stringtranslate.com

Микроспутник

Микросателлит — это участок повторяющейся ДНК , в котором определенные мотивы ДНК (длиной от одной до шести или более пар оснований ) повторяются, как правило, 5–50 раз. [1] [2] Микросателлиты встречаются в тысячах мест в геноме организма . Они имеют более высокую скорость мутаций , чем другие области ДНК [3], что приводит к высокому генетическому разнообразию . Микросателлиты часто называют короткими тандемными повторами ( STR ) судебные генетики и генеалоги , или простыми повторами последовательностей ( SSR ) генетики растений. [4]

Микросателлиты и их более длинные родственники, минисателлиты , вместе классифицируются как VNTR (переменное число тандемных повторов ) ДНК. Название «сателлитная» ДНК относится к раннему наблюдению, что центрифугирование геномной ДНК в пробирке отделяет заметный слой объемной ДНК от сопровождающих «сателлитных» слоев повторяющейся ДНК. [5]

Они широко используются для ДНК-профилирования при диагностике рака , в анализе родства (особенно при тестировании на отцовство ) и в судебной идентификации. Они также используются в генетическом анализе сцепления для определения гена или мутации, ответственных за данный признак или заболевание. Микросателлиты также используются в популяционной генетике для измерения уровней родства между подвидами, группами и особями.

История

Хотя первый микросателлит был охарактеризован в 1984 году в Университете Лестера Уэллером, Джеффрисом и коллегами как полиморфный повтор GGAT в гене миоглобина человека , термин «микросателлит» был введен позже, в 1989 году, Литтом и Люти. [1] Название «сателлитная» ДНК относится к раннему наблюдению, что центрифугирование геномной ДНК в пробирке отделяет заметный слой объемной ДНК от сопровождающих «сателлитных» слоев повторяющейся ДНК. [5] Растущая доступность амплификации ДНК с помощью ПЦР в начале 1990-х годов послужила толчком к большому количеству исследований, использующих амплификацию микросателлитов в качестве генетических маркеров для судебной медицины, для проверки отцовства и для позиционного клонирования с целью поиска гена, лежащего в основе признака или заболевания. Известные ранние применения включают идентификацию с помощью микросателлитного генотипирования останков скелета восьмилетней жертвы убийства в Великобритании ( Хагельберг и др., 1991) и врача концлагеря Освенцим Йозефа Менгеле , бежавшего в Южную Америку после Второй мировой войны ( Джеффрис и др., 1992). [1]

Структуры, местоположения и функции

Микросателлит — это тракт тандемно повторяющихся (т. е. смежных) мотивов ДНК, длина которых варьируется от одного до шести или до десяти нуклеотидов (точное определение и разграничение более длинных минисателлитов варьируется от автора к автору), [1] [6] и обычно повторяется 5–50 раз. Например, последовательность TATATATATA является динуклеотидным микросателлитом, а GTCGTCGTCGTCGTC — тринуклеотидным микросателлитом (где A — аденин , G — гуанин , C — цитозин и T — тимин ). Повторяющиеся единицы из четырех и пяти нуклеотидов называются тетра- и пентануклеотидными мотивами соответственно. Большинство эукариот имеют микросателлиты, за исключением некоторых видов дрожжей. Микросателлиты распределены по всему геному. [7] [1] [8] Например, геном человека содержит 50 000–100 000 динуклеотидных микросателлитов и меньшее количество три-, тетра- и пентануклеотидных микросателлитов. [9] Многие из них расположены в некодирующих частях генома человека и, следовательно, не производят белки, но они также могут находиться в регуляторных и кодирующих областях .

Микросателлиты в некодирующих областях могут не иметь какой-либо определенной функции и, следовательно, не могут быть отобраны против; это позволяет им накапливать мутации беспрепятственно на протяжении поколений и приводит к изменчивости, которая может быть использована для ДНК-фингерпринтинга и идентификации. Другие микросателлиты расположены в регуляторных фланговых или интронных областях генов или непосредственно в кодонах генов – мутации микросателлитов в таких случаях могут приводить к фенотипическим изменениям и заболеваниям, в частности, к заболеваниям, связанным с расширением триплета, таким как синдром ломкой Х-хромосомы и болезнь Хантингтона . [10]

Теломеры — это линейные последовательности ДНК, которые располагаются на самых концах хромосом и защищают целостность геномного материала (подобно аглету на конце шнурка) во время последовательных раундов деления клеток из-за «проблемы репликации концов». [6] В лейкоцитах постепенное укорачивание теломерной ДНК, как было показано, обратно коррелирует со старением в нескольких типах образцов. [11] Теломеры состоят из повторяющейся ДНК с гексануклеотидным повторяющимся мотивом TTAGGG у позвоночных. [ требуется цитата ] Таким образом, они классифицируются как минисателлиты . Аналогично, насекомые имеют более короткие повторяющиеся мотивы в своих теломерах, которые, возможно, можно считать микросателлитами. [ требуется цитата ]

Механизмы мутаций и скорость мутаций

Проскальзывание нити ДНК во время репликации локуса STR. Ящики символизируют повторяющиеся единицы ДНК. Стрелки указывают направление, в котором новая нить ДНК (белые ячейки) реплицируется с нити-матрицы (черные ячейки). Изображены три ситуации во время репликации ДНК. (a) Репликация локуса STR прошла без мутации. (b) Репликация локуса STR привела к увеличению одной единицы из-за петли в новой нити; аберрантная петля стабилизирована фланкирующими единицами, комплементарными противоположной нити. (c) Репликация локуса STR привела к потере одной единицы из-за петли в нити-матрице. (Forster et al. 2015)

В отличие от точечных мутаций , которые затрагивают только один нуклеотид, микросателлитные мутации приводят к приобретению или потере целой повторяющейся единицы, а иногда и двух или более повторов одновременно. Таким образом, ожидается, что скорость мутации в микросателлитных локусах будет отличаться от других скоростей мутаций, таких как скорости замены оснований. [12] [13] Скорость мутации в микросателлитных локусах зависит от последовательности повторяющегося мотива, количества повторяющихся единиц мотива и чистоты канонической повторяющейся последовательности. [14] Были рассмотрены различные механизмы мутации микросателлитных локусов, [14] [15] и количественно определена их результирующая полиморфная природа. [16] Фактическая причина мутаций в микросателлитах является предметом споров.

Одной из предполагаемых причин таких изменений длины является проскальзывание репликации, вызванное несоответствиями между цепями ДНК во время репликации во время мейоза . [17] ДНК-полимераза , фермент, ответственный за считывание ДНК во время репликации, может проскальзывать при движении вдоль цепи-матрицы и продолжать с неправильного нуклеотида. Проскальзывание ДНК-полимеразы более вероятно, когда реплицируется повторяющаяся последовательность (например, CGCGCG). Поскольку микросателлиты состоят из таких повторяющихся последовательностей, ДНК-полимераза может совершать ошибки с большей частотой в этих областях последовательности. Несколько исследований нашли доказательства того, что проскальзывание является причиной мутаций микросателлитов. [18] [19] Обычно проскальзывание в каждом микросателлите происходит примерно один раз на 1000 поколений. [20] Таким образом, изменения проскальзывания в повторяющейся ДНК встречаются на три порядка чаще, чем точечные мутации в других частях генома. [21] Большинство смещений приводит к изменению только одной повторяющейся единицы, а скорость смещения варьируется для разных длин аллелей и размеров повторяющихся единиц, [3] а также в пределах разных видов. [22] [23] [24] Если существует большая разница в размерах между отдельными аллелями, то может наблюдаться повышенная нестабильность во время рекомбинации в мейозе. [21]

Другой возможной причиной микросателлитных мутаций являются точечные мутации, когда только один нуклеотид неправильно копируется во время репликации. Исследование, сравнивающее геномы человека и приматов, показало, что большинство изменений в числе повторов в коротких микросателлитах возникают из-за точечных мутаций, а не из-за проскальзывания. [25]

Скорость мутации микросателлитов

Прямые оценки частоты микросателлитных мутаций были сделаны для многочисленных организмов, от насекомых до людей. У пустынной саранчи Schistocerca gregaria частота микросателлитных мутаций была оценена в 2,1 × 10−4 на поколение на локус. [26] Частота микросателлитных мутаций в мужских зародышевых линиях человека в пять-шесть раз выше, чем в женских зародышевых линиях и колеблется от 0 до 7 × 10−3 на локус на гамету на поколение. [3] У нематоды Pristionchus pacificus предполагаемая частота микросателлитных мутаций колеблется от 8,9 × 10−5 до 7,5 × 10−4 на локус на поколение. [27]

Скорость мутации микросателлитов зависит от положения основания относительно микросателлита, типа повтора и идентичности основания. [25] Скорость мутации увеличивается конкретно с числом повторов, достигая пика около шести-восьми повторов, а затем снова снижаясь. [25] Увеличение гетерозиготности в популяции также увеличит скорость мутации микросателлитов, [28] особенно когда существует большая разница в длине между аллелями. Это, вероятно, связано с гомологичными хромосомами с плечами неравной длины, вызывающими нестабильность во время мейоза. [29]

Биологические эффекты микросателлитных мутаций

Многие микросателлиты находятся в некодирующей ДНК и биологически молчат. Другие находятся в регуляторной или даже кодирующей ДНК  – мутации микросателлитов в таких случаях могут приводить к фенотипическим изменениям и заболеваниям. Исследование по всему геному показало, что вариации микросателлитов вносят 10–15% наследуемых вариаций экспрессии генов у людей. [30] [16]

Воздействие на белки

У млекопитающих 20–40% белков содержат повторяющиеся последовательности аминокислот, кодируемые короткими повторами последовательностей. [31] Большинство коротких повторов последовательностей в кодирующих белок частях генома имеют повторяющуюся единицу из трех нуклеотидов, поскольку такая длина не вызовет сдвигов рамки при мутации. [32] Каждая тринуклеотидная повторяющаяся последовательность транскрибируется в повторяющуюся серию той же аминокислоты. У дрожжей наиболее распространенными повторяющимися аминокислотами являются глутамин, глутаминовая кислота, аспарагин, аспарагиновая кислота и серин.

Мутации в этих повторяющихся сегментах могут влиять на физические и химические свойства белков, с потенциалом для создания постепенных и предсказуемых изменений в действии белка. [33] Например, изменения длины в тандемно повторяющихся областях в гене Runx2 приводят к различиям в длине морды у одомашненных собак ( Canis familiaris ), с ассоциацией между более длинными длинами последовательностей и более длинными мордами. [34] Эта ассоциация также применима к более широкому спектру видов Carnivora. [35] Изменения длины полиаланиновых трактов в гене HOXA13 связаны с синдромом кисти-стопы-генитали , нарушением развития у людей. [36] Изменения длины в других триплетных повторах связаны с более чем 40 неврологическими заболеваниями у людей, в частности, с расстройствами тринуклеотидных повторов, такими как синдром ломкой X-хромосомы и болезнь Хантингтона . [10] Эволюционные изменения из-за проскальзывания репликации также происходят в более простых организмах. Например, изменения длины микросателлитов распространены в белках поверхностной мембраны у дрожжей, обеспечивая быструю эволюцию свойств клеток. [37] В частности, изменения длины в гене FLO1 контролируют уровень адгезии к субстратам. [38] Короткие повторы последовательностей также обеспечивают быстрые эволюционные изменения поверхностных белков в патогенных бактериях; это может позволить им идти в ногу с иммунологическими изменениями у их хозяев. [39] Изменения длины коротких повторов последовательностей у грибка ( Neurospora crassa ) контролируют продолжительность его циркадных часовых циклов. [40]

Влияние на регуляцию генов

Изменения длины микросателлитов в промоторах и других цис-регуляторных областях могут быстро менять экспрессию генов между поколениями. Геном человека содержит множество (>16 000) коротких повторов последовательностей в регуляторных областях, которые обеспечивают «регуляторы» экспрессии многих генов. [30] [41]

Изменения длины в бактериальных SSR могут влиять на формирование фимбрий у Haemophilus influenzae , изменяя расстояние между промоторами. [39] Динуклеотидные микросателлиты связаны с обильной вариацией в цис-регуляторных контрольных регионах в геноме человека. [41] Микросателлиты в контрольных регионах гена рецептора вазопрессина 1a у полевок влияют на их социальное поведение и уровень моногамии. [42]

При саркоме Юинга (тип болезненного рака костей у молодых людей) точечная мутация создала расширенный микросателлит GGAA, который связывает фактор транскрипции, который, в свою очередь, активирует ген EGR2, который управляет раком. [43] Кроме того, другие микросателлиты GGAA могут влиять на экспрессию генов, которые способствуют клиническому исходу у пациентов с саркомой Юинга. [44]

Эффекты внутри интронов

Микросателлиты в интронах также влияют на фенотип, способами, которые в настоящее время не изучены. Например, расширение триплета GAA в первом интроне гена X25, по-видимому, мешает транскрипции и вызывает атаксию Фридрейха . [45] Тандемные повторы в первом интроне гена аспарагинсинтетазы связаны с острым лимфобластным лейкозом. [46] Полиморфизм повторов в четвертом интроне гена NOS3 связан с гипертонией у тунисской популяции. [47] Уменьшенная длина повторов в гене EGFR связана с остеосаркомами. [48]

Известно, что архаичная форма сплайсинга, сохранившаяся у данио-рерио, использует микросателлитные последовательности в интронной мРНК для удаления интронов в отсутствие U2AF2 и других механизмов сплайсинга. Предполагается, что эти последовательности образуют высокостабильные конфигурации клеверного листа , которые сближают 3' и 5' сайты сплайсинга интронов, эффективно заменяя сплайсосому . Считается, что этот метод сплайсинга РНК разошелся с эволюцией человека при формировании четвероногих и представляет собой артефакт мира РНК . [49]

Эффекты внутри транспозонов

Почти 50% генома человека содержится в различных типах мобильных элементов (также называемых транспозонами или «прыгающими генами»), и многие из них содержат повторяющуюся ДНК. [50] Вероятно, что короткие повторы последовательностей в этих местах также участвуют в регуляции экспрессии генов. [51]

Приложения

Микросателлиты используются для оценки делеций хромосомной ДНК при диагностике рака. Микросателлиты широко используются для профилирования ДНК , также известного как «генетический дактилоскопический анализ», пятен от преступлений (в судебной экспертизе) и тканей (у пациентов после трансплантации). Они также широко используются в анализе родства (чаще всего при тестировании на отцовство). Кроме того, микросателлиты используются для картирования мест в геноме, в частности, в генетическом анализе сцепления для определения гена или мутации, ответственных за данный признак или заболевание. Как особый случай картирования, они могут использоваться для изучения дупликации или делеции генов . Исследователи используют микросателлиты в популяционной генетике и в проектах по сохранению видов. Генетики растений предложили использовать микросателлиты для отбора желаемых признаков с помощью маркеров в селекции растений.

Диагностика рака

В опухолевых клетках, контроль репликации которых нарушен, микросателлиты могут приобретаться или утрачиваться с особенно высокой частотой во время каждого раунда митоза . Следовательно, линия опухолевых клеток может показывать генетический отпечаток , отличный от отпечатка ткани хозяина, и, особенно при колоректальном раке , может проявляться потерей гетерозиготности . [52] [53] Поэтому микросателлиты, анализируемые в первичной ткани, обычно используются в диагностике рака для оценки прогрессирования опухоли. [54] [55] [56] Исследования ассоциаций по всему геному (GWAS) использовались для идентификации биомаркеров микросателлитов как источника генетической предрасположенности к различным видам рака. [57] [58] [59]

Частичный профиль STR человека, полученный с помощью набора Applied Biosystems Identifiler

Судебно-медицинская дактилоскопия

Микросателлитный анализ стал популярным в области судебной экспертизы в 1990-х годах. [60] Он используется для генетической дактилоскопии людей, где он позволяет проводить судебную идентификацию (обычно сопоставляя пятно преступления с жертвой или преступником). Он также используется для наблюдения за пациентами, перенесшими трансплантацию костного мозга . [61]

Микросателлиты, используемые сегодня для судебно-медицинского анализа, представляют собой тетра- или пентануклеотидные повторы, поскольку они обеспечивают высокую степень безошибочных данных, будучи достаточно короткими, чтобы выдерживать деградацию в неидеальных условиях. Даже более короткие последовательности повторов, как правило, страдают от артефактов, таких как заикание ПЦР и предпочтительная амплификация, в то время как более длинные последовательности повторов сильнее страдают от деградации в окружающей среде и хуже амплифицируются с помощью ПЦР . [62] Еще одним судебным соображением является то, что необходимо уважать медицинскую конфиденциальность человека , поэтому судебные STR выбираются такими, которые не являются кодирующими, не влияют на регуляцию генов и обычно не являются тринуклеотидными STR, которые могут быть вовлечены в заболевания триплетной экспансии, такие как болезнь Хантингтона . Судебно-медицинские профили STR хранятся в банках данных ДНК, таких как Национальная база данных ДНК Великобритании (NDNAD), американский CODIS или австралийский NCIDD.

Анализ родства (тестирование отцовства)

Аутосомные микросателлиты широко используются для профилирования ДНК при анализе родства (чаще всего при тестировании на отцовство). [63] Y-STR, унаследованные по отцовской линии (микросателлиты на Y-хромосоме ), часто используются при генеалогическом ДНК-тестировании .

Анализ генетического сцепления

В 1990-х и в первые несколько лет этого тысячелетия микросателлиты были рабочими генетическими маркерами для сканирования всего генома, чтобы найти любой ген, ответственный за данный фенотип или заболевание, используя наблюдения сегрегации в поколениях отобранной родословной. Хотя рост более производительных и экономически эффективных платформ однонуклеотидного полиморфизма (SNP) привел к эре SNP для сканирования генома, микросателлиты остаются высокоинформативными мерами геномной изменчивости для исследований сцепления и ассоциации. Их постоянное преимущество заключается в их большем аллельном разнообразии, чем биаллельные SNP, таким образом, микросателлиты могут дифференцировать аллели в пределах интересующего блока неравновесного сцепления, определенного SNP. Таким образом, микросателлиты успешно привели к открытиям генов диабета 2 типа ( TCF7L2 ) и рака простаты (регион 8q21). [6] [64]

Популяционная генетика

Консенсусное дерево соседей-присоединителей 249 человеческих популяций и шести популяций шимпанзе. Создано на основе 246 микросателлитных маркеров. [65]

Микросателлиты были популяризированы в популяционной генетике в 1990-х годах, поскольку, поскольку ПЦР стала повсеместной в лабораториях, исследователи смогли разрабатывать праймеры и амплифицировать наборы микросателлитов по низкой цене. Их применение широко. [66] Микросателлит с нейтральной эволюционной историей делает его применимым для измерения или вывода узких мест , [67] локальной адаптации , [68] индекса аллельной фиксации (F ST ), [69] размера популяции , [70] и потока генов . [71] Поскольку секвенирование следующего поколения становится более доступным, использование микросателлитов сократилось, однако они остаются важнейшим инструментом в этой области. [72]

Селекция растений

Маркер-ассистированный отбор или маркер-ассистированный отбор (MAS) — это процесс непрямого отбора, при котором интересующий признак выбирается на основе маркера ( морфологического , биохимического или ДНК / РНК- вариации), связанного с интересующим признаком (например, производительность, устойчивость к болезням, стрессоустойчивость и качество), а не на самом признаке. Было предложено использовать микросателлиты в качестве таких маркеров для помощи в селекции растений. [73]

Анализ

Анализ коротких тандемных повторов (STR) на упрощенной модели с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР): Сначала образец ДНК подвергается ПЦР с праймерами , нацеленными на определенные STR (которые различаются по длине между индивидуумами и их аллелями ). Полученные фрагменты разделяются по размеру (например, электрофорезом ). [74]

Повторяющаяся ДНК нелегко анализируется методами секвенирования ДНК следующего поколения , поскольку некоторые технологии борются с гомополимерными трактами. Было создано множество программных подходов для анализа или необработанных считываний секвенирования ДНК следующего поколения для определения генотипа и вариантов в повторяющихся локусах. [75] [76] Микросателлиты можно анализировать и проверять с помощью установленной ПЦР-амплификации и определения размера ампликона, иногда с последующим секвенированием ДНК по Сэнгеру .

В судебной экспертизе анализ выполняется путем извлечения ядерной ДНК из клеток интересующего образца, а затем амплификации определенных полиморфных участков извлеченной ДНК с помощью полимеразной цепной реакции . После амплификации эти последовательности разделяются либо с помощью гель-электрофореза , либо капиллярного электрофореза , что позволит аналитику определить, сколько повторов рассматриваемой последовательности микросателлитов имеется. Если ДНК была разделена с помощью гель-электрофореза, ДНК можно визуализировать либо с помощью окрашивания серебром (низкая чувствительность, безопасно, недорого), либо с помощью интеркалирующего красителя, такого как бромистый этидий (довольно чувствительный, умеренный риск для здоровья, недорогой), либо, как используют большинство современных лабораторий судебной экспертизы, флуоресцентных красителей (высокочувствительные, безопасные, дорогие). [77] Приборы, созданные для разделения фрагментов микросателлитов с помощью капиллярного электрофореза, также используют флуоресцентные красители. [77] Судебные профили хранятся в основных банках данных. Британская база данных для идентификации микросателлитных локусов изначально была основана на британской системе SGM + [78] [79] с использованием 10 локусов и маркера пола . Американцы [80] увеличили это число до 13 локусов. [81] Австралийская база данных называется NCIDD, и с 2013 года она использует 18 основных маркеров для профилирования ДНК. [60]

Усиление

Микросателлиты могут быть амплифицированы для идентификации с помощью процесса полимеразной цепной реакции (ПЦР), используя уникальные последовательности фланкирующих областей в качестве праймеров . ДНК многократно денатурируется при высокой температуре для разделения двойной цепи, затем охлаждается, чтобы обеспечить отжиг праймеров и расширение нуклеотидных последовательностей через микросателлит. Этот процесс приводит к получению достаточного количества ДНК, чтобы быть видимым на агарозных или полиакриламидных гелях; для амплификации требуется лишь небольшое количество ДНК, поскольку таким образом термоциклирование создает экспоненциальное увеличение реплицированного сегмента. [82] Благодаря обилию технологии ПЦР праймеры, фланкирующие микросателлитные локусы, просты и быстры в использовании, но разработка правильно функционирующих праймеров часто является утомительным и дорогостоящим процессом.

Ряд образцов ДНК из образцов Littorina plena амплифицированы с помощью полимеразной цепной реакции с праймерами, нацеленными на локус вариабельного простого повтора последовательности (SSR, он же микросателлит). Образцы были запущены в 5% полиакриламидный гель и визуализированы с помощью окрашивания серебром.

Дизайн микросателлитных праймеров

При поиске микросателлитных маркеров в определенных областях генома, например, в определенном интроне , праймеры можно спроектировать вручную. Это включает в себя поиск геномной последовательности ДНК для микросателлитных повторов, что можно сделать на глаз или с помощью автоматизированных инструментов, таких как repeat masker. После определения потенциально полезных микросателлитов фланкирующие последовательности можно использовать для проектирования олигонуклеотидных праймеров, которые будут амплифицировать определенный микросателлитный повтор в реакции ПЦР.

Случайные микросателлитные праймеры могут быть разработаны путем клонирования случайных сегментов ДНК из фокального вида. Эти случайные сегменты вставляются в плазмидный или бактериофаговый вектор , который, в свою очередь, имплантируется в бактерии Escherichia coli . Затем колонии развиваются и проверяются с помощью флуоресцентно-меченых олигонуклеотидных последовательностей, которые будут гибридизироваться с микросателлитным повтором, если они присутствуют на сегменте ДНК. Если в результате этой процедуры можно получить положительные клоны, ДНК секвенируется, и ПЦР-праймеры выбираются из последовательностей, фланкирующих такие области, чтобы определить конкретный локус . Этот процесс включает в себя значительные пробы и ошибки со стороны исследователей, поскольку последовательности микросателлитных повторов должны быть предсказаны, а праймеры, которые выделены случайным образом, могут не демонстрировать значительный полиморфизм. [21] [83] Микросателлитные локусы широко распространены по всему геному и могут быть выделены из полудеградировавшей ДНК старых образцов, поскольку все, что нужно, — это подходящий субстрат для амплификации с помощью ПЦР.

Более поздние методы включают использование олигонуклеотидных последовательностей, состоящих из повторов, комплементарных повторам в микросателлите, для «обогащения» извлеченной ДНК ( обогащение микросателлита ). Олигонуклеотидный зонд гибридизуется с повтором в микросателлите, а затем комплекс зонд/микросателлит извлекается из раствора. Обогащенная ДНК затем клонируется как обычно, но доля успехов теперь будет намного выше, что резко сократит время, необходимое для разработки областей для использования. Однако выбор зондов для использования может быть сам по себе процессом проб и ошибок. [84]

ISSR-ПЦР

ISSR ( inter-simple sequence repeat ) — общий термин для области генома между микросателлитными локусами. Комплементарные последовательности к двум соседним микросателлитам используются в качестве праймеров ПЦР; вариабельная область между ними амплифицируется. Ограниченная длина циклов амплификации во время ПЦР предотвращает избыточную репликацию слишком длинных смежных последовательностей ДНК, поэтому результатом будет смесь различных амплифицированных цепей ДНК, которые, как правило, короткие, но сильно различаются по длине.

Последовательности, амплифицированные ISSR-PCR, можно использовать для ДНК-фингерпринтинга. Поскольку ISSR может быть консервативной или неконсервативной областью, этот метод не полезен для различения особей, а скорее для филогеографического анализа или, возможно, для разграничения видов ; разнообразие последовательностей ниже, чем в SSR-PCR, но все еще выше, чем в реальных последовательностях генов. Кроме того, микросателлитное секвенирование и ISSR-секвенирование взаимно помогают, поскольку одно производит праймеры для другого.

Ограничения

Повторяющаяся ДНК нелегко анализируется методами секвенирования ДНК следующего поколения , которые борются с гомополимерными трактами. [85] Поэтому микросателлиты обычно анализируются с помощью обычной ПЦР-амплификации и определения размера ампликона. Использование ПЦР означает, что анализ длины микросателлитов подвержен ограничениям ПЦР, как и любой другой локус ДНК, амплифицированный с помощью ПЦР. Особую озабоченность вызывает возникновение « нулевых аллелей »:

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcde Richard GF; Kerrest A; Dujon B (декабрь 2008 г.). «Сравнительная геномика и молекулярная динамика повторов ДНК у эукариот». Microbiology and Molecular Biology Reviews . 72 (4): 686–727. doi :10.1128/MMBR.00011-08. PMC  2593564. PMID  19052325 .
  2. ^ Tóth G, Gáspári Z, Jurka J (июль 2000 г.). «Микросателлиты в различных эукариотических геномах: обзор и анализ». Genome Research . 10 (7): 967–981. doi :10.1101/gr.10.7.967. PMC 310925 . PMID  10899146. 
  3. ^ abc Brinkmann B, Klintschar M, Neuhuber F, Hühne J, Rolf B (июнь 1998 г.). «Скорость мутаций в микросателлитах человека: влияние структуры и длины тандемного повтора». American Journal of Human Genetics . 62 (6): 1408–15. doi :10.1086/301869. PMC 1377148 . PMID  9585597. 
  4. ^ Короткий+Тандем+Повтор в Национальной медицинской библиотеке США Медицинские предметные рубрики (MeSH)
  5. ^ ab Kit S (декабрь 1961 г.). «Равновесное осаждение в градиентах плотности препаратов ДНК из тканей животных». Журнал молекулярной биологии . 3 (6): 711–6. doi :10.1016/S0022-2836(61)80075-2. PMID  14456492.
  6. ^ abc Lu W, Zhang Y, Liu D, Songyang Z, Wan M (январь 2013 г.). «Теломеры — структура, функция и регуляция». Experimental Cell Research . 319 (2): 133–141. doi :10.1016/j.yexcr.2012.09.005. PMC 4051234 . PMID  23006819. 
  7. ^ King DG, Soller M, Kashi Y (1997). «Эволюционные ручки настройки». Endeavour . 21 (1): 36–40. doi :10.1016/S0160-9327(97)01005-3.
  8. ^ Чистяков ДА, Хеллеманс Б, Фолькерт ФА (2006-05-31). «Микросателлиты и их геномное распределение, эволюция, функция и применение: обзор с особым упором на генетику рыб». Аквакультура . 255 (1–4): 1–29. Bibcode : 2006Aquac.255....1C. doi : 10.1016/j.aquaculture.2005.11.031.
  9. ^ Turnpenny P, Ellard S (2005). Элементы медицинской генетики Эмери (12-е изд.). Лондон: Elsevier. ISBN 9780443100451.
  10. ^ ab Pearson CE, Nichol Edamura K, Cleary JD (октябрь 2005 г.). «Повторная нестабильность: механизмы динамических мутаций». Nature Reviews. Genetics . 6 (10): 729–42. doi :10.1038/nrg1689. PMID  16205713. S2CID  26672703.
  11. ^ Goldman EA, Eick GN, Compton D, Kowal P, Snodgrass JJ, Eisenberg DT, Sterner KN (январь 2018 г.). «Оценка минимально инвазивных методов сбора образцов для измерения длины теломер». American Journal of Human Biology . 30 (1): e23062. doi :10.1002/ajhb.23062. PMC 5785450. PMID 28949426  . 
  12. ^ Джеффрис А. Дж .; Уилсон В.; Тейн С. Л. (1985). «Гипервариабельные „минисателлитные“ регионы в ДНК человека». Nature . 314 (6006): 67–73. Bibcode :1985Natur.314...67J. doi :10.1038/314067a0. PMID  3856104. S2CID  4356170.
  13. ^ Андреассен Р., Эгеланд Т., Олайсен Б. (август 1996 г.). «На скорость мутации в гипервариабельном VNTR g3 (D7S22) влияют длина аллеля и полиморфизм фланкирующей последовательности ДНК вблизи массива повторов». Американский журнал генетики человека . 59 (2): 360–367. PMC 1914730. PMID  8755922 . 
  14. ^ ab Wells RD (февраль 1996 г.). «Молекулярная основа генетической нестабильности триплетных повторов». Журнал биологической химии . 271 (6): 2875–2878. doi : 10.1074/jbc.271.6.2875 . PMID  8621672.
  15. ^ Hancock JM, Santibáñez-Koref MF (октябрь 1998 г.). «Заболевания тринуклеотидной экспансии в контексте эволюции микро- и минисателлитов, больница Хаммерсмит, 1-3 апреля 1998 г.». The EMBO Journal . 17 (19): 5521–5524. doi : 10.1093 /emboj/17.19.5521. PMC 1170879. PMID  9755151. 
  16. ^ ab Wren JD, Forgacs E, Fondon JW, Pertsemlidis A, Cheng SY, Gallardo T, et al. (август 2000 г.). «Повторяющиеся полиморфизмы в пределах областей генов: фенотипические и эволюционные последствия». American Journal of Human Genetics . 67 (2): 345–356. doi :10.1086/303013. PMC 1287183 . PMID  10889045. 
  17. ^ Tautz D (декабрь 1994 г.). «Простые последовательности». Current Opinion in Genetics & Development . 4 (6): 832–7. doi :10.1016/0959-437X(94)90067-1. PMID  7888752.
  18. ^ Klintschar M, Dauber EM, Ricci U, Cerri N, Immel UD, Kleiber M, Mayr WR (октябрь 2004 г.). «Исследования гаплотипа подтверждают проскальзывание как механизм мутаций зародышевой линии в коротких тандемных повторах». Электрофорез . 25 (20): 3344–8. doi :10.1002/elps.200406069. PMID  15490457. S2CID  22298567.
  19. ^ Forster P, Hohoff C, Dunkelmann B, Schürenkamp M, Pfeiffer H, Neuhuber F, Brinkmann B (март 2015 г.). "Повышенная частота мутаций зародышевой линии у отцов-подростков". Труды. Биологические науки . 282 (1803): 20142898. doi :10.1098/rspb.2014.2898. PMC 4345458. PMID  25694621 . 
  20. ^ Вебер Дж. Л., Вонг С. (август 1993 г.). «Мутация коротких тандемных повторов человека». Молекулярная генетика человека . 2 (8): 1123–8. doi : 10.1093/hmg/2.8.1123 . PMID  8401493.
  21. ^ abcd Jarne P, Lagoda PJ (октябрь 1996 г.). «Микросателлиты, от молекул до популяций и обратно». Trends in Ecology & Evolution . 11 (10): 424–9. doi :10.1016/0169-5347(96)10049-5. PMID  21237902.
  22. ^ Кругляк С., Дюрретт Р. Т., Шуг М. Д., Аквадро С. Ф. (сентябрь 1998 г.). «Равновесные распределения длины микросателлитных повторов, возникающие в результате баланса между событиями проскальзывания и точечными мутациями». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (18): 10774–8. Bibcode : 1998PNAS...9510774K. doi : 10.1073/pnas.95.18.10774 . PMC 27971. PMID  9724780. 
  23. ^ Laidlaw J, Gelfand Y, Ng KW, Garner HR, Ranganathan R, Benson G, Fondon JW (1 июля 2007 г.). «Повышенные показатели базальных мутаций проскальзывания среди Canidae». The Journal of Heredity . 98 (5): 452–460. doi : 10.1093/jhered/esm017 . PMID  17437958.
  24. ^ Lian Y, Garner HR (апрель 2005 г.). «Доказательства регуляции альтернативного сплайсинга посредством повторов комплементарной последовательности ДНК». Биоинформатика . 21 (8): 1358–1364. doi : 10.1093/bioinformatics/bti180 . PMID  15673565.
  25. ^ abc Amos W (сентябрь 2010 г.). «Смещения мутаций и вариации скорости мутаций вокруг очень коротких человеческих микросателлитов, выявленные с помощью выравнивания геномных последовательностей человека, шимпанзе и орангутана». Журнал молекулярной эволюции . 71 (3): 192–201. Bibcode : 2010JMolE..71..192A. doi : 10.1007/s00239-010-9377-4. PMID  20700734. S2CID  1424625.
  26. ^ Chapuis MP, Plantamp C, Streiff R, Blondin L, Piou C (декабрь 2015 г.). «Скорость и закономерности эволюции микросателлитов у Schistocerca gregaria, выведенные из прямого наблюдения за мутациями зародышевой линии». Молекулярная экология . 24 (24): 6107–19. Bibcode : 2015MolEc..24.6107C. doi : 10.1111/mec.13465 . PMID  26562076. S2CID  33307624.
  27. ^ Molnar RI, Witte H, Dinkelacker I, Villate L, Sommer RJ (сентябрь 2012 г.). «Тандемно-повторяющиеся паттерны и скорости мутаций в микросателлитах модельного организма нематоды Pristionchus pacificus». G3 . 2 (9): 1027–34. doi :10.1534/g3.112.003129. PMC 3429916 . PMID  22973539. 
  28. ^ Amos W (январь 2016 г.). «Гетерозиготность увеличивает частоту микросателлитных мутаций». Biology Letters . 12 (1): 20150929. doi :10.1098/rsbl.2015.0929. PMC 4785931. PMID  26740567 . 
  29. ^ Amos W, Sawcer SJ, Feakes RW, Rubinsztein DC (август 1996 г.). «Микросателлиты демонстрируют мутационное смещение и гетерозиготную нестабильность». Nature Genetics . 13 (4): 390–1. doi :10.1038/ng0896-390. PMID  8696328. S2CID  6086527.
  30. ^ ab Gymrek M, Willems T, Guilmatre A, Zeng H, Markus B, Georgiev S, et al. (январь 2016 г.). «Обильный вклад коротких тандемных повторов в вариабельность экспрессии генов у людей». Nature Genetics . 48 (1): 22–29. doi :10.1038/ng.3461. PMC 4909355 . PMID  26642241. 
  31. ^ Marcotte EM, Pellegrini M, Yeates TO, Eisenberg D (октябрь 1999 г.). «Перепись белковых повторов». Журнал молекулярной биологии . 293 (1): 151–60. doi :10.1006/jmbi.1999.3136. PMID  10512723. S2CID  11102561.
  32. ^ Sutherland GR , Richards RI (апрель 1995 г.). «Простые тандемные повторы ДНК и генетические заболевания человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (9): 3636–41. Bibcode : 1995PNAS ...92.3636S. doi : 10.1073/pnas.92.9.3636 . PMC 42017. PMID  7731957. 
  33. ^ Hancock JM, Simon M (январь 2005 г.). «Простые повторы последовательностей в белках и их значение для эволюции сетей». Gene . 345 (1): 113–8. doi :10.1016/j.gene.2004.11.023. PMID  15716087.
  34. ^ Fondon JW, Garner HR (декабрь 2004 г.). «Молекулярное происхождение быстрой и непрерывной морфологической эволюции». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (52): 18058–63. Bibcode : 2004PNAS..10118058F . doi : 10.1073/pnas.0408118101 . PMC 539791. PMID  15596718. 
  35. ^ Sears KE, Goswami A, Flynn JJ, Niswander LA (2007). «Коррелированная эволюция тандемных повторов Runx2, транскрипционной активности и длины лица у плотоядных». Эволюция и развитие . 9 (6): 555–65. doi :10.1111/j.1525-142X.2007.00196.x. PMID  17976052. S2CID  26718314.
  36. ^ Utsch B, Becker K, Brock D, Lentze MJ, Bidlingmaier F, Ludwig M (май 2002 г.). «Новое стабильное расширение полиаланина [поли(А)] в гене HOXA13, связанное с синдромом ладонно-подошвенно-генитальной локализации: надлежащая функция транскрипционных факторов, содержащих поли(А), зависит от критической длины повтора?». Human Genetics . 110 (5): 488–94. doi :10.1007/s00439-002-0712-8. PMID  12073020. S2CID  22181414.
  37. ^ Боуэн С., Уилс А.Е. (июнь 2006 г.). «Домены, богатые серином/треонином, связаны с генетической изменчивостью и морфогенезом в Saccharomyces cerevisiae». Дрожжи . 23 (8): 633–40. doi : 10.1002/yea.1381 . PMID  16823884. S2CID  25142061.
  38. ^ Verstrepen KJ, Jansen A, Lewitter F, Fink GR (сентябрь 2005 г.). «Внутригенные тандемные повторы генерируют функциональную изменчивость». Nature Genetics . 37 (9): 986–90. doi :10.1038/ng1618. PMC 1462868 . PMID  16086015. 
  39. ^ ab Moxon ER, Rainey PB, Nowak MA, Lenski RE (январь 1994). «Адаптивная эволюция высокомутабельных локусов патогенных бактерий». Current Biology . 4 (1): 24–33. Bibcode :1994CBio....4...24M. doi :10.1016/S0960-9822(00)00005-1. PMID  7922307. S2CID  11203457.
  40. ^ Michael TP, Park S, Kim TS, Booth J, Byer A, Sun Q и др. (август 2007 г.). «Простые повторы последовательностей обеспечивают субстрат для фенотипической изменчивости в циркадных часах Neurospora crassa». PLOS ONE . ​​2 (8): e795. Bibcode :2007PLoSO...2..795M. doi : 10.1371/journal.pone.0000795 . PMC 1949147 . PMID  17726525. 
  41. ^ ab Rockman MV, Wray GA (ноябрь 2002 г.). «Обильный сырой материал для цис-регуляторной эволюции у людей». Молекулярная биология и эволюция . 19 (11): 1991–2004. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004023 . PMID  12411608.
  42. ^ Hammock EA, Young LJ (июнь 2005 г.). «Микросателлитная нестабильность порождает разнообразие в мозге и социально-поведенческих чертах». Science . 308 (5728): 1630–4. Bibcode :2005Sci...308.1630H. doi :10.1126/science.1111427. PMID  15947188. S2CID  18899853.
  43. ^ Грюневальд Т.Г., Бернар В., Джиларди-Хебенстрейт П., Рейнал В., Сурдез Д., Айно М.М. и др. (сентябрь 2015 г.). «Химерный EWSR1-FLI1 регулирует ген предрасположенности к саркоме Юинга EGR2 через микросателлит GGAA». Природная генетика . 47 (9): 1073–8. дои : 10.1038/ng.3363. ПМК 4591073 . ПМИД  26214589. 
  44. ^ Musa J, Cidre-Aranaz F, Aynaud MM, Orth MF, Knott MM, Mirabeau O и др. (сентябрь 2019 г.). «Сотрудничество факторов, вызывающих рак, с регуляторными вариантами зародышевой линии формирует клинические результаты». Nature Communications . 10 (1): 4128. Bibcode :2019NatCo..10.4128M. doi :10.1038/s41467-019-12071-2. PMC 6739408 . PMID  31511524. 
  45. ^ Bidichandani SI, Ashizawa T, Patel PI (январь 1998). «Расширение триплетного повтора GAA при атаксии Фридрейха мешает транскрипции и может быть связано с необычной структурой ДНК». American Journal of Human Genetics . 62 (1): 111–21. doi :10.1086/301680. PMC 1376805 . PMID  9443873. 
  46. ^ Akagi T, Yin D, Kawamata N, Bartram CR, Hofmann WK, Song JH и др. (июль 2009 г.). «Функциональный анализ нового полиморфизма ДНК тандемной повторяющейся последовательности в гене аспарагинсинтетазы в клетках острого лимфобластного лейкоза». Leukemia Research . 33 (7): 991–6. doi :10.1016/j.leukres.2008.10.022. PMC 2731768 . PMID  19054556. 
  47. ^ Jemaa R, Ben Ali S, Kallel A, Feki M, Elasmi M, Taieb SH и др. (июнь 2009 г.). «Связь полиморфизма повторов 27 п.н. в интроне 4 гена эндотелиальной конститутивной синтазы оксида азота с гипертонией в тунисской популяции». Клиническая биохимия . 42 (9): 852–6. doi :10.1016/j.clinbiochem.2008.12.002. PMID  19111531.
  48. ^ Керстинг С, Агелопулос К, Шмидт Х, Коршинг Э, Аугуст С, Гошегер Г и др. (август 2008 г.). «Биологическое значение полиморфной последовательности КА в интроне 1 гена рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) при центральных остеосаркомах высокой степени злокачественности». Гены, хромосомы и рак . 47 (8): 657–64. doi : 10.1002/gcc.20571 . PMID  18464244. S2CID  19472307.
  49. ^ Lin CL, Taggart AJ, Lim KH, Cygan KJ, Ferraris L, Creton R и др. (январь 2016 г.). «Структура РНК заменяет потребность в U2AF2 при сплайсинге». Genome Research . 26 (1): 12–23. doi :10.1101/gr.181008.114. PMC 4691745 . PMID  26566657. 
  50. ^ Шерер С. (2008). Краткое руководство по геному человека . Нью-Йорк: Cold Spring Harbor University Press.
  51. ^ Томилин Н.В. (апрель 2008 г.). «Регуляция экспрессии генов млекопитающих ретроэлементами и некодирующими тандемными повторами». BioEssays . 30 (4): 338–48. doi : 10.1002/bies.20741 . PMID  18348251.
  52. ^ Wistuba II, Behrens C, Virmani AK, Mele G, Milchgrub S, Girard L, et al. (апрель 2000 г.). «Аллелотипирование хромосомы 3p высокого разрешения рака легких человека и пренеопластического/преинвазивного бронхиального эпителия выявляет множественные прерывистые участки потери аллеля 3p и три региона частых точек разрыва». Cancer Research . 60 (7): 1949–1960. PMID  10766185.
  53. ^ Forgacs E, Wren JD, Kamibayashi C, Kondo M, Xu XL, Markowitz S и др. (февраль 2001 г.). «Поиск микросателлитных мутаций в кодирующих регионах при раке легких, груди, яичников и колоректальном раке». Oncogene . 20 (8): 1005–1009. doi : 10.1038/sj.onc.1204211 . PMID  11314036. S2CID  22893621.
  54. ^ van Tilborg AA, Kompier LC, Lurkin I, Poort R, El Bouazzaoui S, van der Keur K и др. (2012). «Выбор микросателлитных маркеров для диагностики рака мочевого пузыря без необходимости в соответствующей крови». PLOS ONE . 7 (8): e43345. Bibcode : 2012PLoSO...743345V. doi : 10.1371 /journal.pone.0043345 . PMC 3425555. PMID  22927958. 
  55. ^ Sideris M, Papagrigoriadis S (май 2014). «Молекулярные биомаркеры и модели классификации в оценке прогноза колоректального рака». Anticancer Research . 34 (5): 2061–2068. PMID  24778007.
  56. ^ Boland CR, Thibodeau SN, Hamilton SR, Sidransky D, Eshleman JR, Burt RW и др. (ноябрь 1998 г.). «Семинар Национального института рака по микросателлитной нестабильности для выявления рака и семейной предрасположенности: разработка международных критериев для определения микросателлитной нестабильности при колоректальном раке». Cancer Research . 58 (22): 5248–5257. PMID  9823339.
  57. ^ Rivero-Hinojosa S, Kinney N, Garner HR, Rood BR (январь 2020 г.). «Генотипы микросателлитов зародышевой линии дифференцируют детей с медуллобластомой». Neuro-Oncology . 22 (1): 152–162. doi :10.1093/neuonc/noz179. PMC 6954392 . PMID  31562520. 
  58. ^ Kinney N, Varghese RT, Anandakrishnan R, Garner HR (2017). "ZDHHC3 как маркер риска и смертности от рака молочной железы у афроамериканских женщин". Cancer Informatics . 16 : 1176935117746644. doi :10.1177/1176935117746644. PMC 5734450. PMID 29276372.  S2CID 32129259  . 
  59. ^ Velmurugan KR, Varghese RT, Fonville NC, Garner HR (ноябрь 2017 г.). «Высокоглубинное и высокоточное микросателлитное генотипирование позволяет точно классифицировать риск рака легких». Oncogene . 36 (46): 6383–6390. doi :10.1038/onc.2017.256. PMC 5701090 . PMID  28759038. S2CID  21655592. 
  60. ^ ab Curtis C, Hereward J (29 августа 2017 г.). «От места преступления до зала суда: путешествие образца ДНК». The Conversation .
  61. ^ Антин Дж. Х., Чайлдс Р., Филипович АХ., Гиральт С., Маккиннон С., Шпицер Т., Вайсдорф Д. (2001). «Установление полного и смешанного донорского химеризма после аллогенной лимфогематопоэтической трансплантации: рекомендации семинара на тандемных встречах Международного реестра трансплантации костного мозга и Американского общества трансплантации крови и костного мозга 2001 года». Биология трансплантации крови и костного мозга . 7 (9): 473–85. doi : 10.1053/bbmt.2001.v7.pm11669214 . PMID  11669214.
  62. ^ Карраседо А. "ДНК-профилирование". Архивировано из оригинала 27-09-2001 . Получено 20-09-2010 .
  63. ^ Lászik A, Brinkmann B, Sótonyi P, Falus A (2000). «Автоматизированное флуоресцентное обнаружение мультиплекса из 10 локусов для проверки отцовства». Acta Biologica Hungarica . 51 (1): 99–105. doi :10.1007/BF03542970. PMID  10866366. S2CID  28270630.
  64. ^ Ott J, Wang J, Leal SM (май 2015 г.). «Анализ генетического сцепления в эпоху секвенирования всего генома». Nature Reviews. Genetics . 16 (5): 275–284. doi :10.1038/nrg3908. PMC 4440411. PMID  25824869 . 
  65. ^ Pemberton TJ, DeGiorgio M, Rosenberg NA (май 2013 г.). «Структура популяции в комплексном наборе геномных данных по микросателлитным вариациям человека». G3 . 3 (5): 891–907. doi :10.1534/g3.113.005728. PMC 3656735 . PMID  23550135. 
  66. ^ Manel S, Schwartz MK, Luikart G, Taberlet P (2003-04-01). «Ландшафтная генетика: объединение ландшафтной экологии и популяционной генетики». Trends in Ecology & Evolution . 18 (4): 189–197. doi :10.1016/S0169-5347(03)00008-9. S2CID  2984426.
  67. ^ Spencer CC, Neigel JE, Leberg PL (октябрь 2000 г.). «Экспериментальная оценка полезности микросателлитной ДНК для обнаружения демографических узких мест». Молекулярная экология . 9 (10): 1517–28. Bibcode :2000MolEc...9.1517S. doi :10.1046/j.1365-294x.2000.01031.x. PMID  11050547. S2CID  22244000.
  68. ^ Нильсен Р. (2005-01-01). «Молекулярные сигнатуры естественного отбора». Annual Review of Genetics . 39 (1): 197–218. doi :10.1146/annurev.genet.39.073003.112420. PMID  16285858. S2CID  3063754.
  69. ^ Слаткин М. (январь 1995 г.). «Мера подразделения популяции на основе частот микросателлитных аллелей». Генетика . 139 (1): 457–62. doi :10.1093/genetics/139.1.457. PMC 1206343. PMID  7705646 . 
  70. ^ Kohn MH, York EC, Kamradt DA, Haught G, Sauvajot RM, Wayne RK (апрель 1999 г.). «Оценка размера популяции по генотипированию фекалий». Труды. Биологические науки . 266 (1420): 657–63. doi :10.1098/rspb.1999.0686. PMC 1689828. PMID  10331287 . 
  71. ^ Waits L, Taberlet P, Swenson JE, Sandegren F, Franzén R (апрель 2000 г.). «Анализ микросателлитов ядерной ДНК генетического разнообразия и потока генов у скандинавского бурого медведя (Ursus arctos)». Молекулярная экология . 9 (4): 421–31. Bibcode : 2000MolEc...9..421W. doi : 10.1046/j.1365-294x.2000.00892.x. PMID  10736045. S2CID  46475635.
  72. ^ Allendorf FW, Hohenlohe PA, Luikart G (октябрь 2010 г.). «Геномика и будущее генетики сохранения». Nature Reviews. Genetics . 11 (10): 697–709. doi :10.1038/nrg2844. PMID  20847747. S2CID  10811958.
  73. ^ Miah G, Rafii MY, Ismail MR, Puteh AB, Rahim HA, Islam K, Latif MA (ноябрь 2013 г.). «Обзор микросателлитных маркеров и их применение в программах селекции риса для повышения устойчивости к пирикуляриозу». International Journal of Molecular Sciences . 14 (11): 22499–528. doi : 10.3390/ijms141122499 . PMC 3856076. PMID  24240810 . 
  74. ^ Изображение Микаэля Хэггстрема, доктора медицины, с использованием следующего исходного изображения: Рисунок 1 - доступно по лицензии: Creative Commons Attribution 4.0 International", из следующей статьи: Sitnik R, Torres MA, Bacal NS, Rebello Pinho JR (2006). "Использование ПЦР для молекулярного мониторинга химеризма после трансплантации". Einstein . 4 (2). Сан-Паулу – через ResearchGate.
  75. ^ Halman A; Oshlack A (2020) . «Точность инструментов генотипирования коротких тандемных повторов в данных секвенирования всего экзома». F1000Research . 9 : 200. doi : 10.12688/f1000research.22639.1 . PMC 7327730. PMID  32665844. S2CID  213733005. 
  76. ^ Раджан-Бабу ИС, Пэн ДЖ, Чиу Р, Ли Ч, Мохаджери А, Долженко Е и др. (сентябрь 2021 г.). «Исправление к: Геномное секвенирование как скрининговый тест первого уровня для расширений коротких тандемных повторов». Genome Medicine . 13 (1): 151. doi : 10.1186/s13073-021-00961-4 . PMC 8439056 . PMID  34517885. S2CID  256019433. 
  77. ^ ab "Технология разрешения аллелей STR" . Получено 20 сентября 2010 г.
  78. ^ "Национальная база данных ДНК" (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 2010-10-13 . Получено 2010-09-20 .
  79. ^ "Письменные доказательства Комитета Палаты лордов по науке и технологиям" . Получено 20 сентября 2010 г.
  80. ^ "FBI CODIS Core STR Loci" . Получено 20.09.2010 .
  81. ^ Батлер Дж. М. (2005). Судебно-медицинская ДНК-типизация: биология, технология и генетика STR-маркеров, второе издание . Нью-Йорк: Elsevier Academic Press.
  82. ^ Гриффитс А. Дж., Миллер Дж. Ф., Сузуки Д. Т., Левонтин Р. К., Гелбарт В. М. (1996). Введение в генетический анализ (5-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman.
  83. ^ Queller DC, Strassmann JE, Hughes CR (август 1993). «Микросателлиты и родство». Trends in Ecology & Evolution . 8 (8): 285–8. doi :10.1016/0169-5347(93)90256-O. PMID  21236170.
  84. ^ Каукинен KH, Супернолт KJ и Миллер KM (2004). «Обогащение тетрануклеотидных микросателлитных локусов у беспозвоночных видов». Журнал исследований моллюсков . 23 (2): 621.
  85. ^ Tytgat O, Gansemans Y, Weymaere J, Rubben K, Deforce D, Van Nieuwerburgh F (апрель 2020 г.). «Нанопоровое секвенирование судебно-медицинского мультиплекса STR выявляет локусы, подходящие для профилирования STR с одним вкладчиком». Genes . 11 (4): 381. doi : 10.3390/genes11040381 . PMC 7230633 . PMID  32244632. S2CID  214786277. 
  86. ^ Dakin EE, Avise JC (ноябрь 2004 г.). «Микросателлитные нулевые аллели в анализе родства». Наследственность . 93 (5): 504–9. doi : 10.1038/sj.hdy.6800545 . PMID  15292911.

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки