stringtranslate.com

Транскрипция (биология)

Транскрипция — это процесс копирования сегмента ДНК в РНК. Сегменты ДНК, транскрибированные в молекулы РНК, которые могут кодировать белки, производят информационную РНК (мРНК). Другие сегменты ДНК транскрибируются в молекулы РНК, называемые некодирующими РНК (нкРНК).

И ДНК, и РНК являются нуклеиновыми кислотами , которые используют пары оснований нуклеотидов в качестве комплементарного языка. Во время транскрипции последовательность ДНК считывается РНК- полимеразой , которая производит комплементарную, антипараллельную цепь РНК, называемую первичным транскриптом .

В вирусологии термин транскрипция используется, когда речь идет о синтезе мРНК из вирусной молекулы РНК. Геном многих РНК -вирусов [a] состоит из отрицательно-полярной РНК, которая действует как шаблон для положительно-полярной вирусной информационной РНК - необходимого шага в синтезе вирусных белков, необходимых для вирусной репликации . Этот процесс катализируется вирусной РНК-зависимой РНК-полимеразой . [1]

Фон

Единица транскрипции ДНК, кодирующая белок, может содержать как кодирующую последовательность , которая будет транслироваться в белок, так и регуляторные последовательности , которые направляют и регулируют синтез этого белка. Регуляторная последовательность перед ( выше по течению) кодирующей последовательностью называется пятью основными нетранслируемыми областями (5'UTR); последовательность после ( ниже по течению ) кодирующей последовательности называется тремя основными нетранслируемыми областями (3'UTR). [2]

В отличие от репликации ДНК , транскрипция приводит к образованию РНК-комплемента, включающего нуклеотид урацил (U) во всех случаях, когда в ДНК-комплементе должен был присутствовать тимин (T). [3]

Только одна из двух цепей ДНК служит матрицей для транскрипции. Антисмысловая цепь ДНК считывается РНК-полимеразой от 3'-конца к 5'-концу во время транскрипции (3' → 5'). Комплементарная РНК создается в противоположном направлении, в направлении 5' → 3', совпадая с последовательностью смысловой цепи, за исключением переключения урацила на тимин. Эта направленность обусловлена ​​тем, что РНК-полимераза может добавлять нуклеотиды только к 3'-концу растущей цепи мРНК. Такое использование только 3' → 5' цепи ДНК устраняет необходимость во фрагментах Оказаки , которые наблюдаются при репликации ДНК. [2] Это также устраняет необходимость в РНК-праймере для инициирования синтеза РНК, как это имеет место при репликации ДНК.

Не - шаблонная (смысловая) цепь ДНК называется кодирующей цепью , поскольку ее последовательность такая же, как и у вновь созданного транскрипта РНК (за исключением замены урацила на тимин). Это цепь, которая используется по соглашению при представлении последовательности ДНК. [4]

Транскрипция имеет некоторые механизмы проверки, но их меньше и они менее эффективны, чем контрольные элементы для копирования ДНК. В результате, транскрипция имеет более низкую точность копирования, чем репликация ДНК. [5]

Основные шаги

Транскрипция делится на инициацию , выход из промотора , удлинение и терминацию . [6]

Настройка для транскрипции

Усилители, факторы транскрипции, медиаторный комплекс и петли ДНК в транскрипции млекопитающих

Регуляция транскрипции у млекопитающих . Активная энхансерная регуляторная область ДНК способна взаимодействовать с промоторной областью ДНК своего целевого гена путем образования хромосомной петли. Это может инициировать синтез матричной РНК (мРНК) РНК-полимеразой II (РНКП II), связанной с промотором в месте начала транскрипции гена. Петля стабилизируется одним архитектурным белком, прикрепленным к энхансеру, и одним, прикрепленным к промотору, и эти белки соединяются, образуя димер (красные зигзаги). Специфические регуляторные факторы транскрипции связываются с мотивами последовательности ДНК на энхансере. Общие факторы транскрипции связываются с промотором. Когда фактор транскрипции активируется сигналом (здесь обозначен как фосфорилирование , показанное маленькой красной звездочкой на факторе транскрипции на энхансере), энхансер активируется и теперь может активировать свой целевой промотор. Активный энхансер транскрибируется на каждой цепи ДНК в противоположных направлениях связанными РНКП II. Медиатор (комплекс, состоящий примерно из 26 белков во взаимодействующей структуре) передает регуляторные сигналы от факторов транскрипции, связанных с ДНК-энхансером, к промотору.

Настройка транскрипции у млекопитающих регулируется многими цис-регуляторными элементами , включая основной промотор и промоторно-проксимальные элементы , которые расположены вблизи мест начала транскрипции генов. Основные промоторы в сочетании с общими факторами транскрипции достаточны для управления инициацией транскрипции, но, как правило, имеют низкую базальную активность. [7] Другие важные цис-регуляторные модули локализованы в областях ДНК, которые удалены от мест начала транскрипции. К ним относятся энхансеры , сайленсеры , инсуляторы и элементы привязки. [8] Среди этого созвездия элементов энхансеры и связанные с ними факторы транскрипции играют ведущую роль в инициации транскрипции генов. [9] Энхансер, локализованный в области ДНК, удаленной от промотора гена, может оказывать очень большое влияние на транскрипцию генов, при этом некоторые гены подвергаются до 100-кратному увеличению транскрипции из-за активированного энхансера. [10]

Энхансеры — это области генома, которые являются основными элементами регуляции генов. Энхансеры контролируют программы транскрипции генов, специфичные для типа клеток, чаще всего, прокладывая петли на больших расстояниях, чтобы физически приблизиться к промоторам своих целевых генов. [11] Хотя существуют сотни тысяч областей ДНК энхансеров, [12] для определенного типа ткани только определенные энхансеры приближаются к промоторам, которые они регулируют. В исследовании нейронов коры головного мозга было обнаружено 24 937 петель, приближающих энхансеры к своим целевым промоторам. [10] Множественные энхансеры, каждый из которых часто находится на расстоянии десятков или сотен тысяч нуклеотидов от своих целевых генов, прокладывают петли к своим целевым промоторам генов и могут координировать друг с другом, чтобы контролировать транскрипцию своего общего целевого гена. [11]

Схематическая иллюстрация в этом разделе показывает энхансер, образующий петлю, чтобы приблизиться к промотору целевого гена. Петля стабилизируется димером соединительного белка (например, димером CTCF или YY1 ), при этом один член димера прикреплен к своему связывающему мотиву на энхансере, а другой член прикреплен к своему связывающему мотиву на промоторе (представлен красными зигзагами на иллюстрации). [13] Несколько факторов транскрипции, специфичных для клеточных функций (в человеческой клетке насчитывается около 1600 факторов транскрипции [14] ), обычно связываются со специфическими мотивами на энхансере [15], и небольшая комбинация этих связанных с энхансером факторов транскрипции, когда они приближаются к промотору с помощью петли ДНК, регулируют уровень транскрипции целевого гена. Медиатор (комплекс, обычно состоящий из около 26 белков во взаимодействующей структуре) передает регуляторные сигналы от факторов транскрипции, связанных с ДНК-энхансером, непосредственно ферменту РНК-полимеразе II (pol II), связанному с промотором. [16]

Активные энхансеры обычно транскрибируются с обеих цепей ДНК с помощью РНК-полимераз, действующих в двух разных направлениях, производя две энхансерные РНК (eRNA), как показано на рисунке. [17] Неактивный энхансер может быть связан с неактивным фактором транскрипции. Фосфорилирование фактора транскрипции может активировать его, и этот активированный фактор транскрипции может затем активировать энхансер, с которым он связан (см. маленькую красную звездочку, представляющую фосфорилирование фактора транскрипции, связанного с энхансером на рисунке). [18] Активированный энхансер начинает транскрипцию своей РНК перед активацией транскрипции информационной РНК со своего целевого гена. [19]

Метилирование и деметилирование CpG-островков

Это показывает, где добавляется метильная группа при образовании 5-метилцитозина.

Регуляция транскрипции примерно в 60% промоторов также контролируется метилированием цитозинов в динуклеотидах CpG (где за 5' цитозином следует 3' гуанин или сайты CpG ). 5-метилцитозин (5-mC) представляет собой метилированную форму цитозина основания ДНК (см. рисунок). 5-mC представляет собой эпигенетический маркер, обнаруженный преимущественно в сайтах CpG. В геноме человека встречается около 28 миллионов динуклеотидов CpG. [20] В большинстве тканей млекопитающих в среднем от 70% до 80% цитозинов CpG метилированы (образуя 5-метилCpG или 5-mCpG). [21] Однако неметилированные цитозины в последовательностях 5' цитозин-гуанин 3' часто встречаются группами, называемыми островками CpG , на активных промоторах. Около 60% последовательностей промотора имеют остров CpG, тогда как только около 6% последовательностей энхансера имеют остров CpG. [22] Острова CpG представляют собой регуляторные последовательности, поскольку, если островки CpG метилированы в промоторе гена, это может снизить или остановить транскрипцию гена. [23]

Метилирование ДНК регулирует транскрипцию генов посредством взаимодействия с белками домена связывания метила (MBD), такими как MeCP2, MBD1 и MBD2. Эти белки MBD наиболее прочно связываются с высокометилированными островками CpG . [24] Эти белки MBD имеют как домен связывания метил-CpG, так и домен репрессии транскрипции. [24] Они связываются с метилированной ДНК и направляют или направляют белковые комплексы с ремоделированием хроматина и/или модифицирующей гистон активностью к метилированным островкам CpG. Белки MBD обычно подавляют локальный хроматин, например, катализируя введение репрессивных гистоновых меток или создавая общую репрессивную хроматиновую среду посредством ремоделирования нуклеосом и реорганизации хроматина. [24]

Схематическая кариограмма человека, показывающая обзор человеческого генома в G-бэндинге , где более светлые области, как правило, более транскрипционно активны, тогда как более темные области более неактивны, включая некодирующую ДНК .

Как отмечалось в предыдущем разделе, факторы транскрипции — это белки, которые связываются с определенными последовательностями ДНК для регулирования экспрессии гена. Связывающая последовательность для фактора транскрипции в ДНК обычно имеет длину около 10 или 11 нуклеотидов. Как было подытожено в 2009 году, Вакеризас и др. указали, что существует около 1400 различных факторов транскрипции, закодированных в геноме человека генами, которые составляют около 6% всех генов, кодирующих человеческие белки. [25] Около 94% участков связывания факторов транскрипции (TFBS), которые связаны с генами, реагирующими на сигнал, находятся в энхансерах, тогда как только около 6% таких TFBS находятся в промоторах. [15]

Белок EGR1 является особым фактором транскрипции, который важен для регуляции метилирования CpG-островков. Сайт связывания фактора транскрипции EGR1 часто располагается в последовательностях энхансера или промотора. [26] В геноме млекопитающих имеется около 12 000 сайтов связывания EGR1, и около половины сайтов связывания EGR1 расположены в промоторах, а половина — в энхансерах. [26] Связывание EGR1 с его сайтом связывания целевой ДНК нечувствительно к метилированию цитозина в ДНК. [26]

В то время как в нестимулированных клетках обнаруживаются лишь небольшие количества белка фактора транскрипции EGR1, трансляция гена EGR1 в белок через час после стимуляции резко повышается. [27] Выработка белков фактора транскрипции EGR1 в различных типах клеток может стимулироваться факторами роста, нейротрансмиттерами, гормонами, стрессом и травмой. [27] В мозге, когда нейроны активируются, белки EGR1 активируются и связываются с (рекрутируют) уже существующими ферментами TET1 , которые в больших количествах вырабатываются в нейронах. Ферменты TET могут катализировать деметилирование 5-метилцитозина. Когда факторы транскрипции EGR1 переносят ферменты TET1 к сайтам связывания EGR1 в промоторах, ферменты TET могут деметилировать метилированные островки CpG на этих промоторах. После деметилирования эти промоторы могут инициировать транскрипцию своих целевых генов. Сотни генов в нейронах дифференциально экспрессируются после активации нейронов посредством привлечения EGR1 TET1 к метилированным регуляторным последовательностям в их промоторах. [26]

Метилирование промоторов также изменяется в ответ на сигналы. Три ДНК-метилтрансферазы млекопитающих (DNMT1, DNMT3A и DNMT3B) катализируют добавление метильных групп к цитозинам в ДНК. В то время как DNMT1 является поддерживающей метилтрансферазой, DNMT3A и DNMT3B могут осуществлять новые метилирования. Также существуют две изоформы белков сплайсинга , продуцируемые геном DNMT3A : белки ДНК-метилтрансферазы DNMT3A1 и DNMT3A2. [28]

Изоформа сплайсинга DNMT3A2 ведет себя как продукт классического немедленно-раннего гена и, например, она устойчиво и временно продуцируется после нейрональной активации. [29] То, где изоформа ДНК-метилтрансферазы DNMT3A2 связывается и добавляет метильные группы к цитозинам, по-видимому, определяется посттрансляционными модификациями гистонов. [30] [31] [32]

С другой стороны, нейронная активация вызывает деградацию DNMT3A1, сопровождающуюся снижением метилирования по крайней мере одного оцененного целевого промотора. [33]

Инициация

Транскрипция начинается с РНК-полимеразы и одного или нескольких общих факторов транскрипции , связывающихся с последовательностью промотора ДНК, чтобы сформировать закрытый комплекс РНК-полимераза-промотор. В закрытом комплексе ДНК промотора все еще полностью двухцепочечная. [6]

РНК-полимераза, при содействии одного или нескольких общих факторов транскрипции, затем раскручивает приблизительно 14 пар оснований ДНК, образуя открытый комплекс РНК-полимераза-промотор. В открытом комплексе ДНК промотора частично раскручена и является одноцепочечной. Выставленная одноцепочечная ДНК называется «транскрипционным пузырем». [6]

Затем РНК-полимераза, при содействии одного или нескольких общих факторов транскрипции, выбирает сайт начала транскрипции в транскрипционном пузыре, связывается с инициирующим NTP и удлиняющим NTP (или коротким РНК- праймером и удлиняющим NTP), комплементарными последовательности сайта начала транскрипции, и катализирует образование связи, в результате чего получается начальный продукт РНК. [6]

У бактерий голофермент РНК-полимеразы состоит из пяти субъединиц: 2 α-субъединицы, 1 β-субъединица, 1 β'-субъединица и 1 ω-субъединица. У бактерий есть один общий фактор транскрипции РНК, известный как сигма-фактор . Основной фермент РНК-полимеразы связывается с бактериальным общим фактором транскрипции (сигма) для образования голофермента РНК-полимеразы, а затем связывается с промотором. [6] (РНК-полимераза называется голоферментом, когда сигма-субъединица присоединена к основному ферменту, который состоит только из 2 α-субъединиц, 1 β-субъединицы, 1 β'-субъединицы). В отличие от эукариот, инициирующий нуклеотид зарождающейся бактериальной мРНК не закрыт модифицированным гуаниновым нуклеотидом. Инициирующий нуклеотид бактериальных транскриптов несет 5′ трифосфат (5′-PPP), который можно использовать для картирования участков инициации транскрипции по всему геному. [35]

У архей и эукариот РНК-полимераза содержит субъединицы, гомологичные каждой из пяти субъединиц РНК-полимеразы у бактерий, а также содержит дополнительные субъединицы. У архей и эукариот функции бактериального общего фактора транскрипции сигма выполняются несколькими общими факторами транскрипции, которые работают вместе. [6] У архей есть три общих фактора транскрипции: TBP , TFB и TFE . У эукариот в транскрипции, зависящей от РНК-полимеразы II , есть шесть общих факторов транскрипции: TFIIA , TFIIB ( ортолог архейного TFB), TFIID (мультисубъединичный фактор, в котором ключевая субъединица, TBP , является ортологом архейного TBP), TFIIE ( ортолог архейного TFE), TFIIF и TFIIH . TFIID является первым компонентом, который связывается с ДНК из-за связывания TBP, в то время как TFIIH является последним компонентом, который будет рекрутирован. У архей и эукариот закрытый комплекс РНК-полимеразы-промотора обычно называют «комплексом преинициации ». [36]

Инициация транскрипции регулируется дополнительными белками, известными как активаторы и репрессоры , а в некоторых случаях — ассоциированными коактиваторами или корепрессорами , которые модулируют формирование и функционирование комплекса инициации транскрипции. [6]

Побег промоутера

После синтеза первой связи РНК-полимераза должна уйти от промотора. В это время наблюдается тенденция к высвобождению транскрипта РНК и образованию укороченных транскриптов. Это называется абортивной инициацией и характерно как для эукариот, так и для прокариот. [37] Абортивная инициация продолжается до тех пор, пока не синтезируется продукт РНК пороговой длины приблизительно в 10 нуклеотидов, после чего происходит уход от промотора и формируется комплекс удлинения транскрипции. [ необходима цитата ]

Механистически, выход промотора происходит посредством сжатия ДНК , что обеспечивает энергию, необходимую для разрыва взаимодействий между голоферментом РНК-полимеразы и промотором. [38]

В бактериях исторически считалось, что сигма-фактор определенно высвобождается после того, как происходит клиренс промотора. Эта теория была известна как модель обязательного высвобождения. Однако более поздние данные показали, что при и после клиренса промотора сигма-фактор высвобождается в соответствии со стохастической моделью , известной как модель стохастического высвобождения . [39]

У эукариот на промоторе, зависимом от РНК-полимеразы II, при очистке промотора TFIIH фосфорилирует серин 5 на карбоксиконцевом домене РНК-полимеразы II, что приводит к привлечению кэпирующего фермента (CE). [40] [41] Точный механизм того, как CE индуцирует очистку промотора у эукариот, пока не известен.

Удлинение

Простая схема элонгации транскрипции

Одна нить ДНК, нить матрицы (или некодирующая нить), используется в качестве матрицы для синтеза РНК. По мере транскрипции РНК-полимераза пересекает нить матрицы и использует комплементарность пар оснований с матрицей ДНК для создания копии РНК (которая удлиняется во время прохождения). Хотя РНК-полимераза пересекает нить матрицы от 3' → 5', кодирующая (не нить матрицы) и вновь образованная РНК также могут использоваться в качестве контрольных точек, поэтому транскрипцию можно описать как происходящую от 5' → 3'. Это производит молекулу РНК от 5' → 3', точную копию кодирующей нити (за исключением того, что тимины заменены урацилами , а нуклеотиды состоят из рибозного (5-углеродного) сахара, тогда как ДНК имеет дезоксирибозу (на один атом кислорода меньше) в своем сахарофосфатном остове). [3]

Транскрипция мРНК может включать несколько РНК-полимераз на одной матрице ДНК и несколько раундов транскрипции (амплификация определенной мРНК), поэтому из одной копии гена может быть быстро получено много молекул мРНК. [ требуется ссылка ] Характерные скорости удлинения у прокариот и эукариот составляют около 10–100 нуклеотидов/сек. [42] Однако у эукариот нуклеосомы выступают в качестве основных барьеров для транскрибирующих полимераз во время удлинения транскрипции. [43] [44] У этих организмов пауза, вызванная нуклеосомами, может регулироваться факторами удлинения транскрипции, такими как TFIIS. [44]

Удлинение также включает в себя механизм корректуры, который может заменить неправильно включенные основания. У эукариот это может соответствовать коротким паузам во время транскрипции, которые позволяют соответствующим факторам редактирования РНК связываться. Эти паузы могут быть присущи РНК-полимеразе или быть следствием структуры хроматина. [ необходима цитата ]

Двухцепочечные разрывы в активно транскрибируемых областях ДНК восстанавливаются посредством гомологичной рекомбинации во время фаз S и G2 клеточного цикла . [45] [46] Поскольку транскрипция повышает доступность ДНК к экзогенным химическим веществам и внутренним метаболитам, которые могут вызывать рекомбиногенные повреждения, гомологичная рекомбинация определенной последовательности ДНК может сильно стимулироваться транскрипцией. [47]

Прекращение

Бактерии используют две различные стратегии терминации транскрипции – Rho-независимую терминацию и Rho-зависимую терминацию. При Rho-независимой терминации транскрипция РНК останавливается, когда вновь синтезированная молекула РНК образует богатую GC шпильковую петлю , за которой следует бег Us. Когда формируется шпилька, механическое напряжение разрывает слабые связи rU-dA, теперь заполняя гибрид ДНК–РНК. Это вытягивает поли-U-транскрипт из активного центра РНК-полимеразы, завершая транскрипцию. При Rho-зависимой терминации Rho , белковый фактор, дестабилизирует взаимодействие между шаблоном и мРНК, тем самым высвобождая вновь синтезированную мРНК из комплекса удлинения. [48]

Окончание транскрипции у эукариот изучено меньше, чем у бактерий, но включает расщепление нового транскрипта с последующим независимым от шаблона добавлением аденинов на его новом 3'-конце в процессе, называемом полиаденилированием . [49]

Помимо терминации последовательностями терминатора (которые являются частью гена ) , транскрипция также может нуждаться в прекращении, когда она сталкивается с такими условиями, как повреждение ДНК или активная репликативная вилка . У бактерий Mfd АТФаза может удалить РНК-полимеразу, остановившуюся на повреждении, открыв ее зажим. Она также привлекает механизм репарации нуклеотидов путем эксцизии для восстановления повреждения. Предполагается, что Mfd также разрешает конфликты между репликацией ДНК и транскрипцией. [50] У эукариот АТФаза TTF2 помогает подавлять действие РНК-полимеразы I и II во время митоза , предотвращая ошибки в сегрегации хромосом. [51] У архей предполагается, что Eta АТФаза играет аналогичную роль. [52]

Роль РНК-полимеразы в посттранскрипционных изменениях РНК

CTD фосфорализуется при взаимодействии с ДНК, а затем играет важную роль, которую мы увидим далее.
Изображение, показывающее взаимодействие РНК-полимеразы с различными факторами и ДНК во время транскрипции, особенно с CTD (концевым доменом С)

РНК-полимераза играет важнейшую роль на всех этапах, включая посттранскрипционные изменения РНК.

На изображении показано, как CTD переносит белок для дальнейших изменений в РНК.

Как показано на изображении справа, очевидно, что CTD (C-концевой домен) представляет собой хвост, который меняет свою форму; этот хвост будет использоваться в качестве носителя сплайсинга, кэпирования и полиаденилирования , как показано на изображении слева. [53]

Ингибиторы

Ингибиторы транскрипции могут использоваться в качестве антибиотиков против, например, патогенных бактерий ( антибактериальные ) и грибков ( противогрибковые ). Примером такого антибактериального средства является рифампицин , который ингибирует бактериальную транскрипцию ДНК в мРНК путем ингибирования ДНК-зависимой РНК-полимеразы путем связывания ее бета-субъединицы, в то время как 8-гидроксихинолин является противогрибковым ингибитором транскрипции. [54] Эффекты метилирования гистонов также могут работать на ингибирование действия транскрипции. Мощные, биоактивные натуральные продукты, такие как триптолид, которые ингибируют транскрипцию млекопитающих посредством ингибирования субъединицы XPB общего фактора транскрипции TFIIH, недавно были описаны как конъюгат глюкозы для нацеливания на гипоксические раковые клетки с повышенной выработкой транспортера глюкозы. [55]

Эндогенные ингибиторы

У позвоночных большинство генных промоутеров содержат остров CpG с многочисленными сайтами CpG . [56] Когда многие из сайтов промотора гена CpG метилированы, ген становится подавленным (молчащим). [57] Колоректальный рак обычно имеет от 3 до 6 мутаций драйвера и от 33 до 66 мутаций попутчика или пассажира. [58] Однако транскрипционное ингибирование (молчание) может иметь большее значение, чем мутация, в возникновении прогрессирования рака. Например, при колоректальном раке около 600-800 генов транскрипционно подавлены метилированием острова CpG (см. регуляция транскрипции при раке ). Транскрипционная репрессия при раке может также происходить другими эпигенетическими механизмами, такими как измененная продукция микроРНК . [59] При раке молочной железы подавление транскрипции BRCA1 может происходить чаще из-за избыточной продукции микроРНК-182, чем из-за гиперметилирования промотора BRCA1 (см. Низкая экспрессия BRCA1 при раке молочной железы и яичников ). [ необходима цитата ]

Транскрипционные фабрики

Активные транскрипционные единицы сгруппированы в ядре, в дискретных участках, называемых транскрипционными фабриками или эухроматином . Такие участки можно визуализировать, позволив задействованным полимеразам расширить свои транскрипты в меченых предшественниках (Br-UTP или Br-U) и иммуномаркируя меченую зарождающуюся РНК. Транскрипционные фабрики также можно локализовать с помощью флуоресцентной гибридизации in situ или пометить антителами, направленными против полимераз. В нуклеоплазме клетки HeLa находится ~10 000 фабрик , среди которых ~8 000 фабрик полимеразы II и ~2 000 фабрик полимеразы III. Каждая фабрика полимеразы II содержит ~8 полимераз. Поскольку большинство активных транскрипционных единиц связаны только с одной полимеразой, каждая фабрика обычно содержит ~8 различных транскрипционных единиц. Эти единицы могут быть связаны через промоторы и/или энхансеры, с петлями, образующими «облако» вокруг фактора. [60]

История

Молекула, которая позволяет генетическому материалу реализоваться в виде белка, была впервые выдвинута Франсуа Жакобом и Жаком Моно . Северо Очоа получил Нобелевскую премию по физиологии и медицине в 1959 году за разработку процесса синтеза РНК in vitro с полинуклеотидфосфорилазой , который был полезен для взлома генетического кода . Синтез РНК с помощью РНК-полимеразы был установлен in vitro несколькими лабораториями к 1965 году; однако РНК, синтезированная этими ферментами, обладала свойствами, которые предполагали существование дополнительного фактора, необходимого для правильного завершения транскрипции. [ необходима цитата ]

Роджер Д. Корнберг получил Нобелевскую премию по химии 2006 года «за исследования молекулярных основ эукариотической транскрипции ». [61]

Измерение и обнаружение

Электронная микрофотография транскрипции рибосомальной РНК. Образующиеся нити рибосомальной РНК видны как ответвления от основной нити ДНК. [ необходима цитата ]

Транскрипцию можно измерить и обнаружить различными способами: [ необходима ссылка ]

Обратная транскрипция

Схема обратной транскрипции

Некоторые вирусы (например , ВИЧ , причина СПИДа ) обладают способностью транскрибировать РНК в ДНК. ВИЧ имеет геном РНК, который обратно транскрибируется в ДНК. Полученная ДНК может быть объединена с геномом ДНК клетки-хозяина. Основной фермент, ответственный за синтез ДНК из шаблона РНК, называется обратной транскриптазой . [64]

В случае ВИЧ обратная транскриптаза отвечает за синтез комплементарной цепи ДНК (кДНК) к геному вирусной РНК. Затем фермент рибонуклеаза H расщепляет цепь РНК, а обратная транскриптаза синтезирует комплементарную цепь ДНК, образуя структуру двойной спирали ДНК (кДНК). КДНК интегрируется в геном клетки-хозяина ферментом интегразой , что заставляет клетку-хозяина генерировать вирусные белки, которые повторно собираются в новые вирусные частицы. При ВИЧ после этого клетка-хозяин подвергается запрограммированной клеточной смерти, или апоптозу , Т-клеток . [65] Однако у других ретровирусов клетка-хозяин остается нетронутой, пока вирус отпочковывается от клетки. [ необходима цитата ]

Некоторые эукариотические клетки содержат фермент с обратной транскрипционной активностью, называемый теломеразой . Теломераза переносит РНК-шаблон, с которого она синтезирует теломеры , повторяющуюся последовательность ДНК, на конец линейных хромосом. Это важно, поскольку каждый раз, когда линейная хромосома дублируется, она укорачивается. При наличии теломеров на концах хромосом укорачивание устраняет некоторые несущественные повторяющиеся последовательности, а не последовательность ДНК, кодирующую белок, которая находится дальше от конца хромосомы.

Теломераза часто активируется в раковых клетках, чтобы позволить раковым клеткам бесконечно дублировать свои геномы, не теряя важную последовательность ДНК, кодирующую белок. Активация теломеразы может быть частью процесса, который позволяет раковым клеткам стать бессмертными. Было доказано, что бессмертный фактор рака через удлинение теломер из-за теломеразы встречается в 90% всех канцерогенных опухолей in vivo , а оставшиеся 10% используют альтернативный путь поддержания теломер, называемый ALT или альтернативное удлинение теломер. [66]

Смотрите также

Примечания

  1. ^ Известные вирусы позвоночных с одноцепочечной РНК включают вирус Эбола, хантавирусы, вирусы гриппа, вирус лихорадки Ласса и вирус бешенства.

Ссылки

  1. ^ Кунин EV, Горбаленя AE, Чумаков KM (июль 1989). "Предварительная идентификация РНК-зависимых РНК-полимераз вирусов dsRNA и их связь с вирусными полимеразами положительной цепи РНК". FEBS Letters . 252 (1–2): 42–6. Bibcode :1989FEBSL.252...42K. doi : 10.1016/0014-5793(89)80886-5 . PMID  2759231. S2CID  36482110.
  2. ^ ab Eldra P. Solomon, Linda R. Berg, Diana W. Martin. Биология, 8-е издание, Международное студенческое издание . Thomson Brooks/Cole. ISBN 978-0495317142 
  3. ^ ab Clark, David P. (2005-06-24). Молекулярная биология. Elsevier . стр. 134. ISBN 978-0-08-045421-4.
  4. ^ "DNA Strands". www.sci.sdsu.edu . Архивировано из оригинала 27 октября 2017 года . Получено 1 мая 2018 года .
  5. ^ Берг Дж., Тимочко Дж. Л., Страйер Л. (2006). Биохимия (6-е изд.). Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 0-7167-8724-5.
  6. ^ abcdefg Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann AA, Levine M, Losick RM (2013). Молекулярная биология гена (7-е изд.). Pearson. ISBN 978-0-321-76243-6. OCLC  0321762436.
  7. ^ Хаберле В., Старк А. (октябрь 2018 г.). «Промоторы ядра эукариот и функциональная основа инициации транскрипции». Nat Rev Mol Cell Biol . 19 (10): 621–637. doi :10.1038/s41580-018-0028-8. PMC 6205604. PMID  29946135 . 
  8. ^ Verheul TC, van Hijfte L, Perenthaler E, Barakat TS (2020). "Почему YY1: Механизмы регуляции транскрипции с помощью Инь-Ян 1". Front Cell Dev Biol . 8 : 592164. doi : 10.3389/fcell.2020.592164 . PMC 7554316. PMID 33102493  . 
  9. ^ Spitz F, Furlong EE (сентябрь 2012 г.). «Транскрипционные факторы: от связывания энхансера до контроля развития». Nat Rev Genet . 13 (9): 613–26. doi :10.1038/nrg3207. PMID  22868264. S2CID  205485256.
  10. ^ ab Beagan JA, Pastuzyn ED, Fernandez LR, Guo MH, Feng K, Titus KR, Chandrashekar H, Shepherd JD, Phillips-Cremins JE (июнь 2020 г.). «Трехмерная реструктуризация генома в зависимости от временных масштабов экспрессии нейронных генов, вызванной активностью». Nat Neurosci . 23 (6): 707–717. doi :10.1038/s41593-020-0634-6. PMC 7558717 . PMID  32451484. 
  11. ^ ab Schoenfelder S, Fraser P (август 2019). «Дальнодействующие контакты энхансера и промотора в контроле экспрессии генов». Nat Rev Genet . 20 (8): 437–455. doi :10.1038/s41576-019-0128-0. PMID  31086298. S2CID  152283312.
  12. ^ Pennacchio LA, Bickmore W, Dean A, Nobrega MA, Bejerano G (апрель 2013 г.). «Усилители: пять основных вопросов». Nat Rev Genet . 14 (4): 288–95. doi : 10.1038 /nrg3458. PMC 4445073. PMID  23503198. 
  13. ^ Weintraub AS, Li CH, Zamudio AV, Sigova AA, Hannett NM, Day DS, Abraham BJ, Cohen MA, Nabet B, Buckley DL, Guo YE, Hnisz D, Jaenisch R, Bradner JE, Gray NS, Young RA (декабрь 2017 г.). «YY1 — структурный регулятор петель энхансер-промотор». Cell . 171 (7): 1573–88.e28. doi :10.1016/j.cell.2017.11.008. PMC 5785279 . PMID  29224777. 
  14. ^ Lambert SA, Jolma A, Campitelli LF, Das PK, Yin Y, Albu M, Chen X, Taipale J, Hughes TR, Weirauch MT (февраль 2018 г.). «Факторы транскрипции человека». Cell . 172 (4): 650–665. doi : 10.1016/j.cell.2018.01.029 . PMID  29425488.
  15. ^ ab Grossman SR, Engreitz J, Ray JP, Nguyen TH, Hacohen N, Lander ES (июль 2018 г.). "Позиционная специфичность различных классов факторов транскрипции в энхансерах". Proc Natl Acad Sci USA . 115 (30): E7222–30. Bibcode :2018PNAS..115E7222G. doi : 10.1073/pnas.1804663115 . PMC 6065035 . PMID  29987030. 
  16. ^ Allen BL, Taatjes DJ (март 2015 г.). «Комплекс-медиатор: центральный интегратор транскрипции». Nat Rev Mol Cell Biol . 16 (3): 155–66. doi :10.1038/nrm3951. PMC 4963239. PMID  25693131 . 
  17. ^ Михайличенко О, Бондаренко В, Харнетт Д, Шор ИЕ, Мэйлс М, Виалес РР, Фурлонг ЕЕ (январь 2018). «Степень активности энхансера или промотора отражается уровнями и направленностью транскрипции эРНК». Genes Dev . 32 (1): 42–57. doi :10.1101/gad.308619.117. PMC 5828394 . PMID  29378788. 
  18. ^ Li QJ, Yang SH, Maeda Y, Sladek FM, Sharrocks AD, Martins-Green M (январь 2003 г.). «Активация Elk-1, зависящая от фосфорилирования киназы MAP, приводит к активации коактиватора p300». EMBO J . 22 (2): 281–91. doi :10.1093/emboj/cdg028. PMC 140103 . PMID  12514134. 
  19. ^ Carullo NV, Phillips I RA, Simon RC, Soto SA, Hinds JE, Salisbury AJ, Revanna JS, Bunner KD, Ianov L, Sultan FA, Savell KE, Gersbach CA, Day JJ (сентябрь 2020 г.). «Усилительные РНК предсказывают регуляторные связи энхансер-ген и имеют решающее значение для функции энхансера в нейронных системах». Nucleic Acids Res . 48 (17): 9550–70. doi :10.1093/nar/gkaa671. PMC 7515708. PMID  32810208 . 
  20. ^ Lövkvist C, Dodd IB, Sneppen K, Haerter JO (июнь 2016 г.). «Метилирование ДНК в эпигеномах человека зависит от локальной топологии сайтов CpG». Nucleic Acids Res . 44 (11): 5123–32. doi :10.1093/nar/gkw124. PMC 4914085. PMID 26932361  . 
  21. ^ Джаббари К, Бернарди Г (май 2004). «Метилирование цитозина и частоты CpG, TpG (CpA) и TpA». Gene . 333 : 143–9. doi :10.1016/j.gene.2004.02.043. PMID  15177689.
  22. ^ Steinhaus R, Gonzalez T, Seelow D, Robinson PN (июнь 2020 г.). «Распространяющиеся и CpG-зависимые промотер-подобные характеристики транскрибируемых энхансеров». Nucleic Acids Res . 48 (10): 5306–17. doi :10.1093/nar/gkaa223. PMC 7261191. PMID 32338759  . 
  23. ^ Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память». Genes Dev . 16 (1): 6–21. doi : 10.1101/gad.947102 . PMID  11782440.
  24. ^ abc Du Q, Luu PL, Stirzaker C, Clark SJ (2015). «Белки домена связывания метил-CpG: считыватели эпигенома». Epigenomics . 7 (6): 1051–73. doi : 10.2217/epi.15.39 . PMID  25927341.
  25. ^ Vaquerizas JM, Kummerfeld SK, Teichmann SA, Luscombe NM (апрель 2009 г.). «Перепись факторов транскрипции человека: функция, экспрессия и эволюция». Nat. Rev. Genet . 10 (4): 252–63. doi :10.1038/nrg2538. PMID  19274049. S2CID  3207586.
  26. ^ abcd Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun MA, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H (август 2019 г.). "EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при нейронной активности". Nat Commun . 10 (1): 3892. Bibcode : 2019NatCo..10.3892S. doi : 10.1038/s41467-019-11905-3. PMC 6715719. PMID  31467272 . 
  27. ^ ab Kubosaki A, Tomaru Y, Tagami M, Arner E, Miura H, Suzuki T, Suzuki M, Suzuki H, Hayashizaki Y (2009). "Геномное исследование in vivo сайтов связывания EGR-1 при моноцитарной дифференцировке". Genome Biol . 10 (4): R41. doi : 10.1186/gb-2009-10-4-r41 . PMC 2688932. PMID  19374776 . 
  28. ^ Bayraktar G, Kreutz MR (апрель 2018 г.). «Нейрональные ДНК-метилтрансферазы: эпигенетические медиаторы между синаптической активностью и экспрессией генов?». Neuroscientist . 24 (2): 171–185. doi :10.1177/1073858417707457. PMC 5846851 . PMID  28513272. 
  29. ^ Oliveira AM, Hemstedt TJ, Bading H (июль 2012 г.). «Спасение связанного со старением снижения экспрессии Dnmt3a2 восстанавливает когнитивные способности». Nat Neurosci . 15 (8): 1111–3. doi :10.1038/nn.3151. PMID  22751036. S2CID  10590208.
  30. ^ Dhayalan A, Rajavelu A, Rathert P, Tamas R, Jurkowska RZ, Ragozin S, Jeltsch A (август 2010 г.). «Домен Dnmt3a PWWP считывает триметилирование лизина 36 гистона 3 и направляет метилирование ДНК». J Biol Chem . 285 (34): 26114–20. doi : 10.1074/jbc.M109.089433 . PMC 2924014. PMID  20547484 . 
  31. ^ Manzo M, Wirz J, Ambrosi C, Villaseñor R, Roschitzki B, Baubec T (декабрь 2017 г.). «Изоформ-специфическая локализация DNMT3A регулирует точность метилирования ДНК на двухвалентных CpG-островках». EMBO J . 36 (23): 3421–34. doi :10.15252/embj.201797038. PMC 5709737 . PMID  29074627. 
  32. ^ Дукатц М., Хольцер К., Чоудалакис М., Эмперле М., Лунгу К., Баштрыков П., Джелч А. (декабрь 2019 г.). «Связывание H3K36me2/3 и связывание ДНК домена ДНК-метилтрансферазы DNMT3A PWWP способствуют его взаимодействию с хроматином». J Mol Biol . 431 (24): 5063–74. doi :10.1016/j.jmb.2019.09.006. PMID  31634469. S2CID  204832601.
  33. ^ Bayraktar G, Yuanxiang P, Confettura AD, Gomes GM, Raza SA, Stork O, Tajima S, Suetake I, Karpova A, Yildirim F, Kreutz MR (ноябрь 2020 г.). «Синаптический контроль метилирования ДНК включает зависимую от активности деградацию DNMT3A1 в ядре». Neuropsychopharmacology . 45 (12): 2120–30. doi :10.1038/s41386-020-0780-2. PMC 7547096 . PMID  32726795. 
  34. ^ ab Pakay, Julian; Duivenvoorden, Hendrika; Shafee, Thomas; Clarke, Kaitlin (2023). Пороговые концепции в биохимии . La Trobe eBureau. doi : 10.26826/1017. ISBN 978-0-6484681-9-6. S2CID  258899183.
  35. ^ Бутар, Магали (2016). «Глобальное изменение положения стартовых площадок транскрипции в бактерии, ферментирующей растения». Nature Communications . 7 : 13783. Bibcode : 2016NatCo...713783B. doi : 10.1038/ncomms13783 . PMC 5171806. PMID  27982035 . 
  36. ^ Редер, Роберт Г. (1991). «Сложности инициации эукариотической транскрипции: регуляция сборки преинициативного комплекса». Тенденции в биохимических науках . 16 (11): 402–8. doi :10.1016/0968-0004(91)90164-Q. PMID  1776168.
  37. ^ Goldman SR, Ebright RH , Nickels BE (май 2009). «Прямое обнаружение абортивных транскриптов РНК in vivo». Science . 324 (5929): 927–8. Bibcode :2009Sci...324..927G. doi :10.1126/science.1169237. PMC 2718712 . PMID  19443781. 
  38. ^ Revyakin A, Liu C, Ebright RH, Strick TR (ноябрь 2006 г.). «Абортивная инициация и продуктивная инициация РНК-полимеразой включают сжатие ДНК». Science . 314 (5802): 1139–43. Bibcode :2006Sci...314.1139R. doi :10.1126/science.1131398. PMC 2754787 . PMID  17110577. 
  39. ^ Раффаэль М., Канин Э.И., Фогт Дж., Берджесс Р.Р., Ансари А.З. (ноябрь 2005 г.). «Переключение голоферментов и стохастическое высвобождение сигма-факторов из РНК-полимеразы in vivo». Molecular Cell . 20 (3): 357–66. doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.011 . PMID  16285918.
  40. ^ Mandal SS, Chu C, Wada T, Handa H, Shatkin AJ, Reinberg D (май 2004 г.). «Функциональные взаимодействия фермента РНК-кэппинга с факторами, которые положительно и отрицательно регулируют побег промотора РНК-полимеразой II». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (20): 7572–7. Bibcode : 2004PNAS..101.7572M. doi : 10.1073/pnas.0401493101 . PMC 419647. PMID 15136722  . 
  41. ^ Goodrich JA, Tjian R (апрель 1994 г.). «Транскрипционные факторы IIE и IIH и гидролиз АТФ напрямую очищают промоутер РНК-полимеразой II». Cell . 77 (1): 145–56. doi :10.1016/0092-8674(94)90242-9. PMID  8156590. S2CID  24602504.
  42. ^ Майло, Рон; Филипс, Роб (2015). «4. Скорости и длительность: центральная догма: что быстрее: транскрипция или трансляция?». Клеточная биология в цифрах. CRC Press. стр. 231–6. ISBN 978-1-317-23069-4. OCLC  1105558425.
  43. ^ Hodges C, Bintu L, Lubkowska L, Kashlev M, Bustamante C (июль 2009). «Нуклеосомные флуктуации управляют динамикой транскрипции РНК-полимеразы II». Science . 325 (5940): 626–8. Bibcode :2009Sci...325..626H. doi :10.1126/science.1172926. PMC 2775800 . PMID  19644123. 
  44. ^ ab Fitz V, Shin J, Ehrlich C, Farnung L, Cramer P, Zaburdaev V, Grill SW (2016). «Расположение нуклеосом влияет на динамику транскрипции одиночной молекулы». Труды Национальной академии наук . 113 (45): 12733–12738. Bibcode : 2016PNAS..11312733F. doi : 10.1073/pnas.1602764113 . PMC 5111697. PMID  27791062 . 
  45. ^ Aymard F, Bugler B, Schmidt CK, Guillou E, Caron P, Briois S, Iacovoni JS, Daburon V, Miller KM, Jackson SP, Legube G (апрель 2014 г.). «Транскрипционно активный хроматин рекрутирует гомологичную рекомбинацию при двухцепочечных разрывах ДНК». Nat Struct Mol Biol . 21 (4): 366–74. doi :10.1038/nsmb.2796. PMC 4300393. PMID  24658350 . 
  46. ^ Ouyang J, Yadav T, Zhang JM, Yang H, Rheinbay E, Guo H, Haber DA, Lan L, Zou L (июнь 2021 г.). «РНК-транскрипты стимулируют гомологичную рекомбинацию, формируя DR-петли». Nature . 594 (7862): 283–8. Bibcode :2021Natur.594..283O. doi :10.1038/s41586-021-03538-8. PMC 8855348 . PMID  33981036. 
  47. ^ García-Rubio M, Huertas P, González-Barrera S, Aguilera A (октябрь 2003 г.). «Рекомбиногенные эффекты агентов, повреждающих ДНК, синергически усиливаются транскрипцией в Saccharomyces cerevisiae. Новые идеи рекомбинации, связанной с транскрипцией». Genetics . 165 (2): 457–66. doi :10.1093/genetics/165.2.457. PMC 1462770 . PMID  14573461. 
  48. ^ Richardson JP (сентябрь 2002 г.). «Rho-зависимая терминация и АТФазы в терминации транскрипта». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия генов . 1577 (2): 251–260. doi :10.1016/S0167-4781(02)00456-6. PMID  12213656.
  49. ^ Lykke-Andersen S, Jensen TH (октябрь 2007 г.). «Перекрывающиеся пути диктуют прекращение транскрипции РНК-полимеразы II». Biochimie . 89 (10): 1177–82. doi :10.1016/j.biochi.2007.05.007. PMID  17629387.
  50. ^ Ши, J; Вэнь, A; Чжао, M; Цзинь, S; Ю, L; Ши, Y; Дун, S; Хуа, X; Чжан, Y; Фэн, Y (18 ноября 2020 г.). «Структурная основа Mfd-зависимой терминации транскрипции». Nucleic Acids Research . 48 (20): 11762–11772. doi : 10.1093/nar/gkaa904 . PMC 7672476. PMID  33068413. 
  51. ^ Jiang, Y; Liu, M; Spencer, CA; Price, DH (7 мая 2004 г.). «Участие фактора терминации транскрипции 2 в митотической репрессии удлинения транскрипции». Molecular Cell . 14 (3): 375–85. doi : 10.1016/s1097-2765(04)00234-5 . PMID  15125840.
  52. ^ Маршалл, CJ; Каюм, MZ; Уокер, JE; Мураками, KS; Сантанджело, TJ (9 августа 2022 г.). «Структура и активность архейного фактора терминации транскрипции Eta подробно описывают уязвимости комплекса удлинения транскрипции». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 119 (32): e2207581119. Bibcode : 2022PNAS..11907581M. doi : 10.1073/pnas.2207581119 . PMC 9371683. PMID 35917344  . 
  53. ^ Cramer, P.; Armache, K.-J.; Baumli, S.; Benkert, S.; Brueckner, F.; Buchen, C.; Damsma, GE; Dengl, S.; Geiger, SR; Jasiak, AJ; Jawhari, A. (июнь 2008 г.). «Структура эукариотических РНК-полимераз». Annual Review of Biophysics . 37 (1): 337–352. doi :10.1146/annurev.biophys.37.032807.130008. PMID  18573085.
  54. ^ http://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sial/h6878 8-гидроксихинолин от SIGMA-ALDRICH. Получено 15.02.2022
  55. ^ Datan E, Minn I, Peng X, He QL, Ahn H, Yu B, Pomper MG, Liu JO (2020). «Конъюгат глюкозы и триптолида селективно воздействует на раковые клетки в условиях гипоксии». iScience . 23 (9): 101536. Bibcode :2020iSci...23j1536D. doi : 10.1016/j.isci.2020.101536 . PMC 7509213 . PMID  33083765. 
  56. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (январь 2006 г.). «Полногеномный анализ динуклеотидов CpG в геноме человека различает два различных класса промоторов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (5): 1412–7. Bibcode : 2006PNAS..103.1412S. doi : 10.1073/pnas.0510310103 . PMC 1345710. PMID  16432200 . 
  57. ^ Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память». Гены и развитие . 16 (1): 6–21. doi : 10.1101/gad.947102 . PMID  11782440.
  58. ^ Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Kinzler KW (март 2013 г.). «Пейзажи генома рака». Science . 339 (6127): 1546–58. Bibcode :2013Sci...339.1546V. doi :10.1126/science.1235122. PMC 3749880 . PMID  23539594. 
  59. ^ Тесситоре А, Чиччарелли Г, Дель Веккьо Ф, Гаджиано А, Верцелла Д, Фискьетти М, Веккьотти Д, Капече Д, Заззерони Ф, Алессе Э (2014). «МикроРНК в сети повреждения/восстановления ДНК и раке». Международный журнал геномики . 2014 : 820248. doi : 10.1155/2014/820248 . ПМЦ 3926391 . ПМИД  24616890. 
  60. ^ Papantonis A, Kohro T, Baboo S, Larkin JD, Deng B, Short P, Tsutsumi S, Taylor S, Kanki Y, Kobayashi M, Li G, Poh HM, Ruan X, Aburatani H, Ruan Y, Kodama T, Wada Y, Cook PR (ноябрь 2012 г.). «Сигналы TNFα через специализированные фабрики, где транскрибируются гены адаптивного кодирования и miRNA». The EMBO Journal . 31 (23): 4404–14. CiteSeerX 10.1.1.919.1919 . doi :10.1038/emboj.2012.288. PMC 3512387 . PMID  23103767.  
  61. ^ "Химия 2006". Nobel Foundation . Архивировано из оригинала 15 марта 2007 года . Получено 29 марта 2007 года .
  62. ^ Wu, T (апрель 2020 г.). «Секвенирование одноцепочечной ДНК с использованием кетоксала фиксирует глобальную динамику транскрипции и активность энхансера in situ». Nature Methods . 17 (5): 515–523. doi :10.1038/s41592-020-0797-9. PMC 7205578 . PMID  32251394. S2CID  214810294. 
  63. ^ Радж А., ван Ауденарден А. (октябрь 2008 г.). «Природа, воспитание или случайность: стохастическая экспрессия генов и ее последствия». Cell . 135 (2): 216–26. doi :10.1016/j.cell.2008.09.050. PMC 3118044 . PMID  18957198. 
  64. ^ Кларк, Дэвид П. (2005-06-24). Молекулярная биология. Elsevier. стр. 63. ISBN 978-0-08-045421-4.
  65. ^ Колесникова ИН (2000). «Некоторые закономерности механизма апоптоза при ВИЧ-инфекции». Диссертация . Архивировано из первоисточника 10 июля 2011 г. Получено 20 февраля 2011 г.
  66. ^ Cesare AJ, Reddel RR (май 2010). «Альтернативное удлинение теломер: модели, механизмы и последствия». Nature Reviews Genetics . 11 (5): 319–30. doi :10.1038/nrg2763. PMID  20351727. S2CID  19224032.

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме Транскрипция (генетика) .