Натуральный продукт — это природное соединение или вещество, произведенное живым организмом, то есть, встречающееся в природе . [2] [3] В самом широком смысле натуральные продукты включают любое вещество, произведенное жизнью. [4] [5] Натуральные продукты также могут быть получены путем химического синтеза (как полусинтеза , так и полного синтеза ) и сыграли центральную роль в развитии области органической химии, предоставляя сложные синтетические цели. Термин натуральный продукт также был расширен в коммерческих целях для обозначения косметики , диетических добавок и продуктов питания, произведенных из натуральных источников без добавления искусственных ингредиентов. [6]
В области органической химии определение природных продуктов обычно ограничивается органическими соединениями, выделенными из природных источников, которые производятся путями первичного или вторичного метаболизма . [7] В области медицинской химии определение часто дополнительно ограничивается вторичными метаболитами. [8] [9] Вторичные метаболиты (или специализированные метаболиты) не являются необходимыми для выживания, но тем не менее обеспечивают организмам, которые их производят, эволюционное преимущество. [10] Многие вторичные метаболиты являются цитотоксичными и были отобраны и оптимизированы в ходе эволюции для использования в качестве агентов «химической войны» против добычи, хищников и конкурирующих организмов. [11] Вторичные или специализированные метаболиты часто уникальны для определенных видов, тогда как первичные метаболиты обычно встречаются во многих царствах. Вторичные метаболиты отличаются химической сложностью, поэтому они так интересны химикам.
Природные источники могут привести к фундаментальным исследованиям потенциальных биоактивных компонентов для коммерческой разработки в качестве ведущих соединений в разработке лекарств . [12] Хотя натуральные продукты вдохновили на создание множества лекарств, разработка лекарств из природных источников в XXI веке привлекла все меньше внимания фармацевтических компаний, отчасти из-за ненадежного доступа и поставок, интеллектуальной собственности, стоимости и проблем с прибылью , сезонной или экологической изменчивости состава и потери источников из-за растущих темпов вымирания . [12] Несмотря на это, натуральные продукты и их производные по-прежнему составляли около 10% новых одобренных лекарств в период с 2017 по 2019 год. [13]
Самое широкое определение натурального продукта — это все, что произведено жизнью [4] [14] , и включает в себя биотические материалы (например, древесину, шелк), материалы на биологической основе (например, биопластик , кукурузный крахмал), телесные жидкости (например, молоко, растительные экссудаты) и другие природные материалы (например, почву, уголь).
Натуральные продукты можно классифицировать по их биологической функции, биосинтетическому пути или источнику. В зависимости от источника, число известных молекул натуральных продуктов колеблется от 300 000 [15] [16] до 400 000. [17]
Следуя первоначальному предложению Альбрехта Косселя в 1891 году, [18] натуральные продукты часто делятся на два основных класса: первичные и вторичные метаболиты. [19] [20] Первичные метаболиты имеют внутреннюю функцию, которая необходима для выживания организма, который их производит. Вторичные метаболиты, напротив, имеют внешнюю функцию, которая в основном влияет на другие организмы. Вторичные метаболиты не являются необходимыми для выживания, но повышают конкурентоспособность организма в его среде. Например, алкалоиды , такие как морфин и никотин, действуют как защитные химикаты против травоядных животных, в то время как флавоноиды привлекают опылителей, а терпены, такие как ментол, служат для отпугивания насекомых. Из-за своей способности модулировать биохимические и сигнальные пути передачи некоторые вторичные метаболиты обладают полезными лекарственными свойствами. [21]
Натуральные продукты, особенно в области органической химии, часто определяются как первичные и вторичные метаболиты. [8] [9] Более узкое определение, ограничивающее натуральные продукты вторичными метаболитами, обычно используется в областях медицинской химии и фармакогнозии . [14]
Первичные метаболиты, как их определил Коссель , являются важнейшими компонентами основных метаболических путей, необходимых для жизни. Они связаны с фундаментальными клеточными функциями, такими как усвоение питательных веществ, производство энергии, рост и развитие. Эти метаболиты широко распространены во многих типах и часто охватывают более одного царства . Первичные метаболиты включают основные строительные блоки жизни: углеводы , липиды , аминокислоты и нуклеиновые кислоты . [22]
Первичные метаболиты, участвующие в производстве энергии, включают ферменты, необходимые для дыхательных и фотосинтетических процессов. Эти ферменты состоят из аминокислот и часто требуют непептидных кофакторов для правильного функционирования. [23] Основные структуры клеток и организмов также построены из первичных метаболитов, включая такие компоненты, как клеточные мембраны (например, фосфолипиды ), клеточные стенки (например, пептидогликан , хитин ) и цитоскелеты (белки). [24]
Ферментативные кофакторы, которые являются первичными метаболитами, включают несколько членов семейства витаминов B. Например, витамин B1 (тиаминдифосфат), синтезируемый из 1-дезокси-D-ксилулозо-5-фосфата , служит коферментом для таких ферментов, как пируватдегидрогеназа , 2-оксоглутаратдегидрогеназа и транскетолаза — все они участвуют в метаболизме углеводов. Витамин B2 (рибофлавин), получаемый из рибулозо-5-фосфата и гуанозинтрифосфата , является предшественником FMN и FAD , которые имеют решающее значение для различных окислительно-восстановительных реакций. Витамин B3 (никотиновая кислота или ниацин), синтезируемый из триптофана, является неотъемлемой частью коферментов NAD + и NADP + , необходимых для переноса электронов в цикле Кребса , окислительного фосфорилирования и других окислительно-восстановительных процессов. Витамин B5 (пантотеновая кислота), полученный из α,β-дигидроксиизовалерата (предшественника валина ) и аспарагиновой кислоты, является компонентом кофермента А , который играет жизненно важную роль в метаболизме углеводов и аминокислот, а также в биосинтезе жирных кислот. Витамин B6 (пиридоксол, пиридоксаль и пиридоксамин, происходящие из эритрозо-4-фосфата ), функционирует как пиридоксаль-5′-фосфат и действует как кофактор для ферментов, в частности трансаминаз, участвующих в метаболизме аминокислот. Витамин B12 (кобаламины) содержит структуру корринового кольца, похожую на порфирин , и служит коферментом в катаболизме жирных кислот и синтезе метионина . [25] : Гл. 2
Другие первичные метаболиты витаминов включают ретинол (витамин А), [25] : 304–305 синтезируемый в организме животных из каротиноидов растительного происхождения через мевалонатный путь , и аскорбиновую кислоту (витамин С), [25] : 492–493 которая синтезируется из глюкозы в печени животных, но не у людей.
ДНК и РНК , которые хранят и передают генетическую информацию , синтезируются из первичных метаболитов, в частности нуклеиновых кислот и углеводов. [23]
Первые мессенджеры — это сигнальные молекулы, которые регулируют метаболизм и клеточную дифференциацию . К ним относятся гормоны и факторы роста, состоящие из пептидов, биогенных аминов , стероидных гормонов , ауксинов и гиббереллинов . Эти первые мессенджеры взаимодействуют с клеточными рецепторами, которые основаны на белках, и запускают активацию вторичных мессенджеров для передачи внеклеточного сигнала внутриклеточным мишеням. Вторичные мессенджеры часто включают первичные метаболиты, такие как циклические нуклеотиды и диацилглицерин . [26]
Вторичные метаболиты в отличие от первичных необязательны и не являются абсолютно необходимыми для выживания. Кроме того, вторичные метаболиты обычно имеют узкое видовое распределение. [27]
Вторичные метаболиты имеют широкий спектр функций. К ним относятся феромоны , которые действуют как социальные сигнальные молекулы с другими особями того же вида, коммуникационные молекулы, которые привлекают и активируют симбиотические организмы, агенты, которые растворяют и транспортируют питательные вещества ( сидерофоры и т. д.), и конкурентное оружие ( репелленты , яды , токсины и т. д.), которое используется против конкурентов, добычи и хищников. [28] Для многих других вторичных метаболитов функция неизвестна. Одна из гипотез заключается в том, что они предоставляют конкурентное преимущество организму, который их производит. [29] Альтернативная точка зрения заключается в том, что по аналогии с иммунной системой эти вторичные метаболиты не имеют определенной функции, но важно иметь механизм для производства этих разнообразных химических структур, и поэтому производятся и выбираются несколько вторичных метаболитов. [30]
Общие структурные классы вторичных метаболитов включают алкалоиды , фенилпропаноиды , поликетиды и терпеноиды . [7]
Ниже описаны пути биосинтеза, ведущие к основным классам натуральных продуктов. [14] [25] : Гл. 2
Углеводы — это органические молекулы, необходимые для хранения энергии, структурной поддержки и различных биологических процессов в живых организмах. Они производятся посредством фотосинтеза в растениях или глюконеогенеза в животных и могут быть преобразованы в более крупные полисахариды : [25] : Гл. 8
Углеводы служат основным источником энергии для большинства форм жизни. Кроме того, полисахариды, полученные из более простых сахаров, являются жизненно важными структурными компонентами, образуя клеточные стенки бактерий [31] и растений. [32] [33]
Во время фотосинтеза растения изначально производят 3-фосфоглицеральдегид , трехуглеродную триозу . [25] : Гл. 8 Это может быть преобразовано в глюкозу (шестиуглеродный сахар) или различные пентозы (пятиуглеродные сахара) через цикл Кальвина . У животных трехуглеродные предшественники, такие как лактат или глицерин , преобразуются в пируват , который затем может быть синтезирован в углеводы в печени. [34]
Жирные кислоты и поликетиды синтезируются по ацетатному пути , который начинается с основных строительных блоков, полученных из сахаров: [25] : Гл. 3
Во время гликолиза сахара расщепляются на ацетил-КоА . В АТФ-зависимой ферментативной реакции ацетил-КоА карбоксилируется с образованием малонил-КоА . Ацетил-КоА и малонил-КоА затем подвергаются конденсации Кляйзена , выделяя углекислый газ с образованием ацетоацетил-КоА , который используется мевалонатным путем для производства стероидов. В синтезе жирных кислот одна молекула ацетил-КоА («стартовая единица») и несколько молекул малонил-КоА («удлиняющие единицы») конденсируются с помощью синтазы жирных кислот . [25] : Гл. 3 После каждого раунда удлинения кетогруппа восстанавливается, промежуточный спирт дегидратируется, и полученные еноил-КоА восстанавливаются до ацил-КоА. Жирные кислоты являются важными компонентами липидных бислоев , которые образуют клеточные мембраны [36] и служат хранилищем энергии в виде жира у животных. [37]
Линолевая кислота, жирная кислота растительного происхождения, преобразуется в животных путем удлинения и десатурации в арахидоновую кислоту , которая затем трансформируется в различные эйкозаноиды , включая лейкотриены , простагландины и тромбоксаны . Эти эйкозаноиды действуют как сигнальные молекулы, играя ключевые роли в воспалении и иммунных реакциях . [25] : Гл. 3
В качестве альтернативы промежуточные продукты из дополнительных реакций конденсации остаются невосстановленными для образования поли-β - кетоцепей, которые впоследствии преобразуются в различные поликетиды. [25] : Гл. 3 Поликетидный класс природных продуктов имеет разнообразные структуры и функции [38] и включает такие важные соединения, как макролидные антибиотики . [39]
Путь шикимата является ключевым метаболическим путем, ответственным за производство ароматических аминокислот и их производных в растениях, грибах, бактериях и некоторых простейших: [25] : Гл. 4
Путь шикимата приводит к биосинтезу ароматических аминокислот (ААК) — фенилаланина , тирозина и триптофана . [40] [41] Этот путь жизненно важен, поскольку он связывает первичный метаболизм со специализированными метаболическими процессами, направляя примерно 20-50% всего фиксированного углерода через свои реакции. [40] [42] Он начинается с конденсации фосфоенолпирувата (ФЕП) и эритрозо-4-фосфата (Э4Ф), что приводит к нескольким ферментативным стадиям образования хоризмата , предшественника всех трех ААК. [41] [43]
Из хоризмата биосинтез разветвляется для производства отдельных ААА. В растениях, в отличие от бактерий, производство фенилаланина и тирозина обычно происходит через промежуточный арогенат . [43] Фенилаланин служит отправной точкой для фенилпропаноидного пути , который приводит к разнообразному набору вторичных метаболитов. [43]
Помимо синтеза белка, ААА и их производные играют важную роль в физиологии растений, включая выработку пигментов, синтез гормонов, формирование клеточной стенки и защиту от различных стрессов. [40] [41] Поскольку животные не могут синтезировать эти аминокислоты, шикиматный путь также стал целью для гербицидов, в первую очередь глифосата, который ингибирует один из ключевых ферментов в этом пути. [40] [42]
Биосинтез терпеноидов и стероидов включает два основных пути, которые производят основные строительные блоки для этих соединений: [25] : Гл. 5
Пути мевалоната ( MVA ) и метилэритритолфосфата (MEP) производят пятиуглеродные единицы изопентенилдифосфат (IPP) и диметилаллилдифосфат (DMAPP), которые являются строительными блоками для всех терпеноидов. [44] [45]
Путь MVA, открытый в 1950-х годах, функционирует у эукариот, некоторых бактерий и растений. Он преобразует ацетил-КоА в ИПП через ГМГ-КоА и мевалонат и необходим для биосинтеза стероидов. Статины , которые снижают уровень холестерина, работают путем ингибирования ГМГ-КоА-редуктазы в этом пути. [44] [45] Путь MEP, обнаруженный у бактерий, некоторых паразитов и хлоропластов растений, начинается с пирувата и глицеральдегид-3-фосфата для производства ИПП и DMAPP. Этот путь имеет решающее значение для синтеза пластидных терпеноидов, таких как каротиноиды и хлорофиллы . [46] [47] Оба пути сходятся в ИПП и DMAPP, которые объединяются, образуя более длинные пренилдифосфаты, такие как геранил (C10), фарнезил (C15) и геранилгеранил (C20). [44] Эти соединения служат предшественниками широкого спектра терпеноидов, включая монотерпены , сесквитерпены и тритерпены . [45]
Разнообразие терпеноидов возникает из-за таких модификаций, как циклизация , окисление и гликозилирование , что позволяет им играть роль в защите растений, привлечении опылителей и передаче сигналов. [48] Стероиды, в основном синтезируемые через путь MVA, производятся из фарнезилдифосфата через промежуточные соединения, такие как сквален и ланостерол , которые являются предшественниками холестерина и других стероидных молекул. [45]
Алкалоиды — это азотсодержащие органические соединения, которые производятся растениями посредством сложных биосинтетических путей, начинающихся с аминокислот. Биосинтез алкалоидов из аминокислот необходим для производства многих биологически активных соединений в растениях. Эти соединения варьируются от простых циклоалифатических аминов до сложных полициклических азотных гетероциклов . [50] [25] : Гл. 6
Биосинтез алкалоидов обычно следует четырем ключевым этапам: (i) синтез предшественника амина , (ii) синтез предшественника альдегида , (iii) образование катиона иминия и (iv) реакция, подобная реакции Манниха . Эти этапы формируют основную структуру многих алкалоидов и представляют собой начальные обязательные этапы в их производстве. [51] Аминокислоты, такие как триптофан , тирозин , лизин , аргинин и орнитин , служат основными предшественниками. Их накоплению способствуют такие механизмы, как повышенная экспрессия генов, дупликация генов или эволюция ферментов с более широкой субстратной специфичностью. [51] Биосинтез тропанового алкалоида кокаина следует этому общему пути. [49]
Ключевой реакцией в биосинтезе алкалоидов является реакция Пикте-Шпенглера , которая имеет решающее значение для формирования структуры β-карболина, обнаруженной во многих алкалоидах. Эта реакция включает конденсацию альдегида с амином, как видно из биосинтеза стриктозидина , предшественника многочисленных монотерпеновых индольных алкалоидов. [52]
Оксидоредуктазы , включая цитохром P450 и флавинсодержащие монооксигеназы , играют жизненно важную роль в модификации основных структур алкалоидов посредством окисления, способствуя их структурному разнообразию и биологической активности. Например, в биосинтезе морфина окислительное связывание необходимо для формирования сложных полициклических структур, типичных для этих алкалоидов. [50] Биосинтетические пути алкалоидов включают многочисленные ферментативные этапы. Например, тропановые алкалоиды, полученные из орнитина, подвергаются таким процессам, как декарбоксилирование , окисление и циклизация. Аналогичным образом, биосинтез изохинолиновых алкалоидов из тирозина включает сложные превращения, включая образование (S) -ретикулина , ключевого промежуточного продукта в пути. [50]
Биосинтез пептидов, белков и других производных аминокислот собирает аминокислоты в биологически активные молекулы, производя такие соединения, как пептидные гормоны, модифицированные пептиды и вещества растительного происхождения. [25] : Гл. 8
Пептиды и белки синтезируются посредством синтеза белка или трансляции, процесса, включающего транскрипцию ДНК в информационную РНК (мРНК). МРНК служит шаблоном для сборки белка на рибосомах . Во время трансляции транспортная РНК (тРНК) переносит определенные аминокислоты для соответствия кодонам мРНК, образуя пептидные связи для создания белковой цепи.
Пептидные гормоны , такие как окситоцин и вазопрессин , представляют собой короткие аминокислотные цепи, которые регулируют физиологические процессы, включая социальные связи и задержку воды. [53] Модифицированные пептиды включают антибиотики , такие как пенициллины и цефалоспорины , характеризующиеся структурой β-лактамного кольца, которая необходима для их антибактериальной активности. [54] Эти соединения подвергаются сложным ферментативным модификациям во время биосинтеза. [55]
Цианогенные гликозиды — это производные аминокислот в растениях, которые могут выделять цианистый водород при повреждении тканей, выступая в качестве защитного механизма. [56] Их биосинтез включает преобразование аминокислот в циангидрины, которые затем гликозилируются. [57] Глюкозинолаты — это серосодержащие соединения в крестоцветных овощах, таких как брокколи и горчица . Их биосинтез начинается с аминокислот, таких как метионин или триптофан, и включает добавление групп серы и глюкозы. [58] Когда ткани повреждаются, глюкозинолаты распадаются на изотиоцианаты, которые способствуют острому вкусу этих овощей и предлагают потенциальную пользу для здоровья. [58]
Натуральные продукты могут быть извлечены из клеток , тканей и выделений микроорганизмов , растений и животных. [59] [60] Необработанный ( нефракционированный ) экстракт из любого из этих источников будет содержать ряд структурно разнообразных и часто новых химических соединений. Химическое разнообразие в природе основано на биологическом разнообразии, поэтому исследователи собирают образцы со всего мира для анализа и оценки в скринингах по обнаружению лекарств или биопробах . Эти усилия по поиску биологически активных натуральных продуктов известны как биоразведка . [59] [60]
Фармакогнозия предоставляет инструменты для обнаружения, выделения и идентификации биоактивных натуральных продуктов, которые могут быть разработаны для медицинского использования. Когда «активный принцип» выделяется из традиционной медицины или другого биологического материала, это известно как «удар». Затем выполняется последующая научная и юридическая работа для подтверждения удара (например, выяснение механизма действия , подтверждение отсутствия конфликта прав интеллектуальной собственности). Затем следует стадия «удар-лидер» в открытии лекарств, на которой производятся производные активного соединения в попытке улучшить его эффективность и безопасность . [61] [62] Таким и связанными с этим способами современные лекарства могут разрабатываться непосредственно из природных источников. [63]
Хотя традиционные лекарства и другой биологический материал считаются отличным источником новых соединений, извлечение и изоляция этих соединений может быть медленным, дорогим и неэффективным процессом. Поэтому для крупномасштабного производства могут быть предприняты попытки производить новое соединение путем полного синтеза или полусинтеза. [64] Поскольку натуральные продукты, как правило, являются вторичными метаболитами со сложными химическими структурами , их полный/полусинтез не всегда коммерчески выгоден. В этих случаях можно предпринять усилия по разработке более простых аналогов с сопоставимой эффективностью и безопасностью, которые поддаются полному/полусинтезу. [65]
Случайное открытие и последующий клинический успех пенициллина побудили к широкомасштабному поиску других микроорганизмов окружающей среды , которые могли бы производить противоинфекционные натуральные продукты. Образцы почвы и воды были собраны по всему миру, что привело к открытию стрептомицина (полученного из Streptomyces griseus ), и осознанию того, что бактерии, а не только грибы, представляют собой важный источник фармакологически активных натуральных продуктов. [67] Это, в свою очередь, привело к разработке впечатляющего арсенала антибактериальных и противогрибковых средств, включая амфотерицин B , хлорамфеникол , даптомицин и тетрациклин (из Streptomyces spp. ), [68] полимиксины (из Paenibacillus polymyxa ), [69] и рифамицины (из Amycolatopsis rifamycinica ). [70] Противопаразитарные и противовирусные препараты также были получены из бактериальных метаболитов. [71 ]
Хотя большинство препаратов, полученных из бактерий, используются в качестве противоинфекционных средств, некоторые нашли применение в других областях медицины. Ботулинический токсин (из Clostridium botulinum ) и блеомицин (из Streptomyces verticillus ) являются двумя примерами. Ботулин, нейротоксин, ответственный за ботулизм , может быть введен в определенные мышцы (например, те, которые контролируют веко) для предотвращения мышечного спазма . [66] Кроме того, гликопептид блеомицин используется для лечения нескольких видов рака, включая лимфому Ходжкина , рак головы и шеи и рак яичек . [72] Новые тенденции в этой области включают метаболическое профилирование и изоляцию натуральных продуктов из новых видов бактерий, присутствующих в малоизученных средах. Примерами являются симбионты или эндофиты из тропической среды, [73] подземные бактерии, обнаруженные глубоко под землей при добыче/бурении, [74] [75] и морские бактерии. [76]
Поскольку многие археи приспособились к жизни в экстремальных условиях, таких как полярные регионы , горячие источники , кислые источники, щелочные источники, соленые озера и высокое давление глубоководной океанской воды , они обладают ферментами, которые функционируют в довольно необычных условиях. Эти ферменты потенциально используются в пищевой , химической и фармацевтической промышленности, где биотехнологические процессы часто связаны с высокими температурами, экстремальными значениями pH, высокими концентрациями соли и/или высоким давлением. Примерами ферментов, идентифицированных на сегодняшний день, являются амилазы , пуллуланазы , циклодекстрингликозилтрансферазы , целлюлазы , ксиланазы , хитиназы , протеазы , алкогольдегидрогеназа и эстеразы . [77] Археи также представляют собой источник новых химических соединений , например, изопренилглицериновых эфиров 1 и 2 из Thermococcus S557 и Methanocaldococcus jannaschii соответственно. [78]
Несколько противоинфекционных препаратов были получены из грибов, включая пенициллин и цефалоспорины (антибактериальные препараты из Penicillium rubens и Cephalosporium acremonium соответственно) [79] [67] и гризеофульвин (противогрибковый препарат из Penicillium griseofulvum ). [80] Другие полезные в медицине грибковые метаболиты включают ловастатин (из Pleurotus ostreatus ), который стал лидером для серии препаратов, снижающих уровень холестерина , циклоспорин (из Tolypocladium inflatum ), который используется для подавления иммунного ответа после операций по пересадке органов , и эргометрин (из Claviceps spp.), который действует как вазоконстриктор и используется для предотвращения кровотечения после родов. [25] : Гл. 6 Асперглицин (из Aspergillus alliaceus ) является еще одним примером. Асперлицин — это новый антагонист холецистокинина , нейромедиатора, который, как полагают, участвует в панических атаках , и потенциально может использоваться для лечения тревожности . [81]
Растения являются основным источником сложных и весьма структурно разнообразных химических соединений ( фитохимикатов ), это структурное разнообразие частично объясняется естественным отбором организмов, вырабатывающих мощные соединения для сдерживания травоядных ( пищевые отпугиватели ). [82] Основные классы фитохимических веществ включают фенолы , полифенолы , танины , терпены и алкалоиды. [83] Хотя число растений, которые были тщательно изучены, относительно невелико, многие фармакологически активные натуральные продукты уже были идентифицированы. Клинически полезные примеры включают противораковые агенты паклитаксел и омацетаксина мепесукцинат (из Taxus brevifolia и Cephalotaxus harringtonii соответственно), [ 84] противомалярийный агент артемизинин (из Artemisia annua ), [85] и ингибитор ацетилхолинэстеразы галантамин (из Galanthus spp.), используемый для лечения болезни Альцгеймера . [86] Другие препараты растительного происхождения, используемые в медицинских и/или рекреационных целях, включают морфин , кокаин , хинин , тубокурарин , мускарин и никотин . [25] : Гл. 6
Животные также представляют собой источник биоактивных натуральных продуктов. В частности, ядовитые животные, такие как змеи, пауки, скорпионы, гусеницы, пчелы, осы, многоножки, муравьи, жабы и лягушки, привлекли большое внимание. Это связано с тем, что компоненты яда (пептиды, ферменты, нуклеотиды, липиды, биогенные амины и т. д.) часто имеют очень специфические взаимодействия с макромолекулярной мишенью в организме (например, α-бунгаротоксин кобры ). [88] [89] Как и в случае с отпугивающими факторами, питающимися растениями, эта биологическая активность объясняется естественным отбором, при котором организмы, способные убивать или парализовать свою добычу и/или защищать себя от хищников, с большей вероятностью выживают и размножаются. [89]
Из-за этих специфических химических взаимодействий с мишенью компоненты яда оказались важными инструментами для изучения рецепторов , ионных каналов и ферментов. В некоторых случаях они также служили в качестве лидеров в разработке новых лекарств. Например, тепротид, пептид, выделенный из яда бразильской ямкоголовой гадюки Bothrops jararaca , был лидером в разработке антигипертензивных средств цилазаприла и каптоприла . [89] Кроме того, эхистатин, дезинтегрин из яда гадюки Echis carinatus, был лидером в разработке антиагрегантного препарата тирофибан . [90]
В дополнение к наземным животным и амфибиям, описанным выше, многие морские животные были исследованы на предмет фармакологически активных натуральных продуктов, при этом кораллы , губки , оболочники , морские улитки и мшанки выделяют химические вещества с интересной анальгезирующей , противовирусной и противораковой активностью. [91] Два примера, разработанные для клинического использования, включают ω- конотоксин (из морской улитки Conus magus ) [92] [87] и эктейнасцидин 743 (из оболочника Ecteinascidia turbinata ). [93] Первый, ω-конотоксин, используется для облегчения сильной и хронической боли, [87] [92] в то время как последний, эктейнасцидин 743, используется для лечения метастатической саркомы мягких тканей . [94] Другие натуральные продукты, полученные из морских животных и исследуемые в качестве возможных методов лечения, включают противоопухолевые средства дискодермолид (из губки Discodermia dissoluta ), [95] элеутеробин (из коралла Erythropodium caribaeorum ) и бриостатин (из мшанки Bugula neritina ). [95]
Натуральные продукты иногда обладают фармакологической активностью, которая может иметь терапевтическую пользу при лечении заболеваний. [96] [97] [98] Более того, можно приготовить синтетические аналоги натуральных продуктов с улучшенной эффективностью и безопасностью, и поэтому натуральные продукты часто используются в качестве отправных точек для открытия лекарств . Компоненты натуральных продуктов вдохновили многочисленные усилия по открытию лекарств, которые в конечном итоге получили одобрение в качестве новых лекарств. [99] [100]
Многие прописанные лекарства были либо напрямую получены из натуральных продуктов, либо вдохновлены ими. [1] [101] Примерно 35% годового мирового рынка лекарств составляют либо натуральные продукты, либо родственные препараты. [102] Это распределяется следующим образом: 25% из растений, 13% из микроорганизмов и 3% из животных источников. [102]
В период с 1981 по 2019 год FDA одобрило 1881 новое химическое вещество , из которых 65 (3,5%) были неизмененными натуральными продуктами, 99 (5,3%) были определенными смешанными растительными препаратами , 178 (9,5%) были производными натуральных продуктов, а 164 (8,7%) были синтетическими соединениями, содержащими фармакофоры натуральных продуктов . В общей сложности это составляет 506 (26,9%) всех новых одобренных препаратов. [13] Кроме того, натуральные продукты и их производные часто показывают более высокие показатели успешности на более поздних фазах клинических испытаний и могут иметь более низкие профили токсичности по сравнению с синтетическими соединениями. [103]
Некоторые из старейших лекарств на основе натуральных продуктов являются анальгетиками. Кора ивы известна с древних времен как обезболивающее средство благодаря натуральному продукту салицину , который, в свою очередь, может гидролизоваться в салициловую кислоту . Синтетическое производное ацетилсалициловой кислоты, более известное как аспирин, является широко используемым обезболивающим средством. Механизм его действия заключается в ингибировании фермента циклооксигеназы (ЦОГ). [104] Другим примечательным примером является опий, извлеченный из млечного сока Papaver somniferous (цветущего растения мака). Самым мощным наркотическим компонентом опия является алкалоид морфин, который действует как агонист опиоидных рецепторов . [105] Блокатор кальциевых каналов N-типа зиконотид является анальгетиком на основе циклического пептида токсина улитки-конуса (ω- конотоксин MVIIA) из вида Conus magus . [106]
Многочисленные противоинфекционные препараты основаны на натуральных продуктах. [60] Первый открытый антибиотик, пенициллин, был выделен из плесени Penicillium . Пенициллин и родственные бета-лактамы работают, ингибируя фермент DD -транспептидазу , который необходим бактериям для сшивания пептидогликана с целью формирования клеточной стенки. [107]
Несколько натуральных лекарственных препаратов нацелены на тубулин , который является компонентом цитоскелета . К ним относится ингибитор полимеризации тубулина колхицин, выделенный из Colchicum autumnale (цветковое растение осенний крокус), который используется для лечения подагры . [108] Колхицин биосинтезируется из аминокислот фенилаланина и триптофана . Паклитаксел, напротив, является стабилизатором полимеризации тубулина и используется в качестве химиотерапевтического препарата. Паклитаксел основан на терпеноидном натуральном продукте таксоле , который выделяется из Taxus brevifolia (тихоокеанского тиса). [109]
Класс препаратов, широко используемых для снижения уровня холестерина, — это ингибиторы HMG-CoA-редуктазы , например, аторвастатин . Они были разработаны на основе мевастатина , поликетида, вырабатываемого грибком Penicillium citrinum . [110] Наконец, ряд натуральных препаратов используются для лечения гипертонии и застойной сердечной недостаточности. К ним относится ингибитор ангиотензинпревращающего фермента каптоприл . Каптоприл основан на пептидном факторе, усиливающем брадикинин, выделенном из яда бразильской стрелоголовой гадюки ( Bothrops jararaca ). [111]
Многочисленные проблемы ограничивают использование натуральных продуктов для разработки лекарств, что приводит к тому, что в 21 веке фармацевтические компании предпочитают направлять усилия по разработке на высокопроизводительный скрининг чистых синтетических соединений с более короткими сроками доработки. [12] [112] Источники натуральных продуктов часто ненадежны в плане доступа и поставок, имеют высокую вероятность дублирования, по своей сути создают проблемы с интеллектуальной собственностью в отношении патентной защиты , различаются по составу из-за сезона добычи или окружающей среды и подвержены растущим темпам вымирания . [12] [112]
Биологический ресурс для открытия лекарств из природных продуктов остается обильным, с небольшим процентом микроорганизмов, видов растений и насекомых, оцененных на биологическую активность. [12] В огромном количестве бактерии и морские микроорганизмы остаются неизученными. [113] [114] По состоянию на 2008 год было предложено изучать гены и их функции в почвенных микробах в области метагеномики , [114] [115] но большинство фармацевтических фирм не использовали этот ресурс в полной мере, вместо этого выбрав разработку «синтеза, ориентированного на разнообразие» из библиотек известных лекарств или природных источников для свинцовых соединений с более высоким потенциалом биологической активности. [12]
Все натуральные продукты начинаются как смеси с другими соединениями из природного источника, часто очень сложные смеси, из которых интересующий продукт должен быть выделен и очищен. [112] Выделение натурального продукта относится, в зависимости от контекста, либо к выделению достаточных количеств чистого химического вещества для выяснения химической структуры, химии дериватизации/деградации, биологического тестирования и других исследовательских нужд, [118] [119] [ 120]
Определение структуры относится к методам, применяемым для определения химической структуры изолированного, чистого природного продукта. Например, химическая структура пенициллина была определена Дороти Кроуфут Ходжкин в 1945 году, работа, за которую она позже получила Нобелевскую премию по химии (1964). [121]
Современное определение структуры часто включает в себя комбинацию передовых аналитических методов. Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) и рентгеновская кристаллография обычно используются в качестве основных инструментов для выяснения структуры. Высокоразрешающая тандемная масс-спектрометрия (МС/МС) также играет важную роль, предоставляя информацию о молекулярной формуле и паттернах фрагментации . Для сложных структур вычислительные методы все чаще используются для помощи в определении структуры. Это может включать платформы компьютерного выяснения структуры (CASE) и инструменты прогнозирования фрагментации in silico. Определение абсолютной конфигурации часто основывается на сочетании данных ЯМР ( константы связи и ядерный эффект Оверхаузера (NOE), методы химической дериватизации (например, анализ эфиров Мошера ) и спектроскопические методы, такие как колебательный круговой дихроизм (VCD) и оптическая вращательная дисперсия (ORD). В случаях, когда традиционные методы недостаточны, особенно для новых соединений с беспрецедентными молекулярными скелетами, для прогнозирования и сравнения спектральных данных используются передовые подходы вычислительной химии, помогающие выяснить полную структуру, включая стереохимию . [122]
Многие натуральные продукты имеют сложные структуры. Сложность определяется такими факторами, как молекулярная масса, расположение подструктур (например, функциональных групп , колец), число и плотность этих групп, их стабильность, стереохимические элементы и физические свойства, а также новизна структуры и предыдущие синтетические усилия. [123]
Менее сложные натуральные продукты часто могут быть экономически эффективно синтезированы из более простых химических ингредиентов посредством полного синтеза . Однако не все натуральные продукты подходят для полного синтеза. Наиболее сложные из них часто непрактично синтезировать в больших масштабах из-за высоких затрат. В этих случаях изоляция из природных источников может быть достаточной, если она обеспечивает адекватные количества, как это было с такими препаратами, как пенициллин, морфин и паклитаксел, которые были получены в коммерческих масштабах без значительной синтетической химии. [123]
Изоляция натурального продукта из его источника может быть затратной с точки зрения времени и материалов, а также может повлиять на доступность природного ресурса или иметь экологические последствия. Например, подсчитано, что для сбора достаточного количества паклитаксела для одной дозы терапии потребуется кора целого тисового дерева ( Taxus brevifolia ). [124] Кроме того, количество структурных аналогов, доступных для анализа структуры-активности (SAR), ограничено биологией организма и, таким образом, находится вне экспериментального контроля. [125]
Когда желаемый продукт трудно получить или модифицировать для создания аналогов, иногда для получения конечной цели может использоваться биосинтетический предшественник или аналог средней или поздней стадии. Этот подход, называемый полусинтезом или частичным синтезом, включает извлечение биосинтетического промежуточного продукта и преобразование его в конечный продукт с использованием обычных методов химического синтеза . [125]
Эта стратегия предлагает два преимущества. Во-первых, промежуточное соединение может быть легче извлечь и дать большее количество, чем конечный продукт. Например, паклитаксел может быть получен путем извлечения 10-деацетилбаккатина III из игл T. brevifolia с последующим четырехступенчатым синтезом. [126] Во-вторых, полусинтетический процесс позволяет создавать аналоги конечного продукта, как это было показано при разработке полусинтетических пенициллинов нового поколения . [127]
В целом, полный синтез натуральных продуктов является некоммерческой исследовательской деятельностью, направленной на более глубокое понимание синтеза конкретных структур натуральных продуктов и разработку фундаментальных новых синтетических методов. Тем не менее, он имеет огромное коммерческое и общественное значение. Например, предоставляя сложные синтетические цели, он сыграл центральную роль в развитии области органической химии. [131] [132] До развития методов аналитической химии в двадцатом веке структуры натуральных продуктов подтверждались полным синтезом (так называемое «доказательство структуры синтезом»). [133] Ранние попытки синтеза натуральных продуктов были нацелены на сложные вещества, такие как кобаламин (витамин B 12 ), важный кофактор в клеточном метаболизме . [129] [130]
Биомиметический синтез — это подход в органической химии, направленный на воспроизведение или имитацию биосинтетических путей, встречающихся в природе, для получения сложных натуральных продуктов в лабораторных условиях. Этот метод черпает вдохновение из эффективных способов, с помощью которых живые организмы синтезируют разнообразные молекулы, часто достигая высоких уровней стереоселективности и региоселективности . [134] Биомиметические стратегии привлекли значительное внимание в последние годы из-за их потенциала для упрощения синтеза структурно сложных и биологически активных соединений, особенно тех, которые обладают необычными структурными характеристиками, такими как спирокольцевые системы или четвертичные атомы углерода. [135] Эти подходы часто включают ключевые реакции, такие как димеризация Дильса-Альдера , фотоциклоприсоединение , циклизация и окислительные и радикальные реакции , которые могут обеспечить эффективный доступ к сложным молекулярным каркасам. [135] Подражая синтетическому мастерству природы, химики смогли разработать более эффективные и практичные пути к важным натуральным продуктам, способствуя прогрессу в области открытия лекарств и химической биологии . [134] [135]
Изучение димеризованных и тримеризованных природных продуктов показало, что элемент двусторонней симметрии часто присутствует. Двусторонняя симметрия относится к молекуле или системе, которая содержит идентичность точечной группы C 2 , C s или C 2v . Симметрия C 2 имеет тенденцию быть гораздо более распространенной, чем другие типы двусторонней симметрии. Это открытие проливает свет на то, как эти соединения могут быть созданы механически, а также дает представление о термодинамических свойствах, которые делают эти соединения более благоприятными. Теория функционала плотности (DFT), метод Хартри-Фока и полуэмпирические расчеты также показывают некоторую благоприятность для димеризации в природных продуктах из-за выделения большего количества энергии на связь, чем эквивалентный тример или тетрамер. Предполагается, что это связано со стерическими препятствиями в ядре молекулы, поскольку большинство природных продуктов димеризуются и тримеризуются в режиме голова к голове, а не голова к хвосту. [136]
Научно-исследовательская и преподавательская деятельность, связанная с натуральными продуктами, относится к ряду различных академических областей, включая органическую химию, медицинскую химию, фармакогнозию, этноботанику , традиционную медицину и этнофармакологию . Другие биологические области включают химическую биологию , химическую экологию , хемогеномику , [137] системную биологию , молекулярное моделирование , хемометрику и хемоинформатику . [138]
Химия натуральных продуктов является отдельной областью химических исследований, которая сыграла важную роль в развитии и истории химии . Выделение и идентификация натуральных продуктов были важны для получения веществ для ранних доклинических исследований по открытию лекарств, для понимания традиционной медицины и этнофармакологии, а также для поиска фармакологически полезных областей химического пространства . [139] Для достижения этого были достигнуты многие технологические достижения, такие как эволюция технологии, связанной с химическим разделением , и разработка современных методов определения химической структуры, таких как ЯМР . Ранние попытки понять биосинтез натуральных продуктов показали, что химики сначала использовали радиоактивную маркировку, а в последнее время — маркировку стабильными изотопами в сочетании с экспериментами ЯМР. Кроме того, натуральные продукты готовятся путем органического синтеза , чтобы подтвердить их структуру или предоставить доступ к большим количествам интересующих натуральных продуктов. В этом процессе структура некоторых природных продуктов была пересмотрена, [140] [141] [142] а проблема синтеза природных продуктов привела к разработке новой синтетической методологии, синтетической стратегии и тактики. [143] В этом отношении природные продукты играют центральную роль в обучении новых синтетических органических химиков и являются основной мотивацией в разработке новых вариантов старых химических реакций (например, альдольной реакции Эванса), а также открытии совершенно новых химических реакций (например, цис-гидроксилирования Вудворда , эпоксидирования Шарплесса и реакций кросс-сочетания Сузуки-Мияуры ). [144]
Концепция натуральных продуктов восходит к началу 19 века, когда были заложены основы органической химии. Органическая химия в то время рассматривалась как химия веществ, из которых состоят растения и животные. Это была относительно сложная форма химии, резко контрастирующая с неорганической химией , принципы которой были установлены в 1789 году французом Антуаном Лавуазье в его работе Traité Élémentaire de Chimie . [145]
В конце XVIII века Лавуазье показал, что органические вещества состоят из ограниченного числа элементов: в первую очередь углерода и водорода, дополненных кислородом и азотом. Он быстро сосредоточился на выделении этих веществ, часто потому, что они обладали интересной фармакологической активностью. Растения были основным источником таких соединений, особенно алкалоидов и гликозидов . Давно было известно, что опиум, липкая смесь алкалоидов (включая кодеин , морфин, носкапин , тебаин и папаверин ) из опийного мака ( Papaver somniferum ), обладал наркотическими и в то же время изменяющими сознание свойствами. К 1805 году морфин уже был выделен немецким химиком Фридрихом Сертюрнером, а в 1870-х годах было обнаружено, что кипячение морфина с уксусным ангидридом дает вещество с сильным болеутоляющим эффектом: героин. [146] В 1815 году Эжен Шеврёль выделил из тканей животных холестерин , кристаллическое вещество, относящееся к классу стероидов, [147] а в 1819 году был выделен стрихнин , алкалоид. [148]
Вторым важным шагом был синтез органических соединений. Хотя синтез неорганических веществ был известен уже давно, создание органических веществ было серьезной проблемой. В 1827 году шведский химик Йенс Якоб Берцелиус утверждал, что жизненная сила или сила жизни необходима для синтеза органических соединений. Эта идея, известная как витализм , имела много сторонников вплоть до 19 века, даже после введения атомной теории . Витализм также соответствовал традиционной медицине, которая часто рассматривала болезнь как результат дисбаланса жизненных энергий, которые отличают жизнь от нежизни.
Первый значительный вызов витализму был брошен в 1828 году, когда немецкий химик Фридрих Вёлер синтезировал мочевину , природный продукт, содержащийся в моче , путем нагревания цианата аммония , неорганического вещества: [149]
Эта реакция продемонстрировала, что для создания органических веществ не нужна жизненная сила. Первоначально эта идея столкнулась со скептицизмом, но получила признание 20 лет спустя, когда Адольф Вильгельм Герман Кольбе синтезировал уксусную кислоту из сероуглерода . [150] С тех пор органическая химия развилась в отдельную область, сосредоточенную на изучении углеродсодержащих соединений, которые, как было обнаружено, широко распространены в природе.
Третьим ключевым достижением стало выяснение структуры органических веществ. Хотя элементный состав чистых органических соединений мог быть точно определен, их молекулярная структура оставалась неясной. Эта проблема стала очевидной в споре между Фридрихом Вёлером и Юстусом фон Либихом , которые изучали соли серебра с идентичным составом, но разными свойствами. Вёлер исследовал цианат серебра , безвредное соединение, в то время как фон Либих исследовал взрывоопасный фульминат серебра . [151] Элементный анализ показал, что обе соли имели одинаковое количество серебра, углерода, кислорода и азота, однако их свойства различались, что противоречило преобладающему мнению, что только состав определяет свойства.
Это несоответствие было объяснено теорией изомеров Берцелиуса , которая предположила, что не только количество и тип элементов, но и расположение атомов влияют на свойства соединения. Это понимание привело к развитию структурных теорий, таких как радикальная теория Жана -Батиста Дюма и теория замещения Огюста Лорана . [152] [153] Окончательная теория структуры была предложена в 1858 году Огюстом Кекуле , который предположил, что углерод является четырехвалентным и может связываться сам с собой, образуя цепи, обнаруженные в природных продуктах. [154] [153]
Концепция натурального продукта, которая изначально основывалась на органических соединениях, которые можно было выделить из растений, была расширена, чтобы включить животный материал в середине 19-го века немцем Юстусом фон Либихом . Герман Эмиль Фишер в 1884 году обратил свое внимание на изучение углеводов и пуринов, работа, за которую он был удостоен Нобелевской премии в 1902 году. Ему также удалось создать синтетически в лабораторных условиях различные углеводы, включая глюкозу и маннозу . После открытия пенициллина Александром Флемингом в 1928 году, грибы и другие микроорганизмы были добавлены в арсенал источников натуральных продуктов. [146]
К 1930-м годам были выявлены и тщательно изучены несколько основных классов натуральных продуктов. Основные вехи в области исследования натуральных продуктов включают: [146]
Эти пионерские исследования заложили основу для нашего понимания химии и биохимии природных продуктов, [162] что привело к многочисленным Нобелевским премиям по химии и физиологии или медицине. Область природных продуктов продолжала развиваться, и недавние исследования были сосредоточены на эволюционной и экологической роли этих соединений. [30]
Сноски
Цитаты
Химическое вещество, вырабатываемое живым организмом; – термин, обычно используемый в отношении химических веществ, встречающихся в природе, которые обладают отличительными фармакологическими эффектами. Такое вещество считается натуральным продуктом, даже если его можно получить путем полного синтеза.
Самое простое определение натурального продукта — это небольшая молекула, которая производится биологическим источником.
Натуральные продукты включают большую и разнообразную группу веществ из различных источников. Они производятся морскими организмами, бактериями, грибами и растениями. Термин охватывает сложные экстракты из этих производителей, а также изолированные соединения, полученные из этих экстрактов. Он также включает витамины, минералы и пробиотики.
продукты представлены широким спектром потребительских товаров, популярность которых продолжает расти с каждым годом. К этим продуктам относятся натуральные и органические продукты питания, диетические добавки, корма для домашних животных, товары для здоровья и красоты, "зеленые" чистящие средства и многое другое. Как правило, натуральными считаются продукты, созданные без искусственных ингредиентов и минимально обработанные.
продукты — это органические соединения, которые образуются живыми системами.
Натуральные продукты: встречающиеся в природе соединения, являющиеся конечными продуктами вторичного метаболизма; часто они являются уникальными соединениями для определенных организмов или классов организмов.
Натуральный продукт: Отдельное химическое соединение, которое встречается в природе. Этот термин обычно используется для обозначения органического соединения с ограниченным распространением в природе (часто называемого вторичными метаболитами).
Рисунок 1. Все новые одобренные лекарства с 01 января 81 г. по 30 сентября 2019 г.; n = 1881. Рисунок 9. Категории N/NB/ND и S* с 01 января 81 г. по 30 сентября 2019 г., n = 506.Натуральные продукты составляют 100*(506/1881) = 27% новых одобрений лекарств с 01 ЯНВАРЯ 81 г. по 30 СЕНТЯБРЯ 19 г. Из рисунка 9 видно, что процент составил ~10% за 2017-2019 гг.
В 1891 году, следуя работам Шталя по биохимии растений, Коссель предложил различать основной и вторичный метаболизм (Stahl 1888).
Современная общепринятая концепция, соответствующая взглядам Косселя, заключается в том, что первичные метаболиты — это химические компоненты живых организмов, которые жизненно важны для их нормального функционирования, тогда как вторичные метаболиты — это соединения, которые являются необязательными.
Вторичные метаболиты различаются более точно по следующим критериям: они имеют ограниченное распространение, обнаруживаясь в основном в растениях и микроорганизмах, и часто характерны для отдельных родов, видов или штаммов; они образуются по специализированным путям из первичных метаболитов. Первичные метаболиты, напротив, имеют широкое распространение во всех живых существах и тесно вовлечены в основные жизненные процессы.
Жировая ткань играет важную роль в стратегиях жизненного цикла млекопитающих, выступая в качестве органа для хранения пищи и энергии, источника тепла и воды, а также в качестве теплоизоляции.
Drug Discovery – Является ли Мать-природа по-прежнему источником номер один для многообещающих новых лекарств?