stringtranslate.com

Вирус

Вирус это субмикроскопический инфекционный агент , который размножается только внутри живых клеток организма . [1] Вирусы заражают все формы жизни , от животных и растений до микроорганизмов , включая бактерии и археи . [2] [3] Вирусы встречаются почти в каждой экосистеме на Земле и являются наиболее многочисленным типом биологической сущности. [4] [5] Со времени статьи Дмитрия Ивановского 1892 года, описывающей небактериальный патоген, заражающий растения табака, и открытия вируса табачной мозаики Мартинусом Бейеринком в 1898 году, [6] : 4  более 11 000 из миллионов видов вирусов были подробно описаны. [7] [8] Изучение вирусов известно как вирусология , узкая специальность микробиологии .

При заражении клетка-хозяин часто вынуждена быстро производить тысячи копий исходного вируса. Когда вирусы не находятся внутри инфицированной клетки или в процессе заражения клетки, они существуют в форме независимых вирусных частиц, или вирионов , состоящих из (i) генетического материала , т. е. длинных молекул ДНК или РНК , которые кодируют структуру белков, с помощью которых действует вирус; (ii) белковой оболочки, капсида , которая окружает и защищает генетический материал; и в некоторых случаях (iii) внешней оболочки из липидов . Формы этих вирусных частиц варьируются от простых спиральных и икосаэдрических форм до более сложных структур. У большинства видов вирусов вирионы слишком малы, чтобы их можно было увидеть с помощью оптического микроскопа , и составляют одну сотую размера большинства бактерий.

Происхождение вирусов в эволюционной истории жизни до сих пор неясно. Некоторые вирусы могли произойти от плазмид , которые представляют собой фрагменты ДНК, которые могут перемещаться между клетками. Другие вирусы могли произойти от бактерий. В эволюции вирусы являются важным средством горизонтального переноса генов , который увеличивает генетическое разнообразие способом, аналогичным половому размножению . [9] Некоторые биологи считают вирусы формой жизни, потому что они переносят генетический материал, размножаются и развиваются посредством естественного отбора , хотя у них отсутствуют некоторые ключевые характеристики, такие как клеточная структура, которые обычно считаются необходимыми критериями для определения жизни. Поскольку они обладают некоторыми, но не всеми такими качествами, вирусы были описаны как «организмы на грани жизни» [10] и как репликаторы . [11]

Вирусы распространяются многими способами. Один из путей передачи — через болезнетворные организмы, известные как переносчики : например, вирусы часто передаются от растения к растению насекомыми, которые питаются соком растений , такими как тля ; а вирусы у животных могут переноситься кровососущими насекомыми. Многие вирусы распространяются по воздуху при кашле и чихании, включая вирусы гриппа , SARS-CoV-2 , ветряной оспы , оспы и кори . Норовирус и ротавирус , распространенные причины вирусного гастроэнтерита , передаются фекально-оральным путем , через руки в рот или через пищу или воду. Инфекционная доза норовируса, необходимая для заражения человека, составляет менее 100 частиц. [12] ВИЧ — один из нескольких вирусов, передаваемых половым путем и при контакте с инфицированной кровью. Разнообразие клеток-хозяев, которые может инфицировать вирус, называется его кругом хозяев : он узок для вирусов, специализирующихся на заражении только нескольких видов, или широк для вирусов, способных инфицировать многие виды. [13] : 123–124 

Вирусные инфекции у животных вызывают иммунный ответ , который обычно устраняет заражающий вирус. Иммунные ответы также могут быть вызваны вакцинами , которые обеспечивают искусственно приобретенный иммунитет к определенной вирусной инфекции. Некоторые вирусы, включая те, которые вызывают ВИЧ/СПИД , инфекцию ВПЧ и вирусный гепатит , избегают этих иммунных ответов и приводят к хроническим инфекциям. Было разработано несколько классов противовирусных препаратов .

Этимология

Английское слово «virus» происходит от латинского vīrus , которое относится к яду и другим ядовитым жидкостям. Vīrus происходит от того же индоевропейского корня, что и санскритское viṣa , авестийское vīša и древнегреческое ἰός ( iós ), которые все означают «яд». Первое засвидетельствованное использование «virus» на английском языке появилось в 1398 году в переводе Иоанна Тревизы « De Proprietatibus Rerum » Варфоломея Англикского . [14] [15] Virulent , от латинского virulentus ('ядовитый'), датируется примерно 1400  годом . [16] [17] Значение фразы «агент, вызывающий инфекционное заболевание» впервые зафиксировано в 1728 году [15] , задолго до открытия вирусов Дмитрием Ивановским в 1892 году. Множественное число в английском языке — viruss (иногда также vira ), [18] тогда как латинское слово — неисчисляемое существительное , которое не имеет классически подтвержденного множественного числа ( vīra используется в неолатинском языке [19] ). Прилагательное virus относится к 1948 году [20] Термин virion (множественное число virions ), который относится к 1959 году [21], также используется для обозначения одной вирусной частицы, которая высвобождается из клетки и способна заражать другие клетки того же типа. [22]

Происхождение

Вирусы встречаются везде, где есть жизнь, и, вероятно, существуют с тех пор, как впервые появились живые клетки . [23] Происхождение вирусов неясно, поскольку они не образуют окаменелостей, поэтому для того, чтобы сделать вывод об их возникновении, используются молекулярные методы . [24] Кроме того, вирусный генетический материал иногда интегрируется в зародышевую линию организмов-хозяев, посредством чего он может передаваться вертикально потомству хозяина в течение многих поколений. Это дает палеовирусологам бесценный источник информации для отслеживания древних вирусов, которые существовали еще миллионы лет назад.

Существуют три основные гипотезы, которые пытаются объяснить происхождение вирусов: [25]

Регрессивная гипотеза
Вирусы могли быть когда-то маленькими клетками, паразитирующими на более крупных клетках. Со временем гены, не необходимые для их паразитизма, были утрачены. Бактерии риккетсии и хламидии — это живые клетки, которые, как и вирусы, могут размножаться только внутри клеток-хозяев. Они подтверждают эту гипотезу, поскольку их зависимость от паразитизма, вероятно, привела к потере генов, которые позволили им выживать вне клетки. Это также называется «гипотезой вырождения», [6] : 16  [26] : 11  или «гипотезой редукции». [27] : 24 
Гипотеза клеточного происхождения
Некоторые вирусы могли эволюционировать из фрагментов ДНК или РНК, которые «сбежали» из генов более крупного организма. Сбежавшая ДНК могла произойти из плазмид (фрагментов голой ДНК, которые могут перемещаться между клетками) или транспозонов (молекул ДНК, которые реплицируются и перемещаются в разные позиции внутри генов клетки). [13] : 810  Транспозоны, которые когда-то называли «прыгающими генами», являются примерами мобильных генетических элементов и могут быть источником некоторых вирусов. Они были обнаружены в кукурузе Барбарой МакКлинток в 1950 году. [28] Иногда это называют «гипотезой бродяжничества», [6] : 16  [26] : 11–12  или «гипотезой побега». [27] : 24 
Гипотеза коэволюции
Это также называется «гипотезой о первом вирусе» [27] : 24  и предполагает, что вирусы могли развиться из сложных молекул белка и нуклеиновой кислоты в то же время, когда клетки впервые появились на Земле, и зависели от клеточной жизни в течение миллиардов лет. Вироиды — это молекулы РНК, которые не классифицируются как вирусы, поскольку у них отсутствует белковая оболочка. Они обладают характеристиками, общими для нескольких вирусов, и их часто называют субвирусными агентами . [6] : 55  Вироиды — важные патогены растений. [13] : 791  Они не кодируют белки, но взаимодействуют с клеткой-хозяином и используют аппарат хозяина для своей репликации. [29] Вирус гепатита дельта человека имеет РНК- геном, похожий на вироиды, но имеет белковую оболочку, полученную из вируса гепатита В, и не может производить свою собственную. Следовательно, это дефектный вирус. Хотя геном вируса гепатита дельта может реплицироваться независимо внутри клетки-хозяина, ему требуется помощь вируса гепатита В для обеспечения белковой оболочки, чтобы он мог передаваться новым клеткам. [13] : 460  Аналогичным образом вирофаг-спутник зависит от мимивируса , который заражает простейшее Acanthamoeba castellanii . [30] Эти вирусы, которые зависят от присутствия других видов вирусов в клетке-хозяине, называются « сателлитами » и могут представлять собой эволюционные промежуточные звенья вироидов и вирусов. [26] : 777  > [6] : 55–57 

В прошлом со всеми этими гипотезами были проблемы: регрессивная гипотеза не объясняла, почему даже самые маленькие из клеточных паразитов никоим образом не похожи на вирусы. Гипотеза побега не объясняла сложные капсиды и другие структуры на вирусных частицах. Гипотеза о том, что вирусы являются первыми, противоречила определению вирусов, поскольку им требуются клетки-хозяева. [27] : 24  В настоящее время вирусы признаются древними и имеющими происхождение, которое предшествовало расхождению жизни на три домена . [27] : 28  Это открытие заставило современных вирусологов пересмотреть и переоценить эти три классические гипотезы. [27] : 28 

Доказательства предкового мира РНК- клеток [27] : 26  и компьютерный анализ вирусных и хозяйских последовательностей ДНК дают лучшее понимание эволюционных отношений между различными вирусами и могут помочь идентифицировать предков современных вирусов. На сегодняшний день такие анализы не доказали, какая из этих гипотез верна. [27] : 26  Кажется маловероятным, что все известные в настоящее время вирусы имеют общего предка, и вирусы, вероятно, возникали много раз в прошлом одним или несколькими механизмами. [31]

Микробиология

Открытие

Первые доказательства существования вирусов были получены в ходе экспериментов с фильтрами, поры которых были достаточно малы, чтобы удерживать бактерии. В 1892 году Дмитрий Ивановский использовал один из таких фильтров, чтобы показать, что сок из больного растения табака оставался инфекционным для здоровых растений табака, несмотря на фильтрацию. Мартинус Бейеринк назвал отфильтрованное инфекционное вещество «вирусом», и это открытие считается началом вирусологии. Последующее открытие и частичная характеристика бактериофагов Фредериком Твортом и Феликсом д'Эреллем еще больше стимулировали эту область, и к началу 20-го века было обнаружено много вирусов. В 1926 году Томас Милтон Риверс определил вирусы как облигатных паразитов. Венделл Мередит Стэнли продемонстрировал, что вирусы являются частицами, а не жидкостью, а изобретение электронного микроскопа в 1931 году позволило визуализировать их сложные структуры. [32]

Свойства жизни

Научные мнения расходятся относительно того, являются ли вирусы формой жизни или органическими структурами, которые взаимодействуют с живыми организмами. [11] Их описывают как «организмы на грани жизни», [10], поскольку они напоминают организмы тем, что обладают генами , развиваются путем естественного отбора , [33] и размножаются, создавая множественные копии себя посредством самосборки. Хотя у них есть гены, у них нет клеточной структуры, которая часто рассматривается как основная единица жизни. Вирусы не имеют собственного метаболизма и требуют клетки-хозяина для создания новых продуктов. Поэтому они не могут естественным образом размножаться вне клетки-хозяина [34] — хотя некоторые бактерии, такие как риккетсии и хламидии, считаются живыми организмами, несмотря на то же ограничение. [35] [36] Принятые формы жизни используют деление клеток для размножения, тогда как вирусы спонтанно собираются внутри клеток. Они отличаются от автономного роста кристаллов , поскольку наследуют генетические мутации, будучи подверженными естественному отбору. Самосборка вирусов в клетках-хозяевах имеет значение для изучения происхождения жизни , поскольку она придает дополнительную достоверность гипотезе о том, что жизнь могла зародиться как самоорганизующиеся органические молекулы . [2] Модель вироцелл, впервые предложенная Патриком Фортером, рассматривает инфицированную клетку как «живую форму» вирусов, а вирусные частицы (вирионы) аналогичны спорам . [37] Хотя дебаты о живом и неживом продолжаются, модель вироцелл получила некоторое признание. [38]

Структура

Вирусы демонстрируют большое разнообразие размеров и форм, называемых « морфологиями ». В целом, вирусы намного меньше бактерий, и более тысячи вирусов-бактериофагов поместились бы внутри клетки бактерии Escherichia coli . [39] : 98  Многие изученные вирусы имеют сферическую форму и диаметр от 20 до 300 нанометров . Некоторые филовирусы , которые представляют собой нити, имеют общую длину до 1400 нм; их диаметр составляет всего около 80 нм. [26] : 33–55  Большинство вирусов невозможно увидеть с помощью оптического микроскопа , поэтому для их визуализации используются сканирующие и просвечивающие электронные микроскопы . [26] : 33–37  Чтобы увеличить контраст между вирусами и фоном, используются электронно-плотные «пятна». Это растворы солей тяжелых металлов, таких как вольфрам , которые рассеивают электроны из областей, покрытых пятном. Когда вирионы покрыты красителем (положительное окрашивание), мелкие детали не видны. Отрицательное окрашивание решает эту проблему, окрашивая только фон. [40]

Полная вирусная частица, известная как вирион , состоит из нуклеиновой кислоты, окруженной защитной оболочкой из белка, называемой капсидом . Они образованы из белковых субъединиц, называемых капсомерами . [26] : 40  Вирусы могут иметь липидную «оболочку», полученную из мембраны клетки- хозяина . Капсид состоит из белков, кодируемых вирусным геномом , и его форма служит основой для морфологического различия. [41] [42] Кодируемые вирусом белковые субъединицы будут самособираться, образуя капсид, в общем случае требуя присутствия вирусного генома. Сложные вирусы кодируют белки, которые помогают в построении их капсида. Белки, связанные с нуклеиновой кислотой, известны как нуклеопротеины , а ассоциация вирусных капсидных белков с вирусной нуклеиновой кислотой называется нуклеокапсидом. Капсид и всю структуру вируса можно механически (физически) исследовать с помощью атомно-силовой микроскопии . [43] [44] В целом существует пять основных морфологических типов вирусов:

Спиральный
Эти вирусы состоят из одного типа капсомеров, сложенных вокруг центральной оси, чтобы сформировать спиральную структуру, которая может иметь центральную полость или трубку. Такое расположение приводит к вирионам, которые могут быть короткими и очень жесткими стержнями или длинными и очень гибкими нитями. Генетический материал (обычно одноцепочечная РНК, но в некоторых случаях одноцепочечная ДНК) связан в белковую спираль посредством взаимодействий между отрицательно заряженной нуклеиновой кислотой и положительными зарядами на белке. В целом, длина спирального капсида связана с длиной содержащейся в нем нуклеиновой кислоты, а диаметр зависит от размера и расположения капсомеров. Хорошо изученный вирус табачной мозаики [26] : 37  и иновирус [45] являются примерами спиральных вирусов.
Икосаэдрический
Большинство вирусов животных являются икосаэдрическими или почти сферическими с хиральной икосаэдрической симметрией . Правильный икосаэдр является оптимальным способом формирования замкнутой оболочки из идентичных субъединиц. Минимальное количество капсомеров, необходимое для каждой треугольной грани, составляет 3, что дает 60 для икосаэдра. Многие вирусы, такие как ротавирус, имеют более 60 капсомеров и кажутся сферическими, но они сохраняют эту симметрию. Чтобы достичь этого, капсомеры на вершинах окружены пятью другими капсомерами и называются пентонами. Капсомеры на треугольных гранях окружены шестью другими и называются гексонами . [ 26] : 40, 42  Гексоны по сути плоские, а пентоны, которые образуют 12 вершин, изогнуты. Один и тот же белок может действовать как субъединица как пентамеров, так и гексамеров, или они могут состоять из разных белков. [46]
Вытянутый
Это икосаэдр, вытянутый вдоль оси пятого порядка, и является обычным расположением головок бактериофагов. Эта структура состоит из цилиндра с колпачком на каждом конце. [47]
Обернутый
Некоторые виды вирусов окутывают себя модифицированной формой одной из клеточных мембран , либо внешней мембраной, окружающей инфицированную клетку-хозяина, либо внутренними мембранами, такими как ядерная мембрана или эндоплазматический ретикулум , таким образом получая внешний липидный бислой, известный как вирусная оболочка . Эта мембрана усеяна белками, кодируемыми вирусным геномом и геномом хозяина; сама липидная мембрана и любые присутствующие углеводы происходят полностью от хозяина. Вирус гриппа , ВИЧ (который вызывает СПИД ) и коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2 (который вызывает COVID-19 ) [48] используют эту стратегию. Большинство оболочечных вирусов зависят от оболочки для своей инфекционности. [26] : 42–43 
Сложный
Эти вирусы обладают капсидом, который не является ни чисто спиральным, ни чисто икосаэдрическим, и который может обладать дополнительными структурами, такими как белковые хвосты или сложная внешняя стенка. Некоторые бактериофаги, такие как фаг Enterobacteria T4 , имеют сложную структуру, состоящую из икосаэдрической головки, связанной со спиральным хвостом, который может иметь гексагональную базовую пластину с выступающими волокнами белкового хвоста. Эта структура хвоста действует как молекулярный шприц, прикрепляясь к бактериальному хозяину, а затем вводя вирусный геном в клетку. [49]

Поксвирусы — это крупные, сложные вирусы с необычной морфологией. Вирусный геном связан с белками в центральной дисковой структуре, известной как нуклеоид . Нуклеоид окружен мембраной и двумя боковыми тельцами неизвестной функции. Вирус имеет внешнюю оболочку с толстым слоем белка, усеивающего его поверхность. Весь вирион слегка плеоморфен , варьируясь от яйцевидной до кирпичной формы. [50]

Гигантские вирусы

Mimivirus — один из самых крупных охарактеризованных вирусов с диаметром капсида 400 нм. Белковые нити размером 100 нм выступают из поверхности. Капсид выглядит гексагональным под электронным микроскопом, поэтому капсид, вероятно, икосаэдрический. [51] В 2011 году исследователи обнаружили самый большой известный на тот момент вирус в образцах воды, собранных со дна океана у побережья Лас-Крусес, Чили. Временно названный Megavirus chilensis , его можно увидеть с помощью простого оптического микроскопа. [52] В 2013 году род Pandoravirus был обнаружен в Чили и Австралии, и его геномы примерно в два раза больше, чем у Megavirus и Mimivirus. [53] Все гигантские вирусы имеют геномы dsDNA, и они классифицируются на несколько семейств: Mimiviridae , Pithoviridae, Pandoraviridae , Phycodnaviridae и род Mollivirus . [54]

Некоторые вирусы, которые заражают археи, имеют сложные структуры, не связанные ни с одной другой формой вируса, с большим разнообразием необычных форм, начиная от веретенообразных структур до вирусов, которые напоминают крючковатые стержни, капли или даже бутылки. Другие архейные вирусы напоминают хвостатые бактериофаги и могут иметь множественные хвостовые структуры. [55]

Геном

Огромное разнообразие геномных структур можно увидеть среди вирусных видов ; как группа, они содержат больше структурного геномного разнообразия, чем растения, животные, археи или бактерии. Существуют миллионы различных типов вирусов, [8] хотя менее 7000 типов были подробно описаны. [6] : 49  По состоянию на январь 2021 года база данных геномов вирусов NCBI насчитывает более 193 000 полных геномных последовательностей, [56] но, несомненно, еще многое предстоит открыть. [57] [58]

Вирус имеет либо ДНК- , либо РНК- геном и называется ДНК-вирусом или РНК-вирусом соответственно. Большинство вирусов имеют РНК-геномы. Растительные вирусы, как правило, имеют одноцепочечные РНК-геномы, а бактериофаги, как правило, имеют двухцепочечные ДНК-геномы. [26] : 96–99 

Вирусные геномы кольцевые, как у полиомавирусов , или линейные, как у аденовирусов . Тип нуклеиновой кислоты не имеет значения для формы генома. Среди РНК-вирусов и некоторых ДНК-вирусов геном часто делится на отдельные части, в этом случае он называется сегментированным. Для РНК-вирусов каждый сегмент часто кодирует только один белок, и они обычно находятся вместе в одном капсиде. Все сегменты не обязательно должны находиться в одном вирионе, чтобы вирус был инфекционным, как это было продемонстрировано вирусом мозаики костра и несколькими другими вирусами растений. [26] : 33–35 

Вирусный геном, независимо от типа нуклеиновой кислоты, почти всегда является либо одноцепочечным (ss), либо двухцепочечным (ds). Одноцепочечные геномы состоят из непарной нуклеиновой кислоты, аналогично половине лестницы, разделенной пополам. Двухцепочечные геномы состоят из двух комплементарных парных нуклеиновых кислот, аналогично лестнице. Вирусные частицы некоторых семейств вирусов, например, принадлежащих к Hepadnaviridae , содержат геном, который частично двухцепочечный и частично одноцепочечный. [26] : 96–99 

Для большинства вирусов с геномами РНК и некоторых с геномами одноцепочечной ДНК (ssDNA) одиночные цепи считаются либо положительными (называемыми «плюс-цепью»), либо отрицательными (называемыми «минус-цепью»), в зависимости от того, комплементарны ли они вирусной информационной РНК (мРНК). Положительно-смысловая вирусная РНК находится в том же смысле, что и вирусная мРНК, и, таким образом, по крайней мере, часть ее может быть немедленно транслирована клеткой-хозяином. Отрицательно-смысловая вирусная РНК комплементарна мРНК и, таким образом, должна быть преобразована в положительно-смысловую РНК с помощью РНК-зависимой РНК-полимеразы перед трансляцией. Номенклатура ДНК для вирусов с геномной одноцепочечной ДНК похожа на номенклатуру РНК, в том, что вирусная одноцепочечная ДНК с положительным знаком идентична последовательности вирусной мРНК и, таким образом, является кодирующей цепью, в то время как вирусная одноцепочечная ДНК с отрицательным знаком комплементарна вирусной мРНК и, таким образом, является шаблонной цепью. [26] : 96–99  Несколько типов вирусов одноцепочечной ДНК и одноцепочечной ДНК имеют геномы, которые являются амбисмысловыми , в том смысле, что транскрипция может происходить с обеих цепей в двухцепочечном репликативном промежуточном продукте. Примерами являются геминивирусы , которые являются одноцепочечными вирусами растений, и аренавирусы , которые являются одноцепочечными вирусами РНК животных. [59]

Размер генома

Размер генома сильно различается у разных видов. Самые маленькие — одноцепочечные ДНК-цирковирусы семейства Circoviridae — кодируют только два белка и имеют размер генома всего в две килобазы; [60] самые большие — пандоравирусы — имеют размер генома около двух мегабаз, которые кодируют около 2500 белков. [53] Гены вирусов редко имеют интроны и часто расположены в геноме так, что они перекрываются . [61]

В целом, РНК-вирусы имеют меньшие размеры генома, чем ДНК-вирусы, из-за более высокой частоты ошибок при репликации и имеют максимальный верхний предел размера. [24] Помимо этого, ошибки при репликации делают вирус бесполезным или неконкурентоспособным. Чтобы компенсировать это, РНК-вирусы часто имеют сегментированные геномы — геном разделен на более мелкие молекулы — тем самым уменьшая вероятность того, что ошибка в однокомпонентном геноме выведет из строя весь геном. Напротив, ДНК-вирусы обычно имеют более крупные геномы из-за высокой точности их ферментов репликации. [62] Одноцепочечные ДНК-вирусы являются исключением из этого правила, поскольку частота мутаций для этих геномов может приближаться к экстремальному значению для вируса ssRNA. [63]

Генетическая мутация и рекомбинация

Механизмы эволюции вируса гриппа А. (A) Антигенный дрейф : постепенное накопление мутаций в геноме IAV приводит к появлению новых вариантов вируса. (B) Антигенный сдвиг : рекомбинация генетических сегментов между двумя или более вторгшимися IAV в клетке-хозяине может привести к появлению антигенно нового подтипа.

Вирусы подвергаются генетическим изменениям посредством нескольких механизмов. К ним относится процесс, называемый антигенным дрейфом , когда отдельные основания в ДНК или РНК мутируют в другие основания. Большинство этих точечных мутаций являются «молчаливыми» — они не изменяют белок, который кодирует ген, — но другие могут давать эволюционные преимущества, такие как устойчивость к противовирусным препаратам . [64] [65] Антигенный сдвиг происходит, когда в геноме вируса происходит серьезное изменение. Это может быть результатом рекомбинации или реассортации . Вирус гриппа А очень склонен к реассортации; иногда это приводило к появлению новых штаммов , которые вызывали пандемии . [66] РНК-вирусы часто существуют как квазивиды или рои вирусов одного и того же вида, но с немного отличающимися последовательностями нуклеозидов генома. Такие квазивиды являются главной мишенью для естественного отбора. [67]

Сегментированные геномы дают эволюционные преимущества; различные штаммы вируса с сегментированным геномом могут перемешивать и комбинировать гены и производить потомство вирусов (или потомство), обладающее уникальными характеристиками. Это называется реассортацией или «вирусным сексом». [68]

Генетическая рекомбинация — это процесс, при котором цепь ДНК (или РНК) разрывается, а затем присоединяется к концу другой молекулы ДНК (или РНК). Это может произойти, когда вирусы одновременно заражают клетки, и исследования вирусной эволюции показали, что рекомбинация широко распространена в изучаемых видах. [69] Рекомбинация свойственна как РНК-, так и ДНК-вирусам. [70] [71]

Коронавирусы имеют одноцепочечный РНК- геном с положительным смыслом. Репликация генома катализируется РНК -зависимой РНК-полимеразой . Механизм рекомбинации , используемый коронавирусами, вероятно, включает переключение шаблона полимеразой во время репликации генома. [72] Этот процесс, по-видимому, является адаптацией для преодоления повреждения генома. [73]

Цикл репликации

Типичный цикл репликации вируса
Некоторые бактериофаги внедряют свои геномы в бактериальные клетки (не в масштабе)

Вирусные популяции не растут посредством деления клеток, потому что они бесклеточные. Вместо этого они используют механизмы и метаболизм клетки-хозяина для производства множественных копий самих себя, и они собираются в клетке. [74] При заражении клетка-хозяин вынуждена быстро производить тысячи копий исходного вируса. [75]

Их жизненный цикл сильно различается у разных видов, но в его основе лежат шесть основных стадий: [26] : 75–91 

Присоединение — это специфическое связывание между вирусными капсидными белками и специфическими рецепторами на поверхности клетки-хозяина. Эта специфичность определяет диапазон хозяев и тип клетки-хозяина вируса. Например, ВИЧ заражает ограниченный диапазон человеческих лейкоцитов . Это происходит потому, что его поверхностный белок gp120 специфически взаимодействует с молекулой CD4 — хемокиновым рецептором , — который чаще всего встречается на поверхности Т-клеток CD4+ . Этот механизм развился в пользу тех вирусов, которые заражают только клетки, в которых они способны к репликации. Присоединение к рецептору может заставить белок оболочки вируса претерпеть изменения, которые приводят к слиянию вирусных и клеточных мембран или изменениям необолочечных поверхностных белков вируса, которые позволяют вирусу проникнуть внутрь. [76]

Проникновение или проникновение вируса следует за прикреплением: вирионы проникают в клетку-хозяина посредством опосредованного рецепторами эндоцитоза или слияния мембран . Инфекция растительных и грибковых клеток отличается от инфекции животных клеток. Растения имеют жесткую клеточную стенку, состоящую из целлюлозы , а грибы — из хитина, поэтому большинство вирусов могут проникнуть внутрь этих клеток только после травмы клеточной стенки. [6] : 70  Почти все растительные вирусы (например, вирус табачной мозаики) также могут перемещаться напрямую из клетки в клетку в форме одноцепочечных нуклеопротеиновых комплексов через поры, называемые плазмодесмами . [77] Бактерии, как и растения, имеют прочные клеточные стенки, которые вирус должен разрушить, чтобы заразить клетку. Учитывая, что стенки бактериальных клеток намного тоньше, чем стенки растительных клеток из-за их гораздо меньшего размера, некоторые вирусы выработали механизмы, которые вводят свой геном в бактериальную клетку через клеточную стенку, в то время как вирусный капсид остается снаружи. [6] : 71 

Раздевание — это процесс, в ходе которого удаляется вирусный капсид: это может происходить путем деградации вирусными ферментами или ферментами хозяина или путем простой диссоциации; конечным результатом является высвобождение вирусной геномной нуклеиновой кислоты. [78]

Репликация вирусов включает в себя в первую очередь размножение генома. Репликация включает синтез вирусной информационной РНК (мРНК) из «ранних» генов (за исключением вирусов с положительной РНК), синтез вирусного белка , возможную сборку вирусных белков, затем репликацию вирусного генома, опосредованную ранней или регуляторной экспрессией белка. За этим может следовать, для сложных вирусов с большими геномами, один или несколько дальнейших раундов синтеза мРНК: «поздняя» экспрессия генов, как правило, структурных или вирионных белков. [79]

Сборка – После структурно-опосредованной самосборки вирусных частиц часто происходит некоторая модификация белков. В вирусах, таких как ВИЧ, эта модификация (иногда называемая созреванием) происходит после того, как вирус высвобождается из клетки-хозяина. [80]

Выделение – Вирусы могут высвобождаться из клетки-хозяина путем лизиса , процесса, который убивает клетку, разрывая ее мембрану и клеточную стенку, если они присутствуют: это особенность многих бактериальных и некоторых животных вирусов. Некоторые вирусы проходят лизогенный цикл , где вирусный геном включается путем генетической рекомбинации в определенное место в хромосоме хозяина. Вирусный геном затем известен как « провирус » или, в случае бактериофагов, « профаг ». [13] : 836  Всякий раз, когда хозяин делится, вирусный геном также реплицируется. Вирусный геном в основном молчит внутри хозяина. В какой-то момент провирус или профаг могут дать начало активному вирусу, который может лизировать клетки хозяина. [6] : 243–259  Оболочечные вирусы (например, ВИЧ) обычно высвобождаются из клетки-хозяина путем почкования . Во время этого процесса вирус приобретает свою оболочку, которая представляет собой измененную часть плазмы хозяина или другой внутренней мембраны. [6] : 185–187 

Репликация генома

Генетический материал вирусных частиц и метод его репликации значительно различаются у разных типов вирусов.

ДНК вирусы
Репликация генома большинства ДНК-вирусов происходит в ядре клетки . Если на поверхности клетки имеется соответствующий рецептор, эти вирусы проникают в клетку либо путем прямого слияния с клеточной мембраной (например, герпесвирусы), либо — что более типично — путем рецептор-опосредованного эндоцитоза. Большинство ДНК-вирусов полностью зависят от синтезирующего ДНК и РНК аппарата клетки-хозяина и аппарата обработки РНК. Вирусы с более крупными геномами могут сами кодировать большую часть этого аппарата. У эукариот вирусный геном должен пересечь ядерную мембрану клетки, чтобы получить доступ к этому аппарату, тогда как у бактерий ему нужно только войти в клетку. [13] : 118  [26] : 78 
РНК-вирусы
Репликация РНК-вирусов обычно происходит в цитоплазме . РНК-вирусы можно разделить на четыре группы в зависимости от их способов репликации. Полярность ( может ли она использоваться рибосомами напрямую для производства белков) одноцепочечных РНК-вирусов в значительной степени определяет репликативный механизм; другим важным критерием является то, является ли генетический материал одноцепочечным или двухцепочечным. Все РНК-вирусы используют собственные ферменты РНК-репликазы для создания копий своих геномов. [26] : 79 
Вирусы обратной транскрипции
Вирусы с обратной транскрипцией имеют в своих частицах одноцепочечную РНК ( Retroviridae , Metaviridae , Pseudoviridae ) или двухцепочечную ДНК ( Caulimoviridae и Hepadnaviridae ). Вирусы с обратной транскрипцией с геномами РНК ( ретровирусы ) используют промежуточный продукт ДНК для репликации, тогда как вирусы с геномами ДНК ( параретровирусы ) используют промежуточный продукт РНК во время репликации генома. Оба типа используют обратную транскриптазу , или фермент РНК-зависимую ДНК-полимеразу, для осуществления преобразования нуклеиновой кислоты. Ретровирусы интегрируют ДНК, полученную путем обратной транскрипции , в геном хозяина в качестве провируса в рамках процесса репликации; параретровирусы этого не делают, хотя интегрированные копии генома, особенно растительных параретровирусов, могут дать начало инфекционному вирусу. [81] Они восприимчивы к противовирусным препаратам , которые ингибируют фермент обратной транскриптазы, например, зидовудину и ламивудину . Примером первого типа является ВИЧ, который является ретровирусом. Примерами второго типа являются Hepadnaviridae , которые включают вирус гепатита B. [26] : 88–89 

Цитопатическое воздействие на клетку-хозяина

Диапазон структурных и биохимических эффектов, которые вирусы оказывают на клетку-хозяина, обширен. [26] : 115–146  Они называются « цитопатическими эффектами ». [26] : 115  Большинство вирусных инфекций в конечном итоге приводят к смерти клетки-хозяина. Причинами смерти являются лизис клеток, изменения поверхностной мембраны клетки и апоптоз . [82] Часто смерть клетки вызвана прекращением ее нормальной деятельности из-за подавления вирус-специфическими белками, не все из которых являются компонентами вирусной частицы. [83] Различие между цитопатическими и безвредными является постепенным. Некоторые вирусы, такие как вирус Эпштейна-Барр , могут вызывать пролиферацию клеток, не вызывая злокачественных новообразований, [84] в то время как другие, такие как папилломавирусы , являются установленными причинами рака. [85]

Спящие и латентные инфекции

Некоторые вирусы не вызывают видимых изменений в инфицированной клетке. Клетки, в которых вирус находится в латентном и неактивном состоянии, проявляют мало признаков инфекции и часто функционируют нормально. [86] Это вызывает постоянные инфекции, и вирус часто находится в состоянии покоя в течение многих месяцев или лет. Это часто случается с вирусами герпеса . [87] [88]

Диапазон хостов

Вирусы, безусловно, являются наиболее распространенными биологическими образованиями на Земле, и их численность превышает численность всех остальных вместе взятых. [89] Они заражают все типы клеточной жизни, включая животных, растения, бактерии и грибы . [6] : 49  Различные типы вирусов могут заражать только ограниченный круг хозяев, и многие из них являются видоспецифичными. Некоторые, такие как вирус оспы , например, могут заражать только один вид — в данном случае людей, [13] : 643  и, как говорят, имеют узкий круг хозяев . Другие вирусы, такие как вирус бешенства, могут заражать различные виды млекопитающих и, как говорят, имеют широкий круг хозяев. [13] : 631  Вирусы, заражающие растения, безвредны для животных, и большинство вирусов, заражающих других животных, безвредны для человека. [6] : 272  Круг хозяев некоторых бактериофагов ограничен одним штаммом бактерий, и их можно использовать для отслеживания источника вспышек инфекций с помощью метода, называемого фаговым типированием . [90] Полный набор вирусов в организме или среде обитания называется виромом ; например, все человеческие вирусы составляют человеческий виром . [91]

Новые вирусы

Новый вирус — это тот, который ранее не был зарегистрирован. Это может быть вирус, который изолирован от своего естественного резервуара или изолирован в результате распространения на животное или человека-хозяина , где вирус ранее не был идентифицирован. Это может быть возникающий вирус , представляющий собой новый вирус, но это также может быть существующий вирус, который ранее не был идентифицирован . [92] Коронавирус SARS-CoV-2 , вызвавший пандемию COVID-19, является примером нового вируса. [93]

Классификация

Классификация стремится описать разнообразие вирусов, называя и группируя их на основе сходства. В 1962 году Андре Львофф , Роберт Хорн и Поль Турнье были первыми, кто разработал средство классификации вирусов, основанное на иерархической системе Линнея . [94] Эта система основывалась на классификации по типу , классу , порядку , семейству , роду и виду . Вирусы были сгруппированы в соответствии с их общими свойствами (а не свойствами их хозяев) и типом нуклеиновой кислоты, образующей их геномы. [95] В 1966 году был сформирован Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Система, предложенная Львоффом, Хорном и Турнье, изначально не была принята ICTV, поскольку небольшой размер генома вирусов и их высокая скорость мутации затрудняли определение их происхождения за пределами порядка. Таким образом, система классификации Балтимора стала использоваться для дополнения более традиционной иерархии. [96] Начиная с 2018 года ICTV начал признавать более глубокие эволюционные связи между вирусами, которые были обнаружены с течением времени, и принял 15-ранговую систему классификации, варьирующуюся от области до вида. [97] Кроме того, некоторые виды в пределах одного рода сгруппированы в геногруппу . [98] [99]

классификация ICTV

ICTV разработала текущую систему классификации и написала руководящие принципы, которые придают больший вес определенным свойствам вирусов для поддержания единообразия семейства. Была создана единая таксономия (универсальная система классификации вирусов). [100] Была изучена лишь небольшая часть общего разнообразия вирусов. [101] По состоянию на 2022 год ICTV определила 6 областей, 10 царств, 17 типов, 2 подтипа, 40 классов, 72 отряда, 8 подотрядов, 264 семейства, 182 подсемейства , 2818 родов, 84 подрода и 11 273 вида вирусов. [7]

Общая таксономическая структура таксономических диапазонов и суффиксы, используемые в таксономических названиях, показаны ниже. По состоянию на 2022 год ранги подцарства, подцарства и подкласса не используются, тогда как все остальные ранги используются. [7]

Область ( -viria )
Подобласть ( -vira )
Королевство ( -виры )
Подкоролевство ( -virites )
Тип ( -viricota )
Подтип ( -viricotina )
Класс ( -viricetes )
Подкласс ( -viricetidae )
Заказ ( -virales )
Подотряд ( -virineae )
Семейство ( -viridae )
Подсемейство ( -virinae )
Род ( -вирус )
Подрод ( -вирус )
Разновидность

Балтиморская классификация

Диаграмма, показывающая, как Балтиморская классификация основана на ДНК или РНК вируса и методе синтеза мРНК.
Балтиморская классификация вирусов основана на методе синтеза вирусной мРНК.

Лауреат Нобелевской премии биолог Дэвид Балтимор разработал систему классификации Балтимора . [102] [103] Система классификации ICTV используется совместно с системой классификации Балтимора в современной классификации вирусов. [104] [105] [106]

Балтиморская классификация вирусов основана на механизме производства мРНК . Вирусы должны генерировать мРНК из своих геномов для производства белков и самореплицирования, но для достижения этого в каждом семействе вирусов используются разные механизмы. Вирусные геномы могут быть одноцепочечными (ss) или двухцепочечными (ds), РНК или ДНК, и могут использовать или не использовать обратную транскриптазу (RT). Кроме того, вирусы ssRNA могут быть либо смысловыми (+), либо антисмысловыми (−). Эта классификация делит вирусы на семь групп:


Роль в болезнях человека

Фотография верхней части тела мужчины с надписями на ней названий вирусов, поражающих различные части тела.
Обзор основных типов вирусных инфекций и наиболее значимых видов, вовлеченных в них [107]

Примерами распространенных заболеваний человека, вызываемых вирусами, являются простуда , грипп , ветряная оспа и герпес . Многие серьезные заболевания, такие как бешенство , болезнь, вызванная вирусом Эбола , СПИД (ВИЧ) , птичий грипп и атипичная пневмония, вызываются вирусами. Относительная способность вирусов вызывать заболевания описывается в терминах вирулентности . Другие заболевания изучаются, чтобы выяснить, являются ли они вирусом в качестве возбудителя, например, возможная связь между вирусом герпеса человека 6 (HHV6) и неврологическими заболеваниями, такими как рассеянный склероз и синдром хронической усталости . [108] Существуют разногласия по поводу того, может ли борнавирус , ранее считавшийся причиной неврологических заболеваний у лошадей, быть ответственным за психиатрические заболевания у людей. [109]

Вирусы имеют различные механизмы, с помощью которых они вызывают заболевание в организме, что во многом зависит от вида вируса. Механизмы на клеточном уровне в первую очередь включают лизис клеток, разрыв и последующую смерть клетки. В многоклеточных организмах , если достаточное количество клеток погибает, весь организм начинает страдать от последствий. Хотя вирусы вызывают нарушение здорового гомеостаза , что приводит к заболеванию, они могут существовать относительно безвредно внутри организма. Примером может служить способность вируса простого герпеса , вызывающего герпес, оставаться в спящем состоянии в организме человека. Это называется латентностью [110] и является характеристикой вирусов герпеса, включая вирус Эпштейна-Барр, вызывающий мононуклеоз, и вирус ветряной оспы , вызывающий ветряную оспу и опоясывающий лишай . Большинство людей были инфицированы по крайней мере одним из этих типов вируса герпеса. [111] Эти латентные вирусы иногда могут быть полезны, так как присутствие вируса может повысить иммунитет против бактериальных патогенов, таких как Yersinia pestis . [112]

Некоторые вирусы могут вызывать пожизненные или хронические инфекции, при которых вирусы продолжают размножаться в организме, несмотря на защитные механизмы хозяина. [113] Это распространено при инфекциях вируса гепатита В и вируса гепатита С. Люди с хронической инфекцией известны как носители, поскольку они служат резервуарами инфекционного вируса. [114] В популяциях с высокой долей носителей заболевание считается эндемичным . [115]

Эпидемиология

Вирусная эпидемиология — это раздел медицинской науки, который занимается передачей и контролем вирусных инфекций у людей. Передача вирусов может быть вертикальной, то есть от матери к ребенку, или горизонтальной, то есть от человека к человеку. Примерами вертикальной передачи являются вирус гепатита В и ВИЧ, когда ребенок рождается уже инфицированным вирусом. [116] Другим, более редким примером является вирус ветряной оспы , который, хотя и вызывает относительно легкие инфекции у детей и взрослых, может быть смертельным для плода и новорожденного. [117]

Горизонтальная передача является наиболее распространенным механизмом распространения вирусов в популяциях. [118] Горизонтальная передача может происходить при обмене жидкостями организма во время половой активности, при обмене слюной или при употреблении зараженной пищи или воды. Это также может происходить при вдыхании аэрозолей, содержащих вирусы, или через насекомых -переносчиков, например, когда инфицированные комары проникают через кожу хозяина. [118] Большинство типов вирусов ограничены только одним или двумя из этих механизмов, и их называют «респираторными вирусами» или «кишечными вирусами» и т. д. Скорость или темп передачи вирусных инфекций зависят от факторов, которые включают плотность населения, количество восприимчивых людей (т. е. тех, кто не имеет иммунитета), [119] качество здравоохранения и погоду. [120]

Эпидемиология используется для прерывания цепочки заражения населения во время вспышек вирусных заболеваний . [13] : 264  Применяются меры контроля, основанные на знании того, как передается вирус. Важно найти источник или источники вспышки и идентифицировать вирус. После того, как вирус идентифицирован, цепочку передачи иногда можно разорвать с помощью вакцин. Когда вакцины недоступны, санитария и дезинфекция могут быть эффективными. Часто инфицированных людей изолируют от остального сообщества, а тех, кто подвергся воздействию вируса, помещают на карантин . [13] : 894  Для борьбы со вспышкой ящура у крупного рогатого скота в Великобритании в 2001 году были забиты тысячи голов крупного рогатого скота. [121] Большинство вирусных инфекций людей и других животных имеют инкубационные периоды , в течение которых инфекция не вызывает никаких признаков или симптомов. [13] : 170  Инкубационные периоды вирусных заболеваний составляют от нескольких дней до недель, но известны для большинства инфекций. [13] : 170–172  Несколько перекрывая, но в основном следуя за инкубационным периодом, существует период заразности — время, когда инфицированный человек или животное заразны и могут заразить другого человека или животное. [13] : 170–172  Это также известно для многих вирусных инфекций, и знание продолжительности обоих периодов важно для контроля вспышек. [13] : 272  Когда вспышки вызывают необычно высокую долю случаев в популяции, сообществе или регионе, их называют эпидемиями. Если вспышки распространяются по всему миру, их называют пандемиями . [13] : 891 

Эпидемии и пандемии

Электронная микрофотография вируса, вызвавшего испанский грипп
Изображение воссозданного вируса гриппа 1918 года, полученное с помощью трансмиссионного электронного микроскопа

Пандемия — это всемирная эпидемия . Пандемия гриппа 1918 года , которая продолжалась до 1919 года, была пандемией гриппа категории 5 , вызванной необычно тяжелым и смертельным вирусом гриппа А. Жертвами часто были здоровые молодые люди, в отличие от большинства вспышек гриппа, которые в основном поражают несовершеннолетних, пожилых или иным образом ослабленных пациентов. [26] : 409–415  По более ранним оценкам, она убила 40–50 миллионов человек, [122] в то время как более поздние исследования показывают, что она могла убить до 100 миллионов человек, или 5% населения мира в 1918 году. [123]

Хотя вирусные пандемии являются редкими событиями, ВИЧ, который произошел от вирусов, обнаруженных у обезьян и шимпанзе, является пандемией по крайней мере с 1980-х годов. [124] В течение 20-го века было четыре пандемии, вызванные вирусом гриппа, и те, что произошли в 1918, 1957 и 1968 годах, были серьезными. [125] Большинство исследователей полагают, что ВИЧ возник в странах Африки к югу от Сахары в 20-м веке; [126] сейчас это пандемия, и, по оценкам, 37,9 миллиона человек в настоящее время живут с этим заболеванием во всем мире. [127] В 2018 году от СПИДа умерло около 770 000 человек. [128] Объединенная программа Организации Объединенных Наций по ВИЧ/СПИДу (ЮНЭЙДС) и Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) подсчитали, что СПИД убил более 25 миллионов человек с момента его первого признания 5 июня 1981 года, что делает его одной из самых разрушительных эпидемий в зарегистрированной истории. [129] В 2007 году было зарегистрировано 2,7 миллиона новых случаев заражения ВИЧ и 2 миллиона смертей, связанных с ВИЧ. [130]

Вирусы Эбола (вверху) и Марбург (внизу)

Несколько высоколетальных вирусных патогенов являются членами Filoviridae . Филовирусы — это нитевидные вирусы, вызывающие вирусную геморрагическую лихорадку , и включают в себя вирусы Эбола и вирусы Марбург . Вирус Марбург , впервые обнаруженный в 1967 году, привлек широкое внимание прессы в апреле 2005 года из-за вспышки в Анголе . [131] Болезнь, вызванная вирусом Эбола , также вызывала периодические вспышки с высокими показателями смертности с 1976 года, когда она была впервые идентифицирована. Самая худшая и последняя из них — эпидемия в Западной Африке 2013–2016 годов . [132]

За исключением оспы, большинство пандемий вызваны недавно возникшими вирусами. Эти «возникающие» вирусы обычно являются мутантами менее вредоносных вирусов, которые ранее циркулировали либо среди людей, либо среди других животных. [133]

Тяжелый острый респираторный синдром ( ТОРС ) и ближневосточный респираторный синдром (MERS) вызываются новыми типами коронавирусов . Известно, что другие коронавирусы вызывают легкие инфекции у людей, [134] поэтому вирулентность и быстрое распространение инфекций ТОРС, которые к июлю 2003 года стали причиной около 8000 случаев и 800 смертей, были неожиданными, и большинство стран не были готовы. [135]

Родственный коронавирус, тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-Cov-2) , предположительно возникший у летучих мышей, появился в Ухане , Китай, в ноябре 2019 года и быстро распространился по всему миру. Заражение вирусом вызвало пандемию COVID-19 , которая началась в 2020 году. [93] [136] [137] Беспрецедентные ограничения в мирное время были введены на международные поездки, [138] а в нескольких крупных городах по всему миру в ответ на пандемию был введен комендантский час . [139]

Рак

Вирусы являются установленной причиной рака у людей и других видов. Вирусные раковые заболевания возникают только у меньшинства инфицированных людей (или животных). Вирусы рака происходят из ряда семейств вирусов, включая как РНК-, так и ДНК-вирусы, поэтому не существует единого типа « онковируса » (устаревший термин, первоначально использовавшийся для остро трансформирующих ретровирусов). Развитие рака определяется различными факторами, такими как иммунитет хозяина [140] и мутации у хозяина. [141] Вирусы, которые, как принято считать, вызывают рак у человека, включают некоторые генотипы вируса папилломы человека , вируса гепатита В , вируса гепатита С , вируса Эпштейна-Барр , герпесвируса , ассоциированного с саркомой Капоши, и человеческого Т-лимфотропного вируса . Самым недавно обнаруженным вирусом рака человека является полиомавирус ( полиомавирус клеток Меркеля ), который вызывает большинство случаев редкой формы рака кожи, называемой карциномой клеток Меркеля . [142] Вирусы гепатита могут развиться в хроническую вирусную инфекцию, которая приводит к раку печени . [143] [144] Инфекция человеческим Т-лимфотропным вирусом может привести к тропическому спастическому парапарезу и взрослой Т-клеточной лейкемии . [145] Вирусы папилломы человека являются установленной причиной рака шейки матки , кожи, ануса и полового члена . [146] В семействе Herpesviridae герпесвирус, ассоциированный с саркомой Капоши , вызывает саркому Капоши и лимфому полости тела , а вирус Эпштейна-Барр вызывает лимфому Беркитта , лимфому Ходжкина , В- лимфопролиферативное заболевание и носоглоточную карциному . [147] Полиомавирус клеток Меркеля тесно связан с SV40 и мышиными полиомавирусами, которые использовались в качестве животных моделей для вирусов рака более 50 лет. [148]

Механизмы защиты хозяина

Первая линия защиты организма от вирусов — это врожденная иммунная система . Она включает клетки и другие механизмы, которые защищают хозяина от инфекции неспецифическим образом. Это означает, что клетки врожденной системы распознают и реагируют на патогены общим образом, но, в отличие от адаптивной иммунной системы , она не обеспечивает хозяину длительного или защитного иммунитета. [149]

РНК-интерференция является важной врожденной защитой от вирусов. [150] Многие вирусы имеют стратегию репликации, которая включает двухцепочечную РНК (dsRNA). Когда такой вирус заражает клетку, он высвобождает свою молекулу или молекулы РНК, которые немедленно связываются с белковым комплексом, называемым dicer , который разрезает РНК на более мелкие части. Активируется биохимический путь — комплекс RISC , который обеспечивает выживание клетки путем деградации вирусной мРНК. Ротавирусы эволюционировали, чтобы избегать этого защитного механизма, не полностью снимая оболочку внутри клетки и высвобождая вновь произведенную мРНК через поры во внутреннем капсиде частицы. Их геномная dsRNA остается защищенной внутри ядра вириона. [151] [152]

Когда адаптивная иммунная система позвоночного сталкивается с вирусом, она вырабатывает специфические антитела , которые связываются с вирусом и часто делают его неинфекционным. Это называется гуморальным иммунитетом . Важны два типа антител. Первый, называемый IgM , очень эффективен для нейтрализации вирусов, но вырабатывается клетками иммунной системы только в течение нескольких недель. Второй, называемый IgG , вырабатывается неограниченно долго. Наличие IgM в крови хозяина используется для проверки на острую инфекцию, тогда как IgG указывает на инфекцию, имевшую место когда-то в прошлом. [153] Антитела IgG измеряются при проведении тестов на иммунитет . [154]

Антитела могут продолжать быть эффективным защитным механизмом даже после того, как вирусам удалось проникнуть в клетку-хозяина. Белок, который находится в клетках, называемый TRIM21 , может прикрепляться к антителам на поверхности вирусной частицы. Это запускает последующее разрушение вируса ферментами протеосомной системы клетки . [155]

Две сферические частицы ротавируса, одна из которых покрыта антителом, которое выглядит как множество маленьких птиц, равномерно расположенных на поверхности вируса.
Два ротавируса : тот, что справа, покрыт антителами, которые предотвращают его присоединение к клеткам и их заражение.

Вторая защита позвоночных от вирусов называется клеточно-опосредованным иммунитетом и включает иммунные клетки, известные как Т-клетки . Клетки организма постоянно демонстрируют короткие фрагменты своих белков на поверхности клетки, и, если Т-клетка распознает там подозрительный вирусный фрагмент, клетка-хозяин уничтожается клетками-убийцами Т, а вирус-специфические Т-клетки размножаются. Такие клетки, как макрофаги, являются специалистами в этой презентации антигенов . [156] Выработка интерферона является важным механизмом защиты хозяина. Это гормон, вырабатываемый организмом при наличии вирусов. Его роль в иммунитете сложна; в конечном итоге он останавливает размножение вирусов, убивая инфицированную клетку и ее ближайших соседей. [157]

Не все вирусные инфекции вызывают защитный иммунный ответ таким образом. ВИЧ ускользает от иммунной системы, постоянно изменяя аминокислотную последовательность белков на поверхности вириона. Это известно как «мутация ускользания», поскольку вирусные эпитопы ускользают от распознавания иммунным ответом хозяина. Эти стойкие вирусы ускользают от иммунного контроля путем секвестрации, блокады презентации антигена , устойчивости к цитокинам , уклонения от активности естественных клеток-киллеров , уклонения от апоптоза и антигенного сдвига . [158] Другие вирусы, называемые « нейротропными вирусами », распространяются путем нейронного распространения, где иммунная система может быть неспособна достичь их из-за иммунной привилегии . [159]

Профилактика и лечение

Поскольку вирусы используют жизненно важные метаболические пути внутри клеток-хозяев для репликации, их трудно устранить без использования лекарств, которые оказывают токсическое воздействие на клетки-хозяева в целом. Наиболее эффективными медицинскими подходами к вирусным заболеваниям являются вакцинация для обеспечения иммунитета к инфекции и противовирусные препараты , которые избирательно препятствуют репликации вирусов.

Вакцина

Вакцинация — это дешевый и эффективный способ профилактики вирусных инфекций. Вакцины использовались для профилактики вирусных инфекций задолго до открытия самих вирусов. Их использование привело к резкому снижению заболеваемости (болезни) и смертности (смерти), связанных с вирусными инфекциями, такими как полиомиелит , корь , свинка и краснуха . [160] Инфекции оспы были искоренены. [161] Существуют вакцины для профилактики более тринадцати вирусных инфекций людей, [162] и еще больше используются для профилактики вирусных инфекций животных. [163] Вакцины могут состоять из живых ослабленных или убитых вирусов, вирусных белков ( антигенов ) или РНК . [164] [165] Живые вакцины содержат ослабленные формы вируса, которые не вызывают заболевание, но, тем не менее, обеспечивают иммунитет. Такие вирусы называются ослабленными. Живые вакцины могут быть опасны, если их вводить людям со слабым иммунитетом (которых описывают как иммунокомпрометированных ), потому что у этих людей ослабленный вирус может вызвать исходное заболевание. [166] Биотехнология и методы генной инженерии используются для производства субъединичных вакцин. Эти вакцины используют только капсидные белки вируса. Вакцина против гепатита В является примером этого типа вакцины. [167] Субъединичные вакцины безопасны для пациентов с иммунодефицитом , потому что они не могут вызвать заболевание. [168] Вакцина против вируса желтой лихорадки , живой ослабленный штамм, называемый 17D, вероятно, является самой безопасной и эффективной вакциной из когда-либо созданных. [169]

Противовирусные препараты

Структура основания ДНК гуанозина и противовирусного препарата ацикловир

Противовирусные препараты часто являются аналогами нуклеозидов (поддельные строительные блоки ДНК), которые вирусы по ошибке включают в свои геномы во время репликации. [170] Затем жизненный цикл вируса останавливается, поскольку вновь синтезированная ДНК неактивна. Это происходит потому, что у этих аналогов отсутствуют гидроксильные группы, которые вместе с атомами фосфора связываются вместе, образуя прочный «остов» молекулы ДНК. Это называется обрывом цепи ДНК . [171] Примерами аналогов нуклеозидов являются ацикловир для лечения инфекций вируса простого герпеса и ламивудин для лечения инфекций вируса ВИЧ и гепатита В. Ацикловир является одним из старейших и наиболее часто назначаемых противовирусных препаратов. [172] Другие используемые противовирусные препараты нацелены на различные стадии жизненного цикла вируса. ВИЧ зависит от протеолитического фермента, называемого протеазой ВИЧ-1, чтобы стать полностью инфекционным. Существует большой класс препаратов, называемых ингибиторами протеазы , которые инактивируют этот фермент. [173] Существует около тринадцати классов противовирусных препаратов, каждый из которых нацелен на различные вирусы или стадии вирусной репликации. [170]

Гепатит С вызывается РНК-вирусом. У 80% инфицированных людей болезнь носит хронический характер, и без лечения они остаются инфицированными на всю оставшуюся жизнь. Существуют эффективные методы лечения, в которых используются противовирусные препараты прямого действия . [174] Лечение хронических носителей вируса гепатита В также было разработано с использованием аналогичных стратегий, включающих ламивудин и другие противовирусные препараты. [175]

Инфекция у других видов

Вирусы заражают всю клеточную жизнь, и, хотя вирусы встречаются повсеместно, каждый клеточный вид имеет свой собственный специфический диапазон, который часто заражает только этот вид. [6] : 3  Некоторые вирусы, называемые сателлитами , могут размножаться только внутри клеток, которые уже были инфицированы другим вирусом. [30]

Вирусы животных

Вирусы являются важными патогенами домашнего скота. Такие заболевания, как ящур и катаральная лихорадка овец, вызываются вирусами. [176] Домашние животные, такие как кошки, собаки и лошади, если не вакцинированы, восприимчивы к серьезным вирусным инфекциям. Собачий парвовирус вызывается небольшим ДНК-вирусом, и инфекции часто приводят к летальному исходу у щенков. [177] Как и все беспозвоночные , медоносная пчела восприимчива ко многим вирусным инфекциям. [178] Большинство вирусов безвредно сосуществуют в организме хозяина и не вызывают никаких признаков или симптомов заболевания. [6] : 4 

Вирусы растений

Перец, зараженный вирусом легкой крапчатости

Существует много типов вирусов растений, но часто они вызывают только потерю урожая , и экономически невыгодно пытаться контролировать их. Вирусы растений часто распространяются от растения к растению организмами, известными как переносчики . Обычно это насекомые, но некоторые грибы, нематоды , одноклеточные организмы и паразитические растения являются переносчиками. [179] Когда контроль инфекций вирусов растений считается экономически выгодным, например, для многолетних фруктов, усилия концентрируются на уничтожении переносчиков и удалении альтернативных хозяев, таких как сорняки. [13] : 802  Вирусы растений не могут заражать людей и других животных, потому что они могут размножаться только в живых клетках растений. [13] : 799–807 

Родом из Перу, картофель стал основной культурой во всем мире. [180] Картофельный вирус Y вызывает заболевание картофеля и родственных видов, включая томаты и перцы. В 1980-х годах этот вирус приобрел экономическое значение, когда оказалось, что его трудно контролировать в посевах семенного картофеля. Передаваемый тлями , этот вирус может снизить урожайность до 80 процентов, вызывая значительные потери урожая картофеля. [181]

Растения обладают сложными и эффективными механизмами защиты от вирусов. Одним из наиболее эффективных является наличие так называемых генов устойчивости (R). Каждый ген R придает устойчивость к определенному вирусу, вызывая локализованные области гибели клеток вокруг инфицированной клетки, которые часто можно увидеть невооруженным глазом в виде больших пятен. Это останавливает распространение инфекции. [182] РНК-интерференция также является эффективной защитой у растений. [13] : 809  > Когда растения инфицированы, они часто вырабатывают естественные дезинфицирующие вещества, которые убивают вирусы, такие как салициловая кислота , оксид азота и реактивные молекулы кислорода . [183]

Частицы вирусов растений или вирусоподобные частицы (VLP) имеют применение как в биотехнологии , так и в нанотехнологии . Капсиды большинства вирусов растений представляют собой простые и прочные структуры и могут быть получены в больших количествах либо путем инфицирования растений, либо путем экспрессии в различных гетерологичных системах. Частицы вирусов растений могут быть модифицированы генетически и химически для инкапсуляции чужеродного материала и могут быть включены в надмолекулярные структуры для использования в биотехнологии. [184]

Бактериальные вирусы

Электронная микрофотография, показывающая часть бактерии, покрытую вирусами.
Микрофотография, полученная с помощью трансмиссионного электронного микроскопа, на которой запечатлены многочисленные бактериофаги, прикрепленные к клеточной стенке бактерий.

Бактериофаги — это распространенная и разнообразная группа вирусов, наиболее распространенная биологическая сущность в водной среде — в океанах этих вирусов в десять раз больше, чем бактерий, [185] достигая уровня 250 000 000 бактериофагов на миллилитр морской воды. [186] Эти вирусы заражают определенные бактерии, связываясь с молекулами поверхностных рецепторов , а затем проникая в клетку. В течение короткого промежутка времени, в некоторых случаях всего за несколько минут, бактериальная полимераза начинает транслировать вирусную мРНК в белок. Эти белки затем становятся либо новыми вирионами внутри клетки, вспомогательными белками, которые помогают сборке новых вирионов, либо белками, участвующими в лизисе клеток. Вирусные ферменты помогают в разрушении клеточной мембраны, и, в случае фага Т4 , всего за двадцать минут после инъекции может быть высвобождено более трехсот фагов. [13] : 834–835 

Основной способ защиты бактерий от бактериофагов — выработка ферментов, разрушающих чужеродную ДНК. Эти ферменты, называемые эндонуклеазами рестрикции , разрезают вирусную ДНК, которую бактериофаги вводят в бактериальные клетки. [187] Бактерии также содержат систему, которая использует последовательности CRISPR для сохранения фрагментов геномов вирусов, с которыми бактерии ранее контактировали, что позволяет им блокировать репликацию вируса посредством формы РНК-интерференции . [188] [189] Эта генетическая система обеспечивает бактериям приобретенный иммунитет к инфекции. [190]

Некоторые бактериофаги называются « умеренными », потому что они вызывают скрытые инфекции и не сразу уничтожают свои клетки-хозяева. Вместо этого их ДНК включается в клетку-хозяина в качестве профага . Эти скрытые инфекции становятся продуктивными, когда ДНК профага активируется стимулами, такими как изменения в окружающей среде. [191] Кишечник животных, включая людей, содержит умеренные бактериофаги, которые активируются различными стимулами, включая изменения в диете и антибиотики. [192] Хотя впервые они были обнаружены у бактериофагов, известно, что многие другие вирусы образуют провирусы , включая ВИЧ. [191] [193]

Архейные вирусы

Некоторые вирусы реплицируются внутри архей : это ДНК-вирусы необычной и иногда уникальной формы. [4] [55] Эти вирусы были изучены наиболее подробно в термофильных археях, особенно в порядках Sulfolobales и Thermoproteales . [194] Защита от этих вирусов включает РНК-интерференцию из повторяющихся последовательностей ДНК в геномах архей, которые связаны с генами вирусов. [195] [196] Большинство архей имеют системы CRISPR–Cas в качестве адаптивной защиты от вирусов. Они позволяют археям сохранять участки вирусной ДНК, которые затем используются для нацеливания и устранения последующих инфекций вирусом с помощью процесса, похожего на РНК-интерференцию. [197]

Роль в водных экосистемах

Вирусы являются наиболее распространенной биологической сущностью в водной среде. [2] В чайной ложке морской воды их содержится около десяти миллионов. [198] Большинство этих вирусов являются бактериофагами, заражающими гетеротрофные бактерии, и цианофагами, заражающими цианобактерии, и они необходимы для регуляции соленых и пресноводных экосистем. [199] Бактериофаги безвредны для растений и животных и необходимы для регуляции морских и пресноводных экосистем [200] являются важными агентами смертности фитопланктона , основы пищевой цепи в водной среде. [201] Они заражают и уничтожают бактерии в водных микробных сообществах и являются одним из важнейших механизмов рециркуляции углерода и круговорота питательных веществ в морской среде. Органические молекулы, высвобождаемые из мертвых бактериальных клеток, стимулируют рост новых бактерий и водорослей в процессе, известном как вирусный шунт . [202] В частности, было показано, что лизис бактерий вирусами усиливает круговорот азота и стимулирует рост фитопланктона. [203] Вирусная активность может также влиять на биологический насос , процесс, посредством которого углерод секвестрируется в глубинах океана. [204]

Микроорганизмы составляют более 90% биомассы в море. По оценкам, вирусы убивают около 20% этой биомассы каждый день, и в океанах вирусов в 10-15 раз больше, чем бактерий и архей. [205] Вирусы также являются основными агентами, ответственными за уничтожение фитопланктона , включая вредоносное цветение водорослей , [206] Количество вирусов в океанах уменьшается дальше от берега и глубже в воду, где меньше организмов-хозяев. [204]

В январе 2018 года ученые сообщили, что 800 миллионов вирусов, в основном морского происхождения, ежедневно оседают из атмосферы Земли на каждый квадратный метр поверхности планеты в результате глобального атмосферного потока вирусов, циркулирующего выше погодной системы, но ниже высоты обычных авиаперелетов, распространяя вирусы по всей планете. [207] [208]

Как и любой организм, морские млекопитающие восприимчивы к вирусным инфекциям. В 1988 и 2002 годах тысячи обыкновенных тюленей были убиты в Европе вирусом чумы плотоядных . [209] Многие другие вирусы, включая калицивирусы , герпесвирусы , аденовирусы и парвовирусы , циркулируют в популяциях морских млекопитающих. [204]

В декабре 2022 года ученые сообщили о первом наблюдении вироворизма посредством эксперимента с прудовой водой, содержащей хлоровирус , который обычно заражает зеленые водоросли в пресноводной среде. Когда все другие микробные источники пищи были удалены из воды, было замечено, что инфузория Halteria увеличилась в количестве из-за активного потребления хлоровируса в качестве источника пищи вместо ее типичной бактериоядной диеты. [210] [211]

Роль в эволюции

Вирусы являются важным естественным средством передачи генов между различными видами, что увеличивает генетическое разнообразие и стимулирует эволюцию. [9] [212] [213] Считается, что вирусы играли центральную роль в ранней эволюции, до разделения последнего универсального общего предка на бактерии, археи и эукариоты. [214] Вирусы по-прежнему являются одним из крупнейших резервуаров неисследованного генетического разнообразия на Земле. [204]

Приложения

Науки о жизни и медицина

Ученый изучает вирус гриппа H5N1

Вирусы важны для изучения молекулярной и клеточной биологии , поскольку они предоставляют простые системы, которые можно использовать для манипулирования и исследования функций клеток. [26] : 8  Изучение и использование вирусов предоставило ценную информацию об аспектах клеточной биологии. [215] Например, вирусы были полезны при изучении генетики и помогли нам понять основные механизмы молекулярной генетики , такие как репликация ДНК , транскрипция , процессинг РНК , трансляция , транспорт белков и иммунология .

Генетики часто используют вирусы в качестве векторов для введения генов в клетки, которые они изучают. Это полезно для того, чтобы заставить клетку производить чужеродное вещество или для изучения эффекта введения нового гена в геном. Аналогично, виротерапия использует вирусы в качестве векторов для лечения различных заболеваний, поскольку они могут специфически воздействовать на клетки и ДНК. Это показывает многообещающее применение в лечении рака и в генной терапии . Ученые Восточной Европы уже некоторое время используют фаговую терапию в качестве альтернативы антибиотикам, и интерес к этому подходу растет из-за высокого уровня устойчивости к антибиотикам, который сейчас обнаруживается у некоторых патогенных бактерий. [216] Экспрессия гетерологичных белков вирусами является основой нескольких производственных процессов, которые в настоящее время используются для производства различных белков, таких как вакцинные антигены и антитела. Недавно были разработаны промышленные процессы с использованием вирусных векторов, и несколько фармацевтических белков в настоящее время проходят доклинические и клинические испытания. [217]

Виротерапия

Виротерапия подразумевает использование генетически модифицированных вирусов для лечения заболеваний. [218] Ученые модифицировали вирусы, чтобы они размножались в раковых клетках и уничтожали их, но не заражали здоровые клетки. Например, Talimogene laherparepvec (T-VEC) — это модифицированный вирус простого герпеса , у которого ген, необходимый для репликации вирусов в здоровых клетках, был удален и заменен человеческим геном ( GM-CSF ), который стимулирует иммунитет. Когда этот вирус заражает раковые клетки, он их уничтожает, и при этом наличие гена GM-CSF привлекает дендритные клетки из окружающих тканей организма. Дендритные клетки обрабатывают мертвые раковые клетки и представляют их компоненты другим клеткам иммунной системы . [219] После успешного завершения клинических испытаний вирус получил одобрение для лечения меланомы в конце 2015 года. [220] Вирусы, которые были перепрограммированы для уничтожения раковых клеток, называются онколитическими вирусами . [221]

Материаловедение и нанотехнологии

С точки зрения материаловеда, вирусы можно рассматривать как органические наночастицы . [222] Их поверхность несет особые инструменты, которые позволяют им пересекать барьеры их клеток-хозяев. Размер и форма вирусов, а также количество и природа функциональных групп на их поверхности точно определены. Таким образом, вирусы обычно используются в материаловедении в качестве каркасов для ковалентно связанных поверхностных модификаций. Особым качеством вирусов является то, что их можно адаптировать путем направленной эволюции. Мощные методы, разработанные науками о жизни, становятся основой инженерных подходов к наноматериалам, открывая широкий спектр приложений далеко за пределами биологии и медицины. [223] Благодаря своему размеру, форме и четко определенным химическим структурам вирусы использовались в качестве шаблонов для организации материалов в наномасштабе. Примерами служат работы в Военно-морской исследовательской лаборатории в Вашингтоне, округ Колумбия, по использованию частиц вируса мозаики коровьего гороха (CPMV) для усиления сигналов в датчиках на основе ДНК-микрочипов . В этом приложении вирусные частицы разделяют флуоресцентные красители , используемые для сигнализации, чтобы предотвратить образование нефлуоресцентных димеров , которые действуют как гасители . [224] Другим примером является использование CPMV в качестве наноразмерного макета для молекулярной электроники. [225]

Синтетические вирусы

Многие вирусы могут быть синтезированы de novo («с нуля»). Первый синтетический вирус был создан в 2002 году. [226] Хотя это и является некоторым заблуждением, синтезируется не сам вирус, а его геном ДНК (в случае ДНК-вируса) или кДНК- копия его генома (в случае РНК-вирусов). Для многих семейств вирусов голая синтетическая ДНК или РНК (после ферментативного обратного преобразования из синтетической кДНК) является инфекционной при введении в клетку. То есть они содержат всю необходимую информацию для производства новых вирусов. Эта технология в настоящее время используется для исследования новых стратегий вакцинации. [227] Способность синтезировать вирусы имеет далеко идущие последствия, поскольку вирусы больше не могут считаться вымершими, пока известна информация об их последовательности генома и доступны пермиссивные клетки. По состоянию на июнь 2021 года полные последовательности геномов 11 464 различных вирусов, включая оспу, находятся в открытом доступе в онлайн-базе данных, поддерживаемой Национальными институтами здравоохранения . [228]

Оружие

Способность вирусов вызывать опустошительные эпидемии в человеческих обществах привела к опасениям, что вирусы могут быть использованы в качестве оружия для биологической войны . Дальнейшие опасения были вызваны успешным воссозданием печально известного вируса гриппа 1918 года в лаборатории. [229] Вирус оспы опустошил множество обществ на протяжении всей истории до его искоренения. В мире есть только два центра, уполномоченных ВОЗ хранить запасы вируса оспы: Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» в России и Центры по контролю и профилактике заболеваний в Соединенных Штатах. [230] Его можно использовать в качестве оружия, [230] поскольку вакцина от оспы иногда имела серьезные побочные эффекты, она больше не используется в повседневной жизни ни в одной стране. Таким образом, большая часть современной человеческой популяции почти не имеет установленной устойчивости к оспе и будет уязвима для вируса. [230]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Wu KJ (15 апреля 2020 г.). «Во Вселенной вирусов больше, чем звезд. Почему только некоторые из них заражают нас? – На Земле существует более квадриллиона квадриллионов отдельных вирусов, но большинство из них не готовы перейти на людей. Сможем ли мы найти те, которые готовы?». National Geographic Society . Архивировано из оригинала 15 апреля 2020 г. . Получено 18 мая 2020 г. .
  2. ^ abc Кунин EV, Сенкевич TG, Доля VV (сентябрь 2006). "Древний мир вирусов и эволюция клеток". Biology Direct . 1 (1): 29. doi : 10.1186/1745-6150-1-29 . PMC 1594570 . PMID  16984643. 
  3. ^ Циммер С (26 февраля 2021 г.). «Тайная жизнь коронавируса — маслянистый пузырь генов шириной 100 нанометров убил более двух миллионов человек и изменил мир. Ученые не совсем понимают, что с этим делать». The New York Times . Архивировано из оригинала 28 декабря 2021 г. . Получено 28 февраля 2021 г.
  4. ^ ab Lawrence CM, Menon S, Eilers BJ, Bothner B, Khayat R, Douglas T и др. (май 2009 г.). «Структурные и функциональные исследования архейных вирусов». Журнал биологической химии . 284 (19): 12599–603. doi : 10.1074/jbc.R800078200 . PMC 2675988. PMID  19158076 . 
  5. ^ Edwards RA, Rohwer F (июнь 2005 г.). «Вирусная метагеномика». Nature Reviews. Микробиология . 3 (6): 504–10. doi :10.1038/nrmicro1163. PMID  15886693. S2CID  8059643.
  6. ^ abcdefghijklmn Dimmock NJ, Easton AJ, Leppard K (2007). Введение в современную вирусологию (6-е изд.). Blackwell Publishing. ISBN 978-1-4051-3645-7.
  7. ^ abc "Virus Taxonomy: 2022 Release". talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Получено 27 апреля 2023 г. .
  8. ^ ab Breitbart M , Rohwer F (июнь 2005 г.). «Здесь вирус, там вирус, везде один и тот же вирус?». Trends in Microbiology . 13 (6): 278–84. doi :10.1016/j.tim.2005.04.003. PMID  15936660.
  9. ^ ab Canchaya C, Fournous G, Chibani-Chennoufi S, Dillmann ML, Brüssow H (август 2003 г.). «Фаги как агенты латерального переноса генов». Current Opinion in Microbiology . 6 (4): 417–24. doi :10.1016/S1369-5274(03)00086-9. PMID  12941415.
  10. ^ ab Rybicki EP (1990). «Классификация организмов на грани жизни, или проблемы с систематикой вирусов». South African Journal of Science . 86 : 182–86.
  11. ^ ab Koonin EV, Starokadomskyy P (октябрь 2016). «Живы ли вирусы? Парадигма репликатора проливает решающий свет на старый, но ошибочный вопрос». Исследования по истории и философии биологических и биомедицинских наук . 59 : 125–34. doi :10.1016/j.shpsc.2016.02.016. PMC 5406846 . PMID  26965225. 
  12. ^ Robilotti E, Deresinski S, Pinsky BA (январь 2015 г.). «Норовирус». Clinical Microbiology Reviews . 28 (1): 134–64. doi :10.1128/CMR.00075-14. PMC 4284304. PMID  25567225 . 
  13. ^ abcdefghijklmnopqrs Шорс Т (2017). Понимание вирусов . Jones and Bartlett Publishers. ISBN 978-1-284-02592-7.
  14. ^ "Вирус, сущ.". OED Online . Oxford University Press. Март 2015.
  15. ^ ab Harper D (2011). "вирус". Онлайн-этимологический словарь . Получено 19 декабря 2014 г.
  16. ^ "Virulent, adj.". OED Online . Oxford University Press. Март 2015.
  17. ^ Harper D (2011). "virulent". Онлайн-словарь этимологии . Получено 19 декабря 2014 г.
  18. ^ Buschard K, Thon R (2003). «Модели диабетических животных». В Hau J, Van Hoosier Jr GL (ред.). Справочник по лабораторной животноводческой науке . Модели животных. Том II (2-е изд.). CRC Press. стр. 163, 166.
  19. ^ Уильям Т. Стерн: Ботаническая латынь. История, грамматика, синтаксис, терминология и словарный запас. Дэвид и Чарльз, 3-е изд., 1983. Цитата: «Вирус: вирус (SN II), gen. Sing. Viri, nom. pl. vira, gen. pl. vīrorum (отличать от virorum , мужчин)».
  20. ^ Harper D (2011). "вирусный". Онлайн-словарь этимологии . Получено 19 декабря 2014 г.
  21. ^ Harper D (2011). "virion". Онлайн-этимологический словарь . Получено 19 декабря 2014 г.
  22. ^ Casjens S (2010). Mahy BW, Van Regenmortel MH (ред.). Настольная энциклопедия общей вирусологии . Бостон: Academic Press. стр. 167. ISBN 978-0-12-375146-1.
  23. ^ Iyer LM, Balaji S, Koonin EV, Aravind L (апрель 2006 г.). «Эволюционная геномика ядерно-цитоплазматических больших ДНК-вирусов». Virus Research . 117 (1): 156–84. doi :10.1016/j.virusres.2006.01.009. PMID  16494962.
  24. ^ ab Санхуан Р., Небот М.Р., Кирико Н., Мански Л.М., Белшоу Р. (октябрь 2010 г.). «Уровни вирусных мутаций». Журнал вирусологии . 84 (19): 9733–9748. дои : 10.1128/JVI.00694-10. ПМЦ 2937809 . ПМИД  20660197. 
  25. ^ Крупович М, Доля ВВ, Кунин ЕВ (июль 2019). «Происхождение вирусов: изначальные репликаторы, рекрутирующие капсиды из хозяев» (PDF) . Nature Reviews. Микробиология . 17 (7): 449–58. doi :10.1038/s41579-019-0205-6. PMID  31142823. S2CID  256744818.
  26. ^ abcdefghijklmnopqrstu Collier L, Balows A, Sussman M (1998). Mahy B, Collier LA (ред.). Микробиология и микробные инфекции Топли и Уилсона . Вирусология. Т. 1 (9-е изд.). ISBN 0-340-66316-2.
  27. ^ abcdefgh Mahy WJ, Regenmortel MH, ред. (2009). Настольная энциклопедия общей вирусологии . Oxford: Academic Press. ISBN 978-0-12-375146-1.
  28. ^ МакКлинток Б. (июнь 1950 г.). «Происхождение и поведение мутабельных локусов кукурузы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 36 (6): 344–55. Bibcode : 1950PNAS...36..344M. doi : 10.1073 /pnas.36.6.344 . PMC 1063197. PMID  15430309. 
  29. ^ Цагрис Э.М., Мартинес де Альба А.Е., Гозманова М., Калантидис К. (ноябрь 2008 г.). «Вироиды». Клеточная микробиология . 10 (11): 2168–79. дои : 10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x . PMID  18764915. S2CID  221581424.
  30. ^ ab La Scola B, Desnues C, Pagnier I, Robert C, Barrassi L, Fournous G и др. (сентябрь 2008 г.). «Вирофаг как уникальный паразит гигантского мимивируса». Природа . 455 (7209): 100–04. Бибкод :2008Natur.455..100L. дои : 10.1038/nature07218. PMID  18690211. S2CID  4422249.
  31. Диммок, стр. 15–16.
  32. ^ Зербини FM, Китадзима EW (сентябрь 2022 г.). «От Contagium vivum Liquidum до Рибовирии: Вирус-ориентированная история таксономии вирусов табачной мозаики». Биомолекулы . 12 (10): 1363. doi : 10.3390/biom12101363 . ПМК 9599303 . ПМИД  36291572. 
  33. ^ Холмс EC (октябрь 2007 г.). «Вирусная эволюция в геномную эпоху». PLOS Biology . 5 (10): e278. doi : 10.1371/journal.pbio.0050278 . PMC 1994994. PMID  17914905 . 
  34. ^ Wimmer E, Mueller S, Tumpey TM, Taubenberger JK (декабрь 2009 г.). «Синтетические вирусы: новая возможность понять и предотвратить вирусные заболевания». Nature Biotechnology . 27 (12): 1163–72. doi :10.1038/nbt.1593. PMC 2819212 . PMID  20010599. 
  35. ^ Хорн М (2008). «Хламидии как симбионты у эукариот». Ежегодный обзор микробиологии . 62 : 113–31. doi : 10.1146/annurev.micro.62.081307.162818. PMID  18473699.
  36. ^ Ammerman NC, Beier-Sexton M, Azad AF (ноябрь 2008 г.). "Лабораторное обслуживание Rickettsia rickettsii". Current Protocols in Microbiology . 11 (1): 3A.5.1–3A.5.21. doi :10.1002/9780471729259.mc03a05s11. ISBN 978-0471729259. PMC  2725428 . PMID  19016440.
  37. ^ Forterre, P. Концепция вироцелл и микробиология окружающей среды. ISME J 7, 233–236 (2013). https://doi.org/10.1038/ismej.2012.110
  38. ^ DeLong JP, Al-Sammak MA, Al-Ameeli ZT, Dunigan DD, Edwards KF, Fuhrmann JJ и др. (Февраль 2022 г.). «К интегративному представлению о фенотипах вирусов». Nature Reviews. Microbiology . 20 (2): 83–94. doi :10.1038/s41579-021-00612-w. PMID  34522049.
  39. ^ Краснер Р. (2014). Микробная проблема: перспектива общественного здравоохранения . Берлингтон, Массачусетс: Jones & Bartlett Learning. ISBN 978-1-4496-7375-8. OCLC  794228026.
  40. ^ Киселев Н.А., Шерман М.Б., Цупрун В.Л. (1990). "Негативное окрашивание белков". Обзоры электронной микроскопии . 3 (1): 43–72. doi :10.1016/0892-0354(90)90013-I. PMID  1715774.
  41. ^ Каспар ДЛ, Клуг А (1962). «Физические принципы построения обычных вирусов». Симпозиумы по количественной биологии в Колд-Спринг-Харбор . 27 : 1–24. doi :10.1101/sqb.1962.027.001.005. PMID  14019094.
  42. ^ Crick FH, Watson JD (март 1956). «Структура малых вирусов». Nature . 177 (4506): 473–75. Bibcode :1956Natur.177..473C. doi :10.1038/177473a0. PMID  13309339. S2CID  5740221.
  43. ^ Falvo MR, Washburn S, Superfine R, Finch M, Brooks FP, Chi V и др. (март 1997 г.). «Манипуляция отдельными вирусами: трение и механические свойства». Biophysical Journal . 72 (3): 1396–403. Bibcode :1997BpJ....72.1396F. doi :10.1016/S0006-3495(97)78786-1. PMC 1184522 . PMID  9138585. 
  44. ^ Кузнецов Ю.Г., Малкин А.Дж., Лукас Р.В., Пломп М., Макферсон А. (сентябрь 2001 г.). «Визуализация вирусов с помощью атомно-силовой микроскопии». Журнал общей вирусологии . 82 (ч. 9): 2025–34. doi : 10.1099/0022-1317-82-9-2025 . PMID  11514711.
  45. ^ Straus SK, Bo HE (2018). «Нитчатые бактериофаговые белки и сборка». Вирусные белковые и нуклеопротеиновые комплексы . Субклеточная биохимия. Т. 88. С. 261–79. doi :10.1007/978-981-10-8456-0_12. ISBN 978-981-10-8455-3. PMID  29900501.
  46. ^ Wilson DP (2016). «Выступающие элементы вирусных капсидов сгруппированы на икосаэдрических больших кругах». PLOS ONE . 11 (4): e0152319. Bibcode : 2016PLoSO..1152319W. doi : 10.1371/journal.pone.0152319 . PMC 4821576. PMID  27045511 . 
  47. ^ Casens S (2009). Настольная энциклопедия общей вирусологии . Бостон: Academic Press. С. 167–74. ISBN 978-0-12-375146-1.
  48. ^ Дхама К., Хан С., Тивари Р., Сиркар С., Бхат С., Малик Ю.С. и др. (сентябрь 2020 г.). «Коронавирусная болезнь 2019-COVID-19». Обзоры клинической микробиологии . 33 (4). дои : 10.1128/CMR.00028-20. ПМК 7405836 . ПМИД  32580969. 
  49. ^ Россманн МГ, Месянжинов ВВ, Арисака Ф, Лейман ПГ (апрель 2004 г.). «Машина для инъекций ДНК бактериофага Т4». Current Opinion in Structural Biology . 14 (2): 171–80. doi :10.1016/j.sbi.2004.02.001. PMID  15093831.
  50. ^ Long GW, Nobel J, Murphy FA, ​​Herrmann KL, Lourie B (сентябрь 1970 г.). «Опыт использования электронной микроскопии в дифференциальной диагностике оспы». Applied Microbiology . 20 (3): 497–504. doi :10.1128 / AEM.20.3.497-504.1970. PMC 376966. PMID  4322005. 
  51. ^ Suzan-Monti M, La Scola B, Raoult D (апрель 2006 г.). «Геномные и эволюционные аспекты мимивируса». Virus Research . 117 (1): 145–55. doi :10.1016/j.virusres.2005.07.011. PMID  16181700.
  52. ^ Arslan D, Legendre M, Seltzer V, Abergel C, Claverie JM (октябрь 2011 г.). «Отдаленный родственник Mimivirus с большим геномом подчеркивает фундаментальные особенности Megaviridae». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (42): 17486–91. Bibcode : 2011PNAS..10817486A. doi : 10.1073/pnas.1110889108 . PMC 3198346. PMID  21987820 . 
  53. ^ ab Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M и др. (июль 2013 г.). «Пандоравирусы: вирусы амёбы с геномами до 2,5 Мб, достигающие геномов паразитических эукариот» (PDF) . Science . 341 (6143): 281–86. Bibcode :2013Sci...341..281P. doi :10.1126/science.1239181. PMID  23869018. S2CID  16877147.
  54. ^ Брандес Н., Линиал М. (апрель 2019 г.). «Гигантские вирусы — большие сюрпризы». Вирусы . 11 (5): 404. doi : 10.3390/v11050404 . PMC 6563228. PMID  31052218 . 
  55. ^ ab Prangishvili D, Forterre P, Garrett RA (ноябрь 2006 г.). «Вирусы архей: объединяющий взгляд». Nature Reviews. Microbiology . 4 (11): 837–48. doi :10.1038/nrmicro1527. PMID  17041631. S2CID  9915859.
  56. ^ "База данных вирусного генома NCBI". ncbi.nlm.nih.gov . Получено 15 января 2017 г. .
  57. ^ Pennisi E (март 2011 г.). «Микробиология. Становление вирусным: изучение роли вирусов в наших телах». Science . 331 (6024): 1513. Bibcode :2011Sci...331.1513P. doi :10.1126/science.331.6024.1513. PMID  21436418.
  58. ^ Shi M, Lin XD, Tian JH, Chen LJ, Chen X, Li CX и др. (декабрь 2016 г.). «Переосмысление виросферы РНК беспозвоночных». Nature . 540 (7634): 539–43. Bibcode :2016Natur.540..539S. doi :10.1038/nature20167. PMID  27880757. S2CID  1198891.
  59. ^ Saunders VA, Carter J (2007). Вирусология: принципы и приложения . Чичестер: John Wiley & Sons. стр. 72. ISBN 978-0-470-02387-7.
  60. ^ Белый ВА, Левин А.Дж., Скалка А.М. (декабрь 2010 г.). «Последовательности предковых одноцепочечных ДНК-вирусов в геномах позвоночных: парвовирусы и цирковирусы имеют возраст более 40–50 миллионов лет». Журнал вирусологии . 84 (23): 12458–62. doi :10.1128/JVI.01789-10. PMC 2976387. PMID  20861255 . 
  61. ^ Брандес Н., Линиал М. (май 2016 г.). «Перекрытие генов и ограничения по размеру в вирусном мире». Biology Direct . 11 (1): 26. doi : 10.1186/s13062-016-0128-3 . PMC 4875738. PMID  27209091 . 
  62. ^ Pressing J, Reanney DC (1984). «Разделенные геномы и внутренний шум». Journal of Molecular Evolution . 20 (2): 135–46. Bibcode : 1984JMolE..20..135P. doi : 10.1007/BF02257374. PMC 7087551. PMID  6433032 . 
  63. ^ Даффи С., Холмс ЕС (июнь 2009 г.). «Подтверждение высоких показателей нуклеотидной замены в геминивирусах: филогенетические данные по вирусам мозаики восточноафриканской маниоки». Журнал общей вирусологии . 90 (ч. 6): 1539–47. doi :10.1099/vir.0.009266-0. PMC 4091138. PMID  19264617 . 
  64. ^ Sandbulte MR, Westgeest KB, Gao J, Xu X, Klimov AI, Russell CA и др. (декабрь 2011 г.). «Несогласованный антигенный дрейф нейраминидазы и гемагглютинина у вирусов гриппа H1N1 и H3N2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (51): 20748–53. Bibcode : 2011PNAS..10820748S. doi : 10.1073/pnas.1113801108 . PMC 3251064. PMID  22143798 . 
  65. ^ Moss RB, Davey RT, Steigbigel RT, Fang F (июнь 2010 г.). «Нацеливание на пандемический грипп: руководство по противовирусным препаратам для лечения гриппа и устойчивости к лекарственным препаратам». Журнал антимикробной химиотерапии . 65 (6): 1086–93. doi : 10.1093/jac/dkq100 . PMID  20375034.
  66. ^ Hampson AW, Mackenzie JS (ноябрь 2006 г.). «Вирусы гриппа». The Medical Journal of Australia . 185 (S10): S39–43. doi :10.5694/j.1326-5377.2006.tb00705.x. PMID  17115950. S2CID  17069567.
  67. ^ Metzner KJ (декабрь 2006 г.). «Обнаружение и значение квазивидов меньшинства лекарственно-устойчивого ВИЧ-1». Журнал терапии ВИЧ . 11 (4): 74–81. PMID  17578210.
  68. ^ Гаудсмит, Яап. Вирусный секс . Oxford Univ Press, 1998. ISBN 978-0-19-512496-5. 
  69. ^ Worobey M, Holmes EC (октябрь 1999). «Эволюционные аспекты рекомбинации в РНК-вирусах». Журнал общей вирусологии . 80 (10): 2535–43. doi : 10.1099/0022-1317-80-10-2535 . PMID  10573145.
  70. ^ Лукашев АН (2005). «Роль рекомбинации в эволюции энтеровирусов». Обзоры по медицинской вирусологии . 15 (3): 157–67. doi :10.1002/rmv.457. PMID  15578739. S2CID  26000112.
  71. ^ Umene K (июль 1999). «Механизм и применение генетической рекомбинации в герпесвирусах». Обзоры в медицинской вирусологии . 9 (3): 171–82. doi :10.1002/(SICI)1099-1654(199907/09)9:3<171::AID-RMV243>3.0.CO;2-A. PMID  10479778. S2CID  43110533.
  72. ^ Su S, Wong G, Shi W, Liu J, Lai AC, Zhou J, et al. (июнь 2016 г.). «Эпидемиология, генетическая рекомбинация и патогенез коронавирусов». Trends in Microbiology . 24 (6): 490–502. doi :10.1016/j.tim.2016.03.003. PMC 7125511. PMID 27012512  . 
  73. ^ Barr JN, Fearns R (июнь 2010 г.). «Как РНК-вирусы поддерживают целостность своего генома». Журнал общей вирусологии . 91 (ч. 6): 1373–87. doi :10.1099/vir.0.020818-0. PMID  20335491.
  74. ^ Freed EO (август 2015 г.). «Сборка, высвобождение и созревание ВИЧ-1». Nature Reviews. Микробиология . 13 (8): 484–96. doi :10.1038/nrmicro3490. PMC 6936268. PMID 26119571  . 
  75. ^ Yin J, Redovich J (июнь 2018 г.). «Кинетическое моделирование роста вирусов в клетках». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 82 (2). doi :10.1128/MMBR.00066-17. PMC 5968458. PMID  29592895 . 
  76. ^ Más V, Melero JA (2013). «Вход вирусов с оболочкой в ​​клетки-хозяева: слияние мембран». Структура и физика вирусов . Субклеточная биохимия. Т. 68. С. 467–87. doi :10.1007/978-94-007-6552-8_16. ISBN 978-94-007-6551-1. PMC  7121288 . PMID  23737062.
  77. ^ Boevink P, Oparka KJ (август 2005 г.). «Взаимодействие вируса с хозяином во время процессов движения». Plant Physiology . 138 (4): 1815–21. doi :10.1104/pp.105.066761. PMC 1183373. PMID  16172094 . 
  78. ^ Блаас Д. (май 2016 г.). «Пути проникновения вирусов: пример вирусов простуды». Wiener Medizinische Wochenschrift . 166 (7–8): 211–26. дои : 10.1007/s10354-016-0461-2. ПМЦ 4871925 . ПМИД  27174165. 
  79. ^ Isomura H, Stinski MF (февраль 2013 г.). «Координация поздней транскрипции генов человеческого цитомегаловируса с синтезом вирусной ДНК: рекомбинантные вирусы как потенциальные кандидаты на терапевтические вакцины». Экспертное мнение о терапевтических мишенях . 17 (2): 157–66. doi :10.1517/14728222.2013.740460. PMID  23231449. S2CID  11448687.
  80. ^ Barman S, Ali A, Hui EK, Adhikary L, Nayak DP (сентябрь 2001 г.). «Транспорт вирусных белков в апикальные мембраны и взаимодействие матричного белка с гликопротеинами при сборке вирусов гриппа». Virus Research . 77 (1): 61–69. doi :10.1016/S0168-1702(01)00266-0. PMID  11451488.
  81. ^ Staginnus C, Richert-Pöggeler KR (октябрь 2006 г.). «Эндогенные параретровирусы: двуличные путешественники в геноме растений». Trends in Plant Science . 11 (10): 485–91. Bibcode : 2006TPS....11..485S. doi : 10.1016/j.tplants.2006.08.008. PMID  16949329.
  82. ^ Roulston A, Marcellus RC, Branton PE (1999). «Вирусы и апоптоз». Annual Review of Microbiology . 53 : 577–628. doi :10.1146/annurev.micro.53.1.577. PMID  10547702.
  83. ^ Alwine JC (2008). «Модуляция стрессовых реакций клеток-хозяев цитомегаловирусом человека». Цитомегаловирус человека . Текущие темы микробиологии и иммунологии. Том 325. С. 263–79. doi :10.1007/978-3-540-77349-8_15. ISBN 978-3-540-77348-1. PMID  18637511.
  84. ^ Бароцци П., Потенца Л., Рива Г., Валлерини Д., Квадрелли С., Боско Р. и др. (декабрь 2007 г.). «В-клетки и герпесвирусы: модель лимфопролиферации». Обзоры аутоиммунитета . 7 (2): 132–36. doi :10.1016/j.autrev.2007.02.018. ПМИД  18035323.
  85. ^ Subramanya D, Grivas PD (ноябрь 2008 г.). «ВПЧ и рак шейки матки: обновления об установленной связи». Postgraduate Medicine . 120 (4): 7–13. doi :10.3810/pgm.2008.11.1928. PMID  19020360. S2CID  1399003.
  86. ^ Синклер Дж (март 2008 г.). «Цитомегаловирус человека: латентность и реактивация в миелоидной линии». Журнал клинической вирусологии . 41 (3): 180–85. doi :10.1016/j.jcv.2007.11.014. PMID  18164651.
  87. ^ Jordan MC, Jordan GW, Stevens JG, Miller G (июнь 1984). «Латентные герпесвирусы человека». Annals of Internal Medicine . 100 (6): 866–80. doi :10.7326/0003-4819-100-6-866. PMID  6326635.
  88. ^ Sissons JG, Bain M, Wills MR (февраль 2002 г.). «Латентность и реактивация цитомегаловируса человека». The Journal of Infection . 44 (2): 73–77. doi :10.1053/jinf.2001.0948. PMID  12076064.
  89. ^ Crawford DH (2011). "Глава 2: Вирусы повсюду". Вирусы: Очень краткое введение . Oxford University Press, США. стр. 16. ISBN 978-0-19-957485-8.
  90. ^ Baggesen DL, Sørensen G, Nielsen EM, Wegener HC (январь 2010 г.). «Фаготипирование Salmonella Typhimurium – все еще ли это полезный инструмент для надзора и расследования вспышек?». Euro Surveillance . 15 (4): 19471. PMID  20122382. Получено 19 декабря 2014 г.
  91. ^ Parker MT (сентябрь 2016 г.). «Экологическая структура человеческого вирома обеспечивает классификацию текущих знаний и определяет области предстоящих открытий». Йельский журнал биологии и медицины . 89 (3): 339–51. PMC 5045143. PMID  27698618 . 
  92. ^ Woolhouse M, Scott F, Hudson Z, Howey R, Chase-Topping M (октябрь 2012 г.). «Вирусы человека: открытие и возникновение». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Серия B, Биологические науки . 367 (1604): 2864–71. doi :10.1098/rstb.2011.0354. PMC 3427559. PMID  22966141 . 
  93. ^ Аб Ашур Х.М., Эльхатиб В.Ф., Рахман М.М., Эльшабрави Х.А. (март 2020 г.). «Взгляд на недавний новый коронавирус (SARS-CoV-2) 2019 года в свете прошлых вспышек человеческого коронавируса». Патогены . 9 (3): 186. doi : 10.3390/pathogens9030186 . ПМК 7157630 . ПМИД  32143502. 
  94. ^ Львофф А, Хорн Р.В., Турнье П. (июнь 1962 г.). «[Вирусная система]». Comptes Rendus Hebdomadaires des Séances de l'Académie des Sciences (на французском языке). 254 : 4225–27. ПМИД  14467544.
  95. ^ Lwoff A, Horne R, Tournier P (1962). «Система вирусов». Симпозиумы по количественной биологии в Колд-Спринг-Харбор . 27 : 51–55. doi :10.1101/sqb.1962.027.001.008. PMID  13931895.
  96. ^ Fauquet CM, Fargette D (август 2005 г.). «Международный комитет по таксономии вирусов и 3142 нераспределенных вида». Virology Journal . 2 : 64. doi : 10.1186/1743-422X - 2-64 . PMC 1208960. PMID  16105179. 
  97. ^ Исполнительный комитет Международного комитета по таксономии вирусов (май 2020 г.). «Новая область таксономии вирусов: разделение виросферы на 15 иерархических рангов». Nat Microbiol . 5 (5): 668–74. doi :10.1038/s41564-020-0709-x. PMC 7186216. PMID  32341570 . 
  98. ^ Хан МК, Алам ММ (июль 2021 г.). «Вспышки норовирусного гастроэнтерита, геномное разнообразие и эволюция: обзор». Mymensingh Medical Journal . 30 (3): 863–73. PMID  34226482.
  99. ^ Эберле Дж., Гюртлер Л. (2012). «Типы, группы, подтипы и рекомбинантные формы ВИЧ: ошибки репликации, давление отбора и квазивиды». Intervirology . 55 (2): 79–83. doi :10.1159/000331993. PMID  22286874. S2CID  5642060.
  100. ^ Исполнительный комитет Международного комитета по таксономии вирусов (май 2020 г.). «Новая сфера таксономии вирусов: разделение виросферы на 15 иерархических рангов». Nature Microbiology . 5 (5): 668–674. doi :10.1038/s41564-020-0709-x. PMC 7186216 . PMID  32341570. 
  101. ^ Delwart EL (2007). «Вирусная метагеномика». Обзоры по медицинской вирусологии . 17 (2): 115–131. doi : 10.1002/rmv.532. PMC 7169062. PMID  17295196. 
  102. ^ Temin HM, Baltimore D (1972). "РНК-направленный синтез ДНК и РНК-вирусы опухолей". Advances in Virus Research . 17 : 129–86. doi :10.1016/S0065-3527(08)60749-6. ISBN 978-0120398171. PMID  4348509.
  103. ^ Baltimore D (1974). «Стратегия РНК-вирусов». Harvey Lectures . 70 Series. 70 Series: 57–74. PMID  4377923.
  104. ^ van Regenmortel MH, Mahy BW (январь 2004 г.). «Возникающие проблемы в таксономии вирусов». Emerging Infectious Diseases . 10 (1): 8–13. doi :10.3201/eid1001.030279. PMC 3322749. PMID  15078590 . 
  105. ^ Mayo MA (1999). «Развитие таксономии вирусов растений с момента публикации 6-го отчета ICTV. Международный комитет по таксономии вирусов». Архивы вирусологии . 144 (8): 1659–66. doi : 10.1007/s007050050620 . PMID  10486120. S2CID  33422303.
  106. ^ де Вильерс Э.М., Фоке С., Брокер Т.Р., Бернар Х.У., цур Хаузен Х. (июнь 2004 г.). «Классификация папилломавирусов». Вирусология . 324 (1): 17–27. doi :10.1016/j.virol.2004.03.033. ПМИД  15183049.
  107. ^ Фишер Б., Харви РП., Чамп П.К. (2007). "Глава 33 (Краткие сведения о заболеваниях)". Иллюстрированные обзоры Липпинкотта: Микробиология . Серия иллюстрированных обзоров Липпинкотта. Хагерствон, Мэриленд: Липпинкотт Уильямс и Уилкинс. стр. 367–392. ISBN 978-0-7817-8215-9.
  108. ^ Komaroff AL (декабрь 2006 г.). «Является ли вирус герпеса человека 6-го типа триггером синдрома хронической усталости?». Журнал клинической вирусологии . 37 (Приложение 1): S39–46. doi :10.1016/S1386-6532(06)70010-5. PMID  17276367.
  109. ^ Chen CH, Chiu YL, Wei FC, Koong FJ, Liu HC, Shaw CK и др. (январь 1999 г.). «Высокая серопревалентность инфекции вируса Борна среди больных шизофренией, членов их семей и работников психиатрических служб на Тайване». Молекулярная психиатрия . 4 (1): 33–38. doi : 10.1038/sj.mp.4000484 . PMID  10089006. S2CID  19830976.
  110. ^ Margolis TP, Elfman FL, Leib D, Pakpour N, Apakupakul K, Imai Y и др. (октябрь 2007 г.). «Спонтанная реактивация вируса простого герпеса типа 1 в латентно инфицированных сенсорных ганглиях мышей». Журнал вирусологии . 81 (20): 11069–74. doi :10.1128/JVI.00243-07. PMC 2045564. PMID  17686862 . 
  111. ^ Whitley RJ, Roizman B (май 2001). «Инфекции вируса простого герпеса». Lancet . 357 (9267): 1513–18. doi :10.1016/S0140-6736(00)04638-9. PMID  11377626. S2CID  9854903.
  112. ^ Barton ES, White DW, Cathelyn JS, Brett-McClellan KA, Engle M, Diamond MS и др. (май 2007 г.). «Латентность вируса герпеса обеспечивает симбиотическую защиту от бактериальной инфекции». Nature . 447 (7142): 326–29. Bibcode :2007Natur.447..326B. doi :10.1038/nature05762. PMID  17507983. S2CID  4425405.
  113. ^ Bertoletti A, Gehring A (октябрь 2007 г.). «Иммунный ответ и толерантность во время хронической инфекции вируса гепатита B». Hepatology Research . 37 (Suppl 3): S331–38. doi :10.1111/j.1872-034X.2007.00221.x. PMID  17931183. S2CID  13386004.
  114. ^ Rodrigues C, Deshmukh M, Jacob T, Nukala R, Menon S, Mehta A (2001). «Значимость ДНК HBV с помощью ПЦР по сравнению с серологическими маркерами HBV у пациентов с острым и хроническим заболеванием». Indian Journal of Medical Microbiology . 19 (3): 141–44. PMID  17664817.
  115. ^ Nguyen VT, McLaws ML, Dore GJ (декабрь 2007 г.). «Высокоэндемичная инфекция гепатита B в сельской местности Вьетнама». Журнал гастроэнтерологии и гепатологии . 22 (12): 2093–100. doi :10.1111/j.1440-1746.2007.05010.x. PMID  17645465. S2CID  29885790.
  116. ^ Fowler MG, Lampe MA, Jamieson DJ, Kourtis AP, Rogers MF (сентябрь 2007 г.). «Снижение риска передачи вируса иммунодефицита человека от матери ребенку: прошлые успехи, текущий прогресс и проблемы, а также будущие направления». American Journal of Obstetrics and Gynecology . 197 (3 Suppl): S3–9. doi : 10.1016/j.ajog.2007.06.048 . PMID  17825648.
  117. ^ Зауэрбрей А., Вутцлер П. (декабрь 2000 г.). «Синдром врожденной ветряной оспы». Журнал перинатологии . 20 (8, часть 1): 548–54. дои : 10.1038/sj.jp.7200457. PMID  11190597. S2CID  7973561.
  118. ^ ab Antonovics J, Wilson AJ, Forbes MR, Hauffe HC, Kallio ER, Leggett HC и др. (май 2017 г.). «Эволюция способа передачи». Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Серия B, Биологические науки . 372 (1719). doi :10.1098/rstb.2016.0083. PMC 5352810. PMID  28289251 . 
  119. ^ Garnett GP (февраль 2005 г.). «Роль коллективного иммунитета в определении эффекта вакцин против заболеваний, передающихся половым путем». Журнал инфекционных заболеваний . 191 (Приложение 1): S97–106. doi : 10.1086/425271 . PMID  15627236.
  120. ^ Платонов А.Е. (2006). "[Влияние погодных условий на эпидемиологию трансмиссивных заболеваний на примере лихорадки Западного Нила в России]". Вестник Российской академии медицинских наук (2): 25–29. ПМИД  16544901.
  121. ^ Jewell CP, Keeling MJ, Roberts GO (декабрь 2009 г.). «Прогнозирование необнаруженных инфекций во время вспышки ящура в 2007 г.». Журнал Королевского общества, Интерфейс . 6 (41): 1145–51. doi :10.1098/rsif.2008.0433. PMC 2817150. PMID  19091686 . 
  122. ^ Паттерсон КД, Пайл ГФ (1991). «География и смертность пандемии гриппа 1918 года». Бюллетень истории медицины . 65 (1): 4–21. PMID  2021692.
  123. ^ Джонсон Н. П., Мюллер Дж. (2002). «Обновление счетов: глобальная смертность от пандемии «испанского» гриппа 1918–1920 гг.». Бюллетень истории медицины . 76 (1): 105–15. doi :10.1353/bhm.2002.0022. PMID  11875246. S2CID  22974230.
  124. ^ Eisinger RW, Fauci AS (март 2018 г.). "1". Emerging Infectious Diseases . 24 (3): 413–16. doi :10.3201/eid2403.171797. PMC 5823353. PMID  29460740 . 
  125. ^ Цинь Ю, Чжао М.Дж., Тан Ю.И., Ли XQ, Чжэн Дж.Д., Пэн З.Б. и др. (август 2018 г.). «[История пандемий гриппа в Китае за последнее столетие]». Чжунхуа Лю Син Бин Сюэ За Чжи = Чжунхуа Люсинбинсюэ Зажи (на китайском языке). 39 (8): 1028–31. doi : 10.3760/cma.j.issn.0254-6450.2018.08.003. ПМИД  30180422.
  126. ^ Гао Ф., Бэйлс Э., Робертсон Д.Л., Чен Ю., Роденбург К.М., Майкл С.Ф. и др. (февраль 1999 г.). «Происхождение ВИЧ-1 у шимпанзе Pan troglodytes troglodytes». Природа . 397 (6718): 436–41. Бибкод : 1999Natur.397..436G. дои : 10.1038/17130 . PMID  9989410. S2CID  4432185.
  127. ^ "Информационный бюллетень" (PDF) . UNAIDS.org . 2018 . Получено 12 декабря 2019 .
  128. ^ "UN AIDS DATA2019". UNAIDS.org . 2019 . Получено 5 декабря 2019 .
  129. ^ Mawar N, Saha S, Pandit A, Mahajan U (декабрь 2005 г.). «Третья фаза пандемии ВИЧ: социальные последствия стигмы и дискриминации в связи с ВИЧ/СПИДом и будущие потребности» (PDF) . The Indian Journal of Medical Research . 122 (6): 471–84. PMID  16517997. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 г. . Получено 19 декабря 2014 г. .
  130. ^ "Status of the global HIV epidemic" (PDF) . ЮНЭЙДС. 2008. Архивировано из оригинала (PDF) 22 ноября 2015 г. Получено 19 декабря 2014 г.
  131. ^ Towner JS, Khristova ML, Sealy TK, Vincent MJ, Erickson BR, Bawiec DA и др. (июль 2006 г.). «Геномика вируса Марбург и связь с крупной вспышкой геморрагической лихорадки в Анголе». Journal of Virology . 80 (13): 6497–516. doi :10.1128/JVI.00069-06. PMC 1488971 . PMID  16775337. 
  132. ^ «Доклад Всемирной организации здравоохранения, 24 сентября 2014 г.» (PDF) .
  133. ^ "Журнал вирусологии". Журнал вирусологии .
  134. ^ Weiss SR, Leibowitz JL (2011). Патогенез коронавируса . Достижения в исследовании вирусов. Т. 81. С. 85–164. doi :10.1016/B978-0-12-385885-6.00009-2. ISBN 978-0-12-385885-6. PMC  7149603 . PMID  22094080.
  135. ^ Wong AT, Chen H, Liu SH, Hsu EK, Luk KS, Lai CK и др. (Май 2017 г.). «От SARS к готовности к птичьему гриппу в Гонконге». Клинические инфекционные заболевания . 64 (suppl_2): S98–S104. doi : 10.1093/cid/cix123 . PMID  28475794.
  136. ^ Дэн SQ, Пэн HJ (февраль 2020 г.). «Характеристики и меры общественного здравоохранения по реагированию на вспышку коронавирусной болезни 2019 года в Китае». Журнал клинической медицины . 9 (2): 575. doi : 10.3390/jcm9020575 . PMC 7074453. PMID  32093211. 
  137. ^ Han Q, Lin Q, Jin S, You L (апрель 2020 г.). «Коронавирус 2019-nCoV: краткий взгляд с передовой». Журнал инфекций . 80 (4): 373–77. doi : 10.1016/j.jinf.2020.02.010. PMC 7102581. PMID 32109444  . 
  138. ^ Лондоньо Э., Ортис А. (16 марта 2020 г.). «Ограничения на поездки из-за коронавируса по всему миру». The New York Times .
  139. ^ «США предпринимают больше масштабных мер реагирования на пандемию; в Европе резко растет число случаев заболевания COVID-19». CIDRAP . 15 марта 2020 г.
  140. ^ Einstein MH, Schiller JT, Viscidi RP, Strickler HD, Coursaget P, Tan T и др. (июнь 2009 г.). «Руководство для врачей по иммунологии вируса папилломы человека: известное и неизвестное». The Lancet. Инфекционные заболевания . 9 (6): 347–56. doi :10.1016/S1473-3099(09)70108-2. PMID  19467474.
  141. ^ Shuda M, Feng H, Kwun HJ, Rosen ST, Gjoerup O, Moore PS и др. (октябрь 2008 г.). «Мутации антигена T являются специфичной для опухолей человека сигнатурой полиомавируса клеток Меркеля». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (42): 16272–77. Bibcode : 2008PNAS..10516272S. doi : 10.1073/pnas.0806526105 . PMC 2551627. PMID  18812503 . 
  142. ^ Pulitzer MP, Amin BD, Busam KJ (май 2009 г.). «Меркелевская карцинома: обзор». Advances in Anatomic Pathology . 16 (3): 135–44. doi :10.1097/PAP.0b013e3181a12f5a. PMID  19395876. S2CID  36110778.
  143. ^ Koike K (июнь 2007 г.). «Вирус гепатита С способствует гепатоканцерогенезу, модулируя метаболические и внутриклеточные сигнальные пути». Журнал гастроэнтерологии и гепатологии . 22 (Приложение 1): S108–11. doi :10.1111/j.1440-1746.2006.04669.x. PMID  17567457. S2CID  25399220.
  144. ^ Ху Дж., Ладгейт Л. (2007). «Коинфекция ВИЧ–HBV и ВИЧ–HCV и развитие рака печени». Вирусный онкогенез, связанный со СПИДом . Лечение и исследования рака. Т. 133. С. 241–52. doi :10.1007/978-0-387-46816-7_9. ISBN 978-0-387-46804-4. PMID  17672044.
  145. ^ Bellon M, Nicot C (2007). «Теломераза: ключевой игрок в HTLV-I-индуцированной человеческой Т-клеточной лейкемии». Cancer Genomics & Proteomics . 4 (1): 21–25. PMID  17726237.
  146. ^ Шиффман М., Касл П.Е., Джеронимо Дж., Родригес AC, Вахолдер С. (сентябрь 2007 г.). «Вирус папилломы человека и рак шейки матки». Ланцет . 370 (9590): 890–907. дои : 10.1016/S0140-6736(07)61416-0. PMID  17826171. S2CID  20196938.
  147. ^ Klein E, Kis LL, Klein G (февраль 2007 г.). «Инфекция вируса Эпштейна-Барр у людей: от безвредных до опасных для жизни взаимодействий вируса и лимфоцитов». Oncogene . 26 (9): 1297–305. doi : 10.1038/sj.onc.1210240 . PMID  17322915.
  148. ^ Zur Hausen H (июль 2008 г.). «Новые полиомавирусы человека – повторное появление известного семейства вирусов как возможных канцерогенов человека». International Journal of Cancer . 123 (2): 247–50. doi : 10.1002/ijc.23620 . PMID  18449881. S2CID  9482506.
  149. ^ Альбертс Б., Джонсон А., Льюис Дж., Рафф М., Робертс К., Уолтерс П. (2002). Молекулярная биология клетки (4-е изд.). Нью-Йорк и Лондон: Garland Science. ISBN 0-8153-3218-1.
  150. ^ Ding SW, Voinnet O (август 2007 г.). «Противовирусный иммунитет, направляемый малыми РНК». Cell . 130 (3): 413–26. doi :10.1016/j.cell.2007.07.039. PMC 2703654 . PMID  17693253. 
  151. ^ Patton JT, Vasquez-Del Carpio R, Spencer E (2004). «Репликация и транскрипция генома ротавируса». Current Pharmaceutical Design . 10 (30): 3769–77. doi :10.2174/1381612043382620. PMID  15579070.
  152. ^ Jayaram H, Estes MK, Prasad BV (апрель 2004 г.). «Возникающие темы проникновения ротавируса в клетку, организация генома, транскрипция и репликация». Virus Research . 101 (1): 67–81. doi :10.1016/j.virusres.2003.12.007. PMID  15010218.
  153. ^ Greer S, Alexander GJ (декабрь 1995 г.). «Вирусная серология и обнаружение». Baillière's Clinical Gastroenterology . 9 (4): 689–721. doi :10.1016/0950-3528(95)90057-8. PMID  8903801.
  154. ^ Matter L, Kogelschatz K, Germann D (апрель 1997 г.). «Уровни антител к вирусу краснухи в сыворотке, указывающие на иммунитет: реакция на вакцинацию субъектов с низкой или неопределяемой концентрацией антител». Журнал инфекционных заболеваний . 175 (4): 749–55. doi : 10.1086/513967 . PMID  9086126.
  155. ^ Mallery DL, McEwan WA, Bidgood SR, Towers GJ, Johnson CM, James LC (ноябрь 2010 г.). «Антитела опосредуют внутриклеточный иммунитет через трехкомпонентный мотив, содержащий 21 (TRIM21)». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (46): 19985–90. Bibcode : 2010PNAS..10719985M. doi : 10.1073/pnas.1014074107 . PMC 2993423. PMID  21045130 . 
  156. ^ Cascalho M, Platt JL (2007). «Новые функции В-клеток». Критические обзоры по иммунологии . 27 (2): 141–51. doi :10.1615/critrevimmunol.v27.i2.20. PMID  17725500.
  157. ^ Le Page C, Génin P, Baines MG, Hiscott J (2000). «Активация интерферона и врожденный иммунитет». Обзоры по иммуногенетике . 2 (3): 374–86. PMID  11256746.
  158. ^ Hilleman MR (октябрь 2004 г.). «Стратегии и механизмы выживания хозяина и патогена при острых и персистирующих вирусных инфекциях». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (Suppl 2): ​​14560–66. Bibcode : 2004PNAS..10114560H. doi : 10.1073 /pnas.0404758101 . PMC 521982. PMID  15297608. 
  159. ^ Libbey JE, Fujinami RS (2014). «Адаптивный иммунный ответ на вирусные инфекции в центральной нервной системе». Нейровирусология . Справочник по клинической неврологии. Том 123. С. 225–47. doi :10.1016/B978-0-444-53488-0.00010-9. ISBN 978-0444534880. PMC  4370180 . PMID  25015488.
  160. ^ Asaria P, MacMahon E (октябрь 2006 г.). «Корь в Соединенном Королевстве: сможем ли мы искоренить ее к 2010 году?». BMJ . 333 (7574): 890–95. doi :10.1136/bmj.38989.445845.7C. PMC 1626346 . PMID  17068034. 
  161. ^ Lane JM (2006). «Массовая вакцинация и надзор/сдерживание в ликвидации оспы». Массовая вакцинация: глобальные аспекты — прогресс и препятствия . Текущие темы в микробиологии и иммунологии. Том 304. С. 17–29. doi :10.1007/3-540-36583-4_2. ISBN 978-3-540-29382-8. PMC  7120753 . PMID  16989262.
  162. ^ Arvin AM, Greenberg HB (январь 2006 г.). «Новые вирусные вакцины». Вирусология . 344 (1): 240–49. doi : 10.1016/j.virol.2005.09.057 . PMID  16364754.
  163. ^ Пасторет П.П., Шудель А.А., Ломбард М. (август 2007 г.). «Выводы - будущие тенденции в ветеринарной вакцинологии». Revue Scientifique et Technique . 26 (2): 489–94, 495–501, 503–09. дои : 10.20506/первый.26.2.1759. ПМИД  17892169.
  164. ^ Палезе П. (январь 2006 г.). «Создание лучших вакцин против вируса гриппа?». Новые инфекционные заболевания . 12 (1): 61–65. doi :10.3201/eid1201.051043. PMC 3291403. PMID  16494719 . 
  165. ^ Anand P, Stahel VP (май 2021 г.). «Обзор безопасности вакцин мРНК Covid-19: обзор». Безопасность пациентов в хирургии . 15 (1): 20. doi : 10.1186/s13037-021-00291-9 . PMC 8087878. PMID  33933145. 
  166. ^ Томссен Р. (1975). «Живые ослабленные и убитые вирусные вакцины». Монографии по аллергии . 9 : 155–76. PMID  1090805.
  167. ^ Маклин А.А. (1986). «Разработка вакцин против гепатита А и гепатита В». Обзоры инфекционных заболеваний . 8 (4): 591–98. doi :10.1093/clinids/8.4.591. PMID  3018891.
  168. ^ Casswall TH, Fischler B (октябрь 2005 г.). «Вакцинация детей с ослабленным иммунитетом». Expert Review of Vaccines . 4 (5): 725–38. doi :10.1586/14760584.4.5.725. PMID  16221073. S2CID  40821818.
  169. ^ Barnett ED, Wilder-Smith A, Wilson ME (июль 2008 г.). «Вакцины против желтой лихорадки и международные путешественники». Expert Review of Vaccines . 7 (5): 579–87. doi :10.1586/14760584.7.5.579. PMID  18564013. S2CID  19352868.
  170. ^ ab De Clercq E, Li G (июль 2016 г.). «Одобренные противовирусные препараты за последние 50 лет». Clinical Microbiology Reviews . 29 (3): 695–747. doi :10.1128/CMR.00102-15. PMC 4978613. PMID  27281742 . 
  171. ^ Magden J, Kääriäinen L, Ahola T (март 2005 г.). «Ингибиторы репликации вирусов: последние разработки и перспективы». Прикладная микробиология и биотехнология . 66 (6): 612–21. doi :10.1007/s00253-004-1783-3. PMC 7082807. PMID  15592828 . 
  172. ^ Миндель А., Сазерленд С. (сентябрь 1983 г.). «Генитальный герпес — болезнь и ее лечение, включающее внутривенный ацикловир». Журнал антимикробной химиотерапии . 12 (Suppl B): 51–59. doi :10.1093/jac/12.suppl_b.51. PMID  6355051.
  173. ^ Пальмизано Л., Велла С. (2011). «Краткая история антиретровирусной терапии ВИЧ-инфекции: успехи и проблемы». Аннали дель Istituto Superiore di Sanità . 47 (1): 44–48. дои : 10.4415/ANN_11_01_10. ПМИД  21430338.
  174. ^ Falade-Nwulia O, Suarez-Cuervo C, Nelson DR, Fried MW, Segal JB, Sulkowski MS (май 2017 г.). «Пероральная терапия агентами прямого действия при инфекции вируса гепатита C: систематический обзор». Annals of Internal Medicine . 166 (9): 637–48. doi :10.7326/M16-2575. PMC 5486987. PMID  28319996 . 
  175. ^ Nguyen MH, Wong G, Gane E, Kao JH, Dusheiko G (март 2020 г.). «Вирус гепатита B: достижения в профилактике, диагностике и терапии». Clinical Microbiology Reviews . 33 (2). doi :10.1128/CMR.00046-19. PMC 7048015. PMID 32102898  . 
  176. ^ Горис Н., Ванденбусше Ф., Де Клерк К. (апрель 2008 г.). «Потенциал противовирусной терапии и профилактики для контроля РНК-вирусных инфекций скота». Antiviral Research . 78 (1): 170–78. doi :10.1016/j.antiviral.2007.10.003. PMID  18035428.
  177. ^ Carmichael LE (2005). «Аннотированный исторический отчет о собачьем парвовирусе». Журнал ветеринарной медицины. B, Инфекционные заболевания и ветеринарное общественное здравоохранение . 52 (7–8): 303–11. doi :10.1111/j.1439-0450.2005.00868.x. PMID  16316389.
  178. ^ Chen Y, Zhao Y, Hammond J, Hsu HT, Evans J, Feldlaufer M (октябрь–ноябрь 2004 г.). «Множественные вирусные инфекции у медоносных пчел и расхождение генома вирусов медоносных пчел». Журнал патологии беспозвоночных . 87 (2–3): 84–93. Bibcode : 2004JInvP..87...84C. doi : 10.1016/j.jip.2004.07.005. PMID  15579317.
  179. ^ Халл Р. (2002). «Глава 12: Передача 2: Механическая, семенная, пыльцевая и эпидемиологическая». Вирусология растений Мэтьюза (4-е изд.). Academic Press. стр. 555–56. ISBN 978-0123611604. Получено 21 февраля 2022 г. .
  180. ^ Захир К, Ахтар МХ (2016). «Производство картофеля, его использование и питание – обзор». Критические обзоры в области пищевой науки и питания . 56 (5): 711–21. doi :10.1080/10408398.2012.724479. PMID  24925679. S2CID  33074838.
  181. ^ Fuentes S, Jones RA, Matsuoka H, ​​Ohshima K, Kreuze J, Gibbs AJ (июль 2019 г.). «Картофельный вирус Y; связь с Андами». Virus Evolution . 5 (2): vez037. doi :10.1093/ve/vez037. PMC 6755682. PMID  31559020 . 
  182. ^ Динеш-Кумар SP, Там WH, Бейкер BJ (декабрь 2000 г.). «Структурно-функциональный анализ гена устойчивости вируса табачной мозаики N». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (26): 14789–94. Bibcode : 2000PNAS ... 9714789D. doi : 10.1073/pnas.97.26.14789 . PMC 18997. PMID  11121079. 
  183. ^ Soosaar JL, Burch-Smith TM, Dinesh-Kumar SP (октябрь 2005 г.). «Механизмы устойчивости растений к вирусам». Nature Reviews. Microbiology . 3 (10): 789–98. doi :10.1038/nrmicro1239. PMID  16132037. S2CID  27311732.
  184. ^ Ломоносов ГП (2011). "Вирусные частицы и использование таких частиц в био- и нанотехнологии". Последние достижения в области вирусологии растений . Caister Academic Press . ISBN 978-1-904455-75-2.
  185. ^ Wommack KE, Colwell RR (март 2000 г.). «Вириопланктон: вирусы в водных экосистемах». Microbiology and Molecular Biology Reviews . 64 (1): 69–114. doi : 10.1128/MMBR.64.1.69-114.2000. PMC 98987. PMID  10704475. 
  186. ^ Bergh O, Børsheim KY, Bratbak G, Heldal M (август 1989). «Высокое содержание вирусов, обнаруженных в водной среде». Nature . 340 (6233): 467–68. Bibcode :1989Natur.340..467B. doi :10.1038/340467a0. PMID  2755508. S2CID  4271861.
  187. ^ Bickle TA, Krüger DH (июнь 1993 г.). «Биология рестрикции ДНК». Microbiological Reviews . 57 (2): 434–50. doi :10.1128/MMBR.57.2.434-450.1993. PMC 372918 . PMID  8336674. 
  188. ^ Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, Richards M, Boyaval P, Moineau S, et al. (март 2007 г.). «CRISPR обеспечивает приобретенную устойчивость к вирусам у прокариот». Science . 315 (5819): 1709–12. Bibcode :2007Sci...315.1709B. doi :10.1126/science.1138140. hdl : 20.500.11794/38902 . PMID  17379808. S2CID  3888761.
  189. ^ Браунс С.Дж., Джор М.М., Лундгрен М., Вестра Э.Р., Слиджхуис Р.Дж., Снейдерс А.П. и др. (август 2008 г.). «Маленькие РНК CRISPR обеспечивают противовирусную защиту прокариот». Наука . 321 (5891): 960–64. Бибкод : 2008Sci...321..960B. дои : 10.1126/science.1159689. ПМЦ 5898235 . ПМИД  18703739. 
  190. ^ Mojica FJ, Rodriguez-Valera F (сентябрь 2016 г.). «Открытие CRISPR у архей и бактерий». Журнал FEBS . 283 (17): 3162–69. doi :10.1111/febs.13766. hdl : 10045/57676 . PMID  27234458. S2CID  42827598.
  191. ^ ab Weiss RA (2017). «Обмен генетическими последовательностями между вирусами и хозяевами». Вирусы, гены и рак . Актуальные темы микробиологии и иммунологии. Том 407. С. 1–29. doi :10.1007/82_2017_21. ISBN 978-3-319-61803-6. PMID  28550453.
  192. ^ Hu J, Ye H, Wang S, Wang J, Han D (2021). «Активация профага в кишечнике: взгляд на функции и возможные применения». Frontiers in Microbiology . 12 : 785634. doi : 10.3389/fmicb.2021.785634 . PMC 8710666. PMID  34966370 . 
  193. ^ Расс Э., Иорданский С. (январь 2023 г.). «Эндогенные ретровирусы как модуляторы врожденного иммунитета». Патогены . 12 (2): 162. doi : 10.3390/pathogens12020162 . PMC 9963469. PMID  36839434 . 
  194. ^ Prangishvili D, Garrett RA (апрель 2004 г.). «Исключительно разнообразные морфотипы и геномы гипертермофильных вирусов кренархей» (PDF) . Biochemical Society Transactions . 32 (Pt 2): 204–08. doi :10.1042/BST0320204. PMID  15046572. S2CID  20018642.
  195. ^ Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Soria E (февраль 2005 г.). «Промежуточные последовательности регулярно расположенных прокариотических повторов происходят от чужеродных генетических элементов». Journal of Molecular Evolution . 60 (2): 174–82. Bibcode :2005JMolE..60..174M. doi :10.1007/s00239-004-0046-3. PMID  15791728. S2CID  27481111.
  196. ^ Макарова КС, Гришин НВ, Шабалина СА, Вольф ЮИ, Кунин ЕВ (март 2006). "Предполагаемая иммунная система на основе РНК-интерференции у прокариот: вычислительный анализ предсказанного ферментативного аппарата, функциональные аналогии с эукариотической РНК-интерференцией и гипотетические механизмы действия". Biology Direct . 1 : 7. doi : 10.1186/1745-6150-1-7 . PMC 1462988 . PMID  16545108. 
  197. ^ van der Oost J, Westra ER, Jackson RN, Wiedenheft B (июль 2014 г.). «Раскрытие структурной и механистической основы систем CRISPR-Cas». Nature Reviews. Microbiology . 12 (7): 479–92. doi :10.1038/nrmicro3279. PMC 4225775. PMID  24909109 . 
  198. ^ Давила-Рамос С., Кастелан-Санчес Х.Г., Мартинес-Авила Л., Санчес-Карбенте М.Д., Перальта Р., Эрнандес-Мендоса А. и др. (2019). «Обзор вирусной метагеномики в экстремальных условиях». Границы микробиологии . 10 : 2403. дои : 10.3389/fmicb.2019.02403 . ПМК 6842933 . ПМИД  31749771. 
  199. ^ Zhang QY, Gui JF (декабрь 2018 г.). «Разнообразие, эволюционный вклад и экологическая роль водных вирусов». Science China Life Sciences . 61 (12): 1486–1502. doi :10.1007/s11427-018-9414-7. PMID  30443861. S2CID  53564176.
  200. ^ Weitz JS, Wilhelm SW (2013). «Океан вирусов». The Scientist . 27 (7): 35–39.
  201. ^ Suttle CA (сентябрь 2005 г.). «Вирусы в море». Nature . 437 (7057): 356–61. Bibcode :2005Natur.437..356S. doi :10.1038/nature04160. PMID  16163346. S2CID  4370363.
  202. ^ Вильгельм SW, Саттл CA (1999). «Вирусы и круговороты питательных веществ в море: вирусы играют важную роль в структуре и функционировании водных пищевых сетей». BioScience . 49 (10): 781–88. doi : 10.2307/1313569 . JSTOR  1313569.
  203. ^ Shelford EJ, Suttle CA (2018). «Вирусно-опосредованный перенос азота от гетеротрофных бактерий к фитопланктону». Biogeosciences . 15 (3): 809–15. Bibcode : 2018BGeo...15..809S. doi : 10.5194/bg-15-809-2018 .
  204. ^ abcd Suttle CA (октябрь 2007 г.). «Морские вирусы – основные игроки в глобальной экосистеме». Nature Reviews. Микробиология . 5 (10): 801–12. doi :10.1038/nrmicro1750. PMID  17853907. S2CID  4658457.
  205. ^ Wigington CH, Sonderegger D, Brussaard CP, Buchan A, Finke JF, Fuhrman JA и др. (январь 2016 г.). «Повторное исследование взаимосвязи между морскими вирусами и численностью микробных клеток» (PDF) . Nature Microbiology . 1 (15024): 15024. doi :10.1038/nmicrobiol.2015.24. PMID  27572161. S2CID  52829633.
  206. ^ Brussaard CP (2004). «Вирусный контроль популяций фитопланктона – обзор». Журнал эукариотической микробиологии . 51 (2): 125–38. doi :10.1111/j.1550-7408.2004.tb00537.x. PMID  15134247. S2CID  21017882.
  207. ^ Robbins J (13 апреля 2018 г.). «Триллионы и триллионы вирусов падают с неба каждый день». The New York Times . Получено 14 апреля 2018 г.
  208. ^ Reche I, D'Orta G, Mladenov N, Winget DM, Suttle CA (апрель 2018 г.). «Скорость осаждения вирусов и бактерий выше пограничного слоя атмосферы». Журнал ISME . 12 (4): 1154–62. Bibcode : 2018ISMEJ..12.1154R. doi : 10.1038/s41396-017-0042-4. PMC 5864199. PMID  29379178. 
  209. ^ Холл А. Дж., Джепсон П. Д., Гудман С. Дж., Харконен Т. (2006). «Вирус чумы плотоядных в Северном и Европейском морях – данные и модели, природа и воспитание». Biological Conservation . 131 (2): 221–29. Bibcode : 2006BCons.131..221H. doi : 10.1016/j.biocon.2006.04.008.
  210. ^ DeLong JP, Van Etten JL, Al-Ameeli Z, Agarkova IV, Dunigan DD (январь 2023 г.). «Потребление вирусов возвращает энергию в пищевые цепи». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 120 (1): e2215000120. Bibcode : 2023PNAS..12015000D. doi : 10.1073/pnas.2215000120. PMC 9910503. PMID 36574690.  S2CID 255219850  . 
  211. ^ Ирвинг М (28 декабря 2022 г.). «Первый «вировор» обнаружен: организм, который ест вирусы». Новый Атлас. Архивировано из оригинала 29 декабря 2022 г. . Получено 29 декабря 2022 г. .
  212. ^ Брокер Ф., Мёллинг К. (2019). «Что вирусы говорят нам об эволюции и иммунитете: за пределами Дарвина?». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1447 (1): 53–68. Bibcode : 2019NYASA1447...53B. doi : 10.1111/nyas.14097 . PMC 6850104. PMID  31032941 . 
  213. ^ Лауэр, А. (2021). Вирусы, недооцененные движущие силы экологии и эволюции жизни. В: Hurst, CJ (ред.) Микробы: краеугольный камень биосферы. Достижения в области экологической микробиологии, т. 8. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-030-63512-1_28
  214. ^ Forterre P, Philippe H (июнь 1999). «Последний универсальный общий предок (LUCA), простой или сложный?». The Biological Bulletin . 196 (3): 373–75, обсуждение 375–77. doi :10.2307/1542973. JSTOR  1542973. PMID  11536914.
  215. ^ Lodish H, Berk A, Zipursky SL, Matsudaira P, Baltimore D, Darnell J (2000). «Вирусы: структура, функция и использование». Молекулярная клеточная биология (4-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman.
  216. ^ Matsuzaki S, Rashel M, Uchiyama J, Sakurai S, Ujihara T, Kuroda M и др. (октябрь 2005 г.). «Терапия бактериофагами: обновленная терапия против бактериальных инфекционных заболеваний». Журнал «Инфекции и химиотерапия» . 11 (5): 211–19. doi :10.1007/s10156-005-0408-9. PMID  16258815. S2CID  8107934.
  217. ^ Gleba YY, Giritch A (2011). "Растительные вирусные векторы для экспрессии белка". Последние достижения в области вирусологии растений . Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-75-2.
  218. ^ Джефферсон А., Кадет В. Э., Хильшер А. (сентябрь 2015 г.). «Механизмы генетически модифицированных вирусов коровьей оспы для лечения рака». Критические обзоры в онкологии/гематологии . 95 (3): 407–16. doi :10.1016/j.critrevonc.2015.04.001. PMID  25900073.
  219. ^ Каримхани С, Гонсалес Р, Деллавалле РП (август 2014 г.). «Обзор новых методов лечения меланомы». Американский журнал клинической дерматологии . 15 (4): 323–37. doi :10.1007/s40257-014-0083-7. PMID  24928310. S2CID  38864550.
  220. ^ "FDA одобряет инъекционную иммунотерапию компании Amgen для лечения меланомы". Reuters . 27 октября 2015 г. Получено 24 января 2020 г.
  221. ^ Burke J, Nieva J, Borad MJ, Breitbach CJ (август 2015 г.). «Онколитические вирусы: перспективы клинического развития». Current Opinion in Virology . 13 : 55–60. doi : 10.1016/j.coviro.2015.03.020. PMID  25989094.
  222. ^ Dogic Z (2016). «Нитчатые фаги как модельная система в физике мягких веществ». Frontiers in Microbiology . 7 : 1013. doi : 10.3389/fmicb.2016.01013 . PMC 4927585. PMID  27446051 . 
  223. ^ Фишлехнер М., Донат Э. (2007). «Вирусы как строительные блоки материалов и устройств». Ангеванде Хеми . 46 (18): 3184–93. дои : 10.1002/anie.200603445. ПМИД  17348058.
  224. ^ Soto CM, Blum AS, Vora GJ, Lebedev N, Meador CE, Won AP и др. (апрель 2006 г.). «Усиление флуоресцентного сигнала карбоцианиновых красителей с использованием сконструированных вирусных наночастиц». Журнал Американского химического общества . 128 (15): 5184–89. doi :10.1021/ja058574x. PMID  16608355.
  225. ^ Blum AS, Soto CM, Wilson CD, Brower TL, Pollack SK, Schull TL и др. (Июль 2005 г.). «Сконструированный вирус как каркас для трехмерной самосборки в наномасштабе». Small . 1 (7): 702–06. doi :10.1002/smll.200500021. PMID  17193509.
  226. ^ Cello J, Paul AV, Wimmer E (август 2002 г.). «Химический синтез кДНК полиовируса: генерация инфекционного вируса при отсутствии естественной матрицы». Science . 297 (5583): 1016–18. Bibcode :2002Sci...297.1016C. doi : 10.1126/science.1072266 . PMID  12114528. S2CID  5810309.
  227. ^ Coleman JR, Papamichail D, Skiena S, Futcher B, Wimmer E, Mueller S (июнь 2008 г.). «Ослабление вируса изменениями в масштабе генома в смещении пар кодонов». Science . 320 (5884): 1784–87. Bibcode :2008Sci...320.1784C. doi :10.1126/science.1155761. PMC 2754401 . PMID  18583614. 
  228. ^ "База данных вирусных геномов NIH". Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 28 июня 2021 г. .
  229. ^ Zilinskas RA (август 2017 г.). «Краткая история программ биологического оружия и использования патогенов животных в качестве биологических боевых агентов». Revue Scientifique et Technique (Международное бюро эпизоотий) . 36 (2): 415–22. doi :10.20506/rst.36.2.2662. PMID  30152475.
  230. ^ abc Artenstein AW, Grabenstein JD (октябрь 2008 г.). «Вакцины против оспы для биологической защиты: необходимость и осуществимость». Expert Review of Vaccines . 7 (8): 1225–37. doi :10.1586/14760584.7.8.1225. PMC 9709930. PMID 18844596.  S2CID 33855724  . 

Внешние ссылки