В научной классификации, установленной Карлом Линнеем , [1] каждый вид относится к роду , что приводит к двухчастному названию. Это название обозначает два самых низких уровня в иерархии рангов , все более крупных групп видов, основанных на общих признаках. Из этих рангов домены являются наиболее общим уровнем категоризации. В настоящее время ученые классифицируют всю жизнь всего на три домена : эукариоты , бактерии и археи . [2]
Бактериальная таксономия — это классификация штаммов в домене Бактерии в иерархии сходства. Эта классификация похожа на классификацию растений , млекопитающих и других таксономий. Однако биологи, специализирующиеся в разных областях, со временем разработали различные таксономические соглашения. Например, бактериальные таксономисты называют типы на основе описаний штаммов. Зоологи, среди прочих, используют вместо этого типовой образец.
Разнообразие
Бактерии ( прокариоты , вместе с археями) имеют много общих черт. Эти общие черты включают отсутствие ядерной мембраны, одноклеточность, деление бинарным делением и, как правило, небольшой размер. Различные виды можно дифференцировать путем сравнения нескольких характеристик, что позволяет их идентифицировать и классифицировать. Вот некоторые примеры:
Филогения : Все бактерии произошли от общего предка и с тех пор диверсифицировались, и, следовательно, обладают различными уровнями эволюционного родства (см. Бактериальные типы и Хронология эволюции ).
Метаболизм : разные бактерии могут иметь разные метаболические способности (см. Микробный метаболизм ).
Окружающая среда : Различные бактерии процветают в различных условиях, таких как высокая/низкая температура и соль (см. Экстремофилы ).
Термин «Бактерия» , введенный как род Эренбергом в 1838 году [9], стал всеобъемлющим для палочковидных клеток. [7]
Ранние формальные классификации
Древо жизни в General Morphologie der Organismen (1866) [10]
Бактерии были впервые классифицированы как растения , составляющие класс Schizomycetes , который вместе с Schizophyceae (сине-зеленые водоросли/ цианобактерии ) образовал тип Schizophyta . [11]
В 1866 году Геккель поместил группу в тип Moneres (от μονήρης: простой) в царстве Protista и определил их как полностью бесструктурные и однородные организмы, состоящие только из части плазмы. [10] Он подразделил тип на две группы: [10]
die Gymnomoneren (без конверта)
Протогены – такие как Protogenes primordialis , теперь классифицируются как эукариоты, а не бактерии.
Протамеба – теперь классифицируется как эукариот, а не бактерия
Вибрион – род бактерий в форме запятой, впервые описанный в 1854 году [12] )
Бактерия – род палочковидных бактерий, впервые описанный в 1828 году, который впоследствии дал название членам рода Monera, ранее называвшимся «a moneron» (множественное число «monera») на английском языке и « eine Moneren » (жен. мн. ч. « Moneres ») на немецком языке.
Bacillus – род спорообразующих палочковидных бактерий, впервые описанных в 1835 году [13]
Protomonas – теперь классифицируется как эукариот, а не бактерия. Название было повторно использовано в 1984 году для неродственного рода Bacteria [15]
Вампирелла – теперь классифицируется как эукариот, а не бактерия.
Позднее Чэттон переклассифицировал эту группу как Прокариоты . [16 ]
Классификация цианобактерий (в просторечии «сине-зеленые водоросли») была предметом споров по поводу того, являются ли они водорослями или бактериями (например, Геккель отнес Nostoc к типу водорослей Archephyta [10] ).
Кон [19] выделил четыре трибы : Spherobacteria, Microbacteria, Desmobacteria и Spirobacteria. Станье и ван Нил [20] выделили царство Monera с двумя типами: Myxophyta и Schizomycetae, последний включал классы Eubacteriae (три порядка), Myxobacteriae (один порядок) и Spirochetae (один порядок). Биссет [21] выделил 1 класс и 4 порядка: Eubacteriales, Actinomycetales, Streptomycetales и Flexibacteriales. Система Уолтера Мигулы [22] , которая была наиболее широко принятой системой своего времени и включала все известные тогда виды, но была основана только на морфологии, содержала три основные группы Coccaceae, Bacillaceae и Spirillaceae, а также Trichobacterinae для нитчатых бактерий. Орла-Йенсен [23] установил два порядка: Cephalotrichinae (семь семейств) и Peritrichinae (предположительно только одно семейство). Берджи и др. [24] представили классификацию, которая в целом соответствовала Заключительному отчету Комитета Общества американских бактериологов 1920 года (Уинслоу и др.), который разделил класс Schizomycetes на четыре порядка: Myxobacteriales, Thiobacteriales, Chlamydobacteriales и Eubacteriales, а пятую группу составили четыре рода, считающиеся промежуточными между бактериями и простейшими: Spirocheta , Cristospira , Saprospira и Treponema .
Однако разные авторы часто переклассифицировали роды из-за отсутствия видимых признаков, что привело к плачевному состоянию, которое было обобщено в 1915 году Робертом Эрлом Бьюкененом. [25] К тому времени вся группа получила разные ранги и названия от разных авторов, а именно:
Шизомицеты (Naegeli 1857) [11]
Бактериальные (Кон 1872 а) [26]
Бактерии (Кон 1872 б) [27]
Schizomycetaceae (ДеТони и Тревизан, 1889) [28]
Более того, семьи, на которые подразделялся класс, менялись от автора к автору, а у некоторых, например у Ципфа, имена были на немецком, а не на латинском языке. [29]
Первое издание Бактериологического кодекса в 1947 году решило несколько проблем. [30] [ нужен пример ]
Система А. Р. Прево [31] [32] имела четыре подтипа и восемь классов, а именно:
Eubacteriales (классы Asporulales и Sporulales)
Mycobacteriales (классы Actinomycetales, Myxobacteriales и Azotobacteriales)
Algobacteriales (классы Siderobacteriales и Thiobacteriales)
Protozoobacteriales (класс Spirochetales)
Неформальные группы, основанные на окрашивании по Граму
Несмотря на то, что не было согласия по основным подгруппам Bacteria , результаты окрашивания по Граму чаще всего использовались в качестве инструмента классификации. Следовательно, до появления молекулярной филогении царство Prokaryota было разделено на четыре отдела, [41] Схема классификации, которой формально придерживается руководство Берджи по систематической бактериологии для порядка тома [42]
Gracilicutes (грамотрицательные)
Фотобактерии (фотосинтезирующие): класс Oxyphotobacteriae (вода как донор электронов, включает порядок Cyanobacteriales = сине-зеленые водоросли, теперь тип Cyanobacteria ) и класс Anoxyphotobacteriae (анаэробные фототрофы, порядки: Rhodospirillales и Chlorobiales
Scotobacteria (нефотосинтезирующие, теперь Proteobacteria и другие грамотрицательные нефотосинтезирующие типы)
Firmacutes [так в оригинале] (грамположительные, впоследствии исправлено на Firmicutes [43] )
несколько порядков, таких как Bacillales и Actinomycetales (теперь в типе Actinobacteria )
Молликуты (грам-вариабельные, например, микоплазма )
Mendocutes (неравномерная окраска по Граму, «метаногенные бактерии», теперь известные как археи )
Молекулярная эра
«Архаичные бактерии» и реклассификация Вёзе
Филогенетическое дерево, показывающее связь между археями и другими формами жизни. Эукариоты окрашены в красный цвет, археи — в зеленый, а бактерии — в синий. Адаптировано из Ciccarelli et al. [44]
Вёзе утверждал, что бактерии, археи и эукариоты представляют собой отдельные линии происхождения, которые рано отделились от предковой колонии организмов. [45] [46] Однако некоторые биологи утверждают, что археи и эукариоты произошли от группы бактерий. [47] В любом случае, считается, что вирусы и археи начали отношения примерно два миллиарда лет назад, и что коэволюция могла происходить между членами этих групп. [48] Возможно, что последний общий предок бактерий и археи был термофилом, что повышает вероятность того, что более низкие температуры являются «экстремальными средами» в терминах архей, а организмы, которые живут в более прохладных средах, появились только позже. [49] Поскольку археи и бактерии не более связаны друг с другом, чем с эукариотами, единственное сохранившееся значение термина прокариот — «не эукариот», что ограничивает его ценность. [50]
С улучшением методологии стало ясно, что метаногенные бактерии были глубоко отличны и (ошибочно) считались реликтами древних бактерий [51] таким образом, Карл Вёзе , считающийся предшественником революции молекулярной филогении, выделил три основные линии происхождения: архебактерии , эубактерии и уркариоты , последние теперь представлены нуклеоцитоплазматическим компонентом эукариот . [ 52] Эти линии были формализованы в ранговый домен ( regio на латыни), который разделил жизнь на 3 домена: эукариоты , археи и бактерии . [2]
Подразделения
В 1987 году Карл Вёзе разделил Eubacteria на 11 отделов на основе последовательностей рибосомальной РНК 16S (SSU), которые с несколькими дополнениями используются и сегодня. [53] [54]
Оппозиция
Хотя система трех доменов широко принята [55] , некоторые авторы выступают против нее по разным причинам.
Одним из выдающихся ученых, выступающих против трехдоменной системы, является Томас Кавальер-Смит , который предположил, что археи и эукариоты ( Neomura ) произошли от грамположительных бактерий ( Posibacteria ), которые, в свою очередь, произошли от грамотрицательных бактерий ( Negibacteria ), основываясь на нескольких логических аргументах [56] [57] , которые весьма спорны и, как правило, игнорируются сообществом молекулярной биологии ( см. комментарии рецензентов [57] , например, Эрик Баттест «агностик» относительно выводов) и часто не упоминаются в обзорах ( например , [58] ) из-за субъективного характера сделанных предположений. [59]
Однако, несмотря на наличие множества статистически подтвержденных исследований, направленных на укоренение древа жизни между бактериями и неомурами с помощью различных методов [60] , включая некоторые, которые невосприимчивы к ускоренной эволюции, которая, как утверждает Кавальер-Смит, является источником предполагаемой ошибки в молекулярных методах [56] , есть несколько исследований, которые пришли к другим выводам, некоторые из которых помещают корень в тип Firmicutes с вложенными археями. [61] [62] [63]
Молекулярная таксономия Радхея Гупты, основанная на консервативных сигнатурных последовательностях белков, включает монофилетическую грамотрицательную кладу, монофилетическую грамположительную кладу и полифилетическую археоту, полученную из грамположительных. [64] [65] [66] Молекулярный анализ Хори и Осавы указал на связь между метабактериями (=археотой) и эукариотами. [67] Единственные кладистические анализы для бактерий, основанные на классических доказательствах, в значительной степени подтверждают результаты Гупты (см. комплексную мегатаксономию).
Джеймс Лейк представил схему из 2 основных царств (Parkaryotae + эукариоты и эоциты + Karyotae) и предложил схему из 5 основных царств (Eukaryota, Eocyta, Methanobacteria, Halobacteria и Eubacteria), основанную на рибосомальной структуре, и схему из 4 основных царств (Eukaryota, Eocyta , Methanobacteria и Photocyta), при этом бактерии классифицируются в соответствии с 3 основными биохимическими инновациями: фотосинтез (Photocyta), метаногенез (Methanobacteria) и серное дыхание ( Eocyta ). [68] [69] [70] Он также обнаружил доказательства того, что грамотрицательные бактерии возникли в результате симбиоза между 2 грамположительными бактериями. [71]
Власти
Классификация – это группировка организмов в постепенно более обширные группы на основе филогении и фенотипа, в то время как номенклатура – это применение формальных правил для наименования организмов. [72]
Номенклатурный орган
Несмотря на отсутствие официальной и полной классификации прокариот, названия (номенклатура), данные прокариотам, регламентируются Международным кодексом номенклатуры бактерий ( Бактериологическим кодексом ), книгой, содержащей общие положения, принципы, правила и различные примечания и рекомендации [73] аналогично номенклатурным кодексам других групп.
Органы классификации
По мере распространения таксонов были разработаны компьютерные таксономические системы. Раннее не сетевое программное обеспечение для идентификации, которое получило широкое распространение, было создано Эдвардсом (1978), Келлоггом (1979), Шиндлером, Дубеном и Лысенко (1979), Бирсом и Локхардом (1962), Джилленбергом (1965), Холмсом и Хиллом (1985), Лапажем и др. (1970) и Лапажем и др. (1973). [74] : 63
Сегодня таксоны, которые были правильно описаны, рассматриваются в руководстве Берджи по систематической бактериологии , которое направлено на помощь в идентификации видов и считается наивысшим авторитетом. [42] Доступна онлайн-версия таксономического очерка бактерий и архей (TOBA) [1].
Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN), представляет собой онлайн-базу данных, которая в настоящее время содержит более двух тысяч принятых названий с их ссылками, этимологиями и различными примечаниями. [75]
Описание нового вида
International Journal of Systematic Bacteriology/International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSB/IJSEM) — рецензируемый журнал, который выступает в качестве официального международного форума для публикации новых прокариотических таксонов. Если вид опубликован в другом рецензируемом журнале, автор может подать запрос в IJSEM с соответствующим описанием, и если оно верно, новый вид будет представлен в списке валидации IJSEM.
Распределение
Коллекции микробных культур являются хранилищами штаммов, которые направлены на их сохранение и распространение. Главными из них являются: [72]
Анализы
Бактерии сначала классифицировались исключительно на основе их формы (вибрион, бацилла, кокк и т. д.), наличия эндоспор, окраски по Граму, аэробных условий и подвижности. Эта система изменилась с изучением метаболических фенотипов, где использовались метаболические характеристики. [76] В последнее время, с появлением молекулярной филогении, для идентификации видов используются несколько генов, наиболее важным из которых является ген 16S рРНК , за которым следуют 23S , ITS-регион, gyrB и другие для подтверждения лучшего разрешения. Самый быстрый способ идентификации изолированного штамма для сопоставления с видом или родом на сегодняшний день заключается в амплификации его гена 16S с помощью универсальных праймеров и секвенировании ампликона размером 1,4 кб и отправке его в специализированную веб-базу данных идентификации, а именно либо в Ribosomal Database Project[2], архивировано 19 августа 2020 г. на Wayback Machine , который выравнивает последовательность с другими последовательностями 16S с помощью infernal, вторичной структуры, основанной на глобальном выравнивании, [77] [78] или ARB SILVA, который выравнивает последовательности с помощью SINA (инкрементальный выравниватель SILVA), который выполняет локальное выравнивание семени и расширяет его [3]. [79]
Минимальные стандарты для описания нового вида зависят от того, к какой группе принадлежит вид. см. [80]
Кандидат
Candidatus — компонент таксономического названия бактерии, которая не может поддерживаться в коллекции бактериологических культур. Это временный таксономический статус для некультивируемых организмов. Например, « Candidatus Pelagibacter ubique »
Концепция вида
Бактерии размножаются бесполым путем и по большей части не проявляют регионализма (« Все есть везде »), поэтому концепция вида, которая лучше всего подходит для животных, становится исключительно вопросом суждения.
Число названных видов бактерий и архей (приблизительно 13 000) [81] удивительно мало, учитывая их раннюю эволюцию, генетическое разнообразие и место жительства во всех экосистемах. Причиной этого являются различия в концепциях видов между бактериями и макроорганизмами, трудности выращивания/характеристики в чистой культуре (необходимое условие для наименования новых видов, см. выше ) и обширный горизонтальный перенос генов, размывающий различие видов. [82]
Наиболее общепринятым определением является определение полифазного вида, которое учитывает как фенотипические, так и генетические различия. [83]
Однако более быстрый диагностический порог ad hoc для разделения видов составляет менее 70% ДНК-ДНК гибридизации, [84] что соответствует менее 97% идентичности последовательности ДНК 16S. [85] Было отмечено, что если бы это было применено к классификации животных, отряд приматов был бы одним видом. [86]
По этой причине были предложены более строгие определения видов, основанные на полных последовательностях генома. [87]
Патология против филогении
В идеале таксономическая классификация должна отражать эволюционную историю таксонов, т. е. филогению. Хотя существуют некоторые исключения, когда фенотип различается среди группы, особенно с медицинской точки зрения. Ниже приведены некоторые примеры проблемных классификаций.
Escherichia coli: чрезмерно большой и полифилетический
В семействе Enterobacteriaceae класса Gammaproteobacteria виды рода Shigella ( S. dysenteriae , S. flexneri , S. boydii , S. sonnei ) с эволюционной точки зрения являются штаммами вида Escherichia coli (полифилетическими), но из-за генетических различий вызывают различные заболевания в случае патогенных штаммов. [88] Как ни странно, существуют также штаммы E. coli , которые продуцируют токсин Шига , известный как STEC .
Escherichia coli — плохо классифицированный вид, поскольку некоторые штаммы разделяют только 20% своего генома. Будучи столь разнообразным, он должен получить более высокий таксономический рейтинг. [89] Однако из-за медицинских состояний, связанных с этим видом, он не будет изменен, чтобы избежать путаницы в медицинском контексте.
Бацилла цереусгруппа: близкая и полифилетическая
Аналогичным образом виды Bacillus (=филюм Firmicutes ), принадлежащие к « группе B. cereus » ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis и B. medusa ), имеют 99–100% схожей последовательности 16S рРНК (97% — это обычно упоминаемое адекватное пороговое значение для вида) и являются полифилетическими, но по медицинским причинам (сибирская язва и т. д. ) остаются отдельными. [90]
Yersinia pestis: чрезвычайно недавние виды
Yersinia pestis на самом деле является штаммом Yersinia pseudotuberculosis , но с островом патогенности, который обуславливает совершенно иную патологию (симптомы черной чумы и туберкулеза соответственно), которая возникла 15 000–20 000 лет назад. [91]
Вложенные роды вПсевдомонады
В отряде гамма-протеобактерий Pseudomonadales род Azotobacter и вид Azomonas macrocytogenes на самом деле являются членами рода Pseudomonas , но были неправильно классифицированы из-за способности фиксировать азот и большого размера рода Pseudomonas , что делает классификацию проблематичной. [76] [92] [93] Это, вероятно, будет исправлено в ближайшем будущем.
Вложенные роды вБацилла
Другим примером большого рода с вложенными родами является род Bacillus , в котором роды Paenibacillus и Brevibacillus являются вложенными кладами. [94] В настоящее время недостаточно геномных данных для полного и эффективного исправления таксономических ошибок в Bacillus .
Агробактерии: сопротивление изменению имени
На основе молекулярных данных было показано, что род Agrobacterium вложен в Rhizobium , а вид Agrobacterium был перенесен в род Rhizobium (что привело к появлению следующих новых видов: Rhizobium radiobacter (ранее известный как A. tumefaciens) , R. rhizogenes , R. rubi , R. undicola и R. vitis ) [95]. Учитывая фитопатогенную природу видов Agrobacterium , было предложено сохранить род Agrobacterium [96] , и последнее было опровергнуто [97].
Mycoplasma была разделена на шесть родов в трех семействах Гуптой и др. в 2018 году. [101] Изменения были сделаны действительными в списке проверки 184. [102] Медицинские исследователи решительно выступили против переименования и добивались того, чтобы ICSP отклонил новые названия, [103] но Судебная комиссия ICSP не удовлетворила эту просьбу. (Как и в случае выше, старые названия остаются действительно опубликованными, поэтому их по-прежнему можно использовать в соответствии с Кодексом прокариот .) [104]
Номенклатура
Таксономические названия пишутся курсивом (или подчеркиваются при рукописном написании) с прописной первой буквой, за исключением эпитетов для видов и подвидов. Несмотря на то, что это распространено в зоологии, таутонимы (например, Bison bison ) не принимаются, а названия таксонов, используемые в зоологии, ботанике или микологии, не могут быть повторно использованы для бактерий (ботаника и зоология имеют общие названия).
Номенклатура — это набор правил и соглашений, которые управляют названиями таксонов. Различия в номенклатуре между различными царствами/доменами рассматриваются в. [105]
Для бактерий допустимые названия должны иметь латинское или неолатинское название и могут использовать только основные латинские буквы (включая w и j, см. Историю латинского алфавита для получения информации об этом), следовательно, дефисы, ударения и другие буквы не принимаются и должны транслитерироваться правильно (например, ß=ss). [106] Древнегреческий язык, написанный греческим алфавитом, должен быть транслитерирован в латинский алфавит.
При создании сложных слов соединительная гласная необходима в зависимости от происхождения предыдущего слова, независимо от следующего слова, если только последнее не начинается с гласной, в этом случае соединительная гласная не добавляется. Если первое соединение латинское, то соединительная гласная -i-, тогда как если первое соединение греческое, то соединительная гласная -o-. [107]
Этимологию названий см. в LPSN.
Правила для высших таксонов
Для прокариот ( бактерий и архей ) ранг царства не использовался до 2024 года [108] (хотя некоторые авторы называли типы царствами [72] ). Категория царства была включена в Бактериологический кодекс в ноябре 2023 года [109] , первые четыре предложения ( Bacillati , Fusobacteriati , Pseudomonadati , Thermotogati ) были опубликованы в январе 2024 года. [110]
Если новый или измененный вид помещается в новые ранги, то в соответствии с Правилом 9 Бактериологического кодекса название образуется путем добавления соответствующего суффикса к основе названия типового рода. [73] Для подкласса и класса обычно соблюдается рекомендация из [111] , что приводит к нейтральному множественному числу, однако некоторые названия не следуют этому и вместо этого учитывают греко-латинскую грамматику (например, женские формы множественного числа Thermotogae , Aquificae и Chlamydiae , мужские формы множественного числа Chloroflexi , Bacilli и Deinococci и греческие формы множественного числа Spirochaetes , Gemmatimonadetes и Chrysiogenetes ). [112]
Окончания фил
До 2021 года типы не охватывались Бактериологическим кодексом , поэтому они назывались неформально. [112] Это привело к появлению различных подходов к наименованию типов. Некоторые типы, такие как Firmicutes, были названы в соответствии с общими для всего типа признаками. Другие, такие как Chlamydiae, были названы с использованием названия класса или рода в качестве основы (например, Chlamydia ). В 2021 году было принято решение включить названия в Бактериологический кодекс. Следовательно, многие названия типов были обновлены в соответствии с новыми правилами номенклатуры. [113] Более высокие таксоны, предложенные Кавальер-Смитом [56] , как правило, игнорируются сообществом молекулярной филогении ( например , [58] ) (см. выше).
Согласно новым правилам, название типа происходит от типового рода:
Несколько видов названы в честь людей, либо первооткрывателей, либо известных личностей в области микробиологии, например, Salmonella названа в честь DE Salmon, который ее открыл (хотя и как «Bacillus typhi» [114] ). [115]
Для родового эпитета все имена, полученные от людей, должны быть в женском именительном падеже, либо путем изменения окончания на -a, либо на уменьшительное -ella, в зависимости от имени. [107]
Для получения видового эпитета имена могут быть преобразованы либо в форму прилагательного (добавление -nus (м.р.), -na (ж.р.), -num (сущ.) в зависимости от рода родового имени), либо в родительный падеж латинизированного имени. [107]
Названия в честь мест
Многие виды (видовой эпитет) названы по месту их обитания или обнаружения (например, Thiospirillum jenense). Их названия создаются путем образования прилагательного путем присоединения к названию местности окончания -ensis (м. или ж.) или ense (сущ.) в соответствии с родом названия рода, если только для этого места не существует классического латинского прилагательного. Однако названия мест не следует использовать в качестве существительных в родительном падеже. [107]
Народные названия
Несмотря на то, что некоторые гетеро/гомогенные колонии или биопленки бактерий имеют названия на английском языке (например, зубной налет или звездчатое желе ), ни один вид бактерий не имеет общеупотребительного/тривиального/общеупотребительного названия на английском языке.
Для имен в единственном числе нельзя образовать множественное число ( singulare tantum ), поскольку это подразумевало бы несколько групп с одинаковым названием, а не несколько членов этой группы (по аналогии, в английском языке chairs и tables являются типами мебели, которые не могут использоваться во множественном числе "furnitures" для описания обоих членов), и наоборот, имена во множественном числе - pluralia tantum. Однако частичное исключение из этого правила составляет использование народных имен. Однако, чтобы избежать повторения таксономических названий, которые нарушают поток прозы, часто используются и рекомендуются народные названия членов рода или более высоких таксонов, они образуются путем написания названия таксона в предложении римским шрифтом («стандартный» в MS Office), таким образом, рассматривая собственное существительное как английское нарицательное (например, сальмонеллы), хотя есть некоторые споры о грамматике множественного числа, которое может быть либо правильным множественным числом с добавлением -(e)s (сальмонеллы), либо использовать древнегреческую или латинскую форму множественного числа ( нерегулярные множественные числа ) существительного (сальмонеллы); последнее проблематично, так как множественное число от -bacter будет -bacteres, в то время как множественное число от myces (нидерл. муж. сущ. от греч. муж. сущ. mukes) - mycetes. [116]
Существуют обычаи, связанные с некоторыми названиями, например, названия, оканчивающиеся на -монас, преобразуются в -монаду (одна псевдомонада, две аэромонады и не -монада).
Бактерии, являющиеся этиологической причиной заболевания, часто обозначаются по названию заболевания с последующим описательным существительным (бактерия, бацилла, кокк, возбудитель или название их типа), например, бактерия холеры ( Vibrio cholerae ) или спирохета болезни Лайма ( Borrelia burgdorferi ), а также риккетсиозный оспа ( Rickettsia akari ) (подробнее см. [117] ).
Трепонема преобразуется в трепонему, а множественное число — трепонемы, а не трепонемы.
Некоторые необычные бактерии и археи имеют специальные названия, такие как овал Квина ( Quinella ovalis ) и квадрат Уолсби ( Haloquadratum walsbyi ).
До появления молекулярной филогении многие высшие таксономические группы имели только тривиальные названия, которые используются и сегодня, некоторые из них являются полифилетическими, например, Rhizobacteria. Некоторые высшие таксономические тривиальные названия:
Сине-зеленые водоросли являются представителями типа « Цианобактерии ».
Зелёные несерные бактерии являются представителями типа Chloroflexota.
Зелёные серные бактерии являются представителями Chlorobiota.
Пурпурные бактерии — это некоторые, но не все, представители типа Pseudomonadota.
Пурпурные серные бактерии являются представителями порядка Chromatiales.
Грамположительные бактерии с низким содержанием G+C являются представителями типа Bacillota , независимо от содержания GC.
Грамположительные бактерии с высоким содержанием G+C являются представителями типа Actinomycetota , независимо от содержания GC.
Ризобии являются представителями различных родов Pseudomonadota.
Молочнокислые бактерии являются представителями порядка Lactobacillales.
Плодоносящие скользящие бактерии или миксобактерии являются представителями типа Myxococcota.
Энтеробактерии являются представителями порядка Enterobacteriales (хотя этот термин избегают, если они не живут в кишечнике, например, Pectobacterium ).
Сокращение для вида — sp. (множественное число spp. ) и используется после родового эпитета для обозначения вида этого рода. Часто используется для обозначения штамма рода, для которого вид неизвестен либо потому, что организм еще не описан как вид, либо для его идентификации было проведено недостаточно тестов. Например, Halomonas sp. GFAJ-1 — см. также открытую номенклатуру
Если бактерия известна и хорошо изучена, но не поддается культивированию, в ее названии указывается термин Candidatus.
Базоним — это оригинальное название новой комбинации, а именно первое название, данное таксону до его переклассификации.
Синоним — это альтернативное название таксона, т.е. таксон был ошибочно описан дважды.
^ Линней, Карл (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, предложения по систематике по классам, порядкам, родам и видам.
^ ab Woese, CR; Kandler, O.; Wheelis, ML (1990). «К естественной системе организмов: предложение для доменов Archaea, Bacteria и Eucarya». Труды Национальной академии наук . 87 (12): 4576–4579. Bibcode : 1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID 2112744.
^ Porter JR (1976). «Энтони ван Левенгук: трехсотлетие открытия бактерий». Bacteriological Reviews . 40 (2): 260–9. doi :10.1128/mmbr.40.2.260-269.1976. PMC 413956. PMID 786250 .
^ van Leeuwenhoek A (1684). «Отрывок из письма г-на Энтони Леввенхука из Дельфта от 17 сентября 1683 г., содержащий некоторые микроскопические наблюдения о животных в налете на зубах, о веществе, называемом червями в носу, о кутикулах, состоящих из чешуек» (PDF) . Philosophical Transactions . 14 (155–166): 568–574. Bibcode :1684RSPT...14..568L. doi : 10.1098/rstl.1684.0030 .
^ van Leeuwenhoek A (1700). «Часть письма г-на Энтони ван Левенгука относительно червей в печени овец, комаров и животных в экскрементах лягушек». Philosophical Transactions . 22 (260–276): 509–518. Bibcode :1700RSPT...22..509V. doi : 10.1098/rstl.1700.0013 .
^ van Leeuwenhoek A (1702). «Часть письма г-на Энтони ван Левенгука, члена Королевского общества, относительно зеленых водорослей, растущих в воде, и некоторых животных, найденных около них». Philosophical Transactions . 23 (277–288): 1304–11. Bibcode :1702RSPT...23.1304V. doi :10.1098/rstl.1702.0042. S2CID 186209549.
^ abc Murray, RGE, Holt, JG (2005). История руководства Берджи . В: Garrity, GM, Boone, DR & Castenholz, RW (ред., 2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., т. 1, Springer-Verlag, Нью-Йорк, стр. 1-14. ссылка. [См. стр. 2.]
^ Pot, B., Gillis, M., и De Ley, J., Род Aquaspirillum. В: Balows, A., Trüper, HG, Dworkin, M., Harder, W., Schleifer, K.-H. (ред.). Прокариоты , 2-е изд., т. 3. Springer-Verlag. Нью-Йорк. 1991
^ "Этимология слова "бактерия"". Онлайн-словарь этимологии . Архивировано из оригинала 18 ноября 2006 года . Получено 23 ноября 2006 года .
^ abcd Геккель, Эрнст (1867). Geneelle Morphologie der Organismen (на немецком языке). Берлин: Раймер. ISBN978-1-144-00186-3– через Интернет-архив.
^ аб фон Нэгели, К. (1857). Каспари, Р. (ред.). «Bericht über die Verhandlungen der 33. Versammlung deutscher Naturforscher und Aerzte, gehalten in Bonn von 18 bis 24 сентября 1857 г.» [Отчет о переговорах на 33-м совещании немецких естествоиспытателей и врачей, проходившем в Бонне с 18 по 24 сентября 1857 г.] . Botanische Zeitung (на немецком языке). 15 : 749–776 — через Интернет-архив .
^ Пачини, Ф.: Микроскопические наблюдения и патологические исследования азиатской холеры. Gazette Medicale de Italiana Toscano Firenze, 1854, 6, 405–412.
^ аб Эренберг, CG (1835). «Большая организация Dritter Beitrag zur Erkenntniss in der Richtung des kleinsten Raumes». Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin aus den Jahren 1833-1835 , стр. 143-336.
^ Эренберг, CG (1830). «Beiträge zur Kenntnis der Organization der Infusorien und ihrer geographischen Verbreitung besonders в Сибири». Abhandlungen der Koniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin 1832 , стр. 1–88.
^ Protomonas в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
^ Чаттон, Э. (1925). « Pansporella perplexa : размышления о биологии и филогении простейших». Анналы естественных наук . 10 (VII): 1–84.
^ Смит, Эрвин Ф. (1905). Номенклатура и классификация бактерий в связи с болезнями растений , т. 1.
^ Орла-Йенсен (1909). «Die Hauptlinien des naturalischen Bakteriensystems nebst einer Ubersicht der Garungsphenomene». Центр. Бакт. Паразитенк. , Том. II, № 22, стр. 305–346.
↑ Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (1925). Балтимор: Williams & Wilkins Co. (со многими последующими изданиями).
^ Бьюкенен, RE (1916). « Исследования по номенклатуре и классификации бактерий: проблема бактериальной номенклатуры». Журнал бактериологии . 1 (6): 591–596. doi :10.1128/jb.1.6.591-596.1916. PMC 378679. PMID 16558720 – через Национальный центр биотехнологической информации.
^ Кон, Фердинанд (1872 а). «Организмы в Покенлимфе». Вирхов (ред.), Архив , Том. 55, с. 237.
^ Кон, Фердинанд (1872 б) "Untersuchungen ilber Bakterien". Beitrage zur Biologie der Pflanzen Vol. 1, № 1, с. 136.
^ Детони, Дж.Б.; Тревизан, В. (1889). «Схизомицетовые». Саккардо (редактор), Sylloge Fungorum , Vol. 8, с. 923.
^ Бьюкенен, RE (март 1917 г.). «Исследования по номенклатуре и классификации бактерий: II. Основные подразделения шизомицетов». Журнал бактериологии . 2 (2): 155–64. doi :10.1128/JB.2.2.155-164.1917. PMC 378699. PMID 16558735 .
^ "Международный бактериологический кодекс номенклатуры". Журнал бактериологии . 55 (3): 287–306. Март 1948. doi : 10.1128 /JB.55.3.287-306.1948. PMC 518444. PMID 16561459.
^ Прево, Арканзас (1958). Руководство по классификации и определению анаэробных бактерий . Париж: Массон.
^ Прево, Арканзас (1963). Бактерии в Précis de Botanique . Париж: Массон.
^ Линней, К. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, предложения по систематике по классам, порядкам, родам и видам .
^ Геккель, Э. (1866). Общая морфология организмов . Раймер, Берлин.
^ Чаттон, Э. (1925). « Pansporella perplexa . Размышления о биологии и филогении простейших». Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale . 10-VII: 1–84.
^ Коупленд, Х. (1938). «Царства организмов». Quarterly Review of Biology . 13 (4): 383–420. doi :10.1086/394568. S2CID 84634277.
^ Уиттекер, Р. Х. (январь 1969 г.). «Новые концепции царств организмов». Science . 163 (3863): 150–60. Bibcode :1969Sci...163..150W. doi :10.1126/science.163.3863.150. PMID 5762760.
^ Woese, C.; Kandler, O.; Wheelis, M. (1990). «К естественной системе организмов: предложение для доменов Archaea, Bacteria и Eucarya». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Bibcode : 1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID 2112744 .
^ Кавальер-Смит, Т. (1998). «Пересмотренная система шести царств жизни». Biological Reviews . 73 (3): 203–66. doi :10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012. S2CID 6557779.
^ Руджеро, Майкл А.; Гордон, Деннис П.; Оррелл, Томас М.; Бейли, Николас; Бургуэн, Тьерри; Бруска, Ричард К.; Кавальер-Смит, Томас; Гайри, Майкл Д.; Кирк, Пол М.; Туесен, Эрик В. (2015). «Классификация всех живых организмов более высокого уровня». PLOS ONE . 10 (4): e0119248. Bibcode : 2015PLoSO..1019248R. doi : 10.1371/journal.pone.0119248 . PMC 4418965. PMID 25923521 .
^ GIBBONS NE; MURRAY RGE (1978). «Предложения относительно высших таксонов бактерий». Международный журнал систематической бактериологии . 28 : 1–6. doi : 10.1099/00207713-28-1-1 .
^ ab Джордж М. Гаррити: Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2. Auflage. Springer, Нью-Йорк, 2005, Том 2: Протеобактерии, Часть B: Гаммапротеобактерии
^ МЮРРЕЙ (RGE): Высшие таксоны, или место для всего...? В: NR KRIEG и JG HOLT (ред.) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, т. 1, The Williams & Wilkins Co., Балтимор, 1984, стр. 31-34
^ Ciccarelli FD, Doerks T, von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P (2006). «К автоматической реконструкции высокоразрешенного дерева жизни». Science . 311 (5765): 1283–7. Bibcode :2006Sci...311.1283C. CiteSeerX 10.1.1.381.9514 . doi :10.1126/science.1123061. PMID 16513982. S2CID 1615592.
^ Woese CR, Gupta R (1981). «Являются ли архебактерии просто производными „прокариот“?». Nature . 289 (5793): 95–6. Bibcode : 1981Natur.289...95W. doi : 10.1038/289095a0. PMID 6161309. S2CID 4343245.
^ Woese C (1998). «Универсальный предок». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (12): 6854–9. Bibcode : 1998PNAS...95.6854W. doi : 10.1073/pnas.95.12.6854 . PMC 22660. PMID 9618502 .
^ Gupta RS (2000). «Естественные эволюционные отношения среди прокариот». Crit. Rev. Microbiol . 26 (2): 111–31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . doi :10.1080/10408410091154219. PMID 10890353. S2CID 30541897.
^ C. Michael Hogan. 2010. Вирус. Энциклопедия Земли. Редакторы: Катлер Кливленд и Сидни Драгган
^ Грибальдо С., Брошье-Арманет С. (2006). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние». Philosophical Transactions of the Royal Society B. 361 ( 1470): 1007–22. doi :10.1098/rstb.2006.1841. PMC 1578729. PMID 16754611 .
^ Woese CR (1 марта 1994 г.). «Где-то должен быть прокариот: поиск микробиологией себя». Microbiol. Rev. 58 ( 1): 1–9. doi : 10.1128/MMBR.58.1.1-9.1994. PMC 372949. PMID 8177167.
^ Balch, W.; Magrum, L.; Fox, G.; Wolfe, R.; Woese, C. (1977). «Древнее расхождение среди бактерий». Journal of Molecular Evolution . 9 (4): 305–311. Bibcode : 1977JMolE...9..305B. doi : 10.1007/BF01796092. PMID 408502. S2CID 27788891.
^ Франколини, К.; Эгет, Х. (1979). «Избирательность восприятия зависит от задачи: эффект выскакивания выскакивает». Восприятие и психофизика . 25 (2): 99–110. doi : 10.3758/bf03198793 . PMID 432104.
^ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Вёзе, Карл на передовой революции бактериальной эволюции». Ученый . 4 (10).
^ Уорд, ББ (2002). «Сколько видов прокариот существует?». Труды Национальной академии наук . 99 (16): 10234–10236. Bibcode : 2002PNAS...9910234W. doi : 10.1073/pnas.162359199 . PMC 124894. PMID 12149517 .
^ abc Cavalier-Smith, T (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318.
^ ab Cavalier-Smith, T. (2006). «Укоренение древа жизни с помощью анализа переходов». Biology Direct . 1 : 19. doi : 10.1186/1745-6150-1-19 . PMC 1586193. PMID 16834776 .
^ ab Pace, NR (2009). «Картирование древа жизни: прогресс и перспективы». Microbiology and Molecular Biology Reviews . 73 (4): 565–576. doi :10.1128/MMBR.00033-09. PMC 2786576. PMID 19946133 .
^ Фурнье, ГП; Гогартен, ДжП (2010). «Укоренение рибосомного дерева жизни». Молекулярная биология и эволюция . 27 (8): 1792–1801. doi : 10.1093/molbev/msq057 . PMID 20194428.
^ Фурнье, ГП; Гогартен, ДжП (2010). «Укоренение рибосомного дерева жизни». Молекулярная биология и эволюция . 27 (8): 1792–1801. doi : 10.1093/molbev/msq057 . PMID 20194428.
^ Лейк, Дж.; Сервин, Дж.; Гербольд, К.; Скофаммер, Р. (2008). «Доказательства нового корня древа жизни». Systematic Biology . 57 (6): 835–843. doi : 10.1080/10635150802555933 . PMID 19085327.
^ Skophammer, RG; Servin, JA; Herbold, CW; Lake, JA (2007). «Доказательства грамположительного, эубактериального корня древа жизни». Молекулярная биология и эволюция . 24 (8): 1761–1768. doi : 10.1093/molbev/msm096 . PMID 17513883.
^ Валас, RE; Борн, PE (2011). «Происхождение производного суперцарства: как грамположительная бактерия пересекла пустыню, чтобы стать археем». Biology Direct . 6 : 16. doi : 10.1186/1745-6150-6-16 . PMC 3056875. PMID 21356104 .
^ Гупта, RS (1998). «Филогении белков и сигнатурные последовательности: переоценка эволюционных отношений между архебактериями, эубактериями и эукариотами». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 62 (4): 1435–1491. doi :10.1128 / MMBR.62.4.1435-1491.1998. PMC 98952. PMID 9841678.
^ Гупта, RS (1998). «Третий домен жизни (археи): установленный факт или исчезающая парадигма?». Теоретическая популяционная биология . 54 (2): 91–104. doi :10.1006/tpbi.1998.1376. PMID 9733652.
^ Гупта, RS (2000). «Естественные эволюционные отношения среди прокариот». Критические обзоры по микробиологии . 26 (2): 111–131. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . doi :10.1080/10408410091154219. PMID 10890353. S2CID 30541897.
^ Хори, Х.; Осава, С. (1987). «Происхождение и эволюция организмов, выведенные из последовательностей рибосомной РНК 5S». Молекулярная биология и эволюция . 4 (5): 445–472. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040455 . PMID 2452957.
^ Лейк, JA (1986). «Альтернатива архебактериальной догме». Nature . 319 (6055): 626. Bibcode :1986Natur.319..626L. doi : 10.1038/319626b0 . S2CID 4273843.
^ Лейк, JA; Хендерсон, E; Оукс, M; Кларк, MW (1984). «Эоциты: новая структура рибосомы указывает на царство, тесно связанное с эукариотами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 81 (12): 3786–3790. Bibcode : 1984PNAS...81.3786L. doi : 10.1073/pnas.81.12.3786 . PMC 345305. PMID 6587394 .
^ Лейк, JA; Хендерсон, E.; Кларк, MW; Шейнман, A.; Оукс, MI (1986). «Картирование эволюции с трехмерной структурой рибосомы». Систематическая и прикладная микробиология . 7 (1): 131–136. Bibcode : 1986SyApM...7..131L. doi : 10.1016/S0723-2020(86)80135-7.
^ Лейк, Дж. (2009). «Доказательства раннего прокариотического эндосимбиоза». Nature . 460 (7258): 967–971. Bibcode :2009Natur.460..967L. doi :10.1038/nature08183. PMID 19693078. S2CID 4413304.
^ abcd Мэдиган, Майкл (2009). Биология микроорганизмов Брока . Сан-Франциско: Pearson/Benjamin Cummings. ISBN978-0-13-232460-1.
^ ab Lapage, S.; Sneath, P.; Lessel, E.; Skerman, V.; Seeliger, H.; Clark, W. (1992). Международный кодекс номенклатуры бактерий: Бактериологический кодекс, редакция 1990 года . Вашингтон, округ Колумбия: ASM Press. PMID 21089234.
^ Введение в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
^ Olsen, G.; Larsen, N.; Woese, C. (1991). «Проект базы данных рибосомальной РНК». Nucleic Acids Research . 19 Suppl (Suppl): 2017–2021. doi :10.1093/nar/19.suppl.2017. PMC 331344. PMID 2041798 .
^ Cole, JR; Wang, Q.; Cardenas, E.; Fish, J.; Chai, B.; Farris, RJ; Kulam-Syed-Mohideen, AS; McGarrell, DM; Marsh, T.; Garrity, GM; Tiedje, JM (2009). «Проект рибосомальной базы данных: улучшенные выравнивания и новые инструменты для анализа рРНК». Nucleic Acids Research . 37 (выпуск базы данных): D141–D145. doi :10.1093/nar/gkn879. PMC 2686447 . PMID 19004872.
^ Pruesse, E.; Quast, C.; Knittel, K.; Fuchs, BM; Ludwig, W.; Peplies, J.; Glockner, FO (2007). "SILVA: всеобъемлющий онлайн-ресурс для качественно проверенных и выровненных данных о последовательностях рибосомальной РНК, совместимых с ARB". Nucleic Acids Research . 35 (21): 7188–7196. doi :10.1093/nar/gkm864. PMC 2175337 . PMID 17947321.
^ минимальные стандарты в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
^ «Количество опубликованных имен».
^ Staley, JT (2006). «Дилемма бактериальных видов и концепция геномно-филогенетического вида». Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 361 (1475): 1899–1909. doi :10.1098/rstb.2006.1914. PMC 1857736. PMID 17062409 .
^ Геверс, Д.; Коэн, FM; Лоуренс, JG; Спратт, Б.Г.; Коэнье, Т.; Фейл, Э.Дж.; Стакебрандт, Э.; Ван Де Пер, Ю.В.; Вандам, П.; Томпсон, Флорида; Качели, Дж. (2005). «Мнение: переоценка видов прокариот». Обзоры природы Микробиология . 3 (9): 733–739. дои : 10.1038/nrmicro1236. PMID 16138101. S2CID 41706247.
^ Уэйн, Л. (1988). «Международный комитет по систематической бактериологии: Объявление о докладе специального комитета по согласованию подходов к бактериальной систематике». Zentralblatt für Bakteriologie, Mikrobiologie und Hygiene. Серия A: Медицинская микробиология, инфекционные заболевания, вирусология, паразитология . 268 (4): 433–434. doi :10.1016/s0176-6724(88)80120-2. PMID 3213314.
^ Штакебрандт, Э.; Гебель, Б. М. (1994). «Таксономическая заметка: место для реассоциации ДНК–ДНК и анализа последовательности 16S рДНК в современном определении видов в бактериологии». Int. J. Syst. Bacteriol . 44 (4): 846–849. doi : 10.1099/00207713-44-4-846 .
^ Staley, J. (1997). «Биоразнообразие: находятся ли под угрозой исчезновения виды микроорганизмов?». Current Opinion in Biotechnology . 8 (3): 340–345. doi :10.1016/s0958-1669(97)80014-6. PMID 9206017.
^ Райт, Э.; Баум, Д. (2018). «Эксклюзивность предлагает надежный, но практичный критерий вида для бактерий, несмотря на обильный поток генов». BMC Genomics . 19 (724): 724. doi : 10.1186/s12864-018-5099-6 . PMC 6171291. PMID 30285620 .
^ Лан, Р.; Ривз, П. Р. (2002). «Escherichia coli in disguise: molecular origins of Shigella». Микробы и инфекция / Институт Пастера . 4 (11): 1125–32. doi :10.1016/S1286-4579(02)01637-4. PMID 12361912.
^ Meier-Kolthoff JP, Hahnke RL, Petersen J, Scheuner C, Michael V, Fiebig A и др. (2013). «Полная последовательность генома DSM 30083(T), типового штамма (U5/41(T)) Escherichia coli и предложение по определению подвидов в микробной таксономии». Стандарты в геномных науках . 9 : 2. doi : 10.1186/1944-3277-9-2 . PMC 4334874. PMID 25780495 .
^ Бавыкин, С.Г.; Лысов, Ю.П.; Захариев, В.; Келли, Дж.Дж.; Джекман, Дж.; Шталь, ДА; Черни, А. (2004). «Использование анализа последовательности генов 16S рРНК, 23S рРНК и gyrB для определения филогенетических связей микроорганизмов группы Bacillus cereus». Журнал клинической микробиологии . 42 (8): 3711–30. doi :10.1128/JCM.42.8.3711-3730.2004. PMC 497648. PMID 15297521 .
^ Ахтман, М.; Цурт, К.; Морелли, Г.; Торреа, Г.; Гийуль, А.; Карниель, Э. (1999). «Yersinia pestis, возбудитель чумы, является недавно появившимся клоном Yersinia pseudotuberculosis». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (24): 14043–14048. Bibcode : 1999PNAS...9614043A. doi : 10.1073 /pnas.96.24.14043 . PMC 24187. PMID 10570195.
^ Young, JM; Park, D. -C. (2007). «Вероятная синонимия азотфиксирующего рода Azotobacter и рода Pseudomonas». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (12): 2894–2901. doi : 10.1099/ijs.0.64969-0 . PMID 18048745.
^ Редьерс, Х.; Вандерлейден, Дж.; Де Мот, Р. (2004). «Azotobacter vinelandii: замаскированная Pseudomonas?». Микробиология . 150 (ч. 5): 1117–9. doi : 10.1099/mic.0.27096-0 . PMID 15133068.
^ Xu, D; Côté, JC (2003). «Филогенетические отношения между видами Bacillus и родственными родами, выведенные из сравнения нуклеотидных последовательностей 3'-конца 16S рДНК и 5'-конца 16S-23S ITS». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 3): 695–704. doi : 10.1099/ijs.0.02346-0 . PMID 12807189.
^ Young, J.; Kuykendall, L.; Martínez-Romero, E.; Kerr, A.; Sawada, H. (2001). «Пересмотр Rhizobium Frank 1889 с исправленным описанием рода и включением всех видов Agrobacterium Conn 1942 и Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 в качестве новых комбинаций: Rhizobium radiobacter, R. Rhizogenes, R. Rubi, R. Undicola и R. Vitis». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (Pt 1): 89–103. doi : 10.1099/00207713-51-1-89 . PMID 11211278.
^ Фарранд, С.; Ван Беркум, П.; Огер, П. (2003). «Agrobacterium — это определяемый род семейства Rhizobiaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (ч. 5): 1681–1687. doi : 10.1099/ijs.0.02445-0 . PMID 13130068.
^ Young, J.; Kuykendall, L.; Martínez-Romero, E.; Kerr, A.; Sawada, H. (2003). «Классификация и номенклатура Agrobacterium и Rhizobium». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 5): 1689–1695. doi : 10.1099/ijs.0.02762-0 . PMID 13130069.
^ Gupta RS, Lo B, Son J (2018). «Филогеномика и сравнительные геномные исследования убедительно поддерживают разделение рода Mycobacterium на исправленный род Mycobacterium и четыре новых рода». Frontiers in Microbiology . 9 : 67. doi : 10.3389/fmicb.2018.00067 . PMC 5819568. PMID 29497402 .
^ Tortoli E, Brown-Elliott BA, Chalmers JD, Cirillo DM, Daley CL, Emler S, et al. (Июль 2019). «То же мясо, другая подливка: игнорируйте новые названия микобактерий». The European Respiratory Journal . 54 (1): 1900795. doi : 10.1183/13993003.00795-2019 . PMID 31296783.
^ "Род: Mycobacteroides". lpsn.dsmz.de . Mycobacteroides является правильным названием, если этот род рассматривается как отдельный род (т. е. если его номенклатурный тип не отнесен к другому роду, название которого опубликовано надлежащим образом, является законным, не отклонено и имеет приоритет).
^ Гупта, РС; Саунани, С.; Адеолу, М.; Альнаджар, С.; Орен, А. (2018). «Филогенетическая основа типа Tenericutes на основе данных последовательности генома: предложение о создании нового порядка Mycoplasmoidales ord. nov., содержащего два новых семейства Mycoplasmoidaceae fam. nov. и Metamycoplasmataceae fam. nov., несущих Eperythrozoon, Ureaplasma и пять новых родов. ". Антони ван Левенгук . 111 (9): 1583–1630. дои : 10.1007/s10482-018-1047-3. PMID 29556819. S2CID 254226604.
^ "Род: Mycoplasmoides". lpsn.dsmz.de .
^ Бэлиш, Митчелл; Бертаччини, Ассунта; Бланшар, Ален; Браун, Дэниел; Браунинг, Гленн; Чалкер, Виктория; Фрей, Иоахим; Гаспарик, Гейл; Хёльцле, Людвиг; Найт, Том; Нокс, Кристина; Куо, Чи-Хорнг; Мансо-Сильван, Люсия; Мэй, Меган; Поллак, Дж. Деннис (2019). «Рекомендуется отклонить названия Malacoplasma gen. nov., Mesomycoplasma gen. nov., Metamycoplasma gen. nov., Metamycoplasmataceae fam. nov., Mycoplasmoidaceae fam. nov., Mycoplasmoidales ord. nov., Mycoplasmoides gen. nov., Mycoplasmopsis gen . nov. [Gupta, Sawnani, Adeolu, Alnajar и Oren 2018] и все предложенные виды comb. nov., помещенные в него». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (11): 3650–3653. doi : 10.1099/ijsem. 0,003632 . hdl : 11585/720151 . ISSN 1466-5034. PMID 31385780.
^ Арахал, Дэвид Р.; Буссе, Ханс-Юрген; Булл, Кэроли Т.; Кристенсен, Хенрик; Чувочина, Мария; Дедыш, Светлана Н.; Фурнье, Пьер-Эдуард; Константинидис, Константинос Т.; Паркер, Чарльз Т.; Росселло-Мора, Рамон; Вентоза, Антонио; Гёкер, Маркус (10 августа 2022 г.). «Судебные заключения 112–122». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 72 (8). doi : 10.1099/ijsem.0.005481. PMID 35947640. S2CID 251470203.
^ Приложение 9 к Британской Колумбии https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8808/
^ abcd "Help! Latin! How to Avoid the Most Commons By Dancing Latin Names to New Discovery Prokaryotes". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature . Архивировано из оригинала 7 октября 2011 г. Получено 14 апреля 2011 г.
^ Классификация Phyla в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
^ ab Oren, Aharon (1 ноября 2023 г.). «Поправка к Принципу 8, Правилам 5b, 8, 15, 33a и Приложению 7 Международного кодекса номенклатуры прокариот с целью включения категорий царства и домена». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 73 (11). doi :10.1099/ijsem.0.006123. PMID 37909283.
^ Göker, Markus; Oren, Aharon (22 января 2024 г.). «Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариот». International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. PMID 38252124.
^ STACKEBRANDT, E.; RAINEY; WARD-RAINEY, NL (1997). "Предложение о новой иерархической системе классификации, Actinobacteria classis nov". Int. J. Syst. Bacteriol . 47 (2): 479–491. doi : 10.1099/00207713-47-2-479 .
^ ab Классификация в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
^ Орен А, Гаррити ГМ. (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.
^ ШРЕТЕР (Дж.). В: Ф. КОН (ред.), Kryptogamenflora von Schlesien. Группа 3, Heft 3, Пильзе. Verlag Ю. Ю. Керна, Бреслау, 1885–1889, стр. 1–814.
^ Salmonella в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
^ RE BUCHANAN, Таксономия, Annu. Rev. Microbiol. 1955.9:1-20. http://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev.mi.09.100155.000245
