stringtranslate.com

SARS-CoV-2

Тяжелый острый респираторный синдром коронавируса 2 ( SARS‑CoV‑2 ) [2] является штаммом коронавируса , который вызывает COVID-19 , респираторное заболевание, ответственное за пандемию COVID-19 . [3] Ранее вирус имел предварительное название новый коронавирус 2019 года ( 2019-nCoV ), [4] [5] [6] [7] и также назывался человеческим коронавирусом 2019 года ( HCoV-19 или hCoV-19 ). [8] [9] [10] [11] Впервые выявленная в городе Ухань , провинция Хубэй, Китай, Всемирная организация здравоохранения обозначила вспышку как чрезвычайную ситуацию в области общественного здравоохранения, имеющую международное значение с 30 января 2020 года по 5 мая 2023 года. [12] [13] [14] SARS‑CoV‑2 является одноцепочечным РНК-вирусом с положительной полярностью [15], который заразен для людей. [16]

SARS-CoV-2 является штаммом вида Betacoronavirus pandemicum (SARSr-CoV), как и SARS-CoV-1 , вируса, вызвавшего вспышку атипичной пневмонии в 2002–2004 годах . [2] [17] Существуют штаммы коронавирусов, передающихся от животных, более тесно связанные с SARS-CoV-2, наиболее известным родственником которого является коронавирус летучих мышей BANAL-52. SARS-CoV-2 имеет зоонозное происхождение; его близкое генетическое сходство с коронавирусами летучих мышей позволяет предположить, что он произошел от такого вируса, переносимого летучими мышами . [18] Продолжаются исследования относительно того, произошел ли SARS-CoV-2 непосредственно от летучих мышей или косвенно через каких-либо промежуточных хозяев. [19] Вирус демонстрирует небольшое генетическое разнообразие , что указывает на то, что событие распространения SARS-CoV-2 среди людей, вероятно, произошло в конце 2019 года. [20]

Эпидемиологические исследования показывают, что в период с декабря 2019 года по сентябрь 2020 года каждая инфекция приводила в среднем к 2,4–3,4 новым случаям заражения, когда ни один из членов сообщества не был иммунным и не принимались профилактические меры . [21] Однако некоторые последующие варианты стали более заразными. [22] Вирус передается воздушно-капельным путем и в основном распространяется между людьми при тесном контакте, а также через аэрозоли и респираторные капли , которые выдыхаются при разговоре, дыхании или ином выдохе, а также те, которые образуются при кашле и чихании. [23] [24] Он проникает в клетки человека, связываясь с ангиотензинпревращающим ферментом 2 (АПФ2), мембранным белком, который регулирует ренин-ангиотензиновую систему. [25] [26]

Терминология

Знак с предварительным названием «2019-nCoV»

Во время первоначальной вспышки в Ухане , Китай, для вируса использовались различные названия; некоторые названия, используемые разными источниками, включали «коронавирус» или «уханьский коронавирус». [27] [28] В январе 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) рекомендовала «новый коронавирус 2019 года» (2019-nCoV) [5] [29] в качестве временного названия вируса. Это соответствовало руководству ВОЗ 2015 года [30] против использования географических местоположений, видов животных или групп людей в названиях болезней и вирусов. [31] [32]

11 февраля 2020 года Международный комитет по таксономии вирусов принял официальное название «тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2» (SARS‑CoV‑2). [33] Чтобы избежать путаницы с заболеванием SARS , ВОЗ иногда называет SARS‑CoV‑2 «вирусом COVID-19» в сообщениях общественного здравоохранения [34] [35] , а название HCoV-19 было включено в некоторые исследовательские статьи. [8] [9] [10] Ссылаться на COVID-19 как на «уханьский вирус» должностные лица ВОЗ описывают как опасный, а многие журналисты и ученые — как ксенофобный . [36] [37] [38]

Инфекция и передача

Передача SARS‑CoV‑2 от человека к человеку была подтверждена 20 января 2020 года во время пандемии COVID-19 . [16] [39] [40] [41] Первоначально предполагалось, что передача происходит в основном через респираторные капли от кашля и чихания в радиусе около 1,8 метра (6 футов). [42] [43] Эксперименты по рассеянию лазерного света показывают, что разговор является дополнительным способом передачи [44] [45] и далеко распространяющимся [46] способом в помещении с небольшим потоком воздуха. [47] [48] Другие исследования показали, что вирус может также передаваться по воздуху , причем аэрозоли потенциально способны передавать вирус. [49] [50] [51] Считается , что во время передачи от человека к человеку от 200 до 800 инфекционных вирионов SARS‑CoV‑2 инициируют новую инфекцию. [52] [53] [54] Если это подтвердится, аэрозольная передача будет иметь последствия для биологической безопасности, поскольку основной проблемой, связанной с риском работы с новыми вирусами в лаборатории, является образование аэрозолей в результате различных лабораторных мероприятий, которые не сразу распознаются и могут повлиять на других научных сотрудников. [55] Еще одной возможной причиной заражения является непрямой контакт через загрязненные поверхности . [56] Предварительные исследования показывают, что вирус может оставаться жизнеспособным на пластике ( полипропилен ) и нержавеющей стали ( AISI 304 ) до трех дней, но он не выживает на картоне более одного дня или на меди более четырех часов. [10] Вирус инактивируется мылом, которое дестабилизирует его липидный бислой . [57] [58] Вирусная РНК также была обнаружена в образцах кала и спермы инфицированных людей. [59] [60]

Степень заразности вируса в инкубационный период неизвестна, но исследования показали, что пик вирусной нагрузки в глотке достигается примерно через четыре дня после заражения [61] [62] или в первую неделю симптомов, а затем снижается. [63] Продолжительность выделения РНК SARS-CoV-2 обычно составляет от 3 до 46 дней после появления симптомов. [64]

Исследование, проведенное группой исследователей из Университета Северной Каролины, показало, что носовая полость , по-видимому, является доминирующим начальным местом инфекции с последующим аспирационным распространением вируса в легкие при патогенезе SARS‑CoV‑2. [65] Они обнаружили, что существует градиент инфекции от высокого в проксимальных до низкого в дистальных легочных эпителиальных культурах с очаговой инфекцией в реснитчатых клетках и пневмоцитах типа 2 в дыхательных путях и альвеолярных областях соответственно. [65]

Исследования выявили ряд животных, таких как кошки, хорьки, хомяки, нечеловекообразные приматы, норки, древесные землеройки, енотовидные собаки, крыланы и кролики, которые восприимчивы и восприимчивы к инфекции SARS-CoV-2. [66] [67] [68] Некоторые учреждения рекомендовали лицам, инфицированным SARS-CoV-2, ограничить свои контакты с животными. [69] [70]

Бессимптомная и предсимптомная передача

1  февраля 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) указала, что «передача вируса от бессимптомных случаев, вероятно, не является основным фактором передачи». [71] Один метаанализ показал, что 17% случаев заражения протекают бессимптомно, а бессимптомные лица на 42% реже передают вирус. [72]

Однако эпидемиологическая модель начала вспышки в Китае предполагает, что «предсимптоматическое выделение может быть типичным среди задокументированных инфекций» и что субклинические инфекции могли быть источником большинства инфекций. [73] Это может объяснить, как из 217 на борту круизного лайнера , пришвартовавшегося в Монтевидео , только у 24 из 128, у которых был положительный результат теста на вирусную РНК, проявились симптомы. [74] Аналогичным образом, исследование девяноста четырех пациентов, госпитализированных в январе и феврале 2020 года, показало, что пациенты начали выделять вирус за два-три дня до появления симптомов, и что «значительная часть передачи, вероятно, произошла до первых симптомов в индексном случае ». [53] Позже авторы опубликовали исправление, которое показало, что выделение началось раньше, чем предполагалось изначально, за четыре-пять дней до появления симптомов. [75]

Повторное заражение

Существует неопределенность относительно повторного заражения и долгосрочного иммунитета. [76] Неизвестно, насколько распространено повторное заражение, но сообщения указывают на то, что оно происходит с различной степенью тяжести. [76]

Первым зарегистрированным случаем повторного заражения стал 33-летний мужчина из Гонконга, у которого первый положительный результат теста был получен 26 марта 2020 года, он был выписан 15 апреля 2020 года после двух отрицательных тестов и снова получил положительный результат 15 августа 2020 года (спустя 142 дня), что было подтверждено секвенированием всего генома, показавшим, что вирусные геномы между эпизодами принадлежат к разным кладам . [77] Результаты исследования подразумевали, что коллективный иммунитет может не устранить вирус, если повторное заражение не является редким явлением, и что вакцины могут оказаться не в состоянии обеспечить пожизненную защиту от вируса. [77]

Другое исследование случая описывало 25-летнего мужчину из Невады, у которого 18 апреля 2020 года и 5 июня 2020 года был положительный результат теста на SARS‑CoV‑2 (разделенный двумя отрицательными тестами). Поскольку геномный анализ показал значительные генетические различия между вариантом SARS‑CoV‑2, отобранным в эти две даты, авторы исследования случая определили, что это была повторная инфекция. [78] Вторая инфекция мужчины была симптоматически более тяжелой, чем первая инфекция, но механизмы, которые могли бы объяснить это, неизвестны. [78]

Водохранилище и происхождение

Передача SARS-CoV-1 и SARS‑CoV‑2 от млекопитающих как биологических носителей человеку

Природного резервуара для SARS-CoV-2 не выявлено. [79] До появления SARS-CoV-2 как патогена, заражающего людей, уже было две эпидемии коронавирусов зоонозного происхождения, вызванные SARS-CoV-1 и MERS-CoV . [18]

Первые известные случаи заражения SARS-CoV-2 были обнаружены в Ухане, Китай. [80] Первоначальный источник передачи вируса людям остается неясным, как и то, стал ли вирус патогенным до или после события распространения . [9] [20] [81] Поскольку многие из первых инфицированных были работниками рынка морепродуктов Хуанань , [82] [83] было высказано предположение, что вирус мог возникнуть на рынке. [9] [84] Однако другие исследования указывают на то, что посетители могли занести вирус на рынок, что затем способствовало быстрому распространению инфекций. [20] [85] В отчете, подготовленном ВОЗ в марте 2021 года, говорилось, что наиболее вероятным объяснением является распространение вируса через промежуточного животного-хозяина, а следующим по вероятности является прямое распространение через летучих мышей. Еще одним возможным, но менее вероятным объяснением считалось проникновение через цепочку поставок продовольствия и рынок морепродуктов Хуанань. [86] Однако анализ, проведенный в ноябре 2021 года, показал, что самый ранний известный случай был неверно идентифицирован и что преобладание ранних случаев, связанных с рынком Хуанань, свидетельствует в пользу того, что именно он является источником. [87]

Для вируса, недавно приобретенного путем межвидовой передачи, ожидается быстрая эволюция. [88] Скорость мутации, оцененная по ранним случаям SARS-CoV-2, была6,54 × 10 −4 на сайт в год. [86] Коронавирусы в целом обладают высокой генетической пластичностью , [89] но вирусная эволюция SARS-CoV-2 замедляется из-за способности его репликативного аппарата корректировать РНК . [90] Для сравнения, было обнаружено, что скорость вирусной мутации in vivo у SARS-CoV-2 ниже, чем у гриппа. [91]

Исследование естественного резервуара вируса, вызвавшего вспышку атипичной пневмонии 2002–2004 годов, привело к обнаружению множества коронавирусов летучих мышей, подобных атипичной пневмонии , большинство из которых произошло от подковоносых летучих мышей . Наиболее близким совпадением, опубликованным в журнале Nature в феврале 2022 года, были вирусы BANAL-52 (сходство с SARS-CoV-2 на 96,8%), BANAL-103 и BANAL-236, собранные у трех разных видов летучих мышей в Фыанге , Лаос. [92] [93] [94] Более ранний источник, опубликованный в феврале 2020 года, определил вирус RaTG13 , собранный у летучих мышей в Моцзяне , Юньнань, Китай, как наиболее близкий к SARS-CoV-2, со сходством 96,1%. [80] [95] Ни один из вышеперечисленных не является его прямым предком. [96]

Образцы, взятые у Rhinolophus sinicus , вида подковоносых летучих мышей , демонстрируют 80% сходство с SARS‑CoV‑2.

Летучие мыши считаются наиболее вероятным естественным резервуаром SARS‑CoV‑2. [86] [97] Различия между коронавирусом летучих мышей и SARS‑CoV‑2 позволяют предположить, что люди могли быть инфицированы через промежуточного хозяина; [84] хотя источник заражения людей остается неизвестным. [98] [79]

Хотя роль панголинов как промежуточного хозяина изначально предполагалась (исследование, опубликованное в июле 2020 года, предположило, что панголины являются промежуточным хозяином коронавирусов, подобных SARS‑CoV‑2 [99] [100] ), последующие исследования не подтвердили их вклад в распространение. [86] Доказательства против этой гипотезы включают тот факт, что образцы вируса панголина слишком далеки от SARS‑CoV-2: изоляты, полученные от панголинов, изъятых в Гуандуне, были только на 92% идентичны по последовательности геному SARS‑CoV‑2 (совпадения выше 90 процентов могут показаться высокими, но с точки зрения генома это большой эволюционный разрыв [101] ). Кроме того, несмотря на сходство в нескольких критических аминокислотах, [102] образцы вируса панголина демонстрируют плохое связывание с рецептором ACE2 человека. [103]

Филогенетика и таксономия

SARS‑CoV‑2 принадлежит к обширному семейству вирусов, известных как коронавирусы . [28] Это вирус с положительной одноцепочечной РНК (+ssRNA) с одним линейным сегментом РНК. Коронавирусы заражают людей, других млекопитающих, включая домашний скот и домашних животных, а также виды птиц. [104] Человеческие коронавирусы способны вызывать заболевания от обычной простуды до более тяжелых заболеваний, таких как ближневосточный респираторный синдром (MERS, летальность ~34%). SARS-CoV-2 является седьмым известным коронавирусом, заражающим людей, после 229E , NL63 , OC43 , HKU1 , MERS-CoV и оригинального SARS-CoV . [105]

Как и связанный с SARS коронавирус, вовлеченный в вспышку SARS в 2003 году, SARS-CoV-2 является членом подрода Sarbecovirus ( линия beta-CoV B). [106] [107] Коронавирусы часто подвергаются рекомбинации. [108] Механизм рекомбинации в несегментированных РНК-вирусах, таких как SARS-CoV-2, обычно осуществляется путем репликации с выбором копирования, при которой генный материал переключается с одной молекулы-матрицы РНК на другую во время репликации. [109] Последовательность РНК SARS-CoV-2 составляет приблизительно 30 000 оснований в длину, [110] относительно длинная для коронавируса, который, в свою очередь, несет самые большие геномы среди всех семейств РНК. [111] Его геном почти полностью состоит из последовательностей, кодирующих белок, что является общей чертой с другими коронавирусами. [108]

Микрофотография частиц вируса SARS‑CoV‑2, выделенных от пациента
Микрофотография, полученная с помощью трансмиссионного электронного микроскопа, вирионов SARS‑CoV‑2 (красные), выделенных у пациента во время пандемии COVID-19

Отличительной чертой SARS-CoV-2 является включение в него полиосновного сайта, расщепляемого фурином , [102] [112], который, по-видимому, является важным элементом, усиливающим его вирулентность. [113] Было высказано предположение, что приобретение сайта расщепления фурином в белке S SARS-CoV-2 было необходимо для зоонозного переноса к человеку. [114] Протеаза фурина распознает каноническую пептидную последовательность R X [ R / K ] R ↓X, где сайт расщепления обозначен стрелкой вниз, а X представляет собой любую аминокислоту . [115] [116] В SARS-CoV-2 сайт распознавания образован включенной 12- кодонной нуклеотидной последовательностью CCT CGG CGG GCA, которая соответствует аминокислотной последовательности P RR A . [117] Эта последовательность находится выше аргинина и серина, которые образуют сайт расщепления S1/S2 ( P RR A R ↓ S ) белка спайка. [118] Хотя такие сайты являются обычной естественной особенностью других вирусов в пределах подсемейства Orthocoronavirinae, [117] она появляется у нескольких других вирусов из рода Beta-CoV , [119] и является уникальной среди членов своего подрода для такого сайта. [102] Сайт расщепления фурином PRRAR↓ очень похож на сайт кошачьего коронавируса , штамма альфакоронавируса 1. [120]

Данные о вирусной генетической последовательности могут предоставить важную информацию о том, могут ли вирусы, разделенные временем и пространством, быть эпидемиологически связанными. [121] При наличии достаточного количества секвенированных геномов можно реконструировать филогенетическое дерево истории мутаций семейства вирусов. К 12 января 2020 года пять геномов SARS‑CoV‑2 были изолированы из Уханя и о них сообщили Китайский центр по контролю и профилактике заболеваний (CCDC) и другие учреждения; [110] [122] число геномов увеличилось до 42 к 30 января 2020 года. [123] Филогенетический анализ этих образцов показал, что они были «тесно связаны максимум с семью мутациями относительно общего предка », что подразумевает, что первое заражение человека произошло в ноябре или декабре 2019 года. [123] Изучение топологии филогенетического дерева в начале пандемии также обнаружило высокое сходство между человеческими изолятами. [124] По состоянию на 21 августа 2021 года в открытом доступе находились 3422 генома SARS‑CoV‑2, принадлежащих 19 штаммам, отобранным на всех континентах, кроме Антарктиды. [125]

11 февраля 2020 года Международный комитет по таксономии вирусов объявил, что согласно существующим правилам, которые вычисляют иерархические отношения между коронавирусами на основе пяти консервативных последовательностей нуклеиновых кислот, различия между тем, что тогда называлось 2019-nCoV, и вирусом вспышки атипичной пневмонии 2003 года были недостаточными, чтобы сделать их отдельными вирусными видами . Поэтому они идентифицировали 2019-nCoV как вирус коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом . [126]

В июле 2020 года ученые сообщили, что более заразный вариант SARS‑CoV‑2 с вариантом спайкового белка G614 заменил D614 в качестве доминирующей формы в пандемии. [127] [128]

Геномы и субгеномы коронавируса кодируют шесть открытых рамок считывания (ORF). [129] В октябре 2020 года исследователи обнаружили возможный перекрывающийся ген под названием ORF3d в геноме SARS‑CoV‑2 . Неизвестно, имеет ли белок, продуцируемый ORF3d, какую-либо функцию, но он вызывает сильный иммунный ответ. ORF3d был идентифицирован ранее в варианте коронавируса, который заражает панголинов . [130] [131]

Филогенетическое дерево

Филогенетическое дерево, основанное на последовательностях всего генома SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов, выглядит следующим образом: [132] [133]


Варианты

Ложноцветная трансмиссионная электронная микрофотография коронавируса варианта B.1.1.7. Считается, что повышенная трансмиссивность варианта обусловлена ​​изменениями в структуре шиповидных белков, показанных здесь зеленым цветом.

Существует много тысяч вариантов SARS-CoV-2, которые можно сгруппировать в гораздо более крупные клады . [142] Было предложено несколько различных номенклатур кладов . Nextstrain делит варианты на пять кладов (19A, 19B, 20A, 20B и 20C), в то время как GISAID делит их на семь (L, O, V, S, G, GH и GR). [143]

Несколько заметных вариантов SARS-CoV-2 появились в конце 2020 года. Всемирная организация здравоохранения в настоящее время объявила пять вариантов, вызывающих беспокойство , а именно: [144]

Другие примечательные варианты включают 6 других вариантов, обозначенных ВОЗ, находящихся в стадии исследования , и кластер 5 , который появился среди норок в Дании и привел к кампании по эвтаназии норок, в результате которой они фактически вымерли. [145]

Вирусология

Структура вируса

Рисунок сферического вириона SARSr-CoV, показывающий расположение структурных белков, формирующих вирусную оболочку и внутренний нуклеокапсид.
Структура вириона SARSr-CoV

Каждый вирион SARS-CoV-2 имеет  диаметр 60–140 нанометров (2,4 × 10−6 –5,5 × 10−6 дюймов ); [105] [83] его масса в пределах глобальной популяции людей оценивается в пределах от 0,1 до 10 килограммов. [146] Как и другие коронавирусы, SARS-CoV-2 имеет четыре структурных белка, известных как белки S ( шип ), E ( оболочка ), M ( мембрана ) и N ( нуклеокапсид ); белок N удерживает геном РНК, а белки S, E и M вместе создают вирусную оболочку . [147] Белки S коронавируса представляют собой гликопротеины , а также мембранные белки типа I (мембраны, содержащие один трансмембранный домен, ориентированный на внеклеточной стороне). [114] Они разделены на две функциональные части (S1 и S2). [104] В SARS-CoV-2 спайковый белок, который был визуализирован на атомном уровне с помощью криогенной электронной микроскопии , [148] [149] является белком, ответственным за то, чтобы вирус мог прикрепиться к мембране клетки -хозяина и слиться с ней; [147] в частности, его субъединица S1 катализирует прикрепление, слияние субъединицы S2. [150]

Гомотример шипа SARS‑CoV‑2, фокусирующийся на одной белковой субъединице с выделенным доменом связывания ACE2
Гомотример спайка SARS‑CoV‑2 с одной выделенной белковой субъединицей . Домен связывания ACE2 — пурпурный.

Геном

По состоянию на начало 2022 года около 7 миллионов геномов SARS-CoV-2 были секвенированы и помещены в общедоступные базы данных, и еще около 800 000 добавлялись каждый месяц. [151] К сентябрю 2023 года база данных GISAID EpiCoV содержала более 16 миллионов геномных последовательностей. [152]

SARS-CoV-2 имеет линейный, положительно-полярный , одноцепочечный РНК-геном длиной около 30 000 оснований. [104] Его геном имеет смещение против нуклеотидов цитозина (C) и гуанина (G) , как и другие коронавирусы. [153] Геном имеет самый высокий состав U (32,2%), за которым следует A (29,9%), и аналогичный состав G (19,6%) и C (18,3%). [154] Смещение нуклеотидов возникает из-за мутации гуанинов и цитозинов в аденозины и урацилы соответственно. [155] Считается, что мутация динуклеотидов CG возникает, чтобы избежать защитного механизма клеток, связанного с противовирусным белком цинкового пальца , [156] и снизить энергию для разъединения генома во время репликации и трансляции ( пара оснований аденозина и урацила через две водородные связи , цитозин и гуанин через три). [155] Истощение динуклеотидов CG в его геноме привело к тому, что вирус имеет заметное смещение использования кодонов . Например, шесть различных кодонов аргинина имеют относительное синонимичное использование кодонов AGA (2,67), CGU (1,46), AGG (.81), CGC (.58), CGA (.29) и CGG (.19). [154] Похожая тенденция смещения использования кодонов наблюдается у других коронавирусов, связанных с SARS. [157]

Цикл репликации

Вирусные инфекции начинаются, когда вирусные частицы связываются с поверхностными клеточными рецепторами хозяина. [158] Эксперименты по моделированию белка на спайковом белке вируса вскоре показали, что SARS‑CoV‑2 имеет достаточное сродство к рецептору ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE2) на клетках человека, чтобы использовать их в качестве механизма проникновения в клетку . [159] К 22 января 2020 года группа в Китае, работающая с полным геномом вируса, и группа в Соединенных Штатах, использующая методы обратной генетики, независимо и экспериментально продемонстрировали, что ACE2 может действовать как рецептор для SARS‑CoV‑2. [80] [160] [161] [162] Исследования показали, что SARS‑CoV‑2 имеет более высокое сродство к человеческому ACE2, чем исходный вирус SARS. [148] [163] SARS‑CoV‑2 также может использовать базигин для содействия проникновению в клетку. [164]

Первоначальная подготовка белка-шипа трансмембранной протеазой, серином 2 (TMPRSS2), необходима для проникновения SARS‑CoV‑2. [25] Белок хозяина нейропилин 1 (NRP1) может помочь вирусу проникнуть в клетку-хозяина с помощью ACE2. [165] После того, как вирион SARS‑CoV‑2 прикрепляется к клетке-мишени, TMPRSS2 клетки разрезает белок-шип вируса, обнажая пептид слияния в субъединице S2 и рецептор хозяина ACE2. [150] После слияния вокруг вириона образуется эндосома , отделяющая его от остальной части клетки-хозяина. Вирион высвобождается, когда pH эндосомы падает или когда катепсин , цистеиновая протеаза хозяина, расщепляет его. [150] Затем вирион высвобождает РНК в клетку и заставляет клетку производить и распространять копии вируса , которые заражают больше клеток. [166]

SARS‑CoV‑2 производит по крайней мере три фактора вирулентности , которые способствуют выделению новых вирионов из клеток-хозяев и подавляют иммунный ответ . [147] Вопрос о том, включают ли они снижение регуляции ACE2, как это наблюдается у подобных коронавирусов, все еще изучается (по состоянию на май 2020 г.). [167]

Цифровые цветные сканирующие электронные микрофотографии вирионов SARS-CoV-2 (желтые), выходящих из человеческих клеток, культивируемых в лабораторных условиях.

Лечение и разработка лекарств

Известно, что очень немногие препараты эффективно ингибируют SARS-CoV-2. Было обнаружено, что маситиниб ингибирует основную протеазу SARS-CoV-2 , демонстрируя более чем 200-кратное снижение вирусных титров в легких и носу мышей, однако он не одобрен для лечения COVID-19 у людей. [168] [ требуется обновление ] В декабре 2021 года Соединенные Штаты выдали разрешение на экстренное использование нирматрелвира/ритонавира для лечения вируса; [169] Европейский союз , Великобритания и Канада последовали их примеру, вскоре предоставив полное разрешение. [170] [171] [172] Одно исследование показало, что нирматрелвир/ритонавир снизил риск госпитализации и смерти на 88%. [173]

COVID Moonshot — это международный совместный проект открытой науки , начатый в марте 2020 года с целью разработки незапатентованного перорального противовирусного препарата для лечения SARS-CoV-2. [174]

Эпидемиология

Ретроспективные тесты, собранные в рамках китайской системы наблюдения, не выявили четких признаков значительной нераспознанной циркуляции SARS‑CoV‑2 в Ухане во второй половине 2019 года. [86]

Метаанализ от ноября 2020 года оценил базовое репродуктивное число ( ) вируса как находящееся между 2,39 и 3,44. [21] Это означает, что каждое заражение вирусом, как ожидается, приведет к 2,39–3,44 новым инфекциям, когда ни один член сообщества не имеет иммунитета и не принимаются профилактические меры . Репродуктивное число может быть выше в густонаселенных условиях, таких как те, которые встречаются на круизных лайнерах . [175] Поведение человека влияет на значение R0, и, следовательно, оценки R0 различаются в разных странах, культурах и социальных нормах. Например, одно исследование обнаружило относительно низкие значения R0 (~3,5) в Швеции, Бельгии и Нидерландах, в то время как в Испании и США значения R0 были значительно выше (от 5,9 до 6,4 соответственно). [176]

На материковом Китае было зарегистрировано около 96 000 подтвержденных случаев заражения. [180] Хотя доля инфекций, которые приводят к подтвержденным случаям или прогрессируют до диагностируемого заболевания, остается неясной, [181] одна математическая модель подсчитала, что 25 января 2020 года только в Ухане было инфицировано 75 815 человек, в то время как число подтвержденных случаев во всем мире составляло всего 2 015. [182] До 24 февраля 2020 года более 95% всех случаев смерти от COVID-19 в мире произошло в провинции Хубэй , где расположен Ухань. [183] ​​[184] По состоянию на 10 марта 2023 года этот процент снизился до 0,047%. [180]

По состоянию на 10 марта 2023 года было зарегистрировано 676 609 955 подтвержденных случаев заражения SARS‑CoV‑2. [180] Общее число смертей, связанных с вирусом, составило 6 881 955. [180]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Солодовников А, Архипова В (29 июля 2021 г.). «Достоверно красиво: как мы сделали 3D-модель SARS-CoV-2». Н+1. Архивировано из оригинала 30 июля 2021 года . Проверено 30 июля 2021 г.
  2. ^ ab Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses (апрель 2020 г.). «Вид коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом: классификация 2019-nCoV и присвоение ему названия SARS-CoV-2». Nature Microbiology . 5 (4): 536–544. doi :10.1038/s41564-020-0695-z. PMC 7095448 . PMID  32123347. 
  3. ^ Циммер С (26 февраля 2021 г.). «Тайная жизнь коронавируса — маслянистый пузырь генов шириной 100 нанометров убил более двух миллионов человек и изменил мир. Ученые не совсем понимают, что с этим делать». The New York Times . Архивировано из оригинала 27 февраля 2021 г. . Получено 28 февраля 2021 г.
  4. ^ Определения случаев надзора за инфицированием человека новым коронавирусом (nCoV): временное руководство, версия 1, январь 2020 г. (отчет). Всемирная организация здравоохранения. Январь 2020 г. hdl : 10665/330376 . WHO/2019-nCoV/Surveillance/v2020.1.
  5. ^ ab «Профессионалы здравоохранения: часто задаваемые вопросы и ответы». Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) . 11 февраля 2020 г. Архивировано из оригинала 14 февраля 2020 г. Получено 15 февраля 2020 г.
  6. ^ "О новом коронавирусе (2019-nCoV)". Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) . 11 февраля 2020 г. Архивировано из оригинала 11 февраля 2020 г. Получено 25 февраля 2020 г.
  7. ^ Harmon A (4 марта 2020 г.). «Мы поговорили с шестью американцами, больными коронавирусом». The New York Times . Архивировано из оригинала 13 марта 2020 г. Получено 16 марта 2020 г.
  8. ^ ab Wong G, Bi YH, Wang QH, Chen XW, Zhang ZG, Yao YG (май 2020 г.). «Зоонозное происхождение человеческого коронавируса 2019 (HCoV-19 / SARS-CoV-2): почему эта работа важна?». Zoological Research . 41 (3): 213–219. doi :10.24272/j.issn.2095-8137.2020.031. PMC 7231470. PMID  32314559 . 
  9. ^ abcd Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF (апрель 2020 г.). «Проксимальное происхождение SARS-CoV-2». Nature Medicine . 26 (4): 450–452. doi :10.1038/s41591-020-0820-9. PMC 7095063 . PMID  32284615. 
  10. ^ abc van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, Holbrook MG, Gamble A, Williamson BN, Tamin A, Harcourt JL, Thornburg NJ, Gerber SI, Lloyd-Smith JO, de Wit E, Munster VJ (апрель 2020 г.). «Аэрозольная и поверхностная стабильность SARS-CoV-2 по сравнению с SARS-CoV-1». The New England Journal of Medicine . 382 (16): 1564–1567. doi :10.1056/NEJMc2004973. PMC 7121658. PMID 32182409  . 
  11. ^ "hCoV-19 Database". China National GeneBank. Архивировано из оригинала 17 июня 2020 г. Получено 2 июня 2020 г.
  12. ↑ Заявление на втором заседании Комитета по чрезвычайной ситуации Международных медико-санитарных правил (2005 г.) в связи со вспышкой нового коронавируса (2019-nCoV). Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) . 30 января 2020 г. Архивировано из оригинала 31 января 2020 г. Получено 30 января 2020 г.
  13. ^ Вступительное слово Генерального директора ВОЗ на пресс-конференции по COVID-19 – 11 марта 2020 г. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) . 11 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 11 марта 2020 г. Получено 12 марта 2020 г.
  14. ^ Rigby J, Satija B (5 мая 2023 г.). «ВОЗ объявляет об окончании чрезвычайной ситуации в области здравоохранения в связи с COVID». Reuters . Получено 6 мая 2023 г.
  15. ^ Machhi J, Herskovitz J, Senan AM, Dutta D, Nath B, Oleynikov MD, Blomberg WR, Meigs DD, Hasan M, Patel M, Kline P, Chang RC, Chang L, Gendelman HE, Kevadiya BD (сентябрь 2020 г.). «Естественная история, патобиология и клинические проявления инфекций SARS-CoV-2». Журнал нейроиммунной фармакологии . 15 (3): 359–386. doi :10.1007/s11481-020-09944-5. PMC 7373339. PMID  32696264 . 
  16. ^ ab Chan JF, Yuan S, Kok KH, To KK, Chu H, Yang J, Xing F, Liu J, Yip CC, Poon RW, Tsoi HW, Lo SK, Chan KH, Poon VK, Chan WM, Ip JD, Cai JP, Cheng VC, Chen H, Hui CK, Yuen KY (февраль 2020 г.). «Семейный кластер пневмонии, связанный с новым коронавирусом 2019 года, указывающий на передачу от человека к человеку: исследование семейного кластера». Lancet . 395 (10223): 514–523. doi : 10.1016/S0140-6736(20)30154-9. PMC 7159286 . PMID  31986261. 
  17. ^ "Новый коронавирус стабилен в течение нескольких часов на поверхностях". Национальные институты здравоохранения (NIH) . NIH.gov. 17 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 23 марта 2020 г. Получено 4 мая 2020 г.
  18. ^ ab V'kovski P, Kratzel A, Steiner S, Stalder H, Thiel V (март 2021 г.). «Биология и репликация коронавируса: последствия для SARS-CoV-2». Nat Rev Microbiol (обзор). 19 (3): 155–170. doi :10.1038/s41579-020-00468-6. PMC 7592455 . PMID  33116300. 
  19. ^ Новый коронавирус (2019-nCoV): отчет о ситуации, 22 (Отчет). Всемирная организация здравоохранения . 11 февраля 2020 г. hdl : 10665/330991 .
  20. ^ abc Cohen J (январь 2020 г.). «Рынок морепродуктов в Ухане не может быть источником нового вируса, распространяющегося по всему миру». Science . doi :10.1126/science.abb0611. S2CID  214574620.
  21. ^ ab Billah MA, Miah MM, Khan MN (11 ноября 2020 г.). «Репродуктивное число коронавируса: систематический обзор и метаанализ на основе доказательств глобального уровня». PLOS ONE . 15 (11): e0242128. Bibcode : 2020PLoSO..1542128B. doi : 10.1371 /journal.pone.0242128 . PMC 7657547. PMID  33175914. 
  22. ^ «Варианты COVID-19: в чем проблема?». Клиника Майо . 27 августа 2022 г. Получено 10 октября 2022 г.
  23. ^ «Как распространяется коронавирус. Архивировано 3 апреля 2020 г. на Wayback Machine », Центры по контролю и профилактике заболеваний, получено 14 мая 2021 г.
  24. ^ "Коронавирусная болезнь (COVID-19): как она передается? Архивировано 15 октября 2020 г. на Wayback Machine ", Всемирная организация здравоохранения
  25. ^ ab Хоффманн М, Кляйне-Вебер Х, Шредер С, Крюгер Н, Херрлер Т, Эриксен С, Ширгенс Т.С., Херрлер Г, Ву НХ, Ниче А, Мюллер М.А., Дростен С, Полманн С (апрель 2020 г.). «Проникновение в клетку SARS-CoV-2 зависит от ACE2 и TMPRSS2 и блокируется клинически проверенным ингибитором протеазы». Клетка . 181 (2): 271–280.e8. дои : 10.1016/j.cell.2020.02.052. ПМК 7102627 . ПМИД  32142651. 
  26. ^ Zhao P, Praissman JL, Grant OC, Cai Y, Xiao T, Rosenbalm KE, Aoki K, Kellman BP, Bridger R, Barouch DH, Brindley MA, Lewis NE, Tiemeyer M, Chen B, Woods RJ, Wells L (октябрь 2020 г.). «Взаимодействие вируса с рецептором гликозилированного шипа SARS-CoV-2 и человеческого рецептора ACE2». Cell Host & Microbe . 28 (4): 586–601.e6. doi :10.1016/j.chom.2020.08.004. PMC 7443692 . PMID  32841605. 
  27. ^ Хуан П (22 января 2020 г.). «Как коронавирус Уханя сравнится с MERS, SARS и простудой?». NPR . Архивировано из оригинала 2 февраля 2020 г. Получено 3 февраля 2020 г.
  28. ^ ab Fox D (январь 2020 г.). «Что вам нужно знать о новом коронавирусе». Nature . doi :10.1038/d41586-020-00209-y. PMID  33483684. S2CID  213064026.
  29. ^ Всемирная организация здравоохранения (30 января 2020 г.). Новый коронавирус (2019-nCoV): отчет о ситуации, 10 (Отчет). Всемирная организация здравоохранения . hdl : 10665/330775 .
  30. ^ "Всемирная организация здравоохранения: передовой опыт по наименованию новых инфекционных заболеваний человека" (PDF) . ВОЗ . Май 2015 г. Архивировано (PDF) из оригинала 12 февраля 2020 г.
  31. ^ "Новый коронавирус назван „Covid-19“: ВОЗ". TODAYonline. Архивировано из оригинала 21 марта 2020 года . Получено 11 февраля 2020 года .
  32. ^ «Коронавирус распространяет расизм против этнических китайцев и среди них». The Economist . 17 февраля 2020 г. Архивировано из оригинала 17 февраля 2020 г. Получено 17 февраля 2020 г.
  33. ^ «Название коронавирусной болезни (COVID-2019) и вируса, который ее вызывает». Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 28 февраля 2020 г. . Получено 14 декабря 2020 г. 11 февраля 2020 г. ICTV объявил «тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2)» в качестве названия нового вируса. Это название было выбрано, потому что вирус генетически связан с коронавирусом, ответственным за вспышку атипичной пневмонии в 2003 году. Несмотря на родство, эти два вируса различны.
  34. ^ Хуэй М (18 марта 2020 г.). «Почему ВОЗ не называет коронавирус его именем, SARS-CoV-2?». Quartz . Архивировано из оригинала 25 марта 2020 г. Получено 26 марта 2020 г.
  35. ^ «Название коронавирусной болезни (COVID-2019) и вируса, который ее вызывает». Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 28 февраля 2020 г. . Получено 14 декабря 2020 г. С точки зрения информирования о рисках использование названия SARS может иметь непреднамеренные последствия с точки зрения создания ненужного страха у некоторых групп населения. ... По этой и другим причинам ВОЗ начала называть вирус «вирусом, ответственным за COVID-19» или «вирусом COVID-19» при общении с общественностью. Ни одно из этих обозначений не [ sic ] не предназначено для замены официального названия вируса, согласованного ICTV. 
  36. ^ «Противостояние ненависти и предвзятости, связанной с COVID-19». Национальная ассоциация образования. 5 июня 2020 г. «Это расизм и порождает ксенофобию», — сказал The Washington Post преподаватель азиатско-американских исследований Калифорнийского университета в Беркли Харви Донг . «Это очень опасная ситуация».
  37. ^ Gstalter M (19 марта 2020 г.). «Официальный представитель ВОЗ предостерегает от называния его «китайским вирусом», говорит: «В этом нет вины»». The Hill . Получено 15 сентября 2022 г. Райан — не первый официальный представитель ВОЗ, который выступает против этой фразы. Генеральный директор Тедрос Адханом Гебрейесус заявил ранее в этом месяце, что этот термин «больно видеть» и что он «опаснее самого вируса».
  38. ^ Говер AR, Харпер SB, Лэнгтон L (июль 2020 г.). «Преступления на почве ненависти к азиатам во время пандемии COVID-19: исследование воспроизводства неравенства». Американский журнал уголовного правосудия . 45 (4): 647–667. doi :10.1007/s12103-020-09545-1. PMC 7364747. PMID  32837171 . 
  39. ^ Li JY, You Z, Wang Q, Zhou ZJ, Qiu Y, Luo R, Ge XY (март 2020 г.). «Эпидемия пневмонии, вызванной новым коронавирусом 2019 года (2019-nCoV), и идеи относительно возникающих инфекционных заболеваний в будущем». Микробы и инфекции . 22 (2): 80–85. doi :10.1016/j.micinf.2020.02.002. PMC 7079563. PMID  32087334 . 
  40. ^ Kessler G (17 апреля 2020 г.). «Ложное утверждение Трампа о том, что ВОЗ заявила, что коронавирус «не заразен». The Washington Post . Архивировано из оригинала 17 апреля 2020 г. Получено 17 апреля 2020 г.
  41. ^ Куо Л (21 января 2020 г.). «Китай подтверждает передачу коронавируса от человека к человеку». The Guardian . Архивировано из оригинала 22 марта 2020 г. Получено 18 апреля 2020 г.
  42. ^ "Как распространяется COVID-19". Центры США по контролю и профилактике заболеваний (CDC) . 27 января 2020 г. Архивировано из оригинала 28 января 2020 г. Получено 29 января 2020 г.
  43. ^ Эдвардс Э. (25 января 2020 г.). «Как распространяется коронавирус?». NBC News . Архивировано из оригинала 28 января 2020 г. Получено 13 марта 2020 г.
  44. ^ Anfinrud P, Stadnytskyi V, Bax CE, Bax A (май 2020 г.). «Визуализация капель ротовой жидкости, генерируемых речью, с помощью лазерного рассеивания света». The New England Journal of Medicine . 382 (21): 2061–2063. doi : 10.1056/NEJMc2007800. PMC 7179962. PMID  32294341 . 
  45. ^ Stadnytskyi V, Bax CE, Bax A, Anfinrud P (июнь 2020 г.). «Время жизни мелких речевых капель в воздухе и их потенциальное значение в передаче SARS-CoV-2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 117 (22): 11875–11877. Bibcode : 2020PNAS..11711875S. doi : 10.1073/pnas.2006874117 . PMC 7275719. PMID  32404416 . 
  46. ^ Klompas M, Baker MA, Rhee C (август 2020 г.). «Передача SARS-CoV-2 по воздуху: теоретические соображения и имеющиеся доказательства». JAMA . 324 (5): 441–442. doi : 10.1001/jama.2020.12458 . PMID  32749495. S2CID  220500293. Исследователи продемонстрировали, что при разговоре и кашле образуется смесь как капель, так и аэрозолей разных размеров, что эти выделения могут перемещаться вместе на расстояние до 27 футов, что SARS-CoV-2 может оставаться взвешенным в воздухе и жизнеспособным в течение нескольких часов, что РНК SARS-CoV-2 можно выделить из проб воздуха в больницах, и что плохая вентиляция продлевает время, в течение которого аэрозоли остаются в воздухе.
  47. ^ Rettner R (21 января 2021 г.). «Разговор хуже кашля для распространения COVID-19 в помещении». Live Science . Получено 10 октября 2022 г. . В одном смоделированном сценарии исследователи обнаружили, что после короткого кашля количество инфекционных частиц в воздухе быстро падает через 1–7 минут; напротив, после разговора в течение 30 секунд только через 30 минут количество инфекционных частиц падает до аналогичного уровня; и большое количество частиц все еще остается во взвешенном состоянии через час. Другими словами, доза вирусных частиц, способных вызвать инфекцию, будет задерживаться в воздухе гораздо дольше после речи, чем после кашля. (В этом смоделированном сценарии во время кашля продолжительностью 0,5 секунды было впущено такое же количество капель, как и в течение 30 секунд речи.)
  48. ^ de Oliveira PM, Mesquita LC, Gkantonas S, Giusti A, Mastorakos E (январь 2021 г.). «Эволюция спрея и аэрозоля из респираторных выбросов: теоретические оценки для понимания передачи вирусов». Труды Королевского общества A: Математические, физические и инженерные науки . 477 (2245): 20200584. Bibcode : 2021RSPSA.47700584D. doi : 10.1098 /rspa.2020.0584 . PMC 7897643. PMID  33633490. S2CID  231643585. 
  49. ^ Мандавилли А. (4 июля 2020 г.). «239 экспертов с одним большим заявлением: коронавирус передается воздушно-капельным путем — ВОЗ сопротивляется растущему количеству доказательств того, что вирусные частицы, летающие в помещениях, заразны, говорят некоторые ученые. Агентство утверждает, что исследование все еще неубедительно». The New York Times . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 г. . Получено 5 июля 2020 г.
  50. ^ Tufekci Z (30 июля 2020 г.). «Нам нужно поговорить о вентиляции». The Atlantic . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 г. . Получено 8 сентября 2020 г. .
  51. ^ Льюис Д. (июль 2020 г.). «Все больше доказательств того, что коронавирус передается воздушно-капельным путем, но рекомендации по охране здоровья пока не догнали». Nature . 583 (7817): 510–513. Bibcode :2020Natur.583..510L. doi : 10.1038/d41586-020-02058-1 . PMID  32647382. S2CID  220470431.
  52. ^ Попа А, Генгер Дж.В., Николсон М.Д., Пенц Т., Шмид Д., Аберле С.В., Агерер Б., Лерчер А., Эндлер Л., Коласо Х., Смит М., Шустер М., Грау М.Л., Мартинес-Хименес Ф., Пич О., Борена В. , Павелка Е, Кесей З, Сенекович М, Лайне Дж, Аберле Дж. Х., Редльбергер-Фритц М, Кароли М, Зуфали А, Маричник С, Борковец М, Хуфнагль П, Наирц М, Вайс Г, Вольфингер М.Т., фон Лаер Д, Суперти -Фурга Г., Лопес-Бигас Н., Пуххаммер-Штокль Е., Аллербергер Ф., Михор Ф., Бок К., Бергталер А. (декабрь 2020 г.). «Геномная эпидемиология событий сверхраспространения в Австрии раскрывает мутационную динамику и свойства передачи SARS-CoV-2». Science Translational Medicine . 12 (573): eabe2555. doi : 10.1126/scitranslmed.abe2555 . PMC 7857414 . PMID  33229462. 
  53. ^ ab He X, Lau EH, Wu P, Deng X, Wang J, Hao X, Lau YC, Wong JY, Guan Y, Tan X, Mo X, Chen Y, Liao B, Chen W, Hu F, Zhang Q, Zhong M, Wu Y, Zhao L, Zhang F, Cowling BJ, Li F, Leung GM (май 2020 г.). «Временная динамика вирусного выделения и трансмиссивности COVID-19». Nature Medicine . 26 (5): 672–675. doi : 10.1038/s41591-020-0869-5 . PMID  32296168.
  54. ^ Watanabe T, Bartrand TA, Weir MH, Omura T, Haas CN (июль 2010 г.). «Разработка модели доза-реакция для коронавируса SARS». Анализ риска . 30 (7): 1129–38. Bibcode : 2010RiskA..30.1129W. doi : 10.1111/j.1539-6924.2010.01427.x. PMC 7169223. PMID  20497390 . 
  55. ^ Artika IM, Ma'roef CN (май 2017 г.). «Лабораторная биобезопасность при обращении с новыми вирусами». Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine . 7 (5): 483–491. doi : 10.1016/j.apjtb.2017.01.020. PMC 7103938. PMID  32289025. 
  56. ^ "Getting your workplace ready for COVID-19" (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 27 февраля 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 2 марта 2020 г. . Получено 3 марта 2020 г. .
  57. ^ Yong E (20 марта 2020 г.). «Почему коронавирус оказался таким успешным». The Atlantic . Архивировано из оригинала 20 марта 2020 г. . Получено 20 марта 2020 г. .
  58. ^ Gibbens S (18 марта 2020 г.). «Почему мыло предпочтительнее отбеливателя в борьбе с коронавирусом». National Geographic . Архивировано из оригинала 2 апреля 2020 г. Получено 2 апреля 2020 г.
  59. ^ Holshue ML, DeBolt C, Lindquist S, Lofy KH, Wiesman J, Bruce H, Spitters C, Ericson K, Wilkerson S, Tural A, Diaz G, Cohn A, Fox L, Patel A, Gerber SI, Kim L, Tong S, Lu X, Lindstrom S, Pallansch MA, Weldon WC, Biggs HM, Uyeki TM, Pillai SK (март 2020 г.). «Первый случай нового коронавируса 2019 года в Соединенных Штатах». The New England Journal of Medicine . 382 (10): 929–936. doi :10.1056/NEJMoa2001191. PMC 7092802. PMID  32004427 . 
  60. ^ Ли Д., Цзинь М., Бао П., Чжао В., Чжан С. (май 2020 г.). «Клинические характеристики и результаты тестов спермы среди мужчин с коронавирусным заболеванием 2019 г.». JAMA Network Open . 3 (5): e208292. doi : 10.1001/jamanetworkopen.2020.8292. PMC 7206502. PMID  32379329 . 
  61. ^ Вёлфель Р., Корман В.М., Гуггемос В., Зейлмайер М., Занге С., Мюллер М.А., Нимейер Д., Джонс Т.К., Фоллмар П., Роте С., Хельшер М., Блейкер Т., Брюнинк С., Шнайдер Дж., Эманн Р., Цвирглмайер К., Дростен С, Вендтнер С (май 2020 г.). «Вирусологическая оценка госпитализированных больных с COVID-2019». Природа . 581 (7809): 465–469. Бибкод : 2020Natur.581..465W. дои : 10.1038/s41586-020-2196-x . ПМИД  32235945.
  62. ^ Купфершмидт К (февраль 2020 г.). «Исследование, утверждающее, что новый коронавирус может передаваться людьми без симптомов, было ошибочным». Science . doi :10.1126/science.abb1524. S2CID  214094598.
  63. ^ To KK, Tsang OT, Leung WS, Tam AR, Wu TC, Lung DC, Yip CC, Cai JP, Chan JM, Chik TS, Lau DP, Choi CY, Chen LL, Chan WM, Chan KH, Ip JD, Ng AC, Poon RW, Luo CT, Cheng VC, Chan JF, Hung IF, Chen Z, Chen H, Yuen KY (май 2020 г.). «Временные профили вирусной нагрузки в образцах слюны из задней части ротоглотки и реакции сывороточных антител во время инфекции SARS-CoV-2: наблюдательное когортное исследование». The Lancet. Инфекционные заболевания . 20 (5): 565–574. doi :10.1016/S1473-3099(20)30196-1. PMC 7158907. PMID  32213337 . 
  64. ^ Avanzato VA, Matson MJ, Seifert SN, Pryce R, Williamson BN, Anzick SL, Barbian K, Judson SD, Fischer ER, Martens C, Bowden TA, de Wit E, Riedo FX, Munster VJ (декабрь 2020 г.). «Исследование случая: длительное инфекционное выделение SARS-CoV-2 у бессимптомного человека с ослабленным иммунитетом и раком». Cell . 183 (7): 1901–1912.e9. doi :10.1016/j.cell.2020.10.049. PMC 7640888 . PMID  33248470. 
  65. ^ Аб Хоу Ю.Дж., Окуда К., Эдвардс CE, Мартинес Д.Р., Асакура Т., Диннон К.Х., Като Т., Ли Р.Э., Йонт Б.Л., Масценик Т.М., Чен Г., Оливье К.Н., Гио А., Це Л.В., Лейст С.Р., Гралински Л.Е., Шефер А., Данг Х., Гилмор Р., Накано С., Сан Л., Фулчер М.Л., Ливраги-Бутрико А., Найсли Н.И., Кэмерон М., Кэмерон С., Кельвин Д.Д., де Сильва А., Марголис Д.М., Маркманн А., Бартельт Л., Зумвалт Р. , Мартинес Ф.Дж., Сальваторе С.П., Борчук А., Тата П.Р., Сонтаке В., Кимпл А., Джасперс И., О'Нил В.К., Рэнделл Ш., Баучер Р.К., Барик Р.С. (июль 2020 г.). «Обратная генетика SARS-CoV-2 выявила переменный градиент инфекции в дыхательных путях». Cell . 182 (2): 429–446.e14. doi : 10.1016/j.cell.2020.05.042 . PMC 7250779 . PMID  32526206. 
  66. ^ Баннерджи А., Моссман К., Бейкер М.Л. (февраль 2021 г.). «Зооантропонозный потенциал SARS-CoV-2 и последствия повторного внедрения в популяции человека». Cell Host & Microbe . 29 (2): 160–164. doi :10.1016/j.chom.2021.01.004. PMC 7837285 . PMID  33539765. 
  67. ^ «Вопросы и ответы по COVID-19: МЭБ – Всемирная организация по охране здоровья животных». www.oie.int . Архивировано из оригинала 31 марта 2020 г. Получено 16 апреля 2020 г.
  68. ^ Goldstein J (6 апреля 2020 г.). «Тигр из зоопарка Бронкса заболел коронавирусом». The New York Times . Архивировано из оригинала 9 апреля 2020 г. Получено 10 апреля 2020 г.
  69. ^ «Заявление Министерства сельского хозяйства США о подтверждении наличия COVID-19 у тигра в Нью-Йорке». Министерство сельского хозяйства США . 5 апреля 2020 г. Архивировано из оригинала 15 апреля 2020 г. Получено 16 апреля 2020 г.
  70. ^ «Если у вас есть животные — коронавирусное заболевание 2019 (COVID-19)». Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) . 13 апреля 2020 г. Архивировано из оригинала 1 апреля 2020 г. Получено 16 апреля 2020 г.
  71. ^ Всемирная организация здравоохранения (1 февраля 2020 г.). Новый коронавирус (2019-nCoV): отчет о ситуации, 12 (Отчет). Всемирная организация здравоохранения . hdl : 10665/330777 .
  72. ^ Nogrady B (ноябрь 2020 г.). «Что говорят данные о бессимптомных инфекциях COVID». Nature . 587 (7835): 534–535. Bibcode :2020Natur.587..534N. doi : 10.1038/d41586-020-03141-3 . PMID  33214725.
  73. ^ Ли Р., Пей С., Чэнь Б., Сонг И., Чжан Т., Ян В., Шаман Дж. (май 2020 г.). «Значительная незадокументированная инфекция способствует быстрому распространению нового коронавируса (SARS-CoV-2)». Science . 368 (6490): 489–493. Bibcode :2020Sci...368..489L. doi :10.1126/science.abb3221. PMC 7164387 . PMID  32179701. 
  74. ↑ Daily Telegraph , четверг, 28 мая 2020 г., страница 2, колонка 1, которая ссылается на медицинский журнал Thorax ; статья Thorax за май 2020 г. COVID-19: по стопам Эрнеста Шеклтона. Архивировано 30 мая 2020 г. в Wayback Machine.
  75. ^ He X, Lau EH, Wu P, Deng X, Wang J, Hao X, Lau YC, Wong JY, Guan Y, Tan X, Mo X, Chen Y, Liao B, Chen W, Hu F, Zhang Q, Zhong M, Wu Y, Zhao L, Zhang F, Cowling BJ, Li F, Leung GM (сентябрь 2020 г.). «Исправление автора: временная динамика вирусного выделения и трансмиссивности COVID-19». Nature Medicine . 26 (9): 1491–1493. doi :10.1038/s41591-020-1016-z. PMC 7413015 . PMID  32770170. 
  76. ^ ab Ledford H (сентябрь 2020 г.). «Повторные заражения коронавирусом: три вопроса, которые задают ученые». Nature . 585 (7824): 168–169. doi : 10.1038/d41586-020-02506-y . PMID  32887957. S2CID  221501940.
  77. ^ ab To KK, Hung IF, Ip JD, Chu AW, Chan WM, Tam AR, Fong CH, Yuan S, Tsoi HW, Ng AC, Lee LL, Wan P, Tso E, To WK, Tsang D, Chan KH, Huang JD, Kok KH, Cheng VC, Yuen KY (август 2020 г.). «Повторное заражение COVID-19 филогенетически отличным штаммом SARS-coronavirus-2, подтвержденное секвенированием всего генома». Клинические инфекционные заболевания . 73 (9): e2946–e2951. doi : 10.1093/cid/ciaa1275. PMC 7499500. PMID 32840608.  S2CID 221308584  . 
  78. ^ ab Tillett RL, Sevinsky JR, Hartley PD, Kerwin H, Crawford N, Gorzalski A, Laverdure C, Verma SC, Rossetto CC, Jackson D, Farrell MJ, Van Hooser S, Pandori M (январь 2021 г.). «Геномные доказательства повторного заражения SARS-CoV-2: исследование случая». The Lancet. Инфекционные заболевания . 21 (1): 52–58. doi : 10.1016 /S1473-3099(20)30764-7 . PMC 7550103. PMID  33058797. 
  79. ^ ab Holmes EC, Goldstein SA, Rasmussen AL, Robertson DL, Crits-Christoph A, Wertheim JO, Anthony SJ, Barclay WS, Boni MF, Doherty PC, Farrar J (август 2021 г.). «Истоки SARS-CoV-2: критический обзор». Cell . 184 (19): 4848–4856. doi :10.1016/j.cell.2021.08.017. PMC 8373617 . PMID  34480864. 
  80. ^ abc Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей». Nature . 579 (7798): 270–273. Bibcode :2020Natur.579..270Z. doi :10.1038/s41586-020-2012-7. PMC 7095418 . PMID  32015507. 
  81. ^ Эшнер К (28 января 2020 г.). «Мы до сих пор не уверены, откуда на самом деле взялся коронавирус из Уханя». Popular Science . Архивировано из оригинала 30 января 2020 г. . Получено 30 января 2020 г. .
  82. ^ Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, Zhang L, Fan G, Xu J, Gu X, Cheng Z, Yu T, Xia J, Wei Y, Wu W, Xie X, Yin W, Li H, Liu M, Xiao Y, Gao H, Guo L, Xie J, Wang G, Jiang R, Gao Z, Jin Q, Wang J, Cao B (февраль 2020 г.). «Клинические особенности пациентов, инфицированных новым коронавирусом 2019 года в Ухане, Китай». Lancet . 395 (10223): 497–506. doi :10.1016/S0140-6736(20)30183-5. PMC 7159299 . PMID  31986264. 
  83. ^ ab Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang J, Liu Y, Wei Y, Xia J, Yu T, Zhang X, Zhang L (февраль 2020 г.). «Эпидемиологическая и клиническая характеристика 99 случаев пневмонии, вызванной новым коронавирусом 2019 года в Ухане, Китай: описательное исследование». Lancet . 395 (10223): 507–513. doi :10.1016/S0140-6736(20)30211-7. PMC 7135076 . PMID  32007143. 
  84. ^ ab Cyranoski D (март 2020 г.). «Тайна животного источника коронавируса становится все более таинственной». Nature . 579 (7797): 18–19. Bibcode :2020Natur.579...18C. doi : 10.1038/d41586-020-00548-w . PMID  32127703.
  85. ^ Yu WB, Tang GD, Zhang L, Corlett RT (май 2020 г.). «Расшифровка эволюции и путей передачи нового коронавируса пневмонии (SARS-CoV-2 / HCoV-19) с использованием полных геномных данных». Zoological Research . 41 (3): 247–257. doi :10.24272/j.issn.2095-8137.2020.022. PMC 7231477 . PMID  32351056. 
  86. ^ abcde Совместная исследовательская группа ВОЗ-Китай (30 марта 2021 г.). Глобальное исследование происхождения SARS-CoV-2, организованное ВОЗ: Китайская часть. Женева, Швейцария: Всемирная организация здравоохранения . Получено 31 мая 2023 г.
  87. ^ Worobey M (декабрь 2021 г.). «Анатомическое исследование ранних случаев COVID-19 в Ухане». Science . 374 (6572): 1202–1204. Bibcode :2021Sci...374.1202W. doi :10.1126/science.abm4454. PMID  34793199. S2CID  244403410.
  88. ^ Kang L, He G, Sharp AK, Wang X, Brown AM, Michalak P, Weger-Lucarelli J (август 2021 г.). «Избирательная чистка гена Spike привела к адаптации человека к SARS-CoV-2». Cell . 184 (17): 4392–4400.e4. doi :10.1016/j.cell.2021.07.007. PMC 8260498 . PMID  34289344. 
  89. ^ Decaro N, Lorusso A (май 2020 г.). «Новый коронавирус человека (SARS-CoV-2): урок коронавирусов животных». Ветеринарная микробиология . 244 : 108693. doi : 10.1016/j.vetmic.2020.108693. PMC 7195271. PMID  32402329 . 
  90. ^ Robson F, Khan KS, Le TK, Paris C, Demirbag S, Barfuss P, Rocchi P, Ng WL (август 2020 г.). «Корректура РНК коронавируса: молекулярная основа и терапевтическое нацеливание [опубликованное исправление появилось в Mol Cell. 2020 Dec 17;80(6):1136–1138]». Molecular Cell . 79 (5): 710–727. doi :10.1016/j.molcel.2020.07.027. PMC 7402271 . PMID  32853546. 
  91. ^ Tao K, Tzou PL, Nouhin J, Gupta RK, de Oliveira T, Kosakovsky Pond SL, Fera D, Shafer RW (декабрь 2021 г.). «Биологическое и клиническое значение новых вариантов SARS-CoV-2». Nature Reviews Genetics . 22 (12): 757–773. doi :10.1038/s41576-021-00408-x. PMC 8447121. PMID  34535792 . 
  92. ↑ Теммам С., Вонгфайлот К., Салазар Э.Б., Мунье С., Бономи М., Рено Б., Дуангбубфа Б., Карами Ю., Кретьен Д., Санамсай Д., Каяфет В. (февраль 2022 г.). «Коронавирусы летучих мышей, родственные SARS-CoV-2 и заразные для клеток человека». Природа . 604 (7905): 330–336. Бибкод : 2022Natur.604..330T. дои : 10.1038/s41586-022-04532-4 . PMID  35172323. S2CID  246902858.
  93. ^ Маллапати С. (24 сентября 2021 г.). «Ближайшие известные родственники вируса, вызывающего COVID-19, обнаружены в Лаосе». Nature . 597 (7878): 603. Bibcode :2021Natur.597..603M. doi : 10.1038/d41586-021-02596-2 . PMID  34561634. S2CID  237626322.
  94. ^ «Недавно обнаруженные вирусы летучих мышей дают подсказки о происхождении Covid». The New York Times . 14 октября 2021 г.
  95. ^ "Bat coronavirus isolate RaTG13, complete genome". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) . 10 февраля 2020 г. Архивировано из оригинала 15 мая 2020 г. Получено 5 марта 2020 г.
  96. ^ «Аргумент «бритвы Оккама» не изменился в пользу утечки из лаборатории». Snopes.com . Snopes. 16 июля 2021 г. . Получено 18 июля 2021 г. .
  97. ^ Лу Р, Чжао X, Ли Дж, Ню П, Ян Б, Ву Х, Ван В, Сун Х, Хуан Б, Чжу Н, Би Ю, Ма Х, Чжан Ф, Ван Л, Ху Т, Чжоу Х, Ху Z, Чжоу В., Чжао Л., Чен Дж., Мэн Ю., Ван Дж., Линь Ю., Юань Дж., Се Z, Ма Дж., Лю В.Дж., Ван Д., Сюй В., Холмс Э.К., Гао Г.Ф., Ву Г., Чен В., Ши В, Тан В (февраль 2020 г.). «Геномная характеристика и эпидемиология нового коронавируса 2019 года: значение для происхождения вируса и связывания с рецепторами». Ланцет . 395 (10224): 565–574. дои : 10.1016/S0140-6736(20)30251-8. PMC 7159086. PMID  32007145 . 
  98. ^ О'Киф Дж., Фримен С., Никол А. (21 марта 2021 г.). Основы передачи SARS-CoV-2. Ванкувер, Британская Колумбия: Национальный сотрудничающий центр по охране окружающей среды (NCCEH). ISBN 978-1-988234-54-0. Архивировано из оригинала 12 мая 2021 г. . Получено 12 мая 2021 г. .
  99. ^ Сяо К, Чжай J, Фэн Y, Чжоу Н, Чжан X, Цзоу JJ, Ли Н, Го Y, Ли X, Шэнь X, Чжан Z, Шу F, Хуан W, Ли Y, Чжан Z, Чэнь РА, Ву YJ, Пэн С.М., Хуан М., Се WJ, Цай QH, Хоу Ф.Х., Чэнь В., Сяо Л., Шэнь Ю (июль 2020 г.). «Выделение коронавируса, связанного с SARS-CoV-2, от малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 286–289. Бибкод : 2020Natur.583..286X. дои : 10.1038/s41586-020-2313-x . PMID  32380510. S2CID  218557880.
  100. ^ Zhao J, Cui W, Tian BP (2020). «Потенциальные промежуточные хозяева для SARS-CoV-2». Frontiers in Microbiology . 11 : 580137. doi : 10.3389/fmicb.2020.580137 . PMC 7554366. PMID  33101254 . 
  101. ^ «Почему так сложно отследить происхождение COVID-19». Наука . National Geographic. 10 сентября 2021 г.
  102. ^ abc Hu B, Guo H, Zhou P, Shi ZL (март 2021 г.). «Характеристики SARS-CoV-2 и COVID-19». Nature Reviews. Микробиология . 19 (3): 141–154. doi :10.1038/s41579-020-00459-7. PMC 7537588. PMID  33024307 . 
  103. ^ Джованетти М, Бенедетти Ф, Кампизи Г, Чиккоцци А, Фабрис С, Чеккарелли Г, Тамбоне В, Карузо А, Анджелетти С, Зелла Д, Чиккоцци М (январь 2021 г.). «Модели эволюции SARS-CoV-2: снимок вариантов его генома». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 88–91. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.10.102. ПМЦ 7836704 . PMID  33199021. S2CID  226988090. 
  104. ^ abc V'kovski P, Kratzel A, Steiner S, Stalder H, Thiel V (март 2021 г.). «Биология и репликация коронавируса: последствия для SARS-CoV-2». Nature Reviews. Microbiology . 19 (3): 155–170. doi :10.1038/s41579-020-00468-6. PMC 7592455. PMID  33116300 . 
  105. ^ ab Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, Zhao X, Huang B, Shi W, Lu R, Niu P, Zhan F, Ma X, Wang D, Xu W, Wu G, Gao GF, Tan W (февраль 2020 г.). «Новый коронавирус от пациентов с пневмонией в Китае, 2019 г.». The New England Journal of Medicine . 382 (8): 727–733. doi : 10.1056/NEJMoa2001017. PMC 7092803. PMID  31978945 . 
  106. ^ "Филогения SARS-подобных бетакоронавирусов". nextstrain . Архивировано из оригинала 20 января 2020 г. Получено 18 января 2020 г.
  107. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (февраль 2019 г.). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей». Вирусы . 11 (2): 174. doi : 10.3390/v11020174 . PMC 6409556. PMID  30791586 . 
  108. ^ ab Singh D, Yi SV (апрель 2021 г.). «О происхождении и эволюции SARS-CoV-2». Experimental & Molecular Medicine . 53 (4): 537–547. doi :10.1038/s12276-021-00604-z. PMC 8050477. PMID  33864026 . 
  109. ^ Джексон Б., Бони М.Ф., Булл М.Дж., Коллеран А., Колкухун Р.М., Дарби AC, Холденби С., Хилл В., Лукачи А., Маккроун Дж.Т., Николлс С.М., О'Тул А., Пакьярини Н., Поплавски Р., Шер Э., Тодд Ф. , Вебстер Х.Дж., Уайтхед М., Вежбицки С., Ломан Н.Дж., Коннор Т.Р., Робертсон Д.Л., Пайбус О.Г., Рамбо А. (сентябрь 2021 г.). «Поколение и передача межлинейных рекомбинантов при пандемии SARS-CoV-2». Клетка . 184 (20): 5179–5188.e8. doi :10.1016/j.cell.2021.08.014. ПМЦ 8367733 . PMID  34499854. S2CID  237099659. 
  110. ^ ab "CoV2020" . GISAID EpifluDB . Архивировано из оригинала 12 января 2020 г. . Получено 12 января 2020 г. .
  111. ^ Ким Д., Ли ДЖ. Й., Ян ДЖ. С., Ким ДЖ. В., Ким В. Н., Чан Х. (май 2020 г.). «Архитектура транскриптома SARS-CoV-2». Cell . 181 (4): 914–921.e10. doi :10.1016/j.cell.2020.04.011. PMC 7179501 ​​. PMID  32330414. 
  112. ^ Hossain MG, Tang Yd, Akter S, Zheng C (май 2022 г.). «Роли многоосновного сайта расщепления фурина белка шипа в репликации SARS-CoV-2, патогенезе, иммунных реакциях хозяина и вакцинации». Журнал медицинской вирусологии . 94 (5): 1815–1820. doi :10.1002/jmv.27539. PMID  34936124. S2CID  245430230.
  113. ^ To KK, Sridhar S, Chiu KH, Hung DL, Li X, Hung IF, Tam AR, Chung TW, Chan JF, Zhang AJ, Cheng VC, Yuen KY (декабрь 2021 г.). «Уроки, извлеченные через год после появления SARS-CoV-2, приведшего к пандемии COVID-19». Emerging Microbes & Infections . 10 (1): 507–535. doi :10.1080/22221751.2021.1898291. PMC 8006950. PMID  33666147 . 
  114. ^ ab Jackson CB, Farzan M, Chen B, Choe H (январь 2022 г.). «Механизмы проникновения SARS-CoV-2 в клетки». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 23 (1): 3–20. doi :10.1038/s41580-021-00418-x. PMC 8491763. PMID  34611326 . 
  115. ^ Braun E, Sauter D (2019). «Фурин-опосредованная обработка белков при инфекционных заболеваниях и раке». Клиническая и трансляционная иммунология . 8 (8): e1073. doi :10.1002/cti2.1073. PMC 6682551. PMID 31406574  . 
  116. ^ Vankadari N (август 2020 г.). «Структура связывания фуриновой протеазы с гликопротеином шипа SARS-CoV-2 и ее значение для потенциальных целей и вирулентности». The Journal of Physical Chemistry Letters . 11 (16): 6655–6663. doi : 10.1021/acs.jpclett.0c01698. PMC 7409919. PMID  32787225 . 
  117. ^ ab Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E (апрель 2020 г.). «Спайковый гликопротеин нового коронавируса 2019-nCoV содержит фуриноподобный сайт расщепления, отсутствующий в CoV той же клады». Antiviral Research . 176 (7): 104742. Bibcode :2020CBio...30E1346Z. doi :10.1016/j.cub.2020.03.022. PMC 7114094 . PMID  32057769. 
  118. ^ Чжан Т, У Цюй, Чжан З (апрель 2020 г.). «Вероятное происхождение SARS-CoV-2 от панголина, связанное со вспышкой COVID-19». Current Biology . 30 (7): 1346–1351.e2. Bibcode : 2020CBio...30E1346Z. doi : 10.1016/j.cub.2020.03.022. PMC 7156161. PMID  32197085. 
  119. ^ Wu Y, Zhao S (декабрь 2020 г.). «Места расщепления фурина естественным образом встречаются в коронавирусах». Stem Cell Research . 50 : 102115. doi : 10.1016 /j.scr.2020.102115. PMC 7836551. PMID  33340798. 
  120. ^ Budhraja A, Pandey S, Kannan S, Verma CS, Venkatraman P (март 2021 г.). «Многоосновная вставка, RBD белка шипа SARS-CoV-2 и коронавирус кошек — эволюционировали или еще не эволюционировали». Biochemistry and Biophysics Reports . 25 : 100907. doi : 10.1016/j.bbrep.2021.100907. PMC 7833556. PMID 33521335  . 
  121. ^ Worobey M, Pekar J, Larsen BB, Nelson MI, Hill V, Joy JB, Rambaut A, Suchard MA, Wertheim JO, Lemey P (октябрь 2020 г.). «Появление SARS-CoV-2 в Европе и Северной Америке». Science . 370 (6516): 564–570. doi :10.1126/science.abc8169. PMC 7810038 . PMID  32912998. 
  122. ^ "Первоначальный выпуск генома нового коронавируса". Вирусологический . 11 января 2020 г. Архивировано из оригинала 12 января 2020 г. Получено 12 января 2020 г.
  123. ^ ab Bedford T, Neher R, Hadfield N, Hodcroft E, Ilcisin M, Müller N. "Геномный анализ распространения nCoV: отчет о ситуации 2020-01-30". nextstrain.org . Архивировано из оригинала 15 марта 2020 г. . Получено 18 марта 2020 г. .
  124. ^ Sun J, He WT, Wang L, Lai A, Ji X, Zhai X, Li G, Suchard MA, Tian J, Zhou J, Veit M, Su S (май 2020 г.). «COVID-19: эпидемиология, эволюция и междисциплинарные перспективы». Тенденции в молекулярной медицине . 26 (5): 483–495. doi : 10.1016 /j.molmed.2020.02.008. PMC 7118693. PMID  32359479. 
  125. ^ "Геномная эпидемиология нового коронавируса – Глобальная субвыборка". Nextstrain . 25 октября 2021 г. Архивировано из оригинала 20 апреля 2020 г. Получено 26 октября 2021 г.
  126. ^ Группа по изучению коронавирусов Международного комитета по таксономии вирусов (апрель 2020 г.). «Вид коронавируса, связанного с тяжелым острым респираторным синдромом: классификация 2019-nCoV и присвоение ему названия SARS-CoV-2». Nature Microbiology . 5 (4): 536–544. doi :10.1038/s41564-020-0695-z. PMC 7095448 . PMID  32123347. 
  127. ^ «Новый, более заразный штамм COVID-19 теперь доминирует в глобальных случаях вируса: исследование». medicalxpress.com . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 г. . Получено 16 августа 2020 г. .
  128. ^ Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, Yoon H, Theiler J, Abfalterer W, Hengartner N, Giorgi EE, Bhattacharya T, Foley B, Hastie KM, Parker MD, Partridge DG, Evans CM, Freeman TM, de Silva TI, McDanal C, Perez LG, Tang H, Moon-Walker A, Whelan SP, LaBranche CC, Saphire EO, Montefiori DC (август 2020 г.). «Отслеживание изменений в спайке SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19». Cell . 182 (4): 812–827.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . PMC 7332439. PMID  32697968 . 
  129. ^ Дхама К., Хан С., Тивари Р., Сиркар С., Бхат С., Малик Ю.С., Сингх К.П., Чайкумпа В., Бонилья-Алдана Д.К., Родригес-Моралес AJ (сентябрь 2020 г.). «Коронавирусная болезнь 2019-COVID-19». Обзоры клинической микробиологии . 33 (4). дои : 10.1128/CMR.00028-20. ПМК 7405836 . ПМИД  32580969. 
  130. ^ Dockrill P (11 ноября 2020 г.). «Ученые только что обнаружили таинственно скрытый «ген внутри гена» в SARS-CoV-2». ScienceAlert . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 г. . Получено 11 ноября 2020 г. .
  131. ^ Nelson CW, Ardern Z, Goldberg TL, Meng C, Kuo CH, Ludwig C, Kolokotronis SO, Wei X (октябрь 2020 г.). «Динамически развивающийся новый перекрывающийся ген как фактор пандемии SARS-CoV-2». eLife . 9 . doi : 10.7554/eLife.59633 . PMC 7655111 . PMID  33001029. 
  132. ^ ab Zhou H, Ji J, Chen X, Bi Y, Li J, Wang Q и др. (август 2021 г.). «Идентификация новых коронавирусов летучих мышей проливает свет на эволюционное происхождение SARS-CoV-2 и родственных вирусов». Cell . 184 (17): 4380–4391.e14. doi :10.1016/j.cell.2021.06.008. PMC 8188299 . PMID  34147139. 
  133. ^ ab Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y и др. (февраль 2021 г.). «Доказательства наличия коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, циркулирующих у летучих мышей и ящеров в Юго-Восточной Азии». Природные коммуникации . 12 (1): 972. Бибкод : 2021NatCo..12..972W. дои : 10.1038/s41467-021-21240-1 . ПМЦ 7873279 . ПМИД  33563978. 
  134. ^ Мураками С., Китамура Т., Сузуки Дж., Сато Р., Аой Т., Фудзии М. и др. (декабрь 2020 г.). «Обнаружение и характеристика сарбековируса летучих мышей, филогенетически связанного с SARS-CoV-2, Япония». Новые инфекционные заболевания . 26 (12): 3025–3029. doi :10.3201/eid2612.203386. PMC 7706965. PMID 33219796  . 
  135. ^ ab Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучей мыши, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в месте расщепления S1/S2 белка шипа». Current Biology . 30 (11): 2196–2203.e3. doi :10.1016/j.cub.2020.05.023. PMC 7211627 . PMID  32416074. 
  136. ^ Лам Т.Т., Цзя Н., Чжан Ю.В., Шум М.Х., Цзян Дж.Ф., Чжу Х.К. и др. (июль 2020 г.). «Идентификация коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, у малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 282–285. Бибкод : 2020Natur.583..282L. дои : 10.1038/s41586-020-2169-0. PMID  32218527. S2CID  214683303.
  137. ^ Сяо К., Чжай Дж., Фэн Ю., Чжоу Н., Чжан Х., Цзоу Дж.Дж. и др. (июль 2020 г.). «Выделение коронавируса, связанного с SARS-CoV-2, от малайских панголинов». Природа . 583 (7815): 286–289. Бибкод : 2020Natur.583..286X. дои : 10.1038/s41586-020-2313-x. PMID  32380510. S2CID  256822274.
  138. ^ ab Делон Д., Хул В., Карлссон Е.А., Хассанин А., Оу Т.П., Байдалюк А. и др. (ноябрь 2021 г.). «Новый коронавирус, связанный с SARS-CoV-2, у летучих мышей из Камбоджи». Природные коммуникации . 12 (1): 6563. Бибкод : 2021NatCo..12.6563D. дои : 10.1038/s41467-021-26809-4. ПМЦ 8578604 . ПМИД  34753934. 
  139. ^ Zhou H, Chen X, Hu T, Li J, Song H, Liu Y и др. (июнь 2020 г.). «Новый коронавирус летучей мыши, тесно связанный с SARS-CoV-2, содержит естественные вставки в месте расщепления S1/S2 белка шипа». Current Biology . 30 (11): 2196–2203.e3. doi :10.1016/j.cub.2020.05.023. PMC 7211627 . PMID  32416074. 
  140. ^ Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей». Nature . 579 (7798): 270–273. Bibcode :2020Natur.579..270Z. doi :10.1038/s41586-020-2012-7. PMC 7095418 . PMID  32015507. 
  141. ^ Теммам С., Вонгфайлот К., Бакеро Э., Мунье С., Бономи М., Рено Б. и др. (апрель 2022 г.). «Коронавирусы летучих мышей, родственные SARS-CoV-2 и заразные для клеток человека». Природа . 604 (7905): 330–336. Бибкод : 2022Natur.604..330T. дои : 10.1038/s41586-022-04532-4. PMID  35172323. S2CID  246902858.
  142. ^ Koyama T, Platt D, Parida L (июль 2020 г.). «Анализ вариантов геномов SARS-CoV-2». Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. doi :10.2471/BLT.20.253591. PMC 7375210. PMID 32742035.  Всего мы обнаружили 65776 вариантов с 5775 различными вариантами. 
  143. ^ Алм Э., Броберг Э.К., Коннор Т., Ходкрофт Э.Б., Комиссаров А.Б., Маурер-Стро С., Мелиду А., Нехер Р.А., О'Тул А., Переяслов Д. (август 2020 г.). «Географическое и временное распределение клад SARS-CoV-2 в Европейском регионе ВОЗ, с января по июнь 2020 г.». Евронаблюдение . 25 (32). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. ПМЦ 7427299 . ПМИД  32794443. 
  144. ^ Всемирная организация здравоохранения (27 ноября 2021 г.). «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2». Всемирная организация здравоохранения . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 г. . Получено 28 ноября 2021 г. .
  145. ^ "SARS-CoV-2 mink-associated variation strain – Denmark". ВОЗ . 3 декабря 2020 г. Архивировано из оригинала 31 декабря 2020 г. Получено 30 декабря 2020 г.
  146. ^ Sender R, Bar-On YM, Gleizer S, Bernsthein B, Flamholz A, Phillips R, Milo R (апрель 2021 г.). «Общее количество и масса вирионов SARS-CoV-2». MedRxiv: Сервер препринтов для медицинских наук . doi : 10.1101/2020.11.16.20232009. PMC 7685332 . PMID  33236021. 
  147. ^ abc Wu C, Liu Y, Yang Y, Zhang P, Zhong W, Wang Y, Wang Q, Xu Y, Li M, Li X, Zheng M, Chen L, Li H (май 2020 г.). «Анализ терапевтических целей для SARS-CoV-2 и открытие потенциальных лекарств с помощью вычислительных методов». Acta Pharmaceutica Sinica B . 10 (5): 766–788. doi :10.1016/j.apsb.2020.02.008. PMC 7102550 . PMID  32292689. 
  148. ^ ab Wrapp D, Wang N, Corbett KS, Goldsmith JA, Hsieh CL, Abiona O, Graham BS, McLellan JS (март 2020 г.). «Крио-ЭМ-структура шипа 2019-nCoV в предслитной конформации». Science . 367 (6483): 1260–1263. Bibcode :2020Sci...367.1260W. doi :10.1126/science.abb2507. PMC 7164637 . PMID  32075877. 
  149. ^ Mandelbaum RF (19 февраля 2020 г.). «Ученые создают изображение потенциальной ахиллесовой пяты нового коронавируса на атомном уровне». Gizmodo . Архивировано из оригинала 8 марта 2020 г. Получено 13 марта 2020 г.
  150. ^ abc Aronson JK (25 марта 2020 г.). «Коронавирусы – общее введение». Центр доказательной медицины, Департамент первичной медицинской помощи Наффилда, Оксфордский университет . Архивировано из оригинала 22 мая 2020 г. Получено 24 мая 2020 г.
  151. ^ Sokhansanj BA, Rosen GL (26 апреля 2022 г.). Gaglia MM (ред.). «Картографирование данных для глубокого понимания: максимально эффективное использование потока последовательностей генома SARS-CoV-2». mSystems . 7 (2): e00035–22. doi :10.1128/msystems.00035-22. ISSN  2379-5077. PMC 9040592 . PMID  35311562. 
  152. ^ "GISAID - gisaid.org". gisaid.org . Получено 16 сентября 2023 г. .
  153. ^ Kandeel M, Ibrahim A, Fayez M, Al-Nazawi M (июнь 2020 г.). «От SARS и MERS CoVs к SARS-CoV-2: переход к более предвзятому использованию кодонов в вирусных структурных и неструктурных генах». Журнал медицинской вирусологии . 92 (6): 660–666. doi : 10.1002/jmv.25754. PMC 7228358. PMID  32159237 . 
  154. ^ ab Hou W (сентябрь 2020 г.). «Характеристика паттерна использования кодонов в SARS-CoV-2». Virology Journal . 17 (1): 138. doi : 10.1186/s12985-020-01395-x . PMC 7487440 . PMID  32928234. 
  155. ^ ab Wang Y, Mao JM, Wang GD, Luo ZP, Yang L, Yao Q, Chen KP (июль 2020 г.). «Человеческий SARS-CoV-2 эволюционировал, чтобы уменьшить динуклеотид CG в своих открытых рамках считывания». Scientific Reports . 10 (1): 12331. Bibcode :2020NatSR..1012331W. doi :10.1038/s41598-020-69342-y. PMC 7378049 . PMID  32704018. 
  156. ^ Райс AM, Кастильо Моралес A, Хо AT, Мордштейн C, Мюльхаузен S, Уотсон S, Кано L, Янг B, Кудла G, Херст LD (январь 2021 г.). «Доказательства сильного смещения мутаций в сторону и отбора против содержания U в SARS-CoV-2: последствия для разработки вакцин». Молекулярная биология и эволюция . 38 (1): 67–83. doi :10.1093/molbev/msaa188. PMC 7454790. PMID  32687176. 
  157. ^ Gu H, Chu DK, Peiris M, Poon LL (январь 2020 г.). «Многомерный анализ использования кодонов SARS-CoV-2 и других бета-коронавирусов». Virus Evolution . 6 (1): veaa032. doi :10.1093/ve/veaa032. PMC 7223271. PMID 32431949  . 
  158. ^ Ван Ц, Чжан Ю, Ву Л, Ню С, Сун С, Чжан Цз, Лу Г, Цяо С, Ху Ю, Юэнь Кюй, Ван Ц, Чжоу Х, Ян Дж, Ци Дж (май 2020 г.). «Структурная и функциональная основа проникновения SARS-CoV-2 с использованием человеческого ACE2». Клетка . 181 (4): 894–904.е9. doi :10.1016/j.cell.2020.03.045. ПМЦ 7144619 . ПМИД  32275855. 
  159. ^ Xu X, Chen P, Wang J, Feng J, Zhou H, Li X, Zhong W, Hao P (март 2020 г.). «Эволюция нового коронавируса из продолжающейся вспышки в Ухане и моделирование его спайкового белка для риска передачи человеку». Science China Life Sciences . 63 (3): 457–460. doi :10.1007/s11427-020-1637-5. PMC 7089049 . PMID  32009228. 
  160. ^ Letko M, Marzi A, Munster V (апрель 2020 г.). «Функциональная оценка входа в клетку и использования рецепторов для SARS-CoV-2 и других бета-коронавирусов линии B». Nature Microbiology . 5 (4): 562–569. doi :10.1038/s41564-020-0688-y. PMC 7095430 . PMID  32094589. 
  161. ^ Letko M, Marzi A, Munster V (апрель 2020 г.). «Функциональная оценка входа в клетку и использования рецепторов для SARS-CoV-2 и других бета-коронавирусов линии B». Nature Microbiology . 5 (4): 562–569. doi :10.1038/s41564-020-0688-y. PMC 7095430 . PMID  32094589. 
  162. ^ El Sahly HM. "Геномная характеристика нового коронавируса 2019 года". The New England Journal of Medicine . Архивировано из оригинала 17 февраля 2020 года . Получено 9 февраля 2020 года .
  163. ^ «Новая структура коронавируса раскрывает цели для вакцин и методов лечения». Национальные институты здравоохранения (NIH) . 2 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 1 апреля 2020 г. Получено 3 апреля 2020 г.
  164. ^ Ван К, Чен В, Чжан Z, Дэн Y, Lian JQ, Ду П, Вэй Д, Чжан Y, Сунь XX, Гонг L, Ян X, Хэ L, Чжан L, Ян Z, Гэн JJ, Чен Р, Чжан Х, Ван Б, Чжу Ю.М., Нан Г., Цзян Дж.Л., Ли Л., Ву Дж., Линь П., Хуан В., Се Л., Чжэн Чж., Чжан К., Мяо Дж.Л., Цуй HY, Хуан М., Чжан Дж., Фу Л., Ян XM, Чжао Z, Сунь S, Гу Х, Ван Z, Ван CF, Лу Y, Лю YY, Ван QY, Бянь Х, Чжу П, Чэнь ZN (декабрь 2020 г.). «Белок CD147-шип представляет собой новый путь заражения SARS-CoV-2 клеток-хозяев». Сигнальная трансдукция и таргетная терапия . 5 (1): 283. bioRxiv 10.1101/2020.03.14.988345 . doi : 10.1038/s41392-020-00426-x . PMC 7714896 . PMID  33277466. S2CID  214725955.  
  165. ^ Zamorano Cuervo N, Grandvaux N (ноябрь 2020 г.). «ACE2: доказательства роли в качестве рецептора входа для SARS-CoV-2 и его значение при сопутствующих заболеваниях». eLife . 9 . doi : 10.7554/eLife.61390 . PMC 7652413 . PMID  33164751. 
  166. ^ «Анатомия убийцы: понимание SARS-CoV-2 и препаратов, которые могут ослабить его силу». The Economist . 12 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 14 марта 2020 г. Получено 14 марта 2020 г.
  167. ^ Beeching NJ, Fletcher TE, Fowler R (22 мая 2020 г.). "BMJ Best Practice: Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)" (PDF) . BMJ . Архивировано (PDF) из оригинала 13 июня 2020 г. . Получено 25 мая 2020 г. .
  168. ^ Дрейман Н., ДеМарко Дж.К., Джонс К.А., Азизи С.А., Фроггатт Х.М., Тан К., Мальцева Н.И., Чен С., Николаеску В., Дворкин С., Ферлонг К., Катаят Р.С., Фирпо М.Р., Мастродоменико В., Брюс Э.А., Шмидт М.М., Енджейчак Р, Муньос-Алия Ма, Шустер Б, Наир В, Хан К.Ю., О'Брайен А, Томациду А, Мейер Б, Виньюцци М, Миссиакас Д, Боттен Дж.В., Брук С.Б., Ли Х, Бейкер СК, Маунс BC, Хитон Н.С. , Северсон В.Е., Палмер К.Е., Дикинсон BC, Джоахимиак А., Рэндалл Дж., Тэй С. (август 2021 г.). «Маситиниб — это широкий ингибитор коронавируса 3CL, который блокирует репликацию SARS-CoV-2». Science . 373 (6557): 931–936. Bibcode :2021Sci...373..931D. doi : 10.1126/science.abg5827 . PMC 8809056. PMID  34285133 . 
  169. ^ Информационный бюллетень для поставщиков медицинских услуг: Разрешение на экстренное использование препарата Паксловид (PDF) . Pfizer . 22 декабря 2021 г. Архивировано из оригинала 23 декабря 2021 г.
  170. ^ "Paxlovid EPAR". Европейское агентство по лекарственным средствам (EMA) . 24 января 2022 г. Получено 3 февраля 2022 г.Текст был скопирован из этого источника, авторские права на который принадлежат Европейскому агентству по лекарственным средствам. Воспроизведение разрешено при условии указания источника.
  171. ^ Пероральный противовирусный препарат от COVID-19, Paxlovid, одобрен регулирующим органом Великобритании. Агентство по регулированию лекарственных средств и изделий медицинского назначения. 31 декабря 2021 г.
  172. ^ Министерство здравоохранения Канады разрешает применение препарата Паксловид у пациентов с легкой и средней степенью тяжести COVID-19, имеющих высокий риск развития серьезного заболевания. Министерство здравоохранения Канады . 17 января 2022 г. Получено 24 апреля 2022 г.
  173. ^ FDA разрешает первый пероральный противовирусный препарат для лечения COVID-19. Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) . 22 декабря 2021 г. Получено 22 декабря 2021 г. Общественное достояниеВ данной статье использован текст из этого источника, находящегося в общественном достоянии .
  174. ^ Whipple T (23 октября 2021 г.). «Moonshot — это ключ в работе по борьбе с Covid-19, которая нужна стране». The Times . Получено 5 ноября 2021 г.
  175. ^ Rocklöv J, Sjödin H, Wilder-Smith A (май 2020 г.). «Вспышка COVID-19 на круизном лайнере Diamond Princess: оценка эпидемического потенциала и эффективности мер общественного здравоохранения». Journal of Travel Medicine . 27 (3). doi : 10.1093/jtm/taaa030. PMC 7107563. PMID  32109273 . 
  176. ^ Ke R, Romero-Severson E, Sanche S, Hengartner N (май 2021 г.). «Оценка репродуктивного числа R0 SARS-CoV-2 в Соединенных Штатах и ​​восьми европейских странах и последствия для вакцинации». Журнал теоретической биологии . 517 : 110621. Bibcode : 2021JThBi.51710621K. doi : 10.1016/j.jtbi.2021.110621. PMC 7880839. PMID  33587929 . 
  177. ^ Liu Y, Gayle AA, Wilder-Smith A, Rocklöv J (март 2020 г.). «Репродуктивное число COVID-19 выше по сравнению с коронавирусом SARS». Journal of Travel Medicine . 27 (2): taaa021. doi :10.1093/jtm/taaa021. PMC 7074654. PMID  32052846 . 
  178. ^ Davies NG, Abbott S, Barnard RC, Jarvis CI, Kucharski AJ, Munday JD, Pearson CA, Russell TW, Tully DC, Washburne AD, Wenseleers T, Gimma A, Waites W, Wong KL, van Zandvoort K, Silverman JD, Diaz-Ordaz K, Keogh R, Eggo RM, Funk S, Jit M, Atkins KE, Edmunds WJ (апрель 2021 г.). «Оцениваемая трансмиссивность и воздействие линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Англии». Science . 372 (6538): eabg3055. doi :10.1126/science.abg3055. PMC 8128288 . PMID  33658326. 
  179. ^ Liu Y, Rocklöv J (октябрь 2021 г.). «Репродуктивное число варианта Delta вируса SARS-CoV-2 намного выше по сравнению с предковым вирусом SARS-CoV-2». Journal of Travel Medicine . 28 (7): taab124. doi :10.1093/jtm/taab124. PMC 8436367 . PMID  34369565. 
  180. ^ abcd "COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU)". ArcGIS . Johns Hopkins University . Получено 10 марта 2023 г. .
  181. ^ Branswell H (30 января 2020 г.). «Ограниченные данные о коронавирусе могут искажать предположения о серьезности». STAT . Архивировано из оригинала 1 февраля 2020 г. Получено 13 марта 2020 г.
  182. ^ Wu JT, Leung K, Leung GM (февраль 2020 г.). «Текущее прогнозирование и прогнозирование потенциального внутреннего и международного распространения вспышки 2019-nCoV, возникшей в Ухане, Китай: модельное исследование». Lancet . 395 (10225): 689–697. doi :10.1016/S0140-6736(20)30260-9. PMC 7159271 . PMID  32014114. 
  183. ^ Boseley S, McCurry J (30 января 2020 г.). «Смертность от коронавируса резко возросла в Китае, поскольку страны изо всех сил пытаются эвакуировать граждан». The Guardian . Архивировано из оригинала 6 февраля 2020 г. Получено 10 марта 2020 г.
  184. ^ Paulinus A (25 февраля 2020 г.). «Коронавирус: Китай отплатит Африке за охрану общественного здоровья». The Sun . Архивировано из оригинала 9 марта 2020 г. . Получено 10 марта 2020 г. .

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

У Схолии есть профиль SARS-CoV-2 (Q82069695).