7043356 . ПМИД  29634682. 
  15. ↑ Эбботт, Элисон (8 января 2016 г.). «Ученые развенчивают миф о том, что в нашем организме больше бактерий, чем человеческих клеток». Природа . дои : 10.1038/nature.2016.19136 . ISSN  1476-4687. S2CID  190879263.
  16. ^ Часто задаваемые вопросы Американской академии микробиологии: Микробиом человека. Архивировано 31 декабря 2016 г. в Wayback Machine , январь 2014 г.
  17. ↑ Рознер, Джуда Л. (1 февраля 2014 г.). «В десять раз больше микробных клеток, чем клеток организма человека?». Журнал «Микроб» . 9 (2): 47. дои :10.1128/микроб.9.47.2. ISSN  1558-7452.
  18. ^ abc Петерсон Дж., Гаргес С., Джованни М., Макиннес П., Ван Л., Шлосс Дж.А. и др. (декабрь 2009 г.). «Проект NIH по микробиому человека». Геномные исследования . 19 (12): 2317–23. дои : 10.1101/гр.096651.109. ПМЦ 2792171 . ПМИД  19819907. 
  19. ^ Кучински Дж., Лаубер С.Л., Уолтерс В.А., Парфри Л.В., Клементе Дж.К., Геверс Д., Найт Р. (декабрь 2011 г.). «Экспериментально-аналитический инструментарий для изучения микробиома человека». Обзоры природы. Генетика . 13 (1): 47–58. дои : 10.1038/nrg3129. ПМК 5119550 . ПМИД  22179717. 
  20. ^ Вестхайм Х, Джарман С.Н. (июль 2008 г.). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах - тематическое исследование ДНК добычи в желудках антарктического криля». Границы в зоологии . 5:12 . дои : 10.1186/1742-9994-5-12 . ПМЦ 2517594 . ПМИД  18638418. 
  21. ^ Тэп Дж., Мондо С., Левенес Ф., Пеллетье Э., Карон С., Фюре Дж.П. и др. (октябрь 2009 г.). «К филогенетическому ядру кишечной микробиоты человека». Экологическая микробиология . 11 (10): 2574–84. Бибкод : 2009EnvMi..11.2574T. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.01982.x . ПМИД  19601958.
  22. ^ Хамади М., Найт Р. (июль 2009 г.). «Профилирование микробного сообщества для проектов микробиома человека: инструменты, методы и проблемы». Геномные исследования . 19 (7): 1141–52. дои : 10.1101/gr.085464.108. ПМЦ 3776646 . ПМИД  19383763. 
  23. ^ Мете Б.А., Нельсон К.Э., Поп М., Кризи Х.Х., Джильо М.Г., Хаттенхауэр С. и др. (Консорциум проекта «Микробиом человека») (июнь 2012 г.). «Основы исследования микробиома человека». Природа . 486 (7402): 215–21. Бибкод : 2012Natur.486..215T. дои : 10.1038/nature11209. ПМЦ 3377744 . ПМИД  22699610. 
  24. ^ Консорциум проекта микробиома человека (июнь 2012 г.). «Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека». Природа . 486 (7402): 207–14. Бибкод : 2012Natur.486..207T. дои : 10.1038/nature11234 . ПМК 3564958 . ПМИД  22699609. 
  25. ^ «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав тела» . Национальные институты здравоохранения (NIH) . 31 августа 2015 года . Проверено 7 июля 2023 г.
  26. ^ Айва С., Уокер А.В., Симпсон Дж.Т., Ломан Н.Дж., Сегата Н. (сентябрь 2017 г.). «Метагеномика дробовика: от отбора проб до анализа» (PDF) . Природная биотехнология . 35 (9): 833–844. дои : 10.1038/nbt.3935. hdl : 2164/10167 . PMID  28898207. S2CID  19041044.
  27. ↑ Клаессон MJ, Клуни А.Г., О'Тул П.В. (октябрь 2017 г.). «Руководство для врача по анализу микробиома». Обзоры природы. Гастроэнтерология и гепатология . 14 (10): 585–595. дои : 10.1038/nrgastro.2017.97. PMID  28790452. S2CID  24644894.
  28. ^ abc Найт Р., Врбанац А., Тейлор BC, Аксенов А., Каллеварт С., Дебелиус Дж. и др. (июль 2018 г.). «Лучшие практики анализа микробиомов». Обзоры природы. Микробиология . 16 (7): 410–422. дои : 10.1038/s41579-018-0029-9. PMID  29795328. S2CID  43936002.
  29. ^ ab Уошберн А.Д., Мортон Дж.Т., Сандерс Дж., Макдональд Д., Чжу К., Оливерио А.М., Найт Р. (июнь 2018 г.). «Методы филогенетического анализа данных микробиома». Природная микробиология . 3 (6): 652–661. дои : 10.1038/s41564-018-0156-0. PMID  29795540. S2CID  43962376.
  30. ^ Берг, Габриэле; и другие. (2020). «Повторное рассмотрение определения микробиома: старые концепции и новые проблемы». Микробиом . 8 (1): 103. дои : 10.1186/s40168-020-00875-0 . ПМЦ 7329523 . ПМИД  32605663. 
  31. ^ Фауст, Каролина; Раес, Йерун (2016). «Правила игры для микробиоты». Природа . 534 (7606): 182–183. дои : 10.1038/534182а . PMID  27279206. S2CID  205089271.
  32. ^ Башан, Амир; Гибсон, Трэвис Э.; Фридман, Джонатан; Кэри, Винсент Дж.; Вайс, Скотт Т.; Хоманн, Элизабет Л.; Лю, Ян-Ю (2016). «Универсальность микробной динамики человека». Природа . 534 (7606): 259–262. Бибкод : 2016Natur.534..259B. дои : 10.1038/nature18301. ПМЦ 4902290 . ПМИД  27279224. 
  33. ↑ Лю, Ян-Ю (15 февраля 2023 г.). «Контроль микробиома человека» (PDF) . Клеточные системы . 14 (2): 135–159. doi :10.1016/j.cels.2022.12.010. PMC  9942095. PMID  36796332.
  34. ^ Кеннеди, Кэтрин М.; де Гоффо, Маркус К.; Перес-Муньос, Мария Элиза; Аррьета, Мари-Клер; Бэкхед, Фредрик; Борк, Пер; Браун, Торстен; Бушман, Фредерик Д.; Доре, Джоэл; де Вос, Виллем М.; Эрл, Эшли М.; Эйзен, Джонатан А.; Еловиц, Михал А.; Ганал-Вонарбург, Стефани К.; Генцле, Майкл Г. (январь 2023 г.). «Опрос микробиома плода иллюстрирует ловушки микробных исследований с низкой биомассой». Природа . 613 (7945): 639–649. Бибкод : 2023Natur.613..639K. дои : 10.1038/s41586-022-05546-8. hdl : 2164/21298 . ISSN  1476-4687. PMID  36697862. S2CID  256268291.
  35. ^ Краткое изложение рукописей проекта коллекции микробиома человека PLoS. Архивировано 4 марта 2014 г. в Wayback Machine , 13 июня 2012 г.
  36. ^ «Консорциум ученых наносит на карту бактериальную экосистему человеческого тела» . ucsf.edu . 13 июня 2012 г.
  37. ↑ Зоммер Ф., Бекхед Ф. (апрель 2013 г.). «Микробиота кишечника — мастера развития и физиологии хозяина». Обзоры природы. Микробиология . 11 (4): 227–38. doi : 10.1038/nrmicro2974. PMID  23435359. S2CID  22798964.
  38. ^ Гайер, Павел; Бротман, Ребекка М.; Бай, Гоюнь; Сакамото, Джойс; Шютте, Урсель МЭ; Чжун, Сюэ; Кениг, Сара СК; Фу, Ли; Ма, Жаншань (Сэм); Чжоу, Ся; Абдо, Заид; Форни, Ларри Дж.; Равель, Жак (2 мая 2012 г.). «Временная динамика вагинальной микробиоты человека». Наука трансляционной медицины . 4 (132): 132ра52. doi : 10.1126/scitranslmed.3003605. ISSN  1946-6234. ПМЦ 3722878 . ПМИД  22553250. 
  39. ^ Экбург П.Б., Бик Э.М., Бернштейн К.Н., Пердом Э., Детлефсен Л., Сарджент М. и др. (июнь 2005 г.). «Разнообразие микробной флоры кишечника человека». Наука . 308 (5728): 1635–8. Бибкод : 2005Sci...308.1635E. дои : 10.1126/science.1110591. ПМЦ 1395357 . ПМИД  15831718. 
  40. ^ Дункан С.Х., Луи П., Флинт Х.Дж. (апрель 2007 г.). «Культивируемое бактериальное разнообразие толстой кишки человека». Письма по прикладной микробиологии . 44 (4): 343–50. дои : 10.1111/j.1472-765X.2007.02129.x. PMID  17397470. S2CID  43706882.
  41. ^ Флорин Т.Х., Чжу Г., Кирк К.М., Мартин Н.Г. (октябрь 2000 г.). «Общие и уникальные факторы окружающей среды определяют экологию метаногенов у людей и крыс». Американский журнал гастроэнтерологии . 95 (10): 2872–9. CiteSeerX 10.1.1.606.4187 . дои : 10.1111/j.1572-0241.2000.02319.x. PMID  11051362. S2CID  1087298. 
  42. ^ Экбург П.Б., Лепп П.В., Рельман Д.А. (февраль 2003 г.). «Археи и их потенциальная роль в заболеваниях человека». Инфекция и иммунитет . 71 (2): 591–6. doi :10.1128/IAI.71.2.591-596.2003. ПМК 145348 . ПМИД  12540534. 
  43. ^ Кавиччиоли Р., Курми П.М., Сондерс Н., Томас Т. (ноябрь 2003 г.). «Патогенные археи: существуют ли они?». Биоэссе . 25 (11): 1119–28. дои : 10.1002/bies.10354 . ПМИД  14579252.
  44. ^ Лепп П.В., Бриниг М.М., Оуверни CC, Палм К., Армитидж Г.К., Релман Д.А. (апрель 2004 г.). «Метаногенные археи и заболевания пародонта человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (16): 6176–81. Бибкод : 2004PNAS..101.6176L. дои : 10.1073/pnas.0308766101 . ПМЦ 395942 . ПМИД  15067114. 
  45. ^ abcdefghijk Cui L, Моррис А, Гедин Э (июль 2013 г.). «Микобиом человека в здоровье и болезни». Геномная медицина . 5 (7): 63. дои : 10,1186/gm467 . ПМЦ 3978422 . ПМИД  23899327. Рисунок 2: Распределение родов грибов на разных участках тела.
  46. ^ аб Мартинс Н., Феррейра И.С., Баррос Л., Сильва С., Энрикес М. (июнь 2014 г.). «Кандидоз: предрасполагающие факторы, профилактика, диагностика и альтернативное лечение» (PDF) . Микопатология . 177 (5–6): 223–40. дои : 10.1007/s11046-014-9749-1. hdl : 10198/10147 . PMID  24789109. S2CID  795450. Виды Candida и другие микроорганизмы участвуют в этой сложной грибковой инфекции, но Candida albicans продолжает оставаться наиболее распространенной. В последние два десятилетия наблюдаются аномальные разрастания в желудочно-кишечном, мочевыделительном и дыхательном путях не только у пациентов с ослабленным иммунитетом, но также связанные с нозокомиальными инфекциями и даже у здоровых лиц. Существует множество причинных факторов, которые способствуют дрожжевой инфекции, а это означает, что кандидоз является хорошим примером многофакторного синдрома.
  47. ^ abcde Ван З.К., Ян Ю.С., Стефка А.Т., Сунь Г, Пэн Л.Х. (апрель 2014 г.). «Обзорная статья: грибковая микробиота и заболевания органов пищеварения». Алиментарная фармакология и терапия . 39 (8): 751–66. дои : 10.1111/кв.12665 . PMID  24612332. S2CID  22101484. Кроме того, грибковая инфекция ЖКТ регистрируется даже среди пациентов с нормальным иммунным статусом. Грибковые инфекции, связанные с пищеварительной системой, могут быть индуцированы как комменсальными условно-патогенными грибами, так и экзогенными патогенными грибами. ... Кандида зр. также является наиболее часто выявляемым видом среди пациентов с ИФИ желудка. ... Когда-то считалось, что желудочная кислота может убивать микробы, попадающие в желудок, и что уникальная экологическая среда желудка не подходит для микробной колонизации или инфекции. Однако несколько исследований с использованием культурально-независимых методов подтвердили, что в желудке существует большое количество кислотоустойчивых бактерий, принадлежащих к восьми типам и до 120 видам, таким как Streptococcus sp., Neisseria sp. и Lactobacillus sp. и т. д. 26, 27 Кроме того, Candida albicans может хорошо расти в очень кислой среде, 28 а некоторые генотипы могут увеличивать тяжесть поражений слизистой оболочки желудка. 29
  48. ^ abc Эрдоган А, Рао СС (апрель 2015 г.). «Разрастание грибков в тонком кишечнике». Текущие отчеты гастроэнтерологии . 17 (4): 16. дои :10.1007/s11894-015-0436-2. PMID  25786900. S2CID  3098136. Чрезмерный грибковый рост в тонком кишечнике (SIFO) характеризуется наличием чрезмерного количества грибковых организмов в тонком кишечнике, что связано с желудочно-кишечными симптомами. Известно, что кандидоз вызывает симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта, особенно у пациентов с ослабленным иммунитетом или у тех, кто принимает стероиды или антибиотики. Однако лишь недавно появилась литература о том, что чрезмерный рост грибков в тонкой кишке у лиц без иммунодефицита может вызывать необъяснимые симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта. Два недавних исследования показали, что 26% (24/94) и 25,3% (38/150) пациентов с необъяснимыми желудочно-кишечными симптомами имели SIFO. Наиболее распространенными симптомами, наблюдавшимися у этих пациентов, были отрыжка, вздутие живота, расстройство желудка, тошнота, диарея и газы. ... Грибково-бактериальное взаимодействие может действовать по-разному и быть синергическим, антагонистическим или симбиотическим [29]. Некоторые бактерии, такие как виды Lactobacillus , могут взаимодействовать и подавлять как вирулентность, так и рост видов Candida в кишечнике, производя перекись водорода [30]. Любое повреждение слизистого барьера или нарушение микробиоты желудочно-кишечного тракта при химиотерапии или применении антибиотиков, воспалительные процессы, активация иммунных молекул и нарушение восстановления эпителия — все это может вызвать чрезмерный рост грибков [27].
  49. ^ Маркон М.Дж., Пауэлл Д.А. (апрель 1992 г.). «Инфекции человека, вызванные Malassezia spp». Обзоры клинической микробиологии . 5 (2): 101–19. дои : 10.1128/CMR.5.2.101. ПМК 358230 . ПМИД  1576583. 
  50. ^ Рот Р.Р., Джеймс В.Д. (1988). «Микробная экология кожи». Ежегодный обзор микробиологии . 42 (1): 441–64. дои : 10.1146/annurev.mi.42.100188.002301. ПМИД  3144238.
  51. ^ Ханниган Г.Д., Мейзель Дж.С., Тилдсли А.С., Чжэн К., Ходкинсон Б.П., СанМигель А.Дж. и др. (октябрь 2015 г.). «Виром двухцепочечной ДНК кожи человека: топографическое и временное разнообразие, генетическое обогащение и динамические связи с микробиомом хозяина». мБио . 6 (5): e01578-15. doi : 10.1128/mBio.01578-15. ПМЦ 4620475 . ПМИД  26489866. 
  52. ^ Майнот С., Синха Р., Чен Дж., Ли Х., Кейлбо С.А., Ву Г.Д. и др. (октябрь 2011 г.). «Виром кишечника человека: индивидуальные вариации и динамическая реакция на диету». Геномные исследования . 21 (10): 1616–25. дои : 10.1101/гр.122705.111. ПМК 3202279 . ПМИД  21880779. 
  53. ^ Янг Дж.К., Чехуд С., Биттингер К., Бейли А., Даймонд Дж.М., Канту Э. и др. (январь 2015 г.). «Вирусная метагеномика выявляет цветение анелловирусов в дыхательных путях реципиентов трансплантатов легких». Американский журнал трансплантологии . 15 (1): 200–9. дои : 10.1111/ajt.13031. ПМЦ 4276431 . ПМИД  25403800. 
  54. ^ Абелес С.Р., Роблес-Сикисака Р., Ли М., Лум А.Г., Зальцман Дж., Бём Т.К., Pride DT (сентябрь 2014 г.). «Человеческие оральные вирусы индивидуальны, устойчивы и гендерно-согласованы». Журнал ISME . 8 (9): 1753–67. Бибкод : 2014ISMEJ...8.1753A. дои : 10.1038/ismej.2014.31. ПМЦ 4139723 . ПМИД  24646696. 
  55. ^ Ли М, Абелес С.Р., Бём Т.К., Роблес-Сикисака Р., Найду М., Сантьяго-Родригес Т., Pride DT (май 2014 г.). «Измененная вирусная экология полости рта в связи с заболеваниями пародонта». мБио . 5 (3): e01133-14. doi : 10.1128/mBio.01133-14. ПМК 4030452 . ПМИД  24846382. 
  56. ^ Монако CL, Гутенберг Д.Б., Чжао Г., Хэндли С.А., Гебремайкл М.С., Лим Э.С. и др. (март 2016 г.). «Измененный виром и бактериальный микробиом при синдроме приобретенного иммунодефицита, связанном с вирусом иммунодефицита человека». Клетка-хозяин и микроб . 19 (3): 311–22. doi :10.1016/j.chom.2016.02.011. ПМЦ 4821831 . ПМИД  26962942. 
  57. ^ Норман Дж.М., Хэндли С.А., Болдридж М.Т., Дройт Л., Лю С.И., Келлер BC и др. (январь 2015 г.). «Специфические для заболевания изменения кишечного вирома при воспалительных заболеваниях кишечника». Клетка . 160 (3): 447–60. doi :10.1016/j.cell.2015.01.002. ПМК 4312520 . ПМИД  25619688. 
  58. ↑ Кумундурос, Тесса (29 января 2024 г.). «Обелиски: в пищеварительной системе человека обнаружен совершенно новый класс жизни». НаукаАлерт . Архивировано из оригинала 29 января 2024 года . Проверено 29 января 2024 г.
  59. ^ Желудев, Иван Н.; и другие. (21 января 2024 г.). «Вироидоподобные колонисты микробиомов человека». биоRxiv . дои : 10.1101/2024.01.20.576352. ПМЦ 10827157 . Архивировано из оригинала 29 января 2024 года . Проверено 29 января 2024 г. 
  60. ^ Грайс Э.А., Конг Х.Х., Конлан С., Деминг CB, Дэвис Дж., Янг AC и др. (Программа сравнительного секвенирования NISC) (май 2009 г.). «Топографическое и временное разнообразие микробиома кожи человека». Наука . 324 (5931): 1190–2. Бибкод : 2009Sci...324.1190G. дои : 10.1126/science.1171700. ПМК 2805064 . ПМИД  19478181. 
  61. ^ ab «Нормальная бактериальная флора человека». textbookofbacteriology.net .
  62. ^ abcdefghi Чжан Л.С., Дэвис СС (апрель 2016 г.). «Микробный метаболизм пищевых компонентов в биоактивные метаболиты: возможности для новых терапевтических вмешательств». Геном Мед . 8 (1): 46. дои : 10.1186/s13073-016-0296-x . ПМЦ 4840492 . PMID  27102537. Lactobacillus spp. превращают триптофан в индол-3-альдегид (I3A) с помощью неидентифицированных ферментов [125]. Clostridium sporogenes превращают триптофан в IPA [6], вероятно, посредством триптофандезаминазы. ... IPA также эффективно удаляет гидроксильные радикалы. 
    Таблица 2. Микробные метаболиты: их синтез, механизмы действия и влияние на здоровье и болезни.
    Рисунок 1. Молекулярные механизмы действия индола и его метаболитов на физиологию и заболевание хозяина.
  63. ^ Викофф В.Р., Анфора А.Т., Лю Дж., Шульц П.Г., Лесли С.А., Питерс Э.К., Сиуздак Г. (март 2009 г.). «Метаболомический анализ показывает значительное влияние микрофлоры кишечника на метаболиты крови млекопитающих». Учеб. Натл. акад. наук. США . 106 (10): 3698–3703. Бибкод : 2009PNAS..106.3698W. дои : 10.1073/pnas.0812874106 . ПМЦ 2656143 . PMID  19234110. Было показано, что продукция IPA полностью зависит от присутствия микрофлоры кишечника и может быть установлена ​​путем колонизации бактерией Clostridium sporogenes . 
    Диаграмма метаболизма ИПА
  64. ^ «3-Индолпропионовая кислота». База данных метаболомов человека . Университет Альберты . Проверено 12 июня 2018 г.
  65. ^ Чаан Ю.Дж., Поггелер Б., Омар Р.А., Чейн Д.Г., Франджионе Б., Гисо Дж., Папполла М.А. (июль 1999 г.). «Мощные нейропротекторные свойства против бета-амилоида болезни Альцгеймера за счет эндогенной индольной структуры, связанной с мелатонином, индол-3-пропионовой кислоты». Ж. Биол. Хим . 274 (31): 21937–21942. дои : 10.1074/jbc.274.31.21937 . PMID  10419516. S2CID  6630247. [Индол-3-пропионовая кислота (IPA)] ранее была идентифицирована в плазме и спинномозговой жидкости человека, но ее функции неизвестны. ... В экспериментах по кинетической конкуренции с использованием агентов, улавливающих свободные радикалы, способность IPA удалять гидроксильные радикалы превышала способность мелатонина, индоламина, который считается наиболее мощным природным поглотителем свободных радикалов. В отличие от других антиоксидантов, IPA не превращался в реакционноспособные интермедиаты с прооксидантной активностью.
  66. ^ Ян И, Корвин Э.Дж., Бреннан П.А., Джордан С., Мерфи-младший, Данлоп А. (2016). «Младенческий микробиом: последствия для здоровья младенцев и нейрокогнитивного развития». Сестринские исследования . 65 (1): 76–88. doi :10.1097/NNR.0000000000000133. ПМЦ 4681407 . ПМИД  26657483. 
  67. ^ Мюллер Н.Т., Бакач Э., Комбеллик Дж., Григорян З., Домингес-Белло М.Г. (февраль 2015 г.). «Развитие микробиома младенца: мама имеет значение». Тенденции молекулярной медицины . 21 (2): 109–17. doi :10.1016/j.molmed.2014.12.002. ПМЦ 4464665 . ПМИД  25578246. 
  68. ^ Уолл Р., Росс Р.П., Райан К.А., Хасси С., Мерфи Б., Фицджеральд Г.Ф., Стэнтон С. (4 марта 2009 г.). «Роль кишечной микробиоты в раннем развитии ребенка». Клиническая медицина. Педиатрия . 3 : 45–54. doi : 10.4137/cmped.s2008. ПМЦ 3676293 . ПМИД  23818794. 
  69. ^ abc Кларк Дж., Стиллинг Р.М., Кеннеди П.Дж., Стэнтон С., Крайан Дж.Ф., Динан Т.Г. (август 2014 г.). «Мини-обзор: Микробиота кишечника: забытый эндокринный орган». Молекулярная эндокринология . 28 (8): 1221–38. дои : 10.1210/me.2014-1108. ПМЦ 5414803 . ПМИД  24892638. 
  70. ^ Аб Шен С., Вонг CH (апрель 2016 г.). «Пробующее воспаление: роль микробиоты кишечника». Клиническая и трансляционная иммунология . 5 (4): е72. дои : 10.1038/cti.2016.12. ПМЦ 4855262 . ПМИД  27195115. 
  71. ^ Ван Х, Ли И.С., Браун С., Энк П. (октябрь 2016 г.). «Влияние пробиотиков на функции центральной нервной системы у животных и человека: систематический обзор». Журнал нейрогастроэнтерологии и моторики . 22 (4): 589–605. дои : 10.5056/jnm16018. ПМК 5056568 . PMID  27413138. Эти пробиотики показали эффективность в улучшении поведения, связанного с психическими расстройствами, включая тревогу, депрессию, расстройство аутистического спектра (РАС), обсессивно-компульсивное расстройство и способности памяти, включая пространственную и непространственную память. Поскольку многие фундаментальные научные исследования показали некоторую эффективность пробиотиков в отношении функции центральной нервной системы, эти данные могут служить ориентиром и способствовать дальнейшим доклиническим и клиническим исследованиям. ...По качественному анализу текущих исследований можно сделать предварительный вывод, что наиболее эффективными оказались B. longum, B. breve, B. infantis, L. helveticus, L. rhamnosus, L. plantarum и L. casei. в улучшении функции ЦНС, включая функции, связанные с психическими заболеваниями (тревога, депрессия, настроение, реакция на стресс) и способности памяти 
  72. ^ аб Дрейк М.Дж., Моррис Н., Апостолидис А., Рахнамаи М.С., Маркези Дж.Р. (апрель 2017 г.). «Микробиом мочи и его вклад в симптомы нижних мочевыводящих путей; ICI-RS 2015». Нейроурология и уродинамика . 36 (4): 850–853. дои : 10.1002/nau.23006. hdl : 1983/3b024f95-9f86-406a-9be3-ce35984b8de1 . PMID  28444712. S2CID  27636043.
  73. ^ ab Арагон И.М., Эррера-Имброда Б., Кейпо-Ортуньо М.И., Кастильо Э., Дель Мораль Х.С., Гомес-Миллан Дж. и др. (январь 2018 г.). «Микробиом мочевых путей в здоровье и болезнях». Европейский фокус урологии . 4 (1): 128–138. doi :10.1016/j.euf.2016.11.001. ПМИД  28753805.
  74. ^ ab Шмиманн Г., Книль Э., Гебхардт К., Матейчик М.М., Хаммерс-Прадье Э. (май 2010 г.). «Диагноз инфекции мочевыводящих путей: систематический обзор». Deutsches Ärzteblatt International . 107 (21): 361–7. doi : 10.3238/arztebl.2010.0361. ПМЦ 2883276 . ПМИД  20539810. 
  75. ^ Ал, Кейт Ф.; Денстедт, Джон Д.; Дэйсли, Брендан А.; Бьязевич, Дженнифер; Велк, Блейн К.; Поллер, Стивен Э.; Глор, Грегори Б.; Рид, Грегор; Разви, Хасан; Бертон, Джереми П. (сентябрь 2020 г.). «Микробиота мочеточникового стента связана с сопутствующими заболеваниями пациента, но не с воздействием антибиотиков». Сотовые отчеты Медицина . 1 (6): 100094. doi :10.1016/j.xcrm.2020.100094. ПМЦ 7659606 . ПМИД  33205072. 
  76. ^ Вулф А.Дж., Брубейкер Л. (февраль 2019 г.). «Обновления уробиома: достижения в исследованиях микробиома мочи». Обзоры природы. Урология . 16 (2): 73–74. дои : 10.1038/s41585-018-0127-5. ПМЦ 6628711 . ПМИД  30510275. 
  77. ^ аб Петрова М.И., Ливенс Э., Малик С., Имхольц Н., Лебир С. (2015). «Виды лактобактерий как биомаркеры и агенты, которые могут способствовать различным аспектам здоровья влагалища». Границы в физиологии . 6 : 81. дои : 10.3389/fphys.2015.00081 . ПМЦ 4373506 . ПМИД  25859220. 
  78. ^ abcd Виткин С.С., Линьярес И.М., Хиральдо П. (июнь 2007 г.). «Бактериальная флора женских половых путей: функции и иммунная регуляция». Лучшие практики и исследования. Клиническая акушерство и гинекология . 21 (3): 347–54. дои : 10.1016/j.bpobgyn.2006.12.004. ПМИД  17215167.
  79. ^ Тодар К. (2012). «Нормальная бактериальная флора человека». Интернет-учебник по бактериологии Тодара. Мэдисон, Висконсин: Кеннет Тодар . Проверено 6 апреля 2012 г.
  80. ^ Ондердонк А.Б., Замарчи Г.Р., Уолш Дж.А., Меллор Р.Д., Муньос А., Касс Э.Х. (февраль 1986 г.). «Методы количественной и качественной оценки микрофлоры влагалища во время менструации». Прикладная и экологическая микробиология . 51 (2): 333–9. Бибкод : 1986ApEnM..51..333O. doi :10.1128/AEM.51.2.333-339.1986. ПМК 238869 . ПМИД  3954346. 
  81. ^ Антонио М.А., Хоуз С.Э., Хиллиер С.Л. (декабрь 1999 г.). «Идентификация вагинальных видов Lactobacillus, а также демографические и микробиологические характеристики женщин, колонизированных этими видами». Журнал инфекционных болезней . 180 (6): 1950–6. дои : 10.1086/315109 . ПМИД  10558952.
  82. ^ Усик М., Зольник С.П., Касл П.Е., Поррас С., Эрреро Р., Градиссимо А. и др. (март 2020 г.). «Шейно-вагинальный микробиом и естественное течение ВПЧ в продольном исследовании». ПЛОС Патогены . 16 (3): e1008376. дои : 10.1371/journal.ppat.1008376 . ПМК 7098574 . ПМИД  32214382. 
  83. ^ Фокс С., Эйхельбергер К. (декабрь 2015 г.). «Материнский микробиом и исходы беременности». Фертильность и бесплодие . 104 (6): 1358–63. doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.09.037 . ПМИД  26493119.
  84. ^ Вассенаар ТМ, Паниграхи П (декабрь 2014 г.). «Развивается ли плод в стерильной среде?». Письма по прикладной микробиологии . 59 (6): 572–9. дои : 10.1111/lam.12334. PMID  25273890. S2CID  206169539.
  85. ^ Швирц А (2016). Микробиота человеческого организма: значение для здоровья и болезней . Швейцария: Шпрингер. п. 1. ISBN 978-3-319-31248-4.
  86. ^ Тамбурини С., Шен Н., Ву ХК, Клементе Дж.К. (июль 2016 г.). «Микробиом в раннем возрасте: последствия для здоровья». Природная медицина . 22 (7): 713–22. дои : 10.1038/нм.4142 . PMID  27387886. S2CID  2462790.
  87. ^ де Гоффау MC, Лагер С., Совио Ю, Гаччоли Ф, Кук Э, Пикок С.Дж. и др. (август 2019 г.). «Плацента человека не имеет микробиома, но может содержать потенциальные патогены». Природа . 572 (7769): 329–334. Бибкод : 2019Natur.572..329D. дои : 10.1038/s41586-019-1451-5. ПМК 6697540 . ПМИД  31367035. 
  88. ^ Эйзенхофер Р., Миних Дж.Дж., Мароц С., Купер А., Найт Р., Вейрих Л.С. (февраль 2019 г.). «Загрязнение в исследованиях микробиома с низкой микробной биомассой: проблемы и рекомендации». Тенденции в микробиологии . 27 (2): 105–117. дои : 10.1016/j.tim.2018.11.003. hdl : 2440/122027 . PMID  30497919. S2CID  54166123.
  89. ^ Франасиак Дж. М., Скотт RT (декабрь 2015 г.). «Микробиом репродуктивного тракта во вспомогательных репродуктивных технологиях». Фертильность и бесплодие . 104 (6): 1364–71. doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.10.012 . ПМИД  26597628.
  90. ^ Саттер В.Л. (1984). «Анаэробы как нормальная флора полости рта». Обзоры инфекционных болезней . 6 (Приложение 1): S62-566. doi : 10.1093/clinids/6.Supplement_1.S62. ПМИД  6372039.
  91. ^ abcde Kumar PS (декабрь 2013 г.). «Микробиота полости рта и системные заболевания». Анаэроб . 24 : 90–3. дои : 10.1016/j.anaerobe.2013.09.010. PMID  24128801. S2CID  40735283.
  92. ^ Арвейлер Н.Б., Нетушил Л. (май 2016 г.). «Микробиота полости рта». В Швирце А. (ред.). Микробиота человеческого организма . Достижения экспериментальной медицины и биологии. Том. 902. Спрингер, Чам. стр. 45–60. дои : 10.1007/978-3-319-31248-4_4. ISBN 978-3-319-31248-4. ПМИД  27161350.
  93. ^ abcd Авила М., Ойциус Д.М., Йылмаз О. (август 2009 г.). «Микробиота полости рта: жизнь с постоянным гостем». ДНК и клеточная биология . 28 (8): 405–11. дои : 10.1089/dna.2009.0874. ПМЦ 2768665 . ПМИД  19485767. 
  94. ^ аб Роджерс А.Х., изд. (2008). Молекулярная оральная микробиология . Кайстер Академик Пресс. ISBN 978-1-904455-24-0.
  95. ^ abcde Zarco MF, Vess TJ, Ginsburg GS (март 2012 г.). «Микробиом полости рта в здоровье и болезни и потенциальное влияние на персонализированную стоматологическую медицину». Заболевания полости рта . 18 (2): 109–20. дои : 10.1111/j.1601-0825.2011.01851.x . PMID  21902769. S2CID  24411104.
  96. ^ Роудс Н.С., Пински А.Н., Монсибайс А.Н., Янкил А., Доратт Б.М., Синко И.Р. и др. (август 2021 г.). «Острая инфекция SARS-CoV-2 связана с увеличением количества бактериальных патогенов, включая Pseudomonas aeruginosa, в носу». Отчеты по ячейкам . 36 (9): 109637. doi :10.1016/j.celrep.2021.109637. ISSN  2211-1247. ПМЦ 8361213 . ПМИД  34433082. 
  97. ^ Винг Хо Ман; Воутер А.А. де Стенхейсен Питерс; Дебби Богерт (2017). «Микробиота дыхательных путей: страж здоровья органов дыхания». Nature Reviews Microbiology (опубликовано 20 марта 2017 г.). 15 (5): 259–270. дои : 10.1038/NRMICRO.2017.14. hdl : 20.500.11820/f1137874-9c51-401b-bca4-e2a5da3e219b. ISSN  1740-1534. ПМЦ 7097736 . ПМИД  28316330. Викиданные : Q34553608
  98. ^ ab Beringer PM, Appleman MD (ноябрь 2000 г.). «Необычная респираторная бактериальная флора при муковисцидозе: микробиологические и клинические особенности» (PDF) . Современное мнение в области легочной медицины . 6 (6): 545–50. дои : 10.1097/00063198-200011000-00015. PMID  11100967. S2CID  845977. Архивировано из оригинала (PDF) 16 октября 2013 года.
  99. ^ Вердье Дж., Луедде Т., Селлге Г. (июнь 2015 г.). «Билиарный барьер слизистой оболочки и микробиом». Висзералмедизин . 31 (3): 156–61. дои : 10.1159/000431071. ПМК 4569210 . ПМИД  26468308. 
  100. ^ Ю Б, Ю Б, Ю Л (июнь 2020 г.). «Комментарий: сочетание гигиены и чистоты: новый взгляд на микробиом человека». Индийский журнал микробиологии . 60 (2): 259–261. doi : 10.1007/s12088-020-00863-w. ПМК 7105528 . ПМИД  32255860. 
  101. ^ Коупленд CS. Мир внутри нас: здоровье и микробиом человека. Журнал здравоохранения Нового Орлеана, сентябрь-октябрь 2017 г.
  102. ^ Хонда К, Литтман Д.Р. (июль 2016 г.). «Микробиота в адаптивном иммунном гомеостазе и заболеваниях». Природа . 535 (7610): 75–84. Бибкод : 2016Natur.535...75H. дои : 10.1038/nature18848. PMID  27383982. S2CID  4461492.
  103. ^ «Метаболиты сыворотки, отражающие альфа-разнообразие микробиома кишечника, предсказывают диабет 2 типа» . Метаболон . Проверено 3 ноября 2022 г.
  104. ^ Любакка А, Вон Б.П. (июль 2016 г.). «Инфекция Clostridium difficile и трансплантация фекальной микробиоты». Расширенная интенсивная терапия AACN . 27 (3): 324–337. doi : 10.4037/aacnacc2016703. ПМЦ 5666691 . ПМИД  27959316. 
  105. ^ Бертон Дж. Х., Джонсон М., Джонсон Дж., Ся Д. С., Гринуэй Флорида, Хейман М. Л. (июль 2015 г.). «Добавление модулятора желудочно-кишечного микробиома к метформину улучшает толерантность к метформину и уровень глюкозы натощак». Журнал науки и технологий о диабете . 9 (4): 808–14. дои : 10.1177/1932296815577425. ПМЦ 4525649 . ПМИД  25802471. 
  106. ^ Аб Баккен Дж.С., Бороди Т., Брандт Л.Дж., Брилл СП, Демарко Д.С., Францос М.А. и др. (декабрь 2011 г.). «Лечение инфекции Clostridium difficile трансплантацией фекальной микробиоты». Клиническая гастроэнтерология и гепатология . 9 (12): 1044–9. дои : 10.1016/j.cgh.2011.08.014. ПМЦ 3223289 . ПМИД  21871249. 
  107. ^ Гоф Э., Шейх Х., Мангес А.Р. (ноябрь 2011 г.). «Систематический обзор трансплантации кишечной микробиоты (фекальной бактериотерапии) при рецидивирующей инфекции Clostridium difficile». Клинические инфекционные болезни . 53 (10): 994–1002. дои : 10.1093/cid/cir632 . ПМИД  22002980.
  108. ^ Браун WR (август 2014 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты при лечении инфекции Clostridium difficile». Журнал пищеварительных заболеваний . 15 (8): 405–8. дои : 10.1111/1751-2980.12160. PMID  24825534. S2CID  44651256.
  109. ^ Берк К.Э., Ламонт Дж.Т. (август 2013 г.). «Трансплантация кала при рецидивирующей инфекции Clostridium difficile у пожилых людей: обзор». Журнал Американского гериатрического общества . 61 (8): 1394–8. дои : 10.1111/jgs.12378 . PMID  23869970. S2CID  34998497.
  110. ^ Дреконья Д., Райх Дж., Гезахегн С., Грир Н., Шаукат А., Макдональд Р. и др. (май 2015 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты при инфекции Clostridium difficile: систематический обзор». Анналы внутренней медицины . 162 (9): 630–8. дои : 10,7326/м14-2693. PMID  25938992. S2CID  1307726.
  111. ^ Брандт LJ, Бороди Т.Дж., Кэмпбелл Дж. (сентябрь 2011 г.). «Эндоскопическая трансплантация фекальной микробиоты: лечение «первой линии» при тяжелой инфекции Clostridium difficile?». Журнал клинической гастроэнтерологии . 45 (8): 655–7. дои : 10.1097/MCG.0b013e3182257d4f . PMID  21716124. S2CID  2508836.
  112. ^ Келли CR, де Леон Л., Ясуткар Н. (февраль 2012 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты при рецидиве инфекции Clostridium difficile у 26 пациентов: методология и результаты». Журнал клинической гастроэнтерологии . 46 (2): 145–9. дои : 10.1097/MCG.0b013e318234570b. PMID  22157239. S2CID  30849491.
  113. ^ abcdefgh Гарретт WS (апрель 2015 г.). «Рак и микробиота». Наука . 348 (6230): 80–6. Бибкод : 2015Sci...348...80G. дои : 10.1126/science.aaa4972. ПМЦ 5535753 . ПМИД  25838377. 
  114. ^ abcd Ганьер Дж., Райш Дж., Везиант Дж., Барнич Н., Бонне Р., Бук Э. и др. (январь 2016 г.). «Дисбаланс кишечной микробиоты и колоректальный рак». Всемирный журнал гастроэнтерологии . 22 (2): 501–18. дои : 10.3748/wjg.v22.i2.501 . ПМК 4716055 . ПМИД  26811603. 
  115. ^ аб Сартор Р.Б., Мазманян С.К. (июль 2012 г.). «Кишечные микробы при воспалительных заболеваниях кишечника». Американский журнал гастроэнтерологических добавок . 1 (1): 15–21. дои : 10.1038/ajgsup.2012.4.
  116. ↑ Hold GL, Smith M, Grange C, Watt ER, El-Omar EM, Mukhopadhya I (февраль 2014 г.). «Роль микробиоты кишечника в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника: что мы узнали за последние 10 лет?». Всемирный журнал гастроэнтерологии . 20 (5): 1192–210. дои : 10.3748/wjg.v20.i5.1192 . ПМК 3921503 . ПМИД  24574795. 
  117. ^ ab Зильберман-Шапира Г., Змора Н., Итав С., Башиард С., Элинав Х., Элинав Э. (июнь 2016 г.). «Микробиом кишечника при инфекции вируса иммунодефицита человека». БМК Медицина . 14 (1): 83. дои : 10.1186/s12916-016-0625-3 . ПМЦ 4891875 . ПМИД  27256449. 
  118. ^ Петрова М.И., ван ден Брук М., Бальзарини Дж., Вандерлейден Дж., Лебир С. (сентябрь 2013 г.). «Вагинальная микробиота и ее роль в передаче и инфекции ВИЧ». Обзоры микробиологии FEMS . 37 (5): 762–92. дои : 10.1111/1574-6976.12029. PMID  23789590. S2CID  32045698.
  119. ^ ab Сато Ю, Атараши К, Плихта Д.Р., Араи Ю, Сасаджима С., Кирни С.М., Суда В., Такешита К., Сасаки Т., Окамото С., Скелли А.Н., Окамура Ю., Вламакис Х., Ли Ю., Таноуэ Т., Такей Х., Ниттоно Х, Нарушима С, Ири Дж, Ито Х, Мория К, Сугиура Ю, Суэмацу М, Моритоки Н, Шибата С, Литтман Д.Р., Фишбах М.А., Увамино Ю, Иноуэ Т, Хонда А, Хаттори М, Мурай Т, Ксавьер Р.Дж. , Хиросе Н., Хонда К. Новые пути биосинтеза желчных кислот обогащены микробиомом долгожителей. Природа. Ноябрь 2021 г.;599(7885):458-464. дои: 10.1038/s41586-021-03832-5. Epub, 29 июля 2021 г. PMID 34325466.
  120. ^ Интальята C (22 декабря 2016 г.). «Некробиом показывает время смерти трупа». Научный американец . Проверено 26 марта 2018 г.
  121. ↑ Young E (10 декабря 2015 г.). «Знакомьтесь с некробиомом: волны микробов, которые съедят ваш труп». Атлантический океан . Проверено 26 марта 2018 г.
  122. ^ Хармон К. (16 декабря 2009 г.). «Ошибки внутри: что происходит, когда микробы, которые поддерживают наше здоровье, исчезают?». Научный американец . Проверено 27 декабря 2008 г.
  123. ^ аб Хитч, Томас, Калифорния; Холл, Линдси Дж.; Уолш, Сара Кейт; Левенталь, Габриэль Э.; Слэк, Эмма; де Воутерс, Томас; Уолтер, Йенс; Клавель, Томас (июнь 2022 г.). «Вмешательства на основе микробиома для модуляции экологии кишечника и иммунной системы». Иммунология слизистой оболочки . 15 (6): 1095–1113. дои : 10.1038/s41385-022-00564-1 . ISSN  1935-3456. ПМЦ 9705255 . ПМИД  36180583. 
  124. ^ Каллеварт, Крис; Кнедлседер, Настасья; Кароглан, Анте; Гуэль, Марк; Петцольд, Бернхард (1 января 2021 г.). «Трансплантация и манипуляции с микробиомом кожи: современное состояние». Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 19 : 624–631. дои : 10.1016/j.csbj.2021.01.001. ISSN  2001-0370. ПМК 7806958 . ПМИД  33510866. 
  125. ^ Монда, Винченцо; Виллано, Инес; Мессина, Антониетта; Валенцано, Анна; Эспозито, Тереза; Москателли, Фьоренцо; Виджано, Андреа; Чибелли, Джузеппе; Шеффи, Серджио; Монда, Марчеллино; Мессина, Джованни (5 марта 2017 г.). «Упражнения изменяют микробиоту кишечника с положительным эффектом для здоровья». Окислительная медицина и клеточное долголетие . 2017 : e3831972. дои : 10.1155/2017/3831972 . ISSN  1942-0900. ПМЦ 5357536 . ПМИД  28357027. 
  126. ^ Почта, Люси Дж.; Аллен, Джейкоб М.; Буфорд, Томас В.; Филдс, Кристофер Дж.; Вудс, Джеффри А. (апрель 2019 г.). «Упражнения и кишечный микробиом: обзор данных, потенциальных механизмов и последствий для здоровья человека». Обзоры физических упражнений и спортивных наук . 47 (2): 75–85. doi : 10.1249/JES.0000000000000183 . ISSN  0091-6331. PMID  30883471. S2CID  83461620.
  127. ^ аб Вангай П., Джонсон А.Дж., Уорд Т.Л., Аль-Галит Г.А., Шилдс-Катлер Р.Р., Хиллманн Б.М. и др. (ноябрь 2018 г.). «Иммиграция в США вестернизирует микробиом кишечника человека». Клетка . 175 (4): 962–972.e10. дои : 10.1016/j.cell.2018.10.029. ПМК 6498444 . ПМИД  30388453. 
  128. ^ ab Каплан Р.К., Ван З., Усик М., Сотрес-Альварес Д., Давиглус М.Л., Шнайдерман Н. и др. (ноябрь 2019 г.). «Состав кишечного микробиома в исследовании здоровья латиноамериканского сообщества / исследовании латиноамериканцев формируется под влиянием географического переселения, факторов окружающей среды и ожирения». Геномная биология . 20 (1): 219. дои : 10.1186/s13059-019-1831-z . ПМК 6824043 . ПМИД  31672155. 
  129. ^ «Комплексное профилирование передачи микробов через рот и кишечник от человека к человеку» . Новости-Medical.net . 20 января 2023 года. Архивировано из оригинала 16 февраля 2023 года . Проверено 16 февраля 2023 г.
  130. ^ Валлес-Коломер, Мирейя; Бланко-Мигес, Айтор; Манги, Паоло; и другие. (февраль 2023 г.). «Способ передачи микробиомов кишечника и полости рта от человека к человеку». Природа . 614 (7946): 125–135. Бибкод : 2023Natur.614..125V. дои : 10.1038/s41586-022-05620-1 . ISSN  1476-4687. ПМК 9892008 . ПМИД  36653448. 

Внешние ссылки