stringtranslate.com

Ядро клетки

Клетки HeLa, окрашенные на ядерную ДНК синим флуоресцентным красителем Hoechst . Центральные и самые правые клетки находятся в интерфазе , поэтому все их ядра помечены. Слева клетка проходит митоз , и ее ДНК конденсируется.

Ядро клетки (от лат. nucleus или nuculeus  'ядро, семя'; мн. ч .: nuclei ) — это связанная с мембраной органелла, обнаруженная в эукариотических клетках . Эукариотические клетки обычно имеют одно ядро, но некоторые типы клеток, такие как эритроциты млекопитающих , не имеют ядер, а некоторые другие, включая остеокласты, имеют много ядер . Основными структурами, составляющими ядро, являются ядерная оболочка , двойная мембрана, которая охватывает всю органеллу и изолирует ее содержимое от клеточной цитоплазмы ; и ядерный матрикс , сеть внутри ядра, которая добавляет механическую поддержку.

Ядро клетки содержит почти весь геном клетки . Ядерная ДНК часто организована в несколько хромосом — длинных цепей ДНК, усеянных различными белками , такими как гистоны , которые защищают и организуют ДНК. Гены в этих хромосомах структурированы таким образом, чтобы способствовать клеточной функции. Ядро поддерживает целостность генов и контролирует деятельность клетки, регулируя экспрессию генов .

Поскольку ядерная оболочка непроницаема для крупных молекул , ядерные поры необходимы для регулирования ядерного транспорта молекул через оболочку. Поры пересекают обе ядерные мембраны, обеспечивая канал , по которому более крупные молекулы должны активно транспортироваться белками-переносчиками, обеспечивая при этом свободное перемещение малых молекул и ионов . Перемещение крупных молекул, таких как белки и РНК, через поры необходимо как для экспрессии генов, так и для поддержания хромосом. Хотя внутренняя часть ядра не содержит никаких связанных с мембраной субкомпартментов, существует ряд ядерных телец , состоящих из уникальных белков, молекул РНК и определенных частей хромосом. Наиболее известным из них является ядрышко , участвующее в сборке рибосом .

Хромосомы

Ядро фибробласта мыши , в котором ДНК окрашена синим цветом. Отдельные хромосомные территории хромосомы 2 (красный) и хромосомы 9 (зеленый) окрашены с помощью флуоресцентной гибридизации in situ .

Ядро клетки содержит большую часть генетического материала клетки в форме множественных линейных молекул ДНК, организованных в структуры, называемые хромосомами . Каждая клетка человека содержит примерно два метра ДНК. [1] : 405  В течение большей части клеточного цикла они организованы в комплекс ДНК-белок, известный как хроматин , и во время деления клетки можно увидеть, как хроматин образует четко определенные хромосомы, знакомые по кариотипу . Небольшая часть генов клетки находится вместо этого в митохондриях . [1] : 438 

Существует два типа хроматина. Эухроматин — это менее компактная форма ДНК, содержащая гены, которые часто экспрессируются клеткой. [2] Другой тип, гетерохроматин , представляет собой более компактную форму и содержит ДНК, которая редко транскрибируется. Эта структура далее подразделяется на факультативный гетерохроматин , состоящий из генов, которые организованы как гетерохроматин только в определенных типах клеток или на определенных стадиях развития, и конститутивный гетерохроматин , состоящий из структурных компонентов хромосом, таких как теломеры и центромеры . [3] Во время интерфазы хроматин организуется в отдельные дискретные участки, [4] называемые территориями хромосом . [5] Активные гены, которые обычно находятся в эухроматиновой области хромосомы, как правило, располагаются по направлению к границе территории хромосомы. [6]

Антитела к определенным типам организации хроматина, в частности, нуклеосомам , были связаны с рядом аутоиммунных заболеваний , таких как системная красная волчанка . [7] Они известны как антинуклеарные антитела (ANA) и также наблюдались совместно с рассеянным склерозом как часть общей дисфункции иммунной системы. [8]

Ядерные сооружения и достопримечательности

Схема ядра, показывающая наружную ядерную мембрану , усеянную рибосомами , ядерные поры , ДНК (в составе хроматина ) и ядрышко .

Ядро содержит почти всю ДНК клетки , окруженное сетью волокнистых промежуточных нитей , называемых ядерным матриксом , и окутано двойной мембраной, называемой ядерной оболочкой . Ядерная оболочка отделяет жидкость внутри ядра, называемую нуклеоплазмой , от остальной части клетки. Размер ядра коррелирует с размером клетки, и это соотношение наблюдается для ряда типов и видов клеток. [9] У эукариот ядро ​​во многих клетках обычно занимает 10% объема клетки. [10] : 178  Ядро является самой большой органеллой в клетках животных. [11] : 12  В клетках человека диаметр ядра составляет приблизительно шесть микрометров (мкм). [10] : 179 

Ядерная оболочка и поры

Поперечное сечение ядерной поры на поверхности ядерной оболочки (1). Другие обозначения на схеме показывают (2) внешнее кольцо, (3) спицы, (4) корзину и (5) нити.

Ядерная оболочка состоит из двух мембран , внутренней и внешней ядерной мембраны , перфорированных ядерными порами . [10] : 649  Вместе эти мембраны служат для отделения генетического материала клетки от остального содержимого клетки и позволяют ядру поддерживать среду, отличную от остальной части клетки. Несмотря на их близкое расположение вокруг большей части ядра, две мембраны существенно различаются по форме и содержимому. Внутренняя мембрана окружает ядерное содержимое, обеспечивая его определяющий край. [11] : 14  Встроенные во внутреннюю мембрану различные белки связывают промежуточные филаменты, которые придают ядру его структуру. [10] : 649  Внешняя мембрана охватывает внутреннюю мембрану и является продолжением соседней мембраны эндоплазматического ретикулума . [10] : 649  Как часть мембраны эндоплазматического ретикулума, внешняя ядерная мембрана усеяна рибосомами , которые активно транслируют белки через мембрану. [10] : 649  Пространство между двумя мембранами называется перинуклеарным пространством и является продолжением просвета эндоплазматического ретикулума . [10] : 649 

В ядерной оболочке млекопитающих имеется от 3000 до 4000 комплексов ядерных пор (NPC), пронизывающих оболочку. [10] : 650  Каждый NPC содержит восьмикратно симметричную кольцевую структуру в месте слияния внутренней и внешней мембран. [12] Количество NPC может значительно различаться в зависимости от типа клеток; в небольших глиальных клетках их всего около нескольких сотен, а в крупных клетках Пуркинье — около 20 000. [10] : 650  NPC обеспечивает избирательный транспорт молекул между нуклеоплазмой и цитозолем . [13] Комплекс ядерных пор состоит примерно из тридцати различных белков, известных как нуклеопорины . [10] : 649  Молекулярная масса пор составляет около 60–80 миллионов дальтон , и они состоят примерно из 50 (у дрожжей ) до нескольких сотен белков (у позвоночных ). [11] : 622–4  Поры имеют общий диаметр 100 нм; однако зазор, через который свободно диффундируют молекулы, составляет всего около 9 нм в ширину из-за наличия регуляторных систем в центре поры. Этот размер избирательно позволяет проходить небольшим водорастворимым молекулам, предотвращая при этом ненадлежащее проникновение или выход из ядра более крупных молекул, таких как нуклеиновые кислоты и более крупные белки. Вместо этого эти крупные молекулы должны активно транспортироваться в ядро. К кольцу прикреплена структура, называемая ядерной корзиной , которая простирается в нуклеоплазму, и ряд нитевидных расширений, которые достигают цитоплазмы. Обе структуры служат для опосредования связывания с ядерными транспортными белками. [1] : 509–10 

Большинство белков, рибосомальных субъединиц и некоторые РНК транспортируются через поровые комплексы в процессе, опосредованном семейством транспортных факторов, известных как кариоферины . Те кариоферины, которые опосредуют движение в ядро, также называются импортинами, тогда как те, которые опосредуют движение из ядра, называются экспортинами. Большинство кариоферинов напрямую взаимодействуют со своим грузом, хотя некоторые используют адаптерные белки . [14] Стероидные гормоны, такие как кортизол и альдостерон , а также другие небольшие жирорастворимые молекулы, участвующие в межклеточной сигнализации , могут диффундировать через клеточную мембрану в цитоплазму, где они связывают ядерные рецепторные белки, которые транспортируются в ядро. Там они служат факторами транскрипции , когда связаны со своим лигандом ; в отсутствие лиганда многие такие рецепторы функционируют как гистондеацетилазы , которые подавляют экспрессию генов. [1] : 488 

Ядерная пластинка

В клетках животных две сети промежуточных филаментов обеспечивают ядру механическую поддержку: ядерная пластинка образует организованную сетку на внутренней поверхности оболочки, в то время как менее организованная поддержка обеспечивается на цитозольной поверхности оболочки. Обе системы обеспечивают структурную поддержку ядерной оболочки и места крепления для хромосом и ядерных пор. [15]

Ядерная пластинка в основном состоит из белков ламинов . Как и все белки, ламины синтезируются в цитоплазме и затем транспортируются внутрь ядра, где они собираются перед включением в существующую сеть ядерной пластинки. [16] [17] Ламины, обнаруженные на цитозольной поверхности мембраны, такие как эмерин и несприн , связываются с цитоскелетом, обеспечивая структурную поддержку. Ламины также обнаруживаются внутри нуклеоплазмы, где они образуют другую регулярную структуру, известную как нуклеоплазматическая вуаль , [18] [19], которая видна с помощью флуоресцентной микроскопии . Фактическая функция вуали не ясна, хотя она исключена из ядрышка и присутствует во время интерфазы . [20] Структуры ламинов, которые составляют вуаль, такие как LEM3 , связывают хроматин, и нарушение их структуры подавляет транскрипцию генов, кодирующих белки. [21]

Как и компоненты других промежуточных нитей, мономер ламина содержит альфа-спиральный домен, используемый двумя мономерами для скручивания друг вокруг друга, образуя димерную структуру, называемую спиральной спиралью . Две из этих димерных структур затем соединяются бок о бок в антипараллельном расположении, образуя тетрамер , называемый протофиламентом . Восемь из этих протофиламентов образуют боковое расположение, которое скручивается, образуя веревкообразную нить . Эти нити могут собираться или разбираться динамическим образом, что означает, что изменения длины нити зависят от конкурирующих скоростей добавления и удаления нитей. [15]

Мутации в генах ламина, приводящие к дефектам в сборке филаментов, вызывают группу редких генетических расстройств, известных как ламинопатии . Наиболее известная ламинопатия — это семейство заболеваний, известных как прогерия , которое вызывает преждевременное старение у людей с этим заболеванием. Точный механизм, посредством которого связанные биохимические изменения приводят к старческому фенотипу , не совсем понятен. [22]

Ядрышко

Электронная микрофотография ядра клетки, на которой видно темноокрашенное ядрышко.

Ядрышко является самой большой из дискретных, густо окрашенных, безмембранных структур, известных как ядерные тельца, обнаруженные в ядре. Оно формируется вокруг тандемных повторов рДНК , ДНК, кодирующей рибосомальную РНК (рРНК). Эти области называются ядрышковыми организаторскими областями (ЯОР). Основные роли ядрышка заключаются в синтезе рРНК и сборке рибосом . Структурная сплоченность ядрышка зависит от его активности, поскольку сборка рибосом в ядрышке приводит к временной ассоциации ядрышковых компонентов, облегчая дальнейшую сборку рибосом и, следовательно, дальнейшую ассоциацию. Эта модель подтверждается наблюдениями, что инактивация рДНК приводит к смешиванию ядрышковых структур. [23]

На первом этапе сборки рибосомы белок, называемый РНК-полимеразой I, транскрибирует рДНК, которая образует большой предшественник пре-рРНК. Он расщепляется на две большие субъединицы рРНК – 5.8S и 28S и небольшую субъединицу рРНК 18S . [10] : 328  [24] Транскрипция, посттранскрипционная обработка и сборка рРНК происходят в ядрышке с помощью малых молекул ядрышковой РНК (snoRNA), некоторые из которых получены из сплайсированных интронов из матричных РНК, кодирующих гены, связанные с функцией рибосомы. Собранные рибосомные субъединицы являются крупнейшими структурами, проходящими через ядерные поры . [1] : 526 

При наблюдении под электронным микроскопом можно увидеть, что ядрышко состоит из трех различимых областей: самые внутренние фибриллярные центры (FC), окруженные плотным фибриллярным компонентом (DFC) (содержащим фибрилларин и нуклеолин ), который, в свою очередь, граничит с гранулярным компонентом (GC) (содержащим белок нуклеофосмин ). Транскрипция рДНК происходит либо в FC, либо на границе FC-DFC, и, следовательно, когда транскрипция рДНК в клетке увеличивается, обнаруживается больше FC. Большая часть расщепления и модификации рРНК происходит в DFC, в то время как последние этапы, включающие сборку белка на рибосомных субъединицах, происходят в GC. [24]

Сплайсинг спеклов

Спеклы — это субъядерные структуры, обогащенные факторами сплайсинга премессенджерной РНК и расположенные в интерхроматиновых областях нуклеоплазмы клеток млекопитающих. [25] На уровне флуоресцентного микроскопа они выглядят как нерегулярные, точечные структуры, которые различаются по размеру и форме, а при исследовании с помощью электронного микроскопа они видны как кластеры интерхроматиновых гранул . Спеклы — это динамические структуры, и как их белковые, так и РНК-белковые компоненты могут непрерывно циклически перемещаться между спеклами и другими ядерными локациями, включая активные сайты транскрипции. Спеклы могут работать с p53 как усилители активности генов для непосредственного усиления активности определенных генов. Более того, ассоциированные со спеклами и неассоциированные с генами p53 мишени функционально различны. [26]

Исследования состава, структуры и поведения спеклов предоставили модель для понимания функциональной компартментализации ядра и организации аппарата экспрессии генов [27], сплайсинга snRNPs [28] [29] и других белков сплайсинга, необходимых для обработки пре-мРНК. [27] Из-за меняющихся потребностей клетки состав и расположение этих телец изменяются в соответствии с транскрипцией и регуляцией мРНК посредством фосфорилирования специфических белков. [30] Сплайсинговые спеклы также известны как ядерные спеклы (ядерные спеклы), отсеки фактора сплайсинга (отделения SF), кластеры интерхроматиновых гранул (IGC) и B-снурпосомы . [31] B-снурпосомы обнаружены в ядрах ооцитов амфибий и в эмбрионах Drosophila melanogaster . B-снурпосомы появляются отдельно или прикрепленными к тельцам Кахаля на электронных микрофотографиях ядер амфибий. [32] Хотя изначально считалось, что ядерные спеклы являются местами хранения факторов сплайсинга, [33] более позднее исследование продемонстрировало, что организация генов и субстратов пре-мРНК вблизи спеклов увеличивает кинетическую эффективность сплайсинга пре-мРНК, в конечном итоге повышая уровни белка за счет модуляции сплайсинга. [34]

Тела и драгоценности Кахаля

тело Кахаля

Ядро обычно содержит от одной до десяти компактных структур, называемых тельцами Кахаля или спиральными тельцами (СТ), диаметр которых составляет от 0,2 мкм до 2,0 мкм в зависимости от типа и вида клеток. [35] При рассмотрении под электронным микроскопом они напоминают клубки спутанных нитей [36] и представляют собой плотные очаги распределения белка коилина . [37] СТ участвуют в ряде различных ролей, связанных с процессингом РНК, в частности, в созревании малой ядрышковой РНК (мякРНК) и малой ядерной РНК (мяРНК), а также в модификации мРНК гистонов. [35]

Похожие на тельца Кахаля, Близнецы телец Кахаля, или драгоценные камни, чье название происходит от созвездия Близнецов в связи с их близкими «близнецовыми» отношениями с CB. Драгоценные камни похожи по размеру и форме на CB, и фактически практически неразличимы под микроскопом. [37] В отличие от CB, драгоценные камни не содержат малых ядерных рибонуклеопротеинов (snRNP), но содержат белок, называемый выживанием двигательного нейрона (SMN), функция которого связана с биогенезом snRNP. Считается, что драгоценные камни помогают CB в биогенезе snRNP, [38] хотя также было высказано предположение на основании микроскопических данных, что CB и драгоценные камни являются различными проявлениями одной и той же структуры. [37] Более поздние ультраструктурные исследования показали, что драгоценные камни являются близнецами телец Кахаля с разницей в компоненте коилина; тельца Кахаля SMN-положительны и коилин-положительны, а драгоценные камни SMN-положительны и коилин-отрицательны. [39]

Другие ядерные тела

Помимо ядерных телец, впервые описанных Сантьяго Рамоном-и-Кахалем выше (например, ядрышко, ядерные спеклы, тельца Кахаля), ядро ​​содержит ряд других ядерных телец. К ним относятся полиморфная интерфазная кариосомная ассоциация (PIKA), тельца промиелоцитарного лейкоза (PML) и параспеклы . Хотя о некоторых из этих доменов известно немного, они важны тем, что показывают, что нуклеоплазма не является однородной смесью, а скорее содержит организованные функциональные субдомены. [41]

Другие субъядерные структуры появляются как часть аномальных патологических процессов. Например, наличие небольших внутриядерных стержней было отмечено в некоторых случаях немалиновой миопатии . Это состояние обычно возникает из-за мутаций в актине , а сами стержни состоят из мутантного актина, а также других цитоскелетных белков. [43]

Домены PIKA и PTF

Домены PIKA, или полиморфные интерфазные кариосомные ассоциации, были впервые описаны в микроскопических исследованиях в 1991 году. Их функция остается неясной, хотя считалось, что они не связаны с активной репликацией ДНК, транскрипцией или процессингом РНК. [44] Было обнаружено, что они часто ассоциируются с дискретными доменами, определяемыми плотной локализацией фактора транскрипции PTF, который способствует транскрипции малой ядерной РНК (мяРНК). [45]

PML-ядерные тельца

Белок промиелоцитарного лейкоза (ядерные тельца ПМЛ) — это сферические тельца, разбросанные по всей нуклеоплазме, размером около 0,1–1,0 мкм. Они известны под рядом других названий, включая ядерный домен 10 (ND10), тельца Кремера и онкогенные домены ПМЛ. [46] Ядерные тельца ПМЛ названы в честь одного из их основных компонентов — белка промиелоцитарного лейкоза (ПМЛ). Они часто встречаются в ядре вместе с тельцами Кахаля и тельцами расщепления. [41] Мыши ПМЛ-/-, которые не способны создавать ядерные тельца ПМЛ, развиваются нормально без очевидных болезненных эффектов, показывая, что ядерные тельца ПМЛ не требуются для большинства важных биологических процессов. [47]

Параспеклы

Обнаруженные Фоксом и соавторами в 2002 году, параспеклы представляют собой нерегулярные по форме компартменты в межхроматиновом пространстве ядра. [48] Впервые описанные в клетках HeLa, где их обычно 10–30 на ядро, [49] теперь известно, что параспеклы также существуют во всех первичных клетках человека, трансформированных клеточных линиях и тканевых срезах. [50] Их название происходит от их распределения в ядре; «пара» является сокращением от «параллельный», а «спеклы» относятся к сплайсинговым спеклам, к которым они всегда находятся в непосредственной близости. [49]

Параспеклы секвестрируют ядерные белки и РНК и, таким образом, по-видимому, функционируют как молекулярная губка [51] , которая участвует в регуляции экспрессии генов. [52] Кроме того, параспеклы являются динамическими структурами, которые изменяются в ответ на изменения клеточной метаболической активности. Они зависят от транскрипции [48] , и при отсутствии транскрипции РНК Pol II параспекл исчезает, а все его связанные белковые компоненты (PSP1, p54nrb, PSP2, CFI(m)68 и PSF) образуют полумесяцеобразный перинуклеолярный колпачок в ядрышке. Это явление демонстрируется во время клеточного цикла. В клеточном цикле параспеклы присутствуют во время интерфазы и во время всего митоза, за исключением телофазы . Во время телофазы, когда образуются два дочерних ядра, транскрипция РНК Pol II отсутствует, поэтому белковые компоненты вместо этого образуют перинуклеолярный колпачок. [50]

Перихроматиновые фибриллы

Перихроматиновые фибриллы видны только под электронным микроскопом. Они расположены рядом с транскрипционно активным хроматином и, как предполагается, являются участками активной пре-мРНК -обработки. [33]

Кластосомы

Кластосомы — это небольшие ядерные тельца (0,2–0,5 мкм), которые описываются как имеющие толстую кольцевую форму из-за периферической капсулы вокруг этих тел. [40] Это название происходит от греческого klastos , сломанный, и soma , тело. [40] Кластосомы обычно не присутствуют в нормальных клетках, что затрудняет их обнаружение. Они образуются в условиях высокой протеолитической активности внутри ядра и разрушаются при снижении активности или если клетки обрабатываются ингибиторами протеасом . [40] [53] Недостаток кластосом в клетках указывает на то, что они не требуются для функционирования протеасом . [54] Было также показано, что осмотический стресс вызывает образование кластосом. [55] Эти ядерные тельца содержат каталитические и регуляторные субъединицы протеасомы и ее субстраты, что указывает на то, что кластосомы являются местами для разрушения белков. [54]

Функция

Ядро обеспечивает место для генетической транскрипции , которое отделено от места трансляции в цитоплазме, что позволяет осуществлять уровни регуляции генов , недоступные прокариотам . Основная функция клеточного ядра — контролировать экспрессию генов и опосредовать репликацию ДНК во время клеточного цикла. [1] : 171 

Компартментализация клеток

Ядерная оболочка позволяет контролировать содержимое ядра и отделяет его от остальной цитоплазмы, где это необходимо. Это важно для контроля процессов по обе стороны ядерной мембраны: в большинстве случаев, когда необходимо ограничить цитоплазматический процесс, ключевой участник удаляется в ядро, где он взаимодействует с факторами транскрипции, чтобы подавить выработку определенных ферментов в пути. Этот регуляторный механизм происходит в случае гликолиза , клеточного пути расщепления глюкозы для получения энергии. Гексокиназа — это фермент, ответственный за первый этап гликолиза, образующий глюкозо-6-фосфат из глюкозы. При высоких концентрациях фруктозо-6-фосфата , молекулы, которая позже образуется из глюкозо-6-фосфата, регуляторный белок удаляет гексокиназу в ядро, [56] , где она образует транскрипционный репрессорный комплекс с ядерными белками, чтобы снизить экспрессию генов, участвующих в гликолизе. [57]

Для того чтобы контролировать, какие гены транскрибируются, клетка отделяет некоторые белки факторов транскрипции, ответственные за регулирование экспрессии генов, от физического доступа к ДНК до тех пор, пока они не будут активированы другими сигнальными путями. Это предотвращает даже низкие уровни ненадлежащей экспрессии генов. Например, в случае генов, контролируемых NF-κB , которые участвуют в большинстве воспалительных реакций, транскрипция индуцируется в ответ на сигнальный путь, такой как инициируемый сигнальной молекулой TNF-α , связывается с рецептором клеточной мембраны, что приводит к набору сигнальных белков и в конечном итоге активирует фактор транскрипции NF-κB. Сигнал ядерной локализации на белке NF-κB позволяет ему транспортироваться через ядерную пору в ядро, где он стимулирует транскрипцию целевых генов. [15]

Компартментализация позволяет клетке предотвратить трансляцию несплайсированной мРНК. [58] Эукариотическая мРНК содержит интроны, которые должны быть удалены перед трансляцией для получения функциональных белков. Сплайсинг выполняется внутри ядра, прежде чем мРНК может быть доступна рибосомам для трансляции. Без ядра рибосомы транслировали бы недавно транскрибированную (необработанную) мРНК, что привело бы к неправильно сформированным и нефункциональным белкам. [1] : 108–15 

Репликация

Основная функция клеточного ядра — контролировать экспрессию генов и опосредовать репликацию ДНК во время клеточного цикла. [1] : 171  Было обнаружено, что репликация происходит локализованным образом в клеточном ядре. В S-фазе интерфазы клеточного цикла происходит репликация. Вопреки традиционному взгляду на перемещение репликационных вилок вдоль застойной ДНК, возникла концепция репликационных фабрик , которая означает, что репликационные вилки концентрируются в некоторых иммобилизованных «фабричных» областях, через которые нити ДНК-матрицы проходят как конвейерные ленты. [59]

Экспрессия генов

Общая транскрипционная фабрика во время транскрипции, подчеркивающая возможность транскрипции более одного гена за раз. На схеме показано 8 РНК-полимераз, однако их количество может варьироваться в зависимости от типа клетки. На изображении также показаны факторы транскрипции и пористое белковое ядро.

Экспрессия гена сначала включает транскрипцию, в которой ДНК используется в качестве шаблона для производства РНК. В случае генов, кодирующих белки, эта РНК, произведенная в этом процессе, является информационной РНК (мРНК), которая затем должна быть транслирована рибосомами для образования белка. Поскольку рибосомы расположены вне ядра, произведенная мРНК должна быть экспортирована. [60]

Поскольку ядро ​​является местом транскрипции, оно также содержит множество белков, которые либо напрямую опосредуют транскрипцию, либо участвуют в регуляции этого процесса. К этим белкам относятся геликазы , которые раскручивают двухцепочечную молекулу ДНК, чтобы облегчить доступ к ней, РНК-полимеразы , которые связываются с промотором ДНК для синтеза растущей молекулы РНК, топоизомеразы , которые изменяют количество суперспирализации в ДНК, помогая ей скручиваться и раскручиваться, а также большое разнообразие факторов транскрипции, которые регулируют экспрессию. [61]

Обработка пре-мРНК

Недавно синтезированные молекулы мРНК известны как первичные транскрипты или пре-мРНК. Они должны пройти посттранскрипционную модификацию в ядре, прежде чем экспортироваться в цитоплазму; мРНК, которая появляется в цитоплазме без этих модификаций, деградирует, а не используется для трансляции белка. Три основные модификации — это 5'-кэпирование , 3'- полиаденилирование и сплайсинг РНК . Находясь в ядре, пре-мРНК связана с различными белками в комплексах, известных как гетерогенные рибонуклеопротеиновые частицы (hnRNP). Добавление 5'-кэпа происходит ко-транскрипционно и является первым шагом в посттранскрипционной модификации. 3'-полиадениновый хвост добавляется только после завершения транскрипции. [1] : 509–18 

Сплайсинг РНК, осуществляемый комплексом, называемым сплайсосомой , представляет собой процесс, при котором интроны или области ДНК, которые не кодируют белок, удаляются из пре-мРНК, а оставшиеся экзоны соединяются для повторного формирования единой непрерывной молекулы. Этот процесс обычно происходит после 5'-кэпирования и 3'-полиаденилирования, но может начаться до завершения синтеза в транскриптах со многими экзонами. [1] : 494  Многие пре-мРНК могут быть сплайсерованы несколькими способами для получения различных зрелых мРНК, которые кодируют различные белковые последовательности . Этот процесс известен как альтернативный сплайсинг и позволяет производить большое разнообразие белков из ограниченного количества ДНК. [62]

Динамика и регулирование

Ядерный транспорт

Макромолекулы , такие как РНК и белки , активно транспортируются через ядерную мембрану в процессе, называемом ядерным транспортным циклом Ran - GTP .

Вход и выход крупных молекул из ядра строго контролируется комплексами ядерных пор. Хотя небольшие молекулы могут входить в ядро ​​без регуляции, [63] макромолекулы, такие как РНК и белки, требуют ассоциации кариоферинов, называемых импортинами, для входа в ядро ​​и экспортинов для выхода. «Грузовые» белки, которые должны быть перемещены из цитоплазмы в ядро, содержат короткие аминокислотные последовательности, известные как сигналы ядерной локализации , которые связываются импортинами, в то время как те, которые транспортируются из ядра в цитоплазму, несут сигналы ядерного экспорта, связанные экспортинами. Способность импортинов и экспортинов транспортировать свой груз регулируется ГТФазами , ферментами, которые гидролизуют молекулу гуанозинтрифосфата (ГТФ) для высвобождения энергии. Ключевой ГТФазой в ядерном транспорте является Ran , которая связана либо с ГТФ, либо с ГДФ (гуанозиндифосфатом), в зависимости от того, находится ли она в ядре или цитоплазме. В то время как импортины зависят от RanGTP для диссоциации от своего груза, экспортинам требуется RanGTP для связывания со своим грузом. [14]

Ядерный импорт зависит от импортина, связывающего свой груз в цитоплазме и переносящего его через ядерную пору в ядро. Внутри ядра RanGTP действует, отделяя груз от импортина, позволяя импортину выйти из ядра и быть повторно использованным. Ядерный экспорт похож, поскольку экспортин связывает груз внутри ядра в процессе, облегчаемом RanGTP, выходит через ядерную пору и отделяется от своего груза в цитоплазме. [64]

Специализированные экспортные белки существуют для транслокации зрелой мРНК и тРНК в цитоплазму после завершения посттранскрипционной модификации. Этот механизм контроля качества важен из-за центральной роли этих молекул в трансляции белка. Неправильная экспрессия белка из-за неполного удаления экзонов или неправильного включения аминокислот может иметь негативные последствия для клетки; таким образом, неполностью модифицированная РНК, которая достигает цитоплазмы, деградирует, а не используется в трансляции. [1]

Сборка и разборка

Изображение клетки легкого тритона , окрашенной флуоресцентными красителями во время метафазы . Видно митотическое веретено , окрашенное в зеленый цвет, прикрепленное к двум наборам хромосом , окрашенных в светло-голубой цвет. Все хромосомы, кроме одной, уже находятся на метафазной пластинке.

В течение своей жизни ядро ​​может быть разрушено или уничтожено либо в процессе деления клетки , либо в результате апоптоза (процесса запрограммированной гибели клетки ). Во время этих событий структурные компоненты ядра — оболочка и пластинка — могут систематически деградировать. В большинстве клеток разборка ядерной оболочки знаменует собой конец профазы митоза . Однако эта разборка ядра не является универсальной особенностью митоза и происходит не во всех клетках. Некоторые одноклеточные эукариоты (например, дрожжи) претерпевают так называемый закрытый митоз , при котором ядерная оболочка остается нетронутой. При закрытом митозе дочерние хромосомы мигрируют к противоположным полюсам ядра, которое затем делится надвое. Однако клетки высших эукариот обычно претерпевают открытый митоз , который характеризуется разрывом ядерной оболочки. Затем дочерние хромосомы мигрируют к противоположным полюсам митотического веретена, и вокруг них собираются новые ядра. [1] : 854 

В определенный момент во время клеточного цикла в открытом митозе клетка делится, образуя две клетки. Для того чтобы этот процесс был возможен, каждая из новых дочерних клеток должна иметь полный набор генов, процесс, требующий репликации хромосом, а также сегрегации отдельных наборов. Это происходит за счет того, что реплицированные хромосомы, сестринские хроматиды , прикрепляются к микротрубочкам , которые, в свою очередь, прикрепляются к разным центросомам . Затем сестринские хроматиды могут быть вытянуты в разные места в клетке. Во многих клетках центросома расположена в цитоплазме, вне ядра; микротрубочки не смогли бы прикрепиться к хроматидам в присутствии ядерной оболочки. [65] Таким образом, на ранних стадиях клеточного цикла, начиная с профазы и до прометафазы , ядерная мембрана демонтируется. [18] Аналогично, в тот же период ядерная пластинка также разбирается, процесс регулируется фосфорилированием ламинов протеинкиназами, такими как протеинкиназа CDC2 . [66] К концу клеточного цикла ядерная мембрана реформируется, и примерно в то же время ядерная пластинка собирается заново путем дефосфорилирования ламинов. [66]

Однако у динофлагеллят ядерная оболочка остается нетронутой, центросомы располагаются в цитоплазме, а микротрубочки контактируют с хромосомами, центромерные районы которых включены в ядерную оболочку (так называемый закрытый митоз с внеядерным веретеном). У многих других простейших (например, инфузорий , споровиков ) и грибов центросомы являются внутриядерными, и их ядерная оболочка также не разбирается во время деления клетки. [67]

Апоптоз — это контролируемый процесс, в котором структурные компоненты клетки разрушаются, что приводит к гибели клетки. Изменения, связанные с апоптозом, напрямую влияют на ядро ​​и его содержимое, например, на конденсацию хроматина и распад ядерной оболочки и ламины. Разрушение сетей ламина контролируется специализированными апоптотическими протеазами , называемыми каспазами , которые расщепляют белки ламина и, таким образом, нарушают структурную целостность ядра. Расщепление ламина иногда используется в качестве лабораторного индикатора активности каспазы в анализах на раннюю апоптотическую активность. [18] Клетки, которые экспрессируют мутантные ламины, устойчивые к каспазе, лишены ядерных изменений, связанных с апоптозом, что позволяет предположить, что ламины играют роль в инициировании событий, которые приводят к апоптотической деградации ядра. [18] Ингибирование сборки ламина само по себе является индуктором апоптоза. [68]

Ядерная оболочка действует как барьер, который не позволяет как ДНК-, так и РНК-вирусам проникать в ядро. Некоторым вирусам требуется доступ к белкам внутри ядра для репликации и/или сборки. ДНК-вирусы, такие как вирус герпеса, реплицируются и собираются в ядре клетки и выходят, отпочковываясь через внутреннюю ядерную мембрану. Этот процесс сопровождается разборкой пластинки на ядерной поверхности внутренней мембраны. [18]

Динамика, связанная с заболеванием

Первоначально предполагалось, что иммуноглобулины в целом и аутоантитела в частности не проникают в ядро. Теперь есть доказательства того, что при патологических состояниях (например, красная волчанка ) IgG может проникать в ядро. [69]

Ядер на клетку

Большинство типов эукариотических клеток обычно имеют одно ядро, но некоторые не имеют ядер, а другие имеют несколько. Это может быть результатом нормального развития, как при созревании эритроцитов млекопитающих , или неправильного деления клеток. [70]

Безъядерные клетки

Эритроциты человека, как и других млекопитающих, лишены ядер. Это происходит как нормальная часть развития клеток.

Безъядерная клетка не содержит ядра и, следовательно, неспособна делиться для производства дочерних клеток. Самая известная безъядерная клетка — это эритроцит млекопитающего, или эритроцит , в котором также отсутствуют другие органеллы, такие как митохондрии, и который в первую очередь служит транспортным сосудом для переноса кислорода из легких в ткани организма. Эритроциты созревают посредством эритропоэза в костном мозге , где они теряют свои ядра, органеллы и рибосомы. Ядро выталкивается в процессе дифференциации из эритробласта в ретикулоцит , который является непосредственным предшественником зрелого эритроцита. [71] Присутствие мутагенов может вызывать выброс некоторых незрелых «микроядерных» эритроцитов в кровоток. [72] [73] Безъядерные клетки также могут возникать в результате неправильного деления клеток, при котором у одной дочерней клетки отсутствует ядро, а у другой имеется два ядра.

У цветковых растений это состояние встречается в элементах ситовидных трубок . [74]

Многоядерные клетки

Многоядерные клетки содержат несколько ядер. Большинство видов простейших акантарей [75] и некоторые грибы в микоризе [76] имеют естественно многоядерные клетки. Другие примеры включают кишечных паразитов рода Giardia , которые имеют два ядра на клетку. [77] Инфузории имеют два вида ядер в одной клетке, соматический макронуклеус и зародышевый микронуклеус . [78] У людей клетки скелетных мышц , также называемые миоцитами и синцитием , становятся многоядерными в процессе развития; результирующее расположение ядер вблизи периферии клеток обеспечивает максимальное внутриклеточное пространство для миофибрилл . [1] Другие многоядерные клетки у человека — остеокласты, тип костных клеток . Многоядерные и двуядерные клетки также могут быть аномальными у людей; например, клетки, возникающие в результате слияния моноцитов и макрофагов , известные как гигантские многоядерные клетки , иногда сопровождают воспаление [79] и также участвуют в образовании опухолей. [80]

Известно, что ряд динофлагеллятов имеет два ядра. В отличие от других многоядерных клеток эти ядра содержат две различные линии ДНК: одну от динофлагеллята и другую от симбиотической диатомовой водоросли . [81]

Эволюция

Как основная определяющая характеристика эукариотической клетки, эволюционное происхождение ядра стало предметом многочисленных спекуляций. Было предложено четыре основные гипотезы для объяснения существования ядра, хотя ни одна из них пока не получила широкой поддержки. [82] [83] [84]

Первая модель, известная как «синтрофная модель», предполагает, что симбиотические отношения между археями и бактериями создали содержащую ядро ​​эукариотическую клетку. (Организмы доменов архей и бактерий не имеют клеточного ядра. [85] ) Предполагается, что симбиоз возник, когда древние археи, похожие на современные метаногенные археи, вторглись и жили внутри бактерий, похожих на современные миксобактерии , в конечном итоге сформировав раннее ядро. Эта теория аналогична принятой теории происхождения эукариотических митохондрий и хлоропластов , которые, как считается, развились из схожих эндосимбиотических отношений между протоэукариотами и аэробными бактериями. [86] Одна из возможностей заключается в том, что ядерная мембрана возникла как новая мембранная система после возникновения митохондрий в хозяине -архебактерии . [87] Ядерная мембрана могла служить для защиты генома от повреждающих активных форм кислорода, производимых протомитохондриями. [88] Архейное происхождение ядра подтверждается наблюдениями, что археи и эукариоты имеют схожие гены для определенных белков, включая гистоны . Наблюдения, что миксобактерии подвижны, могут образовывать многоклеточные комплексы и обладают киназами и G-белками, подобными эукариотам, подтверждают бактериальное происхождение эукариотической клетки. [89]

Вторая модель предполагает, что протоэукариотические клетки произошли от бактерий без эндосимбиотической стадии. Эта модель основана на существовании современных бактерий Planctomycetota , которые обладают ядерной структурой с примитивными порами и другими компартментализированными мембранными структурами. [90] Аналогичное предложение утверждает, что эукариотоподобная клетка, хроноцит , возникла первой и фагоцитировала археи и бактерии, чтобы сформировать ядро ​​и эукариотическую клетку. [91]

Самая спорная модель, известная как вирусный эукариогенез , утверждает, что связанное с мембраной ядро, наряду с другими эукариотическими особенностями, возникло в результате заражения прокариота вирусом. Это предположение основано на сходстве между эукариотами и вирусами, таком как линейные цепи ДНК, кэпирование мРНК и прочное связывание с белками (аналогично гистонам с вирусными оболочками ). Одна из версий предложения предполагает, что ядро ​​эволюционировало совместно с фагоцитозом , чтобы сформировать раннего клеточного « хищника ». [92] Другая версия предполагает, что эукариоты произошли от ранних архей, инфицированных поксвирусами , на основе наблюдаемого сходства между ДНК-полимеразами у современных поксвирусов и эукариот. [93] [94] Было высказано предположение, что нерешенный вопрос эволюции пола может быть связан с гипотезой вирусного эукариогенеза. [95]

Более позднее предложение, экзомембранная гипотеза , предполагает, что ядро ​​вместо этого произошло от одной предковой клетки, которая развила вторую внешнюю клеточную мембрану; внутренняя мембрана, окружающая исходную клетку, затем стала ядерной мембраной и развила все более сложные пористые структуры для прохождения внутренне синтезированных клеточных компонентов, таких как рибосомные субъединицы. [96]

История

Самое старое известное изображение клеток и их ядер, созданное Антони ван Левенгуком , 1719 г.
Рисунок клетки слюнной железы Chironomus, опубликованный Вальтером Флеммингом в 1882 году. Ядро содержит политенные хромосомы .

Ядро было первой открытой органеллой. То, что, скорее всего, является самым старым сохранившимся рисунком, относится к раннему микроскописту Антони ван Левенгуку (1632–1723). Он наблюдал «люмен», ядро, в эритроцитах лосося . [ 97] В отличие от эритроцитов млекопитающих, эритроциты других позвоночных все еще содержат ядра. [98]

Ядро было также описано Францем Бауэром в 1804 году [99] и более подробно в 1831 году шотландским ботаником Робертом Брауном в докладе в Линнеевском обществе Лондона . Браун изучал орхидеи под микроскопом, когда он заметил непрозрачную область, которую он назвал «ареолой» или «ядром», в клетках внешнего слоя цветка. [100] Он не предположил потенциальной функции.

В 1838 году Маттиас Шлейден предположил, что ядро ​​играет роль в образовании клеток, поэтому он ввел название « цитобласт » («строитель клеток»). Он считал, что наблюдал, как новые клетки собираются вокруг «цитобластов». Франц Мейен был ярым противником этой точки зрения, уже описав клетки, размножающиеся путем деления, и полагая, что многие клетки не будут иметь ядер. Идея о том, что клетки могут быть созданы de novo, «цитобластом» или иным образом, противоречила работе Роберта Ремака (1852) и Рудольфа Вирхова (1855), которые решительно пропагандировали новую парадигму, согласно которой клетки создаются исключительно клетками (« Omnis cellula e cellula »). Функция ядра оставалась неясной. [101]

Между 1877 и 1878 годами Оскар Гертвиг ​​опубликовал несколько исследований по оплодотворению яиц морского ежа , показав, что ядро ​​сперматозоида проникает в ооцит и сливается с его ядром. Это был первый раз, когда было высказано предположение, что особь развивается из (единственной) ядросодержащей клетки. Это противоречило теории Эрнста Геккеля о том, что полная филогения вида будет повторяться в ходе эмбрионального развития, включая генерацию первой ядросодержащей клетки из «монерулы», бесструктурной массы первичной протоплазмы (« Urschleim »). Поэтому необходимость ядра сперматозоида для оплодотворения обсуждалась довольно долго. Однако Гертвиг ​​подтвердил свое наблюдение в других группах животных, включая амфибий и моллюсков . Эдуард Страсбургер получил те же результаты для растений в 1884 году. Это проложило путь к приписыванию ядру важной роли в наследственности. В 1873 году Август Вейсман постулировал эквивалентность материнских и отцовских половых клеток для наследственности. Функция ядра как носителя генетической информации стала ясна лишь позже, после открытия митоза и переоткрытия правил Менделя в начале 20-го века; поэтому была разработана хромосомная теория наследственности . [101]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcdefghijklm Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky SL, Darnell J (2004). Молекулярная клеточная биология (5-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-2672-2.
  2. ^ Ehrenhofer-Murray AE (июнь 2004 г.). «Динамика хроматина при репликации, транскрипции и репарации ДНК». Обзор. European Journal of Biochemistry . 271 (12): 2335–49. doi : 10.1111/j.1432-1033.2004.04162.x . PMID  15182349.
  3. ^ Григорьев СА, Булынко ЯА, Попова ЕУ (2006). «Цель корректирует средства: ремоделирование гетерохроматина в процессе терминальной дифференцировки клеток». Обзор. Chromosome Research . 14 (1): 53–69. doi :10.1007/s10577-005-1021-6. PMID  16506096. S2CID  6040822.
  4. ^ Schardin M, Cremer T, Hager HD, Lang M (декабрь 1985 г.). «Специфическое окрашивание человеческих хромосом в клеточных линиях гибридов китайского хомячка x человека демонстрирует территории интерфазных хромосом» (PDF) . Primary. Human Genetics . 71 (4): 281–7. doi :10.1007/BF00388452. PMID  2416668. S2CID  9261461.
  5. ^ Lamond AI, Earnshaw WC (апрель 1998 г.). «Структура и функция в ядре» (PDF) . Обзор. Science . 280 (5363): 547–53. CiteSeerX 10.1.1.323.5543 . doi :10.1126/science.280.5363.547. PMID  9554838. 
  6. ^ Kurz A, Lampel S, Nickolenko JE, Bradl J, Benner A, Zirbel RM и др. (декабрь 1996 г.). «Активные и неактивные гены локализуются преимущественно на периферии хромосомных территорий». Primary. The Journal of Cell Biology . 135 (5): 1195–205. doi :10.1083/jcb.135.5.1195. PMC 2121085 . PMID  8947544. Архивировано из оригинала 29 сентября 2007 г. 
  7. ^ Rothfield NF, Stollar BD (ноябрь 1967 г.). «Связь класса иммуноглобулинов, характера антинуклеарных антител и комплемент-фиксирующих антител с ДНК в сыворотках пациентов с системной красной волчанкой». Первичный. Журнал клинических исследований . 46 (11): 1785–94. doi :10.1172/JCI105669. PMC 292929. PMID  4168731 . 
  8. ^ Barned S, Goodman AD, Mattson DH (февраль 1995). «Частота антинуклеарных антител при рассеянном склерозе». Первичная. Неврология . 45 (2): 384–5. doi :10.1212/WNL.45.2.384. PMID  7854544. S2CID  30482028.
  9. ^ Куме К, Кантвелл Х, Нойманн ФР, Джонс А.В., Снайдерс А.П., Нерс П. (май 2017 г.). «Систематический геномный скрининг выявляет связь ядерно-цитоплазматического транспорта и роста мембраны с контролем размера ядра». PLOS Genet . 13 (5): e1006767. doi : 10.1371/journal.pgen.1006767 . PMC 5436639. PMID  28545058 . 
  10. ^ abcdefghijk Альбертс Б., Джонсон А., Льюис Дж., Морган Д., Рафф М., Робертс К., Уолтер П. (2015). Молекулярная биология клетки (6-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science.
  11. ^ abc Lodish HF, Berk A, Kaiser C, Krieger M, Bretscher A, Ploegh H, et al. (2016). Молекулярная клеточная биология (восьмое изд.). Нью-Йорк: WH Freeman. ISBN 978-1-4641-8339-3.
  12. ^ Шульга Н., Мосаммапараст Н., Возняк Р., Голдфарб Д.С. (май 2000 г.). «Дрожжевые нуклеопорины, участвующие в пассивной проницаемости ядерной оболочки». Первичный. Журнал клеточной биологии . 149 (5): 1027–38. doi :10.1083/jcb.149.5.1027. PMC 2174828. PMID  10831607 . 
  13. ^ Альбертс, Брюс (2019). Essential cell biology (Пятое изд.). Нью-Йорк. С. 242. ISBN 9780393680393.{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  14. ^ ab Pemberton LF, Paschal BM (март 2005 г.). «Механизмы рецепторно-опосредованного ядерного импорта и ядерного экспорта». Обзор. Traffic . 6 (3): 187–98. doi : 10.1111/j.1600-0854.2005.00270.x . PMID  15702987. S2CID  172279.
  15. ^ abc Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P, ред. (2002). «Глава 4: ДНК и хромосомы». Молекулярная биология клетки (4-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. стр. 191–234. ISBN 978-0-8153-4072-0.
  16. ^ Stuurman N, Heins S, Aebi U (1998). «Ядерные ламины: их структура, сборка и взаимодействия». Обзор. Журнал структурной биологии . 122 (1–2): 42–66. doi :10.1006/jsbi.1998.3987. PMID  9724605.
  17. ^ Goldman AE, Moir RD, Montag-Lowy M, Stewart M, Goldman RD (ноябрь 1992 г.). «Путь включения микроинъецированного ламина А в ядерную оболочку». Первичный. Журнал клеточной биологии . 119 (4): 725–35. doi :10.1083/jcb.119.4.725. PMC 2289687. PMID  1429833. 
  18. ^ abcde Goldman RD, Gruenbaum Y, Moir RD, Shumaker DK, Spann TP (март 2002). «Ядерные ламины: строительные блоки ядерной архитектуры». Обзор. Genes & Development . 16 (5): 533–47. doi : 10.1101/gad.960502 . PMID  11877373.
  19. ^ Broers JL, Ramaekers FC (2004). «Динамика сборки и разборки ядерной пластинки». Обзор. Симпозиумы Общества экспериментальной биологии (56): 177–92. ISBN 9781134279838. PMID  15565881.
  20. ^ Moir RD, Yoon M, Khuon S, Goldman RD (декабрь 2000 г.). «Ядерные ламины A и B1: различные пути сборки во время формирования ядерной оболочки в живых клетках». Primary. The Journal of Cell Biology . 151 (6): 1155–68. doi :10.1083/jcb.151.6.1155. PMC 2190592 . PMID  11121432. 
  21. ^ Spann TP, Goldman AE, Wang C, Huang S, Goldman RD (февраль 2002 г.). «Изменение организации ядерного ламина ингибирует транскрипцию, зависящую от РНК-полимеразы II». Primary. The Journal of Cell Biology . 156 (4): 603–8. doi :10.1083/jcb.200112047. PMC 2174089. PMID 11854306  . 
  22. ^ Mounkes LC, Stewart CL (июнь 2004 г.). «Старение и организация ядра: ламины и прогерия». Обзор. Current Opinion in Cell Biology . 16 (3): 322–7. doi :10.1016/j.ceb.2004.03.009. PMID  15145358.
  23. ^ Hernandez-Verdun D (январь 2006). «Ядрышко: от структуры к динамике». Обзор. Histochemistry and Cell Biology . 125 (1–2): 127–37. doi :10.1007/s00418-005-0046-4. PMID  16328431. S2CID  20769260.
  24. ^ ab Lamond AI, Sleeman JE (октябрь 2003 г.). "Ядерная субструктура и динамика". Обзор. Current Biology . 13 (21): R825-8. Bibcode :2003CBio...13.R825L. doi : 10.1016/j.cub.2003.10.012 . PMID  14588256. S2CID  16865665.
  25. ^ Спектор DL, Ламонд AI (февраль 2011). «Ядерные спеклы». Обзор. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 3 (2): a000646. doi :10.1101/cshperspect.a000646. PMC 3039535. PMID 20926517  . 
  26. ^ Alexander KA, Coté A, Nguyen SC, Zhang L, Berger SL (март 2021 г.). "p53 опосредует ассоциацию гена-мишени с ядерными спеклами для амплифицированной экспрессии РНК". Primary. Molecular Cell . 81 (8): S1097-2765(21)00174-X. doi :10.1016/j.molcel.2021.03.006. PMC 8830378. PMID 33823140.  S2CID 233172170  . 
  27. ^ ab Lamond AI, Spector DL ​​(август 2003 г.). «Ядерные спеклы: модель ядерных органелл». Обзор. Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 4 (8): 605–12. doi :10.1038/nrm1172. PMID  12923522. S2CID  6439413.
  28. ^ Tripathi K, Parnaik VK (сентябрь 2008 г.). "Differential dynamics of splicing factor SC35 during the cell cycle" (PDF) . Primary. Journal of Biosciences . 33 (3): 345–54. doi :10.1007/s12038-008-0054-3. PMID  19005234. S2CID  6332495. Архивировано (PDF) из оригинала 15 ноября 2011 г.
  29. ^ Tripathi K, Parnaik VK (сентябрь 2008 г.). «Дифференциальная динамика фактора сплайсинга SC35 в течение клеточного цикла». Primary. Journal of Biosciences . 33 (3): 345–54. doi :10.1007/s12038-008-0054-3. PMID  19005234. S2CID  6332495.
  30. ^ Handwerger KE, Gall JG (январь 2006). «Субъядерные органеллы: новое понимание формы и функции». Обзор. Тенденции в клеточной биологии . 16 (1): 19–26. doi :10.1016/j.tcb.2005.11.005. PMID  16325406.
  31. ^ "Клеточный компонент Ядро спекл". UniProt: UniProtKB . Получено 30 августа 2013 г. .
  32. ^ Gall JG, Bellini M, Wu Z, Murphy C (декабрь 1999 г.). «Сборка ядерного транскрипционного и процессингового аппарата: тельца Кахаля (спиральные тельца) и транскриптосомы». Первичный. Молекулярная биология клетки . 10 (12): 4385–402. doi :10.1091/mbc.10.12.4385. PMC 25765. PMID  10588665 . 
  33. ^ ab Matera AG, Terns RM, Terns MP (март 2007 г.). «Некодирующие РНК: уроки малых ядерных и малых ядрышковых РНК». Обзор. Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 8 (3): 209–20. doi :10.1038/nrm2124. PMID  17318225. S2CID  30268055.
  34. ^ Bhat P, Chow A, Emert B и др. (май 2024 г.). «Организация генома вокруг ядерных спеклов управляет эффективностью сплайсинга мРНК». Nature . 629 (5): 1165–1173. doi :10.1038/s41586-024-07429-6. PMC 11164319 . PMID  38720076. 
  35. ^ abc Cioce M, Lamond AI (2005). «Тела Кахаля: долгая история открытия». Обзор. Annual Review of Cell and Developmental Biology . 21 : 105–31. doi :10.1146/annurev.cellbio.20.010403.103738. PMID  16212489. S2CID  8807316.
  36. ^ abc Pollard TD, Earnshaw WC (2004). Биология клетки . Филадельфия: Saunders. ISBN 978-0-7216-3360-2.
  37. ^ abc Matera AG, Frey MR (август 1998). «Спиральные тела и драгоценные камни: Янус или близнецы?». Обзор. American Journal of Human Genetics . 63 (2): 317–21. doi :10.1086/301992. PMC 1377332. PMID  9683623 . 
  38. ^ Matera AG (август 1998 г.). «О спиральных телах, драгоценных камнях и лососе». Обзор. Журнал клеточной биохимии . 70 (2): 181–92. doi :10.1002/(sici)1097-4644(19980801)70:2<181::aid-jcb4>3.0.co;2-k. PMID  9671224. S2CID  44941483.
  39. ^ Наваскуес Дж., Берсиано М.Т., Такер К.Е., Лафарга М., Матера АГ (июнь 2004 г.). «Нацеливание SMN на тельца Кахаля и ядерные драгоценные камни во время нейрогенеза». Начальный. Хромосома . 112 (8): 398–409. дои : 10.1007/s00412-004-0285-5. ПМЦ 1592132 . ПМИД  15164213. 
  40. ^ abcd Lafarga M, Berciano MT, Pena E, Mayo I, Castaño JG, Bohmann D и др. (август 2002 г.). «Кластосома: подтип ядерного тельца, обогащенного протеасомами 19S и 20S, убиквитином и белковыми субстратами протеасомы». Первичный. Молекулярная биология клетки . 13 (8): 2771–82. CiteSeerX 10.1.1.321.6138 . doi :10.1091/mbc.e02-03-0122. PMC 117941. PMID  12181345 .  
  41. ^ abc Dundr M, Misteli T (июнь 2001 г.). «Функциональная архитектура в ядре клетки». Обзор. The Biochemical Journal . 356 (Pt 2): 297–310. doi :10.1042/0264-6021:3560297. PMC 1221839. PMID  11368755 . 
  42. ^ Bond CS, Fox AH (сентябрь 2009 г.). «Paraspeckles: nuclear body built on long noncoding RNA». Обзор. The Journal of Cell Biology . 186 (5): 637–44. doi :10.1083/jcb.200906113. PMC 2742191. PMID 19720872  . 
  43. ^ Goebel HH, Warlo I (январь 1997). "Немалиновая миопатия с внутриядерными стержнями — внутриядерная стержневая миопатия". Обзор. Нейромышечные расстройства . 7 (1): 13–9. doi :10.1016/S0960-8966(96)00404-X. PMID  9132135. S2CID  29584217.
  44. ^ Saunders WS, Cooke CA, Earnshaw WC (ноябрь 1991 г.). «Компартментализация в ядре: открытие новой субъядерной области». Первичный. Журнал клеточной биологии . 115 (4): 919–31. doi :10.1083/jcb.115.4.919. PMC 2289954. PMID  1955462 . 
  45. ^ Pombo A, Cuello P, Schul W, Yoon JB, Roeder RG, Cook PR, Murphy S (март 1998 г.). «Региональная и временная специализация в ядре: транскрипционно-активный ядерный домен, богатый антигенами PTF, Oct1 и PIKA, ассоциируется со специфическими хромосомами на ранних этапах клеточного цикла». Первичный. The EMBO Journal . 17 (6): 1768–78. doi :10.1093/emboj/17.6.1768. PMC 1170524. PMID 9501098  . 
  46. ^ Zimber A, Nguyen QD, Gespach C (октябрь 2004 г.). «Ядерные тельца и компартменты: функциональные роли и клеточная сигнализация в здоровье и болезни». Обзор. Cellular Signalling . 16 (10): 1085–104. doi :10.1016/j.cellsig.2004.03.020. PMID  15240004.
  47. ^ Lallemand-Breitenbach V, de Thé H (май 2010 г.). "PML ядерные тела". Обзор. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 2 (5): a000661. doi :10.1101/cshperspect.a000661. PMC 2857171. PMID 20452955  . 
  48. ^ ab Fox AH, Lamond AI (июль 2010 г.). "Paraspeckles". Обзор. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 2 (7): a000687. doi :10.1101/cshperspect.a000687. PMC 2890200. PMID  20573717 . 
  49. ^ ab Fox A, Bickmore W (2004). "Ядерные компартменты: параспеклы". База данных ядерных белков. Архивировано из оригинала 10 сентября 2008 года . Получено 6 марта 2007 года .
  50. ^ ab Fox AH, Bond CS, Lamond AI (ноябрь 2005 г.). «P54nrb образует гетеродимер с PSP1, который локализуется в параспеклах РНК-зависимым образом». Первичный. Молекулярная биология клетки . 16 (11): 5304–15. doi :10.1091/mbc.E05-06-0587. PMC 1266428. PMID  16148043 . 
  51. ^ Накагава С., Ямазаки Т., Хиросе Т. (октябрь 2018 г.). «Молекулярное препарирование ядерных параспеклов: к пониманию зарождающегося мира среды РНП». Обзор. Open Biology . 8 (10): 180150. doi :10.1098/rsob.180150. PMC 6223218. PMID 30355755  . 
  52. ^ Pisani G, Baron B (декабрь 2019 г.). «Функция ядерных параспеклов в опосредовании регуляторных и апоптотических путей генов». Обзор. Non-Coding RNA Research . 4 (4): 128–134. doi :10.1016/j.ncrna.2019.11.002. PMC 7012776. PMID  32072080 . 
  53. ^ Kong XN, Yan HX, Chen L, Dong LW, Yang W, Liu Q и др. (октябрь 2007 г.). «LPS-индуцированная понижающая регуляция сигнального регуляторного белка {альфа} способствует активации врожденного иммунитета в макрофагах». Первичный. Журнал экспериментальной медицины . 204 (11): 2719–31. doi :10.1084/jem.20062611. PMC 2118489. PMID  17954568 . 
  54. ^ ab Carmo-Fonseca M, Berciano MT, Lafarga M (сентябрь 2010 г.). "Сиротские ядерные тела". Обзор. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 2 (9): a000703. doi :10.1101/cshperspect.a000703. PMC 2926751. PMID 20610547  . 
  55. ^ Sampuda KM, Riley M, Boyd L (апрель 2017 г.). «Стресс-индуцированные ядерные гранулы формируются в ответ на накопление неправильно свернутых белков у Caenorhabditis elegans». Первичный. BMC Cell Biology . 18 (1): 18. doi : 10.1186 /s12860-017-0136-x . PMC 5395811. PMID  28424053. 
  56. ^ Lehninger AL, Nelson DL, Cox MM (2000). Принципы биохимии Ленингера (3-е изд.). Нью-Йорк: Worth Publishers. ISBN 978-1-57259-931-4.
  57. ^ Moreno F, Ahuatzi D, Riera A, Palomino CA, Herrero P (февраль 2005 г.). «Ощущение глюкозы через сигнальный путь, зависящий от Hxk2». Primary. Biochemical Society Transactions . 33 (Pt 1): 265–8. doi :10.1042/BST0330265. PMID  15667322. S2CID  20647022.
  58. ^ Görlich D, Kutay U (1999). «Транспорт между клеточным ядром и цитоплазмой». Обзор. Annual Review of Cell and Developmental Biology . 15 (1): 607–60. doi :10.1146/annurev.cellbio.15.1.607. PMID  10611974.
  59. ^ Hozák P, Cook PR (февраль 1994). «Фабрики репликации». Обзор. Тенденции в клеточной биологии . 4 (2): 48–52. doi :10.1016/0962-8924(94)90009-4. PMID  14731866.
  60. ^ Nierhaus KH, Wilson DN (2004). Синтез белка и структура рибосомы: трансляция генома . Wiley-VCH. ISBN 978-3-527-30638-1.
  61. ^ Nicolini CA (1997). Структура и функция генома: от характеристики хромосом до генной технологии . Springer. ISBN 978-0-7923-4565-7.
  62. ^ Black DL (2003). «Механизмы альтернативного сплайсинга пре-мессенджерной РНК» (PDF) . Обзор. Annual Review of Biochemistry . 72 (1): 291–336. doi :10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720. PMID  12626338. S2CID  23576288.
  63. ^ Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R (2004). "Ch9–10". Молекулярная биология гена (5-е изд.). Peason Benjamin Cummings; CSHL Press. ISBN 978-0-8053-9603-4.
  64. ^ Cavazza T, Vernos I (2015). "Путь RanGTP: от ядерно-цитоплазматического транспорта до сборки веретена и далее". Обзор. Frontiers in Cell and Developmental Biology . 3 : 82. doi : 10.3389/fcell.2015.00082 . PMC 4707252. PMID  26793706 . 
  65. ^ Lippincott-Schwartz J (март 2002 г.). «Биология клетки: разрывая ядерную оболочку». Комментарий. Nature . 416 (6876): 31–2. Bibcode : 2002Natur.416...31L. doi : 10.1038/416031a . PMID  11882878. S2CID  4431000.
  66. ^ ab Boulikas T (1995). "Фосфорилирование факторов транскрипции и контроль клеточного цикла". Обзор. Критические обзоры по экспрессии эукариотических генов . 5 (1): 1–77. PMID  7549180.
  67. ^ Boettcher B, Barral Y (2013). «Клеточная биология открытого и закрытого митоза». Обзор. Nucleus . 4 (3). Остин, Техас: 160–5. doi :10.4161/nucl.24676. PMC 3720745. PMID  23644379 . 
  68. ^ Steen RL, Collas P (апрель 2001 г.). «Неправильное нацеливание ламинов B-типа в конце митоза: последствия для выживания клеток и регуляции экспрессии ламинов A/C». Первичный. Журнал клеточной биологии . 153 (3): 621–6. doi :10.1083/jcb.153.3.621. PMC 2190567. PMID  11331311. 
  69. ^ Бём I (ноябрь 2007 г.). «Отложения IgG могут быть обнаружены в ядрах клеток пациентов как с красной волчанкой, так и со злокачественными новообразованиями». Первичная. Клиническая ревматология . 26 (11): 1877–82. doi :10.1007/s10067-007-0597-y. PMID  17364135. S2CID  44879431.
  70. ^ Ressel L (2017). "Ядерная морфология". Нормальная морфология клеток в цитологии собак и кошек: руководство по идентификации . Хобокен, Нью-Джерси: John Wiley & Sons. стр. 6. ISBN 978-1-119-27891-7.
  71. ^ Скутельский Э., Данон Д. (июнь 1970 г.). «Сравнительное исследование ядерного изгнания из позднего эритробласта и цитокинеза». Первичный. Экспериментальные клеточные исследования . 60 (3): 427–36. doi :10.1016/0014-4827(70)90536-7. PMID  5422968.
  72. ^ Torous DK, Dertinger SD, Hall NE, Tometsko CR (февраль 2000 г.). «Подсчет микроядерных ретикулоцитов в периферической крови крысы: проточно-цитометрическое исследование». Primary. Mutation Research . 465 (1–2): 91–9. doi :10.1016/S1383-5718(99)00216-8. PMID  10708974.
  73. ^ Hutter KJ, Stöhr M (1982). «Быстрое обнаружение микроядерных эритроцитов, индуцированных мутагеном, методом проточной цитометрии». Первичная. Гистохимия . 75 (3): 353–62. doi :10.1007/bf00496738. PMID  7141888. S2CID  28973947.
  74. ^ Ham BK, Lucas WJ (апрель 2014 г.). «Система ситовидных трубок флоэмы покрытосеменных: роль в опосредовании признаков, важных для современного сельского хозяйства». Журнал экспериментальной ботаники . 65 (7): 1799–816. doi : 10.1093/jxb/ert417 . PMID  24368503.
  75. ^ Zettler LA, Sogin ML, Caron DA (октябрь 1997 г.). «Филогенетические отношения между Acantharea и Polycystinea: молекулярная перспектива радиолярий Геккеля». Первичный. Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (21): 11411–6. Bibcode : 1997PNAS...9411411A. doi : 10.1073 /pnas.94.21.11411 . PMC 23483. PMID  9326623. 
  76. ^ Хортон ТР (2006). «Число ядер в базидиоспорах 63 видов эктомикоризных гомобазидиомицетов». Первичный. Mycologia . 98 (2): 233–8. doi :10.3852/mycologia.98.2.233. PMID  16894968.
  77. ^ Адам RD (декабрь 1991 г.). «Биология Giardia spp». Обзор. Microbiological Reviews . 55 (4): 706–32. doi :10.1128/MMBR.55.4.706-732.1991. PMC 372844. PMID  1779932 . 
  78. ^ Vogt A, Goldman AD, Mochizuki K, Landweber LF (1 августа 2013 г.). «Транспозонная одомашненность против мутуализма в перестройках генома инфузорий». PLOS Genetics . 9 (8): e1003659. doi : 10.1371/journal.pgen.1003659 . PMC 3731211. PMID  23935529 . 
  79. ^ McInnes A, Rennick DM (февраль 1988). «Интерлейкин 4 индуцирует культивируемые моноциты/макрофаги к формированию гигантских многоядерных клеток». Первичный. Журнал экспериментальной медицины . 167 (2): 598–611. doi :10.1084/jem.167.2.598. PMC 2188835. PMID  3258008 . 
  80. ^ Goldring SR, Roelke MS, Petrison KK, Bhan AK (февраль 1987). «Идентификация гигантоклеточных опухолей костей человека и характеристика типов клеток». Первичный. Журнал клинических исследований . 79 (2): 483–91. doi :10.1172/JCI112838. PMC 424109. PMID  3027126 . 
  81. ^ Imanian B, Pombert JF, Dorrell RG, Burki F, Keeling PJ (2012). «Третичный эндосимбиоз у двух динотомов вызвал небольшие изменения в митохондриальных геномах их хозяев-динофлагеллят и эндосимбионтов-диатомей». Первичный. PLOS ONE . 7 (8): e43763. Bibcode : 2012PLoSO...743763I. doi : 10.1371/journal.pone.0043763 . PMC 3423374. PMID  22916303 . 
  82. ^ Pennisi E (август 2004 г.). «Эволюционная биология. Рождение ядра». Новости. Наука . 305 (5685): 766–8. doi :10.1126/science.305.5685.766. PMID  15297641. S2CID  83769250.
  83. ^ Devos DP, Gräf R, Field MC (июнь 2014 г.). «Эволюция ядра». Обзор. Current Opinion in Cell Biology . 28 (100): 8–15. doi :10.1016/j.ceb.2014.01.004. PMC 4071446. PMID 24508984  . 
  84. ^ Лопес-Гарсия П., Морейра Д. (ноябрь 2015 г.). «Открытые вопросы о происхождении эукариот». Обзор. Тенденции в экологии и эволюции . 30 (11): 697–708. doi :10.1016/j.tree.2015.09.005. PMC 4640172. PMID  26455774 . 
  85. ^ Hogan CM (2010). "Археи". В Monosson E, Cleveland C (ред.). Энциклопедия Земли . Вашингтон, округ Колумбия: Национальный совет по науке и окружающей среде. Архивировано из оригинала 11 мая 2011 г.
  86. ^ Маргулис Л. (1981). Симбиоз в эволюции клеток. Сан-Франциско: WH Freeman and Company. С. 206–227. ISBN 978-0-7167-1256-5.
  87. ^ Мартин В. (декабрь 2005 г.). «Архебактерии (Archaebacteria) и происхождение эукариотического ядра». Curr Opin Microbiol . 8 (6): 630–7. doi :10.1016/j.mib.2005.10.004. PMID  16242992.
  88. ^ Бернстайн, Х., Бернстайн, К. (2017). Сексуальная коммуникация у архей, предшественников эукариотического мейоза. В: Витзани, Г. (ред.) Биокоммуникация у архей. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-319-65536-9_7
  89. ^ Лопес-Гарсия П., Морейра Д. (май 2006 г.). «Селективные силы происхождения эукариотического ядра». Обзор. BioEssays . 28 (5): 525–33. doi :10.1002/bies.20413. PMID  16615090.
  90. ^ Fuerst JA (2005). «Внутриклеточная компартментация у планктомицетов». Обзор. Annual Review of Microbiology . 59 : 299–328. doi :10.1146/annurev.micro.59.030804.121258. PMID  15910279.
  91. ^ Hartman H, Fedorov A (февраль 2002 г.). «Происхождение эукариотической клетки: геномное исследование». Первичный. Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (3): 1420–5. Bibcode : 2002PNAS ...99.1420H. doi : 10.1073/pnas.032658599 . PMC 122206. PMID  11805300. 
  92. ^ Bell PJ (сентябрь 2001 г.). «Вирусный эукариогенез: был ли предком ядра сложный ДНК-вирус?». Комментарий. Journal of Molecular Evolution . 53 (3): 251–6. Bibcode : 2001JMolE..53..251L. doi : 10.1007/s002390010215 . PMID  11523012. S2CID  20542871.
  93. ^ Takemura M (май 2001). «Poxviruses and the origin of the eukaryotic kernel». Primary. Journal of Molecular Evolution . 52 (5): 419–25. Bibcode : 2001JMolE..52..419T. doi : 10.1007/s002390010171. PMID  11443345. S2CID  21200827.
  94. ^ Villarreal LP, DeFilippis VR (август 2000 г.). «Гипотеза о ДНК-вирусах как источнике белков репликации эукариот». Первичный. Журнал вирусологии . 74 (15): 7079–84. doi :10.1128/JVI.74.15.7079-7084.2000. PMC 112226. PMID  10888648 . 
  95. ^ Bell PJ (ноябрь 2006 г.). «Пол и эукариотический клеточный цикл согласуются с вирусным происхождением эукариотического ядра». Первичный. Журнал теоретической биологии . 243 (1): 54–63. Bibcode : 2006JThBi.243...54B. doi : 10.1016/j.jtbi.2006.05.015. PMID  16846615.
  96. ^ de Roos AD (2006). «Происхождение эукариотической клетки на основе сохранения существующих интерфейсов». Первичный. Искусственная жизнь . 12 (4): 513–23. doi :10.1162/artl.2006.12.4.513. PMID  16953783. S2CID  5963228.
  97. ^ Ван Левенгук А. Opera Omnia, seu Arcana Naturae ope токсисиморум Microscopiorum обнаружения, эксперименты variis comprobata, Epistolis ad varios illustres viros Дж. Арнольд и Дельфис, А. Беман, Lugdinum Batavorum [ Творения, или тайны природы с помощью точных иллюстраций микроскопы были обнаружены и подтверждены различными экспериментами, Посланиями к различным выдающимся доблестным людям Дж. Арнольду и Дельфи, А. Беману, Лугдине Йорк 1719-1730 ] (на латыни).Цитируется в Gerlach D (2009). История микроскопии . Франкфурт-на-Майне, Германия: Verlag Harri Deutsch . ISBN 978-3-8171-1781-9.
  98. ^ Cohen WD (1982). «Цитоморфная система безъядерных эритроцитов не млекопитающих». Protoplasma . 113 : 23–32. doi :10.1007/BF01283036. S2CID  41287948.
  99. ^ Харрис Х (1999). Рождение клетки . Нью-Хейвен: Издательство Йельского университета. ISBN 978-0-300-07384-3.
  100. ^ Браун Р. (1866). «Об органах и способах оплодотворения Orchidex и Asclepiadea». Разные ботанические труды I : 511–514.
  101. ^ аб Кремер Т (1985). Фон дер Целленлер из хромосомной теории . Берлин, Гейдельберг, Нью-Йорк, Токио: Springer Verlag. ISBN 978-3-540-13987-4.Онлайн-версия здесь

Дальнейшее чтение

Обзорная статья о ядерных ламинах, объясняющая их структуру и различные роли.
Обзорная статья о ядерном транспорте, объясняющая принципы механизма и различные пути транспорта.
Обзорная статья о ядре, объясняющая структуру хромосом внутри органеллы и описывающая ядрышко и другие субъядерные тельца.
Обзорная статья об эволюции ядра, объясняющая ряд различных теорий.
Учебник университетского уровня, посвященный биологии клетки. Содержит информацию о структуре и функции ядра, включая ядерный транспорт и субъядерные домены.

Внешние ссылки