Митохондрия ( мн. ч. mitochondria ) — органелла , обнаруженная в клетках большинства эукариот , таких как животные , растения и грибы . Митохондрии имеют двойную мембранную структуру и используют аэробное дыхание для генерации аденозинтрифосфата (АТФ), который используется во всей клетке в качестве источника химической энергии . [2] Они были обнаружены Альбертом фон Кёлликером в 1857 году [3] в произвольных мышцах насекомых. Термин митохондрия , означающий нитевидную гранулу, был придуман Карлом Бендой в 1898 году. Митохондрию часто называют «электростанцией клетки», фраза, популяризированная Филиппом Сикевицем в одноименной статье в Scientific American в 1957 году. [4]
Некоторые клетки в некоторых многоклеточных организмах лишены митохондрий (например, зрелые эритроциты млекопитающих). Известно, что многоклеточное животное Henneguya salminicola сохранило органеллы, связанные с митохондриями, несмотря на полную потерю митохондриального генома. [5] [6] [7] Большое количество одноклеточных организмов , таких как микроспоридии , парабазалиды и дипломонады , уменьшили или трансформировали свои митохондрии в другие структуры, [8] например, гидрогеносомы и митосомы. [9] Оксимонады Monocercomonoides , Streblomastix и Blattamonas полностью утратили свои митохондрии . [ 5 ] [ 10]
Митохондрии обычно имеют размер от 0,75 до 3 мкм2 в поперечном сечении, [11], но значительно различаются по размеру и структуре. Если их специально не окрашивать , они не видны. Помимо снабжения клеточной энергией, митохондрии участвуют в других задачах, таких как передача сигналов , клеточная дифференциация и гибель клеток , а также поддержание контроля клеточного цикла и роста клеток . [12] Биогенез митохондрий, в свою очередь, временно координируется с этими клеточными процессами. [13] [14] Митохондрии были вовлечены в несколько человеческих расстройств и состояний, таких как митохондриальные заболевания , [15] сердечная дисфункция , [16] сердечная недостаточность [17] и аутизм . [18]
Число митохондрий в клетке может сильно различаться в зависимости от организма , ткани и типа клеток. Зрелый эритроцит не имеет митохондрий, [19] тогда как клетка печени может иметь более 2000. [20] [21] Митохондрия состоит из отсеков, которые выполняют специализированные функции. Эти отсеки или области включают внешнюю мембрану, межмембранное пространство , внутреннюю мембрану , кристы и матрикс .
Хотя большая часть ДНК эукариотической клетки содержится в ядре клетки , митохондрия имеет свой собственный геном («митогеном»), который в значительной степени похож на бактериальные геномы. [22] Это открытие привело к всеобщему принятию эндосимбиотической гипотезы — о том, что свободноживущие прокариотические предки современных митохондрий навсегда слились с эукариотическими клетками в далеком прошлом, эволюционируя таким образом, что современные животные, растения, грибы и другие эукариоты способны дышать для генерации клеточной энергии . [23]
Митохондрии могут иметь ряд различных форм. [24] Митохондрия содержит внешнюю и внутреннюю мембраны, состоящие из фосфолипидных бислоев и белков . [20] Две мембраны имеют разные свойства. Из-за этой двухмембранной организации митохондрия состоит из пяти отдельных частей:
Митохондрии имеют складчатость для увеличения площади поверхности, что в свою очередь увеличивает производство АТФ (аденозинтрифосфата). Митохондрии, лишенные внешней мембраны, называются митопластами .
Внешняя митохондриальная мембрана , которая охватывает всю органеллу, имеет толщину от 60 до 75 ангстрем (Å). Она имеет соотношение белка к фосфолипиду, подобное соотношению клеточной мембраны (примерно 1:1 по весу). Она содержит большое количество интегральных мембранных белков, называемых поринами . Основным транспортным белком является порообразующий потенциал-зависимый анионный канал (VDAC). VDAC является основным транспортером нуклеотидов , ионов и метаболитов между цитозолем и межмембранным пространством. [25] [26] Она сформирована как бета-бочка , которая охватывает внешнюю мембрану, подобно тому, что находится во внешней мембране грамотрицательных бактерий . [27] Более крупные белки могут проникать в митохондрию, если сигнальная последовательность на их N-конце связывается с большим многосубъединичным белком, называемым транслоказой, во внешней мембране , который затем активно перемещает их через мембрану. [28] Митохондриальные пропротеины импортируются через специализированные транслокационные комплексы.
Внешняя мембрана также содержит ферменты, участвующие в таких разнообразных видах деятельности, как удлинение жирных кислот , окисление адреналина и деградация триптофана . Эти ферменты включают моноаминоксидазу , нечувствительную к ротенону НАДН-цитохром с-редуктазу, кинуренингидроксилазу и жирнокислотную Ко-А-лигазу . Разрушение внешней мембраны позволяет белкам в межмембранном пространстве просачиваться в цитозоль, что приводит к гибели клетки. [29] Внешняя митохондриальная мембрана может ассоциироваться с мембраной эндоплазматического ретикулума (ЭР) в структуре, называемой МАМ (митохондриально-ассоциированная ЭР-мембрана). Это важно для кальциевой сигнализации ЭР-митохондрии и участвует в переносе липидов между ЭР и митохондриями. [30] Снаружи внешней мембраны находятся небольшие (диаметром 60 Å) частицы, называемые субъединицами Парсона.
Митохондриальное межмембранное пространство — это пространство между внешней мембраной и внутренней мембраной. Оно также известно как перимитохондриальное пространство. Поскольку внешняя мембрана свободно проницаема для малых молекул, концентрации малых молекул, таких как ионы и сахара, в межмембранном пространстве такие же, как и в цитозоле . [ 20] Однако крупные белки должны иметь определенную сигнальную последовательность для транспортировки через внешнюю мембрану, поэтому белковый состав этого пространства отличается от белкового состава цитозоля . Одним из белков , который локализуется в межмембранном пространстве таким образом, является цитохром c . [29]
Внутренняя митохондриальная мембрана содержит белки с тремя типами функций: [20]
Он содержит более 151 различных полипептидов и имеет очень высокое соотношение белка к фосфолипиду (более 3:1 по весу, что составляет около 1 белка на 15 фосфолипидов). Внутренняя мембрана является домом для около 1/5 от общего количества белка в митохондрии. [31] Кроме того, внутренняя мембрана богата необычным фосфолипидом, кардиолипином . Этот фосфолипид был первоначально обнаружен в коровьем сердце в 1942 году и обычно характерен для митохондриальных и бактериальных плазматических мембран. [32] Кардиолипин содержит четыре жирные кислоты, а не две, и может помочь сделать внутреннюю мембрану непроницаемой, [20] и ее разрушение может привести к множеству клинических расстройств, включая неврологические расстройства и рак. [33] В отличие от внешней мембраны, внутренняя мембрана не содержит поринов и является высоконепроницаемой для всех молекул. Почти все ионы и молекулы требуют специальных мембранных транспортеров для входа или выхода из матрицы. Белки переправляются в матрикс через транслоказу внутренней мембраны (TIM) или через OXA1L . [28] Кроме того, существует мембранный потенциал через внутреннюю мембрану, образованный действием ферментов цепи переноса электронов . Слияние внутренних мембран опосредуется внутренним мембранным белком OPA1 . [34]
Внутренняя митохондриальная мембрана разделена на многочисленные складки, называемые кристами , которые расширяют площадь поверхности внутренней митохондриальной мембраны, повышая ее способность производить АТФ. Для типичных митохондрий печени площадь внутренней мембраны примерно в пять раз больше, чем у внешней мембраны. Это соотношение является изменчивым, и митохондрии из клеток, которые имеют большую потребность в АТФ, таких как мышечные клетки, содержат еще больше крист. Митохондрии в пределах одной и той же клетки могут иметь существенно различную плотность крист, при этом те, которые требуются для производства большего количества энергии, имеют гораздо большую поверхность кристальной мембраны. [35] Эти складки усеяны небольшими круглыми тельцами, известными как частицы F 1 или оксисомы. [36]
Матрикс — это пространство, окруженное внутренней мембраной. Он содержит около 2/3 всех белков в митохондрии. [20] Матрикс важен для производства АТФ с помощью АТФ-синтазы, содержащейся во внутренней мембране. Матрикс содержит высококонцентрированную смесь сотен ферментов, специальных митохондриальных рибосом , тРНК и нескольких копий генома митохондриальной ДНК . Из ферментов основные функции включают окисление пирувата и жирных кислот , а также цикл лимонной кислоты . [20] Молекулы ДНК упаковываются в нуклеоиды белками, одним из которых является TFAM . [37]
Наиболее важные роли митохондрий заключаются в производстве энергетической валюты клетки, АТФ (т. е. фосфорилировании АДФ ), посредством дыхания и регуляции клеточного метаболизма . [21] Центральный набор реакций, участвующих в производстве АТФ, в совокупности известен как цикл лимонной кислоты , или цикл Кребса , и окислительное фосфорилирование . Однако митохондрия имеет много других функций в дополнение к производству АТФ.
Доминирующей ролью митохондрий является производство АТФ, что отражается в большом количестве белков во внутренней мембране для этой задачи. Это делается путем окисления основных продуктов глюкозы : пирувата и НАДН , которые производятся в цитозоле. [21] Этот тип клеточного дыхания , известный как аэробное дыхание , зависит от присутствия кислорода . Когда кислород ограничен, гликолитические продукты будут метаболизироваться путем анаэробной ферментации , процесса, который не зависит от митохондрий. [21] Производство АТФ из глюкозы и кислорода имеет примерно в 13 раз более высокий выход во время аэробного дыхания по сравнению с ферментацией. [38] Растительные митохондрии также могут производить ограниченное количество АТФ либо путем расщепления сахара, произведенного во время фотосинтеза, либо без кислорода, используя альтернативный субстрат нитрит . [39] АТФ пересекает внутреннюю мембрану с помощью специфического белка , а через внешнюю мембрану — через порины . [40] После преобразования АТФ в АДФ путем дефосфорилирования , высвобождающего энергию, АДФ возвращается тем же путем.
Молекулы пирувата , полученные в результате гликолиза, активно транспортируются через внутреннюю митохондриальную мембрану и в матрикс, где они могут либо окисляться и соединяться с коферментом А с образованием CO 2 , ацетил-КоА и НАДН [21] , либо они могут быть карбоксилированы ( пируваткарбоксилазой ) с образованием оксалоацетата. Эта последняя реакция «заполняет» количество оксалоацетата в цикле лимонной кислоты и, следовательно, является анаплеротической реакцией , увеличивая способность цикла метаболизировать ацетил-КоА, когда энергетические потребности ткани (например, в мышцах ) внезапно увеличиваются из-за активности. [41]
В цикле лимонной кислоты все промежуточные продукты (например , цитрат , изоцитрат , альфа-кетоглутарат , сукцинат, фумарат , малат и оксалоацетат) регенерируются во время каждого оборота цикла. Добавление большего количества любого из этих промежуточных продуктов в митохондрию, таким образом, означает, что дополнительное количество сохраняется в цикле, увеличивая все другие промежуточные продукты, поскольку один преобразуется в другой. Следовательно, добавление любого из них в цикл имеет анаплеротический эффект, а его удаление имеет катаплеротический эффект. Эти анаплеротические и катаплеротические реакции будут в течение цикла увеличивать или уменьшать количество оксалоацетата, доступного для соединения с ацетил-КоА для образования лимонной кислоты. Это, в свою очередь, увеличивает или уменьшает скорость производства АТФ митохондрией и, таким образом, доступность АТФ для клетки. [41]
Ацетил-КоА, с другой стороны, полученный в результате окисления пирувата или бета-окисления жирных кислот , является единственным топливом, которое входит в цикл лимонной кислоты. С каждым оборотом цикла одна молекула ацетил-КоА потребляется на каждую молекулу оксалоацетата, присутствующую в митохондриальной матрице, и никогда не регенерируется. Именно окисление ацетатной части ацетил-КоА производит CO2 и воду, при этом высвобождаемая энергия улавливается в форме АТФ. [41]
В печени карбоксилирование цитозольного пирувата во внутримитохондриальный оксалоацетат является ранним этапом глюконеогенного пути, который преобразует лактат и дезаминированный аланин в глюкозу [21] [41] под влиянием высоких уровней глюкагона и/или адреналина в крови. [41] Здесь добавление оксалоацетата в митохондрию не имеет чистого анаплеротического эффекта, поскольку другой промежуточный продукт цикла лимонной кислоты (малат) немедленно удаляется из митохондрии и преобразуется в цитозольный оксалоацетат и, в конечном итоге, в глюкозу в процессе, который почти обратен гликолизу . [ 41]
Ферменты цикла лимонной кислоты расположены в митохондриальном матриксе, за исключением сукцинатдегидрогеназы , которая связана с внутренней митохондриальной мембраной как часть Комплекса II. [42] Цикл лимонной кислоты окисляет ацетил-КоА до углекислого газа и в ходе этого процесса производит восстановленные кофакторы (три молекулы НАДН и одну молекулу ФАДН 2 ), которые являются источником электронов для цепи переноса электронов , и молекулу ГТФ (которая легко превращается в АТФ). [21]
Электроны от NADH и FADH 2 переносятся к кислороду (O 2 ) и водороду (протонам) в несколько этапов через цепь переноса электронов. Молекулы NADH и FADH 2 производятся в матрице через цикл лимонной кислоты и в цитоплазме путем гликолиза . Восстановительные эквиваленты из цитоплазмы могут быть импортированы через челночную систему малат-аспартат антипортовых белков или подаваться в цепь переноса электронов с использованием челнока глицеринфосфата . [21]
Основные реакции высвобождения энергии [43] [44] , которые делают митохондрию «электростанцией клетки», происходят в белковых комплексах I, III и IV во внутренней митохондриальной мембране ( НАДН-дегидрогеназа (убихинон) , цитохром c-редуктаза и цитохром c-оксидаза ). В комплексе IV O 2 реагирует с восстановленной формой железа в цитохроме c :
высвобождая много свободной энергии [44] [43] из реагентов без разрыва связей органического топлива. Свободная энергия, затраченная на удаление электрона от Fe 2+, высвобождается в комплексе III , когда Fe 3+ цитохрома c реагирует, окисляя убихинол (QH 2 ):
Образовавшийся убихинон (Q) реагирует в комплексе I с НАДН:
Хотя реакции контролируются цепью переноса электронов, свободные электроны не входят в число реагентов или продуктов в трех показанных реакциях и, следовательно, не влияют на высвобождаемую свободную энергию, которая используется для перекачки протонов (H + ) в межмембранное пространство. Этот процесс эффективен, но небольшой процент электронов может преждевременно восстанавливать кислород, образуя активные формы кислорода, такие как супероксид . [21] Это может вызвать окислительный стресс в митохондриях и может способствовать снижению митохондриальной функции, связанной со старением. [45]
По мере увеличения концентрации протонов в межмембранном пространстве на внутренней мембране устанавливается сильный электрохимический градиент . Протоны могут возвращаться в матрицу через комплекс АТФ-синтазы , а их потенциальная энергия используется для синтеза АТФ из АДФ и неорганического фосфата (P i ). [21] Этот процесс называется хемиосмосом и был впервые описан Питером Митчеллом , [46] [47], который был удостоен Нобелевской премии по химии 1978 года за свою работу. Позднее часть Нобелевской премии по химии 1997 года была присуждена Полу Д. Бойеру и Джону Э. Уокеру за разъяснение ими механизма работы АТФ-синтазы. [48]
При определенных условиях протоны могут повторно входить в митохондриальную матрицу, не способствуя синтезу АТФ. Этот процесс известен как утечка протонов или митохондриальное разъединение и происходит из-за облегченной диффузии протонов в матрицу. Процесс приводит к высвобождению неиспользованной потенциальной энергии протонного электрохимического градиента в виде тепла. [21] Процесс опосредован протонным каналом, называемым термогенином , или UCP1 . [49] Термогенин в основном содержится в бурой жировой ткани , или буром жире, и отвечает за недрожательный термогенез. Бурая жировая ткань встречается у млекопитающих и достигает самых высоких уровней в раннем возрасте и у животных, находящихся в спячке. У людей бурая жировая ткань присутствует при рождении и уменьшается с возрастом. [49]
Синтез митохондриальных жирных кислот (mtFASII) необходим для клеточного дыхания и биогенеза митохондрий. [50] Также считается, что он играет роль посредника во внутриклеточной сигнализации из-за его влияния на уровни биоактивных липидов, таких как лизофосфолипиды и сфинголипиды . [51]
Октаноил-АЦП (C8) считается наиболее важным конечным продуктом mtFASII, который также образует исходный субстрат биосинтеза липоевой кислоты . [52] Поскольку липоевая кислота является кофактором важных митохондриальных ферментных комплексов, таких как комплекс пируватдегидрогеназы (PDC), комплекс α-кетоглутаратдегидрогеназы (OGDC), комплекс дегидрогеназы α-кетокислот с разветвленной цепью (BCKDC), а также в системе расщепления глицина (GCS), mtFASII оказывает влияние на энергетический метаболизм. [53]
Другие продукты mtFASII играют роль в регуляции митохондриальной трансляции, биогенезе кластера FeS и сборке комплексов окислительного фосфорилирования. [52]
Кроме того, с помощью mtFASII и ацилированного АПБ ацетил-КоА регулирует его потребление в митохондриях. [52]
Концентрация свободного кальция в клетке может регулировать ряд реакций и важна для передачи сигнала в клетке. Митохондрии могут временно хранить кальций , что является процессом, способствующим гомеостазу кальция в клетке. [54] [55] Их способность быстро поглощать кальций для последующего высвобождения делает их хорошими «цитозольными буферами» для кальция. [56] [57] [58] Эндоплазматический ретикулум (ЭР) является наиболее значимым местом хранения кальция, [59] и между митохондрией и ЭР существует значительное взаимодействие в отношении кальция. [60] Кальций поглощается в матрикс митохондриальным унипортером кальция на внутренней митохондриальной мембране . [61] Это в первую очередь обусловлено потенциалом митохондриальной мембраны . [55] Высвобождение этого кальция обратно внутрь клетки может происходить через белок обмена натрия и кальция или через пути «выделения кальция, вызванного кальцием». [61] Это может инициировать выбросы кальция или волны кальция с большими изменениями в мембранном потенциале. Они могут активировать ряд белков системы вторичных мессенджеров , которые могут координировать такие процессы, как высвобождение нейротрансмиттеров в нервных клетках и высвобождение гормонов в эндокринных клетках. [62]
Приток Ca 2+ в митохондриальный матрикс недавно был вовлечен в качестве механизма регулирования дыхательной биоэнергетики , позволяя электрохимическому потенциалу через мембрану временно «пульсировать» от ΔΨ-доминирования до pH-доминирования, способствуя снижению окислительного стресса . [63] В нейронах сопутствующее увеличение цитозольного и митохондриального кальция действует для синхронизации нейронной активности с митохондриальным энергетическим метаболизмом. Уровни кальция в митохондриальном матриксе могут достигать десятков микромолярных уровней, что необходимо для активации изоцитратдегидрогеназы , одного из ключевых регуляторных ферментов цикла Кребса . [64]
Была исследована связь между клеточной пролиферацией и митохондриями. Опухолевым клеткам требуется достаточное количество АТФ для синтеза биоактивных соединений, таких как липиды , белки и нуклеотиды для быстрой пролиферации. [65] Большая часть АТФ в опухолевых клетках генерируется через путь окислительного фосфорилирования (OxPhos). [66] Вмешательство в OxPhos вызывает остановку клеточного цикла , что позволяет предположить, что митохондрии играют роль в пролиферации клеток. [66] Продукция АТФ митохондриями также жизненно важна для деления и дифференциации клеток при инфекции [67] в дополнение к основным функциям в клетке, включая регуляцию объема клетки, концентрацию растворенных веществ и клеточную архитектуру. [68] [69] [70] Уровни АТФ различаются на разных стадиях клеточного цикла, что позволяет предположить, что существует связь между обилием АТФ и способностью клетки вступать в новый клеточный цикл. [71] Роль АТФ в основных функциях клетки делает клеточный цикл чувствительным к изменениям в доступности АТФ, полученного из митохондрий. [71] Изменение уровней АТФ на разных стадиях клеточного цикла подтверждает гипотезу о том, что митохондрии играют важную роль в регуляции клеточного цикла. [71] Хотя конкретные механизмы между митохондриями и регуляцией клеточного цикла не совсем понятны, исследования показали, что контрольные точки клеточного цикла с низким потреблением энергии контролируют энергетические возможности перед переходом к следующему раунду деления клетки. [12]
Запрограммированная клеточная смерть (PCD) имеет решающее значение для различных физиологических функций, включая развитие органов и клеточный гомеостаз. Она служит внутренним механизмом для предотвращения злокачественной трансформации и играет фундаментальную роль в иммунитете , помогая в противовирусной защите, устранении патогенов, воспалении и наборе иммунных клеток. [72]
Митохондрии давно известны своей центральной ролью во внутреннем пути апоптоза , форме PCD. [73] В последние десятилетия они также были идентифицированы как сигнальный узел для большей части врожденной иммунной системы . [74] Эндосимбиотическое происхождение митохондрий отличает их от других клеточных компонентов, а воздействие митохондриальных элементов на цитозоль может запускать те же пути, что и маркеры инфекции. Эти пути приводят к апоптозу , аутофагии или индукции провоспалительных генов. [75] [74]
Митохондрии способствуют апоптозу, высвобождая цитохром c , который напрямую вызывает образование апоптосом . Кроме того, они являются источником различных молекулярных паттернов, связанных с повреждением (DAMP). Эти DAMP часто распознаются теми же рецепторами распознавания паттернов (PRR), которые реагируют на молекулярные паттерны, связанные с патогенами (PAMP), во время инфекций. [76] Например, митохондриальная мтДНК напоминает бактериальную ДНК из-за отсутствия метилирования CpG и может быть обнаружена Toll-подобным рецептором 9 и cGAS . [77] Двухцепочечная РНК (dsRNA), вырабатываемая в результате двунаправленной митохондриальной транскрипции, может активировать вирусные сенсорные пути через RIG-I-подобные рецепторы . [78] Кроме того, N -формилирование митохондриальных белков , аналогичное таковому у бактериальных белков, может быть распознано формилпептидными рецепторами . [79] [80]
Обычно эти митохондриальные компоненты изолированы от остальной части клетки, но высвобождаются после проницаемости митохондриальной мембраны во время апоптоза или пассивно после повреждения митохондрий. Однако митохондрии также играют активную роль во врожденном иммунитете, высвобождая мтДНК в ответ на метаболические сигналы. [74] Митохондрии также являются местом локализации иммунных и регуляторных белков апоптоза, таких как BAX , MAVS (расположен на внешней мембране) и NLRX1 (находится в матриксе). Эти белки модулируются метаболическим статусом митохондрий и динамикой митохондрий. [74] [81] [82]
Митохондрии играют центральную роль во многих других метаболических задачах, таких как:
Некоторые функции митохондрий выполняются только в определенных типах клеток. Например, митохондрии в клетках печени содержат ферменты, которые позволяют им детоксифицировать аммиак , побочный продукт белкового метаболизма. Мутация в генах, регулирующих любую из этих функций, может привести к митохондриальным заболеваниям .
Митохондриальные белки (белки, транскрибируемые с митохондриальной ДНК) различаются в зависимости от ткани и вида. У людей из митохондрий сердца было идентифицировано 615 различных типов белков , [92] тогда как у крыс было зарегистрировано 940 белков. [93] Считается, что митохондриальный протеом динамически регулируется. [94]
Митохондрии (или родственные им структуры) встречаются у всех эукариот (за исключением Oxymonad Monocercomonoides ). [5] Хотя их обычно изображают как структуры, похожие на бобы, они образуют высокодинамичную сеть в большинстве клеток, где они постоянно подвергаются делению и слиянию . Популяция всех митохондрий данной клетки составляет хондриом. [95] Митохондрии различаются по количеству и расположению в зависимости от типа клетки. Одна митохондрия часто встречается у одноклеточных организмов, в то время как клетки печени человека имеют около 1000–2000 митохондрий на клетку, что составляет 1/5 объема клетки. [20] Содержание митохондрий в остальном схожих клеток может существенно различаться по размеру и мембранному потенциалу, [96] при этом различия возникают из-за таких источников, как неравномерное разделение при делении клетки, что приводит к внешним различиям в уровнях АТФ и последующих клеточных процессах. [97] Митохондрии можно обнаружить расположенными между миофибриллами мышц или обернутыми вокруг жгутика сперматозоида . [20] Часто они образуют сложную трехмерную разветвленную сеть внутри клетки с цитоскелетом . Связь с цитоскелетом определяет форму митохондрий, которая также может влиять на функцию: [ 98] различные структуры митохондриальной сети могут предоставлять популяции различные физические, химические и сигнальные преимущества или недостатки. [99] Митохондрии в клетках всегда распределены вдоль микротрубочек, и распределение этих органелл также коррелирует с эндоплазматическим ретикулумом . [100] Последние данные свидетельствуют о том, что виментин , один из компонентов цитоскелета, также имеет решающее значение для связи с цитоскелетом. [101]
Митохондриально-ассоциированная мембрана ЭР (МАМ) является еще одним структурным элементом, который все чаще признается за его важную роль в клеточной физиологии и гомеостазе . Когда-то считавшиеся технической загвоздкой в методах фракционирования клеток, предполагаемые загрязняющие примеси ЭР-везикул, которые неизменно появлялись в митохондриальной фракции, были повторно идентифицированы как мембранные структуры, полученные из МАМ — интерфейса между митохондриями и ЭР. [102] Физическая связь между этими двумя органеллами ранее наблюдалась на электронных микрофотографиях и совсем недавно была исследована с помощью флуоресцентной микроскопии . [102] Такие исследования оценивают, что в МАМ, которая может составлять до 20% митохондриальной внешней мембраны, ЭР и митохондрии разделены всего лишь на 10–25 нм и удерживаются вместе комплексами связывания белков. [102] [30] [103]
Очищенный MAM от субклеточного фракционирования обогащен ферментами, участвующими в обмене фосфолипидов, в дополнение к каналам, связанным с сигнализацией Ca 2+ . [102] [103] Эти намеки на важную роль MAM в регуляции клеточных липидных запасов и передаче сигнала были подтверждены, что имеет значительные последствия для клеточных явлений, связанных с митохондриями, как обсуждается ниже. MAM не только предоставил понимание механистической основы, лежащей в основе таких физиологических процессов, как внутренний апоптоз и распространение кальциевой сигнализации, но и способствует более утонченному взгляду на митохондрии. Хотя их часто рассматривают как статичные, изолированные «электростанции», захваченные для клеточного метаболизма через древнее эндосимбиотическое событие, эволюция MAM подчеркивает степень, в которой митохондрии были интегрированы в общую клеточную физиологию с тесной физической и функциональной связью с эндомембранной системой.
MAM обогащен ферментами, участвующими в биосинтезе липидов, такими как фосфатидилсеринсинтаза на поверхности ЭР и фосфатидилсериндекарбоксилаза на поверхности митохондрий. [104] [105] Поскольку митохондрии являются динамическими органеллами, постоянно подвергающимися делению и слиянию , им требуется постоянное и хорошо регулируемое снабжение фосфолипидами для целостности мембраны. [106] [107] Но митохондрии являются не только местом назначения для фосфолипидов, синтез которых они завершают; скорее, эта органелла также играет роль в межорганельном транспорте промежуточных продуктов и продуктов биосинтетических путей фосфолипидов, метаболизма церамида и холестерина и анаболизма гликосфинголипидов. [105] [107]
Такая транспортная способность зависит от MAM, которая, как было показано, облегчает перенос липидных промежуточных продуктов между органеллами. [104] В отличие от стандартного везикулярного механизма переноса липидов, данные свидетельствуют о том, что физическая близость ER и митохондриальных мембран в MAM позволяет осуществлять переворачивание липидов между противоположными бислоями. [107] Несмотря на этот необычный и, по-видимому, энергетически невыгодный механизм, такой транспорт не требует АТФ. [107] Вместо этого, как было показано, у дрожжей он зависит от мультипротеиновой связывающей структуры, называемой структурой встречи ER-митохондрии, или ERMES, хотя остается неясным, опосредует ли эта структура непосредственно перенос липидов или требуется для поддержания мембран в достаточно близком соседстве, чтобы снизить энергетический барьер для переворачивания липидов . [107] [108]
MAM также может быть частью секреторного пути, в дополнение к своей роли во внутриклеточном транспорте липидов. В частности, MAM, по-видимому, является промежуточным пунктом назначения между шероховатым ЭР и аппаратом Гольджи в пути, который приводит к сборке и секреции липопротеинов очень низкой плотности , или ЛПОНП. [105] [109] Таким образом, MAM служит критически важным метаболическим и транспортным узлом в метаболизме липидов.
Критическая роль ER в кальциевой сигнализации была признана до того, как такая роль митохондрий получила широкое признание, отчасти потому, что низкое сродство каналов Ca 2+ , локализованных на внешней митохондриальной мембране, казалось, противоречило предполагаемой способности этой органеллы реагировать на изменения внутриклеточного потока Ca 2+ . [102] [59] Но присутствие MAM разрешает это кажущееся противоречие: тесная физическая связь между двумя органеллами приводит к образованию микродоменов Ca 2+ в точках контакта, которые облегчают эффективную передачу Ca 2+ от ER к митохондриям. [102] Передача происходит в ответ на так называемые «потоки Ca 2+ », генерируемые спонтанной кластеризацией и активацией IP3R , канонического канала Ca 2+ мембраны ER . [102] [30]
Судьба этих клубов — в частности, остаются ли они ограниченными изолированными локациями или интегрируются в волны Ca 2+ для распространения по всей клетке — во многом определяется динамикой MAM. Хотя обратный захват Ca 2+ ЭР (сопутствующий его высвобождению) модулирует интенсивность клубов, тем самым в определенной степени изолируя митохондрии от высокого воздействия Ca 2+ , MAM часто служит в качестве брандмауэра, который по сути буферизует клубы Ca 2+ , действуя как сток, в который могут попадать свободные ионы, высвобождаемые в цитозоль. [102] [110] [111] Это туннелирование Ca 2+ происходит через низкоаффинный рецептор Ca 2+ VDAC1 , который, как недавно было показано, физически связан с кластерами IP3R на мембране ЭР и обогащается в MAM. [102] [30] [112] Способность митохондрий служить стоком Ca 2+ является результатом электрохимического градиента, создаваемого во время окислительного фосфорилирования, что делает туннелирование катиона экзергоническим процессом. [112] Нормальный, умеренный приток кальция из цитозоля в митохондриальный матрикс вызывает временную деполяризацию, которая корректируется откачкой протонов.
Но передача Ca 2+ не является однонаправленной; скорее, это улица с двусторонним движением. [59] Свойства насоса Ca 2+ SERCA и канала IP3R, присутствующего на мембране ER, облегчают регуляцию обратной связи, координируемую функцией MAM. В частности, клиренс Ca 2+ MAM позволяет осуществлять пространственно-временную модель сигнализации Ca 2+ , поскольку Ca 2+ изменяет активность IP3R двухфазным образом. [102] SERCA также подвержена влиянию митохондриальной обратной связи: поглощение Ca 2+ MAM стимулирует выработку АТФ, тем самым обеспечивая энергию, которая позволяет SERCA перезагружать ER Ca 2+ для непрерывного оттока Ca 2+ в MAM. [110] [112] Таким образом, MAM не является пассивным буфером для выбросов Ca 2+ ; скорее, она помогает модулировать дальнейшую сигнализацию Ca 2+ через петли обратной связи, которые влияют на динамику ER.
Регулирование высвобождения Ca 2+ в МАМ особенно важно, поскольку только определенное окно поглощения Ca 2+ поддерживает митохондрии и, следовательно, клетку в гомеостазе. Достаточная внутриорганельная сигнализация Ca 2+ необходима для стимуляции метаболизма путем активации ферментов дегидрогеназы, критически важных для потока через цикл лимонной кислоты. [113] [114] Однако, как только сигнализация Ca 2+ в митохондриях достигает определенного порога, она стимулирует внутренний путь апоптоза отчасти путем коллапса мембранного потенциала митохондрий, необходимого для метаболизма. [102] Исследования, изучающие роль про- и антиапоптотических факторов, поддерживают эту модель; например, было показано, что антиапоптотический фактор Bcl-2 взаимодействует с IP3R, снижая заполнение ЭР Ca 2+ , что приводит к снижению оттока в МАМ и предотвращению коллапса потенциала митохондриальной мембраны после апоптотических стимулов. [102] Учитывая необходимость такой тонкой регуляции сигнализации Ca 2+ , возможно, неудивительно, что нарушенная регуляция митохондриального Ca 2+ была вовлечена в несколько нейродегенеративных заболеваний, в то время как каталог опухолевых супрессоров включает несколько, которые обогащены в МАМ. [112]
Недавние достижения в идентификации связей между митохондриальными и ER-мембранами предполагают, что функция каркаса молекулярных элементов, участвующих в этом, вторична по отношению к другим, неструктурным функциям. У дрожжей ERMES, мультипротеиновый комплекс взаимодействующих ER- и митохондриальных резидентных мембранных белков, необходим для переноса липидов в MAM и является примером этого принципа. Один из его компонентов, например, также является составной частью белкового комплекса, необходимого для вставки трансмембранных бета-бочек белков в липидный бислой. [107] Однако гомолог комплекса ERMES еще не был идентифицирован в клетках млекопитающих. Другие белки, участвующие в каркасе, также имеют функции, независимые от структурного связывания в MAM; например, резидентные в ЭР и митохондриях митофузины образуют гетерокомплексы, которые регулируют количество межорганелльных контактов, хотя митофузины были впервые идентифицированы по их роли в событиях деления и слияния между отдельными митохондриями. [102] Глюкозо -связанный белок 75 (grp75) является еще одним белком с двойной функцией. В дополнение к матричному пулу grp75, часть служит шапероном, который физически связывает митохондриальные и ЭР каналы Ca 2+ VDAC и IP3R для эффективной передачи Ca 2+ в МАМ. [102] [30] Другим потенциальным связующим звеном является Sigma-1R , неопиоидный рецептор, стабилизация которого резидентного в ЭР IP3R может сохранять связь в МАМ во время реакции на метаболический стресс. [115] [116]
MAM является критическим сигнальным, метаболическим и транспортным узлом в клетке, который позволяет интегрировать ER и митохондриальную физиологию. Связь между этими органеллами не просто структурная, но и функциональная, и критически важна для общей клеточной физиологии и гомеостаза . Таким образом, MAM предлагает перспективу митохондрий, которая расходится с традиционным взглядом на эту органеллу как на статическую изолированную единицу, приспособленную клеткой для ее метаболической способности. [117] Вместо этого этот интерфейс митохондрий-ER подчеркивает интеграцию митохондрий, продукта эндосимбиотического события, в разнообразные клеточные процессы. Недавно также было показано, что митохондрии и MAM-s в нейронах закреплены на специализированных участках межклеточной коммуникации (так называемых соматических соединениях). Микроглиальные процессы контролируют и защищают нейронные функции в этих участках, и MAM-s, как предполагается, играют важную роль в этом типе контроля качества клеток. [90]
Существует две гипотезы о происхождении митохондрий: эндосимбиотическая и аутогенная . Эндосимбиотическая гипотеза предполагает, что митохондрии изначально были прокариотическими клетками, способными реализовывать окислительные механизмы, которые были невозможны для эукариотических клеток; они стали эндосимбионтами, живущими внутри эукариот. [23] [118] [119] [120] Согласно аутогенной гипотезе, митохондрии появились в результате отщепления части ДНК от ядра эукариотической клетки во время расхождения с прокариотами; эта часть ДНК была бы заключена в мембраны, через которые не могли бы проходить белки. Поскольку митохондрии имеют много общих черт с бактериями , эндосимбиотическая гипотеза является более широко принятой из двух версий. [120] [121]
Митохондрия содержит ДНК , которая организована как несколько копий одной, обычно кольцевой хромосомы . Эта митохондриальная хромосома содержит гены окислительно-восстановительных белков, таких как гены дыхательной цепи. Гипотеза CoRR предполагает, что это совместное расположение необходимо для окислительно-восстановительной регуляции. Митохондриальный геном кодирует некоторые РНК рибосом и 22 тРНК, необходимые для трансляции мРНК в белок. Кольцевая структура также обнаружена у прокариот. Протомитохондрия, вероятно , была тесно связана с Rickettsia . [122] [123] Однако точное родство предка митохондрий с альфапротеобактериями и то, была ли митохондрия сформирована одновременно с ядром или после него, остается спорным. [124] Например, было высказано предположение, что клад бактерий SAR11 имеет относительно недавнего общего предка с митохондриями, [125] в то время как филогенетический анализ показывает, что митохондрии произошли от линии Pseudomonadota , которая тесно связана с альфапротеобактериями или является их членом . [126] [127] В некоторых работах митохондрии описываются как сестринские по отношению к альфапротеобактериям, вместе образующие сестринскую группу marineproteo1, вместе образующую сестринскую группу Magnetococcidae . [128] [129] [130] [131]
Рибосомы, кодируемые митохондриальной ДНК, по размеру и структуре похожи на рибосомы бактерий. [132] Они очень похожи на бактериальные рибосомы 70S , а не на цитоплазматические рибосомы 80S , которые кодируются ядерной ДНК.
Эндосимбиотическая связь митохондрий с их клетками-хозяевами была популяризирована Линн Маргулис . [133] Эндосимбиотическая гипотеза предполагает , что митохондрии произошли от аэробных бактерий, которые каким-то образом пережили эндоцитоз другой клеткой и были включены в цитоплазму . Способность этих бактерий проводить дыхание в клетках-хозяевах, которые полагались на гликолиз и ферментацию, могла бы обеспечить значительное эволюционное преимущество. Эта симбиотическая связь, вероятно, развилась 1,7–2 миллиарда лет назад. [134] [135]
Несколько групп одноклеточных эукариот имеют только рудиментарные митохондрии или производные структуры: микроспоридии , метамонады и архамебы . [136] Эти группы появляются как самые примитивные эукариоты на филогенетических деревьях, построенных с использованием информации рРНК , которая когда-то предполагала, что они появились до возникновения митохондрий. Однако теперь известно, что это артефакт притяжения длинных ветвей : они являются производными группами и сохраняют гены или органеллы, полученные из митохондрий (например, митосомы и гидрогеносомы ). [8] Гидрогеносомы, митосомы и родственные органеллы, обнаруженные у некоторых лорицифер (например, Spinoloricus ) [137] [138] и миксозоа (например, Henneguya zschokkei ) вместе классифицируются как MRO, органеллы, связанные с митохондриями. [7] [139]
Monocercomonoides и другие оксимонады, по-видимому, полностью утратили свои митохондрии, и, по крайней мере, некоторые из митохондриальных функций теперь, по-видимому, выполняются цитоплазматическими белками. [5] [140] [10]
Митохондрии содержат свой собственный геном. Человеческий митохондриальный геном представляет собой кольцевую двухцепочечную молекулу ДНК размером около 16 килобаз . [141] Он кодирует 37 генов: 13 для субъединиц дыхательных комплексов I, III, IV и V, 22 для митохондриальной тРНК (для 20 стандартных аминокислот, плюс дополнительный ген для лейцина и серина) и 2 для рРНК (12S и 16S рРНК). [141] Одна митохондрия может содержать от двух до десяти копий своей ДНК. [142] Одна из двух нитей митохондриальной ДНК (мтДНК) имеет непропорционально более высокое соотношение более тяжелых нуклеотидов аденина и гуанина, и это называется тяжелой цепью (или цепью H), тогда как другая цепь называется легкой цепью (или цепью L). Разница в весе позволяет разделить две нити центрифугированием . мтДНК имеет один длинный некодирующий участок, известный как некодирующая область (NCR), который содержит промотор тяжелой нити (HSP) и промотор легкой нити (LSP) для транскрипции РНК, начало репликации для нити H (OriH), локализованное на нити L, три консервативных блока последовательностей (CSB 1–3) и последовательность, ассоциированную с терминацией (TAS). Начало репликации для нити L (OriL) локализовано на нити H на 11 000 п.н. ниже OriH, расположенной в кластере генов, кодирующих тРНК. [143]
Как и у прокариот, существует очень высокая доля кодирующей ДНК и отсутствие повторов. Митохондриальные гены транскрибируются как мультигенные транскрипты, которые расщепляются и полиаденилируются для получения зрелых мРНК . Большинство белков, необходимых для митохондриальной функции, кодируются генами в ядре клетки , а соответствующие белки импортируются в митохондрию. [144] Точное количество генов, кодируемых ядром и митохондриальным геномом, различается между видами. Большинство митохондриальных геномов являются кольцевыми. [145] В целом, в митохондриальной ДНК отсутствуют интроны , как в случае с человеческим митохондриальным геномом; [144] однако интроны были обнаружены в некоторых эукариотических митохондриальных ДНК, [146] таких как у дрожжей [147] и простейших , [148] включая Dictyostelium discoideum . [149] Между белок-кодирующими областями присутствуют тРНК. Гены митохондриальных тРНК имеют последовательности, отличные от ядерных тРНК, но двойники митохондриальных тРНК были обнаружены в ядерных хромосомах с высоким сходством последовательностей. [150]
У животных митохондриальный геном обычно представляет собой одну кольцевую хромосому длиной около 16 кб и имеет 37 генов. Гены, хотя и высококонсервативные, могут различаться по местоположению. Любопытно, что эта модель не встречается у человеческой платяной вши ( Pediculus humanus ). Вместо этого этот митохондриальный геном организован в 18 миникольцевых хромосомах, каждая из которых имеет длину 3–4 кб и имеет от одного до трех генов. [151] Эта модель также встречается у других сосущих вшей , но не у жующих вшей . Было показано, что рекомбинация происходит между минихромосомами.
Почти полное отсутствие генетической рекомбинации в митохондриальной ДНК делает ее полезным источником информации для изучения популяционной генетики и эволюционной биологии . [152] Поскольку вся митохондриальная ДНК наследуется как единое целое, или гаплотип , связи между митохондриальной ДНК разных людей можно представить в виде генного дерева . Модели в этих генных деревьях можно использовать для выведения эволюционной истории популяций. Классический пример этого — эволюционная генетика человека , где молекулярные часы можно использовать для определения недавней даты митохондриальной Евы . [153] [154] Это часто интерпретируется как весомая поддержка недавней экспансии современного человека из Африки . [155] Другим человеческим примером является секвенирование митохондриальной ДНК из костей неандертальца . Относительно большое эволюционное расстояние между последовательностями митохондриальной ДНК неандертальцев и современных людей было интерпретировано как доказательство отсутствия скрещивания между неандертальцами и современными людьми. [156]
Однако митохондриальная ДНК отражает только историю самок в популяции. Это можно частично преодолеть, используя отцовские генетические последовательности, такие как нерекомбинирующий регион Y-хромосомы . [155]
Недавние измерения молекулярных часов для митохондриальной ДНК [157] показали значение 1 мутации каждые 7884 года, начиная с самого последнего общего предка людей и обезьян, что согласуется с оценками частоты мутаций аутосомной ДНК (10−8 на основание на поколение) [158] .
Хотя небольшие вариации стандартного генетического кода были предсказаны ранее [159] , ни одна из них не была обнаружена до 1979 года, когда исследователи, изучающие митохондриальные гены человека , определили, что они используют альтернативный код. [160] Тем не менее, митохондрии многих других эукариот, включая большинство растений, используют стандартный код. [161] С тех пор было обнаружено много небольших вариаций, [161] включая различные альтернативные митохондриальные коды. [162] Кроме того, кодоны AUA, AUC и AUU являются допустимыми стартовыми кодонами.
Некоторые из этих различий следует рассматривать как псевдоизменения в генетическом коде из-за явления редактирования РНК , которое распространено в митохондриях. Считалось, что у высших растений CGG кодирует триптофан , а не аргинин ; однако было обнаружено, что кодон в обработанной РНК — это кодон UGG, соответствующий стандартному генетическому коду для триптофана. [163] Следует отметить, что митохондриальный генетический код членистоногих претерпел параллельную эволюцию в пределах типа, при этом некоторые организмы однозначно транслируют AGG в лизин. [164]
Митохондрии делятся путем деления митохондрий , формы бинарного деления , которая также осуществляется бактериями [165], хотя этот процесс строго регулируется эукариотической клеткой-хозяином и включает в себя связь и контакт с несколькими другими органеллами. Регуляция этого деления различается у разных эукариот. У многих одноклеточных эукариот их рост и деление связаны с клеточным циклом . Например, одна митохондрия может делиться синхронно с ядром. Этот процесс деления и сегрегации должен строго контролироваться, чтобы каждая дочерняя клетка получала по крайней мере одну митохондрию. У других эукариот (например, у млекопитающих) митохондрии могут реплицировать свою ДНК и делиться в основном в ответ на энергетические потребности клетки, а не в фазе с клеточным циклом. Когда энергетические потребности клетки высоки, митохондрии растут и делятся. Когда потребление энергии низкое, митохондрии разрушаются или становятся неактивными. В таких примерах митохондрии, по-видимому, случайным образом распределяются по дочерним клеткам во время деления цитоплазмы . Динамика митохондрий, баланс между слиянием и делением митохондрий , является важным фактором в патологиях, связанных с несколькими болезненными состояниями. [166]
Гипотеза бинарного деления митохондрий основывалась на визуализации с помощью флуоресцентной микроскопии и обычной просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ). Разрешение флуоресцентной микроскопии (≈200 нм) недостаточно для различения структурных деталей, таких как двойная митохондриальная мембрана в митохондриальном делении или даже для различения отдельных митохондрий, когда несколько из них находятся близко друг к другу. Обычная ТЭМ также имеет некоторые технические ограничения [ какие? ] при проверке митохондриального деления. Криоэлектронная томография недавно использовалась для визуализации митохондриального деления в замороженных гидратированных неповрежденных клетках. Она показала, что митохондрии делятся почкованием. [167]
Митохондриальные гены индивидуума наследуются только от матери, за редкими исключениями. [168] У людей, когда яйцеклетка оплодотворяется сперматозоидом, митохондрии, а следовательно, и митохондриальная ДНК, обычно происходят только из яйцеклетки. Митохондрии сперматозоида проникают в яйцеклетку, но не передают генетическую информацию эмбриону. [169] Вместо этого отцовские митохондрии помечаются убиквитином , чтобы выбрать их для последующего разрушения внутри эмбриона . [170] Яйцеклетка содержит относительно мало митохондрий, но эти митохондрии делятся, чтобы заселить клетки взрослого организма. Этот режим наблюдается у большинства организмов, включая большинство животных. Однако митохондрии у некоторых видов иногда могут наследоваться по отцовской линии. Это норма среди некоторых хвойных растений, хотя не у сосен и тисов . [171] У Mytilids отцовское наследование происходит только среди самцов этого вида. [172] [173] [174] Было высказано предположение, что у людей оно встречается на очень низком уровне. [175]
Однородительское наследование приводит к малой возможности для генетической рекомбинации между различными линиями митохондрий, хотя одна митохондрия может содержать 2–10 копий своей ДНК. [142] Та рекомбинация, которая действительно имеет место, поддерживает генетическую целостность, а не поддерживает разнообразие. Однако есть исследования, показывающие доказательства рекомбинации в митохондриальной ДНК. Очевидно, что ферменты, необходимые для рекомбинации, присутствуют в клетках млекопитающих. [176] Кроме того, данные свидетельствуют о том, что митохондрии животных могут подвергаться рекомбинации. [177] Данные более противоречивы в отношении людей, хотя косвенные доказательства рекомбинации существуют. [178] [179]
Можно ожидать, что сущности, подвергающиеся однородительскому наследованию и практически не имеющие рекомбинации, будут подвержены храповику Мюллера , накоплению вредных мутаций до тех пор, пока функциональность не будет утрачена. Популяции животных митохондрий избегают этого накопления с помощью процесса развития, известного как бутылочное горлышко мтДНК . Бутылочное горлышко использует стохастические процессы в клетке для увеличения межклеточной изменчивости мутантной нагрузки по мере развития организма: одна яйцеклетка с некоторой долей мутантной мтДНК, таким образом, производит эмбрион, в котором разные клетки имеют разные мутантные нагрузки. Затем отбор на уровне клеток может действовать, чтобы удалить те клетки с большим количеством мутантной мтДНК, что приводит к стабилизации или снижению мутантной нагрузки между поколениями. Механизм, лежащий в основе этого узкого места, обсуждается [180] [181] [182], при этом недавнее математическое и экспериментальное метаисследование предоставило доказательства комбинации случайного разделения мтДНК при делении клеток и случайного оборота молекул мтДНК внутри клетки. [183]
Митохондрии могут восстанавливать окислительные повреждения ДНК с помощью механизмов, аналогичных тем, которые происходят в ядре клетки . Белки, используемые в восстановлении мтДНК , кодируются ядерными генами и транслоцируются в митохондрии. Пути восстановления ДНК в митохондриях млекопитающих включают восстановление путем удаления оснований , восстановление двухцепочечных разрывов, прямое обращение и восстановление несоответствий . [184] [185] В качестве альтернативы, повреждение ДНК можно обойти, а не восстановить, с помощью синтеза транслезии.
Из нескольких процессов репарации ДНК в митохондриях наиболее полно изучен путь репарации эксцизионной репарации оснований. [185] Репарация эксцизионной репарации оснований осуществляется последовательностью ферментативно-катализируемых этапов, которые включают распознавание и иссечение поврежденного основания ДНК, удаление полученного абазического участка, обработку концов, заполнение пробелов и лигирование. Распространенным повреждением в мтДНК, которое восстанавливается путем репарации эксцизионной репарации оснований, является 8-оксогуанин, образующийся при окислении гуанина . [186]
Двухцепочечные разрывы могут быть восстановлены путем гомологичной рекомбинационной репарации как в мтДНК млекопитающих [187] , так и в мтДНК растений. [188] Двухцепочечные разрывы в мтДНК также могут быть восстановлены путем микрогомологичного соединения концов . [189] Хотя имеются данные о процессах репарации прямого обратного и репарации несоответствий в мтДНК, эти процессы недостаточно хорошо охарактеризованы. [185]
Некоторые организмы полностью утратили митохондриальную ДНК. В этих случаях гены, кодируемые митохондриальной ДНК, были утеряны или перенесены в ядро. [141] У Cryptosporidium есть митохондрии, в которых отсутствует какая-либо ДНК, предположительно потому, что все их гены были утеряны или перенесены. [190] У Cryptosporidium митохондрии имеют измененную систему генерации АТФ , которая делает паразита устойчивым ко многим классическим митохондриальным ингибиторам, таким как цианид , азид и атовакуон . [190] Митохондрии, в которых отсутствует собственная ДНК, были обнаружены у морского паразитического динофлагеллята из рода Amoebophyra . Этот микроорганизм, A. cerati , имеет функциональные митохондрии, в которых отсутствует геном. [191] У родственных видов митохондриальный геном по-прежнему содержит три гена, но у A. cerati обнаружен только один митохондриальный ген — ген цитохром с оксидазы I ( cox1 ), и он переместился в геном ядра. [192]
Повреждение и последующая дисфункция митохондрий являются важным фактором в ряде заболеваний человека из-за их влияния на метаболизм клеток. Митохондриальные нарушения часто проявляются в виде неврологических расстройств, включая аутизм . [18] Они также могут проявляться в виде миопатии , диабета , множественной эндокринопатии и множества других системных расстройств. [193] Заболевания, вызванные мутацией в мтДНК, включают синдром Кернса-Сейра , синдром MELAS и наследственную оптическую нейропатию Лебера . [194] В подавляющем большинстве случаев эти заболевания передаются от женщины ее детям, поскольку зигота получает свои митохондрии и, следовательно, свою мтДНК из яйцеклетки. Считается, что такие заболевания, как синдром Кернса-Сейра, синдром Пирсона и прогрессирующая наружная офтальмоплегия, вызваны крупномасштабными перестройками мтДНК, тогда как другие заболевания, такие как синдром MELAS, наследственная оптическая нейропатия Лебера, синдром MERRF и другие, вызваны точечными мутациями в мтДНК. [193]
Также сообщалось, что раковые клетки, устойчивые к лекарственным препаратам, имеют увеличенное количество и размер митохондрий, что предполагает увеличение митохондриального биогенеза. [195] Исследование 2022 года в Nature Nanotechnology сообщило, что раковые клетки могут захватывать митохондрии у иммунных клеток с помощью физических туннельных нанотрубок. [196]
При других заболеваниях дефекты ядерных генов приводят к дисфункции митохондриальных белков. Это имеет место при атаксии Фридрейха , наследственной спастической параплегии и болезни Вильсона . [197] Эти заболевания наследуются по принципу доминирования , как и большинство других генетических заболеваний. Различные расстройства могут быть вызваны ядерными мутациями ферментов окислительного фосфорилирования, такими как дефицит кофермента Q10 и синдром Барта . [193] Влияние окружающей среды может взаимодействовать с наследственной предрасположенностью и вызывать митохондриальные заболевания. Например, может существовать связь между воздействием пестицидов и более поздним началом болезни Паркинсона . [198] [199] Другие патологии с этиологией, связанной с дисфункцией митохондрий, включают шизофрению , биполярное расстройство , деменцию , болезнь Альцгеймера , [200] [201] болезнь Паркинсона, эпилепсию , инсульт , сердечно-сосудистые заболевания , миалгический энцефаломиелит/синдром хронической усталости (МЭ/СХУ), пигментный ретинит и сахарный диабет . [202] [203]
Окислительный стресс, опосредованный митохондриями, играет роль в кардиомиопатии у больных диабетом 2 типа . Увеличение доставки жирных кислот в сердце увеличивает поглощение жирных кислот кардиомиоцитами, что приводит к увеличению окисления жирных кислот в этих клетках. Этот процесс увеличивает восстановительные эквиваленты, доступные для цепи переноса электронов митохондрий, в конечном итоге увеличивая выработку активных форм кислорода (ROS). ROS увеличивают разобщающие белки (UCP) и усиливают утечку протонов через транслокатор адениновых нуклеотидов (ANT), комбинация которых разобщает митохондрии. Затем разобщение увеличивает потребление кислорода митохондриями, усугубляя увеличение окисления жирных кислот. Это создает порочный цикл разобщения; кроме того, даже несмотря на увеличение потребления кислорода, синтез АТФ не увеличивается пропорционально, поскольку митохондрии разобщаются. Меньшая доступность АТФ в конечном итоге приводит к дефициту энергии, проявляющемуся в снижении эффективности работы сердца и сократительной дисфункции. Чтобы усугубить проблему, нарушенное высвобождение кальция саркоплазматическим ретикулумом и сниженный митохондриальный обратный захват ограничивают пиковые цитозольные уровни важного сигнального иона во время сокращения мышц. Сниженная внутримитохондриальная концентрация кальция увеличивает активацию дегидрогеназы и синтез АТФ. Таким образом, в дополнение к снижению синтеза АТФ из-за окисления жирных кислот, синтез АТФ также нарушается из-за плохой сигнализации кальция, что приводит к проблемам с сердцем у диабетиков. [204]
Митохондрии также модулируют такие процессы, как развитие соматических клеток яичек, дифференцировка сперматогониальных стволовых клеток, закисление просвета, выработка тестостерона в яичках и многое другое. Таким образом, дисфункция митохондрий в сперматозоидах может быть причиной бесплодия. [205]
В целях борьбы с митохондриальными заболеваниями была разработана митохондриальная заместительная терапия (МЗТ). Эта форма экстракорпорального оплодотворения использует донорские митохондрии, что позволяет избежать передачи заболеваний, вызванных мутациями митохондриальной ДНК. [206] Однако эта терапия все еще исследуется и может вводить генетическую модификацию, а также проблемы безопасности. Эти заболевания редки, но могут быть чрезвычайно изнурительными и прогрессирующими заболеваниями, тем самым ставя сложные этические вопросы для государственной политики. [207]
Может иметь место некоторая утечка электронов , переносимых в дыхательной цепи, для образования активных форм кислорода . Считалось, что это приводит к значительному окислительному стрессу в митохондриях с высокой скоростью мутаций митохондриальной ДНК. [208] Предполагаемые связи между старением и окислительным стрессом не новы и были предложены в 1956 году, [209] которые позже были уточнены в митохондриальную теорию свободнорадикального старения . [210] Считалось, что возникает порочный круг, поскольку окислительный стресс приводит к мутациям митохондриальной ДНК, которые могут привести к ферментативным аномалиям и дальнейшему окислительному стрессу.
В процессе старения в митохондриях может происходить ряд изменений. [211] Ткани пожилых людей демонстрируют снижение ферментативной активности белков дыхательной цепи. [212] Однако мутировавшая мтДНК может быть обнаружена только в примерно 0,2% очень старых клеток. [213] Предполагается, что крупные делеции в митохондриальном геноме приводят к высоким уровням окислительного стресса и гибели нейронов при болезни Паркинсона . [214] Было также показано, что митохондриальная дисфункция возникает при боковом амиотрофическом склерозе . [215] [216]
Поскольку митохондрии играют ключевую роль в функции яичников, обеспечивая АТФ, необходимую для развития от зародышевого пузырька до зрелого ооцита , сниженная функция митохондрий может привести к воспалению, что приводит к преждевременной недостаточности яичников и ускоренному старению яичников. Возникающая в результате дисфункция затем отражается в количественном (например, число копий мтДНК и делеции мтДНК), качественном (например, мутации и разрывы нитей) и окислительном повреждении (например, дисфункциональные митохондрии из-за ROS), которые не только имеют отношение к старению яичников, но и нарушают перекрестные помехи ооцита и кумулюса в яичнике, связаны с генетическими нарушениями (например, ломкая X-хромосома) и могут мешать отбору эмбрионов. [217]
Первые наблюдения внутриклеточных структур, которые, вероятно, представляли собой митохондрии, были опубликованы в 1857 году физиологом Альбертом фон Колликером . [218] [219] В 1890 году Рихард Альтманн установил, что они являются клеточными органеллами и назвал их «биобластами». [219] [220] В 1898 году Карл Бенда ввел термин «митохондрии» от греческого μίτος , mitos , «нить», и χονδρίον , chondrion , «гранула». [221] [219] [222] Леонор Михаэлис обнаружила, что Янус зеленый может быть использован в качестве суправитального красителя для митохондрий в 1900 году. [223] В 1904 году Фридрих Мевес сделал первое зарегистрированное наблюдение митохондрий в растениях в клетках белой кувшинки, Nymphaea alba , [219] [224] и в 1908 году вместе с Клавдием Рего предположил, что они содержат белки и липиды. Бенджамин Ф. Кингсбери в 1912 году впервые связал их с клеточным дыханием, но почти исключительно основываясь на морфологических наблюдениях. [225] [219] В 1913 году Отто Генрих Варбург связал дыхание с частицами, которые он получил из экстрактов печени морской свинки и которые он назвал «грана». [226] Варбург и Генрих Отто Виланд , которые также постулировали подобный механизм частиц, не согласились с химической природой дыхания. Только в 1925 году, когда Дэвид Кейлин открыл цитохромы , была описана дыхательная цепь . [219]
В 1939 году эксперименты с использованием измельченных мышечных клеток продемонстрировали, что клеточное дыхание с использованием одной молекулы кислорода может образовывать четыре молекулы аденозинтрифосфата (АТФ), а в 1941 году Фриц Альберт Липманн разработал концепцию фосфатных связей АТФ как формы энергии в клеточном метаболизме . В последующие годы механизм клеточного дыхания был дополнительно разработан, хотя его связь с митохондриями не была известна. [219] Введение фракционирования тканей Альбертом Клодом позволило изолировать митохондрии от других клеточных фракций и проводить биохимический анализ только на них. В 1946 году он пришел к выводу, что цитохромоксидаза и другие ферменты, ответственные за дыхательную цепь, были выделены из митохондрий. Юджин Кеннеди и Альберт Ленингер обнаружили в 1948 году, что митохондрии являются местом окислительного фосфорилирования у эукариот. Со временем метод фракционирования был усовершенствован, что позволило улучшить качество изолированных митохондрий, а также были определены другие элементы клеточного дыхания , происходящие в митохондриях. [219]
Первые электронные микрофотографии высокого разрешения появились в 1952 году, заменив окрашивание Янусом Грином в качестве предпочтительного способа визуализации митохондрий. [219] Это привело к более детальному анализу структуры митохондрий, включая подтверждение того, что они окружены мембраной. Также была показана вторая мембрана внутри митохондрий, которая складывалась в гребни, разделяющие внутреннюю камеру, и что размер и форма митохондрий варьировались от клетки к клетке.
Популярный термин «электростанция клетки» был придуман Филиппом Сикевицем в 1957 году. [4] [227]
В 1967 году было обнаружено, что митохондрии содержат рибосомы . [228] В 1968 году были разработаны методы картирования митохондриальных генов, а генетическая и физическая карта митохондриальной ДНК дрожжей была завершена в 1976 году. [219]
Таким образом, митохондриальный биогенез определяется как процесс, посредством которого клетки увеличивают свою индивидуальную митохондриальную массу [3]. ... Митохондриальный биогенез происходит путем роста и деления уже существующих органелл и временно координируется с событиями клеточного цикла [1].
Митохондриальный биогенез (МБ) является основным механизмом, с помощью которого клетки контролируют количество митохондрий.
стр. 344: Немного удивительно, что организмы с несколько разными кодами не сосуществуют.Дальнейшее обсуждение Архивировано 3 сентября 2011 г. на Wayback Machine .
Общий