stringtranslate.com

Микробиота кишечника

Escherichia coli , один из многих видов бактерий , присутствующих в кишечнике человека.

Кишечная микробиота , кишечный микробиом или кишечная флора — это микроорганизмы , включая бактерии , археи , грибы и вирусы , которые живут в пищеварительном тракте животных . [1] [2] Желудочно-кишечный метагеном представляет собой совокупность всех геномов кишечной микробиоты . [3] [ 4] Кишечник является основным местом расположения микробиома человека . [5] Микробиота кишечника оказывает широкое влияние, включая влияние на колонизацию , устойчивость к патогенам , поддержание эпителия кишечника , метаболизм пищевых и фармацевтических соединений, контроль иммунной функции и даже поведение через ось кишечник-мозг .

Микробный состав кишечной микробиоты варьируется в зависимости от отдела пищеварительного тракта. Толстая кишка содержит самую высокую плотность микробов среди всех изученных на данный момент микробных сообществ, связанных с человеком, и включает от 300 до 1000 различных видов . [6] Бактерии являются крупнейшим и на сегодняшний день наиболее изученным компонентом, а 99% кишечных бактерий относятся примерно к 30 или 40 видам. [7] До 60% сухой массы фекалий составляют бактерии. [8] Более 99% бактерий в кишечнике являются анаэробами , но в слепой кишке аэробные бактерии достигают высокой плотности. [5] Подсчитано, что микробиота кишечника человека содержит примерно в сто раз больше генов , чем в геноме человека .

Обзор

Состав и распределение кишечной микробиоты в организме человека.

У человека микробиота кишечника содержит наибольшее количество и виды бактерий по сравнению с другими областями тела. [9] Примерное количество бактерий, составляющих микробиоту кишечника, составляет около 10 13 –10 14 . [10] У человека кишечная флора формируется через один-два года после рождения, и к этому времени кишечный эпителий и барьер слизистой оболочки кишечника , который он секретирует, совместно развиваются таким образом, что становятся толерантными и даже поддерживают кишечную флору, что также обеспечивает барьер для патогенных организмов. [11] [12]

Отношения между некоторой кишечной микробиотой и людьми являются не просто комменсальными (безвредное сосуществование), а скорее мутуалистическими отношениями. [5] : 700  Некоторые кишечные микроорганизмы человека приносят пользу хозяину, ферментируя пищевые волокна в короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК), такие как уксусная кислота и масляная кислота , которые затем усваиваются хозяином. [9] [13] Кишечные бактерии также играют роль в синтезе витамина B и витамина K , а также в метаболизме желчных кислот , стеринов и ксенобиотиков . [5] [13] Системное значение SCFAs и других соединений, которые они производят, аналогично гормонам , а сама кишечная флора, по-видимому, функционирует как эндокринный орган . [13] Нарушение регуляции кишечной флоры коррелирует с множеством воспалительных и аутоиммунных состояний. [9] [14]

Состав микробиоты кишечника человека меняется со временем, когда меняется диета и общее состояние здоровья. [9] [14] В систематическом обзоре 2016 года были изучены доклинические и небольшие исследования на людях, которые были проведены с некоторыми коммерчески доступными штаммами пробиотических бактерий, и были выявлены те из них, которые имели наибольший потенциал быть полезными при определенных заболеваниях центральной нервной системы . [15]

Классификации

Микробный состав кишечной микробиоты варьируется в зависимости от пищеварительного тракта. В желудке и тонком кишечнике обычно присутствует относительно небольшое количество видов бактерий. [6] [16] Толстая кишка , напротив, содержит самую высокую плотность микробов среди всех изученных до сих пор микробных сообществ, связанных с человеком [17] : от 10 10 до 10 11 клеток на грамм кишечного содержимого. [18] Эти бактерии представляют от 300 до 1000 различных видов . [6] [16] Однако 99% бактерий относятся примерно к 30 или 40 видам. [7] Вследствие обилия бактерий в кишечнике они также составляют до 60% сухой массы фекалий . [8] Грибы , протисты , археи и вирусы также присутствуют во флоре кишечника, но об их деятельности известно меньше. [19]

Более 99% бактерий в кишечнике являются анаэробами , но в слепой кишке аэробные бактерии достигают высокой плотности. [5] Подсчитано, что эта кишечная флора содержит примерно в сто раз больше генов , чем в геноме человека . [20]

Candida albicans — диморфный гриб, который растет в кишечнике как дрожжи.

Многие виды, обитающие в кишечнике, не изучались вне их хозяев, поскольку их невозможно культивировать . [16] [7] [21] Хотя существует небольшое количество основных видов микробов, общих для большинства людей, популяции микробов могут сильно различаться. [22] Внутри человека микробная популяция остается довольно постоянной с течением времени, с некоторыми изменениями, происходящими из-за изменений в образе жизни, диете и возрасте. [6] [23] Целью проекта «Микробиом человека» было лучшее описание микробиоты кишечника человека и других частей тела. [ нужна цитата ]

Четырьмя доминирующими бактериальными типами в кишечнике человека являются Bacillota (Firmicutes), Bacteroidota , Actinomycetota и Pseudomonadota . [24] Большинство бактерий принадлежат к родам Bacteroides , Clostridium , Faecalibacterium , [6] [7] Eubacterium , Ruminococcus , Peptococcus , Peptostreptococcus и Bifidobacterium . [6] [7] Другие роды, такие как Escherichia и Lactobacillus , присутствуют в меньшей степени. [6] Одни только виды рода Bacteroides составляют около 30% всех бактерий в кишечнике, что позволяет предположить, что этот род особенно важен для функционирования организма хозяина. [16]

Роды грибов, обнаруженные в кишечнике, включают Candida , Saccharomyces , Aspergillus , Penicillium , Rhodotorula , Trametes , Pleospora , Sclerotinia , Bullera и Galactomyces , среди других. [25] [26] Rhodotorula чаще всего встречается у людей с воспалительными заболеваниями кишечника, тогда как Candida чаще всего встречается у людей с циррозом печени и хроническим гепатитом B. [25]

Археи представляют собой еще один крупный класс кишечной флоры, играющий важную роль в метаболизме бактериальных продуктов ферментации.

Индустриализация связана с изменениями в микробиоте, и сокращение разнообразия может привести к исчезновению некоторых видов; в 2018 году исследователи предложили создать биобанк микробиоты человека. [27]

Энтеротип

Энтеротип — это классификация живых организмов, основанная на их бактериологической экосистеме в микробиоме кишечника человека, не продиктованная возрастом, полом, массой тела или национальной принадлежностью . [28] Есть признаки того, что длительная диета влияет на энтеротип. [29] Было предложено три человеческих энтеротипа, [28] [30] , но их ценность была поставлена ​​под сомнение. [31]

Состав

Бактериом

Желудок

Из-за высокой кислотности желудка большинство микроорганизмов не могут там выжить. Основные бактерии микробиоты желудка относятся к пяти основным типам: Firmicutes , Bacteroidetes , Actinobacteria , Fusobacteriota и Proteobacteria . Доминирующие роды — Prevotella , Streptococcus , Veillonella , Rothia , Haemophilus . [32] Взаимодействие ранее существовавшей микробиоты желудка с введением H. pylori может влиять на прогрессирование заболевания . [32] При наличии H. pylori он становится доминантом микробиоты. [33]

Кишечник

Тонкая кишка содержит следовые количества микроорганизмов из-за близости и влияния желудка. Грамположительные кокки и палочковидные бактерии являются преобладающими микроорганизмами, обнаруживаемыми в тонком кишечнике. [5] Однако в дистальной части тонкой кишки щелочные условия поддерживают грамотрицательные бактерии Enterobacteriaceae . [5] Бактериальная флора тонкой кишки способствует выполнению широкого спектра функций кишечника. Бактериальная флора обеспечивает регуляторные сигналы, которые обеспечивают развитие и полезность кишечника. Чрезмерный рост бактерий в тонком кишечнике может привести к кишечной недостаточности. [35] Кроме того, толстая кишка содержит крупнейшую бактериальную экосистему в организме человека. [5] Около 99% флоры толстого кишечника и фекалий состоят из облигатных анаэробов, таких как бактероиды и бифидобактерии. [36] Факторы, нарушающие популяцию микроорганизмов толстого кишечника, включают антибиотики, стресс и паразитов. [5]

Бактерии составляют большую часть флоры толстой кишки [ 37] и 60% сухой массы фекалий . [6] Этот факт делает фекалии идеальным источником кишечной флоры для любых тестов и экспериментов путем извлечения нуклеиновой кислоты из образцов фекалий, а последовательности бактериального гена 16S рРНК генерируются с помощью бактериальных праймеров. Эта форма тестирования также часто предпочтительнее более инвазивных методов, таких как биопсия.

В микробиоте кишечника доминируют пять типов : Bacteroidota , Bacillota (Firmicutes), Actinomycetota , Pseudomonadota и Verrucomicrobiota  – при этом Bacteroidota и Bacillota составляют 90% состава. [38] В кишечнике обитает от 300 [6] до 1000 различных видов , [16] по большинству оценок около 500. [39] [40] Однако вполне вероятно, что 99% бактерий происходят от примерно 30 или 40 видов, причем наиболее распространенными видами у здоровых взрослых являются Faecalibacterium prausnitzii (тип Firmicutes). [7] [41]

Исследования показывают, что отношения между кишечной флорой и людьми являются не просто комменсальными (безвредное сосуществование), а, скорее, мутуалистическими , симбиотическими отношениями. [16] Хотя люди могут выжить и без кишечной флоры, [39] микроорганизмы выполняют множество полезных функций, таких как ферментация неиспользованных энергетических субстратов, тренировка иммунной системы с помощью конечных продуктов метаболизма, таких как пропионат и ацетат , предотвращение роста вредных видов. , регулируя развитие кишечника, производя витамины для хозяина (такие как биотин и витамин К ) и производя гормоны, направляющие хозяина на хранение жиров. [5] Обширные модификации и дисбаланс микробиоты кишечника и его микробиома или коллекции генов связаны с ожирением. [42] Однако при определенных условиях считается, что некоторые виды способны вызывать заболевание , вызывая инфекцию или увеличивая риск рака у хозяина. [6] [37]

Микобиом

Грибы и протисты также составляют часть кишечной флоры, но об их деятельности известно меньше. [43]

Вироме

Виром человека состоит в основном из бактериофагов . [44]

Вариация

Возраст

Существуют общие закономерности эволюции состава микробиома в течение жизни. [45] В целом разнообразие состава микробиоты образцов фекалий значительно выше у взрослых, чем у детей, хотя межличностные различия у детей выше, чем у взрослых. [46] Большая часть созревания микробиоты до конфигурации, подобной взрослой, происходит в течение трех первых лет жизни. [46]

По мере изменения состава микробиома меняется и состав бактериальных белков, вырабатываемых в кишечнике. В микробиомах взрослых обнаружена высокая распространенность ферментов, участвующих в ферментации, метаногенезе и метаболизме аргинина, глутамата, аспартата и лизина. Напротив, в микробиомах младенцев доминирующие ферменты участвуют в метаболизме цистеина и путях ферментации. [46]

География

Состав кишечного микробиома зависит от географического происхождения популяций. Вариации в компромиссе Prevotella , репрезентации гена уреазы и репрезентации генов, кодирующих глутаматсинтазу/деградацию или другие ферменты, участвующие в деградации аминокислот или биосинтезе витаминов, демонстрируют значительные различия между популяциями из США, Малави или индейцев. источник. [46]

В популяции США широко представлены ферменты, кодирующие расщепление глютамина , и ферменты, участвующие в биосинтезе витаминов и липоевой кислоты ; тогда как в популяциях Малави и американских индейцев высока представленность ферментов, кодирующих глутаматсинтазу, а также в их микробиомах преобладает α-амилаза . Поскольку рацион населения США более богат жирами, чем рацион индейцев или малавийцев, рацион которого богат кукурузой, диета, вероятно, является основным фактором, определяющим бактериальный состав кишечника. [46]

Дальнейшие исследования показали большую разницу в составе микробиоты между европейскими и сельскими африканскими детьми. Фекальные бактерии детей из Флоренции сравнили с бактериями детей из небольшой сельской деревни Булпон в Буркина-Фасо . Рацион типичного ребенка, живущего в этой деревне, в значительной степени лишен жиров и животных белков и богат полисахаридами и растительными белками. В фекальных бактериях европейских детей доминировали Firmicutes , что демонстрировало заметное снижение биоразнообразия, в то время как в фекальных бактериях детей Булпона доминировали Bacteroidetes . Повышенное биоразнообразие и различный состав кишечного микробиома у африканских популяций могут способствовать перевариванию обычно неперевариваемых растительных полисахаридов, а также могут привести к снижению заболеваемости неинфекционными заболеваниями толстой кишки. [47]

В меньшем масштабе было показано, что совместное использование многочисленных общих воздействий окружающей среды в семье является сильным определяющим фактором индивидуального состава микробиома. Этот эффект не имеет генетического влияния и постоянно наблюдается в культурно разных популяциях. [46]

Недоедание

У недоедающих детей менее зрелая и менее разнообразная микробиота кишечника, чем у здоровых детей, а изменения в микробиоме, связанные с нехваткой питательных веществ, в свою очередь, могут быть патофизиологической причиной недоедания. [48] ​​[49] У недоедающих детей также обычно больше потенциально патогенной кишечной флоры и больше дрожжевых грибков во рту и горле. [50] Изменение диеты может привести к изменениям в составе и разнообразии кишечной микробиоты. [51]

Раса и этническая принадлежность

Исследователи из Американского проекта кишечника и Проекта микробиома человека обнаружили, что численность двенадцати семейств микробов различается в зависимости от расы или этнической принадлежности человека. Сила этих ассоциаций ограничена небольшим размером выборки: Американский проект кишечника собрал данные от 1375 человек, 90% из которых были белыми. [52] Исследование «Здоровая жизнь в городских условиях» (HELIUS) в Амстердаме показало, что у людей голландского происхождения был самый высокий уровень разнообразия кишечной микробиоты, в то время как у выходцев из Южной Азии и Суринама было самое низкое разнообразие. Результаты исследования показали, что люди одной расы или этнической принадлежности имеют более схожие микробиомы, чем люди разного расового происхождения. [52]

Социоэкономический статус

По состоянию на 2020 год как минимум два исследования продемонстрировали связь между социально-экономическим статусом человека (СЭС) и его кишечной микробиотой. Исследование, проведенное в Чикаго, показало, что люди в районах с более высоким SES имеют большее разнообразие микробиоты. У жителей районов с более высоким СЭС также было больше бактерий Bacteroides . Аналогичным образом, исследование близнецов в Великобритании показало, что более высокий SES также связан с большим разнообразием кишечника. [52]

Приобретение у младенцев человека

Формирование кишечной флоры имеет решающее значение для здоровья взрослого человека, а также для функционирования желудочно-кишечного тракта. [53] У людей кишечная флора, аналогичная флоре взрослого человека, формируется в течение одного-двух лет после рождения, поскольку микробиота приобретается путем передачи от родителей к ребенку и передачи из пищи, воды и других источников окружающей среды. [54] [11]

Иллюстрация, показывающая колонизацию кишечной микробиоты в процессе развития.

Традиционный взгляд на желудочно-кишечный тракт нормального плода состоит в том, что он стерилен, хотя в последние несколько лет эта точка зрения была подвергнута сомнению. [ временные рамки? ] [55] Начали появляться многочисленные доказательства того, что во внутриутробной среде могут находиться бактерии. Исследования на людях показали, что микробная колонизация может происходить у плода [56] , при этом одно исследование показало, что виды Lactobacillus и Bifidobacterium присутствовали в биоптатах плаценты. [57] Несколько исследований на грызунах продемонстрировали наличие бактерий в околоплодных водах и плаценте, а также в меконии детей , рожденных в результате стерильного кесарева сечения. [58] [59] В другом исследовании исследователи вводили культуру бактерий перорально беременным мышам и обнаружили бактерии у потомства, вероятно, в результате передачи между пищеварительным трактом и околоплодными водами через кровоток. [60] Однако исследователи предупреждают, что источник этих внутриутробных бактерий, живы ли они и их роль, еще не изучены. [61] [57]

Во время рождения и вскоре после него бактерии матери и окружающей среды колонизируют кишечник ребенка. [11] Точные источники бактерий до конца не изучены, но могут включать родовые пути, других людей (родителей, братьев и сестер, работников больницы), грудное молоко, пищу и общую среду, с которой взаимодействует ребенок. [62] Исследования показали, что микробиом детей, рожденных естественным путем , значительно отличается от микробиома детей, рожденных путем кесарева сечения, и что дети, рожденные естественным путем, получили большую часть кишечных бактерий от своей матери, в то время как микробиота детей, рожденных путем кесарева сечения, содержала больше бактерий. связанные с больничной средой. [63]

В течение первого года жизни состав кишечной флоры обычно прост, сильно меняется со временем и неодинаков у разных людей. [11] Исходная бактериальная популяция обычно представляет собой факультативные анаэробные организмы ; Исследователи полагают, что эти первоначальные колонизаторы снижают концентрацию кислорода в кишечнике, что, в свою очередь, позволяет облигатно анаэробным бактериям, таким как Bacteroidota , Actinomycetota и Bacillota , прижиться и процветать. [11] У детей, находящихся на грудном вскармливании, начинают преобладать бифидобактерии , возможно, из-за содержания бифидобактериальных факторов роста в грудном молоке, а также из-за того, что грудное молоко содержит пребиотические компоненты, способствующие здоровому росту бактерий. [57] [64] Грудное молоко также содержит более высокий уровень иммуноглобулина А (IgA), который способствует толерантности и регуляции иммунной системы ребенка. [65] Напротив, микробиота детей, находящихся на искусственном вскармливании , более разнообразна, с большим количеством Enterobacteriaceae , энтерококков , бифидобактерий, Bacteroides и клостридий. [66]

Кесарево сечение, антибиотики и искусственное вскармливание могут изменить состав микробиома кишечника. [57] Дети, получающие антибиотики, имеют менее стабильные и менее разнообразные цветочные сообщества. [67] Было показано, что кесарево сечение препятствует передаче бактерий от матери к потомству, что влияет на общее состояние здоровья потомства, повышая риск таких заболеваний, как целиакия , астма и диабет 1 типа  . [57] Это еще раз доказывает важность здорового микробиома кишечника. Изучаются различные методы восстановления микробиома, обычно включающие воздействие на ребенка содержимого влагалища матери и пероральные пробиотики. [57]

Функции

Когда в 1995 году началось изучение кишечной флоры [68] , считалось, что она выполняет три ключевые роли: прямую защиту от патогенов , усиление защиты хозяина за счет ее роли в развитии и поддержании кишечного эпителия и индукции там выработки антител, а также метаболизма иным образом. неперевариваемые соединения в пище. Последующие работы обнаружили его роль в тренировке развивающейся иммунной системы, а дальнейшие работы были сосредоточены на его роли в оси кишечник-мозг . [69]

Прямое ингибирование патогенов

Сообщество кишечной флоры играет непосредственную роль в защите от патогенов, полностью колонизируя пространство, используя все доступные питательные вещества и секретируя соединения, известные как цитокины , которые убивают или подавляют нежелательные организмы, которые будут конкурировать с ним за питательные вещества. [70] Различные штаммы кишечных бактерий вызывают выработку разных цитокинов. Цитокины — это химические соединения, вырабатываемые нашей иммунной системой для инициации воспалительной реакции против инфекций. Нарушение кишечной флоры позволяет утвердиться конкурирующим организмам, таким как Clostridium difficile , которые в противном случае остаются бездействующими. [70]

Развитие кишечной защиты и иммунной системы

Клетки микроскладок переносят антигены (Ag) из просвета кишечника в ассоциированную с кишечником лимфоидную ткань (GALT) посредством трансцитоза и представляют их различным клеткам врожденного и адаптивного иммунитета.

У человека кишечная флора, аналогичная взрослой, формируется в течение одного-двух лет после рождения. [11] По мере того, как формируется кишечная флора, слизистая оболочка кишечника – кишечный эпителий и барьер слизистой оболочки кишечника, который он секретирует – также развивается таким образом, что становится толерантным и даже поддерживает комменсалистические микроорганизмы в определенных условиях. степени, а также обеспечивает барьер для патогенных. [11] В частности, бокаловидные клетки , которые производят слизистую оболочку, пролиферируют, и слой слизистой оболочки утолщается, образуя внешний слой слизистой оболочки, в котором «дружественные» микроорганизмы могут закрепляться и питаться, и внутренний слой, через который даже эти организмы не могут проникнуть. [11] [12] Кроме того, в то время, когда кишечная флора развивается и укореняется, появляется и развивается лимфоидная ткань, связанная с кишечником (GALT), которая составляет часть кишечного эпителия и которая обнаруживает патогены и реагирует на них. [11] Развивающийся GALT толерантен к видам кишечной флоры, но не к другим микроорганизмам. [11] GALT также обычно становится толерантным к еде, с которой контактирует ребенок, а также к продуктам пищеварения и метаболитам кишечной флоры (молекулам, образующимся в результате метаболизма), вырабатываемым из пищи. [11]

Иммунная система человека вырабатывает цитокины , которые могут заставить иммунную систему вызывать воспаление, чтобы защитить себя, и которые могут подавлять иммунный ответ для поддержания гомеостаза и обеспечения заживления после оскорбления или травмы. [11] Было показано, что различные виды бактерий, которые появляются во флоре кишечника, способны стимулировать иммунную систему избирательно вырабатывать цитокины; например, Bacteroides fragilis и некоторые виды Clostridia , по-видимому, вызывают противовоспалительную реакцию, в то время как некоторые сегментированные нитчатые бактерии стимулируют выработку воспалительных цитокинов. [11] [71] Кишечная флора также может регулировать выработку антител иммунной системой. [11] [72] Одной из функций этой регуляции является переключение класса B-клеток на IgA . В большинстве случаев В-клеткам необходима активация Т-хелперов , чтобы вызвать переключение класса ; однако по другому пути кишечная флора вызывает передачу сигналов NF-kB эпителиальными клетками кишечника, что приводит к секреции дополнительных сигнальных молекул. [73] Эти сигнальные молекулы взаимодействуют с В-клетками, вызывая переключение класса на IgA. [73] IgA — важный тип антител, который используется в слизистой оболочке, например в кишечнике. Было доказано, что IgA может помочь разнообразить кишечное сообщество и избавиться от бактерий, вызывающих воспалительные реакции. [74] В конечном итоге, IgA поддерживает здоровую среду между хозяином и кишечными бактериями. [74] Эти цитокины и антитела могут оказывать действие за пределами кишечника, в легких и других тканях. [11]

Иммунная система также может быть изменена из-за способности кишечных бактерий производить метаболиты , которые могут влиять на клетки иммунной системы. Например, короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК) могут вырабатываться некоторыми кишечными бактериями посредством ферментации . [75] SCFAs стимулируют быстрое увеличение производства клеток врожденного иммунитета, таких как нейтрофилы , базофилы и эозинофилы . [75] Эти клетки являются частью врожденной иммунной системы, которая пытается ограничить распространение инфекции.

Метаболизм

Без кишечной флоры человеческий организм не смог бы использовать некоторые из непереваренных углеводов, которые он потребляет, поскольку некоторые типы кишечной флоры содержат ферменты , которых не хватает человеческим клеткам для расщепления определенных полисахаридов . [13] Грызунам, выращенным в стерильной среде и лишенным кишечной флоры, необходимо потреблять на 30% больше калорий , чтобы оставаться в том же весе, что и их нормальные собратья. [13] Углеводы, которые люди не могут переваривать без помощи бактерий, включают определенные крахмалы , клетчатку , олигосахариды и сахара , которые организм не может переварить и усвоить, например лактозу в случае непереносимости лактозы , а также сахарные спирты , слизь , вырабатываемую кишечником, и белки. [9] [13]

Бактерии превращают ферментированные ими углеводы в жирные кислоты с короткой цепью посредством формы ферментации, называемой сахаролитической ферментацией. [40] Продукты включают уксусную кислоту , пропионовую кислоту и масляную кислоту . [7] [40] Эти материалы могут использоваться клетками-хозяевами, обеспечивая их основным источником энергии и питательных веществ. [40] Газы (которые участвуют в передаче сигналов [80] и могут вызывать метеоризм ) и органические кислоты , такие как молочная кислота , также производятся в результате ферментации. [7] Уксусная кислота используется мышцами , пропионовая кислота способствует выработке АТФ в печени , а масляная кислота обеспечивает клетки кишечника энергией. [40]

Кишечная флора также синтезирует витамины, такие как биотин и фолиевая кислота , и способствует усвоению пищевых минералов , включая магний, кальций и железо. [6] [23] Methanobrevibacter smithii уникален, поскольку не является видом бактерий, а скорее членом домена Archaea , и является наиболее распространенным видом архей, производящих метан , в желудочно-кишечной микробиоте человека. [81]

Микробиота кишечника также служит источником витаминов К и В 12 , которые не вырабатываются организмом или производятся в небольших количествах. [82] [83]

Фармакомикробиомика

Метагеном человека (т.е. генетический состав человека и всех микроорганизмов, обитающих на теле человека или внутри него) значительно различается у разных людей. [84] [85] Поскольку общее количество микробных клеток в организме человека (более 100 триллионов) значительно превышает численность клеток Homo sapiens (десятки триллионов), [примечание 1] [84] [86] существует значительный потенциал для взаимодействия между лекарства и микробиом человека, включая: лекарства, изменяющие состав микробиома человека , метаболизм лекарств под действием микробных ферментов, модифицирующих фармакокинетический профиль лекарства , и микробный метаболизм лекарств, влияющий на клиническую эффективность и профиль токсичности лекарства . [84] [85] [87]

Помимо углеводов, микробиота кишечника может также метаболизировать другие ксенобиотики , такие как лекарства, фитохимические вещества и пищевые токсиканты. Было показано, что более 30 лекарств метаболизируются микробиотой кишечника. [88] Микробный метаболизм лекарств иногда может инактивировать препарат. [89]

Вклад в метаболизм лекарств

Микробиота кишечника представляет собой богатое сообщество, содержащее разнообразные гены с огромными биохимическими способностями модифицировать лекарства, особенно те, которые принимаются перорально. [90] Микробиота кишечника может влиять на метаболизм лекарств посредством прямых и косвенных механизмов. [91] Прямой механизм опосредован микробными ферментами, которые могут изменять химическую структуру вводимых лекарств. [92] И наоборот, непрямой путь опосредован микробными метаболитами, которые влияют на экспрессию метаболизирующих ферментов хозяина, таких как цитохром P450 . [93] [91] Влияние микробиоты кишечника на фармакокинетику и биодоступность препарата было исследовано несколько десятилетий назад. [94] [95] [96] Эти эффекты можно варьировать; он может активировать неактивные препараты, такие как ловастатин, [97] инактивировать активный препарат, такой как дигоксин [98] , или вызывать токсичность препарата, как в случае иринотекана . [99] С тех пор влияние кишечной микробиоты на фармакокинетику многих лекарств было тщательно изучено. [100] [90]

Микробиота кишечника человека играет решающую роль в модуляции воздействия вводимых лекарств на человека. Непосредственно микробиота кишечника может синтезировать и высвобождать ряд ферментов, способных метаболизировать лекарства, такие как микробная биотрансформация L-дофа с помощью ферментов декарбоксилазы и дегидроксилазы. [92] Напротив, микробиота кишечника может также изменять метаболизм лекарств, модулируя метаболизм лекарств в организме хозяина. Этот механизм может быть опосредован микробными метаболитами или модификацией метаболитов хозяина, которые, в свою очередь, изменяют экспрессию ферментов, метаболизирующих хозяина. [93]

Большое количество исследований продемонстрировало метаболизм более 50 лекарств кишечной микробиотой. [100] [91] Например, ловастатин (средство, снижающее уровень холестерина), который является пролекарством лактона, частично активируется микробиотой кишечника человека, образуя активные кислотные гидроксилированные метаболиты. [97] И наоборот, дигоксин (препарат, используемый для лечения застойной сердечной недостаточности) инактивируется членом микробиоты кишечника (например, Eggerthella lanta ). [101] Eggerthella lanta имеет оперон, кодирующий цитохром, активируемый дигоксином и связанный с инактивацией дигоксина. [101] Микробиота кишечника также может модулировать эффективность и токсичность химиотерапевтических агентов, таких как иринотекан. [102] Этот эффект обусловлен кодируемыми микробиомом ферментами β-глюкуронидазой, которые восстанавливают активную форму иринотекана, вызывающую желудочно-кишечную токсичность. [103]

Вторичные метаболиты

Это микробное сообщество в кишечнике обладает огромной биохимической способностью производить отдельные вторичные метаболиты, которые иногда образуются в результате метаболического преобразования пищевых продуктов, таких как клетчатка , эндогенные биологические соединения, такие как индол или желчные кислоты . [104] [105] [106] Микробные метаболиты, особенно короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК) и вторичные желчные кислоты (ЖК), играют важную роль для человека в состоянии здоровья и болезненных состояниях. [107] [108] [109]

Одним из наиболее важных бактериальных метаболитов, вырабатываемых микробиотой кишечника, являются вторичные желчные кислоты (ЖК). [106] Эти метаболиты образуются в результате бактериальной биотрансформации первичных желчных кислот, таких как холевая кислота (CA) и хенодезоксихолевая кислота (CDCA), во вторичные желчные кислоты (BA) литохолевая кислота (LCA) и дезоксихолевая кислота (DCA) соответственно. [110] Первичные желчные кислоты, которые синтезируются гепатоцитами и хранятся в желчном пузыре, обладают гидрофобными свойствами. Эти метаболиты впоследствии метаболизируются микробиотой кишечника во вторичные метаболиты с повышенной гидрофобностью. [110] Гидролазы солей желчных кислот (BSH), которые консервативны во всех типах микробиоты кишечника, таких как Bacteroides , Firmicutes и Actinobacteria , ответственных за первый этап вторичного метаболизма желчных кислот. [110] Было продемонстрировано, что вторичные желчные кислоты (ЖК), такие как DCA и LCA, ингибируют как прорастание, так и рост Clostridium difficile . [109]

Дисбиоз

Микробиота кишечника важна для поддержания гомеостаза в кишечнике. Развитие рака кишечника связано с дисбалансом естественной микрофлоры (дисбиозом). [111] Вторичная желчная кислота, дезоксихолевая кислота , связана с изменениями микробного сообщества, которые приводят к усилению канцерогенеза в кишечнике. [111] Повышенное воздействие на толстую кишку вторичных желчных кислот в результате дисбактериоза может вызвать повреждение ДНК , и такое повреждение может вызвать канцерогенные мутации в клетках толстой кишки. [112] Высокая плотность бактерий в толстой кишке (около 10 12 на мл), подверженных дисбиозу, по сравнению с относительно низкой плотностью в тонкой кишке (около 10 2 на мл), может составлять более 10- заболеваемость раком толстой кишки в несколько раз выше, чем тонкой. [112]

Ось кишечник-мозг

Ось кишечник-мозг представляет собой биохимическую передачу сигналов, которая происходит между желудочно-кишечным трактом и центральной нервной системой . [69] Этот термин был расширен и теперь включает роль кишечной флоры во взаимодействии; Термин «ось микробиом-мозг» иногда используется для описания парадигм, явно включающих кишечную флору. [69] [113] [114] В широком смысле ось кишечник-мозг включает центральную нервную систему, нейроэндокринную и нейроиммунную системы, включая ось гипоталамо-гипофиз-надпочечники (ось HPA), симпатические и парасимпатические ветви вегетативной нервной системы , включая кишечная нервная система , блуждающий нерв и кишечная микробиота . [69] [114]

Систематический обзор 2016 года изучил доклинические и небольшие исследования на людях, которые были проведены с некоторыми коммерчески доступными штаммами пробиотических бактерий , и обнаружил, что среди протестированных были роды Bifidobacterium и Lactobacillus ( B. longum , B. breve , B. infantis , L. helveticus , L. rhamnosus , L. plantarum и L. casei ), имели наибольший потенциал быть полезными при некоторых заболеваниях центральной нервной системы . [15]

Изменения в балансе микробиоты

Последствия применения антибиотиков

Изменение количества кишечных бактерий, например, путем приема антибиотиков широкого спектра действия , может повлиять на здоровье хозяина и его способность переваривать пищу. [115] Антибиотики могут вызывать антибиотикоассоциированную диарею , непосредственно раздражая кишечник , изменяя уровень микробиоты или позволяя патогенным бактериям расти. [7] Еще одним вредным эффектом антибиотиков является увеличение числа устойчивых к антибиотикам бактерий, обнаруживаемых после их применения, которые, проникая в организм хозяина, вызывают заболевания, которые трудно лечить антибиотиками. [115]

Изменение количества и видов кишечной микробиоты может снизить способность организма ферментировать углеводы и метаболизировать желчные кислоты и может вызвать диарею . Нерасщепляемые углеводы могут поглощать слишком много воды и вызывать жидкий стул, а недостаток SCFAs, вырабатываемых кишечной микробиотой, может вызвать диарею. [7]

Снижение уровня местных видов бактерий также нарушает их способность подавлять рост вредных видов, таких как C. difficile и Salmonella kedougou , и эти виды могут выйти из-под контроля, хотя их чрезмерный рост может быть случайным, а не истинной причиной диарея. [6] [7] [115] Новые протоколы лечения инфекций, вызванных C. difficile, включают трансплантацию фекальной микробиоты донорских фекалий (см. Трансплантация кала ). [116] Первоначальные отчеты о лечении описывают уровень успеха в 90% с небольшим количеством побочных эффектов. Предполагается, что эффективность обусловлена ​​восстановлением бактериального баланса бактерий классов бактероидов и фирмикутов. [117]

Состав микробиома кишечника также меняется при тяжелых заболеваниях не только из-за применения антибиотиков, но и из-за таких факторов, как ишемия кишечника, отказ от приема пищи и ослабление иммунитета . Негативные последствия этого привели к интересу к селективной деконтаминации пищеварительного тракта, лечению, которое убивает только патогенные бактерии и позволяет восстановить здоровые. [118]

Антибиотики изменяют популяцию микробиоты в желудочно-кишечном тракте , и это может изменить метаболические взаимодействия внутри сообщества, изменить потребление калорий за счет использования углеводов и глобально повлиять на метаболический, гормональный и иммунный гомеостаз хозяина. [119]

Имеются убедительные доказательства того, что прием пробиотиков, содержащих виды Lactobacillus , может помочь предотвратить диарею, связанную с антибиотиками, и что прием пробиотиков с Saccharomyces (например, Saccharomyces boulardii ) может помочь предотвратить инфекцию Clostridium difficile после системного лечения антибиотиками. [120]

Беременность

Микробиота кишечника женщины меняется по мере развития беременности , причем изменения аналогичны тем, которые наблюдаются при метаболических синдромах , таких как диабет. Изменение микробиоты кишечника не вызывает никаких побочных эффектов. Микробиота кишечника новорожденного напоминает образцы матери в первом триместре. Разнообразие микробиома уменьшается с первого по третий триместр по мере увеличения численности определенных видов. [57] [121]

Пробиотики, пребиотики, синбиотики и фармабиотики

Пробиотики — это микроорганизмы , которые, как полагают, приносят пользу для здоровья при употреблении. [122] [123] Что касается кишечной микробиоты, пребиотики обычно представляют собой неперевариваемые соединения клетчатки , которые проходят непереваренными через верхнюю часть желудочно -кишечного тракта и стимулируют рост или активность полезной кишечной флоры, действуя для них в качестве субстрата . [40] [124]

Синбиотики — это пищевые ингредиенты или пищевые добавки , сочетающие пробиотики и пребиотики в форме синергизма . [125]

Термин «фармабиотики» используется по-разному и означает: фармацевтические составы (стандартизованное производство, которое может получить одобрение регулирующих органов в качестве лекарственного средства) пробиотиков, пребиотиков или синбиотиков ; [126] пробиотики, которые были генетически сконструированы или иным образом оптимизированы для достижения наилучших результатов (срок годности, выживаемость в пищеварительном тракте и т. д.); [127] и натуральные продукты метаболизма кишечной флоры (витамины и т. д.). [128]

Есть некоторые доказательства того, что лечение некоторыми пробиотическими штаммами бактерий может быть эффективным при синдроме раздраженного кишечника [129] [130] и хроническом идиопатическом запоре . К микроорганизмам, которые с наибольшей вероятностью приведут к уменьшению симптомов, относятся:

Фекальная флотация

Фекалии примерно 10–15% людей постоянно плавают в туалетной воде («плавают»), в то время как у остальных фекалии тонут («грузила»), а выделение газа заставляет фекалии всплывать. [134] В то время как обычные мыши часто производят «поплавки», гнотобиотические безмикробные мыши без кишечной микробиоты (выращенные в стерильном изоляторе) образуют «грузила», а колонизация кишечной микробиоты у безмикробных мышей приводит к трансформации пищи в микробную биомассу и обогащению множеством газогенных видов бактерий. это превращает «грузила» в «плавающие». [135]

Исследовать

Тесты на то, могут ли неантибиотические препараты влиять на кишечные бактерии человека, были проведены путем анализа in vitro более чем 1000 имеющихся на рынке лекарств против 40 штаммов кишечных бактерий, продемонстрировав, что 24% лекарств ингибировали рост по крайней мере одного из бактериальных штаммов. . [136]

Эффекты упражнений

Недавно было показано, что кишечная микробиота и физические упражнения взаимосвязаны. Как умеренные, так и интенсивные упражнения обычно являются частью режима тренировок спортсменов, занимающихся выносливостью, но они оказывают различное влияние на здоровье. Взаимосвязь между кишечной микробиотой и видами спорта, требующими выносливости, зависит от интенсивности тренировок и статуса тренировок. [137]

Роль в болезни

Бактерии в пищеварительном тракте могут по-разному способствовать возникновению заболеваний и подвергаться им. Присутствие или переизбыток некоторых видов бактерий может способствовать воспалительным заболеваниям, таким как воспалительные заболевания кишечника . [6] Кроме того, метаболиты некоторых представителей кишечной флоры могут влиять на сигнальные пути хозяина, способствуя таким расстройствам, как ожирение и рак толстой кишки . [6] Альтернативно, в случае разрушения эпителия кишечника , проникновение компонентов кишечной флоры в другие компартменты хозяина может привести к сепсису . [6]

Язвы

Инфекция Helicobacter pylori может инициировать образование язв желудка, когда бактерии проникают в эпителиальную оболочку желудка, вызывая затем воспалительную фагоцитарную реакцию . [138] В свою очередь, воспаление повреждает париетальные клетки, которые выделяют в желудок избыточное количество соляной кислоты и производят меньше защитной слизи. [139] Повреждение слизистой оболочки желудка, приводящее к язвам , развивается, когда желудочная кислота подавляет защитные свойства клеток и ингибирует синтез эндогенных простагландинов , уменьшает секрецию слизи и бикарбоната, уменьшает кровоток слизистой оболочки и снижает устойчивость к травмам. [139] Снижение защитных свойств слизистой оболочки желудка повышает уязвимость к дальнейшему повреждению и образованию язв под действием желудочной кислоты, пепсина и солей желчных кислот. [138] [139]

Перфорация кишечника

В норме комменсальные бактерии могут нанести вред хозяину, если они выходят из кишечного тракта. [11] [12] Транслокация, которая возникает, когда бактерии покидают кишечник через слизистую оболочку, может возникать при ряде различных заболеваний. [12] Если кишечник перфорирован, бактерии проникают в интерстиций , вызывая потенциально смертельную инфекцию . [5] : 715 

Воспалительные заболевания кишечника

Двумя основными типами воспалительных заболеваний кишечника , болезнью Крона и язвенным колитом , являются хронические воспалительные заболевания кишечника; причины этих заболеваний неизвестны, и к этим состояниям причастны проблемы с кишечной флорой и ее взаимоотношениями с хозяином. [14] [140] [141] [142] Кроме того, оказывается, что взаимодействие кишечной флоры с осью кишечник-мозг играет роль в воспалительных заболеваниях кишечника, при этом физиологический стресс, опосредованный через ось гипоталамус-гипофиз-надпочечники, вызывает изменения в эпителии кишечника. а кишечная флора, в свою очередь, высвобождает факторы и метаболиты, которые запускают передачу сигналов в кишечной нервной системе и блуждающем нерве . [4]

Разнообразие кишечной флоры, по-видимому, значительно уменьшено у людей с воспалительными заболеваниями кишечника по сравнению со здоровыми людьми; кроме того, у людей с язвенным колитом, по-видимому, доминируют протеобактерии и актинобактерии; у людей с болезнью Крона, по-видимому, чрезмерно представлены Enterococcus faecium и некоторые протеобактерии. [4]

Имеются убедительные доказательства того, что исправление дисбаланса кишечной флоры путем приема пробиотиков с лактобактериями и бифидобактериями может уменьшить висцеральную боль и воспаление кишечника при ВЗК. [120]

Синдром раздраженного кишечника

Синдром раздраженного кишечника является результатом стресса и хронической активации оси HPA; его симптомы включают боль в животе, изменения в дефекации и увеличение количества провоспалительных цитокинов. В целом исследования показали, что микробиота просвета и слизистой оболочки изменяется у людей с синдромом раздраженного кишечника, и эти изменения могут быть связаны с типом раздражения, таким как диарея или запор . Также наблюдается уменьшение разнообразия микробиома с низким уровнем фекальных лактобацилл и бифидобактерий, высоким уровнем факультативных анаэробных бактерий , таких как Escherichia coli , и повышенным соотношением Firmicutes: Bacteroidetes. [114]

Астма

Что касается астмы, были выдвинуты две гипотезы, объясняющие ее растущую распространенность в развитых странах. Гигиеническая гипотеза утверждает, что дети в развитых странах не подвергаются воздействию достаточного количества микробов и, следовательно, могут содержать меньшую распространенность определенных бактериальных таксонов, которые играют защитную роль. [143] Вторая гипотеза фокусируется на диете западного образца , в которой отсутствуют цельнозерновые продукты и клетчатка , а также имеется избыток простых сахаров . [14] Обе гипотезы сходятся во мнении о роли короткоцепочечных жирных кислот (КЦЖК) в иммуномодуляции . Эти метаболиты бактериальной ферментации участвуют в передаче иммунных сигналов, что предотвращает возникновение астмы, а более низкие уровни SCFAs связаны с этим заболеванием. [143] [144] Отсутствие защитных родов, таких как Lachnospira , Veillonella , Rothia и Faecalibacterium , связано со снижением уровней SCFAs. [143] Кроме того, SCFAs являются продуктом бактериальной ферментации клетчатки, которой в рационе западного типа мало. [14] [144] SCFAs обеспечивают связь между кишечной флорой и иммунными нарушениями, и по состоянию на 2016 год это была активная область исследований. [14] Подобные гипотезы также были выдвинуты в отношении роста пищевой и других аллергий. [145]

Сахарный диабет 1 типа

Связь между кишечной микробиотой и сахарным диабетом 1 типа также связана с КЦЖК, такими как бутират и ацетат. Диеты, содержащие бутират и ацетат в результате бактериальной ферментации, демонстрируют повышенную экспрессию T reg . [146] T- reg- клетки подавляют эффекторные T-клетки , что, в свою очередь, снижает воспалительную реакцию в кишечнике. [147] Бутират является источником энергии для клеток толстой кишки. Диеты, содержащие бутират, таким образом, уменьшают проницаемость кишечника , обеспечивая достаточно энергии для образования плотных соединений . [148] Кроме того, было показано, что бутират снижает резистентность к инсулину, что позволяет предположить, что кишечные сообщества с низким содержанием микробов, продуцирующих бутират, могут увеличить вероятность заражения сахарным диабетом 2 типа . [149] Диеты с содержанием бутирата также могут иметь потенциальный эффект подавления колоректального рака . [148]

Ожирение и метаболический синдром

Кишечная флора вовлечена в ожирение и метаболический синдром из-за ключевой роли в пищеварительном процессе; Диета западного образца, по-видимому, стимулирует и поддерживает изменения во флоре кишечника, которые, в свою очередь, меняют количество энергии, получаемой из пищи, и то, как эта энергия используется. [142] [150] Одним из аспектов здорового питания , которого часто не хватает в диете западного образца, является клетчатка и другие сложные углеводы, необходимые для процветания здоровой кишечной флоры; Изменения кишечной флоры в ответ на диету западного образца, по-видимому, увеличивают количество энергии, вырабатываемой кишечной флорой, что может способствовать ожирению и метаболическому синдрому. [120] Существуют также доказательства того, что микробиота влияет на пищевое поведение, основанное на предпочтениях микробиоты, что может привести к тому, что хозяин будет потреблять больше пищи, что в конечном итоге приведет к ожирению. В целом замечено, что при более высоком разнообразии микробиома кишечника микробиота будет тратить энергию и ресурсы на конкуренцию с другой микробиотой и меньше на манипулирование хозяином. Обратное наблюдается с разнообразием микробиома нижнего отдела кишечника, и эти микробиоты могут работать вместе, вызывая у хозяина тягу к пище. [51]

Кроме того, печень играет доминирующую роль в гомеостазе глюкозы в крови , поддерживая баланс между поглощением и хранением глюкозы посредством метаболических путей гликогенеза и глюконеогенеза . Кишечные липиды регулируют гомеостаз глюкозы, задействуя ось кишечник-мозг-печень. Прямое введение липидов в верхний отдел кишечника повышает уровень длинноцепочечного жирного ацил-кофермента А (LCFA-CoA) в верхних отделах кишечника и подавляет выработку глюкозы даже при поддиафрагмальной ваготомии или деафферентации вагуса кишечника . Это прерывает нейронную связь между мозгом и кишечником и блокирует способность липидов верхних отделов кишечника ингибировать выработку глюкозы. Ось кишечник-мозг-печень и состав микробиоты кишечника могут регулировать гомеостаз глюкозы в печени и предоставлять потенциальные терапевтические методы для лечения ожирения и диабета. [151]

Точно так же, как кишечная флора может функционировать по принципу обратной связи, что может способствовать развитию ожирения, существуют доказательства того, что ограничение потребления калорий (т. е. диета ) может привести к изменениям в составе кишечной флоры. [142]

Другие животные

Состав микробиома кишечника человека аналогичен составу микробиома других человекообразных обезьян. Однако биота кишечника человека уменьшилась в разнообразии и изменилась по составу с тех пор, как мы эволюционно отделились от Пана . [152] У людей наблюдается увеличение количества Bacteroidetes, типа бактерий, связанного с диетой с высоким содержанием животных белков и жиров, и снижение количества Methanobrevibacter и Fibrobacter, групп, которые ферментируют сложные растительные полисахариды. [152] Эти изменения являются результатом совокупных диетических, генетических и культурных изменений, которые люди претерпели с момента эволюционного отклонения от Пана . [ нужна цитата ]

Помимо людей и позвоночных, у некоторых насекомых также есть сложная и разнообразная кишечная микробиота, которая играет ключевую питательную роль. [2] Микробные сообщества, связанные с термитами , могут составлять большую часть веса особей и выполнять важную роль в переваривании лигноцеллюлозы и фиксации азота . [153] Эти сообщества специфичны для хозяина, и близкородственные виды насекомых имеют сопоставимое сходство в составе микробиоты кишечника. [154] [155] Было показано, что у тараканов кишечная микробиота собирается детерминированным образом, независимо от инокулята ; [156] причина этой специфичной для хозяина сборки остается неясной. Бактериальные сообщества, связанные с такими насекомыми, как термиты и тараканы, определяются сочетанием факторов, в первую очередь диетой, но есть некоторые признаки того, что филогения хозяина также может играть роль в выборе линий. [154] [155]

Уже более 51 года известно, что введение низких доз антибактериальных средств способствует росту сельскохозяйственных животных и увеличению привеса. [119]

В исследовании, проведенном на мышах, соотношение Firmicutes и Lachnospiraceae было значительно повышено у животных, получавших субтерапевтические дозы различных антибиотиков. Анализируя калорийность фекалий и концентрацию короткоцепочечных жирных кислот (КЦЖК) в желудочно-кишечном тракте, был сделан вывод, что изменения в составе микробиоты приводят к увеличению способности извлекать калории из неперевариваемых в противном случае компонентов, а также к увеличение производства SCFAs. Эти результаты свидетельствуют о том, что антибиотики нарушают не только состав микробиома желудочно-кишечного тракта, но и его метаболические возможности, особенно в отношении SCFAs. [119]

Смотрите также

Примечания

  1. ^ Существуют существенные различия в составе микробиома и концентрации микробов в зависимости от анатомического участка. [84] [85] Жидкость из толстой кишки человека, которая содержит самую высокую концентрацию микробов среди всех анатомических участков, содержит примерно один триллион (10^12) бактериальных клеток/мл. [84]

Рекомендации

  1. ^ Мошак, М; Шулинска, М; Богданьский, П. (15 апреля 2020 г.). «Вы то, что вы едите - взаимосвязь между диетой, микробиотой и метаболическими расстройствами - обзор». Питательные вещества . 12 (4): 1096. дои : 10.3390/nu12041096 . ПМК  7230850 . PMID  32326604. S2CID  216108564.
  2. ^ аб Энгель, П.; Моран, Н. (2013). «Микробиота кишечника насекомых – разнообразие структуры и функций». Обзоры микробиологии FEMS . 37 (5): 699–735. дои : 10.1111/1574-6976.12025 . ПМИД  23692388.
  3. ^ Сегата, Н; Берниген, Д; Щекотать, TL; Морган, XC; Гарретт, штат Вашингтон; Хаттенхауэр, К. (14 мая 2013 г.). «Вычислительная метаомика для изучения микробного сообщества». Молекулярная системная биология . 9 : 666. дои : 10.1038/msb.2013.22 . ПМК 4039370 . ПМИД  23670539. 
  4. ^ abc Саксена, Р.; Шарма, В.К. (2016). «Метагеномный взгляд на микробиом человека: его влияние на здоровье и болезни». В Кумаре, Д.; С. Антонаракис (ред.). Медицинская и медицинская геномика . Эльзевир Наука. п. 117. дои :10.1016/B978-0-12-420196-5.00009-5. ISBN 978-0-12-799922-7.
  5. ^ abcdefghijk Шервуд, Линда; Уилли, Джоанн; Вулвертон, Кристофер (2013). Микробиология Прескотта (9-е изд.). Нью-Йорк: МакГроу Хилл. стр. 713–721. ISBN 9780073402406. ОСЛК  886600661.
  6. ^ abcdefghijklmno Гуарнер, Ф; Малагелада, Дж (2003). «Кишечная флора в здоровье и болезни». Ланцет . 361 (9356): 512–519. дои : 10.1016/S0140-6736(03)12489-0. PMID  12583961. S2CID  38767655.
  7. ^ abcdefghijk Божери, Лоран; Пети, Жан-Клод (2004). «Антибиотико-ассоциированная диарея». Передовая практика и исследования в области клинической гастроэнтерологии . 18 (2): 337–352. дои :10.1016/j.bpg.2003.10.002. ПМИД  15123074.
  8. ^ аб Стивен, AM; Каммингс, Дж. Х. (1980). «Микробный вклад в фекальную массу человека». Журнал медицинской микробиологии . 13 (1): 45–56. дои : 10.1099/00222615-13-1-45 . ПМИД  7359576.
  9. ^ abcde Quigley, EM (2013). «Кишечные бактерии в здоровье и болезни». Гастроэнтерология и гепатология . 9 (9): 560–569. ПМЦ 3983973 . ПМИД  24729765. 
  10. ^ Тернбо, Питер Дж.; Лей, Рут Э.; Хамади, Мика; Фрейзер-Лиггетт, Клэр М.; Найт, Роб; Гордон, Джеффри И. (октябрь 2007 г.). «Проект микробиома человека». Природа . 449 (7164): 804–810. Бибкод : 2007Natur.449..804T. дои : 10.1038/nature06244. ISSN  0028-0836. ПМЦ 3709439 . ПМИД  17943116. 
  11. ^ abcdefghijklmnop Соммер, Феликс; Бекхед, Фредрик (2013). «Микробиота кишечника – мастера развития и физиологии хозяина». Обзоры природы Микробиология . 11 (4): 227–238. doi : 10.1038/nrmicro2974. PMID  23435359. S2CID  22798964.
  12. ^ abcd Фадерл, Мартин; Ноти, Марио; Корацца, Надя; Мюллер, Кристоф (2015). «Держать насекомых под контролем: слой слизи как важнейший компонент поддержания гомеостаза кишечника». ИУБМБ Жизнь . 67 (4): 275–285. дои : 10.1002/iub.1374 . PMID  25914114. S2CID  25878594.
  13. ^ abcdef Кларк, Джерард; Стиллинг, Роман М; Кеннеди, Пол Дж; Стэнтон, Кэтрин; Крайан, Джон Ф; Динан, Тимоти Дж. (2014). «Мини-обзор: Микробиота кишечника: забытый эндокринный орган». Молекулярная эндокринология . 28 (8): 1221–1238. дои : 10.1210/me.2014-1108. ПМЦ 5414803 . ПМИД  24892638. 
  14. ^ abcdef Шен, Sj; Вонг, Конни HY (2016). «Пробующее воспаление: роль микробиоты кишечника». Клиническая и трансляционная иммунология . 5 (4): е72. дои : 10.1038/cti.2016.12. ПМЦ 4855262 . ПМИД  27195115. 
  15. ^ Аб Ван, Хуэйин; Ли, Ин-Сон; Браун, Кристоф; Энк, Пол (2016). «Влияние пробиотиков на функции центральной нервной системы у животных и человека: систематический обзор». Журнал нейрогастроэнтерологии и моторики . 22 (4): 589–605. дои : 10.5056/jnm16018. ПМК 5056568 . ПМИД  27413138. 
  16. ^ abcdef Сирс, Синтия Л. (2005). «Динамическое партнерство: прославление нашей кишечной флоры». Анаэроб . 11 (5): 247–251. doi :10.1016/j.anaerobe.2005.05.001. ПМИД  16701579.
  17. ^ Шапира, Майкл (1 июля 2016 г.). «Кишечная микробиота и эволюция хозяина: расширение симбиоза». Тенденции в экологии и эволюции . 31 (7): 539–549. дои : 10.1016/j.tree.2016.03.006. ISSN  0169-5347. ПМИД  27039196.
  18. ^ Уокер, Алан В.; Хойлс, Лесли (август 2023 г.). «Мифы и заблуждения о микробиоме человека». Природная микробиология . 8 (8): 1392–1396. дои : 10.1038/s41564-023-01426-7 . ISSN  2058-5276. ПМИД  37524974.
  19. ^ Лозупоне, Кэтрин А.; Стомбо, Джесси И.; Гордон, Джеффри И.; Янссон, Джанет К.; Найт, Роб (2012). «Разнообразие, стабильность и устойчивость микробиоты кишечника человека». Природа . 489 (7415): 220–230. Бибкод : 2012Natur.489..220L. дои : 10.1038/nature11550. ПМЦ 3577372 . ПМИД  22972295. 
  20. ^ Цинь, Цзюньцзе; Ли, Жуйцян; Раес, Йерун; Арумугам, Маниможиян; Бургдорф, Кристоффер Солвстен; Маничан, Чайсаван; Нильсен, Трина; Понс, Николас; Левенес, Флоренция; Ямада, Такудзи; Менде, Дэниел Р.; Ли, Цзюньхуа; Сюй, Цзюньмин; Ли, Шаочуань; Ли, Дунфан; Цао, Цзяньцзюнь; Ван, Бо; Лян, Хуэйцин; Чжэн, Хуэйсун; Се, Иньлун; Тэп, Жюльен; Лепаж, Патрисия; Берталан, Марсело; Батто, Жан-Мишель; Хансен, Торбен; Ле Паслье, Дени; Линнеберг, Аллан; Нильсен, Х. Бьёрн; Пеллетье, Эрик; Рено, Пьер (2010). «Каталог генов микробов кишечника человека, созданный с помощью метагеномного секвенирования». Природа . 464 (7285): 59–65. Бибкод : 2010Natur.464...59.. doi :10.1038/nature08821. ПМЦ 3779803 . ПМИД  20203603. 
  21. ^ Шанахан, Фергус (2002). «Интерфейс хозяин-микроб в кишечнике». Передовая практика и исследования в области клинической гастроэнтерологии . 16 (6): 915–931. дои : 10.1053/bega.2002.0342. ПМИД  12473298.
  22. ^ Тап, Жюльен; Мондо, Станислас; Левенес, Флоренция; Пеллетье, Эрик; Кэрон, Кристоф; Фюре, Жан-Пьер; Угарте, Эдгардо; Муньос-Тамайо, Рафаэль; Паслье, Денис Л.Е.; Налин, Рено; Доре, Джоэл; Леклерк, Мэрион (2009). «К филогенетическому ядру кишечной микробиоты человека». Экологическая микробиология . 11 (10): 2574–2584. Бибкод : 2009EnvMi..11.2574T. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.01982.x . ПМИД  19601958.
  23. ^ Аб О'Хара, Энн М; Шанахан, Фергус (2006). «Кишечная флора как забытый орган». Отчеты ЭМБО . 7 (7): 688–693. дои : 10.1038/sj.embor.7400731. ПМК 1500832 . ПМИД  16819463. 
  24. ^ Ханна, Сахил; Тош, Притиш К (2014). «Букварь для клиницистов о роли микробиома в здоровье и заболеваниях человека». Труды клиники Мэйо . 89 (1): 107–114. дои : 10.1016/j.mayocp.2013.10.011. ПМИД  24388028.
  25. ^ Аб Цуй, Лиджия; Моррис, Элисон; Гедин, Элоди (2013). «Микобиом человека в здоровье и болезни». Геномная медицина . 5 (7): 63. дои : 10,1186/gm467 . ПМЦ 3978422 . ПМИД  23899327. 
  26. ^ Эрдоган, Аскин; Рао, Сатиш СК (2015). «Разрастание грибков в тонком кишечнике». Текущие отчеты гастроэнтерологии . 17 (4): 16. дои :10.1007/s11894-015-0436-2. PMID  25786900. S2CID  3098136.
  27. ^ Белло, Мария Г. Домингес; Найт, Роб; Гилберт, Джек А.; Блазер, Мартин Дж. (4 октября 2018 г.). «Сохранение микробного разнообразия». Наука . 362 (6410): 33–34. Бибкод : 2018Sci...362...33B. doi : 10.1126/science.aau8816. PMID  30287652. S2CID  52919917.
  28. ^ аб Арумугам, Маниможиян; Раес, Йерун; Пеллетье, Эрик; Ле Паслье, Дени; Ямада, Такудзи; Менде, Дэниел Р.; Фернандес, Габриэль Р.; Тэп, Жюльен; Брюльс, Томас; Батто, Жан-Мишель; Берталан, Марсело; Боррюэль, Наталья; Казельяс, Франческ; Фернандес, Лейден; Готье, Лоран; Хансен, Торбен; Хаттори, Масахира; Хаяси, Тецуя; Клееребезем, Михель; Курокава, Кен; Леклерк, Марион; Левенес, Флоренция; Маничан, Чайсаван; Нильсен, Х. Бьёрн; Нильсен, Трина; Понс, Николас; Пулен, Жюли; Цинь, Цзюньцзе; Зихеритц-Понтен, Томас; Тимс, Себастьян (2011). «Энтеротипы микробиома кишечника человека». Природа . 473 (7346): 174–180. Бибкод : 2011Natur.473..174.. doi :10.1038/nature09944. ПМЦ 3728647 . ПМИД  21508958. 
  29. ^ Ву, Г.Д.; Чен, Дж.; Хоффманн, К.; Биттингер, К.; Чен, Ю.-Ю.; Кейлбо, ЮАР; Беутра, М.; Найтс, Д.; Уолтерс, Вашингтон; Найт, Р.; Синха, Р.; Гилрой, Э.; Гупта, К.; Бальдассано, Р.; Нессель, Л.; Ли, Х.; Бушман, Федеральный округ; Льюис, доктор юридических наук (2011). «Связь долгосрочного режима питания с энтеротипами кишечных микробов». Наука . 334 (6052): 105–108. Бибкод : 2011Sci...334..105W. дои : 10.1126/science.1208344. ПМЦ 3368382 . ПМИД  21885731. 
  30. ↑ Циммер, Карл (20 апреля 2011 г.). «Бактерии делят людей на 3 типа, говорят ученые». Нью-Йорк Таймс . Проверено 21 апреля 2011 г. группа ученых теперь сообщает только о трех различных экосистемах в кишечнике людей, которых они изучали.
  31. ^ Найтс, Дэн; Уорд, Тоня; МакКинли, Кристофер; Миллер, Ханна; Гонсалес, Антонио; Макдональд, Дэниел; Найт, Роб (8 октября 2014 г.). «Переосмысление «Энтеротипов»». Клетка-хозяин и микроб . 16 (4): 433–437. дои : 10.1016/j.chom.2014.09.013. ПМК 5558460 . ПМИД  25299329. 
  32. ^ аб Нардоне, Г; Сравните, Д (июнь 2015 г.). «Микробиота желудка человека: пора ли переосмыслить патогенез заболеваний желудка?». Объединенный европейский гастроэнтерологический журнал . 3 (3): 255–60. дои : 10.1177/2050640614566846. ПМЦ 4480535 . ПМИД  26137299. 
  33. ^ Яо, X; Смолка, AJ (июнь 2019 г.). «Физиология париетальных клеток желудка и заболевание, вызванное Helicobacter pylori». Гастроэнтерология . 156 (8): 2158–2173. doi :10.1053/j.gastro.2019.02.036. ПМК 6715393 . ПМИД  30831083. 
  34. ^ Тодар, Кеннет (2012). «Нормальная бактериальная флора человека». Интернет-учебник по бактериологии Тодара . Проверено 25 июня 2016 г.
  35. ^ Куигли, Имонн М.М.; Кера, Родриго (2006). «Избыточный бактериальный рост в тонком кишечнике: роль антибиотиков, пребиотиков и пробиотиков». Гастроэнтерология . 130 (2): С78–90. дои : 10.1053/j.gastro.2005.11.046 . PMID  16473077. S2CID  16904501.
  36. ^ Адамс, MR; Мосс, Миссури (2007). Пищевая микробиология . дои : 10.1039/9781847557940. ISBN 978-0-85404-284-5. S2CID  241261974.
  37. ^ ab «Нормальная кишечная флора» (PDF) (слайд-шоу). 2004. Архивировано из оригинала (PDF) 26 мая 2004 г. Получено 2 января 2023 г. - через Университет Глазго.
  38. ^ Брауне А, Блаут М (2016). «Виды бактерий, участвующие в преобразовании пищевых флавоноидов в кишечнике человека». Кишечные микробы . 7 (3): 216–234. дои : 10.1080/19490976.2016.1158395. ПМЦ 4939924 . ПМИД  26963713. 
  39. ^ Аб Штайнхофф, Ю (2005). «Кто управляет толпой? Новые открытия и старые вопросы о микрофлоре кишечника». Письма по иммунологии . 99 (1): 12–16. doi :10.1016/j.imlet.2004.12.013. ПМИД  15894105.
  40. ^ abcdef Гибсон, Гленн Р. (2004). «Клетчатка и влияние на пробиотики (концепция пребиотиков)». Клинические пищевые добавки . 1 (2): 25–31. дои : 10.1016/j.clnu.2004.09.005.
  41. ^ Микель, С; Мартин, Р; Росси, О; Бермудес-Умаран, LG; Шатель, Дж. М.; Сокол, Х; Томас, М; Уэллс, Дж. М.; Ланджелла, П. (2013). «Faecalibacterium prausnitzii и здоровье кишечника человека». Современное мнение в микробиологии . 16 (3): 255–261. дои : 10.1016/j.mib.2013.06.003. ПМИД  23831042.
  42. ^ Лей, Рут Э (2010). «Ожирение и микробиом человека». Современное мнение в гастроэнтерологии . 26 (1): 5–11. дои : 10.1097/MOG.0b013e328333d751. PMID  19901833. S2CID  23329156.
  43. ^ Нэш, Андреа К; Аухтунг, Томас А; Вонг, Мэтью С; Смит, Дэниел П.; Гезелл, Джонатан Р.; Росс, Мэтью С; Стюарт, Кристофер Дж; Меткалф, Джинджер А; Музный, Донна М; Гиббс, Ричард А; Аджами, Надим Дж; Петрозино, Джозеф Ф (2017). «Кишечный микобиом здоровой когорты Проекта микробиома человека». Микробиом . 5 (1): 153. дои : 10.1186/s40168-017-0373-4 . ПМК 5702186 . ПМИД  29178920. 
  44. ^ Скарпеллини, Эмидио; Яниро, Джанлука; Аттили, Фабия; Бассанелли, Кьяра; Де Сантис, Адриано; Гасбаррини, Антонио (2015). «Микробиота кишечника и виром человека: потенциальные терапевтические последствия». Болезни пищеварения и печени . 47 (12): 1007–1012. дои : 10.1016/j.dld.2015.07.008 . ПМЦ 7185617 . ПМИД  26257129. 
  45. ^ Герритсен, Жаколин; Смидт, Хауке; Рийкерс, Гер; де Вос, Виллем (27 мая 2011 г.). «Кишечная микробиота на здоровье и болезни человека: влияние пробиотиков». Гены и питание . 6 (3): 209–240. дои : 10.1007/s12263-011-0229-7. ПМК 3145058 . ПМИД  21617937. 
  46. ^ abcdef Яцуненко, Т.; Рей, FE; Манари, MJ; Трехан, И.; Домингес-Белло, МГ; Контрерас, М.; Магрис, М.; Идальго, Г.; Бальдассано, Р.Н.; Анохин А.П.; Хит, AC; Уорнер, Б.; Ридер, Дж.; Кучински, Дж.; Капорасо, Дж.Г.; Лозупоне, Калифорния; Лаубер, К.; Клементе, Дж. К.; Найтс, Д.; Найт, Р.; Гордон, Дж.И. (2012). «Микробиом кишечника человека в зависимости от возраста и географического положения». Природа . 486 (7402): 222–227. Бибкод : 2012Natur.486..222Y. дои : 10.1038/nature11053. ПМЦ 3376388 . ПМИД  22699611. 
  47. ^ Де Филиппо, К; Кавальери, Д; Ди Паола, М; Рамазотти, М; Пулле, Ж.Б.; Массарт, С; Коллини, С; Пьераччини, Дж; Лионетти, П. (2010). «Влияние диеты на формирование микробиоты кишечника выявлено в результате сравнительного исследования у детей из Европы и сельской Африки». Труды Национальной академии наук . 107 (33): 14691–14696. Бибкод : 2010PNAS..10714691D. дои : 10.1073/pnas.1005963107 . ПМК 2930426 . ПМИД  20679230. 
  48. ^ Джонкерс, Дейзи МЭЙ (2016). «Микробные возмущения и модуляция в условиях, связанных с недостаточностью питания и мальабсорбцией». Передовая практика и исследования в области клинической гастроэнтерологии . 30 (2): 161–172. дои :10.1016/j.bpg.2016.02.006. ПМИД  27086883.
  49. ^ Миллион, Матье; Диалло, Альдиума; Рауль, Дидье (май 2017 г.). «Кишечная микробиота и недостаточность питания» (PDF) . Микробный патогенез . 106 : 127–138. doi : 10.1016/j.micpath.2016.02.003. PMID  26853753. S2CID  20381329.
  50. ^ Риттер, Марен Йоханн Хейльсков; Колте, Лилиан; Бринд, Андре; Фриис, Хенрик; Кристенсен, Вибеке Брикс (2014). «Иммунная система у детей с недостаточностью питания – систематический обзор». ПЛОС ОДИН . 9 (8): е105017. Бибкод : 2014PLoSO...9j5017R. дои : 10.1371/journal.pone.0105017 . ПМЦ 4143239 . ПМИД  25153531. 
  51. ^ аб Алкок, Джо; Мали, Карло С; Актипис, К. Афина (2014). «Управляется ли пищевое поведение желудочно-кишечной микробиотой? Эволюционное давление и потенциальные механизмы». Биоэссе . 36 (10): 940–949. doi :10.1002/bies.201400071. ПМК 4270213 . ПМИД  25103109. 
  52. ^ abc Ренсон, Одри; Херд, Памела; Дауд, Дженнифер Б. (2020). «Больные люди и больные (микробные) популяции: проблемы эпидемиологии и микробиома». Ежегодный обзор общественного здравоохранения . 41 : 63–80. doi : 10.1146/annurev-publhealth-040119-094423 . ПМЦ 9713946 . ПМИД  31635533. 
  53. ^ Туррони, Франческа; Пеано, Клелия; Пасс, Дэниел А; Форони, Елена; Севергнини, Марко; Классон, Маркус Дж; Керр, Колм; Хурихейн, Джонатан; Мюррей, Дейдра; Фулиньи, Фабио; Гемонд, Мигель; Маргольес, Абелардо; Де Беллис, Джанлука; о'Тул, Пол В.; Ван Синдерен, Доуве; Маркези, Джулиан Р.; Вентура, Марко (2012). «Разнообразие бифидобактерий в микробиоте кишечника младенцев». ПЛОС ОДИН . 7 (5): e36957. Бибкод : 2012PLoSO...736957T. дои : 10.1371/journal.pone.0036957 . ПМЦ 3350489 . ПМИД  22606315. 
  54. ^ Давенпорт, Эмили Р.; Сандерс, Джон Г.; Сон, Се Джин; Амато, Кэтрин Р.; Кларк, Эндрю Г.; Найт, Роб (27 декабря 2017 г.). «Микробиом человека в эволюции». БМК Биология . 15 (1): 127. дои : 10.1186/s12915-017-0454-7 . ISSN  1741-7007. ПМЦ 5744394 . ПМИД  29282061. 
  55. ^ Перес-Муньос, Мария Элиза; Аррьета, Мари-Клер; Рамер-Тейт, Аманда Э; Уолтер, Йенс (2017). «Критическая оценка гипотез «стерильной матки» и «внутриутробной колонизации»: последствия для исследований новаторского микробиома младенцев». Микробиом . 5 (1): 48. дои : 10.1186/s40168-017-0268-4 . ПМК 5410102 . ПМИД  28454555. 
  56. ^ Матаморос, Себастьян; Гра-Леген, Кристель; Ле Вакон, Франсуаза; Потель, Жиль; де ла Кошетьер, Мари-Франс (2013). «Развитие микробиоты кишечника у детей раннего возраста и ее влияние на здоровье». Тенденции в микробиологии . 21 (4): 167–173. дои : 10.1016/j.tim.2012.12.001. ПМИД  23332725.
  57. ^ abcdefg Мюллер, Ноэль Т.; Бакач, Элизабет; Комбеллик, Джоан; Григорян, Зоя; Домингес-Белло, Мария Г. (2015). «Развитие микробиома младенца: мама имеет значение». Тенденции молекулярной медицины . 21 (2): 109–117. doi :10.1016/j.molmed.2014.12.002. ПМЦ 4464665 . ПМИД  25578246. 
  58. ^ Хименес, Эстер; Фернандес, Леонидес; Марин, Мария Л; Мартин, Росио; Одриосола, Хуан М; Нуэно-Палоп, Кармен; Нарбад, Арьян; Оливарес, Моника; Хаус, Хорди; Родригес, Хуан М (2005). «Выделение комменсальных бактерий из пуповинной крови здоровых новорожденных, рожденных путем кесарева сечения». Современная микробиология . 51 (4): 270–274. дои : 10.1007/s00284-005-0020-3. PMID  16187156. S2CID  43438656.
  59. ^ Колладо, Мария Кармен; Раутава, Самули; Аакко, Юхани; Исолаури, Эрика; Салминен, Сеппо (2016). «Колонизация кишечника человека может быть инициирована внутриутробно отдельными микробными сообществами в плаценте и околоплодных водах». Научные отчеты . 6 : 23129. Бибкод : 2016NatSR...623129C. дои : 10.1038/srep23129. ПМЦ 4802384 . ПМИД  27001291. 
  60. ^ Хименес, Эстер; Марин, Мария Л.; Мартин, Росио; Одриосола, Хуан М.; Оливарес, Моника; Хаус, Хорди; Фернандес, Леонидес; Родригес, Хуан М. (2008). «Действительно ли меконий здоровых новорожденных стерилен?». Исследования в области микробиологии . 159 (3): 187–193. дои : 10.1016/j.resmic.2007.12.007 . ПМИД  18281199.
  61. ^ Перес-Муньос, Мария Элиза; Аррьета, Мари-Клер; Рамер-Тейт, Аманда Э; Уолтер, Йенс (2017). «Критическая оценка гипотез «стерильной матки» и «внутриутробной колонизации»: значение для исследований новаторского микробиома младенцев». Микробиом . 5 (1): 48. дои : 10.1186/s40168-017-0268-4 . ПМК 5410102 . ПМИД  28454555. 
  62. ^ Адлерберт, я; Уолд, А.Е. (2009). «Создание кишечной микробиоты у западных детей». Акта Педиатрика . 98 (2): 229–238. дои : 10.1111/j.1651-2227.2008.01060.x. PMID  19143664. S2CID  205859933.
  63. ^ «Кишечные бактерии младенцев, на которые влияет метод родоразрешения: вагинальные роды способствуют попаданию кишечных бактерий матери в кишечник ребенка» . ScienceDaily . 18 сентября 2019 года. Архивировано из оригинала 24 ноября 2021 года . Проверено 31 мая 2022 г.
  64. ^ Коппа, ГВ; Зампини, Л.; Галеацци, Т.; Габриэлли, О. (2006). «Пребиотики в грудном молоке: обзор». Болезни пищеварения и печени . 38 : С291–294. дои : 10.1016/S1590-8658(07)60013-9. ПМИД  17259094.
  65. ^ Мэди, Эман А.; Догиш, Ахмед С.; Эль-Дакрури, Валаа А.; Эльхавага, Сами Ю.; Исмаил, Ахмед; Эль-Махди, Хешам А.; Эльсакка, Эльсайед ГЭ; Эль-Хусейни, Хусейн М. (1 июля 2023 г.). «Влияние микробиоты кишечника матери на микробиом ребенка и развитие мозга». Неврологические и биоповеденческие обзоры . 150 : 105195. doi : 10.1016/j.neubiorev.2023.105195. ISSN  0149-7634. PMID  37100161. S2CID  258302702.
  66. ^ Фанаро, С; Кьеричи, Р; Геррини, П; Виги, В. (2007). «Кишечная микрофлора в раннем детстве: состав и развитие». Акта Педиатрика . 92 (441): 48–55. doi :10.1111/j.1651-2227.2003.tb00646.x. PMID  14599042. S2CID  10316311.
  67. ^ Яссур, Моран; Ватанен, Томми; Сильяндер, Хели; Хямяляйнен, Ану-Маария; Харконен, Тайна; Рюханен, Самппа Дж; Францоза, Эрик А; Вламакис, Гера; Хаттенхауэр, Кертис; Геверс, Дирк; Ландер, Эрик С; Книп, Микаэль; Ксавье, Рамник Дж (2016). «Естественная история микробиома кишечника ребенка и влияние лечения антибиотиками на разнообразие и стабильность бактериальных штаммов». Наука трансляционной медицины . 8 (343): 343ра81. doi : 10.1126/scitranslmed.aad0917. ПМК 5032909 . ПМИД  27306663. 
  68. ^ Гибсон, Греция; Роберфруа, МБ (1995). «Диетическая модуляция микробиоты толстой кишки человека: введение в концепцию пребиотиков». Журнал питания . 125 (6): 1401–1412. дои : 10.1093/jn/125.6.1401. ПМИД  7782892.
  69. ^ abcd Ван, Ян; Каспер, Ллойд Х (2014). «Роль микробиома при заболеваниях центральной нервной системы». Мозг, поведение и иммунитет . 38 : 1–12. дои : 10.1016/j.bbi.2013.12.015. ПМК 4062078 . ПМИД  24370461. 
  70. ^ Аб Юн, Мой Молодой; Ли, Кихун; Юн, Сан Сон (2014). «Защитная роль кишечных комменсальных микробов от кишечных инфекций». Журнал микробиологии . 52 (12): 983–989. дои : 10.1007/s12275-014-4655-2. PMID  25467115. S2CID  54622675.
  71. ^ Рейносо Уэбб, Синтия; Кобозиев Юрий; Ферр, Кэтрин Л; Гришэм, Мэтью Б. (2016). «Защитная и провоспалительная роль кишечных бактерий». Патофизиология . 23 (2): 67–80. doi :10.1016/j.pathophys.2016.02.002. ПМЦ 4867289 . ПМИД  26947707. 
  72. ^ Мантис, Нью-Джерси; Рол, Н; Кортези, Б. (2011). «Сложная роль секреторного IgA в иммунитете и гомеостазе слизистой оболочки кишечника». Иммунология слизистой оболочки . 4 (6): 603–611. дои : 10.1038/ми.2011.41. ПМЦ 3774538 . ПМИД  21975936. 
  73. ^ Аб Петерсон, Лэнс В.; Артис, Дэвид (2014). «Эпителиальные клетки кишечника: регуляторы барьерной функции и иммунного гомеостаза». Обзоры природы Иммунология . 14 (3): 141–153. дои : 10.1038/nri3608. PMID  24566914. S2CID  3351351.
  74. ^ аб Хонда, Кения; Литтман, Дэн Р. (2016). «Микробиота в адаптивном иммунном гомеостазе и заболеваниях». Природа . 535 (7610): 75–84. Бибкод : 2016Natur.535...75H. дои : 10.1038/nature18848. PMID  27383982. S2CID  4461492.
  75. ^ Аб Леви, М.; Таисс, Калифорния; Элинав, Э. (2016). «Метаболиты: посланники между микробиотой и иммунной системой». Гены и развитие . 30 (14): 1589–1597. дои : 10.1101/gad.284091.116. ПМЦ 4973288 . ПМИД  27474437. 
  76. ^ abcdefghi Чжан Л.С., Дэвис СС (апрель 2016 г.). «Микробный метаболизм пищевых компонентов в биоактивные метаболиты: возможности для новых терапевтических вмешательств». Геном Мед . 8 (1): 46. дои : 10.1186/s13073-016-0296-x . ПМЦ 4840492 . PMID  27102537. Lactobacillus spp. превращают триптофан в индол-3-альдегид (I3A) с помощью неидентифицированных ферментов [125]. Clostridium sporogenes превращают триптофан в IPA [6], вероятно, посредством триптофандезаминазы. ... IPA также эффективно удаляет гидроксильные радикалы. 
    Таблица 2. Микробные метаболиты: их синтез, механизмы действия и влияние на здоровье и болезни.
    Рисунок 1. Молекулярные механизмы действия индола и его метаболитов на физиологию и заболевание хозяина.
  77. ^ Викофф В.Р., Анфора А.Т., Лю Дж., Шульц П.Г., Лесли С.А., Питерс Э.К., Сиуздак Г. (март 2009 г.). «Метаболомический анализ показывает значительное влияние микрофлоры кишечника на метаболиты крови млекопитающих». Учеб. Натл. акад. наук. США . 106 (10): 3698–3703. Бибкод : 2009PNAS..106.3698W. дои : 10.1073/pnas.0812874106 . ПМЦ 2656143 . PMID  19234110. Было показано, что продукция IPA полностью зависит от присутствия микрофлоры кишечника и может быть установлена ​​путем колонизации бактерией Clostridium sporogenes . 
    Диаграмма метаболизма ИПА
  78. ^ «3-Индолпропионовая кислота». База данных метаболомов человека . Университет Альберты . Проверено 12 июня 2018 г.
  79. ^ Чаан Ю.Дж., Поггелер Б., Омар Р.А., Чейн Д.Г., Франджионе Б., Гисо Дж., Папполла М.А. (июль 1999 г.). «Мощные нейропротекторные свойства против бета-амилоида болезни Альцгеймера за счет эндогенной индольной структуры, связанной с мелатонином, индол-3-пропионовой кислоты». Ж. Биол. Хим . 274 (31): 21937–21942. дои : 10.1074/jbc.274.31.21937 . PMID  10419516. S2CID  6630247. [Индол-3-пропионовая кислота (IPA)] ранее была идентифицирована в плазме и спинномозговой жидкости человека, но ее функции неизвестны. ... В экспериментах по кинетической конкуренции с использованием агентов, улавливающих свободные радикалы, способность IPA удалять гидроксильные радикалы превышала способность мелатонина, индоламина, который считается наиболее мощным природным поглотителем свободных радикалов. В отличие от других антиоксидантов, IPA не превращался в реакционноспособные интермедиаты с прооксидантной активностью.
  80. ^ Хоппер, Кристофер П.; Де Ла Круз, леди Кимберли; Лайлс, Кристин В.; Уэрхэм, Лорен К.; Гилберт, Джек А.; Эйхенбаум, Зехава; Магеровски, Марцин; Пул, Роберт К.; Воллборн, Якоб; Ван, Бинхэ (23 декабря 2020 г.). «Роль монооксида углерода в коммуникации микробиома хозяина и кишечника». Химические обзоры . 120 (24): 13273–13311. doi : 10.1021/acs.chemrev.0c00586. ISSN  0009-2665. PMID  33089988. S2CID  224824871.
  81. ^ Райилич-Стоянович, Мирьяна; Де Вос, Виллем М. (2014). «Первые 1000 культивируемых видов желудочно-кишечной микробиоты человека». Обзоры микробиологии FEMS . 38 (5): 996–1047. дои : 10.1111/1574-6976.12075. ПМК 4262072 . ПМИД  24861948. 
  82. ^ Хилл, MJ (март 1997 г.). «Кишечная флора и синтез эндогенных витаминов». Европейский журнал профилактики рака . 6 (Приложение 1): С43–45. дои : 10.1097/00008469-199703001-00009. ISSN  0959-8278. PMID  9167138. S2CID  8740364.
  83. ^ «Микробиом». Тафтс сейчас . 17 сентября 2013 г. Проверено 9 декабря 2020 г.
  84. ^ abcde Эль-Ракаиби М, Дутил Б.Е., Ризкалла М.Р., Болей А., Коул Дж.Н., Азиз РК (июль 2014 г.). «Фармакомикробиомика: влияние изменений микробиома человека на системную фармакологию и персонализированную терапию». Омикс . 18 (7): 402–414. дои : 10.1089/omi.2014.0018. ПМК 4086029 . ПМИД  24785449. 
  85. ^ abc Cho I, Blaser MJ (март 2012 г.). «Микробиом человека: на стыке здоровья и болезни». Обзоры природы. Генетика . 13 (4): 260–270. дои : 10.1038/nrg3182. ПМЦ 3418802 . PMID  22411464. Состав микробиома варьируется в зависимости от анатомического участка (рис. 1). Главным детерминантом состава сообщества является анатомическое расположение: межличностные вариации значительны 23,24 и выше, чем временная изменчивость, наблюдаемая в большинстве мест у одного человека 25 . 
  86. ^ Хаттер Т., Гимберт С., Бушар Ф., Лапуант Ф.Дж. (2015). «Быть ​​человеком — это внутреннее чувство». Микробиом . 3 :9. дои : 10.1186/s40168-015-0076-7 . ПМЦ 4359430 . ПМИД  25774294. 
  87. ^ Кумар К., Дхок Г.В., Шарма АК, Джайсвал С.К., Шарма В.К. (январь 2019 г.). «Механистическое объяснение метаболизма амфетамина с помощью тираминоксидазы из микробиоты кишечника человека с использованием молекулярно-динамического моделирования». Журнал клеточной биохимии . 120 (7): 11206–11215. дои : 10.1002/jcb.28396. PMID  30701587. S2CID  73413138.
  88. ^ Соуза, Тьяго; Патерсон, Ронни; Мур, Ванесса; Карлссон, Андерс; Абрахамссон, Бертиль; Басит, Абдул В. (2008). «Желтокишечная микробиота как место биотрансформации лекарственных средств». Международный фармацевтический журнал . 363 (1–2): 1–25. doi : 10.1016/j.ijpharm.2008.07.009. ПМИД  18682282.
  89. ^ Хайзер, HJ; Гутенберг, Д.Б.; Чатман, К; Сирасани, Г; Бальскус, Е.П.; Тернбо, П.Дж. (2013). «Прогнозирование и управление инактивацией сердечных препаратов кишечной бактерией Eggerthella lenta». Наука . 341 (6143): 295–298. Бибкод : 2013Sci...341..295H. дои : 10.1126/science.1235872. ПМЦ 3736355 . ПМИД  23869020. 
  90. ^ аб Коппель, Ницан; Майни Рекдал, Ваю; Балскус, Эмили П. (23 июня 2017 г.). «Химическая трансформация ксенобиотиков микробиотой кишечника человека». Наука . 356 (6344). doi : 10.1126/science.aag2770. ISSN  0036-8075. ПМЦ 5534341 . ПМИД  28642381. 
  91. ^ abc Спаногианнопулос, Питер; Бесс, Элизабет Н.; Кармоди, Рэйчел Н.; Тернбо, Питер Дж. (14 марта 2016 г.). «Микробные фармацевты внутри нас: метагеномный взгляд на метаболизм ксенобиотиков». Обзоры природы Микробиология . 14 (5): 273–287. doi : 10.1038/nrmicro.2016.17. ISSN  1740-1526. ПМЦ 5243131 . ПМИД  26972811. 
  92. ^ аб Майни Рекдал, Ваю; Бесс, Элизабет Н.; Бисанц, Джордан Э.; Тернбо, Питер Дж.; Балскус, Эмили П. (14 июня 2019 г.). «Открытие и ингибирование межвидового кишечного бактериального пути метаболизма леводопы». Наука . 364 (6445). doi : 10.1126/science.aau6323. ISSN  0036-8075. ПМЦ 7745125 . ПМИД  31196984. 
  93. ^ аб Демпси, Джозеф Л.; Цуй, Джулия Юэ (19 октября 2019 г.). «Микробиом является функциональным модификатором метаболизма лекарств P450». Текущие фармакологические отчеты . 5 (6): 481–490. doi : 10.1007/s40495-019-00200-w. ISSN  2198-641X. ПМЦ 7731899 . ПМИД  33312848. 
  94. ^ Бёрнер, Удо; Эбботт, Сет; Роу, Роберт Л. (январь 1975 г.). «Метаболизм морфина и героина у человека». Обзоры метаболизма лекарств . 4 (1): 39–73. дои : 10.3109/03602537508993748. ISSN  0360-2532. ПМИД  1204496.
  95. ^ Добкин, Джей Ф.; Саха, Джнан Р.; Батлер, Винсент П.; Ной, Гарольд К.; Линденбаум, Джон (15 апреля 1983 г.). «Бактерии, инактивирующие дигоксин: идентификация во флоре кишечника человека». Наука . 220 (4594): 325–327. дои : 10.1126/science.6836275. ISSN  0036-8075. ПМИД  6836275.
  96. ^ Сахота, СС; Брэмли, премьер-министр; Мензис, И.С. (1 февраля 1982 г.). «Ферментация лактулозы кишечными бактериями». Микробиология . 128 (2): 319–325. дои : 10.1099/00221287-128-2-319 . ISSN  1350-0872. ПМИД  6804597.
  97. ^ Аб Ю, Дэ Хён; Ким, Ин Сук; Ван Ле, Ти Ким; Юнг, Иль-Хун; Ю, Хе Хён; Ким, Дон Хён (19 июня 2014 г.). «Взаимодействие ловастатина и антибиотиков, опосредованное кишечной микробиотой». Метаболизм и распределение лекарств . 42 (9): 1508–1513. дои : 10.1124/dmd.114.058354. ISSN  0090-9556. PMID  24947972. S2CID  7524335.
  98. ^ Хайзер, Генри Дж.; Гутенберг, Дэвид Б.; Чатмен, Келли; Сирасани, Гопал; Балскус, Эмили П.; Тернбо, Питер Дж. (19 июля 2013 г.). «Прогнозирование и управление инактивацией сердечных препаратов кишечной бактерией Eggerthella lenta». Наука . 341 (6143): 295–298. Бибкод : 2013Sci...341..295H. дои : 10.1126/science.1235872. ISSN  0036-8075. ПМЦ 3736355 . ПМИД  23869020. 
  99. ^ Парвез, доктор Масуд; Басит, Абдул; Джаривала, Партх Б.; Габорик, Жужанна; Кис, Эмезе; Хейворд, Скотт; Рединбо, Мэтью Р.; Прасад, Бхагват (01 июня 2021 г.). «Количественное исследование метаболизма, транспорта и активации кишечного микробиома иринотекана». Метаболизм и распределение лекарств . 49 (8): 683–693. дои : 10.1124/dmd.121.000476. ISSN  0090-9556. ПМЦ 8407663 . ПМИД  34074730. 
  100. ^ аб Соуза, Тьяго; Патерсон, Ронни; Мур, Ванесса; Карлссон, Андерс; Абрахамссон, Бертиль; Басит, Абдул В. (ноябрь 2008 г.). «Желтокишечная микробиота как место биотрансформации лекарственных средств». Международный фармацевтический журнал . 363 (1–2): 1–25. doi : 10.1016/j.ijpharm.2008.07.009. ISSN  0378-5173. ПМИД  18682282.
  101. ^ аб Коппель, Ницан; Бисанц, Джордан Э; Панделия, Мария-Эйрини; Тернбо, Питер Дж; Балскус, Эмили П. (15 мая 2018 г.). Лей, Рут Эмили (ред.). «Открытие и характеристика распространенного бактериального фермента кишечника человека, достаточного для инактивации семейства растительных токсинов». электронная жизнь . 7 : е33953. дои : 10.7554/eLife.33953 . ISSN  2050-084X. ПМЦ 5953540 . ПМИД  29761785. 
  102. ^ Александр, Джеймс Л.; Уилсон, Ян Д.; Тир, Джулиан; Маркези, Джулиан Р.; Николсон, Джереми К.; Кинросс, Джеймс М. (08 марта 2017 г.). «Модуляция кишечной микробиоты эффективности и токсичности химиотерапии». Обзоры природы Гастроэнтерология и гепатология . 14 (6): 356–365. дои : 10.1038/nrgastro.2017.20. hdl : 10044/1/77636 . ISSN  1759-5045. PMID  28270698. S2CID  9654170.
  103. ^ Брэнди, Джованни; Дабар, Жан; Райбо, Пьер; Ди Баттиста, Моника; Бридонно, Шанталь; Пизи, Анна Мария; Морселли Лабате, Антонио Мария; Панталео, Мария Аббонданса; Де Виво, Антонелло; Биаско, Гвидо (15 февраля 2006 г.). «Кишечная микрофлора и пищеварительная токсичность иринотекана у мышей». Клинические исследования рака . 12 (4): 1299–1307. doi : 10.1158/1078-0432.ccr-05-0750. ISSN  1078-0432. PMID  16489087. S2CID  26655779.
  104. ^ Ко, Ара; Де Ваддер, Филипе; Ковачева-Дачары, Петя; Бэкхед, Фредрик (июнь 2016 г.). «От пищевых волокон к физиологии хозяина: короткоцепочечные жирные кислоты как ключевые бактериальные метаболиты». Клетка . 165 (6): 1332–1345. дои : 10.1016/j.cell.2016.05.041 . ISSN  0092-8674. PMID  27259147. S2CID  8562345.
  105. ^ Конопельски, Петр; Уфнал, Марцин (14 сентября 2018 г.). «Индолы - метаболиты триптофана кишечных бактерий с фармакотерапевтическим потенциалом». Современный метаболизм лекарств . 19 (10): 883–890. дои : 10.2174/1389200219666180427164731. ISSN  1389-2002. PMID  29708069. S2CID  13979774.
  106. ^ Аб Коллинз, Стефани Л.; Стайн, Джонатан Г.; Бисанц, Джордан Э.; Окафор, К. Дениз; Паттерсон, Эндрю Д. (17 октября 2022 г.). «Желчные кислоты и микробиота кишечника: метаболические взаимодействия и влияние на заболевания». Обзоры природы Микробиология . 21 (4): 236–247. дои : 10.1038/s41579-022-00805-x. ISSN  1740-1526. PMID  36253479. S2CID  252970168.
  107. ^ Ян, Вэньцзин; Ю, Тяньмин; Хуан, Сяншэн; Билотта, Энтони Дж.; Сюй, Лейци; Лу, Яо; Сунь, Цзярен; Пан, Фан; Чжоу, Цзя; Чжан, Вэньбо; Яо, Суся; Мейнард, Крейг Л.; Сингх, Нагендра; Данн, Сара М.; Лю, Чжаньцзюй (08 сентября 2020 г.). «Регуляция короткоцепочечных жирных кислот, полученных из кишечной микробиоты, выработки иммунными клетками IL-22 и кишечного иммунитета». Природные коммуникации . 11 (1): 4457. Бибкод : 2020NatCo..11.4457Y. дои : 10.1038/s41467-020-18262-6. ISSN  2041-1723. ПМЦ 7478978 . ПМИД  32901017. 
  108. ^ Муругесан, Сельвасанкар; Нирмалкар, Хемлал; Ойо-Вадилло, Карлос; Гарсиа-Эпития, Матильда; Рамирес-Санчес, Даниэла; Гарсиа-Мена, Хайме (2 декабря 2017 г.). «Кишечный микробиом, производящий короткоцепочечные жирные кислоты и ожирение у детей». Европейский журнал клинической микробиологии и инфекционных заболеваний . 37 (4): 621–625. дои : 10.1007/s10096-017-3143-0. ISSN  0934-9723. PMID  29196878. S2CID  254132108.
  109. ^ аб Таниссери, Раджани; Уинстон, Дженесса А.; Териот, Кейси М. (июнь 2017 г.). «Подавление прорастания спор, роста и токсинной активности клинически значимых штаммов C. difficile вторичными желчными кислотами, полученными из микробиоты кишечника». Анаэроб . 45 : 86–100. doi :10.1016/j.anaerobe.2017.03.004. ISSN  1075-9964. ПМК 5466893 . ПМИД  28279860. 
  110. ^ abc Джонс, Брайан В.; Бегли, Мэр; Хилл, Колин; Гаан, генеральный директор Кормак; Маркези, Джулиан Р. (9 сентября 2008 г.). «Функциональный и сравнительный метагеномный анализ активности гидролазы желчных солей в микробиоме кишечника человека». Труды Национальной академии наук . 105 (36): 13580–13585. Бибкод : 2008PNAS..10513580J. дои : 10.1073/pnas.0804437105 . ISSN  0027-8424. ПМЦ 2533232 . ПМИД  18757757. 
  111. ^ ab Цао Х, Сюй М, Донг В, Дэн Б, Ван С, Чжан Ю, Ван С, Луо С, Ван В, Ци Ю, Гао Дж, Цао X, Ян Ф, Ван Б (июнь 2017 г.). «Вторичный дисбактериоз, вызванный желчными кислотами, способствует канцерогенезу в кишечнике». Международный журнал рака . 140 (11): 2545–2556. дои : 10.1002/ijc.30643 . ПМИД  28187526.
  112. ^ ab Бернштейн Х, Бернштейн С (январь 2023 г.). «Желчные кислоты как канцерогены в толстой кишке и других участках желудочно-кишечного тракта». Экспериментальная биология и медицина . 248 (1): 79–89. дои : 10.1177/15353702221131858. ПМЦ 9989147 . ПМИД  36408538. 
  113. ^ Майер, EA; Найт, Р; Мазманян, С.К.; Крайан, Дж. Ф.; Тиллиш, К. (2014). «Кишечные микробы и мозг: сдвиг парадигмы в неврологии». Журнал неврологии . 34 (46): 15490–15496. doi : 10.1523/JNEUROSCI.3299-14.2014. ПМЦ 4228144 . ПМИД  25392516. 
  114. ^ abc Динан, Тимоти Дж; Крайан, Джон Ф (2015). «Влияние кишечной микробиоты на мозг и поведение». Текущее мнение о клиническом питании и метаболической помощи . 18 (6): 552–558. дои : 10.1097/MCO.0000000000000221. PMID  26372511. S2CID  21424690.
  115. ^ abc Карман, Роберт Дж.; Саймон, Мэри Элис; Фернандес, Хайди; Миллер, Маргарет А.; Варфоломей, Мэри Дж. (2004). «Ципрофлоксацин в низких концентрациях нарушает колонизационную резистентность фекальной микрофлоры человека, растущей в хемостатах». Нормативная токсикология и фармакология . 40 (3): 319–326. дои :10.1016/j.yrtph.2004.08.005. ПМИД  15546686.
  116. ^ Хвас, Кристиан Лодберг; Баунволл, Саймон Марк Даль; Эрикструп, Кристиан (01 июля 2020 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты: спасительная терапия, бросающая вызов коммерческим претензиям на эксклюзивность». Электронная клиническая медицина . 24 : 100436. doi : 10.1016/j.eclinm.2020.100436. ISSN  2589-5370. ПМЦ 7334803 . ПМИД  32642633. 
  117. ^ Брандт, Лоуренс Дж.; Бороди, Томас Юлиус; Кэмпбелл, Джордана (2011). «Эндоскопическая трансплантация фекальной микробиоты». Журнал клинической гастроэнтерологии . 45 (8): 655–657. дои : 10.1097/MCG.0b013e3182257d4f . PMID  21716124. S2CID  2508836.
  118. ^ Найт, DJW; Гирлинг, К.Дж. (2003). «Кишечная флора в здоровье и болезни». Ланцет . 361 (9371): 512–519. дои : 10.1016/S0140-6736(03)13438-1 . PMID  12781578. S2CID  40683723.
  119. ^ abc Чо, И.; Яманиши, С.; Кокс, Л.; Мете, бакалавр искусств; Завадил Дж.; Ли, К.; Гао, З.; Махана, Д.; Раджу, К.; Тейтлер, И.; Ли, Х.; Алексеенко А.В.; Блазер, MJ (2012). «Антибиотики в раннем возрасте изменяют микробиом толстой кишки мышей и вызывают ожирение». Природа . 488 (7413): 621–626. Бибкод : 2012Natur.488..621C. дои : 10.1038/nature11400. ПМЦ 3553221 . ПМИД  22914093. 
  120. ^ abc Шнайдерхан, Дж; Мастер-Хантер, Т; Локк, А. (2016). «Нацеливание на кишечную флору для лечения и профилактики заболеваний». Журнал семейной практики . 65 (1): 34–38. ПМИД  26845162.
  121. ^ Бейкер, Моня (2012). «Беременность изменяет резидентные микробы кишечника». Природа . дои : 10.1038/nature.2012.11118 . S2CID  87078157.
  122. ^ Хилл, Колин; Гуарнер, Франциско; Рид, Грегор; Гибсон, Гленн Р.; Меренштейн, Дэниел Дж; Пот, Бруно; Морелли, Лоренцо; Канани, Роберто Берни; Флинт, Гарри Дж; Салминен, Сеппо; Колдер, Филип С; Сандерс, Мэри Эллен (2014). «Консенсусное заявление Международной научной ассоциации пробиотиков и пребиотиков о сфере применения и надлежащем использовании термина пробиотик». Обзоры природы Гастроэнтерология и гепатология . 11 (8): 506–514. дои : 10.1038/nrgastro.2014.66 . hdl : 2164/4189 . ПМИД  24912386.
  123. ^ Райкерс, Гер Т; Де Вос, Виллем М; Брюммер, Роберт-Ян; Морелли, Лоренцо; Кортье, Жерар; Марто, Филипп (2011). «Польза для здоровья и требования пробиотиков для здоровья: соединение науки и маркетинга». Британский журнал питания . 106 (9): 1291–1296. дои : 10.1017/S000711451100287X . ПМИД  21861940.
  124. ^ Хаткинс, Роберт В.; Крумбек, Янина А; Биндельс, Лора Б; Кани, Патрис Д; Фэйи, Джордж; Го, Ён Джун; Хамакер, Брюс; Мартенс, Эрик С; Миллс, Дэвид А; Растал, Роберт А; Воган, Элейн; Сандерс, Мэри Эллен (2016). «Пребиотики: почему определения имеют значение». Современное мнение в области биотехнологии . 37 : 1–7. doi : 10.1016/j.copbio.2015.09.001. ПМЦ 4744122 . ПМИД  26431716. 
  125. ^ Панди, Кавита. Р; Наик, Суреш. Р; Вакиль, Бабу. В (2015). «Пробиотики, пребиотики и синбиотики – обзор». Журнал пищевой науки и технологий . 52 (12): 7577–7587. дои : 10.1007/s13197-015-1921-1. ПМЦ 4648921 . ПМИД  26604335. 
  126. ^ Броек, Джеральдин; Ванденхёвель, Дитер; Клаас, Ингмар Джей-Джей; Лебир, Сара; Кикенс, Филип (2016). «Методы сушки пробиотических бактерий как важный шаг на пути к разработке новых фармацевтических препаратов» (PDF) . Международный фармацевтический журнал . 505 (1–2): 303–318. doi : 10.1016/j.ijpharm.2016.04.002. HDL : 10067/1328840151162165141 . ПМИД  27050865.
  127. ^ Слитор, Рой Д; Хилл, Колин (2009). «Рациональный дизайн улучшенных фармабиотиков». Журнал биомедицины и биотехнологии . 2009 : 275287. doi : 10.1155/2009/275287 . ПМЦ 2742647 . ПМИД  19753318. 
  128. ^ Паттерсон, Элейн; Крайан, Джон Ф; Фицджеральд, Джеральд Ф; Росс, Р. Пол; Динан, Тимоти Дж; Стэнтон, Кэтрин (2014). «Кишечная микробиота, фармабиотики, которые они производят, и здоровье хозяина». Труды Общества питания . 73 (4): 477–489. дои : 10.1017/S0029665114001426 . ПМИД  25196939.
  129. ^ «Лекарственные средства, отпускаемые без рецепта, от СРК: где мы?». 30 января 2024 г.
  130. ^ Гуандалини, Стефано; Магаццо, Джузеппе; Кьяро, Андреа; Ла Балестра, Валерия; Ди Нардо, Джованни; Гопалан, Сарат; Сибал, А.; Романо, Клаудио; Канани, Роберто Берни; Лионетти, Паоло; Сетти, Мала (июль 2010 г.). «VSL № 3 улучшает симптомы у детей с синдромом раздраженного кишечника: многоцентровое рандомизированное плацебо-контролируемое двойное слепое перекрестное исследование». Журнал детской гастроэнтерологии и питания . 51 (1): 24–30. дои : 10.1097/MPG.0b013e3181ca4d95 . PMID  20453678. S2CID  33659736.
  131. ^ Форд, Александр С; Куигли, Имонн М.М.; Лейси, Брайан Э; Лембо, Энтони Дж; Сайто, Юрий А; Шиллер, Лоуренс Р.; Соффер, Эди Э; Шпигель, Бреннан М.Р.; Моайеди, Пол (2014). «Эффективность пребиотиков, пробиотиков и синбиотиков при синдроме раздраженного кишечника и хроническом идиопатическом запоре: систематический обзор и метаанализ». Американский журнал гастроэнтерологии . 109 (10): 1547–1561, викторина 1546, 1562. doi : 10.1038/ajg.2014.202. PMID  25070051. S2CID  205100508.
  132. ^ Дюпон, Эндрю; Ричардс; Елинек, Кэтрин А; Криль, Джозеф; Рахими, Эрик; Гури, Йезаз (2014). «Систематический обзор рандомизированных контролируемых исследований пробиотиков, пребиотиков и синбиотиков при воспалительных заболеваниях кишечника». Клиническая и экспериментальная гастроэнтерология . 7 : 473–487. дои : 10.2147/CEG.S27530 . ПМЦ 4266241 . ПМИД  25525379. 
  133. ^ Ю, Ченг Гонг; Хуан, Цинь (2013). «Недавний прогресс в изучении роли микробиоты кишечника в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника». Журнал пищеварительных заболеваний . 14 (10): 513–517. дои : 10.1111/1751-2980.12087 . PMID  23848393. S2CID  26982085.
  134. ^ Левитт, Майкл Д.; Дуэйн, Уильям К. (4 мая 1972 г.). «Плавающий стул – газы против жира». Медицинский журнал Новой Англии . 286 (18): 973–975. дои : 10.1056/NEJM197205042861804. ISSN  0028-4793. ПМИД  5015442.
  135. ^ Аалам, Сайед Мохаммед Мушир; Краста, Дафна Норма; Рой, Пуджа; Миллер, А. Ли; Гамб, Скотт И.; Джонсон, Стивен; Тилль, Лиза М.; Чен, Цзюнь; Кашьяп, Пурна; Каннан, Нагараджан (27 октября 2022 г.). «Происхождение фекальной флотации причинно связано с микробной колонизацией кишечника у мышей». Научные отчеты . 12 (1): 18109. Бибкод : 2022NatSR..1218109A. дои : 10.1038/s41598-022-22626-x. ISSN  2045-2322. ПМЦ 9613883 . ПМИД  36302811. 
  136. ^ Майер, Лиза; Прутяну, Михаэла; Кун, Майкл; Целлер, Георг; Тельзеров, Аня; Андерсон, Эксин Эрин; Брочадо, Ана Рита; Фернандес, Кейт Конрад; Дозе, Хитоми; Мори, Хиротада; Патил, Киран Раошеб; Борк, Пер; Типас, Афанасий (2018). «Обширное воздействие неантибиотических препаратов на кишечные бактерии человека». Природа . 555 (7698): 623–628. Бибкод :2018Natur.555..623M. дои : 10.1038/nature25979. ПМК 6108420 . ПМИД  29555994. 
  137. ^ Клаусс, Матье; Жерар, Филипп; Моска, Алексис; Леклерк, Марион (2021). «Взаимодействие между физическими упражнениями и кишечным микробиомом в контексте здоровья и работоспособности человека». Границы в питании . 8 : 637010. дои : 10.3389/fnut.2021.637010 . ПМЦ 8222532 . ПМИД  34179053. 
  138. ^ Аб Камбой, АК; Коттер, Т.Г.; Оксентенко А.С. (2017). «Helicobacter pylori: прошлое, настоящее и будущее в менеджменте». Труды клиники Мэйо . 92 (4): 599–604. дои : 10.1016/j.mayocp.2016.11.017 . ISSN  0025-6196. ПМИД  28209367.
  139. ^ abc «Язвенная болезнь» (PDF) . Медицинский факультет Университета Джонса Хопкинса. 2013 . Проверено 21 октября 2020 г.
  140. ^ Буриш, Йохан; Джесс, Тайн; Мартинато, Маттео; Лакатос, Питер Л. (2013). «Бремя воспалительных заболеваний кишечника в Европе». Журнал Крона и колита . 7 (4): 322–337. дои : 10.1016/j.crohns.2013.01.010 . ПМИД  23395397.
  141. ^ Бландино, Дж; Интурри, Р; Лаззара, Ф; Ди Роза, М; Малагуарнера, Л. (2016). «Влияние микробиоты кишечника на сахарный диабет». Диабет и обмен веществ . 42 (5): 303–315. doi :10.1016/j.diabet.2016.04.004. ПМИД  27179626.
  142. ^ abc Буланже, Клэр Л; Невес, Ана Луиза; Шиллу, Жюльен; Николсон, Джереми К; Дюма, Марк-Эммануэль (2016). «Влияние микробиоты кишечника на воспаление, ожирение и метаболические заболевания». Геномная медицина . 8 (1): 42. дои : 10.1186/s13073-016-0303-2 . ПМК 4839080 . ПМИД  27098727. 
  143. ^ abc Арриета, Мари-Клер; Стимсма, Лия Т; Димитриу, Педро А; Торсон, Лиза; Рассел, Шеннон; Юрист-Дуч, Софи; Кузельевич, Борис; Голд, Мэтью Дж.; Бриттон, Хайди М; Лефевр, Диана Л; Суббарао, Падмаджа; Мандане, Пиуш; Беккер, Аллан; МакНэгни, Келли М; Сирс, Малкольм Р.; Коллманн, Тобиас; Мон, Уильям В.; Терви, Стюарт Э; Бретт Финли, Б (2015). «Микробные и метаболические изменения в раннем детстве влияют на риск детской астмы». Наука трансляционной медицины . 7 (307): 307ра152. doi : 10.1126/scitranslmed.aab2271 . PMID  26424567. S2CID  206687974.
  144. ^ аб Стимсма, Лия Т; Терви, Стюарт Э (2017). «Астма и микробиом: определение критического окна в раннем возрасте». Аллергия, астма и клиническая иммунология . 13 :3. дои : 10.1186/s13223-016-0173-6 . ПМК 5217603 . ПМИД  28077947. 
  145. ^ Ипчи, Каган; Алтынтопрак, Ниязи; Мулюк, Нурай Баяр; Сентюрк, Мехмет; Чинги, Джемаль (2016). «Возможные механизмы микробиома человека при аллергических заболеваниях». Европейский архив оториноларингологии . 274 (2): 617–626. дои : 10.1007/s00405-016-4058-6. PMID  27115907. S2CID  27328940.
  146. ^ Мариньо, Элиана; Ричардс, Джеймс Л.; Маклеод, Кейран Х.; и другие. (май 2017 г.). «Кишечные микробные метаболиты ограничивают частоту появления аутоиммунных Т-клеток и защищают от диабета 1 типа». Природная иммунология . 18 (5): 552–562. дои : 10.1038/ni.3713. ISSN  1529-2916. PMID  28346408. S2CID  30078908.
  147. ^ Беттелли Э., Кэрриер Ю., Гао В., Корн Т., Стром Т.Б., Оукка М., Вайнер Х.Л., Кучру В.К. (май 2006 г.). «Реципрокные пути развития генерации патогенных эффекторных TH17 и регуляторных Т-клеток». Природа . 441 (7090): 235–238. Бибкод : 2006Natur.441..235B. дои : 10.1038/nature04753. ПМИД 16648838.
  148. ^ аб Земанн, Маркус Д.; Бёмиг, Георг А.; Остеррайхер, Кристоф Х.; и другие. (декабрь 2000 г.). «Противовоспалительное действие бутирата натрия на моноциты человека: мощное ингибирование IL-12 и усиление выработки IL-10». Журнал ФАСЭБ . 14 (15): 2380–2382. doi : 10.1096/fj.00-0359fje . ISSN  0892-6638. PMID  11024006. S2CID  41553220.
  149. ^ Гао, Z; Инь, Дж; Чжан, Дж; Уорд, Р.Э; Мартин, Р.Дж.; Лефевр, М; Чефалу, WT; Йе, Дж (2009). «Бутират повышает чувствительность к инсулину и увеличивает затраты энергии у мышей». Диабет . 58 (7): 1509–1517. дои : 10.2337/db08-1637. ПМЦ 2699871 . ПМИД  19366864. 
  150. ^ Мазиди, Мохсен; Резаи, Пейман; Кенгне, Андре Паскаль; Мобархан, Маджид Гайур; Папоротники, Гордон А. (2016). «Кишечный микробиом и метаболический синдром». Диабет и метаболический синдром: клинические исследования и обзоры . 10 (2): С150–157. дои : 10.1016/j.dsx.2016.01.024. ПМИД  26916014.
  151. ^ Чен, Сяо; д'Суза, Рошан; Хонг, Сон Тшул (2013). «Роль кишечной микробиоты в оси кишечник-мозг: текущие проблемы и перспективы». Белок и клетка . 4 (6): 403–414. дои : 10.1007/s13238-013-3017-x. ПМЦ 4875553 . ПМИД  23686721. 
  152. ^ аб Мёллер, Эндрю Х.; Ли, Иньин; Нголе, Эйтель Мпуди; Ахука-Мундеке, Стив; Лонсдорф, Элизабет В.; Пьюзи, Энн Э.; Питерс, Мартина; Хан, Беатрис Х.; Охман, Ховард (18 ноября 2014 г.). «Быстрые изменения микробиома кишечника в ходе эволюции человека». Труды Национальной академии наук . 111 (46): 16431–16435. Бибкод : 2014PNAS..11116431M. дои : 10.1073/pnas.1419136111 . ISSN  0027-8424. ПМК 4246287 . ПМИД  25368157. 
  153. ^ Брюн, А. (2014). «Симбиотическое переваривание лигноцеллюлозы в кишках термитов». Обзоры природы Микробиология . 12 (3): 168–180. doi : 10.1038/nrmicro3182. PMID  24487819. S2CID  5220210.
  154. ^ аб Дитрих, К.; Кёлер, Т.; Брюн, А. (2014). «Происхождение микробиоты кишечника термитов от тараканов: закономерности в структуре бактериального сообщества отражают основные эволюционные события». Прикладная и экологическая микробиология . 80 (7): 2261–2269. Бибкод : 2014ApEnM..80.2261D. дои : 10.1128/AEM.04206-13. ПМЦ 3993134 . ПМИД  24487532. 
  155. ^ аб Микаелян, А.; Дитрих, К.; Кёлер, Т.; Поульсен, М.; Силлам-Дюссес, Д.; Брюн, А. (2015). «Диета является основным фактором, определяющим структуру бактериального сообщества в кишечнике высших термитов». Молекулярная экология . 24 (20): 5824–5895. Бибкод : 2015MolEc..24.5284M. дои : 10.1111/mec.13376. PMID  26348261. S2CID  206182668.
  156. ^ Микаелян, А.; Томпсон, К.; Хофер, М.; Брюн, А. (2016). «Детерминированная сборка сложных бактериальных сообществ в стерильных кишках тараканов». Прикладная и экологическая микробиология . 82 (4): 1256–1263. дои : 10.1128/AEM.03700-15. ПМЦ 4751828 . ПМИД  26655763. 

дальнейшее чтение

Обзор статей