Хромосома человека
Хромосома 19 — одна из 23 пар хромосом у людей . Обычно у людей есть две копии этой хромосомы. Хромосома 19 охватывает более 61,7 миллионов пар оснований , строительный материал ДНК . Она считается самой богатой генами хромосомой, содержащей около 1500 генов, несмотря на то, что составляет всего 2 процента генома человека. [4] [5]
Гены
Количество генов
Ниже приведены некоторые оценки количества генов человеческой хромосомы 19. Поскольку исследователи используют разные подходы к аннотации генома , их прогнозы количества генов на каждой хромосоме различаются (технические подробности см. в разделе прогнозирование генов ). Среди различных проектов проект по совместной консенсусной кодирующей последовательности ( CCDS ) придерживается крайне консервативной стратегии. Таким образом, прогноз количества генов CCDS представляет собой нижнюю границу общего количества генов, кодирующих человеческие белки. [6]
Список генов
Ниже приведен частичный список генов на 19-й хромосоме человека. Полный список можно посмотреть по ссылке в информационном поле справа.
- A1BG : кодирующий белок альфа-1-B гликопротеин
- AAVS1 , сайт вирусной интеграции
- ACSBG2 : кодирующий фермент лигазу длинноцепочечных жирных кислот — КоА
- ANKRD24 : кодирующий белок , содержащий домен повтора анкирина 24
- ARMC6 : кодирующий белок Armadillo повтор, содержащий белок 6
- ATG4D : кодирующий белок 4D, связанный с аутофагией, цистеинпептидаза
- ATP5SL : кодирующий белок субъединица АТФ-синтазы S-подобный белок
- АТФаза ASNA1 : кодирующий фермент АТФаза ASNA1, также известный как АТФаза, управляющая мышьяковистым насосом, и АТФаза, стимулируемая арсенитом
- BTBD14B : кодирующий белок, ассоциированный с прилежащим ядром, белок 1
- C19orf18 : кодирующий белок Хромосома 19 открытая рамка считывания 18
- C19orf44 : кодирующий белок Хромосома 19 открытая рамка считывания 44
- C19orf70 : кодирующий белок Хромосома 19 открытая рамка считывания 70
- CACTIN : кодирующий белок Cactin
- CCDC130 : кодирующий белок, домен спиральной спирали, содержащий 130
- CCDC151 : кодирующий белок, домен спиральной спирали, содержащий 151
- CCDC8 : кодирующий белок, домен спиральной спирали, содержащий 8
- CCDC94 : кодирующий белок, домен спиральной спирали, содержащий 94 (CCDC94),
- CXB3S : кодирующий белок вируса Коксаки B3 чувствительность
- DHX34 : кодирующий белок Dexh-box геликаза 34
- DNASE2 : кодирующий белок Дезоксирибонуклеаза II, лизосомальный
- DPF1 : кодирующий белок D4, цинк и двойные пальцы PHD семейства 1
- EID2 :
- ETV2 : кодирующий белок Ets вариант 2
- FIZ1 : кодирующий белок FLT3, взаимодействующий с цинковым пальцем 1
- HCST : кодирующий белок, преобразователь сигнала гемопоэтических клеток
- HRC : кодирующий белок саркоплазматический ретикулум богатый гистидином кальций-связывающий белок
- IFI30 : кодирующий фермент гамма-интерферон-индуцируемую лизосомальную тиолредуктазу
- IGFL3 : кодирующий белок IGF, член семейства 3
- KRTDAP : кодирующий белок , связанный с дифференциацией кератиноцитов
- LENG9 : кодирующий белок лейкоцитарного рецепторного кластера, член 9 (LENG 9)
- LIM2 : кодирующий белок Внутренний белок мембраны хрусталиковых волокон
- LRG1 : кодирующий белок альфа-2-гликопротеин 1, богатый лейцином
- LRRC25 : кодирующий белок, богатый лейцином, содержащий 25
- LSM4 : кодирующий белок U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm4
- LSR : кодирующий белок Липолиз-стимулированный липопротеиновый рецептор
- LYPD5 : кодирующий белок LY6/PLAUR домен, содержащий 5
- MBOAT7 : кодирующий фермент лизофосфолипид ацилтрансферазу 7
- MOBKL2A : кодирующий фермент Mps один связывающий киназный активатор, подобный 2A
- MZF1-AS1 : кодирующая белок MZF1 антисмысловая РНК 1
- NCLN : кодирующий белок Никалин
- NFKBID : кодирующий белок, энхансер гена полипептида ядерного фактора легкой каппа в В-клетках, ингибитор
- NOSIP : кодирующий фермент белок, взаимодействующий с синтазой оксида азота
- NWD1 : повторяющийся домен NACHT и WD, содержащий 1.
- OLFM2 : кодирующий белок Ольфактомедин 2
- OSCAR : кодирующий белок остеокласт-ассоциированный иммуноглобулин-подобный рецептор
- PALM : кодирующий белок Паралеммин
- PDCD5 : кодирующий белок Белок программируемой клеточной смерти 5
- PEX11G : фактор пероксисомального биогенеза 11 гамма
- PGK1P2 : кодирует белок фосфоглицераткиназы 1, псевдоген 2
- PLIN4 : кодирующий белок Перилипин 4
- PLVAP : кодирующий белок, связанный с везикулами плазмалеммы
- PRR12 : кодирующий белок , богатый пролином 12
- PRR36 (Proline Rich Region 36), кодирующий белок PRP36 (Proline Rich Protein 36)
- KLK3 : Простат-специфический антиген (ПСА)
- PRX : Периаксин
- PTOV1 : кодирующий белок Опухоль предстательной железы, сверхэкспрессирующий белок гена 1
- RFPL4A : кодирующий белок Ret finger, подобный 4a
- SBNO2 : кодирующий белок Strawberry Notch гомолог 2 (Drosophila)
- SEPW1 : кодирующий белок селенопротеин W
- SFRS14 : кодирующий белок Предполагаемый фактор сплайсинга, богатый аргинином/серином 14
- SFRS16 : кодирующий белок фактор сплайсинга, богатый аргинином/серином 16
- SLC5A5 : семейство переносчиков растворенных веществ 5 (симпортер йодида натрия), член 5
- STK11 : Серин/треонинкиназа 11 (синдром Пейтца-Егерса)
- TBCB : кодирующий белок кофактор B, сворачивающий тубулин
- TECR : кодирующий фермент Транс-2,3-еноил-КоА-редуктазу
- THOP1 : кодирующий фермент тиметолигопептидазу
- TIMM50 : кодирующий фермент митохондриальный импорт внутренней мембраны транслоказной субъединицы TIM50
- TIP39 : кодирующий белок тубероинфундибулярный пептид из 39 остатков
- TMED1 : кодирующий белок Трансмембранный белок 1, содержащий домен emp24
- TMEM160 : кодирующий белок Трансмембранный белок 160
- TMEM205 : кодирующий белок Трансмембранный белок 205
- UBXN6 : кодирующий белок UBX домена белка 6
- UCA1 : длинная некодирующая РНК, ассоциированная с раком уротелия 1
- UPK1A : кодирующий белок Уроплакин-1а
- USE1 : кодирующий белок Неохарактеризованный белок гемопоэтических стволовых/прогениторных клеток MDS032
- ZFP82 : кодирующий белок ZFP82 белок цинкового пальца
- ZSCAN4 : цинковый палец и сканирующий домен, содержащий 4
- ZSCAN18 : кодирующий белок цинковый палец и домен SCAN, содержащий 18
- ZNF112 : кодирующий белок Цинковый палец белка 112
- ZNF134 : кодирующий белок Цинковый палец белка 134
- ZNF160 : кодирующий белок Цинковый палец белка 160
- ZNF180 : кодирующий белок Цинковый палец белка 180
- ZNF208 : кодирующий белок Цинковый палец белка 208
- ZNF224 : кодирующий белок Цинковый палец белка 224
- ZNF225 : кодирующий белок Цинковый палец белка 225
- ZNF226 : кодирующий белок Цинковый палец белка 226
- ZNF229 : кодирующий белок Цинковый палец белка 229
- ZNF257 : кодирующий белок Цинковый палец белка 257
- ZNF264 : кодирующий белок Цинковый палец белка 264
- ZNF266 : кодирующий белок Цинковый палец белка 266
- ZNF274 : кодирующий белок Цинковый палец белка 274
- ZNF320 : кодирующий белок Цинковый палец белка 320
- ZNF331 : кодирующий белок Цинковый палец белка 331
- ZNF347 : кодирующий белок Цинковый палец белка 347
- ZNF426 : кодирующий белок Цинковый палец белка 426
- ZNF444 : кодирующий белок Цинковый палец белка 444
- ZNF665 кодирующий белок Цинковый палец белок 665
- ZNF473 : кодирующий белок Цинковый палец белка 473
- ZNF506 : кодирующий белок Цинковый палец белка 506
- ZNF507 : кодирующий белок Цинковый палец белка 507
- ZNF536 : кодирующий белок Цинковый палец белка 536
- ZNF541 : кодирующий белок Цинковый палец белка 541
- ZNF557 : кодирующий белок Цинковый палец белка 557
- ZNF571 : кодирующий белок Цинковый палец белка 571
- ZNF576 : кодирующий белок Цинковый палец белка 576
- Цинковый палец белка 613 : кодирующий белок Цинковый палец белка 613
- ZNF649 : Супрессор транскрипции
- ZNF71 : кодирующий белок Эндотелиальный белок цинковых пальцев, индуцируемый фактором некроза опухоли альфа
- ZNF737 : кодирующий белок Цинковый палец белка 737
- ZNF749 : кодирующий белок Цинковый палец белка 749
- ZNF676 : кодирующий белок Цинковый палец белка 676
- ZNF772 : кодирующий белок Цинковый палец белка 772
- ZNF784 : кодирующий белок Цинковый палец белка 784
- ZNF8 : кодирующий белок Цинковый палец белка 8
- ZNF83 : кодирующий белок Цинковый палец белка 83
- ZNF878 : кодирующий белок Цинковый палец белка 878
- ZNF880 : кодирующий белок Цинковый палец белка 880
Короткая рука
- CACNA1A : кальциевый канал, потенциал-зависимый, тип P/Q, субъединица альфа 1A ( семейная гемиплегическая мигрень, тип I). Локус генной карты 19p13
- COMP : Олигомерный матричный белок хряща. Локус генной карты 19p13.1
- NOTCH3 : гомолог Notch 3 (Drosophila): локус генной карты 19p13.1-p13.2
- GCDH : дегидрогеназа глутарил-кофермента А. Локус генной карты 19p13.2
- ZNF121 : белок цинкового пальца 121. Локус генной карты 19p13.2
- BSG : Basigin (группа крови OK)/индуктор внеклеточной матриксной металлопротеиназы/CD147. Локус генной карты 19p13.3
- ICAM4 : гликопротеин Ландштейнера и Вайнера. Локус генной карты 19p13.3
- NRTN : Нейртурин, связанный с болезнью Гиршпрунга : Карта локуса гена 19p13.3
- GTPBP3 : ГТФ-связывающий белок 3 19p13.11
- KLF2 : фактор типа Крюппеля 2, также известный как фактор типа Крюппеля легких. Локус генной карты 19p13.11 OMIM: 602016
- FAM32A : семья с последовательностью, схожей с 32 членами A 19q13.11
- DDX39 : DExD-box геликаза 39. Локус генной карты 19p13.12
Длинная рука
- GAPDHS : глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа, сперматогенная 19q13.12
- HAMP : антимикробный пептид гепсидин. Локус генной карты 19q13.12
- BCKDHA : Дегидрогеназа кетокислот с разветвленной цепью E1, альфа-полипептид ( болезнь кленового сиропа мочи ). Расположение гена на карте 19q13.1-q13.2
- APOE : Аполипопротеин E, ген, связанный с болезнью Альцгеймера . Локус генной карты 19q13.2
- CIC : репрессор транскрипции Capicua. Локус генной карты 19q13.2
- FCGBP : Fc-фрагмент связывающего белка IgG
- SARS2 : серил-тРНК синтетаза 2, митохондриальная. Локус генной карты 19q13.2
- ATP1A3 : АТФаза. Локус генной карты 19q13.31
- DMWD : локус DM1, содержащий повтор WD. Локус генной карты 19q13.32
- PNMA8A : паранеопластический антиген Ma, член семейства 8A 19q13.32
- DMPK : Dystrophia myotonica-протеинкиназа. Локус генной карты 19q13.32
- GLTSCR2 : белок 19q13.33 гена-кандидата 2 региона супрессора опухоли глиомы
- A1BG : гликопротеин плазмы, функция неизвестна. Локус генной карты 19q13.43
- LRC : комплекс лейкоцитарных рецепторов — это семейство иммунорецепторов, экспрессируемых преимущественно на моноцитах и В-клетках, а также на более низких уровнях на дендритных клетках и естественных киллерах ( NK ). LRC также включает локус KIR . Локус генной карты 19q13.4 OMIM: 604812
- KPTN: Каптин (белок, связывающий актин) на кончиках стереоцилий. Локус генной карты 19q13.4 [13]
- FUT1 : Локус H расположен на хромосоме 19 в 19q13.3. Он содержит три экзона, которые охватывают более 5 кб геномной ДНК, и кодирует фукозилтрансферазу, которая производит антиген H на эритроцитах. [14]
- FUT2 : локус Se расположен на хромосоме 19 в 19q13.3. Он содержит два экзона, которые охватывают около 25 кб геномной ДНК. Локус Se кодирует специфическую фукозилтрансферазу, которая экспрессируется в эпителии секреторных тканей, таких как слюнные железы, желудочно-кишечный тракт и дыхательные пути. Фермент, который он кодирует, катализирует выработку антигена H. [14]
- MORT (транскрипт смертельной облигатной РНК, lincRNA): локус генной карты 19q13.43
Заболевания и расстройства
Следующие заболевания связаны с генами на хромосоме 19: [15]
Цитогенетическая полоса
Ссылки
- ^ ab "Результаты поиска - 19[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("has ccds"[Свойства] И alive[prop]) - Ген". NCBI . Выпуск 20 CCDS для Homo sapiens . 2016-09-08 . Получено 2017-05-28 .
- ^ Том Страхан; Эндрю Рид (2 апреля 2010 г.). Молекулярная генетика человека. Garland Science. стр. 45. ISBN 978-1-136-84407-2.
- ^ ab Genome Decoration Page, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-06-03. Получено 2017-04-26.
- ^ Уччиферри, Чарльз (2004-03-31). "Gene-Rich Human Chromosome 19 Sequence Completed". DOE Joint Genome Institute . Получено 2022-12-10 .
- ^ Sehgal, N.; Fritz, AJ; Morris, K.; Torres, I.; Chen, Z.; Xu, J.; Berezney, R. (2014). «Плотность генов и форма территории хромосомы». Chromosoma . 123 (5): 499–513. doi :10.1007/s00412-014-0480-y. PMC 5726871 . PMID 25106753.
- ^ Pertea M, Salzberg SL (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества человеческих генов». Genome Biol . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . PMC 2898077. PMID 20441615 .
- ^ "Статистика и загрузки для хромосомы 19". Комитет по номенклатуре генов HUGO . 2017-05-12 . Получено 2017-05-19 .
- ^ "Хромосома 19: Сводка хромосом - Homo sapiens". Ensembl Release 88. 2017-03-29 . Получено 2017-05-19 .
- ^ "Человеческая хромосома 19: записи, названия генов и перекрестные ссылки на MIM". UniProt . 2018-02-28 . Получено 2018-03-16 .
- ^ "Результаты поиска - 19[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("генотип кодирование белка"[Свойства] И живой[свойство]) - Ген". NCBI . 2017-05-19 . Получено 2017-05-20 .
- ^ "Результаты поиска - 19[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ( ("genetype miscrna"[Свойства] ИЛИ "genetype ncrna"[Свойства] ИЛИ "genetype rrna"[Свойства] ИЛИ "genetype trna"[Свойства] ИЛИ "genetype scrna"[Свойства] ИЛИ "genetype snrna"[Свойства] ИЛИ "genetype snorna"[Свойства]) НЕ "genetype protein coding"[Свойства] И alive[prop]) - Ген". NCBI . 2017-05-19 . Получено 2017-05-20 .
- ^ "Результаты поиска - 19[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("genetype pseudo"[Свойства] И alive[prop]) - Ген". NCBI . 2017-05-19 . Получено 2017-05-20 .
- ^ Bearer EL, Chen AF, Chen AH, Li Z, Mark HF, Smith RJ, Jackson CL (2000). «2E4/Kaptin (KPTN) — ген-кандидат для локуса потери слуха, DFNA4». Ann Hum Genet . 64 (3): 189–196. doi :10.1046/j.1469-1809.2000.6430189.x. PMC 3376086. PMID 11409409 .
- ^ ab Дин, Л. (2005). "Гл. 5: Группа крови ABO". Группы крови и антигены эритроцитов. Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации. NBK2261.
- ^ Гилберт Ф. (1997). «Гены и хромосомы болезней: карты болезней генома человека. Хромосома 19». Genet Test . 1 (2): 145–9. doi :10.1089/gte.1997.1.145. PMID 10464639.
- ^ "Запись OMIM - # 613845 - ГИПЕРУРИКЕМИЯ, ЛЕГОЧНАЯ ГИПЕРТЕНЗИЯ, ПОЧЕЧЕНОЧНАЯ НЕДОСТАТОЧНОСТЬ И СИНДРОМ АЛКАЛОЗА; HUPRAS". www.omim.org . Получено 20 января 2017 г. .
- ^ Мосс, К (весна 2001 г.). «Врожденный амавроз Лебера». Texas Deafblind Outreach . Texas School for the Blind and Visually Impaired. Архивировано из оригинала 19 ноября 2013 г.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (400 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-03-04. Получено 2017-04-26.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (550 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2015-08-11. Получено 2017-04-26.
- ^ Международный постоянный комитет по цитогенетической номенклатуре человека (2013). ISCN 2013: Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013). Karger Medical and Scientific Publishers. ISBN 978-3-318-02253-7.
- ^ Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). «Оценка разрешений на уровне полос изображений хромосом человека». 2012 Девятая международная конференция по компьютерным наукам и программной инженерии (JCSSE) . стр. 276–282. doi :10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID 16666470.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-06-03. Получено 2017-04-26.
- ^ " p ": Короткое плечо; " q ": Длинное плечо.
- ^ Для номенклатуры цитогенетического распределения см. статью locus .
- ^ ab Эти значения (старт/стоп ISCN) основаны на длине полос/идеограмм из книги ISCN «Международная система цитогенетической номенклатуры человека» (2013). Произвольная единица .
- ^ gpos : Область, которая положительно окрашивается G-бэндингом , как правило, богата AT и бедна генами; gneg : Область, которая отрицательно окрашивается G-бэндингом, как правило, богата CG и богата генами; acen Центромера . var : Вариабельная область; stem : Стебель.
- Гримвуд Дж., Гордон Л.А., Олсен А., Терри А., Шмутц Дж., Ламердин Дж., Хеллстен Ю., Гудстейн Д., Куронн О., Тран-Гьямфи М., Аэртс А., Альтерр М., Эшворт Л., Баджорек Е., Блэк С., Бранскомб Е., Кенепил С., Каррано А., Каойле С., Чан Ю.М., Кристенсен М., Клеланд К.А., Коупленд А., Далин Е., Дехал П., Денис М., Деттер Дж.С., Эскобар Дж., Флауэрс Д., Фотопулос Д., Гарсия С., Джорджеску А.М., Главина Т. , Гомес М, Гонсалес Е, Гроза М, Хэммон Н, Хокинс Т, Хайду Л, Хо И, Хуанг В, Исрани С, Джетт Дж, Каднер К, Кимбалл Х, Кобаяши А, Ларионов В, Лим Ш., Лопес Ф, Лу Ю, Лоури S, Malfatti S, Martinez D, McCready P, Medina C, Morgan J, Nelson K, Nolan M, Ovcharenko I, Pitluck S, Pollard M, Popkie AP, Predki P, Quan G, Ramirez L, Rash S, Retterer J, Родригес А., Роджерс С., Саламов А., Салазар А., Ше Х., Смит Д., Слезак Т., Соловьев В., Тайер Н., Тайс Х., Цай М., Усташевска А., Во Н., Вагнер М., Уилер Дж., Ву К., Се Г. , Янг Дж., Дубчак И., Фьюри ТС., ДеДжонг П., Диксон М., Гордон Д., Эйхлер Э.Э., Пеннаккио Л.А. , Ричардсон П., Стаббс Л., Рохсар Д.С., Майерс Р.М., Рубин Э.М., Лукас СМ. (2004). «Последовательность ДНК и биология человеческой хромосомы 19». Nature . 428 (6982): 529–35. Bibcode :2004Natur.428..529G. doi : 10.1038/nature02399 . PMID 15057824.
- Сайт запуска проекта «Протеом человека»~ https://web.archive.org/web/20110726163128/http://www.hupo.org/research/hpp/HPP_legrain_sep_2010.pdf
Внешние ссылки
На Викискладе есть медиафайлы по теме «Хромосома человека 19» .
- Национальные институты здравоохранения. "Хромосома 19". Genetics Home Reference . Архивировано из оригинала 3 августа 2004 г. Получено 2017-05-06 .
- «Хромосома 19». Архив информации о проекте «Геном человека» 1990–2003 гг . Получено 06.05.2017 г.